JP2007000014A - ポリエステル中dnaの定量方法 - Google Patents
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Abstract
【課題】 微生物生産ポリエステル中に存在するDNAを検出、定量する有効な方法を提供すること。
【解決手段】 ポリエステルを可溶性有機溶剤に溶解し、水または緩衝液で試料DNAを抽出する工程と、上記試料DNAを支持体に固定する工程と、ポリヒドロキシアルカン酸の生産微生物と相同性のあるプローブを標識し、上記試料DNAにハイブリダイズさせる工程と、上記プローブと上記試料DNAとの間のハイブリダイゼーション複合体の形成量を測定する工程からなる、ポリエステル中DNAの定量方法を用いてポリエステル中のDNAを定量すること。
【選択図】 なし。
【解決手段】 ポリエステルを可溶性有機溶剤に溶解し、水または緩衝液で試料DNAを抽出する工程と、上記試料DNAを支持体に固定する工程と、ポリヒドロキシアルカン酸の生産微生物と相同性のあるプローブを標識し、上記試料DNAにハイブリダイズさせる工程と、上記プローブと上記試料DNAとの間のハイブリダイゼーション複合体の形成量を測定する工程からなる、ポリエステル中DNAの定量方法を用いてポリエステル中のDNAを定量すること。
【選択図】 なし。
Description
本発明はポリエステル中に含まれるポリヒドロキシアルカン酸生産微生物由来のDNAの抽出方法および該DNAの定量方法に関する。
ポリヒドロキシアルカン酸(PHA)は、広範な微生物によって生成されるポリエステル型有機分子ポリマーとして知られており、PHA合成能を有する微生物に関して多くの報告がなされている(非特許文献1)。これらのポリマーは生分解性を有し、熱可塑性高分子であること、また、再生可能資源から産生されることから、環境調和型素材または生体適合型素材として多様な産業への応用が期待されている。
PHAの生産研究の例としては、特許文献1にアルカリゲネス・ユートロファス(Alcaligenes eutrophus、現ラルストニア・ユートロファ)の変異株をグルコースとプロピオン酸とを炭素源として培養することによる3−ヒドロキシ酪酸(3HB)と3−ヒドロキシ吉草酸(3HV)とからなる共重合体(P(3HB−co−3HV))の製造方法が開示されている。また、アエロモナス・ハイドロフィラ(Aeromonas hydrophila)を用いた培養で3HBと3−ヒドロキシヘキサン酸(3HH)とからなる共重合ポリエステル(P(3HB−co−3HH))が生産されている(非特許文献2)。
また、遺伝子組換え技術を応用した生産研究も行われている。例えば、特許文献2ではアエロモナス・キャビエ由来のPHA合成酵素遺伝子をラルストニア・ユートロファ(Ralstonia eutropha、旧アルカリゲネス・ユートロファス)に導入した形質転換体を用いてP(3HB−co−3HH)を生産している。そのほか、アエロモナス属のPHA合成酵素遺伝子を大腸菌に導入してP(3HB−co−3HH)を生産した例(非特許文献3)や、シュードモナス属のPHA合成酵素遺伝子をシュードモナス・プチダやラルストニア・ユートロファに導入してよりアルキル鎖の長い3−ヒドロキシアルカン酸で構成される中鎖PHAを生産した例(非特許文献4)などがある。
このような微生物生産ポリエステルを工業製品として供給する場合、従来の石油原料由来のポリエステルとは異なり、ポリエステル製品中にその生産微生物由来のDNAが混入する可能性が考えられ、品質管理上そのDNA量を把握する必要が生じてきている。従来、DNA量を測定する方法としてはジフェニルアミン反応による方法(非特許文献5)やインドール反応による方法(非特許文献6)が知られている。しかしこれらの方法は、検出感度がいずれも数μg/ml程度と高感度な測定法とはいえず、被検体中の測定対象物質が微量の場合は定量できないという欠点があった。