JP2007510031A - シアニン色素標識用試薬 - Google Patents
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Abstract
【化1】
[式中、R3及びR4基はZ1環構造に結合し、R5及びR6基はZ2環構造に結合し、n=1、2、又は3であり、Z1及びZ2は独立に、1環、又は2環縮合芳香族系を完結するのに必要な炭素原子を表し、R1、R2、R3、R4、R5、R6、及びR7基の少なくとも1つは、−E−F基(式中、Eは、単結合又はスペーサ基であり、Fは、目標結合基である)であり、R11、R12、R13、及びR14基の1以上は独立に、−(CH2)k−W基(式中、Wは、スルホン酸又はホスホン酸であり、kは、1〜10の整数である)から選択される]を有する。色素を蛍光標識用途で使用することができ、インドリニウム環の3位に結合させた1個、好ましくは複数の水溶性基が存在すると、色素−色素相互作用が低減し、したがって色素−色素の消光が低減し、具体的には複数の色素分子が、核酸、オリゴヌクレオチド、タンパク質、及び抗体などの成分に結合する。
【選択図】 なし
Description
R3及びR4基はZ1環構造に結合し、R5及びR6基はZ2環構造に結合し、n=1、2、又は3であり、
Z1及びZ2は独立に、1環、又は2環縮合芳香族系を完結するのに必要な炭素原子を表し、
R1、R2、R3、R4、R5、R6、及びR7基の少なくとも1つは、−E−F基(式中、Eは、単結合、又は炭素、窒素、及び酸素原子からなる群から選択される原子を1〜20個連結させた鎖を有するスペーサ基であり、Fは、目標結合基である)であり、
R11、R12、R13、及びR14基の1以上は独立に、−(CH2)k−W基(式中、Wは、スルホン酸又はホスホン酸であり、kは、1〜10の整数である)から選択され、
R1及びR2基のいずれかが前記−E−F基でない場合、前記残りのR1及びR2基は独立に、C1〜C6アルキル、非置換ベンジル又はスルホン酸置換ベンジル、及び−(CH2)k−W基(式中、W及びkは本明細書の上記に定義されている)から選択され、
R3、R4、R5、及びR6基のいずれかが前記−E−F基でない場合、前記残りのR3、R4、R5、及びR6基は独立に、水素及びスルホン酸から選択され、
R11、R12、R13、及びR14のいずれかが前記−(CH2)k−W基でない場合、前記残りのR11、R12、R13、及びR14基が独立に、C1〜C6アルキルであり、
残りのR7基は、水素であり、或いはR7の2つが次の基
−(CHR’)p−Q−(CHR’)r−
(式中、Qは、−CHR’−、−NR’−、−O−、−CR’=CR’−、−Ar−、−C(O)−NR’−、及び−C(O)−O−から選択され、R’は、水素又はC1〜C4アルキルであり、pは、0〜5であり、rは、1〜5である)から選択される。
R1、R2、R3、及びR5基の少なくとも1つは、−E−F基(式中、E及びFは、本明細書の上記に定義されている)であり、
R1及びR2基のいずれかが前記−E−F基でない場合、前記残りのR1及びR2基は独立に、メチル、エチル、及び−(CH2)k−W(式中、Wは、スルホン酸であり、kは、3又は4である)から選択され、
R3及びR5のいずれかが前記−E−F基でない場合、前記残りのR3及びR5基は独立に、水素及びスルホン酸から選択され、好ましくはスルホン酸である。
ii)2−{(1E,3E,5E)−5−[1−(5−カルボキシペンチル)−3−メチル−5−スルホ−3−(4−スルホブチル)−1,3−ジヒドロ−2H−インドル−2−イリデン]ペンタ−1,3−ジエニル}−3−メチル−1,3−ビス(4−スルホブチル)−3H−インドリウム−5−スルホネート;
iii)2−{(1E,3E,5E,7E)−7−[1−(5−カルボキシペンチル)−3−メチル−5−スルホ−3−(4−スルホブチル)−1,3−ジヒドロ−2H−インドール−2−イリデン]ヘプタ−1,3,5−トリエニル}−1−エチル−3−メチル−3−(4−スルホブチル)−3H−インドリウム−5−スルホネート;
