FR2731225A1 - Peptides de glycoproteine transmembranaire d'enveloppe et de proteine de capside du retrovirus humain du type hiv-1 et peptides presentant avec eux une parente immunologique - Google Patents
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Abstract
L'invention concerne la nouvelle souche virale HIV-1-O DUR telle que déposée le 23 février 1995 à la CNCM sous la référence I-1542; ainsi que notamment tout peptide qui en est issu, également tout peptide dont la séquence se distingue de celle du précédent par substitution, délétion ou addition d'acides aminés, ce peptide distinct conservant néanmoins les caractéristiques antigéniques du précédent.
Description
Peptides de glycoprotéine transmembranaire d'enveloppe
et de protéine de capside du rétrovirus humain du type HIV-1 et
peptides présentant avec eux une parenté immunologique
La présente invention est relative aux virus HIV, notamment à un peptide permettant une détection d'anticorps anti-HIV que les peptides de l'art antérieur ne permettaient pas toujours de détecter. L'invention est basée sur la découverte d'une nouvelle souche HIV-1: HIV-1 DUR
L'antisérum dirigé contre elle ne présente pas toujours une réactivité avec les peptides du consensus HIV tel qu'il est utilisé de nos jours. Le terme consensus HIV se réfère aux régions conservées entre isolats et dont la mise en évidence est essentielle à la conception de vaccins ou de réactifs diagnostiques, et dont les mutations confèrent la résistance aux médicaments antiviraux.Le terme peptide(s) utilisé par la suite, définit aussi bien des peptides stricto sensu que des polypeptides.
et de protéine de capside du rétrovirus humain du type HIV-1 et
peptides présentant avec eux une parenté immunologique
La présente invention est relative aux virus HIV, notamment à un peptide permettant une détection d'anticorps anti-HIV que les peptides de l'art antérieur ne permettaient pas toujours de détecter. L'invention est basée sur la découverte d'une nouvelle souche HIV-1: HIV-1 DUR
L'antisérum dirigé contre elle ne présente pas toujours une réactivité avec les peptides du consensus HIV tel qu'il est utilisé de nos jours. Le terme consensus HIV se réfère aux régions conservées entre isolats et dont la mise en évidence est essentielle à la conception de vaccins ou de réactifs diagnostiques, et dont les mutations confèrent la résistance aux médicaments antiviraux.Le terme peptide(s) utilisé par la suite, définit aussi bien des peptides stricto sensu que des polypeptides.
Des analyses phylogéniques de souches HIV-1 permettent de distinguer au moins huit sous-types, le groupe 0 étant le plus divergent du consensus HIV-1 (AIDS Res Hum Retroviruses 1994; 10:877-79).
Une contrainte générale dans la mise au point de tests sérologiques HIV, est d'éviter aussi bien les réactions faussement positives - ou faussement négatives -, tout en conservant la sensibilité que permettent les tests antérieurs en détection de séropositivité.
Les tests basés sur l'emploi de peptide(s) consensus, essentiellement dérivés du gène env , ont été considérés comme une solution presque idéale jusqu'à ce que la découverte du variant HIV-1-O fasse entrevoir la possibilité de résultats faussement négatifs (Genomic cloning and complete sequence analysis of a highly divergent african human immuno-deficiency virus isolate. J. Virol. 1994; 68:1586-96; a new subtype of human immuno-deficiency virus type 1 (MPV-5180) from
Cameroon. J. Virol. 1994; 68:1581-85).
Cameroon. J. Virol. 1994; 68:1581-85).
La non-réactivité de certains tests à antigène peptidique en , chez des patients présentant quand même certains syndromes cliniques caractéristiques du SIDA ou des syndromes lymphadénopathiques qui parfois les précèdent, est, à ce jour, parfois imputée à une infection du groupe HIV-1-O (HIV-1/HIV-2 seronegativity in
HIV-1 subtype O infected patients, Lancet 1994; 343:1393-94; New HIV-1 subtype in the Switzerland. Lancet 1994; 344:270-71).
HIV-1 subtype O infected patients, Lancet 1994; 343:1393-94; New HIV-1 subtype in the Switzerland. Lancet 1994; 344:270-71).
La présente invention a pour but de mettre à disposition des laboratoires de diagnostic des moyens, notamment des peptides spécifiques permettant une détection d'anticorps anti-HIV, qui étaient jusqu'à ce jour susceptibles d'être indétectables. Elle concerne également des mélanges de peptides issus de HIV-1 DUR et de peptides correspondants d'autres HlVs, de façon à éviter les résultats faux négatifs potentiels.
Elle concerne par ailleurs un procédé de détection et de discrimination dans un échantillon biologique entre des anticorps caractéristiques d'un rétrovirus du type HIV-1-M et des anticorps caractéristiques d'un rétrovirus du type HIV-1-O.
L'invention découle des observations faites sur une femme séropositive ayant séjourné au Cameroun, et ayant révélé une réactivité sérologique atypique. au cours de plusieurs tests de dépistages de l'infection HIV, ces derniers ayant été confirmés par des techniques de Western blot .
Du fait de cette réactivité sérologique atypique, en particulier du manque de réactivité sur certains tests de troisième génération, même modifiés pour le type O, les inventeurs ont jugé intéressant d'entreprendre un séquencage de certaines parties du génome de cette souche HIV-1
DUR, plus spécifiquement des gènes GAG et ENV.
DUR, plus spécifiquement des gènes GAG et ENV.
Cependant, les amplifications géniques par PCR à l'aide d'amorces issues du groupe M et d'amorces connues du groupe 0 ont été sans résultat pour les parties codant pour la boucle V3 de gp120, et pour la région immunodominante de gp41. Seule la région GAG était amplifiable à l'aide d'amorces connues dans l'art antérieur (Loussert-Ajaka I, Lancet 1994; 343:1393). Un autre but de la présente invention est par conséquent la détermination d'amorces susceptibles de palier ce problème. Ces amorces pourront indifféremment être dénommées ex primeras par la suite.
On a déterminé des séquences partielles des glycoprotéines gp41 et de gp120 ainsi que de protéines de capside(gène GAG) à partir d'ADN lymphocytaire et de cultures virales, indiquant que cette souche
HIV-1 DUR appartient d'une part au groupe HIV-1-O, et qu'elle diffère de façon importante du groupe M, plus particulièrement pour gp41 et gp120 .
HIV-1 DUR appartient d'une part au groupe HIV-1-O, et qu'elle diffère de façon importante du groupe M, plus particulièrement pour gp41 et gp120 .
Ainsi, on a pu mettre en évidence, plus particulièrement à propos de la séquence GAG, l'existence de séquences consensus dans le groupe O > sur plusieurs zones, distinctes de séquences consensus du groupe M sur les mêmes zones.
Le clonage des séquences codant pour les fragments de
GAG, gp41 et gp120 a été effectué dans un plasmide BluescriptS contenant un site PST1. Les produits d'amplification ont été clonés soit selon les techniques classiques utilisant les amorces universelles T3 et T7, soit directement séquencés par l'utilisation des amorces de la précédente amplification. Les séquences ont ensuite été déterminées par le dispositif automatique de séquençage Applied Biosystems 373A (ESGS Montigny le
Bretonneux, France).
