JP2006506042A - La1−ラクトバシルス株のゲノム - Google Patents
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Abstract
Description
上記問題はプロバイオティック株ラクトバシルス・ジョンソニイ(Lactobacillus johnsonii)La1を構成するDNA配列を提供することにより解決された。
(2)BALSTN:問題のヌクレオチド配列をヌクレオチド配列データベースに対して比較する
(3)BALSTX:すべての読みとり枠で翻訳される問題のヌクレオチド配列をタンパク質配列データベースに対して比較する
(4)TBASLTN:問題のタンパク質配列をすべての読みとり枠で動的に翻訳されたヌクレオチド配列データベースに対して比較する
Claims (19)
- 宿主と細菌との相互作用を解明するための、配列番号1で特定されるDNA配列、またはその一部、またはこれに相同な配列の使用。
- 相互作用は、細菌株のプロバイオティクス性、好ましくは免疫系の刺激、抗病原性、および/または抗ウイルス性に基づく、請求項1記載の使用。
- 配列は、配列番号1の番号付けに基づき、ヌクレオチド1〜54596、56070〜77430、81302〜308537、309588〜342757、378458〜389217、389779〜404510、405561〜501116、503873〜558194、563262〜696518、697569〜721736、722787〜756845、761682〜860446、860723〜865550、867260〜867490、868541〜1448288、1463851〜1526077、1527278〜1552024、1563147〜1809115、1810166〜1858190、1863258〜1872871、1877939〜1930430、1932063〜1983043よりなる群から選択される、配列番号1の断片である、請求項1または2のいずれかに記載の使用。
- 生物学的試料中のラクトバシルス(Lactobacillus)株、好ましくはラクトバシルス・ジョンソニイ(Lactobacillus johnsonii)の検出、同定および/または選択方法であって:
(a)試料に、配列番号1により特定されるポリヌクレオチド配列由来のヌクレオチド配列を、ポリメラーゼ酵素とヌクレオチドとの存在下で、ヌクレオチドの伸長を可能にする条件下で接触させ;そして
(b)試料中の伸長産物の存在を検出する(ここで、プライマー伸長産物の検出は、試料中にラクトバシルス(Lactobacillus)株が存在することを示す)
ことを含む上記方法。 - 生物学的試料中のラクトバシルス(Lactobacillus)株、好ましくはラクトバシルス・ジョンソニイ(Lactobacillus johnsonii)の検出、同定および/または選択方法であって:
(a)試料に、配列番号1により特定されるポリヌクレオチド配列由来のヌクレオチド配列を、相補的塩基対のハイブリダイゼーションを可能にする条件下で接触させ;そして
(b)試料中のハイブリダイゼーション複合体の存在を検出する(ここで、ハイブリダイゼーション複合体の検出は、試料中にラクトバシルス(Lactobacillus)株が存在することを示す)
ことを含む上記方法。 - 生物学的試料中のラクトバシルス(Lactobacillus)株、好ましくはラクトバシルス・ジョンソニイ(Lactobacillus johnsonii)の検出、同定および/または選択方法であって:
(a)試料に、配列番号1由来のポリペプチドに対して作成した抗体を、免疫複合体の形成に適した条件下で接触させ;そして
(b)試料中の免疫複合体の存在を検出する(ここで、免疫複合体の検出は、試料中にラクトバシルス(Lactobacillus)株が存在することを示す)
ことを含む上記方法。 - 生物学的試料中のラクトバシルス(Lactobacillus)ポリペプチドに対する抗体の検出、同定および/または選択方法であって:
(a)試料に、請求項4または5で産生されるポリペプチドを、免疫複合体の形成に適した条件下で接触させ;そして
(b)試料中の免疫複合体の存在を検出する(ここで、免疫複合体の検出は、試料中にラクトバシルス(Lactobacillus)ポリペプチドが存在することを示す)
ことを含む上記方法。 - 少なくとも配列番号1由来のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチドのアレイを含有するDNAアレイ/チップ。
- 配列番号1由来の読みとり枠により特定されるポリペプチドを発現することにより得られ得るポリペプチドの少なくとも1つを含むポリペプチドのアレイを含有するタンパク質アレイ/チップ。
- 配列番号1の読みとり枠を発現することにより得られ得るポリペプチドに対する少なくとも1つの抗体を含む抗体のアレイを含有する抗体チップ。
- (a)試験化合物に、配列番号1により特定されるポリヌクレオチドを、またはその一部を接触させ;そして
(b)結合が起きることを検出する、
ことを含むスクリーニング測定法。 - (a)試験化合物に、配列番号1由来の読みとり枠を発現することにより得られ得るポリペプチドを接触させ;そして
(b)結合が起きることを検出する、
ことを含むスクリーニング測定法。 - (a)試験化合物に、配列番号1由来の読みとり枠を発現することにより得られ得るポリペプチドに対して作成された抗体を接触させ;そして
(b)結合が起きることを検出する、
ことを含むスクリーニング測定法。 - 配列番号1により特定されるポリヌクレオチドまたはその一部を含むキット。
- ポリヌクレオチドはプライマーまたはプローブであり、キットは任意にポリメラーゼとデオキシヌクレオチド三リン酸とを含む、請求項13記載のキット。
- 配列番号1の読みとり枠を発現することにより得られ得るポリペプチドに対して作成した抗体を含むキット。
- 配列番号1により特定される核酸配列、またはその一部、または配列番号1により特定されるヌクレオチド配列由来のポリペプチド配列を記録しているコンピューター読み取り可能な媒体。
- 該媒体は以下よりなる群から選択される、請求項17記載のコンピューター読み取り可能な媒体:
(a)フロッピー(登録商標)ディスク;
(b)ハードディスク;
(c)ランダムアクセスメモリー(RAM);
(d)リードオンリーメモリー(ROM);および
(e)CD−ROM。 - 以下の要素を含む、ラクトバシルス・ジョンソニイ(Lactobacillus johnsonii)ゲノムの断片を同定するためのコンピューターベースのシステム:
(a)配列番号1により特定される核酸配列を含むデータ保存手段;
(b)標的配列を相同配列を同定するための工程(a)のデータ保存手段のヌクレオチド配列と比較するための探索手段;および
(c)段階(b)の該相同配列を得るための検索手段。
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