JP2001512022A - シナプトジャニンアイソフォーム - Google Patents

シナプトジャニンアイソフォーム

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JP2001512022A JP2000505312A JP2000505312A JP2001512022A JP 2001512022 A JP2001512022 A JP 2001512022A JP 2000505312 A JP2000505312 A JP 2000505312A JP 2000505312 A JP2000505312 A JP 2000505312A JP 2001512022 A JP2001512022 A JP 2001512022A
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Abstract

(57)【要約】 本発明は、ヒトシナプトジャニンアイソフォーム(NSYN−1)及びNSYN−1を同定しコードするポリヌクレオチドを提供する。また本発明は、発現ベクター、宿主細胞、アゴニスト、抗体、及びアンタゴニストを提供する。また本発明は、NSYN−1の発現に関連する疾患の治療方法を提供する。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】 (技術分野) 本発明は、新規なシナプトジャニンアイソフォームの核酸及びアミノ酸配列、
及び癌や神経性疾患及び免疫異常症の診断、予防、及び治療におけるこれらの配
列の使用に関するものである。
【0002】 (発明の背景) 小胞輸送は、小胞体(ER)で合成されたタンパク質がそれらが機能を発揮す
る細胞内の区画にゴルジ網を介して輸送される真核細胞での一般的なプロセスで
ある。タンパク質のなかには、このプロセスにより、それらが分泌(開口分泌)
され得る細胞表面に輸送されるものもある。このようなタンパク質には、膜結合
受容体や他の膜タンパク質、神経伝達物質、ホルモン、及び消化酵素が含まれる
。この輸送プロセスでは、タンパク質を或る膜結合区画(ドナー区画)から他の
区画(アクセプタ区画)にシャトルさせる一連の小胞輸送を利用して、このタン
パク質をその適切な目標部位に達せしめる(Rothman, J.E及びWieland, F.T. ら
(1996) 727:227-33)。エンドサイトーシスはこの逆のプロセスであり、これに
より細胞が、栄養、溶質または小粒子(ピノサイトーシス)、または内部移行し
た受容体、ウイルス、細菌、または細菌の毒素のような大形粒子(ファゴサイト
ーシス)を内部に取りこむ。
【0003】 様々なタイプの輸送小胞は、膜の特殊な被覆をされた領域から形成され、この
領域が小胞を取り囲むたんぱく質の籠状部(cage)を有する被覆小胞として出芽
して分離する。このタンパク質被覆の性質が、その輸送小胞を、輸送される分子
のタイプ及びその目標部位について規定する。例えば、クラスリン被覆小胞は、
ERと原形質膜との間で膜貫通受容体を選択的に輸送し、コートマー被覆小胞は
、ERからゴルジ網への様々な分子の非選択的な輸送を媒介する。シナプス小胞
は、神経シナプスにおいて神経伝達物質を分泌するためにニューロンが使用する
極めて特殊なタイプの輸送小胞である。分泌の後、このシナプス小胞の膜は内部
移行され、更なる神経伝達物質の分泌のために再生される。このシナプス小胞の
再生利用プロセスは様々なタンパク質の相互作用を伴うが、このようなタンパク
質には、シナプトジャニン(synaptojanin)、ダイナミン(dynamin)、及びア ンフィフィシン(amphiphysin)の3種が含まれる(Ramjaun, A.R.及びMcPherso
n, P.S. (1999) J. Biol. Chem. 271:24856-61)。シナプトジャニン及びダイナ
ミンは、脳の主要なSrcホモロジー3(SH3)ドメイン結合タンパク質とし
て初めに同定された。詳述すると、シナプトジャニン及びダイナミンの両方は、
シナプス小胞エンドサイトーシスに関与する神経末端タンパク質、アンフィフィ
シンのSH3ドメインと相互作用する。これらのSH3相互作用は、シナプトジ
ャニン及びダイナミンの、原形質膜上のシナプス小胞のエンドサイトーシスを行
う特定の部位への細胞下ターゲティングにおいて一定の役目を果たし得る(Ramj
aunら、前出)。
【0004】 シナプトジャニン(Syn)は、(1)種々のイノシトールホスファターゼに
相同性を有するN末端の領域と、(2)SH3結合のための多くの共通配列を有
するプロリンを多く含むC末端とを有する145kDaのタンパク質である(Mc
Pherson, P.S.ら (1996) Nature 379:353-57)。イノシトールホスファターゼは
、エンドサイトーシスや膜輸送の他の側面において一定の役割を果たしていると
考えられている。SH3結合のためのプロリンを多く含む共通配列は、XpfP
pXPとして表される。ここでXは、任意のアミノ酸残基であり、Pは保存的プ
ロリン残基であり、p及びf(小文字)はそれぞれ、プロリン及び疎水性の残基
に対する選好を表す(Hongtao, Y.ら (1994) Cell 76:933-45)。Synの14 5kDaのアイソフォームの他に、このタンパク質の170kDaのアイソフォ
ームが同定された(Ramjaunら、前出;McPhersonら、前出)。この170kDa
のアイソフォームは、145kDaのアイソフォームに28kDaのポリペプチ
ドを付加することによって得られたものである。この付加された266個のアミ
ノ酸配列は、プロリン残基を多く有し、追加のSH3ドメイン結合共通配列を有
している。この28kDaのポリペプチドは、通常は第1のオープンリーディン
グフレーム(ORF)から停止コドンによって分離されている第2のORFによ
りコードされている。より大形の170kDaのアイソフォームの発現は、停止
コドンを欠いたcDNAの異なるスプライシングによるものだと考えられている
(McPhersonら、前出)。
【0005】 この28kDaの配列が存在すると、以下にように2つの重要な点でSynの
特性が変わる。(1)成体のラットの脳においてはほぼ独占的に145kDaの
アイソフォームが発現され、170kDaのアイソフォームは成体の脳では発現
されずに非神経組織で広く発現される。(2)170kDaのアイソフォームの
方が、145kDaのアイソフォームより強く膜に結合する。このような特性の
ために、Synの170kDaのアイソフォームは、エンドサイトーシスにおい
て独特でおそらくより一般的な役割を果たすことができる(McPhersonら、前出 )。
【0006】 新規なシナプトジャニンアイソフォーム及びそれをコードするポリヌクレオチ
ドの発見は、癌や神経性疾患及び免疫異常症の診断、予防、及び治療において役
立つ新たな物質を提供することにより、当分野における必要性を満たす。
【0007】 (発明の概要) 本発明は、SEQ ID NO:1に示すアミノ酸配列またはその断片を有する
実質的に精製されたポリペプチド、即ち新規なシナプトジャニンアイソフォーム
(NSYN−1)を提供する。
【0008】 本発明は、SEQ ID NO:1のアミノ酸配列又はその断片を含むポリペプ
チドをコードする単離され実質的に精製されたポリヌクレオチド配列、及び前記
ポリヌクレオチド配列を含む組成物を提供する。また本発明は、SEQ ID N
O:1のアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチド配列又は前記ポリヌクレオ
チド配列の断片と厳密な条件の下でハイブリダイズするポリヌクレオチド配列を
提供する。更に本発明は、SEQ ID NO:1のアミノ酸配列をコードするポ
リヌクレオチド配列又は前記ポリヌクレオチド配列の断片若しくは変異配列の相
補配列を含むポリヌクレオチド配列を提供する。
【0009】 また本発明は、SEQ ID NO:2の配列を含む単離され精製された配列又
はその変異配列を提供する。更に本発明は、SEQ ID NO:2のポリヌクレ
オチド配列と厳密な条件の下でハイブリダイズするポリヌクレオチド配列を提供
する。また本発明は、SEQ ID NO:2の配列又はその断片若しくは変異配
列の相補配列を含むポリヌクレオチド配列を提供する。
【0010】 更に本発明は、クレームされたポリヌクレオチド配列の何れかの少なくとも断
片を含む発現ベクターを提供する。更に別の実施態様では、前記ポリヌクレオチ
ド配列を含む発現ベクターは宿主細胞内に含められる。
【0011】 また本発明は、SEQ ID NO:1のアミノ酸配列又はその断片を含むポリ
ペプチドの製造方法であって、(a)前記ポリペプチドの発現に適した条件の下
でNSYN−1をコードするポリヌクレオチド配列の少なくとも断片を含む発現
ベクターを含む宿主細胞を培養する過程と、(b)前記宿主細胞の培地から前記
ポリペプチドを回収する過程とを含む、SEQ ID NO:1のアミノ酸配列又
はその断片を含むポリペプチドの製造方法を提供する。
【0012】 また本発明は、SEQ ID NO:1のアミノ酸配列を有する実質的に精製さ
れたNSYN−1を、適切な医薬用担体と共に含む医薬品組成物を提供する。
【0013】 また本発明は、SEQ ID NO:1のポリペプチドの精製されたアンタゴニ
ストを提供する。或る実施態様では、本発明は、SEQ ID NO:1のアミノ
酸配列を含むポリペプチドに結合する精製された抗体を提供する。
【0014】 更に本発明は、SEQ ID NO:1のポリペプチドの精製されたアゴニスト
を提供する。
【0015】 また本発明は、神経性疾患の治療又は予防方法であって、そのような治療が必
要な患者に精製されたNSYN−1を含む医薬品組成物を有効な量投与する過程
を含む、神経性疾患の治療又は予防方法を提供する。
【0016】 また本発明は、癌の治療又は予防方法であって、そのような治療が必要な患者
に、NSYN−1の精製されたアンタゴニストを有効な量投与する過程を含む、
癌の治療又は予防方法を提供する。
【0017】 また本発明は、免疫異常症の治療又は予防方法であって、そのような治療が必
要な患者に、NSYN−1の精製されたアンタゴニストを有効な量投与する過程
を含む、免疫異常症の治療又は予防方法を提供する。
【0018】 また本発明は、生物学的サンプルにおけるNSYN−1をコードするポリヌク
レオチドの検出方法であって、(a)SEQ ID NO:1の配列をコードする
ポリヌクレオチド配列の相補配列と生物学的サンプルの核酸材料とをハイブリダ
イズさせ、ハイブリダイゼーション複合体を形成する過程と、(b)前記ハイブ
リダイゼーション複合体を検出する過程であって、前記複合体の存在が、前記生
物学的サンプルにおけるNSYN−1をコードするポリヌクレオチドの存在と相
関性を有する、該過程とを含む、生物学的サンプルにおけるNSYN−1をコー
ドするポリヌクレオチドの検出方法を提供する。或る実施例では、ハイブリダイ
ゼーションの前に、前記生物学的サンプルの核酸材料をポリメラーゼ連鎖反応法
により増幅する。
【0019】 (発明の実施の形態) 本発明のタンパク質、核酸配列、及び方法について説明する前に、本発明は、
ここに開示した特定の方法論、プロトコル、細胞系、ベクター、及び試薬に限定
されず、その実施形態を変えて実施できることを理解されたい。また、ここで用
いられる用語法は、特定の実施例のみを説明する目的で用いられたものであり、
特許請求の範囲のみによって限定される本発明の範囲を限定することを意図した
ものではないということも理解されたい。
【0020】 本明細書及び請求の範囲において、単数を表す「或る」及び「その(この)」
と形容されたものは、前後関係でそうでないことが明らかである場合以外は、複
数の意味も含んでいることに注意しなければならない。従って、例えば「或る宿
主細胞」なる表記が表すものには、複数のそのような宿主細胞が含まれ、この「
抗体」なる表記は、1種またはそれ以上の種類の抗体及び当業者に周知のその等
価物等も表している。
【0021】 本明細書における全ての科学技術専門用語は、特別に定義されていない限り、
本発明の属する技術分野において通常の知識を有する者に一般に理解されるのと
同じ意味を有する。ここに説明したものと類似のまたは等価な方法や材料を本発
明の実施や試験において用いることができるが、好適な方法、装置、及び材料を
本明細書において説明する。本明細書に記載された全ての文献は、本発明の関連
において用いられ得る、文献で報告された細胞系、ベクター、及び方法論を説明
し開示する目的で引用されたものであり、この引用により本明細書の一部とする
。本明細書のあらゆる開示内容は、本発明におけるそのような開示内容が従来技
術に先行し得ないことを認めるものと解釈してはならない。
【0022】 定義 本明細書において、NSYN−1は、任意の種、具体的にはウシ、ヒツジ、ブ
タ、マウス、ウマ、及び好ましくはヒトを含む哺乳動物に由来する、天然の、合
成の、半合成の、又は組換え体の何れかを起源として得られる実質的に精製され
たNSYN−1のアミノ酸配列である。
【0023】 本明細書において、用語「アゴニスト」は、NSYN−1に結合したとき、N
SYN−1の効果を強めたり、その効果の持続時間を長くさせる分子である。ア
ゴニストには、NSYN−1に結合し、その効果を変調するタンパク質、核酸、
糖質や、任意の他の分子が含まれ得る。
【0024】 本明細書において「アレル」或いは「アレル配列」とは、NSYN−1の対立
形である。アレルは、核酸配列の少なくとも一箇所の変異によって生じ、変異m
RNA或いはポリペプチドを生ずるが、そのmRNA或いはポリペプチドの構造
或いは機能が変わる場合もあれば変わらない場合もある。所定の元のままの遺伝
子または組換え遺伝子には、アレル形が存在しないもの、1つ存在するもの、或
いは多数存在するものがある。一般にアレルを生じる変異はヌクレオチドの自然
な欠失、付加並びに置換に因るものである。このタイプの変化はそれぞれ単独で
、或いは他の変化と同時に、所定の配列内で1又は2箇所以上生じ得る。
【0025】 本明細書において、NSYN−1をコードする「変異」核酸配列とは、異なる
ヌクレオチド残基の欠失、挿入並びに置換を含み、結果的に同一の、または機能
的に等価なNSYN−1をコードするポリヌクレオチドとなるものである。この
定義には、NSYN−1をコードするポリヌクレオチド配列の正常な染色体上の
遺伝子座以外の座位を有し、アレルとの不適切又は予期しないハイブリダイゼー
ション、及びNSYN−1をコードするポリヌクレオチドの特定のオリゴヌクレ
オチドプローブを用いて容易に検出可能な、或いは検出が困難な多形性が含まれ
ている。コードされたタンパク質も同様に「変異」したものであり得、サイレン
ト変化を生ずるアミノ酸残基の欠失、挿入並びに置換を含み、結果的に機能的に
等価なNSYN−1となるものであり得る。意図的なアミノ酸置換は、NSYN
−1の生物学的活性が保持される限りにおいて、残基の極性、電荷、溶解度、疎
水性、親水性並びにまた両親媒性についての類似性に基づいてなされ得る。例え
ば負に荷電したアミノ酸にはアスパラギン酸及びグルタミン酸が含まれ、正に荷
電したアミノ酸にはリジン及びアルギニンが含まれ、近い親水性値を持つ荷電し
ていない極性頭基を有するアミノ酸には、ロイシン、イソロイシン、バリン、グ
リシン、アラニン、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、フェニル
アラニン並びにチロシンが含まれる。
【0026】 本明細書において「アミノ酸配列」は、オリゴペプチド、ペプチド、ポリペプ
チド、又はタンパク質の配列及びその断片であり、自然発生又は合成の分子であ
る。NSYN−1の断片は、好ましくは約5〜約15個のアミノ酸からなる長さ
を有し、NSYN−1の生物学的活性又は免疫学的活性を保持しているものであ
る。ここで「アミノ酸配列」が、自然発生タンパク質分子のアミノ酸配列を指す
ものとして用いられている場合、「アミノ酸配列」や類似の用語は、アミノ酸配
列を、本明細書に記載のタンパク質分子に関連する完全で元のままのアミノ酸配
列に限定する意味で用いられているわけではない。
【0027】 本明細書において「増幅」は、核酸配列の更なる複製物を生成することであり
、通常は当業者に周知のポリメラーゼ連鎖反応(PCR)技術を用いて行われる
(Dieffenbach, C.W.及びG.S. Dveksler (1995) PCR Primer. a Laboratory Man ual , Cold Spring Harbor Press, Plainview, NY)。
【0028】 本明細書において、用語「アンタゴニスト」は、NSYN−1に結合したとき
、NSYN−1の生物学的又は免疫学的効果の大きさを低下させたり、持続時間
を短縮させる分子である。アンタゴニストは、NSYN−1の作用を低下させる
タンパク質、核酸、糖質や、任意の他の分子を含んでいることがある。
【0029】 本明細書において、用語「抗体」は、完全な抗体分子と、例えばFa、F(a
b')2、及びFvのようなそのフラグメントで抗原決定基と結合し得るものとを
指す。NSYN−1ポリペプチドに結合する抗体は、免疫化する抗原として、完
全なポリペプチド或いは目的の小型のペプチドを含むその断片を用いて調製する
ことができる。動物を免疫化するのに用いられるポリペプチドまたはペプチドは
、翻訳されたcDNAまたは化学的合成物を起源とするものであり得、必要なら
ば担体タンパク質と結合することができる。ペプチドに化学的に結合する、通常
用いられる担体には、ウシ血清アルブミン及びサイログロブリンが含まれる。次
にこの結合したペプチドを用いて動物(例えばマウス、ラット、またはウサギ)
を免疫化する。
【0030】 本明細書において、用語「抗原決定基」は、特定の抗体と接触する分子の断片
(即ちエピトープ)である。タンパク質に一部分つまり断片を用いてホストの動
物を免疫化すると、このタンパク質の様々な領域が、該タンパク質上の所定の領
域または三次元構造に特異的に結合する抗体の産生を誘発し得る。このような領
域または構造を抗原決定基と称する。抗原決定基は、抗体への結合について、元
の抗原(即ち免疫応答を引き出すために用いられる免疫原)と競合し得る。
【0031】 本明細書において用語「アンチセンス」は、特定のDNAまたはRNA配列に
対して相補的なヌクレオチド配列である。「アンチセンス鎖」は、「センス」鎖
に対して相補的な核酸鎖の意味で用いられる。アンチセンス分子はペプチド核酸
を含み、合成や転写を含む任意の方法で作り出すことができる。この相補的ヌク
レオチドは、一度細胞内に導入されると、細胞によって作られた天然の配列と結
合して二重鎖を形成し、この二重鎖は更なる転写や翻訳を阻害する。「マイナス
(−)」なる表現はアンチセンス鎖の意味で時折用いられ、「プラス(+)」は
センス鎖の意味で用いられることがある。
【0032】 本明細書において、用語「生物学的に活性」は、自然発生の分子の構造的機能
、調節機能、又は生化学的機能を有するタンパク質を表す。同様に「免疫学的に
活性」は、天然の、組換え体の、又は合成のNSYN−1、若しくはその任意の
オリゴペプチドの、適当な動物や細胞における特定の免疫応答を誘発し、特定の
抗体に結合する能力を指す。
【0033】 本明細書において、用語「相補的」または「相補性」は、許容的な塩濃度及び
温度条件の下での塩基対によるポリヌクレオチド同士の自然の結合である。例え
ば、配列「A−G−T」は相補的配列「T−C−A」に結合する。2つの二本鎖
分子間の相補性は、幾つかの核酸のみが結合している「部分的」なものであるか
