FI95394B - Use of pSG5 as a temperature sensitive plasmid - Google Patents
Use of pSG5 as a temperature sensitive plasmid Download PDFInfo
- Publication number
- FI95394B FI95394B FI891335A FI891335A FI95394B FI 95394 B FI95394 B FI 95394B FI 891335 A FI891335 A FI 891335A FI 891335 A FI891335 A FI 891335A FI 95394 B FI95394 B FI 95394B
- Authority
- FI
- Finland
- Prior art keywords
- plasmid
- psg5
- marker
- mutants
- screened
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/74—Vectors or expression systems specially adapted for prokaryotic hosts other than E. coli, e.g. Lactobacillus, Micromonospora
- C12N15/76—Vectors or expression systems specially adapted for prokaryotic hosts other than E. coli, e.g. Lactobacillus, Micromonospora for Actinomyces; for Streptomyces
Landscapes
- Genetics & Genomics (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Zoology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Saccharide Compounds (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Medicines Containing Material From Animals Or Micro-Organisms (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
- Organic Low-Molecular-Weight Compounds And Preparation Thereof (AREA)
- Pyrrole Compounds (AREA)
Abstract
Description
1 95394 pSG5:n käyttö lämpötilaherkkänä plasmidinaUse of pSG5 as a temperature sensitive plasmid
Keksintö koskee pSG5-replikonin käyttöä lämpötila-herkän hybridiplasmidin valmistamiseksi ja IS-elementtien 5 ja transposonien havaitsemiseksi. Keksintö koskee edelleen menetelmää Streptomyces-mutanttien valmistamiseksi ja näiden mutanttien käyttöä mutatoitujen geenien ja vastaavien villin tyypin geenien eristämiseksi.The invention relates to the use of the pSG5 replicon for the preparation of a temperature-sensitive hybrid plasmid and for the detection of IS elements 5 and transposons. The invention further relates to a method for producing Streptomyces mutants and to the use of these mutants to isolate mutated genes and corresponding wild-type genes.
EP-patenttijulkaisusta 0 158 872 B tunnetaan Strep-10 tomyces-plasmidi pSG5, joka voidaan eristää Streptomyces ghanaensiksen, DSM 2932, viljelmästä. Tämä plasmidi soveltuu hybridivektoreiden valmistukseen, esimerkiksi niin sanottujen heilurivektoreiden valmistukseen, jotka voivat lisääntyä E. coli -lajeissa sisäänrakennetun E. coli -rep-15 likonin vuoksi. Sellaisia vektoreita tunnetaan esimerkiksi EP-patenttihakemuksesta 158 201 A.EP 0 158 872 B discloses the Strep-10 tomyces plasmid pSG5, which can be isolated from a culture of Streptomyces ghanaensis, DSM 2932. This plasmid is suitable for the production of hybrid vectors, for example for the production of so-called pendulum vectors, which can be propagated in E. coli species due to the built-in E. coli rep-15 lycon. Such vectors are known, for example, from EP patent application 158 201 A.
Nyt havaittiin, että pSG5 on lämpötilaherkkä.It was now found that pSG5 is temperature sensitive.
pSG5:n lämpötilaherkkyysominaisuus on yllättävä, sillä tähän saakka ei vielä ole tunnettu tämän ominaisuu-20 den omaavia luonnollisia Streptomyces-plasmideja. Koska pSG5:llä ja sen replikonin avulla valmistetuilla hybridi-plasmideilla on laaja isäntävalikoima, avaa tämän plasmi-din uusi keksinnön mukainen käyttö ammattimiehelle runsaasti mahdollisuuksia: • < ·* · 25 Kun konstruoidaan pSG5:n replikonin käsittävä plas midi, joka sisältää merkin, transformoidaan sillä yhteensopiva isäntälaji ja nostetaan sitten lämpötila yli kynnysarvon, niin saadaan merkin perusteella erottamisen jälkeen vain sellaisia transformoituneita yksilöitä, jotka 30 ovat integroineet plasmidin kokonaan tai osittain geno-The temperature sensitivity property of pSG5 is surprising, as natural Streptomyces plasmids with this property are not yet known. Because pSG5 and its replicon hybrid plasmids have a wide variety of hosts, the novel use of this plasmid in accordance with the invention opens up many possibilities for the person skilled in the art: When constructing a plasmid comprising a pSG5 replicon containing a tag, it is transformed compatible host species and then raising the temperature above the threshold, only transformed individuals that have fully or partially integrated the plasmid into
• · I• · I
miin. Koska sellaiset integraatiot tapahtuvat pääasiassa vain genomin homologisiin alueisiin, soveltuu tämä menetelmä sellaisten homologisten alueiden etsimiseen isäntä-lajin genomista.systems. Since such integrations occur mainly only in homologous regions of the genome, this method is suitable for searching for such homologous regions in the genome of a host species.
