JP2000344792A - ヌクレオチドブロックの製造方法、ヌクレオチドおよびヌクレオチドブロック - Google Patents
ヌクレオチドブロックの製造方法、ヌクレオチドおよびヌクレオチドブロックInfo
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Abstract
(57)【要約】 （修正有）
【課題】ＤＮＡオリゴマーなどの調製に有用なヌクレオ
チドブロックを、合成工程および単離精製工程を経るこ
となく簡便に製造する方法、および該製造方法によっ
て、調製された新規なヌクレオチドおよびヌクレオチド
ブロックを提供する。 【解決手段】下記式（１）で表されるヌクレオチド誘導
体を、３'−Ｏ，５'−Ｏ−無保護のヌクレオシド誘導体
またはヌクレオチド誘導体と反応させて得られた、下記
式（３）で表されるヌクレオチドの三価のリン原子を五
価へ酸化または硫化することを特徴とする下記式（５）
で表されるヌクレオチドブロックの製造方法。
チドブロックを、合成工程および単離精製工程を経るこ
となく簡便に製造する方法、および該製造方法によっ
て、調製された新規なヌクレオチドおよびヌクレオチド
ブロックを提供する。 【解決手段】下記式（１）で表されるヌクレオチド誘導
体を、３'−Ｏ，５'−Ｏ−無保護のヌクレオシド誘導体
またはヌクレオチド誘導体と反応させて得られた、下記
式（３）で表されるヌクレオチドの三価のリン原子を五
価へ酸化または硫化することを特徴とする下記式（５）
で表されるヌクレオチドブロックの製造方法。
Description
【発明の詳細な説明】
【０００１】
【発明の属する技術分野】本発明はヌクレオチドブロッ
クの製造方法、ならびに該製造方法で作られた新規なヌ
クレオチドおよびヌクレオチドブロックに関するもので
あり、該ヌクレオチドおよびヌクレオチドブロックは、
例えば、ＤＮＡオリゴマーの中間原料として有機合成化
学、生化学および医薬産業上、有用な化合物である。
クの製造方法、ならびに該製造方法で作られた新規なヌ
クレオチドおよびヌクレオチドブロックに関するもので
あり、該ヌクレオチドおよびヌクレオチドブロックは、
例えば、ＤＮＡオリゴマーの中間原料として有機合成化
学、生化学および医薬産業上、有用な化合物である。
【０００２】
【従来の技術】これまで、ＤＮＡオリゴマーの中間原料
であるヌクレオチドブロックとしては、前記式（５）に
おいてＲ1'およびＲ2'のいずれも水素原子で、ｎ＝０で
ある化合物が知られており、この化合物を合成する方法
として、前記式（１）においてＲ 1'およびＲ2'のいずれ
も水素原子、ｎ＝０、Ｘがジアルキルアミノ基であるホ
スホルアミダイト化合物を、前記式（２）における３'
−位水酸基を適当な保護基で保護した下記式（９）で表
されるヌクレオシド誘導体と反応させ、生成したヌクレ
オチドのヌクレオチド結合を酸化し、得られたヌクレオ
チド誘導体から３'−位水酸基の保護基を除去する工程
からなる下記式（１０）に示される製造法が知られてい
る（特表平０８−５０７７５２号公報参照）。
であるヌクレオチドブロックとしては、前記式（５）に
おいてＲ1'およびＲ2'のいずれも水素原子で、ｎ＝０で
ある化合物が知られており、この化合物を合成する方法
として、前記式（１）においてＲ 1'およびＲ2'のいずれ
も水素原子、ｎ＝０、Ｘがジアルキルアミノ基であるホ
スホルアミダイト化合物を、前記式（２）における３'
−位水酸基を適当な保護基で保護した下記式（９）で表
されるヌクレオシド誘導体と反応させ、生成したヌクレ
オチドのヌクレオチド結合を酸化し、得られたヌクレオ
チド誘導体から３'−位水酸基の保護基を除去する工程
からなる下記式（１０）に示される製造法が知られてい
る（特表平０８−５０７７５２号公報参照）。
【０００３】
【化７】
【０００４】｛式中、Ｂ3およびＡ3は前記式（２）と同
じであり、Ｒ4はヌクレオチド化学における通常の保護
基を示す。｝
じであり、Ｒ4はヌクレオチド化学における通常の保護
基を示す。｝
【０００５】
【化８】
【０００６】｛式中、Ｂ1、Ｂ3、Ｒ3、Ａ1およびＡ3は
前記式（５）と同じであり、Ｒ4は前記式（９）と同じ
であり、Ｙはジアルキルアミノ基を示す。｝
前記式（５）と同じであり、Ｒ4は前記式（９）と同じ
であり、Ｙはジアルキルアミノ基を示す。｝
【０００７】上記方法によれば、原料である前記式
（９）で表されるヌクレオシド誘導体を、下記式（１
１）に示した反応に従って製造しなければならず、さら
にヌクレオチドの二量化反応後にヌクレオチドブロック
誘導体から保護基Ｒ4を除去しなければならない。この
ため、純度良く目的のヌクレオチドブロックを得るため
には、合成工程が多段階に渡り、また、生成する副生物
あるいは不純物を除去することが必要であり、それによ
り操作上の煩雑さが生じ、コストが嵩む等の問題があ
る。
（９）で表されるヌクレオシド誘導体を、下記式（１
１）に示した反応に従って製造しなければならず、さら
にヌクレオチドの二量化反応後にヌクレオチドブロック
誘導体から保護基Ｒ4を除去しなければならない。この
ため、純度良く目的のヌクレオチドブロックを得るため
には、合成工程が多段階に渡り、また、生成する副生物
あるいは不純物を除去することが必要であり、それによ
り操作上の煩雑さが生じ、コストが嵩む等の問題があ
る。
【０００８】
【化９】
【０００９】｛式中、Ｂ3、Ｒ3およびＡ3は前記式
（５）と同じであり、Ｒ4は前記式（９）と同じであ
る。｝
（５）と同じであり、Ｒ4は前記式（９）と同じであ
る。｝
【００１０】
【発明が解決しようとする課題】本発明の目的は、ＤＮ
Ａオリゴマーの調製に有用なヌクレオチドブロックを、
合成工程および単離精製工程を経ることなく、簡便に該
ヌクレオチドを製造する方法、および該製造方法によっ
て調製された新規なヌクレオチドおよびヌクレオチドブ
ロックを提供することである。
Ａオリゴマーの調製に有用なヌクレオチドブロックを、
合成工程および単離精製工程を経ることなく、簡便に該
ヌクレオチドを製造する方法、および該製造方法によっ
て調製された新規なヌクレオチドおよびヌクレオチドブ
ロックを提供することである。
【００１１】
【課題を解決するための手段】本発明者らは、上記課題
を解決すべく鋭意研究を行った結果、前記式（１）で表
されるアゾリル基を有し、特にＲ1、Ｒ2、Ｒ1'またはＲ
2'にかさ高い置換基を有するヌクレオチド誘導体を、前
記式（２）で表される３'−Ｏ，５'−Ｏ−無保護で、特
にＲ1、Ｒ2、Ｒ1'またはＲ2'にかさ高い置換基を有する
ヌクレオシド誘導体またはヌクレオチド誘導体と反応さ
せ｛下記式（７）もしくは下記式（８）｝、前記式
（３）または前記式（４）で表される構造を有する新規
なヌクレオチドを経て、前記式（６）で表される構造を
有する新規なヌクレオチドブロックを合成することによ
り、前記課題が解決されることを見出し、本発明を完成
するに至った。すなわち、本発明の第１発明は前記式
（５）で表されるヌクレオチドブロックの製造方法であ
り、第３発明は前記式（３）または前記式（４）のいず
れかによって表されるヌクレオチドであり、第４発明は
前記式（５）で表されるヌクレオチドブロックに関する
ものである。
を解決すべく鋭意研究を行った結果、前記式（１）で表
されるアゾリル基を有し、特にＲ1、Ｒ2、Ｒ1'またはＲ
2'にかさ高い置換基を有するヌクレオチド誘導体を、前
記式（２）で表される３'−Ｏ，５'−Ｏ−無保護で、特
にＲ1、Ｒ2、Ｒ1'またはＲ2'にかさ高い置換基を有する
ヌクレオシド誘導体またはヌクレオチド誘導体と反応さ
せ｛下記式（７）もしくは下記式（８）｝、前記式
（３）または前記式（４）で表される構造を有する新規
なヌクレオチドを経て、前記式（６）で表される構造を
有する新規なヌクレオチドブロックを合成することによ
り、前記課題が解決されることを見出し、本発明を完成
するに至った。すなわち、本発明の第１発明は前記式
（５）で表されるヌクレオチドブロックの製造方法であ
り、第３発明は前記式（３）または前記式（４）のいず
れかによって表されるヌクレオチドであり、第４発明は
前記式（５）で表されるヌクレオチドブロックに関する
ものである。
【００１２】
【化１０】
【００１３】｛式中、Ｂ1、Ｂ2、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ1'、
Ｒ2'、Ｒ3、Ａ1、Ａ2、Ｚおよびｎは前記式（６）と同
じであり、Ｘはアゾリル基を示す。｝
Ｒ2'、Ｒ3、Ａ1、Ａ2、Ｚおよびｎは前記式（６）と同
じであり、Ｘはアゾリル基を示す。｝
【００１４】
【化１１】
【００１５】｛式中、Ｂ1、Ｂ2、Ｂ3、Ｒ1、Ｒ2、
Ｒ1'、Ｒ2'、Ｒ3、Ａ1、Ａ2、Ａ3、Ｚ'およびｎは前記
式（６）と同じであり、Ｘは前記式（１）と同じであ
る。｝
Ｒ1'、Ｒ2'、Ｒ3、Ａ1、Ａ2、Ａ3、Ｚ'およびｎは前記
式（６）と同じであり、Ｘは前記式（１）と同じであ
る。｝
【００１６】
【発明の実施の形態】本発明におけるヌクレオチドブロ
ックの製造方法は、前記式（１）で表されるヌクレオチ
ド誘導体を、前記式（２）で表される３'−Ｏ，５'−Ｏ
−無保護のヌクレオシド誘導体またはヌクレオチド誘導
体と反応させて得られた、前記式（３）または前記式
（４）で表されるヌクレオチドの三価のリン原子を五価
へ酸化または硫化することを特徴とし、その反応式は前
記式（７）または前記式（８）で例示される製造方法で
ある。また、ヌクレオチドブロックは前記式（５）で表
される化合物であり、その前駆体であるヌクレオチドは
前記式（３）または前記式（４）のいずれかにより表さ
れる化合物である。前記式におけるＢ1、Ｂ2およびＢ3
で表される塩基は、周知のものが挙げられ、プリン誘導
体、例えば、アデニン、グアニンおよびヒポキサンチン
の誘導体、ならびにピリミジン誘導体、例えば、シトシ
ン、チミンおよびウラシルの誘導体などが挙げられる。