、若しくは一本鎖分子間に完全な相補性が存在する場合は完全に相補的なもので
あり得る。核酸鎖同士の相補性の程度は、核酸鎖同士のハイブリダイゼーション
の効率及び強さに有意な影響を与える。このことは、核酸鎖同士の結合によって
左右される増幅反応や、PNA分子の設計及び使用において特に重要である。
【0034】 本明細書において「所定のポリヌクレオチド配列を含む組成物」とは、広く所
定のポリヌクレオチド配列を含む任意の物質をさす。この組成物は、乾燥した製
剤又は水溶液を含み得る。NSYN−1(SEQ ID NO:1)をコードする
ポリヌクレオチド配列又はその断片(例えばSEQ ID NO:2及びその断片
)を含む組成物は、ハイブリダイゼーションプローブとして利用することができ
る。このプローブは凍結乾燥した形態で保存することができ、糖質のような安定
化剤と結合させることができる。ハイブリダイゼーションにおいて、このプロー
ブは、塩(例えばNaCl)、界面活性剤(例えばSDS)及び他の物質(例え
ばデンハート液、乾燥ミルク、サケ精子DNA等)に展開することができる。
【0035】 本明細書において「コンセンサス」は、再配列決定して不要な塩基を分離した
核酸配列か、XL-PCRTM(Perkin Elmer, Norwalk, CT)を用いて5′方向及び/ または3′方向に延長して、再配列決定した核酸配列か、フラグメントを組み合
わせるためのコンピュータプログラム(例えばGELVIEWTM Fragment Assembly sy
stem, GCG, Madison WI)を用いて2種以上のインサイト社クローンの重複した 配列を組み合わせて導き出した核酸配列である。延長と組み合わせの両方によっ
てコンセンサス配列が作られることもある。
【0036】 本明細書において、「ポリヌクレオチドの発現と相関性を有する」なる表現は
、ノーザン法による解析でSEQ ID NO:2に類似性を有するリボ核酸の存
在が検出されることが、サンプル内のNSYN−1をコードするmRNAの存在
を表し、従って該タンパク質をコードする遺伝子からの転写物の発現と相関性を
有している、ということを表している。
【0037】 本明細書において「欠失」は、1個以上のヌクレオチド若しくはアミノ酸残基
が欠けるような、ヌクレオチド配列またはアミノ酸配列における変化である。
【0038】 本明細書において、用語「誘導体」は、NSYN−1をコードする核酸或いは
それに相補的な核酸又はコードされたNSYN−1を化学的に修飾したものを意
味する。このような修飾の例には、水素からアルキル基、アシル基、又はアミノ
基への置換がある。核酸誘導体は、未修飾のNSYN−1の生物学的又は免疫学
的機能を保持しているポリペプチドをコードする。誘導体ポリペプチドは、元の
ポリペプチドの生物学的又は免疫学的機能を保持しており、グリコシル化、ポリ
エチレングリコール化(PEGylation)、又は他の何らかのプロセスで修飾された
ものである。
【0039】 本明細書において、用語「相同性」は、或る程度の相補性を意味する。部分的
な相同と、完全な相同(即ち同一)の場合があり得る。部分的に相補的な配列は
、同一の配列が標的の核酸とハイブリダイズするのを少なくとも部分的に阻害す
るものであり、このことを機能的な表現「実質的に相同な」で表す。完全に相補
的な配列と標的配列とのハイブリダイゼーションの阻害は、低い厳密性条件の下
で、ハイブリダイゼーションアッセイ(サザンブロット法またはノーザンブロッ
ト法、溶液ハイブリダイゼーション等)を用いて検定することができる。実質的
に相同な配列またはプローブは、低い厳密性条件の下で標的の配列と、完全に相
同な配列またはプローブとの結合(即ちハイブリッド形成)について競合し、そ
れを阻害する。このことは、低い厳密性の条件が、非特異的な結合を許容するよ
うなものであるということを意味するわけではない。低い厳密性条件では、2つ
の配列の相互の結合が特異的(即ち選択的)相互作用であることが必要である。
非特異的結合が存在しないことは、部分的な程度の相補性(即ち約30%未満の
同一性)も有していない第2の標的配列を用いることにより調べることができる
。非特異的結合が存在しない場合、プローブは第2の非相補的標的配列とハイブ
リダイズしない。
【0040】 ヒト人工染色体(HAC)は10K〜10MのサイズのDNA配列を含んでお
り、安定した分裂染色体の分離及び維持に必要な全ての要素を含む直鎖状の小染
色体である(Harrington, J.J.等 (1997) Nat Genet. 15:345-355)。
【0041】 本明細書において、用語「ヒト化抗体」は、元の結合能力をそのまま保持しつ
つ、ヒトの抗体により近づけるために非抗原結合領域においてアミノ酸を置換し
た抗体分子である。
【0042】 本明細書において、用語「ハイブリダイゼーション(ハイブリッド形成)」は
、核酸の鎖が塩基対合を介して相補鎖と結合する過程である。
【0043】 本明細書において、用語「ハイブリダイゼーション複合体」は、相補的なG塩
基とC塩基の間及び相補的なA塩基とT塩基の間での水素結合の形成によって、
2つの核酸配列で形成された複合体である。これらの水素結合は、塩基スタッキ
ング相互作用(base stacking interaction)により更に安定化し得る。この2 つの相補的核酸配列は水素結合して、逆平行構造をなす。ハイブリダイゼーショ
ン複合体は、溶液中で形成されるか(例えばC0t又はR0t解析)、或いは核酸
は溶液中に存在する一方の核酸と、固形支持体(例えば細胞やその核酸が固定さ
れる紙、メンブラン、フィルター、ピン、またはスライドガラスまたは他の適切
な基板)に固定されたもう一方の核酸との間で形成され得る。
【0044】 本明細書において「挿入」或いは「付加」は、自然発生の分子と比較して、1
個または2個以上のヌクレオチド、アミノ酸残基がそれぞれ加わるような、ヌク
レオチド配列或いはアミノ酸配列の変化を指す。
【0045】 「マイクロアレイ」とは、基板上に、合成された個々のポリヌクレオチド又は
オリゴヌクレオチドを高密度で配列したものである。基板には例えば紙、ナイロ
ン又は他のタイプのメンブラン、濾紙、チップ、スライドガラス、又は他の任意
の適切な固体支持体が用いられる。
【0046】 本明細書において、用語「変調」は、NSYN−1の活性の変化である。例え
ば、変調によって、タンパク質活性の上昇や低下、結合特性の変化、又はNSY
N−1の生物学的、機能的、免疫学的特性の他の変化がもたらされる。
【0047】 本明細書において「核酸配列」は、一本鎖か二本鎖の、センス鎖又はアンチセ
ンス鎖であるゲノム起源又は合成起源のDNA、RNAや、オリゴヌクレオチド
、ヌクレオチド、又はポリヌクレオチド、及びその断片である。「断片(フラグ
メント)」は、長さが60ヌクレオチド以上の核酸配列であり、最も好ましくは
、長さが100ヌクレオチド以上又は1000ヌクレオチド以上、及び1000
0ヌクレオチド以上の断片を含む。
【0048】 本明細書において「オリゴヌクレオチド」は、PCR増幅又はハイブリダイゼ
ーションアッセイ、若しくはマイクロアレイで用いることができる核酸配列であ
って、長さが約6ヌクレオチド以上、最大60ヌクレオチド程度、好適には15
〜30ヌクレオチド、より好適には20〜25ヌクレオチドであるものを指す。
本明細書において、オリゴヌクレオチドは、当分野において一般に定義されてい
る用語「アンブリマー」、「プライマー」、「オリゴマー」、及び「プローブ」
と実質的に同義である。
【0049】 本明細書において「ペプチド核酸」PNAは、末端がリジンであるアミノ酸残
基のペプチドバックボーンに結合した5ヌクレオチド以上の長さのオリゴヌクレ
オチドを含むアンチセンス分子又は抗遺伝子剤を意味する。末端のリジンがこの
物質に溶解性を賦与している。PNAをポリエチレングリコール化して細胞にお
けるPNAの寿命を延ばすことができる。このような細胞では、PNAが相補的
な一本鎖DNAやRNAに優先的に結合して、転写物の伸長を止める。(Nielse
n, P.E.等(1993) Anticancer Drug Des. 8:53-63)。
【0050】 本明細書において、(「所定のタンパク質の一部分」と用いられるような)タ
ンパク質に関する用語「一部分」は、そのタンパク質の断片である。この断片の
サイズは5個のアミノ酸残基から、(全アミノ酸配列−1)個のアミノ酸の範囲
に亘る。従って、「SEQ ID NO:1のアミノ酸配列の少なくとも一部分を
含む」タンパク質は、完全長ヒトNSYN−1とその断片を含む。
【0051】 本明細書において、用語「サンプル」は、その最も広い意味で用いられている
。NSYN−1をコードする核酸またはその断片またはNSYN−1自体を含む
疑いのある生物学的サンプルは、体液や、細胞から単離された染色体、細胞小器
官、又は細胞膜からの抽出物や、細胞や、(溶液中の、または例えばサザンブロ
ット解析用に固体支持体に結合した)ゲノムのDNA、RNA、またはcDNA
や、組織や、組織プリントその他を含み得る。
【0052】 本明細書において、用語「特異的結合」または「特異的に結合する」は、抗体
及びタンパク質またはペプチドの相互作用が、タンパク質上の特定の構造(即ち
抗原決定基、つまりエピトープ)の存在に左右されることを意味している。つま
り、抗体はタンパク質全体ではなく、特定のタンパク質構造を認識して結合する
。例えば、抗体がエピトープ「A」に対して特異的である場合、標識した「A」
及びその抗体を含む反応において、エピトープA(つまり結合していない、無標
識のA)を含むタンパク質が存在すると、抗体に結合した標識Aの量が低下する
【0053】 本明細書において、用語「厳密な条件」又は「厳密性」は、核酸、塩、及び温
度によって定義されるようなハイブリダイゼーションの条件をさす。これらの条
件は当分野でよく知られており、同一のポリヌクレオチド配列の同定や検出のた
めであるか、或いは近縁なポリヌクレオチド配列の同定や検出のためであるかに
よって変えることができる。低い厳密性条件か高い厳密性条件の何れかを含む名
目上の等価な条件は、例えば配列の長さ及び性質(DNA、RNA、塩基組成)
、標的の性質(DNA、RNA、塩基組成)、環境(溶液中に存在するか或いは
固定されているか等)、塩や他の成分の濃度(例えばホルムアミド、デキストラ
ン硫酸、及び/またはポリエチレングリコールの有無)、及び反応の温度(プロ
ーブの融解温度(Tm)より5℃下からTmの約20〜25℃下までの範囲内)
のような要素によって決まる。1又は2以上の因子を変更することによって、上
に列挙した条件とは異なるが等価である低い厳密性または高い厳密性の何れかの
条件を作り出すことができる。
【0054】 本明細書において、用語「実質的に精製」は、天然の環境から取り除かれ、天
然にはそれが結合して存在する他の構成要素から単離又は分離されて、その構成
要素が60%以上、好ましくは75%以上、最も好ましくは90%以上除去され
た核酸配列又はアミノ酸配列である。
【0055】 本明細書において「置換」は、それぞれ1個または2個以上のヌクレオチド或
いはアミノ酸を、異なるヌクレオチド或いはアミノ酸に置換することによって生
ずる変化である。
【0056】 本明細書の定義では、「形質転換」は、外来DNAが入り込みレシピエント細
胞を変化させるプロセスを意味する。このプロセスは、よく知られた種々の方法
を用いた天然または人工の条件の下で生じ得る。形質転換は、外来核酸配列を原
核細胞または真核細胞の宿主細胞に導入するための何らかの既知の方法に基づい
ている。この方法は形質転換される宿主細胞によって選択され、以下のものに限
定されないが、ウイルス感染による方法、電気穿孔法(エレクトロポレーション
)、リポフェクション、及び微粒子銃を用いる方法が含まれ得る。このような「
形質転換された」細胞は、そのなかで挿入されたDNAが、自律的に複製するプ
ラスミドとして、または宿主の染色体の一部として複製が可能な安定的に形質転
換された細胞を含む。またこのような細胞は、限られた時間に生ずる導入DNA
やRNAの一過性の発現をする細胞も含む。
【0057】 本明細書においてNSYN−1の「変異体」は、1又は2箇所以上のアミノ酸
が変異したアミノ酸配列である。この変異体は「保存的」変化を含むものであり
得、この保存的変化の場合は、例えばロイシンをイソロイシンで置き換える場合
のように置換されるアミノ酸が類似な構造的及び化学的特性を有する。稀に、変
異体が「非保存的」に変化する場合もあり、この非保存的変化の場合は、例えば
グリシンがトリプトファンで置換される。類似した小変化には、アミノ酸の欠失
か挿入、若しくはその両方も含まれる。例えばDNASTARソフトウエアのような良 く知られたコンピュータプログラムを用いて、何れのアミノ酸が生物学的或いは
免疫学的活性を損なわずに置換、挿入、又は除去できるものであるかということ
、及びそのようなアミノ酸がいくつかということを決定することができる。
【0058】 発明 本発明は、新規なヒトシナプトジャニンアイソフォーム(以下「NSYN−1
」と称する)、NSYN−1をコードするポリヌクレオチド、及び癌、及び神経
性疾患及び免疫異常症の診断、予防、又は治療のためのこれらの物質の使用法の
発見に基づくものである。
【0059】 本発明のNSYN−1をコードする核酸は、滑膜組織cDNAライブラリー(
SYNORAT01)を起源とするインサイト社クローンNo. 367402において、アミノ酸 配列アライメントのコンピュータ検索によって始めに同定された。コンセンサス
配列のSEQ ID NO:2は、以下の重複及び/又は延長された核酸配列、即
ちインサイト社クローンNo. 367402(SYNORAT01を起源)、及び1238083(LUNGTU
T02を起源)から導き出されたものである。
【0060】 或る実施例では、本発明は、図1A乃至図1Eに示すSEQ ID NO:1の
アミノ酸配列を含むポリペプチドを包含する。NSYN−1は305個のアミノ
酸からなる長さを有し、残基N(182番)、N(247番)、及びN(259番)にお いて3つのN−グリコシル化可能部位を有し、これは膜付着可能部位となる。N
SYN−1におけるN末端の35〜40個のアミノ酸配列は、該タンパク質の特
定の細胞化目標部位へのターゲティングのための独特のシグナルペプチドとなり
得るる。このシグナルペプチドの存在は、シグナルペプチドを取り除かれて、追
加の膜付着可能部位となり得るG(40番)のミリストイル化可能部位が更にそれ
を裏付けている。分子間ジスルフィド架橋可能部位を表すシステイン残基は、C
(104番)、C(232番)、及びC(263番)に認められる。様々なプロテインキ ナーゼリン酸化可能部位も存在し、その位置は、NSYN−1のS(48番)(プ
ロテインキナーゼA)、S(163番)、S(188番)、T(215番)、及びT(249
番)(カゼインキナーゼII)、S(139番)、T(204番)、S(267番)、及 びT(303番)(プロテインキナーゼC)である。4つのプロリンを豊富に含む SH3結合配列は、NSYN−1のT(12 )PPQPPP、P(105 )TMPP IP、T(142 )AAPGNP、及びR(268 )RPPPPPに認められる。図2
に示すように、NSYN−1は、28kDaのラット由来のシナプトジャニンの
アイソフォーム、28kDa Syn(GI 1166576;SEQ ID NO:3)と
化学的及び構造的相同性を有する。詳述すると、NSYN−1と28kDa S
ynは、71%の配列同一性共通している。NSYN−1に認められる4つのS
H3結合ドメインの内の3つは、ラット28kDa Synにおいて認められる
。ラット28kDa Synは、NSYN−1において認められる3つのシステ
イン残基の内の2つ(C(104番)及びC(263番))、及びN−グリコシル化部
位の1つ(N(259番))も共有している。NSYN−1に認められる3つのカ ゼインキナーゼIIリン酸化可能部位及び3つのプロテインキナーゼCリン酸化
可能部位も、このラットのタンパク質において認められる。NSYN−1とラッ
トSynアイソフォームの主な相違点は、NSYN−1のリーダーペプチドと追
加の膜結合可能部位である。図3A及び図3Bに示すように、NSYN−1とラ
ット28kDa Synは、かなり類似な疎水性プロットを示す。ノーザン解析
の結果から、様々なライブラリーにおけるこの発現が分かる。この配列を発現す
るライブラリーの32%以上は、不死化つまり癌性組織関連であり、その28%
以上は脳又は神経組織関連であり、その24%以上は炎症反応又は免疫応答に関
連するものである。特に注目すべきは、炎症組織(リウマチ及びクローン病)及
びてんかんにおけるNSYN−1の発現である。
【0061】 また本発明は、NSYN−1変異体を包含する。好適なNSYN−1変異体は
、NSYN−1アミノ酸配列(SEQ ID NO:1)と80%以上、より好適
には90%以上のアミノ酸配列同一性を有し、NSYN−1の生物学的、免疫学
的、又は他の機能的特性つまり活性の少なくとも1つを保持しているものである
。最も好適なNSYN−1変異体は、SEQ ID NO:1の配列と95%以上
のアミノ酸配列同一性を有するものである。
【0062】 また本発明は、NSYN−1をコードするポリヌクレオチドを包含する。従っ
て、NSYN−1のアミノ酸配列をコードする核酸配列の何れかを用いて、NS
YN−1を発現する組換え分子を作り出すことができる。具体的な実施例では、
本発明は、図1A乃至図1Eに示すようなSEQ ID NO:2の核酸配列を含
むポリヌクレオチドを包含する。
【0063】 当業者には理解されるように、遺伝暗号の縮重の結果、任意の既知の自然発生
遺伝子のヌクレオチド配列と最小限の相同性しか有していないものも含めて、多
種のNSYN−1をコードするヌクレオチド配列が作り出され得る。従って本発
明は、可能なコドン選択に基づく組み合わせを選択することにより作り出され得
る全ての可能な核酸配列の変異をその範囲に含んでいる。それらの組み合わせは
、自然発生のNSYN−1のヌクレオチド配列に適用されるような標準的なトリ
プレット遺伝暗号に基づいて作り出されるものであり、このような変異は全てこ
こに具体的に開示されたものと考えられたい。
【0064】 NSYN−1をコードするヌクレオチド配列及びその変異配列は、適切に選択
された厳密性条件の下で自然発生配列のヌクレオチド配列とハイブリダイズ可能
であるのが好ましいが、実質的に異なるコドンを使用しているNSYN−1又は
その誘導体をコードするヌクレオチド配列を作り出すことは有益であり得る。コ
ドンの選択においては、特定のコドンが宿主によって使用される頻度に従って、
特定の原核細胞又は真核細胞の発現宿主におけるペプチド発現の発生率を高める
ように選択することができる。NSYN−1及びその誘導体をコードするヌクレ
オチド配列を、コードされるアミノ酸配列を変えないように実質的に変更する他
の理由は、例えば自然発生配列から作り出される転写物より長い半減期のような
、より望ましい特性を有するRNA転写物を作り出すためである。
【0065】 本発明の範囲には、NSYN−1又はその誘導体をコードするDNA配列又は
その断片の、完全な合成ケミストリによる作製も含まれる。この合成遺伝子を、
作製後、周知の試薬を用いて任意の入手可能な発現ベクター及び細胞系に挿入す
ることができる。更に、合成ケミストリを用いてNSYN−1をコードする配列
又はその任意の断片に突然変異を導入することができる。
【0066】 また本発明の範囲に含まれるものとして、種々の厳密性条件の下で請求項に記
載のヌクレオチド配列、特にSEQ ID NO:2のヌクレオチド配列とハイブ
リダイズし得るポリヌクレオチド配列がある。厳密性条件については、Wahl, G.
