JP2008517628A - ラクトバチルス・アシドフィルス核酸及びその使用 - Google Patents
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Abstract
Description
Klaenhammer and Russell (2000) "Species of the Lactobacillus acidophilus Complex," Encyclopedia of Food Microbiology, Volume 2, ed. Robinson et al., (Academic Press, San Diego, California), pp. 1151-1157 Kaplan and Hutkins (2000) Appl. Environ. Microbiol.66:2682-2684 Jaeger et al. (1999) Annu. Rev. Microbiol. 53:315-351, Jaeger and Reetz(1998) Trends Biotech. 16:396-403 Verger(1997)Trends Biotech. 15:32-38 Stead (1986) J.Dairy Sci. 53:481-505 Hatch et al.(1995) Scanning Microsc 9:1121-1126 Park et al. (1997) Free Rad Res 27:447-458 Urzua et al. (1998) Appl. Envirn. Microbiol. 64:68−73 Ogawa et al. (2000) World J. Surg. 24:1154-1159 Troxel et al.(2003) J. Endourol. 17:173-176
具体的には、本発明は、配列番号1〜36で示された配列のうち、奇数番号で示されたヌクレオチド配列を含む単離された核酸分子、かかる配列から原則としてなる単離された核酸分子、及び/又はかかる配列からなる単離された核酸分子と、配列番号1〜36で示された配列のうち、偶数番号で示された配列を含むアミノ酸配列をコードする単離された核酸分子とを提供する。また、本明細書に記述のある核酸分子にコードされた単離されたポリペプチド、若しくは組換えポリペプチドと、配列番号1〜36の偶数番号に示されたアミノ酸配列を含むポリペプチド、かかる配列から原則としてなるポリペプチド、及び/又はかかる配列からなるポリペプチドとを提供する。配列表に示されたヌクレオチド配列とアミノ酸配列と十分に同一性を有する様々な核酸分子とポリペプチドは、本発明に包含される。さらにヌクレオチド配列とアミノ酸配列の断片と、この2つに十分同一な断片も包含される。本発明のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列、又は本発明の配列にハイブリダイズするヌクレオチド配列も包含される。
本発明は、これよりいくつかの具体例について、添付の図表を用いてより詳細に説明されるが、すべての本発明の具体例が示されているわけではない。実際、本発明は、多様な形態において具体化されうるものであるが、本明細書に示される具体例に限定されるものとして解釈されるべきものではない。かかる具体例は、明細書中の開示が法的要件を満たすのに適切なものとなるように記載されている。本明細書全体を通じ、同一の数字を用いて同一の要素が示される。
本発明には、タンパク質又はその変異体及び断片を調節並びにコードしているヌクレオチド配列を含む単離された核酸分子と、かかる配列にコードされているタンパク質とが含まれる。「タンパク質」という用語は、配列番号2及び4に示されるアミノ酸配列と、配列番号5〜36に示される配列のうち偶数番号に示されるアミノ酸配列を有するタンパク質を意味する。断片(生物学的に活性のある部分)及び/又はこれらのヌクレオチド配列の変異体とコードされているタンパク質もまた提供される。ヌクレオチド配列又はタンパク質の「断片(fragment)」とは、ヌクレオチド配列又はタンパク質全体よりも短い、ヌクレオチド配列又はタンパク質の一部分を意味する。
配列は、保存された機能的特徴を有する分子の複数の(multiple)ファミリーのメンバーである。「ファミリー」とは、ヌクレオチド配列又はアミノ酸配列が十分に同一である、2以上のタンパク質又は核酸分子を意味する。グループが多くのグループを含む場合は、サブファミリーに分類できる。族(clan)とは、共通の祖先を有すると考えられるファミリーのグループである。族のメンバーは、多くの場合三次構造が類似する。
