FR3099054A1 - Souche de Christensenella pour son utilisation dans le traitement et la prévention d’une inflammation gastro-intestinale - Google Patents

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Philippe Langella
Rebeca Martin Rosique
Patrizia BRIGIDI
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Abstract

Souche de Christensenella pour son utilisation dans le traitement et la prévention d’une inflammation gastro-intestinale La présente invention concerne une composition pour son utilisation dans le traitement et/ou la prévention d’une maladie gastro-intestinale inflammatoire chez un individu, ladite composition comprenant, dans un milieu physiologiquement acceptable : (i) au moins une souche bactérienne du genre Christensenella ; et/ou (ii) un surnageant de culture d’au moins une souche bactérienne du genre Christensenella ; et dans laquelle ledit individu possède un IMC inférieur à 25.

Description

Souche deChristensenellapour son utilisation dans le traitement et la prévention d’une inflammation gastro-intestinale
La présente invention concerne une souche deChristensenella ,et/ou son surnageant de culture, pour son utilisation dans le traitement et la prévention de maladies gastro-intestinales inflammatoires chez un individu, en particulier d’affections intestinales inflammatoires.
L’inflammation est un processus biologique naturel, qui constitue une partie normale de la réponse à des lésions ou des infections et contribue à la protection de l’organisme contre les agressions internes ou externes.
Cependant, un dysfonctionnement des mécanismes de l’inflammation, en particulier une inflammation persistante ou trop abondante, peut causer des maladies douloureuses et mettre en danger la vie du patient. De telles maladies comprennent, par exemple, des troubles cutanés, des troubles intestinaux, des troubles neurologiques, l’arthrite et des maladies auto-immunes. Plusieurs de ces maladies inflammatoires restent sans traitement ou sans traitement adéquat.
Par conséquent, l’étude et la recherche de nouvelles stratégies de traitement anti-inflammatoire constituent un sujet majeur en médecine et en recherche biomédicale. La forme la plus courante de ce groupe est la maladie de Crohn. La pathogenèse met en œuvre une activation inappropriée et continue du système immunitaire muqueux entraînée par la présence du microbiote intestinal chez un patient génétiquement prédisposé.
Il existe un besoin constant de nouvelles substances, en particulier de probiotiques, ou de compositions pour le traitement et/ou la prévention de maladies gastro-intestinales inflammatoires, en particulier des affections intestinales inflammatoires, chez un individu.
Ainsi, la capacité à moduler la réponse immunitaire deChristensenella, et en particulier des souchesChristensenella minutaetChristensenella timonensis, a été testéein vitro. De plus, les inventeurs ont déterminé les propriétés anti-inflammatoires synergiques issues de la mise en œuvre d’une souche deChristensenellaen association avec une souche d’Akkermansia, en particulier avecAkkermansia municiphila, un probiotique de nouvelle génération (NGP) bien connu de la familleVerrucomicrobiaceae.
La présente invention vise à proposer une composition comportant au moins une souche deChristensen e lla, seule ou en association avec au moins une souche bactérienne additionnelle du genreAkkermansia, pour son utilisation dans le traitement et/ou la prévention de maladies gastro-intestinales inflammatoires chez un individu.
Une telle composition comprenant, dans un milieu physiologiquement acceptable, au moins l’une de ces souches et/ou leurs surnageants, est également viséeper se.
L’objectif de la présente invention est de décrire de nouvelles substances, en particulier des probiotiques et/ou des surnageants de culture de probiotiques, et des compositions pour le traitement et/ou la prévention de maladies gastro-intestinales inflammatoires chez un individu, en particulier des affections intestinales inflammatoires chez un individu.
Dans le contexte de la présente invention, les termes «prévenir» et «prévention» désignent la réduction à un degré moindre du risque ou de la probabilité d’occurrence d’un phénomène donné, c’est-à-dire, dans la présente invention, une inflammation gastro-intestinale, en particulier une inflammation intestinale.
Dans le contexte du présent texte, les termes «traiter» et «traitement» associés à une maladie gastro-intestinale inflammatoire, désigne une diminution, voire une interruption de ladite maladie gastro-intestinale inflammatoire.
La présente invention est basée sur la découverte par les présents inventeurs des propriétés anti-inflammatoires de souches deChristensenella , etplus particulièrement des souchesChristensenella minutaetChristensenella timonensis.
Selon les résultats expérimentaux des inventeurs, une souche deChristensenellapossède la capacité inattendue de réduirein vitroune inflammation gastro-intestinale, en particulier une inflammation intestinale, et plus particulièrement une inflammation chronique de l’intestin.
Une souche deChristensenellaselon l’invention est plus particulièrement capable de réduire significativement la production de molécules pro-inflammatoires, telle que l’interleukine 8 (IL-8).
Ainsi, selon un premier objet, la présente invention concerne une composition pour son utilisation dans le traitement et/ou la prévention d’une maladie gastro-intestinale inflammatoire chez un individu, ladite composition comprenant, dans un milieu physiologiquement acceptable (i) au moins une souche bactérienne du genreChristensenella, et/ou (ii) un surnageant de culture d’au moins une souche bactérienne du genreChristensenella; ledit individu possèdant un indice de masse corporel (IMC) inférieur à 25.
Selon un deuxième objet, la présente invention concerne une composition pour son utilisation dans le traitement et/ou la prévention d’une maladie gastro-intestinale inflammatoire chez un individu, ladite composition comprenant, dans un milieu physiologiquement acceptable, (i) au moins une souche bactérienne choisie dans le groupe constitué deChristensenella timonensis,Christensenella minutaet/ou leurs mélanges, et/ou (ii) un surnageant de culture d’au moins une souche bactérienne choisie dans le groupe constitué deChristensenella timonensis,Christensenella minutaet/ou leurs mélanges.
