JP2001526547A - 改善されたnad−依存性を有すデヒドロゲナーゼ、その製造方法およびその用途 - Google Patents
改善されたnad−依存性を有すデヒドロゲナーゼ、その製造方法およびその用途Info
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Abstract
(57)【要約】
有利なNADH−依存正デヒドロゲナーゼのNADH−特異性は関連アミノ酸配列の遺伝子工学的に変更して補酵素の結合領域で塩基性を低下させることによって改善することができる。NAD+≧20のkcat/KM値に相当する調剤目的に役立つNADH−依存性を有するデヒドロゲナーゼは微生物的に得ることができる。この目的のためには、遺伝子コードに遺伝子配列を持つ酵素についてコード化する微生物を使用する。この遺伝子配列は塩基性アミノ酸が少なくとも部分的に補酵素結合部で無帯電のアミノ酸で交換されているアミノ酸配列を持つ酵素についてコード化している。択一的にまたは追加的に塩基性または正に帯電したまたは無帯電のアミノ酸は負に帯電したアミノ酸に交換されてもよい。本発明の方法はN−末端に酵素結合場所を持つ短鎖のデヒドロゲナーゼを得るのに特に有利に使用される。実施例によればアルコールデヒドロゲナーゼは、オーバーエクスプレス法で突然変異した遺伝子を含有するE.coil HB 101+(pUBS 520)によって得られる。上記遺伝子はデヒドロゲナーゼについてコード化しておりそして発現プラスミンpKK-117-3HBでクーロン化される。
Description
【発明の詳細な説明】
改善されたNAD−依存性を有すデヒドロゲナーゼ、その製造方法および
その用途
本発明は、調剤目的に適するNAD+≧20のkcat/KM値に相当するNAD
H−依存性を有する短鎖のデヒドロゲナーゼ、特にアルコール−デヒドロゲナー
ゼを生産するのに特に有利に使用することができる特に有利なNADPH−依存
性のデヒドロゲナーゼのNADH−特異性を改善する方法に関しそしてそうして
得られるデヒドロゲナーゼおよびその用途にも関する。
デヒドロゲナーゼおよび特にアルコール−デヒドロゲナーゼ(以下、ADHn
と略す)は、プロキラルなケトンを相応するキラルなアルコールに立体選択的に
還元することによってキラルな生成物を生産する価値ある触媒である。本質的に
相応する、酵母からの酵素(NAD−依存性)、馬の肝臓からの酵素(NAD−
依存性)およびテルモアネロビウム・ブロキ(Thermoanaerobium brockii)から
の酵素(NADP−依存性)は市販されており、特別な基質については例えばス
テロイド−デヒドロゲナーゼ(NAD−およびNADP−依存性)も市販されて
いる。部分的に正に制限された基質であるために、近年では、調剤用途に良好に
適する別の新規なADHn、例えばRhodococcus erythropolisからの(S)-特異性
酵素(NAD−依存性)およびLactobacillus属からの(R)-特異性酵素が発見さ
れている。これら両方の種類の酵素は非常に広範囲のケトン類を高いエナンチオ
選択性をもって転化する。L.kefir(ドイツ特許第4014573号明細書)ま
たはL.brevisの酵素は単独で(R)−アルコールをもたらすので特に興味が持た
れる。これらの酵素を使用することでの欠点は勿論、補酵素NADP+あるいは
NADPHを必要とすることである。何故ならばこれらの補酵素はNAD+ある
いはNADHよりも著しく不安定でありそして高価(5〜10倍)であるからで
ある。
それ故に本発明の目的はかゝるADHnのNAD+依存性を改善するがデヒド
ロゲナーゼの相応する改善のためにも全く一般的に使用できる方法に関する。
この目的のために開発された、冒頭に記載の種類の本発明の方法は本質的には
、補酵素−結合領域の酵素の塩基性を遺伝子工学的手段によりアミノ酸配列を適
切に変更することによって低下させることを特徴としている。補酵素−結合領域
のデヒドロゲナーゼのアミノ酸残基のこの塩基性の低下は正に帯電したアミノ酸
を無帯電のアミノ酸に交換することによって達成することができる。
補酵素−結合領域のデヒドロゲナーゼのアミノ酸残基の塩基性を正に帯電した
アミノ酸を無帯電のアミノ酸に交換することによって低下させることができる。
無帯電であるかまたは正に帯電したアミノ酸を負に帯電したアミノ酸に択一的
にまたは追加的に交換することによっても低減することができ、この場合には塩
基性を下げるために、勿論、この変化の組合せも使用できる。
本発明の別の特徴は特許請求の範囲および以下の説明から明らかである。
この方法は、酵素的なレドックス反応において補酵素が協力するために補酵素
結合場所での補酵素の受容れが重要であることおよびアミノ酸配列を相応して変
更することにより補酵素のために酵素の“結合領域(Andockbereich)”の塩基性
を低下させることによってNAD+の受容をNADP+に比較しての改善が達成で
きることから出発している。かゝる変更は遺伝子工学的に行なわれ試され、そし
て以下の説明から明らかに成る通り、明らかに捕捉可能な改善がこの様に達成さ
れる。
実例としてLactobacillus brevis(DSM 20054)からのADHを使用する。その
際に補酵素結合場所はN−境界に考えられ、N−末端領域の最初の50個のアミ
ノ酸の配列は以下の通り書かれている:
四つの理想的な下部単位で構成されるこのADHの下部単位の全配列はB.Rieb
el学位論文(デュッセルドルフ大学、1997)に開示されており、最終的には突
然変異を起こす特有のDNA−配列が同様にそこに開示されている。
このN−末端配列の場合には自体公知の遺伝子工学的方法によって塩基性に関
係する特定のアミノ酸が交換されそしてNAD+の受容(Akzeptanz)の変化は二つ
の量、即ち、KM−およびkcat−値の測定によって測定される。KM−値[ミ
ハエル−メンテン定数(Michaelis-Menten-Konstante)](モル/L)を酵素に対
する補酵素のアフィニティー(Affinitaet)の目安として考えることができ、出来
るだけ小さいKM−値が有利である。kcat−値(生じた生成物1モル/酵素1モ
ル×秒)は転化率の目安であり、出来るだけ大きい方が良い。両方の量を考慮し
た組合せ値はkcat/KMの商である。この価は調剤の目的に役立つ酵素を得るた
めには≧20であるべきである。
以下の例1〜4において塩基性アミノ酸から中性アミノ酸への交換はR38、
H39、K45および/またはK48の所で行なった。突然変異体の特徴は、L.
