JP2006515513A5 - - Google Patents

Download PDF

Info

Publication number
JP2006515513A5
JP2006515513A5 JP2005501274A JP2005501274A JP2006515513A5 JP 2006515513 A5 JP2006515513 A5 JP 2006515513A5 JP 2005501274 A JP2005501274 A JP 2005501274A JP 2005501274 A JP2005501274 A JP 2005501274A JP 2006515513 A5 JP2006515513 A5 JP 2006515513A5
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
seq
sequences
group
nucleic acid
sequence
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
JP2005501274A
Other languages
English (en)
Other versions
JP4649331B2 (ja
JP2006515513A (ja
Filing date
Publication date
Priority claimed from DE2002145779 external-priority patent/DE10245779A1/de
Priority claimed from DE2003117955 external-priority patent/DE10317955A1/de
Application filed filed Critical
Priority claimed from PCT/EP2003/010881 external-priority patent/WO2004035803A2/en
Publication of JP2006515513A publication Critical patent/JP2006515513A/ja
Publication of JP2006515513A5 publication Critical patent/JP2006515513A5/ja
Application granted granted Critical
Publication of JP4649331B2 publication Critical patent/JP4649331B2/ja
Anticipated expiration legal-status Critical
Expired - Lifetime legal-status Critical Current

Links

Claims (80)