Selon un mode de réalisation particulier de cet objet, la composition est utilisée chez un individu dont le genreChristensenellareprésente au moins 0,01 % en nombre du total des genres bactériens de son microbiote intestinal.
Selon un mode de réalisation, une composition pour son utilisation selon l’invention comprend en outre (i) au moins une souche bactérienne additionnelle de la familleVerrucomicrobiaceae ;et/ou (ii) un surnageant de culture de ladite souche bactérienne additionnelle.
En particulier, la souche bactérienne additionnelle peut être une bactérie du genreAkkermansia, plus particulièrement de l’espèceAkkermansia municiphila.
Selon un mode de réalisation, la souche bactérienne et la souche bactérienne additionnelle telles que mentionnées ci-dessus sont, indépendamment l’une de l’autre, sous une forme vivante, semi-active, inactivée et/ou morte, et sont en particulier sous une forme vivante.
Un individu selon la présente invention peut en particulier être un mammifère, plus particulièrement un être humain.
Une maladie gastro-intestinale inflammatoire considérée selon l’invention peut en particulier être une affection intestinale inflammatoire, plus particulièrement une affection intestinale inflammatoire colique.
Ladite affection intestinale inflammatoire colique peut, en particulier, être choisie dans le groupe constitué de la maladie de Crohn, de la recto-colite hémorragique et de la pochite, en particulier dans le groupe constitué de la maladie de Crohn et de la recto-colite hémorragique.
Selon un mode de réalisation, une composition selon l’invention est sous une forme adaptée à une administration par la voie orale. Une composition selon l’invention peut se présenter sous la forme de poudre ou granulés, d’un produit alimentaire, d’une boisson, d’un produit pharmaceutique, d’un nutraceutique, d’un additif alimentaire, d’un complément alimentaire, d’un produit laitier, d’une capsule ou d’une gélule.
Plus particulièrement, une composition selon l’invention peut être comprise dans un complément alimentaire.
Selon un troisième objet, la présente invention concerne une composition comprenant, dans un milieu physiologiquement acceptable :
(I) (a) au moins une souche bactérienne choisie dans le groupe constitué deChristensenella timonensis,Christensenella minutaet/ou leurs mélanges ;
et/ou
(b) au moins un surnageant de culture d’au moins une souche bactérienne choisie dans le groupe constitué deChristensenella timonensis,Christensenella minutaet/ou leurs mélanges;
et
(II) (a) au moins une souche bactérienne additionnelle du genreAkkermansia, plus particulièrement de l’espèceAkkermansia municiphila;
et/ou
(b) au moins un surnageant de culture d’au moins une souche bactérienne additionnelle du genreAkkermansia, plus particulièrement de l’espèceAkkermansia municiphila.
représente la production d’interleukine-8 (IL-8) (en pg/mL) (ordonnée) dans des cellules Ht-29 stimulées par du TNF-α en présence de C. minuta, C. timonensis, A. municiphila, C. minuta + A. municiphila et C. timonensis + A. municiphila (abscisse).
Description détaillée
Les inventeurs ont conduit des travaux approfondis afin d’identifier la capacité d’une souche bactérienne deChristensenella, et/ou de son surnageant de culture, à traiter et/ou prévenir des maladies gastro-intestinales inflammatoires chez un individu, en particulier des affections intestinales inflammatoires, plus particulièrement chez un individu possédant un indice de masse corporel (IMC) inférieur à 25. Notamment, les inventeurs ont identifié la capacité d’une souche bactérienne deChristensenella timonensiset/ouChristensenella minutaà traiter et/ou prévenir une maladie gastro-intestinale inflammatoire, en particulier chez un individu dont le microbiote intestinal contient au moins 0,01% en nombre des bactéries du genreChristensenellasur le total des genres bactériens du microbiote intestinal de l’individu.
En effet, les inventeurs ont déterminé de façon inattendue qu’une souche deChristensenellapossède la capacité de réduire une inflammation gastro-intestinale, en particulier une inflammation intestinale, chez un individu.
Il est présentement décrit que la souche bactérienne de l’invention peut, en particulier, réduire la concentration de molécules pro-inflammatoires, telle que l’interleukine 8 (IL-8).
Il est par ailleurs également démontré que la souche bactérienne deChristensenella, et en particulier les souchesChristensenella timonensisetChristensenella minuta(et/ou leurs surnageants de culture),sont capables d’augmenter les propriétés anti-inflammatoires d’une souche de la familleAkkermansia, et notamment de la soucheAkkermansia municiphila(et/ou de son surnageant de culture).
Christensenellaest une bactérie anaérobie et sa culture nécessite un équipement et un savoir-faire particulier. Bien qu'elle ne soit pas considérée comme un membre dominant du microbiote intestinal chez les adultes en bonne santé, elle est présente à hauteur de 8,6% des bactéries identifiées dans les selles de la mère au moment de la naissance et représente 20% des bactéries présentes dans des échantillons de méconium du nourrisson (Koenig JE,et al.: Proc Natl Acad Sci U S A 2011, 108 Suppl 1:4578-4585). Il a par ailleurs été observé que les membres deChristensenellaceaeprésents dans les échantillons fécaux de volontaires sains sont plus nombreux que dans ceux de patients atteints d’une maladie gastro-intestinale inflammatoire dans des échantillons pédiatriques et jeunes (Papa Eet al .: PLoS One 2012, 7:e39242.). Ces observations ont suggéré l'hypothèse que cette bactérie est corrélée à un vieillissement en bonne santé d’un individu.
