JP2005524403A - B型肝炎ウイルスの核酸の検出および定量のためのポリヌクレオチド - Google Patents
B型肝炎ウイルスの核酸の検出および定量のためのポリヌクレオチド Download PDFInfo
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Abstract
Description
a)ハイブリッド形成条件下で、当該試験サンプルを、請求項1に記載のポリヌクレオチドの少なくとも一つと接触させる段階;および
b)当該ポリヌクレオチドとHBVの標的核酸配列との間のハイブリッド形成を検出する段階、
を含こ、ここで、ハイブリッド形成の存在は当該試験サンプルにおけるHBV核酸を表す、前記方法が提供される。
a)請求項1または2に記載のポリヌクレオチドの組み合わせの少なくとも一つ、核酸増幅用試薬、および試験サンプルを含む反応混合物を作製する段階;ならびに
b)当該混合物を増幅条件下に置き、当該HBVの標的核酸配列の少なくとも一つのコピーを生み出す段階、
を含む方法が提供される。
a)請求項1または2に記載のポリヌクレオチドの組み合わせの少なくとも一つ、核酸増幅用試薬、および試験サンプルを含む反応混合物を作製する段階;
b)当該混合物を増幅条件下に置き、当該HBVの標的核酸配列の少なくとも一つのコピーを生み出す段階;
c)ハイブリッド形成条件下で、当該標的核酸配列の少なくとも一つのコピーを、請求項1に記載のポリヌクレオチドからなるプローブの少なくとも一つと接触させて、プローブ:標的ハイブリッドを形成させる段階、ここで、前記プローブは、i)段階aにおいて使用されたポリヌクレオチドとは異なるように、およびii)当該標的核酸のある領域と相補的であるように選択されるものであり;ならびに
d)プローブ:標的ハイブリッドを検出する段階、
を含み、ここで、前記ハイブリッドの存在が当該試験サンプルにおけるHBV核酸の存在の指標である前記方法が提供される。
a)請求項1または3に記載のポリヌクレオチドの少なくとも一つの組み合せ、核酸増幅試薬および試験サンプルを含む反応混合物を作製する段階、ここで、前記組み合せはポリヌクレオチドプライマーおよび少なくとも一つのプリヌクレオチドプローブからなり;
b)前記混合物を増幅条件下に置き、前記標的核酸配列の少なくとも一つのコピーを生み出す段階;
c)前記ポリヌクレオチドプローブを前記標的核酸配列とハイブリッド形成させて、プローブ:標的ハイブリッドを形成させる段階;ならびに
d)前記プローブ:標的ハイブリッドを検出する段階、
を含み、ここで、前記プローブ:標的ハイブリッドの存在が当該試験サンプルにおけるB型肝炎ウイルスの核酸の存在の指標である、前記方法が提供される。
a)請求項1または3に記載のポリヌクレオチドの少なくとも一つの組み合せ、核酸増幅試薬および試験サンプルを含む反応混合物を作製する段階、ここで、前記組み合せはポリヌクレオチドプライマーおよび少なくとも一つのプリヌクレオチドプローブからなり;
b)前記該混合物を増幅条件下に置き、前記標的核酸配列の少なくとも一つのコピーを生み出す段階;
c)前記ポリヌクレオチドプローブを前記標的核酸配列とハイブリッド形成させて、プローブ:標的ハイブリッドを形成させる段階;
d)前記プローブ:標的ハイブリッドを検出する段階;ならびに
e)プローブ:標的ハイブリッドの量を標準と比較する段階、
を含み、ここで、プローブ:標的ハイブリッドの量を標準と比較することによって、試験サンプルにおけるHBV核酸の存在量の指標を提供する、前記方法が提供される。
a)当該被験者から血漿の試験サンプルまたは血清の試験サンプルを調製する段階;
b)請求項1または3に記載のポリヌクレオチドの少なくとも一つの組み合せ、核酸増幅試薬および試験サンプルを含む反応混合物を作製する段階、ここで、前記組み合せはポリヌクレオチドプライマーおよび少なくとも一つのプリヌクレオチドプローブからなり;
c)前記混合物を増幅条件下に置き、前記標的核酸配列の少なくとも一つのコピーを生み出す段階;