GAG, gp41 et gp120 a été effectué dans un plasmide BluescriptS contenant un site PST1. Les produits d'amplification ont été clonés soit selon les techniques classiques utilisant les amorces universelles T3 et T7, soit directement séquencés par l'utilisation des amorces de la précédente amplification. Les séquences ont ensuite été déterminées par le dispositif automatique de séquençage Applied Biosystems 373A (ESGS Montigny le
Bretonneux, France).
La présente invention concerne un peptide issu du virus HIV1-O DUR déposé le 23 février 1995 à la CNCM sous la référence 1-1542, ou un peptide dont la séquence se distingue de celle du précédent par substitution, délétion ou addition d'acides aminés, ce peptide distinct conservant néanmoins les caractéristiques antigéniques du précédent.
D'autres peptides entrant dans le cadre de l'invention sont tels que définis ci-après.
Ainsi, un peptide préféré de l'invention est un peptide comportant au moins 4 acides aminés consécutifs dont la séquence entière en acides aminés consécutifs est contenue dans la séquence GAG représentée à la figure 1 ou dans une séquence GAG immunologiquement semblable issue d'un variant du virus HIV-1-O DUR, ladite séquence immunologiquement semblable étant reconnue par des anticorps reconnaissant aussi de façon spécifique au moins l'une des séquences
AHPQQA, LWTTRAGNP contenues dans la séquence GAG de la figure 1.
AHPQQA, LWTTRAGNP contenues dans la séquence GAG de la figure 1.
Préférentiellement, ce peptide consiste en un peptide dont la séquence en acides aminés est contenue, soit dans l'une des séquences suivantes: SPRTLNAWVKAVEEKAFNPEIIPMFMALSEGA (1)
MLNAIGGHQGALQVLKEVIN (2)
GPLPPGQIREPTGSDIAGTTSTQQEQI (3)
IPVGDIYRKWIVLGLNKMVKMYSPVSILDI (4)
OGPKEPFRDWDRFYKIKLAE (5)
AHPQQA (5 bis)
LWTTRAGNP (5ter),
soit dans la séquence immunologiquement semblable correspondante, ce peptide comportant au moins 4 acides aminés consécutifs de l'une desdites séquences.
MLNAIGGHQGALQVLKEVIN (2)
GPLPPGQIREPTGSDIAGTTSTQQEQI (3)
IPVGDIYRKWIVLGLNKMVKMYSPVSILDI (4)
OGPKEPFRDWDRFYKIKLAE (5)
AHPQQA (5 bis)
LWTTRAGNP (5ter),
soit dans la séquence immunologiquement semblable correspondante, ce peptide comportant au moins 4 acides aminés consécutifs de l'une desdites séquences.
Préférentiellement encore, ce peptide consiste en un peptide dont la séquence en acides aminés est contenue soit dans l'une des séquences suivantes:
SPRTLNAWVK (6)
GSDIAGTTST (7)
QGPKEPFRDYVDRF (8)
soit dans la séquence immunologiquement semblable correspondante, ce peptide comportant au moins quatre acides aminés consécutifs de l'une desdites séquences.
SPRTLNAWVK (6)
GSDIAGTTST (7)
QGPKEPFRDYVDRF (8)
soit dans la séquence immunologiquement semblable correspondante, ce peptide comportant au moins quatre acides aminés consécutifs de l'une desdites séquences.
Deux peptides particulièrement préférés dans la présente invention sont les peptides contenant;
- la séquence en acides aminés NPEI (9)
soit
- la séquence en acides aminés AVEEKAFNPEIIPMFM (10).
- la séquence en acides aminés NPEI (9)
soit
- la séquence en acides aminés AVEEKAFNPEIIPMFM (10).
Entre également dans le cadre de la présente invention un peptide issu du virus HIV-1-O DUR tel que cidessus défini, ledit peptide comportant au moins 4 acides aminés consécutifs, dont la séquence entière est contenue dans la séquence de la région de la boucle (V3) de gp120 représentée à la figure 2 ou dans la séquence correspondante immunologiquement semblable, issue d'un variant du virus HIV-1-O DUR, ladite séquence immunologiquement semblable étant reconnue par des anticorps reconnaissant aussi de façon spécifique au moins l'une des séquences:
KEIKI (12),
EREGKGAN (13).
KEIKI (12),
EREGKGAN (13).
CVRPGNNSVKEIKI (14),
QIEREGKGANSR (15).
QIEREGKGANSR (15).
De façon préférée, ce peptide contient:
a) soit la séquence CVRPGNNSVKEIKIGPMAWYSMQIEREGKGANSRTAFC (11) ou une partie de cette séquence qui contienne au moins 4 acides aminés
b) soit une séquence d'acides aminés distincte de la séquence de a) dans laquelle un ou plusieurs acides aminés sont substitués par deux acides aminés sous réserve que le peptide conserve sa réactivité avec un ante sérum contre le susdit peptide,
c) soit une séquence d'acides aminés distincte selon a) ou b) dans laquelle un ou plusieurs acides aminés ont été supprimés ou ajoutés sous réserve que le peptide conserve sa réactivité avec un antisérum contre le peptide de a),
d) soit la séquence ou partie de séquence immunologiquement semblable correspondante.
a) soit la séquence CVRPGNNSVKEIKIGPMAWYSMQIEREGKGANSRTAFC (11) ou une partie de cette séquence qui contienne au moins 4 acides aminés
b) soit une séquence d'acides aminés distincte de la séquence de a) dans laquelle un ou plusieurs acides aminés sont substitués par deux acides aminés sous réserve que le peptide conserve sa réactivité avec un ante sérum contre le susdit peptide,
c) soit une séquence d'acides aminés distincte selon a) ou b) dans laquelle un ou plusieurs acides aminés ont été supprimés ou ajoutés sous réserve que le peptide conserve sa réactivité avec un antisérum contre le peptide de a),
d) soit la séquence ou partie de séquence immunologiquement semblable correspondante.
Préférentiellement encore, ce peptide contient
la séquence KEIKI (12),
soit
la séquence EREGKGAN (13),
soit
la séquence GPMAWYSM (16).
la séquence KEIKI (12),
soit
la séquence EREGKGAN (13),
soit
la séquence GPMAWYSM (16).
De façon particulièrement préférée, un peptide tel que cidessus défini contient la séquence d'acides aminés CVRPGNNSVKEIKI (14), soit la séquence QIEREGKGANSR (15).
Entre également dans le cadre de l'invention un peptide issu du virus HIV-1-O DUR tel que cidessus défini, ledit peptide comportant au moins 4 acides aminés consécutifs, dont la séquence entière est contenue dans la séquence de la région immunodominante de la gp41 représentée à la figure 2 ou dans la séquence correspondante immunologiquement semblable, issue d'un variant du virus HIV-1-O DUR, ladite séquence immunologiquement semblable étant reconnue par des anticorps reconnaissant aussi de façon spécifique au moins l'une des séquences:
RLLALETLMQNQQL (17),
LNLWGCRGKAICYTSVQWNETWG (18),
CRGKAI (19),
SVQWN (20),
RLLALETLMONQQLLNLWGCRGKAICYTS (21),
Q NQQLLNLWGC RGKAICYTSVQWN (22).
