JP2007075127A - 遺伝子発現を測定するためのイントロンrnaの使用 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】生物学的サンプルにおける遺伝子発現をモニタリングするための方法であって、以下:(a)標的遺伝子内のイントロンRNA配列に相補的なポリヌクレオチドを提供する工程であって、該イントロンRNA配列の発現が、該遺伝子内のエキソンmRNA配列の発現と相関する、工程;(b)該ポリヌクレオチドを該イントロンRNA配列にハイブリダイズしてポリヌクレオチド−イントロンRNA複合体を形成する工程;および(c)該ポリヌクレオチド−イントロンRNA複合体を検出する工程を包含する方法。
【選択図】なし
Description
(発明の分野)
細胞および組織内の遺伝子発現が、細胞、組織または患者の生理学的および病理学的状態を指示し得ることは十分に認識されている。数十年間の間、蛋白質マーカーの免疫組織化学的分析により測定された遺伝子発現が、治療決定を行うために用いられてきた。例えば、この方法で測定されたエストロゲン受容体およびプロゲステロン受容体の濃度は、抗エストロゲン薬によって治療する乳癌患者を選択するために、現在ルーチン的に用いられている。
K.Spechtら、「Am.J.Pathol」、2001年、第158巻、p.419−29 T.E.Godfreyら、「J.Mol.Diagnostics」、2000年、第2巻、p.84−91 B.Lewin.、「Genes IV」、Cell Press,Cambridge Mass、1990年 Thomasら、「J.Virol.」、2002年、第76巻、p.532−40 Clementら、「J.Biol.Chem.」、2001年、第276巻、p.16919−30 Sharpら、「Ann.Rev.Biochem.」、1986年、第55巻、p.1119−1150 Wangら、「Proc.Natl.Acad.Sci.USA」、1997年、第94巻、p.4360−5 ElliottおよびRosbash、「Exp.Cell Res.」、1996年、第229巻、p.181−8 Clementら、「RNA」、1999年、第5巻、p.206−20
(項目1)
生物学的サンプルにおける遺伝子発現をモニタリングするための方法であって、該方法は、以下:
(a)標的遺伝子内のイントロンRNA配列に相補的なポリヌクレオチドを提供する工程であって、該イントロンRNA配列の発現が、該遺伝子内のエキソンmRNA配列の発現と相関する、工程;
(b)該ポリヌクレオチドを該イントロンRNA配列にハイブリダイズしてポリヌクレオチド−イントロンRNA複合体を形成する工程;および
(c) 該ポリヌクレオチド−イントロンRNA複合体を検出する工程、
を包含する、方法。
(項目2)
上記イントロンRNA配列が、上記標的遺伝子のmRNAと同時発現するイントロン配列を同定する工程、および該同時発現に関して最も高い相関係数を有するイントロンRNA配列を選択する工程により選択される、項目1に記載の方法。
(項目3)
上記イントロンRNA配列が、少なくとも50ヌクレオチド塩基長である、項目1に記載の方法。
(項目4)
上記イントロンRNA配列が、少なくとも55ヌクレオチド塩基長である、項目1に記載の方法。
(項目5)
上記イントロンRNA配列が、少なくとも60ヌクレオチド塩基長である、項目1に記載の方法。
(項目6)
上記生物学的サンプルが、組織サンプルである、項目1に記載の方法。
(項目7)
上記組織が、腫瘍組織である、項目6に記載の方法。
(項目8)
上記腫瘍が、癌である、項目7に記載の方法。
(項目9)
上記癌が、乳癌、結腸癌、肺癌、前立腺癌、肝細胞癌、胃癌、膵臓癌、子宮頚癌、卵巣癌、肝臓癌、膀胱癌、尿路癌、甲状腺癌、腎臓癌、癌腫、黒色腫、および脳癌からなる群より選択される、項目8に記載の方法。
(項目10)
上記組織サンプルが、固定された、ワックス包埋組織サンプルである、項目6に記載の方法。
(項目11)
上記組織サンプルが、ホルマリン固定された、パラフィン包埋組織サンプルである、項目10に記載の方法。
(項目12)
上記エキソンRNAが、断片化されている、項目10に記載の方法。
(項目13)
上記生物学的サンプルが、生体液である、項目1に記載の方法。
(項目14)
上記ハイブリダイゼーションが、ストリンジェントな条件下で実施される、項目1に記載の方法。
(項目15)
上記イントロンRNAの発現を定量化する工程をさらに包含する、項目1に記載の方法。
(項目16)
上記ポリヌクレオチドが、一本鎖オリゴヌクレオチドである、項目1に記載の方法。
(項目17)
上記一本鎖オリゴヌクレオチドが、PCRプローブである、項目16に記載の方法。
(項目18)
上記PCRプローブが、上記イントロンRNA配列内の固有の配列に基づいて設計される、項目17に記載の方法。
(項目19)
上記一本鎖オリゴヌクレオチドが、PCRプライマーである、項目16に記載の方法。
(項目20)
上記PCRプライマーが、上記イントロンRNA配列内の固有の配列に基づいて設計される、項目19に記載の方法。
(項目21)
1種より多い標的遺伝子の発現が、モニタリングされる、項目1に記載の方法。
(項目22)
少なくとも50個の標的遺伝子を同時モニタリングする工程を包含する、項目21に記載の方法。
(項目23)
少なくとも100個の標的遺伝子を同時モニタリングする工程を包含する、項目21に記載の方法。
(項目24)
少なくとも500個の標的遺伝子を同時モニタリングする工程を包含する、項目21に記載の方法。
(項目25)
少なくとも10,000個の標的遺伝子を同時モニタリングする工程を包含する、項目21に記載の方法。
(項目26)
複数の上記標的遺伝子に対応するイントロンRNA配列が、固体表面上に固定されたアレイとして提示される、項目25に記載の方法。
(項目27)
上記標的遺伝子が、図6に列挙される遺伝子から選択される、項目1に記載の方法。
(項目28)
標的遺伝子の増幅のために一本鎖オリゴヌクレオチド分子を調製する方法であって、該方法は、以下:
(a)上記標的遺伝子の発現が、該標的遺伝子内のエキソンmRNA配列の発現と相関する、該標的遺伝子内の少なくとも1つのイントロン配列を同定する工程;および
(b)転写されたイントロン配列の少なくとも一部に対応する一本鎖オリゴヌクレオチド分子を調製する工程、
を包含する、方法。
(項目29)
上記一本鎖オリゴヌクレオチド分子を調製する前に上記イントロン配列内の反復配列を同定する工程を包含する、項目28に記載の方法。
(項目30)
上記オリゴヌクレオチド分子を調製する前に上記反復配列がマスクされる、項目29に記載の方法。
(項目31)
上記一本鎖オリゴヌクレオチド分子が、PCRプライマーである、項目28に記載の方法。
(項目32)
上記PCRプライマーが、上記転写されたイントロン配列内の標的配列の5’−配列を含むように設計されたフォワードプライマーである、項目31に記載の方法。
(項目33)
上記PCRプライマーが、上記転写されたイントロン配列内のフォワードプライマーの下流の標的配列の5’−配列を相補するように設計されたリバースプライマーである、項目31に記載の方法。
(項目34)
上記標的配列が、少なくとも50ヌクレオチド塩基長である、項目32または33に記載の方法。
(項目35)
上記標的配列が、少なくとも55ヌクレオチド塩基長である、項目32または33に記載の方法。
(項目36)
上記標的配列が、少なくとも60ヌクレオチド塩基長である、項目32または33に記載の方法。
(項目37)
上記PCRプライマーが、17〜30ヌクレオチド塩基長である、項目31に記載の方法。
(項目38)
上記PCRプライマーが、約20%から80%のG塩基+C塩基を含む、項目31に記載の方法。
(項目39)
上記PCRプライマーの融解温度(Tm)が、約50℃と約70℃との間である、項目31に記載の方法。
(項目40)
上記一本鎖オリゴヌクレオチド分子が、PCRプローブである、項目28に記載の方法。
(項目41)
上記PCRプローブが、上記転写されたイントロン配列内の標的配列内の一部を含むか、または相補するように設計される、項目40に記載の方法。
(項目42)
上記PCRプローブが、レポーター蛍光色素およびクエンチャー蛍光色素により標識される、項目41に記載の方法。
(項目43)
上記標的遺伝子が、図6に列挙された遺伝子から選択される、項目28に記載の方法。
(項目44)
少なくとも1種の目的の遺伝子を提示する固定されたパラフィン包埋組織サンプルにおけるイントロンRNAを増幅するための方法であって、該方法は、以下:
(a)対応するエキソンRNAの発現と相関する発現をするイントロンRNAの逆転写により得られたDNAを、該イントロンRNAに対応するPCRプライマーおよびプローブの少なくとも1セットと接触させる工程;ならびに
