JP2004008084A - ヒトabcトランスポーター遺伝子を検出するためのプライマーセットおよび検出方法 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】特定な塩基配列で表されるプライマーセット(1)〜(48)、プライマーセット(1)〜(48)を含む、ヒトABCトランスポーター遺伝子ファミリーを検出するためのキット、ヒトABCトランスポーター遺伝子ファミリーの特定のサブファミリーを検出するためのキット、ならびに、試料におけるABCトランスポーター遺伝子の発現を検出する方法であって、プライマーセット(1)〜(48)のいずれかを用いて、ポリメラーゼ連鎖反応によりABCトランスポーター遺伝子を増幅させることを含む方法。
【選択図】 なし
Description
【発明の属する技術分野】
本発明は、ABCトランスポーター遺伝子を検出するための特異的プライマーセット、およびこれを用いるABCトランスポーター遺伝子の検出方法に関する。
【0002】
【従来の技術】
疾患の治療において患者に薬剤を投与する場合、患者間で薬剤応答性の差異が存在することが知られている。この原因の一つとして、薬物代謝酵素および薬剤標的分子(酵素、受容体など)の遺伝子多型や発現レベルの違いが挙げられる。また、薬剤応答性には、薬物トランスポーターによる細胞内への薬物の流入および排出の制御も大きく関与している。
【0003】
ヒトATP結合カセット(ABC)トランスポーターが疾患の原因や薬物輸送に関与していることが報告されている。ABCトランスポーターは、細菌からヒト等の高等生物にわたるすべての細胞において見いだされる、最も大きな蛋白質のスーパーファミリーの1つであり、約250種類(ヒトでは約50種類)のメンバーが知られている。ほとんどのABC蛋白質は、トランスポーターとして機能するが、イオンチャネルとして機能するものも存在する。多くのABC蛋白質は、臨床的に非常に重要な意味をもつ。例えば、癌に化学療法に対する耐性を与え、薬物の体内動態に関与する多剤耐性P−糖蛋白質、嚢胞性繊維症遺伝子産物、デュービン−ジョンソン症候群に関与する蛋白質等が知られている(Dean et al., Genome Research 11, 1156−1166 (2001))。
【0004】
したがって、個別の患者に対して効率の良い治療を行うためには、ABCトランスポーターの構造および作用メカニズムを解析して種々の疾患との関連性を解明するとともに、それぞれの患者におけるABCトランスポーターの発現レベルを測定することが有用であろう。
【0005】
ヒトゲノム解析から、約50種類のABCトランスポーター遺伝子の存在が予測されている。これらのトランスポーター遺伝子の配列には相同性の高い領域が含まれているため、定量的PCRを行うためにそれぞれの遺伝子の発現レベル(mRNAレベル)を特異的に測定することができるPCRプライマーを設計することは容易ではなかった。
【0006】
【発明が解決しようとする課題】
したがって、本発明の目的は、微量の臨床検体におけるヒトABCトランスポーターの発現レベルを定量的に測定するためのキット、ならびに測定方法を提供することである。
【0007】
【課題を解決するための手段】
本発明は、48種類のヒトABCトランスポーター遺伝子の発現レベルを、特異的かつ定量的に測定することができるPCRプライマーのセットを提供する。本発明のプライマーセットは、それぞれ配列番号1および配列番号2で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(1)、それぞれ配列番号3および配列番号4で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(2)、それぞれ配列番号5および配列番号6で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(3)、それぞれ配列番号7および配列番号8で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(4)、それぞれ配列番号9および配列番号10で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(5)、それぞれ配列番号11および配列番号12で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(6)、それぞれ配列番号13および配列番号14で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(7)、それぞれ配列番号15および配列番号16で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(8)、それぞれ配列番号17および配列番号18で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(9)、それぞれ配列番号19および配列番号20で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(10)、それぞれ配列番号21および配列番号22で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(11)、それぞれ配列番号23および配列番号24で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(12)、それぞれ配列番号25および配列番号26で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(13)、それぞれ配列番号27および配列番号28で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(14)、それぞれ配列番号29および配列番号30で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(15)、それぞれ配列番号31および配列番号32で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(16)、それぞれ配列番号33および配列番号34で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(17)、それぞれ配列番号35および配列番号36で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(18)、それぞれ配列番号37および配列番号38で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(19)、それぞれ配列番号39および配列番号40で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(20)、それぞれ配列番号41および配列番号42で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(21)、それぞれ配列番号43および配列番号44で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(22)、それぞれ配列番号45および配列番号46で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(23)、それぞれ配列番号47および配列番号48で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(24)、それぞれ配列番号49および配列番号50で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(25)、それぞれ配列番号51および配列番号52で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(26)、それぞれ配列番号53および配列番号54で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(27)、それぞれ配列番号55および配列番号56で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(28)、それぞれ配列番号57および配列番号58で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(29)、それぞれ配列番号59および配列番号60で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(30)、それぞれ配列番号61および配列番号62で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(31)、それぞれ配列番号63および配列番号64で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(32)、それぞれ配列番号65および配列番号66で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(33)、それぞれ配列番号67および配列番号68で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(34)、それぞれ配列番号69および配列番号70で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(35)、それぞれ配列番号71および配列番号72で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