JP2005237381A - 細胞及び組織の粉砕 - Google Patents
細胞及び組織の粉砕 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2005237381A JP2005237381A JP2005040913A JP2005040913A JP2005237381A JP 2005237381 A JP2005237381 A JP 2005237381A JP 2005040913 A JP2005040913 A JP 2005040913A JP 2005040913 A JP2005040913 A JP 2005040913A JP 2005237381 A JP2005237381 A JP 2005237381A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- container
- tissue
- grinding element
- sample
- grinding
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Classifications
-
- E—FIXED CONSTRUCTIONS
- E02—HYDRAULIC ENGINEERING; FOUNDATIONS; SOIL SHIFTING
- E02D—FOUNDATIONS; EXCAVATIONS; EMBANKMENTS; UNDERGROUND OR UNDERWATER STRUCTURES
- E02D29/00—Independent underground or underwater structures; Retaining walls
- E02D29/02—Retaining or protecting walls
- E02D29/0258—Retaining or protecting walls characterised by constructional features
- E02D29/0266—Retaining or protecting walls characterised by constructional features made up of preformed elements
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N1/00—Sampling; Preparing specimens for investigation
- G01N1/28—Preparing specimens for investigation including physical details of (bio-)chemical methods covered elsewhere, e.g. G01N33/50, C12Q
- G01N1/286—Preparing specimens for investigation including physical details of (bio-)chemical methods covered elsewhere, e.g. G01N33/50, C12Q involving mechanical work, e.g. chopping, disintegrating, compacting, homogenising
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L3/00—Containers or dishes for laboratory use, e.g. laboratory glassware; Droppers
- B01L3/50—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes
- B01L3/508—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes rigid containers not provided for above
- B01L3/5082—Test tubes per se
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12M—APPARATUS FOR ENZYMOLOGY OR MICROBIOLOGY; APPARATUS FOR CULTURING MICROORGANISMS FOR PRODUCING BIOMASS, FOR GROWING CELLS OR FOR OBTAINING FERMENTATION OR METABOLIC PRODUCTS, i.e. BIOREACTORS OR FERMENTERS
- C12M47/00—Means for after-treatment of the produced biomass or of the fermentation or metabolic products, e.g. storage of biomass
- C12M47/06—Hydrolysis; Cell lysis; Extraction of intracellular or cell wall material
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L2300/00—Additional constructional details
- B01L2300/06—Auxiliary integrated devices, integrated components
- B01L2300/0609—Holders integrated in container to position an object
-
- E—FIXED CONSTRUCTIONS
- E02—HYDRAULIC ENGINEERING; FOUNDATIONS; SOIL SHIFTING
- E02D—FOUNDATIONS; EXCAVATIONS; EMBANKMENTS; UNDERGROUND OR UNDERWATER STRUCTURES
- E02D2600/00—Miscellaneous
- E02D2600/20—Miscellaneous comprising details of connection between elements
-
- E—FIXED CONSTRUCTIONS
- E02—HYDRAULIC ENGINEERING; FOUNDATIONS; SOIL SHIFTING
- E02D—FOUNDATIONS; EXCAVATIONS; EMBANKMENTS; UNDERGROUND OR UNDERWATER STRUCTURES
- E02D2600/00—Miscellaneous
- E02D2600/40—Miscellaneous comprising stabilising elements
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N1/00—Sampling; Preparing specimens for investigation
- G01N1/28—Preparing specimens for investigation including physical details of (bio-)chemical methods covered elsewhere, e.g. G01N33/50, C12Q
- G01N1/286—Preparing specimens for investigation including physical details of (bio-)chemical methods covered elsewhere, e.g. G01N33/50, C12Q involving mechanical work, e.g. chopping, disintegrating, compacting, homogenising
- G01N2001/2866—Grinding or homogeneising
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
- Y10T—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER US CLASSIFICATION
- Y10T436/00—Chemistry: analytical and immunological testing
- Y10T436/25—Chemistry: analytical and immunological testing including sample preparation
- Y10T436/25375—Liberation or purification of sample or separation of material from a sample [e.g., filtering, centrifuging, etc.]
