JP2001046063A - ユーバクテリウム属及びフソバクテリウム・バリウムグループ細菌用プライマー - Google Patents

ユーバクテリウム属及びフソバクテリウム・バリウムグループ細菌用プライマー

Info

Publication number
JP2001046063A
JP2001046063A JP11226176A JP22617699A JP2001046063A JP 2001046063 A JP2001046063 A JP 2001046063A JP 11226176 A JP11226176 A JP 11226176A JP 22617699 A JP22617699 A JP 22617699A JP 2001046063 A JP2001046063 A JP 2001046063A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
primer
bacterium
dna
base sequence
eubacterium
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
JP11226176A
Other languages
English (en)
Inventor
Yoshimi Benno
義己 辨野
Akiko Kageyama
亜紀子 影山
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
RIKEN Institute of Physical and Chemical Research
Yakult Bioscience Research Foundation
Original Assignee
RIKEN Institute of Physical and Chemical Research
Yakult Bioscience Research Foundation
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by RIKEN Institute of Physical and Chemical Research, Yakult Bioscience Research Foundation filed Critical RIKEN Institute of Physical and Chemical Research
Priority to JP11226176A priority Critical patent/JP2001046063A/ja
Publication of JP2001046063A publication Critical patent/JP2001046063A/ja
Pending legal-status Critical Current