(36)、それぞれ配列番号73および配列番号74で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(37)、それぞれ配列番号75および配列番号76で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(38)、それぞれ配列番号77および配列番号78で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(39)、それぞれ配列番号79および配列番号80で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(40)、それぞれ配列番号81および配列番号82で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(41)、それぞれ配列番号83および配列番号84で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(42)、それぞれ配列番号85および配列番号86で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(43)、それぞれ配列番号87および配列番号88で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(44)、それぞれ配列番号89および配列番号90で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(45)、それぞれ配列番号91および配列番号92で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(46)、それぞれ配列番号93および配列番号94で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(47)、ならびに、それぞれ配列番号95および配列番号96で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット(48)からなる群より選択される。これらのオリゴヌクレオチドはいずれも、配列番号に示される塩基配列において1もしくは2塩基が置換されていてもよい。
【0008】
本発明はまた、プライマーセット(1)〜(12)を含む、ヒトABCトランスポーター遺伝子ABCAサブファミリー遺伝子を検出するためのキット、プライマーセット(13)〜(23)を含む、ヒトABCトランスポーター遺伝子ABCBサブファミリー遺伝子を検出するためのキット、ならびにプライマーセット(24)〜(36)を含む、ヒトABCトランスポーター遺伝子ABCCサブファミリー遺伝子を検出するためのキット、ならびにプライマーセット(37)〜(40)を含む、ヒトABCトランスポーター遺伝子ABCDサブファミリー遺伝子を検出するためのキット、ならびにプライマーセット(41)を含む、ヒトABCトランスポーター遺伝子ABCEサブファミリー遺伝子を検出するためのキット、ならびにプライマーセット(41)〜(43)を含む、ヒトABCトランスポーター遺伝子ABCFサブファミリー遺伝子を検出するためのキット、ならびにプライマーセット(44)〜(48)を含む、ヒトABCトランスポーター遺伝子ABCGサブファミリー遺伝子を検出するためのキットを提供する。本発明はまた、プライマーセット(1)〜(48)を含む、ヒトABCトランスポーター遺伝子ファミリーを検出するためのキットを提供する。
【0009】
別の観点においては、本発明は、試料におけるABCトランスポーター遺伝子の発現を検出する方法であって、プライマーセット(1)〜(48)のいずれかを用いて、ポリメラーゼ連鎖反応によりABCトランスポーター遺伝子を増幅させることを含む方法を提供する。
【0010】
【発明の実施の形態】
本発明のプライマーセットの各オリゴヌクレオチドは、例えば汎用のDNA合成装置(例えば394合成器、Applied Biosystems社)を用いて化学的に合成することができる。オリゴヌクレオチドは、当該技術分野においてよく知られる他の方法のいずれかを用いて合成してもよい。
【0011】
試料における特定のABCトランスポーター遺伝子の発現を検出するためには、試料からRNAを抽出して鋳型cDNAを調製し、本発明のプライマーセットを用いて、ポリメラーゼ連鎖反応により目的とするABCトランスポーター遺伝子を増幅させる。
【0012】
試料からRNAを抽出する方法は当該技術分野においてよく知られており、例えば、グアニジン−イソチオシアネートおよびフェノール・クロロホルム抽出を用いることができる。あるいは市販のRNA抽出試薬を用いてもよい。
【0013】
RNAを鋳型としてcDNAを合成する方法も当該技術分野においてよく知られている。プライマーとして本発明のプライマーセットを用い、dNTPsの存在下で、逆転写酵素を用いてcDNAを合成する。逆転写酵素としては、例えば、SuperScriptII(Invitrogen社)を用いることができる。
【0014】
次に、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)により目的とするABCトランスポーター遺伝子を増幅する。ポリメラーゼとしては例えばEx Taq(登録商標)(Takara)を用いることができる。PCRの条件は、例えば、95℃、30sec→58℃(Tm,融解温度)、30sec→72℃、30secを40サイクル行う。ただし、PCR条件(Tm,融解温度)はプライマーセットとABCトランスポーター遺伝子の種類によって異なり、適当な条件を選択する方法は当該技術分野においてよく知られている。次に、増幅産物をゲル電気泳動等で解析して、目的とするABCトランスポーター遺伝子の存在を検出することができる。
【0015】
定量的PCRを行うためには、試料のPCR反応におけるDNAの増幅を、DNAに取り込まれたSYBR Green I(登録商標)(BioWhittaker Molecular Applications)の蛍光強度でモニターし、設定した閾値に蛍光強度が達するサイクル数を求める。これをコピー数が既知の対照試料を用いて得られたサイクル数と比較することにより、試料中のcDNAのコピー数を計算して求めることができる。
【0016】
このようにして、本発明のプライマーセットを用いて、試料中のABCトランスポーター遺伝子を特異的かつ定量的に検出することができる。
【0017】
【実施例】
実施例1 プライマーの選定
ヒトABCトランスポーターの遺伝子配列は、GeneBank等の公共データベースから得た。表1に、本発明において用いた遺伝子配列のデータベース登録番号を示す。
【0018】
【表1】
【0019】
各ABCトランスポーター遺伝子の配列について、融解温度が60±7℃を基本的指標にして、適切な長さの増幅産物を与えるセンスおよびアンチセンスプライマーの組の候補を数種ずつ選択した。次に、ホモロジー検索を行い、プライマー候補が他のABCトランスポーター遺伝子と高いホモロジーを有する場合にはこれを候補から除いた。また、分子内に二次構造(ヘアーピン構造)が形成される場合やプライマー同士がダイマーを形成する場合にはこれも除いた。このようにして、各ABCトランスポーター遺伝子に特異的なプライマーセットを選択した。
【0020】
【表2】
【0021】
【表3】
【0022】
【表4】
【0023】
【表5】
【0024】
次に、得られたプライマーセットの配列に基づいて、DNA合成機によりオリゴヌクレオチドDNAを合成した。クロンテック社より購入したヒト各臓器のcDNAを用いて、各ABCトランスポーター遺伝子を、それに対応するセンスおよびアンチセンスプライマーにより増幅した。図1−5に示されるように、本発明のプライマーセットを用いて、各ABCトランスポーター遺伝子について、目的とする遺伝子のみが増幅されることが確認された。
【0025】
実施例2 ヒト白血球における各種ABCトランスポーター遺伝子の発現
得られたPCRプライマーを用いて、ヒト白血球におけるABCトランスポーター遺伝子の発現量の定量的PCRを行った。
【0026】
コピー数測定用の標準(対照)試料は、各ABCトランスポーター遺伝子の全長もしくはPCR増幅されるべき部分を含む断片をベクター(pCRII TOPO, pCR 2.1 TOPO, pCMV6−XL4, pcDNA, pFastBac等)に組み込んだプラスミドを構築し、種々のプラスミド濃度(コピー数)の存在下で、本発明の各プライマーセットを用いてPCR反応を行った。各プライマーの最終濃度は、200nMに調整した。装置はSmart Cycler(TaKaRa)を用い、試薬はEx Taq(登録商標)R−PCR Version(TaKaRa)を使用した。PCRの条件は、95℃、30sec→Tm(各プライマーについて計算した融解温度)、30sec→72℃、30secを40サイクル行った。PCR反応中、DNAに取り込まれたSYBR Green I(登録商標)(BioWhittaker Molecular Applications)の蛍光強度をモニターし、設定した閾値に蛍光強度が達するサイクル数を測定した。各ABCトランスポーター遺伝子について、サイクル数とコピー数との検量線を求めた。
【0027】
定量的PCRは、Clonetech社より購入したヒト白血球のcDNAを用いて行った。PCRの条件は上述の標準(対照)試料の場合と同じであった。PCR反応中、DNAに取り込まれたSYBR Green I(登録商標)(BioWhittakerMolecular Applications)の蛍光強度をモニターし、設定した閾値に蛍光強度が達するサイクル数を測定した。これを上記の標準試料の検量線と比較することにより、白血球における各ABCトランスポーター遺伝子のコピー数を求めた。結果を図6および7に示す。本発明のプライマーセットを用いて、ヒト白血球試料における各種ABCトランスポーター遺伝子の発現量を定量することができた。
