JP2006521793A - Egfrインヒビター薬物に応答性の遺伝子発現マーカー - Google Patents
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Abstract
Description
本願は、米国仮出願番号60/445,968(2003年2月6日出願)の出願日の、米国特許法119(e)の下の優先権を主張する。
本発明は、治療用EGFRインヒビターを用いる処置に対する候補である患者から得られた組織サンプルの遺伝子発現プロファイリングに関する。より具体的には、本発明は、パラフィン包埋され、固定された癌組織サンプルにおける遺伝子発現の分子特徴づけに基づく方法を提供し、この方法は、患者が、EGFRインヒビターを用いる処置に十分に応答性である可能性があるかどうかを医師が予測することを可能にする。
癌専門医は、「治療の標準」として特徴付けられる化学療法剤、および特定の癌についてのラベル・クレイムを有さないが、その癌における有効性の証拠がある多数の薬物の種々の組み合わせを含む、癌に利用可能な多数の処置の選択肢を有する。良好な処置結果の最良の可能性は、患者が、最適な利用可能な癌処置に割り当てられ、そして、この割り当てが、診断後、可能な限り早くなされることを必要とする。
本発明は、EGFRインヒビターを用いた処置に応答したか、または応答しなかった、非小細胞肺癌(NSCLC)を有するヒト患者から得た組織サンプルにおける遺伝子発現の第II相臨床治験の知見に基づく。
STAT5A、STAT5B、WISP1、CKAP4、FGFR1、cdc25A、RASSF1、G−カテニン、H2AFZ、NME1、NRG1、BCl2、TAGLN、YB−1、Src、IGF1R、CD44、DIABLO、TIMP2、AREG、PDGFRa、CTSB、ヘプシン、ErbB3、MTA1、GusおよびVEG
からなる群より選択される1つ以上の遺伝子の転写物であり、ここで、(a)STAT5A、STAT5B、WISP1、CKAP4、FGFR1、cdc25A、RASSF1、G−カテニン、H2AFZ、NME1、NRG1、BCl2、TAGLN、YB1、Src、IGF1R、CD44、DIABLO、TIMP2、AREG、PDGFRaおよびCTSBの1つ以上の転写物、または対応する発現産物の過剰発現は、患者が、処置に対して十分に応答性である可能性がないことを示し、そして、(b)ヘプシン、ErbB3、MTA、GusおよびVEGFの1つ以上の転写物、または対応する発現産物の過剰発現は、患者が、処置に対して十分に応答性である可能性を示している。
STAT5A、STAT5B、WISP1、CKAP4、FGFR1、cdc25A、RASSF1、G−カテニン、H2AFZ、NME1、NRG1、BCl2、TAGLN、YB1、Src、IGF1R、CD44、DIABLO、TIMP2、AREG、PDGFrA、CTSB、ヘプシン、ErbB3、MTA、GusおよびVEGF
の1つ以上にハイブリダイズするポリヌクレオチドを含むアレイに関する。ポリヌクレオチドは、cDNAまたはオリゴヌクレオチドであり得る。cDNAは、代表的には、約500塩基長〜5000塩基長であり、一方で、オリゴヌクレオチドは、代表的には、約20塩基長〜80塩基長である。アレイは、非常に多数のcDNAまたはオリゴヌクレオチド(例えば、330,000までのオリゴヌクレオチド)を含み得る。アレイを提示する固体表面は、たとえば、ガラスであり得る。遺伝子転写物の産物のレベルは、当該分野で公知の任意の技術(例えば、免疫組織化学またはプロテオミクスを含む)により測定され得る。
(a)患者から得た癌組織から抽出したRNAを、遺伝子発現分析に供する工程;
(b)STAT5A、STAT5B、WISP1、CKAP4、FGFrl、cdc25A、RASSF1、G−カテニン、H2AFZ、NME1、NRG1、BCl2、TAGLN、YB1、Src、IGF1R、CD44、DIABLO、TIMP2、AREG、PDGFRA、CTSB、ヘプシン、ErbB3、MTA、GusおよびVEGF
からなる群より選択される1つ以上の遺伝子の、組織における発現レベルを決定する工程であって、この発現レベルは、コントロール遺伝子に対して規準化され、かつ、必要に応じて、対応する癌参照組織セットにおいて見出される量と比較される、工程;ならびに
(c)上記遺伝子発現分析により得られたデータを要約するレポートを作製する工程。
(a)患者から得た癌細胞を含むサンプルを、STAT5A、STAT5B、WISP1、CKAP4、FGFR1、cdc25A、RASSF1、G−カテニン、H2AFZ、NME1、NRG1、BCl2、TAGLN、YB1、Src、IGF1R、CD44、DIABLO、TIMP2、AREG、PDGFRaおよびCTSBからなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子のRNA転写物、またはその生成物の発現レベルの定量的分析に供する工程;ならびに
(b)上記遺伝子またはその生成物の規準化された発現レベルが、規定された発現閾値を上回って上昇する場合に、患者を、EGFRインヒビターを用いる処置に十分に応答する減少した可能性を有する可能性があるとして同定する工程。
(a)患者から得た癌細胞を含むサンプルを、ヘプシン、ErbB3、MTA、GusおよびVEGFからなる群から選択される少なくとも1種の遺伝子のRNA転写物、またはその生成物の発現レベルの定量的分析に供する工程;ならびに
(b)上記遺伝子またはその生成物の規準化された発現レベルが、規定された発現閾値を上回って上昇する場合に、患者を、EGFRインヒビターを用いる処置に十分に応答する増加した可能性を有する可能性があるとして同定する工程。
(A.定義)
他に定義されない限り、本明細書中で使用される科学技術用語は、本発明が属する分野の当業者により通常理解される意味と同じ意味を有する。Singletonら、Dictionary of Microbiology and Molecular Biology 第2版,J.Wiley & Sons(New York,NY 1994)およびMarch,Advanced Organic Chemistry Reactions,Mechanisms and Structure 第4版,John Wiley & Sons(New York,NY 1992)は、本願において使用される用語の多くに対して、一般的なガイドを当業者に提供する。
他に示されない限り、本発明の実施は、当該分野の技術範囲内の、分子生物学(組換え技術を含む)、微生物学、細胞生物学および生化学の従来技術を用いる。このような技術は、例えば、以下の文献において完全に説明されている:「Molecular Cloning:A Laboratory Manual」,第2版(Sambrookら、1989);「Oligonucleotide Synthesis」(M.J.Gait編、1984);「Animal Cell Culture」(R.I.Freshney編、1987);「Methods in Enzymology」(Academic Press,Inc.);「Handbook of Experimental Immunology」,第4版(D.M.Weir & C.C.Blackwell編、Blackwell Science Inc.,1987);「Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells」(J.M.Miller & M.P.Calos編、1987);「Current Protocols in Molecular Biology」(F.M.Ausubelら編、1987);および「PCR:The Polymerase Chain Reaction」(Mullisら編、1994)。
一般に、遺伝子発現プロファイリングの方法は、2つの大きな群:ポリヌクレオチドのハイブリダイゼーション分析に基づく方法、およびポリヌクレオチドの配列決定に基づく方法に分けられ得る。最も一般的に使用される、サンプルにおけるmRNA発現の定量のための当該分野で公知の方法としては、ノーザンブロッティングおよびインサイチュハイブリダイゼーション(Parker & Barnes,Methods in Molecular Biology 106:247−283(1999));RNAse保護アッセイ(Hod,Biotechniques 13:852−854(1992));および逆転写ポリメラーゼ連鎖反応(RT−PCR)(Weisら、Trends in Genetics 8:263−264(1992))が挙げられる。あるいは、特異的な二重鎖(DNA二重鎖、RNA二重鎖およびDNA−RNAハイブリッド二重鎖またはDNA−タンパク質二重鎖を含む)を認識し得る抗体が、使用され得る。配列決定ベースの遺伝子発現分析のための代表的な方法としては、遺伝子発現の連続分析(SAGE)および超並列シグネチャー配列決定(MPSS)が挙げられる。
