JP2008000126A - 遺伝子発現プロファイルによるc型肝硬変及び肝癌の検出 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】C型肝硬変又は肝癌において発現が変動する21の遺伝子からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現プロファイルを得て、発現プロファイルに基づいてC型肝硬変及び/又は肝癌を検出する方法、並びにC型肝硬変又は肝癌において発現が変動する21の遺伝子からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチド又はその一部配列を含むヌクレオチドを含むC型肝硬変及び/又は肝癌を検出するための試薬。
【選択図】なし
Description
[1] 下の11の遺伝子からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチド又はその一部配列を含むヌクレオチドを含むC型肝硬変及び/又は肝癌を検出するための試薬;
(1)interleukin-1 receptor-associated kinase 3 (IRAK3)(GenBank 登録番号NM_007199)、
(2)chondroitin sulfate proteoglycan 2 (versican) (CSPG2)(GenBank 登録番号NM_004385)、
(3)interleukin 1, beta (IL1B) (GenBank 登録番号NM_000576)、
(4)kynureninase (L-kynurenine hydrolase) (KYNU) (GenBank 登録番号NM_003937)、
(5)lactate dehydrogenase A (LDHA) (GenBank 登録番号NM_005566)、
(6)pre-B-cell colony enhancing factor 1 (PBEF1) (GenBank 登録番号NM_005746)、
(7)amiloride-sensitive cation channel 3 (ACCN3) (GenBank 登録番号NM_020322)、
(8)WD repeat domain 75 (WDR75) (GenBank 登録番号NM_032168若しくはAK023276)、
(9)leucine-rich repeats and calponin homology (CH) domaincontaining 3 (LRCH3) (GenBank 登録番号AL137527)、
(10)Bcl-XL-binding protein t25(GenBank登録番号AF357524)、並びに
(11)superkiller viralicidic activity 2-like 2 (S. cerevisiae) (SKIV2L2) (GenBank 登録番号NM_015360若しくはEnsembleデータベース登録番号ENGS00000039123)。
(12)Homo sapiens mRNA for MDC protein, complete cds(GenBank登録番号:D17390)、
(13)Homo sapiens KIAA1387 protein (KIAA1387)(GenBank登録番号:XM_048092)、
(14)Homo sapiens mRNA for FLJ00058 protein, partial cds(GenBank登録番号:AK024465)、
(15)Homo sapiens mRNA for KIAA1650 protein, partial cds(GenBank登録番号:AB051437(Ensemble ID No.:ENSG00000099882))、
(16)Homo sapiens similar to hypothetical protein DKFZp434F142 (LOC92567), mRNA(GenBank登録番号:XM_045845)、
(17)Homo sapiens SEC22 vesicle trafficking protein homolog A (S. cerevisiae), mRNA (cDNA clone MGC:4981 IMAGE:3459649), complete cds(GenBank登録番号:BC007122)、
(18)Homo sapiens restin (Reed-Steinberg cell-expressed intermediate filament-associated protein) (RSN), transcript variant 1, mRNA(GenBank登録番号:NM_002956)、
(19)Homo sapiens nucleolin (NCL), mRNA(GenBank登録番号:NM_005381)、
(20)Homo sapiens phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis, class B (PIGB), mRNA(GenBank登録番号:NM_004855)、並びに
(21)Homo sapiens sterol carrier protein 2 (SCP2), transcript variant 1, mRNA(GenBank登録番号:NM_002979)。
[4] [1]の11の遺伝子のうち(1)から(6)の遺伝子のうちの1つ以上の遺伝子、並びに(7)から(11)の遺伝子のうちの1つ以上の遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチド又はその一部配列を含むヌクレオチドを含む、[1]のC型肝硬変及び/又は肝癌を検出するための試薬。
[5] [2]の10の遺伝子のうち(12)から(16)の遺伝子のうちの1つ以上の遺伝子、並びに(17)から(21)の遺伝子のうちの1つ以上の遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチド又はその一部配列を含むヌクレオチドを含む、[2]のC型肝硬変及び/又は肝癌を検出するための試薬。