  1. エストロゲン受容体経路を標的とするか、あるいはエストロゲン代謝、産生または分泌に関与する１つまたはそれ以上の薬剤を含む治療に対する乳房組織の細胞増殖障害を有する被検者の反応性を予測する方法であって、ハイブリダイゼーション特性において、その５'−位置で非メチル化されるシトシン塩基をシトシンと異なって検出され得る塩基に変換する１つまたはそれ以上の薬剤に、治療前あるいは治療中に被検者から得た生体試料中の前記標的核酸の少なくとも１つを接触させることによって、STMN1, SFN, S100A2, TGFBR2, TP53, PTGS2, FGFR1, SYK, PITX2, GRIN2D, PSA, CGA, CYP2D6, MSMB, COX7A2L, VTN, PRKCD, ONECUT2, WBP11, CYP2D6, DAG1, ERBB2, S100A2, TFF1, TP53, TMEFF2, ESR1, SYK, RASSF1, PITX2, PSAT1, CGA および PCAFからなる群から選択される遺伝子、および／またはそれらの制御領域を含む１つまたはそれ以上の標的核酸のメチル化パターンを分析することを含む方法。
  2. 前記遺伝子は、TP53, PTGS2, FGFR1, PSA, CGA, CYP2D6およびMSMBからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
  3. 前記遺伝子は、STMN1, PITX2, PSAおよびCGAからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
  4. 前記遺伝子は、STMN1, SFN, S100A2, TGFBR2, SYK, GRIN2D, PSA, COX7A2L, VTNおよびPRKCDからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
  5. 前記遺伝子は、ONECUT2, WBP11, CYP2D6, DAG1, ERBB2, S100A2, TFF1, TP53, TMEFF2, ESR1, SYK, RASSF1, PITX2, PSAT1, CGAおよびPCAFからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
  6. 前記遺伝子は、TP53, PTGS2, PITX2, CYP2D6, MSMB, WBP11, TMEFF2, ESR1, PITX2, ERBB2およびPCAFからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
  7. 前記遺伝子は、TP53, PTGS2, CYP2D6および MSMBからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
  8. 前記遺伝子は、PITX2からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
  9. 前記遺伝子は、WBP11, TMEFF2, ESR1, PITX2, ERBB2およびPCAFからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
  10. 前記遺伝子は、STMN1, SFN, TGFBR2, FGFR1, SYK, GRIN2D, PSA, COX7A2L, VTN, PRKCD, ONECUT2, CYP2D6, DAG1, S100A2, TFF1, TP53, SYK, RASSF1, PSAT1および CGAからなる群から選択される請求項１に記載の方法。
  11. 前記遺伝子は、FGFR1, PSAおよび CGAからなる群から選択される請求項１に記載の方法。
  12. 前記遺伝子は、STMN1, PSAおよびCGAからなる群から選択される請求項１に記載の方法。
  13. 前記遺伝子は、STMN1, SFN, S100A2, TGFBR2, SYK, GRIN2D, PSA, COX7A2L, VTNおよび PRKCDからなる群から選択される請求項１に記載の方法。
  14. 前記遺伝子は、ONECUT2, CYP2D6, DAG1, S100A2, TFF1, TP53, SYK, RASSF1, PSAT1およびCGAからなる群から選択される請求項１に記載の方法。
  15. 前記標的核酸は、本質的に配列番号: 27, 40, 122, 43, 74, 127, 86, 90, 128, 105, 115, 121, 126, 129, 125, 132, 122, 123, 131, 127, 130, 124および128、およびこれらに相補的な配列からなる群から得られる１つまたはそれ以上の配列を含む、請求項１に記載の方法。
  16. 前記標的核酸は、本質的に配列番号: 68, 50, 74, 90, 91, 92および99、およびこれらに相補的な配列からなる群から得られる１つまたはそれ以上の配列を含む、請求項１に記載の方法。
  17. 前記標的核酸は、本質的に配列番号: 27, 83, 90および91、およびこれらに相補的な配列からなる群から得られる１つまたはそれ以上の配列を含む、請求項１に記載の方法。
  18. 前記標的核酸は、本質的に配列番号: 27, 40, 41, 43, 78, 86, 90, 105, 115 および121、およびこれらに相補的な配列からなる群から得られる１つまたはそれ以上の配列を含む、請求項１に記載の方法。
  19. 前記標的核酸は、本質的に配列番号: 126, 137, 129, 125, 132, 122, 123, 131, 133, 134, 127, 130, 135, 124, 128および136、およびこれらに相補的な配列からなる群から得られる１つまたはそれ以上の配列を含む、請求項１に記載の方法。
  20. 乳房組織の前記細胞増殖障害は、インサイチュ管癌腫、小葉癌腫、膠質癌腫、尿細管癌腫、髄様癌、異形成癌腫、インサイチュ管内癌腫、インサイチュ小葉癌腫およびインサイチュ乳頭癌腫からなる群から選択される、請求項１〜１９に記載の方法。
  21. 前記被検者は、エストロゲンおよび／またはプロゲステロン受容体陽性である、請求項１〜２０に記載の方法。
  22. 前記治療は、乳房組織の再発性または転移性細胞増殖障害の処置のための治療である、請求項１〜５および１０〜１４に記載の方法。
  23. 前記治療は補助的治療である、請求項１〜９に記載の方法。
  24. 前記被検者は化学治療を受けなかった、請求項２３に記載の方法。
  25. 本質的に、配列番号: 299, 300, 325, 326, 327, 328, 331, 332, 345, 346, 381, 382, 393, 394, 401, 402, 411, 412, 417, 418, 425, 426, 427, 428, 429, 430, 443, 444, 455, 456, 475, 476, 487, 488, 489, 490, 491, 492, 493, 494, 495, 496, 497, 498, 499, 500, 501, 502, 503, 504, 505, 506, 507, 508, 509, 510, 511, 512, 513, 514, 515, 516, 517, 518, 519, 520, 573, 574, 599, 600, 601, 602, 605, 606, 619, 620, 655, 656, 667, 668, 675, 676, 685, 686, 691, 692, 699, 700, 701, 702, 703, 704, 717, 718, 729, 730, 749, 750, 761, 762, 763, 764, 765, 766, 767, 768, 769, 770, 771, 772, 773, 774, 775, 776, 777, 778, 779, 780, 781, 782, 783, 784, 785, 786, 787, 788, 789, 790, 791, 792, 793および794、およびこれらに相補的な配列からなる群から選択される配列のうちの１つによる長さが少なくとも１８塩基の配列からなる核酸分子。
  26. 本質的に、配列番号: 345, 346, 381, 382, 393, 394, 425, 426, 427, 428, 429, 430, 443, 444, 619, 620, 655, 656, 667, 668, 699, 700, 701, 702, 703, 704, 717および718、およびこれらに相補的な配列からなる群から選択される配列のうちの１つによる長さが少なくとも１８塩基の配列からなる核酸分子。
