JP2007535323A5

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Publication number: JP2007535323A5
Application number: JP2007510834A
Authority: JP
Filing date: 2005-04-22
Publication date: 2008-06-05

Claims

核酸増幅反応のためのサンプルを調製するため、および該サンプル調製の有効性を検証するための方法であって、該サンプルは、細胞、胞子、微生物、およびウイルスからなる群より選択される１つ以上の標的物を含む疑いがあり、該１つ以上の標的物は、少なくとも１つの標的核酸配列を含み、該方法は以下の工程：
ａ）該サンプルをデバイスに導入する工程であって、該デバイスは、
ｉ）該サンプルと１つ以上のサンプル調製コントロールとを混合するための混合チャンバーであって、該１つ以上のサンプル調製コントロールは、細胞、胞子、微生物、およびウイルスからなる群より選択され、そして該１つ以上のサンプル調製コントロールはマーカー核酸配列を含む、混合チャンバー；
ｉｉ）溶解チャンバー；および
ｉｉｉ）反応チャンバー、
を備える、工程；
ｂ）該サンプルと該１つ以上のサンプル調製コントロールとを、該混合チャンバーにおいて混合する工程；
ｃ）該１つ以上のサンプル調製コントロールと、該サンプル中に存在する場合は該１つ以上の標的物とを、該溶解チャンバーでの溶解処理に供する工程；
ｄ）該溶解チャンバー中に放出された核酸を、該反応チャンバー中の核酸増幅条件に供する工程；ならびに
ｅ）該標的核酸配列および該マーカー核酸配列の存在および非存在を検出する工程、
を包含し、該マーカー核酸配列の検出が十分なサンプル調製を示す、方法。
請求項１に記載の方法であって、該溶解チャンバーは固相物質を含み、かつ該方法は、前記１つ以上のサンプル調製コントロールと混合されたサンプルを、前記溶解チャンバーを通して流し、溶解処理の前に、該１つ以上のサンプル調製コントロールと、該サンプル中に存在する場合は前記１つ以上の標的物とを該固相物質に捕捉させる工程をさらに包含する、方法。
請求項２に記載の方法であって、前記固相物質は、前記１つ以上のサンプル調製コントロールおよび前記１つ以上の標的物を捕捉するのに十分な孔サイズを有する少なくとも１つのフィルターを含む、方法。
請求項３に記載の方法であって、前記サンプルと前記１つ以上のサンプル調製コントロールとを混合する前に、該サンプルを前濾過する工程を包含する、方法。
前記溶解処理は、前記１つ以上のサンプル調製コントロールおよび前記１つ以上の標的物を、前記溶解チャンバーの壁面に連結された超音波変換器を使用して超音波エネルギーに供する工程を包含する、請求項３に記載の方法。
前記溶解処理が、前記チャンバー中でビーズを攪拌する工程をさらに包含する、請求項５に記載の方法。
前記１つ以上のサンプル調製コントロールが胞子である、請求項１に記載の方法。
前記混合する工程が、前記１つ以上のサンプル調製コントロールを含む乾燥ビーズを溶解する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
前記溶解処理は、前記１つ以上のサンプル調製コントロールおよび前記１つ以上の標的物を、前記溶解チャンバーの壁面に連結された超音波変換器を使用して超音波エネルギーに供する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
前記溶解処理は、前記チャンバー中でビーズを攪拌し、前記１つ以上のサンプル調製コントロールおよび前記１つ以上の標的物を破裂させる工程をさらに包含する、請求項９に記載の方法。
前記溶解処理は、化学溶解剤との接触を包含する、請求項１に記載の方法。
前記核酸増幅条件は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）条件を含む、請求項１に記載の方法。
前記マーカー核酸配列の存在および非存在が、該マーカー核酸配列に結合可能なプローブ由来のシグナルが閾値レベルを超えるか否かを決定することによって検出される、請求項１に記載の方法。
核酸増幅反応のためのサンプルを調製するため、および該サンプル調製の有効性を検証するためのデバイスであって、該サンプルは、細胞、胞子、微生物、およびウイルスからなる群より選択される１つ以上の標的物を含む疑いがあり、該１つ以上の標的物は、少なくとも１つの標的核酸配列を含み、該デバイスは、以下：
ａ）該サンプルと混合される１つ以上のサンプル調製コントロールを含む第１のチャンバーであって、該１つ以上のサンプル調製コントロールは、細胞、胞子、微生物、およびウイルスからなる群より選択され、そして該１つ以上のサンプル調製コントロールは、マーカー核酸配列を含む、第１のチャンバー；
ｂ）該１つ以上のサンプル調製コントロールと、該サンプル中に存在する場合は該１つ以上の標的物とを溶解処理に供し、該１つ以上のサンプル調製コントロールおよび該１つ以上の標的物から核酸を放出させるための溶解チャンバー；
ｃ）増幅および検出のために該核酸を保持するための反応チャンバー；ならびに