M. 及びS.L.Berger(1987; Methods Enzymol. 152:399-407)及びKimmel, A.R. (1987; Methods in Enzymol. 152:507-511)に記載されている。
【0067】 当業者が通常利用可能な周知のDNAシークエンシングの方法を、本発明の実
施例の何れの実施のために用いることができる。この方法では酵素を使用する。
この酵素には、例えばDNAポリメラーゼIのクレノウ断片であるSequenase(U
S Biochemical社, Cleveland OH)、Taqポリメラーゼ(Perkin Elmer)、熱安定
性T7ポリメラーゼ(Amersham, Chicago IL)、或いはGibco BRL(Gaithersburg
MD)Methods社から市販されているELONGASE増幅システムのような校正エキソヌ クレアーゼと組換え体ポリメラーゼとの組み合わせがある。このプロセスは、Ha
milton Micro Lab2200(Hamilton, Reno, NV)、Peltier Thermal Cycler(PTC2
00;MJ Reserch, Watertown MA)並びにABI Catalyst及びABI377及び377 DNAシ ーケンサ(Perkin Elmer)のような装置を用いて自動化するのが好ましい。
【0068】 NSYN−1をコードする核酸配列を、部分的なヌクレオチド配列を利用し、
当業者に周知の様々な方法とを用いて伸長させ、プロモーター及び調節エレメン
トのような上流の配列を検出することができる。例えば、使用可能の方法の一つ
である「制限部位」PCR法では、汎用プライマーを用いて既知の位置に隣接す
る未知の配列を得る(Sarkar, G. (1993) PCR Methods Applic 2:318-322)。詳
述すると、まずゲノムDNAを、既知の領域に対して特異的なプライマーとリン
カー配列に対するプライマーの存在の下で増幅する。増幅された配列を、同じリ
ンカープライマーと最初のプライマーの内部に含まれる別の特異的プライマーを
用いてPCRの2巡目にかける。PCRの各回の生成物を、適切なRNAポリメ
ラーゼを用いて転写させ、逆転写酵素を用いて配列決定する。
【0069】 既知の領域に基づく多様なプライマーを利用した配列の増幅、または伸長を行
うために、逆PCR法を用いることもできる(Triglia, T.等(1988)Nucleic A
cids Res 16:8186)。プライマーは、OLIGO 4.06 Primer Analysis software(N
ational Biosciences社, Plymouth MN)や他の適切なプログラムを用いて、長さ
が22〜30ヌクレオチドで、GC含量が50%以上、かつ約68〜72℃の温
度で標的配列にアニールするように設計する。この方法ではいくつかの制限酵素
を用いて遺伝子の既知領域の適当な断片を作り出す。次にこの断片を分子内ライ
ゲーションにより環状にし、PCR用の鋳型として使用する。
【0070】 使用できる別の方法にキャプチャPCR法があり、この方法ではヒト及び酵母
菌人工染色体DNA内の既知の配列に隣接するDNA断片をPCR増幅する(La
gerstrom, M.等(1991)PCR Methods Applic 1:111-119)。この方法では、PC
Rを行う前に、そのDNA分子の未知の断片に、複数の制限酵素による消化及び
ライゲーションによって組換え二本鎖配列を配置しておくこともできる。
【0071】 未知の配列を得るために用いることができる別の方法は、Parker, J.D.等の方
法(1991; Nucleic Acids Res 19:3055-3060)である。更に、PCR、ネスト化
プライマー、PromoterFinderTMライブラリーを用いて、ゲノムDNA内歩行を行
うことができる(Clontech, Palo Alto CA)。このプロセスは、ライブラリーを
スクリーニングする必要がなく、イントロン/エクソン接合部を探し出すのに有
用である。完全長cDNAをスクリーニングするときに好適なライブラリーは、
サイズ選択された、より大きなcDNAを含むライブラリーである。またランダ
ムプライミングした(random primed)ライブラリーは、遺伝子の5′領域を含 む配列をより多く含むという点で好適である。ランダムプライミングしたライブ
ラリーは、オリゴd(T)ライブラリーでは完全長cDNAが得られない場合に
特に有用である。またゲノムライブラリーは、5′及び3′非翻訳調節領域への
配列の伸長のために有用なことがある。
【0072】 シークエンシングやPCRの産物のヌクレオチド配列をサイズ分析したり存在
を確認するためには、市販のキャピラリー電気泳動システムを用いることができ
る。特に、キャピラリーシークエンシングでは、電気泳動による分離のための流
動性ポリマー、レーザーで活性化される4種の異なる蛍光色素(各ヌクレオチド
に対して1つ)を使用し、CCDカメラにより放射線の波長の検出を行う。出力
/光強度は適切なソフトウエア(例えばPerkin Elmer製のGenotyperTM及びSeque
nce NavigatorTM)を用いて電気信号に変換され、サンプルの負荷からコンピュ ータ解析及び電子データ表示までの全過程がコンピュータ制御される。キャピラ
リー電気泳動法は、特定のサンプル内に少量しか存在しないDNA小片の配列決
定に特に適している。
【0073】 本発明の別の実施例では、NSYN−1をコードするポリヌクレオチド配列ま
たはその断片を組換えDNA分子に組込むことにより、NSYN−1、その断片
または機能的等価物の、適切な宿主細胞内での発現を誘導することができる。遺
伝暗号固有の縮重のために、実質的に同一であるか機能的に等価なアミノ酸配列
をコードする他のDNA配列も作り出され得、これらの配列をNSYN−1のク
ローン化や発現のために用いることができる。
【0074】 当業者には理解できるように、非自然発生コドンを有するNSYN−1コーデ
ィングヌクレオチド配列を作り出すことは有益であり得る。例えば、特定の原核
細胞或いは真核細胞の宿主において選好されるコドンを選択して、タンパク質の
発現率を増大させたり、或いは自然発生配列から生成された転写物より長い半減
期のような望ましい特性を有するRNA転写物を生成することができる。
【0075】 本発明のヌクレオチド配列は、様々な目的でNSYN−1をコードする配列を
改変するために、周知の方法を用いて組換えることができる。この配列改変の目
的には、例えば、限定はしないが、遺伝子産物のクローニング、プロセシング及
び/又は発現を変えることが含まれる。無作為断片によるDNA再編成や遺伝子
断片及び合成オリゴヌクレオチドのPCR再会合によって、ヌクレオチド配列を
組換えることができる。例えば、特定部位突然変異誘発のような当業者には周知
の技術を用いて突然変異を誘発させることによって、新しい制限部位の挿入、グ
リコシル化パターンの変更、コドン選好の変化、スプライスバリアントの生成等
をもたらすことができる。
【0076】 本発明の別の実施例では、元のNSYN−1コーディング配列、変異NSYN
−1コーディング配列、又は組換えNSYN−1コーディング配列を異種の配列
に結合して、融合タンパク質をコードする配列にすることができる。例えば、N
SYN−1活性のインヒビターをペプチドライブラリーからスクリーニングする
場合、市販の抗体により認識される異なるペプチドを発現するキメラNSYN−
1タンパク質をコードすることが役立つことがある。融合タンパク質はNSYN
−1配列と異種のタンパク質配列との間の位置に切断部位を有するように設計す
ることもでき、これによってNSYN−1を切断して、ヘテロの部分から分けて
精製することが可能となる。
【0077】 本発明の別の実施例では、周知の化学的方法(Caruthers. M.H.等(1980)Nuc
Acids Res Symp Ser 7:215-223; Horn, T.等(1980)Nucl. Acids Res Symp. S
er.225-232参照)を用いて、NSYN−1コーディング配列の全体、或いはその
一部を合成することができる。或いは、化学的方法を用いてタンパク質自体を作
り出して、NSYN−1アミノ酸配列またはその断片を合成することができる。
例えば、様々な固相技術(Roberge, J.Y.等(1995) Science 269:202-204)でペ プチド合成を行うことができ、合成の自動化は、例えばABI 431Aペプチドシンセ
サイザ(Perkin Elmer)を用いることにより達成することができる。
【0078】 この新たに合成されたペプチドは、分離用高速液体クロマトグラフィにより実
質的に精製することができる(例えばCreighton T.(1983)Proteins Structure And Molecular Principles , WH Freeman and Co., NY参照)。合成されたペプ チドの組成は、アミノ酸解析或いはシークエンシングにより確認することができ
る(例えばエドマン分解法;Creighton, 前出)。さらにNSYN−1のアミノ 酸配列或いはその任意の部分をその直接の合成の際の改変することにより、及び
/又は化学的方法を用いて他のタンパク質或いはその任意の部分に由来する配列
との結合により、変異体ポリペプチドを作り出すことができる。
【0079】 生物学的に活性なNSYN−1を発現させるためには、NSYN−1をコード
するヌクレオチド配列或いはその機能的等価物を、適切な発現ベクター、すなわ
ち挿入されたコーディング配列の転写及び翻訳に必要なエレメントを含むベクタ
ーに挿入する。
【0080】 NSYN−1をコードする配列及び適切な転写や翻訳の調節領域を含む発現ベ
クターを作製するために当業者に周知の方法を用いることができる。これらの方
法には、in vitro組換えDNA技術、合成技術、並びにin vivo遺伝子組換え技 術が含まれる。このような技術は、Sambrook, J.等(1989)Molecular Cloning, A Laboratory Manual , Cold Spring Harbor Press, Planview NY及びAusubel,
F.M.等Current Protocol in Molecular Biology, John Wiley &Sons, New York,
NYに記載されている。
【0081】 種々の発現ベクター/宿主系を、NSYN−1コーディング配列を保持し、か
つ発現させるために利用することができる。このようなものには、限定するもの
ではないが、組換えバクテリオファージ、プラスミド或いはコスミドDNA発現
ベクターで形質転換した細菌のような微生物や、酵母菌発現ベクターで形質転換
した酵母菌や、ウイルス発現ベクター(例えばバキュロウイルス)を感染させた
昆虫細胞系や、ウイルス発現ベクター(例えばカリフラワーモザイクウイルスCa
MV、タバコモザイクウイルスTMV)或いは細菌の発現ベクター(例えばTi、或い はpBR322プラスミド)で形質転換した植物細胞系や、或いは動物細胞系が含まれ
る。本発明は、使用される宿主細胞によって限定されるものではない。
【0082】 「調節領域」或いは「制御配列」とは、転写及び翻訳を行うために宿主細胞の
タンパク質と相互作用するベクターの非翻訳領域、即ちエンハンサー、プロモー
ター及び3′非翻訳領域である。このようなエレメントの作用の強さや特異性は
様々に異なっている。使用されるベクター及び宿主に応じて、構成的及び誘導的
プロモーターを含む適切な転写及び翻訳エレメントを任意の数だけ用いることが
できる。例えば、細菌系にクローン化する際には、Bluescript ファージミド(S
tratagene, LaJolla CA)またはpSportITMプラスミド(Gibco BRL)等のハイブ リッドlacZプロモーターのような誘導的プロモーターを用いることができる。バ
キュロウイルスポリヘドリンプロモーターは、昆虫細胞において用いることがで
きる。植物細胞のゲノムに由来するプロモーター或いはエンハンサー(例えば熱
ショック RUBISCO及び貯蔵タンパク質遺伝子)、若しくは植物ウイルスに由来す
るプロモーター或いはエンハンサー(例えばウイルス性プロモータ或いはリーダ
ー配列)を、ベクターにクローン化してもよい。哺乳動物細胞系では、哺乳動物
の遺伝子或いは哺乳動物ウイルス由来のプロモーターが適している。NSYN−
1をコードする配列の多数の複製を含む細胞系を作る必要がある場合には、SV40
またはEBVベースのベクターを適切な選択マーカーと共に用いる。
【0083】 細菌系では、NSYN−1の用途に応じて多種の発現ベクターを選択すること
ができる。例えば抗体誘発のために大量のNSYN−1が必要な場合には、精製
が容易な融合タンパク質を高レベルで発現できるベクターが望ましい。そのよう
なベクターには、限定するものではないが、多機能の大腸菌クローニング及び発
現ベクターである、Bluescript(Stratagene)(このベクターでは、NSYN−
1をコードする配列を、アミノ末端メチオニン及び後続のβ−ガラクトシダーゼ
の7残基の配列を備えたフレーム内にベクターに結合してハイブリッドタンパク
質を生成できる)や、pINベクター(Van Heeke, G.及びS.M. Schuster(1989)J
. Biol. Chem. 264:5503-5509)等が含まれる。またpGEXベクター(Promage、Ma
dison WI)も、グルタチオンS−トランスファーゼ(GST)との融合タンパク質と
して外来ポリペプチドを発現するために用いることができる。一般に、そのよう
な融合タンパク質は可溶性であり、グルタチオンアガロースビーズへ吸着させた
後、フリーのグルタチオンの存在下で溶出させることによって溶解した細胞から
容易に精製できる。そのような系において生成されるタンパク質は、ヘパリン、
トロンビン或いはXa因子プロテアーゼ切断部位を含むように設計し、目的のク
ローン化ポリペプチドをGST部分から随意に放出させることができるようにする ことができる。
【0084】 酵母菌、サッカロミセスセレビシエ(Saccharomyces cerevisiae)では、α因
子、アルコールオキシダーゼ及びPGHのような構成的或いは誘導的プロモーター を含む多種のベクターを用いることができる。その概要を知るには、Ausubel等 (前出)及びGrant等(1987)Methods Enzymol 153:516-544を参照されたい。
【0085】 植物発現ベクターを用いる場合には、NSYN−1をコードする配列の発現は
、多数のプロモーターの何れかによって促進され得る。例えばCaMVの35S及び19S
プロモーターのようなウイルスのプロモーターを、単独で、或いはTMV(Takamat
su,N.等(1987)EMBO J 6:307-311)由来のオメガリーダー配列と共に用いるこ とができる。或いは、RUBISCOの小サブユニット、熱ショックプロモーターのよ うな植物のプロモーターを用いてもよい(Coruzzi, G.等(1984)EMBO J 3:1671
-1680); Broglie, R.等(1984)Science 224:838-843; 及びWinter, J.等(199
1)Results Probl. Cell Differ. 17:85-105)。これらの作製物は、直接のDN
A形質転換或いは病原体を介したトランスフェクションにより植物細胞内に導入
できる。このような技術は、様々な一般に入手可能な文献に記載されている(例
えばHobbs, S.又はMurry, L.E. McGraw Hill Yearbook of Science and Technol ogy (1992)McGraw Hill NY, pp191-196を参照されたい)。
【0086】 昆虫系もNSYN−1の発現のために用いることができる。例えば、そのよう
な系の一つでは、Spodoptera frugiperda細胞或いはTrichoplusiaの幼虫におい て外来遺伝子を発現するためのベクターとして、Autographa californica核多角
体病ウイルス(AcNPV)を用いる。NSYN−1をコードする配列は、ポリヘド リン遺伝子のようなウイルスの非必須領域にクローン化して、ポリヘドリンプロ
モーターの制御下に置くことができる。NSYN−1コーディング配列の挿入が
成功すると、ポリヘドリン遺伝子が失活し、コートタンパク質膜が欠如した変異
体ウイルスが生成される。次に、この変異体ウイルスを用いて、S.frugiperda
胞或いはTrichoplusiaの幼虫へ感染させ、その中でNSYN−1を発現させるこ
とができる(Engelhard, E.K.等(1994)Proc. Nat. Acad. Sci. 91:3224-3227 )。
【0087】 哺乳動物の宿主細胞では、様々なウイルス性発現系を利用することができる。
発現ベクターとしてアデノウイルスが用いられる場合には、NSYN−1をコー
ドする配列は、後期プロモータ及び三連リーダー配列からなるアデノウイルス転
写物/翻訳物複合体内に結合することが可能である。ウイルスのゲノムの非必須
のE1又はE3領域へ挿入することにより、感染した宿主細胞でNSYN−1を発現
できる生ウイルスが得られる(Logan, J.及びShenk, T.(1984)Proc. Natl. Ac
ad. Sci. 81:3655-3659)。さらに、哺乳類宿主細胞内の発現を増加させるため にラウス肉腫ウイルス(RSV)エンハンサーのような転写エンハンサーを用いる ことができる。
【0088】 また、ヒト人工染色体(HAC)を用いることにより、プラスミドに含められ
て発現され得るものより大きいDNAの断片を供給することもできる。治療上の
目的で、6〜10MのHACを構築し、従来のデリバリー方法(リポソーム、ポ
リカチオンのアミノポリマー、又は小胞)を利用して供給することができる。
【0089】 また、NSYN−1をコードする配列の効率的な翻訳のためには、特定の開始
シグナルも必要である。このようなシグナルには、ATG開始コドン及び隣接する 配列が含まれる。NSYN−1及びその開始コドン及び上流配列が適切な発現ベ
クター内に挿入された場合には、別の転写または翻訳の制御シグナルは不要であ
る。しかしながらコーディング配列又はその一部のみが挿入される場合には、AT