RLLALETLMQNQQL (17),
LNLWGCRGKAICYTSVQWNETWG (18),
CRGKAI (19),
SVQWN (20),
RLLALETLMONQQLLNLWGCRGKAICYTS (21),
Q NQQLLNLWGC RGKAICYTSVQWN (22).
De façon préférée, ce peptide est un peptide contenant la séquence RLLALETLMQNQQL (17), LNLWGCRGKAlCYTSVQWN ETWG (18) ou partie de ce peptide contenant:
a) soit la séquence CRGKAI (19), soit la séquence SVQWN (20) dans laquelle Q est le cas échéant remplacé par un acide aminé différent, néanmoins différent aussi de K, soit les deux séquences à la fois
b) soit une séquence d'acides aminés distincte de la séquence de a) dans laquelle un ou plusieurs acides aminés sont substitués par deux acides aminés sous réserve que le peptide conserve sa réactivité avec un antisérum contre le peptide de a),
c) soit une séquence d'acides aminés distincte selon a) ou b) dans laquelle un ou plusieurs acides aminés ont été supprimés ou ajoutés sous réserve que le peptide conserve sa réactivité avec un antisérum contre le peptide de a),
d) soit dans la séquence ou partie de séquence immunologiquement semblable correspondante.
a) soit la séquence CRGKAI (19), soit la séquence SVQWN (20) dans laquelle Q est le cas échéant remplacé par un acide aminé différent, néanmoins différent aussi de K, soit les deux séquences à la fois
b) soit une séquence d'acides aminés distincte de la séquence de a) dans laquelle un ou plusieurs acides aminés sont substitués par deux acides aminés sous réserve que le peptide conserve sa réactivité avec un antisérum contre le peptide de a),
c) soit une séquence d'acides aminés distincte selon a) ou b) dans laquelle un ou plusieurs acides aminés ont été supprimés ou ajoutés sous réserve que le peptide conserve sa réactivité avec un antisérum contre le peptide de a),
d) soit dans la séquence ou partie de séquence immunologiquement semblable correspondante.
Préférentiellement encore, ce peptide possède l'une ou l'autre des caractéristiques suivantes:
- sa séquence N terminale qui contient au moins 8 acides aminés, n'est pas immunologiquement reconnue par des anticorps formés contre la séquence RILAVERY contenue dans la région immunodominante de la gp41 de la souche HIV1-LAI.
- sa séquence N terminale qui contient au moins 8 acides aminés, n'est pas immunologiquement reconnue par des anticorps formés contre la séquence RILAVERY contenue dans la région immunodominante de la gp41 de la souche HIV1-LAI.
- il n'est pas reconnu par des anticorps formés contre le peptide SGKLIC de la souche HIV-1-LAI.
- il contient l'une ou l'autre des deux séquences suivantes:
RLLALETLMONQQLLNLWGCRGKAICYTS (21)
QNQQLLN LWGCRGKAICYTSVQWN (22)
L'invention concerne en outre un procédé de détection et de discrimination dans un échantillon biologique entre des anticorps caractéristiques d'un rétrovirus du type HlV-1-O et des anticorps caractéristiques d'un rétrovirus du type HIV-1-M caractérisé par la mise en contact de cet échantillon biologique avec un peptide choisi parmi les peptides (1), (2), (3), (4), (5bis), (5ter), (9) et (10) ci-dessus décrits.
RLLALETLMONQQLLNLWGCRGKAICYTS (21)
QNQQLLN LWGCRGKAICYTSVQWN (22)
L'invention concerne en outre un procédé de détection et de discrimination dans un échantillon biologique entre des anticorps caractéristiques d'un rétrovirus du type HlV-1-O et des anticorps caractéristiques d'un rétrovirus du type HIV-1-M caractérisé par la mise en contact de cet échantillon biologique avec un peptide choisi parmi les peptides (1), (2), (3), (4), (5bis), (5ter), (9) et (10) ci-dessus décrits.
Egalement, I'invention concerne un procédé de détection et de discrimination dans un échantillon biologique entre des anticorps caractéristiques d'un rétrovirus du type HlV-1-O et des anticorps caractéristiques d'un rétrovirus du type HIV-1-M caractérisé par la mise en contact de cet échantillon biologique avec le peptide issu de l'un des virus
HIV-1 M pris en considération dans les figures 1et 2 homologue d'un peptide choisi parmi les peptides (1), (2), (3), (4), (5bis), (5ter), (9) et (10), la séquence de ce peptide homologue résultant des alignements verticaux de ses propres acides aminés successifs eux-mêmes contenus dans la séquence peptidique pertinente relative au virus HIV-1-M correspondant et représentée dans la figure 1 ou 2 avec les acides aminés successifs de la séquence du peptide choisi, telle qu'elle découle aussi de la figure 1 ou 2.
HIV-1 M pris en considération dans les figures 1et 2 homologue d'un peptide choisi parmi les peptides (1), (2), (3), (4), (5bis), (5ter), (9) et (10), la séquence de ce peptide homologue résultant des alignements verticaux de ses propres acides aminés successifs eux-mêmes contenus dans la séquence peptidique pertinente relative au virus HIV-1-M correspondant et représentée dans la figure 1 ou 2 avec les acides aminés successifs de la séquence du peptide choisi, telle qu'elle découle aussi de la figure 1 ou 2.
Selon la présente invention, le procédé de détection et de discrimination entre infection par un rétrovirus du type HIV-1-O et du type
HIV-1-M est caractérisé par la mise en contact de sérums issus des personnes soumises à un test de diagnostic de SIDA, avec le peptide
RILAVERY.
HIV-1-M est caractérisé par la mise en contact de sérums issus des personnes soumises à un test de diagnostic de SIDA, avec le peptide
RILAVERY.
En outre, le procédé de détection d'infection due soit à un rétrovirus HIV-1 du type O, soit HIV-1 du type M, est caractérisé par l'utilisation de mélanges de deux catégories de peptides, ceux de la première catégorie correspondant aux peptides (1), (2), (3), (4), (5bis), (5ter) (9) et (10).
Par tailleurs, le procédé de discrimination entre une infection due à un rétrovirus du type HIV-1-O DUR, et une infection due à un autre type de rétrovirus HIV-1-O, est caractérisé par la mise en contact de l'échantillon biologique étudié avec l'un quelconque des peptides (11) à (15) ou des peptides (17) à (20).
Alternativement il s'agit d'un procédé de discrimination entre une infection par un rétrovirus du type HIV-1-O et du type HIV-1-M mettant en oeuvre une sérine protéase dont l'action de clivage s'effectue au niveau d'un dipeptide SR et comprenant la détection d'un clivage ou d'un nonclivage de la boucle V3 de la gp 120 du rétrovirus selon que ce rétrovirus est un rétrovirus de type HIV-1-O ou un rétrovirus du type HIV-1-M.
Entrant également dans le cadre de la présente invention les anticorps monoclonaux spécifiques des séquences de chacun des peptides précédemment définis.
L'invention concerne également un plasmide choisi parmi ceux qui ont été déposés à la CNCM le 24 Février 1995 sous les références 1-1548, 1-1549 et 1-1550.