2 95394 EP-patenttijulkaisusta o 243 856 A tunnetaan mu-tanttien valmistusmenetelmä, jossa eristetään lähtökannas-ta koko DNA, muutetaan se lyhyiksi fragmenteiksi, integroidaan nämä plasmidiin, joka sisältää merkin, on lämpö-5 tilaherkkä ja replikoituu lähtökannassa, saatu hybridipo-pulaatio transformoidaan lähtökantaan, transformantit seulotaan merkin perusteella, hybridiplasmidit eliminoidaan nostamalla lämpötila yli lämpötilaherkän plasmidin kynnysarvon ja mutantit seulotaan käyttäen toistettua seulontaa 10 merkin perusteella.EP 953 856 A discloses a method for preparing mutants in which all DNA is isolated from a starting strain, converted into short fragments, integrated into a plasmid containing a tag, heat-sensitive and replicated in the starting strain, and the resulting hybrid population is transformed. to the starting strain, transformants are screened for label, hybrid plasmids are eliminated by raising the temperature above the temperature-sensitive plasmid threshold, and mutants are screened using repeated screening for 10 characters.
Käsite "lyhyet" fragmentit tarkoittaa DNA-paloja, jotka saadaan tiheästi katkaisevilla restriktioentsyymeil-lä, kuten Sau3A tai Taal. mutta myös mekaanisilla menetelmillä (ultraääni, katkaiseminen), ja jotka eivät sisällä 15 promoottorialuetta eivätkä translaation lopetussignaaleja.The term "short" fragments refers to pieces of DNA obtained by densely cleaving restriction enzymes such as Sau3A or Taal. but also by mechanical methods (ultrasound, cleavage), and which do not contain 15 promoter regions or translation termination signals.
Koska plasmidin eliminaation jälkeen merkin perusteella seulottaessa säilyvät vain solut, jotka ovat ottaneet plasmidi-DNA:ta kromosomiinsa (mikä tapahtuu edulli-.·, sesti plasmidiin integroituneen homologisen DNA:n kautta), 20 saadaan välittömästi mutantteja.Since, after plasmid elimination, only cells that have taken up plasmid DNA into their chromosome (which is preferably through homologous DNA integrated into the plasmid) are retained for character screening, mutants are obtained immediately.
Plasmidi pSG5 on kuvattu EP-patenttijulkaisussa 0 243 856 A sopivana lähtöplasmidina. Keksinnön mukaisesti voi kuitenkin nyt tätä plasmidia käytettäessä mutaatio lämpötilaherkiksi mutanteiksi jäädä pois. Tällöin ei sääs-* ' 25 tytä ainoastaan mutaatiolta ja erityisen työläältä seulon nalta, vaan vältetään myös vaara tuottaa ei-toivottuja moninkertaisia mutaatioita. Plasmidi pSG5 soveltuu siis tähän menetelmään erityisen hyvin.Plasmid pSG5 is described in EP 0 243 856 A as a suitable starting plasmid. However, according to the invention, the mutation into temperature-sensitive mutants can now be omitted when using this plasmid. This not only saves on mutation and particularly laborious screening, but also avoids the risk of producing unwanted multiple mutations. Plasmid pSG5 is therefore particularly well suited to this method.
pSG5:n lämpötilaherkkyys ilmenee siten, että tämä 30 plasmidi on epästabiili 36 °C:n lämpötilasta lähtien, eikä ♦♦ replikoidu enää. Käyttökelpoisen lämpötila-alueen yläraja riippuu isäntäsolusta: S. venezuelaessa se esimerkiksi on 38 °C, S. lividansissa 45 °C ja S. ghanaensiksessa 45 °C. Inkuboitaessa viljelmiä, jotka sisältävät pSG5:n tai tämän 35 plasmidin johdannaisen, 36 °C:n lämpötilassa tai sen ylä- 3 95394 puolella "plasmidi laimenee pois" eikä ole enää osoitettavissa muutamien sukupolvien jälkeen.The temperature sensitivity of pSG5 is such that this plasmid is unstable from 36 ° C and ♦♦ no longer replicates. The upper limit of the useful temperature range depends on the host cell: for example, in S. venezuela it is 38 ° C, in S. lividans 45 ° C and in S. ghanaensis 45 ° C. When incubating cultures containing pSG5 or a derivative of this 35 plasmid at or above 36 ° C, "the plasmid is diluted" and is no longer detectable after a few generations.
