JP2004340931A - バイオポリマーアレイの製造のための品質管理方法 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】(a)検出可能な保護基を含むモノマーまたはオリゴマー建築ブロックからアレイ上に複数の種々のバイオポリマー種を合成する工程;(b)合成後に該アレイ上の検出可能な保護基の測定を任意に実施する工程;(c)該検出可能な保護基を切断除去する工程;および(d)脱保護の効力を測定するために切断後に該アレイ上の検出可能な保護基の測定を実施する工程;を含む、バイオポリマーアレイを製造するための品質管理方法。
【選択図】なし
Description
(1)(a)検出可能な保護基を含むモノマーまたはオリゴマー建築ブロックからアレイ上に複数の種々のバイオポリマー種を合成する工程;
(b)合成後に該アレイ上の検出可能な保護基の測定を任意に実施する工程;
(c)該検出可能な保護基を切断除去する工程;および
(d)脱保護の効力を測定するために切断後に該アレイ上の検出可能な保護基の測定を実施する工程;
を含む、バイオポリマーアレイを製造するための品質管理方法、
R2は-H、-(C1〜C10)-アルコキシ、-(C2〜C10)-アルケニルオキシ、-(C2〜C10)-アルキニルオキシ、-ハロゲン、-アジド、-NHR7、-SR7または-OR7(式中、R7は保護基またはレポーター基である)であり、
R3はリン酸塩、H-ホスホン酸塩または保護基を含み得る他のリン酸塩アナログ基であり、
Bは核酸塩基または核酸塩基アナログであり、
nは0または1であり、
Lは検出可能な保護基である)
を有するヌクレオチド建築ブロックである、前記(12)〜(14)いずれか記載の方法、
R2は-H、-(C1〜C10)-アルコキシ、-(C2〜C10)-アルケニルオキシ、-(C2〜C10)-アルキニルオキシ、-ハロゲン、-アジド、-NHR7、-SR7または-OR7(式中、R7は保護基またはレポーター基である)であり、
R3はリン酸塩、H-ホスホン酸塩または保護基を含み得る他のリン酸塩アナログ基であり、
Bは核酸塩基または核酸塩基アナログであり、
nは0または1であり、
Lは検出可能な保護基である)
を有する核酸合成建築ブロック、
に関する。
(a) 検出可能な保護基を含有するモノマー建築ブロックまたはオリゴマー建築ブロックから複数の異なるバイオポリマー種をアレイ上に合成する工程;
(b) 合成後、任意にアレイ上の検出可能な保護基の測定を行なう工程;
(c) 該検出可能な保護基を切断する工程、および
(d) 脱保護の効率を調べるため、切断後、アレイ上の該検出可能な保護基の測定を行なう工程
を含む、バイオポリマーアレイを製造するための品質管理方法に関する。
R2は、-H、-(C1〜C10)-アルコキシ、-(C2〜C10)-アルケニルオキシ、-(C2〜C10)-アルキニルオキシ、ハロゲン、-アジド、-NHR7、-SR7またはOR7であり、ここでR7は保護基またはレポーター基であり、
R3は、ホスフェート、H-ホスホネートまたは保護基を含みうる他のホスフェートアナログ基であり、
Bは核酸塩基または核酸塩基アナログであり、
nは0または1であり、
Lは、n=1の場合、例えば、構造-C(O)-Rの検出可能な保護基であり、またはn=0である場合、=CH-NR8Rであり、ここでRはレポーター基の残基であり、R8は、-(C1〜C3)-アルキルからなる群より選ばれる)
を有するヌクレオチド建築ブロックである。
R6は、-(C2〜C6)-アルケニルオキシ、-(C2〜C6)アルケニル、-(C1〜C6)-アルキル、または-(C1〜C6)-アルコキシであり、
ここで、各基は、-ハロ、p-ニトロアリールオキシおよび-シアノから選ばれる1つまたはいくつかの置換基を含みうるか、またはR6は-Hであり、
R6は最も好ましくは2-シアノエチルオキシ基である。
4-ヒドロキシスチルベンから出発し、所望のスチルベン標識建築ブロックを、図5のスキームに従って以下の工程A)〜F)で合成した。
550mgの水素化ナトリウム(パラフィンオイル中の60%懸濁物)を2gトランス4ヒドロキシスチルベンの70ml乾燥ジオキサン溶液に添加した。室温で1時間の撹拌後、1.2mlのヨード酢酸エチルエステルを添加した。混合物を1時間還流し、次いで室温に冷却した。濾過後、溶媒をロータリーエバポレーターを用いて除去し、残渣を、溶出液としてヘキサン/酢酸エチルエステル2:1を用いるシリカゲルにおけるカラムクロマトグラフィーにより精製した。
収量:1.0g。
20mlの10MolのNaOHを1g(4-スチリル-フェノキシ)酢酸エチルエステル(a)の60mlジオキサン溶液に20分間内に添加した。5時間の撹拌後、10MolのHClでpHをpH2に調整した。混合物を酢酸エチルエステルで抽出した。有機層を分離し、水で洗浄し、硫酸ナトリウム上で乾燥させた。ロータリーエバポレーターを用いて溶媒を蒸発させた。乾燥剤として塩化カルシウムを用いて、残渣を減圧下で5日間乾燥させた。
収量:0.81g。