iv)2−((1E,3E,5E,7E)−7−[5−(カルボキシメチル)−3−メチル−1,3−ビス(4−スルホブチル)−1,3−ジヒドロ−2H−インドール−2−イリデン]ヘプタ−1,3,5−トリエニル}−1−エチル−3−メチル−3−(4−スルホブチル)−3H−インドリウム−5−スルホネート;及び
v)1−ベンジル−2−{(1E,3E,5E)−5−[1−(5−カルボキシペンチル)−3−メチル−5−スルホ−3−(4−スルホブチル)−1,3−ジヒドロ−2H−インドール−2−イリデン]ペンタ−1,3−ジエニル)−3−メチル−3−(4−スルホブチル)−3H−インドリウム−5−スルホネート。
i)前記成分を、式(I)の化合物:
R3及びR4基はZ1環構造に結合し、R5及びR6基はZ2環構造に結合し、n=1、2、又は3であり、
Z1及びZ2は独立に、1環、又は2環縮合芳香族系を完結するのに必要な炭素原子を表し、
R1、R2、R3、R4、R5、R6、及びR7基の少なくとも1つは、−E−F基(式中、Eは、単結合、又は炭素、窒素、及び酸素原子からなる群から選択される原子を1〜20個連結させた鎖を有するスペーサ基であり、Fは、目標結合基である)であり、
R11、R12、R13、及びR14基の1以上は独立に、−(CH2)k−W基(式中、Wは、スルホン酸又はホスホン酸であり、kは、1〜10の整数である)から選択され、
R1及びR2基のいずれかが前記−E−F基でない場合、前記残りのR1及びR2基は独立に、C1〜C6アルキル、非置換ベンジル又はスルホン酸置換ベンジル、及び−(CH2)k−W基(式中、W及びkは本明細書の上記に定義されている)から選択され、
R3、R4、R5、及びR6基のいずれかが前記−E−F基でない場合、前記残りのR3、R4、R5、及びR6基は独立に、水素及びスルホン酸から選択され、
R11、R12、R13、及びR14のいずれかが前記−(CH2)k−W基でない場合、前記残りのR11、R12、R13、及びR14基が独立に、C1〜C6アルキルであり、
残りのR7基は、水素であり、或いはR7の2つが次の基
ii)前記蛍光色素を、前記成分に結合させ、それによって標識するのに適した条件下で前記成分とインキュベートするステップとを含む方法が提供される。
a)式(A)を有する第1の中間体化合物:
c)第1の化合物と第2の化合物との結合の形成に適した第3の化合物(C)とを反応させるステップを含む方法によって適切に調製される式(I)の色素を調製するのに有用な中間体及び方法に関する。但し、R1、R2、R3、R4、R5、及びR6基のうちの少なくとも1つが、−E−F基(式中、E及びFは、本明細書の上記に定義されている)であり、R11、R12、R13、及びR14基のうちの1以上が独立に、−(CH2)k−W基(式中、Wは、スルホン酸及びホスホン酸基から選択され、kは、1〜10の整数である)から選択されることを条件とする。
水素化ナトリウム(60重量%、12g≡0.3モル NaH)を乾燥DMF(100ml)中でスラリー化した。得られた懸濁液を攪拌下0℃に冷却した。これに、2−メチルアセト酢酸エチル(50g、0.346モル)のDMF(25ml)溶液を、温度が<10℃に維持され、泡立ちが制御されるように滴下した。添加が終了し、水素発生が止むと、混合物を、透明な薄黄色溶液が生じるまで温水浴中で温めた。これを再び0℃に冷却した。1,4−ブタンスルトン(45g、0.33モル)のDMF(25ml)の溶液を、温度を<10℃に維持しながら15分間かけて添加した。添加が終了すると、混合物を50℃で16時間加熱した。次いで、溶媒を真空下で蒸発乾固し、残渣を水とジエチルエーテルに分配した。水層を保持し、有機層を新たな水で抽出し、次いで廃棄した。抽出水溶液を合わせて、新たなエーテルで洗浄し、次いで真空下で蒸発させて、ワックス質固体の生成物を得た。