(b)PCR増幅を実施する工程;
を包含する、方法。
(項目45)
上記PCRプライマーおよびプローブが、上記イントロンRNA内の固有の配列に基づいて設計される、項目44に記載の方法。
(項目46)
上記サンプルが、目的の複数遺伝子を呈示する断片化RNAを含む、項目44に記載の方法。
(項目47)
上記サンプルが、イントロン内の固有の配列に基づいて設計されたPCRプライマーおよびプローブのプールと接触され、該固有の配列の発現が、上記目的の遺伝子内に存在する対応するエキソンの発現と相関する、項目46に記載の方法。
(項目48)
上記プールが、図2に示されたイントロンベースのプライマー/プローブセットの少なくとも1つを含む、項目47に記載の方法。
(項目49)
上記プールが、図2に示された少なくとも1つのフォワードプライマーもしくはリバースプライマーまたはプローブセットを含む、項目47に記載の方法。
(項目50)
上記組織サンプルが、腫瘍生検由来である、項目46に記載の方法。
(項目51)
上記腫瘍生検が、ヒト患者から得られる、項目50に記載の方法。
(項目52)
上記腫瘍が、乳癌である、項目51に記載の方法。
(項目53)
上記腫瘍が、肺癌である項目51に記載の方法。
(項目54)
上記腫瘍が、結腸直腸癌である項目51に記載の方法。
(項目55)
上記目的の遺伝子のRNA転写物またはそれらの発現産物の発現レベルを決定する工程をさらに包含する、項目51に記載の方法。
(項目56)
上記RNA転写物またはそれらの産物の差示的発現が、処置に対して予測される患者の反応または患者の生存と相関する、項目55に記載の方法。
(項目57)
上記目的の遺伝子が、図6に列挙された遺伝子から選択される、項目44に記載の方法。
(項目58)
項目52に記載の方法であって、上記腫瘍が浸潤性乳癌であって、該方法が、以下:
(1)上記サンプル中の、以下:
(2)工程(a)で得られたデータを統計解析に供する工程;ならびに、
(3)上記患者の乳癌再発を伴わない長期生存の可能性が増加するか、または減少するかを決定する工程、
を包含する、方法。
(項目59)
上記RNA転写物またはそれらの発現産物の発現レベルが、上記乳癌組織サンプルにおける全RNA転写物もしくはそれらの発現産物、またはRNA転写物もしくはそれらの産物の参照セットの発現レベルに対して正規化されている、項目58に記載の方法。
(項目60)
項目52に記載の方法であって、上記腫瘍が、エストロゲンレセプター(ER)−陽性浸潤性乳癌であって、該方法が、以下:
(1)
(2)工程(1)で得られたデータを統計解析に供する工程;ならびに、
(3)上記患者の乳癌再発を伴わない長期生存の可能性が増加するか、または減少するかを決定する工程、
を包含する、方法。
(項目61)
上記RNA転写物またはそれらの発現産物の発現レベルが、上記乳癌組織サンプルにおける全RNA転写物もしくはそれらの発現産物、またはRNA転写物もしくはそれらの産物の参照セットの発現レベルに対して正規化されている、項目60に記載の方法。
(項目62)
項目52に記載の方法であって、上記腫瘍が乳癌であって、該方法が、以下:
(1)上記サンプルにおける全RNA転写物もしくはそれらの産物、またはRNA転写物もしくはそれらの発現産物の参照セットの発現レベルに対して正規化された、
(2) 工程(a)で得られたデータを統計解析に供する工程;ならびに
(3) 上記患者の乳癌再発を伴わない長期生存の可能性が増加するか、または減少するかを決定する工程、
を包含する、方法。
(項目63)
上記RNA転写物またはそれらの発現産物の発現レベルが、上記乳癌組織サンプルにおける全RNA転写物もしくはそれらの発現産物、またはRNA転写物もしくはそれらの産物の参照セットの発現レベルに対して正規化されている、項目62に記載の方法。
(項目64)
項目52に記載の方法であって、上記腫瘍が、浸潤性乳癌であって、該方法が、上記患者から得られた乳癌組織サンプル中の、以下:
(2)工程(a)で得られたデータを統計解析に供する工程;ならびに、
(3)上記長期生存の可能性が増加するか、または減少するかを決定する工程、
を包含する、方法。
(項目65)
上記RNA転写物またはそれらの発現産物の発現レベルが、上記乳癌組織サンプルにおける全RNA転写物もしくはそれらの発現産物、またはRNA転写物もしくはそれらの産物の参照セットの発現レベルに対して正規化されている、項目64に記載の方法。
(項目66)
固体表面に固定されている目的の標的遺伝子にハイブリダイズする複数のポリヌクレオチドを含むアレイを用いて遺伝子発現を測定するための方法であって、該ポリヌクレオチドの少なくとも1つが、対応するエキソン配列の発現と相関する発現をするイントロンベースの配列を含む、方法。
(項目67)
上記ポリヌクレオチドの全てが、イントロン配列を含む、項目66に記載の方法。
(項目68)
図1A〜Mに示されたアンプリコンの少なくとも1つまたはそれらの相補体を含む、項目66に記載の方法。
(項目69)
図1A〜Mに示された2つ以上のアンプリコンまたはそれらの相補体を含む、項目66に記載の方法。
(項目70)
図1A〜Mに示された全てのアンプリコンまたはそれらの相補体を含む、項目66に記載の方法。
(項目71)
項目66に記載の方法であって、以下
(項目72)
上記遺伝子の少なくとも5個にハイブリダイズするイントロンベースのポリヌクレオチド配列を使用する工程を包含する、項目71に記載の方法。
(項目73)
上記遺伝子の少なくとも10個にハイブリダイズするイントロンベースのポリヌクレオチド配列を使用する工程を包含する、項目71に記載の方法。
(項目74)
上記遺伝子の全てにハイブリダイズするイントロンベースのポリヌクレオチド配列を使用する工程を包含する、項目71に記載の方法。
(項目75)
項目66に記載の方法であって、該方法は、以下:
(項目76)
上記遺伝子の少なくとも5個にハイブリダイズするイントロンベースのポリヌクレオチド配列を使用する工程を包含する、項目75に記載の方法。
(項目77)
上記遺伝子の少なくとも10個にハイブリダイズするイントロンベースのポリヌクレオチド配列を使用する工程を包含する、項目75に記載の方法。
(項目78)
上記遺伝子の全てにハイブリダイズするイントロンベースのポリヌクレオチド配列を使用する工程を包含する、項目75に記載の方法。
(項目79)
項目66に記載の方法であって、該方法は、以下:
(項目80)
項目66に記載の方法であって、該方法は、以下:
(項目81)
項目66に記載の方法であって、該方法は、以下:
(項目82)
項目66に記載の方法であって、該方法は、以下:
(項目83)
図6に列挙された遺伝子から選択される少なくとも1つの遺伝子に対応するイントロンベースのポリヌクレオチド配列を使用する工程を包含する、項目66に記載の方法。
(項目84)
図6に列挙された遺伝子から選択される複数の遺伝子に対応するイントロンベースのポリヌクレオチド配列を使用する工程を包含する、項目66に記載の方法。
(項目85)
イントロンベースおよびエキソンベース両方のポリヌクレオチド配列を使用する工程を包含する、項目66に記載の方法。
(項目86)
目的の同一の標的遺伝子にハイブリダイズするイントロンベースおよびエキソンベース両方のポリヌクレオチド配列を使用する工程を包含する、項目66に記載の方法。
(項目87)
上記アレイが、少なくとも100個の遺伝子を含む、項目66に記載の方法。
(項目88)
上記アレイが、100μの切片に少なくとも100個の遺伝子を含む、項目87に記載の方法。
(項目89)
上記アレイが、100μの切片に少なくとも150個の遺伝子を含む、項目87に記載の方法。
本発明は、定義によりヘテロ核RNA内には存在しているが、典型的にはmRNA内に組み込まれていない転写イントロン配列が、診断的および予後的な有用性を有するということを証明している実験的証拠に基づいている。これは、幾つかの理由で重要な発見である。典型的には、イントロン配列は、エキソン配列よりも20倍以上長い。したがって、イントロンは、それらの平均長がはるかに長いことを考慮に入れると、例えば、RT−PCRの場合、最適な遺伝子発現プローブデザインの機会の比例的増加、より良好な技術的性能を有するプローブ/プライマーセットの創製を提供する。それとは独立に、イントロン配列は、エキソン配列よりも速やかに展開するため、イントロンRNA類は、遺伝子ファミリーの種々の密接に関連したメンバーの発現をモニタリングするために十分に適合化される。
(a)イントロンRNA配列の発現が、標的遺伝子内のエキソンmRNA配列の発現に関連している、標的遺伝子内のイントロンRNA配列に相補的なポリヌクレオチドを提供すること;
