JP2006515513A - 乳房細胞増殖障害の改良治療方法および核酸 - Google Patents
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Abstract
Description
5−メチルシトシンを検出する別な公知方法に関する概要は、次の総説文献:レイン(Rein)T、デパムフィリス(DePamphilis)M.L, ゾルバス(Zorbas)H, Nucleic Acids Res. 1998, 26, 2255から集めてもよい。
オリゴマーアレー製造における先行技術の概要は、1999年1月に発行されたNature Geneticsの特別版(Nature Genetics Supplement, Volume21, January 1999)およびそこに引用された文献から集めることができる。
ゲノムDNAは標準方法によって細胞、組織または他の試験試料DNAから得られる。この標準的方法論は、フリッシュ(Fritsch)およびマニアティス(Maniatis)編、Molecular Cloning:「研究室マニュアル」、1989などの参考文献に見られる。
-STMN1, PITX2, PSA および CGA
-STMN1, SFN, S100A2, TGFBR2, SYK, GRIN2D, PSA, COX7A2L, VTN およびPRKCD
-ONECUT2, WBP11, CYP2D6, DAG1, ERBB2, S100A2, TFF1, TP53, TMEFF2, ESR1, SYK, RASSF1, PITX2, PSAT1, CGA および PCAF
TP53, PTGS2, CYP2D6 および MSMB、ここで、この遺伝子の配列は配列番号: 68, 50, 92 および 99を含むことがさらに好ましく、
PITX2、ここで、この遺伝子の配列は配列番号: 83を含むことがさらに好ましく、
WBP11, TMEFF2, ERBB2, ESR1, PITX2 および PCAF、ここで、この遺伝子の配列は配列番号: 137, 132, 133, 134, 135 および 136を含むことがさらに好ましい。
FGFR1, PSA および CGA、ここで、これらの遺伝子の配列は配列番号: 74, 90 および 91を含むことがさらに好ましく、
STMN1, PSA および CGA、ここで、これらの遺伝子の配列は配列番号: 27, 90 および 91を含むことがさらに好ましく、
STMN1, SFN, S100A2, TGFBR2, SYK, GRIN2D, PSA, COX7A2L, VTN および PRKCD、ここで、これらの配列は配列番号: 27, 40, 41, 43, 78, 86, 90, 105, 115, 121を含むことがさらに好ましく、
ONECUT2, CYP2D6, DAG1, S100A2, TFF1, TP53, SYK, RASSF1, PSAT1 および CGA、ここで、これらの遺伝子の配列は配列番号: 126, 129, 125, 122, 123, 131, 127, 130, 124 および 128を含むことが好ましい。
本方法の第一工程では、ゲノムDNA試料はDNA、DNA源、例えば、セルライン、組織学的スライド、生検、パラフィン中に包埋された組織、乳房組織、血液、血漿、リンパ液、リンパ組織、管細胞、管洗浄液、乳頭吸引液、骨髄およびこれらの組合せを含む細胞または細胞成分などの起源から単離されなければならない。抽出は当業者にとって標準的である手段によって行う。これらは洗浄剤溶解物、超音波およびガラスビースによるボルテキシングの使用を含む。核酸は一度抽出されると、ゲノム二本鎖DNAが分析に使用される。
DNA試料はウィザードキット(Promega)を使用して抽出し、200名の患者から得た試料を分析し、候補マーカーを選択して4つのデータ分析を実施した。
全ての試料の全ゲノムDNAを重亜硫酸塩で処理して非メチル化シトシンをウラシルへ変換した。残存するメチル化シトシンはそのままであった。重亜硫酸塩処理はオレク(Olek)ら、(1996)が記載するプロトコールをわずかに変更して実施した。重亜硫酸塩化した後、各DNA試料10ngを6〜8プライマー対を含む次のmPCR反応に使用した。
400μM dNTP
2pmol 各プライマー
1 U HotStarTaq (Qiagen)
10ng DNA (重亜硫酸塩処理)
95℃で15分間の変性、続いて55℃で45分間のアニーリング、65℃で2分間のプライマー伸長を40回、繰り返した。65℃で最終伸長を10分間、実施した。
次いで、個々の試料のそれぞれから得た全PCR産物は、分析下の各CpG位置における固定化された1対のオリゴヌクレオチドを有するガラススライドとハイブリダイズさせた。これらの検出オリゴヌクレオチドは、それぞれ、本来、非メチル化(TG)またはメチル化(CG)された1つのCpG部位のまわりの重亜硫酸塩変換配列にハイブリダイズするように設計されていた。使用したハイブリダイゼーションオリゴヌクレオチドのさらに詳細なことは、表2を参照のこと。ハイブリダイゼーション条件はTGおよびCG変異体間の1つのヌクレオチドの相違を検出できるように選択した。
チップデータの分析:生ハイブリダイゼーション強度からメチル化割合へ;各CpG位置のログメチル化割合(log(CG/TG))は下記工程を含む標準化された前処理情報ラインに従って測定した。各スポットでは、中央背景画素強度が中央前景画素強度から差し引かれる(これはハイブリダイゼーション強度を訂正した背景の良い推定値となる)。各CpG位置のCGおよびTG検出オリゴヌクレオチドでは、4つの余分なスポット強度の背景補正中央値が採用される。各チップおよび各CpG位置では、log(CG/TG)割合が計算される。各試料では、余分なチップ反復以上のlog(CG/TG)強度が採用される。この割合はハイブリダイゼーションノイズが可能性あるメチル化割合の完全な範囲を越えるおよそ一定の変動を有するとの性質を有する(フーバー(Huber)ら、2002)。
主成分分析(PCA)は新規な座標系上に測定ベクター(例えば、チップデータ、いくつかのCpGなどの上のメチル化プロフィールなど)を描出する。新規な座標軸は主成分として参照される。第1主成分はデータの最も大きな変動の方向をスパンする。次の成分は減少する変動により順序付けられ、互いに直交する。異なったCpG位置は、異なったウェイトでもって異なった成分に従うデータクラウドの伸長に寄与する。PCAは未管理技術、すなわちデータポイントの標識を考慮にいれない技術である(さらに詳細は、例えばリップレイ(Ripley)(1996)参照)。
主たる仕事は、2つのクラス間のメチル化の平均的程度における有意な相違を示すマーカーを同定することである。有意な相違は、2つのクラスの平均的メチル化が同じであるとの帰無仮説がp<0.05でもって拒絶され得るときに検出される。我々はこの検定を潜在的マーカーの全体的セットに応用するから、我々は多重検定におけるp−値を補正しなければならない。これはフォールス・ディスカバリー・レート (FDR) 法 (デュドワ(Dudoit)ら、2002)を応用して実施された。
選択カーカーのCpG全体が相違した組織クラス間をいかに十分に差別化することができるかについての信頼性ある評価を与えるために、我々は分類によってその予測の正確性を決定することができる。この目的のために、我々はそれらのクラス標識によってあるセットの組織試料を使用して、メチル化プロフィールに基づく予測機能を計算する。この段階はトレーニングと呼ばれ、それはデータ標識によって示される先の知識を活用する。次いで、この機能の予測正確性は交差確証により、または1設置の独立した試料で検定される。選択方法としては、我々はサポート・ベクター・マシン(SVM)アルゴリズム(デューダ(Duda) (2001), クリスチアンニニ(Christiannini) (2000))を使用して、予測機能を学習する。もしも他に言及されていないなら、この報告では、偽陽性または偽陰性分類を伴うリスクがそれぞれのクラスの大きさに等しく関連しているとされる。これは学習アルゴリズムが目的とともにクラス予測機能を得て、独立した試料セットの正確性を至適化することを伴う。したがって、得られた分類物の感度と特異性はおよそ等しいと期待され得る。
データセット1および2(図5〜13)