TLCが反応の終了を示唆するまで(約3時間)、上記の材料を濃塩酸(200ml)中90℃で加熱した。次いで、溶媒を真空下で蒸発させ、残渣をフラッシュクロマトグラフィー(シリカ、エタノール/ジクロロメタン混合物)によって精製して、5−メチル−6−オキソヘプタン−1−スルホン酸49.6gを得た。
1H−nmr(D2O)δ0.9(2H,m)、1.6(3H,s+2H,m)、2.15(2H,m)、2.75(2H,m)、2.8(CH3の一重項は大部分交換)、7.8(1H,d)、8.0(1H,dd)及び8.1(1H,d)。LC−MS:実測値362。MH+=C14H20NO6S2の計算値362。
2−[(1E,3E)−4−アニリノブタ−1,3−ジエニル]−1−エチル−3−メチル−3−(4−スルホブチル)−3H−インドリウム−5−スルホネート(71mg)を、ピリジン(45):酢酸(45):無水酢酸(10)(5ml)の混合物に90℃で溶解した。この溶液に、粗1−(5−カルボキシペンチル)−2,3−ジメチル−3−(4−スルホブチル)−3H−インドリウム−5−スルホネートを20分間隔で分割添加し、ついに紫外/可視分析により、半色素成分(λmax=524、430nm)がCy5色素生成物(λmax=653nm)に完全に変換したことが示唆された。次いで、溶媒を真空下で蒸発させ、残渣をHPLC(RPC18、水/メタノール/トリエチルアミン、次いで水/アセトニトリル/TFA)によって精製した。
2−[(1E,3E)−4−アニリノブタ−1,3−ジエニル]−3−メチル−1,3−ビス(4−スルホブチル)−3H−インドリウム−5−スルホネート(70mg)を、ピリジン(45):酢酸(45):無水酢酸(10)(5ml)の混合物に90℃で溶解した。この溶液に、粗1−(5−カルボキシペンチル)−2,3−ジメチル−3−(4−スルホブチル)−3H−インドリウム−5−スルホネートを20分間隔で分割添加し、ついに紫外/可視分析により、半色素成分(λmax=524、430nm)がCy5色素生成物(λmax=656nm)に完全に変換したことが示唆された。次いで、溶媒を真空下で蒸発させ、残渣をHPLC(RPC18、水/アセトニトリル/TFA)によって精製した。
5−(カルボキシメチル)−2,3−ジメチル−1,3−ビス(4−スルホブチル)−3H−インドリウム(640mg)、及びN−[5−(フェニルアミノ)−2,4−ペンタ−ジエニリデン)アニリン一塩酸塩(125mg)を一緒に、酢酸(5ml)、無水酢酸(5ml)、及びトリエチルアミン(0.5ml)の混合物中120℃で40分間加熱した。次いで、反応混合物に、1−エチル−2,3−ジメチル−3−(4−スルホブチル)−3H−インドリウム−5−スルホネート塩(825mg(純度30%)、及びピリジン(5ml)を添加し、反応混合物を120℃でさらに40分間加熱した。冷却してすぐに、濃緑色反応混合物を過剰の酢酸エチル(500ml)に注ぎ入れ、得られた固体を濾別し、酢酸エチルで洗浄し、乾燥した。生成物(950mg)をHPLC(Vydac タンパク質 & ペプチド C18(250mm×25mm);流量;10ml/分;グラジエント 15→30% B、30分;溶離液A=水中0.1%TFA、及び溶離液B=アセトニトリル中0.1%TFA)を使用して必要に応じて精製した。所望の生成物を含む画分を貯留し、溶媒を減圧下で除去した。濃緑色固体の生成物(粗材料150mgから11.7mg)が得られた。
