JP2003528298A - 分析物を検出するためのアッセイシステムおよびその調整方法およびその使用 - Google Patents

分析物を検出するためのアッセイシステムおよびその調整方法およびその使用

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JP2003528298A JP2001544366A JP2001544366A JP2003528298A JP 2003528298 A JP2003528298 A JP 2003528298A JP 2001544366 A JP2001544366 A JP 2001544366A JP 2001544366 A JP2001544366 A JP 2001544366A JP 2003528298 A JP2003528298 A JP 2003528298A
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Abstract

(57)【要約】 本発明は分析物の高感度で、特異的な直接検出を行うためのin vitroアッセイに関する。本発明においてポリペプチド核酸コンジュゲートを都合よく検出体‐増幅体系として使用し、これらコンジュゲートのシグナルをPCRにより増幅する。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】 本発明は各種分析物の同時並行検出のためのアッセイシステムおよび方法に関
する。
【0002】 生物学的および生体医学的診断薬の分野において、タンパク質だけでなく、生
体ポリマー、有機化合物、腫瘍細胞、ウイルス、バクテリアまたは環境に関連す
る物質のような他の物質クラスは、主にそして好ましくは抗原‐抗体反応の原理
を使用することにより同定され且つ定量される。不溶性支持体上で起こる免疫反
応は、例えば、蛍光、ルミネセンス、放射能(RIA)、酵素的呈色反応(EL
ISA)、または電子濃密粒子(例えば、金コロイド)によりシグナルを増幅す
ることができる系を使用することにより可視化される。その抗体は、第2抗体を
介して増幅体に直接的にまたは間接的にカップリングするもので、その第2抗体
は、第1抗体に対して向けられ、そして、その増幅体で標識される。そのような
免疫学的検出方法、“イムノアッセイ”は、反応パートナーの一方がたやすく検
出できる標識物質に結合し、その結合成分の免疫学的性質が保持される限り、定
量的であると述べることができる。感受性の高いアビジン/ビオチン系はとりわ
け好都合なカップリング系であることが証明されてきた(例えば、Wilche
k M.,Bayer E.A.Avidin‐Biotin Technol
ogy.Meth.Enzymol.184巻,Academic Press
,1990を参照されたい)。
【0003】 そのような免疫学的方法の検出限界は約10-18molである。Sanoらは
非常に感度の高いポリメラーゼ連鎖反応(略してPCR)と組み合わせることに
より、10-22mol(5x102分子)まで検出が可能になるように免疫学的方
法の感度を非常に高めることに成功した(米国特許第5,665,539号;S
ano,T.,Smith,C.L.,Cantor,C.R.,Scienc
e 1992,258,120−122)。“イムノ‐PCR”は免疫反応を可
視化するためにDNAマーカーに連結した抗体を使用する。前記DNAのPCR
増幅は、約500分子でさえ検出を可能にし、これは標準タンパク質分析の検出
限界の1000倍以上に相当する(図1Aの図を参照されたい)。
【0004】 分析的並びに生体医学的/診断的問題に関するイムノ‐PCRの能力は多数の
出版物で証明された(Maia,M.,Takahashi,H.,Adler
,K.,Garlick,R.K.,Wands,J.R.,J.Virol.
