JP2009509549A - 磁気ビーズを用いて生体成分を精製するためのマイクロ流体デバイス - Google Patents

磁気ビーズを用いて生体成分を精製するためのマイクロ流体デバイス Download PDF

Info

Publication number
JP2009509549A
JP2009509549A JP2008533788A JP2008533788A JP2009509549A JP 2009509549 A JP2009509549 A JP 2009509549A JP 2008533788 A JP2008533788 A JP 2008533788A JP 2008533788 A JP2008533788 A JP 2008533788A JP 2009509549 A JP2009509549 A JP 2009509549A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
well
magnetic beads
channel
biological sample
biological
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
JP2008533788A
Other languages
English (en)
Inventor
ジョシュ・モルホ
パメラ・フォレマン
Original Assignee
カリパー・ライフ・サイエンシズ・インク.
キャノン・ユー.エス.・ライフ・サイエンシズ・インク.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by カリパー・ライフ・サイエンシズ・インク., キャノン・ユー.エス.・ライフ・サイエンシズ・インク. filed Critical カリパー・ライフ・サイエンシズ・インク.
Publication of JP2009509549A publication Critical patent/JP2009509549A/ja
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N1/00Sampling; Preparing specimens for investigation
    • G01N1/28Preparing specimens for investigation including physical details of (bio-)chemical methods covered elsewhere, e.g. G01N33/50, C12Q
    • G01N1/34Purifying; Cleaning
    • BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01LCHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L3/00Containers or dishes for laboratory use, e.g. laboratory glassware; Droppers
    • B01L3/50Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes
    • B01L3/502Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures
    • B01L3/5027Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures by integrated microfluidic structures, i.e. dimensions of channels and chambers are such that surface tension forces are important, e.g. lab-on-a-chip
    • B01L3/502761Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures by integrated microfluidic structures, i.e. dimensions of channels and chambers are such that surface tension forces are important, e.g. lab-on-a-chip specially adapted for handling suspended solids or molecules independently from the bulk fluid flow, e.g. for trapping or sorting beads, for physically stretching molecules
    • BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01LCHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L2200/00Solutions for specific problems relating to chemical or physical laboratory apparatus
    • B01L2200/02Adapting objects or devices to another
    • B01L2200/026Fluid interfacing between devices or objects, e.g. connectors, inlet details
    • B01L2200/027Fluid interfacing between devices or objects, e.g. connectors, inlet details for microfluidic devices
    • BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01LCHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L2200/00Solutions for specific problems relating to chemical or physical laboratory apparatus
    • B01L2200/06Fluid handling related problems
    • B01L2200/0647Handling flowable solids, e.g. microscopic beads, cells, particles
    • B01L2200/0668Trapping microscopic beads
    • BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01LCHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L2300/00Additional constructional details
    • B01L2300/08Geometry, shape and general structure
    • B01L2300/0809Geometry, shape and general structure rectangular shaped
    • B01L2300/0816Cards, e.g. flat sample carriers usually with flow in two horizontal directions
    • BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01LCHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L2400/00Moving or stopping fluids
    • B01L2400/04Moving fluids with specific forces or mechanical means
    • B01L2400/0403Moving fluids with specific forces or mechanical means specific forces
    • B01L2400/0415Moving fluids with specific forces or mechanical means specific forces electrical forces, e.g. electrokinetic
    • BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01LCHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L2400/00Moving or stopping fluids
    • B01L2400/04Moving fluids with specific forces or mechanical means
    • B01L2400/0475Moving fluids with specific forces or mechanical means specific mechanical means and fluid pressure
    • B01L2400/0487Moving fluids with specific forces or mechanical means specific mechanical means and fluid pressure fluid pressure, pneumatics
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N35/00Automatic analysis not limited to methods or materials provided for in any single one of groups G01N1/00 - G01N33/00; Handling materials therefor
    • G01N35/0098Automatic analysis not limited to methods or materials provided for in any single one of groups G01N1/00 - G01N33/00; Handling materials therefor involving analyte bound to insoluble magnetic carrier, e.g. using magnetic separation

Abstract

生体試料中に存在する生体成分を生体試料から抽出することにより生体成分を精製する方法。本方法は生体試料を収容するための少なくとも1つのウェルと流体を取り込み、取り出すための少なくとも1つのチャネルとを有するマイクロ流体デバイスを用いて実行される。生体成分に対する親和性の要素を有する複数の磁気ビーズが適当な生体試料と共にウェルに取り込まれる。磁気ビーズに近接した生体成分を解放するよう生体試料を操作し、次に該磁気ビーズをウェル内で分離している間に生体試料を取り出す。生体成分に対する溶離溶液をウェルに取り込み、生体成分と共に溶離溶液をウェルから回収する。