L'invention vise également des acides nucléiques contenant une séquence codant pour un peptide tel que défini dans la présente invention.
Parmi les séquences d'acides nucléiques préférées de l'invention on choisira les séquences nucléotidiques représentées aux figures 3, 4 ou 5.
L'invention a également trait aux vecteurs contenant un acide nucléique tel que ci-dessus défini.
L'invention vise également des cellules susceptibles de contenir l'un quelconque desdits acides nucléiques ou desdits vecteurs.
La présente invention concerne également un virus tel que celui déposé le 23 Février 1995 à la CNCM sous la référence 1-1542.
Un virus entrant également dans le cadre de l'invention est un virus de même sous-type que le précédent, caractérisé en ce que des peptides consensus de ce virus sont reconnus par des anticorps reconnaissant spécifiquement un polypeptide ou un peptide précédemment défini.
L'ARN génomique du virus précédemment défini entre également dans le cadre de l'invention.
Entre également dans le cadre de l'invention, un nécessaire ou trousse de détection d'anticorps dans le sérum ou tout autre échantillon biologique de patient susceptible d'être infecté par un rétrovirus humain du type HIV, caractérisé en ce qu'il comprend:
- au moins un polypeptide ou un peptide ayant pour séquence une des séquences précédemment décrites.
- au moins un polypeptide ou un peptide ayant pour séquence une des séquences précédemment décrites.
- des moyens permettant la réaction de formation du complexe immunologique entre le(s) polypeptide(s) ou le(s) peptide(s) et les anticorps éventuellement présents dans l'échantillon biologique à tester, par exemple si besoin un ou plusieurs tampons en incubation,
- un échantillon témoin négatif,
- des moyens de révélation du complexe antigénelanticorps formé.
- un échantillon témoin négatif,
- des moyens de révélation du complexe antigénelanticorps formé.
Egalement selon l'invention, cette trousse contint, en outre, au moins un polypeptide ou un peptide consensus dérivé d'une autre souche HIV ou d'un polypeptide ou d'un peptide comprenant,
soit une séquence d'acides aminés distincte de la séquence de ce polypeptide ou peptide dans laquelle un ou plusieurs acides aminés sont substitués par d'autres acides aminés sous réserve que le polypeptide ou le peptide conserve sa réactivité avec un antisérum contre le polypeptide ou le peptide consensus,
soit une séquence d'acides aminés dans laquelle un ou plusieurs acides aminés ont été supprimés ou ajoutés sous réserve que le polypeptide ou le peptide conserve sa réactivité avec un ante sérum contre le polypeptide ou le peptide consensus.
soit une séquence d'acides aminés distincte de la séquence de ce polypeptide ou peptide dans laquelle un ou plusieurs acides aminés sont substitués par d'autres acides aminés sous réserve que le polypeptide ou le peptide conserve sa réactivité avec un antisérum contre le polypeptide ou le peptide consensus,
soit une séquence d'acides aminés dans laquelle un ou plusieurs acides aminés ont été supprimés ou ajoutés sous réserve que le polypeptide ou le peptide conserve sa réactivité avec un ante sérum contre le polypeptide ou le peptide consensus.
Préférentiellement, une trousse selon l'invention contiendra, en outre, au moins un polypeptide ou un peptide dérivé d'une autre souche
HIV, de préférence la souche HIV-LAI.
HIV, de préférence la souche HIV-LAI.
L'invention concerne également une composition polypeptidique pour le diagnostic in vitro d'une infection due au rétrovirus selon l'invention, ou à un de ses variants ce diagnostic s'effectuant dans un échantillon biologique susceptible de contenir les anticorps formés après ladite infection. Cette composition est caractérisée en ce qu'elle comprend au moins l'un des peptides précédemment définis.
L'échantillon biologique peut être constitué notamment de sang, de plasma, de sérum ou de tout autre extrait biologique. Les compositions ci-dessus sont utilisables pour la détection d'anticorps dans un des échantillons biologiques susdits.
L'invention vise donc également une méthode de diagnostic in vitro d'une infection due spécifiquement à un rétrovirus du type HIV, caractérisée par les étapes de:
- mise en contact d'un échantillon biologique susceptible de contenir des anticorps produits à la suite d'une infection par un rétrovirus du type HIV-1-O, avec un peptide tel que précédemment défini, ou avec une composition peptidique telle que précédemment définie, dans des conditions appropriées permettant la formation d'un complexe immunologique du type antigéne/anticorps,
- détection de l'éventuelle présence du complexe.
- mise en contact d'un échantillon biologique susceptible de contenir des anticorps produits à la suite d'une infection par un rétrovirus du type HIV-1-O, avec un peptide tel que précédemment défini, ou avec une composition peptidique telle que précédemment définie, dans des conditions appropriées permettant la formation d'un complexe immunologique du type antigéne/anticorps,
- détection de l'éventuelle présence du complexe.
L'invention concerne par ailleurs une composition immunogène, caractérisée en ce qu'elle comprend au moins un peptide en association avec un véhicule pharmaceutique acceptable pour la constitution de vaccins.
L'invention se rapporte également à un procédé de préparation des protéines de capside et des glycoprotéines gp41 et gp120 de la souche rétrovirale selon l'invention, le procédé étant caractérisé par les étapes suivantes:
- lyse des cellules infectées par un rétrovirus HIV-1 selon l'invention et séparation du surnageant et des cellules infectées ou lyse des culots viraux préparés par centrifugation,
- dépôt de l'extrait cellulaire etlou de l'extrait viral sur immuno-adsorbant contenant des anticorps purifiés, obtenus à partir d'un sérum de sujet infecté par le rétrovirus selon l'invention, et fixés avantageusement sur un support adapté, ledit sérum de sujet infecté ayant la capacité de réagir fortement avec des protéines d'enveloppe du virus selon l'invention,
- incubation en présence d'un tampon et pendant un temps suffisamment long pour obtenir la formation d'un complexe immunologique antigène/anticorps,
- lavage de l'immuno-adsorbant avec un tampon pour éliminer les molécules non retenues sur le support,
- récupération des protéines antigéniques recherchées.
- lyse des cellules infectées par un rétrovirus HIV-1 selon l'invention et séparation du surnageant et des cellules infectées ou lyse des culots viraux préparés par centrifugation,
- dépôt de l'extrait cellulaire etlou de l'extrait viral sur immuno-adsorbant contenant des anticorps purifiés, obtenus à partir d'un sérum de sujet infecté par le rétrovirus selon l'invention, et fixés avantageusement sur un support adapté, ledit sérum de sujet infecté ayant la capacité de réagir fortement avec des protéines d'enveloppe du virus selon l'invention,
- incubation en présence d'un tampon et pendant un temps suffisamment long pour obtenir la formation d'un complexe immunologique antigène/anticorps,
- lavage de l'immuno-adsorbant avec un tampon pour éliminer les molécules non retenues sur le support,
- récupération des protéines antigéniques recherchées.
Selon un premier mode de réalisation de ce procédé de préparation, la séparation et la récupération des protéines de capside et des glycoprotéines gp41 et gp120 de HIV-1 DUR sont faites par électrophorèse et par électroréduction des protéines.
