JP2005514065A5 - - Google Patents
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Description
RT-PCR分析に全血を使用した場合に遭遇する難点の1つは、RNA抽出の前に起こる細胞溶解である。血漿や赤血球には大量のタンパク質が存在するので、全血からRNAを単離する方法の大半は、RNA抽出実施前の、分析対象mRNAの細胞性発生源の精製または赤血球の排除に関する。これらの中間段階は、mRNA分解および/または遺伝子誘導を伴い、それによって、mRNAレベルの変化を伴う可能性がある。さらに、血液を採取するという簡単なことが、一部のmRNAの分解を招く可能性がある。これは、3'非翻訳領域に位置するAU-リッチ配列により、内在ヌクレアーゼに感受性を示すサイトカインmRNAに特に当てはまる。末梢血IFN-γ mRNAレベルが、実際、血液採取から1時間後にすでに約50%減少したことは、先に立証されている(Stordeurら、(2002) J. Immunol Meth. 261:195)。これは、細胞全体の溶解と同時に核酸沈殿を誘発するCatrimox-14(商標)(Qiagen, Westburg, Leusden, オランダ)と呼ばれる陽イオン界面活性剤であるシュウ酸テトラデシルトリメチルアンモニウムなどの4級アミン界面活性剤を使って回避できる。本実施例は、驚くべき事に、PAXgene(商標)採取管で得られる核酸沈殿物をグアニジン/チオシアネート溶液に溶解できることを観察している。前記溶液の例は、mRNA単離用MagNA Pure(商標)LCキット(Roche Applied Science)から提供される溶解緩衝液である。これに促されて、我々は、PAXgene(商標)採取管のMagNA Pure(商標)装置を併用するに到った。この併用は、PCR反応混合液の全成分を自動調製できることによる、後者の装置の高い再現性と精度を活用できる。
Claims (36)
- (a) RNA分解および/または遺伝子誘導を抑制する化合物を含む採取管に生物試料を採取し、
(b) 核酸を含む沈殿を形成し、
(c) 段階(b)の沈殿を上清から分離し、
(d) 前記の段階(c)の沈殿を緩衝液で溶解し、懸濁液を形成し、
(e) 自動機器を使って前記の段階(d)の懸濁液から核酸を単離し、
(f) 自動機器を使ってRT-PCR用混合試薬を分散/分布させ、
(g) 自動機器を使って前記の段階(f)の分散混合試薬内で前記の段階(e)で単離した核酸を分散/分布させ、および
(h) 自動装置中で前記段階(g)の核酸/RT-PCR混合試薬を使って転写物の生体内レベルを測定する段階、
を含む生物試料からの生体内RNAの定量法。 - 段階(a)と(b)を同時に実施する、請求項1に記載の方法。
- 前記の段階(a)の化合物が4級アミン界面活性剤を含む請求項1または2に記載の方法。
- 前記の4級アミンがシュウ酸テトラデシルトリメチルアンモニウムである請求項3に記載の方法。
- 前記の段階(a)の化合物が、PAXgene(商標)血中RNA採取管に含まれるような、細胞RNA分解および/または遺伝子誘導を抑制する化合物である請求項1または2に記載の方法。
- 前記の段階(a)の採取管が開放または閉鎖採血管である請求項1〜5のいずれか1項に記載の方法。
- 前記の段階(d)の緩衝液がグアニジンチオシアネート含有緩衝液である請求項1〜6のいずれか1項に記載の方法。
- 前記のグアニジンチオシアネート含有緩衝液が、MagNA Pure LC mRNA単離キットI(Roche Diagnostics, Molecular Biochemicals)が提供するような、溶解緩衝液である請求項7に記載の方法。
- 前記の段階(e)の核酸の単離をRNA捕捉ビーズを使って実施する請求項1〜8のいずれか1項に記載の方法。
- 前記の段階(e)、段階(f)および/または段階(g)の自動機器がMagNA Pure LC装置(Roche Diagnostics, Molecular Biochemicals)である請求項1〜9のいずれか1項に記載の方法。