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Sustainable Development (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Clinical Laboratory Science (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Hematology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Environmental & Geological Engineering (AREA)
- General Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Mining & Mineral Resources (AREA)
- Paleontology (AREA)
- Civil Engineering (AREA)
- Structural Engineering (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Sampling And Sample Adjustment (AREA)
Abstract
【課題】RNAの抽出をより迅速、より効率的、かつより生産的に実施でき、更に自動化が可能な改善された細胞及び組織の粉砕法を提供すること。
【解決手段】細胞及び/または組織を粉砕するための方法であって、粉砕すべきサンプルを入れる容器の外寸よりも僅かに小さい内寸を有する粉砕要素を使用する。細胞及び/または組織を粉砕するための装置も提供する。本発明の装置及び方法を用いて核酸の抽出などの処理を行うことができる。
【選択図】なし
【解決手段】細胞及び/または組織を粉砕するための方法であって、粉砕すべきサンプルを入れる容器の外寸よりも僅かに小さい内寸を有する粉砕要素を使用する。細胞及び/または組織を粉砕するための装置も提供する。本発明の装置及び方法を用いて核酸の抽出などの処理を行うことができる。
【選択図】なし
Description
RNAの発現を、疾患のスクリーニング、診断、予防、治療モニタリング、及び/または再発追跡に有用なin vitro診断検査の基準として用いることができる。RNA発現の有効な測定には、細胞または組織から抽出した無傷の分解されていないRNAが重要である。RNAの発現は、特に多数の遺伝子が関係するマイクロアレイ及びPCRアッセイに有用である。
殆どのRNA抽出法では、RNAは機械的手段によって細胞から放出される。しばしば、RNAの抽出は、グアニジウム塩などのRNA安定化剤の存在下で行われる。こうすることにより、処理中に細胞または組織から放出されるRNA分解酵素によるRNAの分解が最小限になる。生体サンプルを機械的に粉砕するための装置が、例えば特許文献1‐6に開示されている。このような装置では、要素を用いて、抽出する細胞成分を含むサンプルを粉砕または微粉砕するか、或いは他の方法で接触させる。本明細書において、この要素は粉砕要素と呼ぶことにする。殆どの場合、このような装置は、ガラスビーズなどのビーズやボールなどの粉砕要素を用いている。
米国特許第4,307,846号明細書
米国特許第5,197,483号明細書
米国特許第5,840,878号明細書
米国特許第5,829,696号明細書
米国特許第6,235,501号明細書
米国特許第5,567,050号明細書
RNAの抽出をより迅速、より効率的、かつより生産的に実施でき、更に自動化が可能な改善された細胞及び組織の粉砕法が要望されている。これは、手術中のアッセイの場合に特に有用である。
本発明は、細胞及び組織を粉砕する方法を提供する。好ましくは、この方法では、機械的装置を45秒以下作動させる。
本発明の別の態様は、細胞または組織サンプルからRNAを抽出する方法である。好ましくは、このようなサンプルはリンパ節組織である。この方法では、細胞及び/または組織は、好ましくは45秒以下、機械的に粉砕される。細胞残屑や気泡などの他の非RNA成分は、粉砕されたサンプルから除去される。次いで、RNAをサンプルから抽出する。
本発明の更に別の態様では、細胞及び組織を粉砕する装置は粉砕要素を入れる容器部分を含む。粉砕装置の外面の空間(ビーズの場合は外周)が、容器部分の内寸(チューブの場合は直径)よりも僅かに小さい。
RNAの抽出をより迅速、より効率的、かつより生産的に実施でき、更に自動化が可能な改善された細胞及び組織の粉砕法が提供される。
本発明の最も好適な実施形態では、カリフォルニア州カールスバッドに所在のキューバイオジーン社(Qbiogene Inc.)が販売する「FASTPREP」装置などの機械的な細胞及び組織粉砕装置が用いられる。このような粉砕装置は、言及することを以って本明細書の一部とする米国特許第5,567,050号に開示されている。好ましくは、本発明の方法は、Oリングを含む2.0mlねじキャップクリオバイアルチューブ(2.0ml screw-capped cryovial tubes)などを用いる。このチューブ内に約30mg〜400mgの組織を粉砕要素と共に入れる。最も好ましくは、粉砕要素は、オクラホマ州バーテレズビル(Bartelesville)に所在のバイオスペック・プロダクツ社(BioSpec Products)が販売するような直径が6.35mmのスチールビーズである。チューブに、そのチューブの約半分またはそれ以上の所定量の均質化バッファー(homogenization buffer)(例えば、キアゲン社(Qiagen Corp)のRLTバッファー)を添加する。好ましくは、2.0mlチューブを用いる場合は、約1mlの均質化バッファーを添加する。均質化バッファーは、好ましくはグアニジウム塩であるRLT安定化剤を含む。次いで、粉砕装置を45秒またはそれ以下、運転した後、好ましくは微量遠心管でサンプルを遠心分離し、サンプルから細胞残屑や気泡を除去する。次いで、上清をデカントする。好ましくは、上清はスピンカラムに移し、そのスピンカラムを別の洗浄バッファーで処理してRNAを精製する。溶媒を用いたRNA精製法を、所望に応じてスピンカラムの代わりに用いることもできる。