pSG5-replikonin keksinnön mukaista käyttöä voidaan siis käyttää hyväksi homologisten geenien etsimiseksi ole-5 massa olevalle geenille. Siten se on käyttökelpoinen vaihtoehto geenipankin valmistamiselle ja seulomiselle leimatuilla DNA-koettimilla. Tämä vaihtoehto on arvokas erityisesti silloin, kun hybridisaatiolla ei ole saatu vakuuttavaa tulosta. Tämän menetelmän toinen etu on, että voidaan 10 välttää työskentely radioaktiivisilla aineilla.Thus, the use of the pSG5 replicon of the invention can be exploited to search for homologous genes for an existing gene. Thus, it is a useful alternative for gene bank preparation and screening with labeled DNA probes. This option is valuable especially when hybridization has not yielded a convincing result. Another advantage of this method is that it is possible to avoid working with radioactive substances.
Vastaavasti voidaan etsiä myös insertioelementtejä (IS-elementtejä) ja transposoneja, jotka ovat joutuneet tutkitun isäntälajin genomiin: kun nimittäin käytetään ainoastaan merkillä varustettua plasmidia ilman muuta in-15 sertoitua DNA:ta, niin homologiset alueet ovat vain silloin käytettävissä, kun IS-elementti tai transposoni on siirtynyt ennen lämpötilan nostamista kromosomista plasmi-diin. Siten seulonta merkin perusteella mahdollistaa sel-.· laisten DNA-elementtien etsimisen.Similarly, insertion elements (IS elements) and transposons that have entered the genome of the host species studied can be searched for: in fact, when only a labeled plasmid without other in-15 inserted DNA is used, homologous regions are only available when the IS element or the transposon has migrated from the chromosome to the plasmid before raising the temperature. Thus, screening by tag allows the search for such DNA elements.
20 Keksinnön mukaiselle pSG5-replikonin käytölle IS- elementtien ja transposonien havaitsemiseksi on tunnusomaista, että pSG5-replikonin käsittävään plasmidiin lisätään merkkiaine, Streptomyces-organismeja transformoidaan näin saadulla hybridiplasmidilla, transformantit inkuboi-: ; 25 daan yli 36 °C:n lämpötilassa, seulotaan merkkiaineen pe rusteella ja analysoidaan DNA-alue, jossa rekombinaatiota tapahtui.The use of the pSG5 replicon according to the invention for the detection of IS elements and transposons is characterized by the addition of a marker to the plasmid comprising the pSG5 replicon, the transformation of Streptomyces organisms with the hybrid plasmid thus obtained, the incubation of the transformants. Above 36 ° C, screen for the marker and analyze the region of DNA where recombination occurred.
Mainitut tutkimukset voivat tapahtua vastavalla tavalla kuin EP-patenttijulkaisussa 0 243 856 A kuvatulla 30 menetelmällä mutanttien eristämiseksi.Said studies can be carried out in a manner analogous to the method for isolating mutants described in EP 0 243 856 A.
Keksinnön mukaiselle menetelmälle Streptomyces-mu-tanttien valmistamiseksi on siten tunnusomaista, että eristetään Streptomyces-lähtökannasta koko DNA, muutetaan se lyhyiksi fragmenteiksi, integroidaan nämä merkkiaineen 35 sisältävän pSG5-replikonin käsittävään hybridiplasmidiin, 4 95394 saatu hybridiplasmidipopulaatio transformoidaan lähtökan-taan, transformantit seulotaan käyttäen merkkiaineeseen perustuvaa seulontaa, hybridiplasmidit eliminoidaan nostamalla lämpötila yli kynnysarvon ja mutantit seulotaan 5 käyttäen toistettua merkkiaineeseen perustuvaa seulontaa. Kuten on todettu, mutantteja voidaan käyttää sekä mutatoi-tujen geenien että vastaavien villin tyypin geenien eristämiseen.The method of the invention for preparing Streptomyces mutants is thus characterized by isolating the entire DNA from the Streptomyces starting strain, converting it into short fragments, integrating these into a hybrid plasmid comprising the pSG5 replicon containing marker 35, transforming the resulting hybrid plasmid population into a transformant population obtained. based screening, hybrid plasmids are eliminated by raising the temperature above the threshold and mutants are screened using repeated marker-based screening. As noted, mutants can be used to isolate both mutated genes and corresponding wild-type genes.