brevisからのADHの特異性がNADP+のNAD+まで変えることを事実上可能
とすることを示している。限定された数だけしかアミノ酸交換を実施しないにも
かかわらず、NAD+−依存性を塩基性の低下によって所望の通りに改善するこ
とができるという結果が得られる。
以下の例において追加的に実施したA9Gの交換(アラニンをグリシンに交換
する、両方とも電荷を有していない)は、塩基性を変更させる理由で行なうので
なく、追加的な安定性の考察を考慮して行なう。本発明に従う交換によって塩基
性の低下を達成するNAD+−特異性の変更が後記の実施例のこの“付随する交
換”(A9G)によって著しい影響を受けないことは明らかでありかつ証明し得
る。
L.brevisからのADHのN−末端近辺の領域で徹底的にではなく行なわれるア
ミノ酸交換は別として、かゝる交換自体は残っているアミノ酸鎖(上述の学位論
文による)においても実施することができそしてNAD+の特異性に関してプラ
スの結果が得られる。
デヒドロゲナーゼを変化させるための本発明の方法は、勿論、塩基性アミノ酸
を無帯電のまたは負に帯電したアミノ酸に意図的に交換できるためにあるいは無
帯電のアミノ酸を負に帯電したアミノ酸に交換することができるために、改善す
べき酵素の変更するアミノ酸配列の知見あるいは冒頭の規定が推定させる。その
時に、NAD−特異性の改善のために利用する交換あるいは交換領域は、補酵素
結合位置の特別な知見なしに、試行錯誤の原理に従って明らかになる。その際に
、遺伝子工学的な作業の重要な部分的段階のための現在市販される装備(Fertlg-
Kits)がこれを余りにも多大な費用をかけずに実施できるようにする。塩基性ア
ミノ酸としては特にリシンおよびアルギニンを交換することができ、しかもグリ
シン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、メチオニン、セリン、チロ
シンまたはフェニルアラニンの様な無帯電のアミノ酸に交換することができる。
負に帯電したアミノ酸の中では特にグルタミン酸およびアスパラギン酸が適する
。
突然変異した酵素の正の変化の実証は、補酵素NAD+、NADP+、NADH
およびNADPHについての速度論的パラメータをケトン−基質のための相応す
る速度論的パラメータあるいはアルコール(フェニルエタノール)についての酸
化反応の際のそれについて測定することによって行なう。更にアセトフェノンの
還元の例について、エナンチオ選択性が維持されたままであるかどうかをチェッ
クする。その他には温度最適条件および−安定性、pH最適条件および−安定性
および等電位点を測定しそして未突然変異の野生型酵素についての相応するデー
タと比較する。
野生型酵素は次の性質を示す:
A)補酵素NADP-、NAD+、NADHおよびNADPHについての速度論
的データ
表1:Lactobacillus brevisからのADHと反応した際の酸化されそして還元
された補酵素についての速度論的データ
表1は補酵素NADHがLactobacillus brevisからのADHの野生型と確認可
能な領域で反応しないことを示している。非常に高いNAD+の濃度でのみ弱い
活性で受容され、NAD+についての野生型の選択性(kcat/KM)(=7)がNA
DP+についての値(=270)に比較して約2.5%である。
B)温度最適条件および−安定性
野生型ADHの温度最適条件は55℃であり、色々な温度での24時間の培養
期間の後に30℃では未だ100%の反応性を示し、37℃では未だ50%の反
応性を示す。
C)pH最適条件および−安定性
アセトフェノンをNADPHで還元するためのpH最適条件は6.5である。
最適範囲は非常に幅が狭く、既に6.0または7.0で未だ約60%の選択率し
か測定されない。フェニルエタノールをNADP+で酸化するためには最適なの
は8.0であり、7〜9の広い最適範囲を有している。野生型酵素はpH7.0
〜8.5で貯蔵した際に最も高い安定性を示す。
D)等電位点の測定
野生型酵素の等電位点は4.95である。
E)補酵素の再生下でのバッチ中でのアセトフェノンの還元およびこの反応の
エナンチオ選択性の測定
野生型酵素を用いてNADPHでアセトフェノンを、補酵素の再生下で還元す
ると、ガスクロマトグラフィー処理でフェニルエタノールの(R)−異性体が専
ら分離される。
以下の実施例で突然変異体の製造および特徴を説明する。その際に遺伝子工学
的方法でN−末端域のアミノ酸を交換する。
実施例1:
突然変異体1(A9G、R38L、K45I)の製造および特徴
この突然変異の目的は、野生型に比較して三種類のアミノ酸交換を行なう。即
ち38の位置のアルギニン(R)をロイシン(L)に交換し(R 38 L)、
45の位置のリシン(K)をイソロイシン(I)に交換し(K 45 I)そし
て9の位置のアラニン(A)をグリシン(G)に交換する(A 9 G)。突然
変異体1は野生型に比較して次の通り説明することができる:A9G,R38L
,K45I。A)突然変異誘発法:
突然変異体を製造する際の重要な方法段階はDNAを増やすためのPCR(ポ
リメラーゼ連鎖反応)である。出発点は、所定のテンプレートによって第一段階
で簡単に倍増するDNA−ポリメラーゼによるDNA−複製である。この簡単な
段階を輪回(サイクル)することによっていずれも新たに製造されそしていずれ
も古いテンプレートがDNA−複製を再び進める。これによって指数級数的な規
模での増加が実現される(2n)。
PCRの個々のいずれのサイクルも3段階、即ち二本鎖DNAを一本鎖DNA
の状態にさせる94〜96℃での変性段階(Denaturierungsschrft)、今度は一
本鎖のDNAにいわゆるプライマーを結合させることができる選択可能な温度で
のアニーリング段階、およびポリメラーゼがプライマーに結合しそしてDNAの
一本鎖が再び二本鎖を完成する72℃のポリメラーゼ段階(最適条件に通用する
高温性ポリメラーゼ)で構成されている。この場合二本鎖DNAを目的としてい
るので、プライマーをセンス(sense)−およびアンチセンス(antisense)鎖の両方
の鎖のために添加しなければならない。このプライマーはセンス−およびアンチ