具体的には、１−チミニル基、１−（Ｎ−３−ベンゾイ
ルチミニル）基、１−（Ｎ−４−ベンゾイルシトシニ
ル）基、１−（Ｎ−４−アニソイルシトシニル）基、９
−（Ｎ−６−ベンゾイルアデニニル）基、９−（Ｎ−
６，Ｎ−６−ビスベンゾイルアデニニル）基、または９
−（Ｎ−２−イソブチリルグアニニル）基などが挙げら
れる。また、前記式におけるＲ1、Ｒ2、Ｒ1'およびＲ2'
としては、例えば、水素原子、メチル基、エチル基、ノ
ルマルプロピル基、イソプロピル基、イソブチル基、セ
カンダリーブチル基、ターシャリーブチル基、ノルマル
ペンチル基、１−エチルプロピル基、シクロヘキシル
基、ノルマルノニル基、２−フェニルエチル基、２−
(メチルチオ)エチル基、フェニル基、１，１−ジエチル
−３−ブテニル基および／または１，１−ジメチル−２
−フェニルエチル基などである。また、Ｒ3としては、
トリチル基、４−メトキシトリチル基および４，４’−
ジメトキシトリチル基などが挙げられる。また、前記式
（１）におけるＸとしては、イミダゾリル基、２−メチ
ルイミダゾリル基、４−メチルイミダゾリル基または
２，４−ジメチルイミダゾリル基などが挙げられる。ま
た、Ａ1、Ａ2およびＡ3で表されるアルコキシ基として
はメトキシ基およびエトキシ基などが挙げられ、同様に
トリアルキルシリルオキシ基としてはターシャリーブチ
ルジメチルシリルオキシ基などが挙げられる。
ックの製造方法は、前記式（１）で表されるヌクレオチ
ド誘導体を、前記式（２）で表される３'−Ｏ，５'−Ｏ
−無保護のヌクレオシド誘導体またはヌクレオチド誘導
体と反応させて得られた、前記式（３）または前記式
（４）で表されるヌクレオチドの三価のリン原子を五価
へ酸化または硫化することを特徴とし、その反応式は前
記式（７）または前記式（８）で例示される製造方法で
ある。また、ヌクレオチドブロックは前記式（５）で表
される化合物であり、その前駆体であるヌクレオチドは
前記式（３）または前記式（４）のいずれかにより表さ
れる化合物である。前記式におけるＢ1、Ｂ2およびＢ3
で表される塩基は、周知のものが挙げられ、プリン誘導
体、例えば、アデニン、グアニンおよびヒポキサンチン
の誘導体、ならびにピリミジン誘導体、例えば、シトシ
ン、チミンおよびウラシルの誘導体などが挙げられる。
具体的には、１−チミニル基、１−（Ｎ−３−ベンゾイ
ルチミニル）基、１−（Ｎ−４−ベンゾイルシトシニ
ル）基、１−（Ｎ−４−アニソイルシトシニル）基、９
−（Ｎ−６−ベンゾイルアデニニル）基、９−（Ｎ−
６，Ｎ−６−ビスベンゾイルアデニニル）基、または９
−（Ｎ−２−イソブチリルグアニニル）基などが挙げら
れる。また、前記式におけるＲ1、Ｒ2、Ｒ1'およびＲ2'
としては、例えば、水素原子、メチル基、エチル基、ノ
ルマルプロピル基、イソプロピル基、イソブチル基、セ
カンダリーブチル基、ターシャリーブチル基、ノルマル
ペンチル基、１−エチルプロピル基、シクロヘキシル
基、ノルマルノニル基、２−フェニルエチル基、２−
(メチルチオ)エチル基、フェニル基、１，１−ジエチル
−３−ブテニル基および／または１，１−ジメチル−２
−フェニルエチル基などである。また、Ｒ3としては、
トリチル基、４−メトキシトリチル基および４，４’−
ジメトキシトリチル基などが挙げられる。また、前記式
（１）におけるＸとしては、イミダゾリル基、２−メチ
ルイミダゾリル基、４−メチルイミダゾリル基または
２，４−ジメチルイミダゾリル基などが挙げられる。ま
た、Ａ1、Ａ2およびＡ3で表されるアルコキシ基として
はメトキシ基およびエトキシ基などが挙げられ、同様に
トリアルキルシリルオキシ基としてはターシャリーブチ
ルジメチルシリルオキシ基などが挙げられる。
【００１７】本発明の第４発明におけるヌクレオチドブ
ロックは、前記式（３）または前記式（４）のいずれか
によって表されるヌクレオチドの三価のリン原子を五価
へ酸化もしくは硫化することにより｛下記式（１２）ま
たは下記式（１３）｝、容易に製造することができる。
ロックは、前記式（３）または前記式（４）のいずれか
によって表されるヌクレオチドの三価のリン原子を五価
へ酸化もしくは硫化することにより｛下記式（１２）ま
たは下記式（１３）｝、容易に製造することができる。
【００１８】
【化１２】
【００１９】｛式中、Ｂ1、Ｂ2、Ｂ3、Ｒ1、Ｒ2、
Ｒ1'、Ｒ2'、Ｒ3、Ａ1、Ａ2、Ａ3、Ｚ、Ｚ'およびｎは
前記式（５）と同じである。｝
Ｒ1'、Ｒ2'、Ｒ3、Ａ1、Ａ2、Ａ3、Ｚ、Ｚ'およびｎは
前記式（５）と同じである。｝
【００２０】
【化１３】
【００２１】｛式中、Ｂ1、Ｂ2、Ｂ3、Ｒ1、Ｒ2、
Ｒ1'、Ｒ2'、Ｒ3、Ａ1、Ａ2、Ａ3、Ｚ、Ｚ'およびｎは
前記式（５）と同じである。｝
Ｒ1'、Ｒ2'、Ｒ3、Ａ1、Ａ2、Ａ3、Ｚ、Ｚ'およびｎは
前記式（５）と同じである。｝
【００２２】また、前記式（１）で表されるヌクレオチ
ドは、下記式（１４）で表される反応に従って容易に製
造することができる。
ドは、下記式（１４）で表される反応に従って容易に製
造することができる。
【００２３】
【化１４】
【００２４】｛式中、Ｂ1、Ｂ2、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ1'、
Ｒ2'、Ｒ3、Ａ1、Ａ2、Ｚおよびｎは前記式（５）と同
じであり、Ｘは前記式（１）と同じである。｝
Ｒ2'、Ｒ3、Ａ1、Ａ2、Ｚおよびｎは前記式（５）と同
じであり、Ｘは前記式（１）と同じである。｝
【００２５】上記反応は、まず、出発原料である前記式
（１４）中の式［I］で表されるオルガノオキシジクロ
ロホスフィンに、同式［II］で表されるＮ−トリメチル
シリルアゾール化合物を反応させて、同式［III］で表
されるオルガノオキシビスアゾリルホスフィンを得、次
に、式（１４）中の式[IV]で表される５’−Ｏ,塩基保
護−ヌクレオシド誘導体または５’−Ｏ,塩基保護−ヌ
クレオチド誘導体を減圧乾燥するか、あるいはピリジン
もしくは１，４−ジオキサン等の有機溶媒に溶解してか
ら共沸脱水した後、トルエン、ピリジン、テトラヒドロ
フラン、クロロホルムまたはアセトニトリル等の有機溶
媒溶液中、前記５’−Ｏ,塩基保護−ヌクレオシドまた
は５’−Ｏ,塩基保護−ヌクレオチド誘導体に対し０．
８〜１．２当量の前記オルガノオキシビスアゾリルホス
フィンを−８０℃〜室温で混合させて反応させることに
より達成される。低温で反応させた方が、目的の前記式
（１）で表されるヌクレオチド誘導体の収率は良い。有
機溶媒は乾燥剤で乾燥後、蒸留精製したものを用いた方
が良い。有機溶媒としてクロロホルムを用いると、目的
のヌクレオチドの収率はより向上する。この反応溶液の
31P−ＮＭＲスペクトルを測定して反応が完了したこと
を確認すれば良い。この反応は、出発原料である前記式
[I]で表されるオルガノオキシジクロロホスフィンか
ら、目的のヌクレオチドに至るまで高選択的に進行する
ため、単離精製することなくin situで合成することが
でき、かつ、この反応溶液をそのままin situで前記式
（３）または前記式（４）のいずれかによって表される
ヌクレオチドの合成に用いることができる。
（１４）中の式［I］で表されるオルガノオキシジクロ
ロホスフィンに、同式［II］で表されるＮ−トリメチル
シリルアゾール化合物を反応させて、同式［III］で表
されるオルガノオキシビスアゾリルホスフィンを得、次
に、式（１４）中の式[IV]で表される５’−Ｏ,塩基保
護−ヌクレオシド誘導体または５’−Ｏ,塩基保護−ヌ
クレオチド誘導体を減圧乾燥するか、あるいはピリジン
もしくは１，４−ジオキサン等の有機溶媒に溶解してか
ら共沸脱水した後、トルエン、ピリジン、テトラヒドロ
フラン、クロロホルムまたはアセトニトリル等の有機溶
媒溶液中、前記５’−Ｏ,塩基保護−ヌクレオシドまた
は５’−Ｏ,塩基保護−ヌクレオチド誘導体に対し０．
８〜１．２当量の前記オルガノオキシビスアゾリルホス
フィンを−８０℃〜室温で混合させて反応させることに
より達成される。低温で反応させた方が、目的の前記式
（１）で表されるヌクレオチド誘導体の収率は良い。有
機溶媒は乾燥剤で乾燥後、蒸留精製したものを用いた方
が良い。有機溶媒としてクロロホルムを用いると、目的
のヌクレオチドの収率はより向上する。この反応溶液の
31P−ＮＭＲスペクトルを測定して反応が完了したこと
を確認すれば良い。この反応は、出発原料である前記式
[I]で表されるオルガノオキシジクロロホスフィンか
ら、目的のヌクレオチドに至るまで高選択的に進行する
ため、単離精製することなくin situで合成することが
でき、かつ、この反応溶液をそのままin situで前記式
（３）または前記式（４）のいずれかによって表される
ヌクレオチドの合成に用いることができる。
【００２６】前記式（７）または前記式（８）のいずれ
の反応も、前記式（１）で表されるヌクレオチドに対し
て１〜２当量の前記式（２）で表される３'−Ｏ，５'−
Ｏ−無保護のヌクレオシド誘導体またはヌクレオチド誘
導体を、減圧乾燥するか、あるいはピリジン等の有機溶
媒に溶解してから共沸脱水した後、ピリジン、クロロホ
ルムまたはアセトニトリル等の有機溶媒溶液中、前記ヌ
クレオチド誘導体を−８０℃〜室温で混合させて反応さ
せることにより、３'−Ｏ，５'−Ｏ−無保護のヌクレオ
シド誘導体またはヌクレオチド誘導体の５'−位水酸基
が選択的に反応し、達成される。有機溶媒は乾燥剤で乾
燥後、蒸留精製したものを用いた方が良い。有機溶媒と
してはピリジンを用いると、目的の前記式（３）または
前記式（４）のいずれかによって表されるヌクレオチド
の収率はより向上する。この反応溶液の31P−ＮＭＲス
ペクトルを測定して反応が完了したことを確認すれば良
い。この反応において、前記式（３）および前記式
（４）における置換基Ｒ1、Ｒ2、Ｒ1'およびＲ2'がかさ
高いほど反応性に優れ、特にＲ1およびＲ2、ならびにＲ