上記の技術のうち、最も感度が高く、かつ最も柔軟な定量方法は、RT−PCRであり、これは、薬物処置を行なったかまたは行なっていない、正常組織および腫瘍組織において、異なるサンプル集団におけるmRNAレベルを比較して、遺伝子発現のパターンを特徴付け、密接に関連するmRNA間を区別し、そして、RNA構造を分析するために使用され得る。
差次的な遺伝子発現はまた、マイクロアレイ技術を用いて同定または確認され得る。従って、乳癌関連遺伝子の発現プロフィールは、マイクロアレイ技術を用いて、新鮮な腫瘍組織またはパラフィン包埋された腫瘍組織のいずれかにおいて測定され得る。この方法において、目的のポリヌクレオチド配列(cDNAおよびオリゴヌクレオチドを含む)が、マイクロチップ基板上にプレーティングされるか、または並べられる。並べられた配列は、次いで、目的の細胞もしくは組織に由来する特定のDNAプローブとハイブリダイズされる。RT−PCR法とまさに同じ様に、mRNAの供給源は、代表的には、ヒト腫瘍または腫瘍細胞株、および対応する正常組織または正常細胞株から単離された総RNAである。従って、RNAは、種々の原発性腫瘍または腫瘍細胞株から単離され得る。mRNAの供給源が原発性腫瘍である場合、mRNAは、例えば、凍結されたか、保存されたパラフィン包埋されかつ固定された(例えば、ホルマリン固定)組織サンプルから抽出され得、これらのサンプルは、毎日の臨床実務において慣用的に調製および保存されている。
遺伝子発現の連続分析(SAGE)は、各転写物についての個々のハイブリダイズプローブを提供する必要なく、多数の遺伝子転写物の同時かつ定量的な分析を可能にする方法である。第1に、転写物を固有に同定するための十分な情報を含む短い配列タグ(約10〜14bp)が作製されるが、このタグは、各転写物内の固有の位置から得られる。次いで、多くの転写物が互いに連結されて、長い連続した分子を形成し、これを配列決定して、複数のタグのアイデンティティを同時に明らかにし得る。任意の集団の転写物の発現パターンは、個々のタグの量を決定し、そして、各タグに対応する遺伝子を同定することによって、定量的に評価され得る。さらなる詳細については、例えば、Velculescuら、Science 270:484−487(1995);およびVelculescuら、Cell 88:243−51(1997)を参照のこと。
Brennerら、Nature Biotechnology 18:630−634(2000)により記載されるこの方法は、非ゲルベースのシグネチャー配列決定と、別個の直径5μmのマイクロビーズ上の数百のテンプレートのインビトロクローニングとを組合せる配列決定アプローチである。第1に、DNAテンプレートのマイクロビーズライブラリーは、インビトロクローニングにより実施される。この次に、フロー・セル内の高密度(代表的には、3×106マイクロビーズ/cm2以上)のテンプレート含有マイクロビーズの平面アレイのアセンブリが続く。各マイクロビーズ上のクローニングしたテンプレートの自由端は、DNAフラグメントの分離を必要としない蛍光ベースのシグネチャー配列決定法を使用して、同時に分析される。この方法は、一回の操作で、酵母cDNAライブラリーから数十万の遺伝子シグネチャー配列を同時かつ正確に提供することが示されている。
免疫組織化学法がまた、本発明の予後のマーカーの発現レベルを検出するために適切である。従って、抗体または抗血清、好ましくは、ポリクローナル抗血清、そして最も好ましくは、各マーカーに特異的なモノクローナル抗体が、発現を検出するために使用される。抗体は、例えば、放射標識、蛍光標識、ハプテン標識(例えば、ビオチン)または酵素(例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼまたはアルカリホスファターゼ)を使用する、抗体自体の直接標識によって検出され得る。あるいは、未標識の一次抗体は、抗血清、ポリクローナル抗血清または一次抗体に特異的なモノクローナル抗体を含む標識された二次抗体と組合せて使用される。免疫組織化学のプロトコールおよびキットは、当該分野で周知であり、かつ、市販されている。
用語「プロテオーム」は、特定の時点における、サンプル(例えば、組織、生物または細胞培養物)中に存在するタンパク質の全体として規定される。プロテオミクスとしては、とりわけ、サンプル内のタンパク質発現の全体的な変化の研究(「発現プロテオミクス」とも呼ばれる)が挙げられる。プロテオミクスは、代表的には、以下の工程を包含する:(1)2−Dゲル電気泳動(2−D PAGE)による、サンプル内の個々のタンパク質の分離;(2)例えば、質量分析またはN末端配列決定による、ゲルから回収された個々のタンパク質の同定、および(3)バイオインフォマティクスを使用する、データの分析。プロテオミクス法は、遺伝子発現プロファイリングの他の方法に対する価値ある捕捉であり、本発明の予後のマーカーの生成を検出するために、単独でか、または他の方法と組合せて使用され得る。
上皮増殖因子レセプター(EGFR)ファミリー(EGFR、erb−B2、erb−B3およびerb−B4を含む)は、上皮の悪性腫瘍においてしばしば活性化されている増殖因子レセプターのファミリーである。従って、上皮増殖因子レセプター(EGFR)は、例えば、卵巣癌、膵臓癌、非小細胞肺癌{NSCLC}、乳癌および頭頸部癌を含む、いくつかの腫瘍型において活性であることが知られている。いくつかのEGFRインヒビター(例えば、ZD1839(ゲフィニチブまたはIressaとしても公知);およびOSI774(Erlotinib,Tarceva))は、癌の処置のための有望な薬物候補である。
RNA供給源として、固定され、パラフィン包埋された組織を使用して、遺伝子発現をプロファイリングするための代表的なプロトコールの工程(mRNAの単離、精製、プライマー伸長および増幅を含む)は、種々の刊行された学術文献に示される{例えば:T.E.Godfreyら、J.Molec.Diagnostics 2:84−91[2000];K.Spechtら、Am.J.Pathol.158:419−29[2001]}。簡単に述べると、代表的なプロセスは、パラフィン包埋した腫瘍組織サンプルを約10μm厚の切片に薄切することから開始する。次いで、RNAを抽出し、そして、タンパク質およびDNAを除去する。RNA濃度を分析した後、必要に応じてRNAの修復および/または増幅工程が含められてもよく、そして、RNAが、遺伝子特異的なプロモーターを使用して逆転写されて、その後に、RT−PCRが続く。最終的に、データは、試験される腫瘍差プルにおいて同定された特徴的な遺伝子発現パターンに基づいて、患者に利用可能な最良な処置選択肢を同定するために分析される。
本発明の重要な局面は、癌(例えば、肺癌)組織による特定の遺伝子の測定された発現を使用して、予後の情報を提供することである。この目的のために、圧制されるRNAの量の差と、使用されるRNAの量の可変性の両方を補正する(規準化する)ことが必要である。従って、アッセイは、代表的には、特定の規準化遺伝子(GAPDHおよびCypIのような周知のハウスキーピング遺伝子を含む)の発現を測定し、そして組み込む。あるいは、規準化は、アッセイされる遺伝子の全てまたはその大きなサブセット(全体的な規準化アプローチ)の平均またはメジアンシグナル(Ct)に基づき得る。遺伝子ごとの観点から、患者の腫瘍mRNAの、測定され、かつ規準化された量は、癌組織の参照セットにおいて見出される量と比較される。この参照セットにおける癌組織の数(N)は、異なる参照セットが(概して)、本質的に同じように挙動することを確証するのに十分に多い。この条件が適合する場合、個々のセットに存在する個々の癌組織の同定は、アッセイされる遺伝子の相対量に対して有意な効果を有さない。通常、癌組織参照セットは、少なくとも約30、好ましくは、少なくとも約40の異なるFPE癌組織生検から構成される。他に記されない限り、各mRNA/試験された腫瘍/患者についての規準化された発言レベルは、参照セットにおいて測定された発現レベルの百分率として表わされる。より具体的には、十分に多い数(例えば、40)の腫瘍の参照セットは、各mRNA種の規準化されたレベルの分布を生じる。分析されるべき特定の腫瘍サンプルにおいて測定されるレベルは、この範囲内のある百分率に入り、この範囲は、当該分野で周知の方法により決定され得る。以下に、他に記されない限り、遺伝子の発現レベルに対する参照は、参照セットに対する規準化された発現を想定するが、このことは、常に明白に述べられているわけではない。