[7] [1]の11の遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチド又はその一部配列を含むヌクレオチドを含む、[1]のC型肝硬変及び/又は肝癌を検出するための試薬。
[8] [2]の10の遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチド又はその一部配列を含むヌクレオチドを含む、[2]のC型肝硬変及び/又は肝癌を検出するための試薬。
[9] [1]の11の遺伝子及び[2]の10の遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチド又はその一部配列を含むヌクレオチドを含む、[3]のC型肝硬変及び/又は肝癌を検出するための試薬。
[11] C型肝硬変及び/又は肝癌の検出が、C型肝炎ウイルス感染患者におけるC型肝硬変と肝癌の判別である[1]〜[10]のいずれかのC型肝硬変及び/又は肝癌を検出するための試薬。
[12] C型肝硬変及び/又は肝癌の検出が、C型肝硬変患者における肝癌の存在又は進行の検出である[1]〜[10]のいずれかのC型肝硬変及び/又は肝癌を検出するための試薬。
[13] C型肝硬変及び/又は肝癌の検出が、C型肝硬変患者における肝癌への進行の予測の判定である[1]〜[10]のいずれかのC型肝硬変及び/又は肝癌を検出するための試薬。
(1)interleukin-1 receptor-associated kinase 3 (IRAK3)(GenBank 登録番号NM_007199)、
(2)chondroitin sulfate proteoglycan 2 (versican) (CSPG2)(GenBank 登録番号NM_004385)、
(3)interleukin 1, beta (IL1B) (GenBank 登録番号NM_000576)、
(4)kynureninase (L-kynurenine hydrolase) (KYNU) (GenBank 登録番号NM_003937)、
(5)lactate dehydrogenase A (LDHA) (GenBank 登録番号NM_005566)、
(6)pre-B-cell colony enhancing factor 1 (PBEF1) (GenBank 登録番号NM_005746)、
(7)amiloride-sensitive cation channel 3 (ACCN3) (GenBank 登録番号NM_020322)、
(8)WD repeat domain 75 (WDR75) (GenBank 登録番号NM_032168若しくはAK023276)、
(9)leucine-rich repeats and calponin homology (CH) domaincontaining 3 (LRCH3) (GenBank 登録番号AL137527)、
(10)Bcl-XL-binding protein t25(GenBank登録番号AF357524)、並びに
(11)superkiller viralicidic activity 2-like 2 (S. cerevisiae) (SKIV2L2) (GenBank 登録番号NM_015360若しくはEnsembleデータベース登録番号ENGS00000039123)。
(12)Homo sapiens mRNA for MDC protein, complete cds(GenBank登録番号:D17390)、
(13)Homo sapiens KIAA1387 protein (KIAA1387)(GenBank登録番号:XM_048092)、
(14)Homo sapiens mRNA for FLJ00058 protein, partial cds(GenBank登録番号:AK024465)、
(15)Homo sapiens mRNA for KIAA1650 protein, partial cds(GenBank登録番号:AB051437(Ensemble ID No.:ENSG00000099882))、
(16)Homo sapiens similar to hypothetical protein DKFZp434F142 (LOC92567), mRNA(GenBank登録番号:XM_045845)、
(17)Homo sapiens SEC22 vesicle trafficking protein homolog A (S. cerevisiae), mRNA (cDNA clone MGC:4981 IMAGE:3459649), complete cds(GenBank登録番号:BC007122)、
(18)Homo sapiens restin (Reed-Steinberg cell-expressed intermediate filament-associated protein) (RSN), transcript variant 1, mRNA(GenBank登録番号:NM_002956)、
(19)Homo sapiens nucleolin (NCL), mRNA(GenBank登録番号:NM_005381)、
(20)Homo sapiens phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis, class B (PIGB), mRNA(GenBank登録番号:NM_004855)、並びに
(21)Homo sapiens sterol carrier protein 2 (SCP2), transcript variant 1, mRNA(GenBank登録番号:NM_002979)。
[17] [14]の11の遺伝子のうち(1)から(6)の遺伝子のうちの1つ以上の遺伝子、並びに(7)から(11)の遺伝子のうちの1つ以上の遺伝子の発現プロファイルを得て、該発現プロファイルに基づいてC型肝硬変及び/又は肝癌を検出する、[14]の方法。
[18] [14]の11の遺伝子の発現プロファイルを得て、該発現プロファイルに基づいてC型肝硬変及び/又は肝癌を検出する、[14]の方法。
