JP2001527524A - ヒト乳房腫瘍特異性タンパク質 - Google Patents
ヒト乳房腫瘍特異性タンパク質Info
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Abstract
(57)【要約】
本発明は、2つのヒトステロイド結合タンパク質(hSBP)を同定し、かつコードするポリヌクレオチドを提供する。本発明は、全般に遺伝子操作された発現ベクタ及びhSBPポリペプチドをコードする核酸配列からなる宿主細胞を提供する。また本発明は、hSBPの発現に関連する疾患の治療、詳細には乳癌の治療のための医薬品組成物における実質的に精製されたhSBPポリペプチド、アンタゴニスト並びにヌクレオチド配列(例えばアンチセンス配列)の使用法を提供する。また本発明は感受性があるか、或いは感染した患者において乳癌を検出するための診断検定法を記載する。本診断検定法は、hSBPポリペプチドをコードするポリヌクレオチド或いはその補体からなる組成物を利用し、ゲノム配列或いはhSBP、またはhSBPポリペプチドに特異に結合する抗hSBP抗体をコードするポリヌクレオチドの転写物にハイブリダイズする。
Description
【発明の詳細な説明】
ヒト乳房腫瘍特異性タンパク質発明の分野
本発明は、ヒト乳房腫瘍細胞において特異に発現するタンパク質の核酸配列及
びアミノ酸配列に関連し、疾患の診断、研究、予防及び治療におけるこれらの配
列の使用法に関連する。背景技術
乳癌の発生は、特異な遺伝子の発現における変化に関連する多数の遺伝的変化
に関連する。乳癌組織は、通常の乳房組織によって発現されないか、或いは低い
レベルで発現される遺伝子を発現する。こうして、組織間の特異な遺伝子発現を
分析することにより、正常(非癌性)乳房組織と癌性乳房組織とを区別をするこ
とができる。さらに、種々の可能なタイプの乳癌を引き起こすいくつかの可能性
のある変化も存在する。こうして種々のタイプの乳房組織(例えば観血的/非観
血的、管/腋窩リンパ節)は、種々のタイプの乳房腫瘍組織により発現する遺伝
子の差を同定することにより互いから識別されることができる(Porter-Jordan
等1994 Hematol Oncol Clin North Am 8:73-I00)。こうして乳癌は一般に、乳
房腫瘍組織に関連する遺伝子の発現を検出することにより診断することができる
。種々のタイプの乳房腫瘍組織間の異なる遺伝子発現について十分な情報が利用
可能である場合には、特異なタイプの乳房腫瘍が診断されるようになる。
乳房腫瘍に関連するヌクレオチド及びアミノ酸配列は、遺伝性乳癌の遺伝子マ
ーカとしての役割を果たすことができる。染色体17上における遺伝子変化は、
乳房腫瘍に関連して最もよく同定される事象である。
染色体17上の少なくとも4つのマーカが同定されており、それらは17p13
.1上のp53、17p13.3及び17q12−qter上のヘテロ接合の喪
失領域(LOH)、並びに染色体17上の第4の乳癌成長抑制遺伝子(Casey等1
993 Hum Molec Genet 2:1921-1927)である。
そのような遺伝子マーカは乳癌に感染した患者を特定する際にも有用である。
例えば、遺伝子マーカBRCA−1は、いくつかのファミリにおける若年層にお
いて乳癌並びにまた卵巣癌を発生する感受性に関連している(Hall等1990 Scien
ce 250:1684-1689;Solomon等1991 Cytogenet Cell Genet 58:686-738)。BRC
A−1マーカに関連して乳癌を発生する累積的危険率は、50歳で50%であり
、70歳で82%である(Easton等1993 Am J Hum Genet 52:678-701)。しかし
ながらBRCA−1をコードする遺伝子はクローニング或いは配列化されていな
かったため、BRCA−1の個々のキャリアの同定は連鎖解析を用いずには不可
能であった。必要とされる遺伝的疫学が多くの場合に、不可能ではないにしても
単調で退屈な作業であるため、連鎖解析は一般に臨床研修に適していない(Kent
等1995 Europ J Surg Oncol 21:240-241)。
乳癌に関連するタンパク質をコードするヌクレオチド配列及びポリペプチドの
発見は、乳癌を診断或いは治療する新しい手段を提供することにより当分野にお
ける要件を満足するであろう。発明の開示
本発明は、2つのヒトステロイド結合タンパク質(これ以降個別にはhSBP
1及びhSBP2と呼び、集合的にはhSBPと呼ぶ)及びこれらのタンパク質
をコードする完全長ヌクレオチド配列を特徴とし、そ
れらはヒト乳房腫瘍組織において特異に発現する。これらのタンパク質をコード
する転写物は乳房腫瘍組織内に存在する。これ以降ヒトステロイド結合タンパク
質C1(hSBP1)と呼ばれる第1のポリペプチドは、ラット前立腺結合タン
パク質C1及びC2(それぞれPSC1_RAT及びPSC2_RAT)にアミ
ノ酸配列相同性を有し、ハムスターFHG22(GI 206441)にヌクレ
オチド配列相同性を有することを特徴とする。これ以降ヒトステロイド結合タン
パク質C2(hSBP2)と呼ばれる第2のポリペプチドは、ヒト乳房グロビン
に同一性を有し、ラット前立腺結合タンパク質C3(GI 206448)に相
同性を有することを特徴とする。従って本発明は、配列番号:1及び配列番号:
3のアミノ酸配列において示されるような2つの実質的に精製されたヒトステロ
イド結合タンパク質を特徴とする。
本発明の1つの態様は、hSBPをコードする分離され、実質的に精製された
ポリヌクレオチドを特徴とする。特定の態様では、そのポリヌクレオチドは配列
番号:2及び配列番号:4のヌクレオチド配列である。さらに本発明は、配列番
号:2及び配列番号:4に厳密性条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド
配列を特徴とする。
さらに本発明はhSBPポリペプチドをコードする核酸配列、オリゴヌクレオ
チド、ペプチド核酸(PNA)、フラグメント、アンチセンス分子或いはその一
部、並びにhSBPをコードするポリヌクレオチドからなる発現ベクタ及び宿主
細胞を特徴とする。また本発明は適切な医薬品担体を伴うhSBPポリペプチド
に特異に結合する抗体、実質的に精製されたhSBP、そのフラグメント或いは
hSBPのアンタゴニストからなる医薬品組成物に関連し、hSBPを精製する
ための方法に関連する。図面の簡単な説明
第1図は、ヒトステロイド結合タンパク質C1、hSBP−1のアミノ酸配列
(配列番号:1)及び核酸配列(配列番号:2)を示す。そのアライメントはMa
cDNAsis software(Hitachi Software Engineering Co Ltd.San Bruno.CA)を用
いて精製された。
第2A図及び第2B図は、ヒトステロイド結合タンパク質C2、hSBP2の
アミノ酸配列(配列番号:3)及び核酸配列(配列番号:4)を示す(MacDNAsis
software.Hitachi Software Engineering Co Ltd.)。
第3図は、hSBP1のためのコンセンサス配列(配列番号:2)(Incyte c
lone 606491)に対するノーザン分析を示す。ノーザン分析はLIFESEQTMdatabase
(Incyte Pharmaceuticals,Palo Alto CA)を用いて電子工学的に生成された。存
在量データ(Abun)は、cDNAライブラリにおける対象の遺伝子の転写物
の数を表す。存在率はcDNAライブラリにおいて存在する対象の遺伝子の転写
物の数を、cDNAライブラリの転写物の全数量で割って計算された。
第4図はコンセンサス配列(配列番号:4)に対するノーザン分析を示す(LI
FESEQTMdatabase.Incyte Pharmaceuticals,Palo Alto CA)。
第5図は、DNAStar software(DNAStar Inc.Madison WI)のマルチシーケンスア
ライメントプログラムを用いて生成されたhSBP1(606491、配列番号
:1)、ラット前立腺結合タンパク質C1及びC2(配列番号:5及び配列番号
:8)並びにウサギ子宮グロビン(配列番号:9)の中のアミノ酸配列アライメ
ントを示す。
第6図は、DNAStar software(DNAStar Inc.Madison WI)のマルチシーケンスア
ライメントプログラムを用いて生成された、hSBP2(配列番号:3)、ヒト乳
房グロビン(GI 1199595、配列番号:10)並びにラット前立腺結合
タンパク質C3(GI 206453、
配列番号:12)の中のアミノ酸配列アライメントを示す。
第7A図及び第7B図は、hSBP1(606491、配列番号:2)、ハム
スターFHG22(GI 1045204、配列番号:7)並びにラット前立腺
結合タンパク質C1(GI 206441、配列番号:6)の中のヌクレオチド
配列アライメントを示す。
第8A図及び第8B図は、hSBP2(602516、配列番号:4)、ヒト
乳房グロビン(GI 1199595、配列番号:11)並びにラット前立腺結
合タンパク質C3(GI 206452、配列番号:13)の中のヌクレオチド
配列アライメントを示す。発明を実施するための形態 定義
本明細書で用いる「核酸配列」は、オリゴヌクレオチド、ヌクレオチド或いは
ポリヌクレオチド並びにそのフラグメント、さらには一本鎖或いは二本鎖である
場合があるゲノム或いは合成起源のDNA或いはRNAのことであり、センス鎖
或いはアンチセンス鎖を表す。同様にここで用いる「アミノ酸配列」はオリゴペ
プチド、ペプチド、ポリペプチド或いはタンパク質配列ことである。ここで「ア
ミノ酸配列」は、自然発生タンパク質分子のアミノ酸配列のことであるが、「ア
ミノ酸配列」及び類似の用語(例えばポリペプチド或いはタンパク質)は、その
アミノ酸配列をここで示されるタンパク質分子に関連する完全に天然のアミノ酸
配列に限定する意味はない。
本明細書で用いる「ペプチド核酸」は、リジンのようなアミノ酸残基及びアミ
ノ基が加えられているオリゴマからなる分子のことである。これらの小さな分子
は、抗遺伝因子(anti-gene agent)とも呼ばれ、核酸の相補(鋳型)鎖(Niels
en PE等(1993)Anticancer Drug Des 8:53-
63)に結合することにより転写伸展を停止する。
本明細書で用いる「SBP」は、自然、合成、半合成或いは組換え体の何れか
の任意の発生源からのウシ、ヒツジ、ブタ、ネズミ、ウマ並びに好適にはヒトを
含む哺乳類から得られる実質的に精製れさたステロイド結合タンパク質のアミノ
酸配列のことである。ここで用いられる用語「hSBP」は、ヒトステロイド結
合タンパク質のことであり、集合的にhSBP1及びhSBP2ポリペプチドを
含むことを意味する。
本明細書で用いる「抗原性アミノ酸配列」は、単独或いは担体分子と共に、哺
乳類において抗体反応を誘発することができるアミノ酸配列を意味する。
hSBPの「変異体」は、1つ或いはそれ以上のアミノ酸を置換することによ
り異なるアミノ酸配列と定義される。変異体は「保存的に」変化する場合があり
、置換されたアミノ酸は、例えばロイシンをイソロイシンと置換する場合のよう
に、類似の構造的及び化学的特性を有する。さらにまれにではあるが、変異体は
、グリシンをトリプトファンと置換する場合のように「非保存的に」変化する場
合がある。また類似の少数変異体は、アミノ酸欠失或いは挿入、またはその両方
を含む場合もある。生物学的及び免疫学的活性を無くすことなくアミノ酸残基が
、どのように何個置換、挿入或いは欠失されればよいかを確定する際の指標は、
当業者に周知のコンピュータプログラム、例えばDNAStar softwareを用いて見出
すことができる。
「欠失」は、1つ或いはそれ以上のヌクレオチド残基或いはアミノ酸残基がそ
れぞれ欠失するヌクレオチド配列或いはアミノ酸配列における変化のことである
。
「挿入」或いは「付加」は、結果的に、自然発生hSBPに比べて、1つ或い
はそれ以上のヌクレオチド残基或いはアミノ酸残基がそれぞれ
加わるヌクレオチド配列或いはアミノ酸配列における変化のことである。
「置換」は、1つ或いはそれ以上のヌクレオチド或いはアミノ酸が、それぞれ
異なるヌクレオチド或いはアミノ酸により置換されることに起因する。
用語「生物学的活性」は、自然発生hSBPの構造的、調節的或いは生化学的
機能を有するhSBPのことである。同様に「免疫学的活性」は、自然、組換え
体或いは合成hSBPまたはそのオリゴペプチドが、適当な動物或いは細胞にお
いて特定の免疫反応を誘発し、かつ特定の抗体と結合する能力と定義する。
本明細書で用いる用語「誘導体」は、hSBPをコードする核酸或いはコード
されたhSBPの化学的修飾体のことである。そのような修飾の例示は、水素を
アルキル基、アシル基或いはアミノ基で置き換えることである。核酸誘導体は、
自然hSBPの不可欠な生物学的特性を保持するポリペプチドをコードする。
本明細書で用いる用語「実質的に精製された」は、分子、すなわち自然環境か
ら除去されるか、隔離されるか或いは分離された核酸配列或いはアミノ酸配列の
いずれかのことであり、自然に関連する他の組成物から少なくとも60%遊離し
、好適には75%遊離し、最も好適には90%遊離している。
「厳密性」は典型的に、約Tm−5℃(プローブのTmより5℃低い温度)か
ら約Tmより20〜25℃低い温度において生じる。厳密性ハイブリダイゼーシ
ョンを用いて、同一のポリヌクレオチド配列を同定或いは検出するか、或いは類
似の、または関連するポリヌクレオチド配列を同定或いは検出することができる
ことは当業者には理解されよう。
本明細書で用いる用語「ハイブリダイゼーション」は、「核酸の鎖が塩基対を
介して相補鎖と結合する任意のプロセス」(Coombs J(1994)Dictionary of Biotechnology,Stockton Press,New York NY)を含むものとする
。ポリメラーゼ連鎖反応技術において実行されるような増幅は、Dieffenbach CW
and GS Dveksler(1995,PCR Primer,a Laboratory Manual,Cold Spring Harbor
Press,Plainview NY)に記載される。好適な実施例
本発明はhSBPに関連し、疾患の研究、診断、予防並びに治療におけるhS
BP核酸配列及びアミノ酸配列の使用法に関連する。hSBPの一部をコードす
るcDNAは、乳房腫瘍組織に由来するcDNAライブラリにおいて広く見いだ
された(第3図及び第4図)。存在量データ(Abun)は、乳房、乳腺並びに
前立腺cDNAライブラリにおけるhSBP配列を発現する相対的なレベルを表
し、存在率(Pct Abun)は、hSBP配列に相同性を有する全発現mRN
Aの割合を表す。
また本発明はhSBP変異体を含む。好ましいhSBP変異体は、hSBP(
すなわちhSBP1アミノ酸配列(配列番号:1)或いはhSBP2アミノ酸配
列(配列番号:3)のアミノ酸配列に少なくとも80%アミノ酸配列類似性を有す
るものである。より好ましいhSBP変異体は、配列番号:1或いは配列番号:
3に少なくとも90%アミノ酸配列類似性を有するものである。最も好ましいh
SBP変異体は、配列番号:1或いは配列番号:3に少なくとも95%アミノ酸
配列類似性を有するものである。
本発明のヒトhSBPをコードする核酸は、cDNA、すなわちアミノ酸アラ
イメントにおいてコンピュータを介して検索された乳房腫瘍細胞cDNAライブ
ラリBRSTTUTO1からのIncyte Clones 606491及び602615において最初に同定され
た。hSBP1(配列番号:2)及びhSBP2(配列番号:4)のそれぞれに
対するコンセンサス配列は、
以下の表に示されるような重複並びにまた伸展された核酸配列に由来する。
表1 hSBP−C1のコンセンサス配列(配列番号:2)が由来するクローン
表2 hSBP−C2のコンセンサス配列(配列番号:4)が由来するクローン 配列番号:2の核酸配列はhSBP1アミノ酸配列、配列番号:1をコードす
