JP2006221669A - GSK−3βタンパク質の特徴づけおよびその使用方法 - Google Patents
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Abstract
SK3構築物の結晶構造の決定方法、およびGSK3の3次元構造を用いて、GSK3活性によって媒介される種々の疾患状態の処置について可能性のある治療用化合物を同定する方法の提供。
【解決手段】ヒトグリコーゲンシンターゼキナーゼ3(GSK3)の3次元構造、GSK3構築物の結晶、GSK3構築物の結晶形成の方法、G
SK3構築物の結晶構造の決定方法、およびGSK3の3次元構造を用いて、GSK3活性によって媒介される種々の疾患状態の処置について可能性のある治療用化合物を同定する方法。
【選択図】なし
Description
本発明は、以下に関する:ヒトグリコーゲンシンターゼキナーゼ3(GSK3
)の3次元構造、GSK3構築物の結晶、GSK3構築物の結晶形成の方法、G
SK3構築物の結晶構造の決定方法、およびGSK3の3次元構造を用いて、G
SK3活性によって媒介される種々の疾患状態の処置について可能性のある治療
用化合物を同定する方法。
グリコーゲンシンターゼキナーゼ3(GSK3)は、セリン/スレオニンキナ
ーゼであって、これに関しては2つのアイソフォームであるαおよびβが、同定
されている。Woodgett、Trends Biochem.Sci.,1
6:177〜81(1991)。GSKアイソフォームの両方とも、休止してい
る細胞において構成的に活性である。GSK3はもともと、直接リン酸化によっ
てグリコーゲンシンターゼを阻害するキナーゼとして同定された。インスリン活
性化の際、GSK3は不活性化され、それによってグリコーゲンシンターゼの活
性化、および可能性としては他のインスリン依存性事象(例えば、グルコース輸
送)を可能にする。その後、GSK3活性はまた、インスリンのように、レポー
ターチロシンキナーゼ(RTK)を通じてシグナル伝達する他の増殖因子によっ
て不活性化されることが示されている。このようなシグナル伝達分子の例として
は、IGF−1およびEGFが挙げられる。Saitoら、Biochem.J
.、303:27〜31(1994);Welshら、Biochem.J.、
294:625〜29(1993);およびCrossら、Biochem.J
.、303:21〜26(1994)。
に有用である。さらに、GSK3の阻害は、増殖因子シグナル伝達経路の活性化
を模倣し、そして結果としてGSK3インヒビターは、このような経路が十分に
活性でない疾患の処置において有用である。GSK3インヒビターで処置され得
る疾患の例としては、特に、糖尿病、アルツハイマー病、CNS障害(例えば、
双極性障害)、および免疫増強作用関連状態などが挙げられる。
K3の新しいインヒビターの同定は、非常に望ましい。本発明は、GSK3活性
によって媒介される種々の疾患状態の処置のための、可能性のある治療用化合物
を同定するための方法を提供する。本発明の方法は、可能性のある治療用化合物
を同定し、そしてリード治療用化合物の構造を至適化するためのタンパク質の触
媒性ドメインを含む、GSK3構築物の3次元構造を利用する。
(1) GSK3タンパク質の原子モデルを提供する方法であって、
該方法は、以下:
(a)コンピュータ読み取り可能媒体を提供する工程であって、該媒体は、結晶
形態にあるGSK3タンパク質の原子座標/X線回折データを該媒体上に記憶し
ており、該データはGSK3タンパク質の3次元構造をモデル化するのに十分で
ある、工程;
(b)工程(a)からの原子座標/X線回折データを分析し、GSK3タンパク
質の原子モデルを規定するデータ出力を提供する工程;および
(c)該GSK3タンパク質の3次元構造を規定する原子モデル出力データを得
る工程、
を包含する、方法。
(2) 項目1に記載の方法によって生成されるGSK3タンパク
質の原子モデルデータを記憶する、コンピュータ読み取り可能媒体。
(3) 項目1に記載の方法によって生成されたリガンドモデルの
原子モデルの物理学的モデルに対応するGSK3−βリガンド。
(4) GSK3タンパク質に結合するリガンドを設計する方法であ
って、該方法は、表2に提供されるGSK3構築物の原子座標のいくつかまたは
全てを使用する工程を包含する、方法。
(5) GSK3タンパク質に結合するリガンドを設計する方法であ
って、該方法は、以下:
(a)精製されたGSK3タンパク質を提供する工程;
(b)該精製されたGSK3タンパク質を結晶化して、生物学的活性を有する結
晶化されたGSK3タンパク質を提供する工程;
(c)該結晶化されたGSK3タンパク質の構造を、X線結晶解析を使用して解
き、該GSK3タンパク質の3次元構造決定に適切したデータを得る工程;
(d)該結晶化されたGSK3タンパク質の構造を解くことにより生成されたデ
ータをコンピュータアルゴリズムに適用して、該GSK3タンパク質の活性部位
に結合するリガンドを設計する用途に適した該GSK3タンパク質のモデルを生
成する、工程;および
(e)反復プロセスを適用し、これによって、分子構造を該コンピュータで生成
されたモデルに適用し、GSK3結合リガンドを同定する、工程、
を包含する、方法。
(6) 項目5に記載の方法であって、前記タンパク質は表2に示
される原子座標を含む、方法。
(7) 項目5に記載の方法であって、ここで前記タンパク質が配
列番号1で示されるアミノ酸配列またはその活性な変異体もしくは改変体を含む
、方法。
(8) 項目4〜7のいずれか1項に記載の方法によって設計され
る、GSK結合リガンド。
(9) 潜在的なメディエーターとGSK3結合部位との間の結合相
互作用を決定することによって、GSK3メディエーターを同定する方法であっ
て、該結合部位は、表2に示される原子座標の少なくともいくつかの原子座標に
よって規定され、該方法は、以下:
(a)該結合部位によって規定される結合キャビティを、コンピュータスクリー
ン上の生成する工程;
(b)これらの空間構造を有する化合物を生成する工程;および
(c)該化合物がGSK3結合部位に結合するか否かを決定する工程、
を包含する、方法。
(10) GSK3活性を媒介する化合物を同定する方法であって、
該方法は、以下:
(a)GSK3についての潜在的メディエーターを設計する工程であって、該メ
ディエーターは、表2に示される原子構造座標の少なくともいくつかに基づくG
SK3結合部位内のアミノ酸と非共有結合を形成する、工程;
(b)該潜在的メディエーターを得る工程;および
(c)該潜在的メディエーターがGSK3タンパク質の活性を媒介するか否かを
決定する工程、
を包含する、方法。
(11) GSK3活性を媒介する化合物を同定する方法であって、
該方法は、以下:
(a)表2に示される原子座標によって規定されるGSK3の三次元構造を使用
して、潜在的メディエーターを設計または選択する工程;
(b)該潜在的メディエーターを得る工程;および
(c)該潜在的メディエーターとGSK3とを接触させ、該潜在的メディエータ
ーがGSK3の活性を媒介するか否かを決定する工程、
を包含する、方法。
(12) 分子または分子複合体の三次元表示を生成するコンピュー
タであって、ここで、該分子または分子複合体は、表2に提供されるGSK3の
原子座標または該分子もしくは分子複合体のホモログの三次元表示のうち少なく
ともいくつかによって規定される結合ポケットを含み、ここで、該コンピュータ
は以下:
(a)機械読み取り可能データ記憶媒体であって、該媒体は、機械読み取り可能
データでコードされたデータ記憶物を含み、ここで該データは表2に示される原
子座標を含む、記憶媒体;
(b)ワーキングメモリであって、該機械読み取り可能データを処理するための
命令を記憶するためのワーキングメモリ;
(c)該機械読み取り可能データを該三次元表示に処理するための、該ワーキン
グメモリおよび該機械読み取り可能データ記憶媒体に接続された中央演算処理装
置;および
(d)該三次元表示を表示するために該中央演算処理装置に接続されたディスプ
レイ、
を備える、コンピュータ。
(13) 分子または分子複合体のX線回折パターンに対応する原子
座標の少なくとも一部分を決定するためのコンピュータであって、ここで該コン
ピュータは、以下:
(a)機械読み取り可能データ記憶媒体であって、該媒体は、機械読み取り可能
データでコードされたデータ記憶物を含み、ここで該データは表2において示さ
れる原子座標の少なくとも一部分を含む、記憶媒体;
(b)機械読み取り可能データ記憶媒体であって、該媒体は、機械読み取り可能
データでコードされたデータ記憶物を含み、ここで該データは、該分子または分
子複合体のX線回折パターンを含む、記憶媒体;
(c)(a)および(b)の機械読み取り可能データを処理するための命令を記
憶するためのワーキングメモリ;
(d)(a)の該機械読み取り可能データのフーリエ変換を実施するため、およ
び(b)の機械読み取り可能データを構造座標に処理するための、(a)および
(b)の該ワーキングメモリおよび該機械読み取り可能データ記憶媒体に接続さ
れた中央演算処理装置;および
(e)分子または分子複合体の構造座標を表示するために該中央演算処理装置に
接続されたディスプレイ、
を備える、コンピュータ。
(14) ヒトグリコーゲンシンターゼキナーゼ3(GSK3)タン
パク質を結晶化する方法であって、該方法は以下:
(a)精製されたGSK3タンパク質を提供する工程;および
(b)該精製されたGSK3タンパク質を結晶化して、生物学的活性を有する結
晶化されたGSK3タンパク質を提供する工程であって、ここで、該タンパク質
は、約10〜約14重量%のポリエチレングリコール溶液、約9〜約13重量%
の2−メチル−2,4−ペンタンジオールおよび約18〜約22重量%グリセロ
ールを含む、溶液から結晶化され、そして、ここで、結晶化されたGSK3タン
パク質はX線結晶解析を使用して、GSK3タンパク質の三次元構造決定に適し
たX線パターンを得るために解析可能である、工程、
を包含する、方法。
(15) 前記GSK3タンパク質を結晶化する工程がハンギングド
ロップ蒸着拡散法によって結晶化することを包含する、項目14に記載の方法
。
(16) 前記タンパク質が表2に示される原子座標を含む、項目
14に記載の方法。
(17) 前記タンパク質が、配列番号1に示されるアミノ酸配列ま
たはその活性な変異体もしくは改変体を含む、項目14に記載の方法。
(18) 項目14に記載の方法によって提供される結晶化された
GSK3。
(発明の要旨)
本発明に従って、ヒトグリコーゲンシンターゼキナーゼ3(GSK3)の構築
物の3次元構造が提供される。
ヒトグリコーゲンシンターゼキナーゼ3−β(GSK3−β)の構築物の結晶を
提供する。
ためにタンパク質構築物を結晶化する方法が提供される。
において可能性のある治療用化合物の同定のための、GSK構築物の3次元構造
を用いる方法が提供される。
本発明に従って、タンパク質の触媒性キナーゼドメインを含むヒトグリコーゲ
ンシンターゼキナーゼ3−β(GSK3−β)のタンパク質構築物の結晶、この
タンパク質構築物を結晶化する方法、このタンパク質構築物の3次元構造、およ
びGSK3−β活性によって媒介される種々の疾患状態の処置における可能性の
ある治療用化合物の同定のためにこの3次元構造を用いる方法が提供される。
1つの局面において、本発明は、タンパク質の触媒性キナーゼドメインを含む
GSK3−β構築物を含む組成物を提供する。この構築物は、ヒトGSK3−β
の少なくとも残基37〜384を含み、そしてタンパク質のC末端の36アミノ
酸を欠く。この組成物は、X線による回折研究による構造決定のために十分な結
晶性形状である。
活性な変異体または改変体は、GSK3活性によって媒介される種々の疾患状態
の処置において可能性のある治療用化合物を同定するのに有用な3次元構造情報
を提供し得る。
タリスク(星印)は、結晶構造においてみられる第一の残基を示す。以下の構築
物およびさらなる有用な構築物およびそれらの調製物は、同時係属中の米国特許
出願第60/221,242号(2000年7月27日出願)に記載されており
、その開示はその全体が参考としてそして全ての目的のために本明細書に援用さ
れている。
(構築物の精製)。GSK3−β 580 cDNA構築物を保有するバキュ
ロウイルスに感染したSF−9細胞から、GSK3−βタンパク質構築物を抽出
した。このGSK3−βタンパク質構築物を、S−Fractogel、Phe
nyl−650M、およびGlu−tagアフィニティークロマトグラフィーを
用いて明白な均一性まで精製した。次いで精製したタンパク質を結晶化のために
濃縮した。構築物の精製は、実施例1に記載されている。
築物の溶液から形成され得る。構造決定のために適切なGSK3構築物の適切な
結晶を形成するための代表的な方法は、実施例2に記載されている。
によって媒介される種々の疾患状態の処置において可能性のある治療化合物を同
定するのに有用な3次元構造情報を得ることが理解される。
本発明の別の局面において、GSK3タンパク質構築物の3次元構造が提供さ
れる。X線回析データ由来のアミノ酸配列データおよび原子座標を用いて構築物
の3次元構造を決定した。構築物の原子座標を、X線回析および相データの組み
合わせから生成した電子密度マップから算出した。
によって結晶構造が得られ得る。代表的な方法において、X線画像プレートデバ
イスを用いて回析パターンを得た。次いで、分子置換および交差結晶平均技術の
組み合わせによって相データを得た。次いで、電子密度マップを構築し、そして