Links

Landscapes

  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

(57)【要約】 【解決手段】 配列番号1〜19から選ばれる塩基配列
又は該塩基配列に相補的な配列を有するユーバクテリウ
ム属細菌用及びフソバクテリウム・バリウムグループ細
菌用プライマー又はプローブ、並びにこのプライマーを
使用するユーバクテリウム属細菌菌種及びフソバクテリ
ウム・バリウムグループの同定・検出法。 【効果】 菌の培養が不要で、迅速、簡便にユーバクテ
リウム属細菌菌種等の同定・検出を行うことができる。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【発明の属する技術分野】本発明は、ヒトや動物の腸
内、口腔内に生息するユーバクテリウム(Eubacteriu
m)属細菌菌種及びフソバクテリウム・バリウム(Fusob
acterium varium)グループの同定に有用なDNAプラ
イマー及びこれを用いるユーバクテリウム属細菌菌種及
びフソバクテリウム・バリウムの同定・検出方法に関す
るものである。
【0002】
【従来の技術】ヒトや動物の腸管内には様々な細菌群が
常在し複雑な腸内菌叢を形成している。これらは宿主が
健康でありさえすれば、安定した状態であることが知ら
れている。その腸内菌叢を形成する最優勢菌群の1つと
してユーバクテリウム属細菌が挙げられる。
【0003】ユーバクテリウム属細菌は土壌や泥から分
離されることも多いが、主にヒトや動物の腸管や臨床材
料から分離される。また、ユーバクテリウム属細菌の動
向は腸内の有用細菌であるビフィドバクテリウム属細菌
と類似していることもわかっている。
【0004】一方、フソバクテリウム属細菌は、グラム
陰性嫌気性桿菌であり、非運動性で、口腔に常在する
が、腸管に見出されることがある。
【0005】これらのことから、ヒトや動物の腸管内に
おけるユーバクテリウム属細菌やフソバクテリウム属細
菌の動向は、生体の健康状態に密接に係わっているもの
と考えられている。このため、これらの菌に関するさら
なる研究を行い、生理作用等の知見を蓄積することが要
望されている。また、糞便等からユーバクテリウム属細
菌等を迅速且つ正確に検出し、その動向から個体の健康
状態を把握することも可能であると考えられている。
【0006】しかしながら、現状においてユーバクテリ
ウム属細菌やフソバクテリウム属細菌は、菌の形態や発
酵性状等により分類されているのみであり、生理活性等
未知の部分の多い細菌である。また、その検出同定は、
主にコロニー形状や顕微鏡観察、糖分解性状を検査する
ことにより行われており、このような表現形質を元にし
た同定方法は、操作が煩雑であり、試験者の熟練を要す
るものであった。
【0007】また、近年では、DNA−DNAホモロジ
ーによる判定も行われるようになっている。(Collins,
M.D.,et al(1989)INTERNATIONAL JOURNAL of SYSTEMATI
C BACTERIOLOGY 39,105-108)。しかしながら、この同
定法も長時間を必要とし、迅速な菌種同定を行うには好
ましいものではなかった。
【0008】この様な状況において、より迅速、簡便な
同定方法の試みとして、ある種の菌に特異的なプライマ
ーを用い、検体から抽出した細菌由来のDNAのPCR
反応により、菌の検出同定を行う方法が見出された(特
開平11−123093号公報)。
【0009】しかしながら、ユーバクテリウム属細菌及
びフソバクテリウム属細菌の同定等に使用するプライマ
ーを見出すには、遺伝子のシークエンシング、アライメ
ント等かなりの手間がかかる作業が必要であり、かつ、
このようにして設計された配列でプライマーを合成して
も他の菌と反応してしまい、上記細菌のみに特異的なプ
ライマーを合成することは困難であった。
【0010】
【発明が解決しようとする課題】従って、本発明の目的
は、ヒト腸内や口腔内にて検出されるユーバクテリウム
属細菌やフソバクテリウム属細菌の菌種グループを特異
的に同定できるプライマーを合成し、このプライマーを
用いて該菌を迅速、簡便に同定・解析する方法を提供す
ることにある。
【0011】
【課題を解決するための手段】斯かる実状に鑑み本発明
者は、多大な労力を投入し該遺伝子のシークエンシン
グ、アライメント等々煩雑な作業を行った結果、ユーバ
クテリウム属細菌の菌種及びフソバクテリウム・バリウ
ムグループに特異的な塩基配列を有するDNAプライマ
ーを見出し、これを用いれば、細菌の糖分解性状の確認
など煩雑な操作を行うことなく、検体から抽出した細菌
由来のDNAのPCR反応により、迅速かつ簡便に菌の
検出同定が可能となることを見出し本発明を完成した。
【0012】すなわち、本発明は配列番号1〜9及び1
1〜19から選ばれる塩基配列又は該塩基配列に相補的
な配列を有するユーバクテリウム属細菌用プライマー又
はプローブ、並びに配列番号10の塩基配列又は該塩基
配列に相補的な配列を有するフソバクテリウム・バリウ
ムグループ細菌用プライマー又はプローブを提供するも
のである。また、本発明は、配列番号1又は2と11又
は12、3と13、4と14、5と15、6と16、7
と17、8と18及び9と19から選ばれる塩基配列の
組合せ又はこれらの塩基配列の組合せに相補的な配列の
組合せを有するユーバクテリウム属細菌菌種検出用プラ
イマーを提供するものである。
【0013】更に、本発明は、上記プライマーの1又は
2以上を使用することを特徴とするユーバクテリウム属
細菌菌種又はフソバクテリウム・バリウムグループ細菌
の同定方法を提供するものである。
【0014】更にまた、本発明は、(1)検体中のDN
Aを抽出する工程及び(2)上記プライマーの1又は2
以上を用いてPCR反応を行を工程を含むユーバクテリ
ウム属細菌菌種又はフソバクテリウム・バリウムグルー
プ細菌の検出方法を提供するものである。
【0015】
【発明の実施の形態】本発明のユーバクテリウム属細菌
用プライマーとは、具体的にはユーバクテリウム・レン
タム(Eubacterium lentum)、ユーバクテリウム・リモ
ーザム(Eubacterium limosum)、ユーバクテリウム・
レクターレ(Eubacterium rectale)、ユーバクテリウ
ム・シリンドロイデス(Eubacterium cylindroides)、
ユーバクテリウム・トートーサム(Eubacterium tortuo
sum)、ユーバクテリウム・ドリカム(Eubacterium dol
ichum)、ユーバクテリウム・ビフォルメ(Eubacterium
biforme)、ユーバクテリウム・エリジェンス(Eubacte
rium eligens)に菌種特異的プライマーである。
【0016】上記のユーバクテリウム属細菌及びフソバ