Methods 1996,62,273−286;Sann,P.P.,We
iss,F.,Samson,M.E.,Bloom,F.E.,Pich,E
.M.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 1995,92,2
72−275;Suzuki,A.,Itoh,F.,Hinoda,Y.,I
mai,K.,J.Cancer Res.1995,86,885−889;
Sperl,J.Paliwal,V.,Ramabhadran、R.,No
wak,B.,Askenase,P.W.,J.Immunol.Metho
d.1995,186,181−194;Niemeyer,C.M.,199
7,246,140−145)。前記の例では、抗体は、その抗体およびDNA
の両方に二官能基的に結合する分子を介して間接的にDNAに標識された。Sa
noらは、抗体のFc部分とビオチン化DNAに同時に結合することができる、
タンパク質A部分およびストレプトアビジン部分を含む組換え混成(フュージョ
ン)タンパク質を使用する。しかし分析される血清または組織材料がIgG含有
成分を含むとき、そのような融合タンパク質の使用は不都合である。なぜなら、
その材料は前記成分に非特異的に結合するからである。他のやり方として、市販
のタンパク質、ストレプトアビジン、およびアビジンを使用することができる(
Ruszicka,V、Marz,W.,Russ,A.,Gross、W.,
Science 1993,260,698;Zhou,H.,Fischer
R.J.,Papas,T.S.,Nucleic Acids Res.1
993,21,6038−6039)。それらはいずれもビオチンに対し4つの
結合部位を有し、それによりビオチン化抗体はビオチン化DNAに連結される。
しかし、それら成分の単に混合すると全種類の可能な組合せの複雑な混合物にな
るため、固定された抗体は、ビオチン化第1抗体、ストレプトアビジンおよびビ
オチン化DNAマーカーと一緒に連続的にインキュベートしなければならない。
さらに、過剰な成分を除去し、非特異的な結合を防ぐために多くの洗浄ステップ
が必要である。もしビオチン化第1抗体が使用できない場合は、ビオチン化第2
抗体も使用できるが、このことはアッセイをさらに複雑化させる。
【0005】 驚くべきことに、この度、ポリペプチド‐核酸コンジュゲートが分析物の検出
に特に適することが見いだされた。ここでは、増幅体(=核酸)は、リンカーを
介して検出体(特異的に分析物に結合するタンパク質またはペプチド)に直接的
にカップリングし、それによって、必要とされるインキュベーション工程の数を
有利に且つ実質的に減少させ、こうして、そのアッセイの複雑さをも減少させる
。加えて、この方法では、複数の分析物の同時での並行的検出が可能になる(マ
ルチプレキシング(multiplexing))。
【0006】 したがって、本発明は、 (a)不溶支持体上に固定される少なくとも1種の分析物、および (b)前記分析物に適合するポリペプチド検出体であって、 (c)リンカーを介して増幅体にコンジュゲートしている前記ポリペプチド検出
体 を含んでなるアッセイシステムに関する。
【0007】 したがって、本発明の目的は、分析物の直接的検出のためのそのようなアッセ
イシステムと共に、それらの方法および使用を提供することである。 本発明によれば、非常に高い試料処理量が達せられることから、アッセイシス
テムとは、高処理能力を有するin vitroアッセイを意味する。高い感度
と高い特異性も得られる。
【0008】 検出される物質(分析物)に十分な親和性で結合してそれを検出するタンパク
質またはペプチドは、例えば、1本鎖抗体(scFv)、天然の結合性パートナ
ーまたは組合せ選択法により得られる結合体であり、それらは、好ましくは、ポ
リペプチド核酸コンジュゲートの提供でin vitro翻訳により調製される
。これに関連して、明らかにWO98/31700における開示が参考にされる
。WO98/31700では、好ましくは、タンパク質またはペプチドは、翻訳
に際して、それらをコードし且つそれらの合成のための遺伝的情報を生来的に運
ぶRNAに共有結合している(表現型および遺伝型のカップリング)。前記RN
A‐タンパク質コンジュゲートを生成するために、好ましくはピューロマイシン
、ピューロマイシン誘導体、または荷重tRNAの構造に似ている他の分子が、
リンカーを介してRNAに結合する。翻訳がコーディング配列の末端に到達する
とすぐに、ピューロマイシンはA部位を占有し、新規に合成されたタンパク質に
アミド結合により連結する。本発明に使用できる類似する技術は、例えば、DE
19646372C1、WO98/16636、WO91/05058、米国特
許第5,843,701号、WO93/03172、またはWO94/1362
3中において当業者に示されている。このようにして調製されたポリペプチド‐
核酸コンジュゲート中のタンパク質またはペプチド(=検出体)は、分析物の特
異的結合性検出を介して、検出体の遺伝子情報をRNAの形でそのコンジュゲー
ト中に存在させることを可能にし、その情報が本発明により、好ましくは逆転写
酵素PCR(略してRT PCR)によりシグナルへの変換で増幅される。した
がって、コンジュゲートのRNAは増幅体(シグナル増幅)として働く。あるい
は、これに変わるやり方では、核酸の増幅が1PCRだけを必要とするように、
イムノPCRで使用する前までにコンジュゲートのRNA部分を逆転写すること
が可能である。
【0009】 本発明の方法は少なくとも1分析物をはじめに不溶性支持体(例えばプラスチ
ック、セラミック、金属、ガラス、結晶質材料またはセルロース、構造タンパク
質のような(生体)分子フィラメント)に固定化することにより行われる。もし
分析物がタンパク質の場合、前記固定化は好ましくは、高い再現性のあるタンパ
ク質吸着能を有する材料であるポリスチレンからなるマイクロタイタープレート
中、または例えば、タンパク質の共有結合による固定化のため表面が修飾されて
いる材料上で直接行われる。別の態様において、分析物は特異的捕捉抗体により
固定化されてもよい(サンドッチイムノPCR)。分析物を核酸‐タンパク質コ
ンジュゲートと一緒にインキュベートし、非特異的結合材料を除去した後、核酸
はRT PCRもしくはPCRまたは他の適切な方法、例えばプライマー伸長法
(Ruano、G.,Lewis,M.E.,Kouri,R.E.,Anal
.Biochem.,1993,212,1−6参照)またはSDA(鎖ディス
プレイスメント(displacement)増幅)(Walker,G.T.