る。配列番号:4の核酸配列は、hSBP2アミノ酸配列、配列番号:3をコー
ドする。
本発明は以下に示すものの間の化学的及び構造的相同性に一部基づいている。
(1)hSBP1のアミノ酸配列、ラット前立腺結合タンパク質C1(GI 20644
2;Delaey等1983 Eur J Biochem 133:645-649)、
ラット前立腺結合タンパク質C2(Delaey等1987 Nucl Acid Res 15:1627-1641
)、ウサギ子宮グロビン(Menne等1982 Proc Natl Acad Sci USA 79:4853-4857:
第5図)、hSBP2のアミノ酸配列、ヒト乳房グロビン(GI 1100595、配列番
号:10)、ラット前立腺結合タンパク質C3(GI 206453、配列番号:12、
第6図)、(2)hSBP1,ラット前立腺結合タンパク質C1(GI 206442:De
laev等、上記)並びにハムスターFHG22(GI 1045204:Dominguez 1995 FEBS
Letters 376:257-263、第7A図及び第7B図)をコードするヌクレオチド配列
、hSBP2、ヒト乳房グロビン(GI 1199595:Watson等1996 Cancer Res 56:86
0-865)並びにラット前立腺結合タンパク質C3(GI 206452:Parker等1983 J Bi
ol Chem 258:12-15)(第8A図及び第8B図)をコードする核酸配列。
ラット前立腺結合タンパク質(rPBP)は、ラット腹側前立腺において見い
だされる4分割のステロイド結合グリコプロテインであり、ラット前立腺液内の
主要なタンパク質である(Delaey等、上記:Parker等、上記;Heyns等1977 Eur J B
lochem 78:221-230:Heyns等1977 Biochem Biophys Res Commun 77'1492-1499:Pa
rker等1978 Eur J Biochem 85:399-406)。rPBP4量体は2つのサブユニット
からなる。1つのサブユニットはポリペプチドC1及びC3を含み、もう一方の
サブユニットは、ポリペプチドC2及びC3を含む(Heyns等1978 Eur J Bioche
m 89:181-186)。rPBPはヒト乳房グロビンに相同性を有し、ヒトクララ細胞
10キロドルトンタンパク質及びウサギ子宮グロビン(Watson等)にも相同性を
有する。
ラットPBPは精巣(Lindzey等1994 Vitamins Hormones 49:383-32)において
主に発現されるが、シミアンウイルス40ラージ腫瘍抗原に対するコード領域に
結合されるラットPBP−C3遺伝子の
5’フランキング領域を収容する構造体を含む遺伝子組換え動物は、前立腺及び
乳腺両方において導入遺伝子を発現する(Allison等1989 MolCell Biol 9(5):225
4-2257)。C3導入遺伝子の発現は、遺伝子組換え動物の性別により変化する。
雄の遺伝子組換え動物は、前立腺においてラットPBP−C3導入遺伝子を発現
し、前立腺癌腫を発生するが、一方雌は乳腺において導入遺伝子を発現し、異型
の乳房肥大化を発生する(Maroulakou等1994 Proc Natl Acad Sci USA 91:11236
-40)。rPBPの発現は、転写の割合を部分的に刺激することにより或いはR
NA安定性に影響を与えることにより、アンドロゲン性ステロイド(例えばテス
トステロン)により調整される(Parker等1977 Cell 12:401-407:Heyns等1977 B
iochem Biophys Res Commun 77:1492-1499:Parker等1979 Proc Natl Acad Sci U
SA 76:1580-1584;Page等1982 Mol Cell Endocr 27:343-355)。
rPBPはエストラムスチン結合タンパク質(EMBP)に類似である(Heyn
s等1977 Eur J Biochem 78:221-30)。EMBPは、2つの密接に関連するサブ
ユニットからなる46−kDaヘテロダイマであり、ジスルファイド架橋の還元
的分割において、各サブユニットは2つの組成物に分割される。サブユニットは
組成物C1及びC2に関して異なるが、C3を共有する(Bjork等1995 The Pros
tate(1995)27:70-83)。EMBPはエストラムスチン(Appelgren等1979 Acta P
harmacol
14:251-260:Forsgren等1979 Proc Natl Acad Sci USA 76:3149-3150)。エスト
ラムスチン、17β−エストラジオールのナイトロジェンマスタード誘導体(Mit
telman等1977 Cancer Treat Rep 61:307-10:
Johnson等1971 Scand J Urol Nephrol 5:103-7)を用いて、前立腺癌腫にかかっ
た患者を治療する。EMBPの発現は、アンドロゲン調節される。EMBPのア
ンドロゲン依存性は、前立腺組織の形質転換を生物学的により悪性の疾患に悪化
させる傾向がある(Shiina等1996 Brit J Urol 77:96-101)。ジヒドロキシテス
トステロンに対するEMBPの割合は前立腺癌腫の悪性の可能性を示す(Shiina
等、上記)。
ウサギ子宮グロビン、すなわち2つのジスロファイド架橋により結合されるホ
モダイマタンパク質は、プロゲステロン及び構造的に関連するステロイドを結合
し、またグルタミン転移酵素に対する基質であり、ホスホリパーゼA2活性を抑
制し、さらにいくつかの細胞タイプの免疫性及び炎症性活性を妨げる場合もある
(Miele等1994 J Endocrinol Invest 17:679-692:Miele等1987 Endocrinol Rev
8:474-490)。子宮グロビンの発現は、ステロイドホルモンに対する組織特異性
反応により調節される(Sandmoller等1904 Oncogene 9:2805-2815)。
FHG22タンパク質は、性的に二形成のシリアハムスターハーダー腺から得
られるメスマイナスオス減算cDNAライブラリ(femaleminus male subtracted
cDNA library)から分離された(Dominguez上記)。FHGヌクレオチド配列及び
アミノ酸配列は、ラット前立腺ステロイド結合タンパク質C1、子宮グロビン(M
iele等1994 J Endocrinol Invest 17:679-692)、主要ネコアレルゲンFel d
I(chainI)並びにマウス唾液のアンドロゲン結合タンパク質(サブユニッ
トα)に類似である(Karn等1993 Blochem Genet 32:271-277:Dominguez上記)。F
HG22の発現は組織及び性別依存性である(Dominguez上記)。
hSBP1及びラット前立腺結合タンパク質C1は、ヌクレオチド配列レベル
において55%ヌクレオチド配列同一性を共有するが、hSB
P1及びハムスターFHG22は、72%ヌクレオチド配列同一性を共有する。
hSBP1は長さが90アミノ酸である。hSBP1のアミノ酸配列は、ラット
前立腺結合タンパク質C1のアミノ酸配列(配列番号:5)と49%同一性を有し
、ラット前立腺結合タンパク質C2のアミノ酸配列(配列番号:8)と44%同
一性を有し、さらにウサギ子宮グロビンのアミノ酸配列(配列番号:9)と28%
同一性を有する(第5図)。
hSBP2は長さが93アミノ酸であり、ヒト乳房グロビンと99%ヌクレオ
チド配列同一性を共有する。hSBP2のヌクレオチド配列は、ラット前立腺結
合タンパク質C3のヌクレオチド配列(第8A図及び第8B図)に約43%同一
性を有する。hSBP2のアミノ酸配列は、ラット前立腺タンパク質C3のアミ
ノ酸配列に62%同一性を有し、ヒト乳房グロビンのアミノ酸配列(第6図)に
100%同一性を有する。従ってhSBP−C3はヒト乳房グロビンに同一であ
る。hSBPコード化配列
hSBPの核酸及び由来するアミノ酸配列は第1図(hSBP1)及び第2A
図並びに第2B図(hSBP2)に示される。本発明に従って、hSBPポリペ
プチドのアミノ酸配列をコードする任意の核酸配列を用いて、hSBPポリペプ
チドを発現する組換え体分子を生成することができる。ここで記載される特定の
実施例では、hSBP1の一部をコードするヌクレオチド配列は、乳房腫瘍細胞
株cDNAライブラリBRSTTUTO1からのIncyte Clone 606491として最初に分離さ
れ、hSBP2の一部をコードするヌクレオチド配列は、乳房腫瘍細胞株cDN
AライブラリBRSTTUTO1からのIncyte Clone 602615として最初に分離された。
遺伝子コードの縮重の結果として、多くのhSBPコード化ヌクレオ
チド配列の縮重変異体が生成され、その中には任意の既知の自然発生遺伝子のヌ
クレオチド配列に最低限の相同性を示すものもあるということは当業者には明ら
かであろう。本発明は、可能なコドン選択に基いて組み合わせを選択することに
より形成されるようになるヌクレオチド配列のあらゆる可能な変異体を考慮する
。これらの組み合わせは、自然発生hSBPのヌクレオチド配列に加えられるよ
うな標準的なトリプレット遺伝子コードに従って形成され、全てのそのような変
異体が特にここで開示されているものと考えられるべきである。
hSBPをコードするヌクレオチド配列及びその変異体は、適当に選択された
厳密な条件下で、自然発生hSBPのヌクレオチド配列にハイブリダイズできる
ことが好ましいが、hSBPをコードするヌクレオチド配列或いは実質的に異な
るコドン使用法を処理するその誘導体を生成するという利点を有する場合もある
。コドンを選択して、特定のコドンが宿主によって利用される頻度に従って、ペ
プチドの発現が特定の原核或いは真核発現宿主において生じる割合を増やすこと
ができる。コードされたアミノ酸配列を変更することなくhSBPをコードする
ヌクレオチド配列及びその誘導体を実質的に変更する他の理由には、より長い半
減期のような、自然発生配列から生成された転写物より望ましい特性を有するR
NA転写物の生成などがある。
現在、合成化学により完全に、hSBPポリペプチドをコードするヌクレオチ
ド配列並びにまたその誘導体を生成し、その後本特許出願の出願時点で当分野に
おいて周知の試薬を用いて、合成遺伝子が、任意の多くの入手可能なDNAベク
タ及び発現系に挿入されることが可能である。さらに、合成化学を用いて、hS
BPポリペプチドをコードする配列に突然変異を導入することもできる。
また本発明には、種々の厳密な条件下で第1A−1B図並びにまた第
2A−2B図のヌクレオチド配列にハイブリダイズすることができるポリヌクレ
オチド配列が含まれる。ハイブリダイゼーション条件は、参照して本明細書の一
部としているBerger及びKimmel(1987,Guide to Molecular Cloning Techniques
,Methods in Enzymology ,Vol 152,Academic Press,San DiegoCA)に教示され
るような、複合体或いはプローブを結合する核酸の融解温度(Tm)に基づいて
おり、定義された厳密性において用いることができる。
本発明に従って用いることができるhSBPをコードする変更された核酸配列
は、同一或いは機能的に等価なhSBPをコードするポリヌクレオチドをもたら
す種々のヌクレオチドの欠失、挿入或いは置換を含む。またタンパク質は、hS
BPに機能的に等価なポリペプチドをもたらすアミノ酸残基の欠失、挿入或いは
置換を含む場合もある。故意のアミノ酸置換は、hSBPの生物活性が保持され
る限り、残基の極性、電荷、可溶性、疎水性、親水性並びにまた両親媒性に基づ
いて行ってよい。例えば、負に帯電したアミノ酸はアスパラギン酸及びグルタミ
ン酸を含み、正に帯電したアミノ酸はリジン及びアルギニンを含み、同様の親水
値を有する帯電していない極性頭基(polar head group)有するアミノ酸は、ロ
イシン、イソロイシン、バリン、グリシン、アラニン、アスパラギン、グルタミ
ン、セリン、スレオニン フェニルアラニン、並びにチロシンを含む。
hSBPコード化配列のアレルも本発明の範囲内に含まれる。本明細書で用い
る「アレル」或いは「アレル配列」は、hSBPの代替形である。アレルは突然
変異(すなわち核酸配列の変化)に起因し、一般に変更されたmRNA並びにま
たポリペプチドを生成するが、その構造或いは機能は、自然発生hSBPに対し
て変更される場合もあれば、変更されない場合もある。任意の所与の遺伝子は、
1つ或いは多くのアレル形
を有する場合もあれば、全く有さない場合もある。アレルを引き起こす通常の突
然変異は一般に、アミノ酸の自然の欠失、付加或いは置換に起因する。これらの
種類の変化はいずれも単独で、或いは他の変化との組み合わせにおいて、所与の
配列において1回或いはそれ以上生じる場合がある。
DNA配列化のための方法は当業者には周知であり、これらの方法はDNA poly
merase I,Sequenase(登録商標)(US Biochemical Corp,Cleveland OH))のKle
now fragment、Taq polymerase(Perkin Elmer,Norwalk CT)、thermostable T7
polymerase(Amersham,Chicago IL)或いはGibco BRL(Gaithersburg MD)により市
販されているELONGASE Amplification Systemのような組換え体ポリメラーゼと
プルーフリーディングエキソヌクレアーゼの組み合わせのような酵素を利用して
もよい。このプロセスはHamilton Micro Lab 2200(Hamilton,Reno NV),Peltier
Thermal Cycler(PTC200;MJ Research,Watertown MA)並びにthe ABI 377 DNA se
quencers(Perkin Elmer)のような機器を用いて自動化することが好ましい。ポリヌクレオチド配列の伸展
hSBPをコードするポリヌクレオチド配列は、部分ヌクレオチド配列並びに
プロモータ及び調節エレメントのような上流配列を検出するために当分野におい
て既知の種々の方法を用いて伸展されることができる。伸展された配列を含むク
ローンは、添え字により示される(上記表参照)。Gobinda等(1993:PCR Methods
Applic 2:318-22)は、汎用プライマを用いて既知の位置に隣接する未知の配列
を回収するための直接的な方法として「制限部位」ポリメラーゼ連鎖反応(PC
R)を開示する。最初にゲノムDNAは、リンカー配列に対するプライマ、かつ
既知の領域
に特異なプライマの存在時に増幅される。増幅された配列は、同じリンカープラ
イマ及び第1のプライマに内在する別の特異なプライマを用いて第2巡目のPC
Rにかけられる。各回のPCRの生成物は、適当なRNAポリメラーゼを用いて
転写され、逆転写酵素を用いて配列化される。
逆PCRを利用して、既知領域に基づく多岐プライマを用いて配列を増幅或い
は伸展することができる(Triglia T等(1988)Nucleic Acids Res 16:8186)。プ
ライマはOLIGO(登録商標)4.06 Primer Analysis Software(1992;National Bio
sciences Inc,Plymouth MN)或いは別の適当なプログラムを用いて設計され、長
さが22−30ヌクレオチドになり、50%以上のGC含量を有し、さらに約6
8−72℃の温度で標的配列にアニールすることができる。その方法は、いくつ
かの制限酵素を用いて、遺伝子の既知の領域内に適当なフラグメントを生成する
。その後そのフラグメントは、分子間連結反応により環状にされ、PCR鋳型と
して用いられる。
捕獲PCR(Lagerstrom M等(1991)PCR Methods Applic 1:111-19)は、ヒト
