JP2014052331A - アミノ酸配列解析方法及び装置 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】切断部位の相違する複数の酵素でそれぞれ断片化して得られた複数の試料をそれぞれ質量分析し、その結果に対しデノボシーケンシングを実行して各種断片に対する部分配列候補を推定する(S1、S2)。酵素に応じて切断部位に特定のアミノ酸残基が現れることを利用し、多数の部分配列候補の中で元のアミノ酸の末端を含むものを抽出する(S6)。また、末端を含むもの以外の部分配列候補の中でオーバーラップ部が存在するものを探索して結合する作業を繰り返す(S7、S8)。デノボシーケンシングにより誤って推定された配列の場合、矛盾なく多くの配列候補が結合可能である可能性は殆どないから、末端を含む配列候補を加え(S9)、最終的に生成されるアミノ酸配列は正解である可能性が高いものとなる(S10、S11)。
【選択図】図2
Description
(1)測定(質量分析)を実行した際に、測定すべきイオンが発生せず測定漏れとなる。
(2)測定結果であるマススペクトル上のピークから配列を推定する段階で、動的計画法等のアルゴリズムの制約のために正解が廃棄される。
a)目的試料に対する単一種類の酵素による断片化を、複数種類の酵素についてそれぞれ実行して得られた複数種類のペプチド断片混合物をそれぞれ質量分析することにより収集されたマススペクトルデータに対し、デノボシーケンシングを用いた配列推定により各断片に対する部分アミノ酸配列候補を求める部分配列推定ステップと、
b)断片化に用いられた酵素の種類の情報、及び、前記部分配列推定ステップにより求まる部分アミノ酸配列候補、を収集するデータ収集ステップと、
c)前記部分アミノ酸配列候補及び酵素情報に基づき、酵素の種類に応じて既知である特異的な部位で切断が生じることを利用して、元のポリペプチドのN末端又はC末端を含む部分アミノ酸配列を抽出する末端配列抽出ステップと、
d)前記部分アミノ酸配列候補の中でN末端又はC末端を含む配列候補を除き、部分アミノ酸配列候補に含まれる共通の一部配列をオーバーラップさせて矛盾が生じない部分アミノ酸配列候補のみを選択して結合する作業を繰り返すことにより、アミノ酸配列を延伸させてゆき、最終的に前記末端配列抽出ステップにおいて抽出された末端を含む部分アミノ酸配列を結合させることでアミノ酸配列候補を導出する結合処理実行ステップと、
e)前記結合処理実行ステップにより生成されたアミノ酸配列候補の全てについて、それぞれ結合に用いられた前記部分アミノ酸配列候補の数を求め、その数に基づいて、複数のアミノ酸配列候補を選別する又はその序列を決める結果検証ステップと、
f)前記結果検証ステップによって選別されたアミノ酸配列候補又は序列付けされたアミノ酸配列候補を目的試料のアミノ酸配列推定結果として提示する結果提示ステップと、
を有することを特徴としている。
a)前記複数種類のペプチド断片混合物についてそれぞれ得られたマススペクトルデータに対し、デノボシーケンシングを用いた配列推定により各断片に対する部分アミノ酸配列候補を求める部分配列推定手段と、
b)断片化に用いられた酵素の種類の情報、及び、前記部分配列推定手段により求まる部分アミノ酸配列候補、を収集するデータ収集手段と、
c)前記部分アミノ酸配列候補及び酵素情報に基づき、酵素の種類に応じて既知である特異的な部位で切断が生じることを利用して、元のポリペプチドのN末端又はC末端を含む部分アミノ酸配列を抽出する末端配列抽出手段と、
d)前記部分アミノ酸配列候補の中でN末端又はC末端を含む配列候補を除き、部分アミノ酸配列候補に含まれる共通の一部配列をオーバーラップさせて矛盾が生じない部分アミノ酸配列候補のみを選択して結合する作業を繰り返すことにより、アミノ酸配列を延伸させてゆき、最終的に前記末端配列抽出手段により抽出された末端を含む部分アミノ酸配列を結合させることでアミノ酸配列候補を導出する結合処理実行手段と、
e)前記結合処理実行手段により生成されたアミノ酸配列候補の全てについて、それぞれ結合に用いられた前記部分アミノ酸配列候補の数を求め、その数に基づいて、複数のアミノ酸配列候補を選別する又はその序列を決める結果検証手段と、
f)前記結果検証手段によって選別されたアミノ酸配列候補又は序列付けされたアミノ酸配列候補を目的試料のアミノ酸配列推定結果として提示する結果提示手段と、
を備えることを特徴としている。
図1は本実施例によるアミノ酸配列解析装置のブロック構成図である。
この新規の手法では、アミノ酸配列候補を見出す問題を、深さk番目の節点にk個のアミノ酸で構成されるアミノ酸配列を設置し、ピークリスト中でアミノ酸に対応したピーク強度を枝とした木構造の有向グラフ上における最長路問題として定式化する。その際に、配置されるアミノ酸について、試料に関する既知のアミノ酸組成情報を拘束条件として課す。そして、いわゆる分枝限定法を利用してアミノ酸配列を求める。