Description

本発明は生体試料からの対象成分の単離に関する。特に、本発明の態様はマイクロ流体デバイス内で更に操作するために生体試料中の対象成分を精製して調製することに関する。
マイクロフルイディクスとは、少なくとも1つの内部長さ寸法(例えば深さ又は半径)が1mm未満のチャネルを流体が流れることを伴う一連の技術をいう。ベンチトップ型実験装置(例えばビーカー、ピペット、インキュベータ、電気泳動チャンバー、及び分析機器)の微小な同等物をマイクロ流体デバイスのチャネル内に形成することができる。1つのマイクロ流体デバイス上で複数の装置の機能を組み合わせることもできるので、通常は複数の実験装置を必要とするであろう完全な分析を1つのマイクロ流体デバイスで実行できる。通常、完全な化学的又は生化学的な分析を実行するよう構成されたマイクロ流体デバイスは、マイクロ・トータル分析システム(μ-TAS)又は「ラボオンチップ(lab-on-a-chip)」と称される。
一般に、ラボオンチップ型マイクロ流体デバイス(単に「チップ」ともいう)は、機器内においてカートリッジ又はカセットなどのような交換可能な部品として用いられる。このチップと機器とが完全なマイクロ流体システムを形成する。この機器は、異なるアッセイを実行するよう構成されたマイクロ流体デバイスとインタフェースするよう構成でき、このことによりシステムの機能性が広げられる。例えば、市販されているAgilent 2100 Bioanalyzerシステムは、単に適当な種類のチップを機器内に配置することによって4つの異なる種類のアッセイ(すなわちDNA(デオキシリボ核酸)アッセイ、RNA(リボ核酸)アッセイ、タンパク質アッセイ及び細胞アッセイ)とインタフェースするよう構成できる。
一般的なマイクロ流体システムでは、マイクロ流体チャネルのすべてがチップの内部に存在する。この機器は、種々の異なる機能、すなわち、チップ内のチャネルを通って流体を進ませる駆動力を供給する機能、チップ内の条件(例えば温度)を監視し制御する機能、チップから発する信号を収集する機能、流体をチップに取り込み、流体をチップから抽出する機能、その他たくさんのものを実行することによってチップとインタフェースする。一般に機器は、所望の分析を実行するため様々な種類のチップとインタフェースし且つ特定のチップとインタフェースすべくプログラミング可能なようにコンピュータ制御される。
しばしば、複雑な分析を実行するよう構成されたマイクロ流体デバイスは、交差するチャネルからなる複雑なネットワークを有することになる。しばしば、このようなチップ上で所望のアッセイを実行する場合、特定のチャネルを通る流れを別々に制御すること、及び流れを特定のチャネルからチャネル交差点を通るように選択的に方向付けることを伴う。相互接続された複雑なチャネル網を通る流体の流れは、超小型のポンプ及びバルブをチップ内に組み入れること、又は駆動力の組み合わせをチャネルに適用するすることにより実現できる。組み込み型のポンプ及びバルブを備えたマイクロ流体デバイスの例は、カリフォルニア工科大学のDr.Stephen Quakeの研究が示されている米国特許第6,408,878号に記載されている。サウスサンフランシスコ、CAのFluidigm Corporationは、Dr.Quakeの技術を商品化している。マイクロ流体デバイス内で交差するチャネルからなる複雑なネットワークを通る流れを制御するために複数の電気的な駆動力を用いることは、オークリッジ国立研究所で行われたDr.J.Michael Ramseyの研究を示す米国特許第6,010,607号に記載されている。マイクロ流体デバイス内で交差するチャネルからなる複雑なネットワークを通る流れを制御するために複数の圧力駆動力を用いることは、Caliper Life Sciences,Inc.(ホプキントン、MA)で開発された技術を示す米国特許第6,915,679号に記載されている。チップ内で流れを制御するために複数の電気的又は圧力の駆動力を使用することにより、チップ自体の上にバルブ及びポンプを作る必要がなくなるので、チップの構成が簡単になり、チップの価格が下がる。
従来の実験室での方法に比べてラボオンチップ型のマイクロ流体デバイスの固有の利点は、例えば、試料と試薬の消費量が減ること、自動化が容易なこと、表面対体積の比が大きいこと、及び反応時間が比較的速いことである。よって、マイクロ流体デバイスは診断アッセイをより速く、再現可能に、そして従来の装置よりも低コストで実行する可能性をもっている。マイクロ流体技術を診断用途に適用する利点は、マイクロフルイディクスの発展の初期に認識されていた。米国特許第5,587,128号には、Dr.Peter Wilding及びDr.Larry Kricka(ペンシルベニア大学)が複雑な診断アッセイを実行できるいくつかのマイクロ流体システムを記載している。例えば、Wilding及びKrickaは、試料の調製、PCR(ポリメラーゼ連鎖反応)増幅、及び検体の検出の工程が1つのチップ上で実行されるマイクロ流体システムを記載している。
マイクロ流体技術に基づく診断システムの大半はその可能性に到達することに失敗し、現在は少数のシステムが販売されているだけである。現在のマイクロ流体診断装置の主要な2つの欠点は、価格と試料調製の難しさに関係する。価格に関する問題が生じているのは、多くの一般的なポリマーなどチップ内で処理する安価な材料が、必ずしも診断用途に適するほど十分に化学的に不活性でもなく、光学的に透明でもないからである。価格の問題を解決するため、より高価な材料から製造されるマイクロ流体チップを再利用して1回当たりの使用コストを下げる技術が開発された。米国公開公報第2005/0019213号を参照のこと。しかしながら、前に処理した試料からの相互汚染の問題が生じ得る。これらの問題は各チップが1回だけ使用されるならば完全に解決されるものであり、このことが示唆しているのは、1回の使用後に廃棄できるほど十分安価にチップを製造できるように現在入手可能なポリマー材料の限界を克服することが最良の解決策であるということである。
未処理の生体試料(例えば血液又は他の体液)をマイクロ流体デバイス内で処理することは問題を含み得る。例えば、特にチャネル中にビーズも存在している場合、未処理の生体試料はマイクロ流体デバイス内の狭いチャネルを詰まらせ得る。したがって、従来技術によるマイクロ流体デバイスでは、試料を装置に取り込む前に未処理の生体試料を処理する必要がしばしばあった。改良されたマイクロ流体診断システムは完全に自動化されて試料の調製を行なうことができ、システムが行なうアッセイを十分に自動化するであろう。
試料中に存在する対象成分の濃度が低い場合にも問題が生じ得る。マイクロ流体チャネルの断面積は小さいので、マイクロ流体チャネルを通る試料の流量は小さい。よって、十分な量の低濃度の試料を抽出するために大量の試料を処理しなければならない場合には、抽出プロセスは非常に時間のかかるものとなり得る。かなりしばしば、対象の遺伝物質は未処理の生体試料中に低濃度で存在するので、マイクロ流体デバイス内でPCR増幅のための十分な遺伝物質を試料から抽出するのに非常に時間がかかり、ときどき数時間かかることもある。
例えば試験管、バイアル、及びマイクロタイタープレートなどのマイクロ流体システムにおいて未処理の生体試料から対象成分を抽出するために市販の磁気ビーズが使用されてきた。これらの試料精製システムの背後にある原理は十分に確立されている。試料精製システムにおける磁気ビーズは磁気コアを有し、この磁気コアは、対象成分に特異的に結合するリガンドでコーティングされている。よって、未処理の生体試料がビーズを含んだマイクロタイタープレートのウェル又はバイアルに注入されると、対象成分がビーズの外面に付着する。ビーズは磁性を有するので、永久磁石又は電磁石により生成された磁場によりバイアル又はウェル内の適所にビーズを保持できる。よって、試料の不要な部分は取り除く一方で、対象成分を含んだビーズをバイアル又はウェル中に保持できる。
磁気ビーズ試料精製キットは、InvitrogenのDynal(登録商標)Biotech部など種々のベンダーにより販売されている。Dynal(登録商標)BiotechはDynabeads DNA DIRECT(商標)なるブランド名で一連の磁気ビーズを市場に出しており、これは血液、うがい薬、頬の切屑、尿、胆汁、糞、脳脊髄液、骨髄、軟膜、及び冷凍血液を含めて種々の未処理の生体試料からPCR-ready DNAを単離することができる。Dynal(登録商)BiotechのDynabeads製品を利用する試料精製方法は、管内の適所に磁気ビーズを保持する強力な永久磁石を備えた特別に適合した容器内に種々の標準サイズの管を配置して該管内で実行するよう立案される。
磁気ビーズはまたマイクロ流体デバイスと共に使用されてきた。M.A.M.Gijsによるマイクロ流体デバイスにおける磁気ビーズの適用についての最近の検討によると、マイクロ流体デバイスにおいて磁気ビーズを使用する最も一般的な方法は、デバイス内のチャネルを通って流れる流体内にてビーズを引っ張っていくこと、及びビーズ上の対象成分を周囲の流体から捕獲することである。M.A.M.Gijs、「Magnetic bead handling on-chip: new opportunities for analytical applications」、Microfluid Nanofluid(2004)1:22-40を参照のこと。いったん対象成分がビーズ上に捕獲されると、ビーズ自体は磁場を用いて捕獲される。捕獲されたビーズは、対象成分を検出できるチップの領域、又は更なる処理を行なうために対象成分をビーズから解放できるチップの領域に運ばれる。別の文献であるPCT公開第WO2004/078316号では、Gijsがマイクロ流体デバイス内でビーズを捕獲及び輸送するために永久磁石又は電磁石を使用するデバイスを開示している。
試料から対象成分を抽出するためにマイクロ流体デバイス内で磁気ビーズが使用されてきたが、この抽出プロセスは、試料が未処理の生体試料である場合には上述した問題を免れ得ない。実際、マイクロ流体チャネル内にビーズが存在すると、チャネルの有効フロー断面が更に狭まるので、詰まりや低流量から生じる上記問題が悪化する。また、一般に未処理の試料の流体特性は知られていないので、マイクロ流体チャネルを通る未処理の試料の流れは制御するのが困難な場合がある。
