HUT69981A - Self-stabilized oligonucleotides as therapeutic agents - Google Patents

Self-stabilized oligonucleotides as therapeutic agents Download PDF

Info

Publication number
HUT69981A
HUT69981A HU9403788A HU9403788A HUT69981A HU T69981 A HUT69981 A HU T69981A HU 9403788 A HU9403788 A HU 9403788A HU 9403788 A HU9403788 A HU 9403788A HU T69981 A HUT69981 A HU T69981A
Authority
HU
Hungary
Prior art keywords
self
oligonucleotide
virus
stabilizing
region
Prior art date
Application number
HU9403788A
Other languages
English (en)
Other versions
HU9403788D0 (en
Inventor
Sudhir Agrawal
Jin-Yan Tang
Original Assignee
Hybridon Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Hybridon Inc filed Critical Hybridon Inc
Publication of HU9403788D0 publication Critical patent/HU9403788D0/hu
Publication of HUT69981A publication Critical patent/HUT69981A/hu

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/12—Viral antigens
    • A61K39/21—Retroviridae, e.g. equine infectious anemia virus
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/04—Antibacterial agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/12—Antivirals
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • C12N15/1131—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing against viruses
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • C12N15/1131—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing against viruses
    • C12N15/1132—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing against viruses against retroviridae, e.g. HIV
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • C12N15/1131—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing against viruses
    • C12N15/1133—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing against viruses against herpetoviridae, e.g. HSV
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • C12N15/1135—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing against oncogenes or tumor suppressor genes
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/11—Antisense
    • C12N2310/111—Antisense spanning the whole gene, or a large part of it
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/31—Chemical structure of the backbone
    • C12N2310/315—Phosphorothioates
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/32—Chemical structure of the sugar
    • C12N2310/321—2'-O-R Modification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/35—Nature of the modification
    • C12N2310/351—Conjugate
    • C12N2310/3511—Conjugate intercalating or cleaving agent
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/35—Nature of the modification
    • C12N2310/352—Nature of the modification linked to the nucleic acid via a carbon atom
    • C12N2310/3521—Methyl
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/50—Physical structure
    • C12N2310/53—Physical structure partially self-complementary or closed
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A50/00—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
    • Y02A50/30—Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Communicable Diseases (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • AIDS & HIV (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)