G開始コドンを含む外来の翻訳制御シグナルを与えなければならない。さらに、 全インサートの転写が確実に行われるようにするためには、開始コドンは正しい
読み枠に存在しなければならない。外来転写エレメント及び開始コドンは、自然
及び合成両方の様々な起源に由来するものであり得る。例えば文献(Scharf,D. 等(1994)Results Probl. Cell Differ. 20:125-162)に記載されているように
、使用される特定の細胞系に適切なエンハンサーを含めることにより、発現の効
率を高めることができる。
【0090】 さらに宿主細胞株は、挿入された配列の発現を調節したり、発現したタンパク
質を望ましい形にプロセシングする能力ついて選択することができる。このよう
なポリペプチドの修飾には、以下のものに限定はしないが、アセチル化、カルボ
キシル化、グリコシル化、リン酸化、脂質化(lipidation)並びにアシル化が含
まれる。またタンパク質の「プレプロ」部分を切り離す翻訳後プロセシングも、
正しい挿入、折り畳み、及び/又は機能の発揮のために重要である。そのような
翻訳後の作用のための特定の細胞装置及び特徴的な機構を有している種々の宿主
細胞(例えばCHO、HeLa、MDCK、293、WI38)がAmerican Type Culture Collecti
on(ATCC; Bethesda, MD)より入手でき、導入される外来タンパク質の正しい修
飾やプロセシングが確実に行われるように、このなかから選択することができる
【0091】 長期間にわたって組換えタンパク質の高収率の産生を確保するためには安定し
た発現が望ましい。例えば、ウイルスの複製起源及び/または内在性発現エレメ
ント及び選択マーカー遺伝子を同一のベクター上、或いは別のベクター上に含む
発現ベクター群を用いて、NSYN−1を安定的に発現する株細胞を形質転換す
ることができる。ベクターの導入の後、細胞を、選択培地に切り替える前に濃縮
培地内で1〜2日間増殖させる。選択マーカーの目的は、選択のための耐性を与
え、その存在に基づいて導入された配列を正しく発現する細胞を増殖、回収でき
るようにすることである。安定的に形質転換された細胞の耐性クローンは、その
細胞の型に適した組織培養技術を用いて増殖することができる。
【0092】 形質転換された株細胞を回収するために任意の数の選択系を用いることができ
る。選択系には、以下のものに限定はしないが、単純ヘルペスウイルスチミジン
キナーゼ(tk)(Wigler, M.等(1977)Cell 11:223-32)及びアデニンホスホリ
ボシルトランスフェラーゼ(aprt)(Lowy, I.等(1980)Cell 22:817-23)遺伝
子が含まれ、それぞれtk-又はaprt-細胞において用いられる。また代謝拮抗物質
、抗生物質或いは除草剤への耐性を選択の基礎として用いることができる。例え
ばdhfrはメトトレキセートに対する耐性を与え(Wigler, M.等(1980)Natl Acad
Sci 77:3567)、nptはアミノ配糖体のネオマイシン及びG-418に対する耐性を与 え(Colberre-Garapin, F.等(1981)J Mol Biol 150:1)、als或いはpatはクロ
ルスルフロン(chlorsulfuron)、ホスフィノトリシンアセチルトランスフェラ ーゼ(phosphinotricin acetyltransferase)に対する耐性を与える(Murry, 前
出)。さらに選択に利用できる遺伝子として、例えば細胞がトリプトファンの代
わりにインドールを利用できるようにするtrpB、細胞がヒスチジンの代わりにヒ
スチノール(histinol)を利用できるようにするhisDが文献に記載されている(
Hartman, S.C.及びR.C. Mulligan(1988)Proc. Natl. Acad. Sci. 85:8047-51 )。最近になって、形質転換体を特定するためばかりではなく、特定ベクター系
による一過性の或いは安定的なタンパク質発現の量を定量するために、例えばア
ントシアニン、β−グルクロニダーゼ及びその基質であるGUS、及びルシフェラ ーゼ及びその基質であるルシフェリンのような可視マーカーが広く用いられるよ
うになった(Rhodes, C.A.等(1995)Methods Mol. Biol. 55:121-131)。
【0093】 マーカー遺伝子発現の存在/不存在によって目的の遺伝子の存在も示唆される
が、その存在及び発現の確認をする必要があることがある。例えばNSYN−1
をコードする配列がマーカー遺伝子配列内に挿入された場合は、NSYN−1を
コードする配列を含む組換え体細胞をマーカー遺伝子の機能を欠いていることで
確認できる。或いは、マーカー遺伝子をNSYN−1をコードする配列と直列に
配置して、両者が単一のプロモータの制御下となるようにすることができる。誘
導または選択に応じてのマーカー遺伝子の発現は、通常直列に配置された配列の
発現をも同時に示すことになる。
【0094】 或いは、当業者には周知の様々な方法により、NSYN−1をコードする核酸
配列を含みNSYN−1を発現する宿主細胞を識別できる。このような方法には
、以下のものに限定はしないが、DNA-DNA或いはDNA-RNAハイブリダイゼーション
及び、核酸及びタンパク質を検出及び/又は定量するための膜ベース、溶液ベー
ス或いはチップベースの技術を含むタンパク質バイオアッセイ或いはイムノアッ
セイが含まれる。
【0095】 NSYN−1をコードする配列のプローブ、一部分、或いは断片を用いるDNA-
DNA又はDNA-RNAハイブリダイゼーションまたは増幅により、NSYN−1ポリヌ
クレオチド配列の存在を検出することができる。核酸増幅に基づくアッセイでは
、NSYN−1をコードするDNA或いはRNAを含む形質転換体を検出するた
めに、NSYN−1をコードする配列に基づくオリゴヌクレオチド或いはオリゴ
マーを用いる。
【0096】 NSYN−1の発現を検出、測定するための、このタンパク質に特異的なポリ
クローナル抗体及びモノクローナル抗体のいずれかを用いる様々なプロトコルが
当業者には周知である。このようなプロトコルの例には、酵素結合免疫検定法(
ELISA)、ラジオイムノアッセイ(RIA)及び蛍光表示式細胞分取器法(FACS)が
含まれる。NSYN−1ポリペプチド上で2種の非干渉なエピトープに対して反
応するモノクローナル抗体を利用する二部位モノクローナルベースイムノアッセ
イ(two-site, monoclonal-based immunoassay)が好適であるが、競合的結合ア
ッセイも用いられる。これらアッセイの並びに他のアッセイは、他の文献、Hamp
ton, R.等(1990; Serological Methods, a Laboratory Manual, APS Press, St
. Paul MN)及びMaddox, D.E.等(1983, J. Exp. Med. 158:1211-1216)に記載 されている。
【0097】 さらに多くの標識及び結合技術が当業者には周知であり、種々の核酸及びアミ
ノ酸のアッセイにおいて用いることができる。近縁な配列を検出するための、標
識されたハイブリダイゼーションプローブやPCRプローブを作成するための手
段には、オリゴ標識、ニックトランスレーション法、末端標識、或いは標識した
ヌクレオチドを用いるPCR増幅が含まれる。或いは、NSYN−1コーディン
グ配列、或いはその任意の部分を、mRNAプローブの作製のためのベクターに
クローン化する。そのようなベクターは当分野では周知で、市販されており、こ
れを用いて、例えばT7、T3、或いはSP6のような適切なRNAポリメラーゼ及び 標識されたヌクレオチドを加えることによってin vitroでRNAプローブを合成
することができる。これらの方法は、種々の市販のキット(Pharmacia Upjohn(
Kalamazoo, MI);Promega(Madison WI);及びU.S. Biochemical Corp.(Clev
eland OH))を用いて実施することができる。適切なリポーター分子、すなわち
標識には、放射性核種、酵素、フルオレセント(蛍光剤)、化学発光剤或いは色
素剤や、基質、補助因子、インヒビター、磁気粒子等が含まれる。
【0098】 NSYN−1をコードするヌクレオチド配列で形質転換された宿主細胞を、こ
のタンパク質を細胞培地で発現させ、そこから回収するのに適した条件の下で培
養することができる。組換え体細胞により生成されるタンパク質は、用いられる
配列及び/またはベクターに応じて、分泌されるか、または細胞内に含められる
。当業者には理解されるように、NSYN−1をコードするポリヌクレオチドを
含む発現ベクターを、原核細胞か真核細胞の細胞膜を通してのNSYN−1分泌
を誘導するシグナル配列を含むように設計することができる。また他の作製物を
用いて、NSYN−1をコードする配列を、可溶性タンパク質の精製を容易にす
るポリペプチドドメインをコードするヌクレオチド配列に結合することができる
。そのような精製を容易にするドメインには、以下のものに限定はしないが、固
定化金属上での精製を可能にするヒスチジントリプトファンモジュールのような
金属キレートペプチド、固定化免疫グロブリン上での精製を可能にするプロテイ
ンAドメイン、並びにFLAGS延長/アフィニティ精製システムにおいて用いられ るドメイン(Immunex Corp., Seattle WA)が含まれる。精製ドメインとNSY N−1の間に、例えばXa因子またはエンテロキナーゼ(Invitrogen, San Dieg
o CA)に対して特異的な配列のような切断可能なリンカー配列を含めて、精製を
促進することができる。NSYN−1をコードする配列とともに、6個のヒスチ
ジン残基、それに続くチオレドキシン及びエンテロキナーゼ切断部位をコードす
る核酸配列を含むこのような発現ベクターの1つは、融合タンパク質を発現する
。ヒスチジン残基がIMIAC(Porath, J等(1992; Protein Exp. Purif. 3:263-28
1)に記載のような固定化金属イオンアフィニティクロマトグラフィー)での精 製を促進するとともに、エンテロキナーゼ切断部位が融合タンパク質からNSY
N−1を精製するための手段となる。融合タンパク質を含むベクターについての
解説は、Kroll, D.J.等(1993; DNA Cell Biol. 12:441-453)に記載されている
【0099】 組換え体の産生に加えて、NSYN−1の断片を、固相技術を用いた直接的な
ペプチド合成で作り出すこともできる(Merrifield J. (1963) J. Am. Chem. So
c. 85:2149-2154参照)。タンパク質合成は手作業で行えるが、自動化すること もできる。自動的な合成は、例えば、Applied Biosystem 431Aペプチドシンセサ
イザ(Perkin Elmer)を用いて行うことができる。NSYN−1の種々の断片を
個別に化学的に合成し、化学的方法を用いて結合して完全長分子を作り出すこと
も可能である。
【0100】 治療 NSYN−1とラット由来の28kDaのSynアイソフォーム(GI 1166576
)との間に化学的及び構造的相同性が存在する。更にNSYN−1は、癌性組織
、脳及び神経組織、及び炎症や免疫応答に関連する組織において発現される。従
って、NSYN−1は、癌及び神経性疾患及び免疫異常症と関連を有すると考え
られ、またNSYN−1の発現つまり活性の増加は、癌及び免疫異常症と関連を
有すると考えられる。
【0101】 従って、或る実施例では、神経性疾患の予防又は治療のために、NSYN−1
又はその断片若しくは誘導体を患者に投与し得る。このような疾患には、以下に
限定するものではないが、静座不能、アルツハイマー病、健忘症、筋萎縮性側索
硬化症、双極性障害、カタトニー、脳新生物、痴呆、うつ病、ダウン症候群、遅
発性ジスキネジア、ジストニー、てんかん、ハンチントン舞踏病、多発性硬化症
、神経線維腫症、パーキンソン病、妄想性精神病、分裂病、及びトゥーレット症
候群が含まれる。
【0102】 別の実施例では、限定するものではないが、上に列挙したものを含む神経性疾
患の予防又は治療のために、NSYN−1又はその断片若しくは誘導体を発現し
得るベクターを患者に投与することもできる。
【0103】 更に別の実施例では、限定するものではないが、上に列挙したものを含む神経
性疾患の予防又は治療のために、NSYN−1の活性を変調するアゴニストを患
者に投与することもできる。
【0104】 別の実施例では、癌の予防又は治療のために、NSYN−1のアンタゴニスト
を患者に投与し得る。癌には、以下のものに限定しないが、腺癌、白血病、リン
パ腫、黒色腫、骨髄腫、肉腫、及び奇形癌、具体的には、副腎、膀胱、骨、骨髄
、脳、乳房、子宮頚、胆嚢、神経節、胃腸管、心臓、腎臓、肝臓、肺、筋肉、卵
巣、膵臓、副甲状腺、陰茎、前立腺、唾液腺、皮膚、脾臓、精巣、胸腺、甲状腺
、及び子宮の癌が含まれ得る。或る実施態様では、NSYN−1に特異的に結合
する抗体を、アンタゴニストとして直接的に用いたり、或いはNSYN−1を発
現する細胞又は組織に薬物を送達するためのターゲティング又はデリバリー機構
として間接的に用いることができる。
【0105】 別の実施例では、免疫異常症の予防又は治療のために、NSYN−1のアンタ
ゴニストを患者に投与し得る。このような疾患には以下に限定するものではない
が、AIDS、アジソン病、成人呼吸窮迫症候群、アレルギー、貧血症、喘息、
アテローム性動脈硬化症、気管支炎、胆嚢炎、クローン病、潰瘍性大腸炎、アト
ピー性皮膚炎、皮膚筋炎、糖尿病、肺気腫、結節性紅斑、萎縮性胃炎、腎炎、痛
風、グレーブス病、過好酸球増加症、過敏性腸症候群、エリテマトーデス、多発
性硬化症、重症筋無力症、心筋又は心膜の炎症、変形性関節炎、骨粗鬆症、膵炎
、多発筋炎、リウマチ性関節炎、強皮症、シェーグレン症候群、及び自己免疫性
甲状腺炎;癌と、血液透析と体外循環の合併症;ウイルス感染、細菌感染、真菌
感染、寄生虫感染、原虫感染、及び蠕虫感染;及び外傷が含まれる。
【0106】 別の実施例では、限定しないが、上に列挙したタイプの癌の予防又は治療のた
めに、NSYN−1をコードするポリヌクレオチドの相補配列を発現するベクタ
ーを患者に投与し得る。
【0107】 別の実施例では、限定するものではないが、上に列挙したものを含む免疫異常
症の予防又は治療のために、NSYN−1をコードするポリヌクレオチドの相補
配列を発現するベクターを患者に投与することができる。
【0108】 他の実施例では、本発明の治療用タンパク質、アンタゴニスト、抗体、アゴニ
スト、相補的配列、又はベクターの何れかを、他の適切な治療薬と組み合わせて
投与し得る。当業者は、併用療法で使用するための適切な薬剤を、従来の医薬上
の原理に基づいて選択することができよう。治療薬を組み合わせることにより、
上述の種々の疾患の治療又は予防に効果のある相乗作用を与え得る。この方法を
用いることにより、低い用量の各薬剤で同じ治療効果を上げることができ、従っ
て副作用の可能性を低下させることができる。
【0109】 NSYN−1のアンタゴニストは、当分野において周知の方法を用いて製造す
ることができる。詳述すると、精製されたNSYN−1を用いて、抗体を製造し
たり、或いはNSYN−1に特異的に結合するものを同定するべく治療薬のライ
ブラリーをスクリーニングすることができる。
【0110】 NSYN−1に対する抗体は、従来より周知の方法を用いて製造することがで
きる。このような抗体には、以下に限定されないが、ポリクローナル抗体、モノ
クローナル抗体、キメラ抗体、一本鎖抗体、Fabフラグメント、及びFab発
現ライブラリーから作られたフラグメントが含まれる。中和抗体(即ち二量体形
成を阻害するもの)は治療の用途に特に好適である。
【0111】 抗体を製造するため、NSYN−1か、免疫学的特性を有するその任意の一部
分、断片或いはオリゴペプチドを注射することによって、ヤギ、ウサギ、ラット
、マウス等を含む種々の宿主を免疫化することができる。免疫学的反応を増強す
るために、ホストの種に応じた種々のアジュバントを用いることができる。その
ようなアジュバントには、限定するものではないが、フロイントのアジュバント
、水酸化アルミニウムのような無機質ゲルアジュバント、リゾレシチンのような
界面活性剤アジュバント、プルロニックポリオール(pluronic polyol)アジュ バント、ポリアニオンアジュバント、ペプチドアジュバント、油性乳剤アジュバ
ント、キーホールリンペットヘモシニアンアジュバント並びにジニトロフェノー
ルアジュバントが含まれる。ヒトで使用するアジュバントのなかでは、BCG(
カルメット‐ゲラン杆菌)及びコリネバクテリウム−パルヴム(Corynebacteriu
m parvum)が特に好適である。
【0112】 NSYN−1に対する特異的抗体を誘発するために用いられるオリゴペプチド
、ペプチド、またはその断片は、好ましくは5個以上のアミノ酸、より好ましく
は10個以上のアミノ酸からなるアミノ酸配列を有する。またこれらの配列は、
自然タンパク質のアミノ酸配列の一部と同一であり、小形の自然発生の分子の全
アミノ酸配列を含んでいるのが好ましい。NSYN−1アミノ酸の短いストレッ
チを、キーホールリンペットヘモシアニンやキメラ分子に対して産生された抗体
のような他のタンパク質の配列に融合してもよい。
【0113】 NSYN−1のモノクローナル抗体は、培地内の連続株細胞に抗体分子を産生
させる技術を用いて作製できる。このような技術には、以下のものに限定はしな
いが、ハイブリドーマ技術、ヒトB細胞ハイブリドーマ技術、及びEBV−ハイ
ブリドーマ技術(Kohler, G.等(1975) Nature 256:495-497;Kozbor, D.等(1983
) Immunol Methods 81 :31-42;Cote, R.J.等(1983) Proc. Natl. Acad. Sci. 8
0:2026-2030;Cole, S.P.等(1984) Mol. Cell Biol. 62:109-120)が含まれる。
【0114】 さらに、適切な抗原特異性並びに生物活性を有する分子を得るための「キメラ
抗体」の産生のために開発された技術、即ちヒト抗体遺伝子へのマウス抗体遺伝
子の結合のために開発された技術が用いられる(Morrison,S.L.等(1984)Proc.