d)前記ポリヌクレオチドプローブを前記標的核酸配列とハイブリッド形成させて、プローブ:標的ハイブリッドを形成させる段階;
e)前記プローブ:標的ハイブリッドを検出する段階;ならびに
f)プローブ:標的ハイブリッドの量を標準と比較する段階、
を含み、ここで、前記プローブ:標的ハイブリッドの量を標準と比較することによって、試験サンプルにおけるHBV核酸の存在量の指標を提供する、前記方法が提供される。
本発明は、それぞれのポリヌクレオチドが、B型肝炎ウイルス(HBV)のすべての遺伝子型に由来する核酸と特異的にハイブリッド形成することができるポリヌクレオチドを提供する。
他に定義されていない限り、本明細書で使用されるすべての技術用語および科学用語は、当業者によって一般的に理解されている意味と同じ意味である。
HBV感染の過程において、公知の血清マーカー(血清マーカーは、従来の免疫測定法によって検出され、および現在の診断テストの基礎を提供する)の出現よりも前に血清においてHBV核酸が存在する。従って、被験者の血清または血漿においてHBV核酸を検出することによって、HBV感染を早期に診断する方法が提供される。本発明は、試験サンプルにおけるHBV核酸の存在を検出するための測定法に用いることができるポリヌクレオチドであって、HBV特異的で遺伝子型に依存しないポリヌクレオチドを提供する。さらに、本発明によるところのポリヌクレオチドを定量測定法の形式で用いる場合、HBVに感染した被験者におけるHBV核酸の量(すなわちウイルス量)でもある。感染した被験者におけるHBV核酸の定量は、応じる被験者の抗ウイルス療法の程度の評価と特に関連がある。
試験サンプルにおけるHBV核酸の直接的な検出もしくは定量またはその両方のための遺伝子型に依存しないプローブとして、本発明によるところのポリヌクレオチドを採用することができる。安定なハイブリッド形成条件下で、少なくとも一つの本発明のポリヌクレオチドと試験サンプルとを接触させる。次いで、標的配列と少なくとも一つのポリヌクレオチドとの間を、当技術分野において公知の方法によって検出する。
試験サンプルにおけるHBV核酸を増幅するための、HBV特異的で遺伝子型に依存しないプライマーとして、本発明によるところのポリヌクレオチドを使用することもできる。当技術分野における周知の増幅手段としては、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)法、TMA法、ローリングサークル増幅法、核酸配列に基づく増幅(NASBA)法およびストランド置換増幅(SDA)法が挙げられるが、これらに限定されるわけではない。当業者であれば、ある特定の増幅技術において使用するために、プライマーを修飾する必要があるかもしれないこと、たとえば、SDAのためのプライマーが、制限エンドヌクレアーゼの認識部位を構築するその5’末端の近傍に追加のヌクレオチドを含むことを理解する。同様に、NASBAのためのプライマーは、RNAポリメラーゼプロモータを構築する5’末端の近傍に追加のヌクレオチドを含む。このように修飾されたポリヌクレオチドは、本発明の範囲内であるとみなされる。
(a)核酸増幅用試薬、少なくとも一つのポリヌクレオチドプライマーおよび試験サンプルを含む反応混合物を作製する段階;ならびに
(b)当該混合物を増幅条件下に置き、標的核酸配列またはその標的配列に相補的な核酸配列の少なくとも一つのコピーを生み出す段階、
を一般的に含む。
サンプルにおける少量の標的配列の存在を検出する場合、先ず標的配列を増幅する必要があることが非常に多い。この段階によって、標的とプローブポリヌクレオチドとの間で生じるハイブリッド形成を検出することが十分に可能な数の標的配列が存在する、ということが確実なものとなる。従って、HBVの標的核酸の増幅とそれに続く検出が可能となる組み合わせでもって、本明細書で記載されたポリヌクレオチドを使用することは、本発明の意図するところである。