1'およびＲ2'のファンデルワールス（van der Waals）
体積の和がそれぞれ４９（オームストロング）3以上の
ものが反応性に優れる。
の反応も、前記式（１）で表されるヌクレオチドに対し
て１〜２当量の前記式（２）で表される３'−Ｏ，５'−
Ｏ−無保護のヌクレオシド誘導体またはヌクレオチド誘
導体を、減圧乾燥するか、あるいはピリジン等の有機溶
媒に溶解してから共沸脱水した後、ピリジン、クロロホ
ルムまたはアセトニトリル等の有機溶媒溶液中、前記ヌ
クレオチド誘導体を−８０℃〜室温で混合させて反応さ
せることにより、３'−Ｏ，５'−Ｏ−無保護のヌクレオ
シド誘導体またはヌクレオチド誘導体の５'−位水酸基
が選択的に反応し、達成される。有機溶媒は乾燥剤で乾
燥後、蒸留精製したものを用いた方が良い。有機溶媒と
してはピリジンを用いると、目的の前記式（３）または
前記式（４）のいずれかによって表されるヌクレオチド
の収率はより向上する。この反応溶液の31P−ＮＭＲス
ペクトルを測定して反応が完了したことを確認すれば良
い。この反応において、前記式（３）および前記式
（４）における置換基Ｒ1、Ｒ2、Ｒ1'およびＲ2'がかさ
高いほど反応性に優れ、特にＲ1およびＲ2、ならびにＲ
1'およびＲ2'のファンデルワールス（van der Waals）
体積の和がそれぞれ４９（オームストロング）3以上の
ものが反応性に優れる。
【００２７】前記式（１２）および前記式（１３）のい
ずれの反応も、前述のようにして合成したヌクレオチド
を単離精製することなく、その反応溶液に、前記ヌクレ
オチドに対して１〜３当量の、例えば、単体イオウを混
合させて反応させることにより達成される。この反応溶
液の31P−ＮＭＲスペクトルを測定して反応が完了した
ことを確認すれば良い。このようにして生成したヌクレ
オチドブロックは、分液抽出およびカラムクロマトグラ
フィーにより簡便かつ純度良く単離精製することができ
る。
ずれの反応も、前述のようにして合成したヌクレオチド
を単離精製することなく、その反応溶液に、前記ヌクレ
オチドに対して１〜３当量の、例えば、単体イオウを混
合させて反応させることにより達成される。この反応溶
液の31P−ＮＭＲスペクトルを測定して反応が完了した
ことを確認すれば良い。このようにして生成したヌクレ
オチドブロックは、分液抽出およびカラムクロマトグラ
フィーにより簡便かつ純度良く単離精製することができ
る。
【００２８】さらに、ヌクレオチドの製造におけるもう
一方の原料である前記式（２）で表される３'−Ｏ，５'
−Ｏ−無保護のヌクレオチド誘導体は、前記式（５）で
表されるヌクレオチドブロックを酸で処理して、保護基
Ｒ3を除去することにより、容易に製造することができ
る。上記の方法で製造されるヌクレオチドおよびヌクレ
オチドブロックは、ＤＮＡオリゴマーを化学合成する場
合の中間原料として有用である。
一方の原料である前記式（２）で表される３'−Ｏ，５'
−Ｏ−無保護のヌクレオチド誘導体は、前記式（５）で
表されるヌクレオチドブロックを酸で処理して、保護基
Ｒ3を除去することにより、容易に製造することができ
る。上記の方法で製造されるヌクレオチドおよびヌクレ
オチドブロックは、ＤＮＡオリゴマーを化学合成する場
合の中間原料として有用である。
【００２９】
【実施例】以下、実施例により本発明について詳細に説
明するが、本発明はこれらの実施例に限定されるもので
はない。 （実施例１）前記式（５）において、ｎ＝０、Ｒ1'＝水
素原子、Ｒ2'＝１，１−ジエチル−３−ブテニル基、Ｒ
3＝４，４'−ジメトキシトリチル基、Ｂ1＝Ｂ3＝９−
（Ｎ−６−ベンゾイルアデニニル）基、Ａ1＝Ａ3＝水素
原子、およびＺ'＝イオウ原子である下記式（１５）で
表されるヌクレオチドダイマーブロックの製造。
明するが、本発明はこれらの実施例に限定されるもので
はない。 （実施例１）前記式（５）において、ｎ＝０、Ｒ1'＝水
素原子、Ｒ2'＝１，１−ジエチル−３−ブテニル基、Ｒ
3＝４，４'−ジメトキシトリチル基、Ｂ1＝Ｂ3＝９−
（Ｎ−６−ベンゾイルアデニニル）基、Ａ1＝Ａ3＝水素
原子、およびＺ'＝イオウ原子である下記式（１５）で
表されるヌクレオチドダイマーブロックの製造。
【００３０】
【化１５】
【００３１】ａ）前記式（１）において、ｎ＝０、Ｒ1'
＝水素原子、Ｒ2'＝１，１−ジエチル−３−ブテニル
基、Ｒ3＝４，４'−ジメトキシトリチル基、Ｂ1＝９−
（Ｎ−６−ベンゾイルアデニニル）基、Ａ1＝水素原
子、およびＸ＝イミダゾリル基である下記式（１６）で
表されるヌクレオチドの合成。
＝水素原子、Ｒ2'＝１，１−ジエチル−３−ブテニル
基、Ｒ3＝４，４'−ジメトキシトリチル基、Ｂ1＝９−
（Ｎ−６−ベンゾイルアデニニル）基、Ａ1＝水素原
子、およびＸ＝イミダゾリル基である下記式（１６）で
表されるヌクレオチドの合成。
【００３２】
【化１６】
【００３３】トルエン（３ｍｌ）溶液中、アルゴン雰囲
気下、室温の条件で、２−シアノ−1−（１，１−ジエ
チル−３−ブテニル）エトキシジクロロホスフィン０．
５７８ｇ（２．０５ｍｍｏｌ）と１−（トリメチルシリ
ル）イミダゾール０．６３２ｇ（４．５０ｍｍｏｌ）を
加え、１０分間反応させた。副生したクロロトリメチル
シランおよびトルエンを室温で２５分間減圧留去した
後、残留トルエンおよび過剰の１−（トリメチルシリ
ル）イミダゾールを５５℃の条件で2時間減圧留去し、
無色透明、油状の２−シアノ−1−（１，１−ジエチル
−３−ブテニル）エトキビスイミダゾリルホスフィンを
得た。このものを重クロロホルムおよびクロロホルムの
混合溶液４．１ｍｌに溶解した溶液（０．５M）を、
１，４−ジオキサン５ｍｌに溶解後、室温で１時間共沸
脱水したＮ6−ベンゾイル−５’−Ｏ−（４，４’−ジ
メトキシトリチル）−２'−デオキシアデノシン１．４
１４ｇ（２．１５ｍｍｏｌ）に、アルゴン雰囲気下、−
３．５℃で加えた。均一になった後、４℃で一晩静置し
て反応させ、目的のヌクレオチド誘導体を得た。31P−
ＮＭＲ｛外部標準；(CH3O)3P ＝１４０ppm, CDCl3｝
δ；１２９．５，１３０．３，１３１．１，１３４．３
ppm. ( 31P−ＮＭＲスペクトルは１６１．７MHzＮＭＲ
測定装置で測定した。）
気下、室温の条件で、２−シアノ−1−（１，１−ジエ
チル−３−ブテニル）エトキシジクロロホスフィン０．
５７８ｇ（２．０５ｍｍｏｌ）と１−（トリメチルシリ
ル）イミダゾール０．６３２ｇ（４．５０ｍｍｏｌ）を
加え、１０分間反応させた。副生したクロロトリメチル
シランおよびトルエンを室温で２５分間減圧留去した
後、残留トルエンおよび過剰の１−（トリメチルシリ
ル）イミダゾールを５５℃の条件で2時間減圧留去し、
無色透明、油状の２−シアノ−1−（１，１−ジエチル
−３−ブテニル）エトキビスイミダゾリルホスフィンを
得た。このものを重クロロホルムおよびクロロホルムの
混合溶液４．１ｍｌに溶解した溶液（０．５M）を、
１，４−ジオキサン５ｍｌに溶解後、室温で１時間共沸
脱水したＮ6−ベンゾイル−５’−Ｏ−（４，４’−ジ
メトキシトリチル）−２'−デオキシアデノシン１．４
１４ｇ（２．１５ｍｍｏｌ）に、アルゴン雰囲気下、−
３．５℃で加えた。均一になった後、４℃で一晩静置し
て反応させ、目的のヌクレオチド誘導体を得た。31P−
ＮＭＲ｛外部標準；(CH3O)3P ＝１４０ppm, CDCl3｝
δ；１２９．５，１３０．３，１３１．１，１３４．３
ppm. ( 31P−ＮＭＲスペクトルは１６１．７MHzＮＭＲ
測定装置で測定した。）
【００３４】ｂ）前記式（３）において、ｎ＝０、Ｒ1'
＝水素原子、Ｒ2'＝１，１−ジエチル−３−ブテニル
基、Ｒ3＝４，４'−ジメトキシトリチル基、Ｂ1＝Ｂ3＝
９−（Ｎ−６−ベンゾイルアデニニル）基、およびＡ1
＝Ａ3＝水素原子である下記式（１７）で表されるヌク
レオチドの合成。
＝水素原子、Ｒ2'＝１，１−ジエチル−３−ブテニル
基、Ｒ3＝４，４'−ジメトキシトリチル基、Ｂ1＝Ｂ3＝
９−（Ｎ−６−ベンゾイルアデニニル）基、およびＡ1
＝Ａ3＝水素原子である下記式（１７）で表されるヌク
レオチドの合成。
【００３５】
【化１７】
【００３６】前記式（２）において、ｎ＝０、Ｂ3＝９
−（Ｎ−６−ベンゾイルアデニニル）基、およびＡ3＝
水素原子である、Ｎ6−ベンゾイル−２'−デオキシアデ
ノシン０．８４１ｇ（２．３７ｍｍｏｌ）をピリジン９
ｍｌに溶解後、室温で１．２時間共沸脱水した。この操
作を２回繰り返した後、このＮ6−ベンゾイル−２'−デ
オキシアデノシンをピリジン９．６ｍｌに溶解した溶液
に、前述のａ）で合成したヌクレオチド誘導体の重クロ
ロホルムおよびクロロホルムの混合反応溶液をアルゴン
雰囲気下、−４２℃で加えた。この反応溶液を４℃まで
徐々に戻した後、４℃で一晩静置して反応させ、目的の
ヌクレオチドダイマーブロック前駆体を得た。31P−Ｎ
ＭＲ｛部標準；(CH3O)3P ＝１４０ppm, CDCl3：ｐｙ＝
１：２．３（容積比）｝δ；１４０．０，１４１．１，
１４１．３，１４１．７ppm. ( 31P−ＮＭＲスペクトル
は１６１．７MHzＮＭＲ測定装置で測定した。）
−（Ｎ−６−ベンゾイルアデニニル）基、およびＡ3＝
水素原子である、Ｎ6−ベンゾイル−２'−デオキシアデ
ノシン０．８４１ｇ（２．３７ｍｍｏｌ）をピリジン９
ｍｌに溶解後、室温で１．２時間共沸脱水した。この操
作を２回繰り返した後、このＮ6−ベンゾイル−２'−デ
オキシアデノシンをピリジン９．６ｍｌに溶解した溶液
に、前述のａ）で合成したヌクレオチド誘導体の重クロ
ロホルムおよびクロロホルムの混合反応溶液をアルゴン
雰囲気下、−４２℃で加えた。この反応溶液を４℃まで
徐々に戻した後、４℃で一晩静置して反応させ、目的の
ヌクレオチドダイマーブロック前駆体を得た。31P−Ｎ
ＭＲ｛部標準；(CH3O)3P ＝１４０ppm, CDCl3：ｐｙ＝
１：２．３（容積比）｝δ；１４０．０，１４１．１，
１４１．３，１４１．７ppm. ( 31P−ＮＭＲスペクトル