Keksintö tuo siten mukanaan joukon etuja: 10 1. pSG5-plasmidin pohjalta on olemassa jo laajan isäntä- valikoiman vuoksi monipuolisesti käyttökelpoinen vektori-perhe, joka käsittää eri seulontamerkkejä, kuten resistenssin neomysiiniä, tiostreptonia, kanamysiiniä (EP-A 0 158 201) ja gentamysiiniä (EP-A 0 248 207) vastaan sekä 15 värimerkkejä, kuten melaniini ja muita väriaineita tai pigmenttejä (EP-A 0 257 416 ja 0 257 417) .The invention thus brings a number of advantages: 1. Based on the pSG5 plasmid, due to the wide range of hosts, there is already a versatile family of vectors comprising various screening markers, such as resistance neomycin, thiostrepton, kanamycin (EP-A 0 158 201) and gentamicin. (EP-A 0 248 207) and 15 color markers such as melanin and other dyes or pigments (EP-A 0 257 416 and 0 257 417).
2. Kun käytetään mainitusta vektoriperheestä peräisin olevaa E. colissa seulottavissa olevan merkin sisältävää .· plasmidia, niin voidaan EP-patenttijulkaisusta 0 243 856 A2. When a plasmid containing a marker that can be screened in E. coli from said family of vectors is used, it can be found that EP 0 243 856 A
20 tunnettua menetelmää laajentaa kosmidigeenipankin muodostamiseen ja siten suurten, noin 40 ke:n kokoisten, DNA-palojen eristämiseen: integroitaessa E. colissa seulottavissa oleva merkki isännän kromosomiin voidaan siten muodostuneen mutantin genomi siirtää kosmidigeenipankkiin.The known method extends to the generation of a cosmid gene bank and thus to the isolation of large DNA fragments of about 40 kb in size: by integrating a screenable marker in E. coli into the host chromosome, the genome of the mutant thus formed can be transferred to the cosmid gene bank.
25 Seulonta merkin perusteella (tarkoituksenmukaisesti samanaikaisesti kosmidille ominaisen merkin perusteella) johtaa silloin välittömästi kiinnostavaan kosmidiklooniin. Siten säästytään tähän saakka välttämättömältä, äärimmäisen työläältä seulonnalta hybridisaatiota käyttäen. Toisin kuin 30 EP-patenttijulkaisusta 0 243 856 A tunnetulla menetelmällä V voidaan siten tutkia yhdessä vaiheessa suuria geenialueita muunnetun geenin ympäristöstä. Tällä tavalla voidaan eristää geeni-Mklustereita", siis esimerkiksi geenit koko bio-synteesireitille. Ei myöskään olla enää riippuvaisia sii-35 tä, että mutatoidun geenin läheisyydessä on saatavilla sopivia katkaisukohtia restriktioentsyymeille.25 Screen-based screening (expediently at the same time as a cosmid-specific label) then immediately leads to a cosmid clone of interest. Thus, hitherto, the necessary, extremely laborious screening using hybridization is avoided. Thus, in contrast to the method V known from EP 0 243 856 A, large gene regions can be examined in one step around the environment of the modified gene. In this way, gene clusters can be isolated ", i.e. for example genes for the entire biosynthetic pathway. It is also no longer dependent on the availability of suitable cleavage sites for restriction enzymes in the vicinity of the mutated gene.
5 953945 95394
Seuraavissa esimerkeissä keksintöä valaistaan lähemmin. Prosenttiarvot perustuvat tällöin painoon ellei toisin ole ilmoitettu.The following examples further illustrate the invention. Percentages are based on weight unless otherwise indicated.