次いでデータはアルゴリズムを使用して2つのクラスの組織間のCpGメチル化相違に従ってランク付けされたマトリックスス中に分類する。図5、7、9および11〜13は灰色段階で示され、ここで、最も有意なCpG位置は上部に向かって減少する有意差をもつマトリックスの底部に存在する。黒色は所与のCpG位置の全メチル化を示し、白色は特定の位置の非メチル化を示し、メチル化程度は明るい灰色(メチル化の低割合)から暗い灰色(メチル化の高割合)で示される。各列は1つの遺伝子内の1つの特定CpG位置を示し、各欄は1つの試料における異なったCpGのメチル化プロフィールを示す。CpGおよび遺伝子同定物が示される左側には、これは問題の遺伝子および使用された検出オリゴマーを確証するために添付する表(表5)に相互参照されている。p−値は観察された分布がデータセットで偶然に生じた可能性である。図6、8、10および12は先の図(すなわち、それぞれ図5、7、9および11)の元の赤−緑バージョンである。暗い灰色は所与のCpG位置の全メチル化を示し、明るい灰色は特定位置の非メチル化を示す。
外科手術後、直ちに補助治療としてタモキシフェンで治療した患者試料のメチル化パターン分析(図1)は、図5〜8のマトリックス中に示される。この分析では、PTGS2、MSMB、TP53およびCYP2D6遺伝子は2つのクラスの組織(治療に対する反応者と治療に対する非反応者)間で有意に相違してメチル化されていた。
転移活動環境においてタモキシフェンで治療した患者試料のメチル化パターンの分析(図2参照)は図9〜12のマトリックス中に示される。この分類で分析された被検者は最初の治療に続いて再発し、続いての転移はタモキシフェンで治療した。
図12は非反応者と対比する薬剤の反応者の全試料セットの分析を示す。ここで、薬剤に対する反応者が非反応者と対比され、2つのクラスの組織間にメチル化におい有意な相違がSTMN1 およびPSA遺伝子において観察された。
各CpGは、公知予測マーカーN−段階と腫瘍サイズとともにコックス 比例ハザードモデル中に入れた。最もよいマーカーはPITX2遺伝子であった。
タモキシフェン治療の成功または失敗を予測する各遺伝子プロモーターの能力を決定するために、測定された個々のCpGをホテリング(Hotelling)のT2統計量を使用して遺伝子毎に組み合わせた。いくつかの遺伝子は多重比較において適度保存フォールス・ディスカバリー・レート25%補正後、タモキシフェンに対する反応に有意に関連していた(図3参照)。この遺伝子はONECUT2、WBP11、CYP2D6、DAG1、ERBB2、S100A2、TFF1、TP53、TMEFF2、ESR1、SYK、RASSF1、PITX2、PSAT1、CGAおよびPCAFであった。
各増幅産物において、その増幅産物のための全オリゴ対における平均メチル化が計算され、その集団はその平均メチル化値によって等しい大きさの群に分けられた。その結果はカプラン−マイヤー(Kaplan-Meier)法で推定された無疾患生存曲線として、図17〜21に示される。p−値は、次の通りであった。
PCAF:p = 0.0105
PITX2:p = 3e-04
TMEFF2:p = 0.0106
WBP11:p = 0.0366
ERBB2:p= 0.018
タモキシフェン治療の成功または失敗を予測する各遺伝子プロモーターの能力を決定するために、測定された個々のCPGをホテリング(Hotelling)のT2統計量を使用して遺伝子毎に組み合わせた。潜在的マーカーを同定するには、本発明者らは客観的反応(CR+PR、45名の患者)または治療開始からまさしく進行性疾患(PD、78名)のいずれか極度の反応タイプを示した123名の患者について最初の分析を実施した。いくつかの遺伝子は多重比較において適度保存フォールス・ディスカバリー検定25%補正後、タモキシフェンに対する反応に有意に関連していた(図3参照)。この遺伝子はSTMN1、SFN、S100A2、TGFBR2、SYK、GRIN2D、PSA、COX7A2L、VTNおよびPRKCDであった。
以下の実施例では、PSAT1遺伝子のタモキシフェン反応関連メチル化状態がブロッカーオリゴヌクレオチドおよびLightcyclerプローブを含むリアルタイム分析を使用して、24名の患者試料の分析によって証明した。
プライマー: AAAACTCACATCCCCATTAA (配列番号:2144)
プローブ: TTTTTTGTATTGATTAAAAATGGGGGTTGAAATAGTA (配列番号:2145)
メチル化特異的プローブ: CGCGAGGAGGAGTAATTGTTTC (配列番号:2146)
メチル化特異的プローブ: TGTGAGGAGGAGTAATTGtTTTGATTT (配列番号:2147)
反応溶液:
Qiagen HotStarTaq 5U
10×PCR緩衝液 1x
MgCl2 3mM
プライマー 各300nM
プローブ 各250nM
dNTPs 各200nM
BSA 0.25mg/ml
鋳型DNA 10ng
サイクリングプロフィール:
15分間、95℃ 変性
55回:95℃で10 秒、55℃で20 秒、57℃で3秒、72℃で20秒、結果は表4に示される。
Claims (80)
- エストロゲン受容体経路を標的とするか、あるいはエストロゲン代謝、産生または分泌に関与する1つまたはそれ以上の薬剤を含む治療に対する乳房組織の細胞増殖障害を有する被検者の反応性を予測する方法であって、治療前あるいは治療中に被検者から得た生物学的試料中の前記標的核酸の少なくとも1つを上記物質と接触させることによって、STMN1, SFN, S100A2, TGFBR2, TP53, PTGS2, FGFR1, SYK, PITX2, GRIN2D, PSA, CGA, CYP2D6, MSMB, COX7A2L, VTN, PRKCD, ONECUT2, WBP11, CYP2D6, DAG1, ERBB2, S100A2, TFF1, TP53, TMEFF2, ESR1, SYK, RASSF1, PITX2, PSAT1, CGA および PCAFからなる群から選択される遺伝子の1つまたは組合せ、 および/またはそれらの制御領域を含む標的核酸のメチル化パターンを分析することを含む方法。
- 前記遺伝子はTP53, PTGS2, FGFR1, PSA, CGA, CYP2D6およびMSMBからなる群から選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記遺伝子はSTMN1, PITX2, PSAおよびCGAからなる群から選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記遺伝子はSTMN1, SFN, S100A2, TGFBR2, SYK, GRIN2D, PSA, COX7A2L, VTNおよびPRKCDからなる群から選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記遺伝子はONECUT2, WBP11, CYP2D6, DAG1, ERBB2, S100A2, TFF1, TP53, TMEFF2, ESR1, SYK, RASSF1, PITX2, PSAT1, CGAおよびPCAFからなる群から選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記遺伝子はTP53, PTGS2, PITX2, CYP2D6, MSMB, WBP11, TMEFF2, ESR1, PITX2, ERBB2およびPCAFからなる群から選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記遺伝子はTP53, PTGS2, CYP2D6および MSMBからなる群から選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記遺伝子はPITX2からなる群から選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記遺伝子はWBP11, TMEFF2, ESR1, PITX2, ERBB2およびPCAFからなる群から選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記遺伝子はSTMN1, SFN, S100A2, TGFBR2, FGFR1, SYK, GRIN2D, PSA, CGA, COX7A2L, VTN, PRKCD, ONECUT2, CYP2D6, DAG1, S100A2, TFF1, TP53, SYK, RASSF1, PSAT1および CGAからなる群から選択される請求項1に記載の方法。
- 前記遺伝子はFGFR1, PSAおよび CGAからなる群から選択される請求項1に記載の方法。
- 前記遺伝子はSTMN1, PSAおよびCGAからなる群から選択される請求項1に記載の方法。
- 前記遺伝子はSTMN1, SFN, S100A2, TGFBR2, SYK, GRIN2D, PSA, COX7A2L, VTNおよび PRKCDからなる群から選択される請求項1に記載の方法。