は１６１．７MHzＮＭＲ測定装置で測定した。）
【００３７】ｃ）前記式（１５）で表されるヌクレオチ
ドダイマーブロックの製造。前述のｂ）で合成したヌク
レオチドダイマーブロック前駆体の反応溶液に、単体イ
オウ０．０９９ｇ（３．０９ｍｍｏｌ）を加え、アルゴ
ン雰囲気下、室温でかき混ぜて反応させた。反応系の
31P−ＮＭＲスペクトルを測定して、反応が完了したこ
とを確認した後、クロロホルムにより分液抽出し、得ら
れた有機層を飽和炭酸水素ナトリウム水溶液で洗浄し、
硫酸ナトリウムを加えて脱水した。硫酸ナトリウムをろ
別後、溶媒を減圧留去して得られた残さをシリカゲルカ
ラムクロマトグラフィー｛展開溶媒；クロロホルム：メ
タノール＝１００：１→１００：５（容積比）の混合溶
媒｝により単離精製した。単離収率８８％。31P−ＮＭ
Ｒ｛外部標準；(CH3O)3P ＝１４０ppm, CDCl3：ｐｙ＝
１：２．３（容積比）｝δ；６５．２、６５．５，６
５．８，６５．９ppm．（31P−ＮＭＲスペクトルは１６
１．７MHzＮＭＲ測定装置で測定した。） Ｒｆ値０．４８｛リカゲルプレート、展開溶媒；クロロ
ホルム：メタノール＝７：１（容積比）｝
ドダイマーブロックの製造。前述のｂ）で合成したヌク
レオチドダイマーブロック前駆体の反応溶液に、単体イ
オウ０．０９９ｇ（３．０９ｍｍｏｌ）を加え、アルゴ
ン雰囲気下、室温でかき混ぜて反応させた。反応系の
31P−ＮＭＲスペクトルを測定して、反応が完了したこ
とを確認した後、クロロホルムにより分液抽出し、得ら
れた有機層を飽和炭酸水素ナトリウム水溶液で洗浄し、
硫酸ナトリウムを加えて脱水した。硫酸ナトリウムをろ
別後、溶媒を減圧留去して得られた残さをシリカゲルカ
ラムクロマトグラフィー｛展開溶媒；クロロホルム：メ
タノール＝１００：１→１００：５（容積比）の混合溶
媒｝により単離精製した。単離収率８８％。31P−ＮＭ
Ｒ｛外部標準；(CH3O)3P ＝１４０ppm, CDCl3：ｐｙ＝
１：２．３（容積比）｝δ；６５．２、６５．５，６
５．８，６５．９ppm．（31P−ＮＭＲスペクトルは１６
１．７MHzＮＭＲ測定装置で測定した。） Ｒｆ値０．４８｛リカゲルプレート、展開溶媒；クロロ
ホルム：メタノール＝７：１（容積比）｝
【００３８】ｄ）前記式（１６）で表されるヌクレオチ
ド誘導体の、Ｎ6−ベンゾイル−２'−デオキシアデノシ
ンの５'−位水酸基との選択的反応性。前述のｂ）に従
ってヌクレオチドブロック前駆体を製造する場合、Ｎ6
−ベンゾイル−２'−デオキシアデノシンの３'−位水酸
基が、前記ヌクレオチド誘導体（１６）と反応する、下
記式（１８）で表される副反応が進行し、下記式（１
９）で表される化合物が副生する。
ド誘導体の、Ｎ6−ベンゾイル−２'−デオキシアデノシ
ンの５'−位水酸基との選択的反応性。前述のｂ）に従
ってヌクレオチドブロック前駆体を製造する場合、Ｎ6
−ベンゾイル−２'−デオキシアデノシンの３'−位水酸
基が、前記ヌクレオチド誘導体（１６）と反応する、下
記式（１８）で表される副反応が進行し、下記式（１
９）で表される化合物が副生する。
【００３９】
【化１８】
【００４０】
【化１９】
【００４１】そこで、前述のｂ）において、反応完了後
の反応溶液の 31P−ＮＭＲスペクトルを測定し、下記式
（Ｅ）のように、５'−位水酸基との選択的反応性（以
下「５'選択性」という）を定義して求めた。 [５'選択性]（％）＝｛〔１７〕／（〔１７〕＋〔１
９〕）｝×１００（Ｅ） （式中、〔１７〕および〔１９〕は、31P−ＮＭＲスペ
クトルにより求めた化合物（１７）および（１９）の反
応溶液中でのモル組成率をそれぞれ表す。） その結果、５'選択性は９４％であった。
の反応溶液の 31P−ＮＭＲスペクトルを測定し、下記式
（Ｅ）のように、５'−位水酸基との選択的反応性（以
下「５'選択性」という）を定義して求めた。 [５'選択性]（％）＝｛〔１７〕／（〔１７〕＋〔１
９〕）｝×１００（Ｅ） （式中、〔１７〕および〔１９〕は、31P−ＮＭＲスペ
クトルにより求めた化合物（１７）および（１９）の反
応溶液中でのモル組成率をそれぞれ表す。） その結果、５'選択性は９４％であった。
【００４２】（実施例２〜１９）実施例1と同様の操作
により、下記表１および表２に示した実施例２〜１９の
ヌクレオチドダイマーブロックおよびその前駆体である
ヌクレオチドを合成した。なお、前記式（７）における
Ｘとして、イミダゾリル基を用いた。実施例２〜１９に
示したヌクレオチドダイマーブロックは、前記式（５）
において、ｎ＝０、Ａ1およびＡ3が水素原子、Ｚ'がイ
オウ原子、Ｒ3が４，４’−ジメトキシトリチル基であ
る下記式（２０）で表される化合物であり、同ヌクレオ
チドは、前記式（３）において、ｎ＝０、Ａ1およびＡ3
が水素原子、Ｒ3が４，４’−ジメトキシトリチル基で
ある下記式（２１）で表される化合物である。表１およ
び表２中のＲ1'およびＲ2'の構造を表３に示す。表１お
よび表２のＢ1およびＢ3欄中の（ ）内の値は、同欄中
のヌクレオシドの、仕込みのオルガノオキシジクロロホ
スフィン[I]に対する反応当量比を示し、二量化反応溶
媒欄のＣＤＣｌ3＋Ｐｙは重クロロホルム：ピリジン＝
１：２．３（容積比）の混合溶媒を、ＣＨＣｌ3＋Ｐｙ
はクロロホルム：ピリジン＝１：.２．３（容積比）の
混合溶媒を、Ｐｙ−ｄ5＋Ｐｙはピリジン−ｄ5とピリジ
ンの混合溶媒を、ＣＤ3ＣＮ＋ＣＨ3ＣＮはアセトニトリ
ル−ｄ5とアセトニトリルの混合溶媒をそれぞれ示す。
また、化合物（３）の31Ｐ−ＮＭＲのδ値(ppm)欄の値
は、実施例１〜６、９〜１１、および１３〜１４につい
てはＣＤＣｌ3溶液中で、実施例７についてはＰｙ−ｄ5
溶液中で、および実施例８についてはＣＤ3ＣＮ溶液中
でそれぞれ測定した値である。化合物（１）の31Ｐ−Ｎ
ＭＲのδ値(ppm)欄の値は、実施例１〜４、および実施
例１１〜１４については二量化反応溶媒溶液中で、実施
例１５−１９については二量化反応溶媒を減圧留去後、
得られた残さをＣＤＣｌ3に溶解してそれぞれ測定した
値である。化合物（１）のＲｆ値は、いずれもシリカゲ
ルプレート上でクロロホルム：メタノール＝７：１（容
積比）の混合溶媒で展開したときの値である。
により、下記表１および表２に示した実施例２〜１９の
ヌクレオチドダイマーブロックおよびその前駆体である
ヌクレオチドを合成した。なお、前記式（７）における
Ｘとして、イミダゾリル基を用いた。実施例２〜１９に
示したヌクレオチドダイマーブロックは、前記式（５）
において、ｎ＝０、Ａ1およびＡ3が水素原子、Ｚ'がイ
オウ原子、Ｒ3が４，４’−ジメトキシトリチル基であ
る下記式（２０）で表される化合物であり、同ヌクレオ
チドは、前記式（３）において、ｎ＝０、Ａ1およびＡ3
が水素原子、Ｒ3が４，４’−ジメトキシトリチル基で
ある下記式（２１）で表される化合物である。表１およ
び表２中のＲ1'およびＲ2'の構造を表３に示す。表１お
よび表２のＢ1およびＢ3欄中の（ ）内の値は、同欄中
のヌクレオシドの、仕込みのオルガノオキシジクロロホ
スフィン[I]に対する反応当量比を示し、二量化反応溶
媒欄のＣＤＣｌ3＋Ｐｙは重クロロホルム：ピリジン＝
１：２．３（容積比）の混合溶媒を、ＣＨＣｌ3＋Ｐｙ
はクロロホルム：ピリジン＝１：.２．３（容積比）の
混合溶媒を、Ｐｙ−ｄ5＋Ｐｙはピリジン−ｄ5とピリジ
ンの混合溶媒を、ＣＤ3ＣＮ＋ＣＨ3ＣＮはアセトニトリ
ル−ｄ5とアセトニトリルの混合溶媒をそれぞれ示す。
また、化合物（３）の31Ｐ−ＮＭＲのδ値(ppm)欄の値
は、実施例１〜６、９〜１１、および１３〜１４につい
てはＣＤＣｌ3溶液中で、実施例７についてはＰｙ−ｄ5
溶液中で、および実施例８についてはＣＤ3ＣＮ溶液中
でそれぞれ測定した値である。化合物（１）の31Ｐ−Ｎ
ＭＲのδ値(ppm)欄の値は、実施例１〜４、および実施
例１１〜１４については二量化反応溶媒溶液中で、実施
例１５−１９については二量化反応溶媒を減圧留去後、
得られた残さをＣＤＣｌ3に溶解してそれぞれ測定した
値である。化合物（１）のＲｆ値は、いずれもシリカゲ
ルプレート上でクロロホルム：メタノール＝７：１（容
積比）の混合溶媒で展開したときの値である。
【００４３】
【表１】
【００４４】
【表２】
【００４５】｛表１および表２のなかで、Ｂ1およびＢ3
欄のＴは１−チミニル基を、ＴBzは１−（Ｎ−３−ベン
ゾイルチミニル）基を、ＣBzは１−（Ｎ−４−ベンゾイ
ルシトシニル）基を、ＣAnは１−（Ｎ−４−アニソイル
シトシニル）基を、ＡBzは９−（Ｎ−６−ベンゾイルア
デニニル）基を、ＡBz2は９−（Ｎ−６，Ｎ−６−ビス
ベンゾイルアデニニル）基を、およびＧiBuは９−（Ｎ
−２−イソブチリルグアニニル）基をそれぞれ表す。｝
欄のＴは１−チミニル基を、ＴBzは１−（Ｎ−３−ベン
ゾイルチミニル）基を、ＣBzは１−（Ｎ−４−ベンゾイ
ルシトシニル）基を、ＣAnは１−（Ｎ−４−アニソイル
シトシニル）基を、ＡBzは９−（Ｎ−６−ベンゾイルア
デニニル）基を、ＡBz2は９−（Ｎ−６，Ｎ−６−ビス
ベンゾイルアデニニル）基を、およびＧiBuは９−（Ｎ
−２−イソブチリルグアニニル）基をそれぞれ表す。｝
【００４６】
【表３】
【００４７】
【化２０】
【００４８】｛式中、ＤＭＴｒは４，４’−ジメトキシ
トリチル基を示し、Ｂ1、Ｂ3、Ｒ1'およびＲ2'は前記式
（５）と同じである。｝
トリチル基を示し、Ｂ1、Ｂ3、Ｒ1'およびＲ2'は前記式
（５）と同じである。｝
【００４９】
【化２１】
【００５０】｛式中、ＤＭＴｒは前記式（２０）と同じ
であり、Ｂ1、Ｂ3、Ｒ1'およびＲ2'は前記式（５）と同
じである。｝
であり、Ｂ1、Ｂ3、Ｒ1'およびＲ2'は前記式（５）と同
じである。｝
【００５１】（実施例２０）前記式（５）において、ｎ
＝１であり、Ｒ1＝Ｒ1'＝水素原子、Ｒ2＝ターシャリー
ブチル基、Ｒ2'＝１，１−ジエチル−３−ブテニル基、