Esimerkki 1 5 Kokonais-DNArn eristäminen 0,1 g kolmen päivän ikäisen, homogenosoidun S. qha-naensis -kannan (ATCC 14672, US 3 674 866) Streptomyces-viljelmän rihmastoa, joka ei tuota melaniinia (mel ) , pel-letoidaan 1,5 ml:n Eppendorf-reaktioastiässä Eppendorf-10 sentrifugissa 1 min ja pestään sitten kerran 0,5 ml:11a TE:tä (10 mM Tris-HCl, 1 mM EDTA, pH 8, jossa on 10 % sakkaroosia) . Pelletti suspendoidaan sitten uudelleen 0,5 ml:aan lysotsyymiliuosta (0,3 M sakkaroosi, 25 mM Tris-HCl, pH 8, 25 mM EDTA, 10 mg/ml lysotsyymiä) ja inkuboi-15 daan 60 min 37 °C:ssa. Seokseen lisätään 0,2 ml 5-prosent-tista SDS-liuosta, sekoitetaan, inkuboidaan 10 min 65 °C-:ssa ja jäähdytetään sen jälkeen jälleen huoneen lämpötilaan. Sen jälkeen lisätään 100 μΐ fenoli/kloroformia (5 g .* fenolia, 5 ml kloroformia, 5 mg 8-hydroksikinoliinia, 1 ml 20 0,1 M Tris, pH 8) ja sekoitetaan varovasti ravistelijassa (^Vortex), kunnes suspensio on homogeeninen. Sen jälkeen seosta sentrifugoidaan 5 min Eppendorf-sentrifugissa ja ylempi, vesipitoinen faasi siirretään uuteen reaktioas-tiaan. DNA-pitoiseen liuokseen lisätään 70 μΐ 3 M pusku-V 25 roimatonta Na-asetaattia ja 700 μΐ isopropanolia. Sekoittamisen ja 15-minuuttisen inkubaation jälkeen huoneenlämpötilassa DNA pelletoidaan sentrifugoimalla (5 min Eppen-dorf-sentrifugissa) ja päällä oleva neste poistetaan kvantitatiivisesti. DNA suspendoidaan uudelleen 300 μ1:&&η .. 30 TE:tä ja inkuboidaan sitten 45 min 37 °C:ssa 10 μ1:η kans sa RNaasi-liuosta (50 g RNaasia/ml H20). RNaasi inaktivoi-daan 100 μ1:1ΐ3 fenoli/kloroformia ja denaturoituneet proteiinit pelletoidaan (5 min Eppendorf-sentrifugissa). DNA-pitoinen liuos käsitellään uudelleen isopropanolilla (li— 35 sätään 30 μΐ 3 M Na-asetaattia ja 400 μΐ isopropanolia, 15 6 95394 min inkubaatio huoneenlämpötilassa). DNA-pelletti, joka saadaan sentrifugoinnin jälkeen, pestään kaksi kertaa 70-prosenttisella etanolilla ja pelletoidaan uudelleen. Kuivauksen jälkeen DNA otetaan 300 /xl:aan TE:tä ja se käyte-5 tään jatkovaiheisiin.Example 1 Isolation of total DNA 0.1 g of the mycelium of a three-day-old, homogenized S. qha-naensis strain (ATCC 14672, US 3,674,866) of a Streptomyces culture that does not produce melanin (mel) is pelletized 1, In a 5 ml Eppendorf reaction vessel in an Eppendorf-10 centrifuge for 1 min and then wash once with 0.5 ml TE (10 mM Tris-HCl, 1 mM EDTA, pH 8 with 10% sucrose). The pellet is then resuspended in 0.5 ml of lysozyme solution (0.3 M sucrose, 25 mM Tris-HCl, pH 8, 25 mM EDTA, 10 mg / ml lysozyme) and incubated for 60 min at 37 ° C. 0.2 ml of 5% SDS solution is added to the mixture, mixed, incubated for 10 min at 65 ° C and then cooled again to room temperature. Then add 100 μΐ phenol / chloroform (5 g. * Phenol, 5 ml chloroform, 5 mg 8-hydroxyquinoline, 1 ml 20 0.1 M Tris, pH 8) and mix gently on a shaker (^ Vortex) until the suspension is homogeneous. . The mixture is then centrifuged for 5 min in an Eppendorf centrifuge and the upper aqueous phase is transferred to a new reaction vessel. To the DNA-containing solution is added 70 μΐ of 3 M buffer V 25 unattended Na acetate and 700 μΐ of isopropanol. After mixing and incubation for 15 minutes at room temperature, the DNA is pelleted by centrifugation (5 min in an Eppen-Dorf centrifuge) and the supernatant is removed quantitatively. The DNA is resuspended in 300 μl of 30 TE and then incubated for 45 min at 37 ° C with 10 μl of RNase solution (50 g RNase / ml H 2 O). The RNase is inactivated with 100 μl: 1ΐ3 phenol / chloroform and the denatured proteins are pelleted (5 min in an Eppendorf centrifuge). The DNA-containing solution is re-treated with isopropanol (add 30 μΐ of 3 M Na acetate and 400 μΐ of isopropanol, 15 6 95394 min incubation at room temperature). The DNA pellet obtained after centrifugation is washed twice with 70% ethanol and repelleted. After drying, the DNA is taken up in 300 .mu.l of TE and used for further steps.