,Little,M.C.,Nadeau,J.G.,and Shank,D
.D.,Proc.Natl.Acad.1992,Sci 89,392−3
96 and Walker,G.T.,Fraiser,M.S.,Schr
am,J.L.,Little,M.C.,Nadeau,J.G.and M
alinowski,D,P.,Nucleic Acids Res.199
2,20,1691−1696参照)により増幅される。増幅された産物は反応
容器中で直接、または、例えばゲル電気泳動によって分画後のいずれかで検出さ
れる。検出のために、マーカー物質を増幅中核酸に取り込ませるか、または例え
ば標識核酸プローブをハイブリダイズすることにより、増幅後に間接的標識を行
う。標識方法の例としては化学的、酵素、タンパク質、ハプテン、放射性同位体
、非放射性同位体、化学ルミネセンスおよび蛍光標識が挙げられる。
【0010】 従来のイムノPCRでは、検出体抗体はストレプトアビジンまたはタンパク質
A/ストレプトアビジン融合体のようなビオチン結合分子によるビオチン化DN
Aにより間接的に標識される。これらの方法は3種のレポーター試薬添加までの
多くのインキュベーションステップ、そしてさらに過剰の非特異的結合試薬を除
去するための非常に多くの洗浄ステップを必要とする。検出体への核酸(=増幅
体)の共有結合は、必要とするインキュベーションおよび洗浄ステップの数、そ
してアッセイの所要時間および複雑さを著しく減少させる。
【0011】 さらに、慣用のイムノPCRと対照的に、多数の分析物を同時にアッセイする
ことが可能である。1試料中の多数の分析物の並行検出のための方法の開発は、
費用および時間が軽減されるため、生体医学的診断法における重要な目的とみな
される。さらに、分析物の全グループを検出するための必要性は、臨床業務にお
いてだけでなく、例えば環境診断法においても着実に増大している。現在まで、
多分析物アッセイは放射性同位体(Morgan,C.R.,Proc.Soc
.Exp.Biol.Med.1966,123,230−233)、蛍光マー
カー(Karabakos,S.E.,Christopoulos、T.K.