また、試料を電気泳動したのち、ゲルをエチジウムブロマイド染色してトランスイルミネーターにて検出する方法や、ビオチン、酵素、ラジオアイソトープなどで標識された標的核酸と相補的な塩基配列を有するプローブを用い、これと標的核酸とをハイブリダイゼーション反応させ、未反応物を洗浄除去等で分離した後、その標識体から信号を検出する方法、または、PCRを応用した方法(非特許文献7参照)などによってDNAを定量することができる。しかしながらこれらの方法はいずれも水溶液中のDNAを測定するもので、ポリエステル中に包含されたDNAの測定にはそのままでは適用できなかった。
特開昭57−150393号公報
特開平10−108682号公報
「生分解性プラスチックハンドブック」,生分解性プラスチック研究会編,(株)エヌ・ティー・エス,P178−197
Lee等、Biotechnol.Bioeng.,67:240−244(2000)
Park等、Biomacromolecules,2:248−254(2001)
Matsusaki等、J.Bacteriol.,180:6459−6467(1998)
Dische、Mikrochemie,8:4(1930)
Ceriotti、J.Biol.Chem.,198:297−303(1952)
「バイオ実験イラストレイテッド3+ 新版本当にふえるPCR」,中山広樹著,秀潤社,P141−150(1998)
本発明は、上記の問題点を解決するためになされたものであり、微生物生産ポリエステル中に存在するDNAを高感度に検出、定量する有効な方法を提供する。
本発明者は、上述の課題を解決するために鋭意検討した結果、ポリエステルを可溶性有機溶剤に溶解し、水または緩衝液で抽出することにより、ポリエステル生産微生物由来のDNAを効率的に抽出することができ、該DNAを定量できることを見い出した。
即ち本発明は以下の通りである。
[1]ポリヒドロキシアルカン酸を含有する試料を可溶性有機溶剤に溶解し、水または緩衝液で試料DNAを抽出する工程と、上記試料DNAを支持体に固定する工程と、当該ポリヒドロキシアルカン酸の生産微生物の有するDNAと相同性のあるDNAを標識してプローブを作製し上記試料DNAにハイブリダイズさせる工程と、上記プローブと上記試料DNAとの間のハイブリダイゼーション複合体の形成量を測定する工程からなることを特徴とするポリエステル中DNAの定量方法、
[2]可溶性有機溶剤がクロロホルム、ジクロロメタンおよび1,2−ジクロロエタンのいずれかであることを特徴とする上記記載のポリエステル中DNAの定量方法、
[3]試料DNAを抽出する工程で、水または緩衝液にキャリアDNAを添加することを特徴とする、上記記載のポリエステル中DNAの定量方法、
[4]ハイブリダイゼーション複合体の形成の有無を測定する方法が、ドット−ブロット法またはサザンブロット法のいずれかである、上記記載のポリエステル中DNAの定量方法、
[5]ポリヒドロキシアルカン酸が3−ヒドロキシ酪酸と3−ヒドロキシヘキサン酸とからなる共重合体であることを特徴とする、上記記載のポリエステル中DNAの定量方法、
に関する。
[1]ポリヒドロキシアルカン酸を含有する試料を可溶性有機溶剤に溶解し、水または緩衝液で試料DNAを抽出する工程と、上記試料DNAを支持体に固定する工程と、当該ポリヒドロキシアルカン酸の生産微生物の有するDNAと相同性のあるDNAを標識してプローブを作製し上記試料DNAにハイブリダイズさせる工程と、上記プローブと上記試料DNAとの間のハイブリダイゼーション複合体の形成量を測定する工程からなることを特徴とするポリエステル中DNAの定量方法、
[2]可溶性有機溶剤がクロロホルム、ジクロロメタンおよび1,2−ジクロロエタンのいずれかであることを特徴とする上記記載のポリエステル中DNAの定量方法、
[3]試料DNAを抽出する工程で、水または緩衝液にキャリアDNAを添加することを特徴とする、上記記載のポリエステル中DNAの定量方法、