センスプライマーに応じて挙げられる。アニーリング温度としてはあらゆる融合
−PCR−段階で52℃が使用され、突然変異体1および2を製造する際の別の
PCR−段階では52℃の温度がそして突然変異体1/1および2/2は56℃
のそれが使用される。
これらの三つの段階は任意に繰り返すことができ、単一のおよび同じ反応容器
中で同じ3つの段階をこの順で常に増加する現存のおよび新たに造られるテンプ
レートで実施される。
第二段階に記載のプライマーはポリメラーゼを正しく固着するために必要とさ
れ、PCRの特異性も確定させる。所定のプライマー配列によって所望のDNA
−セグメントが増幅される。しかしながらプライマーは、目的のDNA中の多か
れ少なかれ補足的配列が存在する場合には目的のDNAにだけ結合し得る。補足
的結合性は一方では配列の均一性によっておよびもう一方では第二段階のアニー
リング温度によって確定される。この場合アニーリング温度はプライマーの溶融
温度に起因する。
本発明の場合、PCRは個々の補助因子突然変異体を生成するために使用され
る。その際に目的のDNA−の所での点変異はかゝるプライマーの使用によって
導入され、即ちプライマーがDNA−配列に対して正しい相同性を個々の塩基に
おいて示さない。しかしながらプライマーの相同性は点変異にもかかわらず未だ
94%であるので、PCRを実施することが可能である(平均33の塩基のプラ
イマーの塩基長さの場合には2つの塩基が交換される)。点変異は二本鎖DNA
の二本の鎖の上で目的の配列に正しく変更するために導入しなければならない。
このことは、遺伝子中に点変異を導入するために二つの個々のPCR−反応が必
要であることを意味する。第一の反応では遺伝子の5つの末端(センス−プライ
マー)から突然変異(アンチセンス−プライマー)までPCRを実施し、第二の
反応では突然変異(センス−プライマー)から遺伝子の三つの末端(アンチセン
ス−プライマー)までPCRを実施する。
点変異相互の間隔がプライマーの末端長さ(40〜60個の塩基)を超えない
沢山の点変異を導入すべき場合には、各点変異のために上述の2つのPCR反応
を別々に実施しなければならない。
かゝる点変異をPCRによって導入する場合には、一般に完全な遺伝子は存在
しておらず、個々の反応から生じる遺伝子部分セグメント、突然変異までの5つ
の末端および突然変異から3つの末端までセグメントが存在する。これらは上述
の融合−PCRによって融合して完全な遺伝子としなければならない。
融合−PCR:
このPCRの原理は上述の通りであり、この場合には2つの異なるテンプレー
トしか添加せず、しかし突然変異域で100%の相同性を有し、しかも前に使用
した突然変異プライマーの長さ(一般に約30〜40個の塩基)を有している。
この突然変異域はその相同性によってPCRのプライマーとして機能し、即ち個
々の鎖中でDNAが変性した後にそれに続くアニリールング段階で両方の出発鎖
が再び一緒に結合される。しかし両方の異なる鎖は相同性域において対になる。
その時にポリメラーゼは突然変異域によってプライマーとして残りのDNAを再
び二本鎖に完結させることができる。この変法だけを可能とするためには、融合
−PCRの際に最初の5〜10サイクルで遺伝子特異性プライマーを添加しない
。
5〜10サイクルの後に十分に完成した遺伝子−DNAを利用する。従って、
遺伝子の5’および3’プライマーの添加後にこれを次のサイクルで増幅するた
めに使用する。予めに添加した遺伝子セグメントは、それぞれの遺伝子セグメン
トのために常に1種類のプライマー(センスプライマーだけかまたはアンチセン
ス−プライマーだけ)が使用されるので増幅することができない。最初のサイク
ルで完全になった遺伝子だけが両方のプライマーを用いて増幅することができる
。
この方法で得られる最初の突然変異体は野生型酵素に比較して三種類のアミノ
酸交換部を有している。即ち、38の位置のアルギニン(R)がロイシン(L)
に交換され(R38L)、45の位置のリシン(K)がイソロイシン(I)に交
換され(K45I)および追加的に(本発明の特異性のない)9の位置のアラニ
ンがグリシン(G)に交換されている(A9G)。この目的のために以下に詳細
に説明する:
点変異セグメントを製造するためのテンプレートとして、制限エンドニユーク
リアーゼEco R1およびヒンド(Hind)-IIIによる制限分析によってADH−遺伝子
(recADH)を切り取る組替えプラスミド[recADHpkk-177-3H」を使用する。切
り取られたセグメントは浄化後にアガロスゲル(Agarosegel)上でPCR中で使用
する。突然変異体1のためのプライマーとして役立つ:
R38LK46I:acc ggc ctg cac agc gat gtt ggt gaa ata gca gct(36bp)(
5'−プライマーセンス)および
BRAS:gcgc aag ctt cta cta ttg agc agt gta gcc acc gtc aac tac aaa t
tc aga(3'-プライマーアンチセンス)これは大きなセグメントBを生じる;
BRC:gcgc gaa ttc atg tct aac cgt ttg gat ggt(5'-プライマーセンス)お
よび
R38LK46Irev:agc tgc tat ttc acc aac atc gct gtg cag gcc ggt(3'-
プライマーアンチセンス)これは小さなセグメントを生じる。
全てのプライマーは常に5’→3’−読む方向に記載され、プライマーBRS
およびBRASはrecADH遺伝子の5’あるいは3’末端に相当する。各成分
およびそれぞれに使用される.濃度を表2に掲載する。
表2:PCR混合物(NTP=各0.2mMのdTTP、dATP、dCTP
およびdGTP;緩衝溶液(原液)=100mMのトリス/HCl pH8.8
;15mMのMgCl2;500mMのKCl;1%のTritonX−100(v/
v);Taq=テルムス・アクアティカス(Thermus aquaticus)ポリメラーゼ)。
略字の説明はPCR−混合物と一緒に全ての後記の表に適用される。
個々の物質の容量次第で反応混合物に水を補充して100μLとする。以下の
説明は全てのPCR混合物について有効である。