Diamandis,E.P.,Clinical Chem.1992,38
,338−342)、化学ルミネセンスマーカー(Yamamoto、K.,H
igashimoto,K.,Minagawa,H.,Okada,M.,K
asahara,Y.,Clinical Chem.1991,37,103
1)または酵素標識抗体(Kricka,L.J.,Cli Chem.199
2,38,327)の組合せにより行われてきたが、各種マーカーシグナルの重
複および各種分析物濃度におけるシグナル強度の差が定量および感度を非常に悪
くする。対照的に、核酸は多分析物アッセイのマーカーとして理想的に好都合で
ある。なぜなら、各種DNA分子をそれらのサイズを基準にしても配列を基準に
しても、ともに正確にそして定量的に互いに区別することが可能なので、核酸を
使用するとほとんど制限のない数の標識を産生することができるからである。
【0012】 すべての活性化された物質、とりわけ診断薬、バイオポリマー、抗原およびハ
プテンのような生物学的ドメイン、ホルモン、サイトカイン、フェロモン、二次
代謝産物、医薬品、オピエート、核酸さらに低分子量から高分子までの有機化合
物(除草剤または殺虫剤)のような物質は、本発明のアッセイシステム、および
方法に適している。
【0013】 実施例: 以下の実施例はfusa遺伝子(fusagene)とその後のPCR増幅の補助
での、c−mycに対する固定化抗体の検出について記載する。c−mycエピ
トープのアミノ酸配列をコードする114マーDNA鋳型
【0014】
【化1】
【0015】 はオリゴヌクレオチドシンセサイザーで固相合成により調製され、その後1μM
プライマー
【0016】
【化2】
【0017】 ならびに10mM Tris−HCl pH9.0中の0.02U/μl Ta
qポリメラーゼ(Promega)、50mM KCl 0.1%Triton X−100,2.5mM MgCl2および0.25mM dNTPsを使用
したPCRにより増幅される。5′プライマーは転写開始部位として、T7プロ
モーター領域およびタバコモザイクウイルスゲノムの非翻訳配列由来の領域を導
入する。2本鎖PCR産物は取り扱い説明書に従ってMegashortscr
ipt transcription kit(Ambion)を使用すること
によりRNAに転写され、前記RNAはその後Microspin Sepha
dex G25カラム(Pharmacia)により精製される。ピューロマイ
シンリンカーは、1nmol リンカー(5′−A27CC−ピューロマイシン−
3′)および1nmol副片配列(sprint)(5′−TTTTTTTTT
TNAGCTTTTGGTGCTTG−3′)を1nmol RNAに添加し、
そして混合物を95℃で3分間変性させることにより連結させる。10xライゲ
ーションバッファー(300mM Tris−HCl pH7.8、100mM MgCl2、100mM DTT、10mM ATP)を添加し、室温で15
分間アニーリングを行い、続いて室温で4時間ライゲーションさせる。その連結
されたRNAを変性ポリアクリルアミドゲルにより非連結RNAから分離し、0
.3M NaOAc pH5.2中で一晩、ゲルから溶出させた。Retic
Lysate in vitro 翻訳キット(Ambion)を使用してペプ
チド‐核酸コンジュゲートを生成するために50pmol RNAを使用する。
この後オリゴ−dTセルロースにより精製を行う。この目的のために、翻訳混合
物を100μlの100mM Tris−HCl pH8.0、10mM ED
TA pH8.0、1M NaClおよび0.25%TritonX−100中
のオリゴ−dTセルロース(Pharmacia)により4℃で1時間インキュ
ベートし、続いて結合した混成産物をddH2Oで溶出させる。cDNAはRN
Aペプチドコンジュゲートに5倍の過剰な副片配列を添加することにより合成す
る。逆転写は、25mM Tris−HCl pH8.3、75mM KCl、
3mM MgCl2,10mm DTTおよび0.5mM dNTPs中の0.