本発明の装置は、上記したような粉砕装置であるが、以前は不可能だった方法で組織を高速かつ効率的に粉砕できる寸法及び/または組成の粉砕要素を備えている。上記したように、粉砕要素は、組織に接触させる装置の一部である。好ましくは、このような粉砕要素はビーズである。本発明の粉砕要素は、サンプルを処理する容器の内寸よりも僅かに小さい外寸を有する。好適な実施形態では、容器は内径が8.28mmの上記したようなチューブであり、粉砕要素は6.35mmのスチールビーズである。内寸と外寸に比率が同様であれば、他の容器及び粉砕要素も用いることができる。ビーズの密度もまた、本装置の改善された性能に貢献している。ステンレス鋼からなるビーズの密度は、好ましくは8.03g/cm3以上であるが、密度が7.0g/cm3を超えるビーズを用いることもできる。
例
例1.様々なビーズの大きさ及び組成の評価
様々なビーズの大きさ及び材料を、ブタリンパ節組織を粉砕する能力について評価する。内径が8.28mmの2.0mlねじキャップチューブ(オクラホマ州バーテレズビル(Bartelesville)に所在のバイオスペック・プロダクツ社(BioSpec Products))を用いた。それぞれのチューブをRLTバッファー(カリフォルニア州バレンシアのキアゲン社(Qiagen Corp))で満たし、バイオスペック・プロダクツ社が販売するミニビーズビーター8(Mini-Bead Beater 8)を用いて、1分間、3分間、または5分間ホモジナイズした。
例1.様々なビーズの大きさ及び組成の評価
様々なビーズの大きさ及び材料を、ブタリンパ節組織を粉砕する能力について評価する。内径が8.28mmの2.0mlねじキャップチューブ(オクラホマ州バーテレズビル(Bartelesville)に所在のバイオスペック・プロダクツ社(BioSpec Products))を用いた。それぞれのチューブをRLTバッファー(カリフォルニア州バレンシアのキアゲン社(Qiagen Corp))で満たし、バイオスペック・プロダクツ社が販売するミニビーズビーター8(Mini-Bead Beater 8)を用いて、1分間、3分間、または5分間ホモジナイズした。
バイオスペック・プロダクツ社から以下の大きさ及び組成のビーズを購入した。
1.直径0.1mmのジルコニア/シリカ(カタログ番号11107901z)
2.直径0.1mmのガラス(カタログ番号11079101)
3.直径0.5mmのガラス(カタログ番号1107905)
4.直径0.5mmのジルコニア/シリカ(カタログ番号11079105z)
5.直径1.0mmのガラス(カタログ番号11079110)
6.直径2.5mmのジルコニア/シリカ(カタログ番号11079125z)
7.直径6.35のステンレス鋼(カタログ番号11079635ss)
8.直径6.35のガラス(カタログ番号110796325)
1.直径0.1mmのジルコニア/シリカ(カタログ番号11107901z)
2.直径0.1mmのガラス(カタログ番号11079101)
3.直径0.5mmのガラス(カタログ番号1107905)
4.直径0.5mmのジルコニア/シリカ(カタログ番号11079105z)
5.直径1.0mmのガラス(カタログ番号11079110)
6.直径2.5mmのジルコニア/シリカ(カタログ番号11079125z)
7.直径6.35のステンレス鋼(カタログ番号11079635ss)
8.直径6.35のガラス(カタログ番号110796325)
この実験結果が以下の表1に示されている。この表に示されているように、1:不完全にホモジナイズされた組織、2:部分的にホモジナイズされた組織、3:完全にホモジナイズされた組織の3つスケールで目視で判定すると、複数の直径6.35mmのガラスビーズまたは1つの直径6.35mmのステンレス鋼ビーズが最も良く組織を粉砕した。
例2.ビーズ密度の影響
例1に示されているように、直径6.35mmの粉砕要素(ビーズ)を用いて最良の完全な組織ホモジナイゼーションが得られた。ビーズ密度もホモジナイゼーションの質に影響を及ぼす。
例1に示されているように、直径6.35mmの粉砕要素(ビーズ)を用いて最良の完全な組織ホモジナイゼーションが得られた。ビーズ密度もホモジナイゼーションの質に影響を及ぼす。
直径(6.35mm)は同じであるが密度が異なるビーズ同士を比較した。約225mgのブタリンパ節を、1mlのグアニジニウム系溶解バッファー(キアゲン、RLTバッファー)とセラミック、ガラス、またはステンレス鋼からなる6.35mmのビーズ1つを含む2mlねじキャップバイアルで粉砕した。ビーズを含む組織サンプルを、バイオスペック社のビーズビーター8で1分間、3分間、及び5分間処理した。サンプルを短時間遠心分離し、例1と同様にホモジナイゼーションの質を目視で評価した。
表2は、1:不完全にホモジナイズされた組織、2:部分的にホモジナイズされた組織、3:完全にホモジナイズされた組織の3つスケールを用いて目視で評価した3つのデータの平均値の要約である。この実験から、ビーズ材料の密度が増大すると組織粉砕が改善され、ステンレス鋼ビーズが最も良い成績であることが分かる。
例4.ビーズビーター装置とガラスまたはステンレス鋼ビーズを用いたRNAの収量及び純度
RNAの収量及び純度を、6.5mmまたはそれ以上の様々な直径のガラスまたはステンレス鋼ビーズについて決定した。ミニビーズビーター8を1分間、高速で作動させた。条件は、上記した例1の条件と同様である。6.35mmのステンレス鋼及びガラスビーズはバイオスペック・プロダクツ社から入手した。他のビーズは全て、ニュージャージー州クリフトンに所在のグレン・ミルズ社(Glen Mills Inc.)から購入した。
RNAの収量及び純度を、6.5mmまたはそれ以上の様々な直径のガラスまたはステンレス鋼ビーズについて決定した。ミニビーズビーター8を1分間、高速で作動させた。条件は、上記した例1の条件と同様である。6.35mmのステンレス鋼及びガラスビーズはバイオスペック・プロダクツ社から入手した。他のビーズは全て、ニュージャージー州クリフトンに所在のグレン・ミルズ社(Glen Mills Inc.)から購入した。