- 前記遺伝子はONECUT2, CYP2D6, DAG1, S100A2, TFF1, TP53, SYK, RASSF1, PSAT1およびCGAからなる群から選択される請求項1に記載の方法。
- 前記標的核酸は、本質的に配列番号:27, 40, 122, 43, 74, 127, 86, 90, 128, 105, 115, 121, 126, 129, 125, 132, 122, 123, 131, 127, 130, 124, and 128からなる群から得られる1つまたはそれ以上の配列およびこれらに相補的な配列を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記標的核酸は、本質的に配列番号:68, 50, 74, 90, 91, 92および99からなる群から得られる1つまたはそれ以上の配列およびこれらに相補的な配列を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記標的核酸は、本質的に配列番号:27, 83, 90および91からなる群から得られる1つまたはそれ以上の配列およびこれらに相補的な配列を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記標的核酸は、本質的に配列番号:27, 40, 41, 43, 78, 86, 90, 105, 115 および121からなる群から得られる1つまたはそれ以上の配列およびこれらに相補的な配列を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記標的核酸は、本質的に配列番号:126, 137, 129, 125, 132, 122, 123, 131, 133, 134, 127, 130, 135, 124, 128および136からなる群から得られる1つまたはそれ以上の配列およびこれらに相補的な配列を含む、請求項1に記載の方法。
- 乳房組織の前記細胞増殖障害は、インサイチュ管癌腫、小葉癌腫、膠質癌腫、尿細管癌腫、髄様癌、異形成癌腫、インサイチュ管内癌腫、インサイチュ小葉癌腫およびインサイチュ乳頭癌腫からなる群から選択される、請求項1〜19に記載の方法。
- 前記被検者はエストロゲンおよび/またはプロゲステロン受容体陽性である、請求項1〜20に記載の方法。
- 前記治療は、乳房組織の再発性または転移性細胞増殖障害の処置のための治療である、請求項1〜5および10〜14に記載の方法。
- 前記治療は補助的治療である、請求項1〜9に記載の方法。
- 前記被検者は化学治療を受けなかった、請求項23に記載の方法。
- 本質的に、配列番号:299, 300, 325, 326, 327, 328, 331, 332, 345, 346, 381, 382, 393, 394, 401, 402, 411, 412, 417, 418, 425, 426, 427, 428, 429, 430, 443, 444, 455, 456, 475, 476, 487, 488, 489, 490, 491, 492, 493, 494, 495, 496, 497, 498, 499, 500, 501, 502, 503, 504, 505, 506, 507, 508, 509, 510, 511, 512, 513, 514, 515, 516, 517, 518, 519, 520, 573, 574, 599, 600, 601, 602, 605, 606, 619, 620, 655, 656, 667, 668, 675, 676, 685, 686, 691, 692, 699, 700, 701, 702, 703, 704, 717, 718, 729, 730, 749, 750, 761, 762, 763, 764, 765, 766, 767, 768, 769, 770, 771, 772, 773, 774, 775, 776, 777, 778, 779, 780, 781, 782, 783, 784, 785, 786, 787, 788, 789, 790, 791, 792, 793および794からなる群から選択される配列およびこれらに相補的な配列のうちの1つによる長さが少なくとも18塩基の配列からなる核酸分子。
- 本質的に、配列番号:345, 346, 381, 382, 393, 394, 425, 426, 427, 428, 429, 430, 443, 444, 619, 620, 655, 656, 667, 668, 699, 700, 701, 702, 703, 704, 717および718、およびこれらに相補的な配列からなる群から選択される配列のうちの1つによる長さが少なくとも18塩基の配列からなる核酸分子。
- 本質的に、配列番号:299, 300, 411, 412, 425, 426, 427, 428, 573, 574, 685, 686, 699, 700, 701および 702からなる群から選択される配列およびこれらに相補的な配列のうちの1つによる長さが少なくとも18塩基の配列からなる核酸分子。
- 本質的に、配列番号:299, 300, 325, 326, 327, 328, 331, 332, 401, 402, 417, 418, 425, 426, 455, 456, 475, 476, 487, 488, 573, 574, 599, 600, 601, 602, 605, 606, 675, 676, 691, 692, 699, 700, 729, 730, 749, 750, 761および762からなる群から選択される配列およびこれらに相補的な配列のうちの1つによる長さが少なくとも18塩基の配列からなる核酸分子。
- 本質的に、配列番号:489, 490, 491, 492, 493, 494, 495, 496, 497, 498, 499, 500, 501, 502, 503, 504, 505, 506, 507, 508, 509, 510, 511, 512, 513, 514, 515, 516, 517, 518, 519, 520, 763, 764, 765, 766, 767, 768, 769, 770, 771, 772, 773, 774, 775, 776, 777, 778, 779, 780, 781, 782, 783, 784, 785, 786, 787, 788, 789, 790, 791, 792, 793および794からなる群から選択される配列およびこれらに相補的な配列のうちの1つによる長さが少なくとも18塩基の配列からなる核酸分子。
- オリゴマー、特にオリゴヌクレオチドまたはペプチド核酸(PNA)−オリゴマーであって、本質的に配列番号:299, 300, 325, 326, 327, 328, 331, 332, 345, 346, 381, 382, 393, 394, 401, 402, 411, 412, 417, 418, 425, 426, 427, 428, 429, 430, 443, 444, 455, 456, 475, 476, 487, 488, 489, 490, 491, 492, 493, 494, 495, 496, 497, 498, 499, 500, 501, 502, 503, 504, 505, 506, 507, 508, 509, 510, 511, 512, 513, 514, 515, 516, 517, 518, 519, 520, 573, 574, 599, 600, 601, 602, 605, 606, 619, 620, 655, 656, 667, 668, 675, 676, 685, 686, 691, 692, 699, 700, 701, 702, 703, 704, 717, 718, 729, 730, 749, 750, 761, 762, 763, 764, 765, 766, 767, 768, 769, 770, 771, 772, 773, 774, 775, 776, 777, 778, 779, 780, 781, 782, 783, 784, 785, 786, 787, 788, 789, 790, 791, 792, 793および 794に記載の核酸配列のうちの1つにハイブリダイズするか、あるいは同一である長さ少なくとも10ヌクレオチドを有する少なくとも1つの塩基配列からなるオリゴマー。
- オリゴマー、特にオリゴヌクレオチドまたはペプチド核酸(PNA)−オリゴマーであって、本質的に、配列番号:345, 346, 381, 382, 393, 394, 425, 426, 427, 428, 429, 430, 443, 444, 619, 620, 655, 656, 667, 668, 699, 700, 701, 702, 703, 704, 717および718 に記載の核酸配列のうちの1つにハイブリダイズするか、あるいは同一である長さ少なくとも10ヌクレオチドを有する少なくとも1つの塩基配列からなるオリゴマー。