の既知の配列に隣接するDNAフラグメントと酵母菌人工クロモソームDNAと
をPCR増幅するための方法である。捕獲PCRは、多数の制限酵素消化及び連
鎖反応を伴い、遺伝子操作された二本鎖配列を、PCRに先行してDNA分子の
未知の部分に配置する。
未知の配列を回収するために用いることができる別の方法は、Parker JD等(19
91;Nucleic Acids Res 19:3055-60)による方法である。さらに、ある方法はPC
R,入れ子状プライマ並びにPromoterFinderライブラリを用いて、ゲノムDNA
に「歩行」することができる(PromoterFinder(登録商標)Clontech,Palo Alto CA
)。このプロセスは、ライブラリをスクリーニングする必要性を回避し、イント
ロン/エクソン接合部を見つける際に有用である。完全長cDNAを同定するた
めに用いられる
ライブラリは、より長いcDNAを含むように大きさを選択されることが好まし
い。また完全長cDNAを同定するために用いられるライブラリとして、無作為
のプライマを用いて発生させたライブラリも、対象の配列の5’含むより大きな
配列を含むという点でより好ましい。ランダムに初回抗原刺激を受けたライブラ
リは、オリゴd(T)ライブラリが完全長cDNAをもたらさない場合には特に
有用である。ゲノムライブラリは、対象の配列の5’非翻訳調節領域の同定及び
分離のために好ましい。
毛細管電気泳動法を用いて、配列化或いはPCR生成物の大きさを分析したり
、或いはそのヌクレオチド配列を確認したりすることもできる。迅速に配列化す
るためのシステムは、Perkin Elmer、Beckman Instruments(Fullerton CA)或い
は他の企業から購入することができる。毛細管シーケンス法は、電気泳動分離の
ための流動性ポリマ、レーザにより活性化される(各ヌクレオチドに対して1種
類の)4つの異なる蛍光性染料、並びにCCDカメラによる放射波長の検出を用
いる。出力/光輝度が適当なソフトウエア(例えばGenotyperTM及びSequence Na
vigatorTM(Perkin Elmer))を用いて電気信号に変換される。サンプルの装填か
ら、をコンピュータ解析及び電子データを表示までの全プロセスがコンピュータ
制御される。毛細管電気泳動法は、特定のサンプルの限定された量内に存在する
場合があるDNAの小片の配列化に特に適している。30分にM13ファージD
NAの350bpまでの再現配列化を実現する(Ruiz-Martinez MC等(1993)Anal
Chem 65:2851-2858)。ヌクレオチド配列の発現
本発明に従って、hSBPポリペプチド(自然発生ポリペプチド、融合タンパ
ク質、或いはその作用的等価物のフラグメントを含む)をコー
ドするポリヌクレオチド配列が、適当な宿主細胞においてhSBPの発現をもた
らす組換え体DNA分子において用いられることができる。ゲノムコードの固有
の縮重により、概ね同一か、或いは機能的に等価なアミノ酸配列をコードする他
のDNA配列を用いて、hSBPをクローニングし、発現することができる。こ
れは非自然発生コドンを処理するhSBP−コードヌクレオチド配列を生成する
ために有利な場合もあることは当業者には理解されよう。特定の原核或いは真核
宿主により選択されたコドン(Murray E等(1989)Nuc Acids Res 17:477-508)を
選択して、例えば、hSBPコード配列発現の割合の増大したり、或いは(例え
ば自然発生配列から生成される転写物より長い半減期のような)所望の特性を有
する組換え体RNA転写物を生成することができる。
本発明によるヌクレオチド配列は、限定はしないが、遺伝子生成物のクローニ
ング、処理並びにまた発現を容易にする変更を含む種々の理由のためにhSBP
コード化配列を変更するために遺伝子操作されることができる。例えば突然変異
が、当分野で周知の技術、例えば位置指定突然変異誘発を用いて導入され、新し
い制限部位を挿入し、グリコシレーションパターンを変更し、コドン基準を変更
し、スプライシング変異体等を生成することができる。
本発明の別の実施例に従って、hSBPポリペプチドをコードする自然、修飾
或いは組換え体ポリヌクレオチドは、融合タンパク質をコードするために異種配
列に結合されることもできる。例えば、hSBPポリペプチドが、hSBP活性
のインヒビタをスクリーニング及び同定するためのペプチドライブラリにおいて
用いられる場合、それは、市販されている抗体により認識されるキメラhSBP
タンパク質としてペプチドライブラリのhSBPポリペプチドを与えることが望
ましい場合がある。また融合タンパク質は、hSBP配列と異種タンパク質配列
との間に位
置する分割部位を含むように遺伝子操作され、それによりhSBPポリペプチド
は分割され、実質的に異種部分から離隔して精製されるようになる。
本発明の別の実施例では、当分野で周知の化学的方法を用いて、hSBPをコ
ードするポリヌクレオチド配列が、全体或いはその一部分が合成される(Caruth
ers MH等(1980)Nuc Acids Res Symp Ser 215-23,Horn T等(1980)Nuc Acids Res
Symp Ser 225-32等参照)。別法では、ポリペプチド自体が、hSBPアミノ酸
配列の全体或いは一部を合成するために化学的方法を用いて生成される場合があ
る。例えば、ペプチド合成は種々の固相技術(Roberge JY等(1995)Science 269:
202-204)を用いて実行されることができ、自動化合成は、例えばABI 431A Pept
ide Synthesizer(Perkin Elmer)を製造業者により提供される取扱説明書に従っ
て用いて実現することができる。
新たに合成されたペプチドは、分離用高速液体クロマトグラフィにより実質的
に精製されることができる(例えばCreighton(1983)Proteins,Structures and M olecular Principle,WH Freeman and Co,New York NY)。合成ペプチドの組成物
は、アミノ酸分析及びシーケンス法により確認することができる(例えばEdman
degradation procedure;Creighton,上記)。さらにhSBPのアミノ酸配列或
いはその任意の一部は、直接合成中に変更されるか、並びにまた他のタンパク質
或いはその任意の一部からの配列に化学的方法を用いて結合され、変異体ポリペ
プチドを生成することができる。発現系
生物学的活性hSBPポリペプチドを発現するために、hSBPポリペプチド
をコードするヌクレオチド配列或いはその作用的等価物が、適
当な発現ベクタ、すなわち挿入されたコード化配列の転写及び翻訳のために必要
な要素を含むベクタ内に挿入される。
当業者に周知の方法を用いて、hSBPポリペプチドコード化配列及び転写或
いは翻訳制御を含む発現ベクタを構成することができる。これらの方法は、in vitro組換え体DNA技術、合成技術並びにin vivo組換え或いは
ゲノム組換えを含む。そのような技術はSambrook等(1989)Molecular Cloning,A laboratory Manual,Cold Spring Harbor Press、Plainview NY and Ausubel F
M等(1989)Current Protocols in Molecular Biology,John Wiley & Sons,Ne
w York NYに記載されている。
種々の発現ベクタ/宿主系を利用して、hSBPポリペプチドコード化配列を
発現することができる。これらは、限定するわけではないが、組換え体バクテリ
オファージ、プラスミド、或いはコスミドDNA発現ベクタと形質転換されたバ
クテリア、酵母菌発現ベクタと形質転換された酵母菌、ウイルス発現ベクタに感
染した昆虫細胞系(例えばバキュロウイルス)、ウイルス発現ベクタに形質移入
した植物細胞系(例えば、カリフラワーモザイクウイルスCaMV、タバコモザ
イクウイルスTMV)或いはバクテリア発現ベクタに形質移入した植物細胞系(
例えば、Ti或いはpBR322プラスミド)、或いは動物細胞系のような微生
物を含む。
これらの系の「制御エレメント」或いは「調節配列」は、長さ及び特異性にお
いて変化し、ベクタ、エンハンサ、プロモータ並びに3’非翻訳領域の非翻訳領
域であり、対象のヌクレオチド配列の転写及び翻訳を容易にするために宿主細胞
タンパク質と相互作用する。用いられるベクタ系及び宿主により、構成的及び誘
導性プロモータを含む、任意の数の適当な転写及び翻訳エレメントを用いること
ができる。例えば、バクテ
リア系においてクローニングする際、Bluescript(登録商標)phagemid(Stratagen
e,LaJolla CA)或いはpSport 1(Gibco BRL)のハイブリッドlacZプロモータ並
びにptrp−lacハイブリッド等のような誘導性プロモータを用いることも
できる。バキュロウイルスポリヘドリン(polyhedrin)プロモータが昆虫細胞に
用いられる。植物細胞のゲノム(例えば、熱ショックRUBISCO及び貯蔵タ
ンパク質遺伝子)から、或いは植物ウイルス(例えば、ウイルス性プロモータ或
いはリーダ配列)に由来するプロモータ或いはエンハンサが、ベクタにクローニ
ングされる。哺乳動物細胞系では、哺乳動物遺伝子或いは哺乳動物ウイルスから
のプロモータが最も適切である。もしhSBPポリペプチドコード化配列の多数
の複製を含む細胞株を発生させる必要があるなら、SV40或いはEBVに由来
するベクタを、他のさらに別のベクタエレメント、例えば適当な選択可能マーカ
と共に用いてもよい。
バクテリア系では、いくつかの発現ベクタが、対象のhSBPポリペプチドを
発現するために用いられ、生成されたhSBPポリペプチドに対して意図された
使用を含む種々の要因に応じて変化するであろう。例えば、大量のhSBPポリ
ペプチドが必要とされるとき(例えば抗体生成のために)、容易に精製される融
合タンパク質を高レベルで発現させるベクタが望まれる場合もある。そのような
ベクタは、限定するわけではないが、Bluescript(登録商標)(Stratagene、h
SBPポリペプチドコード化配列が、アミノ末端Met及び後続のβ−ガラクト
シダーゼの7残基をコードする配列を枠内結合されることができ、それによりポ
リペプチドβ−ガラクトシダーゼハイブリッドタンパク質を生成する)のような
多機能E.coliクローニング及び発現ベクタ、pINベクタ(Van Heeke &
Schuster(1989)J Biol Chem 264:5503-5509)等を含む。pGEXベクタ(Prome
ga,Madison WI)を用いて、グルタチオン
-S-トランスフェラーゼ(GST)を有する融合タンパク質として異種のポリペプ
チドを発現することもできる。一般に、そのようなGST融合タンパク質は可溶
性であり、グルタチオン−アガロースビードへの吸収による細胞分離物から容易
に精製することができ、その後遊離グルタチオンの存在時に溶出される。GST
融合タンパク質は、ヘパリン、トロンビン或いは第XA因子プロテアーゼ分割部
位を含むように設計され、対象のクローニングされたポリペプチドが自在にGS
T成分から分離されることができる。
宿主細胞が酵母菌(例えばサッカロミセス‐セレビジエ)の場合、α因子、ア
ルコールオキシダーゼ並びにPGHのような構成的及び誘導性プロモータを含む
いくつかのベクタを用いてもよい。再検討するためには、Ausubel等(上記)and G
rant等(1987)Methods in Enzymology 153:516-544を参照されたい。
植物発現ベクタが用いられる場合には、hSBPポリペプチドコード化配列の
発現は、いくつかのプロモータの任意のものにより実行される。例えば、CaM
Vの35S及び19Sプロモータ(Brisson等(1984)Nature 310:511-514)の
ようなウイルス性プロモータは単独で、或いはTMVからのω−リーダ配列(Ta
kamatsu等(1987)EMBO J 6:307-311)と共に用いることができる。別法では、R
UBISCOの小サブユニットのような植物プロモータ(Coruzzi等(1984)EMBO
J 3:1671-1680;Broglie等(1984)Science 224:838-843)或いは熱ショックプロモ
ータ(Winter J and Sinibaldi RM(1991)Results Probl Cell Differ 17:85-1
05)を用いてもよい。これらの構成体は、直接DNA形質転換或いは病原体媒介
形質移入により植物細胞内に導入されることができる。これらの技術を再確認す
る場合には、Hobbs S or Murry LE in McGraw Hill Yearbook of Science and Technology(1992)McGraw Hill New
York NY,pp 191-196或いはWeissbach及びWeissbach(1988)Methods for Plant Molecular Biology,Academic Press,New York NY,pp 421-463を参照されたい
。
別法では、昆虫細胞発現系を用いてhSBPポリペプチドを発現することがで
きる。1つのそのような系では、autographa californica核多角体病ウイルス(
AcNPV)をベクタとして用いて、ヨトウガ細胞或いはイクラサキンウワバ幼
虫(Trichoplusia larvae)において外来遺伝子を発現する。hSBPポリペプ
チドコード化配列は、ポリヘドリン(polyhedrin)遺伝子のようなウイルスの非
必須領域にクローニングされ、ポリヘドリンプロモータの制御下に置かれること
ができる。hSBPを有効に挿入することにより、ポリヘドリン遺伝子は非活性
になり、コートタンパク質の外皮を欠如する組換え体ウイルスが生成される。そ
の後組換え体ウイルスを用いて、hSBPが発現されるヨトウガ細胞或いはイク
ラサキンウワバの幼虫を感染させる(Smith等(1983)J Virol 46:584、Engelhard
EK等(1994),Proc Nat Acad Sci 91:3224-7)。
宿主細胞が哺乳類細胞である場合には、いくつかのウイルス性発現系が利用さ
れる場合がある。例えば発現ベクタはアデノウイルスヌクレオチド配列に由来す
ることができる。hSBPポリペプチドコード化配列は、後期プロモータ及び3
深裂のリーダ配列からなるアデノウイルス転写/翻訳複合体に結合されることが
できる。対象のヌクレオチド配列をウイルスゲノムの非必須E1或いはE3領域
内に挿入する結果、感染した宿主細胞内にhSBPポリペプチドを発現すること
ができる生存可能ウイルスが生成される(Logan and Shenk(1984)Proc Natl Aca
d Sci 81:3655-59)。さらにラウス肉腫(RSV)エンハンサのような転写エン
ハンサを用いて、哺乳動物宿主細胞内の発現を増加させることができる。
また特定の開始シグナルもhSBPポリペプチドコード化配列の有効な転写の
ために必要とされる。例えばこれらのシグナルは、ATG開始コドン及びフラン
キング配列である。自然のhSBPポリペプチドコード化配列、その開始コドン
並びに上流配列が適当な発現ベクタに挿入される場合には、追加の翻訳制御シグ
ナルは不要である。しかしながら、コード化配列或いはその一部のみが発現ベク
タに挿入される場合には、ATG開始コドンを含む外性の転写制御シグナルが与
えられるべきである。さらに開始コドンは、全挿入物を確実に転写するために、
正確な読み枠内に置かれなければならない。外性転写素子及び開始コドンは、自
然及び合成両方の種々の起源に由来することができる。発現の効率は、使用中の
細胞系に適当なエンハンサを含めることにより高められ(Scharf D等(1994)Resu