Description

A találmány tárgyai az antiszensz oligonukleotid terápiás megközelítésben alkalmazott új terápiás ágensek. Pontosabban, a találmány tárgyát javított antiszensz oligonukleotidok képezik, amelyek a nukleázokkal szemben fokozott rezisztenciával rendelkeznek.
Az antiszensz oligonukleotid alapú terápiás elmélet vonzó stratégiát kínál antivirális gyógyszerek és más patogének elleni kemoterápiás gyógyszerek racionális tervezésére, valamint olyan kóros állapotok elleni gyógyszerek tervezésére, amelyek egy gén expressziójának rendellenességéből származnak. A terápiás elmélet a megcélzott nukleinsav szekvencia és egy azzal komplementer oligonukleotid közötti specifikus kötődésen alapul. Számos publikáció demonstrálta a komplementer oligonukleotidok hatékonyságát gének expressziójának gátlásában, ilyen specifikus kötődés révén.
Zamecnik és Stephenson [Proceedings of the National Academy of Sciences, USA, 75, 285-288 (1978)] a Rous szarkóma vírus replikációjának specifikus gátlását írja le egy 13 tagú szintetikus oligonukleotiddal, amely a virális genom egy részével komplementer.
Zamecnik és Stephenson [Proceedings of the National Academy of Sciences, USA, 83, 4143-4146 (1986)] a humán immundeficiencia vírus (HIV1, későbbi nevén HTLV-III) replikációjának és expressziójának gátlását írja le tenyésztett sejtekben, a virális RNS-sel komplementer szintetikus oligonukleotid foszfodiészterekkel.
Újabban leírták, hogy a nukleolitikus lebontással szemben az oligonukleotid foszfodiésztereknél nagyobb ellenállással rendelkező oligonukleotidok hatékonyabb antiszensz oligonukleotidok. Agrawal [Tibtech, 10. 152-158 (1992)] részletesen összefoglalja a módosított oligonukleotidok antivirális ágensként való használatát.
Sárin és munkatársai [Proceedings of the National Academy of Sciences, USA, 85, 7448-7451 (1988)] azt állítják, hogy az oligodezoxinukleozid-metilfoszfonátok sokkal aktívabb gátlószerei a HIV-1nek mint a szokványos oligodezoxinukleotidok.
Agrawal és munkatársai [Proceedings of the National Academy of Sciences, USA, 85, 7079-7083 (1988)] azt állítják, hogy az oligonukleotidfoszforotioátok és a különböző oligonukleotid foszforamiditek sokkal hatékonyabb gátlószerei a HIV-1-nek mint a szokványos oligodezoxinukleotidok.
Agrawal és munkatársai [Proceedings of the National Academy of Sciences, USA, 86, 7790-7794 (1989)] leírják az oligonukleotidfoszforotioátok előnyeit a HIV-1 gátlásában a korai és krónikusan fertőzött sejtekben.
Egy további jellemző, amely az oligonukleotidokat sokkal hatékonyabb antiszensz ágensekké teszi, az az, hogy képesek aktiválni az RNáz H-t. Tehát az oligonukleotid foszforotioátok, amelyek rezisztensek mind a nukleolitikus lebontással mind az RNáz H aktivátorokkal szemben, hatékony gátlószerei a HIV-1-nek és számos más vírusnak.
Gao és munkatársai [Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 34. 808 (1990)] leírják a HSV gátlását oligonukleotid-foszforotioátokkal.
Leiter és munkatársai [Proceedings of the National Academy of Sciences, USA, 87, 3430 (1990)] leírják az influenza vírus gátlását oligonukleotid foszforotioátokkal.
Sajnos az oligonukleotid-foszforotioátoknak nagyobb a rezisztenciájuk a nukleolitikus lebontással szemben, de nem adnak teljes rezisztenciát in vivő.
Agrawal és munkatársai [Proceedings of the National Academy of Sciences, USA, 88, 7595-7599 (1991)] leírják, hogy az oligonukleotidfoszforotioátok erősen lebomlanak a 3' végükön egerekben.
Emellett az oligonukleotid-foszforotioátok kevésbé stabil komplexeket képeznek az oligonukleotid és a célpont között mint az oligodezoxinukleotid foszfodiészterek. Ezeknek a hiányosságoknak a leküzdésére olyan oligonukleotidokat fejlesztettek ki, amelyek a 3' végükön cap struktúrákat tartalmaznak. Agrawal és Goodchild [Tetrahedron Letters, 28, 3539-3542 (1987)] leírják az oligodezoxinukleotid-metilfoszfonátok alkalmazását 5' és 3' lezáró (capping) ágensként. Shaw és munkatársai [Nucleic Acids Research, 19. 747-750 (1991)] olyan oligonukleotid-foszfodiésztereket írnak le, amelyek a 3' végükön blokkoló struktúrákat tartalmaznak.
Temsamani és munkatársai [Antisense Strategies, Annals of New York Academy of Sciences (in press) (1992)] 3' végükön lezáró struktúrát tartalmazó oligonukleotid foszforotioátokat írnak le.
Még ezek a nukleáz rezisztens 3' végen blokkolt oligonukleotidok is lebomolhatnak végül, mivel ezeknek az oligonukleotidoknak a 3' blokkolt vége lassan leemésztődik endonukleáz és exonukleáz aktivitások kombinációja következtében.
Ezért tehát szükség van olyan oligonukleotidokra, amelyek stabil duplexeket képeznek, ellenállnak a nukleolitikus lebomlásnak és aktiválják az RNáz H-t, az oligonukleotidoknak azon hátrányai nélkül, amelyek a szakirodalomban már ismertek. Ideális esetben az ilyen oligonukleotidok ellenállnak még az endonukleázok és exonukleázok kombinált hatásának is, stabilan párosodnak a megcélzott szekvenciákkal fiziológiás hőmérsékleteken, aktiválják az RNáz H-t és degradációs termékként csak nukleozidokat termelnek.
Azok az oligonukleotidok ismertek a szakirodalomban, amelyek hajtű struktúra képződés következtében önmagukkal komplementer struktúrákat tartalmaznak.
Germann és munkatársai [Biochemisty, 24, 5698-5702 (1985)] leírnak egy önmagával részlegesen komplementer 24 tagú oligonukleotidot a d(GC)5T4(CG)5-öt, amely a β-DNS - Z-DNS átmeneten megy át.
Hilbers és munkatársai [Biochimie, 67, 685-695 (1985)] leírják a hajtűképződés dinamikáját egy önmagával részlegesen komplementer oligonukleotidban, a dATCCTATnTAGGAT-ban.
Egyik ilyen fizikai vizsgálat sem kapcsolódik sem az oligonukleotid stabilitáshoz, sem az oligonukleotidok terápiás alkalmazásához.
Tehát a szakirodalomban nem található kitanítás vagy javaslat arra vonatkozólag, hogy önmagával komplementer oligonukleotidokat használjanak az antiszensz oligonukleotid terápiás megközelítésben, és nem tárgyalják a hajtűképződést sem olyan eszközként, amellyel egy oligonukleotidot rezisztenssé lehet tenni a nukleolitikus lebontással szemben.
A találmány tárgyát új, az antiszensz terápiás megközelítésben alkalmazott terápiás ágensek képezik. A találmány tárgyai javított tulajdonságokkal rendelkező antiszensz oligonukleotidok, amelyek rezisztensek a nukleolitikus lebontással szemben. A találmány szerinti oligonukleotidok ellenállnak a nukleolitikus lebomlásnak, beleértve az endonukleázok és exonukleázok kombinált hatását is. A találmány szerinti oligonukleotidok fiziológiás körülmények között stabil hibrideket képeznek a megcélzott szekvenciákkal, aktiválják az RNáz H-t és lebomlási termékként csak nukleozidokat termelnek.
A találmány szerinti oligonukleotidok, amelyek önmagukat stabilizáló oligonukleotidok néven ismertek, előnyei két szerkezeti elemből származnak: egy célponthoz hibridizáló régió és egy önmagával komplementer régió. A célponthoz hibridizálódó régió egy olyan oligonukleotid szekvenciát tartalmaz, amely komplementer egy növényi vagy állati vírusból származó vagy egy patogén szervezetből származó nukleinsav szekvenciával, illetve egy olyan sejt-eredetű génnel vagy gén transzkriptummal, amelynek abnormális expressziója vagy terméke kóros állapotot eredményez. Az önmagával komplementer régió egy olyan oligonukleotid szekvenciát tartalmaz, amely az oligonukleotidban levő egyik nukleinsav szekvenciával komplementer. Tehát • ·
........
legalábbis akkor, ha az oligonukleotid nem hibridizálódik egy megcélzott nukleinsav szekvenciához, az oligonukleotid egy teljesen vagy részlegesen kétszálú szerkezetet vesz fel, amely rezisztens a nukleolitikus lebomlással szemben. Mivel ezeknek a molekuláknak a szerkezete szolgáltatja a nukleázokkal szembeni rezisztenciát, ezért nem szükséges hogy módosított nukleotidok közötti kötést alkalmazzunk az ilyen rezisztencia kialakítására, jóllehet természetesen módosított kötések is alkalmazhatók. Tehát az oligonukleotid-foszfodiészterek vagy oligonukleotid-foszforotioátok alkalmazása, amelyek mind lebomlanak in vivő, kivihetővé válik a találmány szerinti oligonukleotidok alkalmazásával. Ez olyan oligonukleotidokat eredményez, amelyek aktiválják az RNáz H-t, ami lényeges tulajdonsága az antiszensz terápiás vegyületeknek. Tehát az oligonukleotid foszfodiészterek használata sokkal stabilabb hibridizálást eredményez a terápiás oligonukleotidok és a megcélzott szekvenciák között. Végezetül, az ilyen oligonukleotidok lebomlása csak nukleotid lebomlási termékeket eredményez, és ezzel minimalizálja a toxicitást. Ezek az előnyök kiváló tulajdonságokkal rendelkező terápiás oligonukleotidokat eredményeznek.
A találmány tárgyai továbbá önmagukat stabilizáló ribozimek, mivel a találmányban szereplő önstabilizáló elképzelés könnyen alkalmazható a ribonukleotidokra is. Az ilyen, a találmány szerinti ribozimek általában tipikus ribozim szerkezettel rendelkeznek, azzal a különbséggel, hogy egy önmagával komplementer régiót tartalmaznak az 5' vagy a 3' végük közelében. Ez a régió nukleáz rezisztenciát biztosít a ribozimeknek, sokkal stabilabbá téve őket, mint azok a ribozimek, amelyek a szakirodalomban már ismertek.
Az alábbiakban röviden ismertetjük a mellékelt ábrákat.
Az 1. ábrán egy, a találmány szerinti, önmagát stabilizáló oligonukleotid látható hajtű illetve hibridizált konfigurációkban.
• «
A 2. ábrán egy, a találmány szerinti, önmagát stabilizáló oligonukleotid látható kalapács-szerű konfigurációban.
A 3. ábrán oligonukleotidok vagy önmagukat stabilizáló oligonukleotidok és komplementer cél-oligonukleotidok közötti hibridizáció duplex stabilitási vizsgálatainak eredményei láthatók.
A 4. ábrán oligonukleotidok 3-exonukleáz kezelésének eredményei láthatók.
Az 5. ábrán az 1-4. példákban használt, önmagukat stabilizáló oligonukleotidok szerkezete látható.
A 6. ábrán az önmagukat stabilizáló oligonukleotidok terápiás hatásának mechanizmusa látható.
A 7. ábrán egy, a találmány szerinti, önmagát stabilizáló ribozim látható. Ez, a találmány szerinti önmagát stabilizáló ribozim komplementer a HÍV gag régiójával és a HÍV gag mRNS hasítását eredményezi.
A találmány tárgyát új terápiás ágensek képezik, amelyek jól használhatók vírusfertőzések, patogén szervezetek által okozott fertőzések, illetve abnormális génexpresszióból vagy géntermékekből származó betegségek kezelésében.
A találmány egyik megvalósítási módja szerint a találmány tárgyai terápiás hatású, önmagukat stabilizáló oligonukleotidok, amelyek rezisztensebbek a nukleolitikus lebontással szemben mint a szakirodalomban már leírt oligonukleotidok. A találmány szempontjából az oligonukleotid szakkifejezés alatt ribonukleotidok, dezoxiribonukleotidok vagy mindkettő polimerjeit értjük, amelyekben a ribonukleotid és/vagy dezoxiribonukleotid monomereket 5'-3' kötések kapcsolják össze, amelyek között lehet minden olyan kötés, amely ismert az antiszensz szakterületen. Emellett az oligonukleotidok szakkifejezés alatt olyan molekulákat is értünk, amelyek módosított nukleinsav bázisokat és/vagy cukrokat tartalmaznak, valamint olyan molekulákat, amelyek hozzáadott szubsztituenseket, azaz például • · : .:.
diaminokat, koleszteril- vagy egyéb lipofil csoportokat tartalmaznak. A monomerek és az inter-monomer kötések bizonyos előnyös kombinációit az alábbiakban részletesebben tárgyaljuk.
A találmány szerinti oligonukleotidokat általában az jellemzi, hogy két régiójuk van: egy célponthoz hibridizálódó régió, és egy önmagával komplementer régió. Egy, a találmány szerinti önmagát stabilizáló oligonukleotid első megvalósítási módját az 1. ábrán mutatjuk be. Ebben a megvalósítási módban a megcélzott hibridizálódó régiót kapcsolódó négyszögek formájában, míg az önmagával hibridizálódó régiót egymáshoz kapcsolódó körök formájában mutatjuk be. A megcélzott RNS molekulában a komplementer nukleinsav szekvenciát egymáshoz kapcsolódó rombuszok formájában mutatjuk be. A nukleotidok közötti hidrogénkötéseket pontok jelzik. Az oligonukleotid stabilizálva van, azaz például rezisztenssé van téve az 5' vagy 3' végről induló nukleolitikus lebontással szemben, oly módon, hogy a megcélzott hibridizálódó régió és az önmagával komplementer régiók között bázispárosodás jön létre, és/vagy bázispárosodás jön létre a komplementer szekvenciák között az önmagával komplementer régión belül. Amikor az oligonukleotid egy komplementer nukleinsav szekvenciát tartalmazó nukleinsav molekulával találkozik, akkor a megcélzott hibridizálódó régió és az oligonukleotid önmagával komplementer régiója közötti bázispárosodás felbomlik, és ehelyett az oligonukleotid cél-hibridizálódó régiója valamint a megcélzott nukleinsav molekula komplementer nukleinsav szekvenciája közötti bázispárosodás alakul ki. A bázispárosodásnak az elbomlása és helyettesítése azért játszódik le, mivel a megcélzott nukleinsav szekvencia és a célzó hibridizáló régió között kialakuló intermolekuláris bázispár struktúra termodinamikailag sokkal stabilabb mint az önmagával komplementer oligonukleotid által kialakított bázispár struktúra. Ezt a jelenséget a 3. ábrán mutatjuk be, részletesebben pedig a 4. példában elemezzük.
·*·· 4 · ··· • · · ·4 · • · · · · · · • · · 4 44 • ♦· ·· ♦··
Egy, a találmány szerinti oligonukleotid másik megvalósítási módja hasonlóképpen működik mint az első megvalósítási mód, de más struktúrát hoz létre az önmagával komplementer bázispárosodás során. Ez a másik megvalósítási mód a 2. ábrán látható kalapács-szerű struktúrát hoz létre. Ebben a megvalósítási módban az önmagával komplementer régió olyan oligonukleotid szekvenciákat tartalmaz, amelyek képes bázispárosodásra más oligonukleotid szekvenciákkal az önmagával komplementer régión belül. Az önmagával komplementer régió tartalmazhat olyan oligonukleotid szekvenciákat is, amelyek komplementerek a megcélzott hibridizáló régióval.
Egy, a találmány szerinti oligonukleotid cél-hibridizálódó régiója olyan oligonukleotid szekvenciával rendelkezik, amely komplementer egy nukleinsav szekvenciával, azaz például egy vírusból, egy patogén szervezetből, vagy egy sejtes génből vagy transzkriptumból származó nukleinsav szekvenciával, amelynek abnormális génexpressziója vagy génterméke kóros állapotot eredményez. Előnyösen a megcélzott hibridizáló régió hossza körülbelül 8-50 nukleotid. A találmány leírása során az egy nukleinsav szekvenciával komplementer oligonukleotid szekvencia szakkifejezés alatt egy olyan oligonukleotid szekvenciát értünk (2 és 50 nukleotid között), amely a nukleinsav szekvenciához fiziológiás körülmények között hibridizálódik, azaz Watson-Crick bázispárosodással (az oligonukleotid és az egyszálú nukleinsav közötti kölcsönhatás), vagy Hoogsten bázispárosodással (kölcsönhatás az oligonukleotid és a kétszálú nukleinsav között), vagy bármely más módon. Az ilyen fiziológiás körülmények között lejátszódó hibridizációt a gyakorlatban úgy mérjük, hogy megfigyeljük, mennyire zavarja a nukleinsav szekvencia működését.
A nukleinsav szekvencia, amellyel egy, a találmány szerinti oligonukleotid komplementer, változik, a kezelendő kóros folyamattól függően. Számos esetben a nukleinsav szekvencia egy vírus nukleinsav szekvencia. Az antiszensz oligonukleotidok használata számos különböző • · · · · · • · ·« · · * • · · · · · • ·· ♦ ♦ · · · vírus gátlására jól ismert eljárás, nemrégiben foglalta össze Agrawal [Tibtech, 10, 152-158 (1992)]. Olyan vírus nukleinsav szekvenciákat, amelyek komplementerek hatékony antiszensz oligonukleotidokkal, számos vírusra leírtak, beleértve az 1-es típusú humán immundeficiencia vírust is [4,806,463 számú Amerikai Egyesült Államok-beli találmányi bejelentés, amelyre a továbbiakban hivatkozunk], a Herpes simplex vírust [4,689,320 számú Amerikai Egyesült Államok-beli találmányi bejelentés, amelyre a továbbiakban hivatkozunk], az influenza vírust [5,XXX,XXX számú Amerikai Egyesült Államok-beli találmányi bejelentés, elfogadva 1992. június 30-án, amelyre a továbbiakban hivatkozunk] és a humán papillóma vírust [Storey et al, Nucleic Acids Research, 19, 4109-4114 (1991)]. Ezen nukleinsav szekvenciák közül bármelyikkel komplementer szekvencia használható a találmány szerinti oligonukleotidok cél-hibridizálódó régiójaként, amint lehetnek oligonukleotid szekvenciák amelyek bármely más vírusból származó nukleinsav szekvenciákkal komplementerek. További vírusok, amelyek ismert nukleinsav szekvenciákkal rendelkeznek, amelyekkel szemben antiszensz oligonukleotidokat lehet készíteni, például a száj- és körömfájás vírus [Robertson et al., J. Virology, 54, 651 (1985); Harris et al., J. Virology, 36, 659 (1980)], sárgaláz vírus [Rice et al., Science, 229, 726 (1985)], VaricellaZoster vírus [Davison and Scott.J. Gén. Virology, 67, 2279 (1986)] valamint az uborka mozaikvírus [Richards et al., Virology, 89, 395 (1978)].