Ｒ3＝４，４'−ジメトキシトリチル基、Ｂ1＝Ｂ2＝Ｂ3
＝１−チミニル基、Ａ1＝Ａ2＝Ａ3＝水素原子、および
Ｚ＝Ｚ'＝イオウ原子である下記式（２２）で表される
ヌクレオチドトリマーブロックの製造
＝１であり、Ｒ1＝Ｒ1'＝水素原子、Ｒ2＝ターシャリー
ブチル基、Ｒ2'＝１，１−ジエチル−３−ブテニル基、
Ｒ3＝４，４'−ジメトキシトリチル基、Ｂ1＝Ｂ2＝Ｂ3
＝１−チミニル基、Ａ1＝Ａ2＝Ａ3＝水素原子、および
Ｚ＝Ｚ'＝イオウ原子である下記式（２２）で表される
ヌクレオチドトリマーブロックの製造
【００５２】
【化２２】
【００５３】｛式中、Ｔは１−チミニル基を示し、ＤＭ
Ｔｒは前記式（２０）と同じである。｝
Ｔｒは前記式（２０）と同じである。｝
【００５４】ａ）前記式（１）で表されるヌクレオチド
前駆体の合成 反応前に、仕込みのオルガノオキシジクロロホスフィン
[I]に対して１．２当量の前記式（１４）の[IV]で表さ
れるヌクレオチドダイマーブロックを、１，４−ジオキ
サンに溶解後共沸脱水する操作を２回繰り返し、反応溶
液の濃度を０．３Mとした他は、実施例１と同様にして
合成した。前記式（７）におけるＸとして、イミダゾリ
ル基を用い、下記式（２３）で表されるヌクレオチド誘
導体を合成した。31 P−ＮＭＲ｛外部標準；(CH3O)3P ＝１４０ppm, CDC
l3｝δ；１２６．８，１２７．４，１２８．１，１２
８．９，１２９．２，１２９．５，１２９．８，１３
１．６，１３２．２，１３２．６，１３２．９，１３
３．７ppm.（ 31P−ＮＭＲスペクトルは１６１．７MHz
ＮＭＲ測定装置で測定した。前記δ値は、３’−末端の
三価のリン原子に関するものである。）
前駆体の合成 反応前に、仕込みのオルガノオキシジクロロホスフィン
[I]に対して１．２当量の前記式（１４）の[IV]で表さ
れるヌクレオチドダイマーブロックを、１，４−ジオキ
サンに溶解後共沸脱水する操作を２回繰り返し、反応溶
液の濃度を０．３Mとした他は、実施例１と同様にして
合成した。前記式（７）におけるＸとして、イミダゾリ
ル基を用い、下記式（２３）で表されるヌクレオチド誘
導体を合成した。31 P−ＮＭＲ｛外部標準；(CH3O)3P ＝１４０ppm, CDC
l3｝δ；１２６．８，１２７．４，１２８．１，１２
８．９，１２９．２，１２９．５，１２９．８，１３
１．６，１３２．２，１３２．６，１３２．９，１３
３．７ppm.（ 31P−ＮＭＲスペクトルは１６１．７MHz
ＮＭＲ測定装置で測定した。前記δ値は、３’−末端の
三価のリン原子に関するものである。）
【００５５】
【化２３】
【００５６】｛式中、Ｔは前記式（２２）と同じであ
り、ＤＭＴｒは前記式（２０）と同じである。｝
り、ＤＭＴｒは前記式（２０）と同じである。｝
【００５７】ｂ）前記式（３）で表されるヌクレオチド
の合成 仕込みのオルガノオキシジクロロホスフィン[I]に対し
て前記式（６）で表される３'−O，５'−O−無保護のヌ
クレオシド誘導体（本実施例においてはチミジン）を
１．２当量以上反応させ、反応濃度を０．１M以下（重
クロロホルム：ピリジン＝１：２以上（容積比））とし
た他は、実施例１と同様にして下記式（２４）で表され
るヌクレオチドトリマーブロック前駆体を合成した。な
お、この縮合反応におけるの５’選択性は＞９４％であ
った。
の合成 仕込みのオルガノオキシジクロロホスフィン[I]に対し
て前記式（６）で表される３'−O，５'−O−無保護のヌ
クレオシド誘導体（本実施例においてはチミジン）を
１．２当量以上反応させ、反応濃度を０．１M以下（重
クロロホルム：ピリジン＝１：２以上（容積比））とし
た他は、実施例１と同様にして下記式（２４）で表され
るヌクレオチドトリマーブロック前駆体を合成した。な
お、この縮合反応におけるの５’選択性は＞９４％であ
った。
【００５８】
【化２４】
【００５９】｛式中、Ｔは前記式（２２）と同じであ
り、ＤＭＴｒは前記式（２０）と同じである。｝
り、ＤＭＴｒは前記式（２０）と同じである。｝
【００６０】ｃ）前記式（２２）で表されるヌクレオチ
ドトリマーブロックの合成 実施例１と同様にして合成した。31P−ＮＭＲ｛外部標
準；(CH3O)3P ＝１４０ppm, CDCl3｝；６５．７−６
６．７ppmの範囲に9本のピークとして観測された。（31
P−ＮＭＲスペクトルは１６１．７MHzＮＭＲ測定装置で
測定した。） Ｒｆ値０．４３｛シリカゲルプレート、展開溶媒；クロ
ロホルム：メタノール＝７：１（容積比）｝。
ドトリマーブロックの合成 実施例１と同様にして合成した。31P−ＮＭＲ｛外部標
準；(CH3O)3P ＝１４０ppm, CDCl3｝；６５．７−６
６．７ppmの範囲に9本のピークとして観測された。（31
P−ＮＭＲスペクトルは１６１．７MHzＮＭＲ測定装置で
測定した。） Ｒｆ値０．４３｛シリカゲルプレート、展開溶媒；クロ
ロホルム：メタノール＝７：１（容積比）｝。
【００６１】（実施例２１）前記式（５）において、ｎ
＝１であり、Ｒ1＝Ｒ1''＝水素原子、Ｒ2'＝１，１−ジ
エチル−３−ブテニル基、Ｒ2''＝ターシャリーブチル
基、Ｒ3＝４，４'−ジメトキシトリチル基、Ｂ1＝Ｂ2＝
Ｂ3＝１−チミニル基、Ａ1＝Ａ2＝Ａ3＝水素原子、およ
びＺ＝Ｚ'＝イオウ原子である下記式（２５）で表され
るヌクレオチドトリマーブロックの製造
＝１であり、Ｒ1＝Ｒ1''＝水素原子、Ｒ2'＝１，１−ジ
エチル−３−ブテニル基、Ｒ2''＝ターシャリーブチル
基、Ｒ3＝４，４'−ジメトキシトリチル基、Ｂ1＝Ｂ2＝
Ｂ3＝１−チミニル基、Ａ1＝Ａ2＝Ａ3＝水素原子、およ
びＺ＝Ｚ'＝イオウ原子である下記式（２５）で表され
るヌクレオチドトリマーブロックの製造
【００６２】
【化２５】
【００６３】｛式中、Ｔは前記式（２２）と同じであ
り、ＤＭＴｒは前記式（２０）と同じである。｝
り、ＤＭＴｒは前記式（２０）と同じである。｝
【００６４】仕込みのオルガノオキシジクロロホスフィ
ン[I]に対して前記式（１４）の[IV]で表される５’−
Ｏ,塩基保護−ヌクレオシド誘導体を１．０３当量、お
よび前記式（５）で表される３'−Ｏ，５'−Ｏ−無保護
のヌクレオチド誘導体を１．２当量それぞれ反応させた
他は、実施例１と同様の操作により製造した。前記式
（８）におけるＸとして、イミダゾリル基を用いた。
ン[I]に対して前記式（１４）の[IV]で表される５’−
Ｏ,塩基保護−ヌクレオシド誘導体を１．０３当量、お
よび前記式（５）で表される３'−Ｏ，５'−Ｏ−無保護
のヌクレオチド誘導体を１．２当量それぞれ反応させた
他は、実施例１と同様の操作により製造した。前記式
（８）におけるＸとして、イミダゾリル基を用いた。
【００６５】ａ）下記式（２６）で表されるヌクレオチ
ドトリマーブロック前駆体の合成31 P−ＮＭＲ｛外部標準；(CH3O)3P ＝１４０ppm, CDC
l3：ｐｙ＝１：２．３（容積比）｝δ；１４０．３−１
４２．２ppmの範囲に１３本のピークとして観測され
た。｛31P−ＮＭＲスペクトルは１６１．７MHzＮＭＲ測
定装置で測定した。前記δ値は、２つあるインターヌク
レオチド結合のうち、３’−末端側の三価のリン原子
（ホスファイト）に関するものである。｝
ドトリマーブロック前駆体の合成31 P−ＮＭＲ｛外部標準；(CH3O)3P ＝１４０ppm, CDC
l3：ｐｙ＝１：２．３（容積比）｝δ；１４０．３−１
４２．２ppmの範囲に１３本のピークとして観測され
た。｛31P−ＮＭＲスペクトルは１６１．７MHzＮＭＲ測
定装置で測定した。前記δ値は、２つあるインターヌク
レオチド結合のうち、３’−末端側の三価のリン原子
（ホスファイト）に関するものである。｝
【００６６】
【化２６】
【００６７】｛式中、Ｔは前記式（２２）と同じであ
り、ＤＭＴｒは前記式（２０）と同じである。｝
り、ＤＭＴｒは前記式（２０）と同じである。｝
【００６８】ｂ）前記式（２５）で表されるヌクレオチ
ドトリマーブロックの合成31 P−ＮＭＲ｛外部標準；(CH3O)3P ＝１４０ppm, CDC
l3：ｐｙ＝１：２．３（容積比）｝δ；６５．０−６
６．３ppmの範囲に１３本のピークとして観測された。(
31P−ＮＭＲスペクトルは１６１．７MHzＮＭＲ測定装
置で測定した。） Ｒｆ値０．４４｛シリカゲルプレート、展開溶媒；クロ
ロホルム：メタノール＝７：１（容積比）｝。 ｃ）前記ｂ）に従って合成した前記式（２５）で表され
るヌクレオチドトリマーブロックのリン酸保護基を除去
して得られた下記式（２７）で表されるホスホロチオエ
ート型ヌクレオチドトリマーのHPLC分析
ドトリマーブロックの合成31 P−ＮＭＲ｛外部標準；(CH3O)3P ＝１４０ppm, CDC
l3：ｐｙ＝１：２．３（容積比）｝δ；６５．０−６
６．３ppmの範囲に１３本のピークとして観測された。(
31P−ＮＭＲスペクトルは１６１．７MHzＮＭＲ測定装
置で測定した。） Ｒｆ値０．４４｛シリカゲルプレート、展開溶媒；クロ
ロホルム：メタノール＝７：１（容積比）｝。 ｃ）前記ｂ）に従って合成した前記式（２５）で表され
るヌクレオチドトリマーブロックのリン酸保護基を除去
して得られた下記式（２７）で表されるホスホロチオエ
ート型ヌクレオチドトリマーのHPLC分析
【００６９】
【化２７】
【００７０】｛式中、Ｔは前記式（２２）と同じであ
り、ＤＭＴｒは前記式（２０）と同じである。｝
り、ＤＭＴｒは前記式（２０）と同じである。｝
【００７１】前記式（２５）で表されるヌクレオチドト
リマーブロック約１ｍｇを、数滴のピリジンに溶解後、
さらに数滴の３０％アンモニア水を加えて室温で一晩静
置して、リン酸保護基を除去して前記式（２７）で表さ
れるホスホロチオエート型ヌクレオチドトリマーを得
た。アンモニアおよび溶媒を減圧留去して得られた残さ
を、０．１Ｎ−ｐＨ７．２−トリエチルアミン−酢酸緩
衝溶液に溶解して、逆相ＨＰＬＣ分析を行った。ＨＰＬ
Ｃ分析には、逆相カラム（ＯＤＳカラム）としてWakopa