遺伝子発現研究は、EGFRインヒビターを用いる処置に応答したか、または応答しなかったNSCLC患者の、パラフィン包埋され、固定された組織サンプルにおける遺伝子発現を分子的に特徴付けるという主な目的を以って、設計および実施した。この結果は、1つのEGFRインヒビターの使用に基づく。
分子アッセイを、NSCLCと診断された29人の個々の患者から得た、パラフィン包埋し、ホルマリン固定した腫瘍組織について行なった。患者は、材料および方法の節において記載されたように実施した組織病理学的評価が、腫瘍組織の適切な量を示した場合に限り、研究に含めた。全ての患者が、NSCLCについての以前の処置歴を有し、前処置の性質は多様であった。
代表的な腫瘍ブロックの各々を。診断、腫瘍の量および腫瘍のグレードの半定量的な評価のための標準的な組織病理学により特徴付けた。合計6つの切片(各々10ミクロン厚)を調製し、2つのCostar Brand Microcentrifugeチューブ(ポリプロピレン,1.7mLチューブ、透明;各チューブに3つの切片)に入れた。腫瘍が全生検面積の30%未満を構成した場合、サンプルは解剖学者により切開され得、腫瘍組織を直接Costarチューブに入れた。
mRNAを、固定され、パラフィン包埋された組織サンプルから抽出および精製し、そして、上記のような遺伝子発現分析のために調製した。
腫瘍組織を、185の癌関連遺伝子および7の参照遺伝子について分析した。各患者についての閾値サイクル(CT)値を、その特定の患者についての全ての遺伝子の平均に基づいて基準化した。臨床的結果のデータは、全ての患者について利用可能であった。
分析を、17人の処置された患者全てについて行い、規準化された遺伝子発現と、RES(応答)またはNR(非応答)の二成分の結果との間の関係性を決定した。RESもしくはNRとして分類された患者群についてt検定を実施し、各遺伝子についての群間の差についてのp値を算出した。以下の表は、群間の差についてのp値が<0.10であった、23の遺伝子を列挙する。この場合、応答は、部分的な応答または完全な応答として定義され、前者は、腫瘍の>50%縮小であり、後者は、腫瘍の消失である。示されるように、応答は、2人の患者において同定した。
Claims (54)
- EGFRインヒビターでの処置の候補である患者が、該処置に応答性である可能性を予測するための方法であって、該方法は、該患者から得た癌組織サンプルにおける1種以上の予後のRNA転写物またはその発現産物の発現レベルを決定する工程であって、ここで、該予後の転写物は、以下:
STAT5A、STAT5B、WISP1、CKAP4、FGFR1、cdc25A、RASSF1、G−カテニン、H2AFZ、NME1、NRG1、BCl2、TAGLN、YB−1、Src、IGF1R、CD44、DIABLO、TIMP2、AREG、PDGFRa、CTSB、ヘプシン、ErbB3、MTA1、GusおよびVEGF
からなる群より選択される1種以上の遺伝子の転写物であり、ここで、(a)STAT5A、STAT5B、WISP1、CKAP4、FGFR1、cdc25A、RASSF1、G−カテニン、H2AFZ、NME1、NRG1、BCl2、TAGLN、YB1、Src、IGF1R、CD44、DIABLO、TIMP2、AREG、PDGFRa、およびCTSBの1種以上の転写物または対応する発現産物の過剰発現は、該患者が該処置に対して十分に応答する可能性がないことを示し、そして、(b)ヘプシン、ErbB3、MTA、Gus、およびVEGFの1種以上の転写物またはその応答する発現産物の過剰発現は、該患者が、該処置に対して十分に応答する可能性があることを示す、工程
を包含する、方法。 - 前記予後の転写物またはその発現産物のうち少なくとも2つの前記発現レベルを決定する工程を包含する、請求項1に記載の方法。
- 前記予後の転写物またはその発現産物のうち少なくとも5つの前記発現レベルを決定する工程を包含する、請求項1に記載の方法。
- 前記予後の転写物またはその発現産物の全ての前記発現レベルを決定する工程を包含する、請求項1に記載の方法。
- 前記過剰発現が、前記サンプルにおける、全ての測定された遺伝子転写物またはその発現産物の平均発現レベルを参照して決定される、請求項1に記載の方法。
- 前記癌が、卵巣癌、結腸癌、膵臓癌、非小細胞肺癌、乳癌および頭頸部癌からなる群より選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記組織が、固定され、パラフィン包埋されるか、または、新鮮であるか、もしくは、凍結されている、請求項1に記載の方法。
- 前記組織が、細針生検、コア生検または他の型の生検に由来する、請求項1に記載の方法。
- 前記組織サンプルが、細針吸引、気管支洗浄、または経気管支的生検により得られる、請求項1に記載の方法。
- 前記予後のRNA転写物の前記発現レベルが、RT−PCRによって決定される、請求項1に記載の方法。
- 前記発現産物の前記発現レベルが、免疫組織化学によって決定される、請求項1に記載の方法。
- 前記発現産物の前記発現レベルが、プロテオミクス技術によって決定される、請求項1に記載の方法。
- 前記予後のRNA転写物またはその発現産物の測定のためのアッセイが、キットの形態で提供される、請求項1に記載の方法。
- 前記EGFRインヒビターが、抗体または抗体フラグメントである、請求項1に記載の方法。
- 前記EGFRインヒビターが低分子である、請求項1に記載の方法。
- 固体表面上に固定された以下の遺伝子:
STAT5A、STAT5B、WISP1、CKAP4、FGFrl、cdc25A、RASSF1、G−カテニン、H2AFZ、NME1、NRG1、BCl2、TAGLN、YB1、Src、IGF1R、CD44、DIABLO、TIMP2、AREG、PDGFrA、CTSB、ヘプシン、ErbB3、MTA、Gus、およびVEGF
にハイブリダイズするポリヌクレオチドを含む、アレイ。 - 以下の遺伝子:
STAT5A、STAT5B、WISP1、CKAP4、FGFR1、cdc25A、RASSF1、G−カテニン、H2AFZ、NME1、NRG1、BCl2、TAGLN、YB1、Src、IGF1R、CD44、DIABLO、TIMP2、AREG、PDGFRa、およびCTSB
にハイブリダイズするポリヌクレオチドを含む、アレイ。 - 以下の遺伝子:
ヘプシン、ErbB3、MTA、Gus、およびVEGF
にハイブリダイズするポリヌクレオチドを含む、アレイ。 - 前記ポリヌクレオチドがcDNAである、請求項16〜18のいずれか1項に記載のアレイ。
- 前記cDNAが約500〜5000塩基長である、請求項19に記載のアレイ。
- 前記ポリヌクレオチドがオリゴヌクレオチドである、請求項16〜18のいずれか1項に記載のアレイ。
- 前記オリゴヌクレオチドが約20〜80塩基長である、請求項21に記載のアレイ。
- 約330,000のオリゴヌクレオチドを含む、請求項22に記載のアレイ。
- 前記固体表面がガラスである、請求項16〜18のいずれか1項に記載のアレイ。
- 患者のための個別のゲノムプロフィールを調製する方法であって、該方法は以下:
(a)該患者から得た癌組織から抽出したRNAを遺伝子発現分析に供する工程;
(b)以下:
STAT5A、STAT5B、WISP1、CKAP4、FGFrl、cdc25A、RASSF1、G−カテニン、H2AFZ、NME1、NRG1、BCl2、TAGLN、YB1、Src、IGF1R、CD44、DIABLO、TIMP2、AREG、PDGFRA、CTSB、ヘプシン、ErbB3、MTA、Gus、およびVEGF
からなる群より選択される1種以上の遺伝子の、該組織における発現レベルを決定する工程であって、該発現レベルは、コントロール遺伝子に対して規準化され、かつ、必要に応じて、対応する癌参照組織セットにおいて見出される量と比較される、工程;ならびに
(c)該遺伝子発現分析により得られるデータを要約するレポートを作製する工程
を包含する、方法。 - 前記組織が、固定され、パラフィン包埋された生検サンプルから得られる、請求項25に記載の方法。
- 前記RNAが断片化されている、請求項26に記載の方法。
- 前記レポートが、前記患者が、EGFRインヒビターを用いる処置に応答する可能性の予測を含む、請求項25に記載の方法。
- 前記癌が肺癌である、請求項25に記載の方法。
