JP2007275016A5 - - Google Patents

Claims (13)

1. mRNAの測定方法であって、
   (a) プライマーを用いてのCK19 mRNAの一部分を増幅し、そして
   (b) 形成された増幅物を２種類のプローブを用いて検出する、
   ことを含んで成り；
   前記プライマーが、
   −CK19遺伝子の第１のエキソン上に位置する領域へのハイブリダイゼーションを可能にする配列を有する第１プライマー、及び
   −前記第１のエキソンの下流に位置するCK19遺伝子の第２のエキソン上に位置する領域へのハイブリダイゼーションを可能にする配列を有する第２プライマー、
   であり、
   ここで、前記プライマーの少なくとも１つの配列がその３’においてCK19偽遺伝子に対して少なくとも１個のミスマッチを含み、そして前記プライマーのいずれな１つがCK19偽遺伝子に対して少なくとも２個のミスマッチを含み、
   そして前記プローブが、
   −前記第１プライマーが結合する領域の下流で且つ前記第２プライマーが結合する領域の上流のCK19遺伝子のエキソンの3’−末端に位置する領域へのハイブリダイゼーションを可能にする配列を有する第１プローブ、及び
   −前記第１プローブが結合する領域の下流で且つ前記第２プライマーが結合する領域の上流に隣接するCK19遺伝子のエキソンの5'−末端に位置する領域へのハイブリダイゼーションを可能にする配列を有する第２プローブ、
   であり、
   前記プローブの１つがドナーによりラベルされとおり、そして前記プローブの他方がアクセプターによりラベルされている、
   ことを特徴とする方法。
2. 前記ドナーが、FITC（fluorescein isothiocyanate）であり、そして前記アクセプターが、ローダミン色素及びシアニン色素から成る群から選択される、請求項１に記載の方法。
3. 前記第１プローブがその3'−末端でドナーによりラベルされ、そして前記第２プローブがその5'−末端でアクセプターによりラベルされる請求項１又は２に記載の方法。
4. CK19 mRNA及びCK20 mRNAの同時測定方法であって、
   (a) CK19 mRNAのための１組のプライマー及びCK20 mRNAのための１組のプライマーを用いて前記mRNAの一部分を増幅し、そして
   (b) 形成された増幅物を、CK19 mRNAのための１組のプローブ及びCK20 mRNAのための１組のプローブを用いて検出する、
   ことを含んでなり；
   前記CK19 mRNAのための１組のプライマーが、
   −CK19遺伝子の第１のエキソン上に位置する領域へのハイブリダイゼーションを可能にする配列を有する第１プライマー、及び
   −前記第１のエキソンの下流に位置するCK19遺伝子の第２のエキソン上に位置する領域へのハイブリダイゼーションを可能にする配列を有する第２プライマー、
   であり、
   ここで、前記プライマーの少なくとも１つの配列がその３’においてCK19偽遺伝子に対して少なくとも１個のミスマッチを含み、そして前記プライマーのいずれな１つがCK19偽遺伝子に対して少なくとも２個のミスマッチを含み、
   前記CK19 mRNAのためのプローブが、
   −前記第１プライマーが結合する領域の下流で、且つ前記第２プライマーが結合する領域の上流のCK19遺伝子のエキソンの3'−末端に位置する領域へのハイブリダイゼーションを可能にする配列を有する第１プローブ、及び
   −前記第１プローブが結合する領域の下流で且つ前記第２プライマーが結合する領域の上流に隣接するCK19遺伝子のエキソンの5'−末端に位置する領域へのハイブリダイゼーションを可能にする配列を有する第２プローブ、
   であり；前記CK20 mRNAのためのプライマーが、
   −CK20遺伝子上に位置する領域へのハイブリダイゼーションを可能にする配列を有する第３プライマー、及び
   −前記第３プライマーの下流のCK20遺伝子上に位置する領域へのハイブリダイゼーションを可能にする配列を有する第４プライマー、
   であり；そしてCK20 mRNAのためのプローブが、
   −前記第３プライマーが結合する領域の下流で且つ前記第４プライマーが結合する領域の上流のCK20遺伝子上に位置する領域へのハイブリダイゼーションを可能にする配列を有する第３プローブ、及び
   −前記第４プライマーが結合する領域の上流で且つ前記第３プローブが結合する領域の下流のCK20遺伝子上に位置する領域へのハイブリダイゼーションを可能にする配列を有する第４プローブ、
   であり；ここで、
   前記CK19 mRNAの検出のためのプローブがドナー及びアクセプターによりラベルされ、そして前記CK20 mRNAの検出のためのプローブがドナー及びアクセプターによりラベルされ、ここでCK19ドナー/アクセプター対が前記CK20ドナー/アクセプター対とは異なる、
   ことを特徴とする方法。
5. 前記第１プローブ及び第３プローブがそれらの3'−末端でドナーによりラベルされ、そして前記第２プローブ及び第４プローブがそれらの5'−末端でアクセプターによりラベルされる、請求項４に記載の方法。
6. 前記ドナーが、FITCであり、そして前記アクセプターが、ローダミン色素及びシアニン色素から成る群から選択される、請求項４又は５に記載の方法。
7. 前記CK19 mRNA及びCK20 mRNAの一部分の増幅及び前記形成される増幅物の検出が、同じ反応容器内で行われる、請求項４〜６のいずれか１項に記載の方法。