2,3−ジメチル−3−(4−スルホナトブチル)−3H−インドール−5−スルホン酸二ナトリウム(5g、13.9ミリモル)、及び酢酸ナトリウム(3.11g)を、メタノール(100ml)とともに1時間攪拌した。溶媒をロータリーエバポレーションによって除去し、さらにメタノール(100m1)を添加した。これをロータリーエバポレーションによって除去して、橙色粘性固体を得た。これに、スルホラン(25ml)、及び臭化ベンジル(9.51g、55.6ミリモル、4eq)を添加した。混合物を窒素ガスシール中110℃で終夜攪拌した。冷却した赤色溶液を、攪拌しながら酢酸エチル(1l)に注ぎ入れ、沈殿物を濾別した。沈殿物を多量の酢酸エチル及びジエチルエーテルで洗浄し、次いで真空乾燥した。試料を水に溶解し、逆相TLCによって、0.1%TFA変性アセトニトリル:0.1%TFA変性水(30:70)を使用して分析した。分離によって、生成物(Rf0.6)及び出発材料(Rf0.95)が得られた。生成物のスポットは静止するとすぐに赤色になり、第四級化が行われたことが示唆された。収量:8g。
1−ベンジル−2,3−ジメチル−3−(4−スルホブチル)−3H−インドリウム−5−スルホネート塩(2g)、1−(5−カルボキシペンチル)−2,3−ジメチル−3−(4−スルホブチル)−3H−インドリウム−5−スルホネート(2g)、及びマロンアルデヒドビス−フェニルイミン(2g)を、酢酸:ピリジン:無水酢酸(4.5:4.5:1)(100ml)に溶解した。混合物を90℃で2時間加熱した。混合物は即座に青色/緑色になった。UV測定のために、少試料を水に希釈した。紫外/可視吸収分光により、650nmにおいてCy5の形成を示すピークが観察された。反応混合物を+2℃で終夜貯蔵した。混合物をロータリーエバポレーションにかけて、オイルを得た。これを真空ポンプに数時間かけて、確実に乾固した。粘性固体をアセトニトリル(4回×500m1)で洗浄して、乾燥粉末を得、濾過し、さらにアセトニトリルで洗浄した。固体を真空乾燥した。収量:3.05g。
1−ベンジル−2−{(1E,3E,5E)−5−[1−(5−カルボキシペンチル)−3−メチル−5−スルホ−3−(4−スルホブチル)−1,3−ジヒドロ−2H−インドル−2−イリデン]ペンタ−1,3−ジエニル}−3−メチル−3−(4−スルホブチル)−3H−インドリウム−5−スルホネート(5mg)を、DMSO(2.2ml)、及びHSPyU(10mg)を含むDIPEA(80μl)に溶解した。混合物を2時間揺動させた。1mLの乾燥酢酸エチルを入れたSarstedt試験管に、400μlずつ分取した。試験管を15分間遠心し、酢酸エチルをデカンテーションで除いた。分析HPLCにより、生成物を微量の出発材料から分離した。酸の保持時間は22.5分、エステルは31.38分であり、NHSエステルの純度は96.01%であった。
別々のSarstedt試験管中で、化合物2及び6(そろぞれ2.5mg)、及びO−(N−スクシンイミジル)−N,N,N’,N’−テトラメチルウロニウムテトラフルオロボレート(TSTU、10mg)を、無水DMF(100μl)とともに混合した。次いで、得られた溶液の両方に、N,N−ジイソプロピルエチルアミン(10μl)を添加した。試験管を封鎖し、ボルテックスし、1時間放置した。この時間の終わりに、反応混合物を酢酸エチルで希釈し、ボルテックスし、次いで遠心して、NHSエステルを収集した。上澄み液体をデカンテーションし、ペレットを新たな酢酸エチルで洗浄し、真空乾燥した。反応は質量スペクトル(MALDI−TOF)によって確認した。
ヒツジIgGを、炭酸ナトリウム緩衝液(0.1M、pH9.2)に1mg/mlで溶解し、色素NHSエステルを、無水DMSOに約10mg/mL(250μ1)で溶解した。様々な色素/タンパク質比を得るために、一連の標識実験を実施した。各反応は、500μlの抗体溶液を、0.1〜32.0μlの様々な量の色素NHSエステル溶液と組み合わせて使用した。標識反応を、暗所中、室温で45分間揺動した。遊離色素は、固定相としてSephadex、及び溶離液としてpH7.4のリン酸緩衝生理食塩水(PBS)を使用したサイズ排除クロマトグラフィーによる精製によってコンジュゲートから除去した。化合物2を使用した反応の場合、精製抗体画分を、さらに透析にかけて、確実に非結合色素を完全除去した。