Natl. Acad. Sci. 81:6851-6855;Neuberger, M.S.等(1984)Nature 312:604-
608;Takeda, S.等(1985)Nature 314:452-454)。或いは、一本鎖抗体の生成 のための周知技術を適用して、NSYN−1に特異的な一本鎖抗体を作り出すこ
とができる。関連する特異性を有するがイディオタイプの構成が異なる抗体は、
無作為の免疫グロブリン組み合わせライブラリーからの鎖再編成(chain shuffl
ing)によって作り出すことができる(Burton D.R.(1991) Proc. Natl. Acad. S
ci. 88:11120-3)。
【0115】 また抗体は、文献(Orlandi, R.等(1989), Proc. Natl. Acad. Sci. 86:3833-
3837;Winter, G.等1991, Nature 349:293-299)に開示されているように高度に
特異的な結合試薬のパネルや組換え免疫グロブリンライブラリーをスクリーニン
グすることにより、或いはリンパ球集団でのin vivo産生を誘導することにより 作り出すこともできる。
【0116】 NSYN−1に対する特異結合部位を含む抗体断片も作り出すことができる。
このような断片には例えば、限定はしないが、抗体分子のペプシンによる消化で
生成することができるF(ab′)2フラグメントや、F(ab′)2フラグメントのジスル
フィド架橋を減らすことにより生成することができるFabフラグメントが含まれ る。或いは、所望の特異性を有するモノクローナルFabフラグメントを迅速かつ 容易に同定できるように、Fab発現ライブラリーを作製してもよい(Huse, W.D. 等(1989)Science 256:1275-1281)。
【0117】 様々なイムノアッセイを、所望の特異性を有する抗体を同定するためのスクリ
ーニングに利用することができる。確立された特異性を有するモノクローナル抗
体或いはポリクローナル抗体のいずれかを用いる競合的結合アッセイ或いは免疫
放射線測定法の種々のプロトコルが当分野で周知である。このようなイムノアッ
セイでは、NSYN−1とその特異的抗体との複合体の形成量の測定が行われる
。特定のNSYN−1タンパク質上の2つの互いに非干渉なエピトープに対して
反応するモノクローナル抗体を用いる二部位モノクローナル抗体ベースイムノア
ッセイ(two sites monoclonal based immunoassay)が好適であるが、競合的結
合アッセイも用いられる(Maddox , 前出)。
【0118】 本発明の別の実施例では、NSYN−1をコードするポリヌクレオチド、また
はその任意の断片や相補配列を、治療上の目的で用いることができる。或る実施
態様では、mRNAの転写を阻害することが望ましいような状況において、NS
YN−1をコードするポリヌクレオチドに対する相補配列を用いることができる
。詳述すると、NSYN−1をコードするポリヌクレオチドに相補的な配列で細
胞を形質転換することができる。従って、相補的分子または断片を用いて、NS
YN−1の活性を変調したり、遺伝子の機能を調節することができる。このよう
な技術は現在周知となっており、センス又はアンチセンスオリゴヌクレオチド、
若しくはより大きな断片を、NSYN−1コーディング配列のコード領域や調節
領域の様々な位置から設計することができる。
【0119】 レトロウイルス、アデノウイルス、ヘルペス或いはワクシニアウイルス由来の
発現ベクター、或いは種々の細菌性プラスミドに由来する発現ベクターは、標的
の器官、組織、または細胞群へのヌクレオチド配列の送達のために用いられる。
NSYN−1をコードする遺伝子のポリヌクレオチドに相補的な核酸配列を発現
するベクターは、当業者に周知の方法を用いて作製することができる。これらの
技術はSambrook等(前出)及びAusubel等(前出)の両方に記載されている。
【0120】 NSYN−1をコードするポリヌクレオチドまたはその断片を高レベルで発現
する発現ベクターで細胞または組織を形質転換することにより、NSYN−1を
コードする遺伝子の機能を停止させることができる。このような作製物は、翻訳
不可能なセンス配列或いはアンチセンス配列を細胞に導入するために用いること
ができいる。このようなベクターは、DNAへ組み込みがなされない場合ですら
、そのベクターが内在性ヌクレアーゼにより機能停止状態となるまで、RNA分
子を転写し続ける。このような一過性の発現は、非複製ベクターでも1ヶ月以上
、適当な複製エレメントがベクター系の一部である場合には更に長い期間継続し
得る。
【0121】 上述のように、NSYN−1をコードする遺伝子の制御5′領域、つまり調節
領域(シグナル配列、プロモーター、エンハンサー、及びイントロン)に対する
相補配列、つまりアンチセンス分子(DNA、RNAまたはPNA)を設計する
ことにより遺伝子発現を変化させることができる。転写開始部位、例えばリーダ
ー配列の+10〜−10の間の領域に由来するオリゴヌクレオチドが好適である
。同様に、「三重らせん」塩基対合法を用いて阻害を達成することができる。三
重らせん対合が有用なのは、それが、ポリメラーゼ、転写因子、或いは調節分子
が結合するために二重らせんが十分にほどける能力を阻害するからである。三重
らせんDNAを用いた最近の治療上の進歩については、文献(Gee, J.E.等(1994
)In: Huber, B.E.及びB.I. Carr, Molecular and Immunologic Approaches, Fut
ura Publishing Co, Mt Kisco NY)に記載されている。転写物のリボソームへの
結合を防止することによってmRNAの転写を阻害するために、相補的配列、つ
まりアンチセンス分子を設計することもできる。
【0122】 リボザイムはRNAの特異的切断を触媒することができる酵素性RNA分子で
ある。リボザイムの作用機構では、相補的標的RNAへのリボザイム分子の配列
特異的ハイブリダイゼーションが行われ、その後エンドヌクレアーゼによる切断
(endonucleolytic cleavage)がなされる。使用できるものの例には、NSYN
−1をコードする配列のエンドヌクレアーゼによる切断を特異的かつ効果的に触
媒し得る人工合成のハンマーヘッド型リボザイム分子も含まれている。
【0123】 任意の標的となり得るRNA内の特異的なリボザイム切断部位を、初めは、配
列GUA、GUU並びにGUCが後続するリボザイム切断部位に対する標的分子を調べる ことによって同定する。ひとたび同定されたならば、切断部位を含む標的遺伝子
の領域に対応する15〜20個のリボヌクレオチドの間の短いRNA配列を、そ
のオリゴヌクレオチドの機能を停止させる2次構造の特徴について評価すること
が可能となる。候補の標的部分の適切性も、リボヌクレアーゼ保護アッセイを用
いて相補的なオリゴヌクレオチドとのハイブリダイゼーションについての接触性
(accessibility)を測定することにより評価することができる。
【0124】 本発明の相補的リボ核酸分子及びリボザイムは、RNA分子を合成するのため
の当分野で周知の方法により作製することができる。これらの技術には、固相ホ
スホラミダイト(phosphoramidite)化学合成法のようなオリゴヌクレオチドの 化学的合成技術が含まれる。或いは、RNA分子を、NSYN−1をコードする
DNA配列のin vivo及びin vitroでの転写により作り出すことができる。この ようなDNA配列は、T7或いはSP6のような適切なRNAポリメラーゼプロ
モーターを有する様々なベクターに組み込むことができる。或いは、構成的に或
いは誘導的にアンチセンスRNAを合成するアンチセンスcDNA作製物を、株
細胞、細胞或いは組織内に導入することができる。
【0125】 RNA分子はその細胞内安定性を高め及び半減期を長くするために修飾するこ
とができる。可能な修飾には、限定はしないが、その分子の5′末端か3′末端
、或いはその両方へのフランキング配列の付加や、分子のバックボーン内におい
てホスホジエステラーゼ結合ではなくホスホロチオネート(phosphorothioate)
或いは2′O−メチルを使用することによる修飾がある。この方式(concept) は、PNA製造固有のものであり、内在性エンドヌクレアーゼにより容易に認識
されないアデニン、グアニン、シチジン、チミン、及びウリジンの、アセチル−
、メチル−、チオ−形態、及び類似の修飾形態とともに、イノシン、キュエオシ
ン(queosine)、及びワイブトシン(Wybutosine)のような従来あまり用いられ
なかった塩基を含めることによって、これら分子全てにに拡張することができる
【0126】 細胞或いは組織内にベクターを導入するための多くの方法が利用可能であり、
そのような多くの方法が、in vivoin vitro、及びex vivoでの使用についても
同様に適している。ex vivo治療法の場合には、患者から採取された幹細胞にベ クターを導入し、自家移植用のクローンとして増殖して同じ患者に戻す方法があ
る。またトランスフェクションによるデリバリー、リポソーム注入またはポリカ
チオンアミノポリマーによるデリバリー(Goldman, C.K.等(1997) Nature Biote
chnology 15:462-66; ここで引用することにより本明細書の一部とする)は、当
分野でよく知られた方法を用いて実施することができる。
【0127】 上述の治療法の何れも、例えばイヌ、ネコ、ウシ、ウマ、ウサギ、サル、及び
最も好ましくはヒトのような哺乳動物を含む、任意の適切な被験体に適用するこ
とができる。
【0128】 本発明の更に別の実施例では、上述のいずれかの治療効果をあげるために、医
薬品組成物を医薬上に許容される担体とともに投与する。このような医薬品組成
物は、NSYN−1、NSYN−1に対する抗体、NSYN−1の模擬体(mime
tics)、アゴニスト、アンタゴニスト、又はインヒビターからなるものであり得
る。この医薬品組成物は、単体で、或いは例えば安定剤のような1種以上の他の
薬剤とともに、任意の滅菌した生体適合性の医薬用担体に含めて投与される。こ
のような担体には、限定はしないが、生理食塩水、緩衝食塩水、ブドウ糖或いは
水が含まれる。このような組成物は、単体で、或いは他の薬剤やホルモンと結合
した形で患者に投与することができる。
【0129】 本発明で用いられる医薬品組成物の投与経路には、以下の経路に限定されない
が、経口投与、静脈内投与、筋内投与、動脈内投与、髄内投与、くも膜下内投与
、心室内投与、経皮投与、皮下投与、腹腔内投与、鼻腔内投与、経腸投与、局所
投与、舌下投与、或いは直腸内投与が含まれ得る。
【0130】 これらの医薬品組成物は、活性成分に加えて、活性化合物を医薬上使用可能な
製剤にするための処理を容易にする賦形剤及び補助剤を含む、適切な医薬上許容
される担体を含み得る。調合或いは投与に関する技術の詳細は、“Remington's
Pharmaceutical Sciences”(Maack Publishing Co, Easton PA)の最新版にお いて見ることができる。
【0131】 経口投与用の医薬品組成物は、当分野でよく知られる医薬上に許容される担体
を用いて適切な剤形に製剤される。このような担体により、医薬品組成物は、治
療を受ける患者による経口及び鼻腔摂取のための、錠剤、丸剤、カプセル剤、液
体剤、ゲル剤、シロップ剤、スラリー剤、懸濁液或いは類似の製剤として処方さ
れる。
【0132】 経口投与するための製剤は、活性化合物と固形の賦形剤とを結合することによ
って作製できるが、所望に応じて、必要なら適切な補助剤を添加した後、得られ
た混合物を粉砕し、顆粒の混合物を処理して錠剤或いは糖衣剤コアを作ることが
できる。適切な賦形剤は、ラクトース、スクロース、マンニトール或いはソルビ
トールを含む砂糖のような糖質或いはタンパク質充填剤、とうもろこし、小麦、
米、じゃがいも等からのでんぷん、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチ
ルセルロース或いはカルボキシルメチルセルロースナトリウムのようなセルロー
ス、アラビアゴム或いはトラガカントのようなゴム、並びにゼラチン或いはコラ
ーゲンのようなタンパク質である。必要ならば、架橋結合したポリビニルピロリ
ドン、寒天、アルギン酸ナトリウムのようなアルギン酸或いはアルギン酸ナトリ
ウムや、その塩のような、崩壊剤或いは可溶化剤が加えられる。
【0133】 糖衣剤コア(dragee core)は、濃縮砂糖溶液のような適切な錠皮を与えられ るが、溶液はアラビアゴム、タルク、ポリビニルピロリドン、カルボポルゲル剤
、ポリエチレングリコール並びにまた二酸化チタン、ラッカー溶液及び適切な有
機溶剤或いは溶剤混合物が含み得る。錠剤の識別のため、すなわち活性化合物の
量、すなわち投与量を特徴付けるために染料或いは色素が錠剤或いは糖衣錠皮に
加えられてもよい。
【0134】 経口投与可能な製剤は、ゼラチンからなるプッシュフィットカプセル及びゼラ
チンからなる柔らかい、密封されたカプセル、並びにグリセロール或いはソルビ
トールのような錠皮を含む。プッシュフィットカプセルは、ラクトース或いはで
んぷんのような充填剤或いは結合剤、タルク或いはステアリン酸マグネシウムの
ような潤滑剤、並びに付加的には安定剤と混合された活性処方組成物を含み得る
。柔らかいカプセルでは、活性化合物は、安定剤とともに或いは安定剤なしで、
脂肪油、液体パラフィン、液体ポリエチレングリコールのような適切な液体に溶
解或いは懸濁される。
【0135】 非経口投与用の製剤は、水溶性の活性化合物の水溶液を含む。注射用として、
本発明の薬品組成物を水溶液、好適にはハンクの溶液、リンゲル溶液或いは生理
緩衝食塩水のような生理学的に適合性の緩衝液に入れて製剤することができる。
水性の注入懸濁剤は、 カルボキシルメチルセルロースナトリウム、ソルビトー ル或いはデキストランのような懸濁剤の粘性を高める物質を含み得る。更に、活
性成分の懸濁液は、適切な油性注入懸濁剤として調製される。適切な親油性の溶
媒或いは媒介物は、胡麻油のような脂肪油や、オレイン酸エチル、トリグリセリ
ド或いはリポソームのような合成脂肪酸エステルを含む。また懸濁剤は、所望に
応じて、溶解度を増加し濃縮度の高い溶液の調製を可能にする適切な安定剤或い
は薬剤を含んでもよい。
【0136】 局所的投与または経鼻粘膜投与用には、浸透される特定の障壁に対して適切な
浸透剤を用いて調合が行われる。このような浸透剤は、当技術分野において周知
である。
【0137】 本発明の医薬品組成物は周知の方法、例えば従来の混合処理、溶解処理、顆粒
化処理、糖衣形成処理、研和処理、乳化処理、封入処理(entrapping)処理或い
は凍結乾燥処理により製造される。
【0138】 この医薬品組成物は塩類として提供されることもあり、限定はしないが塩酸、
硫酸、酢酸、乳酸、酒石酸、リンゴ酸、コハク酸等を含む種々の酸とともに形成
することができる。塩は、水性或いはプロトニック溶剤において、対応する遊離
塩基形態より可溶性が高くなる傾向がある。他の場合では、好適な製剤は、1m
M〜50mMのヒスチジン、0.1%〜2%のショ糖、及び2%〜7%のマンニ
トールの全てまたは何れかを含む、pH4.5〜5.5の範囲にある、使用前に
緩衝剤と結合させた凍結乾燥粉末である。
【0139】 医薬上に許容される担体内に製剤された本発明の化合物を含む組成物は、調製
された後、適切な容器内に入れて、さらに提示した疾病状態の治療のためにラベ
ル付けすることができる。NSYN−1の投与の場合、このようなラベルには、
投与の量、頻度、方法が表示される。
【0140】 本発明において使用するために適切な医薬品組成物は、活性成分を所望の目的
を達成するための有効量含む組成物である。有効量の決定は、当業者の能力の範
囲内で十分行うことができる。
【0141】 任意の化合物について、治療上有効な量は、初めに、新生物細胞、或いは通常
マウス、ウサギ、イヌ、ブタのような動物モデルの何れかの細胞培地のアッセイ
から推定される。次に、このような情報を利用して、ヒトにおける有効な量や投
与経路を決定することができる。
【0142】 治療上有効な量とは、症状や状態を改善するタンパク質、その抗体、アンタゴ
ニスト、またはインヒビターの量である。そのような化合物の毒性及び治療上の
有効性は、例えば細胞培地或いは実験動物においてLD50(個体群の50%の
致死投与量)及びED50(個体群の50%における治療上の有効量、50%有
効量)を決定するための標準的な薬学的手順により決定することができる。毒性
と治療有効性との間の投与量の比は治療指数であり、LD50/ED50の比と
して表すことができる。大きな治療指数を示す医薬品組成物が好ましい。これら
の細胞培地のアッセイ及び付加的な動物研究から得られるデータは、ヒトへの使
用に対する投与量の範囲を決める際に用いることができる。そのような化合物の
投与量は、毒性がほとんど或いは全くなく、ED50を達成する循環濃度の範囲
内にあることが望ましい。投与量は、用いられる剤形、患者の感受性並びに投与
経路に応じてこの範囲内で変わる。
【0143】 正確な投与量は、治療が必要な患者に関連する要因群を考慮して担当医師が選
択する。投与量及び投薬量は、十分なレベルの活性成分を与え、かつ所定の効果
を維持するために調節される。考慮すべき付加的な要因は、疾患状態の重症度、
または患者の年齢、体重並びに性別、食事、投与の時間及び頻度、併用する薬剤
、反応感受性、並びに治療への耐性/反応を含む。長期的に作用する薬品組成物
は3〜4日毎に、1週間毎に、或いは半減期及び特定の処方のクリアランス速度
に応じて2週間に1度投与してもよい。
【0144】 通常の投与量は0.1〜100,000μgの範囲にあって、全投与量は最大約1gであり 、投与経路に応じて変わってくる。特定の投与量或いは送達の方法に関する手引
きは、当分野の実施者が通常入手できる文献において見出すことができる。当業
者であれば、ヌクレオチドに対しては、タンパク質やインヒビター用の剤形とは
異なる剤形を採用するであろう。同様に、ポリヌクレオチドまたはポリペプチド