Liuらは、血液などの未処理の生体試料からDNAを抽出するのに磁気ビーズが用いられるデバイスを開示する。Liuら、「Self-Contained, Fully Integrated Biochip for Sample Preparation, Polymerase Chain Reaction Amplification, and DNA Microarray Detection」、Anal.Chem.2004,76,1824-1831を参照のこと。Liuのこの文献では、ビーズは、試料内の特定の種類の細胞に特異的に付着するリガンドでコーティングされる。Liuの文献におけるDNA抽出プロセスは、磁気ビーズを未処理の生体試料と混合し、試料/ビーズの混合物を「バイオチップデバイス」内のチャネルを通してデバイス内のチャンバーに流すことで開始し、このチャンバーにおいて永久磁石により生成された磁場を適用することによりビーズが捕獲される。いったんチャンバー内に入ると、ビーズに付着した細胞に対して、細胞内のDNAを精製し抽出する更なる処理工程が行われる。Liuは超小型のポンプ及びバルブを使用して未処理の試料をマイクロ流体デバイスに流すことに関連した困難さを克服している。
米国特許第6,408,878号 米国特許第6,010,607号 米国特許第6,915,679号 米国特許第5,587,128号 米国公開公報第2005/0019213号 PCT公開第WO2004/078316号 M.A.M.Gijs、「Magnetic bead handling on-chip: new opportunities for analytical applications」、Microfluid Nanofluid(2004)1:22-40 Liuら、「Self-Contained, Fully Integrated Biochip for Sample Preparation, Polymerase Chain Reaction Amplification, and DNA Microarray Detection」、Anal.Chem.2004,76,1824-1831
よって、本発明の目的は、未処理の生体試料を調製するためにマイクロ流体デバイスを用いることである。
本発明の別の目的は、マイクロ流体デバイス内で磁気ビーズを使用することにより未処理の生体試料から対象成分を抽出する方法を提供することである。
本発明の更に別の目的は、上記の方法において超小型のポンプ及びバルブを用いる複雑なマイクロ流体システムを使用する必要なく、未処理の試料をマイクロ流体デバイスに流す問題に対処することである。
これらの目的及び別の目的は、以下の説明及び添付の特許請求の範囲を参照すると容易に理解されるであろう。
発明の概要
未処理の生体試料を収容するための少なくとも1つのウェルと、流体をウェルに取り込みかつウェルから取り出すための少なくとも1つのチャネルとを有するマイクロ流体デバイスを用いて、未処理の生体試料中の対象成分を抽出する方法が実行される。対象成分に対して親和性のリガンドを有する複数の磁気ビーズを、未処理の生体試料と共にウェルに取り込む。対象成分が磁気ビーズ上のリガンドに結合できるように、磁気ビーズに近接した対象成分を解放すべく未処理の生体試料を操作する。次に、磁場により磁気ビーズをウェル内に保持しつつ、生体試料の上澄み部分をウェルから取り除く。次に、ビーズから当該成分を解放することができる溶離溶液を、ウェルに導入する。最後に、対象成分を含んだ溶離溶液を、マイクロ流体デバイス内のチャネル中に送る。
発明の詳細な説明
上述したように、本方法の態様は磁気ビーズを用いて未処理の生体試料から対象成分を抽出することに関する。本発明による試料調製プロセスはマイクロ流体デバイス内で行われる。
図1は本発明の方法を実行するのに使用できる典型的なマイクロ流体デバイスを概略的に表す。図1の上部は2つの平面基板102、110からなるデバイス100の分解図を示し、図1の下部は2つの平面基板102、110が接着された後の組立デバイス100の側面図を示す。一方の基板110の表面112上に溝及びトレンチ114のパターンを製造し、もう一方の基板102の対応表面104をパターン付き表面112に接着することによって、チャネル又はチャンバーなどの構造が、組み立てられたマイクロ流体デバイス100の内部に形成される。基板が接着されると、溝及びトレンチ114が包囲され、チャネル及びチャンバーが組立デバイス100の内部に形成される。これらのチャネル及びチャンバーへのアクセスは、上側の基板102に孔を開けることにより形成されるポート106を介して行われる。これらのポートは、チャネルの特定の地点と連絡するように配置される。例えば、ポート106は、溝114を包囲することにより形成されるチャネルの末端と連絡するように配置される。流体をデバイス100のチャネルに取り込み若しくは流体をデバイス100のチャネルから抽出するため、又は電気若しくは圧力などの駆動力をチャネルに加えてチャネル及びチャンバーのネットワーク全体で流れを制御するために、ポート106を使用できる。
図1のデバイス100などのマイクロ流体デバイスを製造するために、種々の基板材料を使用できる。一般に、溝やトレンチなどの特定の構造は1mm未満の長さ寸法を有するので、基板材料は公知の微細加工技術(例えばフォトリソグラフィー、湿式化学エッチング、レーザーアブレーション、反応性イオンエッチング(RIE)、エアーアブレーション技術、射出成形、LIGA方法、金属電鋳法、又はエンボス加工など)に適合するのが望ましい。基板材料を選択するとき考慮すべき別の要素は、極端な値のpH、温度、塩濃度、及び印加電場を含めて、マイクロ流体デバイスがさらされ得る条件の全範囲に材料が適合しているか否かである。考慮すべき更に別の要素は、材料の表面特性である。内部チャネル表面の特性は、これらの表面がチャネルを流れる材料とどのように化学的に相互作用するかを決め、これらの特性はまた、チャネル長にわたって電場が印加されると発生する電気浸透流の量に影響を与える。チャネルの表面特性はとても重要なので、チャネル表面が所望の特性を有するようにチャネル表面を化学的に処理するか又はコーティングする技術が開発されてきた。マイクロ流体チャネルの表面を処理又はコーティングするのに用いられる方法の例が、米国特許第5,885,470号、第6,841,193号、第6,409,900号、及び第6,509,059号に記載されている。2つの基板を接着して完成したマイクロ流体デバイスを形成する方法もまた、当該技術において公知である。例えば、米国特許第6,425,972号及び第6,555,067号を参照のこと。
半導体産業に通常関連した材料に対する微細加工技術は十分に確立しているので、それらの材料はマイクロ流体基板としてしばしば用いられる。それらの材料の例はガラス、石英、及びケイ素である。ケイ素などの半導体材料の場合、特にデバイス又はその中身に電場が印加される用途では、基板材料の上に絶縁コーティング又は絶縁層(例えば、酸化ケイ素)を設けるのがしばしば望ましい。Agilent Bioanalyzer 2100システムにおいて用いられるマイクロ流体デバイスは、ガラス又は石英から製造されているが、これはこれらの材料が微細加工しやすく、多くの生体化合物に対して一般に不活性であるからである。
マイクロ流体デバイスはまた、例えばポリメタクリル酸メチル(PMMA)、ポリカーボネート、ポリテトラフルオロエチレン(TEFLON(商標))、ポリ塩化ビニル(PVC)、ポリジメチルシロキサン(PDMS)、ポリスルホン、ポリスチレン、ポリメチルペンテン、ポリプロピレン、ポリエチレン、ポリフッ化ビニリデン(polyvinylidine fluoride)、ABS(アクリロニトリル・ブタジエン・スチレン共重合体)、環状オレフィン・ポリマー(COP)、及び環状オレフィン・コポリマー(COC)などの高分子材料から製造することもできる。これらのポリマー基板材料は、上述したいくつかの微細加工技術に適合する。ポリマー基板から製造されるマイクロ流体デバイスは射出成形などのような低コスト・大量生産プロセスにより製造できるので、ポリマー製のマイクロ流体デバイスは半導体製造技術により製造されたデバイスよりも製造コストが安くなる可能性を有する。それにもかかわらず、マイクロ流体デバイスに高分子材料を使用することに関してはいくつかの困難がある。例えば、或るポリマーの表面は生体材料と相互作用し、或るポリマー材料は、生化学系をモニターするのに一般に用いられる蛍光ラベルを励起又は検出するために使用される光の波長に対して完全には透明ではない。よって、たとえマイクロ流体デバイスが種々の材料から製造できるとしても、各材料の選択に関してトレードオフが存在する。
本発明の方法を実行するため、複数の磁気ビーズがマイクロ流体デバイスのウェル内に配置される。本明細書では、ウェルは流体を収容するリザーバであり、デバイス内部の1以上のチャネルにポートを介して連結される。マイクロ流体デバイスの操作中、ウェルは、チャネル網に取り込まれる流体の供給源として、又は流体網から出ていく流体のための容器として機能する。一般にウェルはチップの外側からアクセスできる。
マイクロ流体デバイス上のウェルはいくつかの異なる方法で構成できる。例えば、図1に示されるマイクロ流体デバイスでは、ポート106自体がウェルとして機能できる。これらのウェル106の容積は、上部の基板層102の厚み、及びウェルを形成する円形の穴106の直径により決められる。一般的なガラス基板の厚みは約0.5〜2mmの範囲にある。よって、例えばポート106を形成する孔の直径が約0.5〜3mmの範囲にあるなら、ポート穴により形成されるウェルの容積は0.1〜15μlの範囲となる。カバー層の開口がポート106に揃うようにカバー層をマイクロ流体デバイスに取り付けることにより、容積のより大きなウェルを形成することもできる。本発明の態様に適合するマイクロ流体デバイスと共に使用できるカバー層についての詳しい説明は米国特許第6,251,343号に記載されている。
図2A-2Eは、図1に示されるマイクロ流体デバイスと共に使用できるカバー層200を示す。図2Aはカバー層200についての平面図、図2Bは断面図、図2Cは裏面図、図2Dは表側の斜視図、図2Eは裏側の斜視図である。カバー層200は、カバー層200の裏面上の取り付け領域(カバー層の裏面から突出した4つのリッジ212により示されている)にチップ100を受け入れるように設計されている。