- 前記の生体内レベルをリアルタイムPCRを使って測定する請求項1〜10のいずれか1項に記載の方法。
- 前記定量を生物試料100μlを使って実施する請求項1〜11のいずれか1項に記載の方法。
- (a) PAXgene(商標)血中RNA採取管に生物試料を採取し、
(b) 界面活性剤/核酸複合体をグアニジンイソチアネート緩衝液で解離し、
(c) 再現性のある自動機器を使ってmRNAおよび/または総RNAを抽出し、
(d) 自動機器を使ってRT-PCR用混合試薬を分散/分布させ、
(e) 自動機器を使って段階(d)の分散混合試薬内に段階(c)で単離した核酸を分散/分布させ、および
(f) リアルタイムPCRによってRNAを定量し、その場合、RTとPCRを一段階で実施する段階、
を含む生物試料からの生体内RNAの定量法。 - (a) 随意に、生物試料用採取管と、
(b) RNAの分解および/または遺伝子誘導を抑制する化合物と、
(c) 自動RNA単離用試薬と
(d) RT-PCR同時反応用混合試薬またはそれの個別の化合物で、前記混合試薬の自動分散が可能な試薬と、
(e) 随意に、前記RT-PCR反応を実施する特異的オリゴヌクレオチドと、および
(f) 随意に、自動RNA単離法、混合試薬の自動分散およびRT-リアルタイムPCR用単離核酸の分散の方法、並びに、自動RNA分析法について説明している解説マニュアル
を含む生物試料からの定量可能な生体内RNAを単離するキット。 - 前記の品目(b)の化合物が請求項3〜5のいずれか1項に記載の方法に規定したような化合物である請求項14に記載のキット。
- さらに、請求項7または8に記載の方法に規定したように緩衝液を提供する請求項14および15に記載のキット。
- (a) PAXgene(商標)血中RNA採取管と、
(b) グアニジンイソチオシアネート緩衝液と、
(c) 自動RNA単離用試薬と、
(d) RT-PCR同時反応用混合試薬またはそれの個別の化合物で、前記混合試薬の自動分散が可能な試薬と、
(e) 随意に、前記RT-PCT反応を実施する特異的オリゴヌクレオチドと、および
(f) 随意に、自動RNA単離法、RT-リアルタイムPCRのための混合試薬の自動分散および単離した核酸の分散の方法、並びに、自動RNA分析法について述べた解説マニアル
を含む生物試料からの定量可能な生体内RNAを単離するキット。 - 生物試料からのDNAの定量法で、請求項1〜13のいずれか1項の方法に従ってRNAの定量を実施する場合該方法を使用し、RT反応を省略し、段階(a)の化合物がDNAを分解から保護することも行うDNAの定量法。
- 生物試料からの定量可能なDNAを単離するキットで、前記のRT反応実施用の混合試薬/化合物を含まない請求項14〜17のいずれか1項に記載の単離キット。
- 生物試料中に存在する生物因子中の生体内核酸レベル変化のモニタリング/検出用の、請求項1〜13のいずれか1項、または請求項18に記載の方法の使用、または、請求項14〜17のいずれか1項、または請求項19に記載のキットの使用。
- 前記生物因子を真核細胞、原核細胞、ウイルスおよびファージから成る群から選択する、請求項20に記載の方法またはキットの使用。
- 特定の疾患の診断を目的とした、生物試料中の生物因子の生体内核酸変化のモニタリング/検出用の、請求項1〜13のいずれか1項、または請求項18に記載の方法の使用、または、請求項14〜17のいずれか1項、または請求項19に記載のキットの使用。
- 疾患治療用医薬品の生産のために化合物をスクリーンすることを目的とした、生物試料中の生物因子の生体内核酸変化のモニタリング/検出用の、請求項1〜13のいずれか1項、または請求項18に記載の方法の使用、または、請求項14〜17のいずれか1項、または請求項19に記載のキットの使用。
- 請求項23に記載の方法で同定可能な化合物。