の送達方式は、特定の細胞、状態、位置等によって決まってくる。
【0145】 診断 別の実施例では、NSYN−1に特異的に結合する抗体を、NSYN−1の発
現によって特性化される状態や疾病の診断や、NSYN−1で治療を受けている
患者のモニタリングのためのアッセイにおいて用いることができる。診断のため
に有用な抗体は、上述の治療用のものと同一の方法で作製することができる。N
SYN−1の診断検査法には、ヒトの体液、細胞或いは組織の抽出物においてN
SYN−1を検出するために抗体或いは標識を利用する方法が含まれる。本発明
のポリペプチド及び抗体は、修飾しても、修飾なしでも用いることができ、共有
結合、或いは非共有結合かのいずれかでリポーター分子と結合させることにより
標識することができる。種々のリポーター分子が周知となっており、その幾つか
については上記した。
【0146】 例えばELISA(酵素結合免疫測定法)、RIA(ラジオイムノアッセイ)並びにFA
CS(蛍光表示式細胞分取器法)を含む、NSYN−1を測定するための種々のプ
ロトコルが当分野では周知であり、これによってNSYN−1発現の変化や異常
を診断するための基礎が得られる。NSYN−1の発現の正常値、つまり標準値
は、哺乳動物、好ましくはヒトの正常な被験者から得られる体液或いは細胞抽出
物とNSYN−1に対する抗体とを、複合体形成に適した条件の下で結合させる
ことによって得ることができる。標準の複合体形成量は、種々の方法、好ましく
は測光手段を用いることにより定量することができる。被験者の、生検組織の患
部組織サンプル及び対照サンプルにおいて発現されたNSYN−1の量を、標準
値と比較する。標準値と被験者の値との偏差から、疾病の診断のためのパラメー
タが確立される。
【0147】 本発明の別の実施例では、NSYN−1をコードするポリヌクレオチドを、診
断目的で用いることができる。使用できるポリヌクレオチドには、オリゴヌクレ
オチド配列、相補的RNA及びDNA分子、及びペプチド核酸(PNA)が含ま
れる。このポリヌクレオチドは、NSYN−1の発現が疾病と関係がある可能性
がある生検組織における遺伝子発現を検出し、定量するために用いられる。診断
アッセイは、NSYN−1が存在する状態か、存在しない状態か、過剰発現して
いる状態の何れの状態にあるかを区別したり、治療上の介入の際にNSYN−1
レベルの調節をモニタリングするのに役立つ。
【0148】 或る実施態様では、NSYN−1または近縁な分子をコードする、ゲノム配列
を含むポリヌクレオチド配列を検出できるPCRプローブとのハイブリダイゼー
ションを利用して、NSYN−1をコードする核酸配列を同定することができる
。そのプローブの特異性、即ちそのプローブが非常に高度に特異的な領域(例え
ば5′調節領域における10個の独特のヌクレオチド)、或いは特異性の度合い
の低い領域(例えば特に3′領域におけるコーディング領域)の何れに由来する
のかということによって、及びハイブリダイゼーション或いは増幅の(高い、中
程度の或いは低い)厳密性によって、そのプローブが自然発生NSYN−1のみ
を同定するものであるか、或いはアレル配列や近縁な配列も同定するものである
かということが決まってくる。
【0149】 プローブは、近縁な配列を検出するためにも用いることができ、好ましくは、
NSYN−1をコードする任意の配列から得られるヌクレオチドを少なくとも5
0%含むべきである。本発明のハイブリダイゼーションプローブは、SEQ I D NO:2のヌクレオチド配列か、自然発生NSYN−1のイントロン、プロ モータ、及びエンハンサーエレメントを含むゲノムの配列に由来するものであり
得る。
【0150】 NSYN−1をコードするDNAに対して特異的なハイブリダイゼーションプ
ローブを作製するための手段には、NSYN−1やNSYN−1誘導体をコード
する核酸配列を、mRNAプローブ生成のためのベクターにクローン化する方法
がある。このようなベクターは周知で市販されており、適切なRNAポリメラー
ゼや適切な標識ヌクレオチドを付加することにより、in vitroでのRNAプロー
ブ合成のために用いることができる。ハイブリダイゼーションプローブは種々の
リポータ分子により標識することができ、この標識には、32Pや35Sのような放
射性核種や、アビジン/ビオチン結合系を介してプローブに結合するアルカリホ
スファターゼのような酵素標識等が含まれる。
【0151】 NSYN−1をコードするポリヌクレオチド配列を、NSYN−1の発現が関
連する状態または疾患の診断のために用いることができる。このような状態また
は疾患の例には、例えば静座不能、アルツハイマー病、健忘症、筋萎縮性側索硬
化症、双極性障害、カタトニー、脳新生物、痴呆、うつ病、ダウン症候群、遅発
性ジスキネジア、ジストニー、てんかん、ハンチントン舞踏病、多発性硬化症、
神経線維腫症、パーキンソン病、妄想性精神病、分裂病、及びトゥーレット症候
群のような神経性疾患;例えば副腎、膀胱、骨、骨髄、脳、乳房、子宮頚、胆嚢
、神経節、胃腸管、心臓、腎臓、肝臓、肺、筋肉、卵巣、膵臓、副甲状腺、陰茎
、前立腺、唾液腺、皮膚、脾臓、精巣、胸腺、甲状腺、及び子宮の癌のような癌
;及び例えばAIDS、アジソン病、成人呼吸窮迫症候群、アレルギー、貧血症
、喘息、アテローム性動脈硬化症、気管支炎、胆嚢炎、クローン病、潰瘍性大腸
炎、アトピー性皮膚炎、皮膚筋炎、糖尿病、肺気腫、結節性紅斑、萎縮性胃炎、
腎炎、痛風、グレーブス病、過好酸球増加症、過敏性腸症候群、エリテマトーデ
ス、多発性硬化症、重症筋無力症、心筋又は心膜の炎症、変形性関節炎、骨粗鬆
症、膵炎、多発筋炎、リウマチ性関節炎、強皮症、シェーグレン症候群、及び自
己免疫性甲状腺炎のような免疫異常症が含まれる。NSYN−1をコードするポ
リヌクレオチド配列を、患者の生検組織や体液を利用する、サザンブロット法或
いはノーザンブロット法、ドットブロット法或いは他の膜ベース技術や、PCR
技術、ディップスティック試験法(試験紙法)、ピン或いはチップ技術及びELIS
Aアッセイまたはマイクロアレイにおいて用いて、NSYN−1発現の変化を検 出することができる。このような定性的或いは定量的試験法は当分野では周知で
ある。
【0152】 特定の実施態様では、種々の癌、特に上述の癌の活性化、つまり誘発を検出す
るアッセイにおいてNSYN−1をコードするヌクレオチド配列を用いることが
できる。NSYN−1をコードするヌクレオチド配列を標準的な方法で標識し、
ハイブリダイゼーション複合体の形成に適した条件の下で患者の体液や組織サン
プルに加え得る。適当なインキュベーション時間の経過後、このサンプルを洗浄
しシグナルを定量して、標準値と比較する。生検サンプルまたは抽出サンプルに
おけるシグナルの量が、比較できる対照サンプルのシグナル量と有意に異なって
いる場合、このヌクレオチド配列はサンプルのヌクレオチド配列とハイブリダイ
ズしており、サンプルのなかのNSYN−1をコードするヌクレオチド配列のレ
ベルの変化が存在することは、関連する疾患の存在を示している。このようなア
ッセイは、動物実験、臨床試験、または個々の患者の治療のモニタリングにおけ
る特定の治療上の処置の有効性を評価するために用いることもできる。
【0153】 NSYN−1の発現に関連する疾病の診断の基礎とするために、正常な、つま
り標準の発現プロフィールを確立する。この標準プロフィールは、動物或いはヒ
ト何れかの正常な被験者から採取された体液或いは細胞の抽出物を、ハイブリダ
イゼーション或いは増幅に適した条件下でNSYN−1をコードする配列又はそ
の断片と結合することにより確立する。標準のハイブリッド形成量は、既知の量
の実質的に精製されたNSYN−1が用いられる実験で得られる値と、正常被験
者で得られる値とを比較することにより定量することができる。正常なサンプル
から得られた標準値は、疾病の症状を呈する患者のサンプルから得られる値と比
較することができる。標準値と被験者値との偏差を用いて疾病の存在を確認する
【0154】 ひとたび疾患が確認され、治療プロトコルが開始されると、このようなアッセ
イを定期的に反復して行い、患者における発現のレベルが正常な患者において観
察されるレベルに近づき始めたか否かを評価することができる。継続的なアッセ
イから得られる結果を用いて、数日間或いは数ヶ月にわたる期間での治療の効果
を知ることができる。
【0155】 癌については、患者の生検組織において転写物が比較的多量に存在することが
、疾病の発生の素因を示し、つまり実際の臨床的症状が現れる前に疾病を検出す
る手段となり得る。このタイプのより確定的な診断により、医療従事者が予防的
処置を講じたり、より早期に積極的な治療を開始し、癌の発生や更なる進行を予
防することが可能となる。
【0156】 NSYN−1をコードする配列から設計されたオリゴヌクレオチドの別の診断
目的の使用法では、PCR法を利用することがある。このようなオリゴマーは化
学的に合成したり、酵素を用いて作製したり、或いはin vitroで作製してもよい
。オリゴマーは、特定の遺伝子或いは状態を識別するために最適な条件下で用い
られる2種のヌクレオチド配列、即ちセンス方向(5′→3′)のヌクレオチド
及びアンチセンス方向(3′←5′)のヌクレオチドからなるのが好ましい。同
一の2種のオリゴマーや入れ子オリゴマーの組、或いはオリゴマーの縮重プール
でも、近縁なDNAまたはRNA配列の検出及び/または定量のため低めの厳密
性条件の下で用いることができる。
【0157】 さらにNSYN−1発現の定量のために用いることができる方法には、放射標
識(radiolabeling)或いはビオチン標識したヌクレオチドの利用、対照の核酸 の同時増幅(coamplification)の利用、並びに実験結果を補完して引かれた標 準のグラフ曲線の利用も含まれる(Melby, P.C.等(1993) J. Immunol. Methods,
159:235-44;Duplaa, C.等(1993) Anal. Biochem. 229-236)。多数のサンプル
の定量は、目的のオリゴマーが様々な希釈溶液中に存在し、分光光度計を用いた
り比色定量により迅速に定量することができるELISA形式でアッセイを行うこと によって一層迅速に実施することができる。
【0158】 別の実施例では、ここに開示する任意のポリヌクレオチド配列に由来するオリ
ゴヌクレオチドを、マイクロアレイにおける標的として用いることができる。マ
イクロアレイを用いることにより、多くの遺伝子の発現レベルを同時にモニタし
(転写物イメージを生成する)、また遺伝子の変異体、変異及び多形性を同定す
ることができる。この情報は、遺伝子の機能の決定や、疾病の遺伝的な基礎の理
解、疾病の診断、及び治療薬の開発やその活性のモニタリングにおいて役立つ(
Heller, R. 等. (1997) Proc. Natl. Acad. Sci. 94:2150-55)。
【0159】 或る実施例では、PCT出願WO95/11995(Chee 等.)、Lockhart, D. J. 等. (1
996; Nat.Biotech. 14: 1675-1680)及びSchena, M. 等. (1996; Proc. Natl.
Acad. Sci. 93: 10614-10619)に記載の方法によりマイクロアレイを準備し、利
用する。上記の文献はここに引用することにより本明細書の一部とする。
【0160】 マイクロアレイは、好ましくは、固体支持体に固定された、通常は合成アンチ
センスオリゴヌクレオチドかcDNAの断片の何れかである、数多くの独特の一
本鎖の核酸配列から構成される。このオリゴヌクレオチドの長さは、好ましくは
6〜60個のヌクレオチドからなる長さ、より好ましくは15〜30個のヌクレ
オチドからなる長さ、最も好ましくは20〜25個のヌクレオチドからなる長さ
である。マイクロアレイの或るタイプでは、7〜10ヌクレオチドの長さしかな
いオリゴヌクレオチドを用いるのが好ましいことがある。マイクロアレイは、既
知の5’又は3’配列をカバーするオリゴヌクレオチド、完全長配列をカバーす
る連続的なオリゴヌクレオチド、又は配列の長さ方向に沿った特定の領域から選
択された独特のオリゴヌクレオチドを含み得る。マイクロアレイにおいて用いら
れるポリヌクレオチドは、少なくとも配列の断片が既知である標的の遺伝子又は
遺伝子群に特異的なオリゴヌクレオチド、或いは特定の細胞の型、発達又は疾病
の状態について共通な1種又は2種以上の未同定cDNAに特異的なオリゴヌク
レオチドであり得る。
【0161】 マイクロアレイで用いる、既知の配列に対するオリゴヌクレオチドを作製する
ために、ヌクレオチド配列の5’またはより好ましくは3’末端から、コンピュ
ータアルゴリズムを用いて目的の遺伝子を調べる。このアルゴリズムでは、その
遺伝子に独特でハイブリダイゼーションに適した範囲内のGC含量を有し、ハイ
ブリダイゼーションを妨げる可能性のある推定上の二次構造の無い、決まった長
さのオリゴマーを同定する。或る場合には、マイクロアレイ上でオリゴヌクレオ
チドのペア(対)を用いるのが適切なことがある。この複数「ペア」は、好まし
くは配列の中央部に位置する一個のヌクレオチドを除いて同一のものである。(
一個のヌクレオチドだけが一致していない)ペアの第2のオリゴヌクレオチドが
対照としての役目を果たす。オリゴヌクレオチドのペアの数は、2ペアから100万
ペアの範囲であり得る。このオリゴマーは、光照射化学プロセスを用いて基板上
の所定の領域において合成される。この基板は、紙、ナイロン、又は他のタイプ
のメンブラン、濾紙、チップ、スライドガラス、又は他の任意の適切な固形支持
体であり得る。
【0162】 別の実施態様では、オリゴマーを、PCT出願WO95/251116 (Baldeschweiler 等
.)に記載のように化学結合プロシージャ及びインクジェット装置を用いること によって基板の表面上で合成することができる。上記PCT出願はここに引用する ことにより本明細書の一部とする。別の実施態様では、ドットブロット(又はス
ロットブロット)に類似した「格子型」アレイを使用し、真空システム、熱、U
V、機械的又は化学的結合プロシージャを利用してcDNA断片又はオリゴヌク
レオチドを基板の表面上に配置し結合することができる。アレイは、手作業で製
作するか、或いは市販の装置(スロットブロット又はドットブロット装置)、材
料(任意の適切な固形支持体)、及び機械(ロボット装置を含む)を用いること
により製作することができ、市販の器具を効果的に使用できる、8、24、96、384
、1536、又は6144のオリゴヌクレオチド、若しくは2から100万の範囲の任意の数
のオリゴヌクレオチドを含み得る。
【0163】 マイクロアレイを用いてサンプル解析を行うために、生物学的サンプルから得
られるRNA又はDNAをハイブリダイゼーションプローブにする。このmRN
Aを単離し、cDNAを作製して、アンチセンスRNA(aRNA)を作るため
の鋳型として用いる。aRNAを蛍光標識したヌクレオチドの存在下で増幅させ
、標識されたプローブをマイクロアレイと共にインキュベートすると、プローブ
配列がマイクロアレイの相補的なオリゴヌクレオチドとハイブリダイズする。イ
ンキュベーション条件は、ハイブリダイゼーションが正確な相補的一致をもって
起こるか、或いは種々のより低いレベルの相補性で起こるように調節する。ハイ
ブリダイズしたプローブを取り除いた後、スキャナーを用いて、蛍光のレベル及
びパターンを決定する。スキャンされたイメージを調べて、マイクロアレイ上の
各オリゴヌクレオチド配列の相補性の程度及び相対的な量を求める。生物学的サ
ンプルは、体液(例えば血液、尿、唾液、痰、胃液等)、培養された細胞、生検
組織、又は他の組織調製物から得ることができる。検出システムを用いることに
より、全ての個別の配列について同時にハイブリダイゼーションの不存在、存在
、及び量を測定することができる。このデータは、サンプルにおける配列、突然
変異、変異体、又は多形体についてのラージスケールの相関性の研究のために用
いることができる。
【0164】 本発明の別の実施例では、NSYN−1をコードする核酸配列を用いて、自然
発生のゲノム配列マッピングのためのハイブリダイゼーションプローブを作り出
すこともできる。この配列を、特定の染色体、染色体の特定の領域、又は人工染
色体作成物にマッピングすることができる。前記人工染色体作製物には、例えば
ヒト人工染色体(HAC)、酵母菌人工染色体(YAC)、細菌人工染色体(B
AC)、細菌性P1作製物又は一本鎖染色体cDNAライブラリーがあり、Pric
e, C.M. (1993) Blood Rev. 7:127-134, 及びTrask, B.J. (1991) Trends Genet
. 7:149-154にその概要が記載されている。
【0165】 蛍光in situハイブリダイゼーション(FISH、Verma等(1988)Human Chromoso mes: A Manual of Basic Technique , Pergamon Press, New York, NY”に記載)
は、他の染色体マッピング技術及び遺伝子地図データと関係を有し得る。遺伝子
地図データの例は、種々の科学誌や、Online Mendelian Inheritance in Man(O
MIM)に見ることができる。物理的染色体地図上でのNSYN−1をコードする 配列の位置と、特定の疾病(または特定の疾病の素因)との相関関係を助けとし
て、ある遺伝病が関係するDNAの領域の限界決定ができる。本発明のヌクレオ
チド配列を用いて、正常者とキャリア、つまり患者との遺伝子配列の違いを検出
することができる。
【0166】 染色体調製物のin situハイブリダイゼーション及び確立された染色体マーカ ーを用いる連鎖解析のような物理的マッピング技術は、遺伝子地図を拡大するた
めに用いることができる。多くの場合、特定のヒト染色体の数或いはアームが未
知であっても、マウスのような別の哺乳動物の染色体上の遺伝子配置から、関連
するマーカーがわかる。新たな配列は、物理的マッピングにより染色体のアーム
、或いはその一部へ割当てることができる。これにより、位置クローニング或い
は他の遺伝子発見技術を用いて疾病遺伝子を調査する研究者に貴重な情報を提供