[19] [15]の10の遺伝子のうち(12)から(16)の遺伝子のうちの1つ以上の遺伝子、並びに(17)から(21)の遺伝子のうちの1つ以上の遺伝子の発現プロファイルを得て、該発現プロファイルに基づいてC型肝硬変及び/又は肝癌を検出する、[15]の方法。
[21] [14]の11の遺伝子のうち(1)から(6)の遺伝子及び[15]の10の遺伝子のうち(12)から(16)の遺伝子のうちの1つ以上の遺伝子、並びに[14]の11の遺伝子のうち(7)から(11)の遺伝子及び[15]の10の遺伝子のうち(17)から(21)の遺伝子のうちの1つ以上の遺伝子の発現プロファイルを得て、該発現プロファイルに基づいてC型肝硬変及び/又は肝癌を検出する、[16]の方法。
[22] [14]の11の遺伝子及び[15]の10の遺伝子の発現プロファイルを得て、該発現プロファイルに基づいてC型肝硬変及び/又は肝癌を検出する、[16]の方法。
[23] 被験体の遺伝子の発現プロファイルが、被験体の末梢血単核球由来のmRNAを用いて得られる[14]〜[22]のいずれかのC型肝硬変及び/又は肝癌を検出する方法。
[24] 被験体の遺伝子の発現プロファイルを、C型肝硬変患者又は肝癌患者の遺伝子の発現プロファイルと比較することを含む[14]〜[23]のいずれかのC型肝硬変及び/又は肝癌を検出する方法。
[25] C型肝硬変及び/又は肝癌の検出が、C型肝炎ウイルス感染患者におけるC型肝硬変と肝癌の判別である[14]〜[24]のいずれかのC型肝硬変及び/又は肝癌を検出する方法。
[27] C型肝硬変及び/又は肝癌の検出が、C型肝硬変患者における肝癌への進行の予測の判定である[14]〜[24]のいずれかのC型肝硬変及び/又は肝癌を検出する方法。
[28] 遺伝子の発現プロファイルを、[14]の11の遺伝子の少なくとも1つの遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチド又はその一部配列を含むヌクレオチドを固相化したマイクロアレイを用いて得る、[14]、[16]〜[18]及び[21]〜[27]のいずれかのC型肝硬変及び/又は肝癌を検出する方法。
[29] 遺伝子の発現プロファイルを、[15]の10の遺伝子の少なくとも1つの遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチド又はその一部配列を含むヌクレオチドを固相化したマイクロアレイを用いて得る、[15]及び[19]〜[27]のいずれかのC型肝硬変及び/又は肝癌を検出する方法。
[31] 遺伝子の発現プロファイルを、[14]の11の遺伝子の少なくとも1つの遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチド又はその一部配列を含むヌクレオチドをターゲットとした定量PCRにより得る、[14]、[16]〜[18]及び[21]〜[27]のいずれかのC型肝硬変及び/又は肝癌を検出する方法。
[32] 遺伝子の発現プロファイルを、[15]の10の遺伝子の少なくとも1つの遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチド又はその一部配列を含むヌクレオチドをターゲットとした定量PCRにより得る、[15]及び[19]〜[27]のいずれかのC型肝硬変及び/又は肝癌を検出する方法。
[33] 遺伝子の発現プロファイルを、[14]の11の遺伝子及び[15]の10の遺伝子の少なくとも1つの遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチド又はその一部配列を含むヌクレオチドをターゲットとした定量PCRにより得る、[16]及び[21]〜[27]のいずれかのC型肝硬変及び/又は肝癌を検出する方法。
(1)interleukin-1 receptor-associated kinase 3 (IRAK3)
GenBank登録番号:NM_007199、配列番号1
(2)chondroitin sulfate proteoglycan 2 (versican) (CSPG2)
GenBank登録番号:NM_004385、配列番号2
(3)interleukin 1, beta (IL1B)
GenBank登録番号:NM_000576、配列番号3
(4)kynureninase (L-kynurenine hydrolase) (KYNU)
GenBank登録番号:NM_003937、配列番号4
(5)lactate dehydrogenase A (LDHA)
GenBank登録番号:NM_005566、配列番号5
(6)pre-B-cell colony enhancing factor 1 (PBEF1)
GenBank登録番号:NM_005746、配列番号6
(7)amiloride-sensitive cation channel 3 (ACCN3)
GenBank登録番号:NM_020322、配列番号7
(8)WD repeat domain 75 (WDR75)
GenBank登録番号:NM_032168又はAK023276、配列番号8
(9)leucine-rich repeats and calponin homology (CH) domaincontaining 3 (LRCH3)、(Homo sapiens mRNA; cDNA DKFZp434P1018 (from clone DKFZp434P1018)
GenBank登録番号:AL137527、配列番号9
(10)Bcl-XL-binding protein t25
GenBank登録番号:AF357524、配列番号10
(11)superkiller viralicidic activity 2-like 2 (S. cerevisiae) (SKIV2L2)
GenBank登録番号:NM_015360又はEnsembleデータベース登録番号ENSG00000039123、配列番号11
(12)Homo sapiens mRNA for MDC protein, complete cds
GenBank登録番号:D17390、配列番号12
(13)Homo sapiens KIAA1387 protein (KIAA1387)