まず、ニートなコンジュゲート溶液について吸収スペクトルを測定した。色素吸光度が装置のリニアレンジ(約1.5AU)を超えた場合、PBSを使用してより希釈された試料を作成し、示度を適切に縮尺した。色素吸収ピーク(約650nm)及び抗体吸光度(280nm)において、吸光度値を記録した。
εD=色素ピーク波長(約250,000dm3モル−1cm−1)における色素の消衰係数、
A280=280nm(抗体の吸光度ピーク)における吸光度、
x=色素ピーク消衰係数に比べた280nmにおける色素の消衰係数(結果の数理解析、及び純色素の分光分析によって決定、=0.05)、
εAB=280nmにおける抗体の消衰係数(実験によって、170,000dm3モル−1cm−1であると決定)。
本発明のヘプタメチンシアニン色素例の性能を、市販のCy7誘導体(化合物7)と比べた。
ヒツジIgGを、炭酸ナトリウム緩衝液(0.1M、pH9.2)に1mg/mLで溶解し、色素NHSエステルを、無水DMSOに約10mg/mL(250μ1)で溶解した。様々な色素/タンパク質比を得るために、一連の標識実験を実施した。各反応は、500μlの抗体溶液を、0.5〜16μlの様々な量の色素NHSエステル溶液と組み合わせて使用した。標識反応を、暗所中、室温で45分間揺動した。遊離色素は、固定相としてSephadex、及び溶離液としてpH7.4のリン酸緩衝生理食塩水(PBS)を使用したサイズ排除クロマトグラフィーによる精製によってコンジュゲートから除去した。
まず、ニートなコンジュゲート溶液について吸収スペクトルを測定した。色素吸光度が装置のリニアレンジ(約1.5AU)を超えた場合、PBSを使用してより希釈された試料を作成し、示度を適切に縮尺した。色素吸収ピーク(約750nm)及び抗体吸光度(280nm)において、吸光度値を記録した。
様々なヘプタメチンシアニン色素標識コンジュゲートの相対蛍光を測定するために、紫外/可視溶液をさらにPBS緩衝液で希釈した。実施例6.3に記載したように、相対蛍光を測定し、次いで色素/タンパク質比に対してプロットした。図5。結果から、化合物3及び4によるIgGコンジュゲートは、標準Cy7 6−IgGコンジュゲートより、多い色素負荷量で明るいことが示唆される。
8.1: アミノアリル−dUTPを、炭酸塩緩衝液(10ml、pH9.2)に溶解した。これに、アセトニトリル中N−トリフルオロアセチルアミノヘキサノイルN−ヒドロキシスクシンイミド(2当量)を添加した。これを、室温で4.5時間攪拌した。分析HPLCにより、この反応の終了が示された。次いで、水酸化アンモニウム(0.88S.G.、10ml)を添加し、混合物を終夜攪拌して、アミノヘキサノイル−アミノアリル−dUTPを得た。この生成物を逆相HPLCによって精製した。
9.1: cDNAプローブ標識
cDNAを、後標識技法によって化合物2及び5を使用して標識した。色素の反応性NHSエステル誘導体をcDNAに結合させて、下記に記載するようにマイクロアレイプローブを生成させた。
収量cDNA=DNA Abs260nm×37μg/ml×全プローブ体積(mL)
ii)色素組込み:
化合物2、5、及び6を、シンチレーションバイアル中で、約0.5AU、全体積10mlに希釈した。バイアルを、20℃に温度制御された部屋のライトボックスに配置した。UV吸光度は、間隔をおいて120時間測定した。図9に、結果を示す。これから、発色団構造に結合させた複数のスルホネート基を含むシアニン色素の光安定性は、このような基をより少なく含む色素に比べて向上していることが示唆されている。
Claims (19)
- 式(I)の化合物
R3及びR4基はZ1環構造に結合し、R5及びR6基はZ2環構造に結合し、n=1、2、又は3であり、
Z1及びZ2は独立に、1環、又は2環縮合芳香族系を完結するのに必要な炭素原子を表し、
R1、R2、R3、R4、R5、R6、及びR7基の少なくとも1つは、−E−F基(式中、Eは、単結合、又は炭素、窒素、及び酸素原子からなる群から選択される原子を1〜20個連結させた鎖を有するスペーサ基であり、Fは、目標結合基である)であり、
