JP2001505774A - 植物に耐病性を付与するためのnim1遺伝子の使用方法 - Google Patents

植物に耐病性を付与するためのnim1遺伝子の使用方法

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Abstract

(57)【要約】 本発明は、SAR経路のキー成分であり、そして化学的及び生物学的インジューサーに関して、植物においてSAR遺伝子発現及び広範囲の耐病性の誘発を可能にする遺伝子(NIM1と命名される)の位置及び特徴化に関する。そのNIM1遺伝子生成物は哺乳類シグナル伝達因子IκBサブクラスαの構造的相同体である。本発明は全身性後天性(SAR)シグナル伝達経路の優性−陰性レギュレーターとして作用するNIM1の変更されたNIM1を供給するためにこの発見を活用する。NIM1のこの変更された形は、NIM1の変更された形により形質転換された植物においてnim1変異体として反対の表現型を付与し、すなわちトランスジェニック植物は構成的なSAR遺伝子発現及び構成的免疫性(CIM)表現型を示す。本発明はさらに、植物においてNIM1遺伝子を過剰発現するための形質転換ベクタ一及び工程にも関する。このようにして創造されたトランスジェニック植物は広範囲の耐病性を有する。本発明はさらに、NIM1遺伝子の変更された形をコードするDNA分子、そのようなDNA分子を含む発現ベクター、及びそれにより形質転換された植物及び植物細胞にも関する。本発明はさらに、形質転換ベクター、及び植物においてNIM1遺伝子を過剰発現するための方法に関する。植物においてNIM1遺伝子の過剰発現を生成するためのベクター及び方法が開示される。本発明はまた、NIM1遺伝子生成物の変更された形をコードするDNA分子により前記植物を形質転換することによって、植物においてSARを活性化し、そして植物にCIM表現型及び広い範囲の耐病性を付与することを含んで成る。

Description

【発明の詳細な説明】 植物に耐病性を付与するためのNIM1遺伝子の使用方法 本発明は、一般的に、植物における広範囲の耐病性、たとえば全身性後天性耐 性(Systemic Acquired Resistance;SAR)の現象に関する。より詳しくは、本発 明は、広範囲の耐病性を有するトランスジェニック植物を創成するためにSARに 導びくシグナル伝達カスケード(Signal Transduction Cuscade)に包含されるNIM 1遺伝子の野生型及び変更された形の組換え発現に関する。本発明はさらに、広 範囲の耐病性を有するトランスジェニック植物におけるクローン化されたNIM1 遺伝子の高レベル発現にも関する。 植物は、広範囲の種類の病原性生物、たとえばウィルス、細菌、真菌類及び線 中類により、絶えず攻撃されている。収穫植物は、遺伝的に均等な単一培養物と して通常成長せしめられるので、特に攻撃されやすく;疾病が攻撃する場合、損 失が深刻となる。しかしながら、ほとんどの植物は、病原性生物に対する防御の ためのそれら自体の先天的な機構を有する。植物病原体に対する耐性についての 天然の変動性が、植物育種家及び病理学者により同定されており、そして多くの 収穫物植物中に産み出されている。それらの耐病性遺伝子は、しばしば、病原体 に対して高レベルの耐性又は免疫性を提供する。 全身性後天性耐性(SAR)は、病原体からそれら自体を防御するために使用され る複雑系植物の1つの成分である(Hunt and Ryals,Crit.Rev.in Plant Sci .15,583-606(1996);Ryalsなど.,Plant Cell 8,1809-1819(1996);アメリカ 特許第5,614,395号を参照のこと;それらは完全に引用により本明細書に組込ま れる)。 SARは、広範囲の感染物、たとえばウィルス、細菌及び真菌類に対しての病原体 誘発性全身性耐性であるので、植物−病原体応答の特に重要な観点である。SAR シグナル伝達経路がブロックされる場合、植物は、通常、疾病を引き起こす病原 体に対してより敏感になり、そしてそれらはまた、通常疾病を引き起こさないい くつかの感染物に対しても敏感になる(Gaffneyなど.,Science 261,754-756(1 993);Delaneyなど.,Science 266,1247-1250(1994);Delaneyなど.,Proc.Na tl.Acad.Sci.USA92,6602-6606(1995);Delaney,Plant Phys.113,5-12(19 97);Biなど.,Plant J.8,235-245(1995);Mauch-Mani and Slusarenko,Pla nt Cell 8,203-212(1996);それらは、完全に引用により本明細書に組込まれる )。それらの観察は、SARシグナル伝達経路が植物健康の維持のために決定的で あることを示唆する。 概念的には、SAR応答は、2つの局面に分けられ得る。開始局面においては、 病原体感染が認識され、そして遠隔の組織に篩部放射組織を通して移動するシグ ナルが放出される。この全身性シグナルは、SAR遺伝子及び疾病耐性の両者の発 現により反応する標的細胞により受けとめられる。SARの維持局面は数週間〜植 物の全生命の期間を意味し、この間、植物は凝似定常状態(quasi steady state )で存在し、そして耐病性が維持される(Ryalsなど.,1996)。 サリチル酸(SA)蓄積がSARシグナル伝達のために必要とされると思われる。 特定の阻害物質による処理、フェニルアラニンアンモニアーリアーゼの後成的な 抑制、又はSAを特異的に分解するサリチル酸ヒドロキシラーゼのトランスジェニ ック発現のためにSAを蓄積することができない植物はまた、SAR遺伝子発現又は 耐病性のいづれかを誘発することができない(Gaffneyなど.,1993;Delaneyな ど.,1994;Mauch-Mani and Slusarenko 1996;Maherなど.,P roc.Natl.Acad.Sci.USA 91,7802-7806(1994);Pallasなど.,Plant J.10 ,281-293(1996);それらは完全に、引用により本明細書中に組込まれる)。SA は全身性シグナルとして作用することが示されているが、これは現在、論争上で あり、そして今日まで、確かに知られていることは、SAが蓄積できない場合、SA Rシグナル伝達がブロックされることである(Pallasなど.,1996;Shalaevなど. ,1995 Plant Cell 7,1691-1701(1995);Vernooijなど.,Plant Cell 6,959-9 65(1994);それらは完全に、引用により本明細書中に組込まれる。 最近、アラビドプシス(Arabidopsis)がSARを研究するためのモデル系として明 らかになっている(Uknesなど.,Plant Cell 4,645-656(1992);Uknesなど.,M ol.Plant-Microbe Interact.6,692-698(1993);Cameronなど.,Plant J.5, 715-725(1994);Mauch Mani and Slusarenko,Mol.Plant-Microbe Interact .7,378-383(1994);Dempsey and Klessig,Bulletin de L'Institut Pasteur 93,167-186(1995);それらは完全に、引用により本明細書中に組込まれる)。S ARは病原体及び化学物質、たとえば2,6−ジクロロイソニコチン酸(INA)及び ベンゾ(1,2,3)チアジアゾール−7−チオカルボン酸S−メチルエステル (BTH)によりアラビドプシスにおいて活性化され得ることが示されている(UkneS など.,1992;Vernooijなど.,Mol.Plant-Microbe Interact.8,228-234(1995 );Lawtonなど.,Plant J.10,71-82(1996);それらは全体的に、引用により本 明細書中に組込まれる。INAもしくはBTHのいづれかによる処理、又は病原体感染 に続いて、少なくとも3種の病因−関連(Pathogenesis-Relaled;PR)タンパク 質遺伝子、すなわちPR−1,PR−2及びPR−5が耐性の開始と同時に、調和して 誘発される(Uknesなど.,1992,1993)。タバコ、すなわ ち最もよく特徴づけられた種においては、病原体又は免疫化化合物による処理が 少なくとも9組の遺伝子の発現を誘発する(Wardなど.,Plant Cell 3,1085-10 94(1991);これは全体的に、引用により本明細書中に組込まれる)。種々のSAR 遺伝子により植物を形質転換することによって、耐病性トランスジェニック植物 が創成されて来た(アメリカ特許第5,614,395号)。 SARシグナル伝達を修飾している多くのアラビドプシスの変異体が単離されて いる(Delaney,1997)。それらの変異体の最初のものは、いわゆる1sd(lesions s imulating diseases)(疾患模倣損傷)変異体及びacd2(accelerated cell death) (促進された細胞死)である(Dietrichなど.,Cell 77,551-563(1994);Greenbe rgなど.,Cell 77,551-563(1994);それらは全体的に、引用により本明細書中 に組込まれる)。それらの変異体はすべて、それらの葉上にいくらかの程度の自 発的壊死性病変、SAのレベルの上昇、SAR遺伝子のためのmRNA蓄積、及び耐病性 の有意な増強を有する。少なくとも7種の異なった1sd変異体が単離され、そし て特徴づけられている(Dietrichなど.,1994;Weymannなど.,Plant Cell 7,2 013-2022(1995);それらは全体的に引用により本明細書中に組込まれる)。もう 1つの興味ある種類の変異体は、cim(constitutive immunity)(構成的免疫性)変 異体である(Lawtonなど.,1993“The molecular biology of systemic acquire d resistance”in Mechanisms of Defence Responses in Plants,B.Fritig an d M.Legrant,eds(Dordrecht,The Netherlands:Kluwer Academic Publishers ),pp.422-432(1993);それは全体的に引用により本明細書中に組込まれる)。 また、PCT国際特許出願WO94/16077号(引用により本明細書中に組込まれる)も 参照のこと。1sd変異体及びacd2のように、cim変異体は高められたSA及びSAR遺 伝子発現及び 耐性を有するが、しかし1sd又はacd2に比較して、それらの葉上に検出できる損 傷を示さない。cpr1(PR遺伝子の構成的発現体)はcim変異体型であるが;しか しながら、cpr1の葉上の顕微鏡的な損傷の存在が除外されていないので、cpr1 は1sd変異体型であり得る(Bowlingなど.,Plant Cell 6,1845-1857(1994);引 用により本明細書中に組込まれる)。 SARシグナル伝達がブロックされている変異体もまた単離されている。ndr1( 非品種特異的耐病性)は、種々の無毒性遺伝子含有プソイドモナス・シリンガエ (Pseudomonas syringae)及びペロノスポラ・パラシチカ(Peronospora parasi tica)の通常無毒性の単離物の両者の増殖を可能にする変異体である(Century など.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 92,6597-6601(1995);引用により本明細 書中に組込まれる)。明らかに、この変異体では、SARシグナル伝達がブロック されている。npr1(PR遺伝子の非発現体)は、INA処理に続いて、SARシグナル 化経路の発現を誘発できない変異体である(Caoなど.,Plant Cell 6,1583-159 2(1994);引用により本明細書中に組込まれる)。eds(増強された疾病敏感性)変 異体が、低細菌濃縮物の接種に続いて細菌感染を維持するそれらの能力に基づい て単離されている(Glazebrookなど.,Genetics 143,973-982(1996);Parkerな ど.,Plant Cell 8,2033-2046(1996);それらは引用により本明細書中に組込ま れる)。一定のeds変異体は、npr1と表現型的に非常に類似し、そして最近、ed s5及びeds53はnpr1に対して対立遺伝子的であることが示されている(Glazebro okなど.,1996)。nim1(非誘発性免疫性)は、INA処理に続いてP.パラシチカ (すなわち、べと病の原因物質)を維持する変異体である(Delaneyなど.,1995 ;PCT国際特許出願WO94/16077)。nim1遺伝子は病原体感染に続いてSAを蓄積で きるけれども 、それはSAR遺伝子発現又は耐病性を誘発することができず、このことは、その 突然変異がSAの下流の経路をブロックすることを示唆する。nim1はまた、INA又 はBTHに対して応答するその能力を低められ、このことは、そのブロックがそれ らの化学物質の作用の下流に存在することを示唆する(Dalaneyなど.,1995;Law tonなど.,1996)。 最近、2種の対立遺伝子アラビドプシス遺伝子が単離され、そして特徴づけら れ、それらの変異体は、それぞれnim1及びnpr1表現型を担当できる(Ryalsな ど.,Plant Cell 9,425-439(1997);Caoなど.,Cell 88,57-63(1997);それ らは引用により本明細書に組込まれる)。野生型NIM1遺伝子生成物は、アラビ ドプシスにおいてSAR及び遺伝子−対−遺伝子耐病性の両者を導びくシグナル伝 達カスケードに包含される(Ryalsなど.,1997)。Ryalsなど.,(1997)はまた、化 学的に誘発されたPR−1遺伝子発現及び菌類耐性において、弱く損なわれたもの 〜非常に強くブロックされた広範囲の表現型を示す、nim1の5種の追加の対立 遺伝子の単離を報告する。npr1変異体への野生型NPR1位の形質転換は、突然変 異を補完してPR−遺伝子発現及び耐病性に関するSAR誘導の応答を回復するのみ ならず、またSAR誘導の存在下でP.シリンガエによる感染に対してトランスジ ェニック植物をより耐性にした(Caoなど.,1997)。 NF−κB/IκBシグナル伝達経路 NF−κB/IκBシグナル経路は、ドロソフィラ(ショウジョウバエ)〜哺乳 類の広範囲の生物における耐病性応答に関係している。哺乳類において、NF−κ B/IκBシグナル伝達は、リポ多糖、腫瘍壊死因子、インターロイキン1(IL −1)、又はウィルス感染への細胞の暴露を包含する多くの異なった刺激により 誘導され得る (Baeuerle and Baltimore,Cell 87,13-20(1996);Baldwin,Annu.Rev.Immun ol.14,649-681(1996))。活性化された経路は、炎症及び免疫応答に関与する多 くの因子、たとえばIL−2,IL−6,IL−8及び顆粒球/マクロファージコロニ ー刺激因子の合成を導びく(deMartinなど.,Geme 152,253-255(1995))。トラン スジェニックマウス研究においては、NF−κB/IκBシグナル伝達のノックア ウトが、細菌及びウィルス病原体に対する増強された感受性を包含する防御免疫 応答を導びく(Beg and Baltiomre,Science 274,782-784(1996);Van Antwerp など.,Science 274,787-789(1996);Wangなど.,Science 274,784-787(1996) ;Baeuerle and Baltimore(1996))。アラビドプシスにおいては、SAR活性化が 増強された耐病性を導びくのに続いて通常の耐性過程が増強されることにおいて 、SARは炎症に対して機能的に類似する(Biなど.,1995;Caoなど.,1994;Delan eyなど.,1995;Delaneyなど.,1994;Gaffneyなど.,1993;Mauch-Mani and Sl usarenko,1996;Delaney,1997)。さらに、前記経路の不活性化は、細菌、ウィ ルス、及び真菌類病原体に対する増強された感受性を導びく。興味あることには 、SAは哺乳類細胞においてNF−κB活性化をブロックすることが報告されている が(Kopp and Ghosh,Science 265,956-959(1994)),SAはアラビドプシスにおい てシグナル伝達を活性化する。ショウジョウバエの細菌感染は、シグナル伝達カ スケードを活性化して多くの抗菌タンパク質、たとえばセルクロピンB、デフェ ンシン、ジプテリシン及びドロソマイシンの合成を導びく(Ipなど.,Cell 75, 753-763(1993);Lemaitreなど.,Cell 86,973-983(1996))。この誘導は、ハエ において、dorsal及びdif、すなわちNF−κB相同体の遺伝子生成物に依存し、 そしてcactus、すなわちIκB相同体により抑制される。抗真菌及び抗細菌タン パク 質の合成を低めた変異体は、感染に対する耐性を劇的に低めた。 多くの研究、及び精巧且つ集中的な収穫物−保護、たとえば植物の遺伝子形質 転換の使用にもかかわらず、疾病による損失は毎年、相変わらず多額のままであ る。従って、植物における耐病性のための遺伝的基礎の永続的に高まる理解に基 づいて新規の収穫物保護基準を開発する連続した必要性が存在する。 次の定義は、本発明の理解を助けるであろう。 植物細胞:プロトプラスト及び細胞壁から成る、植物の構造的及び生理学的単 位。用語“植物細胞”とは、植物の一部又は植物に由来する部分のいづれかであ るいづれかの細胞を意味する。細胞のいくつかの例は、生存植物の一部である分 化された細胞;培養物における分化された細胞;培養物における未分化細胞;未 分化組織、たとえばカルス又は腫瘍の細胞;種子、胚、胎芽及び花粉の分化され た細胞を包含する。 植物組織:構造的及び機能的単位に構成される植物細胞のグループ。プランタ ー又は培養物中の植物のいづれかの組織。この用語は、完全な植物、植物器官、 植物種子、組織培養物、及び構造的及び/又は機能的単位に構成される植物細胞 のいづれかのグループを包含するが、但しそれらだけには限定されない。上記に 列挙されるような、又は他方では、この定義により包含される、いづれかの特定 タイプの植物組織と共、又は不在下でのこの用語の使用は、いづれかの他のタイ プの植物組織を排除することを意図しない。 プロトプラスト:細胞壁を有さない植物細胞。 子孫植物:子孫植物(但しこれだけには限定されない)を包含する、有性生殖 的に又は無性生殖的に誘導された後世代植物。 トランスジェニック植物:そのゲノムに安定して組込まれた組換えDNAを有す る植物。組換えDNA:異なった源からのDNAセグメントを連結することによって形成され 、そして組換えDNA技法を用いて生成されたいづれかのDNA分子。 組換えDNA技法:組換えDNAをインビトロで生成し、そして発現され又は増殖さ れ得る組換えDNAを細胞中に移送する技法(Concise Dictionary of Biomedicine and Molecular Biology,Ed.Juo,CRC Press,Boca Raton(1996)を参照のこと )。たとえばこれは、種々の形、たとえば(1)環状、線状又は超らせん形での 裸のDNA、(2)ヌクレオソームもしくは染色体、又は核もしくはそれらの一部 に含まれるDNA、(3)他の分子と共に複合体化された又は会合したDNA、(4) リポソーム、スフェロプラスト、細胞又はプロトプラストに封入されたDNA、又 は(5)宿主生物以外の生物(たとえばアグロバクテリウム・ツメフィアシエン ス(Agrobacterium tumefiaciens)から移送されたDNAの形でのプロトプラスト 又は細胞中へのDNAの移送を包含する。細胞中に組換えDNAを導入するそれらの及 び他の種々の方法は、当業界において知られており、そして本発明のトランスジ ェニック細胞又はトランスジェニック植物を生成するために使用され得る。 組換えDNA技法はまた、単子葉植物においてペルオキシダーゼ活性を高めるこ とに適用され得る、Trecoなど.,WO94/12650及びTrecoなど.,WO95/31560に記載 される相同組換え法を包含する。特に、調節領域(たとえばプロモーター)は、 内因性ペルオキシダーゼの発現を高めるために植物ゲノム中に導入され得る。 選択された発現シグナルを欠いているペルオキシダーゼコート配列の単子葉植 物中への挿入、及び単子葉植物における内因性制御配列によるペルオキシダーゼ の高められた発現についてのトランスジェニック単子葉植物のアッセイがまた、 組換えDNA技法として包含 される。これは、植物内のペルオキシダーゼコード配列のコピー数の上昇をもた らす。 Ro植物のゲノム中への組換えDNAの初期挿入は、従来の植物育種方法によって よりも、むしろ本明細書に記載されるような技術的方法により達成されるものと して定義される。初期挿入に続いて、トランスジェニック子孫は、従来の育種方 法を用いて増殖され得る。 キメラ遺伝子:少なくとも2つの異種部分、たとえば好ましくは、組換えDNA 技法を用いて生成された、それらの既存の状態において結合されていない既存の DNA配列に由来する部分を含むDNA分子。 発現カセット:プロモーター及びターミネーターを含んで成りその間にコード 配列が挿入され得たDNA分子。 コード配列:転写され、そして翻訳される場合、ポリペプチド又はタンパク質 の形成をもたらすDNA分子。 遺伝子:発現、すなわち転写及び翻訳の制御を担当する調節DNA配列、並びに 個別のポリペプチド又はタンパク質を提供するために転写されそして翻訳される コード配列を含んで成る個別の染色体領域。 本発明は、植物において全身性後天性耐性を導びく生物学的及び化学的誘導物 質に反応性のシグナル伝達カスケードに関与するタンパク質をコードするNIM1 遺伝子の同定、単離/及び特徴化を記載する。 従って、本発明は、植物において全身性後天性耐性を導びくシグナル伝達カス ケードに関与されるNIM1タンパク質をコードする単離されたDNA分子(NIM1遺伝 子)を開示する。 本発明の範囲内においては、クローンBAC−04(ATCC寄託番号第 97543号に次の条件でハイブリダイズするNIM1タンパク質をコードするDNA分子 が記載される:1%のBSA;520mMのNaPO4,pH7.2;7%のラウリル硫酸ナトリウ ム塩;1mMのEDTA;250mMの塩化ナトリウム中での55℃で18〜24時間のハイブリ ダイゼーション、及び6×SSCで15分間、(X3)3×SSCで15分間、55℃で(X 1)の洗浄。特に好ましい態様においては、NIM1遺伝子がクローンBAC−04(AT CC寄託番号第97543号)内に含まれる。 さらに、コスミドD7(ATCC寄託番号第97736号)に次の条件下でハイブリダ イズするNIM1タンパク質をコードするDNA分子が記載される:1%のBSA;520mM のNaPO4,pH7.2;7%のラウリル硫酸ナトリウム塩;1mMのEDTA;250mMの塩化 ナトリウム中での55℃で18〜24時間のハイブリダイゼーション、及び6×SSCで1 5分間、(X3)3×SSCで15分間、55℃で(X1)の洗浄。特に好ましい態様に おいては、NIM1遺伝子は、コスミドD7(ATCC寄託番号第97736号)内に含まれ る。 本明細書に記載されるNIM1遺伝子は、双子葉植物、たとえばアラビドプシス 、タバコ、キュウリ又はトマトから単離され得る。他方では、NIM1遺伝子は、 単子葉植物、たとえばトウモロコシ、小麦又は大麦から単離され得る。 配列番号3に示されるアミノ酸配列を含んで成るコードされたNIM1タンパク 質がさらに記載される。配列番号2に示されるコード配列に次の条件下でハイブ リダイズするNIM1遺伝子コード配列がさらに記載される:1%のBSA;520mMのN aPO4,pH7.2;7%のラウリル硫酸ナトリウム塩;1mMのEDTA;250mMの塩化ナト リウムにおける55℃で18〜24時間のハイブリダイゼーション、及び6×SSCで15 分間、(X3)3×SSCで15分間、55℃で(X1)の洗浄。特に好ましい態様に おいて、NIM1遺伝子コード配列は、配列番号2 に示されるコード配列を含んで成る。 本発明はまた、NIM1遺伝子コード配列に作用可能に連結された、植物中で活 性的なプロモーターを含んで成るキメラ遺伝子、そのようなキメラ遺伝子を含ん で成る組換えベクター(ここで、前記ベクターは宿主を安定して形質転換するこ とができる)、及びそのようなベクターにより安定して形質転換された宿主を記 載する。好ましくは、宿主は、植物、たとえば次の農業経済学的に重要な収穫物 の1つである:米、小麦、大麦、ライ麦、トウモロコシ、ジャガイモ、ニンジン 、サツマイモ、テンサイ、インゲン豆、エンドウ豆、チコリー、レタス、キャベ ツ、カリフラワー、ブロッコリー、カブ、ダイコン、ホウレンソウ、アスパラガ ス、タマネギ、ニンニク、ナス、コショウ、セロリ、カボチャ、ズキニ、キュウ リ、リンゴ、ナシ、マルメロ、メロン、スモモ、サクランボ、モモ、ネクタリン 、アプリコット、イチゴ、ブドウ、ラーズベリー、ブラックベリー、パイナップ ル、アボカド、パパイヤ、マンゴ、バナナ、大豆、タバコ、トマト、モロコシ及 びサトウキビ。 特に好ましい態様において、NIM1タンパク質は、形質転換された植物におい て、野生型植物においてよりも高レベルで発現される。 本発明はまた、NIM1遺伝子コード配列に作用可能に連結された、植物中で活 性的なプロモーターをそれ自体含んで成るキメラ遺伝子を含んで成る組換えベク ターにより植物を形質転換することによって、植物にCIM表現型を付与する方法 にも向けられ、ここでコードされたNIM1タンパク質は、野生型植物においてよ りも高レベルで、形質転換された植物において発現される。 さらに、本発明は、NIM1遺伝子コード配列に作用可能に連結された、植物中 で活性的なプロモーターをそれ自体含んで成るキメラ 遺伝子を含んで成る組換えベクターにより植物を形質転換することによって、植 物における全身性後天性耐性を活性化するための方法にも向けられ、ここでコー ドされたNIM1タンパク質は、野生型植物においてよりも高レベルで、形質転換 された植物において発現される。 さらに、本発明は、NIM1遺伝子コード配列に作用可能に連結された、植物中 で活性なプロモーターをそれ自体含んで成るキメラ遺伝子を含んで成る組換えベ クターにより植物を形質転換することによって、植物に広範囲の耐病性を付与す る方法にも向けられ、ここでコードされたNIM1タンパク質は、野生型植物にお いてよりも高レベルで、形質転換された植物において発現される。 本発明のもう1つの観点は、植物におけるSAR経路が哺乳類及びハエにおいてN F−κB/IκB調節スキームに対して機能的類似性を示すとの認識、及びNIM1 遺伝子生成物が哺乳類シグナル伝達因子IκBサブクラスαの構造的相同体であ るとの発見の両者を利用する。NF−κB/IKB調節スキームの超−レプレッサ ー(Super-repressor)又は優性−陰性体(dominant-regative)として作用する、I KBの突然変異が記載されている。本発明は、SARシグナル伝達経路の優性−陰 性調節体として作用する、野生型NIM1遺伝子(配列番号2)の変更された形を 包含する。NIM1のそれらの変更された形は、nim1変異体としてそれにより形質 転換された植物の反対の表現型を付与し;植物、すなわち変更された形のNIM1 により形質転換された植物は構成的SAR遺伝子発現及びCIM表現型を示す。 上記に定義されるような本発明のDNA分子に、但し好ましくは、少なくとも10 個の長さのヌクレオチドの前記変更された形のためのコード配列の連続した部分 を含んで成る、前記DNA分子から得られ るオリゴヌクレオチドプローブに、適度な緊縮条件下でハイブリダイズするDNA 分子もまた、本発明により包含される。 ハイブリッドの安定性に影響を及ぼす因子は、ハイブリダイゼーションの緊縮 性を決定する。1つのそのような因子は、DNA PROBES,George H.Keller and M ark M.Manak,Macmillan Publishers Ltd,1993,Section 1:Molecular Hybr idization Technology;page 8 ffに提供される式に従って容易に計算され得る 溶融温度Tmである。 好ましいハイブリダイゼーション温度は、計算された溶融温度Tmよりも約25 ℃低い範囲、及び好ましくは計算された溶融温度Tmよりも約12〜15℃低い範囲 であり、そしてオリゴヌクレオチドの場合、その溶融温度Tmよりも約5〜10℃ 低い範囲である。 本発明の1つの態様において、NIM1遺伝子は、コードされた生成物が野生型 アラビドプシスNIM1アミノ酸配列(配列番号3)の位置55及び59に対応するア ミノ酸位置におけるセリンの代わりにアラニンを有するように変更される。アラ ニン残基へのそれらのセリン残基の変化をもたらすNIM1遺伝子のこの変更され た形の好ましい態様の例が、配列番号22に示される。アミノ酸位置55及び59でセ リンの代わりにアラニンを有するNIM1タンパク質の典型的な優性−陰性形が、 配列番号23に示される。本発明はまた、NIM1の対立遺伝子の変更された形も包 含し、ここでそのような対立遺伝子のコード配列は、適度な緊縮条件、特に次の 条件下で、配列番号22に示されるコード配列にハイブリダイズする:1%のBSA ;520mMのNaPO4,pH7.2;7%のラウリル硫酸ナトリウム塩;1mMのEDTA;250mM の塩化ナトリウム中55℃で18〜24時間のハイブリダイゼーション、並びに6×SS Cで15分間、(X3)3×SSCで15分間、55℃で(X1)の洗浄。それらの態様に おいて、上記条件下で配列番号22に ハイブリダイズするNIM1の対立遺伝子は、コードされた生成物が配列番号22の 位置55及び59に対応するアミノ酸位置におけるセリンの代わりにアラニンを有す るよう変更される。 本発明のもう1つの態様において、NIM1遺伝子は、コードされた生成物が、 野生型タンパク質の位置55及び59に対応するアミノ酸位置でのセリンに加えて、 可能性あるユビキチン化部位として作用することができるリシン残基を除去する N−末端切断を有するよう変更される。N−末端欠失を有する遺伝子生成物をコ ードする、NIM1遺伝子のこの変更された形の好ましい態様の例は、配列番号24 に示される。N−末端欠失を有するNIM1タンパク質の典型的な優性−陰性(domi nant regative)形が、配列番号25に示される。本発明はまた、NIM1の対立遺伝 子の変更された形も包含し、ここでそのような対立遺伝子のコード配列は、適度 な緊縮条件、特に次の条件下で、配列番号24に示されるコード配列にハイブリダ イズする:1%のBSA;520mMのNaPO4,pH7.2;7%のラウリル硫酸ナトリウム塩 ;1mMのEDTA;250mMの塩化ナトリウム中での55℃で18〜24時間のハイブリダイ ゼーション、並びに6×SSCで15分間、(X3)3×SSCで15分間、55℃で(X1 )の洗浄。それらの態様において、上記条件下で配列番号24にハイブリダイズす るNIM1の対立遺伝子は、コードされた生成物が、野生型遺伝子生成物の位置55 及び59に対応するアミノ酸位置でのセリンに加えて、可能性あるユビキチン化部 位として作用することができるリシン残基を除去するN−末端欠失を有するよう 変更される。 本発明のさらにもう1つの態様においては、NIM1遺伝子は、コードされた生 成物がC−末端切断を有するよう変更され、この切断は、野生型遺伝子生成物の C−末端におけるセリン及びトレオニン残基の構成的リン酸化をブロックするこ とによって、増強された固 有の安定性をもたらすと思われる。C−末端欠失を有する遺伝子生成物をコード する、NIM1遺伝子のこの変更された形の好ましい態様の例は、配列番号26に示 される。C−末端欠失を有するNIM1タンパク質の典型的な優性−陰性形は、配 列番号27に示される。本発明はまた、NIM1の対立遺伝子の変更された形も包含 し、ここでそのような対立遺伝子のコード配列は、適度な緊縮条件、特に好まし くは次の条件下で、配列番号26に示されるコード配列にハイブリダイズする:1 %のBSA;520mMのNaPO4,pH7.2;7%のラウリル硫酸ナトリウム塩;1mMのEDTA ;250mMの塩化ナトリウム中での55℃で18〜24時間のハイブリダイゼーション、 並びに6×SSCで15分間、(X3)3×SSCで15分間、55℃で(X1)の洗浄。そ れらの態様において、上記条件下で配列番号26にハイブリダイズするNIM1の対 立遺伝子は、コードされた生成物がセリン及びトレオニン残基を除去するC−末 端欠失を有するよう変更される。 本発明のさらにもう1つの態様において、NIM1遺伝子は、コードされた生成 物が本発明の両上記態様の利点を提供する、N−末端欠失及びC−末端切断の両 者を有するよう変更される。