組織を粉砕した後、得られたホモジネートをEppendorfモデル5415(ニューヨーク州のウエストバーリーのブリンクマン・インスツルメンツ社(Brinkman Instruments))を用いて15秒間遠心分離し、RNAをQIAGEN RNeasyミニキット(カリフォルニア州バレンシアのキアゲン社)で精製した。溶解物の一部を、RLTバッファーの組織濃度が30mg/mlになるまで希釈した。400μlの溶解物を、400mlの70%エタノールを含むミクロチューブに添加し、サンプルをピペッティングで混合した。サンプル(700μl)を、真空マニフォールドに配置されたRNeasyにカラムに適用した。残りのろ過ステップの間、真空をかけて保持した。カラムを700μlのRWIバッファーで洗浄し、続いて700μlのRPEバッファーで洗浄した。次いで、スピンカラムを1.5mlの収集チューブに入れ、1,4000回転/分で30秒間遠心分離してカラムを乾燥させた。カラムを、新しい1.5mlの収集チューブに移した。50mlのRNA分解酵素を含まない水を膜に直接適用し、カラムを含むチューブを1,4000回転/分で30秒間遠心分離してRNAを溶出した。このRNAサンプルを氷上に置き、アッセイする前に80℃で保管した。
RNAの収量は、Gene Spec装置(カリフォルニア州アラメダのミライバイオ(MiraiBio))で決定したサンプルの260/280nmの比率に基づいて分光光度的に測定した。アジレントの2100バイオアナライザー及びアジレントのRNA6000ナノアッセイ試薬及び供給品(カリフォルニア州フォスターシティのアジレント・テクノロジーズ社(Agilent Technologies))を用いてRNAの収量及び質を決定した。
この結果が表3に要約されている。この表は、チューブの目視検査による決定で、直径が6.35mmのステンレス鋼ビーズが、RNA収量が最も高く最良のホモジナイゼーションであることを実証している。更に、ステンレス鋼ビーズの収量が、同じ直径のガラスビーズに比べて著しく改善されていることが示されている。アジレントのバイオアナライザー電気泳動図により、高速ホモジナイゼーションで高品質のRNAが得られることが確認された。高速のビーズを用いた方法によって粉砕されたサンプルで18sリボソーム及び28sリボソームの明確なピークが確認され、全てのサンプルで28sに対する18sの比率が1.5を超えていた。
例3.FastPrep装置での組織粉砕
以下の実験は、50mg〜500mgの範囲のブタリンパ節サンプルをFastPrepホモジナイザー(カリフォルニア州カールバッドのキュービオジーン社(Qbiogene Inc.))で粉砕した時のRNA収量の精密を決定するために実施した。これらの実験は、1つの6.35mmステンレス鋼ビーズを含む2ml Sarstedtねじキャップバイアルで実施した。
以下の実験は、50mg〜500mgの範囲のブタリンパ節サンプルをFastPrepホモジナイザー(カリフォルニア州カールバッドのキュービオジーン社(Qbiogene Inc.))で粉砕した時のRNA収量の精密を決定するために実施した。これらの実験は、1つの6.35mmステンレス鋼ビーズを含む2ml Sarstedtねじキャップバイアルで実施した。
これら実験では、表4に示されている様々な質量の粉砕された凍結ブタリンパ節組織を、1本のチューブに付き1つの6.35mmステンレス鋼シーズを含む2ml Sarstedtねじキャップバイアルに添加した。1mlのRLTバッファーを添加し、そのチューブをFastPrep装置で45秒間、6.5m/秒の速度で処理した(この実験を行うために、大きなチューブを受容できるようにFastPrep装置のスポークプレート(spokeplate)からワッシャーを外した)。粉砕の後、チューブをEppendorfモデル5415C(ニューヨーク州のウエストバーリーのブリンクマン・インスツルメンツ社(Brinkman Instruments))で15秒間、14,000gで遠心分離して細胞残屑をペレットにし、サンプルから気泡を除去した。それぞれの溶解物の一部を、RLTバッファー中の組織の濃度が30mg/mlまで希釈し、ピペッティングで十分に混合した。この組織を処理してRNAを抽出し、そのRNAを例3で定量した。
この実験結果は、400mg未満の組織サンプルで20μgを超える全RNAの回収を実証している。400mg〜500mgの範囲のブタリンパ節サンプルではやや少ない全RNAの回収が観察され、この実験条件下での組織粉砕の効率がやや低いことを示唆している。
より少ない質量の組織サンプルを含むチューブで精密が最も低い。しかしながら、続く実験で、より少ない質量のリンパ節組織で標準偏差が大きいのは組織の不均一性及びサンプリングによるものであると推定した。なぜなら、より大きい組織が粉砕されて少量の組織がホモジナイゼーションに用いられる場合に組織回収の精密が著しく改善されるためである。
例5.ブタB‐アクチン遺伝子発現のリアルタイムPCRアッセイ
以下の実験は、FastPrep法で高速ホモジナイゼーションした後に回収したRNAをリアルタイムPCRアッセイで増幅可能であることを実証するために実施した。例4の精製RNAを用いた。比較のために、コントロールを含めた。このコントロールは、ブタリンパ節組織をOmni組織ホモジナイザー及び使い捨てPCRプローブ(バージニア州ワーレントンのオムニ・インターナショナル社(Omni International))によって機械的に粉砕したものである。Omni組織ホモジナイザーは、組織を粉砕するためにビーズを用いていない。Omni組織ホモジナイザーで処理するために、100mg〜400mgのブタリンパ節組織を6mlのRLTバッファーと混合し、手動ホモジナイザー(モデルPCR258)で1分間ホモジナイズした。サンプルを等量の70%エタノールと混合し、700μlをキアゲンのスピンカラムに添加し、例3に示されているようにRNAを精製した。
以下の実験は、FastPrep法で高速ホモジナイゼーションした後に回収したRNAをリアルタイムPCRアッセイで増幅可能であることを実証するために実施した。例4の精製RNAを用いた。比較のために、コントロールを含めた。このコントロールは、ブタリンパ節組織をOmni組織ホモジナイザー及び使い捨てPCRプローブ(バージニア州ワーレントンのオムニ・インターナショナル社(Omni International))によって機械的に粉砕したものである。Omni組織ホモジナイザーは、組織を粉砕するためにビーズを用いていない。Omni組織ホモジナイザーで処理するために、100mg〜400mgのブタリンパ節組織を6mlのRLTバッファーと混合し、手動ホモジナイザー(モデルPCR258)で1分間ホモジナイズした。サンプルを等量の70%エタノールと混合し、700μlをキアゲンのスピンカラムに添加し、例3に示されているようにRNAを精製した。