kｗｓ−ＤＮＡカラム｛和光純薬（株）製｝の4.6mmφ×
150mmを用い、展開溶媒としては、０．１Ｎ−ｐＨ７．
２−トリエチルアミン−酢酸緩衝溶液とアセトニトリル
を用いた。分析に用いたグラディエントは、アセトニト
リル／緩衝溶液＝５／９５→４５／５５（２０ｍｉｎ）
とし、分析に用いたＵＶディテクタの検出波長は２６０
ｎｍとし、分析温度は４０℃とした。得られた化合物の
保持時間（ｔＲ）＝２１．６（先端は２本に分裂）、２
２．１ｍｉｎ（ジアステレオマーが混在するため計３本
に分裂した）。このＨＰＬＣ分析結果は、通常のアミダ
イト法に従って合成した前記式（２７）で表されるホス
ホロチオエート型ヌクレオチドトリマーのそれと一致し
た。
リマーブロック約１ｍｇを、数滴のピリジンに溶解後、
さらに数滴の３０％アンモニア水を加えて室温で一晩静
置して、リン酸保護基を除去して前記式（２７）で表さ
れるホスホロチオエート型ヌクレオチドトリマーを得
た。アンモニアおよび溶媒を減圧留去して得られた残さ
を、０．１Ｎ−ｐＨ７．２−トリエチルアミン−酢酸緩
衝溶液に溶解して、逆相ＨＰＬＣ分析を行った。ＨＰＬ
Ｃ分析には、逆相カラム（ＯＤＳカラム）としてWakopa
kｗｓ−ＤＮＡカラム｛和光純薬（株）製｝の4.6mmφ×
150mmを用い、展開溶媒としては、０．１Ｎ−ｐＨ７．
２−トリエチルアミン−酢酸緩衝溶液とアセトニトリル
を用いた。分析に用いたグラディエントは、アセトニト
リル／緩衝溶液＝５／９５→４５／５５（２０ｍｉｎ）
とし、分析に用いたＵＶディテクタの検出波長は２６０
ｎｍとし、分析温度は４０℃とした。得られた化合物の
保持時間（ｔＲ）＝２１．６（先端は２本に分裂）、２
２．１ｍｉｎ（ジアステレオマーが混在するため計３本
に分裂した）。このＨＰＬＣ分析結果は、通常のアミダ
イト法に従って合成した前記式（２７）で表されるホス
ホロチオエート型ヌクレオチドトリマーのそれと一致し
た。
【００７２】
【発明の効果】本発明によれば、前記式（１）で表され
るヌクレオチド誘導体を、前記式（２）で表される３'
−Ｏ，５'−０−無保護のヌクレオシド誘導体またはヌ
クレオチド誘導体と反応させ｛前記式（７）または前記
式（８）｝、前記式（３）または前記式（４）で表され
る構造を有するヌクレオチドを収率良く製造することが
でき、さらに、該ヌクレオチドから、その製造工程にお
いて合成工程および単離精製工程が省けるので、前記式
（５）で表される構造を有するヌクレオチドブロックを
簡便に製造することができる。
るヌクレオチド誘導体を、前記式（２）で表される３'
−Ｏ，５'−０−無保護のヌクレオシド誘導体またはヌ
クレオチド誘導体と反応させ｛前記式（７）または前記
式（８）｝、前記式（３）または前記式（４）で表され
る構造を有するヌクレオチドを収率良く製造することが
でき、さらに、該ヌクレオチドから、その製造工程にお
いて合成工程および単離精製工程が省けるので、前記式
（５）で表される構造を有するヌクレオチドブロックを
簡便に製造することができる。
【手続補正書】
【提出日】平成１２年３月７日（２０００．３．７）
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】請求項１
【補正方法】変更
【補正内容】
【化１】
【化２】
【化３】
【化４】
【化５】 （ただし、式（１）、（２）、（３）、（４）および
（５）において、Ｂ1、Ｂ2およびＢ3は必要に応じてヌ
クレオチド化学において通常の保護基で保護した塩基を
示し、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ1'およびＲ2'は水素原子、またはヘ
テロ原子を含んでいてもよいアルキル基、シクロアルキ
ル基、アリール基もしくはアラルキル基を示し、Ｒ3は
保護基、Ａ1、Ａ2およびＡ3は水素原子、水酸基、アル
コキシ基またはトリアルキルシリルオキシ基を示し、Ｘ
はアゾリル基を示し、ＺおよびＺ'は酸素原子またはイ
オウ原子を示し、ｎは０または１を示す。ただし、（Ｒ
1とＲ2）および（Ｒ1’とＲ2’）の組み合わせが、それ
ぞれ（水素原子と水素原子）、（水素原子とメチル
基）、（水素原子とエチル基）、（メチル基とメチル
基）、（メチル基とエチル基）または（エチル基とエチ
ル基）である場合を除く。）
（５）において、Ｂ1、Ｂ2およびＢ3は必要に応じてヌ
クレオチド化学において通常の保護基で保護した塩基を
示し、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ1'およびＲ2'は水素原子、またはヘ
テロ原子を含んでいてもよいアルキル基、シクロアルキ
ル基、アリール基もしくはアラルキル基を示し、Ｒ3は
保護基、Ａ1、Ａ2およびＡ3は水素原子、水酸基、アル
コキシ基またはトリアルキルシリルオキシ基を示し、Ｘ
はアゾリル基を示し、ＺおよびＺ'は酸素原子またはイ
オウ原子を示し、ｎは０または１を示す。ただし、（Ｒ
1とＲ2）および（Ｒ1’とＲ2’）の組み合わせが、それ
ぞれ（水素原子と水素原子）、（水素原子とメチル
基）、（水素原子とエチル基）、（メチル基とメチル
基）、（メチル基とエチル基）または（エチル基とエチ
ル基）である場合を除く。）
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１１
【補正方法】変更
【補正内容】
【００１１】
【課題を解決するための手段】本発明者らは、上記課題
を解決すべく鋭意研究を行った結果、前記式（１）で表
されるアゾリル基を有し、特にＲ1、Ｒ2、Ｒ1'またはＲ
2'にかさ高い置換基を有するヌクレオチド誘導体を、前
記式（２）で表される３'−Ｏ，５'−Ｏ−無保護で、ヌ
クレオシド誘導体またはヌクレオチド誘導体と反応させ
｛下記式（７）もしくは下記式（８）｝、前記式（３）
または前記式（４）で表される構造を有する新規なヌク
レオチドを経て、前記式（５）で表される構造を有する
新規なヌクレオチドブロックを合成することにより、前
記課題が解決されることを見出し、本発明を完成するに
至った。すなわち、本発明の第１発明は前記式（５）で
表されるヌクレオチドブロックの製造方法であり、第３
発明は前記式（３）または前記式（４）のいずれかによ
って表されるヌクレオチドであり、第４発明は前記式
（５）で表されるヌクレオチドブロックに関するもので
ある。
を解決すべく鋭意研究を行った結果、前記式（１）で表
されるアゾリル基を有し、特にＲ1、Ｒ2、Ｒ1'またはＲ
2'にかさ高い置換基を有するヌクレオチド誘導体を、前
記式（２）で表される３'−Ｏ，５'−Ｏ−無保護で、ヌ
クレオシド誘導体またはヌクレオチド誘導体と反応させ
｛下記式（７）もしくは下記式（８）｝、前記式（３）
または前記式（４）で表される構造を有する新規なヌク
レオチドを経て、前記式（５）で表される構造を有する
新規なヌクレオチドブロックを合成することにより、前
記課題が解決されることを見出し、本発明を完成するに
至った。すなわち、本発明の第１発明は前記式（５）で
表されるヌクレオチドブロックの製造方法であり、第３
発明は前記式（３）または前記式（４）のいずれかによ
って表されるヌクレオチドであり、第４発明は前記式
（５）で表されるヌクレオチドブロックに関するもので
ある。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１３
【補正方法】変更
【補正内容】
【００１３】｛式中、Ｂ1、Ｂ2、Ｂ3 、Ｒ1、Ｒ2、
Ｒ1'、Ｒ2'、Ｒ3、Ａ1、Ａ2、Ａ3 、Ｚおよびｎは前記式
（５）と同じであり、Ｘは前記式（１）と同じであ
る。｝
Ｒ1'、Ｒ2'、Ｒ3、Ａ1、Ａ2、Ａ3 、Ｚおよびｎは前記式
（５）と同じであり、Ｘは前記式（１）と同じであ
る。｝
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１５
【補正方法】変更
【補正内容】
【００１５】｛式中、Ｂ1、Ｂ2、Ｂ3、Ｒ1、Ｒ2、
Ｒ1'、Ｒ2'、Ｒ3、Ａ1、Ａ2、Ａ3、Ｚ'およびｎは前記
式（５）と同じであり、Ｘは前記式（１）と同じであ
る。｝
Ｒ1'、Ｒ2'、Ｒ3、Ａ1、Ａ2、Ａ3、Ｚ'およびｎは前記
式（５）と同じであり、Ｘは前記式（１）と同じであ
る。｝
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１６
【補正方法】変更
【補正内容】
【００１６】
【発明の実施の形態】本発明におけるヌクレオチドブロ
ックの製造方法は、前記式（１）で表されるヌクレオチ
ド誘導体を、前記式（２）で表される３'−Ｏ，５'−Ｏ
−無保護のヌクレオシド誘導体またはヌクレオチド誘導
体と反応させて得られた、前記式（３）または前記式
（４）で表されるヌクレオチドの三価のリン原子を五価
へ酸化または硫化することを特徴とし、その反応式は前
記式（７）または前記式（８）で例示される製造方法で
ある。また、ヌクレオチドブロックは前記式（５）で表
される化合物であり、その前駆体であるヌクレオチドは
前記式（３）または前記式（４）のいずれかにより表さ
れる化合物である。前記式におけるＢ1、Ｂ2およびＢ3
で表される塩基は、周知のものが挙げられ、プリン誘導
体、例えば、アデニン、グアニンおよびヒポキサンチン
の誘導体、ならびにピリミジン誘導体、例えば、シトシ
ン、チミンおよびウラシルの誘導体などが挙げられる。
具体的には、１−チミニル基、１−（Ｎ−３−ベンゾイ
ルチミニル）基、１−（Ｎ−４−ベンゾイルシトシニ
ル）基、１−（Ｎ−４−アニソイルシトシニル）基、９
−（Ｎ−６−ベンゾイルアデニニル）基、９−（Ｎ−
６，Ｎ−６−ビスベンゾイルアデニニル）基、または９
−（Ｎ−２−イソブチリルグアニニル）基などが挙げら
れる。また、前記式におけるＲ1、Ｒ2、Ｒ1'およびＲ2'
としては、例えば、水素原子、メチル基、エチル基、ノ
ルマルプロピル基、イソプロピル基、イソブチル基、セ
カンダリーブチル基、ターシャリーブチル基、ノルマル