本発明の好ましい態様は、配列番号2のアミノ酸位 置1〜125にほぼ対応するアミノ酸のN末端切断、及び配列番号3のアミノ酸位 置522〜593にほぼ対応するアミノ酸のC末端切断を有するNIM1タンパク質の変 更された形である。 N−末端及びC−末端欠失の両者を有する遺伝子生成物をコードする、NIM1 遺伝子のこの変更された形の好ましい態様の例は、配列番号28に示される。C− 末端欠失を有するNIM1タンパク質の典型的な優性−陰性形は、配列番号29に示 される。本発明はまた、NIM1の対立遺伝子の変更された形も包含し、ここでそ のような対立遺伝子のコード配列は、適度な緊縮条件、特に好ましくは次の条件 下で、配列番号28に示されるコード配列にハイブリダイズする:1%のBSA;520 mMのNaPO4,pH7.2;7%のラウリル硫酸ナトリウム塩;1mMのEDTA;250mMの塩 化ナトリウム中での55℃で18〜24時間のハイブリダイゼーション、並びに6×SS Cで15分間、(X3)3×SSCで15分間、55℃で(X1)の洗浄。それらの態様に おいて、上記条件下で配列番号28にハイブリダイズするNIM1の対立遺伝子は、 コードされた生成物が野生型遺伝子生成物の位置55及び59に対応するアミノ酸残 基でのセリンに加えて可能性あるユビキチン化部位として作用できるリシン残基 を除去するN−末端欠失、及びセリン及びトレオニン残基を除去するC−末端欠 失の両者を有するよう変更される。 本発明のさらにもう1つの態様において、NIM1遺伝子は、コードされた生成 物が野生型遺伝子生成物のアンキリン(ankyrin)ドメインのみから実質的に成る よう変更される。単離されたDNA分子が好ましく、ここで前記NIM1タンパク質の 変更された形は、配列番号3のアミノ酸位置103〜362にほぼ対応するアンキリン モチーフから実質的に成る。アンキリンドメインをコードする、NIM1遺伝子の この変更された形の好ましい態様の例は、配列番号30に示される。NIM1タンパ ク質の典型的な優性−陰性形は、配列番号31に示されるアンキリンドメインのみ から実質的に成る。本発明はまた、NIM1の対立遺伝子の変更された形も包含し 、ここでそのような対立遺伝子のコード配列は、適度な緊縮条件、特に好ましく は次の条件下で、配列番号30に示されるコード配列にハイブリダイズする:1% のBSA;520mMのNaPO4,pH7.2;7%のラウリル硫酸ナトリウム塩;1mMのEDTA; 250mMの塩化ナトリウム中での55℃で18〜24時間のハイブリダイゼーション、並 びに6×SSCで15分間、(X3)3×SSCで15分間、55℃で(X1)の洗浄。それ らの態様において 、上記条件下で配列番号30にハイブリダイズするNIM1の対立遺伝子は、コード された生成物が野生型遺伝子生成物のアンキリンドメインから実質的に成るよう 変更される。 従って、本発明は、NIM1遺伝子の変更された形、たとえば上記のものをコー ドするDNA分子、及び適度な緊縮条件下でそれとハイブリダイズするすべてのDNA 分子に関する。 本発明はまた、NIM1遺伝子の上記変更された形の1つに作用可能に連結され た、植物中で活性的なプロモーターを含んで成るキメラ遺伝子、そのようなキメ ラ遺伝子を含んで成る組換えベクター(ここで、前記ベクターは宿主を安定して 形質転換することができる)、及びそのようなベクターにより安定して形質転換 された宿主細胞を包含する。好ましくは、宿主細胞は、植物、植物細胞及びその 子孫たとえば次の農業経済学的に重要な収穫物の1つである:米、小麦、大麦、 ライ麦、トウモロコシ、ジャガイモ、ニンジン、サツマイモ、テンサイ、インゲ ン豆、エンドウ豆、チコリー、レタス、キャベツ、カリフラワー、ブロッコリー 、カブ、ダイコン、ホウレンソウ、アスパラガス、タマネギ、ニンニク、ナス、 コショウ、セロリ、カボチャ、ズキニ、キュウリ、リンゴ、ナシ、マルメロ、メ ロン、スモモ、サクランボ、モモ、ネクタリン、アプリコット、イチゴ、ブドウ 、ラーズベリー、ブラックベリー、パイナップル、アボカド、パパイヤ、マンゴ 、バナナ、大豆、タバコ、トマト、モロコシ及びサトウキビ。 本発明はまた、NIM1遺伝子の上記変更された形の1つに作用可能に連結され た、植物中で活性的なプロモーターをそれ自体含んで成るキメラ遺伝子を含んで 成る組換えベクターにより植物を形質転換することによって、植物にCIM表現型 を付与する方法にも向けられ、ここでNIM1タンパク質のコードされた優性−陰 性形は、形質 転換された植物において発現され、そして植物にCIM表現型を付与する。 さらに、本発明は、NIM1遺伝子の上記変更された形の1つに作用可能に連結 された、植物中で活性なプロモーターをそれ自体含んで成るキメラ遺伝子を含ん で成る組換えベクターにより植物を形質転換することによって、植物における全 身性後天性耐性を活性化するための方法にも向けられ、ここでNIM1タンパク質 のコードされた優性−陰性形が形質転換された植物においては、発現され、そし て植物における全身性後天性耐性を活性化する。 さらに、本発明は、NIM1遺伝子の上記変更された形の1つに作用可能に連結 された、植物中で活性なプロモーターをそれ自体含んで成るキメラ遺伝子を含ん で成る組換えベクターにより植物を形質転換することによって、植物に広範囲の 耐病性を付与する方法にも向けられ、ここでNIM1タンパク質のコードされた優 性−陰性形は形質転換された植物において発現され、そして植物に広範囲の耐病 性を付与する。 さらにもう1つの観点において、本発明は、植物において全身性後天性耐性を 導びくシグナル伝達カスケードに関与するNIM1遺伝子のスクリーニング方法に 向けられ、ここで前記方法は、次の組の条件下で、配列番号2に示されるコード 配列にハイブリダイズするNIM1コード配列により、前記植物からのゲノム又はc DNAライブラリーをプローブすることを含んで成る:1%のBSA;520mMのNaPO4, pH7.2;7%のラウリル硫酸ナトリウム塩;1mMのEDTA;250mMの塩化ナトリウム 中での55℃で18〜24時間のハイブリダイゼーション、並びに6×SSCで15分間、 (X3)3×SSCで15分間、55℃で(X1)の洗浄。 本発明により包含されるさらなる対象は次のものである: 前記NIM1タンパク質の変更された形が配列番号3の位置55及び59に対応する アミノ酸位置においてセリンの代わりにアラニンを有する本発明の単離されたDN A分子、ここでこのDNA分子は次の条件下で、配列番号22に示されるヌクレオチド 配列にハイブリダイズする:1%のBSA;520mMのNaPO4,pH7.2;7%のラウリル 硫酸ナトリウム塩;1mMのEDTA;250mMの塩化ナトリウム中での55℃で18〜24時 間のハイブリダイゼーション、並びに6×SSCで15分間、(X3)3×SSCで15分 間、55℃で(X1)の洗浄。 前記NIM1タンパク質の変更された形が配列番号3のアミノ酸位置1〜125にほ ぼ対応するアミノ酸のN−末端切断を有する、本発明の単離されたDNA分子、こ こでこのDNA分子は次の条件下で、配列番号24に示されるヌクレオチド配列にハ イブリダイズする:1%のBSA;520mMのNaPO4,pH7.2;7%のラウリル硫酸ナト リウム塩;1mMのEDTA;250mMの塩化ナトリウム中での55℃で18〜24時間のハイ ブリダイゼーション、並びに6×SSCで15分間、(X3)3×SSCで15分間、55℃ で(X1)の洗浄。 前記NIM1タンパク質の変更された形が配列番号3のアミノ酸位置522〜593に ほぼ対応するアミノ酸のC−末端切断を有する、本発明の単離されたDNA分子、 ここで前記DNA分子は次の条件下で、配列番号26に示されるヌクレオチド配列に ハイブリダイズする:1%のBSA;520mMのNaPO4,pH7.2;7%のラウリル硫酸ナ トリウム塩;1mMのEDTA;250mMの塩化ナトリウム中での55℃で18〜24時間のハ イブリダイゼーション、並びに6×SSCで15分間、(X3)3×SSCで15分間、55 ℃で(X1)の洗浄。 前記NIM1タンパク質の変更された形が配列番号28に示されるアミノ酸配列を 含んで成る、本発明の単離されたDNA分子、ここで前記DNA分子は次の条件下で、 配列番号28に示されるヌクレオチド配 列にハイブリダイズする:1%のBSA;520mMのNaPO4,pH7.2;7%のラウリル硫 酸ナトリウム塩;1mMのEDTA;250mMの塩化ナトリウム中での55℃で18〜24時間 のハイブリダイゼーション、並びに6×SSCで15分間、(X3)3×SSCで15分間 、55℃で(X1)の洗浄。 前記NIM1タンパク質の変更された形が配列番号3のアミノ酸位置103〜362に ほぼ対応するアンキリン(ankyrin)モチーフから実質的に成る、本発明の単離さ れたDNA分子、ここで前記DNA分子は次の条件下で、配列番号30に示されるヌクレ オチド配列にハイブリダイズする:1%のBSA;520mMのNaPO4,pH7.2;7%のラ ウリル硫酸ナトリウム塩;1mMのEDTA;250mMの塩化ナトリウム中での55℃で18 〜24時間のハイブリダイゼーション、並びに6×SSCで15分間、(X3)3×SSC で15分間、55℃で(X1)の洗浄。 突然変異誘発により構成された、本発明のNIM1遺伝子の変更された形。 植物細胞、植物及びその子孫において全身性後天性耐性を活性化するためへの 本発明の単離されたDNA分子の使用。 植物細胞、植物及びその子孫に広範囲の耐病性を付与するためへの本発明の単 離されたDNA分子の使用。 植物細胞、植物及びその子孫にCIM表現型を付与するためへの本発明の単離さ れたDNA分子の使用。 育種を通して植物系中に耐病性特性を組込むためへの本発明の耐性植物及びそ の子孫の使用。 NIM1遺伝子により形質転換された植物において耐病性を付与し、そしてSAR遺 伝子発現を活性化するためへのNIM1遺伝子の変異体の使用。 NIM1遺伝子の変更された形を生成するための方法。 本発明のNIM1タンパク質の変更された形をコードする単離されたDNA分子を含 んで成るトランスジェニック親植物のトランスジェニック子孫を生成するための 方法、ここでこの方法は、前記親植物を、本発明の組換えベクター分子により形 質転換し、そして既知の植物育種技法を用いて、前記トランスジェニックの親植 物の子孫に前記形質をトランスファーすることを含んで成る。 NIM1タンパク質の変更された形をコードするDNA部分を含むDNA部分を含んで 成るDNA分子を生成するための方法;ここで前記方法は、 (a)NIM1遺伝子の変更された形又はmRNAに特異的にハイブリダイズするこ とができるヌクレオチドプローブを調製し、ここで前記プローブは少なくとも10 個の長さのヌクレオチドの変更された形のためのコード配列の隣接した部分を含 んで成り; (b)段階(a)に従って調製されたヌクレオチドプローブを用いて、クロー ン化されたゲノムDNAフラグメント又はcDNAフラグメントの集団中のNIM1コード 配列の他の変更された形についてプローブし;そして (c)NIM1タンパク質の変更された形をコードするDNA部分を含むDNA部分を 含んで成るDNA分子を単離し、そして増加させることを含んで成る。 NIM1配列の変更された形を含むDNA部分を含んで成るDNA分子を単離するため の方法;ここでこの方法は、 (a)NIM1遺伝子の変更された形又はmRNAに特異的にハイブリダイズするこ とができるヌクレオチドプローブを調製し、ここで前記プローブは少なくとも10 個の長さのヌクレオチドの、植物からのNIM1タンパク質の変更された形のため のコード配列の隣接した部分を含んで成り; (b)段階(a)に従って調製されたヌクレオチドプローブを用いて、クロー ン化されたゲノムDNAフラグメント又はcDNAフラグメントの集団中のNIM1配列の 他の変更された形についてプローブし;そして (c)NIM1遺伝子の変更された形を含むDNA部分を含んで成るDNA分子を単離 する; ことを含んで成る。 NIM1遺伝子、又はその機能的変異体及び変異体を野生型レベル以上に発現す るトランスジェニック植物を生成する方法。 NIM1遺伝子、又はその機能的変異体及び変異体を野生型レベル以上に発現す るトランスジェニック植物を生成する方法、ここで前記NIM1遺伝子の発現は、 野生型植物におけるNIM1遺伝子の発現レベルよりも少なくとも2倍高いレベル で存在する。 NIM1遺伝子、又はその機能的変異体及び変異体を野生型レベル以上に発現す るトランスジェニック植物を生成する方法、ここで前記NIM1遺伝子の発現は、 野生型植物におけるNIM1遺伝子の発現レベルよりも少なくとも10倍高いレベル で存在する。 nim変異体表現型 本発明は、SARに関係する遺伝子を発現しないことにおいて、病原体感染に対 するそれらの正常な応答に欠陥がある変異体植物、及びそれから単離された遺伝 子に関する。それらの変異体は、nim変異体(非誘導性免疫性について)として 言及され、そして宿主植物の病原体の多くの株及び病原型に対しての、そしてま た、宿主植物を通常感染しないが、しかし通常、他の宿主を感染する病原体に対 しての、それらの感受性のために“普遍的疾病感受性”(UDS)であり得る。その ような変異体は、種子又は他の生物学的材料を突然変異誘発剤により処理し、そ してSARの既知化学的誘発剤(たとえば INA)により子孫植物を処理し、そして次に既知の病原体によりその植物を感染せ しめることによって、UDS表現型について子孫植物を選択することによって、選 択され得る。非誘導性変異体はそれらの環境下で重度の疾病症候を進行せしめ、 他方野生型植物は化学的物質により全身性後天性耐性に誘導される。nim変異体 は、化学的及び照射突然変異誘発により生成される変異体集団から、及びT−DN A挿入及びトランスポゾン−誘発された突然変異誘発により生成された集団から 同様に選択され得る。変異体植物系を生成するための技法は、当業界において良 く知られている。 nim変異体は、現場病因試験における疾病圧力の評価の有用なインジケーター を提供し、ここでいわゆる野生型(すなわち、非変異体)の天然の耐性表現型は 変化し、そして従って、信頼できる感受性の標準を提供しない。さらに、nim植 物は、候補体耐病性トランスジーンの試験のための追加の有益性を有する。トラ ンスジーンのための受容体としてnimストック系を用いて、耐病性へのトランス ジーンの寄与が基本レベルの感受性に対して直接的に評価できる。さらに、nim 植物は、植物−病原体相互作用の理解において手段として有用である。nim宿主 植物は病原体攻撃に対する全身性応答を開始せず、そして病原体の変わらない成 長が、宿主とのその生物学的相互作用を研究するための理想的系である。 nim宿主植物はまた、それらが通常存在する宿主範囲外の病原体に対しても感 受性であり、それらの植物はまた、宿主−病原体相互作用の分子、遺伝子及び生 物学的研究において有意な有益性を有する。さらに、nim植物のUDS表現型はまた 、それらを殺カビ剤スクリーニングのために有益性にもなる。特定の宿主におい て選択されたnim変異体は、その宿主及び宿主の病原体を用いての殺カビ剤のス クリーニングのための相当な有益性を有する。異なる病原体及び 病原型に対して差別的に敏感であり、又はいくつかの病原体もしくは病原型に対 して耐性でさえある宿主により遭遇される問題を回避する利点が、変異体のUDS 表現型に存在する。 nim変異体は、異種宿主、すなわち特定病原体の宿主範囲内に通常存在しない 宿主を用いての、広範囲の病原体及び病原型に対する殺カビ剤のスクリーニング のためのさらなる有益性を有する。従って、他の種(たとえば収穫物植物種)の 病原体に対するアラビドプシスのnim変異体の感受性は、収穫物植物の重要な病 原体に対する化合物についての有効な殺カビ剤スクリーニング方法を促進する。 アラビドプシス・タリアナ(Arabidopsis thaliana)nim1変異体 INA処理に続いて、P.パラシチカ(P.parasitica)(すなわち、べと病の原 因物質)増殖を維持する、nim1(非誘発性免疫性)と呼ばれるアラビドプシス・ タリアナ変異体は、Delaneyなど.,1995に記載される。nim1は病原体感染に続 いて蓄積するが、SAR遺伝子発現は誘発されず、このことは、突然変異がSAの下 流の経路をブロックすることを示唆する。nim1はまた、INA又はBTHに応答する その能力を低め、このことは、ブロックがそれらの化学物質の作用の下流に存在 することを示唆する(Delaneyなど.,1995;Lawtonなど.,1996)。この最初のア ラビドプシスnim1変異体(ここで、nim1−1と命名する)が、発芽後2週目の 植物に、0.33mMのINAを噴霧し、続いてP.パラシチカを接種することによって 、T−DNA標識されたアラビドプシス生態型イシレウスキジャ(Issilewskija) (Ws−O)集団の80,000個の植物から単離された(Delaneyなど.,1995)。INA処 理の後、菌類増殖を維持する植物が推定上の変異体として選択された。5種の追 加の変異体(ここで、nim1−2,nim1−3,nim1−4,nim1−5、及びnim 1−6と命名される)が、エチルメタンスルホネート(EMS)−突然変異誘発 されたWs−O集団からの280,000M2植物から単離された。 変異体が優性であるか又は劣性であるかを決定するために、Ws−O植物が、そ れらの変異体の個々に交雑するための花粉ドナーとして使用された。次に、F1 植物が、INA処理に続いて菌類増殖を維持するそれらの能力について評価された 。例の表3に示されるように、すべてのnim1−1,nim1−2,nim1−3,nim 1−4及びnim1−6F1植物は表現型的に野生型であり、個々の系統において劣 性突然変異を示す。nim1−5は、すべての35のF1植物においてnim表現型を示 し、このことは、この特定の変異体が優性であることを示す。確認のために、相 互交雑(reciprocal cross)が、Ws−O植物を受精するために花粉ドナーとして nim1−5を用いて実施された。この場合、18個すべてのF1植物は表現型的にni mであり、nim1−5突然変異の優性を確証した。 nim1−2〜nim1−6突然変異が前に特徴づけられたnim1−1突然変異に対 して対立形質であるかどうかを決定するために、nim1−1からの花粉が、nim1 −2〜nim1−6を受精するために使用された。nim1−1はカナマイシンに対す る耐性を担持するので、F1子孫が抗生物質耐性により同定された。すべての場 合、カナマイシン耐性F1植物はnimであり、このことは、それらがnim1−1変 異体に対してすべて対立形質であることを示す。nim1−5変異体は優性であり 、そして明らかに突然変異のためにホモ接合性であるので、F2世代におけるnim 1−1相補性を分析することが必要である。nim1−1及びnim1−5が対立形質 である場合、すべてのF2植物はnim表現型を有することが予測される。そうでな い場合、16本のF2植物のうち13本は、nim表現型を有することが予測された。94 本の植物のうち、88本は、INA処理に続いて、菌類増殖を明確に維持した。6本 の植物は、損傷模擬表現型を示す葉 上の黒色小斑点の関連表現型を示し、そしてINA処理に続いて、菌類の増殖をほ とんど維持しなかった。nim1−5はNIM1遺伝子に点突然変異を担持するので( 下記参照のこと)、それはnim1対立遺伝子であると思われる。 異なったnim1対立遺伝子の相対的強さを決定するために、個々の変異体が、 正常な増殖条件下で及びSA,INA又はBTHのいづれかによる前処理に続いて、P. パラシチカの増殖について分析された。表1に示されるように、正常な増殖の間 、nim1−1,nim1−2,nim1−3,nim1−4及びnim1−6のすべては、Ws −O対照よりもいく分、早い、菌類増殖のほぼ同じ速度を維持した。但し、菌類 増殖が他のnim1変異体及びWs−O対照の両者に関して数日、遅延される例外が 存在したが、しかし結果的にはすべてのnim1−5植物が菌類に対して負けた。S A処理に続いて、変異体は次の3種のクラスにグループ分けされ得た:nim1−4 及びnim1−6は比較的早い菌類増殖を示し;nim1−1,nim1−2,nim1−3 植物は菌類増殖のいく分、遅い速度を示し;そしてnim1−5植物における菌類 増殖は未処理のWs−O対照においてよりもさらに遅かった。INA又はBTH処理に続 いて、変異体は3種のクラスに分類されると思われ、ここでnim1−4が化学物 質処理に続いて菌類増殖を制限する能力を最とも強く弱められ;nim1−1,nim 1−2,nim1−3及びnim1−6はすべて、適度に弱められ;そしてnim1−5 は単にわずかに弱められた。それらの実験においては、Ws−Oは、INA又はBTH処 理に続いて、菌類増殖を維持しなかった。従って、化学物質処理に続く菌類増殖 の阻害に関して、変異体は、最とも強く弱められるnim1−4、菌類の中間ぐら いの阻害を示すnim1−1,nim1−2,nim1−3及びnim1−6、及び単にわず かに低められた菌類耐性を有するnim1−5の3種のクラスに分類 される。 PR−1 mRNAの蓄積はまた、異なったnim1対立遺伝子を特徴づけるための基準 としても使用された。RNAを、水又は化学物質処理の3日後、又は適合する菌類 (P.パラシチカ(P.parasitica)単離物Emwa)による接種の14日後、植物から 抽出した。図3におけるRNAゲルブロットは、PR−1 mRNAがSA,INA又はBTHによ る野生型植物の処理、又はP.パラシチカによる感染に続いて、高レベルで蓄積 したことを示す。nim1−1,nim1−2、及びnim1−3植物においては、PR− 1 mRNA蓄積は、化学物質処理の後、野生型に比較して、劇的に減じられた。PR −1 mRNAはまた、P.パラシチカ感染に続いて減じられたが、しかしそれらの 変異体にはいくらかの蓄積がまだ存在した。nim1−4及びnim1−6植物におい ては、PR−1 mRNA蓄積は、化学物質処理に続いて(より長い暴露から明らかで ある)、他の対立遺伝子においてよりも、より劇的に減じられ、そして有意に低 いPR−1 mRNAがP.パラシチカ感染に続いて蓄積し、このことは、それらが特 に強いnim1対立遺伝子であり得た認識を支持する。興味あることには、PR−1 mRNA蓄積はnim1−5変異体において高められたが、しかし化学物質処理又はP .パラシチカ感染に続いて単に軽く減じられた。PR−1 mRNA蓄積及び菌類感染 の両者に基づいて、変異体は次の3種のクラスに分類される:強く弱められた対 立遺伝子(nim1−4及びnim1−6);適度に弱められた対立遺伝子(nim1−1, nim1−2、及びnim1−3);及び弱く弱められた対立遺伝子(nim1−5)。 nim1突然変異の精巧な構造マッピング NIM1についての大まかな地図位置を決定するために、nim1−1(Ws−O)と ランドスベルグエレクタ(Lendsberg erecta)(Ler)との間の交雑からの74本の F2nim表現型植物が、INA処理に続 いて、P.パラシチカに対するそれらの感受性及びPR−1 mRNAの蓄積の欠乏に ついて同定された。多くの単純な配列長多型現象(SSLP)マーカー(Bell and E cker,1994)を試験した後、nim1は、染色体1の低いアーム上で、nga128から 約8.2cM及びnga111から8.2cMに位置することが見出された。続く分析においては 、nim1−1は、nga111とSSLPマーカーATHGENEAから約4cMの位置との間に存在 することが見出された。 精巧な構造マッピングのために、nim1−1とLerDP23との交雑に由来するF2 集団からの1138本のnim植物が、INA処理に続いて、PR−1 mRNAを蓄積するそれ らの無能性及び菌類増殖を維持するそれらの能力の両者に基づいて同定された。 DNAが、それらの植物から抽出され、そしてATHGENEA及びnga111の両者で接合性 について評価された。図5A−5Dに示されるように、93個の組換え染色体がAT HGENEAとnim1との間に同定され、これは約4.1cMの遺伝距離(2276中93)を付与 し、そして239個の組換え染色体がnga111とnim1との間に同定され、これは約10 .5cMの遺伝距離(2276中239)を示す。ATHGENEA〜nga111間における有益な組換え 体がさらに、増幅されたフラグメントの長さの多型現象(AFLP)分析を用いて分 析された(Vosなど.,1995)。 始めに、ATHGENEAとnga111との間の10個のAFLPマーカーが同定され、そしてそ れらがその領域の低い解決地図を構成するために使用された(図5A)。AFLPマ ーカーW84.2(nim1から1cM)及びW85.1(nim1から0.6cM)が、CIC(Centre d'Et ude du Polymorphisme Humain,INRA and CNRS)ライブラリー(Creusotなど.,19 95)から酵母人工染色体(YAC)クローンを単離するために使用された。2種のYAC クローン、すなわちCIC12H07及びCIC12F04がW84.2により同定され、そして2種 のYACクローンCIC7E03及びCIC10G07(デー タは示されていない)がW85.1マーカーにより同定された。しかしながら、2種 の組のフランキングYACクローン間にギャップが存在することが決定された。こ の点から、細菌人工染色体(BAC)、及びCIC12H07及びCIC12F04をオーバーラップ するP1クローンが同定され、そしてマッピングされ、そして次に、NIM1の方 にBAC/P1contigを拡張する連続的移動段階が実施された(Liuなど.,1995;Ch ioなど.,1995)。その移動の間、種々の時間で、BAC又はP1クローンに対して 特異的である新規AFLPが展開され、そしてそれらが、NIM1遺伝子が交差された かどうかを決定するために使用された。NIM1は、両AFLPマーカーL84.6a及びL 84.8を生ぜしめるBAC及びP1クローンが単離される場合、交差されたことが決 定された。P1クローン P1−18,P1−17及びP1−21上で見出されたAFLP マーカーL84.6aは3種の組換え体を同定し、そしてP1クローン P1−20, P1−22,P1−23及びP1−24、及びBACクローンBAC−04,BAC−05及びBAC− 06上で見出されたL84.8は1つの組換え体を同定した。それらのクローンは大き なcontig(>100kb)を形成するためにオーバーラップし、そしてnim1を端に有す るAFLPマーカーを含むので、その遺伝子はcontig上に位置した。そのcontigを含 んで成るBAC及びP1クローンは、nim1が約0.09cMのギャップを表わす、L84.Y 1とL84.8との間に位置することを示した8個の追加のAFLPマーカーを生成する ために使用された。 コスミドライブラリーが、BAC−06,BAC−04及びP1−18を用いて、アグロバ クテリウム−適合性T−DNAコスミドベクターpCLD04541において構成された。コ スミドcontigが、それらのクローンに由来するAFLPマーカーを用いて展開された 。物理的マッピングは、L84.Y1とL84.8との間の物理的距離が90kbよりも大き いことを示し、このことは、1cM当たり約1メガ残基の物理的距離を遺伝距 離に提供した。NIM1遺伝子の後での同定を促進するために、BAC−04のDNA配列 が決定された。 NIM1遺伝子の単離 コスミドがNIM1遺伝子を含むか否かを同定するために、例の表4に列挙され る12個のコスミドがnim1−1中に形質転換され、そして形質転換体が変異体表 現型を補完するそれらの能力について評価された。コスミドD5,E1及びD7 はすべて、INA処理に続いてPR−1 mRNAを蓄積する形質転換体の能力により決定 される場合、nim1−1を補完することが見出された。それらのコスミドの末端 が分離され、そしてBAC−04のDNA配列に基づいて位置することが見出された。NI M1遺伝子を含むD7及びD5により共有されるDNA領域に9,918個の塩基対が存 在した。図5Dに示されるように、4個の推定上の遺伝子領域がこの10−kb配列 に同定された。領域1は、潜在的に19,105Dのタンパク質をコードし、領域3は 44,554Dのタンパク質をコードし、そして領域4は52,797Dのタンパク質をコー ドする。領域2は、一緒に密接して位置する種々のサイズの4種の読み取り枠を 有し、これは3種のイントロンを有する遺伝子を示唆する。Net Plant Geneプロ グラム(Hebsgaardなど.,1996)を用いての分析は、読み取り枠が66,039Dのタ ンパク質をコードする大きな読み取り枠を形成するために一緒にスプライシング され得た高い確立を示した。 遺伝子領域がNIM1遺伝子を含むことを確かめるために、水又は化学物質処理 に続いて、Ws−O及び異なったnim1変異体の葉組織から単離されたRNAを含むゲ ルブロットが、4種の遺伝子領域の個々に由来するDNAによりプローブされた。 それらの実験においては、プローブを高い比活性にラベルすることに注意が払わ れ、そしてオートラジオグラフが1週以上もの間、照射された。本発明者の過 去の実験において、それらの条件は、細胞当たり約1つのコピーの濃度でDNAを 同定することができた。検出できるRNAを生成する唯一の遺伝子領域は、遺伝子 領域2であった。図7に示されるように、遺伝子領域2により同定されるmRNAは 、野生型植物のBTH処理により誘発されたが、しかし変異体のいづれにおいても 誘発されなかった。さらに、RNA蓄積は、P.パラシチカ感染に続いて、すべて の植物において高められた、このことは、この特定の遺伝子が、病原体感染に続 いて、誘発されることを示す。 NIM1をコードする遺伝子領域をさらに確立するために、4種の遺伝子領域の 個々からのDNA配列がnim1対立遺伝子の個々について決定され、そしてWs−Oか らのその対応する遺伝子領域に比較された。突然変異は、Ws−Oと遺伝子領域3 又は4のいづれかにおける変異体対立遺伝子との間に検出されず、そして単一の 変化のみが、nim1−6変異体における遺伝子領域1に見出された。しかしなが ら、単一の塩基対突然変異が、領域2のためのWs−Oに関しての対立遺伝子の個 々に見出された。遺伝子領域2のDNA配列は図6に示される。表5及び図6に示 されるように、nim1−1においては、単一のアデノシンが、7個のアミノ酸の 変更及び349個のアミノ酸の欠失をもたらすフレームシフトを引き起こす位置357 9で挿入される。nim1−2においては、ヒスチジンをチロシンに変更する位置37 63でシチジン対チミジン変異が存在する。nim1−3においては、単一のアデノ シンが、予測されるタンパク質から10個のアミノ酸を変更し、そして412個のア ミノ酸を欠失するフレームシフトを引き起こす位置3301で欠失されている。興味 あることには、nim1−4及びnim1−5の両者は、アルギニンをリシンに変更す る位置4160でグアノシン対アデノシン変異を有し、そしてnim1−6においては 、予測されるタンパク質からの255個のアミノ酸の欠失を引 き起こす停止コドンをもたらすシトシン対チミジン変異が存在する。nim1−4 及びnim1−5における突然変異はmRNAのためのコンセンサスドナースプライス 部位を変更するが、RT−PCR分析は、この突然変異がmRNAスプライシングの変更 を導びかないことを示す(データは示されていない)。 NIM1相同体 遺伝子領域2のDNA配列がBlast研究(Altschulなど.,1990)に使用され、そし てアラビドプシス発現された配列標識(EST)T22612と正確に適合し、そして米EST S2556,S2861,S3060及びS3481との有意な適合を同定した(図8を参照の こと)。塩基対2081〜3266を含むDNAプローブが、アラビドプシスcDNAライブラ リーをスクリーンするために使用され、そして遺伝子領域2に対応する14個のク ローンが単離された。そのcDNA配列から、本発明者は、図6に示されるエキソン /イントロン境界の置換を確かめることができた。ポリメラーゼ鎖反応によるcD NA末端の急速な増殖(RACE)が、INA−処理されたWs−O植物からのRNAを用いて 実施され、そして適切な転写開始部位が図6において位置2588でAであることが 決定された。 プローブとしてNIM1 cDNAを用いて、アラビドプシスNIM1の相同体を同定し 、そして異なった植物、たとえば次の収穫物植物(但し、それらだけには限定さ れない)からのゲノム又はcDNAライブラリーの、スクリーニングを通して単離さ れた:米、小麦、大麦、ライ麦、トウモロコシ、ジャガイモ、ニンジン、サツマ イモ、テンサイ、インゲン豆、エンドウ豆、チコリー、レタス、キャベツ、カリ フラワー、ブロッコリー、カブ、ダイコン、ホウレンソウ、アスパラガス、タマ ネギ、ニンニク、ナス、コショウ、セロリ、カボチャ、ズキニ、キュウリ、リン ゴ、ナシ、マルメロ、メロン、スモモ 、サクランボ、モモ、ネクタリン、アプリコット、イチゴ、ブドウ、ラーズベリ ー、ブラックベリー、パイナップル、アボカド、パパイヤ、マンゴ、バナナ、大 豆、タバコ、トマト、モロコシ及びサトウキビ。