Esimerkki 2Example 2
Kokonais-DNA:n pilkkominen Sau3A:lla 1 μς:aa DNA:ta inkuboidaan pilkkomispuskurissa (50 mM Tris-HCl, pH 8, 10 mM MgCl, 50 mM NaCl) 1 yksikön 10 Sau3A (valmistaja BRC-Gibco, Karlsruhe) läsnä ollessa 1 h 37 °C:ssa. Reaktio pysäytetään lisäämällä fenolia ja DNA puhdistetaan etanolisaostuksella.Cleavage of total DNA with Sau3A 1 μς DNA is incubated in cleavage buffer (50 mM Tris-HCl, pH 8, 10 mM MgCl, 50 mM NaCl) in the presence of 1 unit of 10 Sau3A (manufactured by BRC-Gibco, Karlsruhe) 1 h at 37 ° C. The reaction is stopped by the addition of phenol and the DNA is purified by ethanol precipitation.
Esimerkki 3Example 3
Kokonais-DNA-fracnnenttien kloonaus plasmidiin pGM4 15 pGM4 (EP-A 0 257 416 ja 0 257 417) linearisoidaan analogisesti esimerkin 2 kanssa BamHI:llä. Molemmat DNA-näytteet sekoitetaan pilkkomispuskurissa, kuumennetaan 70 °C:seen ja lisäämällä merkaptoetanolia (loppukonsentraatio : 10 mM) ja ATP:tä (0,1 mM) säädetään ligaasireaktio-olosuh- 20 teisiin. 1 yksikön T4-ligaasia (Boehringer Mannheim) läsnäollessa seosta inkuboidaan 12 h 14 °C:ssa. Sen jälkeen seos transformoidaan lähtökannan protoplasteihin ja levitetään regeneraatiomaljoille. Nämä päällystetään noin 20 h kuluttua pehmeällä agarilla, joka sisältää niin paljonCloning of total DNA fragments into plasmid pGM4 pGM4 (EP-A 0 257 416 and 0 257 417) is linearized analogously to Example 2 with BamHI. Both DNA samples are mixed in digestion buffer, heated to 70 ° C, and the addition of mercaptoethanol (final concentration: 10 mM) and ATP (0.1 mM) are adjusted to ligase reaction conditions. In the presence of 1 unit of T4 ligase (Boehringer Mannheim), the mixture is incubated for 12 h at 14 ° C. The mixture is then transformed into protoplasts of the starting strain and applied to regeneration plates. These are coated after about 20 h with soft agar containing so much
• I• I
25 tiostreptonia, että loppukonsentraatio maljalla on 50 βg/ ml.25 thiostrepton to a final concentration of 50 βg / ml in the dish.
Esimerkki 4Example 4
Mutanttien tuotto ia seulontaProduction and screening of mutants
Transformantteja inkuboidaan ravisteluviljelmässä 30 S-elatusaineessa (Hopwood et ai., "Genetic Manipulation of ’! Streptomyces, a Laboratory Manual", The John Innes Founda tion, Norwich 1985) noin 36 h 28 °C:ssa. Sen jälkeen lämpötila nostetaan 39 °C:seen ja inkuboidaan vielä noin 36 h tässä lämpötilassa. Viljelmä kerätään steriilisti, pes-35 tään TE -f 10 % sakkaroosissa ja inkuboidaan vielä 48 h 39 7 95394 °C täysielatusaineessa (VoiImeäium), jossa on tiostrepto-nia (20 mg/1). Sen jälkeen tuotetut mutantit maljataan ja karakterisoidaan (inkubaatio aina 39 °C:ssa).Transformants are incubated in shake culture in 30 S medium (Hopwood et al., "Genetic Manipulation of '! Streptomyces, a Laboratory Manual", The John Innes Foundation, Norwich 1985) for about 36 h at 28 ° C. The temperature is then raised to 39 ° C and incubated for another 36 h at this temperature. The culture is collected sterile, washed with TE-f in 10% sucrose and incubated for a further 48 h at 39 7 95394 ° C in complete medium (Volume) with thiostrepton (20 mg / l). The mutants produced are then plated and characterized (incubation at 39 ° C).