- オリゴマー、特にオリゴヌクレオチドまたはペプチド核酸(PNA)−オリゴマーであって、本質的に、配列番号:299, 300, 411, 412, 425, 426, 427, 428, 573, 574, 685, 686, 699, 700, 701および 702 に記載の核酸配列のうちの1つにハイブリダイズするか、あるいは同一である長さ少なくとも10ヌクレオチドを有する少なくとも1つの塩基配列からなるオリゴマー。
- オリゴマー、特にオリゴヌクレオチドまたはペプチド核酸(PNA)−オリゴマーであって、本質的に、配列番号:299, 300, 325, 326, 327, 328, 331, 332, 401, 402, 417, 418, 425, 426, 455, 456, 475, 476, 487, 488, 573, 574, 599, 600, 601, 602, 605, 606, 675, 676, 691, 692, 699, 700, 729, 730, 749, 750, 761および 762 に記載の核酸配列のうちの1つにハイブリダイズするかあるいは同一である長さ少なくとも10ヌクレオチドを有する少なくとも1つの塩基配列からなるオリゴマー。
- オリゴマー、特にオリゴヌクレオチドまたはペプチド核酸(PNA)−オリゴマーであって、本質的に、配列番号:489, 490, 491, 492, 493, 494, 495, 496, 497, 498, 499, 500, 501, 502, 503, 504, 505, 506, 507, 508, 509, 510, 511, 512, 513, 514, 515, 516, 517, 518, 519, 520, 763, 764, 765, 766, 767, 768, 769, 770, 771, 772, 773, 774, 775, 776, 777, 778, 779, 780, 781, 782, 783, 784, 785, 786, 787, 788, 789, 790, 791, 792, 793および 794 に記載の核酸配列のうちの1つにハイブリダイズするかあるいは同一である長さ少なくとも10ヌクレオチドを有する少なくとも1つの塩基配列からなるオリゴマー。
- 塩基配列は少なくとも1つのCpGジヌクレオチドを含む、請求項30〜34のいずれか1つに記載されるオリゴマー。
- 請求項30〜35のいずれかに記載される少なくとも2つのオリゴマーを含むオリゴマーのセット。
- 少なくとも1つのオリゴヌクレオチドが固体相に結合していることを特徴とする請求項30〜36の1つに記載されるオリゴヌクレオチドのセット。
- 配列番号:299, 300, 325, 326, 327, 328, 331, 332, 345, 346, 381, 382, 393, 394, 401, 402, 411, 412, 417, 418, 425, 426, 427, 428, 429, 430, 443, 444, 455, 456, 475, 476, 487, 488, 489, 490, 491, 492, 493, 494, 495, 496, 497, 498, 499, 500, 501, 502, 503, 504, 505, 506, 507, 508, 509, 510, 511, 512, 513, 514, 515, 516, 517, 518, 519, 520, 573, 574, 599, 600, 601, 602, 605, 606, 619, 620, 655, 656, 667, 668, 675, 676, 685, 686, 691, 692, 699, 700, 701, 702, 703, 704, 717, 718, 729, 730, 749, 750, 761, 762, 763, 764, 765, 766, 767, 768, 769, 770, 771, 772, 773, 774, 775, 776, 777, 778, 779, 780, 781, 782, 783, 784, 785, 786, 787, 788, 789, 790, 791, 792, 793, および794のうちの1つを含む核酸配列およびこれらに相補的な配列の増幅のためのプライマーオリゴヌクレオチドとして使用される、請求項30〜36のうちの1つに記載される少なくとも2つのオリゴヌクレオチドのセット。
- 配列番号:27, 40, 122, 43, 74, 127, 86, 90, 128, 105, 115, 121, 126, 129, 125, 132, 122, 123, 131, 127, 130, 124および128からなる群から選択された配列およびこれらに相補的な配列内のシトシンメチル化状態および/または単一ヌクレオチド多型(SNP)を検出するための請求項30〜38のいずれかに記載のオリゴマーの少なくとも2つを含むオリゴヌクレオチドのセットの使用。
- 配列番号:27, 40, 122, 43, 74, 127, 86, 90, 128, 105, 115, 121, 126, 129, 125, 132, 122, 123, 131, 127, 130, 124および128からなる群のCpGジヌクレオチドのいずれかのメチル化状態の分析によって、エストロゲン受容体経路を標的とするか、またはエストロゲン代謝、産生または分泌に関与する1つまたはそれ以上の薬剤を含む治療に対する乳房組織の細胞増殖障害をもつ被検者の反応性を予測するための担体物質に固定化された異なったオリゴマー(アレー)の配列を製造する方法であって、請求項30〜35のいずれかに記載の少なくとも1つのオリゴマーが固体相に結合されている方法。
- 請求項40において得られうる異なったオリゴマー(アレー)の配列。
- 前記オリゴヌクレオチドが四角形または六角形格子形態の平面固体相上に配列されることを特徴とする、請求項41に記載される異なったオリゴヌクレオチド−および/またはPNA−オリゴマー配列のアレー。
- 固体相表面はシリコーン、ガラス、ポリスチレン、アルミニウム、鉄鋼、鉄、銅、ニッケル、銀または金から構成されることを特徴とする、請求項41または42のいずれかに記載のアレー。
- 請求項30〜35のいずれかに記載される少なくとも1つの核酸を含む配列番号:27, 40, 122, 43, 74, 127, 86, 90, 128, 105, 115, 121, 126, 129, 125, 132, 122, 123, 131, 127, 130, 124および128からなる群のCpGジヌクレオチドのいずれかのメチル化状態の分析によって、エストロゲン受容体経路を標的とするか、あるいはエストロゲン代謝、産生または分泌に関与する1つまたはそれ以上の薬剤を含む治療に対する乳房細胞増殖障害の反応を予測するためのDNA−および/またはPNA−アレー。
- 下記工程;
a)ゲノムDNAを含む生物学的試料を得て、
b)ゲノムDNAを抽出し、
c)5−位で非メチル化されているゲノムDNA試料中のシトシン塩基をウラシルまたは塩基対挙動においてシトシンに類似していない他の塩基に変換し、
d)前処理されたゲノムDNAの少なくとも1つの断片を増幅し、ここで前記断片は、配列番号:299, 300, 325, 326, 327, 328, 331, 332, 345, 346, 381, 382, 393, 394, 401, 402, 411, 412, 417, 418, 425, 426, 427, 428, 429, 430, 443, 444, 455, 456, 475, 476, 487, 488, 489, 490, 491, 492, 493, 494, 495, 496, 497, 498, 499, 500, 501, 502, 503, 504, 505, 506, 507, 508, 509, 510, 511, 512, 513, 514, 515, 516, 517, 518, 519, 520, 573, 574, 599, 600, 601, 602, 605, 606, 619, 620, 655, 656, 667, 668, 675, 676, 685, 686, 691, 692, 699, 700, 701, 702, 703, 704, 717, 718, 729, 730, 749, 750, 761, 762, 763, 764, 765, 766, 767, 768, 769, 770, 771, 772, 773, 774, 775, 776, 777, 778, 779, 780, 781, 782, 783, 784, 785, 786, 787, 788, 789, 790, 791, 792, 793および794からなる群から選択される1つまたはそれ以上の配列およびこれらに相補的な配列を含み、そして