これを達成するための標準の技 法は、プレートされたDNAライブラリーのハイブリダイゼーションスクリーニン グ(プラーク又はコロニーのいづれか;たとえば、Sambrookなど.,Molecular C loning ,eds.,Cold Spring Harbor Laboratory Press,(1989)を参照のこと) 、及びオリゴヌクレオチドプライマーを用いてのPCRによる増殖(たとえば、Inn isなど.,PCR Protocols ,a Guide to Methods and Applications eds.,Academ ic Press(1990)を参照のこと)を包含する。同定される相同体は、下記に列挙 される発現ベクター中に遺伝子的に構築され、そして上記列挙される収穫物中に 形質転換される。形質転換体が、試験される収穫物植物の相当する病原体を用い て、増強された耐病性について評価される。 たとえば、キュウリ、トマト、タバコ、トウモロコシ、小麦及び大麦のゲノム におけるNIM1相同体が、DNAブロット分析により検出されている。ゲノムDNAが キュウリ、トマト、タバコ、トウモロコシ、小麦及び大麦から単離され、酵素Ba mHI,HindIII,XbaI、又はSalIにより制限消化され、0.8%のアガロースゲル 上で電気泳動分離され、そして細管ブロットによりナイロン膜に移される。DNA を結合するためにUV−架橋に続いて、膜が低い緊縮条件〔(1%のBSA;520mMの NaPO4,pH7.2;7%の硫酸ラウリル、ナトリウム塩;1mMのEDTA;250mMの塩化 ナトリウム)、55℃で18〜24時間〕下で、32P−放射性ラベルされたアラビドプ シスタリアナNIM1 cDNAによりハイブリダイズされた。ハイブリダイゼーション に続いて、ブロットが低い緊縮条件〔6×SSCで15分間、(X3)3×SSCで15分 間、55℃で(X1)の洗浄;1×SSCは0.15MのNaCl, 15mMのクエン酸ナトリウム(pH7.0)である〕下で洗浄され、そしてNIM1に対応す るバンドを可視化するためにX−線フィルムに照射された。 さらに、NIM1遺伝子との類似性により同定される発現された配列標識(EST)、 たとえば上記の米ESTがまた、相同体を単離するために使用され得る。米ESTは、 他の単子葉植物からのNIM1相同体の単離のために特に有用であり得る。 相同体はまた、PCRによっても得られる。この方法においては、既知の相同体 間で比較が行なわれる(たとえば、米及びアラビドプシス)。次に、高いアミノ 酸及びDNA類似性又は同一性の領域が、PCRプライマーを製造するために使用され る。適切な領域が同定されると、第3コドン位置に種々の置換を有する、その領 域のためのプライマーが製造される。PCR反応が、種々の標準条件下でcDNA又は ゲノムDNAから実施される。バンドが明らかである場合、それはクローン化され 、そして/又はそれがNIM1相同体であるかどうかを決定するために配列決定さ れる。 NIM1の過剰発現は植物に耐病性を付与する 本発明はまた、NIM1遺伝子、又はその機能的変異株及び変異体を野生型レベ ルよりも高く発現し、そしてそれにより、広範囲の耐病性を有するトランスジェ ニック植物の生成にも関する。本発明の好ましい態様においては、NIM1遺伝子 の発現は、野生型植物におけるNIM1遺伝子の発現レベルよりも少なくとも2倍 高いレベルで存在する。NIM1遺伝子の過剰発現は、構成免疫性(CIM)表現型を有 する植物を生ぜしめることにおいて、インジューサー化合物の効果を模倣する。 NIM1遺伝子を過剰発現し、そしてそれにより、CIM表現型を有する植物を生成 するためのいくつかの方法が記載されている。第1 の方法は、NIM1の高レベル発現を有し、そして従って、挿入部位効果のためにC IM表現型を有する形質転換された植物を選択する。表6は、菌類感染に対する耐 性についての種々の形質転換体の試験の結果を示す。この表から見出され得るよ うに、多くの形質転換体は正常よりも低い菌類増殖を示し、そしていくつかの形 質転換体は眼に見える菌類増殖をまったく示さなかった。RNAが、Delaneyなど. ,1995に記載されるようにして、集められたサンプルから調製され、そして分析 された。ブロットが、アラビドプシス遺伝子プローブPR−1にハイブリダイズさ れた(Uknesなど.,1992)。3種の系統は、PR−1 mRNAが菌類処理に続いて、24 又は48時間までに明らかになることで、PR−1遺伝子発現の初期誘発を示した。 それらの3種の系統はまた、菌類感染に対する耐性を示した。 さらに、活性NIM1タンパク質をコードするコード領域に操作可能的に連結さ れる構成植物活性プロモーター、たとえばCaMV 35Sプロモーターを含んで成る 植物形質転換ベクターを構成するための方法が記載されている。高レベルの活性 NIMIタンパク質は、誘発性化学物質、たとえばBTH,INA及びSAによる化学的誘発 と同じ耐病性効果を生成する。 NIM1遺伝子はIκBαの相同体である NIM1遺伝子は、植物における全身性後天性耐性(SAR)経路のキー成分である(R yalsなど.,1996)。NIM1遺伝子は、化学的及び生物学的インジューサーによるS ARの活性化に関与され、そしてそのようなインジューサーと共に、SAR及びSAR遺 伝子発現のために必要とされる。NIM1遺伝子の位置は、広範囲の種類の病原体 に対する高い感受性を宿主植物に与え、そしてそれらを、SARの病原体及び化学 的インジューサーに対する応答を不可能にする変異体nim1遺伝子を担持するこ とが知られている変異体植物のゲノムの分子 生物学的分析により決定された。アラビドプシスの野生型NIM1遺伝子がマッピ ングされ、そして配列決定された(配列番号2)。野生型NIM1遺伝子生成物( 配列番号3)は、アラビドプシスにおけるSAR及び遺伝子対遺伝子耐病性の両者 を導びくシグナル伝達カスケードに関与される(Ryalsなど.,1997)。NIM1の野 生型の組換え過剰発現は、構成免疫性(CIM)表現型を有する植物を生ぜしめ、そ して従って、トランスジェニック植物に耐病性を付与する。活性NIM1タンパク 質の高められたレベルは、誘発性化学物質、例えばBTH,INA及びSAによる化学的 誘発と同じ耐病性効果を生成する。 NIM1遺伝子の配列(配列番号2)は、BLAST研究に使用され、そして多くのタ ンパク質、例えばスペクトリン、アンキリン、NF−κB及びIκBに見出される アンキリンドメインに対する、NIM1遺伝子配列における1つのかなり高く保存 されたドメインの相同性に基づいて、適合性が同定された(Michaely and Bennet t,Trends Cell Biol.2,127-129(1992))。しかしながら、アンキリンモチーフ 以上に、従来のコンピューター分析は、他の強い相同性、たとえばIκBαに対 する相同性を検出しなかった。コンピュータープログラムの欠点にかかわらず、 NIM1タンパク質(配列番号3)と70個の既知のアンキリン含有タンパク質との 間の対称式の(pair-wise)可視診査が実施され、そして著しい類似性が転写レキ ュレーターのIκBαクラスのメンバーに見出された(Baeuerle and Baltimore 1996;Baldwin 1996)。図9に示されるように、NIM1タンパク質(配列番号3 )は、マウス、ラット及びブタからのIκBαタンパク質(配列番号18,19、及 び20)と有意な相同性を共有する。 NIM1は、タンパク質の完全な長さを通してIκBαのいくつかの重要な構造 ドメイン、たとえばアンキリンドメイン(図9におい てダッシュの下線により示される)、2つのアミノ−末端セリン(NIM1のアミノ 酸55及び59)、一対のリシン(NIM1におけるアミノ酸99及び100)、及び酸性C− 末端を含む。全体的に、NIM1及びIκBαは、残基の30%での同一性、及び残 基の50%での保存性置換を共有する。従って、80%の全体的な類似性を伴って、 タンパク質を通してIκBαとNIM1との間に相同性が存在する。 IκBαタンパク質がシグナル伝達において機能する1つの手段は、細胞質ゾ ル転写因子NF−κBに結合し、そして核へのその侵入及び標的遺伝子の転写の変 更を阻止することによってである(Baeuerle and Baltimore,1996;Baldwin,1 996)。NF−κBの標的遺伝子は、いくつかの細胞工程、たとえば抗ウィルス、 抗微生物及び細胞死応答を調節する(活性化又は阻害する)(Baeuerle and Bal timore,1996)。シグナル伝達経路が活性化される場合、IκBαは2つのセリ ン残基(マウスIκBαのアミノ酸32及び36)でリン酸化される。これは、2個 のリシン(マウスIκBαのアミノ酸21及び22)でのユビキチン化をプログラム する。ユビキチン化に続いて、NF−κB/IκB複合体がプロテオソームを通し て経路を定められ、ここでIκBαが分解され、そしてNF−κBが核に開放され る。 IκBα機能において重要なリン酸化されたセリン残基は、アミノ酸35〜84か らの保存された配列の大きな連続したブロック内のNIM1に保存される(図9) 。2つのリシンがタンパク質のN−末端側に向かって約15個のアミノ酸位置に位 置するIκBαとは対照的に、NIM1において、2つのリシンはC−末端側に向 かって約40個のアミノ酸位置に位置する。さらに、高い程度の相同性が、基本的 な回転率において重要であることが示されているセリン/トレオニンに富んでい るカルボキシ末端領域において、NIM1とIκBαと の間に存在する(Sunなど.,Mol.Cell.Biol.16,1058-1065(1996))。IκB α機能のために重要であることが知られている要素の構造的相同性の分析及びそ の存在に基づく本発明によれば、NIM1はIκBαのように機能することが予測 され、すなわち植物遺伝子調節に対して類似する効果を有する。 インジューサー化学物質により処理される場合、野生型NIM1遺伝子を含む植 物は、より多くのNIM1遺伝子生成物(IκB相同体)又はNIM1遺伝子生成物( IκB相同体)の低いリン酸化を有することが予測される。このモデルによれば 、その結果は、植物NF−κB相同体が核の外に維持され、そしてSAR遺伝子発現 及び耐性応答が生ぜしめられることである。nim1変異植物においては、非機能 的NIM1遺伝子生成物が存在する。従って、このモデルによれば、NF−κB相同 体は、核に自由に進行し、そして耐性及びSAR遺伝子発現を自由に抑制する。 この考えと一致すれば、サリチル酸により処理された動物細胞は、核において 、IκBの高められた安定性/多量性、及び活性NF−κBの低下を示す(Kopp a nd Ghosh,1994)。超−リプレッサー又は優性−陰性体として作用する、IκB の突然変異は知られている(Britta-Mareen Traencknerなど.,EMBO 14:2876-28 83(1995);Brownなど.,Science 267:1485-1488(1996);Brockmanなど.,Mol ecular and Cellular Biology 15:2809-2818(1995);Wangなど.,Science 274 :784-787(1996))。IκBのそれらの変異形は、NF−κBに結合するが、しかし リン酸又はユビキチン化されず、そして従って分解されない。NF−κBはIκB に結合されたまま存続し、そして核中に移動し得ない。 NIM1遺伝子の変更された形 上記観点において、本発明は、SARシグナル伝達経路の優性−陰 性レギュレーターとして作用する、NIM1の変更された形を包含する。NIM1のそ れらの優性陰性形により形質転換された植物は、NIM1の変更された形により形 質転換された植物が構成SAR遺伝子発現及び従ってCIM表現型を示すことで、nim 1変異体植物として反対の表現型を有する。NIM1遺伝子がSARシグナル伝達経路 に持続するこの見解のために、本明細書に特別に開示される変更の他に、遺伝子 への多くの変更が、SAR遺伝子及び従って、CIM表現型の構成発現をもたらすであ ろう。 ヒトIκBαにおけるセリン残基のリン酸化が、IκBαの刺激活性化された 分解、それによるNF−κBの活性化のために必要とされる。ヒトIκBαにおけ るセリン残基のアラニン残基への突然変異誘発は、刺激−誘発されたリン酸化を 阻害し、従って、IκBαプロテオソーム−介在性分解をブロックする(Traenck nerなど.,1995;Brownなど.,1996;Brockmanなど.,1995;Wangなど.,1996) 。IκBαのこの変更された形は、細胞質にNF−κBを保持し、それにより下流 のシグナル化現象をブロックすることによって優性−陰性形として機能すること ができる。図9に示されるNIM1とIκBとの間のアミノ酸比較に基づけば、NIM 1(配列番号3)におけるセリン55(S55)及び59(S59)は、ヒトIκBαに おけるS32及びS36と相同である。NIM1の優性−陰性形を構成するために、ア ミノ酸位置55及び59でのセリンがアラニン残基に突然変異誘発される。従って、 本発明の好ましい態様においては、NIM1遺伝子は、コードされた生成物がアラ ビドプシスNIM1アミノ酸配列の位置55及び59に対応するアミノ酸位置において セリンの代わりにアラニンを有するよう変更される。本発明はまた、そのような NIM1遺伝子の変更された形により形質転換された耐病性トランスジェニック植 物、及び形質転換された植物に耐病性を付与し、そしてSAR 遺伝子発現を活性化するためへの前記NIM1遺伝子のこの変更された形を用いる 方法も包含する。 ユビキチン化リシン残基K21及びK22、及びリン酸化部位S32及びS36を包含 する、ヒトIκBαのアミノ酸1〜36(Brockmanなど.,1995;Sunなど.,1996) 又は1〜72(Sunなど.,1996)の欠失は、トランスフェクトされたヒト細胞培養物 において優性−陰性IκBα表現型をもたらす。NIM1遺伝子生成物の最初の125 個のアミノ酸のN−末端欠失は、上記で論ぜられたS55及びS59でユビキチン化 部位及び推定上のリン酸化部位として作用する8個のリシン残基を除去するであ ろう。従って、本発明の好ましい態様においては、NIM1遺伝子は、コードされ た生成物が生来のアラビドプシスNIM1アミノ酸配列に比較して、最初の125個の アミノ酸をほぼミッシングするよう変更される。本発明はまた、そのようなNIM 1遺伝子の変更された形により形質転換された耐病性トランスジェニック植物、 及び形質転換された植物に耐病性を付与し、そしてSAR遺伝子発現を活性化する ためへのNIM1遺伝子のこの変更された形の使用方法も包含する。 ヒトIκBαのアミノ酸261〜317の欠失は、そのC−末端におけるセリン及び トレオニンの構成リン酸化をブロックすることによって、増強された固有の安定 性をもたらすことができる。IκBαのこの変更された形は、優性−陰性形とし て機能することが予測される。セリン及びトレオニンに富んでいる領域は、NIM 1のC−末端におけるアミノ酸522〜593で存在する。従って、本発明の好ましい 態様においては、NIM1遺伝子は、そのコードされた生成物が、生来のアラビド プシスNIM1アミノ酸配列に比較して、アミノ酸522〜593を包含するそのC−末 端部分をほぼミッシングするよう変更される。本発明はまた、そのようなNIM1 遺伝子の変更された 形により形質転換された耐病性トランスジェニック植物、及びその形質転換され た植物に耐病性を付与し、そしてSAR遺伝子発現を活性化するためへのNIM1遺伝 子のこの変更された形の使用方法も包含する。 本発明のもう1つの態様においては、NIM1遺伝子生成物の変更された形がC −末端及びN−末端セグメントの欠失又はキメラ化の結果として生成される。本 発明のさらにもう1つの態様においては、NIM1遺伝子からのアンキリンドメイ ンを含んで成る構造体が供給される。本発明は、そのようなNIM1キメラ又はア ンキリン構造体により形質転換された耐病性トランスジェニック植物、及びその 形質転換された植物に耐病性を付与し、そしてSAR遺伝子発現を活性化するため へのNIM1遺伝子のそれらの変異体の使用方法を包含する。 本発明は、NIM1遺伝子の変更された形、たとえば上記の形をコードするDNA分 子、そのようなDNA分子を含む発現ベクター、及びそれにより形質転換された植 物及び植物細胞に関する。本発明はまた、NIM1遺伝子生成物の変更された形を コードするDNA分子により植物を形質転換することによって、植物においてSARを 活性化し、そして植物にCIM表現型及び広範囲の耐病性を付与する方法にも関す る。本発明はさらに、NIM1遺伝子の変更された形により形質転換された植物に も関する。 耐病性 植物における野生型NIM1遺伝子の過剰発現、及び植物におけるNIM1遺伝子の 変更された形の発現は、広範囲の次の植物病原体に対しての免疫性をもたらす: ウィルス又はウイロイド、たとえばタバコ又はキュウリモザイクウィルス、輪紋 病ウィルス又は壊死ウィルス、ペラルゴニウム(Pelargonium)葉巻きひげウィル ス、レッド クローバー斑点ウィルス、トマト低木矯化病ウィルス及び同様のウィルス;菌類 、たとえばフィトプソラ・パラシチカ(Phythophthora parasitica)及びペロノ スポラ・タバシナ(Peronospora tabacina);細菌、たとえばプソイドモナス・シ リンガエ(Pseudomonas syringae)及びプソイドモナス・タバシ(Pseudomonas t abaci);昆虫、たとえばアリマキ、たとえばミズス・ペルシカエ(Myzus persica e);及び鱗翅類、たとえばヘリオサスspp.(Heliothus spp.);及び線虫類、た とえばメロイドジネ・インコグニタ(Meloidogyne incognita)(但し、それらだ けには限定されない)。本発明のベクター及び方法は、次のような多くの病原生 物に対して有用である:べと病菌、たとえばスクレロプソラ・マクロスポラ(Scl eropthora macrospora)、スクレロプソラ・ライザイアエ(Sclerophthora rayiss iae)、スクレロスポラ・グラミニコラ(Sclerospora graminicola)、ペロノスク レロスポラ・ソルギ(Peronosclerospora sorghi)、ペロノスクレロスポラ・フ ィリピネンシス(Peronosclerospora philippinensis)、ペロノスクレロスポラ ・サカリ(Peronosclerospora sacchari)及びペロノスクレロスポラ・マイジス (Peronosclerospora maydis);サビ病菌、たとえばプシニア・ソルフィ(Puccini a sorphi)、プシニア・ポリソラ(Puccinia polysora)及びフィソペラ・ゼアエ (Physopella zeae);他の菌類、たとえばセルコスポラ・ゼアエーマイジス(Cer cospora zeae-maydis)、コレトトリカム・グラミニコラ(Colletotrichum gram inicola)、フサリウム・モノリホルム(Fusarium monoliforme)、ギベレラ・ ゼアエ(Gibberella Zeae)、エクセロヒラム・ツルシカム(Exserohilum turcicu m)、カバチエル.ゼアエ(Kabatiellu zeae)、エリシフェ・グラミニス(Erysiph e graminis)、セプトリア(Septoria)及びビポラリス・マイジス(Bipolaris ma ydis);及び細菌、たと えばエルウイナ・ステワルチ(Erwinia stewartii)(但し、それらだけには限定 されない)。 本発明の方法は、広範囲の種類の植物、たとえば裸子植物、単子葉植物及び双 子葉植物に対して耐病性を付与するために使用され得る。耐病性は3種の広いク ラス内に分類されるいづれかの植物に対して付与され得るが、それは特に次のよ うな農業経済学的に重要な収穫植物において有用である:米、小麦、大麦、ライ 麦、トウモロコシ、ジャガイモ、ニンジン、サツマイモ、テンサイ、インゲン豆 、エンドウ豆、チコリー、レタス、キャベツ、カリフラワー、ブロッコリー、カ ブ、ダイコン、ホウレンソウ、アスパラガス、タマネギ、ニンニク、ナス、コシ ョウ、セロリ、カボチャ、ズキニ、キュウリ、リンゴ、ナシ、マルメロ、メロン 、スモモ、サクランボ、モモ、ネクタリン、アプリコット、イチゴ、ブドウ、ラ ーズベリー、ブラックベリー、パイナップル、アボカド、パパイヤ、マンゴ、バ ナナ、大豆、タバコ、トマト、モロコシ及びサトウキビ。形質転換された細胞は 、その遺伝子が損なわれていないトランスジェニック植物に対して耐病性を付与 するよう完全な植物に再生され得る。その発現システムは、耐病性遺伝子が連続 的又は構成的に発現されるよう修飾され得る。 組換えDNA技法 SAR遺伝子発現の誘発を可能にすることによって植物に耐病性を付与するNIM1 DNA分子又は遺伝子フラグメント、又はSAR遺伝子発現を増強することによって 植物に耐病性を付与するNIM1遺伝子の変更された形が、従来の組換えDNA技法を 用いて、植物又は細菌細胞に組込まれ得る。一般的に、これは、配列番号1内に 含まれるDNA分子、又はその機能的変異体、又は上記NIM1の変更された形の1つ をコードする分子を、前記DNA分子が異種である(すなわち 、通常存在しない)発現システム中に挿入することを包含する。異種DNA分子は 、正しい配向で及び正しく読み取り枠と整合して、発現システム又はベクター中 に挿入される。ベクターは、挿入されたタンパク質コードの配列の転写及び翻訳 のための必要な要素を含む。当業界において知られている多数のベクターシステ ム、たとえばプラスミド、バクテリオファージウィルス及び他の修飾されたウィ ルスが使用され得る。適切なベクターは、ウィルスベクター、たとえばλベクタ ー系λgt11,λgt10及びカロンチ;プラスミドベクター、たとえばpBI121,pBR3 22,pACYC177,pACYC184,pARシリーズ、pKK223-3,pUC8,pUC9,pUC18,pUC19 ,pLG339,pRK290,pKC37,pKC101,pCDNAII;及び他の類似するシステムを包含 するが、但しそれらだけには限定されない。本明細書に記載されるNIM1コード 配列、及び変更されたNIM1コード配列は、Maniatisなど.,Molecular Cloning :A Laboratory Manual ,Cold Spring Laboratory,Cold Spring Harbor,New Y ork(1982)により記載のようにして、標準のクローニング方法を用いてベクタ ー中にクローン化され得る。 本発明の遺伝子又は遺伝子フラグメントの効果的な発現を得るためには、十分 な発現レベル又は構成発現をもたらすであろうプロモーターが発現ベクターに存 在すべきである。RNAポリメラーゼは通常、プロモーターに結合し、そして遺伝 子の転写を開始せしめる。プロモーターは、それらの強さ、すなわち転写を促進 する能力において異なる。使用される宿主細胞系に依存して、多くの適切なプロ モーターのいづれか1つが使用され得る。発現カセットの成分は、発現を高める ために修飾され得る。たとえば、切断された配列、ヌクレオチド置換、又は他の 修飾が使用され得る。次に、そのような修飾された発現システムにより形質転換 された植物細胞は、SARの 活性化のために必要な遺伝子の過剰発現又は構成発現を示す。 A.植物形質転換ベクターの構成 多くの形質転換ベクターが植物形質転換のために利用でき、本発明の遺伝子は 、いかなるベクターとも結合させて利用できる。そしてベクターの選択は、好ま しい形質転換技法及び形質転換のための標的物種に依存するであろう。一定の標 的物種のためには、異なった抗生物質又は除草剤選択マーカーが好ましい。形質 転換に通常、使用される選択マーカーは、カナマイシン及び関連する抗生物質に 対する耐性を付与するnpt11遺伝子(Messing & Vierra,Gene 19:259-268(1982 );Bevanなど.,Nature 304:184-187(1983))、除草剤ホスフィノトリシンに対 する耐性を付与するbar遺伝子(Whiteなど.,Nucl.Acids Res.18:1062(1990) ;Spencerなど.Theor.Appl.Genet 79:625-631(1990))、抗生物質ヒグロマ イシンに対する耐性を付与するhph遺伝子(Biochinger & Diggelmann,Mol Cell Biol 4:2929-2931)、及びメタトレキセートに対する耐性を付与するdhfr遺伝 子(Bourouisなど.,EMBO J.2(7): 1099-1104(1983))、並びにグリホサートに対する耐性を付与するEPSPS遺伝子( アメリカ特許第4,940,935号及び第5,188,642号)を包含する。 1.アグロバクテリウム形質転換のために適切なベクター 多くのベクターが、アグロバクテリウム・ツメファシエンス(Agrobacterium t umefaciens)を用いての形質転換のために利用できる。それらは、典型的には、 少なくとも1つのT−DNAボーダー配列を担持し、そしてベクター、たとえばpBI N19(Bevan,Nucl.Acids Res.(1984))及びpXYZを含む。下記に、2種の典型 的なベクターの構成が記載される。 a.pCIB200及びpCIB2001: 二元ベクターpCIB200及びpCIB2001が、アグロバクテリウムと共に使用するた めの組換えベクターの構成のために使用され、そして次の態様で構成される。pT JS75kanが、テトラサイクリン−耐性遺伝子の切り出し、続いて、NPTIIを担持す るpUC4K(Messing & Vierra,Gene 19:259-268(1982);Bevanなど.,Nature 30 4 :184-187(1983);McBrideなど.,Plant Molecular Biology 14:266-276(1990 ))からのAcclフラグメントの挿入を可能にする、pTJS75(Schmidhauser & Helin ski,J.Bacteriol.164:446-455(1985))のNarI消化により創造される。XhoI リンカーが、左及び右T−DNAボーダー、植物選択nos/nptIIキメラ遺伝子及びp UCポリリンカーを含むPCIB7のEcoRVフラグメントに連結され(Rothsteinなど., Gene 53:153-161(1987))、そしてXhoI−消化されたフラグメントがpCIB200を 創造するためにSalI−消化されたpTJS75kan中にクローン化される(また、EP03 32104の例19を参照のこと)。pCIB200は次のユニークポリリンカー制限部位を含 む:EcoRI,SstI,KpnI,BglI,XbaI及びSalI。pCIB2001は、追加の制限 部位のポリリンカー中への挿入により創造されるpCIB200の誘導体である。pCIB 2001のポリリンカー中のユニーク制限部位は、EcoRI,SstI,KpnI,BglII,X baI,SalI,MluI,BclI,AvrII,ApaI,HpaI、及びStuIである。pCIB2001 は、それらのユニーク制限部位を含む他に、また、植物及び細菌カナマイシン選 択、アグロバクテリウム介在の形質転換のための左及び右T−DNAボーダー、E .コリと他の宿主との間の移動のためのRK2−由来のtrfA機能、及びまたRK2か らのOriT及びOriV機能を有する。pCIB2001ポリリンカーは、それら自体の調節シ グナルを含む植物発現カセットのクローニングのために適切である。 b.pCIB10及びそのヒグロマイシン選択誘導体: 二元ベクターpCIB10は、植物における選択のためのカナマイシン耐性をコード する遺伝子、及びT−DNA右及び左ボーダー配列を含み、そしてE.コリ及びア グロバクテリウムの両者における複製を可能にする広い宿主範囲のプラスミドpR K252からの配列を組込む。その構成は、Rothsteinなど.(Gene 53:153-161(198 7))により記載されている。Gritzなど.(Gene 25:179-188(1983))により記載さ れるヒグロマイシンBホスホトランスフェラーゼのための遺伝子を組込むpCIB10 の種々の誘導体が構成される。それらの誘導体は、ヒグロマイシンのみ(pCIB743 )、又はヒグロマイシン及びカナマイシン(pCIB715,pCIB717)に基づいてのト ランスジェニック植物細胞の選択を可能にする。 2.非アグロバクテリウム形質転換のための適切なベクター アグロバクテリウム ツメファシエンスの使用しないでの形質転換は、選択さ れた形質転換ベクターにおけるT−DNA配列のための必要条件を回避し、そして 結果的に、それらの配列を欠いているベクターが、ベクター、たとえばT−DNA 配列を含む上記ベクターの他に、使用され得る。アグロバクテリウムに依存しな い形質転換技法は、粒子衝撃、プロトプラスト摂取(たとえばPEG及びエレクト ロポレーション)、及びマイクロインジェクションを通しての形質転換を包含す る。ベクターの選択は、形質転換される種についての好ましい選択に非常に依存 する。 a.pCIB3064: pCIB3064は、除草剤basta(又はホスフィノトリシン)による選択と組合して、 直接的な遺伝子トランスファー技法のために適切なpUC−由来のベクターである 。プラスミドpCIB246は、E.コリ GUS遺伝子への操作的融合におけるCaMV 35 Sプロモーター及びCaMV35S転写ターミネーターを含んで成り、そしてPCT公開 番号WO93/0 7278号に記載される。このベクターの35Sプロモーターは、開始部位の5’側の 2つのATG配列を含む。それらの部位は、ATGを除去し、そして制限部位SspI及 びPvuIIを生成するような手段で、標準のPCR技法を用いて突然変異誘発される。 新規制限部位は、ユニークSalI部位から96及び37bp及び実際の開始部位から101 及び42bp離れている。pCIB246のその得られる誘導体は、pCIB3025として命名さ れる。次に、GUS遺伝子が、SalI及びSacIによる消化によりpCIB3025から切り 出され、末端がブラント化され、そして再連結され、プラスミドpCIB3060が生成 される。プラスミドpJIT82が、John Innes Gentre,Norwichから得られ、そして ストレプトミセス・ビリドクロモゲネス(Streptomyces viridochromogenes)か らのbar遺伝子を含む400bpのSmaIフラグメントが切り出され、そしてpCIB3060 のHpaI部位中に挿入される(Thompsonなど.,EMBO J :2519-2523(1987))。 これは、CaMV 35Sプロモーター及びターミネーターの制御下での除草剤選択の ためのbar遺伝子、アンピシリン耐性のための遺伝子(E.コリにおける選択の ための)、及びユニーク部位SphI,PstI,HindIII及びBamHIを有するポリリ ンカーを含んで成るpCIB3064を生成した。このベクターは、それら自体の調節シ グナルを含む植物発現カセットのクローニングのために適切である。 b.pSOG19及びpSOG35: pSOG35は、メトトレキセートに対する耐性を付与する選択マーカーとしてE. コリ遺伝子ジヒドロフォレートレダクターゼ(DFR)を利用する形質転換ベクター である。PCRが、35Sプロモーター(約800bp)、トウモロコシ Adh1遺伝子から のイントロン6(約550bp)、及びpSOG10からのGUS非翻訳リーダー配列18bpを増 幅するために使用される。E.コリ ジヒドロフォレートレダクターゼタイ プII遺伝子をコードする250bpのフラグメントがまた、PCRにより増幅され、そし てそれらの2つのPCRフラグメントが、pUC19ベクター主鎖及びノパリンシンター ゼターミネーターを含んで成るpB1221(Clontech)からのSacI−PstIフラグメ ントによりアセンブルされる。それらのフラグメントのアセンブリーは、イント ロン6配列と融合する35Sプロモーター、GUSリーダー、DHFR遺伝子及びノパリ ンシンターゼターミネーターを含むpSOG19を生成する。トウモロコシ退録斑点ウ ィルス(MCMV)からのリーダー配列による、pSOG19におけるGUSリーダーの置換 は、ベクターpSOG35を生成する。pSOG19及びpSOG35は、アンピシリン耐性のため のpUC遺伝子を担持し、そして外来性物質のクローニングのために利用できるHin dIII,SphI,PstI及びEcoRI部位を有する。 B.植物発現カセットの構成のための必要条件 トランスジェニック植物における発現のために意図される遺伝子配列がまず、 適切な高い発現レベルのプロモーターの後ろで及び適切な転写ターミネーターの 上流で、発現カセットにアセンブルされる。次に、それらの発現カセットは、上 記植物形質転換ベクターに容易にトランスファーされ得る。 