Selon un autre mode de réalisation de ce procédé de préparation, la récupération des protéines est obtenue par:
- élution des protéines fixées sur l'immuno-adsorbant cidessus,
- purification des produits ainsi élués sur une colonne de chromatographie contentant, fixés sur le support de séparation, des anticorps reconnaissant les protéines de capside et les glycoprotéines gp41 et gp120 de HIV-1-O DUR.
- élution des protéines fixées sur l'immuno-adsorbant cidessus,
- purification des produits ainsi élués sur une colonne de chromatographie contentant, fixés sur le support de séparation, des anticorps reconnaissant les protéines de capside et les glycoprotéines gp41 et gp120 de HIV-1-O DUR.
Entre également dans le cadre de l'invention, un procédé de production d'un polypeptide ou d'un peptide selon l'invention, ce polypeptide ou peptide étant obtenu
- soit par l'expression d'un acide nucléique de l'invention,
- soit par synthèse chimique, par addition d'acides aminés jusqu'à l'obtention de ce polypeptide ou de ce peptide.
- soit par l'expression d'un acide nucléique de l'invention,
- soit par synthèse chimique, par addition d'acides aminés jusqu'à l'obtention de ce polypeptide ou de ce peptide.
Les principes et les procédés classiques du génie génétique peuvent être ici utilisés ( Molecular cloning , Sambrook, Fritsch,
Maniais, CSH 1989)
Entre également dans le cadre de l'invention, un procédé de production d'un acide nucléique précédemment défini, pouvant être produit soit par isolement à partir du virus de l'invention > soit par synthèse chimique, soit en utilisant des techniques d'amplification in vitro des acides nucléiques à partir d'amorces spécifiques.
Maniais, CSH 1989)
Entre également dans le cadre de l'invention, un procédé de production d'un acide nucléique précédemment défini, pouvant être produit soit par isolement à partir du virus de l'invention > soit par synthèse chimique, soit en utilisant des techniques d'amplification in vitro des acides nucléiques à partir d'amorces spécifiques.
Des amorces oligonucléotidiques selon l'invention ont une séquence consistant en au moins huit nucléotides consécutifs des séquences nucléotidiques suivantes:
ATT CCA ATA CAC TAT TGT GCT CCA -3'
AAA GAA TTC TCC ATG ACT GTT AAA -3'
GGT ATA GTG CAA CAG CAG GAC AAC-3'
AGA GGC CCA TTC ATC TAA CTC-3'
Selon l'invention, ces amorces peuvent être utilisées lors d'un processus d'amplification génique, par exemple par PCR ou une technique équivalente, d'une séquence nucléotidique codant pour un peptide de l'invention.
ATT CCA ATA CAC TAT TGT GCT CCA -3'
AAA GAA TTC TCC ATG ACT GTT AAA -3'
GGT ATA GTG CAA CAG CAG GAC AAC-3'
AGA GGC CCA TTC ATC TAA CTC-3'
Selon l'invention, ces amorces peuvent être utilisées lors d'un processus d'amplification génique, par exemple par PCR ou une technique équivalente, d'une séquence nucléotidique codant pour un peptide de l'invention.
Egalement, I'invention concerne une trousse permettant l'amplification par PCR ou une technique équivalente ci-dessus décrite.
Entre également dans le cadre de la présente invention, un procédé de détection de la présence dans un échantillon biologique d'acide(s) nucléique(s) caractéristique(s) d'une rétrovirus de type HIV-1-O
DUR, y inclus d'un rétrovirus selon l'invention. Ce procédé comprend une mise en contact d'un ADNc formé à partir d'ARN(s) contenu(s) dans cet échantillon biologique, dans des conditions permettant l'hybridation de cet
ADNc avec le génome rétroviral, et la réalisation d'une amplification génique sur cet échantillon viral.
DUR, y inclus d'un rétrovirus selon l'invention. Ce procédé comprend une mise en contact d'un ADNc formé à partir d'ARN(s) contenu(s) dans cet échantillon biologique, dans des conditions permettant l'hybridation de cet
ADNc avec le génome rétroviral, et la réalisation d'une amplification génique sur cet échantillon viral.
L'invention concerne également un lysat viral tel qu'il est obtenu par lyse des cellules infectées par un virus selon l'invention
Un extrait protéique d'une souche HIV-DUR contenant notamment un polypeptide ou un peptide tel que précédemment défini entre également dans le cadre de l'invention.
Un extrait protéique d'une souche HIV-DUR contenant notamment un polypeptide ou un peptide tel que précédemment défini entre également dans le cadre de l'invention.
L'invention concerne des peptides particuliers issus de structure de HIV-1-O DUR ou de variants de ce rétrovirus et qui permettent
soit de discriminer, selon le cas,
- de façon globale entre des HIV-1 appartenant à la catégorie O et des HIV-1 appartenant à la catégorie M,
-ou plus spécifiquement entre des virus appartenant au sous-groupe caractéristique de HIV-1 O DUR et d'autres virus du groupe 0,
soit de au contraire de reconnaître la plupart, sinon tous les rétrovirus à la fois du type O et du type M.
soit de discriminer, selon le cas,
- de façon globale entre des HIV-1 appartenant à la catégorie O et des HIV-1 appartenant à la catégorie M,
-ou plus spécifiquement entre des virus appartenant au sous-groupe caractéristique de HIV-1 O DUR et d'autres virus du groupe 0,
soit de au contraire de reconnaître la plupart, sinon tous les rétrovirus à la fois du type O et du type M.
Entrent également dans le cadre de l'invention les peptides correspondants et issus de protéines de structure correspondantes d'autres virus du type HIV-1-O ou HIV-1 M, en particulier ceux dérivés des protéines de structure GAG, gp120 et gp41 dont des parties sont indiquées dans les dessins, ces peptides homologues découlant de leur mise en alignement, comme il résulte aussi des dessins avec les peptides issus de
HIV-1-O DUR, plus particulièrement identifiés dans le présent texte.
HIV-1-O DUR, plus particulièrement identifiés dans le présent texte.
Par voie de symétrie, certains peptides homologues peuvent être mis en oeuvre dans ceux des essais qui permettent de procéder aux susdites discriminations, étant alors entendu qu'ils sont alors utilisés en lieu et place des peptides correspondants, issus des protéines de structure
GAG, gp120 et gp41.
GAG, gp120 et gp41.
D'autres caractéristiques et avantages de l'invention apparaîtront dans le (les) exemples et les figures.
EXEMPLES
Exemple 1:
A l'aide de la séquence VAU et de sa corrélation aux séquences MVP5180 et ANT70, on a défini des amorces oligonucléotidiques s'efforçant d'être spécifiques du groupe 0 dans son entièreté pour la région V3 et la région gp41. Celles-ci nous ont permis d'amplifier la souche DUR et ont en conséquence constitué une solution au problème d'amplification rencontré. La position ainsi que la séquence de ces amorces HIV-O sont représentées à la figure 6. Ces amorces permettent l'obtention d'une bande d'amplification visible en coloration au bromure d'éthidium avec une seule étape de 30 cycles de PCR. Des séquences partielles ont été obtenues:
- GAG: 513 paires de bases (171 acides aminés)
- gp 120 boucle V3: 525 paires de bases (75 acides aminés)
- gp41 région immunodominante : 312 paires de bases (104 acides aminés).