Egy másik megvalósítási mód szerint a találmány szerinti oligonukleotidok megcélzott hibridizáló régióinak olyan oligonukleotid szekvenciája lehet, amely komplementer egy patogén szervezet nukleinsav szekvenciájával. Számos patogén szervezet nukleinsav szekvenciáját leírták már, beleértve a maláriát okozó szervezetet, a Plasmodium falciparumot, és számos patogén baktériumot is. Bármely ilyen patogén szervezetből származó nukleinsav szekvenciával komplementer oligonukleotid szekvenciák a találmány szerinti oligonukleotidok cél-hibridizáló régióját • · « « ii : ·..··..· .:.
képezhetik. Az ismert nukleinsav szekvenciával rendelkező patogén eukarióták, amelyekkel szemben antiszensz oligonukleotidok készíthetők, lehetnek például a Trypanosoma brucei qambiense és Leishmania [Campbell et al., Natúré, 311 (1984)], a Fasciola hepatica [Zurita et al., Proceedings of the National Academy of Sciences, USA, 84, 2340 (1987)]. Antifungális oligonukleotidok készíthetők, egy olyan cél-hibridizáló régió alkalmazásával, amely olyan oligonukleotid szekvenciával rendelkezik, amely komplementer egy nukleinsav szekvenciával, például a kitin-szintetáz génből származóval, és antibakteriális oligonukleotidok készíthetők, például az alanin-racemáz gén felhasználásával.
Egy másik megvalósítási mód szerint a találmány szerinti oligonukleotidok cél-hibridizáló régiói olyan oligonukleotid szekvenciával rendelkezhetnek, amely komplementer egy sejtes génnel vagy gén transzkriptummal, amelynek abnormális expressziója vagy terméke kóros állapotot eredményez. Számos ilyen sejtes gén nukleinsav szekvenciáját leírták már, beleértve a prion fehérjét [Stahl and Prusiner, FASEB J., 5, 27992807 (1991)], az Alzheimer kórral kapcsolatba hozható amiloid-szerű fehérjét [5,015,570 számú Amerikai Egyesült Államok-beli találmányi leírás, amelyre a továbbiakban hivatkozunk], valamint számos jól ismert onkogént és protoonkogént, ilyen például a c-myb, c-myc, c-abl és n-ras. Az oligonukleotidok emellett képesek gátolni szerkezeti fehérjék vagy enzimek szintézisét is, amelyek főleg vagy kizárólagosan a spermatogenezisben, a sperma mobilitásában, a spermának a petesejthez való kapcsolódásában, vagy bármely olyan lépésben szerepelnek, amely érinti a sperma életképességét, ezért használhatók férfi fogamzásgátlóként. Hasonlóképpen, a női fogamzásgátló szerek lehetnek olyan oligonukleotidok, amelyek gátolják az ovulációban, a megtermékenyülésben, a megtapadásban, vagy az említett folyamatokban szerepet játszó hormonok bioszintézisében szerepet játszó fehérjéket vagy enzimeket.
···· ·· ·· · • · · « «·
V · ·· ·· · • · · · · · • ·· ·· <··
A magas vérnyomást olyan oligodezoxinukleotidokkal lehet szabályozni, amelyek elnyomják az angiotenzin konvertáló enzim bioszintézisét, illetve a renin/angiotenzin rendszerben szerepet játszó rokon enzimek bioszintézisét; a vérlemezke aggregációt azzal lehet szabályozni, hogy a thromboxán A2 szintézisében szerepet játszó enzimek szintézisét nyomjuk el (ezt a szív és agyi keringési rendellenességek, infarktusok, arterioszklerózis, embólia és trombózis kezelésében lehet használni); a koleszterinnek az érfalban való lerakódását meg lehet akadályozni, ha elnyomjuk a zsírsavakril-koenzim A szintézisét; a koleszterin aciltranszferáz szintézisét gátoljuk az arterioszklerózisban, ha gátoljuk a kolinfoszfotranszferáz szintézisét, ez hasznos lehet a hipolipidémiában.
Számos idegi rendellenesség létezik, amelyekben a hibridizációval végzett leállítás arra használható, hogy csökkentsük, vagy teljesen elnyomjuk a kóros állapot káros hatásait. Például a monoamin-oxidáz szintézisének elnyomása használható a Parkinson kórban; a katekol-o-metil-transzferáz szintézisének gátlása használható a depresszió kezelésében; az indol-Nmetil-transzferáz szintézisének gátlása használható a skizofrénia kezelésében.
Az arachidonsav kaszkádból (ami a prosztaglandinok és leukotriének szintéziséhez vezet) kiválasztott enzimek szintézisének gátlása hasznos lehet a vérlemezke aggregáció.az allergia, a gyulladásos folyamatok, a fájdalom és az asztma kezelésében.
A többszörös rezisztenciát kódoló gén (mdr) által expresszált fehérje, amely felelős számos rákellenes gyógyszerrel szemben kialakuló rezisztenciáért, és a kemoterápiában az egyik legfőbb akadály, expressziójának gátlása hasznos lehet a rák kezelésében.
Bármely említett génből származó nukleinsav szekvenciákkal komplementer oligonukleotid szekvenciák használhatók a találmány szerinti oligonukleotidok cél-hibridizáló régiójaként, csakúgy, mint azok az • · · · · · · • « · ·4 « 4*44·
44*44 ·· 444 oligonukleotid szekvenciák, amelyek komplementerek bármely egyéb sejtes génnel vagy gén-transzkriptummal, amelynek expressziója vagy génterméke kóros állapotot eredményez.
Gének expressziójának antiszensz eszközökkel való szabályozását már leírták [5,107,065 számú Amerikai Egyesült Államok-beli találmányi bejelentés, amelyre a továbbiakban hivatkozunk).
A találmány tárgyát képezik továbbá olyan nukleáz rezisztens oligonukleotidok, amelyek aktiválják az RNáz H-t. A találmány szerinti célhibridizáló régiók tartalmazhatnak ribonukleotidokat, dezoxiribonukleotidokat, vagy a ribonukleotidok illetve dezoxiribonukleotidok bármely analógjait. Egy másik előnyös megvalósítási mód szerint ez a régió dezoxiribonukleotidokból áll. Egy további előnyös megvalósítási mód szerint ez a régió ribonukleotidok és dezoxiribonukleotidok keverékét tartalmazza. Egy további előnyös megvalósítási mód szerint a cél hibridizáló régió oligonukleotidfoszfodiésztereket, -foszforotioátokat vagy -foszforoditioátokat tartalmaz, illetve ezek ribonukleotidokkal vagy dezoxiribonukleotidokkal képezett keverékét. Ezek az előnyös megvalósítási módok mind biztosítják az RNáz H aktiválását, mindaddig, amíg négy vagy több egybefüggő' dezoxiribonukleotidfoszfodiészter, -foszforotioát vagy -foszforoditioát van jelen. Természetesen egyéb megvalósítási módok is elképzelhetők, amelyek olyan cél hibridizáló régiókat tartalmaznak, amelyek nem aktiválják az RNáz H-t.
Az összes említett megvalósítási módhoz ismertek a szintetikus eljárások. Mind az oligodezoxiribonukleotid-foszfodiészterek mind az oligodezoxiribonukleotid-foszforotioát és analógjaik megszintetizálhatók az 1992. március 19-én megadott 5, , , számú Amerikai Egyesült Államok-beli találmányi leírás szerint (bejelentési szám:07/334,679), amelyre a továbbiakban hivatkozunk. A H-foszfonát megközelítés is használható oligoribonukleotidok és oligoribonukleotid analógok szintetizálására [Agrawal • V 4 44 · « 444 44Μ • · 4 « ·4 • ·· 44«44 és Tang, Tetrahedron Letters, 31, 7541-7544 (1990)]. A oligonukleotidfoszforotioátok szintézise is ismert a szakirodalomban.
Természetesen számos egyéb megvalósítási mód lehetséges, és a szakterületen jártas szakember számára nyilvánvaló, hogy más analógok illetve analógok kombinációja használható a találmány szerinti oligonukleotidok cél hibridizáló régiójaként. Az ilyen analógokat az jellemzi, hogy a természetes foszfodiészter kötéstől eltérő internukleotid kötésekkel rendelkeznek. Számos ilyen analóg szintézise jól ismert a szakterületen, beleértve az alkil-foszfonát kötéseket tartalmazó analógokat [Agrawal and Goodchild, Tetrahedron Lett., 28, 3539-3542 (1987)] és a foszforamidit kötéseket tartalmazó analógokat is [Agrawal et al., Proceedings of the National Academy of Sciences, USA, 85, 7079-7083 (1988)].
A találmány szerinti önmagát stabilizáló oligonukleotidok második jelentős régiója az önmagával komplementer régió. Az önmagával komplementer régió olyan oligonukleotid szekvenciákat tartalmaz, amelyek az oligonukleotidon belül található másik oligonukleotid szekvenciákkal komplementerek. Ezek az egyéb oligonukleotid szekvenciák lehetnek a cél hibridizáló régión belül, vagy az önmagával komplementer régión belül, illetve kiterjedhetnek mindkét régióra. A komplementer szekvenciák bázispárokat képeznek, ennek eredménye a hajtű struktúra, amint az az 1. ábrán látható, vagy a kalapácsszerű struktúra, amint az a 2. ábrán látható. Mind a hajtű struktúrában, mind a kalapácsszerű struktúrában lehetnek hurkok, amelyek az egymással párosodni nem képes nukleotidokból származnak, amint az az 1. ábrán a hajtű struktúra esetében látható, illetve ezek a hurkok hiányozhatnak is, amint az a 2. ábrán a kalapácsszerű struktúra esetében látható. Az önmagával komplementer régió bevonásával intramolekuláris hibridizációval keletkező bázispárok száma változhat, de elégnek kell lennie ahhoz, hogy fenntartson egy kétszálú struktúrát, úgy, hogy a 3' vég ne legyen hozzáférhető az endonukleázok számára. Általában legalább négy bázispárra • · • · · · · · 4 · · · ♦ · ·
IC ··♦··· van szükség ahhoz, hogy egy ilyen kétszálú struktúra fennmaradjon. Egy előnyös megvalósítási mód szerint az önmagát stabilizáló oligonukleotídban legalább 10 intramolekuláris bázispár képződik, amelyek egymást követik, és magukban foglalják a 3' nukleotidokat. Természetesen az intramolekuláris bázispárosodás lehet annyira kiterjedt, hogy érinti az oligonukleotid összes nukleotidját. Előnyösen egy 50, vagy kevesebb nukleotidból álló önmagával komplementer régiót érint a jelenség.
Egy előnyös megvalósítási mód szerint az önmagával komplementer régió kapcsolódhat a megcélzott hibridizáló régióhoz, egy alkalmas nemnukleinsav kapcsolón keresztül. Ilyen kapcsolók lehetnek például a helyettesített vagy helyettesítetlen alkilcsoportok. Az egyik legelőnyösebb megvalósítási mód szerint a kapcsoló egy (etilén-glikol)j_6 egység. Ennek a kapcsolónak a nagyobb méretekben való szintézisénél a szintézist kereskedelmi forgalomban levő trietilén-glikollal végezzük, amelynek van egy dimetil-tritil védőcsoportja az egyik végén, és egy cianoetil-foszforamidit csoport a másik végén.
Az önmagával komplementer régió tartalmazhat ribonukleotidokat, dezoxiribonukleotidokat, mesterséges kapcsoló részeket tartalmazó ribonukleotid vagy dezoxiribonukleotid analógokat, illetve a fentiek bármely kombinációját. Az RNáz aktiválási képesség nem szükséges az önmagával komplementer régióban, ezért az RNáz H-t aktiválni nem képes mesterséges kapcsoló részeket tartalmazó nukleotidokat használhatjuk ebben a régióban, anélkül, hogy ezzel csökkentenénk az oligonukleotid hatásosságát. Tehát a foszfodiészter és foszforotioát vagy foszforoditioát kapcsolások mellet ez a régió tartalmazhat foszforamidátot (beleértve az N-szubsztituált foszforamidátokat), alkilfoszfonátot, alkilfoszfonotioát kapcsolásokat, valamint foszfátot nem tartalmazó kapcsolásokat, mint például szulfon-, szulfát- és keto kapcsolásokat. Természetesen a találmány szerinti önmagukat » · · · ·· ««· • · · · · · • t·· ··· • · ♦ · · · • ·· ·4·♦· stabilizáló oligonukleotidok RNáz H-t is aktiváló megvalósítási módjában ezek közül a kapcsolások közül bármelyik használható a cél hibridizáló régióban is.
Az egyik előnyös megvalósítási mód szerint az önmagát stabilizáló oligonukleotidot hiperstabilizálttá tesszük. Ezt úgy érhetjük el, ha az önmagát stabilizáló régióba egy vagy több ribonukleotidot vagy 2'-O-Me-ribonukleotidot építünk be, mikoris a cél hibridizáló régió komplementer része DNS. Egy másik módszer szerint a cél hibridizáló régió komplementer régiója tartalmazhat ribonukleotidokat vagy 2'-O-Me-ribonukleotidokat, és az önmagával komplementer régió tartalmazhat DNS-t. Ezek az oligonukleotidok hiperstabilizáltak lesznek, mivel a DNS és az RNS közötti kölcsönhatás sokkal stabilabb mint a DNS-DNS kölcsönhatás. Egy másik módszer, amely szerint az önmagával komplementer régió (és/vagy a kapcsoló régió) úgy módosítható, hogy egy vagy több interkaláló molekulát tartalmazzon. Ezek az oligonukleotidok hiperstabilizáltak, mivel az interkaláló ágens stabilizálja az önmagával komplementer régió és a megcélzott régió között kialakult hibridet. Erre a célra bármelyik interkaláló ágens elfogadható. Előnyös interkaláló ágens az akridin és az etídium. Az akridint tartalmazó oligonukleotidokat könnyen elő lehet állítani, kereskedelmi forgalomban levő akridin-ON-foszforamidit, vagy 3'-akridin-ON- alkalmazásával (Clontech Laboratories, Inc.).
A találmány tárgyai továbbá ribozimek, amelyek a szakterületen ismert ribozimeknél stabilabbak. Az ilyen, a találmány szerinti ribozimek stabilitása abból származik, hogy egy önmagával komplementer régiót tartalmaznak a ribozim molekula 5' vagy 3' végén. Ez az önmagával komplementer régió egy hajtű- vagy kalapács-szerű struktúra kialakulását eredményezi, ezáltal a molekula 3' vagy 5' vége kétszálúvá alakul, és ennek eredményeképpen a ribozim molekula ellenáll a nukleolitikus degradációnak. A ribozimek szerkezetét és funkcióját a 4,987,071 számú Amerikai Egyesült Államok-beli találmányi leírásban találjuk meg, amelyre a későbbiekben hivatkozunk.
• ··· • 4» ··
A találmány tárgya továbbá eljárás egy virális, patogén szervezetből származó, vagy egy celluláris gén expressziójának gátlására, ami abban áll, hogy a találmány szerinti önmagukat stabilizáló oligonukleotidokat vagy ribozimeket juttatunk be a vírus által fertőzött sejtekbe, vagy a patogén szervezetbe az első két esetben, illetve az utolsó esetben általában a sejtekbe.
A találmány tárgya továbbá eljárás beteg állat vagy ember kezelésére, amely betegség egy vírussal vagy patogén szervezettel való fertőzés, illetve egy sejtes gén abnormális expressziójának vagy termékének a következménye. Az eljárás során a találmány szerinti önmagukat stabilizáló oligonukleotidokat adunk be gyógyászatilag elfogadható hordozóban a beteg állatnak vagy embernek. A beadás módja lehet orális, intranazális, rektális és topikális. Az ilyen, a találmány szerinti kezelési módokban az önmagukat stabilizáló oligonukleotidokat más terápiás ágensekkel együtt adhatjuk, mint például AIDS esetében AZT-vel.
Számos különböző virális megbetegedés kezelhető a találmány szerinti eljárással, beleértve az AIDS-et, ARC-t, orális vagy genitális herpeszt, papillóma szemölcsöt, influenzát, száj- és körömfájást, sárgalázat, csirkehimlőt, övsömört, HTLV-leukémiát és hepatitiszt. A találmány szerinti eljárással kezelhető gombás megbetegedések közé tartozik a kandidiázis, hisztoplazmózis, kriptokokkózis, blasztomikózis, aszpergillózis, szporotriciózis, kromomikózis, dermatofitózis és kokcidioidomikózis. Az eljárás használható rickettsiák által okozott megbetegedések kezelésére is (például tífusz, Rocky Mountain pöttyös láz), valamint a Chlamydia trachomatis vagy Lymphogranuloma venerum által okozott, szexuális úton terjedő betegségek kezelésére. Számos különböző parazita megbetegedés kezelhető a találmány szerinti eljárással, beleértve az amőbiázist, Chega betegséget, toxoplazmózist, pneumocisztózist, giardiázist, kriptosporodiózist, trichomoniázist és a Pneumocystis carini tüdőgyulladást; emellett a férgek ···* ι·« • · *· «Μ ··· ·«« • · W · ·« • ·· ·· ·»· (bélféreg betegségek) okozta megbetegedések, azaz az aszkariázis, filariázis, trichinózis, szkizosztoszomiázis valamint a nematóda vagy kasztóda fertőzések. A találmány szerinti eljárással kezelhető a malária, függetlenül attól, hogy a Plasmodium falciparum, Plasmodium vivax, Plasmodium orale vagy a Plasmodium malariae okozza a betegséget.
A fentiekben azonosított fertőző betegségek mind kezelhetők a találmány szerinti kezelési módszerrel, mivel az ezeket a betegségeket okozó fertőző ágensek ismertek, és így a találmány szerinti önmagukat stabilizáló oligonukleotidok elkészíthetők, bennük egy olyan cél-hibridizáló régióval, amelynek oligonukleotid szekvenciája komplementer egy olyan nukleinsav szekvenciával, amely a fertőző ágens szaporodásában lényeges nukleinsav szekvencia, azaz például egy esszenciális gén.