GenBank登録番号:XM_048092、配列番号13
(14)Homo sapiens mRNA for FLJ00058 protein, partial cds
GenBank登録番号:AK024465、配列番号14
(15)Homo sapiens mRNA for KIAA1650 protein, partial cds
GenBank登録番号:AB051437(Ensemble ID No.:ENSG00000099882)、配列番号15
(16)Homo sapiens similar to hypothetical protein DKFZp434F142 (LOC92567), mRNA
GenBank登録番号:XM_045845、配列番号16
(17)Homo sapiens SEC22 vesicle trafficking protein homolog A (S. cerevisiae), mRNA (cDNA clone MGC:4981 IMAGE:3459649), complete cds
GenBank登録番号:BC007122、配列番号17
(18)Homo sapiens restin (Reed-Steinberg cell-expressed intermediate filament-associated protein) (RSN), transcript variant 1, mRNA
GenBank登録番号:NM_002956、配列番号18
(19)Homo sapiens nucleolin (NCL), mRNA
GenBank登録番号:NM_005381、配列番号19
(20)Homo sapiens phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis, class B (PIGB), mRNA
GenBank登録番号:NM_004855、配列番号20
(21)Homo sapiens sterol carrier protein 2 (SCP2), transcript variant 1, mRNA
GenBank登録番号:NM_002979、配列番号21
(a) 被験体の遺伝子発現プロファイルに関するデータを入力する手段、ここで入力される遺伝子発現プロファイルに関するデータとは、例えば、各遺伝子におけるシグナル数値等の各遺伝子の発現レベルを示すデータである;
(b) 構築した判別モデルを記憶している記憶手段、
(c) (a)の入力手段を用いて入力したデータを(b)の記憶手段に記憶されている判別モデルに適用して、C型肝硬変及び肝癌の病態の決定、病態予測、予後予測を行うためのデータ処理手段、及び
(d) 予測されたC型肝硬変及び肝癌の病態の決定、病態予測、予後予測を出力する出力手段、
とを含むシステムである。
対象
C型肝炎ウイルス感染に伴う肝硬変患者、及び肝硬変に肝細胞癌を合併した患者を対象とした。肝硬変の診断は、肝生検組織にて新犬山分類にてF4、あるいは、肝生検組織が得られない場合、腹部超音波検査、CT、MRI、血小板数、血清ヒアルロン酸、インドシアン・グリーン試験にて診断した。患者臨床背景は、表1及び表2に示した。
ヘパリン添加採血管にて、患者より末梢血液を採取し、フィコール・ハイパック比重遠心法にて、単核球細胞層を回収した。
回収した末梢血液単核球細胞より、MicroRNA Isolation kit (Stratagene, La Jolla, CA) を用いて、プロトコールにしたがってRNAを抽出した。抽出したRNAについて、Amino-allyl MessageAmp aRNA kit (Ambion, Austin, TX)にて、アンチセンスRNAを2回増幅した。対照には、健常者(29歳、男性)より採取した末梢血液単核球細胞より同様に抽出、増幅したRNAを用いた。等量の、患者由来及び健常者由来の増幅RNAをそれぞれCy5、Cy3色素にてラベルし、混合した後、オリゴDNAチップAceGene(登録商標)Human Oligo DNA Chip 30K(日立ソフト、東京)に、プロトコールに従ってハイブリダイゼーションを行った。
オリゴDNAチップ上の各スポットの蛍光強度は、Scan Array G (PerkinElmer, Wellesely, MA)にて獲得した。獲得したイメージは、DNAsis array v2.6 (日立ソフト)にて定量した。各色素間の補正は、以下の如く行った。各スポットの蛍光強度より、同一ブロック内の、オリゴDNAの存在しないスポットの蛍光強度を差し引いた。有効スポットは、各ブロックにおいて、標準偏差の2倍以内に位置するものとした。こうして得られた全スポットの蛍光強度につき、中央値に位置するスポットのCy5とCy3の蛍光強度が1対1になるように、全スポットの蛍光強度を補正した。
C型肝硬変患者(71歳、男性)より採取した末梢血液単核球細胞を、24ウェル培養プレートの各ウェルに挿入したculture insert(Beckton Dickinson Labware, Franklin Lakes, NJ)内に5x106個、ウェル底に1x105個のヒト樹立肝癌細胞株Huh7を、非動化ウシ血清10%を添加したRPMI 1640(Invitrogen Japan, 東京)培地にて共培養した。共培養の方法を図2に示す。対照は、非共培養末梢血液単核球細胞とした。24時間後、末梢血液単核球細胞を回収し、RNAを上記と同様に抽出、増幅し、共培養下末梢血液単核球細胞由来の増幅RNAをCy5、対照からの増幅RNAをCy3にてラベルし、上記と同様に遺伝子発現の亢進減弱を検討した。
階層クラスタリング
BRB Array Toolの階層クラスタリングツールを用いて、フィルターをかけて抽出された5235個の遺伝子によって検討したところ、2つのクラスターを形成し、第1クラスターでは、21例中20例(95%)が肝細胞癌、第2クラスターでは、29例中19例(66%)がC型肝硬変を占め、肝細胞癌とC型肝硬変が群別された(図3)。
同じくBRB Array toolのClass Comparisonツールを用いて、肝細胞癌群とC型肝硬変群を判別しうる遺伝子を検討したところ、p<0.005にて、1003遺伝子が両群間において発現に差を認めた。
