JP2008245638A - ホスホリパーゼd欠失性イネ系統 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】ホスホリパーゼD欠失性である、イネ系統(受託番号FERM P−21231)、その後代またはその交雑株が作出される。そのイネ系統が有するホスホリパーゼD欠失性遺伝子が同定され、特定配列に示される塩基配列における2779番目の塩基のグアニンからアデニンへの変異、あるいはそれに相当する位置の塩基のナンセンス変異を検出することを含む方法により、ホスホリパーゼD欠失性遺伝子の有無が判定される。
【選択図】なし
Description
従って、脂質の酸化分解が抑制されたイネを作出することが望まれている。
(1)PLD欠失性である、イネ系統(受託番号FERM P−21231)、その後代またはその交雑株。
(2)イネの種子を突然変異原で処理し、その種子を栽培して植物体にし、PLD欠失について植物体をスクリーニングすることを含む、PLD欠失性イネ系統の作出方法。
(3)(1)に記載のイネ系統とイネ野生型株を交配し、その種子を栽培して植物体にし、PLD欠失について植物体をスクリーニングすることを含む、PLD欠失性イネ系統の作出方法。
(5)ホスホリパーゼD欠失が、ホスホリパーゼD遺伝子のナンセンス変異によるものである、(2)〜(4)のいずれかに記載の方法。
(6)(1)に記載のPLD欠失性である、イネ系統、その後代またはその交雑株の種子。
(8)(6)に記載の種子由来の米飯。
(9)調理米飯である、(8)に記載の米飯。
(10)(6)に記載の種子由来の米油。
(11)(6)に記載の種子から米ヌカを得、その米ヌカを搾ることを含む、米油の歩留まりを向上させる方法。
(a)配列番号4に示される塩基配列において2779番目の塩基のグアニンがアデニンに置換された塩基配列からなるDNAを含むホスホリパーゼD欠失性遺伝子
(b)配列番号4に示される塩基配列において2779番目の塩基のグアニンがアデニンに置換され、かつ該塩基配列において1もしくは数個の塩基が欠失、置換もしくは付加された塩基配列からなるDNAを含むホスホリパーゼD欠失性遺伝子
(c)配列番号4に示される塩基配列において2779番目の塩基のグアニンがアデニンに置換され、かつ該塩基配列に対して95%以上の同一性を有する塩基配列からなるDNAを含むホスホリパーゼD欠失性遺伝子
(d)配列番号4に示される塩基配列において2779番目の塩基のグアニンがアデニンに置換され、かつ該塩基配列と相補的な塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNAを含むホスホリパーゼD欠失性遺伝子
(e)配列番号22に示される塩基配列からなるDNAを含むホスホリパーゼD欠失性遺伝子
(14)(12)に記載の遺伝子を植物細胞に導入して相同組換えを行い、植物を育成することを含む、ホスホリパーゼD欠失性形質転換植物の作出方法。
(15)(13)に記載の組換えベクターを用いてDNAが導入される、(14)に記載の方法。
(16)植物がイネ科植物である、(14)または(15)に記載の方法。
(17)配列番号4に示される塩基配列において、2779番目の塩基のグアニンからアデニンへの変異を検出することを含む、(12)に記載のホスホリパーゼD欠失性遺伝子の有無を判定する方法。
(18)核酸試料について、CAPS法、ドットブロットSNP法、SSCP法、dCAPS法のいずれかの方法によって上記変異を検出する、(17)に記載の方法。
なお、本明細書において、イネ野生型株とは、PLDを有する全てのイネ品種・系統等を含む。
本発明のイネ系統は、独立行政法人産業技術総合研究所特許生物寄託センター(茨城県つくば市東1−1−1中央第6)受託番号FERM P−21231のイネ系統、該イネ系統の自家受粉による後代、および該イネ系統を親としてイネ野生型株と交配または細胞融合して得られた交雑株であってかつPLD欠失性であるイネ系統をも含有する。なお、本明細書において、本発明のイネ系統を03−s108ということがある。
植物体のPLD欠失についてのスクリーニングは、上記方法と同様に行う。
本発明のイネ系統の種子から、例えば米粉、米飯、調理米飯、米油などを調製することができる。
本発明のイネ系統の種子から得られた米ヌカを米油の原料とすれば、米油の歩留まりを向上させることができる。