(b)前記ポリヌクレオチドをイントロンRNA配列にハイブリダイズして、ポリヌクレオチドイントロンRNA複合体を形成すること;および
(c)ポリヌクレオチドイントロンRNA複合体を検出すること、
を含んでなる生物学的サンプルにおける遺伝子発現のモニタリング法に関する。
(a)標的遺伝子内のイントロン配列の発現が、標的遺伝子内のエキソン配列の発現に関連している、標的遺伝子内の少なくとも1つのイントロン配列を同定すること;
(b)転写イントロン配列の少なくとも一部に対応する一本鎖ポリオリゴヌクレオチド分子を調製すること;および
(c)遺伝子発現を測定するために、オリゴヌクレオチド分子を使用すること、
を含んでなる標的遺伝子増幅のために一本鎖オリゴヌクレオチド分子を調製し、イントロンRNA種の濃度を測定する方法に関する。
(a)イントロン配列の発現が、標的遺伝子内の対応するエキソン配列の発現に関連している、標的遺伝子内の少なくとも1つの標的イントロン配列を同定すること;および
(b)イントロン特異的PCRプライマー/プローブセットを用いて、転写された標的イントロン配列を増幅すること、
を含んでなるポリメラーゼ連鎖反応(PCR)による標的遺伝子の増幅によって、遺伝子の発現を測定する方法に関する。
(a)サンプルを、PCRのプライマーとプローブの少なくとも1つのセットとを接触させる工程;および
(b)PCR増幅を実施する工程、
を含んでなる少なくとも1つの対象の遺伝子を表すサンプルにおけるRNA断片を増幅する方法に関するものであり、PCRのプライマーとプローブは、イントロン配列の発現が、関心対象の遺伝子内のエキソン配列の発現に関連している対象の遺伝子内に同定されたイントロン配列に基づいてデザインされる。
(A.定義)
他に定義されない限り、本明細書に用いられている専門用語および科学用語は、本発明が属する通常の当業者により一般に理解されているものと同じ意味を有する。Singletonら著Dictionary of Microbiology and Molecular Biology第2版、J.Wiley & Sons(ニューヨーク州ニューヨーク所在、1994年)は、本適用に用いられる多くの用語への一般的な指針を当業者に提供している。
他に指示されない限り、本発明の実践には、分子生物学(組換え法を含む)、微生物学、細胞生物学および生化学の従来技法が用いられ、それらは当業技術の範囲内にある。それらの技法は、「Molecular Cloning:A Laboratory Manual」、第2版(Sambrookら、1989年);「Oligonucleotide Synthesis」(M.J.Gait編集、1984年);「Animal Cell Culture」(R.I.Freshney編集、1987年);「Methods in Enzymology」(Academic Press社);「Handbook of Experimental Immunology」第4版(D.M.Weir & C.C.Blackwell編集、Blackwell Science社、1987年);「Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells」(J.M.Miller & M.P.Calos編集、1987年);「Current Protocols in Molecular Biology」(F.M.Ausubelら編集、1987年);「PCR:The Polymerase Chain Reaction」、(Mullisら編集、1994年)などの文献において十分に説明されている。
ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)の目的は、さらなる使用に、より大量の核酸を提供するために遺伝子のコピーを作製することである。PCRは、4種のdNTP類(sATP、dCTP、dGTP、dTTP)および増幅すべき標的配列にフランキングしている2種のオリゴヌクレオチドプライマーを含有する混合物中、所与のDNA鎖に対する相補鎖を合成できる特殊ポリメラーゼ酵素(例えば、Taq DNAポリメラーゼ)に基づく方法である。2種のオリゴヌクレオチドプライマーは、PCR反応に典型的なアンプリコンを生成させるために用いられる。第3のオリゴヌクレオチド、またはプローブは、2種のPCRプライマー間に位置するヌクレオチド配列を検出するためにデザインされる。プローブデザインは種々あるが、TaqMan(登録商標)PCR法では、プローブシグナルは、レポーター蛍光色素および消光剤蛍光色素の近接によって制御される。レポーター色素からのレーザー誘導発光は、2種の色素がプローブ上にある時に共に接近した位置にある場合、消光剤色素によって消光される。増幅反応時、ポリメラーゼ酵素(例えば、Taq DNAポリメラーゼ)は、温度依存様式でプローブを開裂する。生じたプローブ断片は、溶液中、脱会合し、遊離したレポーター色素からのシグナルは、第2の蛍光発色団の消光作用を免れる。新たに合成された各分子に対し1分子のレポーター色素が遊離し、消光されないレポーター色素の検出によって、データの定量的解釈の基礎が提供される。
高等真核生物の多くの遺伝子は、10万ヌクレオチド対以上を含有し、200万ヌクレオチド対以上を含有しているものもある。これは、約1000ヌクレオチドの位数にある平均サイズの蛋白質(300〜400のアミノ酸)をコードするために必要とされるヌクレオチド配列よりも著しく長い。残りの長さの殆どは、その遺伝子配列内のコード化(エキソン)配列を分断している非コード化(イントロン)配列からなっている。mRNA、tRNAをコードしている多くの高等真核生物遺伝子およびrRNAをコードしている幾つかは、イントロン配列によって分断されている。mRNAに対する遺伝子は典型的に、0から60のイントロンを有し、一方、tRNAに対する遺伝子は典型的に、0または1つのイントロンを含む。
(表1)
現在、PCRのプライマーおよびプローブは、イントロン配列を考慮することなく、mRNA配列またはcDNA配列に基づいてデザインされている。実際、イントロンは、通常スプライシング時に除去され、一般に急速に分解される「パッケージング」物質と見なされている。
本発明の一態様によれば、PCRプライマーおよびプローブは、増幅すべき遺伝子内に存在しているイントロン配列に基づいてデザインされる。したがって、プライマー/プローブデザインの最初の工程は、遺伝子内部にあるイントロン配列の記述である。これは、Kent,W.J.、Genome Res.12(4):p.656−64(2002)によって開発されたDNABLATソフトウェアなどの一般に入手できるソフトウェアまたは、変型を含むBLASTソフトウェアによって実施することができる。その後の工程は、PCRプライマーおよびプローブデザインの十分に確立された方法が続く。
本発明の方法、具体的には、本明細書におけるイントロンベースのPCRプライマーおよびプローブ、遺伝子または遺伝子断片を表している核酸(RNA、DNA、ならびに一般に全てのオリゴヌクレオチドおよびポリヌクレオチドを含む)の増幅が必要とされている全ての分野における利用である。したがって、本発明によって、設計されたPCRプライマーおよびプローブは、限定はしないが、定量的PCR(例えば、定量的RT−PCR)およびマイクロアレイ分析ならびにビーズベースのアッセイによる遺伝子発現プロファイリングなど、任意の方法論による遺伝子発現プロファイリングを目的として、生物学的サンプルに存在する個々の遺伝子または複数の遺伝子を増幅するために使用することができる。
RR=指数[係数(遺伝子A)x Ct(遺伝子A)+係数(遺伝子B)x Ct(遺伝子B)+係数(遺伝子C)x Ct(遺伝子C)+.....]。
(イントロン特異的PCRプライマー/プローブセットのデザインおよび使用)
ホルマリン固定パラフィン埋め込み(FPET)乳癌生検検体(Clinomics Bioscience社、マサチューセッツ州ピッツフィールド所在)から、以下のとおりRNAを抽出した。3つの10μM切片を切断し、1.5ml管に入れた。キシレン抽出(1ml、3回)に続いてエタノール洗浄(1ml、2回)により、パラフィンを除去した。MasterPure(商標)精製キット(Epicentre、ウィスコンシン州マジソン所在)を用いて、切片組織塊からRNAを単離した。RiboGreen蛍光法(Molecular Probes)によりRNAを定量化した。次いで20個のFRET RNAサンプルをプールし、以下のとおり使用した。
1アッセイ当たり25μlの反応液容量および5ngのRNA投入量により、3とおりのウェルで、48遺伝子パネルに関してTaqManアッセイを実施した。DNAシグナルではなくてRNAシグナルが測定されていることを確認するために、1つのウェルにおいて、各遺伝子に関してコントロールとして「非RT」反応を実施した。以下のパラメータを用いて、ABI7700上で、リアルタイムの定量化を実施した:
サイクリング条件:95℃、10分で1サイクル、95℃、20秒に次いで、60℃、45秒で40サイクル。
色素層設定:FAM(受動対照はROX)
(結果)
CEGP1、FOXM1、PRAMEおよびSTK15遺伝子のマスクされたイントロンに基づいて、イントロン特異的Taqmanプライマー−プローブセットをデザインした。遺伝子内のイントロン配列を記述するために、サンタクルーズ大学オンラインゲノム資源サイト(http://genome.ucsc.edu)で利用できるBLAST様配置手法(BLAT)プログラムを用いて、各mRNA(NM_XXXXXX)に関して、NCBI参照配列をヒトゲノムに対して配置した。次にベイラー医科大学を介してオンラインできる(http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/seq−util/seq−util.html)Repeat Maskerプログラムを用いて、イントロン配列を反復配列に関して探索した。Alu反復などの反復配列は、このプログラムによって同定され、マスクされた。これらの配列は、強い非特異的シグナルを生じるため、プライマー−プローブをデザインする前に、これらを排除することが重要である。次に、Taqmanプライマー−プローブセットをデザインするため、Primer Express(ABI)を用いて、マスクされたイントロン配列(図1A〜M)を使用した。プライマー−プローブセットに好適な他のプログラムとしては、例えば、MGBデザインアッセイ(ABI)のための新規プライマー−プローブデザインプログラムが挙げられる。各プライマー−プローブセットに関するアンプリコンは、図1において太字で記載されている。各々の特異的プライマー−プローブセットは、図2に示されている。
(前悪性および悪性乳房腫における遺伝子発現の第II相試験)
湿潤性乳管癌のパラフィン埋め込み固定組織サンプルにおける遺伝子発現を分子的に特性化することを第1の目標とし、また、そのような分子プロフィルと疾患を伴わない生存との間の相関性を探索するために、遺伝子発現試験をデザインし、実施した。
乳癌と診断された60人の患者個々から得られたパラフィン埋め込みホルマリン固定乳房腫組織において分子アッセイを実施した。患者は全て、乳房の湿潤性癌と診断され外科手術を受けた。患者は、材料と方法の節で記載されたとおり実施された組織病理学的評価で、十分な腫瘍組織量と同種の病状を示した場合のみ、試験に含めた。
各代表的腫瘍塊を、診断、腫瘍量の半定量的評価、および腫瘍グレードに関して、標準的な組織病理学によって特性化した。合計6切片(各10ミクロンの厚さ)を調製し、2本のCostarブランドのミクロ遠心管(ポリプロピレン、1.7mL管、透明;各管に3切片)に入れた。腫瘍が、総検体面積の30%未満を占める場合は、全体顕微解剖を用い、病理学者によって粗く切開し、その腫瘍組織を直接Costar管に入れておいてもよい。
固定パラフィン埋め込み組織サンプルからmRNAを抽出、精製し、遺伝子発現分析のために上記のとおり調製した。
37の異なる遺伝子産物を表す48の異なるRNA配列の発現に関して腫瘍組織を分析した。各患者の閾値サイクル(Ct)値を、その特定の患者に関する全遺伝子の中央値に基づいて正規化した。臨床結果のデータは、全ての患者に関して登録データのレビューおよび選択された患者カルテから入手できた。
0 乳癌もしくは原因不明により死亡または乳癌再発を伴って生存;
1 乳癌再発を伴わずに生存または乳癌以外の原因により死亡
解析は以下により実施された:
乳癌再発を伴わずに生存または乳癌以外の原因により死亡した患者の正規化遺伝子発現と結果(上記のとおり0または1)までの時間との間の相関解析を調べた。このアプローチは、個々の遺伝子および複数の遺伝子セットの予後的影響を評価するために用いられた。
Claims (1)
- 生物学的サンプルにおける遺伝子発現をモニタリングするための方法であって、該方法は、以下:
(a)標的遺伝子内のイントロンRNA配列に相補的なポリヌクレオチドを提供する工程であって、該イントロンRNA配列の発現が、該遺伝子内のエキソンmRNA配列の発現と相関する、工程;
(b)該ポリヌクレオチドを該イントロンRNA配列にハイブリダイズしてポリヌクレオチド−イントロンRNA複合体を形成する工程;および
(c) 該ポリヌクレオチド−イントロンRNA複合体を検出する工程、
を包含する、方法。
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Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2006518602A (ja) * | 2003-02-20 | 2006-08-17 | ジェノミック ヘルス, インコーポレイテッド | 遺伝子発現を測定するためのイントロンrnaの使用 |
Families Citing this family (50)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
ES2374311T3 (es) * | 2002-03-13 | 2012-02-15 | Genomic Health, Inc. | Obtención de perfil de expresión génica en tejidos tumorales biopsiados. |
CA2506066A1 (en) | 2002-11-15 | 2004-06-03 | Genomic Health, Inc. | Gene expression profiling of egfr positive cancer |
US20040231909A1 (en) | 2003-01-15 | 2004-11-25 | Tai-Yang Luh | Motorized vehicle having forward and backward differential structure |
JP2007507222A (ja) * | 2003-05-28 | 2007-03-29 | ゲノミック ヘルス, インコーポレイテッド | 化学療法に対する応答を予測するための遺伝子発現マーカー |
DK3170906T3 (en) * | 2003-06-24 | 2018-11-05 | Genomic Health Inc | PREDICTION OF THE LIKELI REVENUE OF CANCER |
CA2563074C (en) | 2004-04-09 | 2014-05-20 | Genomic Health, Inc. | Gene expression markers for predicting response to chemotherapy |
AU2012200431B2 (en) * | 2004-04-09 | 2013-06-27 | Fondazione Irccs Istituto Nazionale Dei Tumori | Gene expression markers for predicting response to chemotherapy |
WO2007011902A2 (en) * | 2005-07-15 | 2007-01-25 | Applera Corporation | Methods for rna profiling |
ES2370054T3 (es) * | 2005-08-24 | 2011-12-12 | Bristol-Myers Squibb Company | Biomarcadores y procedimientos para determinar la sensibilidad a moduladores del receptor del factor de crecimiento epidérmico. |
EP2377950B1 (en) * | 2006-01-11 | 2014-09-17 | Genomic Health, Inc. | Gene expression markers for colorectal cancer prognosis |
WO2007123772A2 (en) * | 2006-03-31 | 2007-11-01 | Genomic Health, Inc. | Genes involved in estrogen metabolism |
US8700335B2 (en) | 2006-05-18 | 2014-04-15 | Caris Mpi, Inc. | System and method for determining individualized medical intervention for a disease state |