e)増幅核酸の分析によって、1つまたはそれ以上のゲノムCpGジヌクレオチドのメチル化状態を決定することを含む請求項1〜24のいずれか1つに記載される方法。 - 工程d)において、前記断片は、 配列番号:345, 346, 381, 382, 393, 394, 425, 426, 427, 428, 429, 430, 443, 444, 619, 620, 655, 656, 667, 668, 699, 700, 701, 702, 703, 704, 717および718からなる群から選択される1つまたはそれ以上の配列およびこれらに相補的な配列を含むことを特徴とする、請求項45に記載の方法。
- 工程d)において、前記断片は、配列番号::299, 300, 411, 412, 425, 426, 427, 428, 573, 574, 685, 686, 699, 700, 701および702、およびこれらに相補的な配列からなる群から選択される1つまたはそれ以上の配列を含むことを特徴とする、請求項45に記載の方法。
- 工程d)において、前記断片は、配列番号:299, 300, 325, 326, 327, 328, 331, 332, 401, 402, 417, 418, 425, 426, 455, 456, 475, 476, 487, 488, 573, 574, 599, 600, 601, 602, 605, 606, 675, 676, 691, 692, 699, 700, 729, 730, 749, 750, 761および762、およびこれらに相補的な配列からなる群から選択される1つまたはそれ以上の配列を含むことを特徴とする、請求項45に記載の方法。
- 工程d)において、前記断片は、配列番号:489, 490, 491, 492, 493, 494, 495, 496, 497, 498, 499, 500, 501, 502, 503, 504, 505, 506, 507, 508, 509, 510, 511, 512, 513, 514, 515, 516, 517, 518, 519, 520, 763, 764, 765, 766, 767, 768, 769, 770, 771, 772, 773, 774, 775, 776, 777, 778, 779, 780, 781, 782, 783, 784, 785, 786, 787, 788, 789, 790, 791, 792, 793および 794からなる群から選択される1つまたはそれ以上の配列およびこれらに相補的な配列を含むことを特徴とする、請求項45に記載の方法。
- 工程e)は、配列番号:1691〜1692, 1733〜1736, 1925〜1932, 1941〜1954 および 1965 〜2142に記載される少なくとも1つのオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションによって実施することを特徴とする、請求項45に記載の方法。
- 工程e)は、配列番号:2011, 2012, 2017〜2024, 2031〜2035, 2035, 2036, 2036, 2037, 2037, 2038および 2038〜2044に記載される少なくとも1つのオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションによって実施することを特徴とする、請求項45に記載の方法。
- 工程e)は、配列番号:2003 〜 2030に記載される少なくとも1つのオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションによって実施することを特徴とする、請求項45に記載の方法。
- 工程e)は、配列番号:2003〜2020および2045〜2112に記載される少なくとも1つのオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションによって実施することを特徴とする、請求項45に記載の方法。
- 工程e)は、配列番号:1691〜1692, 1733〜1736, 1925〜1932, 1941〜1954, 1965〜2002, 2011〜2025, 2045〜2052, 2069〜2078および2127〜2134に記載される少なくとも1つのオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションによって実施することを特徴とする、請求項45に記載の方法。
- 工程e)は、請求項17〜21に記載される少なくとも1つのオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションによって実施することを特徴とする、請求項45に記載の方法。
- 工程e)は請求項17〜21に記載される少なくとも1つのオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションおよび少なくとも1つのヌクレオチド塩基による前記ハイブリダイズされたオリゴヌクレオチドの伸長によって実施することを特徴とする、請求項45に記載の方法。
- 工程e)は配列決定によって実施することを特徴とする、請求項45に記載の方法。
- 工程d)は特定プライマーのメチル化を使用して実施することを特徴とする、請求項45に記載の方法。
- さらに、工程d)において、配列番号:299, 300, 325, 326, 327, 328, 331, 332, 345, 346, 381, 382, 393, 394, 401, 402, 411, 412, 417, 418, 425, 426, 427, 428, 429, 430, 443, 444, 455, 456, 475, 476, 487, 488, 489, 490, 491, 492, 493, 494, 495, 496, 497, 498, 499, 500, 501, 502, 503, 504, 505, 506, 507, 508, 509, 510, 511, 512, 513, 514, 515, 516, 517, 518, 519, 520, 573, 574, 599, 600, 601, 602, 605, 606, 619, 620, 655, 656, 667, 668, 675, 676, 685, 686, 691, 692, 699, 700, 701, 702, 703, 704, 717, 718, 729, 730, 749, 750, 761, 762, 763, 764, 765, 766, 767, 768, 769, 770, 771, 772, 773, 774, 775, 776, 777, 778, 779, 780, 781, 782, 783, 784, 785, 786, 787, 788, 789, 790, 791, 792, 793および794からなる群から選択される配列およびこれらに相補的な配列に相補的であるか、あるいは中程度に厳密なまたは厳密な条件下にハイブリダイズする長さが少なくとも9ヌクレオチドである近接した配列を各ケースにおいて含む、少なくとも1つの核酸分子またはペプチド核酸分子の使用を含む、請求項45に記載の方法。
- 工程e)は、請求項38〜42に記載される方法のうち、少なくとも2つを組み合わせて実施することを特徴とする、請求項45に記載の方法。
- 治療は重亜硫酸塩、亜硫酸水素塩または二亜硫酸塩の溶液によって実施することを特徴とする、請求項45に記載の方法。
- 下記工程;
a)ゲノムDNAを含む生物学的試料を得て、
b)ゲノムDNAを抽出し、
c)1つまたはそれ以上のメチル化感受性制限酵素でもって、配列番号: 27, 40, 122, 43, 74, 127, 86, 90, 128, 105, 115, 121, 126, 129, 125, 132, 122, 123, 131, 127, 130, 124および128からなる群から得た1つまたはそれ以上の配列およびこれらに相補的な配列を含むゲノムDNAを消化し、そして
d)工程c)の消化において生成したDNA断片を決定する
ことを含む、請求項1〜24のいずれか1つに記載される方法。 - 標的配列または 工程c)において消化された配列は、配列番号:68, 50, 74, 90, 91, 92および99からなる群から得た1つまたはそれ以上の配列を含むことを特徴とする、請求項62に記載の方法。
- 標的配列または工程c)で消化された配列は、配列番号:27, 83, 90および91からなる群から得た1つまたはそれ以上の配列を含むことを特徴とする、請求項62に記載の方法。