PCR−フラグメントを浄化しそして融合−PCR(表3)において重なり在
った部分によって結合して、包含された点変異のある完全遺伝子となる。
第3表:PCR−混合物(略字は表2参照)
セグメントの量はセグメントの大きさに依存しており、融合−PCRのために
は同じpmol量の遊離末端セグメントが存在していなければならず、即ち同じ
濃度(ng)では小さいセグメントが大きいセグメントよりも沢山のpmo
lの末端を有している。突然変異体1については1:4.4(小さいセグメント
:大きいセグメント)の比であり、即ち小さいセグメントは大きいセグメントの
4.4倍少なく使用しなければならない。
第3の突然変異A9Gの導入:
A9G:ggt aag gta gga atc att aca(5’プライマー)およびBRAS:(
3’プライマー)大きいフラグメントが生ずる。BRS:(5’プライマー)およ
びA9Grev:tgt aat gat tcc tac ctt acc(3’プライマー)、小さいセグメ
ントが生じる(各成分および濃度は表4参照)。
第4表:PCR−混合物(略字は表2参照)
PCRから生じる増幅したセグメントが再び融合−PCRによって結合される
(表5)。
第5表:PCR−混合物
セグメントは1:4.5(小さいセグメント:大きいセグメント)の比で使用
する。このPCRからの生成物は突然変異体1であり、浄化後にクローン化して
発現ベクターpkk-177-3HとしそしてE.coil HB 101+(pUBS520)中でオーバーエク
スプレスする。突然変異した遺伝子セグメントはもちろんpkk-177-3Hとして他の
ベクター中にも導入することができる。例えばpBTac(Boehringer社、マンハイム
)、pKK-233(Stratagene社)またはpET(Novagen社)。同様にWirtsorganismusと
して他のE.coil菌株もHB101+(pUBS520)として、公共の菌株寄託機関またはベク
ター譲渡会社から入手できるE.coil NM 522、E.coil RRI、E.coil DH5αまたはE
.coil TOP 10-と同様に使用することができる。
B)酵素の製造:
細胞増殖:
個々の突然変異体を生産するための細胞物質を5Lの震盪フラスコ培養器によ
って常時生産し、突然変異したrec ADHプラスミドのための宿主として常にHB 10
1+菌株を使用する。即ち、培養のためにアンピシリン(Anpicillin)およびネオマ
イシン(Neomycin)による二倍の選択圧(Selektionsdruck)が必要とされる。次い
で液状培地(1%のトリプトン、0.5%の酵母抽出物、1%のNaC1;pH
7.5)中で37℃で0.5のOD550まで培養した後に酵素を1mMのIPT
Gの添加によって誘導する。更に4時間増殖させた後に細胞を再生しそして遺伝
子発現を細胞溶解後に活性の実証および蛋白質のSDS−PAGEによって検査
する。場合によっては、培養によって得られた細胞を−20℃で凍結保存しても
よい。
超音波による細胞溶解:
酵素を開放するために標準溶解法を使用することができる。この場合、組替え
微生物を脈動する超音波によって溶解する。トリス−緩衝液(0.1Mのトリス
−HCl、pH7.5;1mMのMgCl2)中に再懸濁させた細胞を、冷却す
るために2×25秒のサイクルで30秒の間隔を開けて25%の強度の脈動する
Sonifier(製造元:Branson社)で溶解処理に付す。溶解した細胞を遠心分離しそし
て上澄みをピペットで除く。この上澄みを以下、粗抽出物と称する。
以下の特徴を示す様に、この突然変異酵素(突然変異体1)を酵素突然変異体
2に比較して正に相対的に安定している。
酵素突然変異体1の製造:
精製した酵素を製造するために蛋白質精製の標準法を使用する。フェニルセフ
ァローセ(Phenylsepharose)6FF、Q−セファローゼ(Sepharose)FFおよびオ
クチルセファローゼ(Octylsepharose)FF(いずれもフライブルグのPharamacia
社の市販品)でのクロマトグラフィーによる3度の浄化段階を使用する。表6は
浄化段階の活性および収率を総括掲載している。
表6:突然変異体1の製造:
C)速度論的パラメータの測定:
速度論的データに関するADH−突然変異体1の特徴を以下の表7に総括掲載
した値で示す。
表7:突然変異体1についての速度論的データ
野生型と比較してこの突然変異体1の場合には補酵素NAD+に対する反応性
において著しい改善が既に現れている:即ち、KM−値は2.9から1.8mM
に顕著に減少しており、同時に21の活性(kcat)は約80に増加した。両方
の改善は、この突然変異体NAD+が既に明らかにより良好に受け入れられるこ
とを示している。NAD+に対する野生型の選択性(kcat/KM)はNADP+に
比較して約2.5%だけであるのに、突然変異体1の場合の値は約10%に上昇
している。
D)温度最適条件および−安定性
温度最適条件は還元反応では補酵素NADHおよびNADPHにてpH7.0
で取り入れる。両方の場合に55℃である。温度安定性は色々な温度での25時
間の培養の後に残留活性として測定する。この場合には37℃で残留活性は未だ
95%であり、42℃で未だ34%である。
E)pH最適条件および−安定性
pH最適条件を決めるために以下の緩衝液を使用する:
pH4.6=酢酸ナトリウム;pH5.0および5.5=酢酸ナトリウム;pH
6.0および6.5=KpiまたはMES;pH7.0および7.5=Kpiま
たはTEA;pH8.0および8.5=トリス;pH9.0=ビシン(Bicine)。
全ての緩衝液は100mMの濃度で使用する。還元反応を測定するために10m
Mのアセトフェノンを添加しそして酸化反応のためには25mMのフェニルエタ
ノールを添加する。NADP/NADの濃度はそれぞれ2mMである。NADH
/NADPHの濃度はそれぞれ0.25mMである。測定するために、既に基質
と正確な濃度で混合されている970μmのそれぞれの緩衝液を所望の補酵素の
20μmの原液と混合する。反応は10μmの酵素を用いて、活性次第で未希釈
でまたは希釈して開始し、測定の際の活性は1〜3U/mlである。