- 前記癌が、結腸癌、頭頸部癌、肺癌および乳癌からなる群より選択される、請求項25に記載の方法。
- 前記レポートが、前記患者の処置様式のための推奨を含む、請求項25に記載の方法。
- ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)によって、以下:
STAT5A、STAT5B、WISP1、CKAP4、FGFrl、cdc25A、RASSF1、G−カテニン、H2AFZ、NME1、NRG1、BCl2、TAGLN、YB1、Src、IGF1R、CD44、DIABLO、TIMP2、AREG、PDGFRA、CTSB、ヘプシン、ErbB3、MTA、Gus、およびVEGF
からなる群より選択される遺伝子を増幅するための方法であって、該方法は、表3に列挙される対応するアンプリコン、および、表4に列挙される対応するプライマー−プローブセットを使用することによって該PCRを実施する工程を包含する、方法。 - 表4に列挙される、PCRプライマー−プローブセット。
- 表3に列挙される、PCRアンプリコン。
- 予後の方法であって、以下:
(a)患者から得た癌細胞を含むサンプルを、STAT5A、STAT5B、WISP1、CKAP4、FGFR1、cdc25A、RASSF1、G−カテニン、H2AFZ、NME1、NRG1、BCl2、TAGLN、YB1、Src、IGF1R、CD44、DIABLO、TIMP2、AREG、PDGFRa、およびCTSBからなる群より選択される少なくとも1種の遺伝子のRNA転写物またはその生成物の発現レベルの定量的分析に供する工程;ならびに
(b)該遺伝子またはその生成物の規準化された発現レベルが、規定された発現閾値を上回って上昇する場合、EGFRインヒビターを用いる処置に十分に対応する減少した可能性を有する可能性があるとして、該患者を同定する工程
を包含する、方法。 - 前記癌細胞が、非小細胞肺癌(NSCLC)細胞、結腸癌細胞、頭頸部癌細胞、肺癌細胞および乳癌細胞からなる群より選択される、請求項35に記載の方法。
- 予後の方法であって、以下:
(a)患者から得た癌細胞を含むサンプルを、ヘプシン、ErbB3、MTA、Gus、およびVEGFからなる群より選択される少なくとも1種の遺伝子のRNA転写物またはその生成物の発現レベルの定量的分析に供する工程、ならびに
(b)該遺伝子またはその生成物の規準化された発現レベルが、規定された発現閾値を上回って上昇する場合、EGFRインヒビターを用いる処置に十分に応答する増加した可能性を有する可能性があるとして、該患者を同定する、工程
を包含する、方法。 - 前記癌細胞が、非小細胞肺癌(NSCLC)細胞、結腸癌細胞、頭頸部癌細胞、肺癌細胞および乳癌細胞からなる群より選択される、請求項37に記載の方法。
- 前記遺伝子のRNA転写物のレベルが、2つ以上のハウスキーピング遺伝子のRNA転写物または生成物の平均レベルに関して基準化されている、請求項35または37に記載の方法。
- 前記ハウスキーピング遺伝子が、グリセルアルデヒド−3−リン酸デヒドロゲナーゼ(GAPDH)、CypI、アルブミン、アクチン、チューブリン、サイクロフィリンヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ(HRPT)、L32、28Sおよび18Sからなる群より選択される、請求項39に記載の方法。
- 前記サンプルが、検出限界より上に存在する全ての遺伝子の全体的な遺伝子発現分析に供される、請求項35または37に記載の方法。
- 前記遺伝子のRNA転写物のレベルが、該RNA転写物、または、アッセイされた全ての遺伝子の生成物もしくはそのサブセットの平均シグナルに関して規準化されている、請求項41に記載の方法。
- 前記RNA転写物のレベルが、定量的RT−PCR(qRT−PCR)により決定され、そして、シグナルが、Ct値である、請求項42に記載の方法。
- 前記アッセイされた遺伝子が、少なくとも50の癌関連遺伝子を含む、請求項43に記載の方法。
- 前記アッセイされた遺伝子が、少なくとも100の癌関連遺伝子を含む、請求項43に記載の方法。
- 前記患者がヒトである、請求項35または37に記載の方法。
- 前記サンプルが、固定され、パラフィン包埋された組織(FPET)サンプルであるか、新鮮な組織サンプルであるか、もしくは凍結した組織サンプルである、請求項46に記載の方法。
- 前記サンプルが、細針生検、コア生検または他の型の生検に由来する組織サンプルである、請求項46に記載の方法。
- 前記定量的分析が、qRT−PCRにより実施される、請求項46に記載の方法。
- 前記定量的分析が、前記遺伝子の生成物を定量することによって実施される、請求項46に記載の方法。
- 前記生成物が、免疫組織化学によってか、または、プロテオミクス技術によって定量される、請求項50に記載の方法。
- 前記患者が、EGFRインヒビターを用いる処置に応答する減少した可能性を有することを示すレポートを作製する工程をさらに包含する、請求項35に記載の方法。
- 前記患者が、EGFRインヒビターを用いる処置に応答する増加した可能性を有することを示すレポートを作製する工程をさらに包含する、請求項37に記載の方法。
- 請求項1、35および37のいずれか1項に記載の方法を実施するのに適切な、(1)抽出用緩衝液/試薬およびプロトコール;(2)逆転写用緩衝液/試薬およびプロトコール;ならびに(3)qPCR用緩衝液/試薬およびプロトコールのうちの1つ以上を含む、キット。
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Cited By (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2010064702A1 (ja) * | 2008-12-05 | 2010-06-10 | 国立大学法人 東京大学 | 癌の予後を予測するためのバイオマーカー |
WO2010084998A1 (en) * | 2009-01-26 | 2010-07-29 | Kyushu University, National University Corporation | A method of predicting the efficacy of a drug |
JP2014526680A (ja) * | 2011-09-12 | 2014-10-06 | ユニヴェルシテイト ヘント | 結腸直腸ガンのニューレグリン−1に基づく予後予測及び治療層別化 |
JP2017161531A (ja) * | 2007-10-19 | 2017-09-14 | セル・シグナリング・テクノロジー・インコーポレイテツド | 癌の分類および使用法 |
KR20180010138A (ko) * | 2016-07-20 | 2018-01-30 | 연세대학교 산학협력단 | 암 예후 예측을 위한 조성물 및 이를 포함하는 키트 |
Families Citing this family (54)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20050059012A1 (en) * | 2002-07-31 | 2005-03-17 | Daniel Afar | Diagnosis of ZD1839 resistant tumors |
US7483554B2 (en) * | 2003-11-17 | 2009-01-27 | Aureon Laboratories, Inc. | Pathological tissue mapping |
US7467119B2 (en) * | 2003-07-21 | 2008-12-16 | Aureon Laboratories, Inc. | Systems and methods for treating, diagnosing and predicting the occurrence of a medical condition |
US7505948B2 (en) * | 2003-11-18 | 2009-03-17 | Aureon Laboratories, Inc. | Support vector regression for censored data |
US8017321B2 (en) | 2004-01-23 | 2011-09-13 | The Regents Of The University Of Colorado, A Body Corporate | Gefitinib sensitivity-related gene expression and products and methods related thereto |