(a)核酸増幅用試薬、少なくとも一つのポリヌクレオチドプローブの配列、少なくとも一つのポリヌクレオチドプライマーおよびHBVの標的核酸配列の一つ以上を含むことが疑われているかまたは知られている試験サンプルを含む反応混合物を作製する段階;
(b)混合物を増幅条件下に置き、標的核酸配列またはその標的配列に相補的な核酸配列の少なくとも一つのコピーを生み出す段階;
(c)プローブ:標的ハイブリッドを形成させるために、プローブを標的核酸配列またはその標的配列に相補的な核酸配列とハイブリッド形成させる段階;ならびに
(d)サンプルにおいてHBV核酸が存在する指標としてのプローブ:標的ハイブリッドを検出する段階
を含む。
本発明によるところのポリヌクレオチドは、サンプルにおけるHBV核酸の存在量を定量する測定法に使用することもできる。従って、本発明のポリヌクレオチドは、定量測定法における、上記のようなHBV特異的で遺伝子型に依存しないプライマーおよびプローブとして、使用することができる。このように、本発明によるところのポリヌクレオチドは、試験サンプルにおけるHBV核酸配列を、特異的に増幅させ、検出しおよび定量するための方法において、用いることができる。ここで、この方法は、一般に:
(a)核酸増幅用試薬、プローブとその標的配列とのハイブリッドが形成された時点で、検出可能なシグナルを産生するラベルが組み込まれたポリヌクレオチドプローブ配列の少なくとも一つ、少なくとも一つのポリヌクレオチドプライマーおよびHBVの標的核酸配列の少なくとも一つを含む試験サンプルを含有する反応混合物を作製する段階;
(b)当該混合物を増幅条件下に置き、標的核酸配列または標的配列に相補的な核酸配列の少なくとも一つのコピーを生み出す段階;
(c)プローブ:標的ハイブリッドを形成させるために、プローブを標的核酸配列または標的配列に相補的な核酸配列とハイブリッド形成させる段階;
(d)ハイブリッド形成した、ラベルされたプローブによって生じるシグナルを検出することによって、プローブ:標的ハイブリッドを検出する段階;ならびに
(e)試験サンプルにおけるHBV核酸の存在量の指標として、生じるシグナルの量を標準と比較する段階、
を含む。
(a)特定の反応において使用されるHBV特異的なプライマーもしくはプライマー対によるか、または対照プライマーによって増幅することができ;
(b)適切な条件下で、対照プローブと特異的にハイブリッド形成し;かつ
(c)同じ条件下では、HBV特異的プローブとハイブリッド形成しない、
という核酸配列である。
(a)適切な条件下において、対照配列と特異的にハイブリッド形成し;
(b)同じ条件下では、HBV標的配列、HBV特異的プローブまたはHBV特異的プライマーとハイブリッド形成することがなく;
(c)HBV特異的プローブ内に組み込まれたラベルとは異なる検出可能なラベルが組み込まれたものである。従って、これらの二つのラベルがそれぞれの標的配列に結合した場合に、これらのラベルによって生じるシグナルを区別することができ、そして別個に定量することができる。
本発明によるところのポリヌクレオチドが使用できる増幅方法および/または検出方法は、高処理能測定に適合させるのに適している。高処理能測定によって、多数のサンプルを同時に処理するという利点が提供され、および多数のサンプルをスクリーニングするのに要する時間が有意に短縮される。従って、本発明は、複数の試験サンプルにおけるHBV核酸を検出および/または定量するための高処理能スクリーニングまたは高処理能測定において、本発明のポリヌクレオチドの使用を意図する。
本発明に従うところのポリヌクレオチドは、HBV核酸を遺伝子型に依存することなく検出および/または定量することを可能とするキットの部分として、提供され得る。このようなキットは、プライマーおよび/またはプローブとして使用するための、HBV特異的で遺伝子型に依存しないポリヌクレオチドの一つ以上を含む。本発明の一つの実施態様において、本発明のポリヌクレオチドは試験サンプルにおけるHBV核酸を特異的に増幅させるプライマーとして使用するための、キット中、組み合わせで提供される。関連する実施態様において、本発明のポリヌクレオチドは、配列番号1および3;配列番号1および4;配列番号5および7;配列番号8および10、配列番号11および13、配列番号14および16に記載の核酸配列またはこれらの核酸配列の相補体、相同体もしくは類似体を含む組み合わせの状態で提供される。