MetaCore(商標)ソフトウェアにて、上記にて抽出された1003遺伝子についてのGene Ontology(GO)を検討したところ、図4に示すOntologyに分類されることが判明した。また、1003遺伝子について、代謝(Metabolism)、細胞シグナル伝達(Cell Signaling)に含まれるmapを、図5及び6に示した。また、免疫関連遺伝子、細胞シグナル伝達および代謝に関する遺伝子のリストを図7〜9に示した。
肝硬変患者由来末梢血液細胞を肝細胞癌とin vitroにおいて共培養によって発現変化が認められる遺伝子を検討したところ、353遺伝子が2倍以上の発現亢進、378遺伝子が0.5倍以下の発現減弱を認めた。そのうち、上記1003遺伝子のうち、in vitro共培養にても同様に発現亢進、減弱を呈した遺伝子は11個であった。11個の遺伝子を図1に示す。
上記の11遺伝子を用いて、対象のC型肝硬変、肝細胞癌患者につき、階層クラスタリングを行ったところ、図10に示すような、92%を肝細胞癌が占めるクラスター、72%をC型肝硬変が占めるクラスターを形成した。
Claims (33)
- 以下の11の遺伝子からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチド又はその一部配列を含むヌクレオチドを含むC型肝硬変及び/又は肝癌を検出するための試薬;
(1)interleukin-1 receptor-associated kinase 3 (IRAK3)(GenBank 登録番号NM_007199)、
(2)chondroitin sulfate proteoglycan 2 (versican) (CSPG2)(GenBank 登録番号NM_004385)、
(3)interleukin 1, beta (IL1B) (GenBank 登録番号NM_000576)、
(4)kynureninase (L-kynurenine hydrolase) (KYNU) (GenBank 登録番号NM_003937)、
(5)lactate dehydrogenase A (LDHA) (GenBank 登録番号NM_005566)、
(6)pre-B-cell colony enhancing factor 1 (PBEF1) (GenBank 登録番号NM_005746)、
(7)amiloride-sensitive cation channel 3 (ACCN3) (GenBank 登録番号NM_020322)、
(8)WD repeat domain 75 (WDR75) (GenBank 登録番号NM_032168若しくはAK023276)、
(9)leucine-rich repeats and calponin homology (CH) domaincontaining 3 (LRCH3) (GenBank 登録番号AL137527)、
(10)Bcl-XL-binding protein t25(GenBank登録番号AF357524)、並びに
(11)superkiller viralicidic activity 2-like 2 (S. cerevisiae) (SKIV2L2) (GenBank 登録番号NM_015360若しくはEnsembleデータベース登録番号ENGS00000039123)。 - 以下の10の遺伝子からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチド又はその一部配列を含むヌクレオチドを含むC型肝硬変及び/又は肝癌を検出するための試薬;
(12)Homo sapiens mRNA for MDC protein, complete cds(GenBank登録番号:D17390)、
(13)Homo sapiens KIAA1387 protein (KIAA1387)(GenBank登録番号:XM_048092)、
(14)Homo sapiens mRNA for FLJ00058 protein, partial cds(GenBank登録番号:AK024465)、
(15)Homo sapiens mRNA for KIAA1650 protein, partial cds(GenBank登録番号:AB051437(Ensemble ID No.:ENSG00000099882))、
(16)Homo sapiens similar to hypothetical protein DKFZp434F142 (LOC92567), mRNA(GenBank登録番号:XM_045845)、
(17)Homo sapiens SEC22 vesicle trafficking protein homolog A (S. cerevisiae), mRNA (cDNA clone MGC:4981 IMAGE:3459649), complete cds(GenBank登録番号:BC007122)、
(18)Homo sapiens restin (Reed-Steinberg cell-expressed intermediate filament-associated protein) (RSN), transcript variant 1, mRNA(GenBank登録番号:NM_002956)、
(19)Homo sapiens nucleolin (NCL), mRNA(GenBank登録番号:NM_005381)、
(20)Homo sapiens phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis, class B (PIGB), mRNA(GenBank登録番号:NM_004855)、並びに
(21)Homo sapiens sterol carrier protein 2 (SCP2), transcript variant 1, mRNA(GenBank登録番号:NM_002979)。 - 請求項1に記載の11の遺伝子及び請求項2に記載の10の遺伝子からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチド又はその一部配列を含むヌクレオチドを含むC型肝硬変及び/又は肝癌を検出するための試薬。