WO2005086068A2 (en) * | 2004-02-27 | 2005-09-15 | Aureon Laboratories, Inc. | Methods and systems for predicting occurrence of an event |
CA2567293C (en) | 2004-05-27 | 2017-05-16 | The Regents Of The University Of Colorado | Methods for prediction of clinical outcome to epidermal growth factor receptor inhibitors by cancer patients |
US7761240B2 (en) * | 2004-08-11 | 2010-07-20 | Aureon Laboratories, Inc. | Systems and methods for automated diagnosis and grading of tissue images |
EP1812589A2 (en) * | 2004-09-30 | 2007-08-01 | Epigenomics AG | Epigenetic methods and nucleic acids for the detection of lung cell proliferative disorders |
WO2006045991A1 (en) * | 2004-10-25 | 2006-05-04 | Astrazeneca Ab | Method to predict whether a tumor will react to a chemotherapeutic treatment |
US8383357B2 (en) | 2005-03-16 | 2013-02-26 | OSI Pharmaceuticals, LLC | Biological markers predictive of anti-cancer response to epidermal growth factor receptor kinase inhibitors |
DE602006016085D1 (de) | 2005-03-16 | 2010-09-23 | Genentech Inc | Biologische marker prediktiv für das ansprechen von krebs auf inhibitoren der kinase des rezeptors für epidermalen wachstumsfaktor |
AR053272A1 (es) * | 2005-05-11 | 2007-04-25 | Hoffmann La Roche | Determinacion de responsivos a la quimioterapia |
US7449442B2 (en) * | 2005-07-12 | 2008-11-11 | Children's Medical Center Corporation | EGFR inhibitors promote axon regeneration |
US7700299B2 (en) * | 2005-08-12 | 2010-04-20 | Hoffmann-La Roche Inc. | Method for predicting the response to a treatment |
ATE520979T1 (de) * | 2005-08-24 | 2011-09-15 | Bristol Myers Squibb Co | Biomarker und verfahren zur bestimmung der empfindlichkeit gegenüber modulatoren des egf(epidermal growth factor)-rezeptors |
WO2007035744A1 (en) | 2005-09-20 | 2007-03-29 | Osi Pharmaceuticals, Inc. | Biological markers predictive of anti-cancer response to insulin-like growth factor-1 receptor kinase inhibitors |
WO2007067500A2 (en) * | 2005-12-05 | 2007-06-14 | Genomic Health, Inc. | Predictors of patient response to treatment with egfr inhibitors |
JP2007252312A (ja) * | 2006-03-24 | 2007-10-04 | Japan Health Science Foundation | 上皮成長因子受容体−チロシンキナーゼ阻害剤に対する肺ガンの感度測定方法および肺ガン治療剤のスクリーニング方法 |
DE102006048249A1 (de) * | 2006-08-10 | 2008-02-14 | Wolff Prof. Dr. Schmiegel | Biomarker für Leberentzündung |
BRPI0717416A2 (pt) | 2006-09-21 | 2013-11-12 | Prometheus Lab Inc | Método para realizar um imunoensaio complexo de alta produtividade, e, arranjo |
WO2011008990A1 (en) * | 2009-07-15 | 2011-01-20 | Prometheus Laboratories Inc. | Drug selection for gastric cancer therapy using antibody-based arrays |
EP2081950B1 (en) * | 2006-09-21 | 2013-03-20 | Nuclea Biomarkers LLC | Expression profiles associated with irinotecan treatment |
US20100203043A1 (en) * | 2007-04-13 | 2010-08-12 | Ree Anne H | Treatment and diagnosis of metastatic prostate cancer with inhibitors of epidermal growth factor receptor (egfr) |
JP5240739B2 (ja) | 2007-04-13 | 2013-07-17 | オーエスアイ・フアーマシユーテイカルズ・エル・エル・シー | キナーゼ阻害剤に対する抗癌応答を予測する生物学的マーカー |
RU2519647C2 (ru) | 2007-07-13 | 2014-06-20 | Нестек С.А. | Выбор лекарственных средств для терапии рака легких с помощью матриц на основе антител |
PL2176430T3 (pl) * | 2007-08-14 | 2013-02-28 | Hoffmann La Roche | Wskaźnik predykcyjny do leczenia inhibitorem EGRF |
KR20100037637A (ko) * | 2007-08-14 | 2010-04-09 | 에프. 호프만-라 로슈 아게 | Egfr 억제제 치료에 대한 예측 마커 |
CN101784674A (zh) * | 2007-08-14 | 2010-07-21 | 霍夫曼-拉罗奇有限公司 | Egfr抑制剂治疗的预测性标记物 |
MX2010001579A (es) * | 2007-08-14 | 2010-03-15 | Hoffmann La Roche | Maracador predictivo para tratamiento con el inhibidor del receptor del factor de crecimiento epidermico. |