  27. 本質的に、配列番号: 299, 300, 411, 412, 425, 426, 427, 428, 573, 574, 685, 686, 699, 700, 701および702、およびこれらに相補的な配列からなる群から選択される配列のうちの１つによる長さが少なくとも１８塩基の配列からなる核酸分子。
  28. 本質的に、配列番号: 299, 300, 325, 326, 327, 328, 331, 332, 401, 402, 417, 418, 425, 426, 455, 456, 475, 476, 487, 488, 573, 574, 599, 600, 601, 602, 605, 606, 675, 676, 691, 692, 699, 700, 729, 730, 749, 750, 761および762、およびこれらに相補的な配列からなる群から選択される配列のうちの１つによる長さが少なくとも１８塩基の配列からなる核酸分子。
  29. 本質的に、配列番号: 489, 490, 491, 492, 493, 494, 495, 496, 497, 498, 499, 500, 501, 502, 503, 504, 505, 506, 507, 508, 509, 510, 511, 512, 513, 514, 515, 516, 517, 518, 519, 520, 763, 764, 765, 766, 767, 768, 769, 770, 771, 772, 773, 774, 775, 776, 777, 778, 779, 780, 781, 782, 783, 784, 785, 786, 787, 788, 789, 790, 791, 792, 793および794、およびこれらに相補的な配列からなる群から選択される配列のうちの１つによる長さが少なくとも１８塩基の配列からなる核酸分子。
  30. オリゴマー、特にオリゴヌクレオチドまたはペプチド核酸（PNA）−オリゴマーであって、本質的に配列番号: 299, 300, 325, 326, 327, 328, 331, 332, 345, 346, 381, 382, 393, 394, 401, 402, 411, 412, 417, 418, 425, 426, 427, 428, 429, 430, 443, 444, 455, 456, 475, 476, 487, 488, 489, 490, 491, 492, 493, 494, 495, 496, 497, 498, 499, 500, 501, 502, 503, 504, 505, 506, 507, 508, 509, 510, 511, 512, 513, 514, 515, 516, 517, 518, 519, 520, 573, 574, 599, 600, 601, 602, 605, 606, 619, 620, 655, 656, 667, 668, 675, 676, 685, 686, 691, 692, 699, 700, 701, 702, 703, 704, 717, 718, 729, 730, 749, 750, 761, 762, 763, 764, 765, 766, 767, 768, 769, 770, 771, 772, 773, 774, 775, 776, 777, 778, 779, 780, 781, 782, 783, 784, 785, 786, 787, 788, 789, 790, 791, 792, 793および 794に記載の核酸配列のうちの１つにハイブリダイズするかあるいは同一である、長さ少なくとも１０ヌクレオチドを有する少なくとも１つの塩基配列からなるオリゴマー。
  31. オリゴマー、特にオリゴヌクレオチドまたはペプチド核酸（PNA）−オリゴマーであって、本質的に配列番号: 345, 346, 381, 382, 393, 394, 425, 426, 427, 428, 429, 430, 443, 444, 619, 620, 655, 656, 667, 668, 699, 700, 701, 702, 703, 704, 717および718 による核酸配列のうちの１つにハイブリダイズするかあるいは同一である、長さ少なくとも１０ヌクレオチドを有する少なくとも１つの塩基配列からなるオリゴマー。
  32. オリゴマー、特にオリゴヌクレオチドまたはペプチド核酸（PNA）−オリゴマーであって、本質的に配列番号: 299, 300, 411, 412, 425, 426, 427, 428, 573, 574, 685, 686, 699, 700, 701および 702 に記載の核酸配列のうちの１つにハイブリダイズするかあるいは同一である、長さ少なくとも１０ヌクレオチドを有する少なくとも１つの塩基配列からなるオリゴマー。
  33. オリゴマー、特にオリゴヌクレオチドまたはペプチド核酸（PNA）−オリゴマーであって、本質的に配列番号: 299, 300, 325, 326, 327, 328, 331, 332, 401, 402, 417, 418, 425, 426, 455, 456, 475, 476, 487, 488, 573, 574, 599, 600, 601, 602, 605, 606, 675, 676, 691, 692, 699, 700, 729, 730, 749, 750, 761および 762 による核酸配列のうちの１つにハイブリダイズするかあるいは同一である、長さ少なくとも１０ヌクレオチドを有する少なくとも１つの塩基配列からなるオリゴマー。
  34. オリゴマー、特にオリゴヌクレオチドまたはペプチド核酸（PNA）−オリゴマーであって、本質的に配列番号: 489, 490, 491, 492, 493, 494, 495, 496, 497, 498, 499, 500, 501, 502, 503, 504, 505, 506, 507, 508, 509, 510, 511, 512, 513, 514, 515, 516, 517, 518, 519, 520, 763, 764, 765, 766, 767, 768, 769, 770, 771, 772, 773, 774, 775, 776, 777, 778, 779, 780, 781, 782, 783, 784, 785, 786, 787, 788, 789, 790, 791, 792, 793および 794 による核酸配列のうちの１つにハイブリダイズするかあるいは同一である、長さ少なくとも１０ヌクレオチドを有する少なくとも１つの塩基配列からなるオリゴマー。
  35. 塩基配列は少なくとも１つのＣｐＧジヌクレオチドを含む、請求項３０〜３４のいずれか１つに記載されるオリゴマー。
  36. 請求項３０〜３５のいずれかに記載される少なくとも２つのオリゴマーを含むオリゴマーのセット。
  37. 少なくとも１つのオリゴヌクレオチドが固体相に結合していることを特徴とする請求項３０〜３６の１つに記載されるオリゴヌクレオチドのセット。
  38. 配列番号: 299, 300, 325, 326, 327, 328, 331, 332, 345, 346, 381, 382, 393, 394, 401, 402, 411, 412, 417, 418, 425, 426, 427, 428, 429, 430, 443, 444, 455, 456, 475, 476, 487, 488, 489, 490, 491, 492, 493, 494, 495, 496, 497, 498, 499, 500, 501, 502, 503, 504, 505, 506, 507, 508, 509, 510, 511, 512, 513, 514, 515, 516, 517, 518, 519, 520, 573, 574, 599, 600, 601, 602, 605, 606, 619, 620, 655, 656, 667, 668, 675, 676, 685, 686, 691, 692, 699, 700, 701, 702, 703, 704, 717, 718, 729, 730, 749, 750, 761, 762, 763, 764, 765, 766, 767, 768, 769, 770, 771, 772, 773, 774, 775, 776, 777, 778, 779, 780, 781, 782, 783, 784, 785, 786, 787, 788, 789, 790, 791, 792, 793, および794、およびこれらに相補的な配列のうちの１つを含む核酸配列の増幅のためのプライマーオリゴヌクレオチドとして使用される、請求項３０〜３６のうちの１つに記載される少なくとも２つのオリゴヌクレオチドのセット。