本明細書に示されているヌクレオチド配列との配列同一性、又はそれらの断片及び変異体との配列同一性に基づき同定されたヌクレオチド配列も、本発明に包含される。cDNA又はゲノムのライブラリーから、配列、例えば本発明の配列に実質的に同一な配列を同定するためにPCR又はハイブリダイゼーションなどの方法を用いることができる。例えば、Sambrook et al. (1989) Molecular Cloning: Laboratory Manual (2d ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Plainview, NY)、及びInnis, et al. (1990) PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications (Academic Press, NY)を参照のこと。そのようなcDNA及びゲノムのライブラリーの構築方法は、当業界で一般に知られており、さらに、上記の参考文献においても開示されている。
試料内で、本明細書で開示されているポリペプチド及び/又は核酸分子の発現、並びに開示されている活性を検出するためのアッセイを本発明で提供する。試料内において開示されている核酸、又は開示されているポリペプチドを含むタンパク質の有無を検出する方法は、例えば、食品/乳製品/飼料(feed product)、スターターカルチャー(母菌、種菌、バルク/セット、濃縮、乾燥、凍結乾燥、冷凍)、培養された食物製品/乳製品/飼料、栄養補助食品、バイオプロセスした発酵物質、又はプロバイオティック物質を摂取した対象から試料を得るステップと、この試料と、開示されているポリペプチド又は核酸(例えば、開示されている核酸、若しくはその断片を含むmRNA又はゲノムDNA)と相互作用することができる化合物又は作用物質(agent)とを接触させ、試料内に開示されて核酸やタンパク質の配列の有無を検出するステップとを含む。食品、サプリメント、培養物、産物、又は対象から得た試料からの結果と、対照、食品、サプリメント培地、製品若しくは対象から得た結果とを比較できる。
本発明には、アンチセンス核酸分子、即ち二本鎖cDNA分子のコード鎖に相補的であったり、mRNA配列に相補的であるなど、タンパク質をコードするセンス核酸に相補的な分子も包含される。したがって、アンチセンス核酸分子はセンス核酸と水素結合することができる。アンチセンス核酸は、例えばタンパク質コード領域(又はオープンリーディングフレーム)の全体又は一部というように、コード鎖の全体或いはその一部だけに相補的であってもよい。アンチセンス核酸分子は、タンパク質をコードするヌクレオチド配列のコード鎖の非コード領域に対してアンチセンスであってもよい。非コード領域は、コード領域に隣接する5’及び3’の配列であり、アミノ酸に翻訳されない領域である。アンチセンスヌクレオチド配列は、標的遺伝子の発現を阻害するのに有用である。対応する配列に対して70%又は75%、好ましくは80%、及びより好ましくは85%又は90%の配列同一性を有するアンチセンス構築物を用いることができる。
本発明には、キメラタンパク質又は融合タンパク質も含まれる。「キメラタンパク質(chimeric protein)」又は「融合タンパク質(fusion protein)」には、第二のポリペプチドに作用可能に連結した(例えば、インフレームに融合した)第一のポリペプチドが含まれる。「第一のポリペプチド(first polypeptide)」とは、第一のタンパク質に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチドのことであり、一方、「第二のポリペプチド(second polypeptide)」とは、第一のタンパク質と実質的に同一でないタンパク質に対応するアミノ酸配列を有し、同じ生物又は異なる生物に由来するポリペプチドのことである。融合タンパク質の内部で、ポリペプチドは、タンパク質のすべて、又は一部分に対応してもよいが、タンパク質の少なくとも一つの生物学的に活性のある部分が含まれることが好ましい。融合タンパク質における、「作用可能に連結した(operably linked)」という用語は、第一のポリペプチドと、第二のポリペプチドとが、インフレームに互いに融合していることを意味する。第二のポリペプチドは、第一のポリペプチドのN末端又はC末端に融合できる。