<条件2>特異的な切断部位が異なる複数の消化酵素を用いてアミノ酸配列を切断したペプチド断片混合物由来の部分アミノ酸配列候補同士を比較したとき、その部分アミノ酸配列の端部の配列が一致していれば、その部分(つまり部分アミノ酸配列の端部)が試料のアミノ酸配列の末端であると判断する。
即ち、消化酵素としてトリプシンを用いた場合には、リシン(K)又はアルギニン(R)残基のC末端側でポリペプチド鎖が切断されるため、切断されたペプチド断片のC末端側、つまり右端にK又はRが現れる筈である。しかしながら、一つのマススペクトルに対する二つの部分アミノ酸配列候補[GIVEQCCTSICSLYQLENYCN]、[GIVEQCCTSICSLYQLENCNY]の右端には、KでもRでもないアミノ酸残基(NとY)が現れており、これらは試料のアミノ酸配列のC末端である可能性がある。
一方、消化酵素としてAsp-Nを用いた場合には、部分アミノ酸配列のN末端側、つまり左端にアスパラギン酸(D)が現れる、という特徴を持つが、C末端側ではないので、ここではとりあえず無視することとする。
図中、縦方向に延伸する実線、点線、一点鎖線等は酵素Pa、Pb、Pc、Pdによる切断位置を示している。この図4に示すように、消化酵素が異なると試料のアミノ酸配列の切断位置も異なる。この例では、酵素Paと酵素Pbの切断位置には重なっている部分があるが、これは例えば、KとRの右側で切断するトリプシンと、Rの右側のみで切断するArg-CやKの右側のみで切断するLys-Cの関係に相当する。図4(a)に示すように、酵素Paは試料のポリペプチドのアミノ酸配列全体を5個に分割するが、中央部の点線で示した部分の断片はイオン化が不充分で測定できないことを示す。また図中、それぞれ塗りつぶしパターンで示した部分は、矛盾のない配列部分のみが整列できることを示す。
以上のようにして、本実施例のアミノ酸配列解析装置によれば、単に正解のアミノ酸配列が含まれる多数の候補を分析者に提示するのではなく、正解である一つのアミノ酸配列又は高い確度で順位付けされた少数の候補を分析者に提示することができる。
2…解析処理部
21…スペクトルデータ記憶部
22…スペクトル処理部
23…デノボ配列推定部
24…部分配列候補収集部
25…末端配列候補識別部
26…配列結合処理部
27…配列結果検証部
28…表示処理部
3…入力部
4…表示部
Claims (4)
- ポリペプチドである目的試料を酵素により断片化して得られたペプチド断片混合物を質量分析することで収集したマススペクトルデータに基づいて、目的試料のアミノ酸配列を推定するアミノ酸配列解析方法であって、
a)目的試料に対する単一種類の酵素による断片化を、複数種類の酵素についてそれぞれ実行して得られた複数種類のペプチド断片混合物をそれぞれ質量分析することにより収集されたマススペクトルデータに対し、デノボシーケンシングを用いた配列推定により各断片に対する部分アミノ酸配列候補を求める部分配列推定ステップと、
b)断片化に用いられた酵素の種類の情報、及び、前記部分配列推定ステップにより求まる部分アミノ酸配列候補、を収集するデータ収集ステップと、
c)前記部分アミノ酸配列候補及び酵素情報に基づき、酵素の種類に応じて既知である特異的な部位で切断が生じることを利用して、元のポリペプチドのN末端又はC末端を含む部分アミノ酸配列を抽出する末端配列抽出ステップと、
d)前記部分アミノ酸配列候補の中でN末端又はC末端を含む配列候補を除き、部分アミノ酸配列候補に含まれる共通の一部配列をオーバーラップさせて矛盾が生じない部分アミノ酸配列候補のみを選択して結合する作業を繰り返すことにより、アミノ酸配列を延伸させてゆき、最終的に前記末端配列抽出ステップにおいて抽出された末端を含む部分アミノ酸配列を結合させることでアミノ酸配列候補を導出する結合処理実行ステップと、
e)前記結合処理実行ステップにより生成されたアミノ酸配列候補の全てについて、それぞれ結合に用いられた前記部分アミノ酸配列候補の数を求め、その数に基づいて、複数のアミノ酸配列候補を選別する又はその序列を決める結果検証ステップと、
f)前記結果検証ステップによって選別されたアミノ酸配列候補又は序列付けされたアミノ酸配列候補を目的試料のアミノ酸配列推定結果として提示する結果提示ステップと、
を有することを特徴とするアミノ酸配列解析方法。 - 請求項1に記載のアミノ酸配列解析方法であって、
前記結果検証ステップにおいて、前記結合処理実行ステップにより生成されたアミノ酸配列候補から求まるアミノ酸組成と既知である前記目的試料のアミノ酸組成情報とに基づいて、アミノ酸配列候補の絞り込みを行うことを特徴とするアミノ酸配列解析方法。 - ポリペプチドである目的試料に対する単一種類の酵素による断片化を、複数種類の酵素についてそれぞれ実行して得られた複数種類のペプチド断片混合物をそれぞれ質量分析することにより収集されたマススペクトルデータに基づいて、目的試料のアミノ酸配列を推定するためのアミノ酸配列解析装置であって、