  39. 配列番号: 27, 40, 122, 43, 74, 127, 86, 90, 128, 105, 115, 121, 126, 129, 125, 132, 122, 123, 131, 127, 130, 124および128、およびこれらに相補的な配列からなる群から選択された配列内のシトシンメチル化状態および／または単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰｓ）を検出するための請求項３０〜３８のいずれかに記載のオリゴマーの少なくとも２つを含むオリゴヌクレオチドのセットの使用。
  40. 配列番号: 27, 40, 122, 43, 74, 127, 86, 90, 128, 105, 115, 121, 126, 129, 125, 132, 122, 123, 131, 127, 130, 124および128からなる群のＣｐＧジヌクレオチドのいずれかのメチル化状態の分析によって、エストロゲン受容体経路を標的とするか、またはエストロゲン代謝、産生または分泌に関与する１つまたはそれ以上の薬剤を含む治療に対する乳房組織の細胞増殖障害をもつ被検者の反応性を予測するための担体物質に固定化された異なったオリゴマー（アレー）の配列を製造する方法であって、請求項３０〜３５のいずれかに記載の少なくとも１つのオリゴマーが固体相に結合されている方法。
  41. 請求項４０において得られうる異なったオリゴマー（アレー）の配列。
  42. 前記オリゴヌクレオチドが四角形または六角形格子形態の平面固体相上に配列されることを特徴とする、請求項４１に記載される異なったオリゴヌクレオチド−および／またはＰＮＡ−オリゴマー配列のアレー。
  43. 固体相表面は、シリコーン、ガラス、ポリスチレン、アルミニウム、鉄鋼、鉄、銅、ニッケル、銀または金から構成されることを特徴とする、請求項４１または４２のいずれかに記載のアレー。
  44. 請求項３０〜３５のいずれかに記載される少なくとも１つの核酸を含む配列番号: 27, 40, 122, 43, 74, 127, 86, 90, 128, 105, 115, 121, 126, 129, 125, 132, 122, 123, 131, 127, 130, 124および128からなる群のＣｐＧジヌクレオチドのいずれかのメチル化状態の分析によって、エストロゲン受容体経路を標的とするか、あるいはエストロゲン代謝、産生または分泌に関与する１つまたはそれ以上の薬剤を含む治療に対する乳房細胞増殖障害の反応を予測するためのＤＮＡ−および／またはＰＮＡ−アレー。
  45. 下記工程；
    ａ）ゲノムＤＮＡを含む生物学的試料を得て、
    ｂ）ゲノムＤＮＡを抽出し、
    ｃ）５−位で非メチル化されているゲノムＤＮＡ試料中のシトシン塩基をウラシルまたは塩基対挙動においてシトシンに類似していない他の塩基に変換し、
    ｄ）前処理されたゲノムＤＮＡの少なくとも１つの断片を増幅し、ここで前記断片は、配列番号: 299, 300, 325, 326, 327, 328, 331, 332, 345, 346, 381, 382, 393, 394, 401, 402, 411, 412, 417, 418, 425, 426, 427, 428, 429, 430, 443, 444, 455, 456, 475, 476, 487, 488, 489, 490, 491, 492, 493, 494, 495, 496, 497, 498, 499, 500, 501, 502, 503, 504, 505, 506, 507, 508, 509, 510, 511, 512, 513, 514, 515, 516, 517, 518, 519, 520, 573, 574, 599, 600, 601, 602, 605, 606, 619, 620, 655, 656, 667, 668, 675, 676, 685, 686, 691, 692, 699, 700, 701, 702, 703, 704, 717, 718, 729, 730, 749, 750, 761, 762, 763, 764, 765, 766, 767, 768, 769, 770, 771, 772, 773, 774, 775, 776, 777, 778, 779, 780, 781, 782, 783, 784, 785, 786, 787, 788, 789, 790, 791, 792, 793および794、およびこれらに相補的な配列からなる群から選択される１つまたはそれ以上の配列を含み、そして
    ｅ）増幅核酸の分析によって、１つまたはそれ以上のゲノムＣｐＧジヌクレオチドのメチル化状態を決定する、
    を含む請求項１〜２４のいずれか１つに記載される方法。
  46. 工程ｄ）において、前記断片は、配列番号: 345, 346, 381, 382, 393, 394, 425, 426, 427, 428, 429, 430, 443, 444, 619, 620, 655, 656, 667, 668, 699, 700, 701, 702, 703, 704, 717および718、およびこれらに相補的な配列からなる群から選択される１つまたはそれ以上の配列を含むことを特徴とする、請求項４５に記載の方法。
  47. 工程ｄ）において、前記断片は、配列番号: 299, 300, 411, 412, 425, 426, 427, 428, 573, 574, 685, 686, 699, 700, 701および702、およびこれらに相補的な配列からなる群から選択される１つまたはそれ以上の配列を含むことを特徴とする、請求項４５に記載の方法。
  48. 工程ｄ）において、前記断片は、配列番号: 299, 300, 325, 326, 327, 328, 331, 332, 401, 402, 417, 418, 425, 426, 455, 456, 475, 476, 487, 488, 573, 574, 599, 600, 601, 602, 605, 606, 675, 676, 691, 692, 699, 700, 729, 730, 749, 750, 761および762、およびこれらに相補的な配列からなる群から選択される１つまたはそれ以上の配列を含むことを特徴とする、請求項４５に記載の方法。
  49. 工程ｄ）において、前記断片は、配列番号: 489, 490, 491, 492, 493, 494, 495, 496, 497, 498, 499, 500, 501, 502, 503, 504, 505, 506, 507, 508, 509, 510, 511, 512, 513, 514, 515, 516, 517, 518, 519, 520, 763, 764, 765, 766, 767, 768, 769, 770, 771, 772, 773, 774, 775, 776, 777, 778, 779, 780, 781, 782, 783, 784, 785, 786, 787, 788, 789, 790, 791, 792, 793および 794、およびこれらに相補的な配列からなる群から選択される１つまたはそれ以上の配列を含むことを特徴とする、請求項４５に記載の方法。
  50. 工程ｅ）は、配列番号: 1691〜1692, 1733〜1736, 1925〜1932, 1941〜1954 および 1965〜2142に記載される少なくとも１つのオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションによって実施することを特徴とする、請求項４５に記載の方法。
  51. 工程ｅ）は、配列番号: 2011, 2012, 2017〜2024, 2031〜2035, 2035, 2036, 2036, 2037, 2037, 2038および 2038〜2044に記載される少なくとも１つのオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションによって実施することを特徴とする、請求項４５に記載の方法。
  52. 工程ｅ）は、配列番号: 2003〜2030に記載される少なくとも１つのオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションによって実施することを特徴とする、請求項４５に記載の方法。
  53. 工程ｅ）は、配列番号: 2003〜2020および2045〜2112に記載される少なくとも１つのオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションによって実施することを特徴とする、請求項４５に記載の方法。