R11、R12、R13、及びR14基の1以上は独立に、−(CH2)k−W基(式中、Wは、スルホン酸又はホスホン酸であり、kは、1〜10の整数である)から選択され、
R1及びR2基のいずれかが前記−E−F基でない場合、前記残りのR1及びR2基は独立に、C1〜C6アルキル、非置換ベンジル又はスルホン酸置換ベンジル、及び−(CH2)k−W基(式中、W及びkは本明細書の上記に定義されている)から選択され、
R3、R4、R5、及びR6基のいずれかが前記−E−F基でない場合、前記残りのR3、R4、R5、及びR6基は独立に、水素及びスルホン酸から選択され、
R11、R12、R13、及びR14のいずれかが前記−(CH2)k−W基でない場合、前記残りのR11、R12、R13、及びR14基が独立に、C1〜C6アルキルであり、
残りのR7基は、水素であり、或いはR7の2つが次の基
- R11、R12、R13、及びR14の少なくとも2つが独立に、−(CH2)k−W(式中、W及びkは本明細書の上記に定義されている)である請求項1記載の化合物。
- R11及びR12基の1つ、並びにR13及びR14基の1つが、−(CH2)k−W基(式中、W及びkは本明細書の上記に定義されている)であり、残りのR11又はR12基、及びR13又はR14基が、C1〜C6アルキルである請求項1記載の化合物。
- Wがスルホン酸である請求項1乃至3のいずれか記載の化合物。
- −(CH2)k−Wが、−(CH2)3−SO3H及び−(CH2)4−SO3Hから選択される請求項1乃至3のいずれか記載の化合物。
- Z1及びZ2が、フェニル及びナフチル部分から選択される請求項1乃至5のいずれか記載の化合物。
- 前記目標結合基Fが、目標材料の官能基との反応用の反応性基、又は目標材料の反応性基との反応用の官能基を含む請求項1乃至6のいずれか記載の化合物。
- 前記反応性基が、カルボキシル、スクシンイミジルエステル、スルホ−スクシンイミジルエステル、イソチオシアネート、マレイミド、ハロアセトアミド、酸ハライド、ヒドラジド、ビニルスルホン、ジクロロトリアジン、及びホスホルアミダイトから選択される請求項7記載の化合物。
- 前記官能基が、ヒドロキシ、アミノ、スルフヒドリル、イミダゾール、アルデヒド及びケトンを含めてカルボニル、並びにチオホスフェートから選択される請求項7記載の化合物。
- 前記目標結合基Fが、親和性タグを含む請求項1乃至6のいずれか記載の化合物。
- 前記スペーサ基Eが、
−(CHR’)p−Q−(CHR’)r−
[但し、Qは、−CHR’−、−NR’−、−O−、−CR’=CR’−、−C(O)−NR’−、及び−C(O)−O−から選択され、R’は、水素又はC1〜C4アルキルであり、pは、0〜5であり、rは、1〜5である]から選択される請求項1乃至10のいずれか記載の化合物。 - 前記−E−F基が、カルボキシペンチル基を含む請求項1乃至6のいずれか記載の化合物。
- 下記から選択される請求項1乃至13のいずれか記載の化合物。
i)2−{(1E,3E,5E)−5−[1−(5−カルボキシペンチル}−3−メチル−5−スルホ−3−{4−スルホブチル)−1,3−ジヒドロ−2H−インドル−2−イリデン]ペンタ−1,3−ジエニル}−1−エチル−3−メチル−3−(4−スルホブチル}−3H−インドリウム−5−スルホネート;
ii)2−{(1E,3E,5E)−5−[1−(5−カルボキシペンチル)−3−メチル−5−スルホ−3−(4−スルホブチル)−1,3−ジヒドロ−2H−インドル−2−イリデン]ペンタ−1,3−ジエニル}−3−メチル−1,3−ビス(4−スルホブチル)−3H−インドリウム−5−スルホネート;
iii)2−{(1E,3E,5E,7E)−7−[1−(5−カルボキシペンチル)−3−メチル−5−スルホ−3−(4−スルホブチル)−1,3−ジヒドロ−2H−インドール−2−イリデン]ヘプタ−1,3,5−トリエニル}−1−エチル−3−メチル−3−(4−スルホブチル)−3H−インドリウム−5−スルホネート;