US8048621B2 (en) | 2007-10-03 | 2011-11-01 | OSI Pharmaceuticals, LLC | Biological markers predictive of anti-cancer response to insulin-like growth factor-1 receptor kinase inhibitors |
WO2009045361A2 (en) | 2007-10-03 | 2009-04-09 | Osi Pharmaceuticals, Inc. | Biological markers predictive of anti-cancer response to insulin-like growth factor-1 receptor kinase inhibitors |
JP5730576B2 (ja) * | 2007-11-07 | 2015-06-10 | ジェネンテック, インコーポレイテッド | 抗cd40抗体による治療に対するb細胞リンパ腫の応答性を評価するための方法及び組成物 |
EP2065475A1 (en) * | 2007-11-30 | 2009-06-03 | Siemens Healthcare Diagnostics GmbH | Method for therapy prediction in tumors having irregularities in the expression of at least one VEGF ligand and/or at least one ErbB-receptor |
CA2923248A1 (en) | 2008-02-25 | 2009-09-03 | Nestec S.A. | Methods for detecting truncated receptors |
AU2009246398A1 (en) * | 2008-05-14 | 2009-11-19 | Bristol-Myers Squibb Company | Predictors of patient response to treatment with EGF receptor inhibitors |
WO2010015536A1 (en) * | 2008-08-05 | 2010-02-11 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Predictive marker for egfr inhibitor treatment |
KR100996994B1 (ko) * | 2008-08-18 | 2010-11-25 | 울산대학교 산학협력단 | 간세포암종 수술후 재발 또는 재발 발병 위험성의 진단방법 |
WO2010099137A2 (en) * | 2009-02-26 | 2010-09-02 | Osi Pharmaceuticals, Inc. | In situ methods for monitoring the emt status of tumor cells in vivo |
CA2758523C (en) | 2009-04-18 | 2019-03-12 | Genentech, Inc. | Methods for assessing responsiveness of b-cell lymphoma to treatment with anti-cd40 antibodies |
CA2781886A1 (en) * | 2009-12-11 | 2011-06-16 | Dignity Health | Pi3k/akt pathway subgroups in cancer: methods of using biomarkers for diagnosis and therapy |
US10731221B2 (en) | 2009-12-11 | 2020-08-04 | Dignity Health | Diagnosing IDH1 related subgroups and treatment of cancer |
US20110217309A1 (en) * | 2010-03-03 | 2011-09-08 | Buck Elizabeth A | Biological markers predictive of anti-cancer response to insulin-like growth factor-1 receptor kinase inhibitors |
JP2013527748A (ja) | 2010-03-03 | 2013-07-04 | オーエスアイ・ファーマシューティカルズ,エルエルシー | インスリン様増殖因子1受容体キナーゼ阻害剤に対する抗癌反応の予測に役立つ生物学的マーカー |
WO2012097368A2 (en) * | 2011-01-14 | 2012-07-19 | Response Genetics, Inc. | Her3 and her4 primers and probes for detecting her3 and her4 mrna expression |
US9719995B2 (en) | 2011-02-03 | 2017-08-01 | Pierian Holdings, Inc. | Drug selection for colorectal cancer therapy using receptor tyrosine kinase profiling |
US20120214830A1 (en) | 2011-02-22 | 2012-08-23 | OSI Pharmaceuticals, LLC | Biological markers predictive of anti-cancer response to insulin-like growth factor-1 receptor kinase inhibitors in hepatocellular carcinoma |
EP2492688A1 (en) | 2011-02-23 | 2012-08-29 | Pangaea Biotech, S.A. | Molecular biomarkers for predicting response to antitumor treatment in lung cancer |
WO2012149014A1 (en) | 2011-04-25 | 2012-11-01 | OSI Pharmaceuticals, LLC | Use of emt gene signatures in cancer drug discovery, diagnostics, and treatment |
JP6297490B2 (ja) | 2011-08-31 | 2018-03-20 | ジェネンテック, インコーポレイテッド | 診断マーカー |
WO2013033623A1 (en) | 2011-09-02 | 2013-03-07 | Nestec S.A. | Profiling of signal pathway proteins to determine therapeutic efficacy |
WO2013055530A1 (en) | 2011-09-30 | 2013-04-18 | Genentech, Inc. | Diagnostic methylation markers of epithelial or mesenchymal phenotype and response to egfr kinase inhibitor in tumours or tumour cells |
CN104946597A (zh) * | 2015-03-23 | 2015-09-30 | 大连医科大学附属第一医院 | 稳定表达GFP的shRNA靶向干扰YB-1基因人肺腺癌A549细胞株 |
CN106680515B (zh) * | 2016-10-21 | 2018-06-12 | 杭州金式麦生物科技有限公司 | 用于肺癌诊断的多分子标志物组合 |
Family Cites Families (49)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
USRE35491E (en) * | 1982-11-04 | 1997-04-08 | The Regents Of The University Of California | Methods and compositions for detecting human tumors |