本発明のPLD欠失性遺伝子は、ホスホリパーゼD1(PLD1)遺伝子にナンセンス変異が導入された遺伝子である。なお、PLD1遺伝子は、International Rice Genome Sequencing Project (Nature436:793-800,2005)により公開されているイネゲノム情報から、座乗する染色体を明らかにすることができ、イネの第1染色体上の24.0cMの位置にある。さらに具体的には、マーカーRG472とRG246の間にある(図6参照)。
(a)配列番号4に示される塩基配列において2779番目の塩基のグアニンがアデニンに置換された塩基配列からなるDNAを含むホスホリパーゼD欠失性遺伝子
(b)配列番号4に示される塩基配列において2779番目の塩基のグアニンがアデニンに置換され、かつ該塩基配列において1もしくは数個の塩基が欠失、置換もしくは付加された塩基配列からなるDNAを含むホスホリパーゼD欠失性遺伝子
(c)配列番号4に示される塩基配列において2779番目の塩基のグアニンがアデニンに置換され、かつ該塩基配列に対して95%以上の同一性を有する塩基配列からなるDNAを含むホスホリパーゼD欠失性遺伝子
(d)配列番号4に示される塩基配列において2779番目の塩基のグアニンがアデニンに置換され、かつ該塩基配列と相補的な塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNAを含むホスホリパーゼD欠失性遺伝子
(e)配列番号22に示される塩基配列からなるDNAを含むホスホリパーゼD欠失性遺伝子
のいずれかである。
植物の形質転換に用いる組換えベクターは、上記(a)〜(e)のいずれかのPLD欠失性遺伝子を適当なベクターに導入することにより構築することができる。ベクターとしては、特に限定されないが、アグロバクテリウムを介して植物に目的遺伝子を導入することができるpBI系、pPZP系、pSMA系のベクター等が好適に用いられる。特にpBI系のバイナリーベクターまたは中間ベクター系が好適に用いられ、例えばpBI121、pBI101、pBI101.2、pBI101.3、pBIG2113等が挙げられる。また、他のベクターとして、植物に遺伝子を直接導入することができるpUC系のベクター、例えばpUC18、pUC19、pUC9等が挙げられる。さらに、カリフラワーモザイクウイルス(CaMV)、インゲンマメモザイクウイルス(BGMV)、タバコモザイクウイルス(TMV)等の植物ウイルスベクターが挙げられる。
本発明のPLD欠失性形質転換植物は、上記(a)〜(e)のいずれかの遺伝子または上記組換えベクターを対象植物に導入して相同組換えを行うことにより作出することができる。対象植物としては、PLD欠失性を付与したい植物であれば特に限定されないが、イネ科植物(イネ、トウモロコシ、小麦、大麦など)が好ましく、他に、マメ科植物(大豆、ピーナッツなど)、アブラナ科植物(ナタネなど)が挙げられる。
本発明の上記(a)〜(e)のいずれかのPLD欠失性遺伝子の有無を判定する方法は、イネ科植物において、配列番号4に示される塩基配列において、2779番目の塩基のグアニン(G)からアデニン(A)への変異、あるいはそれに相当する位置の塩基のナンセンス変異を検出することを含む。
変異原処理するイネの種子として、イネの変異系統ND0052の気乾種子を用いた。
PLD酵素活性の測定は、Uekiら(Plant Cell Physiol.36:903-914,1995)の方法に従って、PLDがホスホジルコリンを分解する機構を指標に評価した。
PLD欠失性はどのような遺伝的特性により支配されているかを明らかにするために、03−s108にコシヒカリを交配し、そのF2種子中のPLDの有無をウエスタンブロッティングにより解析した。
各品種系統(日本晴、ND0052および03−s108)のヌカ・胚芽画分より、スフェロゾーム画分および粗酵素画分を調製した。調製は、高野克己らの方法(日本食品工業学会誌,36:468-474,1987)に従った。
実施例1でPLD欠失性系統03−s108を見出すために用いられたポリクローナル抗体は、コシヒカリの種子のPLD1タンパク質に対する抗体である。そのPLD1遺伝子はNCBIのアクセッションナンバーAB001920で登録されているので、PLD欠失性の変異がPLD1遺伝子の変異に由来しているかを明らかにするために、コシヒカリと03−s108を交配し、そのF2集団を用いて連鎖分析を行った。