【0028】
【配列表】
SEQUENCE LISTING
<110> The circle for the Promotion of Science and Technology
<120> Primer set and method for detection of human ABC transporter genes
<130> prk0001
<160> 96
<170> PatentIn version 3.1
<210> 1
<211> 18
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 1
aagctctttg cactagga 18
<210> 2
<211> 21
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 2
gttgtctgag aaacagagta g 21
<210> 3
<211> 22
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 3
actttgccaa gaagcagagt ga 22
<210> 4
<211> 21
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 4
cagcctttgg cacaattagg g 21
<210> 5
<211> 21
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 5
gagatgctgg tcatgtacgc t 21
<210> 6
<211> 19
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 6
acagcaggct ctccgatca 19
<210> 7
<211> 24
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 7
actgatcttt cacaccgctc gttc 24
<210> 8
<211> 22
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 8
aggtgagcaa gtcagtttcg gt 22
<210> 9
<211> 22
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 9
ggaggaagat aatagttgtg ga 22
<210> 10
<211> 20
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 10
aatttcaagt gcgttcttgg 20
<210> 11
<211> 23
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 11
ctggaagaat acagcctttc tcc 23
<210> 12
<211> 22
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 12
caggtttgct atcaccccta tg 22
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<211> 22
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 13
gcagggaaga cgtccacgtt tc 22
<210> 14
<211> 22
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 14
ccggtctgcg taccatgaga gt 22
<210> 15
<211> 20
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 15
aagatgtgca acctttagcc 20
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<211> 21
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 16
gcttagtcaa atgcctctgt c 21
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<211> 22
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 17
gatagttaaa cagagtttcg ac 22
<210> 18
<211> 20
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 18
tcaaatgcat tttgtaccac 20
<210> 19
<211> 22
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 19
tgctctcagt atttcacgat tg 22
<210> 20
<211> 21
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 20
gaaccaatac accttagcgt t 21
<210> 21
<211> 22
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 21
catggatccg aagtcgaaac gg 22
<210> 22
<211> 23
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 22
cagtcttgtt ggtttccagc aga 23
<210> 23
<211> 20
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 23
ttcatctatg gttggcaact 20
<210> 24
<211> 20
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 24
tctccatagg caatgttctc 20
<210> 25
<211> 22
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 25
caccagtgcc ctggatgcaa ac 22
<210> 26
<211> 22
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 26
cagagtgctg gccacaccaa ag 22
<210> 27
<211> 21
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 27
acctctattc ccgcctggtt c 21
<210> 28
<211> 23
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 28
catcaccagg caaagctcta gtc 23
<210> 29
<211> 20
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 29
ccgactgtct acggtccgaa 20
<210> 30
<211> 23
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 30
acatttgctt caagtccatc ggt 23
<210> 31
<211> 22
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 31
gacatcggct ggtttgatag ct 22
<210> 32
<211> 20
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 32
gagtttccag cccttcacca 20
<210> 33
<211> 20
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 33
gtggagaggg gacgacacga 20
<210> 34
<211> 26
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 34
catagctagc accatacccc aagacc 26
<210> 35
<211> 20
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 35
ttgtcttgga tcagggtaag 20
<210> 36
<211> 22
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 36
cttcagtgca aatatgtagt cc 22
<210> 37
<211> 21
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 37
cgaggtgctg aaagacttca c 21
<210> 38
<211> 20