US8768629B2 (en) * | 2009-02-11 | 2014-07-01 | Caris Mpi, Inc. | Molecular profiling of tumors |
US20100113299A1 (en) * | 2008-10-14 | 2010-05-06 | Von Hoff Daniel D | Gene and gene expressed protein targets depicting biomarker patterns and signature sets by tumor type |
US8338109B2 (en) | 2006-11-02 | 2012-12-25 | Mayo Foundation For Medical Education And Research | Predicting cancer outcome |
AU2008289148A1 (en) * | 2007-08-16 | 2009-02-26 | Aventis Inc. | Gene expression markers of recurrence risk in cancer patients after chemotherapy |
NZ610482A (en) * | 2008-05-14 | 2014-08-29 | Genomic Health Inc | Predictors of patient response to treatment with egf receptor inhibitors |
EP2291553A4 (en) | 2008-05-28 | 2011-12-14 | Genomedx Biosciences Inc | SYSTEMS AND METHODS FOR THE EXPRESSION-BASED DISTINCTION OF DIFFERENT CLINICAL ILLICIT STADIAS IN PROSTATE CANCER |
US10407731B2 (en) | 2008-05-30 | 2019-09-10 | Mayo Foundation For Medical Education And Research | Biomarker panels for predicting prostate cancer outcomes |
US10359425B2 (en) * | 2008-09-09 | 2019-07-23 | Somalogic, Inc. | Lung cancer biomarkers and uses thereof |
US20100221752A2 (en) * | 2008-10-06 | 2010-09-02 | Somalogic, Inc. | Ovarian Cancer Biomarkers and Uses Thereof |
EP2730662A1 (en) * | 2008-11-12 | 2014-05-14 | Caris Life Sciences Luxembourg Holdings | Methods and systems of using exosomes for determining phenotypes |
WO2011109440A1 (en) | 2010-03-01 | 2011-09-09 | Caris Life Sciences Luxembourg Holdings | Biomarkers for theranostics |
US9495515B1 (en) | 2009-12-09 | 2016-11-15 | Veracyte, Inc. | Algorithms for disease diagnostics |
US10236078B2 (en) | 2008-11-17 | 2019-03-19 | Veracyte, Inc. | Methods for processing or analyzing a sample of thyroid tissue |
US20120041274A1 (en) | 2010-01-07 | 2012-02-16 | Myriad Genetics, Incorporated | Cancer biomarkers |
US9074258B2 (en) | 2009-03-04 | 2015-07-07 | Genomedx Biosciences Inc. | Compositions and methods for classifying thyroid nodule disease |
EP2425020A4 (en) * | 2009-05-01 | 2016-04-20 | Genomic Health Inc | GENE EXPRESSION PROFILE ALGORITHM AND COLORECTAL CANCER RECURRENCE PROBABILITY ANALYSIS AND RESPONSE TO CHEMOTHERAPY |
US8669057B2 (en) | 2009-05-07 | 2014-03-11 | Veracyte, Inc. | Methods and compositions for diagnosis of thyroid conditions |
US10446272B2 (en) | 2009-12-09 | 2019-10-15 | Veracyte, Inc. | Methods and compositions for classification of samples |
EP2556172A4 (en) | 2010-04-06 | 2013-10-30 | Caris Life Sciences Luxembourg Holdings | CIRCULATING BIOMARKERS FOR DISEASES |
US20120053253A1 (en) | 2010-07-07 | 2012-03-01 | Myriad Genetics, Incorporated | Gene signatures for cancer prognosis |
US20130116150A1 (en) | 2010-07-09 | 2013-05-09 | Somalogic, Inc. | Lung Cancer Biomarkers and Uses Thereof |
DE102010033575B4 (de) * | 2010-08-02 | 2016-01-14 | Eberhard-Karls-Universität Tübingen Universitätsklinikum | ASPP2-Splicevariante |
CN106198980B (zh) | 2010-08-13 | 2018-09-07 | 私募蛋白质体公司 | 胰腺癌生物标记及其用途 |
WO2012030840A2 (en) | 2010-08-30 | 2012-03-08 | Myriad Genetics, Inc. | Gene signatures for cancer diagnosis and prognosis |
WO2012174203A2 (en) * | 2011-06-14 | 2012-12-20 | Anthony Albino | Methods and kits for the detection and treatment of recurring prostate cancer |
WO2013010074A1 (en) | 2011-07-13 | 2013-01-17 | Primeradx, Inc. | Multimodal methods for simultaneous detection and quantification of multiple nucleic acids in a sample |
GB201114919D0 (en) * | 2011-08-30 | 2011-10-12 | Glaxosmithkline Biolog Sa | Method |
WO2013090620A1 (en) | 2011-12-13 | 2013-06-20 | Genomedx Biosciences, Inc. | Cancer diagnostics using non-coding transcripts |
EP2885640B1 (en) | 2012-08-16 | 2018-07-18 | Genomedx Biosciences, Inc. | Prostate cancer prognostics using biomarkers |