その構造を解析して分子を構築した。得られた構造を洗練してその構造を確認し
た。最終結果は、GSK3構築物の原子モデルであった。GSK結晶構造を得る
ための代表的な方法は、実施例3に記載されている。
原子座標の表化形式として提供されたGSK3−β構築物の3次元構造を表2
に示す。この表において、「OH2」および「GOL」とは、構造的な水および
グリセロールの分子をいい、そして「TER」とは、ペプチド鎖の末端をいう。
誘導された結晶構築物に基づくGSK3−β構築物の3次元構造は、図1に図
解的に例示されている。この構築物は、N末端ドメインおよびC末端ドメインを
含み、この2つのドメインの間に活性部位が形成されている。このN末端ドメイ
ンは、βバレル(β−barrel)を備える。活性部位領域は、ATP結合部
位、マグネシウム結合/触媒性塩基部位、および基質結合部位を含む。
び基質結合部位を含む)の3次元構造は、図2に図解的に例示されている。この
活性部位は、他のアミノ酸残基のなかでもPro136およびPhe67を含む
。
される種々の疾患状態の処置において効果的な治療用化合物を導くリガンドの合
理的な設計のための基礎が提供され得る。従って、以下に記載するように、リガ
ンドプロフィールを開発するために、そしてGSK3−β活性を媒介するための
薬物の合理的な設計のために、結晶解析データから得た構造的な情報を用い得る
。
、本発明は、GSK3−β活性によって媒介される種々の疾患状態の処置におい
て可能性のある治療用化合物を同定するための方法を提供する。この方法は、G
SK構築物の3次元構造的な表示の使用を包含する。3次元構造的な表示は、以
下の表示であり得る:(a)完全なGSK構築物、(b)GSK構築物を含むG
SK3のフラグメント、または(c)GSK3活性を媒介し得るリガンドと相互
作用するアミノ酸を含むGSK構築物のフラグメント。
される原子座標に基づくかまたはその原子座標に由来する。適切な構造的な表示
は、これらの原子座標から誘導された、3次元モデルおよび分子表面を含む。表
2におけるこの座標は、構造的な水およびグリセロール分子を含む。これらは、
変化し、そして構造的に誘導された他のモデル(それらは、解像度および空間群
に依存性である)には存在さえしないかもしれない。これらの溶媒分子は結晶ご
と結晶に変化する。
て、重原子(すなわち、水素でない)全てについてのx、y、およびz座標のR
MS偏差が、約2.5Å未満、例えば、約2Å未満、好ましくは、約1Å未満、
より好ましくは約0.5Å未満、最も好ましくは0.1Å未満である改変体)は
また、本発明のために用いられ得る。原子の3次元空間関係を保持する座標変換
はまた、適切な改変体を得るために用いられ得る。
ルの基礎として用いられ得る。例えば、相同性モデルは、GSK構築物の構造に
基づき得る。この座標はまた、GSK3のさらなる結晶構造(例えば、新しいリ
ガンドとの共結晶構造)の解像または洗練において用いられ得る。
ューター(例えば、スーパーコンピューター、メインフレームコンピューター、
ミニコンピューター、またはマイクロプロセッサ)のような計算装置(コンピュ
ーターデバイス)でのその後の使用のための媒体に記憶され得る。代表的に、こ
の座標は、磁気媒体または光学媒体のような、大量のデータを保持するのに有用
な媒体(例えば、フロッピー(登録商標)ディスク、ハードディスク、コンパク
トディスク、光磁気媒体(「フロプティカル」ディスク、または磁気テープ)、
または電子媒体(例えば、ランダムアクセスメモリー(RAM)、またはリード
オンリーメモリー(ROM)))に記憶される。この記憶媒体は、コンピュータ
ーに対してローカルであり得るか、またはリモートであり得る(例えば、インタ
ーネットを含む、ネットワーク化された記憶媒体)。コンピューター、記憶媒体
、ネットワーク化、および他のデバイスまたは技術の選択は、構造化学/計算機
化学の分野の当業者に周知である。
提供する。これには、GSK構築物の原子座標および/または3次元構造表示を
含む。原子座標は好ましくは、表2に記される座標またはその改変である。任意
の適切なコンピューターが、本発明において用いられ得る。
から得た構造情報を用いて、GSK3−β活性を媒介する化合物の合理的な設計
に有用であるリガンドプロフィールを開発し得る。リガンドプロフィールは、ア
ポタンパク質について上記のように得られた構造情報を考慮して開発され得る。
このリガンドプロフィールはさらに、結合したリガンドを有するタンパク質のさ
らなる構造の決定によって開発され、そして洗練される。最終的に開発されたリ
ガンドプロフィールは、GSK3−β活性を媒介する可能性のある治療用化合物
を同定する。
との間の形状的な相互作用に基づき得る。形状的な相互作用の評価は、リガンド
のコンホメーション特性の考慮を含み得、これによって、そのリガンドが、リガ
ンド結合部位と適合性の低エネルギーコンホメーションを達成する能力に基づい
てリガンドをランク付けする。形状的な相互作用はまた、リガンドと結合部位と
の間のエンタルピーの相互作用を最大化することを探求し得る。
プロフィールは、専門家による活性な部位の構造の視覚検査によって開発され得
る。このような検査は、結合部位およびリガンド構造の考慮、ならびに化合物デ
ータベース検索を包含し得る。プロフィールの開発はまた、他の類似のタンパク
質との既知のリガンド結合相互作用の考慮と同様に、生物学的データおよび構造
活性関係(SAR)を考慮し得る。
合相互作用を考慮することによって、このリガンドプロフィールは、開発され、
そして結果としてファルマコフォアを規定する。用語「ファルマコフォア」とは
、リガンド活性を担う特定の特徴を示す、化学的特徴および3次元的制約の収集
をいう。ファルマコフォアとしては、他の特徴のなかでも、表面アクセス可能特
徴、水素結合ドナーおよびアクセプター、荷電基/イオン化基、および/または
疎水性パッチが挙げられる。
の薬物設計技術が、GSK3と相互作用してGSK3活性を媒介する化合物を同
定するために、GSK3構築物の構造的表示に適用され得る。種々の適切な技術
が当業者に利用可能である。
めのソフトウェアパッケージとしては、なかでも以下が挙げられる:SYBYL
(Tripos Inc.,http://www/tripos.comから
入手可能);AMBER(Oxford Molecular,http://
www/oxmol.co.uk/から入手可能);CERIUS2(Mole
cular Simulations Inc.,http://www/ms
n.com/から入手可能);INSIGHT II(Molecular S
imulations Inc.,http://www/msn.com/か
ら入手可能);CATALYST(Molecular Simulation
s Inc.,http://www/msn.com/から入手可能);QU