a)前記複数種類のペプチド断片混合物についてそれぞれ得られたマススペクトルデータに対し、デノボシーケンシングを用いた配列推定により各断片に対する部分アミノ酸配列候補を求める部分配列推定手段と、
b)断片化に用いられた酵素の種類の情報、及び、前記部分配列推定手段により求まる部分アミノ酸配列候補、を収集するデータ収集手段と、
c)前記部分アミノ酸配列候補及び酵素情報に基づき、酵素の種類に応じて既知である特異的な部位で切断が生じることを利用して、元のポリペプチドのN末端又はC末端を含む部分アミノ酸配列を抽出する末端配列抽出手段と、
d)前記部分アミノ酸配列候補の中でN末端又はC末端を含む配列候補を除き、部分アミノ酸配列候補に含まれる共通の一部配列をオーバーラップさせて矛盾が生じない部分アミノ酸配列候補のみを選択して結合する作業を繰り返すことにより、アミノ酸配列を延伸させてゆき、最終的に前記末端配列抽出手段により抽出された末端を含む部分アミノ酸配列を結合させることでアミノ酸配列候補を導出する結合処理実行手段と、
e)前記結合処理実行手段により生成されたアミノ酸配列候補の全てについて、それぞれ結合に用いられた前記部分アミノ酸配列候補の数を求め、その数に基づいて、複数のアミノ酸配列候補を選別する又はその序列を決める結果検証手段と、
f)前記結果検証手段によって選別されたアミノ酸配列候補又は序列付けされたアミノ酸配列候補を目的試料のアミノ酸配列推定結果として提示する結果提示手段と、
を備えることを特徴とするアミノ酸配列解析装置。 - 請求項3に記載のアミノ酸配列解析装置であって、
前記結果検証手段は、前記結合処理実行手段により生成されたアミノ酸配列候補から求まるアミノ酸組成と既知である前記目的試料のアミノ酸組成情報とに基づいて、アミノ酸配列候補の絞り込みを行うことを特徴とするアミノ酸配列解析装置。
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Cited By (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2016147839A1 (ja) * | 2015-03-17 | 2016-09-22 | アサヒビール株式会社 | ハイドロフォビンの定量方法及び発泡麦芽飲料の噴き性予測方法 |
CN109073655A (zh) * | 2016-02-04 | 2018-12-21 | 安口生物公司 | 鉴定和分析蛋白的氨基酸序列的方法 |
US11285210B2 (en) | 2016-02-03 | 2022-03-29 | Outlook Therapeutics, Inc. | Buffer formulations for enhanced antibody stability |
CN116465992A (zh) * | 2023-04-19 | 2023-07-21 | 上海快序生物科技有限公司 | 一种检测蛋白末端氨基酸序列的方法 |
Citations (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2005062034A1 (ja) * | 2003-12-19 | 2005-07-07 | Nec Corporation | 質量分析法を利用するタンパク質の同定方法 |
JP2007322293A (ja) * | 2006-06-02 | 2007-12-13 | Hitachi High-Technologies Corp | デノボシーケンス解析方法,解析ソフト,解析ソフトを記憶した記憶媒体,試薬キット |
US20080138845A1 (en) * | 2005-03-08 | 2008-06-12 | Postech Foundation | Method of De Novo Sequencing of Peptide Using the Maldi Mass Spectrometry, Method and Apparatus for Preparing Sample for Maldi Mass Spectrometry |
JP2008145221A (ja) * | 2006-12-08 | 2008-06-26 | Shimadzu Corp | 質量分析を用いたアミノ酸配列解析方法、アミノ酸配列解析装置、アミノ酸配列解析用プログラム、及びアミノ酸配列解析用プログラムを記録した記録媒体 |
JP2008532490A (ja) * | 2005-02-15 | 2008-08-21 | アポロ ライフ サイエンシズ リミテッド | 分子およびそのキメラ分子 |
JP2009531062A (ja) * | 2006-03-23 | 2009-09-03 | ミリポア・コーポレイション | タンパク質イソ型の識別及びその定量 |