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 38
ctcctggctg atgaaaccga 20
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<211> 23
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 39
gacttcacag ctggccacaa cga 23
<210> 40
<211> 23
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 40
aaagtgcccg ccattactcc caa 23
<210> 41
<211> 22
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 41
gttcaagaag ctctagatcg ac 22
<210> 42
<211> 22
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 42
cagtaattgc ttccttatgc tg 22
<210> 43
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<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 43
gtcccagggg tctcaactct ctagagg 27
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<211> 26
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 44
ttgtctagag caacctgcac cgtctt 26
<210> 45
<211> 21
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 45
gcccttcctg acaagctaga c 21
<210> 46
<211> 23
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 46
catataggcc ctgcagttct gac 23
<210> 47
<211> 20
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 47
aggtggcttg caattcgcct 20
<210> 48
<211> 25
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 48
ccaatcttct ccatgctacc gatgt 25
<210> 49
<211> 21
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 49
ctagaggcat cttctacggg a 21
<210> 50
<211> 22
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 50
ataacactca gttgggaatc gg 22
<210> 51
<211> 21
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 51
tcccacttgt catcttctct c 21
<210> 52
<211> 20
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 52
cagcactttg tcgaacacac 20
<210> 53
<211> 24
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 53
gtggagtttg acaccccatc ggtc 24
<210> 54
<211> 25
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 54
ccaatccgga actgctgtgc gaaag 25
<210> 55
<211> 21
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 55
ctcatgccag ctgagacgct t 21
<210> 56
<211> 23
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 56
ggtctgtcca gttgcgaaca acc 23
<210> 57
<211> 24
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 57
tgaagctctt tccccaccgg aact 24
<210> 58
<211> 25
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 58
gccaggaagc catttatcaa gaccc 25
<210> 59
<211> 20
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 59
ttcagcggca ccatccgatt 20
<210> 60
<211> 26
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 60
accacctttt ggaggatgtt ttccgt 26
<210> 61
<211> 30
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 61
tcaaatctct acctggaggt ctagatgcgg 30
<210> 62
<211> 30
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 62
cttgttggtc atcaccaaag tggaaaaggg 30
<210> 63
<211> 26
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 63
tcgggcctgg tgagcagctt cacaca 26
<210> 64
<211> 28
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 64
gggctctagc agccggaaga gcaccaac 28
<210> 65
<211> 25
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 65
actgtgacca catcctggtt atggg 25
<210> 66
<211> 28
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 66
gagccatcaa gtagcctatt ccagggtt 28
<210> 67
<211> 22
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 67
aagccagatt ctgcatttgc ga 22
<210> 68
<211> 30
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 68
tcaagatgga agtgagtggg gttaaacgag 30
<210> 69
<211> 20
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 69
catattcctg gtttagcaga 20
<210> 70
<211> 20
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 70
gtgagcatgt taaaacgttg 20
<210> 71
<211> 21
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 71
ggaagttcga gaagctggac t 21
<210> 72
<211> 21
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 72
ccttcatgtg atccgagctt g 21
<210> 73
<211> 20
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 73
aattggatac tgctatccgt 20
<210> 74
<211> 22
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 74
ggaattcacc tagaaaatcc tg 22
<210> 75
<211> 22
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 75
ggaaacatca tgagtactac ct 22
<210> 76
<211> 21
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 76
gacttcgaat ggtttacatc c 21
<210> 77
<211> 25
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 77
ttctggacat gtccctgaag tcaca 25
<210> 78
<211> 20