ANTA(Molecular Simulations Inc.,http
://www/msn.com/から入手可能);HYPERCHEM(Hyp
ercube Inc.,http://www/hyper.com/から入
手可能);FIRST DISCOVERY(Schrodinger Inc
.,http://www/schrodinger.com/から入手可能)
;MOE(Chemical Computing Group,http:/
/www/chemcomp.comから入手可能);およびCHEMSITE
(Pyramid Learning,http://www/chemsit
e.org/から入手可能)。
デルワールス接触、静電相互作用、および/または水素結合機会のような特徴を
明らかにし得る。これらの結合表面を用いて、リガンドとGSK3とのドッキン
グをモデル化し、ファルマコフォア仮説に到達し、そして可能性のある治療用化
合物を新たに設計し得る。
アポタンパク質の3次元構造、および詳細にはこのタンパク質の活性部位の構
造によって、活性部位への化合物の適合の決定が可能になる。ファーストドッキ
ングプログラムを利用して、例えば、化合物のデータベース由来の個々の化合物
を、活性部位結合に対して評価し得る。特定の化合物の適合が、評価されそして
記憶され得る。次いで、スコア閾値を設定することによって、仮想スクリーニン
グの解として化合物のファミリーを提供し得る。
元構造を考慮する。第二のレベルでは、仮想スクリーニングは、リガンドプロフ
ィールを考慮し、そして結合したリガンドを有するタンパク質の構造の決定から
得た情報を利用し得る。仮想スクリーニングは、結合したリガンドに対して構造
的な情報が存在しない場合でさえ可能である。
開発し得る。あるいは、仮想スクリーニングの結果が、見込みのある化合物を示
す場合、この化合物が得られ、そして関連する生物学的活性についてスクリーニ
ングされ得る。
て整列されるプロセスをいう。ドッキングは、2つ以上の分子の3次元構造を並
べて、この分子から形成された複合体のコンフォメーションを推定する(例えば
、Blaney&Dixon(1993)Perspectives in D
rug Discovery and Design 1:301を参照のこと
)。本発明の実施において、分子を、GSK3構築物構造とドッキングして、そ
の分子がGSK3と相互作用する能力を評価する。
作用のエネルギーを最小化することのいずれかによって、達成され得る。幾何学
的な適合アルゴリズムは、その相対的な速度のおかげで好ましい。
に基づく原型的なプログラムであるDOCK(Kuntzら(1982)J.M
ol.Biol.161:269〜288、UCSFから入手可能);AUTO
DOCK(Goodsell&Olson(1990)Proteins:St
ructure,Function and Genetics 8:195〜
202、そしてOxford Molecular,http://www/o
xmol.co.uk/から入手可能)(これは、格子に基づくMonte C
arloのシミュレーションされたアニーリングを用いて、可撓性の様式でリガ
ンドをレセプターにドッキングする)。AUTODOCK手順の可撓性の性質は
、ユーザーの検索者によって導入されたバイアス(例えば、活性部位におけるリ
ガンドの方向およびコンフォメーションにおいて)を回避することを補助する(
Meyerら(1995)Persp.Drug Disc.3:168〜95
)。なぜなら、格子ドッキングにおける出発コンフォメーションは通常、このリ
ガンドの最小エネルギーコンフォメーションに向かって偏向されているが、この
結合コンフォメーションは、コンフォメーションエネルギーが比較的高くあり得
るからである(Nicklausら(1995)Bioorganic & M
edicinal Chemistry 3:411)。
OCK(Chemical Computing Group Inc.,ht
tp://www/chemcomp.comから入手可能)(MOE−DOC
Kでは、シミュレーションされたアニーリング検索アルゴリズムを用いてリガン
ドを可撓性にドッキングし、そして格子に基づくエネルギー評価を用いてドッキ
ングじたコンフォメーションをスコア付けする);FLExX(Tripos
Inc.,http://www/tripos.comから入手可能)(FL
ExXは、コンフォメーション的に可撓性のリガンドを、結合部位でこのリガン
ドを構築する増分構築アルゴリズムを用いてこの結合部位にドッキングし、そし
てリガンドレセプター相互作用の強度に基づいてドッキングされたコンフォメー
ションをスコア付けする);GOLD(Jonesら(1997)J.Mol.
Biol.267:727〜748)(リガンド全体および部分的なタンパク質
可撓性を用いる、可撓性のリガンドドッキングのための遺伝子アルゴリズムであ
り、GOLDでは、エネルギー関数は部分的に、コンフォメーションおよび結合
していない接触情報に基づく);AFFINITY(Molecular Si
mulations Inc.,http://www/msn.com/から
入手可能)(AFFINITYは、リガンドをドッキングさせるために2工程の
プロセスを用いる:第一に、このレセプター内のリガンドの最初の配置は、コン
フォメーション的な空間およびデカルト空間(Cartesian space
)の両方を検索するためのモンテカルロ方手順を用いてなされる;そして第二に
、シミュレーションされたアニーリング相が、この相の間、各リガンド配置の位
置を最適にする。AFFINITYは、結合部位の原子およびリガンド原子が可
動であるままで、レセプターの「バルク」(結合部位にない原子)を剛直に保持
する);C2LigandFit(Molecular Simulation
s Inc.,http://www/msn.com/から入手可能)(これ
は、最適な結合様式を自動的に見出すためにリガンド−レセプター複合体のエネ
ルギーを用い、そして確率論的コンフォメーション検索技術を用いて、保持され
たコンフォメーションサンプリングから最適の結果を得る)。格子方法を用いて
、リガンドレセプターと可撓性リガンド原子との間の結合していない相互作用を
評価する。DOCKIT(Metaphorics LLCから入手可能)は、
高速(ファースト)(fast)可撓性リガンドドッキングのディスタンスジオ
メトリーを使用する。GLIDE(Schrodinger Inc.から入手
可能)は、事前計算したエネルギー格子、および可撓性ドッキングのため能率的
に切り詰められた組織的検索を使用する。
。ここでは、可能性のあるリガンドの大きい構造的ライブラリーのメンバーが、
レセプター構造に対してスクリーニングされる(Martin(1992)J.