Il a été décrit dans la demande WO2016156527 l’intérêt de rétablir une population minimale enChristensenellachez des individus présentant une maladie inflammatoire intestinale liée à une déficience enChristensenelladans le microbiote intestinal.
Par ailleurs, les demandes WO2018/162738 et WO2018/162726 enseignent que l’utilisation de bactéries particulières deChristensenella, appartenant à des espèces définies comme étant spécifiquement éloignées de celles des genresC histensenella minutaetC hristensenella timonensis, permettent de lutter notamment contre le surpoids et l’obésité, en intervenant par exemple sur la présence de gras viscéral et sur la perméabilité intestinale.
A kkermansia muciniphila, appartenant à la familleVerrucomicrobia ceaeet au genreAkkermansia, est une bactérie identifiée pour la première fois en 2004 et qui représente environ 1 à 3 % en nombre sur le total des genres bactériens du microbiote intestinal d’adultes en bonne santé (Derrienet al ., 2004, 54: 1469- 1476; Derrienet al .Applied Environmental Microbiology 2008, 74, 1646-1648).
La population en nombre d’Akkermansia mu nic iphilaa déjà été rapportée comme étant réduite dans les échantillons de selles d’individus obèses et de patients atteints d’une maladie gastro-intestinale inflammatoire (Png,et al.Gastroenterol. 2010;105: 2420-2428).Akkermansia muciniphilaest associé à un état métabolique plus sain et à de meilleurs résultats cliniques après une intervention de restriction calorique chez les adultes en surpoids voire obèses.
Les inventeurs ont cependant déterminé, de manière surprenante, la capacité de souches deChristensenellaà augmenter les propriétés anti-inflammatoires d’une souche d’Akkermansia, et en particulier de la soucheA kkermansia municiphila. Ainsi, les inventeurs ont mis en évidence l’existence d’un effet synergique d’une association d’une souche deChristensenella(ou d’un surnageant de culture d’une telle souche) et d’une souche d’Akkermansia(ou d’un surnageant de culture d’une telle souche) sur la prévention et/ou le traitement d’une inflammation gastro-intestinale, et en particulier l’effet synergique d’une association d’une souche deChristensenella minutaet/ou deChristensenella timonensis(ou de surnageants de culture de telles souches) et d’une souche d’Akkermansia municiphila(ou d’un surnageant de cette souche) sur la prévention et/ou le traitement d’une inflammation gastro-intestinale.
Le terme «individu» tel qu’utilisé dans le présent texte désigne de préférence un mammifère, y compris un mammifère non-humain, et plus particulièrement un être humain.
Les termes «milieu physiologiquement acceptable» désignent un milieu qui est compatible avec l’organisme de l’individu auquel ladite composition doit être administrée. Il peut s’agir, par exemple, d’un solvant non toxique tel que l’eau. En particulier, ledit milieu est compatible avec une administration orale. Une composition selon l’invention est de préférence adaptée à une administration par la voie orale.
Par «microbiote», on entend l'ensemble des micro-organismes ayant colonisé un individu et avec lesquels il cohabite : des bactéries pour l'essentiel, mais également des virus, des champignons, des levures et des protozoaires. La composition du microbiote diffère selon les surfaces colonisées : on distingue ainsi le microbiote cutané, le microbiote vaginal, le microbiote urinaire, le microbiote respiratoire, le microbiote ORL (otorhinolaryngologie) et le microbiote intestinal, autrefois appelé flore intestinale, de loin le plus important avec ses 100 000 milliards de germes. Ainsi, on entend par « microbiote intestinal » l’ensemble des micro-organismes, notamment des bactéries, qui peuplent l’intestin d’un individu donné.
Par «Indice de masse corporel» (IMC), on désigne, selon une définition officielle de l’Organisme Mondiale de la Santé (OMS), l’indicateur des risques pour la santé associée à un poids excessif et à un poids insuffisant. L’IMC se calcule en divisant le poids de l’individu (en kilogrammes) par sa taille (en mètres) élevée au carré. Une valeur d’IMC est associée à une corpulence spécifique selon la classification donnée par l’OMS (Tableaux 1).
Composition selon l’invention
La présente invention concerne une composition pour son utilisation dans le traitement et/ou la prévention d’une maladie gastro-intestinale inflammatoire chez un individu, ladite composition comprenant, dans un milieu physiologiquement acceptable, (i) au moins une souche bactérienne du genreChristensenella, et/ou (ii) un surnageant de culture d’au moins une souche bactérienne du genreChristensenella ;et dans laquelle l’individu n’est pas en surpoids, i.e. possède un IMC inférieur à 25.
Selon un mode de réalisation, la composition selon l’invention comprend au moins une souche bactérienne du genreChristensenella .
Selon un mode de réalisation, la composition selon l’invention comprend un surnageant de culture d’au moins une souche bactérienne du genreChristensenella.
Selon un mode de réalisation, la composition selon l’invention comprend au moins une souche bactérienne du genreChristensenellaet un surnageant de culture d’au moins une souche bactérienne du genreChristensenella .
Par «IMC inférieur à 25», on désigne un IMC strictement inférieur à 25, plus particulièrement un IMC inférieur ou égale à 24,9.
Selon l’un quelconque de ces modes de réalisation, ledit individu peut en particulier posséder un IMC inférieur à 25 et supérieur ou égal à 18,5.