lts Probl Cell Differ 20:125-62:Bittner等(1987)Methods in Enzymol 153:51
6-544)。
宿主細胞は、挿入した配列の発現を調節するように、或いは所定のように発現
したタンパク質を処理するように、細胞の能力に応じてhSBPポリペプチド発
現のために選択されてもよい。そのようなポリペプチドの修飾は、限定するわけ
ではないが、アセチル化、カルボキシル化、グリコシル化、リン酸エステル化、
脂質化或いはアシル化を含む。「プレタンパク質(prepro)」形態のタンパク質
の切断を伴う事後翻訳処理も、正確なポリペプチド折りたたみ、膜挿入並びにま
た機能のために重要である。CHO,HeLa,MDCK,293,WI38等のような宿主細胞は、そ
のような事後翻訳活性のために特異な細胞機構及び特性機構を有し、導入された
外来ポリペプチドの正確な修飾及び処理を確実にするように選択されることがで
きる。
長期に渡って歩留まりの高い組換え体ポリペプチドの生産を行う場合、安定し
た発現が望ましい。例えば、hSBPを安定して発現する細胞株
は、複製のウイルス起源或いは内性発現エレメント及び選択可能マーカ遺伝子を
含む発現ベクタを用いて形質転換されことができる。ベクタの導入に後続して、
細胞を強化培地内で1〜2日間成長させ、その後選択培地にさらされる場合もあ
る。選択可能マーカは、選択培地への耐性を与え、その存在により、導入された
配列を有効に発現する細胞が成長し、回収されるようになる。耐性を有し、安定
して形質転換された細胞は、細胞タイプに適した組織培養技術を用いて増殖させ
ることができる。
任意の数の選択系を用いて、形質転換される細胞株を回収することができる。
これらは、限定するわけではないが、それぞれtk−細胞或いはaprt−細胞
に用いることができる単純ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ(Wigler M等(197
7)Cell 11:223-32)及びアデニンフォスフォリボシール転換酵素遺伝子(Lowy I
等(1980)Cell 22:817-23)を含む。また代謝拮抗物質、抗生物質或いは除草剤耐
性を選択のための基礎として用いることができる。例えば、dhfrはメトトレ
キセート(Wigler M等(1980)Proc Natl Acad Sci 77:3567-70)への耐性を与え
、nptはアミノグリコシッドネオマイシン及びG−418(Colbere-Garapin
F等(1981)J Mol Biol 150:1-14)への耐性を与え、als及びpatはそれぞれ
、クロルスルフロン及びホスフィノトリシン(phosphinotricin)アセチル基転
移酵素への耐性を与える(Murry、上記)。さらに選択可能遺伝子が記載されて
おり、例えば、trpBにより細胞がトリプトファンの代わりにインドールを利
用できるようになり、或いはhisDにより細胞がヒスチジンの代わりにヒスチ
ノール(histinol)を利用できるようになる(Hartman SC and RC Mulligan (19
88)Proc Natl Acad Sci 85:8047-51)。最近可視マーカの使用が流行しており、
アントシアニン、β−グルクロニダーゼ及びその基質、GUS、並びにルシフェ
ラーゼ及びその基質、ルシフェリンのようなマーカ
を用いて、転換体を同定するのみならず、特異なベクタ系に帰する一過性或いは
安定したタンパク質発現の量を定量することもできる(Rhodes CA等(1995)Method
s Mol Biol 55:121-131)。ポリヌクレオチド配列を含む形質転換体の同定
マーカ遺伝子発現の存在/不在は、対象の遺伝子も存在するということを示す
が、その存在及び発現は確認されるべきである。例えば、hSBPポリペプチド
コード化配列がマーカ遺伝子配列内に挿入される場合、この配列を含む組換え体
細胞はマーカ遺伝子機能が存在しないことにより同定されることができる。別法
では、マーカ遺伝子は、単一のプロモータの制御下でhSBP配列と直列をなし
て配置されることができる。誘発或いは挿入に応じたマーカ遺伝子の発現が、直
列のhSBPの発現を示す。
別法では、hSBPコード化配列を含み、hSBPを発現する宿主細胞は、当
業者に知られる種々の手順により同定されてもよい。この手順は、限定はしない
が、核酸或いはタンパク質の検出並びにまた定量化のための技術に基づく膜、溶
液或いはチップを含むDNA−DNA或いはDNA−RNAハイブリダイゼーシ
ョン及びタンパク質バイオアッセイ或いはイムノアッセイ技術を含む。
hSBPポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列の存在は、hSBP
コード化配列のプローブ、一部或いはそのフラグメントを用いて、DNA−DN
A或いはDNA−RNAハイブリダイゼーション或いは増幅により検出されるこ
とができる。核酸増幅に基づく検定法は、hSBPポリペプチドコード化DNA
或いはRNAを含む転換体を検出するために、hSBPポリペプチドコード化配
列に基づくオリゴヌクレオチド或いはオリゴマを使用することを伴う。本明細書
で用いる「オリゴ
ヌクレオチド」或いは「オリゴマ」は、少なくとも約10ヌクレオチドから60
ヌクレオチドの核酸配列、好ましくは約15−30ヌクレオチドの核酸配列、よ
り好ましくは20−25ヌクレオチドの核酸配列を含み、ヌクレオチドをプロー
ブ或いはアンプライマとして用いることができる。
hSBPの発現を検出し、測定するための種々のプロトコルは、タンパク質に
対して特異なポリクローナル抗体或いはモノクローナル抗体のいずれかを用いて
おり、当業者には周知である。例えば、固相酵素免疫検定法(ELISA)、ラ
ジオイムノアッセイ(RIA)、蛍光性活性化細胞選別(FACE)である。h
SBPの2つの非干渉性エピトープに反応するモノクローナル抗体を用いる2部
位のモノクローナルに基づくイムノアッセイ(monoclonal-based immunoassay)
が好ましいが、結合蛋白競合測定法が用いられてもよい。ここで記載した測定法
及び他の測定法は、例えばHampton R等(1990,Serological Methods,a Laborat ory Manual,APS Press,St.Paul MN)及びMaddox DE等(1983,J Exp'Med 158:12
11)に記載される。
幅広い標識及び接合技術は当業者には知られており、種々の核酸及びアミノ酸
検定法において用いることができる。hSBPコード化ポリヌクレオチドに関連
する配列を検出するための標識されたハイブリダイゼーション或いはPCRプロ
ーブを生成するための手段は、標識されたヌクレオチドを用いる、オリゴ標識化
、ニックトランスレーション、末端標識化或いはPCR増幅を含む。別法では、
hSBPポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、mRNAプローブの生
成のためにベクタ内にクローニングされることができる。そのようなベクタは当
分野において知られており、市販されており、T7、T3、或いはSP6及び標
識されたヌクレオチドのような適当なRNAポリメラーゼを加えること
によりin vitroでRNAプローブを合成するために用いられる。
Pharmacia Biotech(Piscataway NJ)、Promega(Madison WI)並びにUS Biochemi
cal Corp(Cleveland OH)のようないくつかの企業が、上記方法に適した市販のキ
ット或いはプロトコルを提供する。適当なリポータ分子或いは標識は、その放射
性核種、酵素、蛍光剤、化学発光剤或いは色素生産剤並びに基質、コファクタ、
インヒビタ、磁気粒子等を含む。これらは、米国特許第3,817,837号、
第3,850,752号、第3,939,350号、第3,996,345号、
第4,277,437号、第4,275,149号並びに第4,366,241
号に記載されており、参照して本明細書の一部としている。当分野において与え
られた方法により組換え体免疫グロブリンは米国特許第4,816,567号に
従って生成することができ、参照して本明細書の一部としている。hSBPの精製
hSBPポリペプチドをコードするヌクレオチド配列と形質転換された宿主細
胞は、発現及び細胞培地からのhSBPポリペプチドの回収に適した条件下で培
養されることができる。組換え体細胞により生成されるポリペプチドは、用いら
れる配列並びにまたベクタに依存して細胞内に分泌或いは保持されることができ
る。hSBPポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む発現ベクタは、
原核或いは真核細胞膜を介してhSBPの分泌を促す単一の配列を用いて設計さ
れることができるということは当業者には理解されよう。
また組換え体hSBPは、hSBPコード化配列を用いてフレーム内で発現さ
れる際に、可溶性タンパク質の精製を容易にする1つ或いはそれ以上のポリペプ
チド領域をコードするヌクレオチド配列を含む(Kroll
DJ等(1993)DNA Cell Biol 12:441-53、融合タンパク質を含む以下の議論を参照)
。そのような精製を容易にする領域は、限定するわけではないが、固定化金属に
おいて精製できるようにする金属キレートペプチド(例えばヒスチジン−トリプ
トファンモジュール)、固定化免疫グロブリンにおいて精製できるようにするプ
ロテインA領域、並びにFLAGS伸展/親和精製系(Immunex Corp,Seattle
WA)において利用される領域を含む。精製領域とhSBPポリペプチドコード化
配列との間にある分割可能リンカー配列(例えば第XA因子或いはエンテロキナ
ーゼ(Invitrogen,San Diego CA))は、精製を容易にするために含まれる。1
つのそのような発現ベクタは、ヒスチジン残基を損なう融合タンパク質の発現を
もたらし、それにチオレドキシン及びエンテロキナーゼ分割部位が後続する。ヒ
スチジン残基は、IMIAC(Porath等(1992)Protein Expression and Purific
ation 3:263-281に記載されるような固定化金属イオン親和性クロマトグラフィ
)における精製を容易にし、一方エンテロキナーゼ分割部位は、hSBP領域を
融合タンパク質の残りの部分から分離するための手段を与える。
hSBPポリペプチドは(自然のhSBPアミノ酸の一部からなるポリペプチ
ドを含み)、固相技術(Stewart等(1969)Solid-Phase Peptide Synthesis,WH Fre
eman Co,San Francisco;Merrifield J(1963)J Am Chem Soc 85:2149-2154)を用
いる直接ペプチド合成により生成されることができる。in vitroタンパ
ク質合成は手動技術或いは自動化を用いて実行されることができる。例えば、Ap
plied Biosystems 431A Peptide Synthesizer(Perkin Elmer,Foster City CA)を
製造者により提供される取扱説明書に従って用いて、自動化合成を実現してもよ
い。hSBPの種々のフラグメントは化学的に個別に合成されるか、或いは完全
長分子を生成するために化学的方法を用いて結合されてもよい。hSBPの使用
ここで開示されるヌクレオチド及びポリペプチド配列の使用に対する理論的根
拠は、乳房腫瘍組織におけるhSBPコード化配列の特異な発現に一部基づいて
おり、さらにここで開示されるhSBPタンパク質間の化学的及び構造的相同性
、並びに以下に示すタンパク質間の化学的及び構造的相同性に一部基づいている
。1)hSBP1、ラット前立腺結合タンパク質C1(GI 206442:Delaey等、上
記)、ラット前立腺結合タンパク質C2(Delaey等1987 Nucl Acid Res 15:1627
-1641)並びにウサギ子宮グロビン(Menne等1982 Proc Natl Acad Sci USA 79:4
853-4857)(第5図)、2)hSBP2、ヒト乳房グロビン(Gl 1199595;Watson
等、上記)並びにラット前立腺結合タンパク質C3(GI 206543:Parker等、上記)
(第6図)。
従って、hSBP或いはhSBP誘導体は乳癌の診断及び管理において用いる
ことができる。hSBPがラットPBPに相同性を有し、ヒト乳房腫瘍組織にお
いてhSBPが特異に発現する場合、hSBPはヒト乳癌に対する診断マーカと
して用いることができる。ラットPBPの発現は、アンドロゲン(Muder等1984 B
lochem Biophys Acta 781:121-9:Page等1983 Cell 32:495-502)によって、さら
に成長ホルモン(Reiter等1995 Endocrinol 166:3338-44)によって調節される。
こうしてhSBPのレベルは、正常な乳房細胞を癌性細胞に形質転換するための
マーカとして機能することができる。別法では、さらに乳癌の発生は、hSBP
のステロイドホルモン(例えばテストステロン或いはエストロゲン)のレベルに対
する比を、或いは他のホルモン(例えば成長ホルモン、インスリン)のレベルに
対する比を検査することにより検出されることができる。こうしてhSBP1並
びにまたhSBP2の発現を用いて、正
常な乳房組織と癌性の乳房組織とを識別し、種々の乳癌を識別し、抗癌療法の選
択の基準を与え、化学療法並びにまた他の抗癌療法を受ける患者の進行をモニタ
し、癌性組織を除去するための手術の成功を検討し、さらに乳癌を有する或いは
乳癌に感受性のある患者をモニタすることができる。発生後の乳癌の診断及び治
療に加えて、hSBP発現を検出することにより、乳癌に感受性を有する患者を
特定することができる。癌性細胞におけるhSBPの発現は、in situで、或い
は病理学セクションにおける乳房組織において検査されることができる。別法で
は、hSBPが十分なレベルにまで分泌される場合には、hSBPの発現は血液
、血清或いは血漿において評価されることができる。hSBP発現のレベルの評
価を用いて、正常な乳房組織と癌性の乳房組織とを区別し、並びにまた癌性乳房
組織の種々のタイプ(例えば観血的/非観血的、管/腋窩リンパ節)間を識別す
ることができる。さらに、hSBPは乳房腫瘍細胞において特異に発現されるた
め、hSBPポリペプチドは、hSBP発現乳房腫瘍細胞に対する標的となる抗
癌療法のための標的としての役割を果たすことができる。例えば、細胞は、hS
BPコード化ポリヌクレオチドに対するアンチセンス配列に形質移入されるか、
或いは癌性乳房細胞におけるhSBP発現を減少或いは削減するためにhSBP
に対するアンタゴニストを与えられることができる。別法では、癌性乳房細胞或
いは癌に感受性の乳房細胞はhSBPコード化核酸に形質転換され(例えば遺伝
子療法技術を用いて)、過剰にhSBPを発現し、ステロイド結合を妨げるよう
になる。hSBP抗体
hSBP特異性抗体は、hSBPの発現に関連する状態及び疾患の診断に対し
て有用である。そのような抗体は、限定するわけではないが、
ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、キメラ抗体、一本鎖抗体、Fabフ
ラグメント並びにFab発現ライブラリにより生成されるフラグメントを含む。
抗体を中和すること、すなわちhSBP生物学的活性を抑制することは、診断及
び治療に対して特に好ましい。
抗体を生成するために適したhSBPポリペプチドは、生物学的に活性である
必要ないが、しかしながらそのポリペプチド或いはオリゴペプチドは抗原性であ
る必要がある。hSBP特異性抗体を生成するために用いられるポリペプチドは
一般に、少なくとも5個のアミノ酸からなり、好ましくは10個のアミノ酸から
なるアミノ酸配列を有する。好ましくは、抗原性hSBPポリペプチドは自然の
hSBPのエピトープを模倣する。短いhSBPポリペプチドに適した抗体は、
hSBPポリペプチドを担体に結合するか、或いは別のタンパク質(例えばキー