Med.Chem.35:2145〜54)。
able Chemical Directory,form MDL Inc
.)、AsInEx、Bionet、ComGenex、the Derwen
t World Drug Index(WDI)、the Contact
Service Company database、LaboTest、Ch
emBridge Express Pick,ChemStar,BioBy
teMasterFile,Orion,SALOR,TRIAD,ILIAD
,the National Cancer Institute datab
ase(NCI)、およびthe Aldrich,Fluka,Sigman
and Mabridge catalogs。これらは市販されている(例
えば、Oxford Molecularからのthe HTS Chemic
als collection、またはTriposからのthe LeadQ
uestTM files)。
特徴のなかでも、表面アクセス可能な特徴、水素結合ドナーおよびアクセプター
、荷電基/イオン化基、および/または疎水性パッチを含むGSK3構築物につ
いて規定され得る。これらの特徴は、活性を供与するのにおけるそれらの相対的
な重要度に依存して重み付けされ得る(例えば、Computer−Assis
ted Lead Finding and Optimization(Te
stra & Folkers編,1997)を参照のこと)。
tions Inc.のhttp://www/msn.com/から入手可能
、HypoGenまたはHipHopを含む)、CERIUS2のようなソフト
ウェアを用いて決定され得るか、またはリード化合物の既知のコンフォメーショ
ンから手動で構築され得る。ファルマコフォアは、CATALYSTのようなプ
ログラムを用いて、構造的なライブラリーをスクリーニングするために用いられ
得る。CLIXプログラム(Davic & Lawrence(1992)P
roteins 12:31〜41)も用いられ得る。CLIXプログラムは、
レセプターと相互作用する化学基との最大空間一致を生じる構造的データベース
において候補分子の配向を検索する。DISCOプログラム(Triposから
入手可能)は、各構造における共通のファルマコフォア的な特徴を同定するため
の集団(clique)検出の方法を使用し、最適に整列された構造を生じ、そ
してこのファルマコフォアの重要な構造を抽出する。GASPプログラム(Tr
iposから入手可能)は、遺伝子アルゴリズムを使用して、コンフォメーショ
ン的な可撓性を有するファルマコフォアを自動的に見出す。
を用いて、官能基(例えば、水素、ヒドロキシル基、アミノ基、酸性基、疎水性
基、および/または二価陽イオン)または低分子フラグメントの好ましい相互作
用位置をマップし得る。次いで、関連する官能基がGSK3と相互作用するよう
に正しい空間的位置に配置されている化合物が、デノボ設計され得る。
位を相互作用し得る)が同定されれば、それらは、好ましい配向で官能基を支持
し得る、正しいサイズおよび幾何学またはフレームワークを有する、いずれかの
架橋フラグメントを用いて単一の化合物に連結され得、それによって本発明の化
合物が提供される。この方法における官能基の連結は、おそらくQUANTAま
たはSYBYLのようなソフトウェアの補助によって手動で行われ得るが、自動
化されたかまたは半自動化されたデノボ設計アプローチもまた用いられ得る。
Gehlhaarら(1995)J.Med.Chem.38:466〜72)
(これは、一般的な原子の最密配列を有するレセプター結合部位を満たし、そし
てモンテカルロ手順を使用して原子の種、位置、結合の並びおよび他の特性を無
作為に変化させる);MCSS/HOOK(Caflishら(1993)J.
Med.Chem.36:2142〜67;Eisenら(1994)Prot
eins:Str.Funct.Genet.19:199〜221;これはM
olecular Simulations Inc.,http://www
/msn.comから入手可能である)(これは、複数の官能基をデータベース
由来の分子鋳型と結合させる);LUDI(Bohm(1992)J.Comp
.Aided Molec.Design 6:61〜78、これはMolec
ular Simulations Inc.,http://www/msn
.comから入手可能である)(これは、リガンドによって理想的に充填された
相互作用点を計算し、このレセプターと相互作用する能力に基づいてこの結合部
位にフラグメントを置き、次いで、これらリガンドを生成するように結合する)
;GROW(MoonおよびHowe(1991)Proteins:Str.