0.81gの(4-スチリル-フェノキシ)-酢酸(b)を15mlのジオキサンおよび3mlの塩化メチレンの混合物に溶解させた。4〜8℃で2.6mlの塩化オキサリルを添加した後、混合物を室温で4時間撹拌した。ロータリーエバポレーターを用いることにより溶媒を除去した。残渣を10mlの塩化メチレンに溶解させた。溶液を、1.35gの4.2(-)-3',5'-O-(1,1,3,3-テトライソプロピル1,3-ジシロキサンジイル)アデノシンの30ml塩化メチレン溶液および3mlピリジン溶液に室温で滴下した。次いで混合物を一晩撹拌した。ロータリーエバポレーターを用いることにより溶媒を除去し、残渣を、トルエン/酢酸エチルエステル/メタノール4:1:1を用いるシリカゲルにおけるカラムクロマトグラフィーにより精製した。
収量:1.5g。
1.5gのN6(4-スチリル-フェノキシ)-アセチル-4.2(-)-3'-,5'-O-(1,1,3,3-テトライソプロピル-1,3-ジシロキサンジイル)アデノシン(c)を90mlの1MテトラブチルアンモニウムフルオライドTHF溶液に溶解させ、一晩撹拌した。溶媒をロータリーエバポレーターを使用することにより除去し、残渣を酢酸エチルエステル/メタノール2:1を用いるシリカゲルにおけるカラムクロマトグラフィーにより精製した。
収量:0.56g。
0.46gの塩化ジメトキシトリチルを含有する10mlの乾燥ピリジン溶液を、室温にて1時間以内に0.56gのN6(4-スチリル-フェノキシ)-アセチルアデノシン(d)を含有する10mlの乾燥ピリジン溶液に滴下した。一晩撹拌後、ロータリーエバポレーターを使用して溶媒を蒸発させた。残渣を300mlの酢酸エチルエステルに溶解し、100mlの水で洗浄した。有機相を分離し、硫酸ナトリウムを用いて乾燥させた。濾過後、溶媒をロータリーエバポレーターを使用して除去した。
収量:200mg
アルゴン下室温にて、0.56μlのNエチルジイソプロピルアミンおよび次いで73μlのクロロ-2-シアノエトキシジイソプロピルアミノホスファンを、200mgの5'-(p,p'-ジメトキシトリチル)-N6(4-スチリル-フェノキシ)-アセチルアデノシン(e)を含有する5mlの塩化メチレン溶液に添加した。溶媒をロータリーエバポレーターを使用して除去した。残渣を50mlの酢酸エチルエステルに溶解し、10mlの5%炭酸水素ナトリウム溶液で2回洗浄した。有機相を分離し、硫酸ナトリウムで乾燥させた。濾過後、溶媒をロータリーエバポレーターを使用して除去した。
収量:120mg。
Claims (11)
- (a)検出可能な保護基を含むモノマーまたはオリゴマー建築ブロックからアレイ上に複数の種々のバイオポリマー種を合成する工程;
(b)合成後に該アレイ上の検出可能な保護基の測定を任意に実施する工程;
(c)該検出可能な保護基を切断除去する工程;および
(d)脱保護の効力を測定するために切断後に該アレイ上の検出可能な保護基の測定を実施する工程;
を含む、バイオポリマーアレイを製造するための品質管理方法。 - バイオポリマー種が核酸、核酸アナログ、ペプチドおよびペプチドアナログから選択される請求項1記載の方法。
- バイオポリマー種が核酸および核酸アナログから選択され、検出可能な保護基が核酸塩基に結合される請求項2記載の方法。
- 検出可能な保護基が核酸塩基のアミノ基に結合される請求項3記載の方法。
- バイオポリマー合成のための建築ブロックが、一般構造式(I)または(II):
R2は-H、-(C1〜C10)-アルコキシ、-(C2〜C10)-アルケニルオキシ、-(C2〜C10)-アルキニルオキシ、-ハロゲン、-アジド、-NHR7、-SR7または-OR7(式中、R7は保護基またはレポーター基である)であり、
R3はリン酸塩、H-ホスホン酸塩または保護基を含み得る他のリン酸塩アナログ基であり、
Bは核酸塩基または核酸塩基アナログであり、
nは0または1であり、
Lは検出可能な保護基である
を有するヌクレオチド建築ブロックである、請求項2〜4いずれか記載の方法。 - R1が任意に置換されたトリフェニルメチル基(例えば、4,4'-ジメトキシトリフェニルメチルまたは4-モノメトキシトリフェニルメチル)、ピキシル基、光切断可能基(例えば、p-ニトロフェニルプロポキシカルボニル(NPPOC)または(α-メチル)-6-ニトロピペロニルオキシカルボニル(MeNPOC))、および置換シリル保護基(例えば、tert-ブチルジメチルシリル(TBDMS)またはtert-ブチルジフェニルシリル(TBDPS))から選択される、請求項5記載の方法。
- R3が亜リン酸アミド基である請求項5または6記載の方法。
- R3が基-P(R6)-NR4R5であり、式中、R4およびR5は独立して-H、-(C1〜C10)-アルキル、-(C2〜C10)-アルケニル、-(C6〜C22)-アリールからなる群より選択されるか、またはNと一緒になってNR4R5は5〜6員の複素環式環を形成し得、R6は-(C2〜C6)-アルケニルオキシ、-(C2〜C6)-アルケニル、-(C1〜C6)-アルキル、-(C1〜C6)-アルコキシからなる群より選択され、各基は-ハロ、p-ニトロアリールオキシおよび-シアノから選択される1つまたは数個の置換基を含み得るか、またはR6は-Hである、請求項2記載の方法。
- 核酸アレイの生成のための請求項9記載の建築ブロックの使用。
- 請求項9記載の核酸合成建築ブロックを少なくとも1つ含んでなる核酸アレイの合成用の試薬キット。
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