図2Aの線A-Aについての断面図を図3に示す。図3では、マイクロ流体デバイス100がカバー層200の裏面に取り付けられる。カバー層の開口206がマイクロ流体デバイスのポート106に揃っており、各々の開口206及びポート106の組み合わせがウェルを形成し、その全容量は開口の容量とポートの容量とを足したものに等しいことが分かる。
本発明の方法は図1〜3に示されるデバイスだけでなく、様々なマイクロ流体デバイスにも実行できる。本発明の実施に適合したマイクロ流体デバイスの示す特徴は、単に、デバイスがウェルを含むこと、及びウェルに入る流れとウェルから出る流れが、マイクロ流体デバイスとインターフェースする機器により制御できることである。よって、例えば、本発明の方法は、2より多い基板層から形成されたマイクロ流体デバイスにおいて実行できる。このような多層のマイクロ流体デバイスの例は米国特許第6,408,878号及び第6,167,910号に記載されている。また、一般に本発明に適合したマイクロ流体デバイスは実質的に平面ではあるが、マイクロ流体デバイスの主要な表面は長方形又は正方形である必要はない。本発明の態様に適合した円形のマイクロ流体デバイスの例が米国特許第6,884,395号に記載されている。
マイクロ流体デバイスを製造する材料は、材料が試薬、試料を汚染しないか又は本発明の実施に伴って生じる反応を妨害しない限り、本発明の実施にはおおむね無関係である。さらに、ウェル構造の詳細(例えばウェルの断面形状や、ウェル全体が1つの基板内に形成されるか、複数の基板内に形成されるか、又は1つの基板と1つのカバー層に形成されるか否かなど)は、ウェルがマイクロ流体チャネル網とインターフェースする限り、かつウェルが所望量の対象成分を得るのに十分な未処理の試料及び磁気ビーズを収容できるほど十分大きい限り、本発明の実施にはおおむね無関係である。例えば、ウェルがマイクロ流体デバイスのポートとカバー層の開口との組み合わせから形成される場合には、開口とポートとの組み合わせが流体リザーバとして使用できる容積を形成する限り、開口とポートは同じ形状、サイズ、又は深さにする必要はない。
本発明を更に理解するため、図4を参照する。図4A〜Gはチャネル411に連通したウェル400を含んだマイクロ流体デバイスの一部について本発明による試料精製方法における種々のステップでの概略断面図を示す。マイクロ流体デバイスはチャネル411を通る流れを制御できる機器とインターフェースする必要がある。特定の態様では、当該技術において公知のマイクロ流体チャネルを通る流れを制御する方法はほとんどどれでも、チャネル411を通る流れを制御するために使用できる。例えば、米国特許第6,010,607号に記載されている動電フロー制御方法、米国特許第6,915,679号に記載されている圧力制御方法、及び米国特許第6,408,878号に記載されている機械的方法が本発明の態様に適合する。上述したように、ウェル400を備えたマイクロ流体デバイスのチャネルを通る流れの制御は、デバイスとインターフェースする機器(図示せず)により指示される。用いられる特定のフロー制御システムに関わらず、チャネル411中の流れは、ウェル400中に含まれる流体がチャネル411に流入しないように最初に制御されなければならない。
図4に示された精製プロセスでは、磁気ビーズといくつかの試薬を試料に加える必要がある。磁気ビーズは、試料中の対象成分に特異的に結合するリガンドでコーティングされる。磁気ビーズの製造方法、及びビーズをリガンドでコーティングする方法は、当該技術において周知である。磁気ビーズを用いた試料精製プロセスを実行するのに必要な試薬としては、ビーズ上のリガンドに結合した対象成分から汚染物質を除去する洗浄緩衝液、ビーズから対象成分を解放する溶離緩衝液、及び場合によっては試料中の細胞の内部から遺伝物質を解放する溶解剤が挙げられる。
種々の異なる試料及び対象成分に試料精製方法を実行するのに必要な磁気ビーズと試薬は、キットで市販されている。このようなキットは、種々のベンダー、例えばInvitrogenのDynal(登録商標)Biotech部、Agencourt Bioscience Corporation(Beckman Coulterの完全所有子会社)、Chemagen Biopolymer-Technologie AG(ドイツ)、及びQiagen(オランダ)などで販売されている。
以下に例示する態様では、血液試料からDNAを抽出するためにDynal(登録商標)BiotechのDynabeads DNA DIRECT(登録商標)Universal製品キットが用いられる。この製品を選択した理由は、本発明による試料精製方法を実行するのに必要な試薬のすべてを含んだキットとして販売されていること、及び本方法を実行するプロトコルが遠心分離工程を伴わない単一工程のプロトコルであることによる。Dynabeads DNA DIRECT(登録商標)Universal製品を使用する詳細なプロトコルは、Dynal(登録商標)Biotechのウエブサイト(www.dynalbiotech.com)や、DNA DIRECT(登録商標)Universal製品に添付された製品の印刷資料に記載されている。Dynal(登録商標)Biotechはまた、うがい薬、頬の切屑、尿、胆汁、糞、脳脊髄液、骨髄、軟膜、及び冷凍血液を含めて種々の未処理の生体試料からPCR-ready DNAを単離できる、DNA DIRECT(登録商標)Universal製品のプロトコルを提供している。製品の印刷資料によると、Dynabeads DNA DIRECT(登録商標)Universal製品は、30〜50のPCR増幅を実行するのに十分のDNAを30μlの血液試料から抽出できる。製品の印刷資料には、処理可能な量のDNAを少なくとも5μlの試料容量から抽出できることが示されている。Dynabeadsを用いるDNA抽出の標準的なプロトコルは、緩衝液中に懸濁した200μlのビーズを必要とする。当然、ウェルの容積は、試料だけでなく、試料精製方法において用いられるビーズや試薬も収容するのに十分な大きさを有する必要がある。したがって、図4に示される態様のウェルは少なくとも約250μlの容積を一般に有する。当業者なら分かるように、図1〜3に示される種類のマイクロ流体デバイス構造の場合、ポートを形成する穴のサイズを変えるか、若しくは上側の基板102の厚みを変えることによりポート106の容積を変え、且つ/又は開口206を形成する穴のサイズを変えるか、若しくはカバー層200の厚みを変えることによりカバー層の開口206の容積を変えることによってウェルの容積を操作できる。
図4Aは未処理の生体試料、複数の磁気ビーズ412、及び試薬をウェル400中に配置する本方法の第1の工程を示す。対象成分はビーズの表面と相互作用できるように生体成分内で懸濁し得るか、又は、細胞などの生体構造内に含み得る(この場合には対象成分がビーズの表面と相互作用できるようになる前に生体構造を溶解しなければならない)。
DNA DIRECT(商標)Universal製品キットに含まれる試薬は、未処理の生体試料中の細胞の内部からDNAなどの遺伝物質を解放できる溶解剤を含む。磁気ビーズ412は、対象成分に特異的に結合するリガンド(例えば対象成分であるDNAに相補的なDNA)でコーティングされる。細胞、DNA、mRNA、及びタンパク質を含めて種々の異なる生体材料に特異的に結合する磁気ビーズのリガンド・コーティングは、当該技術において公知である。図4Aに戻ると、未処理の血液試料中の血液細胞から解放されたDNAは、磁気ビーズ上のコーティングに付着し、よって未処理の試料からDNAが抽出される。Dynabeadsを用いて血液からDNAを抽出する標準的なプロトコルでは、ビーズが試料と共に室温で5分間培養される必要がある。培養期間中に撹拌の必要はない。
必要な培養期間の後、図4Bに示されるように磁気ビーズ412をウェル400の底に保持するためにウェルに磁場が印加される。磁場は永久磁石又は電磁石により生成できる。ネオジム・鉄・ホウ素から製造される希土類永久磁石は、ビーズ412をウェル400の底に保持するのに十分強力な磁力を発生できる。マイクロ流体デバイス内で磁気ビーズを保持又は輸送するのに十分強力な場を発生できる電磁石を備えたデバイスもまた、当該技術において公知である。例えば、PCT公開第WO2004/078316及びWO03/061835を参照のこと。磁性粒子412をウェル400の底に保持する磁場を発生する永久磁石又は電磁石は、図4B中に磁石413として概略的に示されている。
印加される磁場が磁気ビーズ412をウェル400の底に保持するので、ビーズを移動させることなく流体を取り出したりウェルに加えたりできる。よって、未処理の試料の上澄み部分をウェル400から取り出すことができ、また、ビーズに結合した対象成分のみを残して未処理の試料の不要な部分を取り出するために、洗浄緩衝液を繰り返しウェル400に加えたりウェル400から除去したりできる。図4Cに流体の取り出し及び追加の工程を概略的に示す。
特定の態様では、標準的な液体ハンドリング装置を用いて流体をウェルから取り出したりウェルに加えたりできる。本発明の態様に使用できる市販の自動液体ハンドリング装置の例は、Tecan Group,Ltd.(スイス)が販売しているGenesis(登録商標)及びFreedom EVO製品、並びにBeckman Coulter,Inc.(フラートン、CA)が販売しているBiomek(登録商標)FX及びBiomek(登録商標)2000製品である。図4Cに示される態様では、ウェルを含んだマイクロ流体デバイスとインターフェースする機器が、入口管414及び出口管415を通る流体の流れを制御する。よって、図4Cに示される態様では、入口414を介して洗浄緩衝液をウェル400に取り込み、それから出口415から洗浄緩衝液を回収することにより、ウェル400を介して適当な洗浄緩衝液を循環させることができる。対象成分に結合した磁気ビーズ412は磁気によってウェル400の底に保持されたまま残るので、ウェル400を介する洗浄緩衝液の循環中にビーズ412がウェル400からうっかり掃き出されないことに留意されたい。
洗浄緩衝液によって未処理の試料のうち不要な成分をウェル400から除去した後、磁気ビーズ412上に保持された対象成分を溶離することができる。対象成分を磁気ビーズ412から解放する溶離緩衝液を取り込む2つの方法を図4Dと図4Eに示す。図4Dでは、溶離緩衝液をマイクロ流体デバイスの外部からウェルに取り込む。洗浄緩衝液の場合と同様に、標準的な液体ハンドリング装置を用いて溶離緩衝液をウェル400に取り込むことができ、又は図4Dに具体的に示されているように、入口管414を介して溶離緩衝液をウェル400に取り込み、その際に入口管414の流れは、ウェルを含んだマイクロ流体デバイスとインターフェースする機器により制御できる。