- 請求項1に記載の11の遺伝子のうち(1)から(6)の遺伝子のうちの1つ以上の遺伝子、並びに(7)から(11)の遺伝子のうちの1つ以上の遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチド又はその一部配列を含むヌクレオチドを含む、請求項1記載のC型肝硬変及び/又は肝癌を検出するための試薬。
- 請求項2に記載の10の遺伝子のうち(12)から(16)の遺伝子のうちの1つ以上の遺伝子、並びに(17)から(21)の遺伝子のうちの1つ以上の遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチド又はその一部配列を含むヌクレオチドを含む、請求項2記載のC型肝硬変及び/又は肝癌を検出するための試薬。
- 請求項1に記載の11の遺伝子のうち(1)から(6)の遺伝子及び請求項2に記載の10の遺伝子のうち(12)から(16)の遺伝子のうちの1つ以上の遺伝子、並びに請求項1に記載の11の遺伝子のうち(7)から(11)の遺伝子及び請求項2に記載の10の遺伝子のうち(17)から(21)の遺伝子のうちの1つ以上の遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチド又はその一部配列を含むヌクレオチドを含む、請求項3記載のC型肝硬変及び/又は肝癌を検出するための試薬。
- 請求項1に記載の11の遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチド又はその一部配列を含むヌクレオチドを含む、請求項1記載のC型肝硬変及び/又は肝癌を検出するための試薬。
- 請求項2に記載の10の遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチド又はその一部配列を含むヌクレオチドを含む、請求項2記載のC型肝硬変及び/又は肝癌を検出するための試薬。
- 請求項1に記載の11の遺伝子及び請求項2に記載の10の遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチド又はその一部配列を含むヌクレオチドを含む、請求項3記載のC型肝硬変及び/又は肝癌を検出するための試薬。
- 遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチド又はその一部配列を含むヌクレオチドが基板に結合しているDNAマイクロアレイを含む、請求項1〜9のいずれか1項に記載のC型肝硬変及び/又は肝癌を検出するための試薬。
- C型肝硬変及び/又は肝癌の検出が、C型肝炎ウイルス感染患者におけるC型肝硬変と肝癌の判別である請求項1〜10のいずれか1項に記載のC型肝硬変及び/又は肝癌を検出するための試薬。
- C型肝硬変及び/又は肝癌の検出が、C型肝硬変患者における肝癌の存在又は進行の検出である請求項1〜10のいずれか1項に記載のC型肝硬変及び/又は肝癌を検出するための試薬。
- C型肝硬変及び/又は肝癌の検出が、C型肝硬変患者における肝癌への進行の予測の判定である請求項1〜10のいずれか1項に記載のC型肝硬変及び/又は肝癌を検出するための試薬。
- 被験体における以下の11の遺伝子からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現プロファイルを得て、該発現プロファイルに基づいてC型肝硬変及び/又は肝癌を検出する方法;
(1)interleukin-1 receptor-associated kinase 3 (IRAK3)(GenBank 登録番号NM_007199)、
(2)chondroitin sulfate proteoglycan 2 (versican) (CSPG2)(GenBank 登録番号NM_004385)、
(3)interleukin 1, beta (IL1B) (GenBank 登録番号NM_000576)、
(4)kynureninase (L-kynurenine hydrolase) (KYNU) (GenBank 登録番号NM_003937)、
(5)lactate dehydrogenase A (LDHA) (GenBank 登録番号NM_005566)、
(6)pre-B-cell colony enhancing factor 1 (PBEF1) (GenBank 登録番号NM_005746)、
(7)amiloride-sensitive cation channel 3 (ACCN3) (GenBank 登録番号NM_020322)、
(8)WD repeat domain 75 (WDR75) (GenBank 登録番号NM_032168若しくはAK023276)、
(9)leucine-rich repeats and calponin homology (CH) domaincontaining 3 (LRCH3) (GenBank 登録番号AL137527)、
(10)Bcl-XL-binding protein t25(GenBank登録番号AF357524)、並びに
(11)superkiller viralicidic activity 2-like 2 (S. cerevisiae) (SKIV2L2) (GenBank 登録番号NM_015360若しくはEnsembleデータベース登録番号ENGS00000039123)。 - 被験体における以下の10の遺伝子からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現プロファイルを得て、該発現プロファイルに基づいてC型肝硬変及び/又は肝癌を検出する方法;
(12)Homo sapiens mRNA for MDC protein, complete cds(GenBank登録番号:D17390)、
(13)Homo sapiens KIAA1387 protein (KIAA1387)(GenBank登録番号:XM_048092)、
(14)Homo sapiens mRNA for FLJ00058 protein, partial cds(GenBank登録番号:AK024465)、