本発明によるところのポリヌクレオチドの応用例を、HBV核酸の遺伝子型に依存しない検出および/または定量に関する臨床上または研究用の場面に見出すことができる。従って、本発明のポリヌクレオチドは、これらの場面において、被験者におけるHBV感染を診断する測定に、またはHBVに感染した被験者におけるHBVのウイルス量を監視する測定に、用いることができる。被験者におけるウイルス量を監視することは、抗ウイルス療法に対する応答を特定することまたは監視することにとってとりわけ重要である。
分子ビーコンのPCRにおけるプライマーおよびプローブとして、次のポリヌクレオチドを使用した。
フォワードプライマー(B):配列番号1
ビーコンプローブ(C):配列番号21
リバースプライマー(E):配列番号3
プライマー/プローブセットBCE2
フォワードプライマー(B):配列番号1
ビーコンプローブ(C):配列番号21
リバースプライマー(E2):配列番号4
プライマー/プローブセットHIJ
フォワードプライマー(H):配列番号5
ビーコンプローブ(I):配列番号22
リバースプライマー(Jr):配列番号7
プライマー/プローブセットJKK3
フォワードプライマー(Jf):配列番号8
ビーコンプローブ(K):配列番号23
リバースプライマー(K3):配列番号10
それぞれのプローブ配列は、5’末端および3’末端においてそれぞれフルオロフォア部分(FAM)およびクエンチャー部分(DABCYL)を含む。
1.次のものを含む、全容積が100μLの反応を組み立てた:
a.1×PCR Buffer II(アプライド・バイオシステムズ社、フォスターシティー、カリフォルニア州)
b.3.5mMのMgCl2
c.0.4mMのdNTPs
d.フォワードプライマー
e.リバースプライマー
f.HBVビーコンプローブ(FAM−DABCYL)
g.7単位のAmplitaq Goldポリメラーゼ(アプライド・バイオシステムズ社)
h.試験を受けるサンプル/標準
BCEセットについての条件:
反応あたり150nMのプライマーB、100nMのビーコンプローブC、450nMのプライマーE。
反応あたり300nMのプライマーH、50nMのビーコンプローブI、150nMのプライマーJ。
反応あたり150nMのプライマーB、75nMのビーコンプローブC、450nMのプライマーE2。
反応あたり450nMのプライマーJ、50nMのビーコンプローブK、150nMのプライマーK3。
2.HBV標準は次のようにした:
a.ネガティブ(0コピーのHBV DNA)、3複製
b.10コピーのHBV DNA、3複製
c.100コピーのHBV DNA、3複製
d.1E4コピーのHBV DNA、3複製
e.1E5コピーのHBV DNA、3複製
f.1E6コピーのHBV DNA、2複製
3.96ウェルのGeneAmp(登録商標)PCR System 9700サーマルサイクラー(アプライド・バイオシステムズ社)でPCR反応を実施した。簡単に言えば、94℃で10分間のインキュベーションと、それに続く94℃で1分間と58℃で1分間の加熱と冷却を45サイクルというPCR反応を行った。45サイクルが完了した後、10分間、58℃でのインキュベートを反応物について行い、次いで94℃で5分間の熱変性を行った。次に、反応温度を段階的に下げることによって、すなわち最初に55℃で15分間、次いで25℃で15分間、最後に蛍光プレートリーダー上でプレートの読み取りができるまで4℃として、ビーコンプローブを単位複製配列の鎖の一つとハイブリッド形成させた。