Esimerkki 5 5 Mutatoidun DNA;n eristäminenExample 5 Isolation of mutated DNA
Mutanteista eristetään DNA esimerkin 1 mukaisesti restriktioentsyymillä, jolla ei ole katkaisukohtia integroituneessa plasmidissa, pilkotaan ja erotetaan T4-DNA-ligaasilla. Täten muodostuu integroitunut plasmidi, joka 10 nyt sisältää mutatoidun geenin, ainoana replikaatiokykyisenä syklisenä DNA:na. Uudelleentransformaation jälkeen sopivaan kantaan, kuten S. lividansiin. seulotaan tio-streptoniresistenssin perusteella ja transformanteista eristetään plasmidi, joka sisältää mutatoidun geenin.DNA from the mutants is isolated according to Example 1 with a restriction enzyme that has no cleavage sites in the integrated plasmid, digested and separated by T4 DNA ligase. Thus, an integrated plasmid containing the mutated gene is formed as the only replicable cyclic DNA. After transformation into a suitable strain such as S. lividans. screened for thio-strepton resistance and a plasmid containing the mutated gene is isolated from the transformants.
« * > • t % < t i ’ »«<«*> • t% <t i’ »« <
Claims (6)
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
DE3809692A DE3809692A1 (en) | 1988-03-23 | 1988-03-23 | USE OF PSG5 AS A TEMPERATURE-SENSITIVE PLASMIDE |
DE3809692 | 1988-03-23 |
Publications (4)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
FI891335A0 FI891335A0 (en) | 1989-03-21 |
FI891335A FI891335A (en) | 1989-09-24 |
FI95394B true FI95394B (en) | 1995-10-13 |
FI95394C FI95394C (en) | 1996-01-25 |
Family
ID=6350421
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
FI891335A FI95394C (en) | 1988-03-23 | 1989-03-21 | Use of pSG5 as a temperature sensitive plasmid |
Country Status (16)
Country | Link |
---|---|
EP (1) | EP0334282B1 (en) |
JP (1) | JP2770975B2 (en) |
KR (1) | KR970003961B1 (en) |
AT (1) | ATE108485T1 (en) |
AU (1) | AU615524B2 (en) |
CA (1) | CA1335964C (en) |
DE (2) | DE3809692A1 (en) |
DK (1) | DK175475B1 (en) |
ES (1) | ES2056987T3 (en) |
FI (1) | FI95394C (en) |
HU (1) | HU213350B (en) |
IE (1) | IE63496B1 (en) |
IL (1) | IL89686A (en) |
NO (1) | NO178157C (en) |
PT (1) | PT90090B (en) |
ZA (1) | ZA892123B (en) |
Families Citing this family (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
DE3809691A1 (en) * | 1988-03-23 | 1989-10-12 | Hoechst Ag | METHOD FOR SELECTION OF LARGE DNA SECTIONS |
DE4011863A1 (en) * | 1990-04-12 | 1991-10-17 | Hoechst Ag | REGULATED GENE EXPRESSION IN STREPTOMYCETES |
FR2688515B1 (en) * | 1992-03-13 | 1995-03-31 | Institut Rech Agronomique | THERMOSENSITIVE PLASMID. |
Family Cites Families (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
DE3412093A1 (en) * | 1984-03-31 | 1985-10-10 | Hoechst Ag, 6230 Frankfurt | HYBRID PLASMIDE WITH A STREPTOMYCETE AND ESCHERICHIA COLI REPLICON |
DE3567676D1 (en) * | 1984-03-31 | 1989-02-23 | Hoechst Ag | Streptomycetes plasmid psg5, process for its preparation and its use |
DE3614310A1 (en) * | 1986-04-28 | 1987-10-29 | Hoechst Ag | METHOD FOR ISOLATING MUTED GENES AND THE CORRESPONDING WILD-TYPE GENES |
DE3627392A1 (en) * | 1986-08-13 | 1988-04-28 | Hoechst Ag | COLOR MARKER FOR CLONING IN STREPTOMYCES LIVIDANS |
-
1988
- 1988-03-23 DE DE3809692A patent/DE3809692A1/en not_active Withdrawn
-
1989
- 1989-03-21 AT AT89105012T patent/ATE108485T1/en not_active IP Right Cessation