- 標的配列または工程c)で消化された配列は、配列番号:27, 40, 41, 43, 78, 86, 90, 105, 115および121からなる群から得た1つまたはそれ以上の配列を含むことを特徴とする、請求項62に記載の方法。
- 標的配列または工程c)で消化された配列は、配列番号:126, 137, 129, 125, 132, 122, 123, 131, 133, 134, 127, 130, 135, 124, 128および136からなる群から得た1つまたはそれ以上の配列を含むことを特徴とする、請求項62に記載の方法。
- DNA消化物は工程d)の前に増幅される、請求項62〜66のいずれか1つに記載される方法。
- 100〜200塩基対の長さを有する6以上の異なった断片が増幅されることを特徴とする、請求項45〜54および67の1つに記載される方法。
- いくつかのDNAセグメントの増幅は1つの反応容器中で実施することを特徴とする、請求項45〜54および68の1つに記載される方法。
- ポリメラーゼは耐熱性DNAポリメラーゼであることを特徴とする、請求項45〜54および68の1つに記載される方法。
- 増幅はポリメラーゼチェインリアクション(PCR)によって実施することを特徴とする、請求項45〜54および70の1つに記載される方法。
- 増幅産物は検出可能な標識を担持することを特徴とする、請求項45〜54および69〜70の1つに記載される方法。
- 前記標識は、蛍光標識、放射性ヌクレオチドおよび/または質量分析計で検出できる典型的な質量を有する検出可能な分子断片である、請求項72に記載の方法。
- 増幅産物または増幅産物の断片は質量分析計で検出することを特徴とする、請求項45〜54および69〜73の1つに記載される方法。
- 産生した断片は、質量分析計でより良い検出性のための単一正および負総電荷を有することを特徴とする、請求項74および/または73の1つに記載される方法。
- 検出はマトリックス支援レーザ脱離/イオン化質量分析法(MALDI)により、またはエレクトロンスプレー質量分析法(ESI)を使用して実施し、かつ可視化することを特徴とする、請求項73〜75の1つに記載される方法。
- ゲノムDNAは、DNAまたは例えば、セルライン、組織学的スライド、生検、組織包埋パラフィン、乳房組織、血液、血漿、リンパ液、リンパ組織、管細胞、管洗浄液、乳頭吸引液、骨髄およびこれらの組合せを含むDNA源を含む細胞または細胞性成分から得られることを特徴とする、請求項45〜76の1つに記載される方法。
- 重亜硫酸塩(=二亜硫酸塩、亜硫酸水素塩)試薬ならびに請求項30〜38の1つに記載されるオリゴヌクレオチドおよび/またはPNA−オリゴマーを含むキット。
- さらに、MS−SNuPE、MSP、Methyl light、Heavy Methyl、核酸配列決定およびこれらの組合せからなる群から得られるメチル化分析を実施するための標準的試薬を含む、請求項78に記載のキット。
- 乳房細胞増殖障害の治療、特性化、分類および/または差別化のための請求項1〜24、45〜77の1つに記載される方法の使用、請求項25〜29に記載の核酸の使用、請求項30〜35の1つに記載されるオリゴヌクレオチドまたはPNA−オリゴマーの使用、請求項78または79に記載されるキットの使用、請求項40〜44の1つに記載のアレーの使用、請求項39に記載のアレーを製造する方法の使用、または請求項36〜38の1つに記載されるオリゴヌクレオチドのセットの使用。
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---|---|
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Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2010502256A (ja) * | 2006-08-31 | 2010-01-28 | コーニンクレッカ フィリップス エレクトロニクス エヌ ヴィ | 画像形成システム |
JP2020124192A (ja) * | 2014-09-26 | 2020-08-20 | ヤンセン ファーマシューティカ エヌ.ベー. | Fgfr阻害剤による治療に応答性であるがん患者を同定する際の、fgfr変異遺伝子パネルの使用 |
Families Citing this family (31)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20090269736A1 (en) * | 2002-10-01 | 2009-10-29 | Epigenomics Ag | Prognostic markers for prediction of treatment response and/or survival of breast cell proliferative disorder patients |
US20060024684A1 (en) * | 2002-10-01 | 2006-02-02 | Epigenomics Ag | Prognostic markers for prediction of treatment response and/or survival of breast cell proliferative disorder patients |
AU2003300504B2 (en) * | 2002-10-01 | 2009-10-01 | Epigenomics Ag | Method and nucleic acids for the improved treatment of breast cell proliferative disorders |
AU2004298537A1 (en) * | 2003-12-11 | 2005-06-30 | Epigenomics Ag | Method and nucleic acids for the improved treatment of breast cell proliferative disorders |
EP1561821B1 (en) | 2003-12-11 | 2011-02-16 | Epigenomics AG | Prognostic markers for prediction of treatment response and/or survival of breast cell proliferative disorder patients |
WO2005123945A2 (en) * | 2004-06-21 | 2005-12-29 | Epigenomics Ag | Epigenetic markers for the treatment of breast cancer |
AU2005322435B2 (en) * | 2004-12-02 | 2012-02-23 | Epigenomics Ag | Methods and nucleic acids for the analysis of gene expression associated with the prognosis of prostate cell proliferative disorders |
WO2006063042A2 (en) * | 2004-12-07 | 2006-06-15 | Genentech, Inc. | Selecting patients for therapy with a her inhibitor |
US7588894B2 (en) * | 2005-02-01 | 2009-09-15 | John Wayne Cancern Institute | Use of ID4 for diagnosis and treatment of cancer |
US7932027B2 (en) | 2005-02-16 | 2011-04-26 | Epigenomics Ag | Method for determining the methylation pattern of a polynucleic acid |
WO2006088978A1 (en) | 2005-02-16 | 2006-08-24 | Epigenomics, Inc. | Method for determining the methylation pattern of a polynucleic acid |
PT1871912E (pt) | 2005-04-15 | 2012-05-25 | Epigenomics Ag | Método para determinar metilação de adn em amostras de sangue ou urina |