4.サーマルサイクルを行った後、Cytofluor Series 4000 Fluorescence Multi−Wellプレートリーダー(パーセプティブ・バイオシステムズ(Perseptive Biosystems)社、フレーミングハム、マサチューセッツ州)でプレートを室温にて読み取り、それぞれの反応におけるFAM蛍光シグナルを測定した。結果を表4および5に示す。
プロトコール:
1.QIAamp DNA Blood Miniキット(キアジェン社(Qiagen Inc.)、バレンシア、カリフォルニア州)を用いて、HBVの遺伝子型AからFまでの血漿サンプルを含むHBVの遺伝子型のパネル(ミレニアム・バイオテック(Millennium Biotech)社、フォート・ローダーデール、フロリダ州)を調製した。
2.次のものを含む、全容積が100μLの反応を組み立てた:
a.1×Amplitaq Gold Buffer(アプライド・バイオシステムズ社、フォスターシティー、カリフォルニア州)
b.3.5mMのMgCl2
c.0.4mMのdNTPs
d.0.15μMのフォワードプライマーB(配列番号1)
e.0.45μMのリバースプライマーE(配列番号3)
f.0.1μMのビーコンプローブC2 FAM−DABCYL(配列番号26)
g.0.1μMの対照プローブBic26bテキサスレッド−DABCYL(配列番号34)
h.300コピーの内部標準(配列番号32)
i.8単位のAmplitaq Gold(アプライド・バイオシステムズ社)
j.試験を受けるサンプル。
3.遺伝子型のサンプルに加えて、HBV標準は次のようにした:
a.ネガティブ、(0コピーのHBV DNA)、4複製
b.10コピーのHBV DNA、8複製
c.102コピーのHBV DNA、8複製
d.103コピーのHBV DNA、4複製
e.104コピーのHBV DNA、4複製
f.105コピーのHBV DNA、8複製
g.106コピーのHBV DNA、4複製
4.96ウェルのGeneAmp(登録商標)PCR System 9700サーマルサイクラー(アプライド・バイオシステムズ社)でPCR反応を実施した。次いで、ハイブリッド形成したビーコンプローブからの蛍光シグナルを、FLx800マイクロプレート蛍光リーダー(バイオテック・インスツルメンツ(Biotek Instruments)社、ウィヌースキ、バーモント州)で測定した。遺伝子型サンプルをS1からS15とラベルし、および標準をNeg、10、100、1E3、1E4、1E5および1E6とラベルする。
5.それぞれのウェルについてのFAM蛍光シグナルおよびTR蛍光シグナルを分け、その数値の(底を10とする)Log値を算出した。この数値[log (FAM/TR)]を、ロガリズム蛍光比(LFR)と称する。反応あたりのコピー数のlog値を、標準に対してLFR反応をプロットした。
6.一次方程式、y=mx+bによる標準曲線から、それぞれのサンプルの量を決定した。ここで、yは未知サンプルのロガリズム蛍光比であり、mは標準曲線の(log 1からlog 6までの)傾きであり、xは反応におけるHBVのコピー数のlog値であり、およびbは標準曲線の(log 1からlog 6までの)y切片である。
7.HBVの遺伝子型サンプルのデータの要約を、(下記の)表6に示す。
y切片=−0.8654
プロトコール:
1.QIAamp DNA Blood Miniキット(キアジェン社、バレンシア、カリフォルニア州)を用いて、HBVの遺伝子型AからFまでの血漿サンプルを含むHBVの遺伝子型のパネル(ミレニアム・バイオテック社、フォート・ローダーデール、フロリダ州)を調製した。このパネルのメンバーを、下記にU1からU15として示す。
2.次のものを含む、全容積が100μLの反応を組み立てた:
a.1×Amplitaq Gold Buffer(アプライド・バイオシステムズ社、フォスターシティー、カリフォルニア州)
b.3.5mMのMgCl2
c.0.4mMのdNTPs
d.0.45μMのフォワードプライマーB(配列番号1)
e.0.45μMのリバースプライマーE(配列番号3)