[4]ハイブリダイゼーション複合体の形成の有無を測定する方法が、ドット−ブロット法またはサザンブロット法のいずれかである、上記記載のポリエステル中DNAの定量方法、
[5]ポリヒドロキシアルカン酸が3−ヒドロキシ酪酸と3−ヒドロキシヘキサン酸とからなる共重合体であることを特徴とする、上記記載のポリエステル中DNAの定量方法、
に関する。
微生物生産ポリエステル中に存在するDNAを高感度に検出、定量する有効な方法が提供できる。
本発明におけるポリヒドロキシアルカン酸を含有する試料は、微生物によって生産されたポリヒドロキシアルカン酸(PHA)を含有するポリエステル樹脂であればどのような形態のものでもよく、例えば、ポリヒドロキシアルカン酸生産微生物から回収されたPHA粉末、およびそれを溶融してペレット化したものなどの原体、あるいは原体を種々の副原料と混練してシート状、フィルム状、繊維状、ビーズ状およびそれを発泡させたものなどの半加工品、或いはそれらの半加工品に成形加工などを施した最終加工品が挙げられる。
<DNA抽出工程>
ポリエステルからDNAを抽出する手順は、試料ポリエステルに可溶性有機溶剤を添加して溶解させた後に、水または緩衝液を添加して混合してもよいが、試料ポリエステルを溶解させる時に、水又は緩衝液を添加しておいてもよい。試料ポリエステルを溶解後、混合物全体を遠心分離にかけ、水相と有機溶剤相に分ける。水相を取り出すことによって抽出されたDNA試料が得られる。
ポリエステルからDNAを抽出する手順は、試料ポリエステルに可溶性有機溶剤を添加して溶解させた後に、水または緩衝液を添加して混合してもよいが、試料ポリエステルを溶解させる時に、水又は緩衝液を添加しておいてもよい。試料ポリエステルを溶解後、混合物全体を遠心分離にかけ、水相と有機溶剤相に分ける。水相を取り出すことによって抽出されたDNA試料が得られる。
本発明によれば、1回の分析に使用するポリエステル試料の量は0.01g〜1g程度でよい。ポリエステル試料は小片化してある方が有機溶剤への溶解が容易である。
ポリエステル試料を溶解するための可溶性有機溶剤としては、ポリエステル試料を溶解し、かつ水又は緩衝液と混ざらないものであればどのような溶剤でも利用できるが、ポリエステルの溶解性が高く、水層との分離が容易である点から、クロロホルム、ジクロロメタン又は1,2−ジクロロエタンを用いることが好ましく、それらの内少なくとも1種用いることができる。。可溶性有機溶剤の添加量は、ポリエステル試料が溶解できればよく、通常はポリエステル試料の20〜200倍量(重量比)が好適である。
DNAを抽出するための緩衝液としては、リン酸緩衝液、トリス−塩酸(Tris−HCl)緩衝液等を用いることができ、例えばTE緩衝液(pH8.0、10mM Tris−HCl、1mM EDTA)が好ましく用いることができる。水又は緩衝液には抽出されたDNAが試験管の器壁などに吸着して失われるのを防ぐ目的でキャリアDNAを添加しておくことができる。キャリアDNAとしては、例えばニシンやサケの精子DNAを超音波処理したものが好適に使用できる。濃度は1〜100μg/mlが好ましく、より好ましくは10〜50μg/mlである。水又は緩衝液の添加量は前記有機溶剤の添加量に対して重量換算で0.2〜5倍が好ましく、より好ましくは0.5〜1倍が適当である。
上記のようにして水相に抽出されたDNA試料を用いてポリエステル生産微生物由来のDNAを定量するには、PCR法(非特許文献7:「バイオ実験イラストレイテッド3+ 新版本当にふえるPCR」,中山広樹著,秀潤社,P141−150(1998)参照)、ハイブリダイゼーション法を用いることができるが、PCR法は特殊な装置が必要であるのに対し、ハイブリダイゼーション法は汎用装置が使用でき、しかも簡易で安価に測定できるため好適に使用できる。
<DNAを支持体に固定する工程>