還元反応のための突然変異体のpH最適条件はNADHを使用した場合もNA
DPHを用いる場合も5.0〜6.0のの比較的酸性の領域にある。これに比較
して、pH7.5の場合には4%の活性しか測定されない。NADおよびNAD
Pを用いる酸化反応では7.0のpH値で最大の活性が得られる。
pH安定性は色々なpH値で25時間の培養後に残留活性として表現され、そ
の際にpH最適条件を測定するためと同じ緩衝液を使用する。45μmのそれぞ
れの緩衝液を5μmの酵素溶液と混合し、室温で培養する。30分、60分、6
時間および25時間後に試料を採取する。
突然変異体1の場合にはpH5.0で貯蔵した場合に最高の残留活性(100
%)が得られる。pH5.5では既に80%の残留活性となりそしてpH7.0
では25時間後に34%の残留活性である。
F)等電位点の測定
等電位点は等電位焦点合わせ(IEF)して測定した後にpH4.28である
。これは突然変異体2に比較して(実施例4参照)正に注目すべき値である。突
然変異体2の場合、IPは4.65であり、両方の突然変異体ともリシンが交換
されている。即ち、突然変異体1の場合にはリシン−45が(イソロイシンに)
そして突然変異体2の場合にはリシン−48が(メチオニンに)交換されている
。
G)補酵素再生下およびこの反応のエナンチオ選択性の測定下でのバッチ混合 物中のアセトフェノンの還元
イソプロパノールを用いての補酵素再生下でアセトフェノンを還元するための
バッチ混合物中でフェニルエタノールに完全に転化し、この目的のために960
μmのトリエタノールアミン緩衝液(11mMのアセトフェノンでpH7.0と
した50mM);10μmの塩化マグネシウム(100mMの原液);25μl
のNADP+(10mMの原液):9.4μlのイソプロパノール;1Uのアル
コール−デヒドロゲナーゼを使用する。完全に転化した後に試料中のエナンチオ
マー純度をガスクロマトグフィーによって測定すると、(R)−アルコールだけ
が得られ、(S)−フェニルエタノールは検出できないことが判る。
実施例2:
突然変異体1/1(A9G、R38L、K45M)の製造および特徴
この突然変異の目的は、突然変異体1に比較して45の位置のリシンをイソロ
イシンの位置(突然変異体1)でメチニンに交換する。突然変異体1中の位置9
および38で行なう残りの交換はそのままであり、その結果突然変異体1/1は
野生型に比較して次の通りに記載することができる:A9G,R38L,K45
M。
A)突然変異体1/1の製造
突然変異体1/1を製造するために原則として実施例1に記載したのと同じ方
法を使用する。突然変異体1/1は突然変異体1を更に拡張するものであるので
、以下のPCRのためにテンプレートとして突然変異体1を使用する。
R38LK45M:acc ggc ctg cac agc gat gtt gaa atg gca(5'-プライマー)
およびBRAS(3'-プライマー)大きなセグメントを生ずる;
BRS(5'-プライマー)およびR38LK45Mrev:tgc cat ttc acc aac atc
gct gtg cag gcc ggt(3'-プライマー)小さいセグメントを生ずる。
表8:PCR混合物:
セグメントを浄化しそして融合−PCRを使用する。
第9表:PCR−混合物
セグメントをPCR中で1:4.4の比で使用する。生成物は、突然変異体1
から突然変異A9Gが取り入れられているので、突然変異体1/1である。
突然変異体1と同様に導入される変異はこの場合も遺伝子の配列順序によって
実証される。酵素突然変異体を得るために遺伝子を次いでE.coil HB 101+(pUBS
520)中でオーバーエクスプレスする。B)酵素の製造:
培養および細胞溶解は実施例1に記載した方法と一致する。
酵素突然変異体1/1の製造:
変異した酵素の製造は実施例1に記載した方法と一致する。表10に特徴的デ
ータを総括掲載する。
表10:突然変異体1/1の製造:
C)酵素突然変異体1/1についての速度論的パラメータの測定:
補酵素の速度論的データに関するADH−突然変異体1/1の特徴を以下の表
11に総括掲載した値で示す。
表11:突然変異体1/1についての酸化/還元補酵素の速度論的データ
速度論的データは補酵素NAD+をこの突然変異体がNADP+と全く同じ様に
良好に受け入れることを示している。NAD+についてのKM−値は著しく低下し
ており、野生型について2.9の位置で0.5mMである。この突然変異体は補
酵素NAD+に対して既に良好な低いアフィニティーを示す。kcat−値も僅かに
改善され、33.3sec-1である。両方の補酵素について選択性(kcat/KM)
を比較すると、NAD+についてもNADP+と同じ66mM-1の値を示す。
NAD+がNADP+を基準として約2.5%だけ反応する野生型と比較すると
NAD+がこの突然変異体のNAD+で100%反応する。
D)温度最適条件および−安定性
酵素突然変異体1/1の温度最適条件はNADPHで測定して少なくとも65
℃であり、更に高い温度は測定技術的に条件次第で達成されない。温度最適化を
補酵素NADHを用いて測定した場合には、最適な値は40℃である。恐らくN
ADHは比較的高い温度ではもはや酵素に結合せず、低下した活性が検出される
。温度安定性の測定で、25時間後に25℃で100%の残留活性が測定され、
30℃でも未だ59%のそれが測定される。突然変異体1/1の温度安定性は野
生型酵素に比較して著しく悪化している。
E)pH最適条件および−安定性
還元の方向でのpH最適条件(アセトフェノンを用いて測定)はNADPH並
びにNADHを用いて測定して約6.0である。酸化については7.0(NAD
P+)あるいは7.5(NAD+)が最適である。
F)等電位点の測定
突然変異体1/1の等電位点は4.85である。
G)補酵素再生下およびこの反応のエナンチオ選択性の測定下でのバッチ混合 物中のアセトフェノンの還元
実施例1に記載した条件でのアセトフェノンの還元ではフェニルエタノールの
(R)−異性体しか得られない。
実施例3: 突然変異体2(A9G、R38L、K48M)の製造および特徴
この突然変異の目的は、突然変異体1に比較して48の位置のリシンをメチオ
ニンに交換する(K45I−交換の位置)。突然変異体1中の位置9および38