1.プロモーターの選択 発現カセットに使用されるプロモーターの選択は、トランスジェニック植物に おけるトランスジーンの空間的及び一時的発現パターンを決定するであろう。選 択されたプロモーターは、特定の細胞型(たとえば葉上皮細胞、葉肉細胞、根の 皮膚細胞)又は特定の組織又は器官(根、葉又は花)においてトランスジーンを 発現し、そしてその選択は、NIM1遺伝子生成物又は変更されたNIM1遺伝子生成 物の蓄積の所望する位置に影響を及ぼすであろう。他方では、選択されたプロモ ーターは、正しく誘発された又は他の一時的に調節 されたプロモーター下で遺伝子の発現を駆動することができる。 a.構成発現、CaMV 35Sプロモーター: プラスミドpCGN1761の構成は、引用により本明細書に組込まれる公開された特 許出願EP0392225(例23)に記載されている。pCGN1761は、“二重”35Sプロモー ター、及びtml転写ターミネーター、並びに前記プロモーターとターミネーター との間のユニークEcoRI部位を含み、そしてpUC型主鎖を有する。存在するEcoR I部位の他に、NotI及びXhoI部位を含む修飾されたポリリンカーを有する、pC GN176lの誘導体が構成される。この誘導体はpCGN1761ENXと命名される。pCGN176 1ENXは、トランスジェニック植物における35Sプロモーターの制御下でのそれら の発現のためにそのポリリンカー内のcDNA配列又は遺伝子配列(微生物ORF配列 を含む)のクローニングのために有用である。そのような構成の完全な35Sプロ モーター遺伝子−tmlターミネーターカセットは、形質転換ベクター、たとえば 上記のベクターへのトランスファーのために、プロモーターの5’側のHindIII ,SphI,SalI、及びXbaI部位及びターミネーターの3’側のXbaI,BamHI及 びBglI部位により切り出され得る。さらに、二重35Sプロモーターフラグメン トは、もう1つのプロモーターによる置換のために、HindIII,SphI,SalI,X baI又はPstIによる5’側切断、及びポリリンカー制限部位(EcoRI,NotI又 はXhoI)のいづれかによる3’側切断により除去され得る。 b.翻訳開始部位の最適化によるpCGN1761ENXの修飾: 本明細書に記載されるいづれかの構成のために、クローニング部位のまわりの 修飾が、翻訳を増強することができる配列の導入により行なわれ得る。これは特 に、過剰発現が所望される場合に有用である。 pCGN1761ENXがSphIにより切断され、T4 DNAポリメラーゼにより処理され、 そして再連結され、従って、二重35Sプロモーターの5’側に位置するSphI部 位を破壊する。これは、ベクターpCGN1761ENX/Sph−を生成する。pCGN1761ENX /Sph−が、EcoRIにより切断され、そして配列5'-AATTCTAAAGCATGCCGATCGG-3'/ 5'-AATTCCGATCGGCATGCTTTA-3'(配列番号12及び13)のアニーリングされた分子 アダプターに連結される。これは、ベクターpCGNSENXを生成し、これは、それら の開始メチオニンで異種遺伝子のクローニングのために適切であるSphI部位の それ自体一部であるATGに隣接する擬似−最適化された植物翻訳開始配列TAAA-C を組込んでいる。SphI部位の下流は、EcoRI,NotI、及びXhoI部位が保持さ れている。 開始ATGでNcoI部位を用いる他のベクターが構成される。pCGN1761NENXと命名 されたこのベクターは、pCGN1761ENX EcoRI部位で配列5'-AATTCTAAACCATGGCGAT CGG-3'/5'-AATTCCGATCGCCATGGTTTA-3'(配列番号14及び15)のアニーリングされ た分子アダプターを挿入することによって製造される。従って、ベクターは、Nc oI部位内に存在する開始ATGに隣接する擬似−最適化された配列TAAACCを含む。 下流の部位はEcoRI,NotI及びXhoIである。しかしながら、この操作の前、pC GN1761ENXベクターにおける2つのNcoI部位(5’側35Sプロモーター単位の上 流位置での)は、SphIについて上記に記載される技法に類似する技法を用いて 、又は他方では、“inside-outside”PCR,Innesなど.,PCR Protocols:A Guid eto Methods and Application,Academic Press,New York(1990)を用いて、 破壊される。この操作は、クローニング部位中へのいづれかの植物cDNA又はレポ ーター遺伝子配列の挿入、続く植物における通常の発現分析により、発現に対す るいづれかの可能な有害な効 果についてアッセイされ得る。 c.化学的/病原体調節可能プロモーター下での発現: pCGN1761ENXにおける二重35Sプロモーターは、適切に高い発現レベルをもた らすであろういづれか他の選択のプロモーターにより置換され得る。例によれば 、引用により本明細書に組込まれるアメリカ特許第5,614,395号に記載される化 学的に調節されたPR−1プロモーターは、二重35Sプロモーターを置換すること ができる。選択のプロモーターは、好ましくは、制限酵素によりその源から切り 出されるが、しかし他方では、適切な末端制限部位を担持するプライマーを用い てPCR−増幅され得る。PCR−増幅が開始され、次にプロモーターが、標的ベクタ ーにおける増幅されたプロモーターのクローニングの後、増幅誤差について調べ るために再配列決定されるべきである。化学的に/病原体調節可能タバコPR−1 aプロモーターが、プラスミドpC1B1004(構成についてはEP0332104号、例21を 参照のこと;引用により本明細書中に組込まれる)から切断され、そしてプラス ミドpCGN1761ENX(Uknesなど,1992)にトランスファーされる。pCIB1004がNco Iにより切断され、そして得られる線状化されたフラグメントの3’側オーバー ハングがT4 DNAポリメラーゼによる処理によりブラント化される。次に、フラ グメントがHindIIIにより切断され、そして得られるPR−1a−プロモーター含 有フラグメントがゲル精製され、そして二重35Sプロモーターが除去されている pCGN1761ENX中にクローン化される。これはXhoIによる切断及びT4ポリメラー ゼによるブラント化、続いて、HindIIIによる切断、及びpCIB1004プロモーター フラグメントがクローン化される大きなベクターターミネーター含有フラグメン トの単離により行なわれる。これは、PR−1aプロモーター及びtmlターミネー ター、並びにユニークEcoRI及びNotI部位を有する介在ポリリン カーを有するpCGN1761ENX誘導体を生成する。選択されたNIM1遺伝子はこのベク ター中に挿入され得、そしてその融合生成物(すなわちプロモーター−遺伝子− ターミネーター)が、いづれかの選択された形質転換ベクター、たとえば本出願 に記載されるベクターにトランスファーされ得る。 種々の化学的レギュレーターが、本発明に従って形質転換された植物における NIM1コード配列の発現を誘発するために使用され得る。本発明の開示において 、“化学的レギュレーター”とは、植物におけるPR−1プロモーターのためのイ ンジューサー、又はその密接した誘導体であることが知られている化学物質を包 含する。PR−1プロモーターのためのレギュレーターの好ましいグループは、ベ ンゾ−1,2,3−チアジアゾール(BTH)構造体に基づかれており、そして次の タイプの化合物を包含するが、但しそれらだけには限定されない:ベンゾ−1, 2,3−チアジアゾールカルボン酸、ベンゾ−1,2,3−チアジアゾールチオ カルボン酸、シアノベンゾ−1,2,3−チアジアゾール、ベンゾ−1,2,3 −チアジアゾールカルボン酸アミド、ベンゾ−1,2,3−チアジアゾールカル ボン酸ヒドラジド、ベンゾ−1,2,3−チアジアゾール−7−カルボン酸、ベ ンゾ−1,2,3−チアジアゾール−7−チオカルボン酸、7−シアノベンゾ− 1,2,3−チアジアゾール、ベンゾ−1,2,3−チアジアゾールカルボキシ レート(アルキレート基が1〜6個の炭素原子を含む)、メチルベンゾ−1,2 ,3−チアジアゾール−7−カルボキシレート、n−プロピルベンゾ−1,2, 3−チアジアゾール−7−カルボキシレート、ベンジルベンゾ−1,2,3−チ アジアゾール−7−カルボキシレート、ベンゾ−1,2,3−チアジアゾール− 7−カルボン酸sec−ブチルヒドラジド、及びそれらの適切な誘導体。他の化学 的インジューサーは、たと えば安息香酸、サリチル酸(SA)、ポリアクリル酸及びそれらの置換された誘導 体を包含し;適切な置換基は低級アルキル、低級アルコキシ、低級アルキルチオ 、及びハロゲンを包含する。本発明の化学的に誘発できるDNA配列のためのレギ ュレーターのさらにもう1つのグループは、ピリジンカルボン酸構造体、たとえ ばイソニコチン酸構造体及び好ましくはハロイソニコチン酸構造体に基づかれて いる。好ましいものは、ジクロロイソニコチン酸及びその誘導体、たとえば低級 アルキルエステルである。このクラスのレギュレーター化合物の適切なメンバー は、たとえば2,6−ジクロロイソニコチン酸(INA)及びその低級アルキルエス テル、特にメチルエステルである。 d.構成的発現、アクチンプロモーター: アクチンのいくつかのインフォームは、ほとんどの細胞型において発現される ことが知られており、そして結果的に、アクチンプロモーターが構成プロモータ ーのための良好な選択である。特に、米Actl遺伝子からのプロモーターは、クロ ーン化されており、そして特徴づけられている(McElroyなど,Plant Cell :1 63-171(1990))。プロモーターの1.3kbフラグメントは、米プロトプラストにおけ る発現のために必要とされるすべての調節要素を含むことが見出されている。さ らに、Actlプロモーターに基づく多くの発現ベクターが、単子葉稙物への使用の ために特別に構成されている(McElroyなど,Mol.Gen.Genet.231:150-160(19 91))。それらは、Actl−イントロン1、Adhl5’フランキング配列及びAdhl−イ ントロン1(トウモロコシアルコールデヒドロゲナーゼ遺伝子から)、並びにCa MV 35Sプロモーターからの配列を組込む。最高の発現を示すベクターは、35S 及びActlイントロン、又はActl5’フランキング配列及びActlイントロンの融合 体である。開始ATG(GUSレポー ター遺伝子の)のまわりの配列の最適化はまた、発現を増強した。McElroyなど .(Mol.Gen.Genet.231:150-160(1991)により記載されるプロモーター発現カ セットは、セルラーゼ遺伝子の発現のために容易に修飾され得、そして特に、単 子葉植物宿主への使用のために適切である。たとえば、プロモーター含有フラグ メントは、McElroy構成から除去され、そして特定の遺伝子配列の挿入のために 次に利用できる、pCGN1761ENXにおける二重35Sプロモーターを置換するために 使用される。次に、このようにして構成された融合遺伝子は、適切な形質転換ベ クターにトランスファーされ得る。別の報告においては、その最初のイントロン を有する米Actlプロモーターがまた、培養された大麦細胞において高い発現を方 向づけることが見出されている(Chibbarなど.,Plant Cell Rep.12:506-509( 1993))。 e.構成的発現、ユビキチンプロモーター: ユビキチンは、多くの細胞型に蓄積することが知られているもう1つの遺伝子 生成物であり、そしてそのプロモーターはトランスジェニック植物(たとえば、 ヒマワリ−Binetなど.Plant Science 79:87-94(1991)及びトウモロコシ−Ch ristensenなど.,Plant Molec.Biol.12:619-632(1989))への使用のためにい くつかの種からクローン化されている。トウモロコシユビキチンプロモーターは 、トランスジェニック単子葉植物システムにおいて開発され、そして単子葉植物 形質転換のために構成されたその配列及びベクターが、引用により本明細書に組 込まれる特許公開EP0342926号(Lubrizol)に開示される。Taylorなど.(Plant Cell Rep.12:491-495(1993))は、トウモロコシユビキチンプロモーター及び 第1のイントロンを含んで成るベクター(pAHC25)、及びマイクロプロジェクタ ー衝撃を通して導入される場合、多くの単子葉植物の細胞懸 濁液におけるその高い活性を記載する。ユビキチンプロモーターは、トランスジ ェニック植物、特に単子葉植物におけるセルラーゼ遺伝子の発現のために適切で ある。適切なベクターは、pAHC25の誘導体、又は適切なユビキチンプロモーター 及び/又はイントロン配列の導入により修飾された、本出願に記載される形質転 換ベクターのいづれかである。 f.根特異的発現: 本発明のNIM1遺伝子のための発現のもう1つのパターンは、根発現である。 適切な根プロモーターは、de Framond(FEBS 290:103-106(1991))により、及び 又は引用により本明細書に組込まれる公開された特許出願EP0452269(Ciba-Geig y)に記載される。このプロモーターは、セルラーゼ遺伝子の導入、及び興味あ る形質転換ベクターへの完全なプロモーター−遺伝子−ターミネーターカセット の続くトランスファーのために、適切なベクター、たとえばpCGN1761ENXにトラ ンスファーされる。 g.創傷−誘導性プロモーター: 創傷−誘導性プロモーターはまた、本発明のNIM1遺伝子の発現のために適切 である。多くのそのようなプロモーターは記載されており(たとえば、Xuなど.P lant Molec.Biol.22:573-588(1993);Logemannなど.Plant Cell 1:151- 158(1989);Rohrmeier & Lehle,Plant Molec.Biol.22:783-792(1993); Firekなど.Plant Molec.Biol.22:129-142(1993);Warnerなど.Plant J. :191-201(1993))、そしてすべては本発明への使用のために適切である。Loge monnなどは、双子葉植物のジャガイモwunl遺伝子の5’側上流配列を記載する。 Xuなどは、双子葉植物ジャガイモ(pin2)からの創傷−誘発性プロモーターが単 子葉植物の米において活性的であることを示す。さらに、Rohrmeier & Lehleは 、創 傷誘発され、そして同起源プロモーターを単離するために使用され得るトウモロ コシWipl cDNAの標準技法を用いてのクローニングを記載する。同様に、Firekな ど.及びWarnerなどは、局所創傷及び病原体侵入部位で発現される、単子葉植物 アスパラガス オフィシナリス(Asparagus officinalis)からの創傷−誘発され た遺伝子を記載している。当業界において良く知られているクローニング技法を 用いて、それらのプロモーターは、適切なベクターにトランスファーされ得、本 発明のNIM1遺伝子に融合され得、そして植物創傷の部位でそれらの遺伝子を発 現するために使用され得る。 h.髄−好適(Pith-preferred)発現: 引用により本明細書に組込まれる特許出願WO93/07278(Ciba-Geigy)は、髄細 胞において選択的に発現されるトウモロコシtrpA遺伝子の単離を記載する。転写 の開始から−1726bpまで延長する遺伝子配列及びプロモーターが示される。標準 の分子生物学的技法を用いて、このプロモーター又はその一部は、ベクター、た とえばpCGN1761にトランスファーされ得、ここでそれは35Sプロモーターを置換 することができ、そして髄−選択された態様で外来性遺伝子の発現を駆動するた めに使用され得る。実際、髄−選択されたプロモーター、又はその一部を含むフ ラグメントは、いづれかのベクターにトランスファーされ得、そしてトランスジ ェニック植物への有用性のために修飾され得る。 i.葉−特異的発現: ホスホエノールキルボキシラーゼ(PEPC)をコードするトウモロコシ遺伝子は 、Hudspeth & Grula(Plant MolecBiol 12:579-589(1989))により記載されて いる。標準の分子生物学的技法を用いて、この遺伝子のためのプロモーターは、 トランスジェニック植物において葉−特異的態様で、いづれかの遺伝子の発現を 駆動するた めに使用され得る。 j.クロロプラスト標的化による発現: Chen & Jagendorf(J.Biol.Chem.268:2363-2367(1993)は、異種トランス ジーンの取り入れのためへのクロロプラスト輸送ペプチドの好結果をもたらす使 用を記載している。使用されるこのペプチドは、ニコチアナ プルムバギニホリ ア(Nicotiana plumbaginifolia)からのrbcS遺伝子からの輸送ペプチドである(Po ulsenなど.Mol.Gen.Genet.205:193-200(1986))。制限酵素DraI及びSphI 、及びTsp5091及びSphIを用いて、この輸送ぺプチドをコードするDNA配列が、 プラスミドprbcS−8Bから切り出され、そして上記構成のいづれかと共に使用 するために操作される。DraI−SphIフラグメントは、開始rbcS ATGに関する− 58から、取り入れ切断部位の直後の成熟ペプチドの第1アミノ酸(又はメチオニ ン)(これも含む)まで延長し、そしてTsp5091−SphIフラグメントは、開始rb cSATGに関する−8から、前記成熟ペプチドの第1アミノ酸(これも含む)まで 延長する。 従って、それらのフラグメントは、輸送ペプチドの下流で正しく融合してNIM 1遺伝子の挿入を可能にしながら、選択されたプロモーター(たとえば35S、PR −1a、アクチン、ユビキチン、等)の未翻訳リーダーへの転写融合を生成する いづれかの選択された発現カセットのポリリンカー中に適切に挿入され得る。こ の種類の構成は当業界において日常である。たとえば、DraI末端はすでにブラ ント化されているのに対して、5’Tsp5091部位はT4ポリメラーゼによりブラ ント化され、又は他方では、選択されたプロモーターへのその融合を促進するた めにリンカー又はアダプター配列に連結され得る。3’SphI部位はそれ自体維 持され得、又は選択されたNIM1遺伝子の続く挿入のための適切な制限部位を利 用できるように するためのそのような手段で、選択されたベクター中へのその挿入を促進するた めにリンカー配列のアダプターに連結され得る。理想的には、SphI部位のATGが 維持され、そして選択されたNIM1遺伝子の第1のATGを含んで成る。Chen & Jag endorfは、クロロプラスト輸送のための理想的切断のためのコンセンサス配列を 供給し、そしてそれぞれの場合、メチオニンが成熟タンパク質の第1の位置では 好ましい。続く位置では、一層の変動性が存在し、そしてアミノ酸は決定的でな いかも知れない。いづれにせよ、融合体構成は、Bartlettなど.(Edelmannなど .(Eds.)Methods in Chloroplast Molecular Biology,Elsevier pp 1081-109 1(1982)における)及びWasmannなど.(Mol.Gen.Genet.205:446-453(1986 ))により記載される方法を用いて、輸送の効率をインビトロで評価され得る。 典型的には、最良のアプローチは、アミノ末端での修飾を伴わないで、選択され たNIM1遺伝子又はNIM1遺伝子の変更された形を用いて融合体を生成することで あり、そしてそのような融合体が高い効率で輸送されるクロロプラストでないこ とが明らかである場合、修飾を導入することであり、この場合、修飾は確立され た文献(Chen & Jagendorf;Wasmanなど.;Ko & Ko,J.Biol.Chem.267:13910 -13916(1992))に従って行なわれ得る。 好ましいベクターは、クローニングベクターpCGN1761ENX/Sph−に、prbcS− 8BからのDraI−SphI輸送ペプチドコードフラグメントをトランスファーする ことによって構成される。このプラスミドがEcoRIにより切断され、そして末端 がT4 DNAポリメラーゼによる処理によりブラント化される。プラスミドprbcS −8BがSphIにより切断され、そして配列5'-CCAGCTGGAATTCCG-3'/5'-CGGAATTC CAGCTGGCATG-3'(配列番号16及び17)のアニーリングされた分子アダプターに連 結される。その得られる生成物は、T4キナー ゼによる処理により5’−末端がリン酸化される。DraIによる続く切断は、上 記修飾されたベクターのブラント末端ex−EcoRI部位中に連結される輸送ペプチ ドコードフラグメントを開放する。35Sプロモーターの3’末端に隣接する挿入 体の5’末端により適応されたクローンが、配列決定により同定される。それら のクローンは、rbcS ATGに関する−58から成熟タンパク質のATGまで延長するrbc S−8Aプロモーター−輸送ペプチド配列への35Sリーダー配列のDNA融合体及び この領域に包含されるユニークSphI部位、及び新しく創造されたEcoRI部位、 並びにpCGN1761ENXの存在するNotI及びXhoI部位を担持する。この新しいベク ターは、pCGN1761/CTと命名される。DNA配列が、PCR技法を用いての増幅、及び 適切な酵素による制限酵素切断に続いて、SphI−切断されたpCGN1761/CT中に 連結される、増幅されたATGでのSphI,NSphI又はNlaIII部位の組込みによりpC GN1761/CTにトランスファーされる。構成を促進するためには、クローン化され た遺伝子の生成物の第2アミノ酸を変更することが必要とされるが、しかしなが ら、ほとんどすベての場合、突然変異誘発を指図される標準の部位と共にPCRを 使用することが、切断部位のまわりのいづれかの所望する配列及び成熟タンパク 質の第1のメチオニンの構成を可能にするであろう。 さらに好ましいベクターは、−1038(転写開始部に関する)から成熟タンパク 質の第1のメチオニンまでの十分な長さの光−調節されたrbcS−8Aプロモータ ーを含むprbcS−8AのBamHI−SphIフラグメントによりpCGN1761ENXの二重35S プロモーターを置換することによって構成される。破壊されたSphIを有する修 飾されたpCGN1761がPstI及びEcoRIにより切断され、そしてT4 DNAポリメラ ーゼにより処理され、末端がブラント化される。prbcS−8AがSphIにより切断 され、そして上記配列のアニーリングされた分 子アダプターに連結される。その得られる生成物が、T4キナーゼによる処理に より5’末端をリン酸化される。BamHIによる続く切断は、BamHI末端をブラン ト化するためにT4 DNAポリメラーゼにより処理されるプロモーター輸送ペプチ ド含有フラグメントを開放する。このようにして生成されたプロモーター輸送ペ プチドフラグメントが調製されたpCGN1761ENXベクター中にクローン化され、異 種遺伝子の挿入のための切断部位に位置するSphI部位と共にrbcS−8Aプロモー ター及び輸送ペプチドを含んで成る構造体を生成する。さらに、SphI部位の下 流に、EcoRI(再創造された)、NotI、及びXhoIクローニング部位が存在する 。この構造体をpCGN1761rbcS/CTと命名する。 類似する操作が、他の源(単子葉植物及び双子葉植物)からの及び他の遺伝子 からの他のGS2クロロプラスト輸送ペプチドコード配列を利用するために取られ 得る。さらに、類似する方法に従って、他の非細胞区画、たとえばミトコンドリ アへの標的化を達成することができる。 2.転写ターミネーター 種々の転写ターミネーターが発現カセットへの使用のために利用できる。それ らは、トランスジーン及びその正しいアデニル化を越えて転写の停止を担当する ことができる。適切な転写ターミネーターは、植物において機能することが知ら れているものであり、そしてCaMV 35Sターミネーター、tmlターミネーター、 ノパリンシンターゼターミネーター及びエンドウrbcS E9ターミネーターを包 含する。それらは、単子葉植物及び双子葉植物の両者に使用され得る。 3.発現の増強又は調節のための配列 多くの配列が転写単位内からの遺伝子発現を増強することが見出 されており、そしてそれらの配列はトランスジェニック植物におけるそれらの発 現を高めるために本発明の遺伝子と共に使用され得る。 種々のイントロン配列が特に単子葉植物細胞における発現を増強することが知 られている。たとえば、トウモロコシAdhI遺伝子のイントロンは、トウモロコ シ細胞中に導入される場合、その同起源のプロモーター下で野生型遺伝子の発現 を有意に増強することが見出された。イントロン1は、クロラムフェニコールア セチルトランスフェラーゼ遺伝子を有する融合構造体において、特に効果的であ り、そして発現を増強することが見出された(Callisなど.,GenesDevelop. :1183-1200(1987))。同じ実験システムにおいて、トウモロコシbronze1遺伝 子からのイントロンは、発現の増強において類似する効果を有した。イントロン 配列は、植物形質転換ベクター中に、典型的には、非翻訳リーダー内に通常組込 まれて来た。 ウィルスに由来する多くの非翻訳リーダー配列がまた、発現を増強することが 知られており、そしてそれらは特に、双子葉植物細胞において効果的である。特 に、タバコモザイクウィルス(TMV,“W−配列”)、トウモロコシ退録斑点ウ ィルス(Chlorotic Mottle Virus)(MCMV)及びアルファルファモザイクウィル ス(AMV)からのリーダー配列が、発現を増強することにおいて効果的であること が示されている(たとえば、Gallieなど.Nucl.Acids.Res.15:8693-8711(1 987);Skuzeskiなど.,PlantMolec.Bio.15:65-79(1990))。 4.細胞内の遺伝子生成物の標的化 遺伝子生成物を標的化するための種々の機構が植物に存在することが知られて おり、そしてそれらの機構の機能を制御する配列がいくらか詳細に特徴づけられ ている。たとえば、クロロプラストへの 遺伝子生成物の標的化は、成熟タンパク質を生成するためにクロロプラスト輸送 の間に切断される種々のタンパク質のアミノ末端で見出されるシグナル配列によ り制御される(たとえば、Comaiなど.,J.Biol.Chem.263:15104-15109(1988 ))。それらのシグナル配列は、クロロプラスト中への異種生成物の輸送をもた らすために異種遺伝子生成物に融合され得る(van den Broeckなど.Nature 313 :358-363(1985))。適切なシグナル配列をコードするDNAが、RUBISCOタンパク質 、CABタンパク質、EPSPシンターゼ酵素、GS2タンパク質、及び局在されるクロ ロプラストであることが知られている多くの他のタンパク質をコードするcDNAの 5’末端から単離され得る。 他の遺伝子生成物は、他のオルガネラ、たとえばミトコンドリア及びペルオキ シソームに局在される(たとえば、Ungerなど,Plant Molec.Biol.13:411-41 8(1989))。それらの生成物をコードするcDNAはまた、それらのオルガネラへの 異種遺伝子生成物の標的化をもたらすために操作され得る。そのような配列の例 は、核−コードのATPアーゼ、及びミトコンドリアのための特異的アスパラギン 酸アミノトランスフェラーゼイソフォームである。標的化する細胞タンパク質本 体は、Rogersなど.(Proc.Natl.Acad.Sci.USA 82:6512-6516(1985))により 記載されている。 さらに、他の細胞区画への遺伝子生成物の標的化を引き起こす配列が特徴づけ られている。アミン末端配列は、糊粉細胞からのER、アパブラスト及び細胞外分 泌物への標的化を担当する(Koehler & Ho,Plant Cell :769-783(1990))。さ らに、カルボキシ末端配列に関するアミノ末端配列は、遺伝子生成物の液胞標的 化を担当している(Shinshiなど.,Plant Molec.Biol.14:357-368(1990))。 注目のトランスジーン配列への上記の適切な標的化配列の融合により、いづれ かのオルガネラ又は細胞区画へのトランスジーン生成物の指図を可能にする。た とえば、クロロプラスト標的化のためには、RUBISCO遺伝子、CAB遺伝子、EPSPシ ンターゼ遺伝子、又はGS2遺伝子からのクロロプラストシグナル配列がトランス ジーンのアミノ末端ATGに読み取り枠を整合して融合される。選択されたシグナ ル配列は既知の切断部位を含むべきであり、そして構成される融合体は切断のた めに必要とされる切断部位の後のいづれかのアミノ酸を考慮すべきである。多く の場合、この必要条件は、切断部位とトランスジーンATGとの間への少数のアミ ノ酸の付加、又は他方では、トランスジーン配列によるいくつかのアミノ酸の置 換により満たされ得る。クロロプラスト輸送のために構成される融合体は、Edel mannなど.(Eds.)Methods in Chloroplast Molecular Biology,Elsevier pp 1081-1091(1982)及びWasmannなど.Mol.Gen.Genet.205:446-453(1986) において、Bartlettにより記載される技法を用いて、インビトロ転写された構造 体のインビトロ翻訳によるクロロプラスト摂取、続くインビトロでのクロロプラ スト摂取の効能について試験される。それらの構成技法は、当業界において良く 知られており、そしてミトコンドリア及びペルオキシソームに均等に適用できる 。 細胞標的化のための上記機構は、標的化シグナルが由来するプロモーターの発 現パターンと異なる発現パターンを有するプロモーターの転写調節下で特定の細 胞−標的化目的をもたらすために、それらの同起源のプロモーターに関してのみ ならず、また異種プロモーターに関しても使用され得る。 C.形質転換 NIM1コード配列が発現システム中にクローン化されると、それ は植物細胞中に形質転換される。形質転換のための適切な植物組織は、葉組織、 根組織、分裂組織及びプロトプラストを包含する。現システムは、形質転換され 、そして再生され得るいづれかの植物において使用され得る。形質転換及び再生 のためのそのような方法は当業界において良く知られている。植物発現カセット の構成、及び植物中への外来性DNAの導入のためのそのような方法は一般的に文 献に記載されている。一般的に、植物中への外来性DNAの導入のためには、Tiプ ラスミドベクターが、外来性DNAの供給のために使用されて来た。直接的なDNA摂 取、リポソーム、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション及びマイ クロプロジェクションが、そのような供給のためにまた使用されて来た。そのよ うな方法は、文献に公開されている。たとえば、次の文献を参照のこと:Bilang など.(1991)Gene 100:247-250;Scheidなど.,(1991)Mol .Gen.Genet.2 28:104-112;Guercheなど.,(1987)Plant Science 52:111-116;Neuhauseな ど.,(1987)Theor .Appl.Genet.75:30-36;Kleinなど.,(1987)Nature 3 27:70-73;Howellなど.,(1980)Science 208:1265;Horschなど.,(1985)Science 227:1229-1231;DeBlockなど.,(1989)Plant Physiology 91:694-7 01;Methods for Plant Molecular Biology(Weissbach and Weissbach,eds.) Academic Press,Inc.(1988);及びMethods in Plant Molecular Biology(S chuler and Zielinski,eds.)Academic Press,Inc.(1989)。また、引用によ り本明細書に組込まれるアメリカ特許第5,625,136号も参照のこと。形質転換の 方法は、形質転換されるべき植物細胞に依存するであろうことが理解される。さ らに次の文献を参照のこと: また、引用により本明細書中に組込まれるアメリカ特許第5,639,949号も参照の こと。 アグロバクテリウム属からの細菌は、植物細胞を形質転換するために使用され 得る。そのような細菌の適切な種は、アグロバクテリウム ツメファシエンス(A grobacterium tumefaciens)及びアグロバクテリウム リゾゲンス(Agrobacteriu m rhizogens)を包含する。アグロバクテリウム ツメファシエンス(たとえば、 菌株LBA4404又はEHA105)は、植物を形質転換するその良く知られた能力のため に特に有用である。 1.