JP2004532612A5

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Publication number: JP2004532612A5
Application number: JP2002551999A
Authority: JP
Filing date: 2001-12-19
Publication date: 2005-06-02

Claims

配列番号２のアミノ酸配列からなる、単離され、精製され、若しくは濃縮されたポリペプチド。
配列番号２で表されるアミノ酸配列と少なくとも６０％の同一性を有する、単離され、精製され、若しくは濃縮されたポリペプチド。
前記同一性の割合が少なくとも７５％である、請求項２に記載のポリペプチド。
配列番号２で表されるアミノ酸配列と少なくとも９０％の類似性を有する、請求項２に記載のポリペプチド。
少なくとも１０アミノ酸長の単離されたポリペプチドであって、
（ａ）配列番号２で表される少なくとも１０の連続するアミノ酸を含むポリペプチド；
（ｂ）配列番号２の生物学的に活性なフラグメントからなるポリペプチド；
（ｃ）配列番号２の生物学的に活性な変異体からなるポリペプチドであって、前記変異体は配列番号２と少なくとも６０％の同一性を有する；
からなる群より選ばれるポリペプチド。
前記ポリペプチドが少なくとも５０のアミノ酸を含む、請求項５に記載のポリペプチド。
前記変異体が配列番号２と少なくとも８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項５に記載のポリペプチド。
配列番号２のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性を有する、単離され、精製され、若しくは濃縮された、少なくとも５０アミノ酸長のポリペプチド。
抗菌剤が配列番号２のアミノ酸配列を含むポリペプチドに結合する、黄色ブドウ球菌に対して殺菌または静菌効果を有する抗菌剤。
前記剤が小有機分子、ペプチド疑似化合物、ペプチド、およびポリペプチドからなる群より選ばれる、請求項９に記載の抗菌剤。
前記ポリペプチドがバクテリオファージタンパク質からなる、請求項１０に記載の抗菌剤。
前記バクテリオファージタンパク質が、３Ａ−ＯＲＦ３３（配列番号４）およびそのフラグメント若しくは変異体からなる群より選ばれる、請求項１１に記載の抗菌剤。
前記剤が、配列番号２を含む黄色ブドウ球菌ポリペプチドの活性を低下させまたは減少させる、請求項９ないし１２のいずれかに記載の抗菌剤。
請求項９ないし１３のいずれかに規定される抗菌剤、および医薬的に許容されるキャリア、を含む抗菌組成物。
配列番号２のアミノ酸配列を含む生物学的に活性なＳＴＡＡＵ＿Ｒ４ポリペプチドに対して活性のある化合物を同定する方法であって、前記方法は：
ＳＴＡＡＵ＿Ｒ４ポリペプチド、それらの生物学的に活性なフラグメント若しくは生物学的に活性な変異体を、候補化合物と接触させること；および
ｉ）前記化合物の前記ＳＴＡＡＵ＿Ｒ４ポリペプチド、フラグメント若しくは変異体への結合；およびｉｉ）前記ＳＴＡＡＵ＿Ｒ４ポリペプチド、フラグメント若しくは変異体の生物学的活性；の少なくとも１つを検出すること、の工程を含み、
ここで、候補化合物の前記ＳＴＡＡＵ＿Ｒ４ポリペプチド、フラグメント若しくは変異体への結合、および／または前記候補物質が存在しない場合に比べた存在する場合の前記生物学的活性の減少が、前記候補化合物がＳＴＡＡＵ＿Ｒ４ポリペプチドに対して活性のある化合物であることを示す、
方法。
生物学的に活性なＳＴＡＡＵ＿Ｒ４ポリペプチドに対して活性のある化合物を同定する方法であって、前記方法は：
候補化合物を、配列番号２のアミノ酸を含むＳＴＡＡＵ＿Ｒ４ポリペプチドを発現している細胞、または前記ＳＴＡＡＵ＿Ｒ４ポリペプチドの生物学的に活性なフラグメント若しくは生物学的に活性な変異体を発現している細胞、に接触させること；および
前記細胞中でＳＴＡＡＵ＿Ｒ４活性を測定すること；を含み、
ここで、前記候補化合物の存在下における前記ＳＴＡＡＵ＿Ｒ４の活性の減少が、前記候補化合物がＳＴＡＡＵ＿Ｒ４ポリペプチドに対して活性があることを示す、
方法。
配列番号２を含むＳＴＡＡＵ＿Ｒ４ポリペプチドの活性のアゴニスト若しくはアンタゴニスト、または前記ＳＴＡＡＵ＿Ｒ４ポリペプチドの生物学的に活性なフラグメント若しくは変異体の活性のアゴニスト若しくはアンタゴニスト。
配列番号２のアミノ酸配列を含むＳＴＡＡＵ＿Ｒ４ポリペプチドと相互作用する化合物を同定する方法であって、前記方法は：
前記ＳＴＡＡＵ＿Ｒ４ポリペプチド、生物学的に活性なフラグメント若しくは変異体に特異的に結合するバクテリオファージポリペプチドの存在下で、前記ＳＴＡＡＵ＿Ｒ４ポリペプチド、その生物学的に活性なフラグメント若しくは変異体を、候補化合物に接触させること；
前記候補化合物が、前記結合を低下させるかどうかを測定すること；および、
前記結合を低下させる候補化合物を選択すること；
の工程を含む、方法。