できる。ひとたび毛細血管拡張性運動失調(AT)のような疾患或いは症候群が、
特定のゲノム領域、例えばATならば11q22-23(Gatti, R.A.等(1988)Nature 33
6:577-580)への遺伝子連鎖によって粗い局所化がなされれば、その領域にマッ ピングされる任意の配列は、さらなる研究のための関連する遺伝子、或いは調節
遺伝子を表し得ることになる。本発明のヌクレオチド配列を、正常者の染色体の
位置と、キャリアつまり患者の、転座、逆位等によって生じた染色体の位置との
違いを検出するために用いることもできる。
【0167】 本発明の別の実施例では、NSYN−1や、その触媒作用性または免疫原性断
片つまりオリゴペプチドを、種々の薬物スクリーニング技術において治療用化合
物のスクリーニングのために用いることができる。そのような試験において用い
られる断片は、溶液に遊離した形態で存在するか、固体支持体へ付着した形態で
存在するか、細胞表面へ付着した形態で存在するか、或いは細胞内に存在するも
のであり得る。NSYN−1と試験対象の薬剤との結合複合体形成を測定するこ
とができる。
【0168】 NSYN−1ポリペプチドへの適切な結合親和性を有する化合物の高スループ
ットスクリーニングのために用いることができる別の薬物スクリーニング技術が
、公開されたPCT出願WO84/03564に詳細に記載されている。この方法をNSYN −1に適用する場合には、多数の異なる小形ペプチドの試験化合物を、プラスチ
ックピン或いは他の表面のような固体基質上で合成する。ポリペプチド試験用化
合物をNSYN−1又はその断片と反応させ、洗浄する。次に結合NSYN−1
を当分野で周知の方法により検出する。また、前述の薬物スクリーニング技術に
おいて使用するために、精製NSYN−1をプレート上に直接コーティングする
こともできる。この他、ペプチドを捕捉して固体支持体上にペプチドを固定する
ために非中和抗体を用いることができる。
【0169】 別の実施例では、NSYN−1に結合し得る中和抗体が、NSYN−1との結
合について試験化合物と特異的に競合する競合的薬物スクリーニングアッセイを
使用することができる。このように、抗体を用いて、1種または2種以上の抗原
決定基をNSYN−1と共有する任意のペプチドの存在を検出することができる
【0170】 更に別の実施例では、NSYN−1をコードするヌクレオチド配列を、現在ま
でに開発されていない技術であって、その新技術が、以下に限らないが、例えば
トリプレット遺伝暗号及び特異的塩基対相互作用のような特性を含む現在周知の
ヌクレオチド配列の特性に基づく技術であれば、そのような分子生物学的技術に
おいても用いることができる。
【0171】 以下に示す本発明の実施例は、単なる例示であって、本発明をこの実施例に限
定しようとするものではない。
【0172】
【実施例】
1 SYNORAT01 cDNAライブラリーの作製 SYNORAT01 cDNAライブラリーを、肘関節リウマチ滑膜から得た全RNAか
ら作製した。リウマチ様滑膜組織は、UC Davis(lot #48)から入手したもので あり、年齢51歳のアジア系女性から採取され冷凍されたものであった。この冷
凍組織を乳鉢と乳棒ですりつぶし、即座にグアニジウムイソチオシアネートを含
むバッファーに溶解した。この溶解産物を、フェノールクロロホルムを用いてp
H8.0で2回抽出し、Beckman L8-70M超遠心機においてB eckman SW28ロータ (Beckman Instruments)を用いて、塩化セシウム密度勾配遠心法により分離し た。0.3Mの酢酸ナトリウムと2.5倍量のエタノールを用いてRNAを沈殿
させ、水に再懸濁した。
【0173】 ライブラリーの作製の前に、RNAを37℃で15分間DNアーゼ処理した。
第1のcDNA鎖の合成は、XhoI制限部位も含むオリゴd(T)プライマー/リ
ンカーを用いて行った。第2鎖の合成は、DNAポリメラーゼI、大腸菌リガー
ゼ、及びRNアーゼHの組み合わせを用いて行い、次に平滑末端化したcDNA
にEcoRIアダプターを付加した。次にEcoRIを付加した二本鎖のcDNAをXhoI制
限酵素で切断し、Sephacryl S400上で分画化して、サイズが100bpを超える
配列を得た。このサイズ選択されたcDNAを、LambdaZap(登録商標)ベクタ ーシステム(Stratagene)に挿入した。pBluescriptTMファージミド(Stratagen
e)を含むこのベクターを、大腸菌株XL-BlueMRFTM(Stratagene)に入れて形質 転換させた。
【0174】 プラスミドにつなぎ込んだ個々のcDNAクローンは、in vino切断プロセス によって得た。pBluescriptと同時形質転換したf1ヘルパーファージの両方に由 来する酵素がDNAに切れ目を入れて新たなDNAの合成を開始させ、cDNA
インサートを含む小形で二本鎖の環状ファージミドDNA分子を作り出した。こ
のファージミドDNAは放出され、これを精製して、新たな宿主細胞(SOLR; St
ratagene)に再感染させるのに用いた。βラクタマーゼを有するファージミドが
存在するため、形質転換した細菌を、アンピシリンを含む培地で増殖させること
ができる。
【0175】 2 cDNAクローンの単離及び配列決定 プラスミドDNAは細胞から放出され、これをMiniprep Kit(Catalog # 7746
8, Advanced Genetic Technologies Corporation, Gaithersburg MD)を用いて 精製した。このキットは96穴ブロックからなり、960回の精製のための試薬
を備えたものである。以下の変更点を除いてその推奨プロトコルを採用した。(
1)96個のウェルのそれぞれには、25mg/Lのカルベニンシン及び0.4
%のグリセロールと共に滅菌Terrific Broth(Catalog# 22711, Gibco/BRL)の 1mlのみを充填した。(2)ウェルへの植菌の後、細菌を24時間培養し、6
0μlの溶解バッファーに溶解した。(3)Beckman GS-6Rを用いて1分当たり 2900回転の回転数で5分間の遠心分離処理を行った後、ブロックの内容物を
一次濾板(primary filter plate)に加えた。(4)イソプロパノールをTRISバ
ッファーに加えるオプションのステップはルーチンで行わなかった。プロトコル
の最終ステップの後、サンプルを保管のためBeckman96穴ブロックに移した。
【0176】 このcDNAの配列決定は、4台のPeltier Thermal Cyclers (MJ Research 社(Watertown, MA)製のPTC200)及びApplied Biosystems 377又は373 DNA Seq
uencing Systems(Perkin Elmer)と組み合わせてHamilton Micro Lab 2200 (H
amilton, Reno, NV)を用いて、Sanger F及びAR Coulsonの方法 (1975; J. Mol.
Biol.94:441f)により行い、読み枠を決定した。
【0177】 3 cDNAクローン及びそれらの類推されるタンパク質の相同性検索 配列表のヌクレオチド配列及び、それらから類推されるアミノ酸配列を問い合
わせ配列として用いて、例えばGenBank、SwissProt、BLOCKS、及びPima IIのよ うなデータベースを検索した。これらのデータベースには既に同定された配列が
注釈付きで含められており、BLAST(Basic Local Alignment Toolを表す)を用 いて相同性(類似性)を有する領域をこのデータベースのなかから検索した(Al
tschul. S.F. (1993) J. Mol. Evol. 36:290-300; Altschulら(1990) J. Mol. B
iol. 215:403-410)。
【0178】 BLASTは、ヌクレオチド及びアミノ酸配列の両方のアライメントを作成して配 列の類似性を決定する。そのアライメントの局所的性質のために、BLASTは厳密 な一致、すなわち原核生物(細菌)や真核生物(動物、菌類、又は植物)を起源
とするホモログを求める際に特に有効である。一次配列パターンや二次構造ギャ
ップペナルティを処理する際には、この引用により本明細書の一部とするSmith
R.F.及びT.F. Smith(1992, Protein Engineering 5:35-51)に記載のもののよ うな他のアルゴリズムを用いることができる。本明細書に開示された配列の長さ
は少なくとも49ヌクレオチドであり、不必要な塩基は12%以下である(ここ
で、NはA、C、G、又はT以外と記録されたものである)。
【0179】 BLAST法は、この引用により本明細書の一部とするKarlin. S.及びS.F. Altsch
ul(1993: Proc. Nat. Acad. Sci. 90:5873-7)に詳細に記載されているように 、問い合わせ配列とデータベースの配列の一致を検索し、発見したあらゆる配列
の一致の統計的有意性を評価して、ユーザが選択した有意性の閾値を満たす一致
のみを報告する。本出願での閾値は、ヌクレオチドで10-25、ペプチドで10- 14 に設定した。
【0180】 インサイト社のヌクレオチド配列を、霊長類(pri)、げっ歯類(rod)、及び
他の哺乳類配列(mam)のGenBankデータベースで検索し、次に同じクローンから
類推されるアミノ酸配列を、GenBankの機能性タンパク質データベース、哺乳動 物(mamp)、脊椎動物(vrtp)、及び真核生物(eukp)で、相同性について検索
した。特定の一致について関連するデータベースは、表1に示すようにGixxx±p
という形式で報告された(ここでxxxはpri; rod等であり、存在の場合はp=ペプ チドである)。
【0181】 4 ノーザン法による解析 ノーザン解析は、遺伝子の転写物の存在を検出するために用いられる実験技術
であり、標識されたヌクレオチド配列と特定の細胞タイプまたは組織に由来する
RNAが結合したメンブランとのハイブリダイゼーションを行う(Sambrook等、
前出)。
【0182】 BLAST(Altschul, S.F. 1993及び1990, 前出)を用いる類似のコンピュータ技
術で、GenBankまたはLIFESEQTMデータベース(Incyte Pharmaceuticals)のよう
なデータベースにおける同一のまたは近縁な分子を検索した。この解析は、多く
の膜ベースのハイブリダイゼーションと比較して極めて短時間で行うことができ
る。更に、コンピュータ検索の感度を変更して、ある一致が正確な一致か、相同
的であるかの分類を決定することができる。
【0183】 検索の基準値は、積スコア(product score)であり、これは以下の式で定義 されるものである。 (配列の一致率(%)×最大BLASTスコア(%))/100 この積スコアは、2つの配列間の類似性の程度、及び配列の長さの一致の双方を
考慮に入れている。例えば、積スコアが40の場合は、一致は誤差が1〜2%の
範囲で正確であり、スコアが70の場合は正確に一致している。相同な分子は、
通常積スコアとして15〜40を示すものを選択することにより同定されるが、
スコアの低いものは近縁関係にある分子として同定される。
【0184】 ノーザン解析の検索の結果は、NSYN−1をコードする転写物が発生するラ
イブラリーのリストとして報告される。配列の存在量(abundance)、及びパー セント存在率(percent abundance)のリストも報告される。存在量は、特定の 転写物の検出回数を直接反映し、パーセント存在率は、存在量をcDNAライブ
ラリー内で検出された配列の総数で除したものである。
【0185】 5 NSYN−1をコードする配列の延長 インサイト社クローンNo. 367401の核酸配列を用いて、部分的ヌクレオチド配
列を完全長まで伸長させるためのオリゴヌクレオチドプライマーを設計した。一
方のプライマーはアンチセンス方向の延長を開始するために合成し、他方のプラ
イマーはセンス方向に配列を延長するために合成した。これらのプライマーを用
いて、既知の配列を「外側に」延長し、対象の領域の新しい未知のヌクレオチド
配列を含むアンプリコンを作り出した。初めのプライマーは、OLIGO 4.06(Nati
onal Biosciences社)或いは他の適切なプログラムを用いて、約22個から約3
0個のヌクレオチドからなる長さで、50%以上のGC含量を有し、かつ約68
〜約72℃の温度で標的配列にアニールするように設計した。ヘアピン構造及び
プライマー−プライマー二量体化を生じるような任意のヌクレオチドのストレッ
チは避けた。
【0186】 選択されたヒトcDNAライブラリー(Gibco/BRL)を用いて配列を延長した 。2段階以上の延長が必要な場合は、既知領域をさらに延長するための別のプラ
イマーの組を設計する。
【0187】 XL-PCRキット(Perkin Elmer)の説明書の指示に従って、酵素と反応混合物と
を徹底的に混合することにより、高い忠実度の増幅がなされる。それぞれ40p
molの各プライマーと、推奨された濃度のキットの他の全ての成分とから増幅
を開始する場合、Peltier Thermal Cycler(PTC200;M.J. Reserch, Watertown
MA)を用いて、以下のパラメータ、即ち ステップ1 94℃で1分間(初期変性) ステップ2 65℃で1分間 ステップ3 68℃で6分間 ステップ4 94℃で15秒間 ステップ5 65℃で1分間 ステップ6 68℃で7分間 ステップ7 ステップ4〜6をさらに15サイクル反復 ステップ8 94℃で15秒間 ステップ9 65℃で1分間 ステップ10 68℃で7分15秒間 ステップ11 ステップ8〜10を12サイクル反復 ステップ12 72℃で8分間 ステップ13 4℃(その温度を保持) でPCRを行った。
【0188】 反応混合物の5〜10μlのアリコットを、低濃度(約0.6〜0.8%)ア
ガロースミニゲル上での電気泳動で解析して、何れの反応物が配列を延長するこ
とに成功したかを決定した。最も大きな生成物或いはバンドを選択して、ゲルか
ら切り出し、QIAQuickTM(QIAGEN Inc., Chatsworth, CA)を用いて精製し、ク レノウ酵素を用いて一本鎖ヌクレオチドの突出を切り取って、再結合及びクロー
ニングを容易にする平滑末端を作った。
【0189】 エタノール沈殿の後、生成物を13μlのライゲーションバッファーに再溶解
し、1μlのT4−DNAリガーゼ(15単位)及び1μlのT4ポリヌクレオ
チドキナーゼを加えて、その混合物を室温で2〜3時間、或いは16℃で終夜イ
ンキュベートした。(40μlの適切な培養液のなかの)コンピテントな大腸菌
細胞を、3μlのライゲーション混合物を用いて形質転換し、80μlのSOC
培養液(Sembrook等、上記)で培養した。37℃で1時間のインキュベーション
の後、全ての形質転換した混合物を、2x Carbを含むLuria Bertani(L B)アガー(Sembrook等、上記)上にプレートした。後日、いくつかのコロニー
を各プレートから無作為に選択し、適切な市販の滅菌した96穴マイクロタイタ
ープレートの各ウェル内に入れられた150μlの液状のLB/2xCarb培
養液で培養した。さらに後日、5μlの各一昼夜の培養物を非滅菌96穴プレー
ト内に移し、水で1:10に希釈した後、それぞれ5μlのサンプルをPCRア
レイに移した。
【0190】 PCR増幅のため、4単位のrTthDNAポリメラーゼを含む18μlの濃
縮PCR反応混合物(3.3x)、ベクタープライマー、並びに延長反応に用い
られる遺伝子特異的プライマーの一方或いは両方を各ウェルに加えた。増幅は以
下の条件、即ち ステップ1 94℃で60秒間 ステップ2 94℃で20秒間 ステップ3 55℃で30秒間 ステップ4 72℃で90秒間 ステップ5 ステップ2〜4をさらに29サイクル反復 ステップ6 72℃で180秒間 ステップ7 4℃(そのまま保持) で行った。
【0191】 PCR反応物のアリコットを、分子量マーカーと共にアガロースゲル上で移動
させた。PCR生成物のサイズを元の部分的なcDNAと比較して、適切なクロ
ーンを選択し、プラスミドに結合して、配列決定を行った。
【0192】 同様に、SEQ ID NO:2のヌクレオチド配列を用いて、上述の手順によ
って5′調節配列、5′延長のために設計されたオリゴヌクレオチド、及び適切
なゲノムライブラリーを得る。
【0193】 6 ハイブリダイゼーションプローブの標識及び使用 SEQ ID NO:2の配列に基づくハイブリダイゼーションプローブを用い
て、cDNA、mRNA並びにゲノムDNAをスクリーニングする。約20塩基
対からなるオリゴヌクレオチドの標識について特に記すが、大きなcDNAフラ
グメントの場合でも概ね同じ手順を用いる。オリゴヌクレオチドをOLIGO4.06(N
ational Bioscience)のような最新式のソフトウェアを用いてデザインし、50
pmolの各オリゴマーと、250μCiの[γ‐32P]アデノシン三リン酸(Am
ersham)及びT4ポリヌクレオチドキナーゼ(DuPont NEN、Boston MA)とを組 み合わせて用いることにより標識する。標識されたオリゴヌクレオチドを、Seph
adex G-25超精細樹脂カラム(Pharmacia & Upjohn)を用いて精製する。毎分1
7カウントの標識されたプローブを含むアリコットを、以下のエンドヌクレア ーゼ(AseI,Bgl II,EcoRI,Pst I,Xba1或いはPvuII;DuPont NEN)の1つを 用いて切断したヒトゲノムDNAの典型的な膜ベースのハイブリダイゼーション
解析において用いる。
【0194】 各切断物からのDNAを、0.7%アガロースゲル上で分画して、ナイロン膜
(Nytran Plus, Schleicher & Schuell, Durham NH)にトランスファーする。ハ
イブリダイゼーションは40℃で16時間かけて行う。非特異的シグナルを取り
除くため、ブロットを、0.1xクエン酸ナトリウム食塩水及び0.5%ドデシ
ル硫酸ナトリウムまでの、段階的に厳密性が増す条件で順次室温にて洗浄する。