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 78
acccggagca aggaggtctt 20
<210> 79
<211> 21
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 79
caaacaacta taggccacga a 21
<210> 80
<211> 20
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 80
ggcaaaccag gtaagtacag 20
<210> 81
<211> 20
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 81
aagggtgctg tgatcgttgt 20
<210> 82
<211> 23
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 82
ctcacaataa ggtggtcacc tct 23
<210> 83
<211> 21
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 83
caacgtgtga gccctctacc t 21
<210> 84
<211> 22
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 84
gcctctgact gcatcacact ca 22
<210> 85
<211> 22
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 85
cgtgtggaag gaggatttga cc 22
<210> 86
<211> 21
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 86
gaccagtcct caccaaccct t 21
<210> 87
<211> 25
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 87
cttcatctcc ctccgcctca ttgcc 25
<210> 88
<211> 25
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 88
gctgagcacg agacacccac aaacc 25
<210> 89
<211> 25
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 89
gatctctcac cctggggctt gtgga 25
<210> 90
<211> 25
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 90
tgtgcaacag tgtgatggca aggga 25
<210> 91
<211> 21
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 91
ctggcctacc ttgtgctgcg t 21
<210> 92
<211> 24
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 92
ccgcatcaac ttgggaagac tcct 24
<210> 93
<211> 25
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 93
atctcattag caggtagtga aagcc 25
<210> 94
<211> 25
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 94
cttgcttcat ctaaacccac aactc 25
<210> 95
<211> 24
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 95
tataaaatgc ctctcgggaa cctc 24
<210> 96
<211> 21
<212> DNA
<213> homo sapiens
<400> 96
tggcgtgaat caccagtctt g 21
【図面の簡単な説明】
【図1】図1は、ABCトランスポーターのABCAサブファミリーの各遺伝子を増幅した結果のゲル電気泳動写真を示す。
【図2】図2は、ABCトランスポーターのABCBサブファミリーの各遺伝子を増幅した結果のゲル電気泳動写真を示す。
【図3】図3は、ABCトランスポーターのABCCサブファミリーの各遺伝子を増幅した結果のゲル電気泳動写真を示す。
【図4】図4は、ABCトランスポーターのABCD、ABCEおよびABCFサブファミリーの各遺伝子を増幅した結果のゲル電気泳動写真を示す。
【図5】図5は、ABCトランスポーターのABCGサブファミリーの各遺伝子を増幅した結果のゲル電気泳動写真を示す。
【図6】図6は、ヒト白血球試料におけるABCトランスポーターのABCBサブファミリーの各遺伝子のコピー数を示す。
【図7】図7は、ヒト白血球試料におけるABCトランスポーターのABCCサブファミリーの各遺伝子のコピー数を示す。
Claims (57)
- 配列番号1で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号2で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号3で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号4で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号5で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号6で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号7で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号8で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号9で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号10で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号11で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号12で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号13で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号14で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号15で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号16で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号17で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号18で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号19で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号20で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号21で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号22で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号23で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号24で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号25で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号26で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号27で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号28で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号29で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号30で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号31で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号32で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号33で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号34で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