Funct.Genet.11:314〜328)(これは初期の「シード(s
eed)」フラグメントから開始し(手動または自動で位置が決められる)、そ
してこのリガンドを外側に伸ばす);SPROUT(これは、http://c
hem.leeds.ac.uk/ICAMS/SPROUT.htmlにて入
手可能である)(これは、結合ポケット内の好ましい水素結合および疎水性領域
を同定するための分子(HIPPOモジュール)を含み、官能基を選択し、そし
て標的部位内でのそれらに位置を決定し、構造生成のための初期フラグメント(
EleFanT)を形成し、開始フラグメント上にスペーサーフラグメントを構
築し、次いでこの得られた部分骨格(SPIDeR)を結合することによってこ
の結合ポケットの立体拘束を満たす骨格を生成し、骨格内にヘテロ原子を置換し
て、このレセプター部位の静電特性に対して補完的な静電特性を有する分子を生
成し(MARABOU)、そしてこの溶液をクラスター化し得、そしてALLi
gaTORモジュールを使用してスコア付けし得る);LEAPFROG(これ
は、Tripos Inc.、http://www/tripos.comか
ら入手可能である)(これは、小さなステップによって構造変化を行い、そして
迅速にコ新規の化合物の結合エネルギーを評価することによってリガンドを評価
し、変化する結合エネルギーに基づいて変化を維持または破棄し、そしてこのレ
セプターと相互作用エネルギーを上清する構造を含める);GROUPBUIL
D(Rorsteinら(1993)J.Med.Chem.36:1700)
(これは、共通する有機鋳型のライブラリーおよびリガンドとレセプターとの間
の非結合性相互作用の完全に経験的な力場記述を使用し、化学的に合理的な構造
を有し、そしてレセプター結合部位に補完的な立体特性および静電的特性を有す
るリガンドを構築する);CAVEAT(LauriおよびBartlett(
1994)Comp.Aided Mol.Design 8:51〜66)(
これは、非環状分子を拘束するための結合単位を設計する);およびRASSE
(Lai)(1996)J.Chem.Inf.Comput.Sci 36:
1187〜1194)。
構造に基づいた設計サイクルを開始するほとんどのリード化合物は、ハイスル
ープットスクリーニングによって同定される。ハイスループットスクリーニング
およびリガンドプロファイルおよび上記の仮想スクリーニングの結果として、適
切な形状を取り、そしてこのタンパク質の活性部位に結合するのに必要不可欠な
コンフォメーションエネルギーを有するリガンドが同定される。低いコンフォメ
ーションエネルギーおよびアポタンパク質活性部位との空間適合性を有すること
に加え、この同定したリガンドは、好ましくは合成的に利用可能である。次いで
、この同定されたリガンドが得られ(例えば、市販されているかまたは合成され
)、そして生物学的活性についてスクリーニングされる。この同定されたリガン
ドはまた、このタンパク質構築物とともに共結晶を形成し、そしてこの三次元構
造は結合したリガンドを有するタンパク質について決定される。結合したリガン
ドを伴うタンパク質の構造から得られた情報を、次いで、使用してさらに上記の
ようなリガンドのプロファイルを開発する。
ーニング法は、公知であり、そしてこのようなスクリーニング法としては、例え
ば、米国特許出願番号60/193,043(2000年3月29日出願)に示
されるようなスクリーニングが挙げられ、そしてこれは明確に本明細書中で参考
として全体が援用される。
(GSK3結晶構造を使用する合理的な薬物発見のための方法)
別の局面において、本発明は、GSK3結晶構造、特にGSK3構築物の活性
部位の三次元構造を使用するための方法を提供し、GSK3−βに結合するため
かまたはGSK3−βの活性を媒介するためのリガンドを設計する。
基づいた方法である。代表的な方法は、図3に示すフローチャートによって示さ
れる。図3を参照すると、このアポタンパク質および結合したリガンドファンド
を伴うタンパク質の結晶構造は、それぞれ、工程102および工程104におい
て決定される。工程102および工程104から得られる構造情報から、リガン
ドプロファイルが工程106で開発される。リガンドプロファイルはまた、この
アポタンパク質の結晶構造から直接的に開発される。得られたプロファイルを使
用すると、新規のリガンドが設計され、そして/また得られ、生物学的活性につ
いてスクリーニングされ、そして/または工程108でタンパク質と共に共結晶
化されるか、あるいは、このリガンドプロファイルは、工程110の仮想スクリ
ーン中で使用され得る。開発されたプロファイルから得られたリガンドが今日結
晶化された場合、この共結晶の構造は工程104において決定され、そしてこの
得られた構造情報を使用してさらに工程106のリガンドプロファイルが開発さ
れる。このリガンドプロファイルを工程110の仮想スクリーン中で使用した場
合、この仮想スクリーンは首尾良いか、または得られ得る1以上のリガンドを同
定し、スクリーニングし、そして/または、工程108で共結晶化される。仮想
スクリーンが適切なリガンドの同定において不成功であった場合、このリガンド
プロファイルはさらに工程106で開発される。
的スクリーニングから同定される。リード化合物を同定するための代表的な方法
は、図4で示したフローチャートに示される。図4を参照すると、アポタンパク
質および結合したリガンドを伴うタンパク質の結晶構造は、それぞれ、工程20
2および工程204において使用される。工程202および工程204から得ら
れた構造情報から、リガンドプロファイルが工程206で開発される。リガンド
プロファイルはまた、アポタンパク質の結晶構造から直接的に開発される。得ら
れたプロファイルから、新規のリガンドが工程208において設計され、そして
/またはこのリガンドが得られ、そして工程210において生物学的活性につい
てスクリーニングされるか、かつ/または工程212においてこのタンパク質と
共結晶化されるのかのいずれかである。生物学的スクリーニングが成功した場合
、リード化合物は、工程214において同定され得る。続く反復において、この
リード化合物は工程212において結晶化され、そしてこの新規の薬物候補が同
定されるまで反復が継続する。生物学的スクリーニングが成功しなかった場合、
その情報を使用して、工程206においてさらにリガンドプロファイルを開発す
る。りこのリガンドが共結晶化された場合、この共結晶の構造は、工程204で
決定され、そしてこの構造情報は、工程206におけるリガンドプロファイルの
さらなる開発に使用される。
おいて使用し得る。この仮想スクリーンが成功して、かつ1以上のリガンドを同
定した場合、このリガンドは、工程208において得られ、そして工程210に
てスクリーニングされて、この生物学的活性およびこのリード化合物が同定され
たか否かを決定する。工程208で得られたリガンドはまた、工程212におい
て共結晶化され、そしてこの構造が決定され、そして得られた情報を使用してリ
ガンドプロファイルをさらに開発する。仮想スクリーンが適切なリガンドを同定
することにおいて不成功に終った場合、このリガンドプロファイルは、さらに工
程206で開発される。
本発明の方法は、GSK3と相互作用し得るリガンドを同定する。これらの化
合物は、デノボ設計され得るか、そしてこれらの化合物は既知の化合物であり得
るか、また既知の化合物に基づき得る。これらの化合物は、それ自体で有用な医
薬であり得るか、またはこれは、結合親和性または他の薬学的に重要な特徴(例
えば、セバイオアベイラビリティ、毒物学、代謝、薬力学)を改善するために、
さらなる薬学的な精製について使用され得るプロトタイプ(すなわち、リード化
合物)であり得る。
を使用して同定される化合物;(2)医薬としての用途のための本発明の方法を
使用して同定される化合物;(3)GSK3活性を媒介するための医薬品の製造
において本発明の方法を使用して同定される化合物の使用;および(4)GSK
3活性によって媒介される状態に罹患した患者を処置する方法であって、この方