双子葉植物の形質転換 双子葉植物のための形質転換技法は、当業界において良く知られており、そし てアグロバクテリウムに基づく技法、及びアグロバクテリウムを必要としない技 法を包含する。非アグロバクテリウム技法は、プロトプラスト又は細胞による外 因性遺伝子材料の直接的な摂取を包含する。これは、PEG又はエレクトロポレー ション介在摂取、粒子衝撃−介在供給、又はマイクロインジェクションにより達 成され得る。それらの技法,の例は、Paszkowskiなど.,EMBO J :2717-2722 (1984);Potrykusなど.,Mol.Gen.Genet.199:169-177(1985);Reichなど. ,Biotechnology :1001-1004(1986);及びKleinなど.,Nature 327:70-73 (1987)により記載される。個々の場合、形質転換された細胞は、当業界におい て知られて いる標準の技法を用いて、完全な植物に再生される。 アグロバクテリウム介在形質転換は、形質転換のその高い効率、及び多くの異 なった種とのその広い利用能力のために、双子葉植物の形質転換のための好まし い技法である。多くの収穫種は、アルファルファ及びポプラーである(EP031751 1(綿)、EP0249432(トマト、Calgeneによる)、WO87/07299(ブラシカ、Calgene による)、アメリカ特許第4,795,855号(ポプラー))。アグロバクテリウム形 質転換は典型的には、共有するTiプラスミド又は染色体上の宿主アグロバクテリ ウム株により担持されるvir遺伝子の相補体に依存する適切なアグロバクテリウ ム株(たとえばpCIB200及びpCIB2001)のための株CIB542(Uknesなど.,Plant C ell :159-169(1993))への興味ある外来性DNAを担持する二元ベクター(たと えばpCIB200又はpCIB2001)のトランスファーを包含する。アグロバクテリウム への組換え二元ベクターのトランスファーは、組換え二元ベクターを担持するE .コリ、プラスミド、たとえばpRK2013を担持し、そして標的アグロバクテリウ ム株に組換え二元ベクターを移動することができるヘルパーE.コリ株を用いて 、三両親対合方法により達成される。他方では、組換え二元ベクターが、DNA形 質転換によりアグロバクテリウムトランスファーされ得る(Hofgen & Willmitze r,Nacl.AcidsRes.16:9877(1988))。 組換えアグロバクテリウムによる標的植物種の形質転換は通常、植物からの外 植片と共にアグロバクテリウムの同時培養を包含し、そして当業界において良く 知られているプロトコールに従う。形質転換された組織は、二元プラスミドT− DNA境界間に存在する抗生物質又は除草剤耐性マーカーを担持する選択培地上で 再生される。 遺伝子により植物細胞を形質転換するもう1つのアプローチは、植物組織及び 細胞に不活性又は生物学的活性粒子を推進することを 包含する。この技法は、アメリカ特許第4,945,050号;第5,036,006号;及び第5, 100,792号(すべて、Sanfordなどによる)に開示される。一般的に、この方法は 、細胞の外表面に侵入し、そしてその内部への組込みを付与するのに効果的な条 件下で、細胞への不活性又は生物学的活性粒子を推進することを包含する。不活 性粒子が使用される場合、ベクターは、所望する遺伝子を含むベクターにより粒 子を被覆することによって細胞中に導入され得る。他方では、標的細胞は、ベク ターが粒子の跡を追って細胞中に運ばれるよう、ベクターにより取り囲まれ得る 。生物学的活性粒子(たとえば、乾燥された酵母細胞、乾燥された細菌又はバク テリオファージ;それぞれ導入されるDNAを含む)がまた、植物細胞組織中に推 進され得る。 2.単子葉植物の形質転換 ほとんどの単子葉植物種の形質転換は現在、日常になって来た。好ましい技法 は、PEG又はエレクトロポレーション技法を用いてのプロトプラスト中への直接 的な遺伝子トランスファー、及び細胞組織中への粒子衝撃を包含する。形質転換 は、単一のDNA種又は複数のDNA種(すなわち、同時形質転換)により行なわれ得 、そしてそれらの両技法は、本発明への使用のために適切である。同時形質転換 は、完全なベクター構成の回避の利点、及び興味ある遺伝子、及び続く生成にお ける選択マーカーの除去を可能にする、選択マーカーのための連鎖されていない 遺伝子座を有するトランスジェニック植物の生成の利点を有する。しかしながら 、同時形質転換の使用の欠点は、別々のDNA種がゲノム中に組込まれる頻度が100 %以下であることである(Schocherなど.Biotechnology :1093-1096(1986) )。 特許出願EP0292435(〔1280/1281〕,Ciba-Geigy),EP0392225( Ciba-Geigy)及びWO93/07278(Ciba-Geigy)は、トウモロコシの選択された近交 系からのカルス及びプロトプラストの調製、PEG又はエレクトロポレーションを 用いてのプロトプラストの形質転換、及び形質転換されたプロトプラストからの トウモロコシ植物の再生のための技法を記載する。Gordon-Kammなど.(PlantCe ll :603-618(1990))及びFrommなど.(Blotechnology :833-839(1990))は 、粒子衝撃を用いてのA188−由来のトウモロコシ系の形質転換のための技法を公 開している。さらに、特許出願WO93/07278(Ciba-Geigy)及びKozielなど.(Bi otechnology 11:194-200(1993))は、粒子衝撃によるトウモロコシ選択され た近交系の形質転換のための技法を記載する。この技法は、授粉の後14〜15日で のトウモロコシ耳から切除された1.5〜2.5mmの長さの未熟トウモロコシ胚、及び 衝撃のためのPDS−1000He Biolistics装置を使用する。 イネの形質転換はまた、プロトプラスト又は粒子衝撃を用いる直接的な遺伝子 トランスファー技法により行なわれ得る。プロトプラスト−介在形質転換は、ジ ャポニカ(Japonica)型及びインジカ(Indica)型について記載されている(Zh angなど.Plant Cell Rep :379-384(1988);Shimamotoなど.Nature 338: 274-277(1989);Dattaなど.Biotechnology :736-740(1990))。両型はま た、粒子衝撃を用いても通常、形質転換できる(Christouなど.Biotechnology :957-962(1991))。 特許出願EP0332581(Ciba-Geigy)は、ポイデアエ(Pooideae)プロトプラスト の生成、形質転換及び再生のための技法を記載する。それらの技法は、ダクチリ ス(Dactylis)及び小麦の形質転換を可能にする。さらに、粒子衝撃を用いて、 C型の長期再生可能カルスの細胞中への小麦形質転換がVasilなど.(Biotechno logy 10:667-674(1992))により記載され、そしてまた、未熟胚及び未熟胚− 由来のカルスの粒子衝撃を用いての小麦形質転換がVasilなど.(Biotechnology 11:1553-1558(1993))及びWeeksなど.(Plant Physiol.102:1077-1084(199 3))により記載されている。しかしながら、小麦形質転換のための好ましい技法 は、未熟胚の粒子衝撃による小麦の形質転換を包含し、そして遺伝子供給の前、 高いスクロース又は高いマルトース段階を包含する。衝撃の前、いづれかの数の 胚(0.75〜1mmの長さ)が、3%スクロース、及び暗やみでの進行を可能にする 、体細胞胚の誘発のための3mg/lの2,4−Dを有するMS培地上にプレートさ れる(Murashiga & Skoog,Physiologia Plantarum 15:473-497(1962))。衝撃 の選択された日、胚が誘発培地から除去され、そしてオスモチカム(Osmoticum) (すなわち、所望する濃度、典型的には15%で添加されるスクロース又はマルト ースを有する誘発培地)上に置かれる。胚は2〜3時間、原形質分離を可能にさ れ、そして次に、衝撃を与えられる。標的プレート当たり20個の胚が典型である が、しかしそれは決定的ではない。適切な遺伝子担持プラスミド(たとえばpCIB3 064又はpSG35)が、標準の方法を用いて、μmサイズの金粒子上に沈殿される。 胚の個々のプレートが、標準の80メッシュスクリーンを用いて、約1000ps 発射される。衝撃の後、胚は暗室に戻され、約24時間、再生される(オスモチカ ム上で)。24時間後、胚はオスモチカムから除かれ、そして誘発培地上に戻され 、ここでそれらは、再生の前、約1ヵ月間とどまる。約1ヵ月後、成長する胚形 成カルスを有する胚外植片が、適切な選択剤(pCIB3064の場合、10mg/lのバス タ及びpSOG35の場合、2mg/lのメトトレキセート)をさらに含む再生培地(MS +1mg/lのNAA,5m/lのGA)にトランスファーされる。約1ヵ月後、生 長した苗条が、半分の強さのMS,2%のスクロース、及 び同じ濃度の選択剤を含む、“GA7s”として知られる大きな滅菌された容器にト ランスファーされる。特許出願08/147,161号は、小麦形質転換のための方法を記 載し、そしてそれは引用により本明細書に組込まれる。 つい最近、アグロバクテリウムを用いての単子葉植物の形質転換が記載されて いる。WO94/00977号及びアメリカ特許第5,591,616号(両者とも引用により本明 細書中に組込まれる)を参照のこと。 育 種 本発明の単離された遺伝子フラグメント又はNIM1遺伝子の変更された形は、 広範囲の種類の植物細胞、たとえば裸子植物、単子葉植物及び双子葉植物の細胞 に対して耐病性を付与するために使用され得る。その遺伝子はそれらの広い種類 内に分類されるいづれかの植物細胞中に挿入され得るが、それは次の収穫物植物 の細胞において特に有用である:イネ、小麦、大麦、ライ麦、トウモロコシ、ジ ャガイモ、ニンジン、サツマイモ、テンサイ、インゲン豆、エンドウ豆、チコリ ー、レタス、キャベツ、カリフラワー、ブロッコリー、カブ、ダイコン、ホウレ ンソウ、アスパラガス、タマネギ、ニンニク、ナス、コショウ、セロリ、カボチ ャ、ズキニ、キュウリ、リンゴ、ナシ、マルメロ、メロン、スモモ、サクランボ 、モモ、ネクタリン、アプリコット、イチゴ、ブドウ、ラーズベリー、ブラック ベリー、パイナップル、アボカド、パパイヤ、マンゴ、バナナ、大豆、タバコ、 トマト、モロコシ及びサトウキビ。 生成及び品質のために重要な他の特徴と組合して、SAR遺伝子の構成発現のた めに必要なNIM1遺伝子及びその変異体の過剰発現は、育種を通して植物系中に 組込まれ得る。従って、本発明のさらなる態様は、本発明のNIM1タンパク質の 変更された形をコードする単離されたDNA分子を含んで成るトランスジェニック 親植物のトラ ンスジェニック子孫の生成方法であり、ここで前記方法は、本発明の組換えベク ター分子により前記親植物を形質転換し、そして既知の植物育種技法を用いて前 記トランスジェニック親植物の子孫に形質をトランスファーすることを含んで成 る。 育種アプローチ及び技法は当業界において知られている。たとえば、WelshJ.R .,Fundamentals of Plant Genetics and Breeding,John Wiley & Sons,NY(1 981);Crop Breeding,Wood D.R.(Ed.)American Society of Agronomy Madi son,Wlsconsin(1983);Mayo O.,The Theory of Plant Breeding,Second Ed ition,Clarendon Press,Oxford(1987);Singh,D.P.,Breeding for Resist ance to Diseases and InsectPests ,Springer-Verlag,NY(1986);及びWrick e and Weber,Quantitative Genetics and Selection Plant Breeding,Walter de Gryter and Co.,Berlin(1986)を参照のこと。 トランスジェニック種子及び植物中に構築された遺伝的性質の伝 達及び子孫 植物における維持: 上記トランスジェニック種子及び植物中に構築された遺伝的性質は、有性生殖 又は栄養増殖により伝達され、そして従って、子孫植物に維持され、そして増殖 される。一般的に、前記維持及び増殖は特定の目的、たとえば耕作、種まき、又 は収穫を適合するために開発された既知の農業方法を使用する。特殊化された方 法、たとえば水栽培又は温室技法がまた適用され得る。生長する収穫物は昆虫又 は感染により引き起こされる攻撃及び損傷、並びに雑草植物による競争に対して 無防備であるので、雑草、植物病、昆虫、線虫、及び他の悪条件を制御する処置 が取られる。それらは、機械的処置、たとえば土壌の耕作又は雑草及び感染され た植物の除去、並びに農薬、たとえば除草剤、殺カビ剤、殺生殖体剤、殺線虫剤 、生長調節剤 、熟成剤及び殺昆虫剤の適用を包含する。 本発明のトランスジェニック植物及び種子の好都合な遺伝的性質が、改良され た性質、たとえば害虫、除草剤、又はストレスに対する耐性、改良された栄養価 値、高められた収率、又は移し換え又は破壊からの損傷を低くする改良された構 造を有する植物の改良を目的とする植物育種に使用される。種々の育種段階、た とえば交雑される系統の選択、親系統の直接的な授粉、又は適切な子孫植物の選 択が、十分に定義されたヒト介入により特徴づけられている。所望する性質に依 存して、異なった育種処置が取られる。関連する技法は、当業界において良く知 られており、そしてハイブリダイゼーション、近親交配、戻し交雑、複数系統交 配、品種ブレンド、異種間ハイブリダイゼーション、異数体技法、等を包含する が、但しそれらだけには限定されない。ハイブリダイゼーション技法はまた、機 械的、化学的又は生化学的手段による、雄性又は雌性不稔植物を生成するための 植物の滅菌を包含する。異なった系統の花粉による雄性不稔植物の他花受粉は、 雌性不稔植物ではなく雄性不稔植物のゲノムが両親系統の性質を均等に得るだろ うことを確かにする。従って、本発明のトランスジェニック種子及び植物は、従 来の方法、たとえば除草剤又は殺虫剤処理の有効性を高め、又はそれらの修飾さ れた遺伝的性質のために前記方法の免除を可能にする改良された植物系の育種の ために使用され得る。他方では、それらの最適化された遺伝的“装置”のために 、比較できる悪い生長条件を耐えることができなかった生成物よりも良好な性質 の収穫された生成物を生成する、改良されたストレス耐性を有する新規収穫物が 得られる。 種子生成において、種子の発芽品質及び均等性は必須の生成物特徴であり、と ころが農家により収穫され、そして売られている種子の発芽品質及び均等性は重 要ではない。他の収穫物及び雑草の種子 から収穫物を保護し、種子から生まれる疾病を制御し、そして良好な発芽により 種子を生成することは困難であるので、かなり広範で且つ十分に定義された種子 生成実施が純粋な種子の生長、条件づけ及び市販を当業界において経験される種 子生産者により開発されて来た。従って、農家が彼ら自身の収穫物から収穫され た種子を用いる代わりに認定された種子の特定品質の標準を購入することは、通 常のことである。種子として使用されるべき増殖材料は、除草剤、殺昆虫剤、殺 カビ剤、殺細菌剤、殺線虫剤、軟体動物駆除剤、又はそれらの混合物を含んで成 る収穫被膜により通常処理される。習慣的に使用される保護被膜は、化合物、た とえばカプタン、カルボキ は、細菌、菌類又は動物害虫により引き起こされる損傷に対する保護を提供する ために当業界において習慣的に使用される追加のキャリヤー、界面活性剤又は適 用促進アジュバントと共に配合される。その保護被膜は、液体配合物により増殖 材料を含浸することによって、又は組合された湿潤又は乾燥配合物により被覆す ることによって適用され得る。他の適用方法、たとえば芽又は果物への指図され た処理方法がまた、可能である。 新規の農業用方法、たとえばトランスジェニック植物、トランスジェニック植 物材料、トランスジェニック種子の本発明に従っての使用により特徴づけられる 上記に例示された方法を提供することが本発明のもう1つの観点である。 種子は、適切な包装材料から構成される、種子を含むために密封され得るバッ グ、又は容器に供給され得る。それらのバッグ又は容器は、種子の短期又は長期 、又は両者の貯蔵のために企画され得る。適切な包装材料の例は、紙、たとえば クラフト紙、硬質又は柔軟 なプラスチック又は他のポリマー材料、ガラス又は金属を包含する。所望には、 バッグ又は容器は、同じか又は異なったタイプの多くの層の包装材料から構成さ れる。1つの態様において、バッグ又は容器は、水及び湿気の種子との接触を排 除し、又は制限するよう供給される。1つの例においては、バッグ又は容器は、 水又は湿気の侵入を防ぐために、密封され、たとえばヒートシールされる。もう 1つの態様においては、水吸着材料が、包装材料層間に又は隣接して配置される 。さらにもう1つの態様において、バッグ、又は容器、又はそれが構成される包 装材料は、疾病、汚染、又は種子の貯蔵又は輸送の他の悪影響を制限し、抑制し 、又は防ぐために処理される。そのような処理の例は、化学的手段、又は放射線 への照射による滅菌である。野生型植物においてよりも高いレベルで前記形質転 換された植物において発現される少なくとも1つのNIM1タンパク質の変更され た形又はNIM1タンパク質を含んで成るトランスジェニック植物の種子、及び適 切なキャリヤー、並びに広い耐病性を植物に付与するためのラベル使用説明書を 含んで成る市販のバッグが、本発明により包含される。 耐病性 耐病性の評価は、当業界において知られている方法により実施される。たとえ ば、Uknesなど,(1993)Molecular Plant Microbe Interactions 6:680-685 ;Gorlachなど,(1996)Plant Cell :629-643;Alexanderなど.,Proc.Nat l.Acad.Sci.USA 90:7327-7331を参照のこと。 A.ファイトプソラ・パラシチカ(Phytophthora parasitica)(Blackshank)耐 性アッセイ ファイトプソラ・パラシチカ、すなわちブラックシャンクの原因生物に対する 耐性についてのアッセイが、Alexanderなど.,Proc. Natl.Acad.Sci.USA 90:7327-7331に記載のようにして生長せしめられた6週 目の植物に対して実施される。植物を水で潤し、十分に排水し、そして次に、土 壌に10mlの胞子ノウ懸濁液(300個の胞子ノウ/ml)を適用することによって接種 する。接種された植物を、23〜25℃の日中温度、及び20〜22℃の夜間温度で維持 される温室に維持する。アッセイのために使用されるしおれ指数は次の通りであ る:0=徴候なし;1=徴候なし;1=低められた膨張を伴ってのいくらかのし おれの徴候;2=明確なしおれ徴候、但し腐敗又は発育阻害はない;3=発育阻 害を伴っての明確なしおれ徴候、但し明らかな茎の腐敗は存在しない;4=眼に 見える茎の腐敗及び根システムへのいくらかの損傷を伴っての重度のしおれ;5 =4のようであるが、但し植物は死に近く、又は死亡し、そして根システムの重 度の減少を伴う。すべてのアッセイは、ランダム企画で配列された植物に対して 盲目的に評点を付けられる。 B.プソイドモナス・シリンガエ(Pseudomonas syringae)耐性アッセイ プソイドモナス・シリンガエpv.タバチ株#551を、106又は3×106/ml水の濃 度でいくつかの6〜7週目の植物の2枚の下部の葉中に注入する。6本の個々の 植物を個々の時点で評価する。フソイドモナス タバチにより感染された植物を 、次の5点疾病重度規模で評価する:5=100%の死亡組織、0=徴候なし。T −試験(LSD)を個々の日のための評価に対して行ない、そしてグループ分けは、 平均疾病評価値の後に示される。評価のその日、同じ文字により追跡される値は 、統計学的に有意に異ならない。 C.セルコスポラ・ニコチアナエ(Cercosporanicotianae)耐性アッセイ セルコスポラ・ニコチアナエ(ATCC#18366)の胞子懸濁液(100,0 00〜150,000個の胞子/ml)を、葉の表面上に今にも流出するぐらいまで噴霧す る。植物を5日間、100%湿度で維持する。その後、植物を、1日当たり5〜10 回、水により噴霧する。6個の個々の植物をそれぞれの時点で評価する。セルコ スポラ ニコチアナエを、疾病徴候基準を示す%葉面積に基づいて評価する。T −試験(LSD)を個々の日のための評価に対して行ない、そしてグループ分けは、 平均疾病評価の後に示される。評価のその日、同じ文字により追跡される値は、 統計学的に有意に異ならない。 D.ペロノスポラ・パラシチカ(Peronospora parasitica)耐性アッセイ ペロノスポラ・パラシチカの耐性についてアッセイを、Uknesなど.(1993)に 記載のようにして、植物に対して行なう。植物を、分生子懸濁液(約5×109個 の胞子/ml)により噴霧することによってP.パラシチカの攻撃性単離物により 接種する。接種された植物を、14時間の日中/10時間の夜間サイクルで増殖チャ ンバーにおいて17℃で湿気条件下でインキュベートする。植物を、分生子柄の存 在のために接種の後、3〜14日、好ましくは7〜12日で試験する。さらに、個々 の処置からのいくつかの植物をランダムに選択し、そして顕微鏡試験のために、 ラクトフェノールートリパンブルー(Keoghなど.,Trans.Br.Mycol.Soc.74: 329-333(1990))により染色する。 図面の簡単な説明 図1は、野生型及びnim1植物におけるSAR遺伝子発現の誘発に対する化学的誘 発剤の効果を示す。SAR遺伝子の化学的誘発は、nim1植物において低められる。 水、SA、INA又はBTHが野生型(WT)及びnim1植物に適用される。3日後、RNAが それらの植物から 調製され、そしてPR−1,PR−2及びPR−5の発現について試験される。 図2は、病原体−感染されたWs−O及びnim1植物におけるPR−1遺伝子発現 を示す。PR−1の病原体誘発は、nim1植物において低められる。野生型(WT) 及びnim1植物がP.パラシチカのEmwa品種により噴霧接種される。サンプルが 0,1,2,4及び6日で集められ、そしてRNAがPR−1 mRNA蓄積を測定するた めにA.タリアナPR−1 cDNAプローブによるブロットハイブリダイゼーション により分析される。 図3は、病原体感染又は化学的処理の後、nim1変異体及び野生型植物におけ るPR−1 mRNAの蓄積を示す。nim1対立遺伝子nim1−1,−2,−3,−4, −5及び−6、及びWs−O(Ws)を含む植物が、RNA単離の3日前、水(C)、S A、INA又はBTHにより処理される。Emwaサンプルが、P.パラシチカのEmwa単離 物による接種の14日後、植物から単離されたRNAから成る。ブロットが、プロー ブとしてアラビドプシスPR−1 cDNAを用いてハイブリダイズせしめられた。 図4は、P.シリンガエにより感染されたWs−O及びnim1植物におけるSA蓄 積のレベルを示す。nim1植物は、病原体暴露に続いて、SNAを蓄積する。野生型 及びnim1植物の葉は、Pst DC3000(avr Rpt2)又はキャリヤー媒体(10mMのMgCl2 )のみにより浸透される。2日後、サンプルが、未処理の、MgCl2−処理された 、及びDC3000(avr Rpt2)−処理された植物から集められた。細菌−処理された サンプルは、一次(浸透された)及び二次(浸透されていない)葉に分離された 。β−グルコシダーゼによる加水分解に続いて、遊離SA及び合計SAがHPLCにより 定量化された。誤差バーは、3種の重複サンプルのSDを示す。 図5A〜Dは、NIM1領域においてBAC,YAC及びコスミドを示した組換え体上 の中心にある染色体領域の上昇するレベルの分離能での全体的な地図を示す。 (A)染色体1上のNIM1の地図位置。評点をつけられた配偶子の合計数。 (B)酵母人工染色体(ストライプのある)、細菌人工染色体(BAC)、及びNIM 1をクローン化するために使用されるP1クローン。 (C) NIM1遺伝子座をカバーするコスミドクローン。nim1−1を補足する 3種のコスミドが濃い線として示される。 (D)補足するゲノムDNAの最小フラグメント上の4種の推定上の遺伝子領域 。NIM1遺伝子を含んで成る4種の読み取り枠が空白のバーにより示される。矢 印は、転写の方向を示す。番号付けは、コスミドD7に存在するアラビドプシス ゲノムDNAの第1の塩基に対してである。 図6は、種々の対立遺伝子における変化を包含する、NIM1遺伝子の核酸配列 及びNIM1遺伝子生成物のアミノ酸配列を示す。配列番号1に示される9.9kbの配 列として反対の鎖上に存在するこの核酸配列がまた配列番号2に示され、そして NIM1遺伝子生成物のアミノ酸配列がまた配列番号3に示される。 図7は、野生型植物及びnim1の変異体対立遺伝子を含む植物におけるINA,BT H,SA及び病原体処理により誘発されたNIM1の蓄積を示す。図3におけるRNAゲ ルブロットが、図6に示される配列における2081〜3266に由来するプローブを用 いることによってRNAの発現のためにプローブされた。 図8は、NIM1タンパク質及び4種のイネ遺伝子配列(配列番号4〜11)のcDN Aタンパク質生成物の発現された配列Taq領域のアミ ノ酸配列比較であり;番号は、配列番号3におけるアミノ酸位置に対応する。 図9は、マウス、ラット及びブタからのIκBαを有するNIM1タンパク質配 列の一列整列配列である。配列上の垂直バー(1)は、NIM1とIκBα配列と の間のアミノ酸同一性を示し(1.5に等しいマトリックス評点);配列上の二重ド ット(:)は0.5以上の類似性評点を示し;配列上の単一のドット(・)は0.5以 下(但し0.0以上)の類似性評点を示し;そして0.0以下の評点は類似性が存在し ないことを示し、そして配列上の表示は示されていない(例を参照のこと)。哺 乳類IκBαアンキリンドメインの位置は、de Martinなど.,Gene 152,253-25 5(1995)に従って同定された。配列内のドットは、NIM1とIκBαタンパク質 との間のギャップを示す。IκBαにおける5個のアンキリン反復体は、配列下 に点線で示される。アミノ酸は、適切な場所に導入されるギャップを有するNIM 1タンパク質に対して番号付けられる。プラスの印(+)は、10個のアミノ酸ご とに配列上に配置される。 寄託物 次のベクター分子が、下記に示される日付けで、American Type Culture Coll ection 12301 Parklawn Drive Rockville,MD20852,U.S.A.に寄託された: プラスミド BAC−04がATCC97543として1996年5月8日にATCCに寄託され; プラスミドP1−18がATCC97606として1996年6月13日にATCCに寄託され; コスミドD7がATCC97736として1996年9月25日にATCCに寄託された。 配列表における配列の簡単な説明 配列番号1−図5DにおけるNIM1遺伝子領域の9919bpのゲノム配列。 配列番号2−野生型アラビドプシス タリアナNIM1遺伝子のコード領域を含 んで成る図6における5655bpのゲノム配列(配列番号1からの反対鎖)。 配列番号3−配列番号2のodsによりコードされる野生型NIM1タンパク質のア ミノ酸配列。 配列番号4−図8からのイネ−1のアミノ酸配列33−155。 配列番号5−図8からのイネ−1のアミノ酸配列215−328。 配列番号6−図8からのイネ−2のアミノ酸配列33−155。 配列番号7−図8からのイネ−2のアミノ酸配列208−288。 配列番号8−図8からのイネ−3のアミノ酸配列33−155。 配列番号9−図8からのイネ−3のアミノ酸配列208−288。 配列番号10−図8からのイネ−4のアミノ酸配列33−155。 配列番号11−図8からのイネ−4のアミノ酸配列215−271。 配列番号12−オリゴヌクレオチド。 配列番号13−オリゴヌクレオチド。 配列番号14−オリゴヌクレオチド。 配列番号15−オリゴヌクレオチド。 配列番号16−オリゴヌクレオチド。 配列番号17−オリゴヌクレオチド。 配列番号18は、図8からのマウスIκBαアミノ酸配列である。 配列番号19は、図8からのラットIκBαアミノ酸配列である。 配列番号20は、図8からのブタIκBαアミノ酸配列である。 配列番号21は、アラビドプシス タリアナNIM1遺伝子のcDNA配列である。 配列番号22及び23は、アミノ酸位置55及び59でセリン残基の代わ りにアラニン残基を有するNIM1タンパク質の優性−陰性形のそれぞれのDNAコー ド配列及びコードされたアミノ酸配列である。 配列番号24及び25は、N−末端欠失を有するNIM1タンパク質の優性−陰性形 のそれぞれのDNAコード配列及びコードされたアミノ酸配列である。 配列番号26及び27は、C−末端欠失を有するNIM1タンパク質の優性−陰性形 のそれぞれのDNAコード配列及びコードされたアミノ酸配列である。 配列番号28及び29は、N−末端及びC−末端アミノ酸欠失を有するNIM1遺伝 子の変更された形のそれぞれのDNAコード配列及びコードされたアミノ酸配列で ある。 配列番号30及び31は、NIM1のアンキリンドメインのそれぞれのDNAコード配列 及びコードされたアミノ酸配列である。 配列番号32〜39は、オリゴヌクレオチドプライマーである。 定 義 acd:促進された細胞死変異体植物。 AFLP:増幅されたフラグメントの長さの多型現象。 avrRpt2:プスードモナス シリンガエから単離された無毒性遺伝子Rpt2。 BAC:細菌人工染色体。 BTH:ベンゾ(1,2,3)チアジアゾール−7−チオカルボン酸S−メチルエ ステル。 CIM:構成免疫性表現型(SARは構成的に活性される)。 cim:構成免疫性変異体植物。 cM:センチモルガン。 cpr1:PR遺伝子変異体植物の構成発現体。 Col−O:アラビドプシス生態型コロンビア。 ECs:酵素の組合せ。 Emwa:アラビドプシスのWs−O生態型において適合できるペロノスポラ パラシ チカ単離物。 EMS:エチルメタンスルホネート。 INA:2,6−ジクロロイソニコチン酸。 Ler:アラビドプシス生態型ランドスベルグエレクタ。 isd:損傷刺激疾病変異体植物。 nahG:サリチル酸をカテコールに転換するサリチル酸ヒドロキシラーゼプスード モナス プチダ。 NahG:nahG遺伝子により形質転換されたララビドプシス系。 ndr:非−品種−特異的耐病性変異体植物。 nim:非誘発性免疫性変異体植物。 NIM1:SARシグナル伝達カスケートに関与する野生型遺伝子。 NIM1:野生型NIM1遺伝子によりコードされるタンパク質。 nim1:植物に疾病感受性を付与する、NIM1の変異体対立遺伝子;また、NIM1 のnim1変異体対立遺伝子を有するアラビドプシスタリアナ植物も言及す る。 Noco:アラビドプシスのCol−O生態型に適合できるペロノスポラパラシチカ単 離物。 ORF:読み取り枠。 PCs:プライマーの組合せ。 PR:関連する病因。 SA:サリチル酸。 SAR:全身性後天性耐性。 SSLP:単純な配列の長さの多型現象。 UDS:普遍的な疾病感受性表現型。 Wela:アラビドプシスのWeiningen生態型において適合できるペロ ノスポラ パラシチカ単離物。 Ws−O:アラビドプシス生態型Issilewskija。 WT:野生型。 YAC:酵母人工染色体。実施例 本発明は、次の詳細な方法、調製及び例によりさらに詳細に示される。それら の例は、単に例示的であって、本発明の範囲を制限するものではない。 本発明において使用される標準組換えDNA及び分子クローニング技法は、Sambr ook,など.,Molecular Cloning,eds.,Cold Spring Harbor Laboratory Pres s,Cold Spring Harbor,NY(1989),T.J.Silhavy,M.L.Berman and L.W.Enq uist,Experiments with Gene Fusions,Cold Spring Harbor Laboratony,Cold Spring Harbor,NY(1984)、及びAnsubel,F.M.など.,Current Protocols i n Molecular Biology ,pub.Greene Publishing Associ.and Wiley-Interscien ce(1987)により記載される。 A.nim1変異体の特徴化 例1:植物系及び菌類株 アラビドプシス・タリアナ生態型Isilewskija(Ws−O;貯蔵番号CS2360)及び T−DNA−形質転換された系統からの第四世代(T4)種子を、Ohio State Unive rsity Arabidopsis Biological Resource Center(Columbus,OH)から得た。