La présente invention concerne en outre une composition comprenant, dans un milieu physiologiquement acceptable :
(I) (a) au moins une souche bactérienne choisie dans le groupe constitué deChristensenella timonensis,Christensenella minutaet/ou leurs mélanges,
et/ou
(b) au moins un surnageant de culture d’au moins une souche bactérienne choisie dans le groupe constitué deChristensenella timonensis,Christensenella minutaet/ou leurs mélanges;
et
(II) (a) au moins une souche bactérienne additionnelle du genreAkkermansia, plus particulièrement de l’espèceAkkermansia municiphila,
et/ou
(b) au moins un surnageant de culture d’au moins une souche bactérienne additionnelle du genreAkkermansia, plus particulièrement de l’espèceAkkermansia municiphila.
La présente invention concerne également une composition pour son utilisation dans le traitement et/ou la prévention d’une maladie gastro-intestinale inflammatoire chez un individu, ladite composition comprenant, dans un milieu physiologiquement acceptable
(i) au moins une souche bactérienne choisie dans le groupe constitué deChristensenella timonensis,Christensenella minutaet/ou leurs mélanges,
et/ou
(ii) un surnageant de culture d’au moins l’une quelconque de ces souches bactériennes et/ou leurs mélanges.
Selon un mode de réalisation particulier, la composition est utilisée chez un individu non déficient enChristensenelladans le microbiote intestinal.
Par «non-déficient en Christensenella» dans le microbiote intestinal, au sens de la présente invention, on entend désigner un individu dont les bactéries du genreChristensenelladans son microbiote intestinal représente au moins 0,01% en nombre du total des genres bactériens décelés dans son microbiote intestinal, en particulier au moins 0,1%, et notamment au moins 0,5% en nombre du total des genres bactériens décelés dans son microbiote intestinal. Recueilli dans les selles, l'abondance enChristensenellapeut par exemple être mesurée par un test de séquençage Fish, ou de qPCR ou de méta analyse, bien connus de l’homme du métier.
Selon un mode de réalisation, une composition selon l’invention comprend au moins une souche bactérienne choisie dans le groupe constitué deChristensenella timonensis,Christensenella minutaet/ou leurs mélanges.
Selon un mode de réalisation, une composition selon l’invention comprend un surnageant de culture d’au moins une souche bactérienne choisie dans le groupe constitué deChristensenella timonensis,Christensenella minutaet/ou leurs mélanges.
Selon un mode de réalisation, une composition selon l’invention comprend au moins une souche bactérienne choisie dans le groupe constitué deChristensenella timonensis,Christensenella minutaet/ou leurs mélanges et un surnageant de culture d’au moins une souche bactérienne choisie dans le groupe constitué deChristensenella timonensis,Christensenella minutaet/ou leurs mélanges.
Selon l’un quelconque des modes de réalisation précédent, une composition selon l’invention peut en outre comprendre une souche bactérienne additionnelle et/ou un surnageant de culture d’une souche bactérienne additionnelle. Une telle souche bactérienne additionnelle peut en particulier être de la familleVerrucomicrobiaceae.
Selon un mode de réalisation particulier, ladite souche bactérienne additionnelle est une bactérie du genreAkkermansia, et plus particulièrement de l’espèceAkkermansia municiphila .
Selon la présente invention, les souches bactériennes et souches bactériennes additionnelles mentionnées ci-dessus peuvent être mises en œuvre sous une forme vivante, semi-active, inactivée ou morte.
Au sens de l’invention, une souche bactérienne sous une forme semi-active est un microorganisme dont la capacité à proliférer est réduite, temporairement ou définitivement.
Le terme "semi-active" désigne ainsi une bactérie à faible activité physiologique. Cette activité peut être mesurée par une phase de croissance exponentielle ou un temps de génération plus long, un métabolisme ralenti ou une réponse physiologique incomplète aux modifications de l'environnement, par exemple. Dans certains cas extrêmes, le nombre de bactéries peut être réduit puisqu'elles ne peuvent plus résister aux changements de l'environnement.
Ainsi, au sens de l'invention, une souche bactérienne «inactivé» est une souche bactérienne qui n'est plus capable, temporairement ou définitivement, de proliférer.
Au sens de l'invention, une souche bactérienne «morte» est une souche bactérienne qui n'est plus capable, définitivement, de proliférer.
Les souches bactériennes mortes ou inactivées peuvent avoir les membranes cellulaires intactes ou rompues. Ainsi le terme «inactivé» désigne également les extraits et lysats de souches bactériennes obtenus comme détaillés ci-avant. L'obtention de souches bactériennes mortes ou inactivées peut être effectuée par toute méthode connue de l'homme du métier.
Une souche bactérienne inactivée convenant à l'invention peut être préparée par irradiation, inactivation thermique ou lyophilisation d'une préparation de souche bactérienne. Ces méthodes sont connues de l'homme du métier.
Plus particulièrement, l’inactivation de souches bactériennes par irradiation peut comprendre la mise en œuvre de rayons gamma, de rayons X ou une exposition aux UV. Le type de rayonnement, l'intensité, la dose et le temps d'exposition sont ajustés par l’homme du métier selon la quantité et la nature des souches bactériennes à inactiver.
L’inactivation par lyophilisation peut être effectuée par toute méthode connue dans le domaine. Avantageusement, des souches bactériennes inactivées par lyophilisation peuvent être remises en culture.
Une souche bactérienne selon l'invention peut être mise en œuvre sous forme entière, c'est-à-dire pour l'essentiel dans sa forme native, ou sous forme d'extraits ou de lysats comprenant des fractions et/ou des métabolites de ce microorganisme. Un tel lysat peut notamment être préparé comme indiqué ci-après.