法は、GSK3活性を媒介するために有効な本発明の方法を使用して同定される
化合物の量を投与する工程を包含する。
の範囲またはそれより強い範囲で結合拘束を伴いGSK3と相互作用する。
たリガンドをまた使用して、従来のインビトロまたはインビボスクリーニング方
法についての化合物のライブライブラリーを示唆し得る。このリガンドにおける
重要な薬学的なモチーフが同定され得、そしてGSK3結合活性についてのスク
リーニングのために化合物ライブラリー(例えば、コンビナトリアルライブライ
ブラリー)で模倣され得る。
り良く理解し得る。
(実施例1)
(GSK3−β構築物の精製)
本実施例において、GSK3−βタンパク質構築物の精製を記載する。この構
築物を、GSK3−β 580 cDNA構築物を保有するバキュロウイルスで
感染させたSF−9細胞から抽出し、そして以下に記載されるようにこれをS−
Fractogelクロマトグラフィー、Phenyl−650 Mクロマトグ
ラフィーおよびGlu−tag親和性クロマトグラフィーを使用して一様になる
まで精製した。
感染したSF−9細胞の20L発酵由来の細胞ペーストを、100mL PB
S(10mM NaPi,pH7.5,150mM NaCl)で洗浄し、次い
で、300mLの緩衝液H(20mM Tris、pH7.5、1mMタングス
テン、1mM ヒ酸塩50mM DTT、10μg/mLロイペプチン、1μg
/mLペプスタチンA、10%グリセロール、0.35%オクチルグリコシド、
1mM Mg2+)で、再懸濁した。細胞を100mLのDouncer中でホ
モジェナイズ(pestel Bを用いて20ストローク)した。合わせたホモ
ジネートを、35分間、40,000rpmにて、Ti45ローターで遠心分離
し、細胞の破片および核を取り出した。この遠心分離による上清を注意深くデカ
ンティングし、0.45μフィルターを通して濾過した。
175mLのS−fractogel(EM Science,カタログ番号
18882)を、5cm×8.9cmカラムに詰め、そして5カラム容量の緩衝
液A(20mM Tris,pH7.5,10%グリセロール)で平衡化した。
この濾過した上清を充填する前に、50mM DTTを含有する1カラム容量の
緩衝液Aを、平衡化したカラムに通過させた。上述の工程の濾液を、次いで、2
0mL/分でカラムに充填した。このカラムを50mM DTTを含有する3カ
ラム容量の緩衝液Aおよび2カラム容量の緩衝液Aで洗浄し、次いで20カラム
容量を超える緩衝液A中で0〜1M NaClの線形勾配を使用して溶出した。
この溶出物を20mLの画分に分配した。GSK3を含有する画分を抗GSK抗
体(Santa Cruz Biotech,カタログ番号SC−7291)を
使用するウェスタンブロットで検出した。このウェスタンブロット陽性画分を、
プールしそして等量の緩衝液M(20mM Tris,pH7.5,10%グリ
セロール,3.1M NaCl)と混合し、そして0.45μフィルターを介し
て濾過した。この濾液をPhenyl−650 Mクロマトグラフィーに使用し
た。
37.5mLのPhenyl−650 M(Tosohass,カタログ番号
0 14943)を2.2×10cmカラムに充填し、そして5カラム容量の緩
衝液C(20mM Tris,pH7.5,10%グリセロール,1.6M N
aCl)で平衡化した。S−fractogel工程からの濾液を7.5mL/
分でこのカラムに充填した。この充填が完了した後に、このカラムを5カラム容
量の緩衝液Cで洗浄し、そして20カラム容量にわたって0%〜100%の緩衝
液A(20mM Tris,pH7.5,10%グリセロール)の線形勾配を使
用して溶出した。画分を、各々15mLで回収して、GSK含有画分は、抗GS
K抗体を使用してウェスタンブロットによって検出した。このウェスタン陽性画
分を、プールし、そしてGlu−tag抗体親和性カラムに充填した。
50mgのGlu−tag抗体を、28mLのAffi−Gel 10(Bi
oRAD,カタログ番号153−6046)上に固定し、そしてこれを2.2×
6.5cmカラムに充填した。このカラムを5カラム容量の緩衝液D(20mM
Tris,pH7.5,20%グリセロール,0.3M NaCl,0.2%
オクチルグルコシド)で平衡化して、そしてPhenyl−650 M工程か
らの画分プールを、2.8mL/分で充填した。この充填が完了した後に、カラ
ムを5カラム容量の緩衝液Dで洗浄し、次いで、緩衝液D中の100mLのGl
u−tagペプチド(100μg/mL)で溶出して、そして4mL画分に画分
化した。GSK含有画分をSDS−PAGEおよびクマシーブルー染色を用いて
検出した。これらの画分をプールし、濃縮し、そ濃縮し、そして10 k MW
CO YM10メンブレンを使用してAmicon concentrator
中で約4.8mg/mLまで緩衝液Dにダイアフィルトレーションした。この濃
縮された分子を、次いで、結晶化のために投入した。
(GSK3−β構築物の結晶化)
本実施例において、GSK3−βタンパク質構築物の結晶化を記載する。結晶
化プロトコルは、4.8mg/mlの濃度でGSK3−βを使用し、そして1X
TBS緩衝液、0.3M NaCl、20%グリセロール、0.2%オクチル
グルコピラノシド、5mM DTTを含有する溶液中にある。この結晶を、ハン
ギングドロップ法(hanging drop method)を使用して拡散
蒸着によって成長させた。簡潔には、24−ウェルのリンブロ(linbro)
培養プレートの各ウェルを、10%ポリエチレングリコール6000(PEG
6000)、5%2−メチル−2,4−ペンタンジオール(MPD)、0.1M
HEPES(pH7.5)を含有する0.5mLの溶液で満たした。3μLの
タンパク質溶液を次いでガラスカバースリップ上の液滴の3μLのウェル溶液と
混合する。このカバースリップを、次いで、このウェルのリザーバー上に置いた
。このプレートを、次いで、4℃で保管する。結晶は、3〜30日間で50〜9
0%のウェルで現れる。
の両方において分散を示し、しばしば、化合物を浸している間の空間群の遷移が
示され、状態の僅かな変化にも応答する。3つの空間群が、GSK3結晶中にて
同定され、以下のように示される。全ての空間群の中でこの空間群の寸法および
空間群C2における角βはしばしば、個々の結晶の間で10%を超えて変化する
。この空間群および寸法は以下のとおりである。C222(1)は、最も一般的
な空間群であり、これにC2、次いでP222(1)が続く。C2は、化合物を
結晶に浸したときのみに見られる。
4 α=90 β=90 γ=90
C2:a=102.366 b=89.598 c=110.438 α=9
0 β=96.983 γ=90
P222(1):a=86.328 b=103.061 c=102.84
6 α=90 β=90 γ=90
12%PEG 6000、11%MPD、0.1M HEPES pH7.5
、20%グリセロールからなる冷却液体中でのデータ収集のために、この結晶の
凍結を防止し得る。この冷却溶液は、約10〜約14重量%のポリエチレングリ
コール(PEG 6000)、約9〜約13重量%の2−メチル−2,4−ペン
タンジオール(MPD)、および約18〜約22重量%のグリセロールを含み得
る。この冷却溶液は、約7.3〜約7.7のpHを有する。
(GSK3−β構築物の結晶構造の解明)
本実施例において、GSK3−βタンパク質構築物の結晶構造を解く代表的な
方法を記載した。
ment)および交差結晶平均化(cross−crystal averag
ing)を組合わせて用いて解いた。C222(1)結晶に対する分子置換の解
は、GSK3−β(残基53−352を含む)のホモロジーモデリングおよびプ
ログラムEPMR[CR Kissinger,DK Gehlhaar,an
d DB Fogel.Rapid automated molecular
replacement by evolutionary search
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr.