Exemple 1:
A l'aide de la séquence VAU et de sa corrélation aux séquences MVP5180 et ANT70, on a défini des amorces oligonucléotidiques s'efforçant d'être spécifiques du groupe 0 dans son entièreté pour la région V3 et la région gp41. Celles-ci nous ont permis d'amplifier la souche DUR et ont en conséquence constitué une solution au problème d'amplification rencontré. La position ainsi que la séquence de ces amorces HIV-O sont représentées à la figure 6. Ces amorces permettent l'obtention d'une bande d'amplification visible en coloration au bromure d'éthidium avec une seule étape de 30 cycles de PCR. Des séquences partielles ont été obtenues:
- GAG: 513 paires de bases (171 acides aminés)
- gp 120 boucle V3: 525 paires de bases (75 acides aminés)
- gp41 région immunodominante : 312 paires de bases (104 acides aminés).
Les comparaisons nucléotidiques (figure 8) et protidiques (figure 9) des séquences DUR aux séquences MVP5180, ANT et VAU pour le groupe O, LAI pour le consensus HIV-1 > MAL séquence Africaine HIV-1 représentative, et CPZ pour le CIV du chimpanzé gabonais, montrent que
DUR est aussi éloigné des autres HIV-1-O publiés que ceux-ci le sont entre eux.
DUR est aussi éloigné des autres HIV-1-O publiés que ceux-ci le sont entre eux.
Les différences sont moindres dans la région GAG et maximales dans la région de la boucle V3 de gp120, où la comparaison protéique atteint 40% de différence (figure 9). Les arbres phylogéniques confirment d'une part que la souche DUR fait partie du groupe O, et d'autre part l'importance des différences entre les diverses souches O décrites, sans pour autant que des embranchements de sous-types ne se dégagent nettement (figure 10).
Exemple 2:
Lors de la comparaison de la séquence GAG obtenue aux deux autres souches O publiées ANT70 et MVP5180 ainsi qu'aux séquences représentatives du groupe M (figure 1), on a pu constater qu'il existe un consensus O sur plusieurs zones, distinct du consensus M dans les mêmes zones. On peut aussi relever deux zones hyper-variables, plus variables pour O que pour M, et quelques différences ponctuelles pour l'une ou l'autre souche. Néanmoins, les régions SPRT.... SEGA,
MLNAI....KEVIN, GPLPP....QQEQI, VGD....SPV paraissent discriminatives du consensus O versus le consensus M.
Lors de la comparaison de la séquence GAG obtenue aux deux autres souches O publiées ANT70 et MVP5180 ainsi qu'aux séquences représentatives du groupe M (figure 1), on a pu constater qu'il existe un consensus O sur plusieurs zones, distinct du consensus M dans les mêmes zones. On peut aussi relever deux zones hyper-variables, plus variables pour O que pour M, et quelques différences ponctuelles pour l'une ou l'autre souche. Néanmoins, les régions SPRT.... SEGA,
MLNAI....KEVIN, GPLPP....QQEQI, VGD....SPV paraissent discriminatives du consensus O versus le consensus M.
Les régions QQA et LWTTRAGNP sont des régions hypervariables. La souche HIV-1-O DUR se singularise en trois positions vis-àvis du consensus M et O (L pour I et 2 fois pour E) et prend un acide aminé spécifique en trois positions hyper-variables isolées V position L9; A position A77; L position 110.
En outre, il est possible de définir dans la région GAG des segments communs au groupe O et au groupe M tels que SPRTLNAWVK,
GSDIAGTTST et QGPKEPFRDYVDRF.
GSDIAGTTST et QGPKEPFRDYVDRF.
Exemple 3: comParaison des séquences de la boucle V3
Cette étude comparative a révélé des différences considérables atteignant 56% de différences protéiques avec le consensus
HIV-1-M, et 35 à 42% avec les autres HIV-1-O.
Cette étude comparative a révélé des différences considérables atteignant 56% de différences protéiques avec le consensus
HIV-1-M, et 35 à 42% avec les autres HIV-1-O.
Les alignements de séquences peptidiques des régions de la boucle V3 de gp120 et de la région immunodominante de gp41 est donné à la figure 2. La séquence de l'intérieur de la boucle V3 de la souche DUR diffère substantiellement de celle du consensus HIV-1-M. Elle partage le motif GPMAWYSM avec les souches VAU et ANT70 mais pas avec la souche MVP qui présente deux substitutions: R pour A et R pour Y.
Les parties gauche et droite du reste de la boucle V3 sont nettement différentes de tous les autres HIV connus et ne laissent pas supposer d'autres réactivités croisées. De plus, la boucle V3 de DUR est plus longue d'un acide aminé que les autres séquences O, elles-mêmes plus longues d'un autre acide aminé que les séquences de type HIV-1 M.
Les deux séquences flanquantes paraissent donc à protéger ainsi que la définition du motif "public" HIV-O.
ExemPle 4: Comparaison des alignements concernant la région immunodominante de la qP41
La mini boucle de la souche DUR, de séquence
CRGKAIC, s'est avérée être très spécifique de cette souche : elle constituerait une épitope (voir figure 2). En outre, cette séquence serait susceptible d'intervenir dans la modification des conditions de dépliage de la glycoprotéine gp41, et en conséquence dans l'infectuosité de la souche.
La mini boucle de la souche DUR, de séquence
CRGKAIC, s'est avérée être très spécifique de cette souche : elle constituerait une épitope (voir figure 2). En outre, cette séquence serait susceptible d'intervenir dans la modification des conditions de dépliage de la glycoprotéine gp41, et en conséquence dans l'infectuosité de la souche.
Une longue séquence de 11 acides aminés flanquant à gauche cette boucle est identique à la séquence VAU. On peut noter un polymorphisme de la souche DUR pour une position S ou T selon les clones analysés.
Sont également représentés dans la figure 2 des peptides correspondants issus d'autres souches rétrovirales connues.
La souche DUR permet également de définir un consensus
HIV-O de la région gp41 dont plusieurs régions homologues suffisamment longues pourraient être utilisées. Ces régions homologues sont entre autres: RL*ALET,QNQQ, LWGC, CYTV (* représentant un acide aminé variable) .
HIV-O de la région gp41 dont plusieurs régions homologues suffisamment longues pourraient être utilisées. Ces régions homologues sont entre autres: RL*ALET,QNQQ, LWGC, CYTV (* représentant un acide aminé variable) .
Exemple 5: Corrélations sérologigues:
L'antisérum anti-DUR ne réagit pas avec les peptides de la boucle V3 du consensus HIV-1-M, de HIV-1 MAL, de HIV-1 CPZ ou de
HIV-1-O MVP5180, mais réagit cependant avec le peptide de la boucle V3 de l'HIV-1-O ANT70. Concernant la région immunodominante gp41, il ne réagit pas avec le consensus HIV-1- M classique , mais réagit cependant, faiblement mais de façon surprenante, avec le consensus HIV1 M étendu à droite.