で行なう残りの交換はそのままであり、その結果突然変異体2は野生型に比較し
て次の通りに記載することができる:A9G,R38L,K45M。
A)突然変異誘発法
突然変異体2を製造するために原則として実施例1に記載したのと同じ方法を
使用する。突然変異体2は突然変異体1と無関係に製造されるので、野生型−A
DH(rec ADH)の遺伝子を再びテンプレートとして使用する。
R38LK48M:acc ggc ctg cac agc gat gtt ggt gaa aaa gca gct atg ag
t gtc(5'-プライマー)および
BRAS(3'-プライマー)大きなセグメントを生ずる;
BRS(5'-プライマー)および
R38LK48Mrev:agc act cat agc tgc ttt ttc acc aac atc gct gtg cag
gcc ggt(3'-プライマー)小さなセグメントを生ずる。
。
表12:PCR−混合物:
セグメントを浄化しそして融合−PCRを使用する。
表13:PCR−混合物
セグメントを1:4.4の比で使用する。この融合−PCRの生成物は突然変
異A9Gを未だ取り入れなければならないので、突然変異体2の中間生成物であ
る。
第三の突然変異A9Gの導入:
A9G:ggt aag gta gga atc att aca(5'-プライマー)およびBRAC(3'-プ
ライマー)大きいセグメントを生ずる。
BRS:(5'-プライマー)およびA9Grev:tgt aat gat tcc tac ctt acc(3'
-プライマー)小さいセグメントを生ずる(表18)。
表14:PCR−混合物:
セグメントを融合−PCR中で1:14.5の比で使用する(表19)。
第15表:PCR−混合物
この融合−PCRの生成物は突然変異体2であり、これは発現ベクターpkk-17
7-3H中で他の全ての突然変異体と同様にクローン化する。酵素突然変異体を製造
するために、遺伝子をE.coil HB 101+(pUBS520)中でオーバーエクスプレスす
る。B)酵素の製造:
培養および細胞溶解:
培養、細胞溶解および酵素精製は実施例1に記載した方法と一致する。表20
は精製の特徴的データを総括掲載する。
表16:酵素突然変異体2の製造:
C)酵素突然変異体2についての速度論的パラメータの測定:
補酵素の速度論的データに関するADH−突然変異体2の特徴を以下の表21
に総括掲載した値で示す。
表17:突然変異体2についての酸化補酵素の速度論的データ
この突然変異体の場合には野生型に比較して両方のパラメータがNAD+に関
して有利に変化し、KM−値は2.9から0.62mMに低下し、kcat値は21
から33に改善される。従ってkcat/KMは7.3〜54に改善される。同時に
この突然変異体の場合には中でもNADP+に対するアフィニティー(KM−値)
が改善されているが、kcat−値が劇的に悪化するので、この突然変異体は補酵
素としてのNAD+が有利に使用される。
D)温度最適条件および−安定性
温度最適条件は野生型酵素よりも明らかに低く、NADPで測定して50℃で
あり、NAD+では33〜37℃である。温度安定性は、25時間後に25℃で
100%の残留活性が存在し、30℃でも未だ40%のそれがある。
E)pH最適条件および−安定性
アセトフェノンの還元についてのpH最適条件はNADPHを用いて測定して
8.0であり、これに対してNADHを用いて測定して6.5である。野生型酵
素と比較すると、NADHを用いて測定した活性は狭い活性幅であり、pH7.
0では46%の残留活性しか測定されない。色々なpH値で25時間後の酵素突
然変異体の安定性はpH7.0で最高を示し、pH6.0ではpH8.0と同じ
で未だ84%の残留活性が測定される。
F)等電位点の測定
この突然変異体の等電位点はpH4.65である。
G)補酵素再生下およびこの反応のエナンチオ選択性の測定下でのバッチ混合 物中のアセトフェノンの還元
実施例1に記載した条件でのアセトフェノンの還元ではフェニルエタノールの
(R)−異性体しか得られない。
実施例4: 突然変異体2/2(A9G、R38L、K48M)の製造および特徴
この突然変異の目的は、中性アミノ酸に対して39の位置の塩基性アミノ酸の
ヒスチジンをロイシンに交換することによって、突然変異体2に比較して追加的
に別のアミノ酸交換部を導入している。突然変異体2/2は野生型に比較して次
の通りに記載することができる:A9G,R38L,H39L、K48M。
A)突然変異誘発法
突然変異体2/2を製造するために原則として実施例1に記載したのと同じ方
法を使用する。突然変異体2/2は突然変異体2の二次突然変異体であり、これ
をPCRのためのテンプレートとして使用する。
R38LH39L:acc ggc ctg ctc agc gat gtt(5'-プライマー)およびBRA
S(3'-プライマー)大きなセグメントを生ずる;
BRS(5'-プライマー)および
R38LH39Lrev:aac atc gct gag cag gcc ggt(3'-プライマー)小さなセ
グメントを生ずる。
。
表18:PCR−混合物:
セグメントを精製しそして1:4.4(小:大)の比で融合−PCR中で使用する。
表19:PCR−混合物
この融合−PCRの生成物は完全突然変異体2/2であり、突然変異K48M
およびA9Gは突然変異体2から取り入れられる。酵素突然変異体を製造するた
めに、次いで遺伝子をE.coil HB 101+(pUBS520)中でオーバーエクスプレスする
。
B)酵素の製造:
培養、細胞溶解および酵素突然変異体2/2の精製:
酵素の製造および突然変異酵素の精製は実施例1に記載した方法と一致する。
表24は酵素精製の特徴的データを総括掲載している。
表20:酵素突然変異体2/2の製造:
C)酵素突然変異体2/2についての速度論的パラメータの測定:
速度論的データに関するADH−突然変異体2/2の特徴を以下の表25に総
括掲載した値で示す。
表21:
NAD+に関しては野生型酵素に比較してKM−値が2.9から0.96mMに
低下する。NADP+に関してはKM−値もkcat値も僅かに悪化している。NA
DHに比較して突然変異体のアフィニティーが特に良好であり、KM−値は0.