  54. 工程ｅ）は、配列番号: 1691〜1692, 1733〜1736, 1925〜1932, 1941〜1954, 1965〜2002, 2011〜2025, 2045〜2052, 2069〜2078および2127〜2134に記載される少なくとも１つのオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションによって実施することを特徴とする、請求項４５に記載の方法。
  55. 工程ｅ）は、請求項１７〜２１に記載される少なくとも１つのオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションによって実施することを特徴とする、請求項４５に記載の方法。
  56. 工程ｅ）は、請求項１７〜２１に記載される少なくとも１つのオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションおよび少なくとも１つのヌクレオチド塩基による前記ハイブリダイズされたオリゴヌクレオチドの伸長によって実施することを特徴とする、請求項４５に記載の方法。
  57. 工程ｅ）は、配列決定によって実施することを特徴とする、請求項４５に記載の方法。
  58. 工程ｄ）は、特定プライマーのメチル化を使用して実施することを特徴とする、請求項４５に記載の方法。
  59. さらに、工程ｄ）において、配列番号: 299, 300, 325, 326, 327, 328, 331, 332, 345, 346, 381, 382, 393, 394, 401, 402, 411, 412, 417, 418, 425, 426, 427, 428, 429, 430, 443, 444, 455, 456, 475, 476, 487, 488, 489, 490, 491, 492, 493, 494, 495, 496, 497, 498, 499, 500, 501, 502, 503, 504, 505, 506, 507, 508, 509, 510, 511, 512, 513, 514, 515, 516, 517, 518, 519, 520, 573, 574, 599, 600, 601, 602, 605, 606, 619, 620, 655, 656, 667, 668, 675, 676, 685, 686, 691, 692, 699, 700, 701, 702, 703, 704, 717, 718, 729, 730, 749, 750, 761, 762, 763, 764, 765, 766, 767, 768, 769, 770, 771, 772, 773, 774, 775, 776, 777, 778, 779, 780, 781, 782, 783, 784, 785, 786, 787, 788, 789, 790, 791, 792, 793および794、およびこれらに相補的な配列からなる群から選択される配列に相補的であるか、あるいは中程度に厳密なまたは厳密な条件下でハイブリダイズする長さが少なくとも９ヌクレオチドである近接した配列を各ケースにおいて含む、少なくとも１つの核酸分子またはペプチド核酸分子の使用を含む、請求項４５に記載の方法。
  60. 工程ｅ）は、請求項３８〜４２に記載される方法のうち、少なくとも２つを組み合わせて実施することを特徴とする、請求項４５に記載の方法。
  61. 治療は、重亜硫酸塩、亜硫酸水素塩、または二亜硫酸塩の溶液によって実施することを特徴とする、請求項４５に記載の方法。
  62. 下記工程；
    ａ）ゲノムＤＮＡを含む生物学的試料を得て、
    ｂ）ゲノムＤＮＡを抽出し、
    ｃ）１つまたはそれ以上のメチル化感受性制限酵素でもって、配列番号： 27, 40, 122, 43, 74, 127, 86, 90, 128, 105, 115, 121, 126, 129, 125, 132, 122, 123, 131, 127, 130, 124および128、およびこれらに相補的な配列からなる群から得た１つまたはそれ以上の配列を含むゲノムＤＮＡを消化し、そして
    ｄ）工程ｃ）の消化において生成したＤＮＡ断片を決定する、
    を含む、請求項１〜２４のいずれか１つに記載される方法。
  63. 標的配列または工程ｃ）において消化された配列は、配列番号：68, 50, 74, 90, 91, 92および99からなる群から得た１つまたはそれ以上の配列を含むことを特徴とする、請求項６２に記載の方法。
  64. 標的配列または工程ｃ）で消化された配列は、配列番号：27, 83, 90および91からなる群から得た１つまたはそれ以上の配列を含むことを特徴とする、請求項６２に記載の方法。
  65. 標的配列または工程ｃ）で消化された配列は、配列番号：27, 40, 41, 43, 78, 86, 90, 105, 115および121からなる群から得た１つまたはそれ以上の配列を含むことを特徴とする、請求項６２に記載の方法。
  66. 標的配列または工程ｃ）で消化された配列は、配列番号：126, 137, 129, 125, 132, 122, 123, 131, 133, 134, 127, 130, 135, 124, 128および136からなる群から得た１つまたはそれ以上の配列を含むことを特徴とする、請求項６２に記載の方法。
  67. ＤＮＡ消化物は工程ｄ）の前に増幅される、請求項６２〜６６のいずれか１つに記載される方法。
  68. １００〜２００塩基対の長さを有する６以上の異なった断片が増幅されることを特徴とする、請求項４５〜５４および６７の１つに記載される方法。
  69. いくつかのＤＮＡセグメントの増幅は１つの反応容器中で実施することを特徴とする、請求項４５〜５４および６８の１つに記載される方法。
  70. ポリメラーゼは耐熱性ＤＮＡポリメラーゼであることを特徴とする、請求項４５〜５４および６８の１つに記載される方法。
  71. 増幅は、ポリメラーゼチェインリアクション（ＰＣＲ）によって実施することを特徴とする、請求項４５〜５４および７０の１つに記載される方法。
  72. 増幅産物は、検出可能な標識を担持することを特徴とする、請求項４５〜５４および６９〜７０の１つに記載される方法。
  73. 前記標識は、蛍光標識、放射性ヌクレオチドおよび／または質量分析計で検出できる典型的な質量を有する検出可能な分子断片である、請求項７２に記載の方法。
  74. 増幅産物または増幅産物の断片は、質量分析計で検出することを特徴とする、請求項４５〜５４および６９〜７３の１つに記載される方法。
  75. 産生した断片は、質量分析計でより良い検出性のための単一正および負総電荷を有することを特徴とする、請求項７４および／または７３の１つに記載される方法。
  76. 検出は、マトリックス支援レーザ脱離／イオン化質量分析法（ＭＡＬＤＩ）により、またはエレクトロンスプレー質量分析法（ＥＳＩ）を使用して実施し、かつ可視化することを特徴とする、請求項７３〜７５の１つに記載される方法。
  77. ゲノムＤＮＡは、ＤＮＡまたは例えば、セルライン、組織学的スライド、生検、組織包埋パラフィン、乳房組織、血液、血漿、リンパ液、リンパ組織、管細胞、管洗浄液、乳頭吸引液、骨髄およびこれらの組合せを含むＤＮＡ源を含む細胞または細胞性成分から得られることを特徴とする、請求項４５〜７６の１つに記載される方法。
  78. 重亜硫酸塩（＝二亜硫酸塩、亜硫酸水素塩）試薬ならびに請求項３０〜３８の１つに記載されるオリゴヌクレオチドおよび／またはＰＮＡ−オリゴマーを含むキット。
  79. さらに、ＭＳ−ＳＮｕＰＥ、ＭＳＰ、Ｍｅｔｈｙｌ ｌｉｇｈｔ、Ｈｅａｖｙ Ｍｅｔｈｙｌ、核酸配列決定およびこれらの組合せからなる群から得られるメチル化分析を実施するための標準的試薬を含む、請求項７８に記載のキット。
  80. 乳房細胞増殖障害の治療、特性化、分類および／または差別化のための請求項１〜２４、４５〜７７の１つに記載される方法の使用、請求項２５〜２９に記載の核酸の使用、請求項３０〜３５の１つに記載されるオリゴヌクレオチドまたはＰＮＡ−オリゴマーの使用、請求項７８または７９に記載されるキットの使用、請求項４０〜４４の１つに記載のアレーの使用、請求項３９に記載のアレーを製造する方法の使用、または請求項３６〜３８の１つに記載されるオリゴヌクレオチドのセットの使用。
JP2005501274A 2002-10-01 2003-10-01 乳房細胞増殖障害の改良治療方法および核酸 Expired - Lifetime JP4649331B2 (ja)