EP4190918A1 (en) | 2012-11-16 | 2023-06-07 | Myriad Genetics, Inc. | Gene signatures for cancer prognosis |
EP2968988A4 (en) | 2013-03-14 | 2016-11-16 | Allegro Diagnostics Corp | METHOD FOR EVALUATING A COPD STATUS |
EP3623482A1 (en) | 2014-05-13 | 2020-03-18 | Myriad Genetics, Inc. | Gene signatures for cancer prognosis |
CN114606309A (zh) | 2014-11-05 | 2022-06-10 | 威拉赛特公司 | 使用机器学习和高维转录数据的诊断系统和方法 |
CN110506127B (zh) | 2016-08-24 | 2024-01-12 | 维拉科特Sd公司 | 基因组标签预测前列腺癌患者对术后放射疗法应答性的用途 |
US11208697B2 (en) | 2017-01-20 | 2021-12-28 | Decipher Biosciences, Inc. | Molecular subtyping, prognosis, and treatment of bladder cancer |
WO2018165600A1 (en) | 2017-03-09 | 2018-09-13 | Genomedx Biosciences, Inc. | Subtyping prostate cancer to predict response to hormone therapy |
CA3062716A1 (en) | 2017-05-12 | 2018-11-15 | Decipher Biosciences, Inc. | Genetic signatures to predict prostate cancer metastasis and identify tumor agressiveness |
US11217329B1 (en) | 2017-06-23 | 2022-01-04 | Veracyte, Inc. | Methods and systems for determining biological sample integrity |
Family Cites Families (73)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
IE56509B1 (en) | 1982-11-04 | 1991-08-28 | Univ California | Methods for oncogenic detection |
USRE35491E (en) | 1982-11-04 | 1997-04-08 | The Regents Of The University Of California | Methods and compositions for detecting human tumors |
US4699877A (en) | 1982-11-04 | 1987-10-13 | The Regents Of The University Of California | Methods and compositions for detecting human tumors |
US7838216B1 (en) | 1986-03-05 | 2010-11-23 | The United States Of America, As Represented By The Department Of Health And Human Services | Human gene related to but distinct from EGF receptor gene |
US5015568A (en) | 1986-07-09 | 1991-05-14 | The Wistar Institute | Diagnostic methods for detecting lymphomas in humans |
US5202429A (en) | 1986-07-09 | 1993-04-13 | The Wistar Institute | DNA molecules having human BCL-2 gene sequences |
US4968603A (en) | 1986-12-31 | 1990-11-06 | The Regents Of The University Of California | Determination of status in neoplastic disease |
US5831066A (en) | 1988-12-22 | 1998-11-03 | The Trustees Of The University Of Pennsylvania | Regulation of bcl-2 gene expression |
US6582908B2 (en) * | 1990-12-06 | 2003-06-24 | Affymetrix, Inc. | Oligonucleotides |
US5858678A (en) | 1994-08-02 | 1999-01-12 | St. Louis University | Apoptosis-regulating proteins |
US5830753A (en) | 1994-09-30 | 1998-11-03 | Ludwig Institute For Cancer Research | Isolated nucleic acid molecules coding for tumor rejection antigen precursor dage and uses thereof. |
US6416635B1 (en) * | 1995-07-24 | 2002-07-09 | Tokyo Electron Limited | Method and apparatus for sputter coating with variable target to substrate spacing |
EP0868519B1 (en) | 1995-12-18 | 2006-01-11 | Sugen, Inc. | Diagnosis and treatment of aur-1 and/or aur-2 related disorders |
US6716575B2 (en) | 1995-12-18 | 2004-04-06 | Sugen, Inc. | Diagnosis and treatment of AUR1 and/or AUR2 related disorders |
US5670325A (en) | 1996-08-14 | 1997-09-23 | Exact Laboratories, Inc. | Method for the detection of clonal populations of transformed cells in a genomically heterogeneous cellular sample |
US5741650A (en) | 1996-01-30 | 1998-04-21 | Exact Laboratories, Inc. | Methods for detecting colon cancer from stool samples |
US5821082A (en) | 1996-05-23 | 1998-10-13 | St. Louis University Health Sciences Center | Anti-proliferation domain of a human Bcl-2 and DNA encoding the same |
US6146828A (en) | 1996-08-14 | 2000-11-14 | Exact Laboratories, Inc. | Methods for detecting differences in RNA expression levels and uses therefor |
US5952178A (en) | 1996-08-14 | 1999-09-14 | Exact Laboratories | Methods for disease diagnosis from stool samples |
US6203993B1 (en) | 1996-08-14 | 2001-03-20 | Exact Science Corp. | Methods for the detection of nucleic acids |