クテリウム・バリウムグループに特異的なプライマーを
作成するにあたり、そのターゲットには、系統分類の指
標として信頼性の高い16SrRNA遺伝子を用い、同
定・解析には、PCR法等の手段が必要となるため、R
NAでなくDNAを用いた。
【0017】プライマーは、本発明者がシークエンスを
行って得た塩基配列とデータベース(DDBJ、Gen
bank等)とを比較・検討することにより得たもので
ある。ここで本発明者が比較対象として新たに16Sr
RNA遺伝子のシークエンスを行った菌種は、具体的に
は、ユーバクテリウム・レンタムJCM9979株であ
る。この配列は、遺伝研データベースDDBJに登録し
ている。
【0018】プライマーの設計の際には、同定の対象と
なる菌とその近縁の菌を配列をアライメントした。すな
わち、ユーバクテリウム属細菌の菌種、及びフソバクテ
リウム・バリウムグループそれぞれに対しバリエーショ
ンのある領域をターゲットとしてPCRプライマーを設
計した。
【0019】また、オリゴヌクレオチドの長さはプライ
マーによって異なっており、20〜22b.pとなって
いる。これらは操作上最も好適な長さであるが、使用に
際しては、各々の16SrRNA遺伝子中において、該
オリゴヌクレオチドに隣接する数〜十数b.pの塩基配
列を増減させたものを用いても良い。
【0020】このようにして得られたプライマーのう
ち、配列番号1、2、11及び12記載の塩基配列を有
するものは、ユーバクテリウム・レンタムに特異的なD
NAオリゴヌクレオチドであり、菌種の同定、解析を行
うためのプライマーやプローブとして使用することがで
きる。プライマーとしては、公知のユニバーサルプライ
マー等と組合せて用いることも可能であるが、その組合
せによっては種特異的な検出を行えないものもあるの
で、配列番号1又は2と11又は12の組合せを用いる
ことが望ましい。
【0021】また、配列番号3及び13記載の塩基配列
を有するものは、ユーバクテリウム・リモーザムに特異
的なオリゴヌクレオチドである。このため、プライマー
としては両者を組合せて用いることが好ましい。
【0022】また、配列番号4及び14記載の塩基配列
を有するものは、ユーバクテリウム・レクターレに特異
的なオリゴヌクレオチドである。このため、プライマー
としては両者を組合せて用いることが好ましい。
【0023】また、配列番号5及び15記載の塩基配列
を有するものは、ユーバクテリウム・シリンドロイデス
に特異的なオリゴヌクレオチドである。このため、プラ
イマーとしては両者を組合せて用いることが好ましい。
【0024】また、配列番号6及び16記載の塩基配列
を有するものは、ユーバクテリウム・トートーサムに特
異的なオリゴヌクレオチドである。このため、プライマ
ーとしては両者を組合せて用いることが好ましい。
【0025】また、配列番号7及び17記載の塩基配列
を有するものは、ユーバクテリウム・ドリカムに特異的
なオリゴヌクレオチドである。このため、プライマーと
しては両者を組合せて用いることが好ましい。
【0026】また、配列番号8及び18記載の塩基配列
を有するものは、ユーバクテリウム・ビフォルメに特異
的なオリゴヌクレオチドである。このため、プライマー
としては両者を組合せて用いることが好ましい。
【0027】また、配列番号9及び19記載の塩基配列
を有するものは、ユーバクテリウム・エリジェンスに特
異的なオリゴヌクレオチドである。このため、プライマ
ーとしては両者を組合せて用いることが好ましい。
【0028】更に、配列番号10記載の塩基配列を有す
るものは、フソバクテリウム・バリウムグループに特異
的なオリゴヌクレオチドである。このプライマーは公知
のユニバーサルプライマー等と組合せて用いることで特
異的な検出を行うことができる。
【0029】上記のように設計したオリゴヌクレオチド
プライマーは、その塩基配列に従い、DNA合成機によ
り、人工的に合成される。その特異性は、以下の実施例
に示す近縁種のDNAに対する、プライマーのバンド形
成能を指標として確認した。結果として、上記全ての菌
種の特異性に問題はなかった。
【0030】一方で、今回新たにシークエンスを行った
ことにより、配列番号1〜19に示す配列以外にも種特
異的な配列が見出されている。しかしながら、これらの
配列や他の公知のプライマーで同定を行っても、別の種
に属する株と反応したり、目的とする種の株と反応しな
い場合も多く、使用上好ましいものではなかった。この
ようなプライマーを用いてもPCR反応時の条件設定に
よって種特異的な反応性は達成されるものと考えられる
が、現状ではそのような条件は見出されていない。
【0031】またこのとき、PCR反応の条件について
も検討を行った。すなわち、アニーリング温度を種々変
化させ、サイクル数も25及び30サイクルの2種類で
検討した。その結果、ユーバクテリウム・ドリカムでは
60℃、25サイクルが、他のものでは63℃、25サ
イクルが最も好適な条件であった。本発明のプライマー
は、このようにユーバクテリウム属細菌菌種及びフソバ
クテリウム・バリウムグループへの特異性を有するた
め、これらを用いて腸内細菌、口腔細菌、組織切片等の
菌を迅速に同定できる。また、各菌の選択培地(例えば
ユーバクテリウム属細菌であれば、EG培地(栄研社
製)等)に形成されたコロニーから直接、あるいは培養
した菌体からDNAを抽出し、各プライマーとの反応性
を調べることによって菌の簡易同定を行うことができ
る。
【0032】また、本発明のプライマーを用いれば、培
養を行うことなく糞便や組織切片等からの菌の同定を行
うことが可能である。例えば、まず、サンプル1mLを遠
心分離して得られるペレットからDNAを抽出し、これ
を鋳型DNAとする。DNAを抽出する方法としては、
定法であるMaraur法、その変法である酵素法、及
び簡便法である塩化ベンジル法が好ましい。これらの方
法は多少煩雑になるものの、酵素法において、幅広い菌
種から収率よくDNAを抽出できる。また、純粋培養し
た細菌等から抽出したDNAに対しては、前述の方法の
他、フェノール法等も好適に使用しうる。この鋳型DN
Aに本発明のプライマーを組合せ、増幅反応を行うこと
により、菌に特異的なDNA配列(PCR産物)を得る
ことができる。このようにして得られたDNAを電気泳
動すれば、バンドの有無と用いたプライマーから菌を同
定することができる。
【0033】このように、コロニーや病変サンプル等か
ら抽出したDNAを鋳型とし、本発明のプライマーを用
いて菌の同定を行うと、従来の方法では検出限界以下で
あった菌株や種の判別が困難であった菌株も簡便に検出
することが可能であった。また、PCRを行う際に、鋳
型のDNA量を段階希釈し同様の解析を行い、一方で従
来の方法により菌の同定、定量を行い、両者を比較すれ
ば、目的とする菌の定量化も可能である。