Más, a találmány szerintii eljárással kezelhető kóros állapotok egy sejtes gén abnormális expressziójából vagy termékéből erednek. Ezek a körülmények kezelhetők a találmány szerinti önmagukat stabilizáló oligonukleotidok beadásával, és a leírásban korábban tárgyaltuk.
A találmány számos előnyt nyújt a szakterületen korábban ismert oligonukleotidokkal szemben. Először, a találmány szerinti önmagukat stabilizáló oligonukleotidok stabilabbak, mint a legtöbb ismert oligonukleotid, ezáltal csökkenteni lehet a terápiás hatékonysághoz szükséges dózis nagyságát. A nukleáz degradációval szemben még ennél is nagyobb rezisztencia biztosítható, ha nukleáz reziszten internukleotid kötéseket alkalmazunk, az oligonukleotid egyik vagy mindkét végén blokkoló (cap) struktúrákat alakítunk ki. Másodszor, a bázispárosodott struktúrák által biztosított enzimatikus stabilitás, amely érinti az önmagával komplementer szekvenciákat, lehetővé teszi az oligonukleotid-foszfodiészterek alkalmazását, amelyek egyébként gyorsan lebomlanak. Ennek az az előnye, hogy megnő a duplex stabilitása és RNáz H aktiválása, amit nem biztosít egyszerre bármelyik a szakterületen ismert oligonukleotid. Az RNáz H aktiválás előnye megmarad, ha oligonukleotid-foszforotioátokat vagy -foszforoditioátokat használunk. Egy harmadik előny az, hogy a találmány szerinti oligonukleotid számos megvalósítási módjában az egyetlen lebomlási termék a különböző nukleozidok, azaz például a nukleozid-monofoszfátok és/vagy a nukleozidmonotiofoszfátok. Végezetül a találmány lehetővé teszi mind a dezoxiribonukleozidok mind a ribonukleozidok alkalmazását. Az utóbbi alkalmazásának lehetősége a találmányt könnyen adaptálhatóvá teszi a ribozimekkel való felhasználáshoz, amelyek esetében az enzimatikus stabilitás kritikus tényező.
Az alábbi példákat azért adjuk meg, hogy tovább illusztráljuk a találmány előnyös megvalósítási módjainak bizonyos aspektusait, és nem az a célunk, hogy ezekkel korlátozzuk a találmány oltalmi körét.
1. Példa
Az oligonukleotid-foszfodiészterek nukleáz rezisztenciája
A vizsgálatban használt oligonukleotidokat az 5. ábrán mutatjuk be. A CMPD A oligonukleotid komplementer a HIV-1 gag régiójának egy részével. A CMPD B oligonukleotid ugyanezt a régiót használja cél hibridizáló régióként, de egy 10 nukleotidból álló, 3' önmagával komplementer régiót ad hozzá. A CMPD E és CMPD F oligonukleotidok azonosak a CMPD B-vel, azzal a különbséggel, hogy a CMPD E és a CMPD F önmagával komplementer régiói 6 illetve 4 nukleotid hosszúak. A CMPD G oligonukleotid azonos a CMPD A oligonukleotiddal, azzal a különbséggel, hogy 10, nem párosodó nukleotidot (T-|q) tartalmaz a 3' végén.
Az oligonukleotidoknak vizsgáltuk a relatív ellenállásukat a 3' exonukleolitikus degradációval szemben. Mindegyik oligonukleotidból 0,4 A26O egységet liofilizálunk, majd 0,5 ml pufferben oldunk (10 mmol/l TRIS, 10 mmol/l MgCl2, pH=8,5), majd 5 pl (1,5 milliegység) kígyóméreg foszfodiészterázzal keverjük össze. Az elegyet 37°C-on inkubáljuk hőmérséklet-szabályozott cellában, majd az A26O értéket az időben ábrázoljuk. Az oligonukleotid degradációt a hiperkromicitás növekedésének alapján mérjük.
Ezeknek a kísérleteknek az eredményeit az 1. táblázatban mutatjuk be. Ezek az eredmények azt igazolják, hogy a találmány szerinti önmagukat stabilizáló oligonukleotid-foszfodiészterek sokkal ellenállóbbak a 3' exonukleolitikus degradációval szemben mint az oligonukleotid foszfodiészterek vagy a nem-komplementer farkat tartalmazó oligonukleotid foszfodiészterek.
Az előzőkben ismertetett vizsgálatok mellett az oligonukleotidokat DNS polimeráz I 3'-exonukleáz emésztésnek is alávetettük. Amint az a 4. ábrán látható, az önmagukat nem stabilizáló oligonukleotidok, a CMPD A és CMPD
G 30 perc alatt teljesen megemésztődik, míg az önmagát stabilizáló CMPD B csak részlegesen emésztődik 30 perc alatt.
I Táblázat
Az oligonukleotidok felezési ideje
Oligonukleotid t% SVPD emésztés esetén
CMPD A másodperc
CMPD G másodperc
CMPD B
950 másodperc
2. Példa
Az oligonukleotid-foszforotioátok nukleáz rezisztenciája
Ahhoz, hogy az önmagukat stabilizáló, illetve önmagukat nem stabilizáló oligonukleotid-foszforotioátok relatív nukleáz rezisztenciáját megvizsgáljuk, DNS polimeráz I 3-exonukleáz aktivitási vizsgálatot használunk, mivel az oligonukleotid-foszforotioátok lassan bomlanak le SVPD-vel.
Mindegyik oligonukleotidot az 5' végén jelezzük gamma-32p-ATP-vel és kinázzal. 20 pl pufferben (40 mmol/l TRIS-HCI pH=8,0, 10 mmol/l MgCl2, 5 mmol/l DTT, 50 mmol/l KCI, 50 pg/ml BSA) levő 40 pmol 5'-jelzett oligonukleotid oldathoz 5 egység DNS polimeráz l-et adunk, majd 37°C-on inkubáljuk. 4 μΙ-es alikvot részeket veszünk 0, 30, 60, 120 perc elteltével, majd 6 μΙ stop-oldattal elegyítjük (98% formamid, 10 mmol/l EDTA, 0,1% xilén-cianol, 0,1% brómfenolkék). A mintákat 15%-os akrilamid gélen (karbamid), autoradiográfiával analizáljuk.
Az eredmények a 4. ábrán láthatók. A CMPD A foszforotioát analógja 4 óra alatt majdnem 50%-ban megemésztődik. A CMPD B foszforotioát analógja azonban 4 óra elteltével emésztetlen maradt. A CMPD E és F foszforotioát analógjai, amelyek 6 illetve 4 bázispár hosszúságú önmagával komplementer régiót tartalmaznak, szintén stabilnak bizonyultak. A CMPD G foszforotioát analógja, amelynek kiterjesztett struktúrája van, de nincs önmagávaí komplementer régiója, ugyanazzal a sebességgel emésztődött mint a CMPD A. Ezek az eredmények azt mutatják, hogy az önmagukat stabilizáló oligonukleotid-foszforotioátok sokkal rezisztensebbek a nukleolitikus lebomlással szemben mint az önmagukat nem stabilizáló oligonukleotid-foszforotioátok.
3. Példa
Az oligonukleotidok anti-HIV aktivitása
Önmagukat stabilizáló illetve önmagukat nem stabilizáló oligonukleotid-foszfodiésztereknek vizsgáljuk azt a képességüket, hogy gátolják a HIV-1-et szövettenyészetben. Az ebben a vizsgálatban alkalmazott oligonukleotidokat az 5. ábrán mutatjuk be.
H9 limfocitákat fertőzünk HIV-1 virionokkal (kb. 0,01-0,1 TCIDsg/sejt), egy óra hosszat 37°C-on. Egy óra elteltével a nem adszorbeálódott virionokat lemossuk, és a fertőzött sejteket 24 lukas lemezek lukai között osztjuk szét. A fertőzött sejtekhez megfelelő koncentrációban (törzsoldatból) oligonukleotidot adunk, így kapunk megfelelő koncentrációt 2 ml táptalajban. Egy pozitív kontroll kísérletben ddC-t vagy AZT-t adunk. A sejteket azután három napig tenyésztjük. A három nap elteltével a fertőzött tenyészetek felülúszóját összegyűjtjük, majd ELISA-val mérjük a p24 expresszió alapján. A p24 expresszió szintjét összehasonlítjuk az oligonukleotiddal kezelt illetve kezeletlen (nincs hatóanyag) fertőzött sejtek között.
Az oligonukleotidok citotoxicitását úgy vizsgáljuk, hogy a sejteket növekvő koncentrációjú oligonukleotiddal tenyésztjük, és a tripánkék kizárásos módszert használjuk.
A két kísérlet eredményeit a III. táblázatban mutatjuk be.
III. Táblázat
Az oligonukleotidok anti-HIV aktivitása
Koncentráció (g/mi) 1. Kísérlet
p24 gátlásai) sejt túlélés (%)
CMPD A 25 90 93
5 89 103
1 15 94
0,2 26 97
CMPD B 25 90 95
5 85 92
1 84 94
0,2 46 103
CMPDG 25 86 106
5 86 105
1 81 106
0,2 0 109
AZT 0,2 90 95
0,04 73 98
0,08 44 104
0,0016 6 108
lc50 (g/ml)
0,25
0,5
0,037 pmol/l
2. Kísérlet
Koncentráció (g/ml) p24 gátlása^) sejt túlélés (%) Ιθ50 (g/ml)
CMPD A 5 66 93 2,8
1 20 101
0,2 21 107
0,04 0 102
CMPD B 5 93 89 0,35
1 81 99
0,2 33 103
0,04 0 104
CMPD E 5 89 93 0,45
1 41 100
0,2 19 99
0,04 0 102
CMPDF 5 89 93 1.5
1 41 100
0,2 19 99
0,04 0 102
AZT 0,2 89 93 0,1 pmol/l
0,04 65 98
0,08 5 101
0,0016 6 103
Mindegyik önmagát stabilizáló oligonukleotid nagyobb anti-HIV aktivitást mutat, mint a CMPD A, az önmagát nem stabilizáló oligonukleotid. A legnagyobb aktivitást akkor lehet megfigyelni, amikor az önmagát stabilizáló oligonukleotid 10 önmagával komplementer nukleotidot tartalmaz, ekkor az oligonukleotid-foszfodiészternél tízszer nagyobb aktivitás figyelhető meg. A
CMPD G oligonukleotid, amelynek egy poli T farka van, szintén mutat valamennyi aktivitás növekedést, ami valószínűleg annak az eredménye, hogy a poliA a H9 sejtekben levő mRNS-sel hibridizálódik, és ennek következtében stabilizálódik.
A CMPD B oligonukleotid valószínű hatásmechanizmusa a 6. ábrán látható. Az oligonukleotid részlegesen kétszálú formában lép be a sejtbe, ami az önmagával komplementer régióval kialakuló intramolekuláris bázispárosodás eredménye. Ahogy az oligonukleotid a HÍV RNS molekulával, amelyen található egy olyan nukleinsav szekvencia, amely komplementer az
oligonukleotid cél hibridizálódó régiójának oligonukleotid szekvenciájával, találkozik, hibridizáció lép fel a HÍV RNS és a cél hibridizálódó régió között. Ez a hibridizáció elrontja az önmagával komplementer régióval kialakult intramolekuláris hibridizációt. Az RNáz H aktivitás azután elhasítja a HÍV RNS-t, és ezzel lehetővé teszi, hogy az oligonukleotid újra stabilizálódjon intramolekuláris bázispárosodás révén.
Ahhoz, hogy további oligonukleotid struktúrák relatív anti-HIV aktivitását megvizsgáljuk, a fenti kísérletet megismételjük, további oligonukleotidok felhasználásával, valamint az 1. és 2. kísérletben leírt oligonukleotidokkal. A többi oligonukleotidot az 5. ábrán mutatjuk be. Ezek közé az oligonukleotidok közé tartozik a CMPD C, amelyben az önmagával komplementer régió komplementer az oligonukleotiddal az 5' végén keresztül; a CMPD H, egy 35 tagú oligonukleotid, amely tökéletesen komplementer a HÍV gag RNS-sel, de nincs rajta önmagával komplementer régió. Ennek a 3. kísérletnek az eredményei a IV. táblázatban láthatók.
Ezek az eredmények azt igazolják, hogy az önmagukkal való teljes komplementaritás alapján önmagukat stabilizáló oligonukleotidok anti-HIV aktivitása durván megegyezik a részleges ön-komplementaritással önmagát stabilizáló oligonukleotidok aktivitásával. Az eredmények azt is mutatják, hogy négy, önmagával komplementer nukleotid elegendő a fokozott aktivitás biztosításához.
IV. Táblázat
3. Kísérlet
Koncentráció (g/ml) p24 gátlásai) sejt túlélés (%) lc50 (g/ml)
CMPD A 5,0 92 97 1,7
1.0 36 103
0,2 23 102
0,04 0 109
CMPD B 5,0 95(97*) 98(97*) 0,5(0,2*)
1,0 61(74*) 101(102*)
0,2 0,04 33(49*) 0(19*) 104(103*) 110(106*)
CMPD D 5,0 97 97 0,6
1,0 68 104
0,2 11 109
0,04 12 110
CMPD E 5,0 92 98 0,8
1,0 55 101
0,2 48 103
0,04 22 107
CMPD F 5,0 95 99 0,25
1,0 64 102
0,2 13 104
0,04 0 109
CMPDC 5,0 94 96 0,3
1,0 76 101
0,2 39 103
0,04 17 106
CMPD H 5,0 92 93 0,26
1,0 88 101
0,2 43 98
0,04 0 102
CMPD D 5,0 80 93 0,4
1,0 76 100
0,2 30 108
0,04 3 109
4. Példa
Az önmagukat stabilizáló oligonukleotidok és a komplementer oligonukleotidok közötti duplexek stabilitása
Ahhoz, hogy megvizsgáljuk az önmagukat stabilizáló oligonukleotidok és a komplementer nukleinsav szekvenciák közötti duplexek stabilitását, hibridizációs vizsgálatokat végeztünk. Az első kísérletben, amelyben a CMPD A oligonukleotidot, amelyből hiányzik az önmagával való komplementaritás, szobahőmérsékleten elegyítettük egy 25 tagú oligonukleotiddal. Az elegyet azután fokozatosan felmelegítettük, és a hiperkromicitás növekedését a hőmérséklet függvényében ábrázoljuk. Ebben a vizsgálatban, amelynek eredményeit pont vonallal ábrázoljuk a 3. ábrán, a duplex olvadáspontját körülbelül 65°C-nak mértük.
Egy második vizsgálatban a CMPD B-t, amelynek ugyanaz a cél hibridizáló régiója mint a CMPD A-nak, és van egy 10 nukleotid méretű önmagával komplementer régiója, ugyanazzal a 25 tagú oligonukleotiddal elegyítjük szobahőmérsékleten. A hiperkromicitás növekedését a hőmérséklet növekedésének függvényében ábrázoljuk. Az eredményeket egybefüggő vonallal ábrázoljuk a 3. ábrán. Ez alkalommal a 65°C-nál megfigyelt olvadáspont mellett, a hiperkromicitásnak egy korábbi növekedése figyelhető meg körülbelül 58°C-nál, ami megfelel a hajtű struktúrát létrehozó intramolekuláris hidrogénkötések felbomlásának. Ez az eredmény azt mutatja, hogy az önmagával komplementer régió által létrehozott intramolekuláris bázispárosodás termodinamikailag kevésbé stabil, mint a cél hibridizáló régió és egy komplementer oligonukleotid között létrejövő intermolekuláris bázispárosodás.
Ahhoz, hogy tovább vizsgáljuk az intermolekuláris bázispárosodásnak az intramolekuláris bázispárosodáshoz viszonyított, fokozott stabilitását, a CMPD B-t azután ugyanazzal a komplementer 25 tagú oligonukleotiddal elegyítjük, majd 80°C-ra melegítjük, végül hagyjuk szobahőmérsékletre hűlni.
Ezt az elegyet azután fokozatosan felmelegítjük, és a hiperkromicitásban mért növekedést a hőmérsékletnövekedés függvényében ábrázoljuk. Az eredményeket a 3. ábrán láthatjuk, szaggatott vonallal ábrázolva. Csak egyetlen olvadáspont hőmérséklet figyelhető meg körülbelül 65°C-nál, jelezve, hogy főleg a CMPD B és a komplementer 25 tagú oligonukleotid közötti bázispárosodás játszódik le, az önmagával komplementer régiót érintő intramolekuláris bázispárosodás helyett.
Ezek az eredmények azt mutatják, hogy az önmagát stabilizáló oligonukleotidok hibridizálódnak a komplementer nukleinsav szekvenciákkal, annak ellenére, hogy az oligonukleotidon belül találhatók olyan oligonukleotid szekvenciák, amelyek komplementerek a cél hibridizáló régióval. Mivel az közismert, hogy bizonyos típusú oligonukleotid struktúrák stabilabban hibridizálódnak mint más típusúak (például RNS:DNS hibridek > DNSONS hibridek, és foszfodiészter-tartalmú oligonukleotidok > foszforotioátmetilfoszfonát vagy foszforamidit-tartalmú oligonukleotidok), ezek az eredmények azt is mutatják, hogy a kívánt cél-hibridizációs hatást fokozni lehet, ha az önmagát stabilizáló oligonukleotidot úgy tervezzük meg, hogy a cél hibridizáló régió és a cél szekvencia közötti hibridizáció stabilabb oligonukleotid struktúrákat hoz létre, mint az önmagával komplementer régióval való hibridizáció során létrejött struktúrák.
A szakterületen jártas szakember nyilivánvaló, hogy az önmagával komplementer régiót az előző kitanítás alapján meg lehet tervezni, és számos különböző cél hibridizáló régióval kombinálni lehet.
5. Példa
Hypestabilizált önmagukat stabilizáló oligonukleotidok
Ahhoz, hogy olyan oligonukleotidokat állítsunk elő, amelyeknél az önmagával komplementer régió és a cél hibridizáló régió között sokkal stabilabb kölcsönhatás van, oligodezoxinukleotid-foszfodiésztereket vagy • «· · • · «·· · • · ·* · oligodezoxi-nukleotid-foszforotioátokat készítettünk, amelyekben az önmagával komplementer régióban 2-Me-ribonukleozidok vannak. Amint az az alábbi V. táblázatból látható, az ilyen oligonukleotidok hiperstabilizált kölcsönhatással rendelkeznek az önmagával komplementer régió és a cél hibridizáló régió között. Mindamellett ezek az oligonukleotidok továbbra is könnyebben alakítanak ki intermolekuláris hibrideket komplementer DNS-sel, az intramolekuláris hibrideket tartalmazó molekulákhoz viszonyítva.
• «
V. Táblázat
Az önmagával komplementer régióban 2-O-Me-ribonukleotidokat tartalmazó önmagukat stabilizáló oligonukleotidok duplex stabilitása
TM A DNS-sel (25 tagú) komplementer
5'-CTCTCGCACCCATCTCTCTCCTTCTGGAGA-3' 5'-CTCTCGCACCCATCTCTCTCCTTCTGGAGAG-3' 5'-CTCTCGCACCCATCTCTCTCCTTCTGGAGAGAG-3'
59°C 64,8°C
66°C 64,5°C °C 65°C
A hiperstabilizált, önmagukat stabilizáló oligonukleotidoknak egy másik osztályát úgy állítjuk elő, hogy az önmagával komplementer régió végéhez kovalens kötéssel egy akridin molekulát kapcsolunk hozzá. Ezek a molekulák is hiperstabilitást mutattak a cél hibridizáló régió és az önmagával komplementer régió közötti kölcsönhatásban. Mindazonáltal, ezek a molekulák még mindig könnyebben képeznek intermolekuláris hibrideket a komplementer DNS-sel, ha az intramolekuláris hibridek kialakulásához viszonyítjuk.
VI. Táblázat
Az önmagával komplementer régióban interkaláló ágenseket tartalmazó önmagukat stabilizáló oligonukleotidok duplex stabilitása
TM A DNS-sel (25 tagú) komplementer
S'-CTCTCGCACCCATCTCTCTCCTTCTX 5'-ΟΤΟΤΟΟΟΑΟΟΟΑΤΟΤΟΤΟΤΟΟΤΤΟΤΟΟΧ-3' 5,-ΟΤΟΤΟΟΟΑΟΟΟΑΤΟΤΟΤΟΤΟΟΤΤΟΤΟΟΑΟΧ-3' S'-CTCTCGCACCCATCTCTCTCCTTCTGGAGAGX-S'
N/A 67,5°C
N/A 66,7°C
65°C 66,3°C
66,8°C 66,7°C
Ezek az eredmények azt mutatják, hogy lehetséges hiperstabilizált önmagukat stabilizáló oligonukleotidok előállítása, amelyek nagyon erős
kölcsönhatásokat mutatnak az önmagával komplementer régió és a cél hibridizáló régió között, anélkül, hogy zavarnák az oligonukleotidnak azt a képességét, hogy intermolekúláris hibrideket hozzon létre egy célnukleinsavval.