別法として、図4Eに示されるように、チャネル411を介して溶離緩衝液をウェル400に取り込むこともできる。図4Eの態様では、マイクロ流体デバイス上の別のウェル(図示せず)に溶離緩衝液を貯蔵しておき、マイクロ流体デバイスとインターフェースする機器がそのウェルからチャネル411を通ってウェル400に入るような流れを指示する。図4Eに示される概念上の態様では、ビーズが磁気によってウェル410の底に保持されているときに溶離緩衝液がビーズ412に浸透することが特に求められる。
ビーズに結合した成分の最大量を溶離緩衝液が解放するのを助けるために、溶離工程中にビーズを撹拌してもよい。図4Fに示されるように、磁石413により発生された磁場を操作することによりウェル内でビーズを動かすことによって、ビーズを撹拌できる。例えば、図4Fには、磁性粒子412をウェル412の一方の側に移動させるために、場を発生している磁石413の位置を変えているのが概略的に示されている。
標準的なDynabeadプロトコルでは、溶離を行なうのに必要な時間は5分のオーダーである。いったん溶離が完了したなら、対象成分は懸濁又は溶解状態にて溶離緩衝液中に存在している。図4Gに示されるように、マイクロ流体デバイスとインターフェースする機器内のフロー制御システムによって、対象成分を含んだ溶離緩衝液をチャネル411に送ることができる。磁場は依然として磁気ビーズ412に印加されているので、ビーズはウェル400内に保持されることに留意されたい。いったん対象成分を含んだ流体がチャネル411に送られると、フロー制御システムが該流体をマイクロ流体デバイスの別の領域に送ることができ、その領域においてPCR増幅及び/又は検出などの更なる処理工程にかけることができる。
別の態様では、図4Eに示されるように圧力下で溶離緩衝液をウェル400に流入させる一方、ビーズから溶離した本質的に負に帯電したDNA分子を溶離緩衝液の流れに逆らってチャネル411中に輸送するためにチャネル411長にわたって電場を印加する溶離工程を、図4F及び4Gに示される溶離工程の代わりに行なうことができる。この代わりの溶離プロセスは、例えば米国公開特許出願第2003/0230486号に記載された選択的イオン抽出技術に基づいている。
1個以上のマイクロ流体チャネルを介して洗浄緩衝液と溶離緩衝液をウェルに取り込む別の態様が図5A〜5Gに示される。図5A〜5Gの態様では、洗浄緩衝液を含んだウェルと溶離緩衝液を含んだウェルの両方に1つのチャネル511が連結されている。図5Aに示された初期状態は、図4Aに示された状態と同じである。すなわち、未処理の試料と磁気ビーズを含んだ懸濁液とがウェル500に取り込まれる一方、フロー制御システムがチャネル511を通る流量をゼロに維持する。この態様例でも、未処理の生体試料は血液であり、対象成分(DNA)を未処理の試料から抽出するのに用いられる試薬及びビーズは、市販のDynabeads DNA DIRECT(商標)Universal製品キットの構成要素である。よって、この態様では磁気ビーズ512は溶解剤を含んだ緩衝液中に懸濁している。
適当な培養期間の後、図5Bに示されるのと同じ方法で磁気ビーズ512をウェル500の底に保持する。図5Bに示される工程は、上述した態様において図4Bで示した工程と本質的に同じである。しかしながら、図5Cに示される工程は、図4Cに示される工程とは異なる。図5Cでは、洗浄緩衝液をチャネル511からウェル500に取り込む。これは、マイクロ流体デバイスとインターフェースする機器(図示せず)内のフロー制御システムが、洗浄緩衝液を含んだウェル(図示せず)からチャネル511を介してウェル500に流れを方向付けることによって行われる。対照的に、図4Cに示される上記の態様では、洗浄緩衝液をマイクロ流体デバイスの外部の供給源からウェル500に取り込んだ。洗浄液がウェル500の底に取り込まれる図5Cに示される態様では、未処理の試料の上澄み部分と洗浄緩衝液とは混ざりにくいので、入ってくる洗浄緩衝液によって上澄み試料がウェルの底から移動する。図5Cに示されるように、ウェル400の底にあるビーズ512が洗浄緩衝液中に完全に浸されるように、十分な量の洗浄緩衝液をウェル500に取り込むことができる。この時点で、洗浄緩衝液内でビーズを撹拌するためにビーズに印加される場を操作すべく磁石513の位置を変えるのが望ましい。図5Dに示されるこの撹拌工程は、未処理の試料の不要な部分をビーズ512の近傍から除去する際の洗浄緩衝液の効力を強めることができる。
図4A〜4Gに示された態様の場合と同様に、図5A-5Gに示された態様でも、洗浄工程の後に、溶離緩衝液の取り込みが行われる。図5Eに示されるように、この態様では溶離緩衝液をチャネル511から取り込む。これは、マイクロ流体デバイスとインターフェースする機器(図示せず)内のフロー制御システムが、溶離緩衝液を含んだウェル(図示せず)からチャネル511を通ってウェル500に入るよう流れを方向付けることによって実現する。またしても、溶離緩衝液と洗浄緩衝液とは混ざりにくいので、入ってくる溶離緩衝液が洗浄緩衝液をウェル500の底から移動させる。図5Eは、洗浄緩衝液をビーズ512の近傍から移動させるのに十分な量の溶離緩衝液をウェル500の取り込んだ後でのウェル500内の状態を示す。図5Fに示されるように、溶離緩衝液に対するビーズ表面の露出を増すためにビーズを撹拌することもできる。溶離工程の完了後、図5Gに示されるように対象成分を含んだ溶離緩衝液をウェル500からチャネル511を介して回収できる。
驚くにはあたらないが、本発明の方法を実行する際に本主題の他の変形を用いることができる。本発明の第3の態様を図6A〜6D及び図7に概略的に示す。この態様では、ウェル600はカバー層620における開口(カバー層620の上面における穴625に隣接)と、該開口に包囲されたマイクロ流体デバイス本体610中の2つのポート615とから成る。図6A〜6Dに示されたマイクロ流体デバイスの平面図を図7に示す。図7では、カバー層にある開口穴625が、デバイスの下層本体にある2つのポート615、616を包囲する。図6A〜6Dに示される態様の工程と、図5A-5Gに示される態様の工程とは、図6A〜6Dにおけるウェル600がただ1つのチャネル、例えば511の代わりに2つのチャネル611、617に連通していることが主な相違点であることを除けば、全く同じである。図6A〜6Dの態様では第2のチャネルが存在するので、不要な材料(例えば上澄み試料及び使用済みの洗浄緩衝液)をウェル600から除去することができる。
図6Aには、未処理の試料中の細胞を溶解して対象成分を細胞から解放し、解放された対象成分が磁気ビーズの表面上のリガンドに結合できるように、磁気ビーズ612を未処理の試料溶液と共に培養した後、ポート615の1つの中に磁気ビーズ612を集めるべく磁石613で磁場を印加する様子が示されている。上述したように、市販の磁気ビーズキットを用いた場合には、そのキットに指定された溶解及び結合の標準的な条件を用いることができる。
図6Bに示されるように、ポート615により構成されるウェル600の部分にビーズを保持した後、洗浄緩衝液をチャネル611からウェルに取り込み、ウェル600からチャネル617を介して回収することができる。使用済みの洗浄緩衝液をウェル600から回収することは、不要な材料をビーズ612の近傍から除去することに役立つ。
図6Bの洗浄工程が完了した後、図6Cに示されるように溶離溶液をチャネル611から取り込むことができる。図7に示されるように、チャネル611は洗浄緩衝液を含んだウェル750と溶離緩衝液を含んだウェル760とに連通している。ウェル750又はウェル760のどちらかからチャネル611を介してウェル600に選択的に流れを方向付けるために、マイクロ流体デバイスにおいて流れを制御する公知の方法を使用できる。図7に示された態様では、ウェル600からチャネル617を介して回収される流体は、フロー制御システムによってポート771と開口772とから成る廃棄ウェルに送ることができる。
溶離のために必要な培養期間の後、図6Dに示されるように対象成分を含んだ溶離緩衝液をウェル600からチャネル611を介して回収できる。図7に概略的に示されているように、チャネル611からの流れをチャネル780に方向付けることができ、そこで対象成分を更なる処理にかけることができる。例えば、ウェル785及び786は、対象成分がチャネル780を通って廃棄ウェル790に進む際に対象成分と反応する試薬を含むことができる。
対象成分がDNAなどの遺伝物質である場合、試料精製の後に行われる更なる処理として、しばしばDNAのPCR増幅が含まれる。よって、例えば米国公開特許出願第2002/0197630号に記載のPCRプロセスを、本発明の方法を用いて精製される試料に対して実行できる。
本発明による方法では、未処理の生体試料から対象成分を取り出す、すなわち精製する方法全体が、マイクロ流体デバイスのウェル中で行われる。これらの方法では、試料をマイクロ流体デバイスの内部のチャネル又はチャンバーに取り込む必要がないので、未処理の試料をそれらのチャネル又はチャンバーに流すことに関連した問題が完全に解消される。それにもかかわらず、ウェルはデバイスにおけるマイクロ流体チャネル網に接続されているので、マイクロ流体技術により提供される集積化及び自動化をなお利用できる。
本発明の思想又は本質的な特徴から逸脱することなく他の特定の形式にて本発明を具体化することができる。したがって、ここに記載の態様はあらゆる点で限定するものではなく例示と考えるべきであり、本発明の範囲は上記の記載よりもむしろ添付の特許請求の範囲により示され、よって、特許請求の範囲と等価な意味及び範囲内にあるすべての変形は本発明の範囲にある。
本発明の方法を実行するのに使用できる典型的なマイクロ流体デバイスの概略図である。 図2A〜2Eは本発明によるマイクロ流体デバイスの構成要素として使用できるカバー層を示す。 図2Aの線A-Aでの断面図である。 図4A〜4Gは本発明の一態様のステップを示す。 図5A〜5Gは本発明の第2の態様のステップを示す。 図6A〜6Dは本発明の第3の態様のステップを示す。 本発明のマイクロ流体デバイスの平面図である
符号の説明
100 マイクロ流体デバイス
102 平面基板
104 表面
106 ポート
110 平面基板
112 表面
114 溝