- 前記疾患が免疫関連疾患であることを特徴とする請求項22もしくは23に記載の方法またはキットの使用。
- 化合物の検出/モニタリング/スクリーニング用の方法またはキットの使用で、前記化合物を、真核細胞、原核細胞、ウイルス、ファージ、寄生体、薬物 (天然エキス、有機分子、ペプチド、タンパク質、核酸)、医療、ワクチンおよび移植片から成る群から選択できる免疫調節化合物である請求項23に記載の方法またはキットの使用。
- エピトープ特異性CTLまたは免疫関連転写物の検出/モニタリング用の、請求項1〜13のいずれか1項、または請求項18に記載の方法の使用、または、請求項14〜17のいずれか1項、または請求項19に記載のキットの使用。
- (a) 免疫調節因子を対象に適用し、
(b) 前記対象から全血を採取し、
(c) 随意に、段階(b)の全血試料中に存在する血球に、段階(a)で適用したものと同一/類似および/または異なる免疫調節因子と共に、パルスを適用し、
(d) RNA分解および/または遺伝子誘導を抑制する化合物を含む採取管内に段階(c)のパルス適用血球または段階(b)のパルス非適用血球を採取、もしくは、前記化合物をパルス適用/非適用血球に添加し、
(e) 核酸を含む沈殿を形成し、
(f) 段階(e)の沈殿を上清から分離し、
(g) 緩衝液を使って前記の段階(f)の沈殿を溶解し、懸濁液を形成し、
(h) 自動機器を使って前記の段階(g)の懸濁液から核酸を単離し、
(i) 自動機器を使ってRT-PCR用混合試薬を分散/分布させ、
(j) 自動機器を使って段階(i)の分散混合試薬内に、段階(h)で単離した核酸を分散/分布させ、
(k) 自動装置で段階(j)の分散溶液中のエピトープ特異性CTL-関連転写物の生体内レベルを検出/モニター/分析し、および
(l) 前記対象の免疫学的体質を改変できる薬剤を同定し、その場合、段階(a)の薬剤がすでに対象中に存在する場合、段階(a)を省略する段階
を含むエピトープ特異性CTLの分析によって対象の免疫学的体質を改変できる因子を同定する方法。 - (a) 免疫調節因子を対象に適用し、
(b) 前記対象から全血を採取し、
(c) 随意に、段階(b)の全血試料中に存在する血球に、段階(a)で適用したものと同一/類似および/または異なる免疫調節因子と共に、パルスを適用し、
(d) RNA分解および/または遺伝子誘導を抑制する化合物を含む採取管内に段階(c)のパルス適用血球または段階(b)のパルス非適用血球を採取、もしくは、前記化合物をパルス適用/非適用血球に添加し、
(e) 核酸を含む沈殿を形成し、
(f) 段階(e)の沈殿を上清から分離し、
(g) 緩衝液を使って前記の段階(f)の沈殿を溶解し、懸濁液を形成し、
(h) 自動機器を使って前記の段階(g)の懸濁液から核酸を単離し、
(i) 自動機器を使ってRT-PCR用混合試薬を分散/分布させ、
(j) 自動機器を使って段階(i)の分散混合試薬内に、段階(h)で単離した核酸を分散/分布させ、
(k) 自動装置で段階(j)の分散溶液中の免疫-関連転写物の生体内レベルを検出/モニター/分析し、および
(m) 前記対象の免疫学的体質を改変できる薬剤を同定し、その場合、段階(a)の薬剤がすでに対象中に存在する場合、段階(a)を省略する段階
を含む対象の免疫学的体質を改変できる因子を同定する方法。 - (a) RNA分解および/または遺伝子誘導を抑制する化合物を含む採取管内に対象から全血を採取、もしくは、前記化合物を血球に添加し、
(b) 核酸を含む沈殿を形成し、
(c) 段階(b)の沈殿を上清から分離し、
(d) 緩衝液を使って前記の段階(c)の沈殿を溶解し、懸濁液を形成し、
(e) 自動機器を使って前記の段階(d)の懸濁液から核酸を単離し、
(f) 自動機器を使ってRT-PCR用混合試薬を分散/分布させ、
(g) 自動機器を使って段階(f)の分散混合試薬内に、段階(e)で単離した核酸を分散/分布させ、
(h) 自動装置で段階(g)の分散溶液中の免疫-関連転写物の生体内レベルを検出/モニター/分析し、および
(i) 免疫-関連転写物の生体内レベルの変化を検出/モニターし、および