XOMAT ARTMフィルム(Kodak, Rochester, NY)を、Phosphoimager cassette(Mo
lecular Dynamics, Sunnyvale, CA)においてブロットに数時間露光した後、ハ イブリダイゼーションパターンを視覚的に比較する。
【0195】 7 マイクロアレイ マイクロアレイ用のオリゴヌクレオチドを作るために、本明細書に記載のヌク
レオチド配列を、ヌクレオチド配列の3’末端からコンピュータアルゴリズムを
用いて調べる。このアルゴリズムは、その遺伝子に独特で、ハイブリダイゼーシ
ョンに適した範囲内のGC含量を有し、且つハイブリダイゼーションを妨げるよ
うな推定される2次構造が存在しない、決まった長さの各オリゴマーを同定する
。このアルゴリズムは、長さ20ヌクレオチドの20個の配列特異的オリゴヌク
レオチド(20量体)を同定する。各配列の中央の1個のヌクレオチドだけが変
化している点を除いて一致しているオリゴヌクレオチドの組を作製する。このプ
ロセスはマイクロアレイにおける各遺伝子について反復され、20個の20量体
の組が二組、光照射化学プロセスを用いてシリコンチップの表面上で合成され配
列される(Chee, M. 等, PCT/WO95/11995、この引用により本明細書の一部とす る)。
【0196】 或いは、化学結合プロシージャ及びインクジェット装置を用いて、基板の表面
上でオリゴマーを合成する(Baldeschweiler, J.D. 等, PCT/WO95/25116、この 引用により本明細書と一体にされたものとする)。更に別の形態では、ドットブ
ロット法(またはスロットブロット法)に類似した「格子型」アレイを用いて、
真空システム、熱、UV、機械的又は化学的結合プロシージャを利用してcDN
A断片又はオリゴヌクレオチドを基板の表面に配置し結合させる。アレイは、手
を用いることにより、又は市販の材料及び機械を用いることによって製造するこ
とができ、8ドット、24ドット、94ドット、384ドット、1536ドット
、又は6144ドットの格子を有し得る。ハイブリダイゼーションの後、マイク
ロアレイを洗浄してハイブリダイズしていないプローブを取り除き、スキャナー
を用いて蛍光のレベル及びパターンを決定する。スキャンされた画像を調べて、
マイクロアレイ上の各オリゴヌクレオチド配列の相補性の程度及び相対的な量を
求める。
【0197】 8 相補的ポリヌクレオチド NSYN−1をコードする配列或いはその任意の一部に対して相補的な配列は
、自然発生のNSYN−1の発現を低下又は阻害するために用られる。約15〜
約30個の塩基対を含むオリゴヌクレオチドの使用について特に記すが、より小
さな或いはより大きな配列フラグメントの場合でも概ね同じ方法を用いることが
できる。Oligo4.06ソフトウェア及びNSYN−1のコーディング配列(SEQ
ID NO:1)を用いて、適切なオリゴヌクレオチドを設計することができる 。転写を阻害するためには、最も独特な5′配列から相補的なオリゴヌクレオチ
ドを設計し、これを用いてプロモーターがコーディング配列に結合するのを阻害
する。翻訳を阻害するためには、相補的なオリゴヌクレオチドを設計して、リボ
ソームがNSYN−1をコードする転写物に結合するのを阻害する。
【0198】 9 NSYN−1の発現 NSYN−1の発現は、cDNAを適切なベクター内にサブクローニングし、
そのベクターを宿主細胞にトランスフェクトすることによって達成される。この
場合、大腸菌においてNSYN−1を発現させるためにクローニングベクターも
用いられる。クローニング部位の上流には、β−ガラクトシダーゼに対するプロ
モーターが存在し、その後ろにはアミノ末端Met及びβ−ガラクトシダーゼの7 残基を含む配列が存在する。後続のこれら8つの残基は、転写に役立つバクテリ
オファージプロモーターであり、多くの独特の制限部位を含むリンカーである。
【0199】 単離されたトランスフェクト菌株を、IPTGを用いて標準的な方法で誘導し
、初めのβガラクトシダーゼの7残基、約5〜15残基のリンカー、及び完全長
タンパク質からなる融合タンパク質を作り出す。このシグナル配列が細菌増殖培
地へのNSYN−1の分泌を誘導し、この培地を以下に記載の活性のアッセイに
おいて直接用いることができる。
【0200】 10 NSYN−1活性の確認 NSYN−1の活性を、フルオレセインを結合したSrc SH 3ドメインと結合させることにより実証する(Hongtao他、前出)。標準的な9 −フルオレニルメトキシカルボニル(Fmoc)法のケミストリ技術を用いて、
NSYN−1をポリジメチルアクリルアミド樹脂ビーズに結合した。ビーズに結
合したNSYN−1を、1%のウシ血清アルブミン及びフルオレセインを結合し
たSrc SH3(30mM)を含む適切なバッファーにおいてインキュベート
する。インキュベーションの後、このビーズを数回洗浄し、蛍光顕微鏡により結
合したSH3の量を求めた。このアッセイにおいて、回収されたSH3の量はN
SYN−1の活性に比例する。
【0201】 11 NSYN−1特異的抗体の産生 標準的なプロトコルを用いたウサギの免疫化及び抗体の産生には、PAGE電
気泳動法(Sambrook前出)または他の精製技術を用いて実質的に精製されたNS
YN−1を用いる。SEQ ID NO:2から類推されるアミノ酸配列をDNASta
rソフトウエア(DNASTAR社)を用いて解析して免疫原性の高い領域を決定し、対
応するオリゴペプチドを当業者には周知の手段により合成して、当業者に周知の
方法で抗体を産生するために用いる。C末端付近の、或いは隣接する親水性領域
内のエピトープのような、適切なエピトープの選択については、Ausubel等(前 出)の論文他に記載されている。
【0202】 通常、約15残基の長さを有するオリゴペプチドを、Applied Biosystemsのペ
プチドシンセサイザModel 431Aを用いてfmoc法のケミストリにより合成し、
N−マレイミドベンゾイル−N−ヒドロキシスクシンイミドエステル(MBS:
Ausubel等、前出)を用いた反応によりキーホールリンペットヘモシニアン(K LH、Sigma, St. Louis, MO)に結合する。フロイントの完全アジュバントにお
いてオリゴペプチド−KLH複合体を用いてウサギを免疫化する。得られた抗血
清の抗ペプチド活性を検査するには、例えばペプチドをプラスチックに結合し、
1%BSAを用いてブロックし、ウサギ抗血清と反応させて洗浄し、さらに放射
性ヨウ素標識されたヤギ抗ウサギIgGと反応させる。
【0203】 12 特異的抗体を用いる自然発生NSYN−1の精製 自然発生NSYN−1或いは組換えNSYN−1は、NSYN−1に特異的な
抗体を用いるイムノアフィニティークロマトグラフィにより実質的に精製するこ
とができる。イムノアフィニティーカラムは、CnBr-activated Sepharose(Phar
macia Biotech社)のような活性化クロマトグラフィ用レジンとNSYN−1抗 体とを共有結合させることにより構築される。結合後、そのレジンを使用説明書
の指示に従って、ブロックし洗浄する。
【0204】 NSYN−1を含む培養液をイムノアフィニティーカラムに通し、そのカラム
をNSYN−1を優先的に吸着できる条件下で(例えば界面活性剤の存在下にお
いて高イオン強度のバッファーで)洗浄する。このカラムを、抗体/NSYN−
1結合を切るような条件下(例えばpH2−3のバッファー、或いは高濃度の尿
素またはチオシアン酸塩イオンのようなカオトロピックイオン)で溶出させ、N
SYN−1を回収する。
【0205】 13 NSYN−1と相互作用する分子の同定 NSYN−1又は生物学的に活性なその断片を、125Iボルトンハンター試薬 (Bolton他 (1973) Biochem. J. 133:529)で標識する。マルチウェルプレート に予め配列しておいた候補の分子を、標識したNSYN−1とともにインキュベ
ートし、洗浄して、標識したNSYN−1複合体を有するウェルをアッセイする
。異なる濃度のNSYN−1を用いて得られたデータを用いて、候補の分子とN
SYN−1の会合、親和性、数の数値を計算する。
【0206】 上記のすべての刊行物及び特許明細書は、引用により本明細書の一部とする。
当業者は、本発明の範囲及び精神から逸脱することなく本発明の記載した方法及
びシステムの種々の改変を行うことができるであろう。本発明は特に好適な実施
例に関連して記載されているが、本発明の請求の範囲は、そのような特定の実施
例に不当に制限されるべきではないことを理解されたい。実際には、本発明を実
施するために記載された方法の種々の改変は、分子生物学或いは関連する分野の
専門家には明らかなように、特許請求の範囲に含まれるものである。
【配列表】
【図面の簡単な説明】
【図1A】 NSYN−1のアミノ酸配列(SEQ ID NO:1)及び核酸配列(SEQ
ID NO:2)を示す図である。配列アライメントは、MacDNASIS PROTMソフ トウェア(Hitachi Software Engineering Co., Ltd., San Bruno, CA)を用い て作成した。
【図1B】 NSYN−1のアミノ酸配列(SEQ ID NO:1)及び核酸配列(SEQ
ID NO:2)を示す図である。配列アライメントは、MacDNASIS PROTMソフ トウェア(Hitachi Software Engineering Co., Ltd., San Bruno, CA)を用い て作成した。
【図1C】 NSYN−1のアミノ酸配列(SEQ ID NO:1)及び核酸配列(SEQ
ID NO:2)を示す図である。配列アライメントは、MacDNASIS PROTMソフ トウェア(Hitachi Software Engineering Co., Ltd., San Bruno, CA)を用い て作成した。
【図1D】 NSYN−1のアミノ酸配列(SEQ ID NO:1)及び核酸配列(SEQ
ID NO:2)を示す図である。配列アライメントは、MacDNASIS PROTMソフ トウェア(Hitachi Software Engineering Co., Ltd., San Bruno, CA)を用い て作成した。
【図1E】 NSYN−1のアミノ酸配列(SEQ ID NO:1)及び核酸配列(SEQ
ID NO:2)を示す図である。配列アライメントは、MacDNASIS PROTMソフ トウェア(Hitachi Software Engineering Co., Ltd., San Bruno, CA)を用い て作成した。
【図2】 NSYN−1(SEQ ID NO:1)とラット由来の28kDaのシナプト
ジャニンアイソフォーム(GI 1166576;SEQ ID NO:3)との間のアミノ
酸配列アライメントを示す図である。この配列アライメントは、DNASTARTMソフ トウェア(DNASTAR Inc, Madison WI)のマルチシーケンスアライメントプログ ラムを用いて作成した。
【図3A】 NSYN−1(SEQ ID NO:1)の疎水性プロットを示す図である。X
軸は正の方向にアミノ酸の位置を表し、Y軸は負の方向に疎水性のレベルを表す
(MacDNASIS PROソフトウェアを用いて作成)。
【図3B】 ラットの28kDa Syn(SEQ ID NO:3)の疎水性プロットを示
す図である。X軸は正の方向にアミノ酸の位置を表し、Y軸は負の方向に疎水性
のレベルを表す(MacDNASIS PROソフトウェアを用いて作成)。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 FI テーマコート゛(参考) A61P 37/00 C07K 16/18 4H045 C07K 14/47 C12N 1/15 16/18 1/19 C12N 1/15 1/21 1/19 C12P 21/02 C 1/21 C12Q 1/68 A 5/10 A61K 48/00 C12P 21/02 C12P 21/08 C12Q 1/68 C12N 15/00 ZNAA // A61K 48/00 A61K 37/54 C12P 21/08 C12N 5/00 A (81)指定国 EP(AT,BE,CH,CY, DE,DK,ES,FI,FR,GB,GR,IE,I T,LU,MC,NL,PT,SE),OA(BF,BJ ,CF,CG,CI,CM,GA,GN,GW,ML, MR,NE,SN,TD,TG),AP(GH,GM,K E,LS,MW,SD,SZ,UG,ZW),EA(AM ,AZ,BY,KG,KZ,MD,RU,TJ,TM) ,AL,AM,AT,AU,AZ,BA,BB,BG, BR,BY,CA,CH,CN,CU,CZ,DE,D K,EE,ES,FI,GB,GE,GH,GM,HR ,HU,ID,IL,IS,JP,KE,KG,KP, KR,KZ,LC,LK,LR,LS,LT,LU,L V,MD,MG,MK,MN,MW,MX,NO,NZ ,PL,PT,RO,RU,SD,SE,SG,SI, SK,SL,TJ,TM,TR,TT,UA,UG,U S,UZ,VN,YU,ZW Fターム(参考) 4B024 AA01 AA12 BA21 BA80 CA04 DA06 EA04 GA11 GA19 HA12 4B063 QA01 QA18 QQ02 QQ03 QQ42 QQ52 QR56 QR62 QS03 QS25 QS34 QX02 4B064 AG01 AG27 CA02 CA19 CC24 DA01 DA05 DA13 DA14 4B065 AA26X AA93Y AB01 AC14 BA25 CA24 CA44 CA46 4C084 AA02 AA06 AA07 AA13 AA17 BA01 BA08 BA22 CA53 DC22 MA17 MA23 MA28 MA35 MA37 MA52 MA56 MA59 MA60 MA63 MA66 ZA012 ZB072 ZB262 4H045 AA11 AA20 AA30 CA40 DA01 DA76 EA28 EA51 FA72 FA74

Claims (20)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 SEQ ID NO:1のアミノ酸配列またはその断片を含
    む実質的に精製されたシナプトジャニンアイソフォーム。
  2. 【請求項2】 SEQ ID NO:1の配列と少なくとも90%のアミノ
    酸配列同一性を有し、シナプトジャニンアイソフォームの少なくとも1つの機能
    的特徴を保持している、実質的に精製されたシナプトジャニンアイソフォームの
    変異体。
  3. 【請求項3】 請求項1のシナプトジャニンアイソフォームをコードする
    単離され精製されたポリヌクレオチド配列または前記ポリヌクレオチド配列の断
    片若しくは変異配列。
  4. 【請求項4】 請求項3のポリヌクレオチド配列を含む組成物。
  5. 【請求項5】 請求項3のポリヌクレオチド配列とハイブリダイズするポ
    リヌクレオチド配列。
  6. 【請求項6】 請求項3のポリヌクレオチド配列またはその断片若しくは
    変異配列に相補的なポリヌクレオチド配列。
  7. 【請求項7】 SEQ ID NO:2の配列またはその断片若しくは変異
    配列を含む単離され精製されたポリヌクレオチド配列。
  8. 【請求項8】 請求項7のポリヌクレオチド配列に相補的なポリヌクレオ
    チド配列。
  9. 【請求項9】 請求項3のポリヌクレオチド配列の少なくとも断片を含む
    発現ベクター。
  10. 【請求項10】 請求項9のベクターを含む宿主細胞。
  11. 【請求項11】 SEQ ID NO:1のアミノ酸配列を含むポリペプチ
    ドまたはその断片の製造方法であって、 (a)前記ポリペプチドの発現に適した条件の下で請求項10の宿主細胞を培
    養する過程と、 (b)前記宿主細胞の培地から前記ポリペプチドを回収する過程とを含むこと
    を特徴とするSEQ ID NO:1のアミノ酸配列を含むポリペプチドまたはそ
    の断片の製造方法。
  12. 【請求項12】 SEQ ID NO:1のアミノ酸配列を有する実質的に
    精製されたシナプトジャニンアイソフォームを、適切な医薬用担体と共に含む医
    薬品組成物。
  13. 【請求項13】 請求項1のポリペプチドに特異的に結合する精製された
    抗体。
  14. 【請求項14】 請求項1のポリペプチドの精製されたアゴニスト。
  15. 【請求項15】 請求項1のポリペプチドの精製されたアンタゴニスト。
  16. 【請求項16】 神経性疾患の治療方法であって、 そのような治療が必要な患者に、請求項12の医薬品組成物を有効な量投与す
    る過程を含む神経性疾患の治療方法。
  17. 【請求項17】 癌の治療方法であって、 そのような治療が必要な患者に、請求項15の精製されたアンタゴニストを有
    効な量投与する過程を含む癌の治療方法。
  18. 【請求項18】 免疫異常症の治療方法であって、 そのような治療が必要な患者に、請求項15の精製されたアンタゴニストを有
    効な量投与する過程を含む免疫異常症の治療方法。
  19. 【請求項19】 生物学的サンプルにおけるシナプトジャニンアイソフォ
    ームをコードするポリヌクレオチドの検出方法であって、 (a)請求項6のポリヌクレオチドと生物学的サンプルの核酸材料とをハイブ
    リダイズさせ、ハイブリダイゼーション複合体を形成する過程と、 (b)前記ハイブリダイゼーション複合体を検出する過程であって、前記複合
    体の存在が、前記生物学的サンプルにおけるシナプトジャニンアイソフォームを
    コードするポリヌクレオチドの存在と相関性を有する、該過程とを含むことを特
    徴とする生物学的サンプルにおけるシナプトジャニンアイソフォームをコードす
    るポリヌクレオチドの検出方法。
  20. 【請求項20】 ハイブリダイゼーションの前に、前記核酸材料をポリメ
    ラーゼ連鎖反応法により増幅することを特徴とする請求項19に記載の方法。
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