JP2005514012A - キメラバクテリオファージ標準を使用する高感度ゲノムアッセイ - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、2001年12月6日に出願されたUSSN60/337,930に対し、米国特許法119下条の(e)項の下で、優先権を主張し、本出願は、その全体を本明細書中に参考として援用する。
ゲノム標的(例えば、DNA標的)を定量するために、正確かつ確実な標準が、決定的に必要である。DNA標準の例証において、非常にしばしば、プラスミドDNAおよびPCR産物が、生成が簡単であるために、第1の選択肢である。プラスミドDNAまたはPCR産物の光学密度(O.D.)を測定することは、プラスミドまたはPCR産物の分子量で分けることにより、標準のコピー数のおおよその推定値を提供し得る。しかし、この方法は、プラスミドおよびPCR産物を定量することにおいて、主に光学密度機器(分光光度計)の不安定性による重大な欠陥を有し、この方法は、研究室ごとに変化するが、同じ研究室においても人によって変化する。加えて、プラスミドDNAおよびPCR産物は、不安定な傾向にあり、なぜならそれらは、複数回の凍結−融解および二次的なDNaseのコンタミネーションに感受性であることが明らかにされているからである。
それらの最も広範な局面において、本発明は、ハイブリダイゼーション方法論を利用して、生物学的サンプル中で、少なくとも1つの予め選択されたDNA配列を高感度に定量するための方法に関し、この方法は、予め選択されたDNA配列または生物学的サンプルから定量されるDNAに存在するDNA配列以外の検出可能な標的DNA配列を含む感染性バクテリオファージ粒子を内部標準として、および少なくとも1つの予め選択されたDNA配列を含む感染性バクテリオファージ粒子を外部標準として使用する。
本発明が説明される前に、本発明が、方法および条件が変化し得るので、記載された特定の方法および実施条件に限定されないことが理解される。本発明の範囲が添付された請求項のみに制限されるので、本明細書中で使用される専門用語は特定の実施形態を説明する目的のみであり、制限されることを意味しないことが理解される。
Claims (12)
- ハイブリダイゼーション方法論を使用して生物学的サンプルにおける少なくとも1つの予め選択されたDNA配列を定量するための方法であって、
該方法は、該予め選択されたDNA配列中に存在するかまたは該生物学的サンプルから定量されたDNA中に存在するDNA配列以外の、検出可能な標的DNA配列を含む感染性M13バクテリオファージ粒子を内部標準として使用し、そして該予め選択されたDNA配列を含む感染性M13バクテリオファージ粒子を外部標準として使用する、方法。 - 請求項1に記載の方法であって、前記ハイブリダイゼーション方法論が、分子ビーコンを使用するリアルタイムPCR増幅である、方法。
- 請求項1に記載の方法であって、前記内部標準が、ヒトCCR5遺伝子の一部を含む感染性M13バクテリオファージである、方法。
- 請求項3に記載の方法であって、前記ヒトCCR5遺伝子の一部が配列番号5である、方法。
- 請求項1に記載の方法であって、前記予め選択されたDNA配列が、B型肝炎ウイルスの一部である、方法。
- 請求項1に記載の方法であって、前記外部標準が、B型肝炎ウイルスゲノムの一部を含む感染性M13粒子である、方法。
- 請求項5に記載の方法であって、前記外部標準が、B型肝炎ウイルスゲノムの一部を含む感染性M13粒子である、方法。
- 請求項7に記載の方法であって、前記B型肝炎ゲノムの一部が、B型肝炎Sタンパク質の一部である、方法。
- 請求項8に記載の方法であって、前記一部が配列番号1である、方法。
- 請求項1に記載の方法であって、前記サンプルが、全血、尿、血漿、血清、脳脊髄液、または細胞を含む生検サンプルからなる群より選択される、方法。
- 配列番号1を含む、感染性キメラM13バクテリオファージ。
- 配列番号5を含む、感染性キメラM13バクテリオファージ。
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