Applications Claiming Priority (4)

Application Number Priority Date Filing Date Title
DE2002145779 DE10245779A1 (de) 2002-10-01 2002-10-01 Verfahren und Nukleinsäuren für die verbesserte Behandlung von proliferativen Erkrankungen von Brustzellen
DE10300096 2003-01-07
DE2003117955 DE10317955A1 (de) 2003-04-17 2003-04-17 Verfahren und Nukleinsäuren für die verbesserte Behandlung von proliferativen Erkrankungen von Brustzellen
PCT/EP2003/010881 WO2004035803A2 (en) 2002-10-01 2003-10-01 Method and nucleic acids for the treatment of breast cell proliferative disorders

Publications (3)

Publication Number Publication Date
JP2006515513A JP2006515513A (ja) 2006-06-01
JP2006515513A5 true JP2006515513A5 (ja) 2006-08-10
JP4649331B2 JP4649331B2 (ja) 2011-03-09

Family

ID=32110469

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2005501274A Expired - Lifetime JP4649331B2 (ja) 2002-10-01 2003-10-01 乳房細胞増殖障害の改良治療方法および核酸

Country Status (9)

Country Link
US (2) US8101359B2 (ja)
EP (2) EP2157191B1 (ja)
JP (1) JP4649331B2 (ja)
AT (1) ATE437962T1 (ja)
AU (2) AU2003300504B2 (ja)
CA (1) CA2500255A1 (ja)
DE (1) DE60328618D1 (ja)
ES (2) ES2447566T3 (ja)
WO (1) WO2004035803A2 (ja)