エ チルメタンスルホネート(EMS)突然変異誘発されたWs−O植物からの第二世代 (M2)種子を、Lehle Seeds(Round Rock,TX)から得た。 クローン化されたavr Rpt2遺伝子を含むプスードモナス シリンガエpv.トマ ト(pst)株DC3000〔DC3000(avrRpt2)〕を、B.Sta skawicz,University of California,Berkeleyから得た。P.パラシチカ パ ソバルス(P.parasiticapathovars)及びそれらの源は次の通りであった:E.Hol ub and I.R.Crute,Horticultural Research Station,East Malling,Kentか らのEmwa;A.Slusarenko and B.Mauch-Mani,Institut fur P.flanzenbiolog ie,Zurich,SwitzerlandからのWela;及びJ.Parker,Sainsbury Laboratory, Norwich,EnglandからのNoco。菌類培養物は、それぞれP.パラシチカ パソバ ルスEmwa,Wela及びNocoのためにアラビドプシス生態型Ws−O,Weiningen及びC ol−Oを毎週、培養することによって維持された。 例2:変異体のスクリーン2又はT4種子を1日当たり14時間の光下で2週間、土壌上で生長せしめ、0. 33mMのINA(湿潤性粉末において25% INAから製造された0.25mg/ml;Ciba,Base l,Swizerland)により噴霧し、そして水1ml当たり5〜10×104個の分生子柄を 含むP.パラシチカ分生子懸濁液を噴霧することによって、4日後、接種した。 この菌類は、耐性がイソニコチン酸(INA)又は類似する化合物によりそれらの植 物に最初に誘発されなければ、アラビドプシスWs−O生態型に対して通常毒性で ある。植物を18℃で1週間、湿潤条件下で維持し、そして菌類の胞子形成につい て評点をつけた。INA処理の後、菌類の増殖を支持する植物を、推定上の変異体 として選択した。 高い湿度環境下でのインキュベーションに続いて、眼に見える疾病徴候を有す る植物を、典型的には、感染の7日後に、同定した。それらの植物は、耐性−誘 発化学物質の適用にもかかわらず、菌類に対する耐性を示さず、そして従って、 可能性あるnim(非誘発性免疫性)変異体植物であった。360,000の植物から、75の 可能性あるnim変異体を同定した。 それらの可能性ある変異体植物を平坦部から単離し、低い湿度条件下に配置し 、そして種子の結実を可能にした。この種子に由来する植物を、INAによる前処 理の後、菌類Emwaに対する感受性について、同一の態様でスクリーンした。感染 徴候を示す子孫植物をnim変異体として定義した。このようにして、6本のnim系 統を同定した。1つの系統(nim1−1)をT−DNA集団から単離し、そして5つの 系統(nim1−2,nim1−3,nim1−4,nim1−5及びnim1−6)をEMS集団 から単離した。 例3:nim1植物の耐病性 サリチル酸(SA)及びベンゾ(1,2,3)チアジアゾール−7−チオカルボ ン酸S−メチルエステル(BTH)は、INAと同様、野生型植物に広い範囲の耐病性(S AR)を誘発する化学物質である。変異体植物を、SA,INA及びB刊により処理し、 そして次に、ペロノスポラ パラシチカに対する耐性についてアッセイした。P .パラシチカ単離物“Emwa”は、Ws生態型において適合できるP.パラシチカ単 離物である。適合する単離物とは、特定の宿主に対して疾病を引き起こすことが できるものである。P.パラシチカ単離物“Noco”は、Wsに対して不適合性であ るが、しかしColumbia生態型に対しては適合できる。不適合性病原体は、疾病の 進行を妨げる宿主応答を誘発する可能性ある宿主により認識される。 野生型種子、及びnim1対立遺伝子(nim1−1,−2,−3,−4,−5,− 6)の個々のための種子を、MetroMix300生長培地上にまき、透明なプラスチック ドームによりカバーし、そして4℃で暗室に3日間、配置した。4℃で3日間の 処理の後、植物を2週間、ファイトトロンに移した。種まきの後、約2週間まで に、発芽された実生は、4枚の真の葉を生成した。次に、植物を、水、5mMのSA ,300μMのBTH、又は300μMのINAにより処理した。化学物 質は、クロミスターを用いて、実生を完全に被覆するよう微細噴霧として適用さ れた。水対照植物を生成ファイトロンに戻し、そして化学的に処理された植物は 別ではあるが、しかし同一のファイトロンに維持された。化学物質適用の3日後 で、水及び化学的に処理された植物を、適合性“Emwa”単離物により接種した。 “Noco”接種は、水処理された植物に対してのみ実施された。接種に続いて、植 物を透明なプラスチックドームによりカバーし、好結果をもたらすP.パラシチ カ感染のために必要とされる高い湿度を維持し、そして19℃の日中/17℃の夜間 温度及び8時間の日中/16時間の夜間サイクルを有する生長チャンバーに配置し た。 異なったnim1対立遺伝子の相対的強さを決定するために、個々の変異体を、 通常の増殖条件下でのP.パラシチカの増殖のための接種及びSA,INA、又はBTH による前処理に続いて、種々の時点で顕微鏡的に分析した。拡大下で、菌類の胞 子形成が疾病進行の非常に初期段階で観察された。接種の後、5,6,7,11及 び14日での胞子形成を示す植物/ポットの百分率を決定し、そして胞子形成の密 度をまた記録した。 表1は、nim1変異体植物系の個々について、P.パラシチカのEmwa種類によ る感染の後、少なくとも1つの葉上にいくつかの表面分生子を示した植物の%を 示す。P.パラシチカ水又は化学物質処理の3日後、植物上に接種された。この 表は、耐病性が評価される、感染後の日数を示す。 表1に示されるように、通常の生長の間、nim1−1,nim1−2,nim1−3 ,nim1−4及びnim1−6のすべては、Ws−O対照よりもいく分早い、ほぼ同じ 菌類増殖速度を支持した。例外は、菌類増殖が他のnim1変異体及びWs−O対照 の両者に対して数日、遅延されたnim1−5植物であるが、しかし結果的にはす べてのnim1−5植物は菌類に負けた。 SA処理に続いて、変異体を次の3種のクラスにグループ分けすることができた :nim1−4及びnim1−6は比較的早い菌類増殖を示し;nim1−1,nim1−2 ,nim1−3植物はいく分遅い速度の菌類増殖を示し;nim1−5植物における菌 類増殖は、未処理のWs−O対照においてよりも遅かった。INA又はBTHのいづれか による処理に続いて、変異体はまた次の3種のクラスに分類された:nim1−4 は化学的処理に続いて、菌類増殖を制限するその能力において最とも重度に弱め られ;nim1−1,nim1−2,nim1−3及びnim1−6はすべて中位い弱められ ;そしてnim1−5は単にわずかに弱められた。それらの実験において、Ws−O は、INA又はBTH処理に続いて菌類増殖を支持しなかった。従って、化学的処理に 続く菌類増殖の阻害に関して、変異体は次の3種の種類に分類された:nim1− 4は最とも重度に弱められ、nim1−1,nim1−2,nim1−3及びnim1−6は 中間の菌類阻害を示し、そしてnim1−5は単にわずかに低められた菌類耐性を 有する。 表2は、ペロノスポラ・パラシチカによる接種の7及び11日で、 種々のnim1対立遺伝子及びNahG植物の感染等級に対する耐病性評価を示す。WsW Tは、nim1対立遺伝子が見出されるWs野生型親系統を示す。種々のnim1対立遺 伝子が表に示されており、そしてNahG植物がまた示されている。 NahG植物の説明は、これまで公開されている。(Delaneyなど.,Science 266 ,pp.1247-1250(1994))。NahGアラビドプシスはまた、本明細書に引用により 組込まれるアメリカ特許出願番号第08/454,876号にも記載されている。nahGは、 サリチル酸をカテコールに転換し、それにより、サリチル酸の蓄積、すなわち植 物におけるSARのための必要なシグナル伝達成分の蓄積を排除するサリチル酸ヒ ドロキシラーゼをコードするプスードモナス プチダからの遺伝子である。従っ て、NahGアラビドプシス植物は、通常のSARを示さず、そしてそれらは一般的に 、病原体に対するより高い感受性を示す。しかしながら、NahG植物は、化学的イ ンジューサ−INA及びBTHに対してまだ応答する。従って、NahG植物は、ある種の 普遍的な感受性制御体として作用する。 表2から、nim1−4及びnim1−6対立遺伝子は最とも重度のペロノスポラ パラシチカ感染を有することが見出され得;これは初期の時点で最とも容易に観 察できた。さらに、nim1−5対立遺伝子は、INA及びBTHの両者に対して最大の 応答を示し、そして従って、最とも弱いnim1対立遺伝子であると思われた。Nah G植物は、INA及びBTHの両者に対して非常に良好な応答を示し、そしてnim1−5 対立遺伝子に非常に類似するように見えた。しかしながら、後期の時点、すなわ ち表の11日目で、NahG植物に誘発された耐病性が衰え始め、そしてINA−誘発さ れた耐性は、BTHによりNahG植物に誘発された耐性よりも、より早く且つより激 しく衰える、INAとBTHとの間の深い差異が存在した。INA及びBTHがEmwaに対する Wsにおいて非常に良好な耐性を誘発し、そしてnim1−1,nim1−2、及び他の nim1対立遺伝子が、耐病性に関して、SA又はINAに対して実質的に応答を示さな いことが、それらの実験において見出された。 SAR−誘発性化学物質SA,INA及びBTHに対応する応答性のnim1植物の欠乏は、 突然変異が全身性後天性耐性に導びくシグナル伝達カスケードにおいてそれらの 化学物質のための侵入点の下流で存在することを意味する。 例4:SAR遺伝子発現のノザン分析 SA,INA及びBTHはnim1植物のいづれにおいても、SAR又はSAR遺伝子発現を誘 発しなかったので、病原体感染が、野生型植物におけるように、それらの植物に おいてSAR遺伝子発現を誘発できたかどうかを調査することが興味の対象であっ た。従って、SAR遺伝 子mRNAの蓄積がまた、異なったnim1対立遺伝子を特徴づけるための基準として 使用された。 野生型種子、及びnim1対立遺伝子(nim1−1,−2,−3,−4,−5,− 6)の個々のための種子を、MetroMix 300生長培地上にまき、透明なプラスチッ クドームによりおおい、そして3日間、暗室に4℃で配置した。4℃で3日間の 処理の後、植物をファイトトロンに2週間、移した。植え付け後、約2週間まで に、発芽した実生は4枚の真葉を生成した。次に、植物を、H2O,5mMのSA,30 0μMのBTH、又は300μMのINAにより処理した。化学物質を、クロミスターを用 いて、実生を完全におおうために、細かな噴霧として適用した。水対照植物を、 生長ファイトトロンに戻し、そして化学的に処理された植物は、別であるが、し かし同一のファイトトロンに維持された。化学物質の適用後、3日で、水及び化 学的に処理された植物を、適合できるEmwa単離物により接種した。Noco接種を、 水処理された植物のみに対して実施した。接種に続いて、植物を透明なプラスチ ックドームによりおおい、好都合なP.パラシチカ感染のために必要とされる高 い湿度を維持し、そして19℃の日中/17℃の夜間温度、及び8時間の日中/16時 間の夜間サイクルを有する生長チャンバーに配置した。RNAを、水又は化学物質 処理のいづれかの後3日で、又は適合できるP.パラシチカEmwa単離物による接 種の後、14日で、植物から抽出した。RNAをアガロースゲル電気泳動によりサイ ズ−分別し、そしてGeneScreen Plus膜(Du Pont)に移した。 図1〜3は、SA,INA及びBTHがnim1植物においてSARもSAR遺伝子発現も誘発 しないことを示す種々のRNAゲルブロットを示す。図1においては、複製ブロッ トが、Uknesなど.(1992)に記載のようにして、アラビドプシス遺伝子プローブP R−1,PR−2及びPR −5にハイブリダイズされた。野生型植物においての場合とは対照的に、化学物 質は、nim1−1植物においてそれらの3種のSAR遺伝子のいづれかからのRNA蓄 積を誘発しなかった。 図2に示されるように、野生型Ws−O植物の病原体感染(Emwa)は、感染後4 日以内にPR−1遺伝子発現を誘発した。しかしながら、nim1−1植物において は、PR−1遺伝子発現は、感染後6日まで誘発されず、そしてそのレベルはその 時点で、野生型に対して低められた。従って、病原体感染に続いて、nim1−1 植物におけるPR−1遺伝子発現は、野生型に対して、遅延され、そして低められ た。 図3におけるRNAゲルブロットは、PR−1 mRNAが、SA,INA又はBTHによる、又 はP.パラシチカによる感染による野生型植物の処理に続いて、高レベルに蓄積 することを示す。nim1−1,nim1−2、及びnim1−3植物においては、PR− 1 mRNA蓄積は、化学物質処理に続いて、野生型に対して劇的に低められた。PR −1 mRNAはまた、P.パラシチカ感染に続いて低められたが、しかしそれらの 変異体においては、まだいくらかの蓄積が存在した。nim1−4及びnim1−6植 物においては、PR−1 mRNA蓄積が、化学物質処理に続いて、他の対立遺伝子に おいてよりも、より劇的に低められ(より長い暴露において明らかである)、そ して有意に低いPR−1 mRNAがP.パラシチカ感染に続いて、蓄積し、これは、 それらが特に強いnim1対立遺伝子である認識を支持する。PR−1 mRNA蓄積は、 nim1−5変異体において高められたが、しかし化学物質処理又はP.パラシチ カ感染に続いては、単に弱く誘発された。PR−1 mRNA蓄積及び菌類感染の両者 に基づけば、変異体は、次の3種の種類に分類されることが決定された:重度に 弱められた対立遺伝子(nim1−4、及びnim1−6);中位いに弱められた対立 遺 伝子(nim1−1,nim1−2、及びnim1−3);及び弱く弱められた対立遺伝子 (nim1−5)。 例5:nim1植物におけるSA蓄積の決定 壊死反応を引き起こす病原体による野生型植物の感染は、感染された組織にSA の蓄積を導びく。内因性SAは、その内因性SAの分解が耐病性の低下を導びくので 、SAR経路におけるシグナル伝達のために必要とされる。これは、SAR経路におい てマーカーとしてSA蓄積を定義する(Gaffneyなど.,1993,Science 261,754-75 6)。nim1植物の表現型は、SA遺伝子誘発の下流及びSARの上流のSAR経路の成分 の崩壊を示す。 nim1植物を、病原体感染に続いてのSAを蓄積するそれらの能力について試験 した。avr Rpt2遺伝子を担持するプソイドモナスシリンガエトマト株DC 3000を 、発芽後4週目のnim1植物の葉中に注射した。葉を、Delaneyなど.1995,PNAS 92,6602-6606により記載されるようにして、SA分析のために、2日後に収穫し た。この分析は、nim1植物が、図4に示されるように、感染された葉に高レベ ルのSAを蓄積したことを示した。感染されていない葉はまた、SAを蓄積したが、 しかし感染された葉と同じレベルほどではなく、野生型アラビドプシスに観察さ れるレベルに類似する。これは、nim突然変異がシグナル伝達経路においてSAマ ーカーの下流に位置することを示す。さらに、INA及びBTH(nim1植物において 不活性)は、SAの下流のSAR経路における成分を剌激することを示されている(V ernooijなど.(1995);Friedrich,など.(1996);及びLawton,など.(1996) )。さらに、上記のように、外因的に適用されたSAは、Emwa感染からnim1植物 を保護しなかった。 例6:遺伝子分析 nim1表現型を示す種々の変異体の優性を決定するために、野生 型植物からの花粉を、nim1−1,−2,−3,−4,−5,−6の柱頭に移し た。突然変異が優性である場合、nim1表現型は、その得られるF1植物に観察 されるであろう。突然変異が劣性である場合、その得られるF1植物は野生型表 現型を示すであろう。 表3に示されるデータは、nim1−1,−2,−3,−4及び−6が野生型と 交雑される場合、その得られるF1植物は野生型表現型を示したことを示す。従 って、それらの突然変異は劣性である。対照的に、nim1−5×野生型のF1子 孫はすべてnim1表現型を示し、このことは、これが優性突然変異であることを 示す。INA処理に続いて、P.パラシチカ胞子形成は野生型植物上に観察されず 、そしてそのF1植物は、P.パラシチカの増殖及び胞子形成を支持した。しか しながら、それらのF1植物におけるnim1表現型は、nim1−5がホモ接合性で ある場合に観察されるよりも弱かった。 遺伝子対立性を決定するために、カナマイシン耐性nim1−1変異体植物から の花粉を、nim1−2,−3,−4,−5,−6の柱頭に移した。その交雑から 得られる種子を、種子のハイブリッド起源を確かめるために、カナマイシン25μ g/mlで含むMurashige-Skoog B5プレート上にプレートした。カナマイシン耐 性(F1)植物を土壌に移し、そしてnim1表現型についてアッセイした。Ws野 生型とnim1−5変異体の交雑のF1子孫はnim1表現型を示すので、nim1−5 ×nim1−1のF2の分析をまた実施した。 表3に示されるように、得られるF1植物のすべては、nim1表現型を示した 。従って、nim1−2,−3,−4,−5,−6における突然変異は、nim1−1 により補足されず;それらの植物はすべて、同じ相補性グループ内に分類され、 そして従って、遺伝子対立性である。nim1−5×nim1−1の交雑からのF2子 孫はまた 、nim1表現型を示し、これはnim1−5がnim1対立遺伝子であることを確かに する。 a:INA処理の後、高められたPR−1 mRNA蓄積及びP.パラシチカの不在を示す 植物の数。 b:INA処理の後、PR−1 mRNA蓄積の不在及びP.パラシチカの存在を示す植物 の数。 c:野生型は、野生型Ws−O株を示す。 B.nim1突然変異のマッピング nim1突然変異のマッピングは、1996年12月27日に出願されたア メリカ特許出願番号第08/773,559号(引用により本明細書中に組込まれる)に詳 細に記載される。 例7:NIM1遺伝子座におけるマーカーの同定及び前記遺伝子座の遺伝子マッ ピング NIM1についての大まかな地図位置を決定するために、nim1−1(Ws−O)と ランドスベルグ エレクタ(Landsberg erecta)(Ler)との間の交雑からの74の F2nim植物を、INA処理に続いて、P.パラシチカに対するそれらの植物の敏感 性及びPR−1 mRNAの蓄積の欠乏について同定した。単純な配列の長さの変形現 象(SSLP)マーカー(Bell and Ecker,1994)を用いて、nim1−1は、染色体 1の低い方のアーム上で、nga128から約8.2cM及びnga111から8.2cMに存在するこ とが決定された。さらに、nim1−1は、SSLPマーカーATHGENEAから約4cMとnga 111との間に存在することが決定された(図5A)。 詳しい構造マッピングのために、nim1−1とLerDP23との交雑に由来するF2 集団からの1138のnim植物を、INA処理に続いて、PR−1 mRNAを蓄積するそれら の無能性及び菌類の増殖を支持するそれらの能力の両者に基づいて同定した。DN Aをそれらの植物から抽出し、そしてATHGENEA及びnga111の両者で接合性につい て評点をつけた。図5Aに示されるように、93の組換え染色体が、約4.1cMの遺 伝子距離を付与する、ATHGENEAとnim1−1との間に同定され(2276のうち93) 、そして239の組換え染色体がnga111とnim1−1との間に同定され、これは約10 .5cMの遺伝子距離を示す(2276のうち239)。ATHGENEA〜nga111の間隔における有 益な組換え体を、増幅されたフラグメントの長さの多形現象(AFLD)分析(Vosな ど.,1995)を用いてさらに分析した。 ATHGENEAとnga111との間のAFLPマーカーを同定し、そして前記領 域の低い解明度の地図を構成するために使用した(図5A及び5B)。AFLPマー カーW84.2(nim1−1から1cM)及びW85.1(nim1−1から0.6cM)を用いて、CIC (Centre d'Etude du Polymorphisme Humain,INRA and CNRS)ライブラリー(Cr eusotなど.,1995)からの酵母人工染色体(YAC)クローンを単離した。2種のYAC クローン、すなわちCIC12H07及びCIC12F04をW84.2により同定し、そして2種の YACクローン、すなわちCIC7E03及びCIC10G07を、W85.1マーカーにより同定した (図5B)。2組のフランキングYACクローン間のギャップを架橋するために、 細菌人工染色体(BAC)、及びCIC12H07及びCIC12F04をオーバーラップするP1ク ローンを単離し、そしてマッピングし、そして連続的移動段階を、NIM1の方にB AC/P1contigを延長して実施した(図5C;Liuなど.,1995;Chioなど.,1995 )。BAC又はP1クローンに対して特異的である新しいAFLPを、前記移動の間、進 行せしめ、そしてそれらを用いて、NIM1遺伝子が交差されたかどうかを決定し た。NIM1は、AFLPマーカー、すなわちL84.6a及びL84.8の両者を生ぜしめる 、BAC及びP1クローンが単離される場合、交差されている。P1クローン、す なわちP1−18,P1−17及びP1−21上に見出されるAFLPマーカーL84.6aは 3種の組換え体を同定し、そしてP1クローン、すなわちP1−20,P1−22, P1−23、及びP1−24、及びBACクローン、すなわちBAC−04,BAC−05及びBAC −06上に見出されるL84.8は1つの組換え体を同定した。それらのクローンは大 きなcontig(>100kb)を形成するためにオーバーラップし、そしてnim1を端に有 するAFLPマーカーを含むので、その遺伝子はcontig上に位置することが決定され た。前記contigを含む、BAC及びP1クローンを用いて、追加のAFLPマーカーを 生成し、これは、nim1が約0.09cMのギャップを示す、L84.Y1とL84.8との間に 位置することを 示した。 C.NIM1遺伝子の単離 例8:コスミドcontigの構成 NIM1領域のコスミドライブラリーを、BAC−06,BAC−04、及びP1−18から のCsCl−精製されたDNAを用いて、アグロバクテリウム−適合性T−DNAコスミド ベクターpCLD04541において構成した。3種のクローンのDNAを、等モル量で混合 し、そして制限酵素Sau3Aにより部分的に消化した。20〜25kbのフラグメントを 、スクロスグラジエントを用いて単離し、プールし、そしてdATP及びdGTPにより フィルインした。プラスミドpCLD04541を、T−DNAコスミドベクターとして使用 した。このプラスミドは、広い宿主範囲のpRK290−に基づくレプリコン、細菌選 択のためのテトラサイクリン耐性遺伝子、及び植物選択のためのnptII遺伝子を 含む。ベクターをXhoIにより切断し、そしてdCTP及びdTTPによりフィルインし た。次に、調製されたフラグメントを、ベクター中に連結した。その連混合物を パッケージし、そしてE.コリ株XL1−blue MR(Stratagene)中に伝達した。得 られる形質転換体を、BAC04,BAC06及びP1−18クローンによるハイブリダイゼ ーションによりスクリーンし、そして陽性クローンを単離した。コスミドDNAを それらのクローンから単離し、そして鋳型DNAを、ECs EcoRI/MseI及びHindII I/MseIを用いて調製した。得られるAFLPフィンガープリントパターンを、コス ミドクローンの順序を決定するために分析した。nim領域を拡張する一組の15の 単一オーバーラッピングコスミドを選択した(図5D)。コスミドDNAをまた、E coRI,PstI,BssHII及びSgrAIにより制限した。これは、AFLPフィンガープリ ンティングにより決定されるように、コスミド挿入体サイズの測定、及び種々の コスミド間のオーバーラップの検証を可能にした。 物理的マッピングは、L84.Y1とL84.8との間の物理的距離が>90kbであるこ とを示し、これはcM当たり−1メガ塩基の物理的距離を遺伝子に付与する。NIM 1遺伝子の同定を促進するために、BAC04のDNA配列を決定した。 例9:NIM1遺伝子を含むクローンの同定 NIM1領域を拡張するクローンから精製されたコスミドを、ヘルパー株HB101( pRK2013)との三−親接合における接合性トランスファーを通してアグロバクテ リウムツメファシエンスAGL−1中に移動せしめた。次に、それらのコスミドを 、真空浸透法(Bechtoldなど.,1993;Mindrinosなど.,1994)を用いて、カナマ イシン感受性nim1−1アラビドプシスを形質転換するために使用した。浸透さ れた植物からの種子を収穫し、そして選択剤として50mg/mlのカナマイシンを含 むGM寒天プレート上で発芽せしめた。コスミドDNAにより形質転換された苗木の みが、選択剤を解毒し、そして生存することができた。その選択を生存した実生 を、プレートした約2週間後、土壌に移し、そして下記のようにして、nim1表 現型について試験した。nim1表現型をもはや有さない形質転換された植物は、 機能的NIM1遺伝子を含むコスミドを明らかにした。 例10:nim1表現型の相補性 土壌に移された植物を、移行後、約1週間、ファイトトロンにおいて生長せし めた。300μmのINAを、微細噴霧としてクロミスターを用いて適用し、植物を完 全におおった。2日後、RNA抽出及びPR−1発現分析のために、葉を収穫した。 次に、植物にペロノスポラ パラシチカ(単離物Emwa)を噴霧し、そして19℃の 日中/17℃の夜間温度及び8時間の日中/16時間の夜間サイクルを有する生長チ ャンバーにおいて、高い湿度条件下で増殖せしめた。菌類感染に続いて8〜10日 後、植物を評価し、そして菌類増殖について陽性か 又は陰性かを評点をつけた。Ws及びnim1植物を、個々の実験のための対照とし て作用するよう、同じ手段で試験した。 全RNAを、LiCl/フェノール抽出緩衝液(Verwoerd)など.1989)を用いて、 集められた組織から抽出した。RNAサンプルをホルムアルデヒドアガロースゲル 上で試験し、そしてGeneScreen Plus(Du Pont)膜にブロットした。ブロットを 、32P−ラベルされたPR−1 cDNAプローブによりハイブリダイズせしめた。そ の得られるブロットをフィルムに暴露し、形質転換体が、INA処理の後、PR−1 発現を誘導することができたことを決定した。その結果は表4に要約されており 、その表は、コスミドクローンD5,E1及びD7によるnim1表現型の相補性 を示す。 NA−適用できない。 例11:NIM1遺伝子領域の配列決定 BAC04 DNA(25μg;KegGeneから得られた)は、このBACがnim1変異体を補足し た領域を完全に包含するクローンであるので、配列分析のために使用されるDNA 源であった。BAC04 DNAを、ネブライサーによりランダムに剪断し、約2kbの平 均長さのフラグメントを生成した。剪断されたフラグメントの末端を修復し、そ してフラグメントを精製した。調製されたDNAを、EcoRV−消化されたpBRKan F 4(pBRKanF1の誘導体(Bhat 1993))により連結した。得られるカナマイシン耐 性コロニーを、Wizard Plus 9600 Miniprep Sy stem(Promega)を用いて、プラスミド単離のために選択した。プラスミドを、プ ラスミドの両鎖を配列決定するよう企画されたプライマー(M13〜21前方及びT 7逆方向、Applied BioSystems)と共に、色素ターミネーター化学(Applied Bio Systems,Foster City,CA)を用いて配列決定した。AB1377 DNA配列に対するデ ータを集めた。配列を、Sequencher 3.0(GeneCodesCorp.,AnnArbor,Ml),Stad enゲノムアセンブリープログラム、phred.phrap及びcrossmatch(Phil Green, Washington University,St.Louis,MO)、及びConsed(David Gordon,Washing ton University,St Louis,MO)を用いて、編集し、そしてcontigs中にアセンブ リーした。nim1−1突然変異を補足することが見出されたコスミドからのDNAを 、Oligo 5.0 Primer Analysis Software(National Biosciences,Ins.,Plymou th,MN)により企画されたプライマーを用いて配列決定した。Ws−O及びnim1 対立遺伝子及びcDNAからのDNAの配列決定を、実質的に上記のようにして行なっ た。 コスミドE1及びD7のオーバーラップにより定義される約9.9kbの領域を、n im1領域を得るために、相補性分析により同定した。ベクターの挿入部位を端に 有し、そしてコスミド主鎖に対して特異的であるプライマーを、Oligo 5.0 Prim er Analysis Software(National Biosciences,Inc.)を用いて、企画した。DN Aを、酢酸アンモニア方法(Traynor,P.L.,1990,BioTechniques 9(6):676 )の変法を用いて、コスミドD7及びE1から単離した。このDNAを、上記Dye T erminator化学を用いて、直接的に配列決定した。得られた配列は、相補性領域 の終点の決定を可能にした。コスミドE1及びD7のオーバーラップにより定義 される領域は、配列番号1として示されている。 BamHI−EcoRVフラグメントの切断された型をまた構成し、“遺 伝子3”領域を含まない構造体をもたらした(図5D)。次のアプローチが、DN AのBam−Spe領域におけるHindIII部位の存在のために必要であった。BamHI−Ec oRV構造体をSpeIにより完全に消化し、次に、二重消化のために2つの別々の 反応に分離した。1のアリコートをBamHIにより消化し、他をHindIIIにより消 化した。2816bpのBamHI−SpeIフラグメント、及び1588bpのHindIII−SpeIフ ラグメントを、アガロースゲルから単離し(QioQuick Gel抽出キット)、そして BamHI−HindIII消化されたpSGCG01に連結した。DH5αを、その連結混合物によ り形質転換した。得られるコロニーを、Wizard Magic MiniPreps(Promega)を用 いて、DNAの調製に続いてのHindIIIによる消化により正しい挿入体についてスク リーンした。正しい構造体を含むクローンを、アラビドプシス植物の形質転換の ためにアグロバクテリウム株GV3101中にエレクトロポレートした。 例12:NIM1領域の配列分析及びサブクローニング NIM1遺伝子を含む9.9kb領域を、Sequencher 3.0及びGCGパッケージを用いて 、すべての6個の枠において読取り枠の存在について分析した。大きなORFを含 む4つの領域を、可能な遺伝子として同定した(図5Dにおける遺伝子領域1〜 4)。それらの4つの領域を、野生型親及び6種の異なったnim1対立遺伝子変 異体nim1−1,−2,−3,−4,−5及び−6のDNAからPCR増幅した。それ らの増幅のためのプライマーを、Oligo 5.0(National Biosciences,Inc.)を用 いて選択し、そしてIntegrated DNA Technologies,Inc.により合成した。PCR 生成物を1.0%アガロースゲル上で分離し、そしてQIAquick Gel Extraction Kit を用いて精製した。精製されたゲノムPCR生成物を、初期増幅のために使用され るプライマーを用いて、及び初期プライマーによりカバーされないいづれ かの領域を通して配列決定するよう企画された追加のプライマーにより、直接的 に配列決定した。それらの遺伝子領域のための平均有効範囲は、約3.5の読取り /塩基であった。 配列を、Sequencher 3.0を用いて、編集し、そしてアセンブリーした。種々の nim1対立遺伝子に対して特異的な塩基変化が、nim1対立遺伝子のすべての6種 間での配列の変動を示す下記表5に示されるように、領域企画された遺伝子領域 2においてのみ同定された。 表に列挙される位置は、配列番号1に関する。すべての対立遺伝子nim1−1 〜nim1−6はWs株である。Columbia−Oは、野生型を示す。 すべての6種のnim1対立遺伝子における遺伝子領域2の読取り枠内でアミノ 酸変化又は配列の変更が存在するので、NIM1遺伝子は遺伝子領域2内に存在す ることが明らかである。