PLD欠失性がPLD1遺伝子の変異によるものであるかを調査するため、03−s108のPLD遺伝子のエキソン部分の塩基配列を決定した。PLD1遺伝子の長さは約6000塩基であり、1組のプライマー対を用いたPCRでは全長の増幅が困難であるため、PLD遺伝子を4つの領域(PLD−1から4)に分けた。03−s108のゲノムDNAを鋳型としてPCRを行い、それぞれの増幅断片の塩基配列を決定した。プライマーは、PLD−1領域にはCGACGGACAGATACTTCTACCC(配列番号8)とCAAACAAGAAATGGCCAAGC(配列番号9)、PLD−2領域にはGTGTGTGATGTGTGCTTGTGTC(配列番号10)とTGGGTACTGTCGAGTGTCCTAA(配列番号11)、PLD−3領域にはACCTTGGTTAGGGACTCCAATC(配列番号12)とGGGAAGCATGACTTCAACTTAG(配列番号13)、PLD−4領域にはGAAGTCATGCTTCCCTTTACTC(配列番号14)とACGAGCCATAAACAATCACACC(配列番号15)を用いた。さらに、PLD1遺伝子(約6000塩基)の全塩基配列を決定するため、プライマーGGTGTGAGGCTTCAAACCTAG(配列番号25)とAGAGCAAGAGCAAAGACGAGTA(配列番号26)、プライマーCATTTTCCATCACATCAACT(配列番号27)とAAGAAGAAGGGGAGCAGA(配列番号28)、プライマーCGAGGAGGGAGCCAAATCCA(配列番号29)とCTCAGGGGTATCAGGGAACC(配列番号30)、プライマーCTGTGTGTGATGTGTGCTT(配列番号31)とTGAACAATGCTGCCTGAG(配列番号32)、プライマーGGGATGTTCTTTACAATTTCG(配列番号33)とAACAGATGATGAATGCCATGT(配列番号34)、プライマーCTGGCAAAGGAGAACAATG(配列番号35)とCAACAACGCTAAACAGTAG(配列番号36)とTCTTCTGCTCTCTAAATCTG(配列番号37)を用いた。PCR条件は94℃(1分)を1サイクル、[98℃(10秒)―68℃(1分)]を35サイクル、[72℃(3分)―4℃(この状態で終了休止)]を1サイクルで行った。得られたDNA断片をQIAquick Gel Extraction Kit(QIAGEN社製)で精製した。これを鋳型としてダイターミネーター法による反応を行い、ABI社製のDNAシークエンサーで塩基配列を決定した。得られた03−s108の塩基配列を配列番号22に示し、該塩基配列によりコードされるアミノ酸を配列番号23に示す。
実施例6により見出されたグアニン(G)からアデニン(A)への変異は、制限酵素PsrIの認識部位(5’...(N)7GTA(N)6GTTC(N)12...3’)の1つ目の塩基(下線を付したG)に起きている変異であるため、制限酵素PsrIを用いたCAPS法によって変異の検出を行った。また、任意の一塩基多型を検出できるドットブロットSNP法によっても変異の検出を行った。
PCRにより目的の変異を含むDNA断片を増幅した。プライマーは、CACGTGAGCTCATGTCAACAGTTTG(配列番号16)とGCAGGTAAGCCCTCCCAATATTCG(配列番号17)を用いた。PCR条件は94℃(1分)を1サイクル、[94℃(30秒)―60℃(30秒)―72℃(30秒)]を35サイクル、[72℃(10分)―10℃(この状態で終了休止)]を1サイクルで行った。得られたDNA断片を制限酵素PsrIで切断し、6%のポリアクリルアミドゲルで電気泳動を行った。泳動後、ゲルをエチジウムブロマイドで染色し、ゲルに紫外線を照射してバンドの検出を行った。