【0034】また、本発明のプライマーは、単独でもプ
ローブとして使用できる。これらは他の公知のユニバー
サルプライマーやオリゴヌクレオチド等と組合せても用
いることができる。
【0035】また、本発明のプライマーを用いれば、ヒ
ト、動物等の腸内細菌叢等の解析を行える。すなわち、
上記ビフィドバクテリウム属細菌用プライマーやその他
の多岐にわたる細菌のプライマーと組合せて用いれば、
細菌叢の全体像を把握することも可能である。
【0036】
【発明の効果】本発明のプライマーを使用すれば、菌を
培養することなく、迅速、簡便、低コスト且つ高精度に
ユーバクテリウム属細菌及びフソバクテリウムの同定を
行うことができる。また、他の菌に特異的なプライマー
等と組合せて使用することで、腸内細菌叢の解析等をも
行うことができる。更に、同定、解析の結果から病変部
位の菌や消化管等の状態を把握できるため、種々の疾病
等の予防・治療が容易になる。
【0037】
【実施例】以下、実施例を挙げて本発明を更に詳細に説
明するが、本発明はこれらに限定されるものではない。
【0038】実施例1 プライマーの設計及び合成 (1)ユーバクテリウム属細菌菌種特異的プライマー 系統学的に近隣の位置にあるユーバクテリウム属の各菌
種の16SrRNA遺伝子配列と、本発明者らが解読し
た上記の16SrRNA遺伝子配列を元に、ユーバクテ
リウム属細菌菌種特異的なプライマーの設計を行った。
その際、塩基数20程度、GC含量が約50%となる部
分を探索した。その結果、フォワード及びリバースのプ
ライマーとして8菌種各9組が設計された(表1)。こ
うして設計した塩基配列に従い、プライマーはPhar
macia Biotech Oligo Expre
ssTMに発注し合成した。
【0039】
【表1】
【0040】(2)フソバクテリウム・バリウムグルー
プ特異的プライマー 系統学的に近隣の位置にあるフソバクテリウム属の各菌
種の16SrRNA遺伝子配列の16SrRNA遺伝子
配列を元に、フソバクテリウム・バリウムグループに特
異的なプライマーの設計を行った。その際、塩基数20
程度、GC含量が約50%となる部分を探索した。その
結果、1種のプライマーが設計された(表2)。こうし
て設計した塩基配列に従い、プライマーはPharma
ciaBiotech Oligo ExpressTM
に発注し合成した。
【0041】
【表2】
【0042】実施例2 ユーバクテリウム属細菌菌種特
異的プライマーの特異性の確認 本発明のプライマーが、実際に特異性を有しているかを
確認するため、近縁の細菌の(基準株及び分離株)とプ
ライマーとの反応性を検討した。 (1)菌株の純粋培養及びコロニーの単離 表3に示す、19菌種19株のユーバクテリウム属細菌
をEG培地(栄研社製)にて嫌気的に二晩純粋培養し
た。こうして得た菌体19種類各々のコロニーをかきと
り、0.5mLのエッペンドルフチューブを用いて、滅菌
水に懸濁した。これを100℃で5分間ボイルし、熱変
性させた後に本発明のプライマーを用いてPCR反応を
行った。
【0043】(2)PCR反応 総量を100μLとし、10mM Tris−HCl(pH
8.3)、50mM KCl 1.5mM MgCl2、2
00μM dNTP mixtureに、各々0.2p
Mプライマー、2.5U Taq DNA polym
erase(タカラ社製)、鋳型DNAを含む反応液
で、DNAサーマルサイクラー(Perkin−Elm
ercetus,Norwalk,conn.)によ
り、94℃3分の後、94℃30秒、63℃1分30
秒、72℃2分を25サイクルのPCR反応を行った。
【0044】(3)プライマーの菌種特異性の検討 (2)で得られたPCR産物を電気泳動し、バンドの有
無によりプライマーと各菌株のDNAとの結合能を確認
し、プライマーの特異性を判定した。2%Agaros
e TypeII(シグマ社製)で、ミューピットにより
100V、25分電気泳動し、ethidim Bro
mideで染色後、UVランプ下でバンドを観察した。
その結果、プライマーはユーバクテリウム属細菌の各菌
種特異的にバンドを形成した(表3)。
【0045】
【表3】
【0046】
【配列表】
<110> 株式会社 ヤクルト本社;財団法人ヤクルト・バ
イオサイエンス研究財団(KABUSHIKI KAISHA YAKULT HON
SHA;ZAIDAN HOJIN YAKULT・BIO SCIENCEKENKYU ZAIDAN) 理化学研究所(RIKEN) <120> Primer for Eubacterium and Fusobacterium <130> P <160> 20 <210> 1 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 1 catgaagtgg cgaacgggtg a 21 <210> 2 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 2 cttgctccgg acaaccttgg ga 22 <210> 3 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 3 tggatccttc gggtgacatt 20 <210> 4 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 4 cattgcttct cggtgccgtc 20 <210> 5 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 5 gagagatcgc atgaactttc 20 <210> 6 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 6 ggtaacctac ccatgtaact 20 <210> 7 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 7 ggcttcgagg catctcggag ac 22 <210> 8 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 8 ataggtagca gacaagcatt 20 <210> 9 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 9 ccgcataagc gcacaatgtt 20 <210> 10 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 10 taccggatat tatgactgag 20 <210> 11 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 11 cttctgcagg