cDNAコピーを作製するためにRNAを次のように転写した。まず、1.25μlの75μM アンカーオリゴdT23の保存液、0.31μlの10mM 各dNTP、及びRNA分解酵素処理水(ミズーリー州セントルイスのシグマ・ケミカル社(Sigma Chemical Co))を13μlになるように混合して作成した主混合物に1μgのRNAを添加し、この混合物を70℃で5分間加熱し、氷上に移した。次いで、5μlの5×Superscript First−Strandバッファー、2.5μlの0.1M ジチオスレイトール、0.75μlの40U/μl Ranasin溶液(ウイスコンシン州マジソンのプロメガ社(Promega Corp))、及び1.25μlの200U/μl Superscript II逆転写酵素を含む9.5μlの混合物を添加し、チューブを42℃で50分間インキュベートした。5μlの0.5M NaOHを添加し、チューブを70℃で5分間インキュベートした。次いで、2.5μlの1M Tris‐HClバッファー(pH7.0)を添加し、更に67.4μlのRNA分解酵素を含まない水を添加した。RNAがcDNAに完全に変換され、1μgの転換率が50,000細胞当量(CE)に等しいと仮定して、500CE/μlの濃度の25mM Trisバッファーを、続く全てのリアルタイムPCRアッセイに用いた。ブタB‐アクチンプライマー(配列番号1及び2)が、インビトロジェン社(Invitrogen Corp)(カリフォルニア州のカールスバッド)によってテキサス州ヒューストンのシンセゲン・LLC社(SYNTHEGEN LLC)のB‐アクチンTaqmanプローブ(配列番号3)を用いて合成された。全てのTaqmanプローブに対して、色素とクエンチャーの対としてカルボキシフルオレセイン(FAM)とカルボキシテトラメチルローダミン(TAMRA)を用いた。配列番号1及び2の配列は配列表の通りである。配列番号3の配列は、配列表の配列番号3の左側に6‐FAM、右側にTAMRAが付加されている。
Taqmanアッセイのために、主混合物は、25μlの2×Taqman Universal PCR混合物(アプライド・バイオシステムズ社(Applied Biosystems, Inc))、1.25μlの10μM プローブ保存液、及び5μlの0.5μM 各プライマー液を加えて作成した。cDNA(2μl)を光反応微量定量プレートの各ウェルに添加した。光キャプでキャプした後、プレートをABI Prism 7900HT配列検出システム(カリフォルニア州フォスターシティのアプライド・バイオシステムズ社)で処理し、製造者の推奨するプロトコルに従ってアッセイを実施した。Taqmanアッセイによる3つの測定の平均が表5に示されている。
アッセイの結果が表5に要約されている。このアッセイにより、本発明の方法及びOmniホモジナイザーで同等の収量のRNAが得られることが実証された。本発明の方法は、複数のサンプルを同時に処理できるという点で有利である。更に、密閉チューブを用いるため、サンプルからサンプルへの汚染を最小限にすることができる。
本発明の実施態様は以下の通りである。
(1)サンプルの容器と共に用いる粉砕要素を有する細胞または組織の粉砕機を含む装置であって、前記粉砕要素の外寸が前記容器の内寸よりも僅かに小さいことを特徴とする装置。
(2)前記粉砕要素の外寸が前記容器の内寸の0.3倍よりも大きいことを特徴とする実施態様(1)に記載の装置。
(3)前記粉砕要素の外寸が前記容器の内寸の0.75倍よりも大きいことを特徴とする実施態様(1)に記載の装置。
(4)前記粉砕要素が、密度が7.0よりも高い高密度材料を含むことを特徴とする実施態様(1)に記載の装置。
(5)前記粉砕要素が、鋼または密度が8.0以上の材料を含むことを特徴とする実施態様(4)に記載の装置。
(1)サンプルの容器と共に用いる粉砕要素を有する細胞または組織の粉砕機を含む装置であって、前記粉砕要素の外寸が前記容器の内寸よりも僅かに小さいことを特徴とする装置。
(2)前記粉砕要素の外寸が前記容器の内寸の0.3倍よりも大きいことを特徴とする実施態様(1)に記載の装置。
(3)前記粉砕要素の外寸が前記容器の内寸の0.75倍よりも大きいことを特徴とする実施態様(1)に記載の装置。
(4)前記粉砕要素が、密度が7.0よりも高い高密度材料を含むことを特徴とする実施態様(1)に記載の装置。
(5)前記粉砕要素が、鋼または密度が8.0以上の材料を含むことを特徴とする実施態様(4)に記載の装置。
(6)前記粉砕要素が、直径が約6mmのステンレス鋼ボールであり、前記容器が、内径が約8mmのチューブであることを特徴とする実施態様(1)に記載の装置。
(7)細胞または組織を粉砕するための方法であって、
細胞または組織を含むサンプルを容器に入れるステップと、
核酸安定液を前記容器に添加するステップと、
粉砕要素を前記容器内に入れるステップと、
粉砕装置を45秒以下作動させるステップとを含むことを特徴とする方法。
(8)前記粉砕装置で処理される前記サンプルがリンパ節サンプルであり、前記リンパ節サンプルから上清をデカントし核酸を抽出することを特徴とする実施態様(7)に記載の方法。
(9)組織または細胞サンプルから核酸を抽出するための方法であって、
細胞または組織を含むサンプルを容器に入れるステップと、
核酸安定液を前記容器に添加するステップと、
粉砕要素を前記容器内に入れるステップと、
粉砕装置を45秒以下作動させるステップと、
前記粉砕装置で処理したサンプルを取り出すステップと、
前記取り出したサンプルから核酸を抽出するステップとを含むことを特徴とする方法。
(10)前記粉砕要素の外寸が前記容器の内寸よりも僅かに小さいことを特徴とする実施態様(9)に記載の方法。
(7)細胞または組織を粉砕するための方法であって、
細胞または組織を含むサンプルを容器に入れるステップと、
核酸安定液を前記容器に添加するステップと、
粉砕要素を前記容器内に入れるステップと、
粉砕装置を45秒以下作動させるステップとを含むことを特徴とする方法。
(8)前記粉砕装置で処理される前記サンプルがリンパ節サンプルであり、前記リンパ節サンプルから上清をデカントし核酸を抽出することを特徴とする実施態様(7)に記載の方法。