CN107663538B (zh) | 2005-04-15 | 2022-03-18 | Epi基因组股份公司 | 分析细胞增殖性病症的方法和核酸 |
WO2006131391A1 (en) * | 2005-06-10 | 2006-12-14 | Epigenomics Ag | Prognostic assay for prediction of treatment response and/or survival of breast cell proliferative disorder patients |
WO2006133866A2 (en) * | 2005-06-11 | 2006-12-21 | Epigenomics Ag | Prognostic markers for prediction of treatment response and/or survival of breast cell proliferative disorder patients |
ES2404066T3 (es) * | 2005-09-21 | 2013-05-23 | Epigenomics Ag | Marcadores para la predicción del resultado de un tratamiento con antraciclina |
US20080254470A1 (en) * | 2005-10-03 | 2008-10-16 | Epigenomics Ag | Methods and Nucleic Acids For the Analysis of Gene Expression Associated With the Prognosis of Cell Proliferative Disorders |
WO2007039291A2 (en) * | 2005-10-03 | 2007-04-12 | Epigenomics Ag | Methods, apparatus and nomograms to determine prostate cancer progression |
WO2007047699A1 (en) * | 2005-10-17 | 2007-04-26 | Epigenomics Ag | Method and nucleic acids for the improved treatment of breast cancers |
TW200808360A (en) * | 2006-04-13 | 2008-02-16 | Alcon Mfg Ltd | RNAi-mediated inhibition of spleen tyrosine kinase-related inflammatory conditions |
EP2013360A2 (en) | 2006-04-17 | 2009-01-14 | Epigenomics AG | Methods and nucleic acids for the detection of colorectal cell proliferative disorders |
WO2007137873A1 (en) * | 2006-06-01 | 2007-12-06 | Epigenomics Ag | Method and nucleic acids for the improved treatment of breast cancers |
WO2009027978A1 (en) * | 2007-08-30 | 2009-03-05 | Hadasit Medical Research Services & Development Ltd. | NUCLEIC ACID SEQUENCES COMPRISING NF-ϰB BINDING SITE WITHIN O(6)-METHYLGUANINE-DNA-METHYLTRANSFERASE (MGMT) PROMOTER REGION AND USES THEREOF FOR THE TREATMENT OF CANCER AND IMMUNE-RELATED DISORDERS |
US8937161B2 (en) * | 2007-10-19 | 2015-01-20 | Genentech, Inc. | Cysteine engineered anti-TENB2 antibodies and antibody drug conjugates |
KR101497035B1 (ko) * | 2010-04-26 | 2015-02-27 | 주식회사 녹십자 | 종양 특이적 프로모터 및 이를 포함하는 종양살상 바이러스 벡터 |
US11352672B2 (en) * | 2014-09-15 | 2022-06-07 | Garvan Institute Of Medical Research | Methods for diagnosis, prognosis and monitoring of breast cancer and reagents therefor |
DE102016005947B3 (de) | 2016-05-16 | 2017-06-08 | Dimo Dietrich | Verfahren zur Abschätzung der Prognose und zur Prädiktion des Ansprechens auf eine Immuntherapie von Patienten mit malignen Erkrankungen |
US11685955B2 (en) | 2016-05-16 | 2023-06-27 | Dimo Dietrich | Method for predicting response of patients with malignant diseases to immunotherapy |
CN116445593A (zh) | 2016-08-10 | 2023-07-18 | 格里尔公司 | 测定一生物样品的一甲基化图谱的方法 |
AU2022220330A1 (en) * | 2021-02-12 | 2023-09-14 | Mammogen, Inc. | Biomarkers for the diagnosis of breast cancer |
CN116004830B (zh) * | 2023-01-05 | 2023-08-11 | 山东大学 | 一种卵巢癌的生物标志物及其应用 |
Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP1167975A1 (en) * | 2000-06-22 | 2002-01-02 | Universite Rene Descartes (Paris V) | Compositions and methods for detecting, treating or predicting the response of tumor cells to endocrine therapy. |
Family Cites Families (24)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5744101A (en) * | 1989-06-07 | 1998-04-28 | Affymax Technologies N.V. | Photolabile nucleoside protecting groups |
SE501439C2 (sv) | 1993-06-22 | 1995-02-13 | Pharmacia Lkb Biotech | Sätt och anordning för analys av polynukleotidsekvenser |
US5837832A (en) * | 1993-06-25 | 1998-11-17 | Affymetrix, Inc. | Arrays of nucleic acid probes on biological chips |
AU1061395A (en) | 1993-11-30 | 1995-06-19 | Mcgill University | Inhibition of dna methyltransferase |
US5871917A (en) | 1996-05-31 | 1999-02-16 | North Shore University Hospital Research Corp. | Identification of differentially methylated and mutated nucleic acids |