ホールリンペットヘモシアニン)にhSBPポリペプチドを融合することにより
、さらに担体結合された、或いはhSBPキメラ分子を抗原として用いて発生さ
せることができる。一般に抗hSBP抗体は、当分野で周知の方法に従って生成
することができる。
種々の宿主、一般には哺乳動物宿主は抗hSBP抗体(例えばヤギ、ウサギ、
ラット、マウス)を生成するために用いることができる。抗hSBP抗体は、免
疫原性を保持するhSBPポリペプチド(天然のhSBPの任意の一部、フラグ
メント或いはオリゴペプチドを含む)を有する宿主を(例えば注射により)免疫
することにより生成される。宿主種に応じて、種々のアジュバントを用いて、宿
主の免疫学的反応を高めることができる。そのようなアジュバントは、限定する
わけではないが、フロイントアジュバント、ミネラルゲル(例えば水酸化アルミ
ニウム)、並びにリゾレシチン、プルロニックポリオル、ポリアニオン、ペプチ
ド、油乳剤、キーホールリンペットヘモシアニン及びジニトロフェノールの
ような表面活性物質を含む。BCG(カルメット−ゲラン杆菌)及びコリネバク テリウム
‐パルヴムが、使用可能な有用なヒトアジュバントである。
モノクローナル抗hSBP抗体は、培養中の不死化細胞株による抗体分子の生
成を実現する任意の技術を用いて調製されることができる。これらの技術は、限
定するわけではないが、最初にKoehler及びMilstein(1975 Nature 256:495-497)
により記載されたハイブリドーマ技術、ヒトB細胞ハイブリドーマ技術(Kosbor
等(1983)Immunol Today 4:72;Cote等(1983)Proc Natl Acad Sci 80:2026-2030)
、並びにEBV−ハイブリドーマ技術(Cole等(1985)Monoclonal Antibodies an d Cancer Therapy,Alan R Liss Inc,New York NY,pp77-96)を含む。
さらに「キメラ抗体」の生成のために開発された技術、適当な抗原特異性及び
生物活性を有する分子を得るためのマウス抗体遺伝子のヒト抗体遺伝子へのスプ
ライシングが用いられる(Morrison等(1984)Proc Natl Acad Sci 81:6851-6855:
Neuberger等(1984)Nature 312:604-608;Takeda等(1985)Nature 314:452-454)
。別法では、一本鎖抗体の生成のために開示された技術(米国特許第4,946
,778号)が、hSBP特異性一本鎖抗体を生成するために適用されることが
できる。
また抗体は、リンパ球集団においてin vivo生成を誘導することにより
、或いは組換え体免疫グロブリンライブラリまたはOrlandi等(1989,Proc Natl A
cad Sci 86:3833-3837及びWinter G並びにMilsteinC(1991;Nature 349:293-299)
に開示されるような特異性の高い結合剤のパネルをスクリーニングすることによ
り生成することもできる。
またhSBPポリペプチドのための特異な結合部位を含む抗体フラグメントを
発生させることもできる。例えば、そのようなフラグメントは、限定するわけで
はないが、抗体分子のペプシン消化により生成すること
ができるF(ab’)2フラグメント及びF(ab’)2フラグメントのジスル
ファイド架橋を還元することにより発生することができるFabフラグメントを
含む。別法では、Fab発現ライブラリを構成して、所望の特異性を有するモノ
クローナルFabフラグメントを迅速にしかも容易に同定することができる(Hu
se WD等(1989)Science 256:1275-1281)。
確立された特異性を有するポリクローナル抗体或いはモノクローナル抗体のい
ずれかを用いる結合蛋白競合測定法或いは免疫放射測定法のための種々のプロト
コルは、当分野では周知である。そのようなイムノアッセイは典型的には、hS
BPポリペプチドと特異性抗hSBP抗体との間に複合体を形成すること、並び
に複合形成体を測定することを伴う。特異性hSBPタンパク質において2つの
非干渉性エピトープに反応するモノクローナル抗体を利用する2部位のモノクロ
ーナル抗体に基づくイムノアッセイが好ましいが、結合タンパク質競合測定法を
用いてもよい。これらの測定法は、Maddox DE等(1983,J Exp Med 158:1211)に記
載される。hSBP特異性抗体を用いる診断測定法
特定のhSBP抗体を、hSBPの発現により特徴をなす状態或いは疾患の診
断のために、或いはhSBP、アゴニスト、アンタゴニスト或いはインヒビタを
用いて治療される患者を監視するための検定法において用いてもよい。hSBP
のための診断検定法は、検出可能標識化抗hSBP抗体を用いて、抗体及び細胞
或いは組織のヒト体液或いは抽出物においてhSBP検出する方法を含む。本発
明のポリペプチド及び抗体は、修飾ありなしいずれで用いてもよい。多くの場合
に、ポリペプチド及び抗体は、リポータ分子と共有結合、或いは非共有結合でそ
れらを結
合することにより標識されるであろう。数多くのリポータ分子が当分野知られて
いる。
hSBPポリペプチド対して特異なポリクローナル抗体或いはモノクローナル
抗体のいずれかを用いてhSBPを検出し、定量するための種々のプロトコルが
当分野で知られている。例えば、固相酵素免疫検定法(ELISA)、ラジオイ
ムノアッセイ(RIA)、蛍光性活性化細胞選別(FACE)である。hSBP
の2つの非干渉性エピトープに反応するモノクローナル抗体を用いる2部位のモ
ノクローナルに基づくイムノアッセイ(monoclonal-based immunoassay)が好ま
しいが、結合蛋白競合法が用いられてもよい。これらの検定法は、Maddox DE等(
1983,J Exp Med 158:1211)に記載される。
診断のための基準を与えるために、hSBP発現に対する通常或いは標準値が
確立されなければならない。これは、動物或いはヒトいずれかの被検者から取り
出された体液或いは細胞抽出物を、当分野で周知の複合形成体に適した条件下で
hSBPに対する抗体と結合することにより実現される。標準的な複合形成体の
量は、既知の量のhSBPを含む種々の人工膜を、バイオプシを実施した組織か
らの調節サンプル及び疾患サンプルと比較することにより定量することができる
。その後通常サンプルから得られた標準値が、疾患の症状がある被検者のサンプ
ルから得られた値と比較される。標準値と被検者値との間の偏差が疾患状態の存
在を立証する。薬物スクリーニング
hSBPポリペプチド、その生物学的活性或いは免疫原性フラグメント或いは
そのオリゴペプチドは、種々の薬物スクリーニング技術の任意のものにおいて治
療化合物をスクリーニングするために用いることがで
きる。そのような試験に用いられるフラグメントは、溶液中に遊離するか、固体
支持体に付着するか、細胞表面上に結合するか、或いは細胞内に配置されてもよ
い。hSBPと被試験薬剤との間で複合体を結合する形成体が測定される。
薬物スクリーニングに用いられる技術は、hSBPへの適当な結合親和性を有
する化合物の高スループットスクリーニングを実現することが好ましく、これは
1984年9月13日に公告されたGeysen HN.によるPCT出願WO84/03
564「Determination of Amino Acid Sequence Antigenicity」に記載されて
おり、参照して本明細書の一部としている。要約すると、多数の異なる小さなペ
プチド試験化合物がプラスチックピン或いはある他の表面のような固体基質上で
合成される。ペプチド試験化合物はhSBPのフラグメントと反応し、非反応材
料が洗浄され、その後結合されたhSBPは当分野で周知の方法により検出され
る。また精製されたhSBPは、上記の薬物スクリーニング技術において用いる
ためのプレート上に直接塗着される。別法では、非中和性抗体を用いて、ペプチ
ドを捕捉し、それを固体支持体上に固定化してもよい。。
また本発明は、hSBP特異中和性抗体が、hSBPポリペプチドを結合する
ための試験化合物と競合する、競合薬物スクリーニングアッセイを使用すること
を考慮する。この方法では、抗体を用いて、hSBPポリペプチドを有する1つ
或いはそれ以上の抗原性デターミナントを共有するあらゆるポリペプチドの存在
を検出することができる。hSBPをコードするポリヌクレオチドの使用
hSBPポリペプチドをコードするポリヌクレオチド(天然のhSBP及びそ
のフラグメントを含む)は、診断並びにまた治療のために用い
ることができる。診断に用いる場合には、本発明のhSBPをコードするポリヌ
クレオチドを用いて、hSBPの発現が影響を受けるバイオプシーを実施した組
織において遺伝子発現を検出し、かつ定量することができる。診断測定法は、h
SBP発現レベルを算定するために(例えばhSBP発現の欠如と存在とを識別
することや、種々のhSBP発現レベル(例えば過剰、高、中或いは低レベル)
を算定すること)及び治療介入中のhSBPレベルの調節を監視するために有用
である。特定の組織におけるhSBPと障害及び疾患状態との関連は、オリゴヌ
クレオチド配列、アンチセンスRNA及びDNA分子、並びにペプチド核酸(P
NA)が本発明の範囲に含まれる。
本発明の別の態様では、hSBPをコードするポリヌクレオチド配列を検出す
ることができるハイブリダイゼーション或いはPCRプローブが実現される。プ
ローブの特異性は、著しく特異な領域、例えば5’調節領域内の10個の非反復
ヌクレオチド、或いは特異性が低い領域、例えば特に3’領域のいずれから構成
されても、ハイブリダイゼーション及び増幅の厳密性(最大、高い、中間、低い
)と共に、プローブがhSBP、アレル或いは関連配列のいずれかをコードする
自然発生配列のみを同定するかを確定する。
本発明のプローブを用いて、関連配列を検出することができる。そのようなプ
ローブは、ここで記載されるhSBPポリペプチドコード化配列の任意のものか
らのヌクレオチドの少なくとも50%を含むことが好ましい。本発明のハイブリ
ダイゼーションプローブは、配列番号:2及び4のヌクレオチド配列に、或いは
プロモータ、エンハンサエレメント並びに自然発生hSBPコード化配列のイン
トロンを含む対応するゲノム配列に由来することができる。ハイブリダイゼーシ
ョンプローブは、放射性核種(例えば32P或いは35S)、または酵素性標識
(例えば
アビジン/ビオチン結合系を介してプローブに連結したアルカリ性ホスファター
ゼ)等を含む種々のリポータ群により検出可能に標識されることができる。
hSBPコード化DNAに対する特異性ハイブリダイゼーションプローブは、
hSBPをコードする核酸配列或いはhSBP誘導体を、mRNAを生成するた
めのベクタ内にクロ−ニングすることにより生成されてもよい。そのようなベク
タは当分野では知られており、市販されており、適当なRNAポリメラーゼ(例
えばT7或いはSP6RNAポリメラーゼ)及び適当な放射活性標識されたヌク
レオチドを用いてin vitroでRNAプローブを合成するために用いるこ
とができる。診断利用
hSBPをコードするポリヌクレオチド配列は、hSBPの発現に関連する状
態或いは疾患、特に乳癌を診断するために用いることもできる。例えばhSBP
をコードするポリヌクレオチド配列を、生検からの体液或いは組織のハイブリダ
イゼーション或いはPCRアッセイに用いて、hSBP発現を検出することがで
きる。そのような定性的或いは定量的方法は、サザン或いはノーザン分析、ドッ
トブロット或いは他の膜用技術、PCR技術、ディップスティック、ピン、チッ
プ及びELISA技術を含む。これらの全ての方法は当分野では周知であり、多
くの市販の診断キットの基礎をなしている。
ここで記載されるhSBPポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列は
、乳癌の発症、乳癌への感受性、或いは乳癌の存在を検出する検定法にための基
準を与える。hSBPポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、当分野で
知られた方法により標識され、ハイブリダイゼーション複合体を形成するのに適
した条件下で乳癌を発症するか、或
いは感受性がある患者からの体液或いは組織に加えられることができる。インキ
ュベーション期間後、もしヌクレオチドが酵素で標識されているなら、サンプル
は染料(或いは現像液を必要とする他の標識)を付加的に含む適合性液体を用い
て洗浄される。適合性液体を洗い流した後、染料は定量化され、基準と比較され
る。生検された、或いは抽出されたサンプル内の染料の量が、適合性調節サンプ
ルより著しく高くなるなら、そのヌクレオチド配列はサンプル内のヌクレオチド
配列とハイブリダイゼーションしている。サンプル内のhSBPコード化ヌクレ
オチド配列の存在、特にhSBPコード化配列のレベルが高められたということ
は、関連した疾患が存在するか、或いはその危険性があることを示す。
またそのような検定法を用いて、動物研究、臨床試験、或いは個々の患者の治
療を監視する際に、特定の治療法の有効度を高めることができる。疾患を診断す
るための基礎を与えるために、hSBPコード化配列発現に対する通常の或いは
標準のプロファイルが確立されなければならない。これは、動物或いはヒトのい
ずれかの正常な被検者から取り出された体液或いは細胞抽出物を、ハイブリダイ
ゼーション或いは増幅に適した条件下で、hSBP或いはその一部と結合するこ
とにより達成される。標準的なハイブリダイゼーションは、同一の実験において
、正常な被検者の場合に得られた値を、既知の量の実質的に精製されたhSBP
を含む一連のを希釈したものから得られた値と比較することにより定量化される
ことができる。正常なサンプルから得られた標準値は、hSBPに関連した疾患
に苦しむ患者、或いはそのような疾患(例えば乳癌)の疑いがある患者のサンプ
ルから得られた値と比較される。標準値と生検値との間の偏差を用いて、疾患の
存在が立証される。
一度疾患が立証されれば、治療薬が投与され、治療プロファイルが作成される
。そのような検定法は、プロファイルの値が正常の或いは標準
のパターンに向かって、或いは回復して進行するか否かを評価するために、規則
的に繰り返されてもよい。有効な治療プロファイルを用いて、数日或いは数ヶ月
に渡る治療の有効度を示すことができる。
hSBP配列に基づくオリゴヌクレオチドを、米国特許第4,683,195
号及び第4,965,188号に記載されるようなPCR用技術に用いることも
できる。そのようなオリゴマは一般に化学的に合成される、酵素を用いて発生さ
せても、或いは組換え体源から生成されてもよい。オリゴマは一般に2つのヌク
レオチド配列からなり、1つはセンス方向(5’→3’)を有し、他方はアンチ
センス方向(3’←5’)を有しており、特異な遺伝子或いは状態を同定するた
めに最適化された条件下で用いられる。同一の2つのオリゴマ、入れ子状態のオ
リゴマの組、或いはオリゴマの縮重プールでさえ、密接に関連するDNA或いは
RNA配列を検出し、定量化するために厳密性を欠いた条件下で用いてもよい。
さらに、特定の分子の発現を定量化するために用いられることもできる方法は
、放射性標識化(radiolabeling)(Melby PC等(1993)J Immunol Methods 159:2
35-44)或いはビオチン標識化(biotinylating)(Duplaa C等(1993)Anal Bioch
em 229-36)ヌクレオチド、調節核酸の相互増幅(coamplification)、並びに標
準曲線に従った実験結果の書込みを含む。多数のサンプルの定量化は、ELIS
Aフォーマットにおいて測定法を実行することによる加速することができ、その
実験フォーマットには、対象のオリゴマが種々の希釈法において与えられ、スペ
クトル光測定或いは色測定反応が迅速な定量化を実現する。例えば生検された組
織の抽出物における比較的多量のhSBPの存在は、癌性乳房細胞の存在を示す