Families Citing this family (33)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20060024684A1 (en) * 2002-10-01 2006-02-02 Epigenomics Ag Prognostic markers for prediction of treatment response and/or survival of breast cell proliferative disorder patients
WO2004035803A2 (en) * 2002-10-01 2004-04-29 Epigenomics Ag Method and nucleic acids for the treatment of breast cell proliferative disorders
US20090269736A1 (en) * 2002-10-01 2009-10-29 Epigenomics Ag Prognostic markers for prediction of treatment response and/or survival of breast cell proliferative disorder patients
AU2004237861B2 (en) * 2003-12-11 2010-04-29 Epigenomics Ag Prognostic markers for prediction of treatment response and/or survival of breast cell proliferative disorder patients
EP1561821B1 (en) 2003-12-11 2011-02-16 Epigenomics AG Prognostic markers for prediction of treatment response and/or survival of breast cell proliferative disorder patients
WO2005123945A2 (en) * 2004-06-21 2005-12-29 Epigenomics Ag Epigenetic markers for the treatment of breast cancer
EP2213749A1 (en) * 2004-12-02 2010-08-04 Epigenomics AG Methods and nucleic acids for the analysis of gene expression associated with the prognosis of prostate cell proliferative disorders
ZA200704796B (en) * 2004-12-07 2008-11-26 Genentech Inc Selecting patients for therapy with a HER inhibitor
EP1869212A4 (en) * 2005-02-01 2009-09-23 Wayne John Cancer Inst USE OF ID4 FOR DIAGNOSIS AND TREATMENT OF CANCER
WO2006088978A1 (en) 2005-02-16 2006-08-24 Epigenomics, Inc. Method for determining the methylation pattern of a polynucleic acid
US7932027B2 (en) 2005-02-16 2011-04-26 Epigenomics Ag Method for determining the methylation pattern of a polynucleic acid
ATE547537T1 (de) 2005-04-15 2012-03-15 Epigenomics Ag Verfahren zur bestimmung der dna-methylierung in blut- oder urinproben
JP5341506B2 (ja) 2005-04-15 2013-11-13 エピゲノミクス アーゲー 細胞増殖性疾患分析のための方法および核酸
WO2006131391A1 (en) * 2005-06-10 2006-12-14 Epigenomics Ag Prognostic assay for prediction of treatment response and/or survival of breast cell proliferative disorder patients
WO2006133866A2 (en) * 2005-06-11 2006-12-21 Epigenomics Ag Prognostic markers for prediction of treatment response and/or survival of breast cell proliferative disorder patients
US10053735B2 (en) 2005-09-21 2018-08-21 Therawis Diagnostics Gmbh Markers for the prediction of outcome of anthracycline treatment
WO2007039291A2 (en) * 2005-10-03 2007-04-12 Epigenomics Ag Methods, apparatus and nomograms to determine prostate cancer progression
WO2007039290A2 (en) * 2005-10-03 2007-04-12 Epigenomics Ag Methods and nucleic acids for the analysis of gene expression associated with the prognosis of cell proliferative disorders
WO2007047699A1 (en) * 2005-10-17 2007-04-26 Epigenomics Ag Method and nucleic acids for the improved treatment of breast cancers
TW201336514A (zh) 2006-04-13 2013-09-16 Alcon Res Ltd ＲＮＡ干擾（ＲＮＡｉ）所媒介之與脾酪胺酸激酶相關之發炎症狀的抑制作用（二）
AU2007237444B2 (en) 2006-04-17 2013-05-23 Epigenomics Ag Methods and nucleic acids for the detection of colorectal cell proliferative disorders
WO2007137873A1 (en) * 2006-06-01 2007-12-06 Epigenomics Ag Method and nucleic acids for the improved treatment of breast cancers
CN101505661B (zh) * 2006-08-31 2012-02-15 皇家飞利浦电子股份有限公司 成像系统
WO2009027978A1 (en) * 2007-08-30 2009-03-05 Hadasit Medical Research Services & Development Ltd. NUCLEIC ACID SEQUENCES COMPRISING NF-ϰB BINDING SITE WITHIN O(6)-METHYLGUANINE-DNA-METHYLTRANSFERASE (MGMT) PROMOTER REGION AND USES THEREOF FOR THE TREATMENT OF CANCER AND IMMUNE-RELATED DISORDERS
ES2450755T3 (es) * 2007-10-19 2014-03-25 Genentech, Inc. Anticuerpos anti-TENB2 modificados por ingeniería genética con cisteína, y conjugados de anticuerpo y fármaco
WO2011136400A1 (en) 2010-04-26 2011-11-03 Green Cross Corporation Tumor-specific promoter and oncolytic virus vector comprising the same
WO2016041010A1 (en) * 2014-09-15 2016-03-24 Garvan Institute Of Medical Research Methods for diagnosis, prognosis and monitoring of breast cancer and reagents therefor
CN113957146A (zh) * 2014-09-26 2022-01-21 詹森药业有限公司 使用fgfr突变基因组鉴定将对用fgfr抑制剂进行治疗有反应的癌症患者
US11685955B2 (en) 2016-05-16 2023-06-27 Dimo Dietrich Method for predicting response of patients with malignant diseases to immunotherapy
DE102016005947B3 (de) 2016-05-16 2017-06-08 Dimo Dietrich Verfahren zur Abschätzung der Prognose und zur Prädiktion des Ansprechens auf eine Immuntherapie von Patienten mit malignen Erkrankungen
CN116445593A (zh) 2016-08-10 2023-07-18 格里尔公司 测定一生物样品的一甲基化图谱的方法
AU2022220330A1 (en) * 2021-02-12 2023-09-14 Mammogen, Inc. Biomarkers for the diagnosis of breast cancer
CN116004830B (zh) * 2023-01-05 2023-08-11 山东大学 一种卵巢癌的生物标志物及其应用