1999 Feb;55(Pt2):484−91]を使用して得た。このホモ
ロジーモデリングはリン酸化形態のCDK2(PDB登録コード1JST)を鋳
型として使用して構築した。この初期分子置換解は、53.9%のR因子を有す
るモデルを与えた。次いで、このモデルを数ラウンドの精緻化マクロサイクル(
refinement macrocycle)を介して処理した。代表的な精
緻化マクロサイクルは、100〜200ラウンドの共役勾配最小化法、ねじれま
たは古典力学(Cartesian dynamics)のいずれかを使用した
シミュレーティッドアニーリングおよびグループ化されたかまたは個々の温度因
子計算からなる。全ての精緻手順を、プログラムCNX(Molecular
Simulation,Inc.)を使用して実行した。この後に、プログラム
O(DATAONO AB)を使用する、新しい電子密度マップの計算およびこ
れらのマップ中のいくつかの特徴に基づいたモデルの手動による再構築が続く。
データのC222(1)セットにおける30Å〜2.8Åからなる全てのデータ
を使用した。精緻化の数多くのマクロサイクルに関わらず、このモデルを35%
のR因子(フリーR因子0.41)よりも改善することは不可能である。正確で
ない構造に対するこの偏りは、高分解能データの欠如および精緻化における測定
可能なデータに対するパラメータの低比率に起因する。
averaging)を使用して初期の分子置換の解によって提供される位相の
改善を行った。交差結晶平均化において、この構造の2以上の別個の「描像(v
iew)」が、多くの異なった単位格子の寸法および/または空間群の結晶から
得られた。これらの描像の電子密度は、次いで、平均化されそして、電子密度の
フーリエ再構築および別個の結晶の各々の実際の電子密度の改善された描像のた
めのより正確な位相を提供する。交差結晶平均化について、C222(1)の結
晶データセットおよびC2結晶データセット(GSK3結晶を1〜3mMの化合
物1(以下に例示する)を浸すことから得られる)を使用した。このC2結晶形
態について、部分的に精緻化したGSK3−βモデルを使用して2つの分子置換
解を得た;これらの解は2分子のGSK3−βをC2単位格子の非対称単位に示
す。次いで、C222(1)結晶形態の分子とC2結晶の分子との間の実数空間
変換(real−space transform)を、計算した。この後に、
このC222(1)結晶形態における精緻マクロサイクルにわたる10構造のア
ンサンブルからえられた位相および成績の指標(figures−of−mer
it)を、プログラムDMMULTI[K.Cowtan.Joint CCP
4 and ESF−EACBM Newsletter on Protei
n Crystallography 1994; 31,pp 34−38]
を使用して、C2結晶から得られたデータに対して平均化し、そして、全てのデ
ータは2.7Åであった。100サイクルの平均化、溶媒の平坦化(solve
nt−flattening)、およびヒストグラムマッチングを実施した。こ
の後に、改善した電子密度を計算し、そしてこのモデルを再構築し、その後別の
精緻マクロサイクル、および別のラウンドの結晶平均化を行った。合計5回の平
均化/精緻化サイクルを実施した。2〜5のサイクルにおいて、主要な誤差をC
222(l)モデルにおいて見いだし、そして、修正し、そしてこの高分子の残
りの部分(残基37−384)を構築した。この最終的なC222(l)結晶構
造は、生物学的に関連のある分子、79の水および1つの推定される塩化物イオ
ンからなり、そしてこの結晶は30Å〜2.7Åのデータを使用して22.46
%のR因子および28.22%のフリーR因子を有する。
C222(1)結晶構造の精緻化の完了の後に、得られたモデルと原子置換を
使用して、2つの浸した化合物のC2結晶およびP222(1)におけるこの分
子の位置および構造を決定した。現在の最良のGSK3−β構造は、化合物2(
以下に例示する)を浸した間に得られたP222(1)結晶形態由来であり、こ
れは2.2Åで回折する。この構造は、非対象単位にある生物学的に関連する高
分子の2つのコピー、336個の水、6個のグリセロールからなり;この構造は
、30Å〜2.2Åのデータを使用して26.2%のR因子および30.8%の
フリーR因子を有している。化合物2は、活性部位において観察するために十分
に高い占有率に達していない。
このアプローチを使用して、このときの利用可能なデータの収集の容易さの限
定された性質に起因する構造を決定した。より通常の方法(単一/複数の同形置
換もしくはMAD位相化単独かまたは分子置換と組み合わせて)が同様に使用さ
れてきた。これらの方法および他の結晶学的な原理の詳細はB.K.Shoic
hetおよびD.E.Bussiere,The role of macro
molecular crystallography and struct
ure for drug discovery:advance and c
aveats Current Opinion in Drug Disco
very & Development 2000;3(4)408〜422に
見出される。
本明細書中で本発明の精神および範囲から逸脱することなしになされ得ることが
理解される。
考慮した場合、以下の詳細な説明を参照することによって、さらに容易に理解さ
れる。
Claims (1)
- GSK3タンパク質の原子モデルデータを記憶する、コンピュータ読み取り可能媒体であって、該モデルデータが、
(a)コンピュータ読み取り可能媒体を提供する工程であって、該媒体は、結晶
形態にあるGSK3タンパク質の原子座標/X線回折データを該媒体上に記憶し
ており、該データはGSK3タンパク質の3次元構造をモデル化するのに十分で
ある、工程;
(b)工程(a)からの原子座標/X線回折データを分析し、GSK3タンパク
質の原子モデルを規定するデータ出力を提供する工程;および
(c)該GSK3タンパク質の3次元構造を規定する原子モデル出力データを得
る工程、
を包含する、方法によって、生成される、コンピュータ読み取り可能媒体。
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