(9)組織または細胞サンプルから核酸を抽出するための方法であって、
細胞または組織を含むサンプルを容器に入れるステップと、
核酸安定液を前記容器に添加するステップと、
粉砕要素を前記容器内に入れるステップと、
粉砕装置を45秒以下作動させるステップと、
前記粉砕装置で処理したサンプルを取り出すステップと、
前記取り出したサンプルから核酸を抽出するステップとを含むことを特徴とする方法。
(10)前記粉砕要素の外寸が前記容器の内寸よりも僅かに小さいことを特徴とする実施態様(9)に記載の方法。
(11)前記粉砕要素の外寸が前記容器の内寸の0.3倍よりも大きいことを特徴とする実施態様(10)に記載の方法。
(12)前記粉砕要素の外寸が前記容器の内寸の0.75倍よりも大きいことを特徴とする実施態様(10)に記載の方法。
(13)前記粉砕要素が高密度材料を含むことを特徴とする実施態様(10)に記載の方法。
(14)前記粉砕要素が、鋼またはその鋼の密度以上の材料を含むことを特徴とする実施態様(10)に記載の方法。
(15)前記粉砕要素が、直径が約6mmのステンレス鋼ボールであり、前記容器が、内径が約8mmのチューブであることを特徴とする実施態様(10)に記載の方法。
(12)前記粉砕要素の外寸が前記容器の内寸の0.75倍よりも大きいことを特徴とする実施態様(10)に記載の方法。
(13)前記粉砕要素が高密度材料を含むことを特徴とする実施態様(10)に記載の方法。
(14)前記粉砕要素が、鋼またはその鋼の密度以上の材料を含むことを特徴とする実施態様(10)に記載の方法。
(15)前記粉砕要素が、直径が約6mmのステンレス鋼ボールであり、前記容器が、内径が約8mmのチューブであることを特徴とする実施態様(10)に記載の方法。
(16)前記方法が手術中に実施されることを特徴とする実施態様(10)に記載の方法。
(17)前記サンプルがリンパ節組織であることを特徴とする実施態様(16)に記載の方法。
(17)前記サンプルがリンパ節組織であることを特徴とする実施態様(16)に記載の方法。
Claims (17)
- サンプルの容器と共に用いる粉砕要素を有する細胞または組織の粉砕機を含む装置であって、前記粉砕要素の外寸が前記容器の内寸よりも僅かに小さいことを特徴とする装置。
- 前記粉砕要素の外寸が前記容器の内寸の0.3倍よりも大きいことを特徴とする請求項1に記載の装置。
- 前記粉砕要素の外寸が前記容器の内寸の0.75倍よりも大きいことを特徴とする請求項1に記載の装置。
- 前記粉砕要素が、密度が7.0よりも高い高密度材料を含むことを特徴とする請求項1に記載の装置。
- 前記粉砕要素が、鋼または密度が8.0以上の材料を含むことを特徴とする請求項4に記載の装置。
- 前記粉砕要素が、直径が約6mmのステンレス鋼ボールであり、前記容器が、内径が約8mmのチューブであることを特徴とする請求項1に記載の装置。
- 細胞または組織を粉砕するための方法であって、
細胞または組織を含むサンプルを容器に入れるステップと、
核酸安定液を前記容器に添加するステップと、
粉砕要素を前記容器内に入れるステップと、
粉砕装置を45秒以下作動させるステップとを含むことを特徴とする方法。 - 前記粉砕装置で処理される前記サンプルがリンパ節サンプルであり、前記リンパ節サンプルから上清をデカントし核酸を抽出することを特徴とする請求項7に記載の方法。
- 組織または細胞サンプルから核酸を抽出するための方法であって、
細胞または組織を含むサンプルを容器に入れるステップと、
核酸安定液を前記容器に添加するステップと、
粉砕要素を前記容器内に入れるステップと、
粉砕装置を45秒以下作動させるステップと、
前記粉砕装置で処理したサンプルを取り出すステップと、
前記取り出したサンプルから核酸を抽出するステップとを含むことを特徴とする方法。 - 前記粉砕要素の外寸が前記容器の内寸よりも僅かに小さいことを特徴とする請求項9に記載の方法。
- 前記粉砕要素の外寸が前記容器の内寸の0.3倍よりも大きいことを特徴とする請求項10に記載の方法。
- 前記粉砕要素の外寸が前記容器の内寸の0.75倍よりも大きいことを特徴とする請求項10に記載の方法。
- 前記粉砕要素が高密度材料を含むことを特徴とする請求項10に記載の方法。
- 前記粉砕要素が、鋼またはその鋼の密度以上の材料を含むことを特徴とする請求項10に記載の方法。
- 前記粉砕要素が、直径が約6mmのステンレス鋼ボールであり、前記容器が、内径が約8mmのチューブであることを特徴とする請求項10に記載の方法。
- 前記方法が手術中に実施されることを特徴とする請求項10に記載の方法。
- 前記サンプルがリンパ節組織であることを特徴とする請求項16に記載の方法。
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US10/781,036 US20050178726A1 (en) | 2004-02-18 | 2004-02-18 | Disruption of cells and tissues |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2005237381A true JP2005237381A (ja) | 2005-09-08 |
Family
ID=34838673
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2005040913A Pending JP2005237381A (ja) | 2004-02-18 | 2005-02-17 | 細胞及び組織の粉砕 |
Country Status (10)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20050178726A1 (ja) |
EP (1) | EP1577011A3 (ja) |
JP (1) | JP2005237381A (ja) |
KR (1) | KR20060042056A (ja) |
CN (1) | CN1673354A (ja) |
AR (1) | AR050817A1 (ja) |
AU (1) | AU2005200376A1 (ja) |
BR (1) | BRPI0500597A (ja) |