Claims (22)

1. önmagát stabilizáló terápiás oligonukleotid, amelyben egy cél hibridizáló régió és egy önmagával komplementer régió található, azzal jellemezve, hogy a cél hibridizáló régió egy olyan oligonukleotid szekvenciát tartalmaz, amely egy vírusból, egy patogén szervezetből vagy egy sejtes génből származó nukleinsav szekvenciával komplementer, és az önmagával komplementer régió olyan oligonukleotid szekvenciát tartalmaz, amely komplementer a terápiás, önmagát stabilizáló oligonukleotidban levő nukleinsav szekvenciával.
2. Az 1. igénypont szerinti önmagát stabilizáló terápiás oligonukleotid, azzal jellemezve, hogy a cél hibridizáló régió négy vagy több egybefüggő dezoxiribonukleotid-foszfodiésztert, -foszforotioátot vagy
-foszforoditioátot tartalmaz.
3. Az 1. igénypont szerinti önmagát stabilizáló terápiás oligonukleotid, azzal jellemezve, hogy az önmagával komplementer régió az alábbi csoportból szelektált nukleotidokat tartalmaz: dezoxiribonukleotid- vagy ribonukleotid-foszfodiészterek, -foszfotriészter-foszforotioátok, -foszforoditioátok, -foszforamiditek, -alkilfoszfonátok, -alkilfoszfonotioátok, -ketonok, -szulfonok és -szulfátok.
4. Az 1. igénypont szerinti önmagát stabilizáló terápiás oligonukleotid, azzal jellemezve, hogy a vírust az alábbi csoportból választjuk humán immundeficiencia vírus, herpesz szimplex vírus, humán papillóma vírus, influenza vírus, száj- és körömfájás vírus, sárgaláz vírus, VaricellaZoster vírus és uborka mozaik vírus.
5. Az 1. igénypont szerinti terápiás önmagát stabilizáló oligonukleotid, azzal jellemezve, hogy a patogén szervezetet az alábbi • · csoportból választjuk: Plasmodium falciparum, Trypanosoma brucei, Leishmania és Fasciola hepatica.
6. Az 1. igénypont szerinti önmagát stabilizáló terápiás oligonukleotid, azzal jellemezve, hogy a sejtes gént az alábbi csoportból választjuk: prion fehérje, Alzheimer amiloid-szerű fehérje, valamint onkogének vagy proto-onkogének.
7. A 2. igénypont szerinti önmagát stabilizáló terápiás oligonukleotid, azzal jellemezve, hogy az önmagával komplementer régió az alábbi csoportból szelektált nukleotidokat tartalmaz: dezoxiribonukleotid vagy ribonukleotid-foszfodiészterek, -foszfotriészter-foszforotioátok,
-foszforoditioátok, -foszforamiditek, -alkilfoszfonátok, -alkilfoszfonotioátok, -ketonok, -szulfonok és -szulfátok.
8. A 2. igénypont szerinti önmagát stabilizáló terápiás oligonukleotid, azzal jellemezve, hogy a vírust az alábbi csoportból választjuk humán immundeficiencia vírus, herpesz szimplex vírus, humán papillóma vírus, influenza vírus, száj- és körömfájás vírus, sárgaláz vírus, VaricellaZoster vírus és uborka mozaik vírus.
9. A 2. igénypont szerinti önmagát stabilizáló terápiás oligonukleotid, azzal jellemezve, hogy a patogén szervezetet az alábbi csoportból választjuk Plasmodium falciparum, Trypanosoma brucei, Leishmania és Fasciola hepatica.
10. A 2. igénypont szerinti önmagát stabilizáló terápiás oligonukleotid, azzal jellemezve, hogy a sejtes gént az alábbi csoportból választjuk: prion fehérje, Alzheimer amiloid-szerű fehérje, valamint az onkogének vagy proto-onkogének.
11. A 3. igénypont szerinti önmagát stabilizáló terápiásoligonukleotid, azzal jellemezve, hogy a vírust az alábbi csoportból választjuk: humán immundeficiencia vírus, herpesz szimplex vírus, humán t papillóma vírus, influenza vírus, száj- és körömfájás vírus, sárgaláz vírus,
Varicella-Zoster vírus és uborka mozaik vírus.
12. A 3. igénypont szerinti önmagát stabilizáló terápiás oligonukleotid, azzal jellemezve, hogy a patogén szervezetet az alábbi csoportból választjuk: Plasmodium falciparum, Trypanosoma brucei, Leishmania és Fasciola hepatica.
13. A 3. igénypont szerinti terápiás önmagát stabilizáló oligonukleotid, azzal jellemezve, hogy a sejtes gént az alábbi csoportból választjuk: prion fehérje, Alzheimer amiloid-szerű fehérje, valamint onkogének vagy proto-onkogének.
14. Önmagát stabilizáló ribozim, azzal jellemezve, hogy egy önmagával komplementer régiót tartalmaz mind az 5', mind a 3' végén.
15. Eljárás egy vírus, egy patogén szervezet vagy egy sejtes gén génexpressziójának gátlására, azzal jellemezve, hogy az 1. igénypont szerinti önmagát stabilizáló oligonukleotidot adjuk a vírussal vagy patogénnel fertőzött sejtekhez, illetve a fertőzetlen sejtekhez.
16. Eljárás egy vírus, egy patogén szervezet vagy egy sejtes gén génexpressziójának gátlására, azzal jellemezve, hogy a 2. igénypont szerinti önmagát stabilizáló oligonukleotidot adjuk a vírussal vagy patogénnel fertőzött sejtekhez, illetve a fertőzetlen sejtekhez.
17. Eljárás egy vírus, egy patogén szervezet vagy egy sejtes gén génexpressziójának gátlására, azzal jellemezve, hogy a 3. igénypont szerinti önmagát stabilizáló oligonukleotidot adjuk a vírussal vagy patogénnel fertőzött sejtekhez, illetve a fertőzetlen sejtekhez.
18. Eljárás megbetegedett ember vagy állat kezelésére, ahol a betegség egy vírussal vagy patogén szervezettel való fertőzésből, illetve egy sejtes gén abnormális expressziójából vagy géntermékéből származik, azzal jellemezve, hogy a megbetegedett emberi vagy állati szervezetbe az 1.
• · igénypont szerinti oligonukleotidot juttatunk be egy gyógyászatilag elfogadható hordozóban.
19. Eljárás megbetegedett ember vagy állat kezelésére, ahol a betegség egy vírussal vagy patogén szervezettel való fertőzésből, illetve egy sejtes gén abnormális expressziójából vagy géntermékéből származik, azzal jellemezve, hogy a megbetegedett emberi vagy állati szervezetbe a 2. igénypont szerinti oligonukleotidot juttatunk be egy gyógyászatilag elfogadható hordozóban.
20. Eljárás megbetegedett ember vagy állat kezelésére, ahol a betegség egy vírussal vagy patogén szervezettel való fertőzésből, illetve egy sejtes gén abnormális expressziójából vagy géntermékéből származik, azzal jellemezve, hogy a megbetegedett emberi vagy állati szervezetbe a 3. igénypont szerinti oligonukleotidot juttatunk be egy gyógyászatilag elfogadható hordozóban.
21. Hiperstabilizált önmagát stabilizáló oligonukleotid, azzal jellemezve, hogy egy vagy több ribonukleotidot vagy 2'-O-Me-ribonukleotidot tartalmaz az önmagával komplementer régióban vagy a cél hibridizáló régió komplementer részében.
22. Hiperstabilizált önmagát stabilizáló oligonukleotid, azzal jellemezve, hogy egy vagy több interkalálódó ágens molekulát tartalmaz az önmagával komplementer régióban vagy a linker régióban.
HU9403788A 1992-07-02 1993-07-02 Self-stabilized oligonucleotides as therapeutic agents HUT69981A (en)