。この種の最終的な診断により、医療専門家は、積極的な治療を開始し、状態が
さらに悪化するのを防ぐことができるようにな
る。同様にさらに検定法を用いて、治療中の患者の進行状態を監視することがで
きる。さらに、ここで開示されるヌクレオチド配列は、新規の技術が、トリプレ
ットゲノムコード、特定の塩基対相互作用等の現在既に知られているヌクレオチ
ド配列の特性に基づくものである場合には、未だ開発されていない分子生物学技
術において用いることもできる。治療利用
前立腺結合タンパク質をコードする遺伝子に対する相同性、hSBPポリペプ
チド並びに乳房腫瘍細胞における発現プロファイルに基づいて、ここで開示され
るhSBPをコードするポリヌクレオチド配列は、乳癌のような状態或いはhS
BP発現又は過剰発現に関連する他の状態の治療において有用である。
発現ベクタは、レトロウイルス、アデノウイルス、ヘルペスウイルス或いはワ
クシニアウイルスから、また種々の細菌性プラスミドに由来し、標的となる器官
、組織或いは細胞集団にヌクレオチド配列を送達ために用いられる場合がある。
当業者には周知の方法を用いて、アンチセンスhSBPを発現する組換え体ベク
タを構成することができる(例えば、Sambrook等(上記)及びAusubel等(上記)に
記載される技術を参照)。
完全長cDNA配列並びにまたその調節エレメントからなるポリヌクレオチド
により、研究者は、hSBPをコードする配列を遺伝子機能のセンス(Youssouf
ian H and HF Lodish 1993 Mol Cell Biol 13:98-104)或いはアンチセンス(Egu
chi等(1991)Annu Rev Biochem 60:631-652)調節における研究ツールとして用い
ることができる。そのような技術は現在当分野では周知されており、センスオリ
ゴマ或いはアンチセンスオリゴマ、またはより大きなフラグメントが、コード化
或いは調節領域に沿った種々の位置から設計されることができる。
hSBPをコードする遺伝子の発現は、所望のhSBPコード化配列フラグメ
ントを高レベルで発現する発現ベクタを細胞或いは組織に形質移入することによ
り減少するようになる。そのような構成物は、細胞を非翻訳センス或いはアンチ
センス配列で満たすことができる。DNA内に組込まれない場合であっても、そ
のようなベクタは、全ての複製が内因性ヌクレアーゼにより無能にされるまで、
RNA分子を転写し続けることができる。一過性の発現は、非複製ベクタ(Mett
ler I,personal communication)を用いて一ヶ月或いはそれ以上の間持続し、
適当な複製エレメントがベクタ系の一部であるならさらに長く持続するようにな
る。
上述のように、遺伝子発現の修飾は、hSBPをコードする遺伝子の調節領域
(すなわちプロモータ、エンハンサ並びにイントロン)に対してアンチセンス分
子、DNA、RNA或いはPNAを設計することにより得られるようになる。転
写開始部位、すなわちリーダ配列の−10と+10領域の間に由来するオリゴヌ
クレオチドが好ましい。またアンチセンス分子は、転写物がリボソームに結合す
るのを防ぐことによりmRNAの翻訳を阻止するように設計されることもできる
。同様に、「三重らせん」塩基対法を用いて、発現の抑制を実現することができ
る。三重らせん対は二重らせんの能力を損ない、ポリメラーゼ、転写因子或いは
調節分子の結合のために十分に開く。三重DNAを用いる最近の治療の進歩は、
Gee JE等(In:Huber BE and BI Carr(1994)Molecular and Immunologic Approach es
,Futura Publishing Co.Mt Kisco NY)に記載された。
リボザイムは、RNAの特異性分割に触媒作用することができる酵素RNA分
子である。リボザイム活性機構は、相補的標的RNAに対するリボザイム分子の
配列特定ハイブリダイゼーションを伴い、それにヌク
レオチド鎖切断分割が伴う。本発明は、特異にしかも有効にhSBPをコードす
る配列のヌクレオチド鎖切断分割に触媒作用することができる遺伝子操作された
ハンマヘッド状リボザイムを考慮する。
任意の可能性のあるRNA標的内の特異なリボザイム分割部位は、配列、GU
A、GUU並びにGUCを含むリボザイム分割部位に対して標的分子を走査する
ことにより最初に同定される。一度同定されれば、分割部位を含む標的遺伝子の
領域に対応する15〜20個のリボヌクレオチドの短いRNA配列は、オリゴヌ
クレオチドを無能にすることができる二次的構造機構に対して評価されることが
できる。また候補標的の適合性も、リボヌクレアーゼ保護アッセイを用いて相補
的なオリゴヌクレオチドとのハイブリダイゼーションへの実施容易性を試験する
ことにより評価することができる。
本発明のアンチセンス分子及びリボザイムは、RNA分子の合成に関する当分
野で知られた任意の方法により調製されることができる。これらは、固相ホスホ
ラミダイト化学合成のようなオリゴヌクレオチドを化学的に合成するための方法
を含む。別法ではRNA分子は、hSBPをコードするDNA配列のin vi tro
及びin vivo転写により発生させることができる。そのようなDN
A配列は、適当なRNAポリメラーゼプロモータ(例えばT7或いはSP6)と
共に広範なベクタ内に組み込まれることができる。別法では、アンチセンスcD
NA構成物は、構造的に或いは誘導的にアンチセンスRNAを合成するのに有用
であり、細胞株、細胞或いは組織内に導入されることができる。
RNA分子を修飾して、細胞内安定性及び半減期を改善することもできる。可
能な修飾は、限定するわけではないが、分子の5’並びにまた3’末端でのフラ
ンキング配列の付加、或いは分子のバックボーン内のホスホジエステラーゼ結合
ではなくホスホロチオネート或いは2’O−
メチルの使用を含む。この概念はPNAの生成に固有のものであり、イノシン、
キュェオシン及びワイブトシン並びにアセチル−、メチル−、チオ−、及び内因
性エンドヌクレアーゼにより容易に識別されないアデニン、シチジン、グアニン
、チミン及びウリジンの同様に修飾された形成体のような従来にはない塩基の含
有物によるこれらの全分子に拡張されることができる。
細胞或いは組織内にベクタを導入するための方法は、以下に議論する方法及びin vivo,in vitro並びにex vivo治療のために同じく適
した方法を含む。ex vivo治療の場合、ベクタは、患者から取り出された
基幹細胞内に導入され、同じ患者に戻される自家移植物に対してクローンを繁殖
することができる(例えば米国特許第5,399,493号及び第5,437,
944号を参照。これらの特許は参照して本明細書の一部としている)。対象の
ヌクレオチド配列を遺伝子治療のために送達する形質移入及びリポソームによる
方法は、当分野において周知である。
さらにここで開示されるhSBPのためのヌクレオチド配列は、新規の技術が
、限定はしないが、トリプレットゲノムコード及び特異塩基対相互作用のような
特性を含む、現在既知のヌクレオチド配列の特性に基づく場合には、未だ開発さ
れていない分子生物学技術において用いることができる。関連するポリヌクレオチド配列の検出及びマッピング
またhSBPのための核酸配列を用いて、自然発生ゲノム配列をマッピングす
るためのハイブリダイゼーションプローブを生成することもできる。その配列は
周知の技術を用いて、特定のクロモソームに、或いはクロモソームの特異領域に
マッピングされる。これらは、クロモソーム
スプレッド(chromosome spread)、フローソートされたクロモソーム標本(now-
sorted chromosomal preparation)、或いはPrice CM(1993;Blood Rev 7:127-34)
及びTrask BJ(1991;Trends Genet 7:149-54)に記載されるような、酵母菌人工ク
ロモソーム、細菌性人工クロモソーム、細菌性P1構造或いは単一クロモソーム
cDNAライブラリのような人工クロモソーム構造体へのin situハイブ
リダイゼーションを含む。
クロモソームスプレッドの蛍光性in situハイブリダイゼーションの技
術は、例えばVerma等(1988)Human Chromosomes:A Manual of Basic Techniaues
,Pergamon Press,New York NYに記載されている。クロモソーム標本の蛍光性i n situハイブリダイゼーション及び他の物理的なクロモソームマッピング
技術は、付加的な遺伝マップデータと相関がある。遺伝子マップデータの例は19
94 Genome Issue of Science(265:1981f)に見出すことができる。物理的クロモ
ソームマップ上でhSBPをコードする遺伝子の位置と特定の疾患(或いは特定
の疾患に対する素因)との間の相関は、その遺伝的疾患に関連するDNAの領域
の境界を定めることを可能にする。本発明のヌクレオチド配列を用いて、正常者
と担体或いは感染した個体との間の遺伝子配列における差を検出することができ
る。
クロモソーム標本のin situハイブリダイゼーション及び確立されたク
ロモソームマーカを用いるリンケージ分析のような物理的マッピング技術は、遺
伝子マップを拡張するために用いることができる。例えば、ヒト遺伝子の配列標
識部位用マップ(sequence tagged site based map)が最近Whitehead-MIT Center
for Genomic Research(HudsonTJ等(1995)Science 270:1945-1954)により確立さ
れた。しばしばマウスのような別の哺乳動物種のクロモソーム(Whitehead Inst
itute/MIT
Center for Genomic Research,Genetic Map of the Mouse,Database Release 10
,April 28,1995)上の遺伝子の配置は、特定のヒトクロモソームの数或いは腕が
未知であっても関連したマーカを明らかにすることができる。新規の配列は、物
理的なマッピングによりクロモソーム腕或いはその一部に割り当てることができ
る。物理的マッピングは、位置クローニング或いは他の遺伝子発見技術を用いて
疾患遺伝子を検索する研究者に貴重な情報を与える。一度、毛細管拡張性運動失
調(AT)のような疾患或いは症候群が、特定のゲノム領域、例えばATから11
q22-23(Gatti等(1998)Nature 336:577-580)までの遺伝的リンケージにより初期
状態で局部に制限されれば、その領域に対する任意の配列マッピングが、さらに
研究するための関連した或いは調節遺伝子を表すことができる。また本発明のヌ
クレオチド配列を用いて、転座、すなわち正常個体と担体或いは感染個体との間
の逆位等によるクロモソーム位置内の差を検出することができる。医薬品組成物
本発明は医薬品組成物に関連し、その医薬品組成物は、単独のヌクレオチド、
タンパク質、抗体、アゴニスト、アンタゴニスト或いはインヒビタ、または、限
定はしないが、緩衝食塩水、デキストロース並びに水を含む任意の無菌の生体活
性医薬品担体において投与されることがある、安定化化合物のような少なくとも
1つの他の医薬品との組み合わせからなる。これらの任意の分子は、単独で、或
いは医薬品添加物或いは製薬的に許容可能な担体と混合される医薬品組成物にお
いて、他の医薬品、薬物或いはホルモンと組み合わせて患者に投与されることが
できる。本発明の一実施例では、製薬的許容担体は製薬的に不活性である。医薬品組成物の投与
医薬品組成物の投与は、経口的に或いは非経口的に行われる。非経口配達の方
法は、局所的な、動脈内(例えば直接乳房腫瘍への)投与、筋肉内投与、皮下投
与、骨髄内投与、クモ膜下投与、心室内投与、静脈内投与、腹膜内投与、鼻腔内
投与を含む。活性処方成分に加えて、これらの医薬品組成物は、製薬的に用いる
ことができるプレパレート内への活性化合物の処理を容易にする医薬品添加物及
び補助剤からなる適当な製薬的に許容可能な担体を含む場合もある。さらに製剤
及び投与に関する技術の詳細は、「Remington's Pharmaceutical Sciences」(Ma
ack Publishing Co.Easton PA)の最新版に見出される。
経口投与の場合の医薬品組成物は、経口投与に適した投与量において当分野で
周知の製薬的に許容可能な担体を用いて調剤することができる。そのような担体
により、医薬品組成物は、患者が経口摂取するために、錠剤、丸剤、糖衣剤、カ
プセル剤、液剤、ゲル剤、シロップ剤、スラリー、懸濁剤等として調剤されるこ
とができる。
経口投与するための医薬品調剤は、活性化合物と固形の医薬品添加物とを混合
して、場合によってはその混合物を細かく砕いて、さらに所望に応じて、錠剤或
いは糖衣剤コアを得るために適当な補助剤を加えた後、顆粒剤の混合物を処理す
ることにより得ることができる。適当な医薬品添加物は、ラクトース、スクロー
ス、マンニトール或いはソルビトールを含む糖、トウモロコシ、小麦、米、じゃ
がいも、或いは他の植物からのデンプン、メチルセルロース、ヒドロキシプロピ
ルメチルセルロース、或いはカルボキシルメチルセルロースナトリウムのような
セルロース、並びにアラビアゴム及びトラガカントゴムを含むゴム、及びゼラチ
ン及びコラーゲンのようなタンパク質のような炭水化物或いはタンパク質フィル
タである。必要なら、架橋結合されたポリビニルピロリドン、寒天、
アルギン酸或いはアルギン酸ナトリウムのようなその塩のような、崩壊剤或いは
可溶化剤が加えられてもよい。
糖衣剤コアは濃縮糖液のような適当なコーティングを被着され、その濃縮糖液
は、アラビアゴム、タルク、ポリビニルピロリドン、カルボポル ゲル(carbop
ol gel)、ポリエチレングリコール並びにまた二酸化チタン、ラッカー溶液並び
に適当な有機溶剤あるいは溶剤混合物を含む場合もある。染料或いは色素が、製
品識別、すなわち活性化合物の量、すなわち投与量を特徴付けるために、錠剤或
いは糖衣錠コーティングに加えられる場合もある。
経口投与される医薬品製剤は、ゼラチンからなる押込嵌め式のプッシュフィッ
トカプセル剤、並びにゼラチン、及びグリコール或いはソルビトールのようなコ
ーティングからなる緩く封止されたソフトシールカプセル剤を含む。プッシュフ
ィットカプセル剤は、ラクトース或いはデンプンのようなフィルタ或いは結合剤
、タルク或いはステアリン酸マグネシウムのような潤滑剤、さらに必要なら安定
化剤と混合された活性処方成分を含むことができる。ソフトシールカプセル剤で
は、活性化合物は、脂肪油、パラフィン油、或いは安定化剤を用いて用いなくて
もよいが液体ポリエチレングリコールのような適当な溶液内の溶解或いは懸濁さ
れている場合がある。
非経口投与のための医薬品製剤は、活性化合物の水溶液を含む。注射の場合、
本発明の医薬品組成物は、水溶液内で、好ましくはハンクス溶液、リンガー溶液
或いは生理緩衝食塩水のような生体適合性緩衝液内で調製される。水性の注射懸
濁液は、カルボキシルメチルセルロースナトリウム、ソルビトール或いはデキス
トランのように、懸濁液を増粘する物質を含む場合がある。さらに、活性化合物
の懸濁液は、適当な油性の注入懸濁液として調製される場合もある。適当な親油
性溶剤或いは賦形
剤は、ゴマ油のような脂肪油、或いはオレイン酸エチルまたはトリグリセリドの
ような合成脂肪酸エステル、或いはリポソームを含む。さらに、懸濁液は、高濃
縮の溶液の調製を可能とするために化合物の可溶性を増加させる適当な安定化剤
或いは薬剤を含むこともできる。
局所或いは鼻腔投与の場合、特定の障壁を浸透させるのに適した浸透剤が調製
において用いられる。そのような浸透剤は当分野で一般に知られている。製造及び保管
本発明の医薬品組成物は、当分野において知られる、例えば、従来の混合、溶
解、顆粒化、糖衣形成、微粒子化、乳状化、カプセル化、封入(entrapping)或
いは凍結乾燥処理による方法で製造される。
医薬品組成物は塩類として提供され、限定はしないが、塩酸、硫酸、酢酸、乳