CA (1) | CA2497600A1 (ja) |
MX (1) | MXPA05001949A (ja) |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2012502639A (ja) * | 2008-09-18 | 2012-02-02 | キアゲン ゲゼルシャフト ミット ベシュレンクテル ハフツング | 複数の生物試料を同時に自動的に破壊するための方法及び装置 |
Families Citing this family (9)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
KR100658605B1 (ko) | 2006-01-31 | 2006-12-19 | 한국생명공학연구원 | 시아노박테리아로부터 고효율로 rna를 추출하는 방법 |
US20070281305A1 (en) * | 2006-06-05 | 2007-12-06 | Sean Wuxiong Cao | Detection of lymph node metastasis from gastric carcinoma |
DE102007016221A1 (de) | 2007-04-04 | 2008-10-09 | Qiagen Gmbh | Pulverisator und dazugehöriges Verfahren für die Vorbereitung zur Prozessierung einer biologischen Probe |
EP2540394B1 (en) * | 2011-06-27 | 2016-05-04 | Miltenyi Biotec GmbH | Device for fragmenting tissue |
KR101548124B1 (ko) * | 2011-10-04 | 2015-08-31 | (주) 메디컬그룹베스티안 | 피부결함의 완화 또는 치료를 위한 세포처리 및 적용 시스템 |
CN102914462A (zh) * | 2012-11-22 | 2013-02-06 | 上海化工研究院 | 一种高通量提取生物样本中胡萝卜素的方法 |
CN105296324A (zh) * | 2014-07-08 | 2016-02-03 | 吉林化工学院 | 线粒体高效分离装置 |
US20190376882A1 (en) * | 2015-05-27 | 2019-12-12 | Qiagen Gmbh | Composition and Method for Disrupting Tissue Material |
BR102018004973B1 (pt) * | 2018-03-13 | 2021-10-13 | Petróleo Brasileiro S.A. - Petrobras | Dispositivo e método para rompimento de células de microorganismos por extrusão |
Family Cites Families (11)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US2928614A (en) * | 1958-04-16 | 1960-03-15 | Emanuel | Hydraulic tissue homogenizer |
US4307846A (en) * | 1979-10-09 | 1981-12-29 | Spelsberg Thomas C | Continuous flow tissue homogenizer |
AU604684B2 (en) * | 1986-03-20 | 1991-01-03 | Gen-Probe Incorporated | Method for releasing RNA and DNA from cells |
US5484726A (en) * | 1990-11-21 | 1996-01-16 | Bristol-Myers Squibb Company | Antibodies specific for human stromelysin-3 and a method for detection of stromelysin-3 |
US5643767A (en) * | 1994-05-02 | 1997-07-01 | The Rockefeller University | Process for isolating cellular components |
US6235501B1 (en) * | 1995-02-14 | 2001-05-22 | Bio101, Inc. | Method for isolation DNA |
EP1505159B1 (en) * | 1995-03-17 | 2008-05-28 | John Wayne Cancer Institute | Detection of breast metastases with a multiple marker assay |
AU5168798A (en) * | 1996-11-04 | 1998-05-29 | Cornell Research Foundation Inc. | Matrix mill for dna extraction |
US5829696A (en) * | 1997-08-27 | 1998-11-03 | Michelle S. DeStefano | Sealed grinding and homogenizing apparatus |
AU2001279645A1 (en) * | 2000-06-09 | 2001-12-17 | Syngenta Participations Ag | System and method for high throughput tissue disruption |
US6880771B2 (en) * | 2002-02-01 | 2005-04-19 | Monsanto Technology Llc | Axially reciprocating tubular ball mill grinding device and method |
-
2004