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US90906992A 1992-07-02 1992-07-02

Publications (2)

Publication Number Publication Date
HU9403788D0 HU9403788D0 (en) 1995-02-28
HUT69981A true HUT69981A (en) 1995-09-28

Family

ID=25426596

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
HU9403788A HUT69981A (en) 1992-07-02 1993-07-02 Self-stabilized oligonucleotides as therapeutic agents

Country Status (14)

Country Link
EP (1) EP0649467B1 (hu)
JP (1) JPH08501928A (hu)
KR (1) KR950702626A (hu)
AT (1) ATE171210T1 (hu)
AU (1) AU4770093A (hu)
CA (1) CA2139319A1 (hu)
CZ (1) CZ333294A3 (hu)
DE (1) DE69321122D1 (hu)
FI (1) FI946201A (hu)
HU (1) HUT69981A (hu)
NZ (1) NZ255028A (hu)
PL (1) PL172710B1 (hu)
RU (1) RU94046425A (hu)
WO (1) WO1994001550A1 (hu)

Families Citing this family (210)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
FR2703053B1 (fr) * 1993-03-26 1995-06-16 Genset Sa Oligonucleotides agrafes et semi-agrafes, procede de preparation et applications .
WO1995024477A1 (en) * 1994-03-08 1995-09-14 City Of Hope Human papillomavirus targeted ribozymes
US5631148A (en) * 1994-04-22 1997-05-20 Chiron Corporation Ribozymes with product ejection by strand displacement
US5750674A (en) * 1995-05-23 1998-05-12 Hybridon, Inc. Methods and compounds for the stereoselective enrichment of oligonucleotide diastereomers and oligonucleotides thereby produced
US20030044941A1 (en) 1996-06-06 2003-03-06 Crooke Stanley T. Human RNase III and compositions and uses thereof
US5898031A (en) * 1996-06-06 1999-04-27 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligoribonucleotides for cleaving RNA
US20050042647A1 (en) * 1996-06-06 2005-02-24 Baker Brenda F. Phosphorous-linked oligomeric compounds and their use in gene modulation
US20050032067A1 (en) * 2002-11-05 2005-02-10 Prakash Thazha P. Non-phosphorous-linked oligomeric compounds and their use in gene modulation
US9096636B2 (en) 1996-06-06 2015-08-04 Isis Pharmaceuticals, Inc. Chimeric oligomeric compounds and their use in gene modulation
US6776986B1 (en) 1996-06-06 2004-08-17 Novartis Ag Inhibition of HIV-1 replication by antisense RNA expression
US7070925B1 (en) 1996-07-16 2006-07-04 Gen-Probe Incorporated Method for determining the presence of an RNA analyte in a sample using a modified oligonucleotide probe
AU6592496A (en) * 1996-07-22 1998-02-10 Hybridon, Inc. Compositions and methods for treating specific gene expression-related diseases and disorders in humans
DE19631919C2 (de) * 1996-08-07 1998-07-16 Deutsches Krebsforsch Anti-Sinn-RNA mit Sekundärstruktur
US5886165A (en) * 1996-09-24 1999-03-23 Hybridon, Inc. Mixed backbone antisense oligonucleotides containing 2'-5'-ribonucleotide- and 3'-5'-deoxyribonucleotides segments
US6506559B1 (en) * 1997-12-23 2003-01-14 Carnegie Institute Of Washington Genetic inhibition by double-stranded RNA
ATE526406T1 (de) 1998-03-20 2011-10-15 Commw Scient Ind Res Org Kontrolle der genexpression
AUPP249298A0 (en) 1998-03-20 1998-04-23 Ag-Gene Australia Limited Synthetic genes and genetic constructs comprising same I
CN1202246C (zh) * 1998-04-08 2005-05-18 联邦科学和工业研究组织 获得修饰表型的方法和措施
US20040214330A1 (en) 1999-04-07 2004-10-28 Waterhouse Peter Michael Methods and means for obtaining modified phenotypes
US8598332B1 (en) * 1998-04-08 2013-12-03 Bayer Cropscience N.V. Methods and means for obtaining modified phenotypes
AU766499B2 (en) * 1998-06-23 2003-10-16 Medical Research Council Structured antisense nucleic acid molecules
ATE440963T1 (de) 1998-07-02 2009-09-15 Gen Probe Inc Molekulare fackeln
BR9914772A (pt) * 1998-10-09 2001-12-11 Ingene Inc Conjunto de elementos genéticos, vetor, célulahospedeira, conjunto para a produção de umasequência de ácido nucléico, método para aprodução in vivo ou in vitro de uma sequência deácido nucléico, transcrição de cdna, molécula deácido nucléico inibidor, transcrição de mrna,molécula heteroduplex e composiçãofarmacêutica
AU6298899A (en) * 1998-10-09 2000-05-01 Ingene, Inc. Production of ssdna (in vivo)
US20060172925A1 (en) * 1998-10-26 2006-08-03 Board Of Regents, The University Of Texas System Thio-siRNA aptamers
JP2002532388A (ja) * 1998-12-02 2002-10-02 イ・デ・エム・イミュノ−デジネ・モレキュル 生物学的分子を細胞中へ移入させやすくする新規なオリゴマーコンジュゲート
EP1147204A1 (en) 1999-01-28 2001-10-24 Medical College Of Georgia Research Institute, Inc. Composition and method for in vivo and in vitro attenuation of gene expression using double stranded rna
AU2008202208C1 (en) * 1999-01-30 2014-04-24 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Method and medicament for inhibiting the expression of a defined gene
DE19956568A1 (de) 1999-01-30 2000-08-17 Roland Kreutzer Verfahren und Medikament zur Hemmung der Expression eines vorgegebenen Gens
FR2790757B1 (fr) * 1999-03-09 2003-08-01 Bioalliance Pharma Oligonucleotides contenant une sequence antisens stabilises par une structure secondaire et compositions pharmaceutiques les contenant.
EP1086216B1 (en) * 1999-03-31 2003-05-28 Hybridon, Inc. Pseudo-cyclic oligonucleobases
DE19925073C2 (de) * 1999-06-01 2001-07-19 Stefan Weiss Nucleinsäuremoleküle mit spezifischer Erkennung von nativem PrP·S··c·, Herstellung und Verwendung
US6423885B1 (en) 1999-08-13 2002-07-23 Commonwealth Scientific And Industrial Research Organization (Csiro) Methods for obtaining modified phenotypes in plant cells
US7419964B2 (en) 1999-09-16 2008-09-02 Cytogenix, Inc. Treatment of HSV-related pathologies using ssDNA
GB9925459D0 (en) 1999-10-27 1999-12-29 Plant Bioscience Ltd Gene silencing
US8017742B2 (en) * 1999-11-10 2011-09-13 Japan Science And Technology Agency Gene carrier
DE10160151A1 (de) * 2001-01-09 2003-06-26 Ribopharma Ag Verfahren zur Hemmung der Expression eines vorgegebenen Zielgens
DE10100586C1 (de) * 2001-01-09 2002-04-11 Ribopharma Ag Verfahren zur Hemmung der Expression eines Ziegens
US7829693B2 (en) 1999-11-24 2010-11-09 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for inhibiting expression of a target gene
US20070026394A1 (en) 2000-02-11 2007-02-01 Lawrence Blatt Modulation of gene expression associated with inflammation proliferation and neurite outgrowth using nucleic acid based technologies
US8273866B2 (en) 2002-02-20 2012-09-25 Merck Sharp & Dohme Corp. RNA interference mediated inhibition of gene expression using chemically modified short interfering nucleic acid (SINA)
US8202979B2 (en) 2002-02-20 2012-06-19 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of gene expression using chemically modified short interfering nucleic acid
US7491805B2 (en) 2001-05-18 2009-02-17 Sirna Therapeutics, Inc. Conjugates and compositions for cellular delivery
US7833992B2 (en) 2001-05-18 2010-11-16 Merck Sharpe & Dohme Conjugates and compositions for cellular delivery
EP1272630A2 (en) 2000-03-16 2003-01-08 Genetica, Inc. Methods and compositions for rna interference
US8202846B2 (en) 2000-03-16 2012-06-19 Cold Spring Harbor Laboratory Methods and compositions for RNA interference
AU2001249622B2 (en) 2000-03-30 2007-06-07 Massachusetts Institute Of Technology RNA sequence-specific mediators of RNA interference
AU2001272977A1 (en) * 2000-06-23 2002-01-08 E.I. Du Pont De Nemours And Company Recombinant constructs and their use in reducing gene expression
US20080032942A1 (en) 2000-08-30 2008-02-07 Mcswiggen James RNA interference mediated treatment of Alzheimer's disease using short interfering nucleic acid (siNA)
US20030190635A1 (en) * 2002-02-20 2003-10-09 Mcswiggen James A. RNA interference mediated treatment of Alzheimer's disease using short interfering RNA
HU230458B1 (hu) 2000-12-01 2016-07-28 Europäisches Laboratorium für Molekularbiologie (EMBL) Az RNS interferenciát közvetítő kis RNS molekulák
US8546143B2 (en) 2001-01-09 2013-10-01 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for inhibiting expression of a target gene
US7423142B2 (en) 2001-01-09 2008-09-09 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for inhibiting expression of anti-apoptotic genes
US7767802B2 (en) 2001-01-09 2010-08-03 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for inhibiting expression of anti-apoptotic genes
CA2369944A1 (en) 2001-01-31 2002-07-31 Nucleonics Inc. Use of post-transcriptional gene silencing for identifying nucleic acid sequences that modulate the function of a cell
US7563618B2 (en) * 2001-03-23 2009-07-21 Geron Corporation Oligonucleotide conjugates
US9994853B2 (en) 2001-05-18 2018-06-12 Sirna Therapeutics, Inc. Chemically modified multifunctional short interfering nucleic acid molecules that mediate RNA interference
WO2003070742A1 (en) * 2002-02-20 2003-08-28 Ribozyme Pharmaceuticals, Inc. RNA INTERFERENCE MEDIATED INHIBITION OF TELOMERASE GENE EXPRESSION USING SHORT INTERFERING NUCLEIC ACID (siNA)
US20050014172A1 (en) 2002-02-20 2005-01-20 Ivan Richards RNA interference mediated inhibition of muscarinic cholinergic receptor gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050256068A1 (en) 2001-05-18 2005-11-17 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of stearoyl-CoA desaturase (SCD) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20050159378A1 (en) 2001-05-18 2005-07-21 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of Myc and/or Myb gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
WO2003072590A1 (en) * 2002-02-20 2003-09-04 Sirna Therapeutics, Inc. Rna interference mediated inhibition of map kinase genes
US7109165B2 (en) 2001-05-18 2006-09-19 Sirna Therapeutics, Inc. Conjugates and compositions for cellular delivery
WO2003070884A2 (en) * 2002-02-20 2003-08-28 Sirna Therapeutics, Inc. RNA INTERFERENCE MEDIATED INHIBITION OF MDR P-GLYCOPROTEIN GENE EXPRESSION USING SHORT INTERFERING NUCLEIC ACID (siNA)
US20050148530A1 (en) 2002-02-20 2005-07-07 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of vascular endothelial growth factor and vascular endothelial growth factor receptor gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
WO2003070750A2 (en) 2002-02-20 2003-08-28 Sirna Therapeutics, Inc Rna interference mediated inhibition of hepatitis c virus
US8008472B2 (en) 2001-05-29 2011-08-30 Merck Sharp & Dohme Corp. RNA interference mediated inhibition of human immunodeficiency virus (HIV) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
ES2566561T3 (es) 2001-07-12 2016-04-13 University Of Massachusetts Producción in vivo de ARN pequeños de interferencia que median el silenciamiento génico
DE10133858A1 (de) * 2001-07-12 2003-02-06 Aventis Pharma Gmbh Synthetische doppelsträngige Oligonucleotide zur gezielten Hemmung der Genexpression
US7612194B2 (en) 2001-07-24 2009-11-03 Monsanto Technology Llc Nucleic acid sequences from Diabrotica virgifera virgifera LeConte and uses thereof
PT1446162E (pt) 2001-08-17 2009-01-27 Coley Pharm Gmbh Agrupamentos imunoestimuladores oligonucléotidos com actividade melhorada
US7745418B2 (en) 2001-10-12 2010-06-29 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Compositions and methods for inhibiting viral replication
DE10163098B4 (de) * 2001-10-12 2005-06-02 Alnylam Europe Ag Verfahren zur Hemmung der Replikation von Viren
WO2003064625A2 (en) 2002-02-01 2003-08-07 Sequitur, Inc. Oligonucleotide compositions with enhanced efficiency
US20060009409A1 (en) 2002-02-01 2006-01-12 Woolf Tod M Double-stranded oligonucleotides
EP1476459A4 (en) * 2002-02-20 2005-05-25 Sirna Therapeutics Inc INHIBITION OF EXPRESSION OF THE CHROMOSOME TRANSLOCATION GENE AGENT BY RNA INTERFERENCE USING SHORT INTERFERING NUCLEIC ACID (siNA)
US7928219B2 (en) 2002-02-20 2011-04-19 Merck Sharp & Dohme Corp. RNA interference mediated inhibition of placental growth factor gene expression using short interfering nucleic acid (SINA)
US20090253773A1 (en) 2002-02-20 2009-10-08 Sirna Therapeutics, Inc. RNA INTERFERENCE MEDIATED INHIBITION OF TNF AND TNF RECEPTOR GENE EXPRESSION USING SHORT INTERFERING NUCLEIC ACID (siNA)
US7897752B2 (en) 2002-02-20 2011-03-01 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of telomerase gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US9181551B2 (en) 2002-02-20 2015-11-10 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of gene expression using chemically modified short interfering nucleic acid (siNA)
EP1465910A4 (en) * 2002-02-20 2005-03-16 Sirna Therapeutics Inc INHIBITION OF EXPRESSION OF RNA I-MEDIATED GENE CHECKPOINT KINASE-1 (CHK-1) USING NEAR-INTERFERENCE NUCLEIC ACID
US7897753B2 (en) 2002-02-20 2011-03-01 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of XIAP gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20090253774A1 (en) 2002-02-20 2009-10-08 Sirna Therapeutics, Inc. RNA INTERFERENCE MEDIATED INHIBITION OF PLATELET DERIVED GROWTH FACTOR (PDGF) AND PLATELET DERIVED GROWTH FACTOR RECEPTOR (PDGFR) GENE EXPRESSION USING SHORT INTERFERING NUCLEIC ACID (siNA)
US7683165B2 (en) 2002-02-20 2010-03-23 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of interleukin and interleukin receptor gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
EP1448590A4 (en) * 2002-02-20 2004-12-15 Sirna Therapeutics Inc INHIBITION INDUCED BY THE INTERFERENCE OF RNA OF THE MYC AND MYB GENES OR OF GENES INTERVENING IN THEIR RESPECTIVE PATHWAYS
US7691999B2 (en) 2002-02-20 2010-04-06 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of NOGO and NOGO receptor gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US7683166B2 (en) 2002-02-20 2010-03-23 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of interleukin and interleukin receptor gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US7928218B2 (en) 2002-02-20 2011-04-19 Merck Sharp & Dohme Corp. RNA interference mediated inhibition of polycomb group protein EZH2 gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US7795422B2 (en) 2002-02-20 2010-09-14 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of hypoxia inducible factor 1 (HIF1) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US7678897B2 (en) 2002-02-20 2010-03-16 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of platelet-derived endothelial cell growth factor (ECGF1) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
JP2005517433A (ja) * 2002-02-20 2005-06-16 サーナ・セラピューティクス・インコーポレイテッド 短干渉核酸（ｓｉＮＡ）を用いるＴＮＦおよびＴＮＦレセプタースーパーファミリー遺伝子発現のＲＮＡ干渉媒介性阻害
US7893248B2 (en) 2002-02-20 2011-02-22 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of Myc and/or Myb gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US7667029B2 (en) 2002-02-20 2010-02-23 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of checkpoint kinase-1 (CHK-1) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US9657294B2 (en) 2002-02-20 2017-05-23 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of gene expression using chemically modified short interfering nucleic acid (siNA)
US7700760B2 (en) 2002-02-20 2010-04-20 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of vascular cell adhesion molecule (VCAM) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US7897757B2 (en) 2002-02-20 2011-03-01 Merck Sharp & Dohme Corp. RNA interference mediated inhibition of protein tyrosine phosphatase-1B (PTP-1B) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US8258288B2 (en) 2002-02-20 2012-09-04 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of respiratory syncytial virus (RSV) expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US7928220B2 (en) 2002-02-20 2011-04-19 Merck Sharp & Dohme Corp. RNA interference mediated inhibition of stromal cell-derived factor-1 (SDF-1) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