Claims (17)

  1. 生体試料内に存在する生体成分を生体試料から抽出することにより生体成分を精製する方法であって、前記生体試料を収容するための少なくとも1つのウェルと本方法の実行時に流体の取り込みと取り出しを行なうための少なくとも1つのチャネルとを有するマイクロ流体デバイス内で前記方法が実行され、
    前記生体成分に対して親和性の要素を有する複数の磁気ビーズを提供し、前記磁気ビーズを前記生体試料と共に前記ウェルに取り込み、前記磁気ビーズに近接した前記生体成分を解放するよう前記生体試料を操作し、前記ウェル内で前記磁気ビーズを磁気により分離し、前記生体試料を前記ウェルから取り出し、前記生体成分に対する溶離溶液を前記ウェルに取り込み、前記溶離溶液を前記生体成分と共に前記ウェルから取り出すことを含む方法。
  2. 前記溶離溶液を取り込む前に、前記生体成分で覆われた前記磁気ビーズから前記生体試料を洗い落とす請求項1に記載の方法。
  3. 前記要素と前記生体成分がDNAを含む請求項1に記載の方法。
  4. 前記ウェルの外部に磁石を適用することで前記磁気ビーズを前記ウェルの側壁に分離する請求項1に記載の方法。
  5. 前記生体成分を解放すべく前記生体試料を操作した後、前記ウェルを介して洗浄液の取り込み及び取り出しを行なうことにより前記生体試料を前記ウェルから取り出す請求項1に記載の方法。
  6. 前記洗浄液が前記磁気ビーズに接触しているとき前記磁気ビーズを撹拌する請求項5に記載の方法。
  7. 前記溶離溶液が前記磁気ビーズに接触しているとき前記磁気ビーズを撹拌する請求項1に記載の方法。
  8. 前記方法の実行中に前記溶離溶液が前記ウェルに送られるとき、前記溶離溶液を取り込むのに使用される前記少なくとも1つのチャネル付近に前記磁気ビーズを集めるべく前記磁気ビーズを磁気によって操作する請求項1に記載の方法。
  9. 前記溶離溶液が前記ウェルから前記少なくとも1つのチャネルを介して取り出されるとき、前記磁気ビーズを磁気によって操作して前記少なくとも1つのチャネルに近接した領域から除去する請求項8に記載の方法。
  10. 前記溶離溶液が前記磁気ビーズに接触しているとき、前記磁気ビーズに電場を印加する請求項1に記載の方法。
  11. 生体試料中に存在する生体成分を生体試料から抽出することにより生体成分を精製する方法であって、前記生体試料を収容するためのウェルと前記ウェルへの流体の取り込み及び前記ウェルからの流体の回収を行なうためのチャネルとを有するマイクロ流体デバイス内で前記方法が実行され、
    前記生体成分に対して親和性の要素を有する複数の磁気ビーズを提供し、前記磁気ビーズを前記生体試料と共に前記ウェルに取り込み、前記磁気ビーズに近接した前記生体成分を解放するように前記生体試料を操作し、前記チャネル付近の前記磁気ビーズを磁気により分離し、前記磁気ビーズから前記生体試料を洗い落とすために前記チャネルを介して洗浄液を前記ウェルに取り込んで前記磁気ビーズと前記生体試料との間に一定量の洗浄液を保持し、前記生体成分に対する溶離溶液を前記チャネルから取り込み、前記溶離溶液は前記生体試料から一定の間隔をおいて前記洗浄液に近接して存在し、前記溶離溶液と生体成分を前記ウェルから前記チャネルを介して取り出すことを含む方法。
  12. 前記要素と前記生体成分がDNAを含む請求項11に記載の方法。
  13. 前記ウェルの外部に磁力が適用されることで前記磁気ビーズを前記ウェルの側壁に分離する請求項11に記載の方法。
  14. 前記溶離溶液が前記磁気ビーズに接触しているとき前記磁気ビーズを撹拌する請求項11に記載の方法。
  15. 前記溶離溶液が前記ウェルから前記チャネルを介して取り出されるとき、前記チャネルに近接した領域から前記磁気ビーズが除去されるように前記磁気ビーズを磁気により操作する請求項11に記載の方法。
  16. 生体試料中に存在する生体成分を生体試料から抽出することにより生体成分を精製する方法であって、前記生体試料を収容するためのウェルと前記ウェルへの流体の取り込み及び前記ウェルからの流体の回収を行なうための第1及び第2のチャネルとを備えたマイクロ流体デバイス内で前記方法が実行され、
    前記生体成分に対して親和性の要素を有する複数の磁気ビーズを提供し、前記磁気ビーズを前記生体試料と共に前記ウェルに取り込み、前記磁気ビーズに近接した前記生体成分を解放するように前記生体試料を操作し、前記第1のチャネル付近の前記磁気ビーズを磁気により分離し、洗浄液を前記第1のチャネルから取り込み前記洗浄液と生体試料とを前記ウェルから前記第2のチャネルを介して引き出し、前記生体試料に対する溶離溶液を前記磁気ビーズに近接した前記第1のチャネルから取り込み、そして前記溶離溶液を前記生体成分と共に前記ウェルから前記第1のチャネルを介して取り出すことを含む方法。
  17. 前記要素と前記生体成分がDNAを含む請求項16に記載の方法。
JP2008533788A 2005-09-30 2006-10-02 磁気ビーズを用いて生体成分を精製するためのマイクロ流体デバイス Pending JP2009509549A (ja)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US72237205P 2005-09-30 2005-09-30
PCT/US2006/038745 WO2007041619A2 (en) 2005-09-30 2006-10-02 Microfluidic device for purifying a biological component using magnetic beads