本発明の単離されたポリペプチドは、タンパク質に特異的に結合する抗体を作製するため、又はインビボでの抗体産生を刺激するための免疫原として使用することができる。タンパク質の完全長は、免疫原として用いることができ、或いは、本明細書に記載されているタンパク質の抗原性ペプチド断片を用いることもできる。タンパク質の抗原性ペプチドには、少なくとも5、10、15、20、25、30、35、40、45、又は50のアミノ酸残基、又は本明細書で列挙していない(例えば12、27、43)5から50の間の任意の数のアミノ酸残基、或いは、配列番号2若しくは4、又は配列番号5〜36に示されるアミノ酸配列のうち偶数番号で示されるアミノ酸配列、又はそれらの変異体及び断片が含まれ、かかるペプチドに対して産生された抗体が、タンパク質との特異的免疫複合体を形成するようなタンパク質のエピトープが包含される。抗原性ペプチドに包含される好ましいエピトープは、例えば親水性領域などのタンパク質の表面に存在するタンパク質の領域である。
本発明の核酸分子は、ベクター、好ましくは発現ベクターに含まれることもある。「ベクター(vector)」は、連結している別の核酸を輸送することができる核酸分子を意味する。発現ベクターは、1又は2以上の制御配列を含み、作用可能に連結した核酸分子の発現を指示する。「作用可能に連結されている(operably linked)」とは、目的のヌクレオチド配列が、そのヌクレオチド配列の発現が可能になるように(例えば、インビトロの転写/翻訳システムにおいて、又はベクターが細胞に導入される場合には、細胞において)、制御配列に連結されていることを意味する。本明細書において、配列に関して「異種(heterologous)」とは、外来種由来の配列、又は同種由来であっても、人間の介入によって組成及び/又はゲノム遺伝子座の天然型が実質的に改変された配列をいう。例えば、異種のポリヌクレオチドに作用可能に連結されたプロモーターは、ポリヌクレオチドが由来する種とは異なる種由来のプロモーターであるか、或いは、同種/類似種由来である場合には、その一又は双方が、実質的に元の形態及び/又は遺伝子座から実質的に改変されたものであるか、或いは、プロモーターは、作用可能に連結したポリヌクレオチドのための天然プロモーターではない。「制御配列(regulatory sequence)」という用語には、制御可能な転写プロモーター、オペレーター、エンハンサー、転写ターミネーター、及び/又は翻訳制御配列などの他の発現制御エレメントが含まれるものとする(例えば、シャイン・ダルガーノコンセンサス配列、開始コドン、終止コドン)。これらの制御配列は、例えば用いられる宿主細胞により相違するものである。
本発明の核酸配列やタンパク質を含むバクテリアの作製、かかるバクテリアのスターターカルチャーの調製、及び特にミルク等の食品基質等の基質を発酵する方法は、公知技術により行うことができる(例えば、Gilliland,S.E.(ed) Bacterial Starter Cultures for Food, CRC press, 1985, 205pp.; Read, G. (Ed) Prescott and Dunn's Industrial Microbiology, 4th Ed., AVI Publishing Company, Inc. 1982, 883pp.; Peppler, J. J. and Perlman, D. (Eds.) Microbial Technology, VolumeII, Fermentation Technology, Academic Press, 1979, 536pp.)。
シュウ酸分解のための方法と組成物が提供される。シュウ酸は、一連の酵素反応を通じて異化される。シュウ酸分解の2つの一般的なメカニズムには、ギ酸と二酸化炭素を生じる脱炭酸と、過酸化水素と二酸化炭素を生じる酸化とが含まれる。脱炭酸プロセスは、好気的又は嫌気的いずれにおいても行われてもよいが、酸化プロセスは、厳密に嫌気的に行われる。脱炭酸反応では、シュウ酸は、ホルミルコエンザイムAトランスフェラーゼ(ホルミルCoAトランスフェラーゼ、E.C.2.8.3)により還元され、ホルミルCoAのCoA部分を環化することにより、シュウ酸分子を活性化する。次に、オキサリルコエンザイムAデカルボキシラーゼ(オキサリルCoAデカルボキシラーゼ、E.C.4.1.1.8)が、活性シュウ酸分子を脱炭酸する。本明細書で示されるように、シュウ酸のこの分解経路は、現在のところ、ラクトバチルス・アシドフィルスにおいて同定されている。図2において、シュウ酸の分解経路のスキームが示されている。したがって、本発明では、シュウ酸分解の調節に関連する方法及び組成物を提供する。
発酵に用いられる微生物の特性が改変され、より効果的及び/若しくはより経済的なバイオプロセスが可能となる株、又はよりよく生存し、増殖及び/若しくはコロニー形成し、又はプロバイオティックなバクテリアとして投与される宿主動物の胃腸管に存在することができる株が提供される。
[実施例1]