L'antisérum anti-DUR ne réagit pas avec les peptides de la boucle V3 du consensus HIV-1-M, de HIV-1 MAL, de HIV-1 CPZ ou de
HIV-1-O MVP5180, mais réagit cependant avec le peptide de la boucle V3 de l'HIV-1-O ANT70. Concernant la région immunodominante gp41, il ne réagit pas avec le consensus HIV-1- M classique , mais réagit cependant, faiblement mais de façon surprenante, avec le consensus HIV1 M étendu à droite.
Claims (46)
1. Peptide issu du virus HIV-1-O DUR déposé le 23 février 1995 à la CNCM sous la référence la1542 ou peptide dont la séquence se distingue de celle du précédent par substitution, délétion ou addition d'acides aminés, ce peptide distinct conservant néanmoins les caractéristiques antigéniques du précédent.
2. Peptide selon la revendication 1 comportant au moins 4 acides aminés consécutifs dont la séquence entière en acides aminés consécutifs est contenue dans la séquence GAG représentée à la figure 1 ou dans une séquence GAG immunologiquement semblable issue d'un variant du virus HIV-1-O DUR, ladite séquence immunologiquement semblable étant reconnue par des anticorps reconnaissant aussi de façon spécifique au moins l'une des séquences AHPQQA, LWTTRAGNP contenues dans la séquence GAG de la figure 1.
3. Peptide selon la revendication 2, caractérisé en ce qu il consiste en un peptide dont la séquence en acides aminés est contenue, soit dans l'une des séquences suivantes: SPRTLNAWVKAVEEKAFNPEIIPMFMALSEGA (1)
MLNAIGGHQGALQVLKEVIN (2)
GPLPPGQIREPTGSDIAGTTSTQQEQI (3)
IPVGDIYRKWIVLGLNKMVKMYSPVSI LD I (4)
QGPKEPFRDYVDRFYKTKLAE (5)
AHPQQA (5 bis)
LWTTRAGNP (5ter),
soit dans la séquence immunologiquement semblable correspondante, ce peptide comportant au moins 4 acides aminés consécutifs de l'une desdites séquences.
4. Peptide selon la revendication 3, caractérisé en ce qu'il consiste en un peptide dont la séquence en acides aminés est contenue soit dans l'une des séquences suivantes:
SPRTLNAWVK (6)
GSDIAGTTST (7)
QGPKEPFRDYVDRF (8)
soit dans la séquence immunologiquement semblable correspondante, ce peptide comportant au moins quatre acides aminés consécutifs de l'une desdites séquences.
5. Peptide selon la revendication 3, caractérisé en ce qu'il contient la séquence en acides aminés suivante:
NPEI (9)
6. Peptide selon la revendication 3, caractérisé en ce qu'il contient la séquence en acides aminés suivante:
AVEEKAFNPEIIPMFM (10)
7. Peptide selon la revendication 1, comportant au moins 4 acides aminés consécutifs, dont la séquence entière est contenue dans la séquence de la région de la boucle (V3) de gp120 représentée à la figure 2 ou dans la séquence correspondante immunologiquement semblable issue d'un variant du virus HIV-1-O DUR, ladite séquence immunologiquement semblable étant reconnue par des anticorps reconnaissant aussi de façon spécifique au moins l'une des séquences:
KEIKI (12),
EREGKGAN (13).
QIEREGKGANSR (15).
CVRPGNNSVKEIKI (14),
8. Peptide selon la revendication 7 contenant:
a) soit la séquence CVRPGNNSVKEIKIGPMAWYSMQIEREGKGANSRTAFC (11) ou une partie de cette séquence qui contienne au moins 4 acides aminés
b) soit une séquence d'acides aminés distincte de la séquence de a) dans laquelle un ou plusieurs acides aminés sont substitués par deux acides aminés sous réserve que le peptide conserve sa réactivité avec un antisérum contre le susdit peptide,
c) soit une séquence d'acides aminés distincte selon a) ou b) dans laquelle un ou plusieurs acides aminés ont été supprimés ou ajoutés sous réserve que le peptide conserve sa réactivité avec un antisérum contre le peptide de a),
d) soit la séquence ou partie de séquence immunologiquement semblable correspondante.
9. Peptide selon la revendication 8 qui contient la séquence
KEIKI (12).
10. Peptide selon la revendication 8 qui contient la séquence
EREGKGAN (13).
11. Peptide selon la revendication 8 ou 9 qui contient soit la séquence d'acides aminés CVRPGNNSVKEIKI (14), soit la séquence QIEREGKGANSR (15).
12. Peptide selon la revendication 8, qui comprend la séquence GPMAWYSM (16).
13. Peptide selon la revendication 1, comportant au moins 4 acides aminés consécutifs, dont la séquence entière est contenue dans la séquence de la région immunodominante de la gp41 représentée à la figure 2 ou dans la séquence correspondante immunologiquement semblable, issue d'un variant du virus HIV-1-O DUR, ladite séquence immunologiquement semblable étant reconnue par des anticorps reconnaissant aussi de façon spécifique au moins l'une des séquences:
RLLALETLMQNQQL (17),
LNLWGCRGKAICYTSVQWNETWG (18),
CRGKAI (19),
SVQWN (20),
RLLALETLMONQQLLNLWGCRGKAICYTS (21),
QNQQLLN LWGCRGKAICYTSVQWN (22).
14. Peptide selon la revendication 13, contenant la séquence RLLALETLMQNQQL (17) LNLWGCRGKAICYTSVQWNETWG (18) ou partie de ce peptide contenant:
a) soit la séquence CRGKAI (19), soit la séquence SVQWN (20) dans laquelle Q est le cas échéant remplacé par un acide aminé différent, néanmoins différent aussi de K, soit les deux séquences à la fois
b) soit une séquence d'acides aminés distincte de la séquence de a) dans laquelle un ou plusieurs acides aminés sont substitués par deux acides aminés sous réserve que le peptide conserve sa réactivité avec un antisérum contre le peptide de a),
c) soit une séquence d'acides aminés distincte selon a) ou b) dans laquelle un ou plusieurs acides aminés ont été supprimés ou ajoutés sous réserve que le peptide conserve sa réactivité avec un antisérum contre le peptide de a),
d) soit dans la séquence ou partie de séquence immunologiquement semblable correspondante.
15. Peptide selon la revendication 14, caractérisé en ce que sa séquence N terminale qui contient au moins 8 acides aminés, n'est pas immunologiquement reconnue par des anticorps formés contre la séquence RILAVERY contenue dans la région immunodominante de la gp41 de la souche HIV1-LAI.
16. Peptide selon la revendication 14, caractérisé en ce qu'il n'est pas reconnu par des anticorps formés contre le peptide SGKLIC de la souche HIV-1-LAI.
17. Peptide selon la revendication 14, caractérisé en ce qu'il contient l'une ou l'autre des deux séquences suivantes:
RLLALETLMONQQLLNLWGCRGKAICYTS (21)
QNQQLLNLWGCRGKAICYTSVQWN (22)
18. Procédé de détection et de discrimination dans un échantillon biologique entre des anticorps caractéristiques d'un rétrovirus du type HIV-1-O et des anticorps caractéristiques d'un rétrovirus du type
HIV-1-M caractérisé par la mise en contact de cet échantillon biologique avec un peptide choisi parmi les peptides (1), (2), (3), (4), (5bis), (5ter) de la revendication 3 le peptide (9) de la revendication 5 et le peptide (10) de la revendication 6.