JP2013528387A (ja) * | 2010-06-02 | 2013-07-11 | ジョンズ ホプキンズ ユニバーシティ | 微生物の薬物耐性を判定するシステムおよび方法 |
-
2012
- 2012-09-10 JP JP2012198301A patent/JP5874587B2/ja active Active
Patent Citations (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2005062034A1 (ja) * | 2003-12-19 | 2005-07-07 | Nec Corporation | 質量分析法を利用するタンパク質の同定方法 |
JP2008532490A (ja) * | 2005-02-15 | 2008-08-21 | アポロ ライフ サイエンシズ リミテッド | 分子およびそのキメラ分子 |
US20080138845A1 (en) * | 2005-03-08 | 2008-06-12 | Postech Foundation | Method of De Novo Sequencing of Peptide Using the Maldi Mass Spectrometry, Method and Apparatus for Preparing Sample for Maldi Mass Spectrometry |
JP2009531062A (ja) * | 2006-03-23 | 2009-09-03 | ミリポア・コーポレイション | タンパク質イソ型の識別及びその定量 |
JP2007322293A (ja) * | 2006-06-02 | 2007-12-13 | Hitachi High-Technologies Corp | デノボシーケンス解析方法,解析ソフト,解析ソフトを記憶した記憶媒体,試薬キット |
JP2008145221A (ja) * | 2006-12-08 | 2008-06-26 | Shimadzu Corp | 質量分析を用いたアミノ酸配列解析方法、アミノ酸配列解析装置、アミノ酸配列解析用プログラム、及びアミノ酸配列解析用プログラムを記録した記録媒体 |
JP2013528387A (ja) * | 2010-06-02 | 2013-07-11 | ジョンズ ホプキンズ ユニバーシティ | 微生物の薬物耐性を判定するシステムおよび方法 |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
19TH INTERNATIONAL MASS SPECTROMETRY CENFERENCE, JPN7015003577, 2012, pages 038, ISSN: 0003220680 * |
Cited By (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2016147839A1 (ja) * | 2015-03-17 | 2016-09-22 | アサヒビール株式会社 | ハイドロフォビンの定量方法及び発泡麦芽飲料の噴き性予測方法 |
US11285210B2 (en) | 2016-02-03 | 2022-03-29 | Outlook Therapeutics, Inc. | Buffer formulations for enhanced antibody stability |
CN109073655A (zh) * | 2016-02-04 | 2018-12-21 | 安口生物公司 | 鉴定和分析蛋白的氨基酸序列的方法 |
JP2019507341A (ja) * | 2016-02-04 | 2019-03-14 | オンコバイオロジクス,インコーポレイティド | タンパク質のアミノ酸配列の同定及び分析方法 |
JP7224914B2 (ja) | 2016-02-04 | 2023-02-20 | アウトルック セラピューティクス,インコーポレイティド | タンパク質のアミノ酸配列の同定及び分析方法 |
CN116465992A (zh) * | 2023-04-19 | 2023-07-21 | 上海快序生物科技有限公司 | 一种检测蛋白末端氨基酸序列的方法 |
CN116465992B (zh) * | 2023-04-19 | 2024-02-09 | 上海快序生物科技有限公司 | 一种检测蛋白末端氨基酸序列的方法 |
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Publication number | Publication date |
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