ハイブリダイゼーション法としては、ドット−ブロット法及びサザン−ブロット法が挙げられ、本発明ではその何れも使用ができる。何れの方法においてもDNA試料の支持体への固定は、常法に従えばよく、ドット−ブロット法ではDNA試料を支持体上に直接乗せて固定化し、サザン−ブロット法ではDNA試料をアガロースゲル中などで電気泳動し、その大きさで分離した後に支持体上に転写して固定化する。ここで支持体としてはDNAのブロッティングに汎用で用いられるニトロセルロース、ナイロン、PVDF等のフィルターが挙げられる。
ハイブリダイゼーション法としては、ドット−ブロット法及びサザン−ブロット法が挙げられ、本発明ではその何れも使用ができる。何れの方法においてもDNA試料の支持体への固定は、常法に従えばよく、ドット−ブロット法ではDNA試料を支持体上に直接乗せて固定化し、サザン−ブロット法ではDNA試料をアガロースゲル中などで電気泳動し、その大きさで分離した後に支持体上に転写して固定化する。ここで支持体としてはDNAのブロッティングに汎用で用いられるニトロセルロース、ナイロン、PVDF等のフィルターが挙げられる。
<ハイブリダイズ工程>
まず、ポリヒドロキシアルカン酸の生産微生物の有するDNAと相同性のあるDNAを標識したプローブの作製について説明する。検出に用いるプローブDNAは、ポリエステル生産微生物由来のDNAに特異的にハイブリダイズするDNAであればどのようなものでもよく、対象微生物の染色体DNAや対象微生物が保持するプラスミドDNAに相同性のあるDNAが使用できる。一例としては、対象微生物に由来するポリエステル合成酵素遺伝子に相同性のあるDNAが挙げられる。プローブDNAの長さは12〜数千塩基まで任意に設定できるが、プローブDNAが検出すべきDNA(標的DNA)に完全に相補的である必要はなく、標的DNAと特異的に結合するのに有効な長さであれば、DNA分子の一部だけが相補的であってもよい。
まず、ポリヒドロキシアルカン酸の生産微生物の有するDNAと相同性のあるDNAを標識したプローブの作製について説明する。検出に用いるプローブDNAは、ポリエステル生産微生物由来のDNAに特異的にハイブリダイズするDNAであればどのようなものでもよく、対象微生物の染色体DNAや対象微生物が保持するプラスミドDNAに相同性のあるDNAが使用できる。一例としては、対象微生物に由来するポリエステル合成酵素遺伝子に相同性のあるDNAが挙げられる。プローブDNAの長さは12〜数千塩基まで任意に設定できるが、プローブDNAが検出すべきDNA(標的DNA)に完全に相補的である必要はなく、標的DNAと特異的に結合するのに有効な長さであれば、DNA分子の一部だけが相補的であってもよい。
プローブDNAの標識物質としては、従来公知の任意の物質、例えば32Pなどの放射性物質や、より好ましくは非放射性物質(酵素、蛍光色素、発光物質、ビオチン等)を用いることができる。
上記で作製したプローブを、前記で作製したDNA試料を固定化した支持体に適切な条件下で作用させ、ハイブリダイゼーションを行う。特異的なハイブリダイズの現象は上記したプローブの標識物質に起因する信号を従来公知の適切な手法によってモニタリングすることができる(「基礎生化学実験法 第4巻 核酸・遺伝子実験 II.応用編」,日本生化学会編,東京化学同人,P26−30(2001)参照)。
<ハイブリダイゼーション複合体の形成量を測定する工程>
本発明によれば、ハイブリダイゼーションによって得られた結果に基づいてポリエステル中のDNA量を定量することができる。既知量の標的DNAを添加して得た抽出液を順次希釈した系列を作製し、ハイブリダイゼーション法による信号の強度を測定して、被験試料の信号強度と比べればよい。例えば、1ngの標的DNAを添加して得た抽出液を100倍希釈して得られた信号強度が、被験液の信号強度と同等であったとすれば、被験サンプルのポリエステル中に10pgの標的DNAが含まれていたことになる。