Family Cites Families (25)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5744101A (en) 1989-06-07 1998-04-28 Affymax Technologies N.V. Photolabile nucleoside protecting groups
SE501439C2 (sv) 1993-06-22 1995-02-13 Pharmacia Lkb Biotech Sätt och anordning för analys av polynukleotidsekvenser
US5837832A (en) 1993-06-25 1998-11-17 Affymetrix, Inc. Arrays of nucleic acid probes on biological chips
EP0889122A3 (en) 1993-11-30 1999-03-03 McGILL UNIVERSITY Inhibition of DNA Methyltransferase
US5871917A (en) 1996-05-31 1999-02-16 North Shore University Hospital Research Corp. Identification of differentially methylated and mutated nucleic acids
US6017704A (en) 1996-06-03 2000-01-25 The Johns Hopkins University School Of Medicine Method of detection of methylated nucleic acid using agents which modify unmethylated cytosine and distinguishing modified methylated and non-methylated nucleic acids
US5786146A (en) * 1996-06-03 1998-07-28 The Johns Hopkins University School Of Medicine Method of detection of methylated nucleic acid using agents which modify unmethylated cytosine and distinguishing modified methylated and non-methylated nucleic acids
DE19754482A1 (de) 1997-11-27 1999-07-01 Epigenomics Gmbh Verfahren zur Herstellung komplexer DNA-Methylierungs-Fingerabdrücke
US6331393B1 (en) * 1999-05-14 2001-12-18 University Of Southern California Process for high-throughput DNA methylation analysis
US6783933B1 (en) * 1999-09-15 2004-08-31 The Johns Hopkins University School Of Medicine CACNA1G polynucleotide, polypeptide and methods of use therefor
WO2001068912A2 (en) * 2000-03-15 2001-09-20 Epigenomics Ag Diagnosis of diseases associated with tumor suppressor genes and oncogenes
US6596488B2 (en) * 2000-03-30 2003-07-22 City Of Hope Tumor suppressor gene
EP1274865B1 (en) * 2000-04-06 2007-02-14 Epigenomics AG Diagnosis of diseases associated with apoptosis by means of assessing the methylation status of genes associated with apoptosis
EP1167975B1 (en) * 2000-06-22 2009-10-07 Universite Paris Descartes Compositions and methods for detecting, treating or predicting the response of breast tumor cells to endocrine therapy
EP1297182A2 (en) * 2000-06-30 2003-04-02 Epigenomics AG Diagnosis of diseases associated with cell signalling
US6562171B1 (en) * 2000-10-10 2003-05-13 Eastman Kodak Company Method for making a two sided image
US6756200B2 (en) * 2001-01-26 2004-06-29 The Johns Hopkins University School Of Medicine Aberrantly methylated genes as markers of breast malignancy
WO2002077895A2 (en) * 2001-03-26 2002-10-03 Epigenomics Ag Method for epigenetic feature selection
US7125663B2 (en) * 2001-06-13 2006-10-24 Millenium Pharmaceuticals, Inc. Genes, compositions, kits and methods for identification, assessment, prevention, and therapy of cervical cancer
US7118870B2 (en) * 2001-09-28 2006-10-10 The State Of Oregon Acting By And Through The State Board Of Higher Education On Behalf Of Oregon State University Detection of fecal contamination using nucleic acid molecules that recognize bacterial 16S rDNA sequences
DE10161625A1 (de) * 2001-12-14 2003-07-10 Epigenomics Ag Verfahren und Nukleinsäuren für die Analyse einer Lungenzell-Zellteilungsstörung
DE10317955A1 (de) 2003-04-17 2004-11-25 Epigenomics Ag Verfahren und Nukleinsäuren für die verbesserte Behandlung von proliferativen Erkrankungen von Brustzellen
DE10245779A1 (de) 2002-10-01 2004-04-29 Epigenomics Ag Verfahren und Nukleinsäuren für die verbesserte Behandlung von proliferativen Erkrankungen von Brustzellen
WO2004035803A2 (en) * 2002-10-01 2004-04-29 Epigenomics Ag Method and nucleic acids for the treatment of breast cell proliferative disorders
AU2004237861B2 (en) * 2003-12-11 2010-04-29 Epigenomics Ag Prognostic markers for prediction of treatment response and/or survival of breast cell proliferative disorder patients

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP2006515513A5 (ja)
AU753368B2 (en) Method for producing complex DNA methylation fingerprints
CA2399281A1 (en) Method for detecting cytosine methylation in dna samples
WO2007009755A2 (en) Compositions and methods for cancer diagnostics comprising pan-cancer markers
KR20100058449A (ko) 종양 특이적 ｄｎａ 서열의 특이적 증폭
JP2009533066A5 (ja)
JP7308956B2 (ja) メチル化修飾に基づく腫瘍マーカーｓｔａｍｐ－ｅｐ３
JP7407824B2 (ja) メチル化修飾に基づく腫瘍マーカーｓｔａｍｐ－ｅｐ５
JP2005518220A5 (ja)
US20160355885A1 (en) Gene methylation based colorectal cancer diagnosis
WO2013057581A2 (en) Composite biomarkers for non-invasive screening, diagnosis and prognosis of colorectal cancer
JP7301136B2 (ja) メチル化修飾に基づく腫瘍マーカーｓｔａｍｐ－ｅｐ６
WO2005121360A2 (en) Prognostic markers for prediction of treatment response and/or survival of breast cell proliferative disorder patients
JP2023118716A (ja) メチル化修飾に基づく腫瘍マーカーｓｔａｍｐ－ｅｐ８及びその応用
JP2004529661A (ja) 前立腺腫瘍鑑別のための方法および核酸
JP2023175696A (ja) メチル化修飾に基づく腫瘍マーカーｓｔａｍｐ－ｅｐ９及びその応用
EP1451354A2 (en) Method and nucleic acids for the analysis of a lymphoid cell proliferative disorder
US11535897B2 (en) Composite epigenetic biomarkers for accurate screening, diagnosis and prognosis of colorectal cancer
KR100470221B1 (ko) 유전자 프로모터 ＣｐＧ 아일랜드의 메틸화 여부를분석하는 염기서열분석형 올리고뉴클레오타이드칩, 이의제조방법 및 이를 이용한 암 검색방법
JP7383727B2 (ja) メチル化修飾に基づく腫瘍マーカーｓｔａｍｐ－ｅｐ７及びその応用
JP2007074950A (ja) メチル化ｄｎａ及び／又は非メチル化ｄｎａの検出方法
US11542559B2 (en) Methylation-based biomarkers in breast cancer screening, diagnosis, or prognosis
CN113122631A (zh) 检测dna甲基化的试剂及用途
KR101142452B1 (ko) 유방암 진단을 위한 유방암 특이적 메틸화 마커 유전자의 메틸화 검출방법
Zhang et al. A proof-of-principle demonstration of a novel microarray-based method for quantifying DNA methylation levels