iv)2−((1E,3E,5E,7E)−7−[5−(カルボキシメチル)−3−メチル−1,3−ビス(4−スルホブチル)−1,3−ジヒドロ−2H−インドール−2−イリデン]ヘプタ−1,3,5−トリエニル}−1−エチル−3−メチル−3−(4−スルホブチル)−3H−インドリウム−5−スルホネート;及び
v)1−ベンジル−2−{(1E,3E,5E)−5−[1−(5−カルボキシペンチル)−3−メチル−5−スルホ−3−(4−スルホブチル)−1,3−ジヒドロ−2H−インドル−2−イリデン]ペンタ−1,3−ジエニル)−3−メチル−3−(4−スルホブチル)−3H−インドリウム−5−スルホネート - 請求項1乃至14のいずれか1項記載の化合物の調製方法であって、
a)式(A)を有する第1の中間体化合物
b)第1の中間体化合物と同じでも異なってもよく、式(B)を有する第2の中間体化合物
c)第1の化合物と第2の化合物との結合の形成に適した第3の化合物(C)とを反応させるステップを含み、
但し、R1、R2、R3、R4、R5、及びR6基のうちの少なくとも1つが、−E−F基(式中、E及びFは、本明細書の上記に定義されている)であり、R11、R12、R13、及びR14基のうちの1以上が独立に、−(CH2)k−W基(式中、Wは、スルホン酸及びホスホン酸基から選択され、kは、1〜10の整数である)から選択されることを条件とする方法。 - −(CH2)k−Wが、−(CH2)3−SO3H及び−(CH2)4−SO3Hから選択される請求項16記載の化合物。
- 目標成分の標識方法であって、
i)前記成分を、式(I)の化合物:
R3及びR4基はZ1環構造に結合し、R5及びR6基はZ2環構造に結合し、n=1、2、又は3であり、
Z1及びZ2は独立に、1環、又は2環縮合芳香族系を完結するのに必要な炭素原子を表し、
R1、R2、R3、R4、R5、R6、及びR7基の少なくとも1つは、−E−F基(式中、Eは、単結合、又は炭素、窒素、及び酸素原子からなる群から選択される原子を1〜20個連結させた鎖を有するスペーサ基であり、Fは、目標結合基である)であり、
R11、R12、R13、及びR14基の1以上は独立に、−(CH2)k−W基(式中、Wは、スルホン酸又はホスホン酸であり、kは、1〜10の整数である)から選択され、
R1及びR2基のいずれかが前記−E−F基でない場合、前記残りのR1及びR2基は独立に、C1〜C6アルキル、非置換ベンジル又はスルホン酸置換ベンジル、及び−(CH2)k−W基(式中、W及びkは本明細書の上記に定義されている)から選択され、
R3、R4、R5、及びR6基のいずれかが前記−E−F基でない場合、前記残りのR3、R4、R5、及びR6基は独立に、水素及びスルホン酸から選択され、
R11、R12、R13、及びR14のいずれかが前記−(CH2)k−W基でない場合、前記残りのR11、R12、R13、及びR14基が独立に、C1〜C6アルキルであり、
残りのR7基は、水素であり、或いはR7の2つが次の基
ii)前記蛍光色素を、前記成分に結合させ、それによって前記成分を標識するのに適した条件下で前記成分とインキュベートするステップとを含む方法。 - 前記成分が、抗体、脂質、タンパク質、ペプチド、炭水化物;アミノ、スルフヒドリル、カルボニル、ヒドロキシル、及びカルボキシル、及びチオホスフェート基のうちの1以上を含む、又はそれを含むように誘導体化されたヌクレオチド;アミノ、スルフヒドリル、カルボニル、ヒドロキシル、カルボキシル、及びチオホスフェート基のうちの1以上を含む、又はそれを含むように誘導体化されたオキシ又はデオキシポリ核酸;微生物材料、薬物、ホルモン、細胞、細胞膜、並びに毒素からなる群から選択される請求項18記載の方法。
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