同時に、nim1対立遺伝子の少なくとも1つは、遺伝子 領域1,3及び4内での読取り枠の変化を示さない。従って、NIM1遺伝子を含 む9.9kbの領域内の唯一の遺伝子領域は、遺伝子領域2である。 表5のWsセクションは、アラビドプシスのColumbia生態型に対してのアラビド プシスのWs生態型における変化を示す。ここに示される配列は、本明細書に記載 される実験における野生型を含む、アラビドプシスのColumbia生態型に関する。 変化は、遺伝子領域2(NIM1領域)内のアミノ酸変化として列挙され、そして他 の領域においては塩基対の変化として列挙される。 nim1遺伝子を含むコスミド領域は、約5.3kbのBamHI−EcoRV制限フラグメン トにより明確にされた。D7からのコスミドDNA及びpBlueScriptII(pBSII)から のプラスミドDNAを、BamHI及びEcoRV(NEB)により消化した。D7からの5.3kb のフラグメントを、アガロースゲルから単離し、そしてQIAquickゲル抽出キット (#28796,Qiagen)を用いて精製した。そのフラグメントを、Bam−EcoRV−消 化されたpBSIIに一晩、連結し、そしてその連結混合物を用いて、E.コリ株DH 5αを形質転換した。挿入体を含むコロニーを選択し、そしてHindIIIによる消 化により確かめた。次に、Bam−EcoRVフラグメントを用いて、アラビドプシス の形質転換のための二元ベクター(pSGCG01)を構築した。 例13:4種の遺伝子領域のノザン分析 同一のノザブロットを、Delaneyなど.(1995)により前に記載されたようにし て、水−、SA−、BTH−及びINA−処理されたWs及びnim1系から単離されたRNAサ ンプルを用いて行なった。それらの ブロットを、9.9kbのNIM1遺伝子領域(配列番号1)に同定される4種の遺伝子 領域から生成されるPCR生成物によりハイブリダイズせしめた。NIM1遺伝子(遺 伝子領域2)を含む遺伝子領域のみが、RNAサンプルとの検出できるハイブリダ イゼーションを有し、このことは、NIM1域のみが検出できる転写された遺伝子 を含むことを示す(図5D及び表5)。 例14:遺伝子領域2との相補性 遺伝子領域2(図5D)はまた、追加の相補性実験を行なうことにより、機能 的NIM1遺伝子を含むことが示された。遺伝子領域2を含むBamHI/HindIIIゲノ ムDNAフラグメントをコスミドD7から単離し、そして耐カナマイシンのための 遺伝子を含む二元ベクターpSGCG01中にクローン化した。得られるプラスミドを 用いて、アグロバクテリウム株GV3101を形質転換し、そして陽性コロニーをカナ マイシンに対して選択した。PCRを用いて、選択されたコロニーが前記プラスミ ドを含むことを確証した。カナマイシン感受性nim1−1植物を、前記のように して、細菌により浸入せしめた。得られる種子を収穫し、そして50μg/mlのカ ナマイシンを含むGM寒天上に移した。選択に対して生存する植物を土壌に移し、 そして相補性について試験した。形質転換された植物及び対照Ws及びnim1植物 に、300μmのINAを噴霧した。2日後、葉をRNA抽出及びPR−1発現分析のため に収穫した。次に、植物にペロノスポラ パラシチカ(単離物Emwa)を噴霧し、 そして前記のようにして増殖せしめた。菌類感染の10日後、植物を菌類増殖に対 して陽性であるか又は陰性であるかを評価し、そして評点を取った。15本の形質 転換された植物のすべて、及びWs対照は、INA処理に続いての菌類増殖に関して は陰性であり、ところがnim1対照は菌類増殖に関して陽性であった。RNAを、そ れらの形質転換体及び対照について、上記のよう にして、抽出し、そして分析した。Ws対照及びすべての15本の形質転換体は、IN A処理に続いてPR−1遺伝子誘発を示し、ところがnim1対照はINAによるPR−1 誘発を示さなかった。 例15:NIM1 cDNAの単離 IYES発現ベクター(Elledgeなど,1991,PNAS88,1731-1735)により製造された アラビドプシスcDNAライブラリーをプレートし、そしてプラークリフトを行なっ た。フィルターを、遺伝子領域2(図5D)から生成された32P−ラベルされた PCR生成物によりハイブリダイズせしめた。14の陽性を、約150,000のプラークの スクリーンから同定した。個々のプラークを精製し、そしてプラスミドDNAを回 収した。cDNA挿入体を、EcoRIを用いてベクターから消化し、アガロースゲー精 製し、そして配列決定した。最長のcDNAから得られた配列は、配列番号2及び図 6に示される。cDNAの5’末端が得られたことを確かめるために、GibcoBRL5’ RACEキットを、製造業者の説明書に従って使用した。その得られるRACE生成物を 配列決定し、そして図6に示される追加の塩基を含むことを見出した。両cDNAク ローンに存在し、そしてRACEに検出される転写された領域は、図6に大文字で示 される。対立遺伝子における変化は、そのDNA鎖の上に示される。大文字は、RAC E PCRの後、cDNAクローンにおける又は検出される配列の存在を示す。 誘発研究において生成された同じRNAサンプル(図3)をまた、プローブとし て十分な長さのcDNAを用いて、NIM1遺伝子によりプローブした。図7において は、INAが野生型Ws対立遺伝子においてNIM1遺伝子を誘発したことが見出され得 る。しかしながら、nim1−1突然変異対立遺伝子は、NIM1遺伝子の低い基本レ ベルの発現を示し、そしてそれはINAにより誘発され得なかった。これは、nim1 −3及びnim1−6対立遺伝子に観察されることに類似した 。nim1−2対立遺伝子は、未処理のサンプルにおいてほぼ通常のレベルを示し 、そしてnim1−4対立遺伝子のように、野生型サンプルの誘発に類似する誘発 を示した。nim1−5対立遺伝子は、NIM1遺伝子の高い基本レベルの発現を示し 、そして化学物質誘発剤により誘発される場合、より高いレベルの発現を示すよ うに思えた。 D.NIM1相同体 例16:NIM1配列によるBLAST研究 複数配列一列整列を、DNA*(1228 South Park Street,Madison Wisconsin,53 715,Lasergene Biccomputing Software Package for the Macintosh(1994))の 一部として、Clustal V(Higgins,Desmond G.and Paul M.Sharp(1989),Fast and sensitive multiple sequence alignments on a microcomputer,CABIOS 5 :151-153)を用いて構成した。NIM1タンパク質の一定の領域が4種の異なった イネcDNAタンパク質生成物に対して、アミノ酸配列において相同である。その相 同性は、GenBank BLAST調査において、NIM1配列を用いて同定された。NIM1及 びイネcDNA生成物における相同性の領域の比較が図8に示される(また、配列番 号3及び4〜11を参照のこと)。NIM1タンパク質フラグメントは、4種のイネ 生成物と36〜48%のアミノ酸配列同一性を示す。例17:他の植物からの相同遺伝子の単離 プローブとしてNIM1 cDNAを用いて、アラビドプシスNIM1の相同体を、異な った収穫物、たとえば例22に列挙されるようなもの(但し、それらだけには限定 されない)からのゲノム又はcDNAライブラリーのスクリーニングを通して同定す る。これを達成するための標準の技法は、プレートされたDNAライブラリーのハ イブリダイゼーションスクリーニング(プラーク又はコロニーのいづれか;た とえば、Sambrookなど.,Molecular Cloning,eds.,Cold Spring Harbor Labor atory Press.(1989)を参照のこと)、及びオリゴヌクレオチドプライマーを用 いてのPCRによる増幅(たとえば、Innisなど.,PCR Protocols ,a Guide to Met hods and Applications eds.,Academic Press(1990)を参照のこと)を包含す る。同定された相同体は、発現ベクター中に遺伝子的に構築され、そして上記に 列挙された収穫物を形質転換する。形質転換体を、試験される収穫物植物の適切 な病原体を用いて増強された耐病性について評価した。 キュウリ、トマト、タバコ、トウモロコシ、小麦及び大麦のゲノムにおけるNI M1相同体を、DNAブロット分析により検出した。ゲノムDNAを、キュウリ、トマ ト、タバコ、トウモロコシ、小麦及び大麦から単離し、酵素BamHI,HindIII,X baI、又はSalIにより制限消化し、0.8%アガロースゲル上で電気泳動的に分離 し、そして細管ブロットによりナイロン膜にトランスファーした。DNAを結合す るためにUV−架橋に続いて、膜を、32P−放射性ラベルされたアラビドプシスタ リアナNIM1 cDNAにより、低い緊縮条件〔(1%のBSA;520mMのNaPO4,pH7.2; 7%の硫酸ラウリル、ナトリウム塩;1mMのEDTA;250mMの塩化ナトリウム)、5 5℃で18〜24時間〕下でハイブリダイズせしめた。ハイブリダイゼーションに続 いて、ブロットを、低い緊縮条件下で洗浄し〔15分間の6×SSC、15分間の(X 3)3×SSC、55℃で(X1);1×SSCは0.15MのNaCl,15mMのクエン酸ナトリ ウム(pH7.0)である〕、そしてNIM1に対応するバンドを可視化するためにX−線 フィルムに照射した。 さらに、NIM1遺伝子に対する類似性により同定される発現された配列標識(ES T)、たとえば例16に記載されるイネESTがまた、相同体を単離するためにも使用 され得る。イネESTは、他の単子葉植 物からのNIM1相同体の単離のために特に有用である。 相同体をPCRにより得ることができる。この方法においては、既知の相同体( たとえばイネ及びアラビドプシス)間での比較を行なう。次に、高いアミノ酸及 びDNA類似性又は同一性の領域を、PCRプライマーとして使用する。M及びWに富 んでいる領域が最良であり、次に、F,Y,C,H,Q,K及びEに富んでいる 領域が最良である。なぜならば、それらのアミノ酸は制限された数のコドンによ りコードされるからである。適切な領域が同定されると、その領域のためのプラ イマーが第3番目のコドン位置における種々の置換を伴って製造される。その3 番目の位置における置換の多様性は、標的化される種々依存して強制され得る。 たとえば、トウモロコシはGCに富んでいるので、可能なら、3番目の位置にG又 はCを利用するプライマーが企画される。 PCR反応を、種々の標準条件下で、cDNA又はゲノムDNAから実施される。バンド が明らかである場合、それはクローン化され、そしてそれがNIM1相同体である かどうかを決定するために配列決定される。 E.NIM1の過剰発現が植物に耐病性を付与する CIM表現型を付与するためにトランスジェニック植物におけるNIM1遺伝子の過 剰発現がまた、1996年12月27日に出願された本出願人のアメリカ特許出願番号第 08/773,554号(引用により本明細書に組込まれる)に記載されている。 例18:挿入部位効果によるNIM1の過剰発現 例10/表4に記載される形質転換体のいづれかが挿入部位効果によるNIM1の 過剰発現を有するかどうかを決定するために、D7,D5又はE1コスミド(NIM 1遺伝子を含む)を含む一次形質転換体を、自家受粉せしめ、そしてT2種子を 集めた。1つのE1系、4 つのD5系及び95のD7系からの種子を土壌にまき、そして上記のようにして生 長せしめた。T2植物が少なくとも4枚の真葉を得る場合、一枚の葉を別々に個 々の植物から収穫した。RNAをこの組織から抽出し、そしてPR−1及びNIM1発現 について分析した。次に、植物をP.パラシチカ(Emwa)により接種し、そして 感染に続いて、3〜14日、好ましくは7〜12日で、菌類の増殖について分析した 。正常よりも高いNIM1及びPR−1の発現を示し、そして耐病性を示す植物は、N IM1の過剰発現がCIM表現型を付与することを示した。 表6は、菌類感染に対する耐性についての種々の形質転換体の試験の結果を示 す。表から見出されるように、多くの形質転換体は正常よりも低い菌類増殖を示 し、そしていくつかはまったく眼に見える菌類増殖を示さなかった。RNAを集め られたサンプルから調製し、そして前記記載したようにして分析した(Delaney など.1995)。ブロットを、アラビドプシス遺伝子プローブPR−1(Uknesなど ,1992)にハイブリダイズせしめた。D7−74,D5−6及びE1−1系は、PR −1遺伝子の早期誘発を示し、それにより、PR−1 mRNAは、菌類処理に続いて 、24又は48時間までに明らかになった。それらの3種の系統はまた、菌類感染に 対する耐性を示した。 植物はP.パラシチカ単離物Emwaにより処理され、そして10日後、評点を付け られた。 + :正常な菌類の増殖 +/−:正常以下の菌類の増殖 − :陰性、眼に見えない菌類の増殖例19:その生来のプロモーターのもとでのNIM1の過剰発現 NIM1遺伝子を構成的に発現する植物を、1.4kbのプロモーター配列を含むBam HI−HindIII NIM1ゲノムフラグメント(配列番号2−塩基1429〜5655)による Ws野生型植物の形質転換から生成した。前記フラグメントをpSGCG01中にクロー ン化し、そしてアグロバクテリウム株GV3101(pMP90,Koncz and Schell(1986) Mol.Gen.Genet.204:383-396)を形質転換した。Ws植物に、前記のようにして 、菌類を浸入せしめた。得られる種子を収穫し、そして50μg/mlのカナマイシ ンを含むGM寒天上にプレートした。生存する苗木を土壌に移し、そしてペロノス ポラ パラシチカ単離物Emwaに対する耐性について、上記のようにして試験した 。選択された植物を自家受粉し、そしてホモ接合系を生成するために2回の続く 世代について選択した。いくつかのそれらの系統からの種子を土壌にまき、そし て一列当たり15〜18の植物を3週間、生長せしめ、そして化学物質誘発によるい づれかの前処理を伴わないで、Emwa耐性について再び試験した。菌類処理の約24 時間、48時間及び5日後、個々の系統について、組織を収穫し、プールし、そし て凍結した。植物は、それらがEmwaに対する耐性について評点をつけられる場合 、接種後10まで、生長チャンバーに存続した。 RNAをすべての集められたサンプルから調製し、そして前記のようにして分析 した(Delaneyなど,1995)。ブロットを、アラビドプシス遺伝子プローブPR−1 (Uknesなど,1992)にハイブリダイズせしめた。分析される13のトランスジェ ニック系のうち5つがPR1遺伝子発現の早期誘発を示した。それらの系統に関し ては、PR−1 mRNAは、菌類処理に続いて、24又は48時間までに明らかになった 。それらの5つの系統はまた、眼に見える菌類増殖を示さなかった。葉を、Diet richなど,1994により記載のようにして、ラクトフ ェノールブルーにより染色し、葉における菌類の菌糸の存在を確かめた。PR−1 遺伝子発現は、48時間まで、他の8つの系統においては誘発されず、そしてそれ らの植物はEmwaに対する耐性を示さなかった。 耐性系統のサブセットをまた、細菌病原体プスードモナスシリンガエDC3000に 対する高められた耐性について試験し、Uknesなど.(1993)により記載のようにし て、明らかな耐性の範囲を評価した。実験は、Lawtonなど.(1996)により実質的 に記載されるようにして行なわれた。細菌の増殖は、Emwaに対する構成的耐性を また示したそれらの系統においては遅かった。これは、その生来のプロモーター 下でNIM1遺伝子を過剰発現する植物が、病原体に対する構成的免疫性を有する ことを示す。 それらの系統におけるCIM表現型の追加の特徴を評価するために、感染されて いない植物を、遊離及びグルコース−接合されたサリチル酸について評価し、そ して葉をラクトフェノールブルーにより染色し、顕微鏡的損傷の存在について評 価した。耐性植物を、SAR変異体、たとえばNahG及びndr1を性的に交雑し、他の 変異体に対する耐性表現型のエピスタシス関係を確立し、そしてNIM1のそれら の優性陰性変異体がいにかして、サリチル酸−依存性フィードバックループに影 響を及ぼすことができるかを評価した。 例20:NIM1の35S駆動された過剰発現 十分な長さのNIM1 cDNA(配列番号21)を、pCGN1761ENX(Comaiなど.(1990)Pl ant Mol.Biol.15,373-381)のEcoRI部位中にクローン化した。得られるプラ スミドから、増強されたCaMV 35Sプロモーターを含むXbaIフラグメント、転 写のための正しい配向でのNIM1 cDNA、及びtml 3’ターミネーターを得た。こ のフラグメントを二元ベクターpCIB200中にクローン化し、そしてGV3101を 形質転換した。Ws植物に、前記のようにして浸入せしめた。得られる種子を収穫 し、そして50μg/mlのカナマイシンを含むGM寒天上にプレートした。生存する 苗木を土壌に移し、そして上記のようにして試験した。選択された植物を自家受 粉し、そしてホモ接合系を生成するために2回の続く世代について選択した。試 験された58の系統のうち9つは、それらが化学物質前処理を伴わないでEmwaによ り処理される場合、耐性を示した。従って、NIM1 cDNAの過剰発現はまた、耐病 性植物をもたらす。 例21:収穫物植物におけるNIM1の高レベル発現 Col−O又はWs−O及び他のものにCIM表現型を付与するそれらの構造体を用い て、評価のために、収穫物植物を形質転換する。NIM1遺伝子はそれらの広い種 類内に分類されるいづれかの植物細胞中に挿入され得るが、それは、次の収穫物 植物細胞において特に有用である:イネ、小麦、大麦、ライ麦、トウモロコシ、 ジャガイモ、ニンジン、サツマイモ、テンサイ、インゲン豆、エンドウ豆、チコ リー、レタス、キャベツ、カリフラワー、ブロッコリー、カブ、ダイコン、ホウ レンソウ、アスパラガス、タマネギ、ニンニク、ナス、コショウ、セロリ、カボ チャ、ズキニ、キュウリ、リンゴ、ナシ、マルメロ、メロン、スモモ、サクラン ボ、モモ、ネクタリン、アプリコット、イチゴ、ブドウ、ラーズベリー、ブラッ クベリー、パイナップル、アボカド、パパイヤ、マンゴ、バナナ、大豆、タバコ 、トマト、モロコシ及びサトウキビ。形質転換体を、増強された耐病性について 評価する。本発明の好ましい態様において、NIM1遺伝子の発現は、野生型植物 におけるNIM1遺伝子の発現レベルの少なくとも2倍、及び好ましくは、野生型 発現レベルの10倍であるレベルで存在する。 F.nim表現型植物の他の使用例22:疾病試験へのnim変異体の使用 nim植物は、多くの病原体により攻撃され、そして野生型植物よりも、よりす ばやく、より大きな損傷を進行せしめることが見出される。この表現型は、UDS( すなわち、普遍的疾病感受性)として言及され、そして病原体に対する植物防御 をもたらすためにSAR遺伝子を発現することを失敗した変異体の結果である。こ のnim変異体のUDS表現型は、いわゆる野生型系統の天然の耐性表現型が変化でき る(すなわち、異なった病原体、及び同じ病原体の異なった病原型に対して)フ ィールド病因試験における実験系統の疾病徴候の評価のために対照植物としてそ れらを有用にする。従って、病原体による天然の感染が、実験系統の耐性を評価 することに依存するフィールド環境においては、適切な収穫物植物種のnim変異 体系の実験への導入が、非実験系の使用において固有の変動を伴わないで、病原 体圧力の真のレベル及び範囲の評価を可能にするであろう。 例23:耐病性の目的のためへのトランスジーンの利用性の評価 nim変異体を、耐病性への使用のためのそれらの評価を促進するために、トラ ンスジーンの形質転換のための宿主植物として使用する。たとえば、そのUDS表 現型により特徴づけられるアラビドプシスnim変異体系が、耐病性のための候補 体遺伝子による続く形質転換のために使用され、従って、UDS nim変異体植物の 基本レベルに対する耐性への個々の遺伝子の寄与の評価を可能にする。 例24:植物−病原体相互作用を理解する上での手段としてのnim変異体 nim変異体は、植物病原体相互作用を理解する上で、及び植物細胞への侵入の ために病原体により利用される工程を理解する上で特に有用である。これは、ni m変異体が病原体攻撃に対する全身性応答を開始せず、そして病原体の衰えてい ない進行が、宿主とのその 生物学的相互作用を研究するための理想的なシナリオであるためである。 宿主nim変異体が、その特定の宿主に通常関係しないが、しかし代わりに、異 なった宿主に関係する病原体に対して敏感である観察は、さらに有意なことであ る。たとえば、アラビドプシスnim変異体、たとえばnim1−1,−2,−3,− 4,−5、又は−6は、通常単にタバコを感染する多くの病原体により攻撃され 、そして敏感であることが見出されている。従って、UDS表現型を引き起こすnim 突然変異は、病原体−範囲の敏受性の変性を導びき、そしてこれは、宿主−病原 体相互作用の分子、遺伝子及び生化学分析に有意な有用性を有する。 例25:殺カビ剤スクリーニングに使用するためのnim変異体 nim変異体は、殺カビ活性のための新規化合物のスクリーニングに特に有用で ある。特定宿主において選択されるnim変異体は、その宿主及びその宿主の病原 体を用いての殺カビ剤のスクリーニングのために相当な有用性を有する。この利 点は、異なった病原体及び病原型に対して特異的に敏感であるか、又は同じ病原 体又は病原型に対して耐性でさえある宿主により遭遇される問題を回避する変異 体のUDS表現型にある。例によれば、小麦におけるnim変異体は、その変異体は導 入された病原体に対して耐性応答を開始せず、そして特定の病原体に対してそれ ぞれ適切に敏感である、複数の小麦系の使用を必要とする異なった病原型に対し て異なった耐性を示さないので、広範囲の小麦病原体及び病原型に対する殺カビ 剤をスクリーンするために効果的に使用され得る。特に興味ある小麦病原体は、 エリシフェ・グラミニス(Erisyphe graminis)(ウドンコ病の原因物質)、リゾ クトニア・ソラニ(Rhizoctonia solani)(鋭い眼点の原因物質)、プスードセ ルコスポレラ・ヘルポトリコイド(Ps eudocercosporella herpotrichoides)(眼点の原因物質)、プシニアspp.(Pucci nia ssp.)(サビ病の原因物質)、及びセプトリア ノドラム(Septoria nodor um)を包含するが、但しそれらだけには限定されない。同様に、トウモロコシの nim変異体は、トウモロコシ病原体に対して非常に敏感であり、そして従って、 トウモロコシの疾病に対する活性を有する殺カビ剤のスクリーニングにおいて有 用である。 nim変異体は、異種宿主すなわち特定の病原体の宿主種範囲内に通常存在せず 、そして操作するのに特に容易である宿主(たとえばアラビドプシス)において 広範囲の病原体及び病原型のスクリーニングのためにさらに利用される。そのUD S表現型により、異種宿主は、経済的に重要な収穫物植物種を包含する他の植物 種の病原体に対して敏感である。従って、例によれば、同じアラビドプシスnim 変異体は、小麦病原体、たとえばエリシフェ・グラミニス(ウドンコ病の原因物 質)又はトウモロコシ病原体、たとえばヘルミンソスポリウム・マイジス(Helmi nthosporium maydis)により感染され得、そして殺カビ剤候補体の効力を試験す るために使用され得る。そのようなアプローチは、異なった収穫物植物栽培変種 に対して特異的に毒性である異なった病原体及び病原型により、個々の収穫物植 物種及び異なった栽培変種をスクリーニングする現在使用される方法よりも、効 率において相当の改良点を有する。さらに、アラビドプシスの使用は、その小さ なサイズ及びそれにより、制限された資源の空間でのより一層の試験を約束する 可能性のために、利点を有する。 例26:NIM1はIκBαの相同体である NIM1及びIκBのタンパク質遺伝子生成物間の複数配列一列整列が行なわれ 、それにより、NIM1遺伝子生成物はIκBαの相同 体であることが決定された(図9)。配列相同性研究は、BLAST(Altschulなど. ,J.Mol.Biol.215,403-410(1990))を用いて実施された。複数配列一列整列 を、DNASTAR(Madison,WI)からのLasergene Biocomputing Softwareパッケー ジの一部として、Clustal V(Higginsなど.,CABIOS 5,151-153(1989))を用い て構成したOその一列整列に使用される配列は、NIM1(配列番号3)、マウス IκBα(配列番号18、GenBank受託番号:1022734)、ラットIκBα(配列番号1 9、GenBank受託番号:57674及びX63594;Tewariなど.,Nucleic Acids Res,20, 607(1992))、及びブタIκBα(配列番号20、GenBank受託番号:Z21968;de Mar tinなど.,EMBO J.12,2773-2779(1993);GenBank受託番号第517193号、de M artinなど.,Gene 152,253-255(1995))であった。Clustal分析に使用されるパ ラメーターは、10のギャップペナルティ及び10のギャップ長さペナルティであっ た。進化の分岐距離を、PAM250重量表(Dayhoffなど.,“A model of evolutiona ry change in proteins.Matrices for defecting distant relationships.”I n Atlas of Protein Sequence and Stracture,Vol.5,Suppl.3,M.O.,Dayho ff,ed(National Biomedical Research Foundation,Washington,D.C.),pp.3 45-358(1978))を用いて計算した。残基類似性は、改良されたDayhoff表(Schwart z and Dayhoff,“A model of erolutionary change in proteins”。In Atlas of Protein Sequen ce and Stracture,M.O.,Dayhoff,ed(National Biomedica l Research Foundation,Washington,D.C.),pp.353-358(1979);Gribskov and Burgess,Nucleic Acids Res.14,6745-6763(1986))を用いて計算された。 相同性の研究は、アンキリン、NF−κB及びIκBを包含する、いくつかのタ ンパク質のアンキリンドメインに対するNIM1の類似 性を示す。最良の全体的な相同性は、IκB及び関連する分子に対してである( 図9)。NIM1はアミノ酸位置55及び59で2つのセリンを含み、位置59でのセリ ンはリン酸化−依存性、ユビキチン−介在性、誘発性分解における役割と矛盾が ない関係(D/Exxxxx S)及び位置(N−末端)で存在する。すべてのIκB はそれらのN−末端セリンを有し、そしてそれらはIκBの不活性化、及びNF− κBの続く開放のために必要とされる。NIM1はアンキリンドメイン(アミノ酸26 2−290及び323−371)を有する。アンキリンドメインは、タンパク質−タンパク 質相互作用に関与すると思われ、そしてIκB及びNF−κB分子のための偏在す る特徴である。IκBのC末端は類似していないであろう。NIM1はいくつかの IκBのC−末端に見出されるQLに富んでいる領域(アミノ酸491−499)に対して いくらかの相同性を有する。 例27:NIM1の変更された形の生成−セリン残基55及び59のアラニン残基への 変更 ヒトIκBαにおけるセリン残基のリン酸化は、IκBαの刺激−活性化され た分解のために必要とれさ、それによりNF−κBを活性化する。ヒトIκBαに おけるセリン残基(S32−S36)のアラニン残基への突然変異誘発は、刺激−誘 発されたリン酸化を阻害し、従ってIκBαプロテオソーム−介在性分解をブロ ックする(E.Britta-Mareen Traencknerなど.,EMBO J.14:2876-2883(1995) ;Brownなど.,Science 267:1485-1488(1996);Brockmanなど.,Molecular a nd Cellular Biology 15:2809-2818(1995);Wangなど.,Science 274:784-787 (1996))。 IκBαのこの変更された形は、細胞質にNF−κBを保持することによって優 性陰性形として機能し、それにより下流のシグナル化現象をブロックする。NIM 1とIκBとの間の配列比較に基づけば 、NIM1のセリン55(S55)及び59(S59)は、ヒトIκBαにおけるS32及び S36と相同である。NIM1の優性−陰性形を構成するためには、アミノ酸位置55 及び59でのセリンがアラニン残基に突然変異誘発される。これは、当業者に知ら れているいづれかの方法により、たとえばQuikChange Site Directed Mutagenes is Kit(#200518;Strategene)を用いることによって行なわれ得る。 42bpの5’未翻訳配列(UTR)及び187bpの3'UTRを含む十分な長さのNIM1 cDNA (配列番号21)を用いて、突然変異誘発された構造体が、製造業者の説明書に従っ て、次のプライマー(配列番号21、位置192−226)を用いて製造され得る:5'-CAA CAG CTT CGA AGC CGT CTT TGA CGC GCC GGA TG-3'(配列番号32)及び5'-CAT C CG GCG CGT CAA AGA CGG CTT CGA AGC TGT TG-3'(配列番号33)、ここで下線を 引かれた塩基は突然変異を示す。この方法は次の通りである:ベクターpSE936( Elledgeなど.,Proc.Nat.Acad.Sci.USA 88:1731-1735(1991))中にクローン 化されたNIM1 cDNAを変性し、そして変更された塩基を含むプライマーをアニー リングする。DNAポリメラーゼ(Pfu)が、ニックドされた環状鎖をもたらす非鎖− 置換によりプライマーを延長する。DNAをDpnIによる制限エンドヌクレアーゼ消 化にゆだね、メチル化された部位(突然変異されていない鋳型DNA)のみを切断す る。残る環状dsDNAを用いて、E.コリ株XL1−Blueを形質転換する。得られる コロニーからのプラスミドを抽出し、そして配列決定し、突然変異誘発された塩 基の存在を確かめ、そして他の突然変異が生じなかったことを確かめる。 突然変異誘発されたNIM1 cDNAを、制限エンドヌクレアーゼEcoRIにより消化 し、そしてカリフラワーモザイクウィルスの二重35Sプロモーターの転写調節下 でpCGN1761中にクローン化する。35Sプロモーター、NIM1 cDNA及びtmlターミ ネーターを含む形質転 換カセットを、XbaIによる部分的制限消化によりpCGN1761から開放し、そしてX baI中に連結し、そして脱リン酸化されたpCIB200のXbaI部位中に連結する。配 列番号22及び23は、NIM1遺伝子のこの変更された形のそれぞれのDNAコード配列 及びコードされたアミノ酸配列を示す。本発明はまた、NIM1の対立遺伝子の変 更された形を包含し、ここでそのような対立遺伝子のコード配列は配列番号22に 示されるコード配列に対して次の条件下でハイブリダイズする:1% BSA;520m MのNaPO4,pH7.2;7%の硫酸ラウリル、ナトリウム塩;1mMのEDTA;250mMの塩 化ナトリウムにおける55℃で18〜24時間のハイブリダイゼーション、及び15分間 の6×SSC、15分間の(X3)3×SSC、55℃での(X1)の洗浄。それらの態様 において、それらの条件下で配列番号22にハイブリダイズするNIM1の対立遺伝 子は、コードされた生成物が、配列番号22の位置55及び59に対応するアミノ酸位 置においてセリンの代わりにアラニンを有するように変更される。 例28:NIM1の変更された形の生成;N−末端欠失 K21,K22,S32及びS36を包含する、ヒトIκBαのアミノ酸1−36(Brock manなど.,Sunなど.)又は1−72(Sunなど.)の欠失は、トランスフェクトされた ヒト細胞培養物において優性−陰性IκBα表現型をもたらす。NIM1 cDNAのコ ードされた生成物のおおよその最初の125個のアミノ酸のN−末端欠失は、可能 性あるユビキチン化部位として作用することができる8個のリシン残基を除去し 、そしてまた、S55及びS59での推定上のリン酸化部位を除去する(例2を参照 のこと)。この変更された遺伝子構造体は、当業者に知られているいづれかの手 段により生成され得る。