酸、酒石酸、リンゴ酸、琥珀酸等の多くの酸を用いて形成することができる。塩
類は、対応する遊離塩基形である水性或いはプロトン性溶剤における可溶性を高
める傾向がある。他の場合に好ましい製剤は、使用に先だって緩衝剤と結合され
たpH範囲4.5−5.5の1mM−50mMヒスチジン、0.1%−2%スク
ロース、2%−7%マンニトールの凍結乾燥粉末である。
許容可能な担体内に調剤された本発明の化合物からなる医薬品組成物が調製さ
れた後、それらは適当な容器に入れられ、指示された条件の治療のためにラベル
を貼るようにする。hSBPの投与の場合、そのようなラベル貼付は、投与の量
、頻度並びに方法を含むであろう。製薬的に有効な投与量
本発明に用いるために適した医薬品組成物は、活性処方成分が目的を
果たすための有効な量において含まれる組成物を含む。有効な量を投与すること
は、当業者の能力内で果たし得るものである。
任意の化合物の場合、製薬的に有効な量は、例えば腫瘍細胞の細胞培養アッセ
イ、或いは通常マウス、ウサギ、イヌ或いはブタの動物標本のいずれかにおいて
最初に見積もられる。また動物標本を用いて、所望の濃縮範囲及び投与の経路が
達成される。その後そのような情報を用いて、ヒトに投与するための有効な量及
び経路を確定することができる。
製薬的に有効な量は、症状或いは状態を改善するタンパク質或いはその抗体、
アンタゴニスト或いはインヒビタの量のことである。そのような化合物の治療へ
の有効度及び毒性は、細胞培養或いは実験動物における標準的な製薬的手順、例
えばED50(集団の50%において製薬的に有効な量)及びLD50(集団の
50%が致死する量)により確定することができる。治療効果と毒性効果の投与
量比が治療指数であり、比LD50/ED50として表される。大きな治療誘導
性を表す医薬品組成物が望ましい。細胞培養アッセイ及び動物実験から得られる
データは、ヒトに投与するために量の範囲を処方する際に用いられる。そのよう
な化合物の投与量は、毒性が非常に少ないか或いは全くなく、ED50を含む血
中濃度の範囲内にあることが好ましい。投与量は、用いられる投与形態、患者の
感受性、並びに投与経路によりこの範囲内で変化する。
厳密な投与量は、治療される患者を診察する個々の医師により選択される。量
及び投与を調整して、十分なレベルの活性成分を与えたり、或いは所望の効果を
維持したりする。考慮してもよいさらに別の要因は、疾患の過酷さ、例えば腫瘍
の大きさ及び場所、患者の年齢、体重、性別、食事、投与の時間及び頻度、薬物
の組み合わせ、反応への敏感度、並びに治療に対する抵抗性/反応を含む。特定
の製薬の半減期及びクリアランス率により、3〜4日毎、毎週、或いは4週間毎
に一度、活性が持続
する医薬品組成物が投与されてもよい。
通常の投与量は、投与の経路にもよるが、0.1μg〜100,000μgま
で変化し、全投与量は約1gまでである。詳細な投与量及び配達の方法に関する
手引きは、一般に科学文献で入手できる。当業者は、タンパク質或いはそのイン
ヒビタではなく、ヌクレオチドのための異なる剤形を用いるであろう。同様に、
ポリヌクレオチド或いはポリペプチドの配達は特定の細胞、状態、位置等に対し
て特異であろう。
例えばhSBPの抗体或いはhSBP誘導体が、乳癌の進行を阻止するために
適した形態において送達されるように考慮される。同様に、hSBPのアンタゴ
ニストの投与も、このタンパク質の活性を抑制し、或いは寿命を短縮することが
できる。
以下の例は、本発明を例示するために与えられるものであり、本発明を制限す
るものではない。
産業上の利用可能性 I BRSTTUT01 cDNAライブラリの構成
BRSTTUT01cDNAライブラリは55歳女性から除去された乳房腫瘍
から構成された(lot#0005:Mayo Clinic,Rochester MN)。凍結した組織はBrink
mann Homogenizer Polytron PT-3000(Brinkmann Instruments,Westbury NJ)を用
いて直ちに均質化され、グアニジニウムイソチオシアネート溶液に溶解された。
溶解生成物は5.7M CsCL緩衝材上に装填され、周囲温度において250
00rpmで18時間SW28 swinging bucket rotorにおいて遠心分離された。R
NAは、酸性フェノールpH4.0を用いて一度、フェノールクロロフォルムp
H8.0を用いて一度抽出され、0.3M酢酸ナトリウム及び2.5体積のメタ
ノールを用いて沈殿させ、水及び37℃で15分間処理された
デオキシリボヌクレアーゼ内で再懸濁された。RNAはQiagen Oligotex kit(QI
AGEN Inc.Chatsworth CA)を用いて分離され、cDNAライブラリを構成するた
めに用いられた。RNAは、c DNA Synthesis and Plasmid Cloning(Cat.#18248
-013:Gibco/BRL)に対するSuperScript Plasmid Systemにおける推奨プロトコル
に従って処理された。cDNAはSepharose CL4B column(Cat.#275105.Pharma
cia)上で分割され、400bpを超えるそのcDNAはpSport 1に結合された。
その後プラスミドpSport IはDH5aTMコンピテント細胞に形質転換された(Cat.#18
258-012 Gibcol BRL)。II BRSTTUT01からのcDNAクローンの分離及び配列化
プラスミドDNAは、Miniprep Kit(Cat.#77468;Advanced Genetic Technolog
ies Corporation.Gaithersburg MD)を用いて細胞から遊離され、精製された。こ
のキットは、960の精製に対する試薬を有する96ウェルブロックからなる。
推奨プロトコルを用いたが以下の点が異なる。1)96ウェルは、25mg/L
のカルビンシリン及び0.4%のグリセロールを有する1mlのみの無菌のTerr
ific Broth(Cat.#22711.LIFE TECHNOLOGIESTM.Gaithersburg MD)をそれぞれ満
たされた。2)ウェルは接種され、その後60μlの溶解バッファを用いて溶解
させた後、細菌が24時間培養された。3)5分間Beckman GS-6R@:2900rpmを用
いる遠心分離ステップが実行され、その後ブロックの含有物が一次フィルタプレ
ートに加えられた。4)TRISバッファにイソプロパノールを加える付加的な
ステップは、繰返しては実行しなかった。プロトコルの最後のステップを終了し
た後、サンプルは保管のためにBeckman 96−ウェルブロックに移された。
cDNAは、4つのPeltier Thermall Cyclers(PTC200:MJ Research.
Watertown MA)及びApplied Biosystems 377 DNA Sequencing systems(Perkin E
lmer)を組み合わせたHamilton Micro Lab2200(Hamilton,Reno NV)を用いるSang
er F and AR Coulson(1975;J Mol Biol 94:441f)の方法により配列化され、読み
枠が画定された。III cDNAクローン及びその推定タンパク質の相同性検索
各cDNAはApplied Biosystemsにより開発され、INHERITTM670 Sequence An
alysis System内に組み込まれた検索アルゴリズムを用いてGenBank内の配列と比
較された。このアルゴリズムでは、Pattern Specification Language(TRW Inc.L
os Angeles CA)を用いて、相同性の領域を確定した。配列比較が如何に実行され
るかを確定する3つのパラメータはウインドウサイズ、ウインドウオフセット並
びに誤差許容量である。これら3つのパラメータの組み合わせを用いて、DNA
データベースは問合わせ配列に相同性を有する領域を含む配列を検索され、適当
な配列が初期値で与えられる。その後、これらの相同性領域はドットマトリクス
相同性プロットを用いて試験され、相同性の領域と偶然の一致とを区別した。Sm
ith-Watermanアライメントを用いて、相同性検索の結果を表示した。
ペプチド及びタンパク質配列相同性は、DNA配列相同性に用いられる方法と
同様の方法を用いるINHERITTM670 Sequence Analysis Systemを用いて確認され
た。Pattern Specification Language及びパラメータウインドウを用いて、初期
値で与えられた相同性の領域を含む配列に対するタンパク質データベースを検索
した。ドットマトリクス相同性プロットが試験され、著しい相同性を有する領域
と偶然の一致とを区別した。
Basic Local Alignment Search Tool(Altschul SF(1993)J Mol Evol
36:290-300;Altschul,SF等(1990)J Mol Biol 215:403-10)を表すBLASTを用
いて、局部配列アライメントを検索した。BLASTは、ヌクレオチド及びアミ
ノ酸配列の両方のアライメントを生成し、配列類似性を判定する。アライメント
の局部的な性質のため、BLASTは特に厳密な一致の判定或いは相同性の同定
の際に有効である。BLASTは間隙を含まない一致に対して有効である。BL
ASTアルゴリズム出力の基本的な単位はHigh-scoring Segment Pair(HSP)であ
る。
HSPは、任意であるが、等しい長さを有する2つの配列フラグメントからな
り、そのアライメントは局部的に最大であり、しかもアライメントスコアは使用
者により設定される閾値或いはカットオフスコアを満足するか或いはそれを超え
るものである。BLASTアプローチは、問合せ配列とデータベース配列との間
のHSPを特定し、見出されたあらゆる一致の統計的有意性を評価し、かつ使用
者により選択された有意性の閾値を満足する一致のみを報告する。パラメータE
はデータベース配列との一致を報告するために統計的に有意な閾値を確立する。
Eは、全データベース検索の環境内でHSP(或いはHSPの組)が偶然発生す
る予想頻度の上限として解釈される。データベース配列との一致がEを満足する
ものが、プログラム出力において報告される。IV ノーザン分析
ノーザン分析は、遺伝子転写物の存在を検出するために用いられる実験用技術
であり、特定の細胞種或いは組織からのRNAが結合されている膜に対する標識
されたヌクレオチド配列のハイブリダイゼーションを伴う(Sambrook等、上記)
。
BLAST(Altschul SF 1993及び1990上記)を用いる類推コンピュータ技術
(analogous computer technique)を用いて、GenBank或
いはLIFESEQTMdatabase(Incyte,Palo Alto CA)のようなヌクレオチドデータベー
ス内の同一の或いは関連する分子を検索する。多数の膜を用いるハイブリダイゼ
ーションに比べ非常に速度が速い。さらに、コンピュータ検索の感度を変更して
、任意の特定の一致が、厳密な一致としてか、相同的一致として分類されるかを
確定することができる。
検索の基準は、
%配列密度×%最大BLASTスコア/100
として定義される積スコアである。2つの配列間の類似度及び配列一致の長さの
両方を考慮する。例えば積スコア40の場合、その一致は1−2%誤差の範囲内
で正確であり、70ではその一致は正確であろう。相同性を有する分子は通常、
15−40間の積スコアを示す分子を選択することにより同定されるが、それよ
り低いスコアでも関連した分子が同定される場合もある。存在量データ(Abu
n)は、cDNAライブラリにおける対象の遺伝子の転写物数を表す。存在比は
、cDNAライブラリ内に存在する対象の遺伝子の転写物数をcDNAライブラ
リ内の全転写物数で割ることにより計算される。V 完全長或いは回復調節エレメントに対するhSBPコード化ポリヌクレオチ ドの伸展
完全長hSBPコード化ヌクレオチド配列(配列番号:2、4或いは6)を用
いて、部分ヌクレオチド配列を完全長まで伸展するための、或いはゲノムライブ
ラリから5’配列を得るためのオリゴヌクレオチドプライマを設計する。1つの
合成されたプライマを用いて、アンチセンス方向(XLR)に伸展を開始し、第
2の合成されたプライマを用いて、センス方向(XLF)に配列を伸展する。プ
ライマにより、既知のhSBPコード化配列の伸展が、対象の領域に対する新規
で未知のヌクレオ
チド配列を含むアンプリコンを「外側に」発生させるようになる(1995年6
月7日出願の米国特許出願第08/487,112号を参照。この特許出願は参
照して本明細書の一部としている)。初期プライマは、OLIGO(登録商標)4.06 Pri
mer Analysis Software(National Biosciences)或いは他の適当なプログラムを
用いてcDNAから設計され、長さ22−30のヌクレオチドになり、50%以
上のGC含有物を有し、約68−72℃の温度で標的配列にアニーリングする。
ヘアピン構造及びプライマープライマ2量体化をもたらすことになるヌクレオチ
ドのあらゆる伸長は避けられる。
起源の選択されたcDNAライブラリ或いはヒトゲノムライブラリを用いて配
列を伸展する。後者は5’上流領域を得るのに最も有用である。さらに伸展が必
要或いは要求される場合には、追加のプライマの組が設計され、既知領域をさら
に伸展させる。
XL-PCR kit(Perkin Elmer)用の取扱説明書に従って、完全に酵素及び反応混合
物を混合することにより、高い忠実度を有する増幅が得られる。各プライマを4
0pmolで、かつキット全ての他の成分を推奨された濃度で開始するとき、P
CRはPeltier Thermal Cycler(PTC200;MJ Research,Watertown MA)及び以下の
パラメータを用いて実行される。
ステップ1 1分間94℃(初期変性)
ステップ2 1分間65℃
ステップ3 6分間68℃
ステップ4 15秒間94℃
ステップ5 1分間65℃
ステップ6 7分間68℃
ステップ7 さらに15サイクル間ステップ4−6の繰返し
ステップ8 15秒間94℃
ステップ9 1分間65℃
ステップ10 7分15秒間68℃
ステップ11 12サイクル間ステップ8−10の繰返し
ステップ12 8分間72℃
ステップ13 4℃(保持)
反応混合物の5−10μl部分標本が低濃度(約0.6−0.8%)アガロー
スミニゲルにおける電気泳動により分析され、どの反応物が配列の伸展に成功し
たかを判定する。最も大きな生成物が含む帯が選択され、そのゲルから切除され
た。さらに精製は、QIA QuickTM(QIAGEN Inc.)のような市販のゲル抽出方法を使
用することにより実現される。DNAの回収の後、Klenow酵素を用いて、
再連結及びクローニングを容易にするブラントエンドを生成する一本鎖ヌクレオ
チドオーバーハングを切り取る。
エタノール沈殿の後、その生成物は13μlの結合緩衝剤中に再溶解される。
1μlT4−DNAリガーゼ(15ユニット)及び1μlT4ポリヌクレオチド
キナーゼが加えられ、その混合物は、2〜3時間室温で或いは一晩の間16℃で
インキュベートされる。コンピテントE.coli細胞(40μlの適当な媒質
内にある)が3μlの結合混合物と形質転換され、80μlのSOC媒質内で培
養される(Sambrook J等、上記)。37℃で1時間インキュベートした後.、全
形質転換混合物が、2xCarbを含むLuria Bertani(LB)-agar(Sambrook J等
、上記)上で培養される。翌日、いくつかのコロニーが各プレートから無作為に
選び取られ、適当な市販の無菌の96ウエル微量定量プレートの個々の
ウエル内に配置される150μlの液体LB/2xCarb媒質内で培養される
。翌日、5μlの各一晩おいた培養株が非無菌の96ウエルプレートに移入され
、水で1:10に希釈された後、5μlの各サンプルがPCRアレイ内に移入さ