シュウ酸は、食餌(コーヒー、紅茶、チョコレートなど)に由来するか、又はいくつかの代謝前駆体(アスコルビン酸など)から、腸管微生物叢又は非酵素的分解により産生される。ヒトの腸内では、カルシウム、ナトリウム、マグネシウム、又はカリウムと結合して、溶解度が小さい塩を形成し、疾病(ヒトにおいては、高シュウ酸尿症、ピリドキシン欠乏症、尿路結石症、及び腎不全)を引き起こす場合もある。ホルミルコエンザイムAトランスフェラーゼ(frc)及びオキサリルコエンザイムAデカルボキシラーゼ(oxc)に相同の遺伝子を含むオペロンが、プロバイオティクスバクテリアであるラクトバチルス・アシドフィルスのゲノムにおいて同定された。ラクトバチルスにおいてはこれまで論じられたことはなかったが、これらの遺伝子は、かかる微生物において、シュウ酸の分解を司ると推定される。cDNAマイクロアレイを用いた転写解析、及び逆転写定量(reverse-transcription quantitative)PCRにより、frcとoxcの転写には、弱酸性の条件が必須であることが判明した。結果として、ラクトバチルス・アシドフィルスのこれらの遺伝子のシュウ酸依存性誘導は、前もってシュウ酸の抑制濃度以下(sub inhibitory concentrations)に順応していた細胞が、pH5.5にさらされた(exposed)場合にのみ達成された。frc遺伝子の欠失したバージョン(frc−)を有する変異体を用いた生理学的分析により、野生型株と比較して、シュウ酸の存在下のpH3.5で、frc発現が生存率に特に作用することを確認した。ラクトバチルス・アシドフィルスNCFMの遺伝子の97.5%を含む全ゲノムマイクロアレイを、解離したシュウ酸を細胞内に組み入れるための候補遺伝子を同定するために用いた。ゲノム情報が利用できる場合には、乳酸菌の別のメンバーについて、frc及びoxc遺伝子の有無をスクリーニングした。ラクトバチルス・ガゼリNCK334、及びビフィドバクテリウム・アニマリスを除き、シュウ酸利用に関する遺伝子を有する株はなかった。
[実施例2]
オキサロバクター・ホルミゲンスにおけるシュウ酸とギ酸の対向輸送(antiport)は、シュウ酸の脱炭酸と共役し、プロトン駆動勾配(proton-motive gradient)を作出する(Abe et al. (1996) J. Biol. Chem. 271:6789-6793)。本発明者らは、ラクトバチルス・アシドフィルスのゲノムのコンピューター(in silico)解析によっては、推定シュウ酸パーミアーゼ/アンチポーターを同定することができなかったことを考慮し、細胞内へのシュウ酸の特異的な輸送に必要とされる可能性のある候補を同定するための試みとして、マイクロアレイ実験を行った。
オペロンの発現インデューサーとしてのシュウ酸アンモニウムの存在下、不在下で、frcとoxcの酸による誘導を調査した。RTQ−PCR基準に適合するプライマーを、LBA0394、LBA0395(frc)、LBA0396(oxc)、及びLBA0397の遺伝子について設計した。さらに、LBA0394が、胆汁誘導性(bile-inducible)タンパク質(上述)といくらかの相同性を示したので、胆汁塩ヒドロラーゼLBA0872(bsh1)とLBA1078(bsh2)とをコードするNCFMゲノムにおける2つのORFについてのRTQ−PCRプライマーも設計した。
[実施例4]
[実施例5]
ラクトバチルス・アシドフィルスNCFMの全ゲノムマイクロアレイを用いた研究(Azcarate-Peril et al. Appl.Environ.Microbiol.(印刷中))は、弱酸性pHにおける、LBA0395とLBA0396のORFが一貫して誘導されることを示した。これらの遺伝子と、Genbankで入手可能な配列を有する隣接遺伝子との比較分析を行ったところ、ホルミルCoAトランスフェラーゼ(frc)とオキサリルCoAデカルボキシラーゼ(oxc)は、オキサロバクター・ホルミゲンス由来のfrcとoxcとの類似性がきわめて高いことを確認した。ラクトバチルス・アシドフィルスにおいて、frcとoxcは、オペロンを形成しているように思われ、相補鎖にコードされている。RTQ−PCR及びマイクロアレイ実験により、シュウ酸(pH>5.8)が、frcとoxcの発現を直接に誘導したのではなく、酸性条件下において誘導されたことを確認した。しかしながら、ラクトバチルス・アシドフィルスを繰り返して非抑制濃度のシュウ酸アンモニウムを含む培養液に植継ぎし、その後pH5.5にさらしたときには、これらの遺伝子、特にfrcの発現が、飛躍的に増加した。さらに、frcが不活性化され、変異株を酸性のpHにさらしたときは、pH3.5にてシュウ酸に対して、特異的により感受性があることが判明したので、frcがラクトバチルス・アシドフィルスによるシュウ酸の解毒化に関わることが示された。さらに、frc−変異株は、シュウ酸を分解することはできず、シュウ酸分解活性は、23.56%を示した野生型の株よりも顕著に低いものであった。