07mMである。
D)温度最適条件および−安定性
突然変異体2/2の温度最適条件はpH5.0で、NADPHを使用して測定
すると42℃であり、NADHを使用した場合には50℃である。この最適条件
は比較的広く、NADPHを使用して測定すると50℃で未だ95%の活性が得
られ、NADHを使用し60℃で測定すると未だ70%の活性が得られる。色々
な温度で貯蔵(6時間)した場合の安定性は30℃で67%であり、37℃で7
%しかである。
E)pH最適条件および−安定性
アセトフェノンの還元のについてのpH最適条件はNADPHを用いて測定し
て6.0であり、NADHを用いて測定して5.0である。この突然変異体は正
にNADHでは本来は酸性域で活性であり、pH7.0では5.0での活性に比
較して6%の活性しか得られない。酸化についても最適条件は僅かに酸性域に移
動し、最大の活性はNADP+でもNAD+でもpH7.5で見られる。野生型の
最適条件のpH8.0では未だ77%(NADP+)あるいは61%(NAD+)
の活性が認められる。酵素を色々なpHで貯蔵しそして6時間後に残留活性を測
定すると、100%の残留活性はpH7.0で認められ、pH8.5では58%
しか得られない。
F)等電位点の測定
この突然変異体2/2の等電位点はpH4.47である。
G)補酵素再生下およびこの反応のエナンチオ選択性の測定下でのバッチ混合 物中のアセトフェノンの還元
実施例1に記載した条件でのアセトフェノンの還元ではフェニルエタノールの
(R)−異性体しか得られない。
実施例1〜4から、塩基性アミノ酸残基を無帯電のアミノ酸残基、例えばR3
8L、H39L、K45I、K45MあるいはK48Mに色々な組合せで遺伝子
工学的に交換することによって、Lactobacillus BrevisからのNADP−優位(b
evorzugend)アルコール−デヒドラーゼのADH−蛋白質の補酵素関連アミノ酸
配列域での塩基性を下げることが酵素のNAD+−特異性の実務上適切な改善を
もたらすことが判る。
NAD+−特異性の改善のために補酵素敏感−あるいは補酵素結合領域で塩基
性アミノ酸残基を無帯電のアミノ酸残基に交換することは、勿論、公知のまたは
調べられるアミノ酸配列および関連するDNA−配列の他のデヒドラーゲナーゼ
の場合と同様に可能であり、その際に補酵素感度の変動に―特別な領域が公知で
ない限り―成果が認められる。
例えば広いNADP−優位のデヒドロゲナーゼの場合にはアミノ酸配列が公知
でありそしてデーターバンクで調査することができ、その際に先ず第一に既に公
知の補酵素−結合モーテイブ(Bindungsmotivs)の近似域で最も簡単に探すことが
できる。
本発明の場合、蛋白質配列データーバンク(“Swiss-Prot”)からL.BrevisAD
Hの配列を持つ類似性を示す酵素を探した。探究課題としてL.BrevisADHのア
ミノ酸−17〜アミノ酸−50の配列を提示し、次に探究プログラムを全ての蛋
白質について調べ、配列の類似性を示す。このプログラム(参考文献:Altschul
,Stephen F.,Thomas L.Madden,Alejandro A.Schaffer,Jinghui Zahend Zhang
,Webb MillerおよびDavid J.Lipman(1997)、"Gapped BLAST and PSI-PLAST:a
new generation of protein database search programs",Nucleic Acids Res.
25:3389-3402)は、配列範囲の類似性を説明するために、ギャップも埋めること
ができる。なお、これは勿論、削除および挿入によって擦れが生ずることを仮定
して記載したものである。
表22は、この様に調査した、NADP−依存性デヒドロゲナーゼについての
コンセンサスの配列に関する類似領域のアミノ酸配列を結果として示している。
この場合、“sp-Q93761”はCaenorhabditis elegansからのオキシドレダクター
ゼ(Oxidoreduktase)を意味し、“sp-P50161”はAspergillus parasticusからの
ベルシコロリン-レダタターゼ(Versicolorin-Reductase)を意味し、“sp-067610
”はAquifex aeolicusからのオキシドレダクターゼ(Oxidoreduktase)を意味し、
"sp-Q49721"はMycobacterium lepraeからのオキシドレダクターゼを意味する。
表22:Lactobacillus BrevisからのADHの推定された補酵素−結合位置に
相当する、NADP−依存性オキシドレダクターゼ中の配列範囲の比較
L.BrevisからのADHに類似する塩基性アミノ酸残基は、類似の空間的に同等
の部分、特に例えばコンセンサス配列域から同様に離れるLB−ADHの45お
よび38の位置に認められる。無帯電残基への本発明に従う交換はこれらの公知
の酵素の場合にも改善されたNAD+−受容性をもたらす。
塩基性変更の詳述した原理の更なる説明においては、塩基性アミノ酸残基を無
帯電アミノ酸残基に交換する場所で塩基性アミノ酸または無帯電アミノ酸から負
に帯電したアミノ酸に交換することもNAD+−受容性についてプラスの効果が
得られることを確かめる。所望の塩基性の低下は勿論、かゝる交換の混合形によ
っても達成できる。
以下の実施例5は、補酵素過敏域で塩基性アミノ酸を中性アミノ酸に交換する
のに加えて、負に帯電したアミノ酸残基を導入することによる利益を実証する。
実施例5: 突然変異体2/3(A9G、G37D、R38L、K48M)の製造および特 徴
この突然変異の目的は、突然変異体2に比較して、領域37/38の補酵素の
ための結合場所に酸性のアミノ酸を導入する。この目的のために、NADP+に
比べてNAD+について既に高い優位性を有しておりそして37の位置でグリシ
ンがアスパラギン酸に交換されている突然変異体2から出発する。突然変異体2
G37Dは野生型に比較して次の通りに記載することができる:A9G,G3
7D、R38L,K48M。A)突然変異誘発法
突然変異体2/3を製造するために原則として実施例1に記載したのと同じ方
法を使用する。突然変異体2/3は突然変異体2の二次突然変異体であり、これ
をPCRのためのテンプレートとして使用する。
R37D38LK48M:5'acc gac ctg cac agc gat gtt gtt gaa aaa gca gc