ｄ）該１つ以上のサンプル調製コントロールと混合された該サンプルを、該第１のチャンバーから該溶解チャンバーに流し、溶解チャンバー中に放出された該核酸を該反応チャンバーに流すための少なくとも１つの流れ制御器、
を有する、本体、
を備え、ここで該デバイスは、さらに該マーカー核酸配列および少なくとも１つの該標的核酸配列を増幅および検出するためのプライマーおよびプローブを含む、デバイス。
請求項１４に記載のデバイスであって、前記溶解チャンバーは、前記サンプルが該溶解チャンバーを通って流れる際に、前記１つ以上のサンプル調製コントロールと、該サンプル中に存在する場合は前記１つ以上の標的物とを捕捉するための固相物質を含み、該デバイスはさらに、該溶解チャンバーを通って流れた使用済みサンプル流体を受容するための廃棄チャンバーを備え、前記少なくとも１つの流れ制御器はさらに、該溶解チャンバーを通って流れた使用済みサンプル流体を、該廃棄チャンバー内に流れるように向けさせることができる、デバイス。
前記固相物質は、前記１つ以上のサンプル調製コントロールおよび前記１つ以上の標的物を捕捉するのに十分な孔サイズを有する少なくとも１つのフィルターを含む、請求項１５に記載のデバイス。
前記溶解チャンバーを超音波処理するための、前記溶解チャンバーの壁面に連結された超音波変換器をさらに備える、請求項１６に記載のデバイス。
前記１つ以上のサンプル調製コントロールおよび前記１つ以上の標的物を破裂させるために、前記溶解チャンバー中にビーズを含む、請求項１７に記載のデバイス。
前記１つ以上のサンプル調製コントロールが胞子である、請求項１４に記載のデバイス。
前記１つ以上のサンプル調製コントロールは、液体中に溶解可能な乾燥ビーズ中に存在する、請求項１４に記載のデバイス。
前記プライマーおよびプローブが、前記反応チャンバーにおける乾燥ビーズ中に存在し、該ビーズは流体中に溶解可能である、請求項１４に記載のデバイス。
前記本体は、前記反応チャンバーと接続された試薬チャンバーを備え、前記プライマーおよびプローブは、前記混合チャンバー中の乾燥ビーズに存在し、該ビーズは液体中に溶解可能である、請求項１４に記載のデバイス。
前記溶解チャンバーを超音波処理するための、前記溶解チャンバーの壁面に連結された超音波変換器をさらに備える、請求項１４に記載のデバイス。
前記溶解チャンバー中に、前記１つ以上のサンプル調製コントロールおよび前記１つ以上の標的物を破裂させるためのビーズをさらに含む、請求項２３に記載のデバイス。
溶解手順の有効性を決定するための方法であって、該方法は、以下：
ａ）１つ以上のサンプル調製コントロールと、細胞、胞子、微生物、およびウイルスからなる群より選択される１つ以上の標的物を含む疑いのあるサンプルとを混合する工程であって、該１つ以上の標的物は、少なくとも１つの標的核酸配列を含み、該１つ以上のサンプル調製コントロールは、細胞、胞子、微生物、およびウイルスからなる群より選択され、該１つ以上のサンプル調製コントロールはマーカー配列を含む、工程；
ｂ）該１つ以上のサンプル調製コントロールと、該サンプル中に存在する場合は該１つ以上の標的物との混合物を溶解処理に供する工程；
ｃ）該マーカー核酸配列の存在または非存在を検出し、核酸が該溶解処理の間に該１つ以上のサンプル調製コントロールから放出されたか否かを決定する工程、
を包含し、該マーカー核酸配列の陽性検出が十分な溶解を示す、方法。
請求項２５に記載の方法であって、該方法は、前記１つ以上のサンプル調製コントロールと混合されたサンプルを、固相物質を含むチャンバーを通して流し、該１つ以上のサンプル調製コントロールと、該サンプル中に存在する場合は前記１つ以上の標的物とを、溶解処理の前に該固相物質で捕捉する工程を包含する、方法。
前記固相物質が、前記１つ以上のサンプル調製コントロールおよび前記１つ以上の標的物を捕捉するのに十分な孔サイズを有する少なくとも１つのフィルターを含む、請求項２６に記載の方法。
前記サンプルと前記１つ以上のサンプル調製コントロールとを混合する前に、該サンプルを前濾過する工程をさらに包含する、請求項２７に記載の方法。
前記溶解処理は、前記１つ以上のサンプル調製コントロールおよび前記１つ以上の標的物を、超音波エネルギーに供する工程を包含する、請求項２５に記載の方法。
前記溶解処理は、前記１つ以上のサンプル調製コントロールおよび１つ以上の標的物を破裂させるために、ビーズを攪拌する工程をさらに包含する、請求項２９に記載の方法。
前記１つ以上のサンプル調製コントロールは胞子である、請求項２５に記載の方法。
前記混合する工程が、前記１つ以上のサンプル調製コントロールを含む乾燥ビーズを溶解する工程を包含する、請求項２５に記載の方法。
前記溶解処理は、化学溶解剤との接触を包含する、請求項２５に記載の方法。
前記マーカー核酸配列が、該マーカー核酸配列を増幅し、そして該増幅されたマーカー核酸配列を検出することによって検出される、請求項２５に記載の方法。
前記マーカー核酸配列が、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によって増幅される、請求項３４に記載の方法。
前記増幅されたマーカー核酸配列が、該マーカー核酸配列に結合可能なプローブ由来のシグナルが閾値レベルを超えるか否かを決定することによって検出される、請求項３４に記載の方法。