[実施例6]
配列番号14は、PFAMファミリーPF00582と相同性を有する。PF00582は、普遍的な(universal)ストレスタンパク質のファミリーを含む。このファミリーの代表的なメンバーは、UspA USAP_ECOLI(Sousa et al.(2001)Structure 9:1135-1141)という、細胞質低分子のバクテリアタンパク質であり、細胞がストレス物質にさらされた場合に発現が増加する。UspAは、かかる条件に長期間さらされたときの細胞生存率を高め、一般的な「ストレス耐性(stress endurance)」活性をもたらすことができる。インフルエンザ菌(Haemophilus influenzae)のUspAの結晶構造(Nystrom et al. (1994) Mol Microbiol 11:537-544)は、ATPに結合する、メタノコッカス・ヤンナシ(Metanococcus jannaschii)MJ0577タンパク質のアルファ/ベータフォールド(alpha/beta fold)に類似するアルファ/ベータフォールドを示すが(Zarembinski et al.(1998) Proc Natl Acad Sci USA 95:15189-15193)、UspAは、ATP結合活性を欠いている。
Claims (28)
- 以下のa)〜e)からなる群から選択される単離された核酸分子。
a)配列番号1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、又は29に示されるヌクレオチド配列を含む核酸分子;
b)配列番号1又は3に示されるヌクレオチド配列と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、シュウ酸分解活性を有するポリペプチドをコードする核酸分子、或いは、配列番号5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、又は29に示されるヌクレオチド配列と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、生物活性を有するポリペプチドをコードする核酸分子;
c)配列番号1又は3に示されるヌクレオチド配列のうち、少なくとも50の連続するヌクレオチドを含む核酸分子であって、シュウ酸分解活性を有するポリペプチドをコードする核酸分子、或いは、配列番号5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、又は29に示されるヌクレオチド配列のうち、少なくとも50の連続するヌクレオチドを含む核酸分子であって、生物活性を有するポリペプチドをコードする核酸分子;
d)配列番号2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、27、28、又は30に示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子;及び
e)a)〜d)のいずれかとストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子であって、シュウ酸分解活性を有するポリペプチドをコードする核酸分子 - 請求項1記載の核酸分子を含むことを特徴とするベクター。
- 異種核酸分子を含む細胞であって、異種核酸分子が請求項1記載の核酸分子であることを特徴とする細胞。
- 細胞がバクテリア細胞であることを特徴とする請求項3記載の細胞。
- 以下のa)〜c)からなる群から選択される単離されたポリペプチド。
a)配列番号2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、又は30に示されるアミノ酸配列を含むポリペプチド;
b)配列番号2又は4に示されるアミノ酸配列のうち、少なくとも50の連続するアミノ酸を有する断片を含むポリペプチドであって、シュウ酸分解活性を有するポリペプチド、或いは配列番号6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、又は30に示されるアミノ酸配列のうち、少なくとも50の連続するアミノ酸を有する断片を含むポリペプチドであって、生物活性を有するポリペプチド;及び
c)配列番号2又は4に示されるアミノ酸配列と少なくとも90%の配列同一性を有するポリペプチド、或いは配列番号6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、又は30に示されるアミノ酸配列と少なくとも90%の配列同一性を含むポリペプチド - 請求項5記載のポリペプチドに選択的に結合することを特徴とする抗体。