Un lysat conforme à l'invention peut comprendre tout ou partie des éléments fractionnés et/ou des métabolites résultant de la lyse de la souche bactérienne.
Un lysat au sens de l'invention désigne le produit obtenu à l'issue de la destruction ou dissolution de cellules biologiques par un phénomène de lyse cellulaire provoquant la libération des constituants biologiques intracellulaires naturellement contenus dans les cellules de la souche bactérienne considérée.
Au sens de la présente invention, le terme «lysat» est utilisé indifféremment pour désigner l'intégralité du lysat obtenu par lyse de la souche bactérienne concernée ou seulement une fraction de celle-ci.
Au sens de la présente invention, les termes «lysat entier» sont utilisés pour désigner plus précisément l'intégralité du lysat obtenu par lyse de la souche bactérienne concernée.
Le lysat mis en œuvre est donc formé en tout ou partie des constituants biologiques intracellulaires et des constituants des parois et membranes cellulaires.
Selon un mode de réalisation, un lysat utilisé pour l'invention est l'intégralité du lysat obtenu par lyse de la souche bactérienne concernée.
Cette lyse cellulaire peut être réalisée à l’aide de différentes technologies, telles que par exemple un choc thermique, par ultrasons, un choc osmotique, ou sous contrainte mécanique, telle que par centrifugation.
Par «surnageant de culture» on désigne au sens de la présente invention, le milieu de culture dans lequel les souches bactériennes ont séjourné lors de leur culture, ou milieu extracellulaire.
En particulier, une composition de l’invention est adaptée pour l’administration d’une dose journalière représentant de 107à 1011unités formant des colonies (ufc) d’au moins une souche bactérienne du genreChristensenella, en particulier d’une souche bactérienne choisie dans le groupe constitué deChristensenella timonensis,Christensenella minutaet/ou leurs mélanges, de préférence une dose journalière équivalente à 109ufc.
Ainsi, dans le cas oùChristensenella timonensisetChristensenella minutasont présentes dans une composition de l’invention, alors elles sont présentes en une quantité adaptée à l’administration d’une dose journalière de leurs mélanges représentant de 107à 1011ufc, et notamment une dose journalière équivalente à 109ufc.
Dans certains modes de réalisation, une composition de l’invention est adaptée pour l’administration d’une dose journalière représentant de 107à l011unités formant des colonies (ufc), de préférence une dose journalière équivalente à 109ufc, d’une souche bactérienne de la familleVerrucomicrobiaceae, en particulier du genreAkkermansia, plus particulièrement d’une souche bactérienneAkkermansia municiphila.
Dans le cas de la mise en œuvre d’un surnageant de culture de l’une quelconque des souches bactériennes susmentionnées, une composition selon l’invention peut notamment en comprendre une teneur comprise entre 0,1 et 99 % en poids, notamment de 10 à 90 % en poids, en particulier de 25 à 70 % en poids et plus particulièrement de 30 à 50 % en poids, par rapport au poids total de la composition.
Ainsi, une composition selon l’un quelconque des modes de réalisation susmentionnés peut comprendre une teneur comprise entre 0,1 et 99 % en poids, notamment de 10 à 90 %, en particulier de 25 à 70 % en poids, plus particulièrement de 30 à 50 % en poids, de surnageant par rapport au poids total de la composition.
Une composition selon la présente invention est en particulier adaptée à une administration par la voie orale ou rectale, en particulier par la voie orale.
Selon un mode de réalisation, une composition de la présente invention est une composition orale, c’est-à-dire qu’elle est prévue pour une administration pour la voie orale.
Une telle composition peut être sous la forme de poudre ou granulés, d’un produit alimentaire, d’une boisson, d’un produit pharmaceutique, d’un nutraceutique, d’un additif alimentaire, d’un complément alimentaire, d’un produit laitier, d’une capsule ou d’une gélule, et en particulier être sous la forme d’un complément alimentaire.
Selon un mode de réalisation, une composition selon la présente invention est ainsi un complément alimentaire.
Un complément alimentaire pour une administration par la voie orale peut être présent dans des capsules, des gélules, des capsules molles, des comprimés, des comprimés dragéifiés, des pilules, des pâtes, des pastilles, des gommes, des solutions ou émulsions buvables, un sirop ou un gel.
Avantageusement, une composition selon la présente invention, prévue pour une administration par la voie orale, peut être pourvue d’un enrobage résistant au suc gastrique, afin d’assurer que la souche bactérienne de l’invention comprise dans ladite composition puisse traverser l’estomac endommagé. La libération de(s) la souche(s) bactérienne(s) peut ainsi se produire pour la première fois dans le tractus intestinal supérieur.
Un complément alimentaire selon la présente invention peut comprendre en outre un édulcorant, un stabilisant, un antioxydant, un additif, un agent aromatisant et/ou un colorant. La formulation de celui-ci est effectuée au moyen des procédés usuels pour produire des comprimés dragéifiés, des gélules, des gels, des hydrogels pour libération contrôlée, des émulsions, des comprimés ou des capsules.
Une composition selon la présente invention peut également être sous la forme d’une composition nutritionnelle.
Une composition nutritionnelle selon la présente invention est sous la forme d’un yogourt, une barre de céréale, des céréales pour le petit-déjeuner, un dessert, un aliment congelé, une soupe, un aliment pour animaux de compagnie, une suspension liquide, une poudre, un comprimé, une gomme ou un bonbon.
Dans un autre mode de réalisation de la présente invention, une composition contenant la souche bactérienne de l’invention est administrée par voie intrarectale.