PCRにより目的の変異を含むDNA断片を増幅した。用いたプライマーとPCR条件は、CAPS法と同じである。Shirasawaら(Theor. Appl. Genet.113:147-155)の方法に従い、得られたDNA断片をナイロン膜にドットブロットし、競合プローブを用いたハイブリダイゼーションを行った。コシヒカリ型の対立遺伝子を検出するためのプローブには、5’末端をジゴキシゲニン標識したオリゴヌクレオチド(CCTCGCTGGTATGAGTC(配列番号18))と競合用プローブとして無標識のオリゴヌクレオチド(CCTCGCTGATATGAGTC(配列番号19))を1対5の濃度比で混合したものを用いた。逆に、03−s108型の対立遺伝子を検出するためのプローブには、5’末端をジゴキシゲニン標識したオリゴヌクレオチド(CCTCGCTGATATGAGTC(配列番号20))と競合用プローブとして無標識のオリゴヌクレオチド(CCTCGCTGGTATGAGTC(配列番号21))を1対5の濃度比で混合したものを用いた。ハイブリダイゼーションは42℃で、5×SSC、0.1%Sarcocyl、0.02%SDS、1%Blocking試薬(#1096176、Roche社)のバッファーで行い、洗浄液には42℃の0.5×SSC/0.1%SDSを用いた。
Claims (18)
- ホスホリパーゼD欠失性である、イネ系統(受託番号FERM P−21231)、その後代またはその交雑株。
- イネの種子を突然変異原で処理し、その種子を栽培して植物体にし、ホスホリパーゼD欠失について植物体をスクリーニングすることを含む、ホスホリパーゼD欠失性イネ系統の作出方法。
- 請求項1に記載のイネ系統とイネ野生型株を交配し、その種子を栽培して植物体にし、ホスホリパーゼD欠失について植物体をスクリーニングすることを含む、ホスホリパーゼD欠失性イネ系統の作出方法。
- 請求項1に記載のイネ系統から得た細胞とイネ野生型株から得た細胞を細胞融合し、得られた融合細胞を培養して植物体に再生し、ホスホリパーゼD欠失について植物体をスクリーニングすることを含む、ホスホリパーゼD欠失性イネ系統の作出方法。
- ホスホリパーゼD欠失が、ホスホリパーゼD遺伝子のナンセンス変異によるものである、請求項2〜4のいずれか1項に記載の方法。
- 請求項1に記載のホスホリパーゼD欠失性である、イネ系統、その後代またはその交雑株の種子。
- 請求項6に記載の種子由来の米粉。
- 請求項6に記載の種子由来の米飯。
- 調理米飯である、請求項8に記載の米飯。
- 請求項6に記載の種子由来の米油。
- 請求項6に記載の種子から米ヌカを得、その米ヌカを搾ることを含む、米油の歩留まりを向上させる方法。
- 以下の(a)〜(e)のいずれかである、ホスホリパーゼD欠失性遺伝子。
(a)配列番号4に示される塩基配列において2779番目の塩基のグアニンがアデニンに置換された塩基配列からなるDNAを含むホスホリパーゼD欠失性遺伝子
(b)配列番号4に示される塩基配列において2779番目の塩基のグアニンがアデニンに置換され、かつ該塩基配列において1もしくは数個の塩基が欠失、置換もしくは付加された塩基配列からなるDNAを含むホスホリパーゼD欠失性遺伝子
(c)配列番号4に示される塩基配列において2779番目の塩基のグアニンがアデニンに置換され、かつ該塩基配列に対して95%以上の同一性を有する塩基配列からなるDNAを含むホスホリパーゼD欠失性遺伝子
(d)配列番号4に示される塩基配列において2779番目の塩基のグアニンがアデニンに置換され、かつ該塩基配列と相補的な塩基配列からなるDNAとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするDNAを含むホスホリパーゼD欠失性遺伝子
(e)配列番号22に示される塩基配列からなるDNAを含むホスホリパーゼD欠失性遺伝子 - 請求項12に記載の遺伝子を含む組換えベクター。
- 請求項12に記載の遺伝子を植物細胞に導入して相同組換えを行い、植物を育成することを含む、ホスホリパーゼD欠失性形質転換植物の作出方法。
- 請求項13に記載の組換えベクターを用いてDNAが導入される、請求項14に記載の方法。
- 植物がイネ科植物である、請求項14または15に記載の方法。
- イネ科植物において、配列番号4に示される塩基配列における2779番目の塩基のグアニンからアデニンへの変異、あるいはそれに相当する位置の塩基のナンセンス変異を検出することを含む、請求項12に記載のホスホリパーゼD欠失性遺伝子の有無を判定する方法。
- 核酸試料について、CAPS法、ドットブロットSNP法、SSCP法、dCAPS法のいずれかの方法によって上記変異を検出する、請求項17に記載の方法。
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