Publications (1)

Publication Number Publication Date
JP2009509549A true JP2009509549A (ja) 2009-03-12

Family

ID=37898734

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2008533788A Pending JP2009509549A (ja) 2005-09-30 2006-10-02 磁気ビーズを用いて生体成分を精製するためのマイクロ流体デバイス

Country Status (7)

Country Link
US (1) US20070184463A1 (ja)
EP (1) EP1929269A2 (ja)
JP (1) JP2009509549A (ja)
CN (1) CN101273258A (ja)
AU (1) AU2006299414A1 (ja)
CA (1) CA2621632A1 (ja)
WO (1) WO2007041619A2 (ja)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2015516583A (ja) * 2012-05-15 2015-06-11 ウェルスタット ダイアグノスティクス,エルエルシー 器具およびカートリッジを含む臨床診断システム

Families Citing this family (102)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6048734A (en) 1995-09-15 2000-04-11 The Regents Of The University Of Michigan Thermal microvalves in a fluid flow method
US6432290B1 (en) 1999-11-26 2002-08-13 The Governors Of The University Of Alberta Apparatus and method for trapping bead based reagents within microfluidic analysis systems
CA2290731A1 (en) 1999-11-26 2001-05-26 D. Jed Harrison Apparatus and method for trapping bead based reagents within microfluidic analysis system
US6692700B2 (en) 2001-02-14 2004-02-17 Handylab, Inc. Heat-reduction methods and systems related to microfluidic devices
US7829025B2 (en) 2001-03-28 2010-11-09 Venture Lending & Leasing Iv, Inc. Systems and methods for thermal actuation of microfluidic devices
US7323140B2 (en) 2001-03-28 2008-01-29 Handylab, Inc. Moving microdroplets in a microfluidic device
JP2006512092A (ja) * 2002-12-30 2006-04-13 ザ・リージェンツ・オブ・ジ・ユニバーシティ・オブ・カリフォルニア 病原体の検出および分析のための方法および装置
JP4996248B2 (ja) 2003-07-31 2012-08-08 ハンディーラブ インコーポレイテッド 粒子含有サンプルの処理
US8852862B2 (en) 2004-05-03 2014-10-07 Handylab, Inc. Method for processing polynucleotide-containing samples
US7799553B2 (en) 2004-06-01 2010-09-21 The Regents Of The University Of California Microfabricated integrated DNA analysis system
JP2008513022A (ja) 2004-09-15 2008-05-01 マイクロチップ バイオテクノロジーズ, インコーポレイテッド マイクロ流体デバイス
WO2008030631A2 (en) 2006-02-03 2008-03-13 Microchip Biotechnologies, Inc. Microfluidic devices
US7766033B2 (en) 2006-03-22 2010-08-03 The Regents Of The University Of California Multiplexed latching valves for microfluidic devices and processors
US8883490B2 (en) 2006-03-24 2014-11-11 Handylab, Inc. Fluorescence detector for microfluidic diagnostic system
US11806718B2 (en) 2006-03-24 2023-11-07 Handylab, Inc. Fluorescence detector for microfluidic diagnostic system
US10900066B2 (en) 2006-03-24 2021-01-26 Handylab, Inc. Microfluidic system for amplifying and detecting polynucleotides in parallel
DK2001990T3 (en) 2006-03-24 2016-10-03 Handylab Inc Integrated microfluidic sample processing system and method for its use
US7998708B2 (en) 2006-03-24 2011-08-16 Handylab, Inc. Microfluidic system for amplifying and detecting polynucleotides in parallel
WO2008052138A2 (en) 2006-10-25 2008-05-02 The Regents Of The University Of California Inline-injection microdevice and microfabricated integrated dna analysis system using same
US8709787B2 (en) 2006-11-14 2014-04-29 Handylab, Inc. Microfluidic cartridge and method of using same
KR20100028526A (ko) 2007-02-05 2010-03-12 마이크로칩 바이오테크놀로지스, 인크. 마이크로유체 및 나노유체 장치, 시스템 및 응용
US9618139B2 (en) 2007-07-13 2017-04-11 Handylab, Inc. Integrated heater and magnetic separator
USD621060S1 (en) 2008-07-14 2010-08-03 Handylab, Inc. Microfluidic cartridge
US8182763B2 (en) 2007-07-13 2012-05-22 Handylab, Inc. Rack for sample tubes and reagent holders
US9186677B2 (en) 2007-07-13 2015-11-17 Handylab, Inc. Integrated apparatus for performing nucleic acid extraction and diagnostic testing on multiple biological samples
US8324372B2 (en) 2007-07-13 2012-12-04 Handylab, Inc. Polynucleotide capture materials, and methods of using same
US8287820B2 (en) 2007-07-13 2012-10-16 Handylab, Inc. Automated pipetting apparatus having a combined liquid pump and pipette head system
US8133671B2 (en) 2007-07-13 2012-03-13 Handylab, Inc. Integrated apparatus for performing nucleic acid extraction and diagnostic testing on multiple biological samples
US20090136385A1 (en) 2007-07-13 2009-05-28 Handylab, Inc. Reagent Tube
US8105783B2 (en) 2007-07-13 2012-01-31 Handylab, Inc. Microfluidic cartridge
US8016260B2 (en) 2007-07-19 2011-09-13 Formulatrix, Inc. Metering assembly and method of dispensing fluid
WO2009015296A1 (en) 2007-07-24 2009-01-29 The Regents Of The University Of California Microfabricated dropley generator
US20090253181A1 (en) 2008-01-22 2009-10-08 Microchip Biotechnologies, Inc. Universal sample preparation system and use in an integrated analysis system
AU2009222181B2 (en) 2008-02-29 2014-12-04 Northwestern University Barriers for facilitating biological reactions
US7867713B2 (en) * 2008-04-21 2011-01-11 Lawrence Livermore National Security, Llc Polymerase chain reaction system using magnetic beads for analyzing a sample that includes nucleic acid
USD618820S1 (en) 2008-07-11 2010-06-29 Handylab, Inc. Reagent holder
USD787087S1 (en) 2008-07-14 2017-05-16 Handylab, Inc. Housing
WO2010077322A1 (en) 2008-12-31 2010-07-08 Microchip Biotechnologies, Inc. Instrument with microfluidic chip
US8100293B2 (en) 2009-01-23 2012-01-24 Formulatrix, Inc. Microfluidic dispensing assembly
EP2599548B1 (de) * 2009-05-13 2018-07-04 ibidi GmbH Probenträger zum Positionieren einer organischen, biologischen und/oder medizinischen Probe
WO2010141326A1 (en) 2009-06-02 2010-12-09 Integenx Inc. Fluidic devices with diaphragm valves
EP3586945A3 (en) 2009-06-05 2020-03-04 IntegenX Inc. Universal sample preparation system and use in an integrated analysis system
DE102009035941B8 (de) * 2009-08-03 2017-04-27 Fraunhofer-Gesellschaft zur Förderung der angewandten Forschung e.V. Diagnostiksystem
US8584703B2 (en) * 2009-12-01 2013-11-19 Integenx Inc. Device with diaphragm valve
JP5872765B2 (ja) * 2009-12-10 2016-03-01 エフ.ホフマン−ラ ロシュ アーゲーF. Hoffmann−La Roche Aktiengesellschaft 空間的分離による増幅システム
AU2011207626B2 (en) 2010-01-19 2015-06-18 President And Fellows Of Harvard College Engineered opsonin for pathogen detection and treatment
US8512538B2 (en) 2010-05-28 2013-08-20 Integenx Inc. Capillary electrophoresis device
JP2012032203A (ja) * 2010-07-29 2012-02-16 Sumitomo Bakelite Co Ltd 抗体の糖鎖を調製する方法
US9121058B2 (en) 2010-08-20 2015-09-01 Integenx Inc. Linear valve arrays
US8763642B2 (en) 2010-08-20 2014-07-01 Integenx Inc. Microfluidic devices with mechanically-sealed diaphragm valves
US9399217B2 (en) 2010-10-04 2016-07-26 Genapsys, Inc. Chamber free nanoreactor system
US9184099B2 (en) 2010-10-04 2015-11-10 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Biosensor devices, systems and methods therefor
US9187783B2 (en) * 2010-10-04 2015-11-17 Genapsys, Inc. Systems and methods for automated reusable parallel biological reactions
CN102466732A (zh) * 2010-11-18 2012-05-23 南京神州英诺华医疗科技有限公司 一种适用于全自动分析仪的微磁颗粒准确采取的方法
JP5507432B2 (ja) * 2010-12-14 2014-05-28 シスメックス株式会社 分析装置および分析方法
US20120220045A1 (en) * 2011-02-25 2012-08-30 Colin Bozarth Double Trench Well for Assay Procedures
BR112013026451B1 (pt) 2011-04-15 2021-02-09 Becton, Dickinson And Company sistema e método para realizar ensaios de diagnóstico molecular em várias amostras em paralelo e simultaneamente amplificação em tempo real em pluralidade de câmaras de reação de amplificação
US8585973B2 (en) 2011-05-27 2013-11-19 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Nano-sensor array
US9926596B2 (en) 2011-05-27 2018-03-27 Genapsys, Inc. Systems and methods for genetic and biological analysis
EP2734843A2 (en) 2011-07-18 2014-05-28 President and Fellows of Harvard College Engineered microbe-targeting molecules and uses thereof
WO2013049706A1 (en) 2011-09-30 2013-04-04 Becton, Dickinson And Company Unitized reagent strip
USD692162S1 (en) 2011-09-30 2013-10-22 Becton, Dickinson And Company Single piece reagent holder
US20150136604A1 (en) 2011-10-21 2015-05-21 Integenx Inc. Sample preparation, processing and analysis systems
US10865440B2 (en) 2011-10-21 2020-12-15 IntegenX, Inc. Sample preparation, processing and analysis systems
WO2013067202A1 (en) 2011-11-04 2013-05-10 Handylab, Inc. Polynucleotide sample preparation device
CN104105797B (zh) 2011-12-01 2016-08-31 吉纳普赛斯股份有限公司 用于高效电子测序与检测的系统和方法
WO2013090889A1 (en) * 2011-12-16 2013-06-20 Advanced Liquid Logic Inc Sample preparation on a droplet actuator
TW201326814A (zh) * 2011-12-21 2013-07-01 Nat Univ Tsing Hua 篩選細胞適合體之微流體晶片裝置及其方法
WO2013112755A1 (en) 2012-01-24 2013-08-01 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Field optimized assay devices, methods, and systems
CN104204812B (zh) 2012-02-03 2018-01-05 贝克顿·迪金森公司 用于分子诊断测试分配和测试之间兼容性确定的外部文件
CN114134029A (zh) 2012-02-13 2022-03-04 纽莫德克斯莫勒库拉尔公司 用于处理和检测核酸的微流体盒
US9637775B2 (en) 2012-02-13 2017-05-02 Neumodx Molecular, Inc. System and method for processing biological samples
US9604213B2 (en) 2012-02-13 2017-03-28 Neumodx Molecular, Inc. System and method for processing and detecting nucleic acids
US11648561B2 (en) 2012-02-13 2023-05-16 Neumodx Molecular, Inc. System and method for processing and detecting nucleic acids
US11485968B2 (en) 2012-02-13 2022-11-01 Neumodx Molecular, Inc. Microfluidic cartridge for processing and detecting nucleic acids
EP2846910B1 (en) 2012-05-08 2016-12-21 Quidel Corporation Device and method for isolating an analyte from a sample
CN102690786B (zh) * 2012-06-05 2014-02-12 武汉格蓝丽富科技有限公司 一种细胞富集、分离、提取的方法和仪器及单细胞分析方法
WO2014031786A1 (en) 2012-08-23 2014-02-27 Northwestern University Device with controlled fluid dynamics, for isolation of an analyte from a sample
US20140120544A1 (en) 2012-10-25 2014-05-01 Neumodx Molecular, Inc. Method and materials for isolation of nucleic acid materials
JP2014093988A (ja) * 2012-11-12 2014-05-22 Seiko Epson Corp 固相担体の操作方法及び固相担体の操作装置
WO2014144325A1 (en) 2013-03-15 2014-09-18 President And Fellows Of Harvard College Methods and compositions for improving detection and/or capture of a target entity
CN105051214B (zh) 2013-03-15 2018-12-28 吉纳普赛斯股份有限公司 用于生物分析的系统和方法
CA2913155A1 (en) 2013-05-21 2014-11-27 President And Fellows Of Harvard College Engineered heme-binding compositions and uses thereof
CN114471756B (zh) 2013-11-18 2024-04-16 尹特根埃克斯有限公司 用于样本分析的卡盒和仪器
WO2015089238A1 (en) 2013-12-11 2015-06-18 Genapsys, Inc. Systems and methods for biological analysis and computation
EP3546474B1 (en) 2013-12-18 2021-07-07 President and Fellows of Harvard College Crp capture/detection of gram positive bacteria
EP3556864B1 (en) 2014-04-18 2020-12-09 Genapsys, Inc. Methods and systems for nucleic acid amplification
WO2015179098A1 (en) 2014-05-21 2015-11-26 Integenx Inc. Fluidic cartridge with valve mechanism
US10059922B2 (en) 2014-07-31 2018-08-28 Becton, Dickinson And Company Methods and systems for separating components of a biological sample with gravity sedimentation
WO2016025698A1 (en) 2014-08-13 2016-02-18 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Diagnostic devices, systems, and methods
CN113092563A (zh) 2014-10-22 2021-07-09 尹特根埃克斯有限公司 用于样品制备、处理和分析的系统和方法
US10357780B2 (en) 2014-10-27 2019-07-23 President And Fellows Of Harvard College Magnetic capture of a target from a fluid
BR112017004584A2 (pt) * 2014-12-02 2018-01-23 Koninklijke Philips Nv sistema microfluídico para processar fluidos contendo partículas magnéticas, método para alcançar dispersão de um conjunto de partículas magnéticas em uma câmara de um sistema microfluídico, e método para acumular um conjunto de partículas magnéticas em uma câmara do sistema microfluídico
US10435457B2 (en) 2015-08-06 2019-10-08 President And Fellows Of Harvard College Microbe-binding molecules and uses thereof
US11033902B2 (en) * 2015-11-30 2021-06-15 Rqmicro Ag Microfluidic device, assemblies, and method for extracting particles from a sample
EP3488017A4 (en) 2016-07-20 2020-02-26 Genapsys Inc. SYSTEMS AND METHODS FOR NUCLEIC ACID SEQUENCING
US11192102B2 (en) * 2017-02-28 2021-12-07 Lmsera Inc. Microfluidic device
US11433402B2 (en) 2017-07-19 2022-09-06 Amgen Inc. Magnetic assisted separation apparatuses and related methods
CN111566224A (zh) 2017-09-21 2020-08-21 吉纳普赛斯股份有限公司 用于核酸测序的系统和方法
CN109926111B (zh) * 2019-03-28 2021-06-15 武夷学院 一种压电基片上微流体输运的装置及方法
US20220276270A1 (en) * 2019-05-08 2022-09-01 Hitachi High-Tech Corporation Pretreatment method of an automatic analyzer
KR20230141751A (ko) * 2020-10-19 2023-10-10 포뮬라트릭스, 아이엔씨 Pcr 분석에 응답하기 위한 샘플을 위한 유체의 채널 기하학 구조들을 갖는 장치들, 및 이를 사용하는 방법들