US5928870A (en) | 1997-06-16 | 1999-07-27 | Exact Laboratories, Inc. | Methods for the detection of loss of heterozygosity |
US6020137A (en) | 1996-08-14 | 2000-02-01 | Exact Laboratories, Inc. | Methods for the detection of loss of heterozygosity |
US6143529A (en) | 1996-08-14 | 2000-11-07 | Exact Laboratories, Inc. | Methods for improving sensitivity and specificity of screening assays |
US6100029A (en) | 1996-08-14 | 2000-08-08 | Exact Laboratories, Inc. | Methods for the detection of chromosomal aberrations |
US5861278A (en) | 1996-11-01 | 1999-01-19 | Genetics Institute, Inc. | HNF3δ compositions |
IL130036A (en) | 1996-11-20 | 2010-04-15 | Univ Yale | Sarbivine polypeptides, nucleic acids encode the polypeptides and their utilization |
US5830665A (en) | 1997-03-03 | 1998-11-03 | Exact Laboratories, Inc. | Contiguous genomic sequence scanning |
US6033893A (en) | 1997-06-26 | 2000-03-07 | Incyte Pharmaceuticals, Inc. | Human cathepsin |
WO1999002714A1 (en) | 1997-07-07 | 1999-01-21 | Abbott Laboratories | Reagents and methods useful for detecting diseases of the breast |
US6020135A (en) | 1998-03-27 | 2000-02-01 | Affymetrix, Inc. | P53-regulated genes |
WO1999064626A2 (en) | 1998-06-06 | 1999-12-16 | Genostic Pharma Limited | Probes used for genetic profiling |
US6696558B2 (en) | 1998-09-09 | 2004-02-24 | The Burnham Institute | Bag proteins and nucleic acid molecules encoding them |
WO2000050595A2 (en) | 1999-02-25 | 2000-08-31 | Ivan Gout | Nucleic acid molecules associated with melanoma and thyroid tumors |
US20020039764A1 (en) | 1999-03-12 | 2002-04-04 | Rosen Craig A. | Nucleic, acids, proteins, and antibodies |
AU3395900A (en) | 1999-03-12 | 2000-10-04 | Human Genome Sciences, Inc. | Human lung cancer associated gene sequences and polypeptides |
US6692916B2 (en) | 1999-06-28 | 2004-02-17 | Source Precision Medicine, Inc. | Systems and methods for characterizing a biological condition or agent using precision gene expression profiles |
US6960439B2 (en) | 1999-06-28 | 2005-11-01 | Source Precision Medicine, Inc. | Identification, monitoring and treatment of disease and characterization of biological condition using gene expression profiles |
US6326148B1 (en) | 1999-07-12 | 2001-12-04 | The Regents Of The University Of California | Detection of copy number changes in colon cancer |
US6710170B2 (en) | 1999-09-10 | 2004-03-23 | Corixa Corporation | Compositions and methods for the therapy and diagnosis of ovarian cancer |
US6271002B1 (en) | 1999-10-04 | 2001-08-07 | Rosetta Inpharmatics, Inc. | RNA amplification method |
CA2391805A1 (en) | 1999-10-06 | 2001-04-12 | The Regents Of The University Of California | Differentially expressed genes associated with her-2/neu overexpression |
CA2491610A1 (en) | 1999-12-01 | 2001-06-07 | Kevin P. Baker | Secreted and transmembrane polypeptides and nucleic acids encoding the same |
US6750013B2 (en) | 1999-12-02 | 2004-06-15 | Protein Design Labs, Inc. | Methods for detection and diagnosing of breast cancer |
US6248535B1 (en) * | 1999-12-20 | 2001-06-19 | University Of Southern California | Method for isolation of RNA from formalin-fixed paraffin-embedded tissue specimens |
AU2001232485A1 (en) | 2000-01-13 | 2001-07-24 | Amsterdam Support Diagnostics B.V. | A universal nucleic acid amplification system for nucleic acids in a sample |
US6322986B1 (en) | 2000-01-18 | 2001-11-27 | Albany Medical College | Method for colorectal cancer prognosis and treatment selection |
CA2398107C (en) | 2000-01-28 | 2013-11-19 | Althea Technologies, Inc. | Methods for analysis of gene expression |
WO2001055325A2 (en) | 2000-01-31 | 2001-08-02 | Human Genome Sciences, Inc. | Nucleic acids, proteins, and antibodies |
US20030165831A1 (en) | 2000-03-21 | 2003-09-04 | John Lee | Novel genes, compositions, kits, and methods for identification, assessment, prevention, and therapy of ovarian cancer |