f.0.2μMのビーコンプローブC3 FAM−DABCYL(配列番号27)
g.0.2μMの対照プローブBic26テキサスレッド−DABCYL(配列番号33)
h.500コピーの内部標準(配列番号32)
i.10単位のAmplitaq Gold(アプライド・バイオシステムズ社)
j.試験を受けるサンプル。
3.遺伝子型のサンプルに加えて、HBV標準は重複させて次のようにした:
a.鋳型対照はない(NTC)
b.10コピーのHBV DNA
c.102コピーのHBV DNA
d.103コピーのHBV DNA
e.104コピーのHBV DNA
f.105コピーのHBV DNA
g.106コピーのHBV DNA
h.107コピーのHBV DNA
i.108コピーのHBV DNA
j.109コピーのHBV DNA
Mx4000(商標)Multiplex Quantitative PCR System(ストラタジーン(Stratagene)社、ラ・ホーヤ、カリフォルニア州)にて標準およびサンプルを複製した。
4.サーマルサイクラーについて設定されたサイクルのパラメータを次に記載する:95℃でのインキュベーションを10分間行い、次いで95℃で30秒間と50℃で1分間の加熱と冷却を45サイクル行った。アニーリング温度(50℃)にて;それぞれのサイクルの反復での蛍光を読み取ったことに注意すること。
5.Mx4000ソフトウェアで、蛍光に対するサイクルの反復数をプロットする。これはソフトウェアは、シグナルの顕著な増加が生じるように蛍光の閾値を設定するものであり、増幅が指数期にあることを示す。サンプルがこの閾値を超える時のサイクルの反復数はCtとして知られている。
6.このソフトウェアは、log(HBVのコピー数)対Ctをプロットすることによって標準曲線を描く。線形回帰を利用すると、未知のサンプルが標準曲線から定量される。
7.標準曲線を描くために用いられるデータおよびサンプルを定量するために用いられるデータを(下記の)表7に示す。
Claims (15)
- 配列番号1から30のいずれか一つに記載の核酸配列もしくは前記核酸配列の相補体もしくは相同体またはそれらの組み合わせを有する、単離されたポリヌクレオチドまたはその類似体。
- 、配列番号1および3;配列番号1および4;配列番号5および7;配列番号8および10;配列番号11および13;もしくは配列番号14および16に記載の核酸配列または前記核酸配列の相補体もしくは相同体を含む、ポリヌクレオチドまたはその類似体の組み合わせ。
- 配列番号1、2および3;配列番号1、2および4;配列番号5、6および7;配列番号8、9および10;配列番号11、12および13;配列番号14、15および16;配列番号1、3および17;配列番号1、3および18;配列番号1、3および19;配列番号1、3および20;配列番号1、4および17;配列番号1、4および18;配列番号1、4および19;配列番号1、4および20;配列番号1、3および21;配列番号1、3および26;配列番号1、3および27;配列番号1、3および28;配列番号1、3および29;配列番号1、3および30;配列番号1、4および21;配列番号1、4および26;配列番号1、4および27;配列番号1、4および28;配列番号1、4および29;配列番号1、4および30;配列番号5、7および22;配列番号8、10および23;配列番号11、13および24;または配列番号14、16および25に記載の核酸配列または前記核酸配列の相補体もしくは相同体を含む、ポリヌクレオチドまたはその類似体の組み合わせ。
- B型肝炎ウイルス(HBV)の標的核酸配列の一つ以上を含むことが疑われるていかまたは知られている試験サンプルにおけるHBV核酸を検出する方法であって:
a)ハイブリッド形成条件下で、前記試験サンプルを、請求項1に記載のポリヌクレオチドの少なくとも一つと接触させる段階;および
c)該ポリヌクレオチドとHBVの標的核酸配列との間のハイブリッド形成を検出する段階、