- 以下のa)及びb)を含むバクテリアであって、
a)以下のi)〜v)からなる群から選択される一番目の核酸分子:
i) 配列番号1に示されるヌクレオチド配列を含む核酸分子;
ii) 配列番号1に示されるヌクレオチド配列と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、前記ヌクレオチド配列がシュウ酸分解活性を有するポリペプチドをコードする核酸分子;
iii)配列番号1に示されるヌクレオチド配列のうち、少なくとも50の連続するヌクレオチドを有する断片を含む核酸分子であって、前記ヌクレオチド配列がシュウ酸分解活性を有するポリペプチドをコードする核酸分子;
iv) 配列番号2に示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子;及び
v)i)〜iv)のいずれかとストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子であって、前記ヌクレオチド配列がシュウ酸分解活性を有するポリペプチドをコードする核酸分子;
b)以下のi)〜v)からなる群から選択される二番目の核酸分子:
i) 配列番号3に示されるヌクレオチド配列を含む核酸分子;
ii) 配列番号3に示されるヌクレオチド配列と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、前記ヌクレオチド配列がシュウ酸分解活性を有するポリペプチドをコードする核酸分子;
iii)配列番号3に示されるヌクレオチド配列のうち、50の連続するヌクレオチドを有する断片を含む核酸分子であって、前記ヌクレオチド配列がシュウ酸分解活性を有するポリペプチドをコードする核酸分子;
iv) 配列番号4に示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子;及び
v)i)〜iv)のいずれかとストリンジェントな条件下で、ハイブリダイズする核酸分子;
前記一番目の核酸分子又は前記二番目の核酸分子のうち少なくとも一つが、バクテリアに対して異種であり、前記一番目の核酸分子又は前記二番目の核酸分子がバクテリアの活性プロモーターに作動可能に連結しているバクテリア。 - 一番目の核酸分子又は二番目の核酸分子の両方が、バクテリア細胞に対して異種であることを特徴とする請求項7記載のバクテリア。
- バクテリアがプロバイオティックバクテリアであることを特徴とする請求項4、7、又は8記載のバクテリア。
- バクテリアが乳酸菌であることを特徴とする請求項4、7、又は8記載のバクテリア。
- 乳酸菌がラクトバチルス・アシドフィルス、ラクトバチルス・ガゼリ、ラクトバチルス・ジョンソニー、及びラクトバチルス・プランタルムからなる群から選択される乳酸菌であることを特徴とする請求項10記載のバクテリア。
- 以下のa)及びb)のステップを含む細胞のシュウ酸分解活性を調節する方法。
a)少なくとも一つの請求項1記載の核酸分子を細胞に導入するステップ;及び
b)核酸分子の発現を可能とする条件下で細胞を培養するステップであって、
前記核酸分子の発現が細胞のシュウ酸分解活性を調節するステップ - 細胞がバクテリア細胞であることを特徴とする請求項12記載の方法。
- 効果的な濃度の請求項4、7、8、9、10又は11記載のバクテリアを、対象に導入することを含むことを特徴とする、対象内でシュウ酸分解を増強させる方法。
- 効果的な濃度の少なくとも一つの請求項5記載のポリペプチドを、対象に導入することを含むことを特徴とする、対象内でシュウ酸分解を増強させる方法。
- ポリペプチドをコードする核酸分子が発現する条件下で、請求項3記載の細胞を培養することを含むポリペプチドを生産する方法であって、前記ポリペプチドが、以下のa)〜c)からなる群から選択される方法。
a)配列番号2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、又は30に示されるアミノ酸配列を含むポリペプチド;
b)配列番号2又は4に示されるアミノ酸配列のうち、少なくとも50の連続するアミノ酸を有する断片を含むポリペプチドであって、シュウ酸分解活性を有するポリペプチド、或いは、配列番号6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、又は30に示されるアミノ酸配列のうち、少なくとも50の連続するアミノ酸を有する断片を含むポリペプチドであって、生物活性を有するポリペプチド;