8. CK19 mRNAの検出のために有用な組成物であって、
   −CK19遺伝子の第１のエキソン上に位置する領域へのハイブリダイゼーションを可能にする配列を有する第１プライマー、
   −前記第１のエキソンの下流に位置するCK19遺伝子の第２のエキソン上に位置する領域へのハイブリダイゼーションを可能にする配列を有する第２プライマー、
   −前記第１プライマーが結合する領域の下流で且つ前記第２プライマーが結合する領域の上流のCK19遺伝子のエキソンの3'−末端に位置する領域へのハイブリダイゼーションを可能にする配列を有する第１プローブ、及び
   −前記第１プローブが結合する領域の下流で且つ前記第２プライマーが結合する領域の上流のCK19遺伝子の隣接するエキソンの5'−末端に位置する領域へのハイブリダイゼーションを可能にする配列を有する第２プローブ、
   を含んで成り、
   ここで、前記プライマーの少なくとも１つの配列がその３’においてCK19偽遺伝子に対して少なくとも１個のミスマッチを含み、前記プライマーのいずれな１つがCK19偽遺伝子に対して少なくとも２個のミスマッチを含み、そして前記プローブの１つがドナーによりラベルされとおり、そして前記プローブの他方がアクセプターによりラベルされている、
   ことを特徴とする組成物。
9. CK19 mRNAの増幅及び検出のためのキットであって、
   −CK19遺伝子の第１のエキソン上に位置する領域へのハイブリダイゼーションを可能にする配列を有する第１プライマー、及び
   −前記第１のエキソンの下流に位置するCK19遺伝子の第２のエキソン上に位置する領域へのハイブリダイゼーションを可能にする配列を有する第２プライマー、
   を有する１組のプライマー、
   ここで、前記プライマーの少なくとも１つの配列がその３’においてCK19偽遺伝子に対して少なくとも１個のミスマッチを含み、そして前記プライマーのいずれな１つがCK19偽遺伝子に対して少なくとも２個のミスマッチを含む；
   並びに
   −前記第１プライマーが結合する領域の下流で且つ前記第２プライマーが結合する領域の上流のCK19遺伝子のエキソンの3'−末端に位置する領域にハイブリダイズする第１プローブ、及び
   −前記第１プローブが結合する領域の下流で且つ前記第２プライマーが結合する領域の上流のCK19遺伝子の隣接するエキソンの5'−末端に位置する領域にハイブリダイズする第２プローブ、
   を有する１組のプローブ、
   前記プローブの１つがドナーによりラベルされとおり、そして前記プローブの他方がアクセプターによりラベルされている；
   を少なくとも含んで成るキット。
10. CK19 mRNA及びCK20 mRNAを同時に増幅し、そして個別に検出するためのキットであって、２対のプライマー及び２対のプローブを少なくとも含んで成り、前記CK19 mRNAの検出のためのプローブがドナー及びアクセプターによりラベルされ、前記CK20 mRNAの検出のためのプローブがドナー及びアクセプターによりラベルされ、ここでCK19ドナー/アクセプター対が前記CK20ドナー/アクセプター対とは異なり、
    CK19 mRNAの増幅のための前記プライマーが、
    −CK19遺伝子の第１のエキソン上に位置する領域へのハイブリダイゼーションを可能にする配列を有する第１プライマー、及び
    −前記第１のエキソンの下流に位置するCK19遺伝子の第２のエキソン上に位置する領域へのハイブリダイゼーションを可能にする配列を有する第２プライマー、
    を有する１組のプライマーであり、
    ここで、前記プライマーの少なくとも１つの配列がその３’においてCK19偽遺伝子に対して少なくとも１個のミスマッチを含み、そして前記プライマーのいずれな１つがCK19偽遺伝子に対して少なくとも２個のミスマッチを含み;そして
    検出のための前記プローブが、
    −前記第１プライマーが結合する領域の下流で且つ前記第２プライマーが結合する領域の上流のCK19遺伝子のエキソンの3'−末端に位置する領域にハイブリダイズする第１プローブ、及び
    −前記第１プローブが結合する領域の下流で且つ前記第２プライマーが結合する領域の上流のCK19遺伝子の隣接するエキソンの5’−末端に位置する領域にハイブリダイズする第２プローブ、
    を有する、ことを特徴とするキット。
11. CK20のためのプライマーが、
    −CK20遺伝子上に位置する領域へのハイブリダイゼーションを可能にする配列を有する第３プライマー、及び
    −前記第３プライマーの下流のCK20遺伝子上に位置する領域へのハイブリダイゼーションを可能にする配列を有する第４プライマー、
    であり；そして
    CK20 mRNAのためのプローブが、
    −前記第３プライマーが結合する領域の下流で且つ前記第４プライマーが結合する領域の上流のCK20遺伝子上に位置する領域へのハイブリダイゼーションを可能にする配列を有する第３プローブ、及び
    −前記第４プライマーが結合する領域の上流で且つ前記第３プローブが結合する領域の下流のCK20遺伝子上に位置する領域へのハイブリダイゼーションを可能にする配列を有する第４プローブ、
    である、請求項10に記載のキット。
12. 前記プライマー対が混合物に含まれ、又は前記プローブ対が混合物に含まれ、又は前記プライマー対及び前記プローブ対が混合物に含まれる、請求項９〜11のいずれか１項に記載のキット。
13. さらに緩衝液を含む、請求項９〜12のいずれか１項に記載のキット。