本発明によれば、ハイブリダイゼーションによって得られた結果に基づいてポリエステル中のDNA量を定量することができる。既知量の標的DNAを添加して得た抽出液を順次希釈した系列を作製し、ハイブリダイゼーション法による信号の強度を測定して、被験試料の信号強度と比べればよい。例えば、1ngの標的DNAを添加して得た抽出液を100倍希釈して得られた信号強度が、被験液の信号強度と同等であったとすれば、被験サンプルのポリエステル中に10pgの標的DNAが含まれていたことになる。
以下に本発明を実施例によりさらに具体的に説明するが、本発明はこれら実施例によって何ら制限されるものではない。
(実施例1) キャリアDNA濃度の検討
ポリエステルに既知量の標的DNAを添加して抽出処理を行い、ドットハイブリダイゼーション法による標的DNAの検出を行った。被験試料としては、細菌ラルストニア・ユートロファにプラスミドpJRDEE32d13を導入して形質転換した株(Fukui等、J.Bacteriol.,179:4821−4830(1997)参照)を培養し、菌体から抽出、精製したPHA粉体を用いた。ガラス試験管6本に被験試料のPHA粉体を各50mg入れ、実験No.1〜6とした。そのうち実験No.2、4、6の試験管に標的DNAとしてプラスミドpJRDEE32d13のTE溶液(10μg/ml)を5μl添加した。実験No.1と2はサケ精子DNAをTEに溶解して超音波処理を行ったキャリアDNAを1μg/mlの濃度で含むTE緩衝液を1ml添加した。実験No.3と4は10μg/mlの、実験No.5と6は50μg/mlのキャリアDNAを含むTE溶液をそれぞれ1ml添加した。次に、実験No.1〜6にそれぞれ2mlのクロロホルムを加え、室温で30分撹拌した。これらの試験管を遠心し、2層に分離した上層を分取し、抽出液を得た。
ポリエステルに既知量の標的DNAを添加して抽出処理を行い、ドットハイブリダイゼーション法による標的DNAの検出を行った。被験試料としては、細菌ラルストニア・ユートロファにプラスミドpJRDEE32d13を導入して形質転換した株(Fukui等、J.Bacteriol.,179:4821−4830(1997)参照)を培養し、菌体から抽出、精製したPHA粉体を用いた。ガラス試験管6本に被験試料のPHA粉体を各50mg入れ、実験No.1〜6とした。そのうち実験No.2、4、6の試験管に標的DNAとしてプラスミドpJRDEE32d13のTE溶液(10μg/ml)を5μl添加した。実験No.1と2はサケ精子DNAをTEに溶解して超音波処理を行ったキャリアDNAを1μg/mlの濃度で含むTE緩衝液を1ml添加した。実験No.3と4は10μg/mlの、実験No.5と6は50μg/mlのキャリアDNAを含むTE溶液をそれぞれ1ml添加した。次に、実験No.1〜6にそれぞれ2mlのクロロホルムを加え、室温で30分撹拌した。これらの試験管を遠心し、2層に分離した上層を分取し、抽出液を得た。
これらの抽出液および標準試料をドットブロッティング装置(アトー製)を用いてナイロンメンブレンHybond−N+(アマシャムバイオサイエンス製)にブロッティングした。なお、ブロッティングに用いるすべての溶液は沸騰水中で5分間熱変性させ、氷水上で急冷してからブロッティングした。標準試料としてはプラスミドpJRDEE32d13を用い、10ng/mlTE溶液から2倍段階希釈した液を各10μlブロッティングした。抽出液はNo.1、3、5については100μl、No.2、4、6についてはTEで10倍希釈した液を10μlブロッティングした。その後メンブレンを80℃で2時間加熱し、DNAを固定化した。
その後のプローブとのハイブリダイゼーション、シグナルの検出はGene Image Random−Prime Labelling and Detection System(アマシャムバイオサイエンス製)を用い、その手順書に従って行った。プローブはプラスミドpJRDEE32d13を制限酵素EcoRIで切断して得た、約2.4kbのEE32d13断片(配列番号1)を用いた。200ngのEE32d13断片を上記のシステムを用いて50μlの反応液量で標識化した。50ng分の標識化プローブを用いてハイブリダイゼーションを行った。シグナルの検出はX線フィルムに約1時間露光して行った。結果を表1に示す。表中、シグナル強度は試料のシグナルの黒化度と同等の黒化度を示す標準試料の濃度で示した。標的DNAの回収量は次式によって計算した。