US4699877A (en) * | 1982-11-04 | 1987-10-13 | The Regents Of The University Of California | Methods and compositions for detecting human tumors |
US7838216B1 (en) * | 1986-03-05 | 2010-11-23 | The United States Of America, As Represented By The Department Of Health And Human Services | Human gene related to but distinct from EGF receptor gene |
US5015568A (en) * | 1986-07-09 | 1991-05-14 | The Wistar Institute | Diagnostic methods for detecting lymphomas in humans |
US5202429A (en) * | 1986-07-09 | 1993-04-13 | The Wistar Institute | DNA molecules having human BCL-2 gene sequences |
US4968603A (en) * | 1986-12-31 | 1990-11-06 | The Regents Of The University Of California | Determination of status in neoplastic disease |
US5831066A (en) * | 1988-12-22 | 1998-11-03 | The Trustees Of The University Of Pennsylvania | Regulation of bcl-2 gene expression |
US5858678A (en) * | 1994-08-02 | 1999-01-12 | St. Louis University | Apoptosis-regulating proteins |
US5830753A (en) * | 1994-09-30 | 1998-11-03 | Ludwig Institute For Cancer Research | Isolated nucleic acid molecules coding for tumor rejection antigen precursor dage and uses thereof. |
DE69635740T2 (de) * | 1995-12-18 | 2006-09-14 | Sugen, Inc., South San Francisco | Diagnose und behandlung von mit aur-1 und/oder aur-2 assoziierten erkrankungen |
US6716575B2 (en) * | 1995-12-18 | 2004-04-06 | Sugen, Inc. | Diagnosis and treatment of AUR1 and/or AUR2 related disorders |
US5670325A (en) * | 1996-08-14 | 1997-09-23 | Exact Laboratories, Inc. | Method for the detection of clonal populations of transformed cells in a genomically heterogeneous cellular sample |
US5741650A (en) * | 1996-01-30 | 1998-04-21 | Exact Laboratories, Inc. | Methods for detecting colon cancer from stool samples |
US5821082A (en) * | 1996-05-23 | 1998-10-13 | St. Louis University Health Sciences Center | Anti-proliferation domain of a human Bcl-2 and DNA encoding the same |
US6100029A (en) * | 1996-08-14 | 2000-08-08 | Exact Laboratories, Inc. | Methods for the detection of chromosomal aberrations |
US6143529A (en) * | 1996-08-14 | 2000-11-07 | Exact Laboratories, Inc. | Methods for improving sensitivity and specificity of screening assays |
US5952178A (en) * | 1996-08-14 | 1999-09-14 | Exact Laboratories | Methods for disease diagnosis from stool samples |
US5928870A (en) * | 1997-06-16 | 1999-07-27 | Exact Laboratories, Inc. | Methods for the detection of loss of heterozygosity |
US6146828A (en) * | 1996-08-14 | 2000-11-14 | Exact Laboratories, Inc. | Methods for detecting differences in RNA expression levels and uses therefor |
US6203993B1 (en) * | 1996-08-14 | 2001-03-20 | Exact Science Corp. | Methods for the detection of nucleic acids |
US6020137A (en) * | 1996-08-14 | 2000-02-01 | Exact Laboratories, Inc. | Methods for the detection of loss of heterozygosity |
US5861278A (en) * | 1996-11-01 | 1999-01-19 | Genetics Institute, Inc. | HNF3δ compositions |
KR100645448B1 (ko) * | 1996-11-20 | 2006-11-13 | 예일 유니버시티 | 세포 아폽토시스를 저해하는 설바이빈 단백질 및 이를 조절하는 방법 |
US5830665A (en) * | 1997-03-03 | 1998-11-03 | Exact Laboratories, Inc. | Contiguous genomic sequence scanning |
US6033893A (en) * | 1997-06-26 | 2000-03-07 | Incyte Pharmaceuticals, Inc. | Human cathepsin |
US6020135A (en) * | 1998-03-27 | 2000-02-01 | Affymetrix, Inc. | P53-regulated genes |
AU766544B2 (en) * | 1998-06-06 | 2003-10-16 | Genostic Pharma Limited | Probes used for genetic profiling |
US6696558B2 (en) * | 1998-09-09 | 2004-02-24 | The Burnham Institute | Bag proteins and nucleic acid molecules encoding them |
US20020039764A1 (en) * | 1999-03-12 | 2002-04-04 | Rosen Craig A. | Nucleic, acids, proteins, and antibodies |
US6960439B2 (en) * | 1999-06-28 | 2005-11-01 | Source Precision Medicine, Inc. | Identification, monitoring and treatment of disease and characterization of biological condition using gene expression profiles |