ペンチル基、１−エチルプロピル基、シクロヘキシル
基、ノルマルノニル基、２−フェニルエチル基、２−
(メチルチオ)エチル基、フェニル基、１，１−ジエチル
−３−ブテニル基および／または１，１−ジメチル−２
−フェニルエチル基などである。ただし、（Ｒ 1とＲ2）
および（Ｒ1’とＲ2’）の組み合わせが、それぞれ（水
素原子と水素原子）、（水素原子とメチル基）、（水素
原子とエチル基）、（メチル基とメチル基）、（メチル
基とエチル基）または（エチル基とエチル基）である場
合を除く。また、Ｒ3としては、トリチル基、４−メト
キシトリチル基および４，４’−ジメトキシトリチル基
などが挙げられる。また、前記式（１）におけるＸとし
ては、イミダゾリル基、２−メチルイミダゾリル基、４
−メチルイミダゾリル基または２，４−ジメチルイミダ
ゾリル基などが挙げられる。また、Ａ1、Ａ2およびＡ3
で表されるアルコキシ基としてはメトキシ基およびエト
キシ基などが挙げられ、同様にトリアルキルシリルオキ
シ基としてはターシャリーブチルジメチルシリルオキシ
基などが挙げられる。
ックの製造方法は、前記式（１）で表されるヌクレオチ
ド誘導体を、前記式（２）で表される３'−Ｏ，５'−Ｏ
−無保護のヌクレオシド誘導体またはヌクレオチド誘導
体と反応させて得られた、前記式（３）または前記式
（４）で表されるヌクレオチドの三価のリン原子を五価
へ酸化または硫化することを特徴とし、その反応式は前
記式（７）または前記式（８）で例示される製造方法で
ある。また、ヌクレオチドブロックは前記式（５）で表
される化合物であり、その前駆体であるヌクレオチドは
前記式（３）または前記式（４）のいずれかにより表さ
れる化合物である。前記式におけるＢ1、Ｂ2およびＢ3
で表される塩基は、周知のものが挙げられ、プリン誘導
体、例えば、アデニン、グアニンおよびヒポキサンチン
の誘導体、ならびにピリミジン誘導体、例えば、シトシ
ン、チミンおよびウラシルの誘導体などが挙げられる。
具体的には、１−チミニル基、１−（Ｎ−３−ベンゾイ
ルチミニル）基、１−（Ｎ−４−ベンゾイルシトシニ
ル）基、１−（Ｎ−４−アニソイルシトシニル）基、９
−（Ｎ−６−ベンゾイルアデニニル）基、９−（Ｎ−
６，Ｎ−６−ビスベンゾイルアデニニル）基、または９
−（Ｎ−２−イソブチリルグアニニル）基などが挙げら
れる。また、前記式におけるＲ1、Ｒ2、Ｒ1'およびＲ2'
としては、例えば、水素原子、メチル基、エチル基、ノ
ルマルプロピル基、イソプロピル基、イソブチル基、セ
カンダリーブチル基、ターシャリーブチル基、ノルマル
ペンチル基、１−エチルプロピル基、シクロヘキシル
基、ノルマルノニル基、２−フェニルエチル基、２−
(メチルチオ)エチル基、フェニル基、１，１−ジエチル
−３−ブテニル基および／または１，１−ジメチル−２
−フェニルエチル基などである。ただし、（Ｒ 1とＲ2）
および（Ｒ1’とＲ2’）の組み合わせが、それぞれ（水
素原子と水素原子）、（水素原子とメチル基）、（水素
原子とエチル基）、（メチル基とメチル基）、（メチル
基とエチル基）または（エチル基とエチル基）である場
合を除く。また、Ｒ3としては、トリチル基、４−メト
キシトリチル基および４，４’−ジメトキシトリチル基
などが挙げられる。また、前記式（１）におけるＸとし
ては、イミダゾリル基、２−メチルイミダゾリル基、４
−メチルイミダゾリル基または２，４−ジメチルイミダ
ゾリル基などが挙げられる。また、Ａ1、Ａ2およびＡ3
で表されるアルコキシ基としてはメトキシ基およびエト
キシ基などが挙げられ、同様にトリアルキルシリルオキ
シ基としてはターシャリーブチルジメチルシリルオキシ
基などが挙げられる。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２６
【補正方法】変更
【補正内容】
【００２６】前記式（７）または前記式（８）のいずれ
の反応も、前記式（１）で表されるヌクレオチドに対し
て１〜２当量の前記式（２）で表される３'−Ｏ，５'−
Ｏ−無保護のヌクレオシド誘導体またはヌクレオチド誘
導体を、減圧乾燥するか、あるいはピリジン等の有機溶
媒に溶解してから共沸脱水した後、ピリジン、クロロホ
ルムまたはアセトニトリル等の有機溶媒溶液中、前記ヌ
クレオチド誘導体を−８０℃〜室温で混合させて反応さ
せることにより、３'−Ｏ，５'−Ｏ−無保護のヌクレオ
シド誘導体またはヌクレオチド誘導体の５'−位水酸基
が選択的に反応し、達成される。有機溶媒は乾燥剤で乾
燥後、蒸留精製したものを用いた方が良い。有機溶媒と
してはピリジンを用いると、目的の前記式（３）または
前記式（４）のいずれかによって表されるヌクレオチド
の収率はより向上する。この反応溶液の31P−ＮＭＲス
ペクトルを測定して反応が完了したことを確認すれば良
い。この反応において、前記式（３）および前記式
（４）における置換基Ｒ1、Ｒ2、Ｒ1'およびＲ2'がかさ
高いほど選択的反応性に優れ、特にＲ1およびＲ2、なら
びにＲ1'およびＲ2'のファンデルワールス（van der Wa
als）体積の和がそれぞれ４９（オングストローム）3以
上のものが反応性に優れる。
の反応も、前記式（１）で表されるヌクレオチドに対し
て１〜２当量の前記式（２）で表される３'−Ｏ，５'−
Ｏ−無保護のヌクレオシド誘導体またはヌクレオチド誘
導体を、減圧乾燥するか、あるいはピリジン等の有機溶
媒に溶解してから共沸脱水した後、ピリジン、クロロホ
ルムまたはアセトニトリル等の有機溶媒溶液中、前記ヌ
クレオチド誘導体を−８０℃〜室温で混合させて反応さ
せることにより、３'−Ｏ，５'−Ｏ−無保護のヌクレオ
シド誘導体またはヌクレオチド誘導体の５'−位水酸基
が選択的に反応し、達成される。有機溶媒は乾燥剤で乾
燥後、蒸留精製したものを用いた方が良い。有機溶媒と
してはピリジンを用いると、目的の前記式（３）または
前記式（４）のいずれかによって表されるヌクレオチド
の収率はより向上する。この反応溶液の31P−ＮＭＲス
ペクトルを測定して反応が完了したことを確認すれば良
い。この反応において、前記式（３）および前記式
（４）における置換基Ｒ1、Ｒ2、Ｒ1'およびＲ2'がかさ
高いほど選択的反応性に優れ、特にＲ1およびＲ2、なら
びにＲ1'およびＲ2'のファンデルワールス（van der Wa
als）体積の和がそれぞれ４９（オングストローム）3以
上のものが反応性に優れる。
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４２
【補正方法】変更
【補正内容】
【００４２】（実施例２〜１９）実施例1と同様の操作
により、下記表１および表２に示した実施例２〜１９の
ヌクレオチドダイマーブロックおよびその前駆体である
ヌクレオチドを合成した。なお、前記式（７）における
Ｘとして、イミダゾリル基を用いた。実施例２〜１９に
示したヌクレオチドダイマーブロックは、前記式（５）
において、ｎ＝０、Ａ1およびＡ3が水素原子、Ｚ'がイ
オウ原子、Ｒ3が４，４’−ジメトキシトリチル基であ
る下記式（２０）で表される化合物であり、同ヌクレオ
チドは、前記式（３）において、ｎ＝０、Ａ1およびＡ3
が水素原子、Ｒ3が４，４’−ジメトキシトリチル基で
ある下記式（２１）で表される化合物である。表１およ
び表２中のＲ1'およびＲ2'の構造を表３に示す。表１お
よび表２のＢ1およびＢ3欄中の（ ）内の値は、同欄中
のヌクレオシドの、仕込みのオルガノオキシジクロロホ
スフィン[I]に対する反応当量比を示し、二量化反応溶
媒欄のＣＤＣｌ3＋Ｐｙは重クロロホルム：ピリジン＝
１：２．３（容積比）の混合溶媒を、 ＣＨＣｌ3＋Ｐｙ
はクロロホルム：ピリジン＝１：.２．３（容積比）の
混合溶媒を、Ｐｙ−ｄ5＋Ｐｙはピリジン−ｄ5とピリジ
ンの混合溶媒を、ＣＤ3ＣＮ＋ＣＨ3ＣＮはアセトニトリ
ル−ｄ5とアセトニトリルの混合溶媒をそれぞれ示す。
また、化合物（３）の31Ｐ−ＮＭＲのδ値(ppm)欄の値
は、実施例１〜６、９〜１１、および１３〜１４につい
てはＣＤＣｌ3溶液中で、実施例７についてはＰｙ−ｄ5
溶液中で、および実施例８についてはＣＤ3ＣＮ溶液中
でそれぞれ測定した値である。化合物（５）の31Ｐ−Ｎ
ＭＲのδ値(ppm)欄の値は、実施例１〜４、および実施
例１１〜１４については二量化反応溶媒溶液中で、実施
例１５−１９については二量化反応溶媒を減圧留去後、
得られた残さをＣＤＣｌ3に溶解してそれぞれ測定した
値である。化合物（５）のＲｆ値は、いずれもシリカゲ
ルプレート上でクロロホルム：メタノール＝７：１（容
積比）の混合溶媒で展開したときの値である。
により、下記表１および表２に示した実施例２〜１９の
ヌクレオチドダイマーブロックおよびその前駆体である
ヌクレオチドを合成した。なお、前記式（７）における
Ｘとして、イミダゾリル基を用いた。実施例２〜１９に
示したヌクレオチドダイマーブロックは、前記式（５）
において、ｎ＝０、Ａ1およびＡ3が水素原子、Ｚ'がイ
オウ原子、Ｒ3が４，４’−ジメトキシトリチル基であ
る下記式（２０）で表される化合物であり、同ヌクレオ
チドは、前記式（３）において、ｎ＝０、Ａ1およびＡ3
が水素原子、Ｒ3が４，４’−ジメトキシトリチル基で
ある下記式（２１）で表される化合物である。表１およ
び表２中のＲ1'およびＲ2'の構造を表３に示す。表１お
よび表２のＢ1およびＢ3欄中の（ ）内の値は、同欄中
のヌクレオシドの、仕込みのオルガノオキシジクロロホ
スフィン[I]に対する反応当量比を示し、二量化反応溶
媒欄のＣＤＣｌ3＋Ｐｙは重クロロホルム：ピリジン＝
１：２．３（容積比）の混合溶媒を、 ＣＨＣｌ3＋Ｐｙ
はクロロホルム：ピリジン＝１：.２．３（容積比）の
混合溶媒を、Ｐｙ−ｄ5＋Ｐｙはピリジン−ｄ5とピリジ
ンの混合溶媒を、ＣＤ3ＣＮ＋ＣＨ3ＣＮはアセトニトリ
ル−ｄ5とアセトニトリルの混合溶媒をそれぞれ示す。
また、化合物（３）の31Ｐ−ＮＭＲのδ値(ppm)欄の値