US6759197B2 (en) | 2000-03-31 | 2004-07-06 | Sir Mortimer B. Davis -- Jewish General Hospital | Microchip arrays of regulatory genes |
AU2001266787A1 (en) | 2000-06-07 | 2002-01-08 | Human Genome Sciences, Inc. | Nucleic acids, proteins, and antibodies |
EP1301634A2 (en) | 2000-07-21 | 2003-04-16 | Global Genomics AB | A METHOD AND AN ALGORITHM FOR mRNA EXPRESSION ANALYSIS |
WO2002008282A2 (en) | 2000-07-26 | 2002-01-31 | Stanford University | Bstp-ras/rerg protein and related reagents and methods of use thereof |
WO2002008261A2 (en) | 2000-07-26 | 2002-01-31 | Stanford University | Bstp-trans protein and related reagents and methods of use thereof |
WO2002008260A2 (en) | 2000-07-26 | 2002-01-31 | Stanford University | Bstp-ecg1 protein and related reagents and methods of use thereof |
US7795232B1 (en) | 2000-08-25 | 2010-09-14 | Genta Incorporated | Methods of treatment of a bcl-2 disorder using bcl-2 antisense oligomers |
US6602670B2 (en) | 2000-12-01 | 2003-08-05 | Response Genetics, Inc. | Method of determining a chemotherapeutic regimen based on ERCC1 expression |
US6582919B2 (en) | 2001-06-11 | 2003-06-24 | Response Genetics, Inc. | Method of determining epidermal growth factor receptor and HER2-neu gene expression and correlation of levels thereof with survival rates |
EP1353947A2 (en) | 2000-12-08 | 2003-10-22 | Ipsogen | Gene expression profiling of primary breast carcinomas using arrays of candidate genes |
AU2002255478A1 (en) | 2001-01-10 | 2002-09-12 | Pe Corporation (Ny) | Kits, such as nucleic acid arrays, comprising a majority of human exons or transcripts, for detecting expression and other uses thereof |
JP4368110B2 (ja) | 2001-01-12 | 2009-11-18 | エール ユニヴァーシティ | 癌患者の生物学的流体中のサバイビンの検出 |
US7776518B2 (en) | 2001-01-12 | 2010-08-17 | Yale University | Detection of survivin in the biological fluids of cancer patients |
WO2002059377A2 (en) | 2001-01-24 | 2002-08-01 | Protein Design Labs | Methods of diagnosis of breast cancer, compositions and methods of screening for modulators of breast cancer |
US6939670B2 (en) | 2001-03-12 | 2005-09-06 | Monogen, Inc. | Cell-based detection and differentiation of lung cancer |
DK1410011T3 (da) * | 2001-06-18 | 2011-07-18 | Netherlands Cancer Inst | Diagnose og prognose for brystcancerpatienter |
US7125680B2 (en) | 2001-07-27 | 2006-10-24 | The Regents Of The University Of California | Methods and materials for characterizing and modulating interaction between heregulin and HER3 |
US7026123B1 (en) * | 2001-08-29 | 2006-04-11 | Pioneer Hi-Bred International, Inc. | UTR tag assay for gene function discovery |
WO2003029273A2 (en) | 2001-09-28 | 2003-04-10 | Whitehead Institute For Biomedical Research | Classification of lung carcinomas using gene expression analysis |
CA2466502A1 (en) | 2001-11-09 | 2003-05-15 | Source Precision Medicine, Inc. | Identification, monitoring and treatment of disease and characterization of biological condition using gene expression profiles |
US20030198972A1 (en) | 2001-12-21 | 2003-10-23 | Erlander Mark G. | Grading of breast cancer |
CA2480635A1 (en) | 2002-03-28 | 2003-10-09 | Allen D. Delaney | Cancer associated protein kinases and their uses |
EP1900827A3 (en) | 2002-05-21 | 2008-04-16 | Bayer HealthCare AG | Methods and compositions for the prediction, diagnosis, prognosis, prevention and treatment of malignant neoplasia |
ATE412779T1 (de) * | 2003-02-20 | 2008-11-15 | Genomic Health Inc | Benutzung von intronischen rna sequenzen zur quantifizierung der genexpression |
-
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2006
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Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2006518602A (ja) * | 2003-02-20 | 2006-08-17 | ジェノミック ヘルス, インコーポレイテッド | 遺伝子発現を測定するためのイントロンrnaの使用 |
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