を含み、ここで、ハイブリッド形成の存在は前記試験サンプルにおけるHBV核酸を表す、前記方法。 - B型肝炎ウイルス(HBV)の標的核酸配列の一つ以上を含むことが疑われているかまたは知られている試験サンプルにおけるHBV核酸を増幅させる方法であって、試験サンプルにおいてHBVが存在する場合、試験サンプルにおいてHBVが増幅されるように:
a)請求項1に記載のポリヌクレオチドの組み合わせの少なくとも一つ、核酸増幅用試薬、および試験サンプルを含む反応混合物を作製する段階;ならびに
b)前記混合物を増幅条件下に置き、前記HBVの標的核酸配列の少なくとも一つのコピーを生み出す段階、
を含む、前記方法。 - 前記ポリヌクレオチドの一つまたはそれ以上に検出可能なラベルが組み込まれている、請求項5に記載の方法。
- B型肝炎ウイルス(HBV)の標的核酸配列の少なくとも一つを含むことが知られている試験サンプルにおけるHBV核酸を定量する方法であって:
a)請求項1または3に記載のポリヌクレオチドの少なくとも一つの組み合せ、核酸増幅試薬および試験サンプルを含む反応混合物を作製する段階、ここで、前記組み合せはポリヌクレオチドプライマーおよび少なくとも一つのプリヌクレオチドプローブからなり;
b)前記混合物を増幅条件下に置き、前記標的核酸配列の少なくとも一つのコピーを生み出す段階;
c)前記ポリヌクレオチドプローブを前記標的核酸配列とハイブリッド形成させて、プローブ:標的ハイブリッドを形成させる段階;
d)前記プローブ:標的ハイブリッドを検出する段階;ならびに
e)プローブ:標的ハイブリッドの量を標準と比較する段階、
を含む、ここで、プローブ:標的ハイブリッドの量を標準と比較することによって、試験サンプルにおけるHBV核酸の存在量の指標を提供する、前記方法。 - 前記ポリヌクレオチドプローブにフルオロフォア部分およびクエンチャー部分が組み込まれている、請求項7に記載の方法。
- 前記ポリヌクレオチドプローブが分子ビーコンプローブである、請求項8に記載の方法。
- 前記反応混合物がさらに対照標的核酸配列および対照ポリヌクレオチドプローブを含み、ここで、前記対照標的核酸配列は前記ポリヌクレオチドプライマーに相補的な配列および前記対照ポリヌクレオチドプローブに相補的な配列を含む、請求項7に記載の方法。
- 被験者の血清または血漿におけるB型肝炎ウイルス(HBV)のウイルス量を監視する方法であって:
a)該被験者から血漿の試験サンプルまたは血清の試験サンプルを調製する段階;
b)請求項1に記載のポリヌクレオチドの少なくとも一つの組み合せ、核酸増幅試薬および試験サンプルを含む反応混合物を作製する段階、ここで、前記組み合せはポリヌクレオチドプライマーおよび少なくとも一つのプリヌクレオチドプローブからなり;
c)前記混合物を増幅条件下に置き、前記標的核酸配列の少なくとも一つのコピーを生み出す段階;
d)ポリヌクレオチドプローブを前記標的核酸配列とハイブリッド形成させて、プローブ:標的ハイブリッドを形成させる段階;
e)前記プローブ:標的ハイブリッドを検出する段階;ならびに
f)プローブ:標的ハイブリッドの量を標準と比較する段階、
を含み、ここで、プローブ:標的ハイブリッドの量を標準と比較することによって、試験サンプルにおけるHBV核酸の存在量の指標を提供する、前記方法。 - 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29および配列番号30からなる群より選択される核酸配列もしくは該核酸配列の相補体もしくは相同体またはそれらの組み合わせを有するポリヌクレオチドを少なくとも一つ含むキット。
- 核酸増幅用試薬をさらに含む、請求項12に記載のキット。
- 前記ポリヌクレオチドの前記一つにフルオロフォア部分およびクエンチャー部分が組み込まれている、請求項12に記載のキット。
- 前記対照標的核酸配列が、配列番号32、配列番号33および配列番号34からなる群より選択される核酸配列を含む、請求項12に記載のキット。
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