007U/μl SuperscriptII逆転写酵素(Gibco BRL
)を使用して行われる。
【0018】 減少させる量のc−myc(Chemicon)に対するモノクローナル抗体
9E10を50μl PBS(137mM NaCl,2.7mM KCl、8
mM NaH2PO4、2mM Na2HPO4)で固定化するためにTop Yi
eld□反応容器(Nunc)中、室温で一晩インキュベートする。それぞれ2
00μlのPBSで3回洗浄後、過剰の結合部位をそれぞれ200μlの4.5
%スキムミルク粉末、0.1mM EDTA pH8.0,1mg/ml サケ
精子 DNAおよび0.2%アジ化ナトリウムにより室温で1時間阻害する。そ
れぞれ200μlのTEPBS(0.05%(v/v)Tween−20,10
0mM EDTA、137mM NaCl,2.7mM KCl、8mM Na
2PO4、2mM Na2HPO4)で3回洗浄後、試料を室温で1時間、TE
PBS 50μl中の1x10-15mol myc フサ遺伝子とともにインキ
ュベートする。それぞれ200μlのTEPBSで再び3回洗浄後、PCR増幅
は1μMプライマー
【0019】
【化3】
【0020】 および10mM Tris−HCl pH9.0、50mM KCl 0.1%
Triton X−100,2.5mM MgCl2および0.25mM dN
TPs中の0.02U/μl Taqポリメラーゼ(Promega)を使用し
て30サイクル(1分間 95℃、1分間 55℃、1分間 72℃)行われる
。試料は2%強度のアガロースゲル上で分析する。
【図面の簡単な説明】
【図1】 図1AはイムノPCRの原理を示す。 図1Bは本発明の原理を示す。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 FI テーマコート゛(参考) C12Q 1/68 C12N 15/00 A (81)指定国 EP(AT,BE,CH,CY, DE,DK,ES,FI,FR,GB,GR,IE,I T,LU,MC,NL,PT,SE),OA(BF,BJ ,CF,CG,CI,CM,GA,GN,GW,ML, MR,NE,SN,TD,TG),AP(GH,GM,K E,LS,MW,MZ,SD,SL,SZ,TZ,UG ,ZW),EA(AM,AZ,BY,KG,KZ,MD, RU,TJ,TM),AE,AL,AM,AT,AU, AZ,BA,BB,BG,BR,BY,CA,CH,C N,CR,CU,CZ,DE,DK,DM,EE,ES ,FI,GB,GD,GE,GH,GM,HR,HU, ID,IL,IN,IS,JP,KE,KG,KP,K R,KZ,LC,LK,LR,LS,LT,LU,LV ,MA,MD,MG,MK,MN,MW,MX,NO, NZ,PL,PT,RO,RU,SD,SE,SG,S I,SK,SL,TJ,TM,TR,TT,TZ,UA ,UG,US,UZ,VN,YU,ZA,ZW Fターム(参考) 4B024 AA11 CA01 CA11 HA12 4B063 QA19 QA20 QQ08 QQ43 QR08 QR42 QR56 QS25 QS33 QS34 QX02

Claims (9)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 (a)不溶性支持体上に固定される少なくとも1種の分析物、および (b)前記分析物に適合するポリペプチド検出体であって、 (c)リンカーを介して増幅体にコンジュゲートしている前記ポリペプチド検出
    体 を含んでなるアッセイシステム。
  2. 【請求項2】 (c)のポリペプチド検出体が、ポリペプチド‐核酸コンジュ
    ゲートである、請求項1に記載のアッセイシステム。
  3. 【請求項3】 該リンカーが、ピューロマイシン、ピューロマイシン誘導体、
    または結合する修飾t−RNAである、請求項1または2に記載のアッセイシス
    テム。
  4. 【請求項4】 体増幅体がRNAであり、そして、そのシグナルがPCRによ
    って増幅されることに特徴付けられる、請求項1〜3のいずれかに記載のアッセ
    イシステム。
  5. 【請求項5】 RT PCR法、またはプライマー伸長法、または鎖置換(c
    hain displacement)増幅のような、請求項4に記載のPCR
  6. 【請求項6】 該分析物が、診断物、生体ポリマー、抗原とハプテンのような
    生物学的ドメイン、ホルモン、サイトカイン、フェロモン、二次代謝産物、医薬
    品、オピエート、核酸、及び低分子量から高分子までの有機化合物(例えば、除
    草剤または殺虫剤)からなる群から選択されることに特徴付けられる、請求項1
    に記載のアッセイシステム。
  7. 【請求項7】 該分析物が抗原であり、そして、該ポリペプチド検出体が抗体
    、好ましくは1本鎖抗体であることに特徴付けられる、請求項1に記載のアッセ
    イシステム。
  8. 【請求項8】 分析物を検出するための方法であって、 (a)少なくとも1種の分析物を、不溶性支持体上に固定し、且つ (b)増幅体にリンカーを介してコンジュゲーした適合性ポリペプチド検出体に
    結合させ、そして (c)洗浄後、 (d)そのシグナルをPCRによって増幅する ことに特徴付けられる方法。
  9. 【請求項9】 各種分析物の並行して行われる検出のためのポリペプチド‐核
    酸コンジュゲートの使用。
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