taccgtcgaa tt 22 <210> 12 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 12 tctaccgaac tcgagcctcc ca 22 <210> 13 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 13 ctcattgggt accgtcattc 20 <210> 14 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 14 atttgctcgg cttcacagct 20 <210> 15 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 15 acggatcatt ccctatccgt 20 <210> 16 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 16 ggtaagctac cgtcacttgt 20 <210> 17 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 17 actatcatgt cattccctac 20 <210> 18 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 18 gaacagtttc cagagccagt ac 22 <210> 19 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 19 ccctcctgca ctccagcctt 20
─────────────────────────────────────────────────────
【手続補正書】
【提出日】平成11年9月24日(1999.9.2
4)
【手続補正1】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】0046
【補正方法】変更
【補正内容】
【0046】
【配列表】 <110> 財団法人ヤクルト・バイオサイエンス研究財団(Z
AIDAN HOJIN YAKULT・BIO SCIENCE KENKYU ZAIDAN) 理化学研究所(RIKEN) <120> Primer for Eubacterium and Fusobacterium <130> P03281108 <160> 19 <210> 1 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 1 catgaagtgg cgaacgggtg a 21 <210> 2 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 2 cttgctccgg acaaccttgg ga 22 <210> 3 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 3 tggatccttc gggtgacatt 20 <210> 4 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 4 cattgcttct cggtgccgtc 20 <210> 5 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 5 gagagatcgc atgaactttc 20 <210> 6 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 6 ggtaacctac ccatgtaact 20 <210> 7 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 7 ggcttcgagg catctcggag ac 22 <210> 8 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 8 ataggtagca gacaagcatt 20 <210> 9 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 9 ccgcataagc gcacaatgtt 20 <210> 10 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 10 taccggatat tatgactgag 20 <210> 11 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 11 cttctgcagg taccgtcgaa tt 22 <210> 12 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 12 tctaccgaac tcgagcctcc ca 22 <210> 13 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 13 ctcattgggt accgtcattc 20 <210> 14 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 14 atttgctcgg cttcacagct 20 <210> 15 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 15 acggatcatt ccctatccgt 20 <210> 16 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 16 ggtaagctac cgtcacttgt 20 <210> 17 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 17 actatcatgt cattccctac 20 <210> 18 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 18 gaacagtttc cagagccagt ac 22 <210> 19 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 19 ccctcctgca ctccagcctt 20
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (72)発明者 影山 亜紀子 埼玉県和光市広沢2番1号 理化学研究所 内 Fターム(参考) 4B024 AA11 CA01 CA09 CA20 4B063 QA18 QQ06 QQ42 QQ52 QR32 QR35 QR39 QR55 QR62 QS16 QS25 QX01