(15)Homo sapiens mRNA for KIAA1650 protein, partial cds(GenBank登録番号:AB051437(Ensemble ID No.:ENSG00000099882))、
(16)Homo sapiens similar to hypothetical protein DKFZp434F142 (LOC92567), mRNA(GenBank登録番号:XM_045845)、
(17)Homo sapiens SEC22 vesicle trafficking protein homolog A (S. cerevisiae), mRNA (cDNA clone MGC:4981 IMAGE:3459649), complete cds(GenBank登録番号:BC007122)、
(18)Homo sapiens restin (Reed-Steinberg cell-expressed intermediate filament-associated protein) (RSN), transcript variant 1, mRNA(GenBank登録番号:NM_002956)、
(19)Homo sapiens nucleolin (NCL), mRNA(GenBank登録番号:NM_005381)、
(20)Homo sapiens phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis, class B (PIGB), mRNA(GenBank登録番号:NM_004855)、並びに
(21)Homo sapiens sterol carrier protein 2 (SCP2), transcript variant 1, mRNA(GenBank登録番号:NM_002979)。 - 被験体における請求項14に記載の11の遺伝子及び請求項15記載の10の遺伝子からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の発現プロファイルを得て、該発現プロファイルに基づいてC型肝硬変及び/又は肝癌を検出する方法。
- 請求項14に記載の11の遺伝子のうち(1)から(6)の遺伝子のうちの1つ以上の遺伝子、並びに(7)から(11)の遺伝子のうちの1つ以上の遺伝子の発現プロファイルを得て、該発現プロファイルに基づいてC型肝硬変及び/又は肝癌を検出する、請求項14記載の方法。
- 請求項14に記載の11の遺伝子の発現プロファイルを得て、該発現プロファイルに基づいてC型肝硬変及び/又は肝癌を検出する、請求項14記載の方法。
- 請求項15に記載の10の遺伝子のうち(12)から(16)の遺伝子のうちの1つ以上の遺伝子、並びに(17)から(21)の遺伝子のうちの1つ以上の遺伝子の発現プロファイルを得て、該発現プロファイルに基づいてC型肝硬変及び/又は肝癌を検出する、請求項15記載の方法。
- 請求項15に記載の10の遺伝子の発現プロファイルを得て、該発現プロファイルに基づいてC型肝硬変及び/又は肝癌を検出する、請求項15記載の方法。
- 請求項14に記載の11の遺伝子のうち(1)から(6)の遺伝子及び請求項15に記載の10の遺伝子のうち(12)から(16)の遺伝子のうちの1つ以上の遺伝子、並びに請求項14に記載の11の遺伝子のうち(7)から(11)の遺伝子及び請求項15に記載の10の遺伝子のうち(17)から(21)の遺伝子のうちの1つ以上の遺伝子の発現プロファイルを得て、該発現プロファイルに基づいてC型肝硬変及び/又は肝癌を検出する、請求項16記載の方法。
- 請求項14に記載の11の遺伝子及び請求項15に記載の10の遺伝子の発現プロファイルを得て、該発現プロファイルに基づいてC型肝硬変及び/又は肝癌を検出する、請求項16記載の方法。
- 被験体の遺伝子の発現プロファイルが、被験体の末梢血単核球由来のmRNAを用いて得られる請求項14〜22のいずれか1項に記載のC型肝硬変及び/又は肝癌を検出する方法。
- 被験体の遺伝子の発現プロファイルを、C型肝硬変患者又は肝癌患者の遺伝子の発現プロファイルと比較することを含む請求項14〜23のいずれか1項に記載のC型肝硬変及び/又は肝癌を検出する方法。
- C型肝硬変及び/又は肝癌の検出が、C型肝炎ウイルス感染患者におけるC型肝硬変と肝癌の判別である請求項14〜24のいずれか1項に記載のC型肝硬変及び/又は肝癌を検出する方法。
- C型肝硬変及び/又は肝癌の検出が、C型肝硬変患者における肝癌の存在又は進行の検出である請求項14〜24のいずれか1項に記載のC型肝硬変及び/又は肝癌を検出する方法。
- C型肝硬変及び/又は肝癌の検出が、C型肝硬変患者における肝癌への進行の予測の判定である請求項14〜24のいずれか1項に記載のC型肝硬変及び/又は肝癌を検出する方法。
- 遺伝子の発現プロファイルを、請求項14に記載の11の遺伝子の少なくとも1つの遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチド又はその一部配列を含むヌクレオチドを固相化したマイクロアレイを用いて得る、請求項14、16〜18及び21〜27のいずれか1項に記載のC型肝硬変及び/又は肝癌を検出する方法。
- 遺伝子の発現プロファイルを、請求項15に記載の10の遺伝子の少なくとも1つの遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチド又はその一部配列を含むヌクレオチドを固相化したマイクロアレイを用いて得る、請求項15及び19〜27のいずれか1項に記載のC型肝硬変及び/又は肝癌を検出する方法。
- 遺伝子の発現プロファイルを、請求項14に記載の11の遺伝子及び請求項15に記載の10の遺伝子の少なくとも1つの遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチド又はその一部配列を含むヌクレオチドを固相化したマイクロアレイを用いて得る、請求項16及び21〜27のいずれか1項に記載のC型肝硬変及び/又は肝癌を検出する方法。