En particulier, une administration rectale est conduite sous la forme d’un suppositoire, un lavement ou une mousse.
Une composition selon la présente invention peut comprendre en outre au moins un ingrédient choisi parmi : des antioxydants, des huiles de poisson, DHA, EPA, des vitamines, des minéraux, des phytonutriments, une protéine, un lipide, des probiotiques et des combinaisons de ceux-ci.
Maladies gastro-intestinales inflammatoires
Comme indiqué précédemment, une composition selon l’invention, telle que décrite ci-dessus, est mise en œuvre dans le traitement et/ou la prévention d’une maladie gastro-intestinale inflammatoire chez un individu, plus particulièrement un être humain.
Au sens de la présente invention, une maladie gastro-intestinale inflammatoire est, en particulier, une affection intestinale inflammatoire, plus particulièrement une affection intestinale inflammatoire colique.
Ladite affection intestinale inflammatoire colique peut, en particulier, être choisie dans le groupe constitué de la maladie de Crohn (MC), la recto-colite hémorragique (RCH) et la pochite, en particulier la MC et la RCH.
La MC et la RCH sont deux maladies qui se caractérisent par l'inflammation de la paroi d'une partie du tube digestif, liée à une hyperactivité du système immunitaire digestif.
En particulier, les affections intestinales inflammatoires notamment coliques, plus particulièrement la MC, la RCH et la pochite, sont des maladies frappant avec prédilection l'adulte jeune, i.e. entre 20 et 30 ans, et qui évoluent par poussées entrecoupées de périodes de rémission.
Ces maladies peuvent toucher tout le tube digestif, de la bouche à l'anus.
Par «maladie de Crohn» on désigne une maladie gastro-intestinale inflammatoire qui peut atteindre tout le tube digestif. La MC, de cause inconnue, est caractérisée par une inflammation le plus souvent retrouvée au niveau de l'iléon, du côlon et de l’anus, qui est d'origine multifactorielle, faisant intervenir entre autres une composante génétique et le microbiome. La MC évolue typiquement par poussées espacées par des phases dites de rémission, i.e. asymptomatiques. Les signes digestifs sont le plus souvent à type de diarrhée, de douleur abdominale ou de lésion proctologique. Le diagnostic de la MC nécessite une fibroscopie œsogastrique et une coloscopie avec réalisation de biopsies. La MC peut aussi être détectée grâce à une vidéo-capsule, celle-ci permettant de visualiser les intestins et plus particulièrement le grêle.
Par «recto-colite hémorragique» on désigne une maladie inflammatoire chronique de l'intestin qui affecte l'extrémité distale du tube digestif, i.e. le côlon et le rectum. Elle se caractérise par des lésions continues le plus souvent superficielles qui débutent dans le rectum et peuvent s'étendre sur l'ensemble du colon sans jamais atteindre d'autres segments du tube digestif. Elle évolue par poussées entrecoupées de périodes de rémissions, i.e. asymptomatiques.
Par «pochite» on désigne l'inflammation du réservoir iléal obtenu après qu’un chirurgien ait effectué une anastomose entre deux parties des intestins, i.e. l'iléon et l'anus. Elle concerne avant tout les patients souffrant de recto-colite hémorragique, et ayant subi une coloprotectomie totale.
Composition
Une composition selon la présente invention est prévue pour le tube digestif, en particulier l’intestin.
Par conséquent, une composition selon l’invention est choisie parmi une composition orale ou rectale. Une composition de l’invention est en particulier une composition orale ou rectale, plus particulièrement une composition orale.
Selon un mode de réalisation, une composition de l’invention est une composition orale, c’est-à-dire qu’elle est prévue pour une administration orale à un individu.
Une telle composition peut être sous la forme d’une suspension, un comprimé, une pilule, une capsule, un granulé ou une poudre.
La composition selon l’invention pour la voie orale peut être choisie dans le groupe constitué d’un produit alimentaire, une boisson, un produit pharmaceutique, un nutraceutique, un additif alimentaire, un supplément alimentaire ou un produit laitier, et est, en particulier, un complément alimentaire.
Selon un mode de réalisation particulier, une composition selon la présente invention est un complément alimentaire.
Un complément alimentaire pour une administration orale peut être présent dans des capsules, des gélules, des capsules molles, des comprimés, des comprimés dragéifiés, des pilules, des pâtes, des pastilles, des gommes, des solutions ou émulsions buvables, un sirop ou un gel.
Avantageusement, une composition selon la présente invention, prévue pour une administration orale, peut être pourvue d’un enrobage résistant au suc gastrique, afin d’assurer que la souche bactérienne de la présente invention comprise dans ladite composition puisse traverser l’estomac endommagé. La libération de la souche bactérienne peut ainsi se produire pour la première fois dans le tractus intestinal supérieur.
Un complément alimentaire selon la présente invention peut comprendre en outre un édulcorant, un stabilisant, un antioxydant, un additif, un agent aromatisant et/ou un colorant.
La formulation de celui-ci est effectuée au moyen des procédés usuels pour produire des comprimés dragéifiés, des gélules, des gels, des hydrogels pour libération contrôlée, des émulsions, des comprimés ou des capsules.
Une composition selon la présente invention peut également être sous la forme d’une composition nutritionnelle.
Une composition nutritionnelle selon la présente invention est sous la forme d’un yogourt, une barre de céréale, des céréales pour le petit-déjeuner, un dessert, un aliment congelé, une soupe, un aliment pour animaux de compagnie, une suspension liquide, une poudre, un comprimé, une gomme ou un bonbon.