れる。
PCR増幅の場合、伸展反応のために用いられる4ユニットのrTthDNA
ポリメラーゼ、ベクタプライマ並びに1つ或いは両方の遺伝子特異性プライマを
含む18μlの濃縮PCR反応混合物(3.3x)が各ウエルに加えられた。増
幅は以下の条件を用いて実行された。
ステップ1 60秒間94℃
ステップ2 20秒間94℃
ステップ3 30秒間55℃
ステップ4 90秒間72℃
ステップ5 さらに29サイクルの間ステップ2−4の繰返し
ステップ6 180秒間72℃
ステップ7 4℃(保持)
PCR反応物の部分標本が、分子重量マーカと共にアガロースゲル上で処理さ
れる。PCR生成物の大きさは、起源の部分cDNAと比較され、適当なクロー
ンが選択され、プラスミドに結合され、配列された。VI 標識化及びハイブリダイゼーションプローブの使用
配列番号:2及び配列番号:4に由来するハイブリダイゼーションプローブは
、cDNA、ゲノムDNA或いはmRNAをスクリーニングするために用いられ
る。約20塩基対からなるオリゴヌクレオチドの標識化が特に記載されるが、よ
り大きなcDNAフラグメントにも概ね同じ
手順を用いる。オリゴヌクレオチドは、OLIGO 4.06(National Biosciences)のよ
うな当業界で用いられるソフトウエアにより設計され、50pmolの各オリゴ
マと250mCiの[γ-32P]アデノシントリホスターゼ(Amersham,Chicago IL
)及びT4ポリヌクレオチドキナーゼ(DuPont NEN(登録商標),Boston MA)とを組
み合わせることにより標識される。標識されたオリゴヌクレオチドは、Sephadex
G-25 super fineresin column(Pharmacia)を用いて実質的に精製される。セン
ス及びアンチセンスオリゴヌクレオチドをそれぞれ107カウント/分含む部分
は、以下のエンドヌクレアーゼの1つ(Ase I,Bgl II Eco RI,Pst I.Xba l.or Pv
u II;DuPont NEN(登録商標))で消化されるヒトゲノムDNAの典型的な膜に基づ
くハイブリダイゼーション分析において用いられる。
各消化物からのDNAは、0.7%アガロースゲルに分割され、ナイロン膜(N
ytran Plus,Schleicher & Schuell,Durham NH)に転写される。ハイブリダイゼー
ションは、40℃で16時間実行される。非特異性シグナルを除去するために、
ブロットは、0.1×クエン酸ナトリウム食塩水及び0.5%ドデシル硫酸ナト
リウムまでの徐々に厳密性を増す条件下で室温にて順次洗浄される。XOMAT ARTM
film(Kodak,Rochester NY)が数時間Phosphoimager cassette(Molecular Dynamic
s,Synnyvale CA)内でブロットに暴露された後、ハイブリダイゼーションパター
ンが視覚的に比較される。VII アンチセンス分子
hSBPポリペプチドコード化配列(その配列は完全長及び部分hSBP配列
を含む)を用いて、自然発生hSBPコード化配列のin vivo及びin vitro
発現を抑制する。約20塩基対からなるアンチセンスオリゴヌクレオ
チドの使用が特に記載されるが、より大きな
cDNAフラグメントにも概ね同じ方法を用いる。第1A、1B、2A並びに2
B図に示されるhSBPのコード化配列に基づくオリゴヌクレオチドを用いて、
自然発生hSBPの発現を抑制する。相補性オリゴヌクレオチドは、第1A、1
B、2A並びに2B図に示される最も独特な5’配列から設計され、上流非翻訳
配列にプロモータが結合するのを防ぐことにより転写を抑制するか、或いはリボ
ソームが結合するのを防ぐことによりhSBPコード化転写物の翻訳を抑制する
ために用いられる。配列番号:2或いは配列番号:4のリーダ配列及び5’配列
の適当な一部を用いる場合、有効なアンチセンスオリゴヌクレオチドは、第1A
、1B、2A並びに2B図に示されるようなポリペプチドのシグナル或いは初期
コード化配列に翻訳する領域に及ぶ任意の15−20ヌクレオチドを含む。VIII hSBPの発現
hSBPの発現は、cDNAを適当なベクタ内にサブクローニングすることに
より、さらにそのベクタを宿主細胞内に形質移入することにより実現される。こ
の場合に、cDNAライブラリの発生のために以前に用いられたクローニングベ
クタ、pSportを用いて、E.coli.においてhSBPポリペプチドを
発現する。pSportはクローニング部位のβ−ガラクトシダーゼ上流に対す
るプロモータを含み、それにアミノ末端Metをコードする配列及びβ−ガラクト
シダーゼの後続する7残基が後続する。転写に有用なバクテリオファージプロモ
ータ及びいくつかの独特の制限部位を含むリンカをコードする配列は、8β−ガ
ラクトシダーゼ残基コード化配列の直後に配置される。
IPTGは、標準的な方法に従って分離され、形質移入された菌株における融
合タンパク質の生成を誘発するために用いられる。融合タンパ
ク質は、β−ガラクトシダーゼの最初の7残基、リンカの約5〜15残基並びに
完全長hSBPコード化配列からなる。シグナル配列は、バクテリア成長媒体へ
のhSBPポリペプチドの分泌を促し、その後以下の活性検定法において直接用
いることができる。IX hSBP活性
ラット前立腺結合タンパク質(rPBP)、ヒト乳房グロビン、ウサギ子宮グ
ロビン並びにFHG22にhSBPが相同性を有する場合、hSBPの活性はポ
リペプチドがステロイドに結合する能力により評価することができる。ポリペプ
チドに結合するステロイドを評価するための方法は当分野において周知である(
例えばHeyns等1977 Eur J Biochem 78:221-230を参照)。別法では、hSBPと
rPBPとの間に相同性があり、さらにrPBPとエストラムスチン結合タンパ
ク質(EMBP)との間に類似性がある場合、hSBP活性は、hSBPがエスト
ラムスチンを結合する能力により評価することができる。エストラムスチン結合
を評価するための方法は当分野において周知である(例えば
14:251-160を参照)。X hSBP特異性抗体の生成
PAGE電気泳動(Sambrook)を用いて実質的に精製されたhSBPを用いて、
ウサギを免疫し、標準的なプロトコルを用いて抗体を生成する。hSBPから翻
訳されたアミノ酸配列は、DNAStar software(DNAStar Inc)を用いて分析され、
免疫原性の高い領域を判定し、対応するオリゴポリペプチドが合成され、それを
用いて当業者に知られた方
法により抗体を生成する。C−末端付近にある、或いは塩酸領域内にあるような
適当なエピトープを選択するための分析は、Ausubel等(上記)に記載される。
典型的にはオリゴペプチドは長さ15残基で、fmoc(フルオレニルメトキ
シカルボニル)化学を用いるApplied Biosystems Peptide Synthesizer Model 4
31Aを用いて合成され、M-maleimidobenzoyl-N-hydroxysuccinimide ester(MBS:
Ausubel等、上記)と反応することによりキーホールリンペットヘモシアニン(KL
H,Sigma)に結合される。ウサギは、完全なフロイントアジュバント内でポリペ
プチド−KLH複合体を用いて免疫される。その結果生じる抗血清は、例えば、
プラスチックにペプチドを結合し、1%BSAを用いて遮断し、ウサギ抗血清と
反応させ、洗浄し、さらに放射線ヨウ化されたヤギ抗ウサギIgGと反応させる
ことにより、抗ポリペプチド活性に対して試験される。XI 特異性抗体を用いる自然発生hSBPの精製
自然発生或いは組換え体hSBPは、hSBPに対する特異な抗体を用いる免
疫親和性クロマトグラフィにより実質的に精製される。免疫親和性カラムが、抗
hSBP抗体を、CnBr-activated Sepharose(Pharmacia Biotech)のような活性
化されたクロマトグラフ樹脂に共有結合することにより構成される。結合後、樹
脂は遮断され、製造者の取扱説明書に従って洗浄される。
hSBPポリペプチドを含む媒質を、免疫親和性カラム上を通過させ、カラム
は、hSBPを選択吸収させる条件下(例えば界面活性剤中に高イオン強度緩衝
剤を入れたもの)で洗浄される。カラムは、抗体−hSBP結合状態を分裂する
条件下(pH2−3の緩衝剤或いは尿素或いはチオシアネートイオンのような高
濃度のカオトロープ)で分離され、h
SBPポリペプチドが収集される。XII hSBPと相互作用する分子の同定
hSBPポリペプチド、特にその生物学的活性フラグメントは、125IBolton-H
unter reagent(Bolton AE and Hunter WM(1973)Biochem J 133:529)を用いて標
識される。96ウエルプレートのウエル内に以前に配列された候補分子は、標識
されたhSBPポリペプチドを用いてインキュベートされ、洗浄され、標識され
たhSBP複合体に対して検定される。異なるhSBP濃度を用いて得られたデ
ータを用いて、その数、親和性並びにhSBPと候補分子の関係に対する値が計
算される。
上記の明細書中に記載された全ての特許出願及び特許は参照して本明細書の一
部としている。本発明の記載された方法及びシステムの種々の変更例及び変形例
は、本発明の範囲及び精神から逸脱することなく当業者には明らかであろう。本
発明は特定の好適な実施例に関連して記載されてきたが、本発明はそのような特
定の実施例に不当に制限されるべきではないことを理解されたい。実際に、本発
明を実施するために記載された形態の種々の変更例は、分子生物学或いは関連す
る分野の当業者には明らかであり、以下の請求の範囲内に入ることを意図するも
のである。
本ヌクレオチド及びポリペプチド配列を記載する前に、本発明は記載される特
定の方法、プロトコル、細胞株、ベクタ並びに試薬に制限されず、変更される場
合もあることを理解されたい。また本明細書で用いられる専門用語は、特定の実
施例を記載することのみを目的としており、本発明の範囲を制限することを意図
するわけではなく、本発明は添付の請求の範囲によってのみ制限されることを理
解されたい。
本明細書で用いられるように、添付の請求の範囲では、単数形の冠詞、「及び
」並びに「前記」は、文脈において違うように明確に規定されな
い限り、複数の指示物を含むことに注意されたい。従って例えば、「1つの宿主
細胞」が示すものは、複数のそのような宿主細胞を含んでおり、「その抗体」は
当業者には既知の1つ或いはそれ以上の抗体及びその等価物を示しており、他も
同様である。
異なるように規定されなければ、本明細書で用いられる科学技術用語は、本発
明が属する分野の当業者に通常理解されているのと同じ意味である。本明細書で
記載される内容と類似或いは等価な任意の方法、装置並びに材料が本発明の検証
に際して用いられてもよいが、好適な方法、装置並びに材料は本明細書中に記載
される。
ここで言及する全ての刊行物は、記載される本発明に関連して用いられること
も考えられる刊行物に記載される細胞株、ベクタ並びに方法論を記載、かつ開示
するために参照して本明細書の一部としている。ここで議論される刊行物は、本
出願の出願日に先行して、全く別にそれらを開示するために提供されている。本
明細書に記載される内容は、本発明者が、先行発明によるそのような開示に先行
して権利を有さないことを容認するものと解釈されるべきではない。
─────────────────────────────────────────────────────
フロントページの続き
(51)Int.Cl.7 識別記号 FI テーマコート゛(参考)
A61K 39/395 A61K 45/00
45/00 48/00
48/00 A61P 35/00
A61P 35/00 C07K 16/18
C07K 16/18 C12N 1/21
C12N 1/21 C12P 21/02 C
5/10 G01N 33/53 D
15/09 C12N 15/00 A
C12P 21/02 5/00 B
G01N 33/53 A61K 37/02
(81)指定国 EP(AT,BE,CH,DE,
DK,ES,FI,FR,GB,GR,IE,IT,L
U,MC,NL,PT,SE),OA(BF,BJ,CF
,CG,CI,CM,GA,GN,ML,MR,NE,
SN,TD,TG),AP(GH,KE,LS,MW,S
D,SZ,UG,ZW),EA(AM,AZ,BY,KG
,KZ,MD,RU,TJ,TM),AT,AU,BR
,CA,CH,CN,DE,DK,ES,FI,GB,
IL,JP,KR,MX,NO,NZ,RU,SE,S
G,US
(72)発明者 マリー、リン・イー
アメリカ合衆国カリフォルニア州94028・
ポルトラバレー・ロストランコスロード
1124
(72)発明者 ゴリ、スリヤ・ケイ
アメリカ合衆国カリフォルニア州94086・
サニーベイル・#338・アイリスアベニュ
ー 620
(72)発明者 ホーキンス、フィリップ・アール
アメリカ合衆国カリフォルニア州94034・
マウンテンビュー・#96・ノースショアラ
インブールバード 750
Claims (1)
- 【特許請求の範囲】 1.配列番号:1のアミノ酸配列或いはそのフラグメントからなる実質的に精製 されたヒトステロイド結合タンパク質C1(hSBP1)ポリペプチド。 2.請求項1のhSBP1ポリペプチドをコードする分離され、精製されたポリ ヌクレオチド配列。 3.配列番号:2或いはその変異体からなる請求項2の分離され、精製されたポ リヌクレオチド配列。 4.配列番号:2に相補性を有するか、或いはその変異体を縮重するポリヌクレ オチド配列。 5.請求項2のポリヌクレオチド配列からなる組換え体発現ベクタ。 6.請求項5のポリヌクレオチド配列からなる組換え体宿主細胞。 7.配列番号:1のポリペプチドからなるポリペプチドを生成するための方法で あって、 a)前記ポリペプチドの発現に適した条件下で請求項6の前記宿主細胞を培養 する過程と、 b)宿主細胞培地から前記ポリペプチドを回収する過程とを有することを特徴 とする方法。 8.適当な医薬品担体と共に配列番号:1のアミノ酸配列を有する実質的に精製 されたhSBPポリペプチドからなる医薬品組成物。 9.請求項1のポリペプチドを特異に結合する精製された抗体。 10.請求項1のポリペプチドの活性を特異に調節或いは変調する精製されたア ンタゴニスト。 11.適当な医薬品担体と共に請求項1のポリペプチドの実質的に精製されたア ンタゴニストからなる医薬品組成物。 12.配列番号:3のアミノ酸配列或いはそのフラグメントからなる実 質的に精製されたヒトステロイド結合タンパク質C2(hSBP2)ポリペプチ ド。 13.請求項12のhSBP2ポリペプチドをコードする分離され、精製された ポリヌクレオチド配列。 14.配列番号:4或いはその変異体からなる請求項13の分離され、精製され たポリヌクレオチド配列。 15.配列番号:4に相同性を有するか、或いはその変異体を縮重するポリヌク レオチド配列。 16.請求項13のポリヌクレオチド配列からなる組換え体発現ベクタ。 17.請求項13のポリヌクレオチド配列を含む組換え体宿主細胞。 18.配列番号:3のポリペプチドからなるポリペプチドを生成するための方法 であって、 a)ポリペプチドの発現に適した条件下で請求項17の宿主細胞を培養する過 程と、 b)宿主細胞培地からポリペプチドを回収する過程とを有することを特徴とす る方法。 19.適当な医薬品担体と共に配列番号:3のアミノ酸配列を有する実質的に精 製されたヒトステロイド結合タンパク質C2(hSBP2)からなる医薬品組成 物。 20.請求項12のポリペプチドを特異に結合する精製された抗体。 21.請求項12のポリペプチドの活性を特異に調節或いは変調する精製された アンタゴニスト。 22.適当な医薬品担体と共に請求項12のポリペプチドの実質的に精製された アンタゴニストを構成する医薬品組成物。
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