JP4841414B2 - 質量分析を用いたアミノ酸配列解析方法、アミノ酸配列解析装置、アミノ酸配列解析用プログラム、及びアミノ酸配列解析用プログラムを記録した記録媒体 - Google Patents
質量分析を用いたアミノ酸配列解析方法、アミノ酸配列解析装置、アミノ酸配列解析用プログラム、及びアミノ酸配列解析用プログラムを記録した記録媒体 Download PDFInfo
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Description
f(h1/h)×f(h2/h)×f(h3/h)×exp{−[(m’−m)/Δ]2}×logh …(1)
ここで、hはb/yイオンの強度、h1、h2はサポーティング・イオン(supporting ions=neutral lossと副シリーズ)の強度、m’は測定質量、mは理論質量、Δは測定質量m’の許容誤差(tolerance)である。即ち、これは、b/yイオンが存在すればサポーティング・イオンに応じてその強度にボーナス点を付与する方法であると理解できる。なお、ボーナス点を与えるための関数fは経験的に与えられている。
a)マススペクトルデータに基づいて目的試料に由来するピークの質量とピーク強度とを集めたピークリストを作成するピークリスト作成ステップと、
b)前記ピークリストに含まれるデータを元に動的計画法によるアルゴリズムを利用したデノボ・シーケンス解析を行って複数のアミノ酸配列候補を選出するアミノ酸配列候補決定ステップと、
c)前記複数のアミノ酸配列候補のそれぞれについて、マススペクトルデータを利用し、そのアミノ酸配列が目的試料のアミノ酸配列に合致する確からしさを示す確度情報を算出する確度算出ステップと、
d)前記確度情報により複数のアミノ酸配列候補を選別して又は序列を決めて提示する提示ステップと、
を有し、前記アミノ酸配列候補決定ステップでは、ピークリストに挙げられているピークの中で順次選択するピークの強度を加算して算出されるスコアを最大化する又はより大きくするようなアミノ酸配列候補の選定を、アミノ酸配列上の結合位置とマススペクトルの質量とをそれぞれ異なる方向の軸とする非巡回的グラフにおける最長路及びより長い有向路を見い出す問題として定式化し、ピークリストを利用して前記非巡回的グラフ上でアミノ酸配列末端で且つ質量が小さい側を出発点として各アミノ酸結合位置毎に有向路を探索するようにしたことを特徴としている。
a)マススペクトルデータに基づいて目的試料に由来するピークの質量とピーク強度とを集めたピークリストを作成するピークリスト作成手段と、
b)前記ピークリストに含まれるデータを元に動的計画法によるアルゴリズムを利用したデノボ・シーケンス解析を行って複数のアミノ酸配列候補を選出するアミノ酸配列候補決定手段と、
c)前記複数のアミノ酸配列候補のそれぞれについて、マススペクトルデータを利用し、そのアミノ酸配列が目的試料のアミノ酸配列に合致する確からしさを示す確度情報を算出する確度算出手段と、
d)前記確度情報により複数のアミノ酸配列候補を選別して又は序列を決めて提示する情報提示手段と、
を備え、前記アミノ酸配列候補決定手段では、ピークリストに挙げられているピークの中で順次選択するピークの強度を加算して算出されるスコアを最大化する又はより大きくするようなアミノ酸配列候補の選定を、アミノ酸配列上の結合位置とマススペクトルの質量とをそれぞれ異なる方向の軸とする非巡回的グラフにおける最長路及びより長い有向路を見い出す問題として定式化し、ピークリストを利用して前記非巡回的グラフ上でアミノ酸配列末端で且つ質量が小さい側を出発点として各アミノ酸結合位置毎に有向路を探索する処理を実行することを特徴としている。
a)マススペクトルデータに基づいて目的試料に由来するピークの質量とピーク強度とを集めたピークリストを作成するピークリスト作成ステップと、
b)前記ピークリストに含まれるデータを元に動的計画法によるアルゴリズムを利用したデノボ・シーケンス解析を行って複数のアミノ酸配列候補を選出するアミノ酸配列候補決定ステップと、