Dans un autre mode de réalisation de la présente invention, une composition contenant la souche bactérienne de l’invention est administrée par voie intrarectale.
En particulier, une administration rectale est conduite sous la forme d’un suppositoire, un lavement ou une mousse.
En particulier, une composition de l’invention est adaptée pour l’administration d’une dose journalière représentant de 107à 1011unités formant des colonies (ufc) en tant que médicament, plus particulièrement une dose journalière équivalente à 5.109ufc.
Une composition selon l’invention peut comprendre en outre au moins un ingrédient choisi parmi : des antioxydants, des huiles de poisson, DHA, EPA, des vitamines, des minéraux, des phytonutriments, une protéine, un lipide, des probiotiques et des combinaisons de ceux-ci.
L’invention est décrite ci-dessous de façon plus détaillée au moyen des exemples suivants qui sont présentés à titre d’illustration uniquement.
Souches bactériennes, culture cellulaire et conditions de croissance
Toutes les souches décrites ci-après ont été obtenues auprès de la collection allemande DSMZ (Institut Leibnitz DSMZ).Christensenella minutaDSM 22607,Christensenella timonensisDSM 102800 etAkkermansia municiphilaDSMZ 22952 ont été cultivées à 37°C dans un milieu YBHI [milieu de perfusion cerveau-coeur complété avec 0.5 % d'extrait de levure (Difco)] additionné de cellobiose (1 mg/ml ; Sigma), de maltose (1 mg/ml ; Sigma), de cystéine (0,5 mg/ml ; Sigma) et de mucine (1 mg/ml ; Sigma) dans une chambre anaérobie remplie avec N2= 85%, CO2=10% et H2= 5%.
Des cellules épithéliales du colon humain HT-29 (ATCC HTB-38) (LGC-Standars) ont été cultivées dans un milieu minimum essentiel de Eagle modifié de Dulbecco (DMEM) (Sigma-Aldrich) complété avec 10% (p/v) de sérum fœtal bovin (FBS) thermo-activé (GibcoBRL, Eragny, France) et de pénicilline G/ streptomycine (5000 IU/mL, 5000 µg/ml) (Sigma-Aldrich). Les cultures de cellules ont été incubées dans des flacons de culture tissulaire de 25 cm2(Nunc, Roskilde, Danemark) à 37 ºC dans une atmosphère de CO2à 5% (v/v) jusqu'au confluent.
Expériences d'alimentation croisées
Les cultures simples et les co-cultures composées des combinaisons entre les souches énumérées sont préparées au temps 0. A 24h, les échantillons bactériens sont centrifugés pendant 10 minutes à 6000 tr/min. Les surnageants ainsi obtenus sont conservés à -80°C afin de poursuivre l'analyse des propriétés immunomodulatricesin vitro.
Propriétés immunomodulatrices utilisant des cellules HT-29
Des tests anti-inflammatoires ont été effectués selon la procédure décrite par Kechaouet al ., 2012 (Kechaou Net al .:Appl Environ Microbiol 2012, 79:1491-1499). Spécifiquement, 50000 cellules HeLa ou HT-29 par puits ont été semées dans des plaques de culture de 24 puits (Nunc). Vingt-quatre heures avant la mise en contact bactérienne, le milieu de culture a été remplacé par un milieu contenant 5 % de FBS. Les expériences ont été entreprises le 7ejour après l'ensemencement, alors que les cellules étaient à la confluence (1,83x106cellules/puits). Vingt-quatre heures avant la co-culture bactérienne (jour 6), le milieu de culture a été remplacé par un milieu contenant 5% de FBS inactivé à la chaleur et 1% de glutamine. Le jour de la co-culture, 10 % de surnageant bactérien ont été ajoutés au DMEM dans un volume total de 500 μl. Les cellules ont été stimulées simultanément avec du TNF-α humain (5 ng/ml ; Peprotech, NJ) pendant 6 h à 37°C dans 10% de CO2. Tous les échantillons ont été analysés en trois exemplaires. Après la co-incubation, les surnageants cellulaires ont été prélevés et stockés à -80 °C jusqu'à ce que l'ELISA (Biolegend, San Diego, CA) effectue une analyse plus poussée des concentrations d'interleukine-8 (IL-8). Les expériences ont été faites au moins en trois exemplaires.
La figure 1 représente la production d’IL-8 dans des cellules HT-29 stimulées par du TNF-α en présence deC. minuta,C. timonensis , A. municiphila , C. minuta+A. municiphilaetC. timonensis+A. municiphila. Les résultats sont exprimés en IL-8 (pg/mL) et ont été normalisés en utilisant comme valeur de référence l'IL-8 produit après la co-incubation avec le PBS comme témoin négatif. Les résultats ont été analysés à l'aide d'un test de Kruskal Wallis suivi d'un test de comparaison multiple de Dunns (*p< 0,05 ; **p<0,01).
Analyse statistique
Le logiciel GraphPad (GraphPad Sofware, La Jolla, CA, USA) a été utilisé pour l'analyse statistique. Les résultats sont présentés sous forme de boîte à moustaches (min à max). Des comparaisons ont été réalisées avec le test non paramétrique de Kruskal-Wallis suivi d'une comparaison multiple de Dunn. Une valeur p inférieure à 0,05 a été jugée significative.
Résultats
Christensenella minuta DSM 22607 et Christensenella timonensis DSM 102800 ont des propriétés anti-inflammatoires in vitro.