US5786146A (en) | 1996-06-03 | 1998-07-28 | The Johns Hopkins University School Of Medicine | Method of detection of methylated nucleic acid using agents which modify unmethylated cytosine and distinguishing modified methylated and non-methylated nucleic acids |
US6017704A (en) | 1996-06-03 | 2000-01-25 | The Johns Hopkins University School Of Medicine | Method of detection of methylated nucleic acid using agents which modify unmethylated cytosine and distinguishing modified methylated and non-methylated nucleic acids |
DE19754482A1 (de) | 1997-11-27 | 1999-07-01 | Epigenomics Gmbh | Verfahren zur Herstellung komplexer DNA-Methylierungs-Fingerabdrücke |
US6331393B1 (en) | 1999-05-14 | 2001-12-18 | University Of Southern California | Process for high-throughput DNA methylation analysis |
US6783933B1 (en) | 1999-09-15 | 2004-08-31 | The Johns Hopkins University School Of Medicine | CACNA1G polynucleotide, polypeptide and methods of use therefor |
WO2001068912A2 (en) * | 2000-03-15 | 2001-09-20 | Epigenomics Ag | Diagnosis of diseases associated with tumor suppressor genes and oncogenes |
US6596488B2 (en) | 2000-03-30 | 2003-07-22 | City Of Hope | Tumor suppressor gene |
US20050282157A1 (en) * | 2000-04-06 | 2005-12-22 | Alexander Olek | Diagnosis of diseases associated with dna replication |
EP1294947A2 (en) | 2000-06-30 | 2003-03-26 | Epigenomics AG | Method and nucleic acids for pharmacogenomic methylation analysis |
US6562171B1 (en) * | 2000-10-10 | 2003-05-13 | Eastman Kodak Company | Method for making a two sided image |
US6756200B2 (en) | 2001-01-26 | 2004-06-29 | The Johns Hopkins University School Of Medicine | Aberrantly methylated genes as markers of breast malignancy |
EP1410304A2 (en) * | 2001-03-26 | 2004-04-21 | Epigenomics AG | Method for epigenetic feature selection |
WO2002101075A2 (en) * | 2001-06-13 | 2002-12-19 | Millennium Pharmaceuticals, Inc. | Novel genes, compositions, kits, and methods for identification, assessment, prevention, and therapy of cervical cancer |
US7118870B2 (en) * | 2001-09-28 | 2006-10-10 | The State Of Oregon Acting By And Through The State Board Of Higher Education On Behalf Of Oregon State University | Detection of fecal contamination using nucleic acid molecules that recognize bacterial 16S rDNA sequences |
DE10161625A1 (de) * | 2001-12-14 | 2003-07-10 | Epigenomics Ag | Verfahren und Nukleinsäuren für die Analyse einer Lungenzell-Zellteilungsstörung |
AU2003300504B2 (en) | 2002-10-01 | 2009-10-01 | Epigenomics Ag | Method and nucleic acids for the improved treatment of breast cell proliferative disorders |
DE10317955A1 (de) | 2003-04-17 | 2004-11-25 | Epigenomics Ag | Verfahren und Nukleinsäuren für die verbesserte Behandlung von proliferativen Erkrankungen von Brustzellen |
DE10245779A1 (de) | 2002-10-01 | 2004-04-29 | Epigenomics Ag | Verfahren und Nukleinsäuren für die verbesserte Behandlung von proliferativen Erkrankungen von Brustzellen |
AU2004298537A1 (en) * | 2003-12-11 | 2005-06-30 | Epigenomics Ag | Method and nucleic acids for the improved treatment of breast cell proliferative disorders |
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2003
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2009
- 2009-12-24 AU AU2009251178A patent/AU2009251178A1/en not_active Abandoned
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2012
- 2012-01-17 US US13/352,238 patent/US20120184455A1/en not_active Abandoned
Patent Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP1167975A1 (en) * | 2000-06-22 | 2002-01-02 | Universite Rene Descartes (Paris V) | Compositions and methods for detecting, treating or predicting the response of tumor cells to endocrine therapy. |
Cited By (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2010502256A (ja) * | 2006-08-31 | 2010-01-28 | コーニンクレッカ フィリップス エレクトロニクス エヌ ヴィ | 画像形成システム |
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