t atg gtc 3'(5'-プライマー)および
BRAS(3'-プライマー)大きなセグメントを生ずる;
BRS(5'-プライマー)および
R37DR38LK48Mrev:5'gac act cat agc tgc ttt ttc acc aac atc g
ct gtg cag gtc ggt 3'(3'-プライマー)小さなセグメントを生ずる。
。
表23:PCR−混合物(全混合物=100μl)
セグメントを精製しそして1:4.4(小:大)の比で融合−PCR中で使用する。
表24:PCR−混合物
この融合−PCRの生成物は完全突然変異体2/3であり、突然変異R38L
、K48MおよびA9Gは突然変異体2から取り入れられる。酵素突然変異体を
製造するために、次いで遺伝子をE.coil HB 101+(pUBS520)中でオーバーエクス
プレスする。正確な突然変異発生を正のクーロンの配列によって実証する。
B)NAD+、NADP+、NADHおよびNADPHを用いての酵素の製造お よび活性試験:
培養、細胞溶解および酵素突然変異体2/3の精製:
突然変異の発生によって変化した酵素を含有するE.coil-菌株の増殖を実施例
1〜4に記載した様に実施する。
細胞の溶解および細胞断セグメントの遠心分離の後に酵素含有上澄み(粗抽出
物)を得る。
アセトフェノンを還元するための標準酵素試験において、NADPHを0.0
32U/mg(0.318U/ml;9.75mg蛋白質/ml)およびNAD
Hを0.47U/mg(4.61U/ml;9.75mg蛋白質ml)を用いて
測定する。フェニルエタノールとの逆反応(アルコールオキシデーション)でN
AD+を用いて1.1U/mg(10.8U/ml;9.75mg蛋白質/ml
)の比活性が測定され、NADP+ではこの酵素製剤は活性を示さない。
遺伝子的情報を本発明に従って変更することによって、NAD+を受容するが
NADP+をもはや受容しない酵素が得られる。
付記:
アミノ酸50までのN−末端領域にある野生型およびLactobacillus Brevisか
らの突然変異ADHのアミノ酸配列(野生型に対する交換部は下線で明らかにす
る):
A)野生型酵素:
B)突然変異体1:
C)突然変異体1/1:D)突然変異体2:
E)突然変異体2/2:
F)突然変異体2/3:
─────────────────────────────────────────────────────
フロントページの続き
(51)Int.Cl.7 識別記号 FI テーマコート゛(参考)
C12R 1:19) (C12N 9/14
(C12N 9/14 C12R 1:24)
C12R 1:24) (C12N 9/14
(C12N 9/14 C12R 1:225)
C12R 1:225) C12N 15/00 ZNAA
Claims (1)
- 【特許請求の範囲】 1) 特に有利なNADPH−依存性デヒドロゲナーゼのNADH−特異性を改 善する方法において、補酵素結合領域の酵素の塩基性を遺伝子工学的手段に よってアミノ酸配列を適切に変更することによって低下させることを特徴と する、上記方法。 2) 補酵素結合領域のデヒドロゲナーゼのアミノ酸配列の塩基性を正に帯電し たアミノ酸を無帯電のアミノ酸に交換することによって低下させる請求項1 に記載の方法。 3) 補酵素結合領域のデヒドロゲナーゼのアミノ酸配列の塩基性を中性のアミ ノ酸または正に帯電したアミノ酸を負に帯電したアミノ酸に交換することだ けでまたは追加的に交換することで低下させる請求項1または2に記載の方 法。 4) 補酵素結合領域に公知のまたは調査できるアミノ酸配列を持つNADPH 優位のデヒドロゲナーゼ生産菌株から出発し、所望の塩基性変更のためにP CR−技術によって関連のDNA−配列を相応して変更しそしてこの方法に よって変更された所望の遺伝子内部の遺伝情報を適当なベクターでクローン 化し、次いでデヒドロゲナーゼ生産微生物中にオバーエクスプレスすること によって、NAD+≧20のkcat/KM値に相当する調剤目的に役立つNA DH−依存性を有するデヒドロゲナーゼを遺伝子工学的方法で製造する請求 項1〜3のいずれか一つに記載の方法。 5) N−末端に補酵素結合場所を持つ短鎖のデヒドロゲナーゼを製造する請求 項4に記載の方法。 6) アルコール−デヒドロゲナーゼ、特に(R)特異性アルコール−デヒドロ ゲナーゼを製造する請求項5に記載の方法。 7) 所望のデヒドロゲナーゼについて符号化して突然変異された、発現プラス ミド中で特にpKK−117−3HB中でクローン化された遺伝子をオーバ ーエクスプレスして含有するE.coil、特にE.coil 101+(pUBS 520)によって デヒドロゲナーゼを製造する請求項4に記載の方法。 8) アルコール−デヒドロゲナーゼがLactobacillen、特にL.brevisまたはL.k efirから出発する請求項7に記載の方法。 9) Lactobacillus-菌株、特にL.brevisまたはL.kefirから出発し、N−末端 に補酵素結合場所を持つ短鎖のデヒドロゲナーゼのためにコード化された遺 伝子で、補酵素結合場所での所望の塩基性低下に関して相応する遺伝子配列 を変更することによって正に帯電したアミノ酸および/または無帯電アミノ 酸を負に帯電したアミノ酸に交換することによっておよび/または正に帯電 した残基を持つアミノ酸を無帯電の残基を持つアミノ酸に交換することによ って得られる、NAD+≧20のkcat/KM値を有する調剤目的に役立つ( R)−特異性アルコール−デヒドロゲナーゼ。 10)L.brevisからのアルコールデヒドロゲナーゼの場合に、無変化では と記載されるN−末端の配列領域で少なくとも1つのG37D−、R38L −、H39L−、K45I−、K45M−および/またはK48M−交換に よって、特に次の一つ によって交換された請求項9に記載のアルコール−ヒドロゲナーゼ。 11)相応するケト-化合物の酵素還元によって(R)−ヒドロキシ−化合物を 立体選択的に製造する方法において、酵素として請求項1〜8のいずれか一 つに記載に従って得られるデヒドロゲナーゼを使用することを特徴とする、 上記方法。 12)R−ヒドロキシ化合物を酵素酸化することによってラセミ体からS−ヒド ロキシ化合物を立体選択的に製造する方法において、酵素として請求項1〜 8のいずれか一つに記載に従って得られるデヒドロゲナーゼを使用すること を特徴とする、上記方法。
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