(標的DNA回収率(%))=(シグナル強度(pg/dot))/(標的DNA添加濃度(pg/dot))×100
10μg/ml以上のキャリアDNAを用いることで、標的DNAがほぼ100%回収されて検出できることが確認された。
(標的DNA回収率(%))=(シグナル強度(pg/dot))/(標的DNA添加濃度(pg/dot))×100
10μg/ml以上のキャリアDNAを用いることで、標的DNAがほぼ100%回収されて検出できることが確認された。
(実施例2) 各種ポリエステルサンプルのDNA含量の定量
ラルストニア・ユートロファを宿主とし、アエロモナス・キャビエ由来のポリエステル合成酵素遺伝子が導入された菌株によって生産された、菌株や精製ロットの異なるポリエステル15種(A〜O)を試料としてDNA含量を測定した。50mgのポリエステル試料に10μg/mlのキャリアDNAを含むTE緩衝液1mlと、クロロホルム2mlを加え室温で1時間撹拌した。遠心により水層を回収して抽出サンプルとした。
ラルストニア・ユートロファを宿主とし、アエロモナス・キャビエ由来のポリエステル合成酵素遺伝子が導入された菌株によって生産された、菌株や精製ロットの異なるポリエステル15種(A〜O)を試料としてDNA含量を測定した。50mgのポリエステル試料に10μg/mlのキャリアDNAを含むTE緩衝液1mlと、クロロホルム2mlを加え室温で1時間撹拌した。遠心により水層を回収して抽出サンプルとした。
標準DNAはpJRDEE32d13を用い、500pg分を上記と同様に抽出処理し、10μg/mlのキャリアDNAを含むTE緩衝液で段階希釈した。標準DNA溶液およびサンプルは沸騰水中で5分間熱変性させ、氷水上で急冷した後、ドットブロッティング装置を用いてナイロンメンブレンHybond−N+上に100μlずつブロッティングした。メンブレンへのDNAの固定は80℃、2時間の処理で行った。
その後のプローブとのハイブリダイゼーションおよびシグナルの検出は実施例1と同様にして行った。その結果、サンプルCのみでシグナルが検出され、標準DNA溶液との比較により、そのDNA濃度は0.6ng/gポリマーと見積もられた。
Claims (5)
- ポリヒドロキシアルカン酸を含有する試料を可溶性有機溶剤に溶解し、水または緩衝液で試料DNAを抽出する工程と、上記試料DNAを支持体に固定する工程と、当該ポリヒドロキシアルカン酸の生産微生物の有するDNAと相同性のあるDNAを標識してプローブを作製し上記試料DNAにハイブリダイズさせる工程と、上記プローブと上記試料DNAとの間のハイブリダイゼーション複合体の形成量を測定する工程からなることを特徴とするポリエステル中DNAの定量方法。
- 可溶性有機溶剤がクロロホルム、ジクロロメタンおよび1,2−ジクロロエタンからなる群より選ばれる少なくとも1種であることを特徴とする請求項1記載のポリエステル中DNAの定量方法。
- 試料DNAを抽出する工程で、水または緩衝液にキャリアDNAを添加することを特徴とする、請求項1または2に記載のポリエステル中DNAの定量方法。
- ハイブリダイゼーション複合体の形成の有無を測定する方法が、ドット−ブロット法またはサザン−ブロット法のいずれかである、請求項1〜3のいずれかに記載のポリエステル中DNAの定量方法。
- ポリヒドロキシアルカン酸が3−ヒドロキシ酪酸と3−ヒドロキシヘキサン酸とからなる共重合体であることを特徴とする、請求項1〜4のいずれかに記載のポリエステル中DNAの定量方法。
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