19. Procédé de détection et de discrimination dans un échantillon biologique entre des anticorps caractéristiques d'un rétrovirus du type HIV-1-O et des anticorps caractéristiques d'un rétrovirus du type
HIV-1-M caractérisé par la mise en contact de cet échantillon biologique avec le peptide issu de l'un des virus HIV-1 M pris en considération dans les figures 1 et 2 homologue d'un peptide choisi parmi ceux de la revendication 18, la séquence de ce peptide homologue résultant des alignements verticaux de ses propres acides aminés successifs euxmêmes contenus dans la séquence peptidique pertinente relative au virus
HIV-1-M correspondant et représentée dans la figure 1 ou 2 avec les acides aminés successifs de la séquence du peptide choisi, telle qu'elle découle aussi de la figure 1 ou 2.
20. Procédé de détection et de discrimination entre infection par un rétrovirus du type HIV-1-O et du type HIV-1-M caractérisé par la mise en contact de sérums issus des personnes soumises à un test de diagnostic de SIDA, avec le peptide RILAVERY.
21. Procédé de détection d'infection due soit à un rétrovirus
HIV-1 du type O, soit HIV-1 du type M, caractérisé par l'utilisation de mélanges de deux catégories de peptides, ceux de la première catégorie correspondant à ceux identifiés dans la revendication 18.
22. Procédé de discrimination entre une infection due à un rétrovirus du type HIV-1-O DUR, et une infection due à un autre type de rétrovirus HIV-1-O, caractérisé par la mise en contact de l'échantillon biologique étudié avec l'un quelconque des peptides suivants:
- peptide (11) de la revendication 8, peptide (12) de la revendication 9 ou peptide (13) de la revendication 10,
- peptide (14) ou peptide (15) de la revendication 11 ou
- peptides (17), (18), (19) et (20) de la revendication 14.
23. Anticorps monoclonaux spécifiques des séquences de chacun des peptides définis dans les précédentes revendications.
24. Acide nucléique contenant une séquence codant pour un peptide selon les revendications 1à 17.
25. Acide nucléique selon la revendication 24, dont la séquence nucléotidique est représentée à la figure 3.
26. Acide nucléique selon la revendication 24, dont la séquence nucléotidique est représentée à la figure 4 ou 5.
27. Vecteur contenant un acide nucléique selon l'une quelconque des revendications 24 à 26.
28. Vecteur selon la revendication 27, caractérisé en ce que c'est un plasmide.
29. Plasmide choisi parmi ceux qui ont été déposés à la
CNCM le 24 Février 1995 sous les références 1-1548, 1-1549 et 1-1550.
30. Cellule contenant un acide nucléique selon l'une quelconque des revendications 24 à 26 ou un vecteur selon l'une quelconque des revendications 27 à 29.
31. Virus déposé le 23 Février 1995 à la CNCM sous la référence 1-1542.
32. Virus de même type ou sous type que le virus de la revendication 31 caractérisé en ce que des peptides consensus de ce virus sont reconnus par des anticorps reconnaissant spécifiquement un peptide selon l'une quelconque des revendications 1 à 17.
33. L'ARN génomique du virus selon la revendication 31 ou 32.
34. Trousse de détection in vitro d'anticorps contre HIV, contenant au moins un peptide selon l'une quelconque des revendications 1 à 17.
35. Trousse selon la revendication 34, contenant en outre au moins un peptide consensus dérivé d'une autre souche HIV comprenant:
soit une séquence d'acides aminés distincte de la séquence de ce peptide dans laquelle un ou plusieurs acides aminés sont substitués par d'autres acides aminés sous réserve que le peptide conserve sa réactivité avec un antisérum contre le peptide consensus,
soit une séquence d'acides aminés dans laquelle un ou plusieurs acides aminés ont été supprimés ou ajoutés sous réserve que le polypeptide ou le peptide conserve sa réactivité avec un antisérum contre le peptide consensus.
36. Trousse selon la revendication 33 ou 34, caractérisée en ce que l'autre souche HIV est une souche HIV-LAI.
37. Composition peptidique pour le diagnostic in vitro d'une infection due au virus selon la revendication 31 ou 32, ladite composition comprenant au moins un peptide selon les revendications 1 à 17.
38. Composition immunogène caractérisée en ce qu'elle comprend au moins un peptide en association avec un véhicule pharmaceutique acceptable pour la constitution de vaccins.
39. Méthode pour la détection in vitro d'anticorps anti HIV-1 par mise en contact d'un échantillon biologique avec un peptide selon l'une quelconque des revendications 1 à 17.
40. Procédé de production d'un polypeptide ou d'un peptide selon l'une quelconque des revendications 1 à 17 caractérisé en ce que le polypeptide ou le peptide est obtenu
- soit par l'expression d'un acide nucléique selon l'une quelconque des revendications 24 à 26,
- soit par synthèse chimique, par addition d'acides aminés jusqu'à obtention du polypeptide ou du peptide complet.
41. Oligonucléotide ayant une séquence consistant en au moins huit nucléotides consécutifs des séquences nucléotidiques suivantes:
ATT CCA ATA CAC TAT TGT GCT CCA -3'
AAA GAA TTC TCC ATG ACT GTT AAA -3'
GGT ATA GTG CAA CAG CAG GAC AAC-3'
AGA GGC CCA TTC ATC TAA CTC-3'
42. Oligonucléotide selon la revendication 41 caractérisé en ce qu'il peut être utilisé lors d'un processus d'amplification génique d'une séquence nucléotidique codant pour un peptide selon l'une quelconque des revendications 1 à 17.
43. Procédé de détection de la présence, dans un échantillon biologique, d'acide nucléique caractéristique d'un rétrovirus de type HIV y inclus d'un rétrovirus selon la revendication 31 ou 32, comprenant la mise en contact d'un ADNc formé à partir d'ARN(s) contenu(s) dans cet échantillon biologique dans des conditions permettant l'hybridation de cet
ADNc avec le génome rétroviral, et la réalisation d'une amplification génique sur cet échantillon viral.
44. Procédé de discrimination entre une infection par un rétrovirus du type HIV-1-O et du type HIV-1-M mettant en oeuvre une sérine protéase dont l'action de clivage s'effectue au niveau d'un dipeptide
SR et comprenant la détection d'un clivage ou d'un non-clivage de la boucle V3 de la gp 120 du rétrovirus selon que ce rétrovirus est un rétrovirus de type HIV-1-O ou un rétrovirus du type HIV-1-M.
45. Lysat viral tel qu'il est obtenu par lyse des cellules infectées par un virus selon la revendication 31 ou 32.
46. Extrait protéique de souche HIV-DUR contenant notamment un peptide antigénique selon l'une quelconque des revendications 1 à 17.
Priority Applications (24)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| FR9502526A FR2731225B1 (fr) | 1995-03-03 | 1995-03-03 | Peptides de glycoproteine transmembranaire d'enveloppe et de proteine de capside du retrovirus humain du type hiv-1 et peptides presentant avec eux une parente immunologique |
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