EP1432724A4 (en) * 2002-02-20 2006-02-01 Sirna Therapeutics Inc RNA inhibition mediated inhibition of MAP KINASE GENES
US20090192105A1 (en) 2002-02-20 2009-07-30 Sirna Therapeutics, Inc. RNA INTERFERENCE MEDIATED INHIBITION OF INTERCELLULAR ADHESION MOLECULE (ICAM) GENE EXPRESSION USING SHORT INTERFERING NUCELIC ACID (siNA)
US7662952B2 (en) 2002-02-20 2010-02-16 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of GRB2 associated binding protein (GAB2) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US20090099117A1 (en) 2002-02-20 2009-04-16 Sirna Therapeutics, Inc. RNA INTERFERENCE MEDIATED INHIBITION OF MYOSTATIN GENE EXPRESSION USING SHORT INTERFERING NUCLEIC ACID (siNA)
AU2003213054A1 (en) * 2002-02-20 2003-09-09 Sirna Therapeutics, Inc. RNA INTERFERENCE MEDIATED INHIBITION OF POLYCOMB GROUP PROTEIN EZH2 GENE EXPRESSION USING SHORT INTERFERING NUCLEIC ACID (siNA)
US7935812B2 (en) 2002-02-20 2011-05-03 Merck Sharp & Dohme Corp. RNA interference mediated inhibition of hepatitis C virus (HCV) expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US8013143B2 (en) 2002-02-20 2011-09-06 Merck Sharp & Dohme Corp. RNA interference mediated inhibition of CXCR4 gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US8067575B2 (en) 2002-02-20 2011-11-29 Merck, Sharp & Dohme Corp. RNA interference mediated inhibition of cyclin D1 gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US7910724B2 (en) 2002-02-20 2011-03-22 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of Fos gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
US7667030B2 (en) 2002-02-20 2010-02-23 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of matrix metalloproteinase 13 (MMP13) gene expression using short interfering nucleic acid (siNA)
AU2003228667A1 (en) * 2002-04-22 2003-12-19 Sirna Therapeutics Inc. Nucleic acid mediated disruption of hiv fusogenic peptide interactions
US20050042646A1 (en) 2002-08-05 2005-02-24 Davidson Beverly L. RNA interference suppresion of neurodegenerative diseases and methods of use thereof
AU2003260370B2 (en) 2002-08-05 2008-05-22 Silence Therapeutics Gmbh Further novel forms of interfering RNA molecules
US20080274989A1 (en) 2002-08-05 2008-11-06 University Of Iowa Research Foundation Rna Interference Suppression of Neurodegenerative Diseases and Methods of Use Thereof
US20040241854A1 (en) 2002-08-05 2004-12-02 Davidson Beverly L. siRNA-mediated gene silencing
AU2012216354B2 (en) * 2002-08-05 2016-01-14 Silence Therapeutics Gmbh Further novel forms of interfering RNA molecules
WO2004014933A1 (en) 2002-08-07 2004-02-19 University Of Massachusetts Compositions for rna interference and methods of use thereof
US7923547B2 (en) 2002-09-05 2011-04-12 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of gene expression using chemically modified short interfering nucleic acid (siNA)
CA2881743A1 (en) 2002-09-25 2004-04-08 University Of Massachusetts In vivo gene silencing by chemically modified and stable sirna
EP1549767A4 (en) * 2002-09-26 2006-06-07 Amgen Inc MODULATION OF FORKHEAD BOX O1A GENE EXPRESSION
EP1572978A4 (en) 2002-10-16 2006-05-24 Univ Texas COMBINATORIAL BANKS OF APTAMERS WITH OLIGONUCLEOTIDE OLIGONUCLEOTIDE PHOSPHOROTHIOATE AND PHOSPHORODITHIOATE GROUPS RELATED TO BALLS
US9150605B2 (en) 2002-11-05 2015-10-06 Isis Pharmaceuticals, Inc. Compositions comprising alternating 2′-modified nucleosides for use in gene modulation
WO2004044136A2 (en) 2002-11-05 2004-05-27 Isis Pharmaceuticals, Inc. Compositions comprising alternating 2’-modified nucleosides for use in gene modulation
WO2004041889A2 (en) 2002-11-05 2004-05-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Polycyclic sugar surrogate-containing oligomeric compounds and compositions for use in gene modulation
US9150606B2 (en) 2002-11-05 2015-10-06 Isis Pharmaceuticals, Inc. Compositions comprising alternating 2'-modified nucleosides for use in gene modulation
US7078234B2 (en) 2002-12-18 2006-07-18 Monsanto Technology Llc Maize embryo-specific promoter compositions and methods for use thereof
FR2850971B1 (fr) * 2003-02-10 2006-08-11 Aventis Pharma Sa Oligonucleotide antisens inhibant l'expression de la proteine ob-rgrp et procede de detection de composes modifiant l'interaction entre la famille de la proteine ob-rgrp et le recepteur de la leptine
BRPI0408896A (pt) 2003-03-28 2006-04-25 Monsanto Technology Llc promotores de planta para uso no desenvolvimento precoce de sementes
CA2526690C (en) 2003-05-23 2014-01-14 Board Of Regents The University Of Texas System Structure based and combinatorially selected oligonucleoside phosphorothioate and phosphorodithioate aptamer targeting ap-1 transcription factors
EP1526177A1 (en) * 2003-10-24 2005-04-27 Institut Curie Nucleic acids useful for triggering tumor cell lethality
US7476729B2 (en) 2003-10-24 2009-01-13 Institut Curie Dbait and uses thereof
SG122973A1 (en) 2003-10-30 2006-06-29 Coley Pharm Gmbh C-class oligonucleotide analogs with enhanced immunostimulatory potency
GB2422607A (en) * 2003-11-10 2006-08-02 Univ Utah Res Found Improved methods and compositions for RNA interference
GB2442373B (en) * 2003-11-26 2008-10-22 Univ Massachusetts Sequence -specific inhibition of small rna function
US7468431B2 (en) * 2004-01-22 2008-12-23 Isis Pharmaceuticals, Inc. Modulation of eIF4E-BP2 expression
US20060075515A1 (en) 2004-08-11 2006-04-06 Luethy Michael H Enhanced zein reduction in transgenic corn seed
US7858769B2 (en) 2004-02-10 2010-12-28 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of gene expression using multifunctional short interfering nucleic acid (multifunctional siNA)
WO2005098049A2 (en) 2004-03-25 2005-10-20 California Institute Of Technology Hybridization chain reaction
US20060041961A1 (en) 2004-03-25 2006-02-23 Abad Mark S Genes and uses for pant improvement
US20060021087A1 (en) 2004-04-09 2006-01-26 Baum James A Compositions and methods for control of insect infestations in plants
JP2007536937A (ja) * 2004-05-12 2007-12-20 カメル・カリーリ 霊長類ポリオーマウイルス遺伝子のｓｉＲＮＡ干渉用組成物および方法
US10508277B2 (en) 2004-05-24 2019-12-17 Sirna Therapeutics, Inc. Chemically modified multifunctional short interfering nucleic acid molecules that mediate RNA interference
EP2399924B1 (en) 2004-05-27 2015-01-28 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Nuclease resistant double-stranded ribonucleic acid
US8394947B2 (en) 2004-06-03 2013-03-12 Isis Pharmaceuticals, Inc. Positionally modified siRNA constructs
US20060075522A1 (en) 2004-07-31 2006-04-06 Jaclyn Cleveland Genes and uses for plant improvement
US7884086B2 (en) 2004-09-08 2011-02-08 Isis Pharmaceuticals, Inc. Conjugates for use in hepatocyte free uptake assays
TWI386225B (zh) 2004-12-23 2013-02-21 Alcon Inc 用於治療眼睛病症的結締組織生長因子（ＣＴＧＦ）ＲＮＡ干擾（ＲＮＡｉ）抑制技術
MX2007008065A (es) * 2004-12-30 2008-03-04 Todd M Hauser Composiciones y metodos para modular la expresion genica usando oligonucleotidos autoprotegidos.
EP2489726A3 (en) 2005-01-12 2012-11-28 Monsanto Technology LLC Genes and uses for plant improvement
US7727721B2 (en) 2005-03-08 2010-06-01 California Institute Of Technology Hybridization chain reaction amplification for in situ imaging
EP1874938B1 (en) 2005-04-19 2012-04-04 BASF Plant Science GmbH Starchy-endosperm and/or germinating embryo-specific expression in mono-cotyledonous plants
EP1892293A4 (en) 2005-06-06 2008-12-10 Anges Mg Inc TRANSCRIPTION FACTOR DECOY
US9297036B2 (en) 2005-07-01 2016-03-29 Agilent Technologies, Inc Nucleic acid probes for analysis of small RNAs and other polynucleotides
EP2281876A3 (en) 2005-09-16 2012-04-11 deVGen N.V. Methods for controlling pests using RNAi
EP3508582B1 (en) 2005-09-16 2021-01-13 Monsanto Technology LLC Methods for genetic control of insect infestations in plants and compositions thereof
CN104357446A (zh) 2005-09-16 2015-02-18 德福根有限公司 作为昆虫控制剂的dsrna
US7960357B2 (en) 2005-10-07 2011-06-14 California Institute Of Technology PKR activation via hybridization chain reaction
EP1978096A1 (en) 2005-12-22 2008-10-08 Genomidea Inc Novel oligonucleotide and nf-kappa b decoy comprising the same
AU2007205935B2 (en) 2006-01-17 2013-07-11 Synthon Biopharmaceuticals B.V. Compositions and methods for humanization and optimization of N-glycans in plants
US7754475B2 (en) * 2006-01-25 2010-07-13 Agilent Technologies, Inc. Nucleic acid probes and microarrays for analysis of polynucleotides
JP5213723B2 (ja) 2006-01-27 2013-06-19 アイシス ファーマシューティカルズ， インコーポレーテッド マイクロｒｎａの調節に使用するためのオリゴマー化合物及び組成物
CN101501199B (zh) 2006-02-10 2016-11-09 孟山都技术有限公司 用于控制植物寄生线虫的靶基因的鉴定和用途
CN105385679B (zh) 2006-02-13 2020-05-26 孟山都技术有限公司 选择和稳定dsRNA构建体
EP1986697B1 (en) * 2006-02-17 2016-06-29 GE Healthcare Dharmacon, Inc. Compositions and methods for inhibiting gene silencing by rna interference
US8158598B2 (en) * 2006-05-05 2012-04-17 Isis Pharmaceuticals, Inc. Compositions and their uses directed to PTPR alpha
CN101195821A (zh) 2006-12-04 2008-06-11 中国科学院上海生命科学研究院 利用RNAi技术改良植物抗虫性的方法
EP2114981B1 (en) 2007-01-29 2013-05-08 Isis Pharmaceuticals, Inc. Compounds and methods for modulating protein expression
CA2675926A1 (en) 2007-02-16 2008-08-21 Basf Plant Science Gmbh Nucleic acid sequences for regulation of embryo-specific expression in monocotyledonous plants
US8318921B2 (en) 2007-03-01 2012-11-27 California Institute Of Technology Triggered RNAi
US9217151B2 (en) 2007-05-16 2015-12-22 California Institute Of Technology Versatile nucleic acid hairpin motif for programming biomolecular self-assembly pathways
WO2009023819A2 (en) * 2007-08-15 2009-02-19 Idera Pharmaceuticals, Inc. Toll like receptor modulators
US8497364B2 (en) 2008-02-27 2013-07-30 California Institute Of Technology Triggered RNAi
US8241854B2 (en) 2008-05-22 2012-08-14 California Institute Of Technology Triggered RNAi
WO2009149921A2 (en) * 2008-06-11 2009-12-17 Bionucleon S.R.L. Inhibition of hrp-3 using modified oligonucleotides
US20100233270A1 (en) 2009-01-08 2010-09-16 Northwestern University Delivery of Oligonucleotide-Functionalized Nanoparticles
EP3260545B1 (en) 2009-04-20 2020-07-01 Monsanto Technology LLC Multiple virus resistance in plants
WO2011130371A1 (en) 2010-04-13 2011-10-20 Life Technologies Corporation Compositions and methods for inhibition of nucleic acids function
US8658780B2 (en) 2010-05-18 2014-02-25 California Institute Of Technology Triggered covalent probes for imaging and silencing genetic expression
US9834439B2 (en) 2010-07-20 2017-12-05 California Institute Of Technology Biomolecular self-assembly
US8877438B2 (en) 2010-07-20 2014-11-04 California Institute Of Technology Self-assembled polynucleotide structure
US8962241B2 (en) 2010-07-20 2015-02-24 California Institute Of Technology Triggered molecular geometry based bioimaging probes
EP2609198B8 (en) 2010-08-24 2018-03-28 Sirna Therapeutics, Inc. SINGLE-STRANDED RNAi AGENTS CONTAINING AN INTERNAL, NON-NUCLEIC ACID SPACER
US9260471B2 (en) 2010-10-29 2016-02-16 Sirna Therapeutics, Inc. RNA interference mediated inhibition of gene expression using short interfering nucleic acids (siNA)
EP3339440A1 (en) 2010-12-30 2018-06-27 Dow AgroSciences LLC Nucleic acid molecules that target the vacuolar atpase c subunit and confer resistance to coleopteran pests
JP2014503218A (ja) 2010-12-30 2014-02-13 ダウ アグロサイエンシィズ エルエルシー Ｒｈｏ１低分子ＧＴＰ結合タンパク質を標的とし、鞘翅目有害生物に対する抵抗性を付与する核酸分子
CN103403162A (zh) 2010-12-30 2013-11-20 陶氏益农公司 赋予对鞘翅目有害生物的抗性的核酸分子
WO2012092580A2 (en) 2010-12-30 2012-07-05 Dow Agrosciences Llc Nucleic acid molecules that target the vacuolar atpase h subunit and confer resistance to coleopteran pests
US10557136B2 (en) 2011-12-12 2020-02-11 Oncolmmunin Inc. In vivo delivery of oligonucleotides
US9688983B2 (en) 2012-12-20 2017-06-27 Dow Agrosciences Llc Nucleic acid molecules that confer resistance to coleopteran pests
EP2810952A1 (en) 2013-06-03 2014-12-10 Fraunhofer-Gesellschaft zur Förderung der angewandten Forschung e.V. Novel pest control methods
US9856472B2 (en) 2013-07-01 2018-01-02 California Institute Of Technology Small conditional RNAs
JP2016528897A (ja) * 2013-08-16 2016-09-23 ラナ セラピューティクス インコーポレイテッド Ｒｎａを調節するための組成物および方法
KR20160093728A (ko) 2013-12-20 2016-08-08 다우 아그로사이언시즈 엘엘씨 딱정벌레류 해충에 대한 저항성을 부여하는 rnapii-140 핵산 분자
BR102014031844A2 (pt) 2013-12-20 2015-10-06 Dow Agrosciences Llc ras oposto (rop) e moléculas de ácido nucleico relacionadas que conferem resistência a pragas de coleópteros e hemípteros
AU2015230681A1 (en) 2014-03-12 2016-09-08 The University Of Sydney RNA production in higher plants
AU2015255995B2 (en) 2014-05-07 2018-05-10 Dow Agrosciences Llc Dre4 nucleic acid molecules that confer resistance to coleopteran pests
CN105087554B (zh) * 2014-05-14 2017-09-22 武汉大学 Dna磷硫酰化修饰基因簇
EP3164113B1 (en) 2014-06-04 2019-03-27 Exicure, Inc. Multivalent delivery of immune modulators by liposomal spherical nucleic acids for prophylactic or therapeutic applications
US20160194658A1 (en) 2014-12-22 2016-07-07 Dow Agrosciences Llc Nucampholin nucleic acid molecules to control coleopteran insect pests
US10758558B2 (en) 2015-02-13 2020-09-01 Translate Bio Ma, Inc. Hybrid oligonucleotides and uses thereof
EP3067424A1 (en) 2015-03-13 2016-09-14 Dow AgroSciences LLC Rna polymerase i1 nucleic acid molecules to control insect pests
MX2017013088A (es) 2015-04-13 2018-06-19 Fraunhofer Ges Forschung Metodos novedosos para el control de la aflatoxina y de infecciones fungicas.
BR102016012010A2 (pt) 2015-05-29 2020-03-24 Dow Agrosciences Llc Molécula de ácido nucleico, de ácido ribonucleico (rna) e de ácido ribonucleico de filamento duplo (dsrna), usos de célula, planta e semente, produto primário, bem como métodos para controlar uma população de pragas coleópteras e/ou hemípteras, para melhorar o rendimento de uma cultura, e para produzir uma célula vegetal transgênica e uma planta transgênica
EP3362552A4 (en) 2015-10-12 2019-04-24 Dow Agrosciences LLC WUPA-NUCLEIC ACID MOLECULES FOR THE AWARD OF RESISTANCE TO COLEOPTERA AND HEMIPTERA PESTS
AU2016371636A1 (en) 2015-12-18 2018-06-21 Dow Agrosciences Llc Ribosomal protein L40 (RPL40) nucleic acid molecules that confer resistance to coleopteran and hemipteran pests
EP3943613A1 (en) 2016-07-05 2022-01-26 California Institute of Technology Fractional initiator hybridization chain reaction
EP3507296B1 (en) 2016-08-30 2022-10-12 California Institute of Technology Immunohistochemistry via hybridization chain reaction
WO2018089237A1 (en) 2016-11-10 2018-05-17 Dow Agrosciences Llc Cytochrome b (cytb) nucleic acid molecules that control pathogens
EP3342780A1 (en) 2016-12-30 2018-07-04 Dow AgroSciences LLC Pre-mrna processing factor 8 (prp8) nucleic acid molecules to control insect pests
US11696954B2 (en) * 2017-04-28 2023-07-11 Exicure Operating Company Synthesis of spherical nucleic acids using lipophilic moieties
EP3825408A1 (en) 2019-11-19 2021-05-26 FRAUNHOFER-GESELLSCHAFT zur Förderung der angewandten Forschung e.V. Methods of multi-species insect pest control
WO2022164796A1 (en) 2021-01-26 2022-08-04 California Institute Of Technology Allosteric conditional guide rnas for cell-selective regulation of crispr/cas