Claims (5)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 配列番号1〜9及び11〜19から選ば
    れる塩基配列又は該塩基配列に相補的な配列を有するユ
    ーバクテリウム属細菌用プライマー又はプローブ。
  2. 【請求項2】 配列番号10の塩基配列又は該塩基配列
    に相補的な配列を有するフソバクテリウム・バリウムグ
    ループ細菌用プライマー又はプローブ。
  3. 【請求項3】 配列番号1又は2と11又は12、3と
    13、4と14、5と15、6と16、7と17、8と
    18及び9と19から選ばれる塩基配列の組合せ又はこ
    れらの塩基配列の組合せに相補的な配列の組合せを有す
    るユーバクテリウム属細菌菌種検出用プライマー。
  4. 【請求項4】 請求項1、2又は3記載のプライマーの
    1又は2以上を使用することを特徴とするユーバクテリ
    ウム属細菌菌種又はフソバクテリウム・バリウムグルー
    プ細菌の同定方法。
  5. 【請求項5】 (1)検体中のDNAを抽出する工程及
    び(2)請求項1、2又は3記載のプライマーの1又は
    2以上を用いてPCR反応を行う工程を含むユーバクテ
    リウム属細菌菌種又はフソバクテリウム・バリウムグル
    ープ細菌の検出方法。
JP11226176A 1999-08-10 1999-08-10 ユーバクテリウム属及びフソバクテリウム・バリウムグループ細菌用プライマー Pending JP2001046063A (ja)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP11226176A JP2001046063A (ja) 1999-08-10 1999-08-10 ユーバクテリウム属及びフソバクテリウム・バリウムグループ細菌用プライマー