c)配列番号2又は4に示されるアミノ酸配列と少なくとも90%の配列同一性を有するポリペプチド、或いは配列番号6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、又は30に示されるアミノ酸配列と少なくとも90%の配列同一性を含むポリペプチド - ポリペプチドと選択的に結合する化合物と試料を接触させるステップと、化合物が、試料中のポリペプチドと結合するか否かを判定するステップとを含む、試料中のポリペプチドの存在の有無を検出する方法であって、前記ポリペプチドが、以下のa)〜c)からなる群から選択される方法。
a)配列番号2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、又は30に示されるアミノ酸配列を含むポリペプチド;
b)配列番号2又は4に示されるアミノ酸配列のうち、少なくとも50の連続するアミノ酸を有する断片を含むポリペプチドであって、シュウ酸分解活性を有するポリペプチド、或いは配列番号6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、又は30に示されるアミノ酸配列のうち、少なくとも50の連続するアミノ酸を有する断片を含むポリペプチドであって、生物活性を有するポリペプチド;
c)配列番号2又は4に示されるアミノ酸配列と少なくとも90%の配列同一性を有するポリペプチド、或いは配列番号6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、又は30に示されるアミノ酸配列と少なくとも90%の配列同一性を含むポリペプチド - ポリペプチドに結合する化合物が抗体であることを特徴とする請求項17記載の方法。
- 請求項17記載の方法に使用される化合物と使用説明書とを含むことを特徴とするキット。
- 試料中の、請求項1記載の核酸分子の存在の有無を検出する方法であって、以下のa)及びb)のステップを含む方法。
a)核酸分子に選択的にハイブリダイズする核酸プローブ又はプライマーと試料とを接触させるステップ;と
b)核酸プローブ又はプライマーが、試料中の核酸分子に結合するか否かを判定するステップ - 試料が、mRNA分子を含み、かつ核酸プローブと接触していることを特徴とする請求項20記載の方法。
- 請求項1記載の核酸分子に選択的にハイブリダイズする化合物と使用説明書とを含むことを特徴とするキット。
- バクテリア細胞の機能的特性を改変する方法であって、以下のa)及びb)のステップを含む方法であって、
a)異種ポリペプチド又はその断片をコードするヌクレオチド配列に作用可能に連結している請求項1記載のヌクレオチド配列を含む核酸分子を用いて、バクテリアの細胞を形質転換するステップ;と
b)核酸分子の発現を可能とする条件下でバクテリアの細胞を培養するステップ;
とを含み、
異種ペプチド又はその断片が前記バクテリア上又はバクテリア内で発現し、野生型のバクテリア細胞に存在しない機能を提供する方法。 - バクテリア中でラクトバチルス・アシドフィルス由来の少なくとも一つのポリペプチドを過剰発現させることと、乳製品を発酵させるために前記バクテリアを使用することとを含む発酵乳製品のフレーバーを改変する方法であって、前記ポリペプチドが、以下のa)〜d)からなる群から選択される方法。
a)配列番号2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、又は30に示されるアミノ酸配列を含むポリペプチド;
b)配列番号2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、又は30に示されるアミノ酸配列と少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、生物活性を保持するポリペプチド;
c)配列番号2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、又は30に示されるアミノ酸配列の断片を含むポリペプチドであって、前記断片が生物活性を保持するポリペプチド;及び
d)配列番号1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、又は29に示されるヌクレオチド配列と少なくとも90%の配列同一性を有するヌクレオチド配列によってコードされるポリペプチド - 請求項3、4、7、8、9,10又は11記載の細胞を含むことを特徴とする医薬品組成物。
- 請求項5記載のポリペプチドを含むことを特徴とする医薬品組成物。
- 細胞のシュウ酸分解活性を調節する薬剤を製造するための、請求項25又は26記載の医薬品組成物の使用。
- 細胞のシュウ酸分解活性を調節するための、請求項25又は26記載の医薬品組成物の使用。
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