たとえば、Hoなど.,Gene 77:51-59(1989)の方法を 用いて、おおよその最初の125個のアミノ酸をコードするDNAが欠失するNIM1形 が生成 され得る。次のプライマーが1612bpのPCR生成物(配列番号21:418〜2011)を生 成する:5'-gg aat tca-ATG GAT TCG GTT GTG ACT GTT TTG-3'(配列番号34)及 び5'-gga att cTA CAA ATC TGT ATA CCA TTG G-3'(配列番号35)、ここで合成 開始コドンは下線が引かれており(ATG)、そしてEcoRIリンカー配列は2番目の 場合に存在する。フラグメントの増幅は、次の成分を含んで成る反応混合物を用 いる:0.1〜100ngの鋳型DNA,10mMのトリス(pH8.3)/50mMのKCl/2mMのMgCl2/ 0.001%のゼラチン/0.25mMの個々のdNTP/0.2mMの個々のプライマー及び1単位 のγTth DNAポリメラーゼ(最終体積50ml及びPerkin Elmer Centus 9600 PCR機 械の使用)。PCR条件は次の通りである:94℃で3分;35×(94℃,30秒:52℃ で1分:72℃で2分);72℃で10分。PCR生成物を、pCR2.1ベクター(Invitroge n)中に直接的にクローン化する。PCRベクターにおけるPCR−生成された挿入体 を、EcoRIを用いての制限エンドヌクレアーゼ消化により開放し、そして二重35 Sプロモーターの転写調節下で、脱リン酸化されたpCGN1761のEcoRI部位中に連 結する。構造体を配列決定し、合成開始ATGの存在を確かめ、そして他の突然変 異がPCRの間、生じなかったことを確かめる。35Sプロモーター、修飾されたNIM 1 cDNA及びtmlターミネーターを含む形質転換カセットを、XbaIによる部分的 消化によりpCGN1761ENXから開放し、そしてpCIB200のXbaI部位中に連結する。 配列番号24及び25は、N−末端アミノ酸欠失を有するNIM1遺伝子の変更された 形のそれぞれのDNAコード配列及びコードされたアミノ酸配列を示す。 本発明は、NIM1の対立遺伝子の変更された形を包含し、ここでそのような対 立遺伝子のコード配列は配列番号24に示されるコード配列に対して次の条件下で ハイブリダイズする:1% BSA;520mMのNaPO4,pH7.2;7%の硫酸ラウリル、 ナトリウム塩;1mMのEDTA ;250mMの塩化ナトリウムにおける55℃18〜24時間のハイブリダイゼーション、 及び15分間の6×SSC、15分間の(X3)3×SSC、55℃での(X1)の洗浄。そ れらの態様において、それらの条件下で配列番号24にハイブリダイズするNIM1 の対立遺伝子は、コードされた生成物が、野生型遺伝子生成物の位置55及び59に 対応するアミノ酸位置でのセリンの他に可能性あるユビキチン化部位として機能 するリシン残基を除去するN−末端欠失を有するよう変更される。 例29:NIM1の変更された形の生成;C−末端欠失 ヒトIκBαのアミノ酸261−317の欠失は、C−末端におけるセリン及びトレ オニン残基の構成的リン酸化をブロックすることによって、増強された固有の安 定性をもたらすと思われている。セリン及びトレオニンに富んでいる領域は、NI M1のC−末端におけるアミノ酸522−593で存在する。NIM1遺伝子のC−末端コ ード領域は、アミノ酸522−593をコードするヌクレオチド配列を欠失することに よって修飾され得る。Hoなど.(1989)の方法を用いて、NIM1 cDNAのC−末端コ ード領域及び3'UTR(配列番号21:1606−2011)がPCRにより欠失され、次のプラ イマーを用いて1623bpのフラグメントを生成される:5'-cggaattcGATCTCTTTAATT TGTGAATTT C-3'(配列番号36)及び5'-ggaattcTCAACAGTT CATAATCTGGTCG-3'(配 列番号37)、ここで合成停止コドンは下線が引かれており(相補的鎖上のTGA)、 そしてEcoRIリンカー配列は2番目の場合に存在する。PCR反応成分は前述の通 りであり、そしてサイクルパラメーターは次の通りである:94℃で3分;30×( 94℃,30秒:52℃で1分:72℃で2分);72℃で10分。PCR生成物を、pCR2.1ベ クター(Invitrogen)中に直接的にクローン化する。PCRベクターにおけるPCR− 生成された挿入体を、EcoRIを用いての制限コドンヌクレアー ゼ消化により開放し、そして二重35Sプロモーターの転写調節下で、脱リン酸化 されたpCGN1761のEcoRI部位中に連結する。構造体を配列決定し、合成イン−フ レーム停止コドンの存在を確かめ、そして他の突然変異がPCRの間、生じなかっ たことを確かめる。前記プロモーター、修飾されたNIM1 cDNA及びtmlターミネ ーターを含む形質転換カセットを、XbaIによる部分的消化によりpCGN1761から 開放し、そして脱リン酸化されたpCIB200のXbaI部位中に連結する。配列番号26 及び27は、C−末端アミノ酸欠失を有するNIM1遺伝子の変更された形のそれぞ れのDNAコード配列及びコードされたアミノ酸配列を有する。 本発明はまた、NIM1の対立遺伝子の変更された形を包含し、ここでそのよう な対立遺伝子のコード配列は配列番号26に示されるコード配列に対して次の条件 下でハイブリダイズする:1% BSA;520mMのNaPO4,pH7.2;7%の硫酸ラウリ ル、ナトリウム塩;1mMのEDTA;250mMの塩化ナトリウムにおける55℃で18〜24 時間のハイブリダイゼーション、及び15分間の6×SSC、15分間の(X3)3×S SC、55℃での(X1)の洗浄。それらの態様において、上記の条件下で配列番号 26にハイブリダイズするNIM1の対立遺伝子は、コードされた生成物がセリン及 びトレオニン残基を除去するC−末端欠失を有するように変更される。 例30:NIM1の変更された形の生成;N−末端/C−末端欠失キメラ NIM1のN−末端及びC−末端欠失形を、位置819でのユニークKpnI制限部位 を用いて生成する(配列番号21)。N−末端欠失形(例28)を、EcoRI/KpnI により制限エンドヌクレアーゼ消化し、そして修飾されたN−末端に対応する41 5bpのフラグメントをゲル電気泳動により回収する。同様に、C−末端形(例29 )を、EcoR I/KpnIにより制限エンドヌクレアーゼ消化し、そして修飾されたC−末端に 対応する790bpのフラグメントをゲル電気泳動により回収する。それらのフラグ メントを15℃で連結し、EcoRIにより消化し、EcoRIコンカテマーを排除し、そ して脱リン酸化されたpCGN1761のEcoRI部位中にクローン化する。NIM1のN/ C−末端欠失形は、二重35Sプロモーターの転写調節下にある。同様に、C−末 端欠失(例29)に融合されたS55/S59突然変異誘発された推定上のリン酸化部 位(例27)から成るNIM1のキメラ形を生成する。構造体を上記のようにして生 成する。構造体を配列決定し、開始及び停止コドンの適合性を確かめ、そして突 然変異がクローニングの間、生じなかったことを確かめる。35Sプロモーター、 NIM1キメラ及びtmlターミネーターを含むそれぞれの形質転換カセットを、Xba Iによる部分的制限消化によりpCGN1761から開放し、そして脱リン酸化されたpC IB200のXbaI部位中に連結する。配列番号28及び29は、N−末端及びC−末端ア ミノ酸欠失を有するNIM1遺伝子の変更された形のそれぞれのDNAコード配列及び コードされたアミノ酸配列を示す。 本発明は、NIM1の対立遺伝子の変更された形を包含し、ここでそのような対 立遺伝子のコード配列は配列番号28に示されるコード配列に対して次の条件下で ハイブリダイズする:1% BSA;520mMのNaPO4,pH7.2;7%の硫酸ラウリル、 ナトリウム塩;1mMのEDTA;250mMの塩化ナトリウムにおける55℃で18〜24時間 のハイブリダイゼーション;及び15分間の6×SSC、15分間の(X3)3×SSC、 55℃での(X1)の洗浄。それらの態様において、上記条件下で配列番号28にハ イブリダイズするNIM1の対立遺伝子は、コードされた生成物が、野生型遺伝子 生成物の位置55及び59に対応するアミノ酸位置でセリンの他に可能性あるユビキ チン化部位として作用す るリシン残基を除去するN−末端欠失、及びセリン及びトレオニン残基を除去す るC−末端欠失の両者を有するよう変更される。 例31:NIM1の変更された形の生成−アンキリンドメイン NIM1は、おおよそのアミノ酸103−362でアンキリン型に対して相同性を示す 。Hoなど.(1989)の方法を用いて、推定上のアンキリンドメインをコードするDNA 配列(配列番号2:3093−3951)を、NIM1 cDNA(配列番号21:349−1128)から 次のプライマーを用いて、PCR増幅する(条件:94℃で3分:35×(94℃で30秒 ;62℃で30秒;72℃で2分):72℃で10分):5'-ggaattcaATGGACTCCAACAACACCG CCGC-3'(配列番号38)及び5'-ggaattcTCAACCTTCCAAAGTTGCTTCTGATG-3'(配列番 号39)。得られる生成物を、EcoRIにより制限エンドヌクレアーゼ消化し、そし て次に、二重35Sプロモーターの転写調節下で、脱リン酸化されたpCGN1761のEc oRI部位中にスプライスする。その構造体を配列決定し、合成開始コドン(ATG) 及びイン−フレーム停止コドン(TGA)の存在を確かめ、そして他の突然変異がPCR の間、生じなかったことを確かめる。35Sプロモーター、アンキリンドメイン、 及びtmlターミネーターを含む形質転換カセットを、XbaIによる部分制限消化に よりpCGN1761から開放し、そして脱リン酸化されたpCIB200のXbaI部位中に連結 する。配列番号30及び31は、NIM1のアンキリンドメインのそれぞれのDNAコード 配列及びコードされたアミノ酸配列を示す。 本発明は、NIM1の対立遺伝子の変更された形を包含し、ここでそのような対 立遺伝子のコード配列は配列番号30に示されるコード配列に対して次の条件下で ハイブリダイズする:1% BSA;520mMのNaPO4,pH7.2;7%の硫酸ラウリル、 ナトリウム塩;1mMのEDTA;250mMの塩化ナトリウムにおける55℃で18〜24時間 のハイブリダイゼーション、及び15分間の6×SSC、15分間の(X3)3×SSC 、55℃での(X1)の洗浄。それらの態様において、上記条件下で配列番号30に ハイブリダイズするNIM1の対立遺伝子は、コードされた生成物が、野生型遺伝 子生成物のアンキリンドメインから実質的に成るよう変更される。 例32:キメラ遺伝子の構成 変更されたNIM1形の適切な空間的及び一時的な発現の傾向を高めるために、N IM1プロモーター及び遺伝子を含む、4407bpのHindIII/BamHIフラグメント( 配列番号2:塩基1249−5655)及び/又は5655bpのEcoRV/BamHIフラグメント (配列番号2:塩基1〜5655)を、上記例27〜31における変更されたNIM1形の 創造のために使用する。構成段階は異なるが、その概念は本明細書に記載されて 来た例に比較できる。変更された形の強い過剰発現は、致死的であるかも知れな い。従って、例27〜31に記載されるNIM1遺伝子の変更された形は、内因性NIM1 プロモーター以外のプロモーターたとえばnosプロモーター、又はRubiscoプロモ ーターの小サブユニット(但し、それらだけには限定されない)の調節下に配置 され得る。同様に、変更されたNIM1形は、病原体−応答性プロモーターPR−1 の調節下で発現され得る(アメリカ特許第5,614,395号)。そのような発現は、 病原体の攻撃又は他のSAR−活性化条件下でのみ、変更されたNIM1形の強い発現 を可能にする。さらに、耐病性は、SARを通常活性化しないSAR活性化因子化合物 (すなわちBTH又はINA)の濃縮物により処理される場合、PR−1プロモーター調節 下で変更されたNIM1形を発現し、それによりフィードバックループを活性化す る形質転換体において明らかであり得る(Weymannなど.,(1995)Plant Cell 7 :2013-2022)。例33:NIM1の変更された形を用いてのアラビドプシス・タリアナの形質転換 生成された構造体(例27〜32)を、株GV3101中へのエレクトロポレーションに より、アグロバクテリウム・ツメファシエンス中に移動せしめる。それらの構造 体を用いて、真空浸入法(Mindrinosなど.,Cell 78,1089-1099(1994))又は標 準の根形質転換法により、アラビドプシス生態型Col−O及びWs−Oを形質転換 する。それらの植物からの種子を収穫し、そして選択剤としてカナマイシン(又 は他の適切な抗生物質)を含む寒天プレート上で発芽せしめる。コスミドDNAに より形質転換される苗木のみは、選択剤を解毒し、そして生存することができる 。その選択を生存する実生を土壌に移し、そしてCIM(構成免疫性)表現型につい て試験する。植物を、野生型植物に比較して、観察できる表現型の差異について 評価する。 例34:NIM1の変更された形により形質転換された植物におけるCIM表現型の評 個々の一時形質転換体からの葉を収穫し、RNAを単離し(Verwoerdなど.,1989 ,Nuc.Acid Res.,2362)、そしてRNAブロット分析により構成的PR−1発現につ いて試験する(Uknesなど.,1992)。個々の形質転換体を、構成的SAR発現分析(Uk nesなど.,1992)の表示である増強された耐病性応答について評価する。2種の 適合できるP.パラシチカ単離物、すなわちEmwa及びNoco(すなわち、それらの 菌類株はそれぞれ、野生型Ws−O及びCol−O植物に対して疾病を引き起す)か らの5〜10×104個の胞子/mlの分生子懸濁液を調製し、そして形質転換体に、 前記適切な単離物を、形質転換体の生態型に依存して噴霧する。接種された植物 を、高湿度下で7日間インキュベートする。植物を7日目で、疾病等級化し、そ して一枚の葉を、菌類感染を測定するための手段を提供するプローブを用いて、 RNAブロット分析のために収穫する。 CIM表現型を示す形質転換体を、T1世代に取り、そしてホモ接 合性植物を同定する。形質転換体を、下記のように一式の耐病性試験にゆだねる 。Noco及びEmwaによる菌類感染をくり返し、そして葉を、Dietrichなど.,(1994 )に記載のようにして、ラクトフェノールブルーにより染色し、菌類菌子の存在 を同定する。形質転換体を、Uknesなど.(1993)に記載のようにして、細菌病原体 プスードモナスシリンガエDC3000により感染せしめ、耐性の範囲を評価する。感 染されなかった植物を、遊離及びグルコース−接合されたSAについて評価し、そ して葉をラクトフェノールブルーにより染色し、顕微鏡的損傷の存在について評 価する。耐性植物を、SAR変異体、たとえばNahG(アメリカ特許第5,614,395号) 及びndr1により性的に交雑し、他の変異体に対する耐性表現型のエピスタシス 関係を確立し、そしてNIM1のそれらの優性−陰性変異体がSA−依存性フィード バックループにいかにして影響を及ぼすかを評価する。 例35:NIM1相同体の単離 プローブとしてNIM1 cDNA(配列番号21)を用いて、アラビドプシスNIM1の相 同体を、異なった収穫物、たとえば例36に列挙されるもの(但し、それらだけに は限定されない)からのゲノム又はcDNAライブラリーのスクリーニングを通して 同定する。これを達成するための標準の技法は、プレートされたDNAライブラリ ーのハイブリダイゼーションスクリーニング(プラーク又はコロニーのいづれか ;たとえば、Sambrookなど.,Molecular Cloning,eds.,Cold Spring Harbor L aboratory Press,(1989)を参照のこと)、及びオリゴヌクレオチドプライマー を用いてのPCRによる増幅(たとえば、Innisなど.,PCR Protocols ,a Guide to Methods and Applications eds.,Academic Press(1990)を参照のこと)を包 含する。同定された相同体を、発現ベクター中に遺伝子的に構築し、そして上記 に列挙される収穫物を形質転換する。形質転換体を、試験され る収穫物植物の適切な病原体を用いて、増強された耐病性について評価する。 キュウリ、トマト、タバコ、トウモロコシ、小麦及び大麦のゲノムにおけるNI M1相同体を、DNAブロット分析により検出した。ゲノムDNAを、キュウリ、トマ ト、タバコ、トウモロコシ、小麦及び大麦から単離し、酵素BamHI,HindIII,X baI、又はSalIにより制限消化し、0.8%アガロースゲル上で電気泳動的に分離 し、そして細管ブロットによりナイロン膜にトランスファーした。DNAを結合す るためにUV−架橋に続いて、膜を、32P−放射性ラベルされたアラビドプシスタ リアナNIM1 cDNAにより、低い緊縮条件〔(1%のBSA;520mMのNaPO4,pH7.2; 7%の硫酸ラウリル、ナトリウム塩;1mMのEDTA;250mMの塩化ナトリウム)、5 5℃で18〜24時間〕下でハイブリダイズせしめた。ハイブリダイゼーションに続 いて、ブロットを、低い緊縮条件下で洗浄し〔15分間の6×SSC、15分間の(X 3)3×SSC、55℃で(X1);1×SSCは0.15MのNaCl,l5mMのクエン酸ナトリ ウム(pH7.0)である〕、そしてNIM1に対応するバンドを可視化するためにX−線 フィルムに照射した。 さらに、NIM1遺伝子に対する類似性により同定される発現された配列標識(ES T)をまた、相同体を単離するために使用され得る。たとえば、いくつかのイネ発 現された配列標識(EST)は、NIM1遺伝子に対する類似性により同定されて来た。 複数配列一列整列を、DNA*(1228 South Park Street,Madison Wisconsin,5371 5,Lasergene Biocomputing Software Package for the Macintosh(1994))の一 部として、Clustal V(Higgins,Desmond G.and Paul M.Sharp(1989),Fast an d sensitive multiple sequence alignments on a microcomputer,CABIOS 5: 151-153)を用いて構成した。NIM1タンパク質の一定の領域が4種の異なったイ ネcDNAタンパク質 生成物に対して、アミノ酸配列において相同である。その相同性は、GenBank BL AST調査において、NIM1配列を用いて同定された。NIM1及びイネcDNA生成物に おける相同性の領域の比較が図8に示される(また、配列番号3及び4〜11を参 照のこと)。NIM1タンパク質フラグメントは、4種のイネ生成物と36〜48%の アミノ酸配列同一性を示す。それらのイネESTは、他の単子葉植物からのNIM1相 同体の単離のために特に有用であり得る。 相同体をPCRにより得ることができる。この方法においては、既知の相同体( たとえばイネ及びアラビドプシス)間での比較を行なう。次に、高いアミノ酸及 びDNA類似性又は同一性の領域を、PCRプライマーとして使用する。M及びWに富 んでいる領域が最良であり、次に、F,Y,C,H,Q,K及びEに富んでいる 領域が最良である。なぜならば、それらのアミノ酸は制限された数のコドンによ りコードされるからである。適切な領域が同定されると、その領域のためのプラ イマーが第3番目のコドン位置における種々の置換を伴って製造される。その3 番目の位置における置換の多様性は、標的化される種々依存して強制され得る。 たとえば、トウモロコシはGCに富んでいるので、可能なら、3番目の位置にG又 はCを利用するプライマーが企画される。 PCR反応を、種々の標準条件下で、cDNA又はゲノムDNAから実施する。バンドが 明らかである場合、それはクローン化され、そしてそれがNIM1相同体であるか どうかを決定するために配列決定される。 例36:収穫物植物におけるNIM1の変更された形の発現 Col−O又はWs−OにCIM表現型を付与するそれらの構造体を用いて、評価のた めに、収穫物植物を形質転換する。他方では、前述の例における収穫物から単離 された、変更された生来のNIM1遺伝 子も、それぞれの収穫物中に元に戻す。NIM1遺伝子はそれらの広い種類内に分 類されるいづれかの植物細胞中に挿入され得るが、それは、次の収穫物植物の細 胞において特に有用である:イネ、小麦、大麦、ライ麦、トウモロコシ、ジャガ イモ、ニンジン、サツマイモ、テンサイ、インゲン豆、エンドウ豆、チコリー、 レタス、キャベツ、カリフラワー、ブロッコリー、カブ、ダイコン、ホウレンソ ウ、アスパラガス、タマネギ、ニンニク、ナス、コショウ、セロリ、カボチャ、 ズキニ、キュウリ、リンゴ、ナシ、マルメロ、メロン、スモモ、サクランボ、モ モ、ネクタリン、アプリコット、イチゴ、ブドウ、ラーズベリー、ブラックベリ ー、パイナップル、アボカド、パパイヤ、マンゴ、バナナ、大豆、タバコ、トマ ト、モロコシ及びサトウキビ。形質転換体を、増強された耐病性について評価す る。本発明の好ましい態様において、NIM1遺伝子の変更された形の発現は、野 生型植物における生来のNIM1遺伝子の発現レベルの少なくとも2倍、及び好ま しくは、野生型発現レベルの10倍であるレベルで存在する。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (31)優先権主張番号 60/034,382 (32)優先日 平成8年12月27日(1996.12.27) (33)優先権主張国 米国(US) (31)優先権主張番号 60/034,730 (32)優先日 平成9年1月10日(1997.1.10) (33)優先権主張国 米国(US) (31)優先権主張番号 60/035,021 (32)優先日 平成9年1月10日(1997.1.10) (33)優先権主張国 米国(US) (31)優先権主張番号 60/035,022 (32)優先日 平成9年1月10日(1997.1.10) (33)優先権主張国 米国(US) (31)優先権主張番号 08/880,179 (32)優先日 平成9年6月20日(1997.6.20) (33)優先権主張国 米国(US) (81)指定国 EP(AT,BE,CH,DE, DK,ES,FI,FR,GB,GR,IE,IT,L U,MC,NL,PT,SE),OA(BF,BJ,CF ,CG,CI,CM,GA,GN,ML,MR,NE, SN,TD,TG),AP(GH,GM,KE,LS,M W,SD,SZ,UG,ZW),EA(AM,AZ,BY ,KG,KZ,MD,RU,TJ,TM),AL,AM ,AT,AU,AZ,BA,BB,BG,BR,BY, CA,CH,CN,CU,CZ,DE,DK,EE,E S,FI,GB,GE,GH,GM,GW,HU,ID ,IL,IS,JP,KE,KG,KP,KR,KZ, LC,LK,LR,LS,LT,LU,LV,MD,M G,MK,MN,MW,MX,NO,NZ,PL,PT ,RO,RU,SD,SE,SG,SI,SK,SL, TJ,TM,TR,TT,UA,UG,US,UZ,V N,YU,ZW (72)発明者 ウクネス,スコット ジョゼフ アメリカ合衆国,ノースカロライナ 27502,アペックス,パインデール ドラ イブ 1003 (72)発明者 シュタイナー,ヘンリー−ヨーク アメリカ合衆国,ノースカロライナ 27606,ローリー,アバントリッジ ロー ド 1800―103 (72)発明者 ハント,ミッシェル デニーズ アメリカ合衆国,ノースカロライナ 27514,チャペル ヒルズ,ビッカーズ ロード 361 (72)発明者 フリードリヒ,レスリー ベザーズ アメリカ合衆国,ノースカロライナ 27502,アペックス,ウィックフォード プレイス 4208 【要約の続き】 にも関する。本発明はさらに、形質転換ベクター、及び 植物においてNIM1遺伝子を過剰発現するための方法に 関する。植物においてNIM1遺伝子の過剰発現を生成す るためのベクター及び方法が開示される。本発明はま た、NIM1遺伝子生成物の変更された形をコードするDNA 分子により前記植物を形質転換することによって、植物 においてSARを活性化し、そして植物にCIM表現型及び広 い範囲の耐病性を付与することを含んで成る。

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1. NIM1タンパク質の変更された形をコードするDNA分子。 2.SARシグナル伝達経路の優性−陰性レギュレーターとして作用する請求の 範囲第1項記載のDNA分子。 3.前述NIM1タンパク質の変更された形が、配列番号3の位置55及び59に対 応するアミノ酸位置においてセリンの代わりにアラニンを有する請求の範囲第1 項記載のDNA分子。 4.前記NIM1タンパク質の前記変更された形が、配列番号23に示されるアミ ノ酸配列を含んで成る請求の範囲第3項記載のDNA分子。 5.前記DNA分子が配列番号22に示されるヌクレオチド配列及びすべてのDNAを 含んで成る請求の範囲第4項記載のDNA分子。 6.前記NIM1タンパク質の変更された形がNIM1遺伝子生成物の切断された変 型である請求の範囲第1項記載のDNA分子。 7.前記NIM1タンパク質の変更された形が、配列番号3のアミノ酸位置1〜1 25にほぼ対応するアミノ酸のN−末端切断を有する請求の範囲第1項記載のDNA 分子。 8.前記NIM1タンパク質の変更された形が、配列番号25に示されるアミノ酸 配列を含んで成る請求の範囲第7項記載のDNA分子。 9.前記DNA分子が配列番号24に示されるヌクレオチド配列を含んで成る請求 の範囲第8項記載のDNA分子。 10.前記NIM1タンパク質の変更された形が配列番号3のアミノ酸位置522〜59 3にほぼ対応するアミノ酸のC−末端切断を有する請求の範囲第1項記載のDNA分 子。 11.前記NIM1タンパク質の変更された形が配列番号27に示されるアミノ酸配 列を含んで成る請求の範囲第10項記載のDNA分子。 12.前記DNA分子が配列番号26に示されるヌクレオチド配列を含んで成る請求 の範囲第11項記載のDNA分子。 13.前記NIM1タンパク質の変更された形が、配列番号2のアミノ酸位置1〜1 25にほぼ対応するアミノ酸のN−末端切断、及び配列番号3のアミノ酸位置522 〜593にほぼ対応するアミノ酸のC−末端切断を有する請求の範囲第1項記載のD NA分子。 14.前記NIM1タンパク質の変更された形が配列番号29に示されるアミノ酸配 列を含んで成る請求の範囲第13項記載のDNA分子。 15.前記DNA分子が配列番号28に示されるヌクレオチド配列を含んで成る請求 の範囲第14項記載のDNA分子。 16.前記NIM1タンパク質の変更された形が配列番号3のアミノ酸位置103〜36 2にほぼ対応するアンキリンモチーフから実質的に成る請求の範囲第1項記載のD NA分子。 17.前記NIM1タンパク質の変更された形が、配列番号31に示されるアミノ酸 配列を含んで成る請求の範囲第16項記載のDNA分子。 18.前記DNA分子が配列番号30に示されるヌクレオチド配列を含んで成る請求 の範囲第17項記載のDNA分子。 19.前記DNA分子が、配列番号22,24,26,28及び30から成る群から選択され たヌクレオチドに対して、次の条件:1%のBSA;520mMのNaPO4,pH7.2;7%の 硫酸ラウリル、ナトリウム塩;1mMのEDTA;250mMの塩化ナトリウムにおける55 ℃で18〜24時間のハイブリダイゼーション、及び15分間の6×SSC、15分間の( X3)3×SSCにおける55℃での(X1)洗浄下でハイブリダイズする請求の範 囲第1項記載のDNA分子。 20.請求の範囲第1〜19のいづれか1項記載のDNA分子に操作可能に連結され る、植物において活性的なプロモーターを含んで成るキメラ遺伝子。 21.宿主細胞中に安定して形質転換され得る、請求の範囲第20項記載のキメラ 遺伝子を含んで成る組換えベクター。 22.請求の範囲第21項記載の組換えベクターにより植物を形質転換することを 含んで成る、植物のSARを活性化するための方法であって、前記NIM1タンパク質 の変更された形が前記形質転換された植物において発現され、そして前記植物に おいてSARを活性化することを特徴とする方法。 23.請求の範囲第21項記載の組換えベクターにより植物を形質転換することを 含んで成る、植物に広範囲の耐病性を付与するための方法であって、前記NIM1 タンパク質の変更された形が前記植物において発現され、そして前記植物に広範 囲の耐病性を付与することを特徴とする方法。 24.請求の範囲第21項記載の組換えベクターにより植物を形質転換することを 含んで成る、植物にCIM表現型を付与するための方法であって、前記NIM1タンパ ク質の変更された形が前記形質転換された植物において発現され、そして前記植 物にCIM表現型を付与することを特徴とする方法。 25.請求の範囲第21項記載のベクターにより安定して形質転換された宿主細胞 。 26.植物細胞である請求の範囲第25項記載の宿主細胞。 27.広範囲の耐病性を有する請求の範囲第19項記載のキメラ遺伝子を含んで成 る、植物、植物細胞及びそれらの子孫。 28.植物において全身性後天性耐性を導びくシグナル伝達カスケードに関与す るNIM1タンパク質が、野生型植物においてよりも高いレベルで、形質転換され た植物において発現される、植物、植物細胞及びそれらの子孫。 29.前記植物が裸子植物、単子葉植物及び双子葉植物から成る群 から選択される請求の範囲第27又は28項記載の植物、植物細胞及びそれらの子孫 。 30.前記植物収穫物植物である請求の範囲第27又は28項記載の植物、植物細胞 及びそれらの子孫。 31.前記植物が、米、小麦、大麦、ライ麦、トウモロコシ、ジャガイモ、ニン ジン、サツマイモ、テンサイ、インゲン豆、エンドウ豆、チコリー、レタス、キ ャベツ、カリフラワー、ブロッコリー、カブ、ダイコン、ホウレンソウ、アスパ ラガス、タマネギ、ニンニク、ナス、コショウ、セロリ、カボチャ、ズキニ、キ ュウリ、リンゴ、ナシ、マルメロ、メロン、スモモ、サクランボ、モモ、ネクタ リン、アプリコット、イチゴ、ブドウ、ラーズベリー、ブラックベリー、パイナ ップル、アボカド、パパイヤ、マンゴ、バナナ、大豆、タバコ、トマト、モロコ シ及びサトウキビから成る群から選択される請求の範囲第27又は28項記載の植物 、植物細胞及びそれらの子孫。 32.植物細胞、植物及びそれらの子孫にCIM表現型を付与するための方法であ って、植物において全身性後天性耐性を導びくシグナル伝達カスケードに関与す るNIM1タンパク質をコードするDNA分子に操作可能的に連結される、植物におい て活性的なプロモーターを含んで成るキメラ遺伝子を含んで成る組換えベクター により前記植物を形質転換することを含んで成り、ここで前記ベクターが宿主中 に安定して形質転換され得、そして前記NIM1タンパク質が野生型植物において よりも高いレベルで、前記形質転換された植物において発現されることを特徴と する方法。 33.植物細胞、植物及びそれらの子孫において全身性後天性耐性を活性化する ための方法であって、植物において全身性後天性耐性を導びくシグナル伝達カス ケードに関与するNIM1タンパク質をコ ードするDNA分子に操作可能的に連結される、植物において活性的なプロモータ ーを含んで成るキメラ遺伝子を含んで成る組換えベクターにより前記植物を形質 転換することを含んで成り、ここで前記ベクターが宿主中に安定して形質転換さ れ得、そして前記NIM1タンパク質が野生型植物においてよりも高いレベルで、 前記形質転換された植物において発現されることを特徴とする方法。 34.植物細胞、植物及びそれらの子孫に広い範囲の耐病性を付与するための方 法であって、植物において全身性後天性耐性を導びくシグナル伝達カスケードに 関与するNIM1タンパク質をコードするDNA分子に操作可能的に連結される、植物 において活性的なプロモーターを含んで成るキメラ遺伝子を含んで成る組換えベ クターにより前記植物を形質転換することを含んで成り、ここで前記ベクターが 宿主中に安定して形質転換され得、そして前記NIM1タンパク質が野生型植物に おいてよりも高いレベルで、前記形質転換された植物において発現されることを 特徴とする方法。 35.請求の範囲第20項記載のキメラ遺伝子を含んで成るトランスジェニック植 物又はその子孫の農業方法への使用。 36.野生型植物においてよりも高いレベルで、形質転換された植物において発 現される少なくとも1つのNIM1タンパク質の変更された形又はNIM1タンパク質 を含んで成るトランスジェニック植物の種子、及びSARシグナル伝達経路の優性 −陰性レギュレーターとして作用するのに十分な量での適切なキャリヤー、並び に植物に広範囲の耐病性を付与するためへの使用のための表示使用説明書を含ん で成る商業用バッグ。
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