c)前記複数のアミノ酸配列候補のそれぞれについて、マススペクトルデータを利用し、そのアミノ酸配列が目的試料のアミノ酸配列に合致する確からしさを示す確度情報を算出する確度算出ステップと、
d)前記確度情報により複数のアミノ酸配列候補を選別して又は序列を決めて提示する提示ステップと、
をコンピュータに実行させるものであり、前記アミノ酸配列候補決定ステップでは、ピークリストに挙げられているピークの中で順次選択するピークの強度を加算して算出されるスコアを最大化する又はより大きくするようなアミノ酸配列候補の選定を、アミノ酸配列上の結合位置とマススペクトルの質量とをそれぞれ異なる方向の軸とする非巡回的グラフにおける最長路及びより長い有向路を見い出す問題として定式化し、ピークリストを利用して前記非巡回的グラフ上でアミノ酸配列末端で且つ質量が小さい側を出発点として各アミノ酸結合位置毎に有向路を探索するようにしたことを特徴としている。
a)マススペクトルデータに基づいて目的試料に由来するピークの質量とピーク強度とを集めたピークリストを作成するピークリスト作成ステップと、
b)前記ピークリストに含まれるデータを元に動的計画法によるアルゴリズムを利用したデノボ・シーケンス解析を行って複数のアミノ酸配列候補を選出するアミノ酸配列候補決定ステップと、
c)前記複数のアミノ酸配列候補のそれぞれについて、マススペクトルデータを利用し、そのアミノ酸配列が目的試料のアミノ酸配列に合致する確からしさを示す確度情報を算出する確度算出ステップと、
d)前記確度情報により複数のアミノ酸配列候補を選別して又は序列を決めて提示する提示ステップと、
をコンピュータに実行させるものであり、前記アミノ酸配列候補決定ステップでは、ピークリストに挙げられているピークの中で順次選択するピークの強度を加算して算出されるスコアを最大化する又はより大きくするようなアミノ酸配列候補の選定を、アミノ酸配列上の結合位置とマススペクトルの質量とをそれぞれ異なる方向の軸とする非巡回的グラフにおける最長路及びより長い有向路を見い出す問題として定式化し、ピークリストを利用して前記非巡回的グラフ上でアミノ酸配列末端で且つ質量が小さい側を出発点として各アミノ酸結合位置毎に有向路を探索するようにしたことを特徴としている。
Claims (4)
- 質量分析により得られたマススペクトルデータに基づいて目的試料のアミノ酸配列を推定するためのアミノ酸配列解析方法であって、
a)マススペクトルデータに基づいて目的試料に由来するピークの質量とピーク強度とを集めたピークリストを作成するピークリスト作成ステップと、
b)前記ピークリストに含まれるデータを元に動的計画法によるアルゴリズムを利用したデノボ・シーケンス解析を行って複数のアミノ酸配列候補を選出するアミノ酸配列候補決定ステップと、
c)前記複数のアミノ酸配列候補のそれぞれについて、マススペクトルデータを利用し、そのアミノ酸配列が目的試料のアミノ酸配列に合致する確からしさを示す確度情報を算出する確度算出ステップと、
d)前記確度情報により複数のアミノ酸配列候補を選別して又は序列を決めて提示する提示ステップと、
を有し、前記アミノ酸配列候補決定ステップでは、ピークリストに挙げられているピークの中で順次選択するピークの強度を加算して算出されるスコアを最大化する又はより大きくするようなアミノ酸配列候補の選定を、アミノ酸配列上の結合位置とマススペクトルの質量とをそれぞれ異なる方向の軸とする非巡回的グラフにおける最長路及びより長い有向路を見い出す問題として定式化し、ピークリストを利用して前記非巡回的グラフ上でアミノ酸配列末端で且つ質量が小さい側を出発点として各アミノ酸結合位置毎に有向路を探索するようにしたことを特徴とする、質量分析を用いたアミノ酸配列解析方法。 - 質量分析により得られたマススペクトルデータに基づいて目的試料のアミノ酸配列を推定するためのアミノ酸配列解析装置であって、
a)マススペクトルデータに基づいて目的試料に由来するピークの質量とピーク強度とを集めたピークリストを作成するピークリスト作成手段と、
b)前記ピークリストに含まれるデータを元に動的計画法によるアルゴリズムを利用したデノボ・シーケンス解析を行って複数のアミノ酸配列候補を選出するアミノ酸配列候補決定手段と、