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2002502597A (ja) * 1998-02-05 2002-01-29 アクレイラ バイオサイエンシズ,インコーポレイティド 統合ミクロ流体装置

Family Cites Families (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6207031B1 (en) * 1997-09-15 2001-03-27 Whitehead Institute For Biomedical Research Methods and apparatus for processing a sample of biomolecular analyte using a microfabricated device
ATE469699T1 (de) * 1999-02-23 2010-06-15 Caliper Life Sciences Inc Manipulation von mikroteilchen in mikrofluiden systemen
US20030077598A1 (en) * 2001-01-04 2003-04-24 Phan Brigitte Chau Dual bead assays including covalent linkages for improved specificity and related optical analysis discs
US7338760B2 (en) * 2001-10-26 2008-03-04 Ntu Ventures Private Limited Sample preparation integrated chip
US20050221281A1 (en) * 2003-01-08 2005-10-06 Ho Winston Z Self-contained microfluidic biochip and apparatus

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2002502597A (ja) * 1998-02-05 2002-01-29 アクレイラ バイオサイエンシズ,インコーポレイティド 統合ミクロ流体装置

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2015516583A (ja) * 2012-05-15 2015-06-11 ウェルスタット ダイアグノスティクス,エルエルシー 器具およびカートリッジを含む臨床診断システム

Also Published As

Publication number Publication date
AU2006299414A1 (en) 2007-04-12
EP1929269A2 (en) 2008-06-11
WO2007041619A2 (en) 2007-04-12
CN101273258A (zh) 2008-09-24
CA2621632A1 (en) 2007-04-12
US20070184463A1 (en) 2007-08-09
WO2007041619A3 (en) 2007-09-13

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP2009509549A (ja) 磁気ビーズを用いて生体成分を精製するためのマイクロ流体デバイス
EP3350569B1 (en) Flow cells utilizing surface-attached structures, and related systems and methods
CN101990516B (zh) 多用试样准备系统及其在集成分析系统中的使用
CA2703950C (en) Apparatus, system, and method for purifying nucleic acids
Reinholt et al. Microfluidic isolation of nucleic acids
US20110127222A1 (en) Trapping magnetic cell sorting system
Shi et al. Parallel RNA extraction using magnetic beads and a droplet array
EP2261650A2 (en) Microfluidic devices
AU2003303594A1 (en) Methods and apparatus for pathogen detection and analysis
IL177122A (en) Diagnostic system for carrying out a nucleic acid sequence amplification and detection process
US20140179909A1 (en) Microfluidic device for nucleic acid extraction and fractionation
KR20120051709A (ko) 미세유체 장치 및 이의 용도
WO2008030631A2 (en) Microfluidic devices
WO2007064635A1 (en) Microfluidic mixing and analytical apparatus and method for affinity capture of a ligand
US20210316303A1 (en) Flow cells utilizing surface-attached structures, and related systems and methods
US20210220827A1 (en) Systems and methods for nucleic acid purification using flow cells with actuated surface-attached structures
CN104755169A (zh) 操纵固体载体的方法及操纵固体载体的设备
CA2680558A1 (en) Clinical sample preparation on a microfluidic platform
CN115003415A (zh) 用于下一代测序库制备的微流控珠粒捕获装置和方法
Guo et al. Application of Compact Disc-Type Microfluidic Platform to Biochemical and Biomedical Analysis Review

Legal Events

Date Code Title Description
A621 Written request for application examination

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621

Effective date: 20090520

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20111115

A02 Decision of refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02

Effective date: 20120410