JP2005516296A5

JP2005516296A5 -

Info

Publication number: JP2005516296A5
Application number: JP2003564284A
Authority: JP
Filing date: 2002-10-30
Publication date: 2005-12-22

Claims

使用者に産物を提供するシステムであって、該システムは、
コンピュータ実装ネットワークを利用して前記使用者と交信し、少なくとも一つの標的核酸シーケンスに関連する情報を得ることと、
フォワードプライマーシーケンス、リバースプライマーシーケンス、およびプローブシーケンスを提供することであって、該フォワードプライマーシーケンスおよび該リバースプライマーシーケンスは共同してアンプリコンシーケンスを定義し、該アンプリコンは前記標的核酸シーケンス内に位置し、該プローブシーケンスは該アンプリコンシーケンスの一部に相補的であるものとすることと、
前記フォワードプライマーシーケンスに従うフォワードプライマー、前記リバースプライマーシーケンスに従うリバースプライマー、および前記プローブシーケンスに従うプローブを含む少なくとも一つのアッセイを製造することと、
前記フォワードプライマー、前記リバースプライマー、および前記プローブの一つ以上を確認することと、
前記製造された少なくとも一つのアッセイを前記使用者にシングルチューブフォーマットまたはマルチチューブフォーマットで送付することと
を含む、システム。
使用者に産物を提供する方法であって、該方法は、
コンピュータ実装ネットワークを利用して前記使用者と交信し、少なくとも一つの標的核酸シーケンスに関連する情報を得ることと、
フォワードプライマーシーケンス、リバースプライマーシーケンス、およびプローブシーケンスを提供することであって、該フォワードプライマーシーケンスおよび該リバースプライマーシーケンスは共同してアンプリコンシーケンスを定義し、該アンプリコンは前記標的核酸シーケンス内に位置し、該プローブシーケンスは該アンプリコンシーケンスの一部に相補的であるものとすることと、
前記フォワードプライマーシーケンスに従うフォワードプライマー、前記リバースプライマーシーケンスに従うリバースプライマー、および前記プローブシーケンスに従うプローブを含む少なくとも一つのアッセイを製造することと、
前記フォワードプライマー、前記リバースプライマー、および前記プローブの一つ以上を確認することと、
前記製造された少なくとも一つのアッセイを前記使用者にシングルチューブフォーマットまたはマルチチューブフォーマットで送付することと
を含む、方法。
前記フォワードプライマー、前記リバースプライマー、および前記プローブの一つ以上を確認することは、該フォワードプライマーシーケンス、該リバースプライマーシーケンス、および該プローブシーケンスの一つ以上をゲノムデータベースで確認することを含む、請求項１または２に記載のシステムまたは方法。
前記少なくとも一つの製造されたアッセイをテストすることを含み、該少なくとも一つの製造されたアッセイをテストすることは、該少なくとも一つの製造されたアッセイに質量スペクトロスコピを実行してオリゴヌクレオチドシーケンスが正確であることを判定することと、機能テストを実行して増幅が生じたことを判定することとから構成される群から選択される少なくとも１つのテストを含み、該機能テストは、少なくとも一つの対立遺伝子判別の確認または遺伝子発現の検出をさらに含む、請求項１または２に記載のシステムまたは方法。
前記使用者から得た前記標的核酸シーケンスに関連する前記情報は、エキソンまたはその一部、および一塩基変異多型（ＳＮＰ）からなる群の少なくとも１種に関連する情報を含む、請求項１または２に記載のシステムまたは方法。
前記標的核酸シーケンスはＳＮＰを含み、二つの２対立遺伝子プローブが提供される、請求項５に記載のシステムまたは方法。
前記プローブは、非蛍光色素をさらに含む、請求項１または２に記載のシステムまたは方法。
前記製造された少なくとも一つのアッセイはシーケンス検出システムでの使用に適している、請求項１または２に記載のシステムまたは方法。
プローブシーケンスを提供することは、大きさの上限、標的Ｔｍ、最低Ｔｍ、ヘアピンステム中で対を成す塩基の合計、ヘアピンステム中で隣接して対を成すグループ、ＧＣ結合の含量、連続するＧ塩基群、連続する非Ｇ塩基群、およびＣ含量以下のＧ含量からなる群から選択される少なくとも一つの制約によって、該プローブシーケンスを設計することを含む、請求項１または２に記載のシステムまたは方法。
フォワードプライマーシーケンスおよびリバースプライマーシーケンスを提供することは、前記プライマーシーケンスの３’末端（５塩基）でＧ＋Ｃに対する制限、大きさの上限、標的Ｔｍ、最低Ｔｍ、ヘアピンステム中で対を成す塩基の合計、ヘアピンステム中で隣接して対を成すグループ、ＧＣ結合の含量、連続するＧ塩基群、連続する非Ｇ塩基群、およびＣ含量以下のＧ含量からなる群から選択される少なくとも一つの制約によって、該少なくとも一つのプライマーシーケンスを設計することを含む、請求項１または２に記載のシステムまたは方法。