(j) 免疫系に影響を与える疾患の診断/予後判定/モニタリングを行う段階
を含む対象の免疫系に影響を与える臨床状態の診断/予後判定/モニタリングの方法。 - (a) 対象から全血を採取し、
(b) 段階(a)の全血試料中に存在する血球に、前記対象中にあるものと同一/類似/異なる免疫調節因子と共に、パルスを適用し、
(c) RNA分解および/または遺伝子誘導を抑制する化合物を含む採取管内に、段階(b)のパルス適用血球またはパルス非適用血球を採取、もしくは、前記化合物をパルス適用細胞に添加し、
(d) 核酸を含む沈殿を形成し、
(e) 段階(d)の沈殿を上清から分離し、
(f) 緩衝液を使って前記の段階(e)の沈殿を溶解し、懸濁液を形成し、
(g) 自動機器を使って前記の段階(f)の懸濁液から核酸を単離し、
(h) 自動機器を使ってRT-PCR用混合試薬を分散/分布させ、
(i) 自動機器を使って段階(h)の分散混合試薬内に、段階(g)で単離した核酸を分散/分布させ、
(j) 自動装置で段階(i)の分散溶液中の免疫-関連転写物の生体内レベルを検出/モニター/分析し、
(k) 免疫-関連転写物の生体内レベルの変化を検出/モニターし、および
(l) 免疫系に影響を与える疾患の診断/予後判定/モニタリングを行う段階
を含む対象の免疫系に影響を与える臨床状態の診断/予後判定/モニタリングの方法。 - 免疫関連疾患を、自己免疫、関節リウマチ、多発性硬化症、癌(例、癌免疫療法)、免疫不全症(例、AIDS)、アレルギー、移植片拒絶反応または移植片対宿主疾患(GVHD)(例、移植)から成る群から選択し、あるいは免疫調節化合物または免疫調節因子が前記疾患のいずれかに影響を与え;あるいは、免疫関連転写物またはエピトープ特異性CTL関連またはTヘルパーリンパ球関連転写物の変化が、前記疾患のいずれかの存在を示唆し;あるいは、免疫学的状態が前記疾患のいずれか1の状態を示す請求項25〜31のいずれか1項に記載の使用または方法。
- 前記免疫関連転写物がケモカイン、サイトカイン、増殖因子、細胞傷害マーカー、転写因子、TNF関連サイトカインレセプター上科構成物およびそれらのリガンド、アポトーシスマーカー、イムノグロブリン、T-細胞レセプター、および既知または発見対象の免疫系の活性化または抑制に関連するいずれか1のマーカーをコードする核酸から成る群から選択される請求項32に記載の使用または方法。
- 前記核酸が、IL-1ra、IL-1β、IL-2、IL-4、IL-5、IL-9、IL-10、IL-12p35、IL-12p40、IL-13、TNF-α、IFN-γ、IFN-α、TGF-β、並びに、免疫応答に関与する、もしくは、関与しないいずれか1のインターロイキンまたはサイトカインから成る群から選択されるマーカーをコードする請求項33に記載の使用または方法。
- 前記のエピトープ特異性CTL-関連またはTヘルパーリンパ球関連転写物を、サイトカイン、サイトカインレセプター、サイトトキシン、炎症または抗炎症メディエーター、TNF-関連サイトカインレセプター上科構成物およびそれらのリガンド、G-タンパク結合レセプターおよびそれらのリガンド、チロシンキナーゼレセプターおよびそれらのリガンド、転写因子、並びに、細胞内シグナリング経路に関与するタンパク質をコードする核酸から成る群から選択される請求項32に記載の使用または方法。
- 前記核酸が、グランザイム、パーフォリン、プロスタグランジン、ロイコトリエン、イムノグロブリンおよびイムノグロブリン上科レセプター、FasおよびFas-リガンド、T-細胞レセプター、ケモカインおよびケモカインレセプター、タンパクーチロシンキナーゼC、タンパクーチロシンキナーゼA、シグナル伝達性転写因子(STAT)、NF-kB、T-bet、GATA-3、Oct-2から成る群から選択されるマーカーをコードすることを特徴とする請求項35に記載の使用または方法。
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