前記バクテリオファージポリペプチドが、３Ａ−ＯＲＦ３３（配列番号４）、およびそのフラグメント若しくは変異体からなる群より選ばれる、請求項１８に記載の方法。
前記バクテリオファージポリペプチド、フラグメント若しくは変異体が、直接的または間接的に検出可能にラベル化されている、請求項１８または１９に記載の方法。
前記測定が、蛍光共鳴エネルギー転移（ＦＲＥＴ）、蛍光偏光、表面プラスモン共鳴、シンチレーション近接アッセイ、バイオセンサーアッセイ、およびファージディスプレイからなる群より選ばれる技術による測定を含む、請求項１８ないし２０のいずれかに記載の方法。
請求項１５ないし２１のいずれかに規定される方法を実行することにより、ＳＴＡＡＵ＿Ｒ４ポリペプチドと相互作用する化合物を同定すること；および
前記ＳＴＡＡＵ＿Ｒ４ポリペプチドを自然に産生する細菌に感染した、または感染の危険のある生物に投与したときに、治療効果を提供するのに充分な量の前記化合物を合成または精製すること、
を含む、抗菌化合物の製造方法。
前記化合物が、小有機分子、ペプチド疑似化合物、ペプチドおよびポリペプチドからなる群より選ばれる、請求項１５ないし２２のいずれかに記載の方法。
細菌を、請求項９ないし１３のいずれかに規定される抗菌剤と接触させること、および／または請求項１４に規定される抗菌組成物と接触させることを含む、細菌を阻害する方法。
細菌を、配列番号２と少なくとも６０％の同一性を有するＳＴＡＡＵ＿Ｒ４ポリペプチドの生物学的活性を阻害する抗菌剤と接触させることを含む、細菌を阻害する方法。
前記ＳＴＡＡＵ＿Ｒ４ポリペプチドが配列番号２と少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項２５に記載の方法。
前記活性の阻害が前記抗菌剤の前記ＳＴＡＡＵ＿Ｒ４ポリペプチドへの結合により引き起こされる、請求項２５または２６に記載の方法。
黄色ブドウ球菌の感染を処置または予防するための、請求項２５ないし２７のいずれかに記載の方法。
前記接触がｉｎｖｉｔｒｏで行われる、請求項２５ないし２８のいずれかに記載の方法。
前記接触が、非ヒト動物のｉｎｖｉｖｏで行われる、請求項２５ないし２８のいずれかに記載の方法。
治療的に有効量のまたは予防的に有効量の、請求項９ないし１３のいずれかに規定された抗菌剤および／または請求項１４に規定された抗菌組成物、を非ヒト哺乳動物に投与することを含む、前記哺乳動物において細菌感染を処置または予防する方法。
治療的に有効量のまたは予防的に有効量の、配列番号２と少なくとも６０％の同一性を有するＳＴＡＡＵ＿Ｒ４ポリペプチドの生物学的活性を阻害する化合物、を哺乳動物に投与することを含む、前記哺乳動物において細菌感染を処置または予防する方法。
前記ＳＴＡＡＵ＿Ｒ４ポリペプチドが配列番号２と少なくとも９０％の同一性を有する、請求項３２に記載の方法。
前記活性の阻害が、前記抗菌剤の前記ＳＴＡＡＵ＿Ｒ４ポリペプチドへの結合により引き起こされる、請求項３２に記載の方法。
前記哺乳動物がヒトである、請求項３２に記載の方法。
黄色ブドウ球菌の感染を処置または予防するための、請求項３２に記載の方法。
細菌を、配列番号２と少なくとも６０％の同一性を有する細菌ポリペプチドに結合する抗菌剤と接触させることを含む、細菌における脂肪酸および／またはリン脂質合成を阻害する方法。
前記抗菌剤が、小有機分子、ペプチド疑似化合物、ペプチド、およびポリペプチドからなる群より選ばれる、請求項３７に記載の方法。
前記ポリペプチドがバクテリオファージタンパク質からなる、請求項３８に記載の方法。
前記バクテリオファージタンパク質が、３Ａ−ＯＲＦ３３（配列番号４）およびそのフラグメント若しくは変異体からなる群より選ばれる、請求項３９に記載の方法。
前記阻害が前記細菌の成長を低下させまたは遮蔽する、請求項３７ないし４０のいずれかに記載の方法。
お互いに特異的に相互作用する第１のポリペプチドドメインと第２のポリペプチドドメインを含む組成物であって、前記第１のポリペプチドは配列番号２を含むＳＴＡＡＵ＿Ｒ４ポリペプチド由来であり、前記第２のドメインは前記ＳＴＡＡＵ＿Ｒ４ポリペプチドに特異的に結合するバクテリオファージポリペプチド由来である、組成物。
ＳＴＡＡＵ＿Ｒ４ポリペプチドに対して活性のある化合物の同定のための、
ａ）配列番号２のアミノ酸配列、またはそれらの生物学的に活性なフラグメント若しくは変異体を含むＳＴＡＡＵ＿Ｒ４ポリペプチド；
ｂ）ＳＴＡＡＵ＿Ｒ４ポリペプチド、またはそれらの生物学的に活性なフラグメント若しくは変異体、およびＳＴＡＡＵ＿Ｒ４と特異的に相互作用するバクテリオファージＯＲＦによってエンコードされるポリペプチド、を含む特異的に相互作用するドメインのペアを含む組成物；
ｃ）ｉ）配列番号２のアミノ酸配列、またはｉｉ）ｉ）の生物学的に活性なフラグメント若しくは変異体、のうちの１つを含む第１のポリペプチド、およびｉ）またはｉｉ）のうちの１つと特異的に相互作用するバクテリオファージＯＲＦによってエンコードされる第２のポリペプチド、を含むアッセイ混合物；
のうちの１つの使用。