- 遺伝子の発現プロファイルを、請求項14に記載の11の遺伝子の少なくとも1つの遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチド又はその一部配列を含むヌクレオチドをターゲットとした定量PCRにより得る、請求項14、16〜18及び21〜27のいずれか1項に記載のC型肝硬変及び/又は肝癌を検出する方法。
- 遺伝子の発現プロファイルを、請求項15に記載の10の遺伝子の少なくとも1つの遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチド又はその一部配列を含むヌクレオチドをターゲットとした定量PCRにより得る、請求項15及び19〜27のいずれか1項に記載のC型肝硬変及び/又は肝癌を検出する方法。
- 遺伝子の発現プロファイルを、請求項14に記載の11の遺伝子及び請求項15に記載の10の遺伝子の少なくとも1つの遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチド又はその一部配列を含むヌクレオチドをターゲットとした定量PCRにより得る、請求項16及び21〜27のいずれか1項に記載のC型肝硬変及び/又は肝癌を検出する方法。
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CN110423812A (zh) * | 2019-07-02 | 2019-11-08 | 南方医科大学 | Skiv2l2(MTR4)基因在肿瘤治疗中的用途 |
CN110734975A (zh) * | 2019-10-21 | 2020-01-31 | 中山大学附属第八医院(深圳福田) | Mtr4基因在肿瘤治疗中的用途 |
Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2001009318A1 (fr) * | 1999-07-29 | 2001-02-08 | Helix Research Institute | Genes associes au cancer du foie |
JP2002209591A (ja) * | 2001-01-19 | 2002-07-30 | Japan Science & Technology Corp | ヒト肝疾患発現遺伝子群 |
WO2004011945A2 (de) * | 2002-07-25 | 2004-02-05 | Sabine Debuschewitz | Molekulare marker für das cholangioläre karzinom |
WO2005021745A1 (ja) * | 2003-08-22 | 2005-03-10 | Nihon University | 肝細胞癌に関連する遺伝子 |
JP2005529582A (ja) * | 2001-12-21 | 2005-10-06 | ジーン ロジック インコーポレイテッド | 肝臓疾患における遺伝子発現プロファイル |
-
2006
- 2006-10-30 JP JP2006294933A patent/JP5028615B2/ja active Active
Patent Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2001009318A1 (fr) * | 1999-07-29 | 2001-02-08 | Helix Research Institute | Genes associes au cancer du foie |
JP2002209591A (ja) * | 2001-01-19 | 2002-07-30 | Japan Science & Technology Corp | ヒト肝疾患発現遺伝子群 |
JP2005529582A (ja) * | 2001-12-21 | 2005-10-06 | ジーン ロジック インコーポレイテッド | 肝臓疾患における遺伝子発現プロファイル |
WO2004011945A2 (de) * | 2002-07-25 | 2004-02-05 | Sabine Debuschewitz | Molekulare marker für das cholangioläre karzinom |
WO2005021745A1 (ja) * | 2003-08-22 | 2005-03-10 | Nihon University | 肝細胞癌に関連する遺伝子 |
Cited By (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP2910650A1 (en) | 2009-08-24 | 2015-08-26 | National University Corporation Kanazawa University | Detection of colorectal cancer by gene expression profiling |
EP2910649A1 (en) | 2009-08-24 | 2015-08-26 | National University Corporation Kanazawa University | Detection of pancreatic cancer by gene expression profiling |
EP2910648A1 (en) | 2009-08-24 | 2015-08-26 | National University Corporation Kanazawa University | Detection of biliary tract cancer by gene expression profiling |
CN110423812A (zh) * | 2019-07-02 | 2019-11-08 | 南方医科大学 | Skiv2l2(MTR4)基因在肿瘤治疗中的用途 |
CN110734975A (zh) * | 2019-10-21 | 2020-01-31 | 中山大学附属第八医院(深圳福田) | Mtr4基因在肿瘤治疗中的用途 |
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