La souche de référenceA. municiphilaDSMZ 22952 est bien connue pour ses propriétés immunomodulatrices et plus particulièrement pour ses effets anti-inflammatoires (Derrien M, Belzer C, de Vos WM. Microb Pathog. 2017 May; 106:171-181. doi: 10.1016/j.micpath.2016.02.005. Epub 2016 Feb 11). Pour déterminer si les souches deC. minutaDSM 22607 etC. timonensisDSM 102800 sont capables de moduler la réponse immunitaire, les inventeurs ont testéin vitroles propriétés immunomodulatrices des surnageants des souches dans un modèle basé sur la capacité à bloquer la production de IL-8 (une cytokine pro-inflammatoire) induite par stimulation TNF-α dans des cellules épithéliales du colon HT-29.
Ainsi, les inventeurs ont observé que les deux souches sont capables de bloquer la production d'IL-8 de la même manière que notre témoin positif (A. municiphila DSMZ 22952) (Fig 1).
C. minuta DSM 22607 et C. timonensis DSM 102800 augmentent les propriétés anti-inflammatoires d’ A. municiphila DSMZ 22952 in vitro.
Afin de tester si les membres deChristensenellaétaient capables d'augmenter les propriétés anti-inflammatoires d'autres membres du microbiote intestinal, des co-cultures avecA. municiphilaont été réalisées. Comme le montre également la Figure 1,C. minutaDSM 22607 etC. timonensisDSM 102800 ont pu augmenter les propriétés anti-inflammatoires d'A. municiphilaDSMZ 22952 d'une manière statistiquement significative.

Claims (15)

  1. Composition pour son utilisation dans le traitement et/ou la prévention d’une maladie gastro-intestinale inflammatoire chez un individu, ladite composition comprenant, dans un milieu physiologiquement acceptable :
    (i) au moins une souche bactérienne du genreChristensenella; et/ou
    (ii) un surnageant de culture d’au moins une souche bactérienne du genreChristensenella ;ledit individu possèdant un indice de masse corporel inférieur à 25.
  2. Composition pour son utilisation dans le traitement et/ou la prévention d’une maladie gastro-intestinale inflammatoire chez un individu, ladite composition comprenant, dans un milieu physiologiquement acceptable :
    (i) au moins une souche bactérienne choisie dans le groupe constitué deChristensenella timonensis,Christensenella minutaet/ou leurs mélanges ; et/ou
    (ii) un surnageant de culture d’au moins une souche bactérienne choisie dans le groupe constitué deChristensenella timonensis,Christensenella minutaet/ou leurs mélanges.
  3. Composition pour son utilisation selon la revendication 2, dans laquelle la composition est utilisée chez un individu dont le genreChristensenellareprésente au moins 0,01 % en nombre du total des genres bactériens de son microbiote intestinal.
  4. Composition pour son utilisation selon l’une quelconque des revendications précédentes, comprenant en outre :
    (i) au moins une souche bactérienne additionnelle de la familleVerrucomicrobiaceae ;et/ou
    (ii) un surnageant de culture de ladite souche bactérienne additionnelle.
  5. Composition pour son utilisation selon la revendication 4, dans laquelle la souche bactérienne additionnelle est une bactérie du genreAkkermansia, plus particulièrement de l’espèceAkkermansia municiphila.
  6. Composition pour son utilisation selon l’une quelconque des revendications 1 à 5, dans laquelle ladite souche bactérienne et ladite souche bactérienne additionnelle sont, indépendamment l’une de l’autre, sous une forme vivante, semi-active, inactivée et/ou morte, en particulier sous une forme vivante.
  7. Composition pour son utilisation selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans laquelle l’individu est un mammifère, plus particulièrement un être humain.
  8. Composition pour son utilisation selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans laquelle ladite maladie gastro-intestinale inflammatoire est une affection intestinale inflammatoire.
  9. Composition pour son utilisation selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans laquelle ladite maladie gastro-intestinale inflammatoire est une affection intestinale inflammatoire colique.
  10. Composition pour son utilisation selon la revendication 9, dans laquelle l’affection intestinale inflammatoire colique est choisie dans le groupe constitué de la maladie de Crohn, de la recto-colite hémorragique et de la pochite.
  11. Composition pour son utilisation selon la revendication 9 ou 10, dans laquelle l’affection intestinale inflammatoire colique est choisie dans le groupe constitué de la maladie de Crohn et de la recto-colite hémorragique.
  12. Composition pour son utilisation selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans laquelle la composition est sous une forme adaptée à une administration par la voie orale.
  13. Composition pour son utilisation selon la revendication 12, dans laquelle la composition est sous la forme de poudre ou granulés, d’un produit alimentaire, d’une boisson, d’un produit pharmaceutique, d’un nutraceutique, d’un additif alimentaire, d’un complément alimentaire, d’un produit laitier, d’une capsule ou d’une gélule.
  14. Composition pour son utilisation selon l’une quelconque des revendications précédentes, dans laquelle la composition est comprise dans un complément alimentaire.
  15. Composition comprenant, dans un milieu physiologiquement acceptable :
    (I) (a) au moins une souche bactérienne choisie dans le groupe constitué deChristensenella timonensis,Christensenella minutaet/ou leurs mélanges ;
    et/ou
    (b) au moins un surnageant de culture d’au moins une souche bactérienne choisie dans le groupe constitué deChristensenella timonensis,Christensenella minutaet/ou leurs mélanges ;
    et
    (II) (a) au moins une souche bactérienne additionnelle du genreAkkermansia, plus particulièrement de l’espèceAkkermansia municiphila;
    et/ou
    (b) au moins un surnageant de culture d’au moins une souche bactérienne additionnelle du genreAkkermansia, plus particulièrement de l’espèceAkkermansia municiphila.
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