- 2004-02-18 US US10/781,036 patent/US20050178726A1/en not_active Abandoned
-
2005
- 2005-01-31 AU AU2005200376A patent/AU2005200376A1/en not_active Abandoned
- 2005-02-17 JP JP2005040913A patent/JP2005237381A/ja active Pending
- 2005-02-17 EP EP05250907A patent/EP1577011A3/en not_active Withdrawn
- 2005-02-17 AR ARP050100565A patent/AR050817A1/es unknown
- 2005-02-17 KR KR1020050013192A patent/KR20060042056A/ko not_active Application Discontinuation
- 2005-02-17 CA CA002497600A patent/CA2497600A1/en not_active Abandoned
- 2005-02-17 BR BRPI0500597-3A patent/BRPI0500597A/pt not_active Application Discontinuation
- 2005-02-18 CN CNA2005100542114A patent/CN1673354A/zh active Pending
- 2005-02-18 MX MXPA05001949A patent/MXPA05001949A/es not_active Application Discontinuation
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2012502639A (ja) * | 2008-09-18 | 2012-02-02 | キアゲン ゲゼルシャフト ミット ベシュレンクテル ハフツング | 複数の生物試料を同時に自動的に破壊するための方法及び装置 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CA2497600A1 (en) | 2005-08-18 |
EP1577011A2 (en) | 2005-09-21 |
EP1577011A3 (en) | 2007-03-07 |
CN1673354A (zh) | 2005-09-28 |
AU2005200376A1 (en) | 2005-09-01 |
KR20060042056A (ko) | 2006-05-12 |
MXPA05001949A (es) | 2005-09-19 |
AR050817A1 (es) | 2006-11-29 |
US20050178726A1 (en) | 2005-08-18 |
BRPI0500597A (pt) | 2006-05-16 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP2005237381A (ja) | 細胞及び組織の粉砕 | |
US10781439B2 (en) | Extraction of cfDNA from biological samples | |
JP6204664B2 (ja) | Rnaおよびdnaの並行単離および/または並行精製のためのプロセス | |
JP4422782B2 (ja) | 微生物の溶解方法 | |
KR20180012266A (ko) | 조직 물질을 붕괴시키기 위한 조성물 및 방법 | |
JP2011115173A (ja) | 細胞および組織からのrna迅速抽出 | |
Harmon et al. | Improved methods for isolating DNA from Ostertagia ostertagi eggs in cattle feces | |
EP1945764A1 (en) | Method for the isolation of mrna from formalin fixed, paraffin-embedded tissue | |
US20210222152A1 (en) | Method to extract chromatin from formalin fixed, paraffin embedded (ffpe) tissue | |
KR20200019594A (ko) | 신속한 핵산 추출, 정제 및 분석을 위한 시스템 및 방법 | |
KR20090036121A (ko) | 시료로부터 사전 추출 없이 거대분자를 변형시키는 방법 | |
TWI671407B (zh) | 微生物核酸萃取方法 | |
Merante et al. | The simultaneous isolation of RNA and DNA from tissues and cultured cells | |
CN109881257A (zh) | 一种单条秀丽隐杆线虫转录组测序文库的构建方法及测序方法 | |
Nagaraj et al. | A SIMPLE, COSTEFFECTIVE, FAST AND EASY TO ISOLATE DNA PROTOCOL FROM HUMAN SAMPLES | |
Gooding et al. | Set screw homogenization of murine ocular tissue, including the whole eye | |
Coticone et al. | Optimization of a DNA extraction method for nonhuman and human bone | |
Stewart et al. | Extraction of nucleic acids from bone | |
Yi et al. | Analysis of different methods of extracting DNA and RNA from paraffin-embedded tissues | |
CN114807121A (zh) | 一种柑橘dna快速提取方法 | |
JP2010110234A (ja) | 乾式破砕を用いた微生物細胞からの核酸抽出法 |