c)前記複数のアミノ酸配列候補のそれぞれについて、マススペクトルデータを利用し、そのアミノ酸配列が目的試料のアミノ酸配列に合致する確からしさを示す確度情報を算出する確度算出手段と、
d)前記確度情報により複数のアミノ酸配列候補を選別して又は序列を決めて提示する情報提示手段と、
を備え、前記アミノ酸配列候補決定手段では、ピークリストに挙げられているピークの中で順次選択するピークの強度を加算して算出されるスコアを最大化する又はより大きくするようなアミノ酸配列候補の選定を、アミノ酸配列上の結合位置とマススペクトルの質量とをそれぞれ異なる方向の軸とする非巡回的グラフにおける最長路及びより長い有向路を見い出す問題として定式化し、ピークリストを利用して前記非巡回的グラフ上でアミノ酸配列末端で且つ質量が小さい側を出発点として各アミノ酸結合位置毎に有向路を探索する処理を実行することを特徴とする、質量分析を用いたアミノ酸配列解析装置。 - 質量分析により得られたマススペクトルデータに基づき、コンピュータを用いて目的試料のアミノ酸配列を推定するためのプログラムであって、
a)マススペクトルデータに基づいて目的試料に由来するピークの質量とピーク強度とを集めたピークリストを作成するピークリスト作成ステップと、
b)前記ピークリストに含まれるデータを元に動的計画法によるアルゴリズムを利用したデノボ・シーケンス解析を行って複数のアミノ酸配列候補を選出するアミノ酸配列候補決定ステップと、
c)前記複数のアミノ酸配列候補のそれぞれについて、マススペクトルデータを利用し、そのアミノ酸配列が目的試料のアミノ酸配列に合致する確からしさを示す確度情報を算出する確度算出ステップと、
d)前記確度情報により複数のアミノ酸配列候補を選別して又は序列を決めて提示する提示ステップと、
をコンピュータに実行させるものであり、前記アミノ酸配列候補決定ステップでは、ピークリストに挙げられているピークの中で順次選択するピークの強度を加算して算出されるスコアを最大化する又はより大きくするようなアミノ酸配列候補の選定を、アミノ酸配列上の結合位置とマススペクトルの質量とをそれぞれ異なる方向の軸とする非巡回的グラフにおける最長路及びより長い有向路を見い出す問題として定式化し、ピークリストを利用して前記非巡回的グラフ上でアミノ酸配列末端で且つ質量が小さい側を出発点として各アミノ酸結合位置毎に有向路を探索するようにしたことを特徴とする、質量分析を用いたアミノ酸配列解析用プログラム。 - 質量分析により得られたマススペクトルデータに基づき、コンピュータを用いて目的試料のアミノ酸配列を推定するためのプログラムを記録した記録媒体であって、
a)マススペクトルデータに基づいて目的試料に由来するピークの質量とピーク強度とを集めたピークリストを作成するピークリスト作成ステップと、
b)前記ピークリストに含まれるデータを元に動的計画法によるアルゴリズムを利用したデノボ・シーケンス解析を行って複数のアミノ酸配列候補を選出するアミノ酸配列候補決定ステップと、
c)前記複数のアミノ酸配列候補のそれぞれについて、マススペクトルデータを利用し、そのアミノ酸配列が目的試料のアミノ酸配列に合致する確からしさを示す確度情報を算出する確度算出ステップと、
d)前記確度情報により複数のアミノ酸配列候補を選別して又は序列を決めて提示する提示ステップと、
をコンピュータに実行させるものであり、前記アミノ酸配列候補決定ステップでは、ピークリストに挙げられているピークの中で順次選択するピークの強度を加算して算出されるスコアを最大化する又はより大きくするようなアミノ酸配列候補の選定を、アミノ酸配列上の結合位置とマススペクトルの質量とをそれぞれ異なる方向の軸とする非巡回的グラフにおける最長路及びより長い有向路を見い出す問題として定式化し、ピークリストを利用して前記非巡回的グラフ上でアミノ酸配列末端で且つ質量が小さい側を出発点として各アミノ酸結合位置毎に有向路を探索するようにしたことを特徴とする、質量分析を用いたアミノ酸配列解析用プログラムを記録したコンピュータ読み取り可能な記録媒体。
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