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP11226176A JP2001046063A (ja) 1999-08-10 1999-08-10 ユーバクテリウム属及びフソバクテリウム・バリウムグループ細菌用プライマー

Publications (1)

Publication Number Publication Date
JP2001046063A true JP2001046063A (ja) 2001-02-20

Family

ID=16841084

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP11226176A Pending JP2001046063A (ja) 1999-08-10 1999-08-10 ユーバクテリウム属及びフソバクテリウム・バリウムグループ細菌用プライマー

Country Status (1)

Country Link
JP (1) JP2001046063A (ja)

Cited By (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2006525812A (ja) 2003-05-19 2006-11-16 ジェン−プロウブ インコーポレイテッド 試験サンプルにおいてtrichomonasvaginalisの存在を決定するための組成物、方法およびキット
JP2007020423A (ja) * 2005-07-12 2007-02-01 Yakult Honsha Co Ltd 腸内細菌群検出用核酸断片
CN102940652A (zh) * 2008-05-28 2013-02-27 青岛东海药业有限公司 两形真杆菌制剂及其应用
JP2015188359A (ja) * 2014-03-27 2015-11-02 三菱重工業株式会社 スフィンゴモナス属細菌の検出方法及びそのプライマー、生物処理槽の活性予測方法

Cited By (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2006525812A (ja) 2003-05-19 2006-11-16 ジェン−プロウブ インコーポレイテッド 試験サンプルにおいてtrichomonasvaginalisの存在を決定するための組成物、方法およびキット
JP2007020423A (ja) * 2005-07-12 2007-02-01 Yakult Honsha Co Ltd 腸内細菌群検出用核酸断片
CN102940652A (zh) * 2008-05-28 2013-02-27 青岛东海药业有限公司 两形真杆菌制剂及其应用
CN102940652B (zh) * 2008-05-28 2015-03-25 青岛东海药业有限公司 两形真杆菌制剂及其应用
JP2015188359A (ja) * 2014-03-27 2015-11-02 三菱重工業株式会社 スフィンゴモナス属細菌の検出方法及びそのプライマー、生物処理槽の活性予測方法

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US10174386B2 (en) Method of quantitatively analyzing microorganism targeting rRNA
WO2012016375A1 (zh) 检测多种海水养殖动物病原菌的基因芯片及其应用
KR101869832B1 (ko) 엔테로코커스 종들 중 특정 종 특이적인 프라이머 및 이를 이용한 해당 균주 분리 및 동정 방법 및 그 조성물
KR20170022201A (ko) 덤벨 구조를 갖는 핵산 증폭용 프라이머 및 이를 이용한 장내 유익균 검출방법
US20120100545A1 (en) Method and/or primers for the detection of mycobacterium tuberculosis
JP2001046063A (ja) ユーバクテリウム属及びフソバクテリウム・バリウムグループ細菌用プライマー
JP3667104B2 (ja) ビフィドバクテリウム属細菌用プライマー
JP2006101891A (ja) クロストリジウム用プライマー及び該プライマーを用いた検出方法
JP2006149400A (ja) バクテロイデス用プライマー及び該プライマーを用いた検出方法
KR102091284B1 (ko) 어류 비브리오병의 판별 및 검출용 유전자 마커, 및 이를 이용한 원인세균의 판별 및 검출 방법
JP2007020423A (ja) 腸内細菌群検出用核酸断片
JP3950918B2 (ja) アエロファシエンス菌用プライマー
JP2001512665A (ja) 大腸菌種に特異的なオリゴヌクレオチド並びにその種の細菌の検出および視覚化法
JP2001112485A (ja) 腸内細菌用プライマー及び該プライマーを用いた検出方法
JP2006136338A (ja) プレボテラ用プライマー及び該プライマーを用いた検出方法
JP2001120271A (ja) ルミノコッカス属細菌菌種に特異的なプライマー
JP2007075017A (ja) Campylobacterjejuniの検出法
JP4001699B2 (ja) エンテロコッカス属細菌用プライマー
US9944995B2 (en) Diagnostic methods for detecting Clostridium difficile
KR102091283B1 (ko) 어류 비브리오병의 판별 및 검출용 유전자 마커, 및 이를 이용한 원인세균의 판별 및 검출 방법
JP2004081054A (ja) 腸管出血性大腸菌ベロトキシン検出のためのプライマーおよびそれを用いた腸管出血性大腸菌の同定法
JP4528773B2 (ja) ビフィドバクテリウムインファンティスの検出法
JP2005124495A (ja) ヒト腸内細菌検出用プライマー
JP2654890B2 (ja) 乳酸菌の簡易同定方法およびこの同定方法に使用する同定キット
JP3448639B2 (ja) オリゴヌクレオチドおよびそれを用いた乳酸菌の菌種同定法

Legal Events

Date Code Title Description
A711 Notification of change in applicant

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A712

Effective date: 20031201

A521 Written amendment

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821

Effective date: 20040517

RD02 Notification of acceptance of power of attorney

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7422

Effective date: 20040517

A621 Written request for application examination

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621

Effective date: 20040525

A521 Written amendment

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821

Effective date: 20040518

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20070703

A02 Decision of refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02

Effective date: 20071030