Family Cites Families (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO1992003464A1 (en) * 1990-08-28 1992-03-05 Microprobe Corporation Solid support synthesis of 3'-tailed oligonucleotides via a linking molecule

Also Published As

Publication number Publication date
NZ255028A (en) 1997-03-24
JPH08501928A (ja) 1996-03-05
PL172710B1 (pl) 1997-11-28
EP0649467B1 (en) 1998-09-16
PL307025A1 (en) 1995-05-02
FI946201A0 (fi) 1994-12-30
DE69321122D1 (de) 1998-10-22
AU4770093A (en) 1994-01-31
FI946201A (fi) 1994-12-30
WO1994001550A1 (en) 1994-01-20
CA2139319A1 (en) 1994-01-20
KR950702626A (ko) 1995-07-29
RU94046425A (ru) 1997-03-20
ATE171210T1 (de) 1998-10-15
HU9403788D0 (en) 1995-02-28
EP0649467A1 (en) 1995-04-26
CZ333294A3 (en) 1995-07-12

Similar Documents

Publication Publication Date Title
HUT69981A (en) Self-stabilized oligonucleotides as therapeutic agents
US6346614B1 (en) Hybrid oligonucleotide phosphorothioates
US5652355A (en) Hybrid oligonucleotide phosphorothioates
US6143881A (en) Hybrid oligonucleotide phosphorothioates
US5739308A (en) Integrated oligonucleotides
EP0677056B1 (en) Oligonucleotide alkylphosphonates and alkylphosphonothioates
US5929226A (en) Antisense oligonucleotide alkylphosphonothioates and arylphospohonothioates
WO1994002498A9 (en) Hybrid oligonucleotide phosphorothioates
US5693773A (en) Triplex-forming antisense oligonucleotides having abasic linkers targeting nucleic acids comprising mixed sequences of purines and pyrimidines
WO1996035706A1 (en) Pyrimidine targeting hairpin triplex-forming oligonucleotides
CA2490644A1 (en) Hybrid oligonucleotide phosphorothioates
Toulmé Oligonucleotides as Antiparasite Compounds

Legal Events

Date Code Title Description
DFD9 Temporary protection cancelled due to non-payment of fee