号35で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号36で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号37で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号38で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号39で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号40で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号41で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号42で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号43で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号44で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号45で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号46で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号47で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号48で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号49で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号50で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号51で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号52で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号53で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号54で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号55で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号56で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号57で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号58で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号59で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号60で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号61で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号62で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号63で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号64で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号65で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号66で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号67で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号68で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号69で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号70で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号71で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号72で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号73で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号74で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号75で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号76で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号77で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号78で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号79で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号80で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号81で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号82で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号83で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号84で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号85で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号86で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号87で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号88で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号89で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号90で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号91で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号92で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号93で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号94で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 配列番号95で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチド、および配列番号96で表される塩基配列またはその1もしくは2塩基が置換されている塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット。
- 請求項1−12に記載のプライマーセットを含む、ヒトABCトランスポーター遺伝子ABCAサブファミリー遺伝子を検出するためのキット。
- 請求項13−23に記載のプライマーセットを含む、ヒトABCトランスポーター遺伝子ABCBサブファミリー遺伝子を検出するためのキット。
- 請求項24−36に記載のプライマーセットを含む、ヒトABCトランスポーター遺伝子ABCCサブファミリー遺伝子を検出するためのキット。
- 請求項37−40に記載のプライマーセットを含む、ヒトABCトランスポーター遺伝子ABCDサブファミリー遺伝子を検出するためのキット。
- 請求項41記載のプライマーセットを含む、ヒトABCトランスポーター遺伝子ABCEサブファミリー遺伝子を検出するためのキット。
- 請求項41−43に記載のプライマーセットを含む、ヒトABCトランスポーター遺伝子ABCFサブファミリー遺伝子を検出するためのキット。
- 請求項44−48に記載のプライマーセットを含む、ヒトABCトランスポーター遺伝子ABCGサブファミリー遺伝子を検出するためのキット。
- 請求項1−48に記載のプライマーセットを含む、ヒトABCトランスポーター遺伝子ファミリーを検出するためのキット。
- 試料におけるABCトランスポーター遺伝子の発現を検出する方法であって、請求項1−48のいずれかに記載のプライマーセットを用いてポリメラーゼ連鎖反応によりABCトランスポーター遺伝子を増幅させることを含む方法。
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