は、実施例１〜６、９〜１１、および１３〜１４につい
てはＣＤＣｌ3溶液中で、実施例７についてはＰｙ−ｄ5
溶液中で、および実施例８についてはＣＤ3ＣＮ溶液中
でそれぞれ測定した値である。化合物（５）の31Ｐ−Ｎ
ＭＲのδ値(ppm)欄の値は、実施例１〜４、および実施
例１１〜１４については二量化反応溶媒溶液中で、実施
例１５−１９については二量化反応溶媒を減圧留去後、
得られた残さをＣＤＣｌ3に溶解してそれぞれ測定した
値である。化合物（５）のＲｆ値は、いずれもシリカゲ
ルプレート上でクロロホルム：メタノール＝７：１（容
積比）の混合溶媒で展開したときの値である。
【手続補正８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４３
【補正方法】変更
【補正内容】
【００４３】
【表１】
【手続補正９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４４
【補正方法】変更
【補正内容】
【００４４】
【表２】
【手続補正１０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５７
【補正方法】変更
【補正内容】
【００５７】ｂ）前記式（３）で表されるヌクレオチド
の合成 仕込みのオルガノオキシジクロロホスフィン[I]に対し
て前記式（２）で表される３'−O，５'−O−無保護のヌ
クレオシド誘導体（本実施例においてはチミジン）を
１．２当量以上反応させ、反応濃度を０．１M以下（重
クロロホルム：ピリジン＝１：２以上（容積比））とし
た他は、実施例１と同様にして下記式（２４）で表され
るヌクレオチドトリマーブロック前駆体を合成した。な
お、この縮合反応におけるの５’選択性は＞９４％であ
った。
の合成 仕込みのオルガノオキシジクロロホスフィン[I]に対し
て前記式（２）で表される３'−O，５'−O−無保護のヌ
クレオシド誘導体（本実施例においてはチミジン）を
１．２当量以上反応させ、反応濃度を０．１M以下（重
クロロホルム：ピリジン＝１：２以上（容積比））とし
た他は、実施例１と同様にして下記式（２４）で表され
るヌクレオチドトリマーブロック前駆体を合成した。な
お、この縮合反応におけるの５’選択性は＞９４％であ
った。
【手続補正１１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６４
【補正方法】変更
【補正内容】
【００６４】仕込みのオルガノオキシジクロロホスフィ
ン[I]に対して前記式（１４）の[IV]で表される５’−
Ｏ,塩基保護−ヌクレオシド誘導体を１．０３当量、お
よび前記式（２）で表される３'−Ｏ，５'−Ｏ−無保護
のヌクレオチド誘導体を１．２当量それぞれ反応させた
他は、実施例１と同様の操作により製造した。前記式
（８）におけるＸとして、イミダゾリル基を用いた。
ン[I]に対して前記式（１４）の[IV]で表される５’−
Ｏ,塩基保護−ヌクレオシド誘導体を１．０３当量、お
よび前記式（２）で表される３'−Ｏ，５'−Ｏ−無保護
のヌクレオチド誘導体を１．２当量それぞれ反応させた
他は、実施例１と同様の操作により製造した。前記式
（８）におけるＸとして、イミダゾリル基を用いた。
Claims (4)
- 【請求項１】下記式（１）で表されるヌクレオチド誘導
体を、下記式（２）で表される３'−Ｏ，５'−Ｏ−無保
護のヌクレオシド誘導体またはヌクレオチド誘導体と反
応させて得られた、下記式（３）または下記式（４）で
表されるヌクレオチドの三価のリン原子を五価へ酸化ま
たは硫化することを特徴とする下記式（５）で表される
ヌクレオチドブロックの製造方法。 【化１】 【化２】 【化３】 【化４】 【化５】 （ただし、式（１）、（２）、（３）、（４）および
（５）において、Ｂ1、Ｂ2およびＢ3は必要に応じてヌ
クレオチド化学において通常の保護基で保護した塩基を
示し、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ1'およびＲ2'は水素原子、またはヘ
テロ原子を含んでいてもよいアルキル基、シクロアルキ
ル基、アリール基もしくはアラルキル基を示し、Ｒ3は
保護基、Ａ1、Ａ2およびＡ3は水素原子、水酸基、アル
コキシ基またはトリアルキルシリルオキシ基を示し、Ｘ
はアゾリル基を示し、ＺおよびＺ'は酸素原子またはイ
オウ原子を示し、ｎは０または１を示す。） - 【請求項２】下記条件で計算した、ヌクレオシド誘導体
またはヌクレオチド誘導体におけるＲ1およびＲ2のファ
ンデルワールス（van der Waals）体積の和、ならびに
Ｒ1'およびＲ2'のファンデルワールス（van der Waal
s）体積の和がそれぞれ４９（オングストローム）3以上
であり、かつＸがイミダゾリル基、２−メチルイミダゾ
リル基もしくは４−メチルイミダゾリル基である請求項
１記載のヌクレオチドブロックの製造方法。 ファンデルワールス（van der Waals）体積の計算方法 下記式（６）で表されるオルガノオキシビス（４−メチ
ルイミダゾリル）ホスフィンにおいて、まず、SPARTAN
TM Version４．１．１（Wavefunction，Inc.）により三
次元分子構造を決定し、MM力場を使って立体的エネルギ
ーの最適化を行った後、半経験的分子軌道法（AM1）に
より立体構造を確定した。次に、AM1により得られた立
体構造に基づいて、TSARTM３．０（Oxford Molecular G
roup）の分子体積計算プログラムにより置換基Ｒ1およ
びＲ2ならびにＲ1'およびＲ2'のファンデルワールス（v
an der Waals）体積を求めた。 【化６】 - 【請求項３】請求項１または請求項２記載の式（３）ま
たは式（４）によって表されるヌクレオチド（ただし、
式中、Ｒ1、Ｒ2およびＲ1'、Ｒ2'の組み合わせにおい
て、いずれかはヘテロ原子を含んでいてもよいアルキル
基、シクロアルキル基、アリール基もしくはアラルキル
基である）。 - 【請求項４】請求項１記載の式（５）で表されるヌクレ
オチドブロック（ただし、式中、Ｒ1、Ｒ2およびＲ1'、
Ｒ2'の組み合わせにおいて、いずれかはヘテロ原子を含
んでいてもよいアルキル基、シクロアルキル基、アリー
ル基もしくはアラルキル基である）。
Priority Applications (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP15936799A JP3669208B2 (ja) | 1999-06-07 | 1999-06-07 | ヌクレオチドブロックの製造方法、ヌクレオチドおよびヌクレオチドブロック |
| US09/471,802 US6380378B1 (en) | 1998-12-24 | 1999-12-23 | Nucleotide compound, nucleotide block oligonucleotide, and method for producing them |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP15936799A JP3669208B2 (ja) | 1999-06-07 | 1999-06-07 | ヌクレオチドブロックの製造方法、ヌクレオチドおよびヌクレオチドブロック |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JP2000344792A true JP2000344792A (ja) | 2000-12-12 |
| JP3669208B2 JP3669208B2 (ja) | 2005-07-06 |
Family
ID=15692298
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP15936799A Expired - Fee Related JP3669208B2 (ja) | 1998-12-24 | 1999-06-07 | ヌクレオチドブロックの製造方法、ヌクレオチドおよびヌクレオチドブロック |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| JP (1) | JP3669208B2 (ja) |
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2005533112A (ja) * | 2002-07-12 | 2005-11-04 | サーナ・セラピューティクス・インコーポレイテッド | オリゴヌクレオチドおよびその誘導体の脱保護および精製 |
| WO2021080021A1 (ja) * | 2019-10-24 | 2021-04-29 | 日東電工株式会社 | オリゴヌクレオチドを製造する方法 |
-
1999
- 1999-06-07 JP JP15936799A patent/JP3669208B2/ja not_active Expired - Fee Related
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2005533112A (ja) * | 2002-07-12 | 2005-11-04 | サーナ・セラピューティクス・インコーポレイテッド | オリゴヌクレオチドおよびその誘導体の脱保護および精製 |
| WO2021080021A1 (ja) * | 2019-10-24 | 2021-04-29 | 日東電工株式会社 | オリゴヌクレオチドを製造する方法 |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| JP3669208B2 (ja) | 2005-07-06 |
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