US6692916B2 (en) * | 1999-06-28 | 2004-02-17 | Source Precision Medicine, Inc. | Systems and methods for characterizing a biological condition or agent using precision gene expression profiles |
US6710170B2 (en) * | 1999-09-10 | 2004-03-23 | Corixa Corporation | Compositions and methods for the therapy and diagnosis of ovarian cancer |
US6271002B1 (en) * | 1999-10-04 | 2001-08-07 | Rosetta Inpharmatics, Inc. | RNA amplification method |
US6750013B2 (en) * | 1999-12-02 | 2004-06-15 | Protein Design Labs, Inc. | Methods for detection and diagnosing of breast cancer |
WO2001051661A2 (en) * | 2000-01-13 | 2001-07-19 | Amsterdam Support Diagnostics B.V. | A universal nucleic acid amplification system for nucleic acids in a sample |
US6322986B1 (en) * | 2000-01-18 | 2001-11-27 | Albany Medical College | Method for colorectal cancer prognosis and treatment selection |
EP1257664A4 (en) * | 2000-01-28 | 2006-04-05 | Althea Technologies Inc | METHOD FOR THE ANALYSIS OF GENE EXPRESSION |
AU2001251086A1 (en) * | 2000-03-31 | 2001-10-15 | Sir Mortimer B. Davis Jewish General Hospital | Microchip arrays of regulatory genes |
WO2002008461A2 (en) * | 2000-07-21 | 2002-01-31 | Global Genomics Ab | A METHOD AND AN ALGORITHM FOR mRNA EXPRESSION ANALYSIS |
US20030224460A1 (en) * | 2000-09-22 | 2003-12-04 | Pedersen Finn Skou | Novel compositions and methods for lymphoma and leukemia |
US6582919B2 (en) * | 2001-06-11 | 2003-06-24 | Response Genetics, Inc. | Method of determining epidermal growth factor receptor and HER2-neu gene expression and correlation of levels thereof with survival rates |
US6602670B2 (en) * | 2000-12-01 | 2003-08-05 | Response Genetics, Inc. | Method of determining a chemotherapeutic regimen based on ERCC1 expression |
AU2002228000A1 (en) * | 2000-12-07 | 2002-06-18 | Europroteome Ag | Expert system for classification and prediction of genetic diseases |
US7776518B2 (en) * | 2001-01-12 | 2010-08-17 | Yale University | Detection of survivin in the biological fluids of cancer patients |
WO2002057787A2 (en) * | 2001-01-12 | 2002-07-25 | Yale University | Detection of survivin in the biological fluids of cancer patients |
CN1554025A (zh) * | 2001-03-12 | 2004-12-08 | Īŵ���ɷ�����˾ | 患病状态的细胞为基础的检测和鉴别 |
WO2003029273A2 (en) * | 2001-09-28 | 2003-04-10 | Whitehead Institute For Biomedical Research | Classification of lung carcinomas using gene expression analysis |
US6964850B2 (en) * | 2001-11-09 | 2005-11-15 | Source Precision Medicine, Inc. | Identification, monitoring and treatment of disease and characterization of biological condition using gene expression profiles |
US20030198972A1 (en) * | 2001-12-21 | 2003-10-23 | Erlander Mark G. | Grading of breast cancer |
-
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-
2007
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-
2009
- 2009-08-14 AU AU2009208748A patent/AU2009208748A1/en not_active Abandoned
Non-Patent Citations (3)
Title |
---|
JPN6009045162, 日本癌学会総会記事,第61巻,第166頁,1057(2002年8月) * |
JPN6009061797, European Journal of Cancer, 2002, Vol.38, p.S4 * |
JPN6009061798, 第54回日本胸部外科学会総会, 2001, p.322 * |
Cited By (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2017161531A (ja) * | 2007-10-19 | 2017-09-14 | セル・シグナリング・テクノロジー・インコーポレイテツド | 癌の分類および使用法 |
WO2010064702A1 (ja) * | 2008-12-05 | 2010-06-10 | 国立大学法人 東京大学 | 癌の予後を予測するためのバイオマーカー |
WO2010084998A1 (en) * | 2009-01-26 | 2010-07-29 | Kyushu University, National University Corporation | A method of predicting the efficacy of a drug |
JP2014526680A (ja) * | 2011-09-12 | 2014-10-06 | ユニヴェルシテイト ヘント | 結腸直腸ガンのニューレグリン−1に基づく予後予測及び治療層別化 |
KR20180010138A (ko) * | 2016-07-20 | 2018-01-30 | 연세대학교 산학협력단 | 암 예후 예측을 위한 조성물 및 이를 포함하는 키트 |
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