- 1989-03-21 DE DE58908022T patent/DE58908022D1/en not_active Expired - Lifetime
- 1989-03-21 IL IL8968689A patent/IL89686A/en not_active IP Right Cessation
- 1989-03-21 ES ES89105012T patent/ES2056987T3/en not_active Expired - Lifetime
- 1989-03-21 FI FI891335A patent/FI95394C/en not_active IP Right Cessation
- 1989-03-21 ZA ZA892123A patent/ZA892123B/en unknown
- 1989-03-21 EP EP89105012A patent/EP0334282B1/en not_active Expired - Lifetime
- 1989-03-22 NO NO891267A patent/NO178157C/en not_active IP Right Cessation
- 1989-03-22 KR KR1019890003551A patent/KR970003961B1/en not_active IP Right Cessation
- 1989-03-22 DK DK198901460A patent/DK175475B1/en not_active IP Right Cessation
- 1989-03-22 PT PT90090A patent/PT90090B/en not_active IP Right Cessation
- 1989-03-22 CA CA000594516A patent/CA1335964C/en not_active Expired - Lifetime
- 1989-03-22 IE IE89889A patent/IE63496B1/en not_active IP Right Cessation
- 1989-03-22 JP JP1067773A patent/JP2770975B2/en not_active Expired - Lifetime
- 1989-03-22 HU HU891388A patent/HU213350B/en unknown
- 1989-03-22 AU AU31582/89A patent/AU615524B2/en not_active Expired
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
KR970003961B1 (en) | 1997-03-24 |
IE63496B1 (en) | 1995-05-03 |
DE3809692A1 (en) | 1989-10-12 |
EP0334282A3 (en) | 1989-11-29 |
JP2770975B2 (en) | 1998-07-02 |
HU213350B (en) | 1997-05-28 |
KR890014741A (en) | 1989-10-25 |
ATE108485T1 (en) | 1994-07-15 |
FI95394C (en) | 1996-01-25 |
FI891335A (en) | 1989-09-24 |
FI891335A0 (en) | 1989-03-21 |
DK146089A (en) | 1989-09-24 |
JPH029376A (en) | 1990-01-12 |
EP0334282A2 (en) | 1989-09-27 |
EP0334282B1 (en) | 1994-07-13 |
IL89686A (en) | 1994-12-29 |
CA1335964C (en) | 1995-06-20 |
DK146089D0 (en) | 1989-03-22 |
ZA892123B (en) | 1989-11-29 |
DE58908022D1 (en) | 1994-08-18 |
NO178157B (en) | 1995-10-23 |
NO178157C (en) | 1996-01-31 |
AU615524B2 (en) | 1991-10-03 |
HUT50511A (en) | 1990-02-28 |
NO891267L (en) | 1989-09-25 |
PT90090B (en) | 1994-06-30 |
AU3158289A (en) | 1989-09-28 |
IL89686A0 (en) | 1989-09-28 |
ES2056987T3 (en) | 1994-10-16 |
NO891267D0 (en) | 1989-03-22 |
PT90090A (en) | 1989-11-10 |
DK175475B1 (en) | 2004-11-08 |
IE890898L (en) | 1989-09-23 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
Kochan et al. | Bacteriophage lambda preconnectors: purification and structure | |
Valent et al. | Molecular genetic analysis of the rice blast fungus, Magnaporthe grisea | |
WO1979000467A1 (en) | Process for producing gene products of plasmid dna | |
JP3321107B2 (en) | Recombinant DNAs and uses thereof | |
JPH0773499B2 (en) | Recombinant DNA expression vector and DNA compound encoding isopenicillin N synthase from Penicillium chrysogenum | |
Lagares et al. | Genetic characterization of a Sinorhizobium meliloti chromosomal region involved in lipopolysaccharide biosynthesis | |
FI95394B (en) | Use of pSG5 as a temperature sensitive plasmid | |
DE69736673T2 (en) | RIFAMYCIN BIOSYNTHESIS GENKLUSTER | |
CN111117942B (en) | Genetic engineering bacterium for producing lincomycin and construction method and application thereof | |
Nakamura et al. | Interaction of the expression of two membrane genes, acrA and plsA, in Escherichia coli K-12 | |
EP0213898B1 (en) | A host-vector system | |
Eccleshall et al. | A temperature-sensitive yeast mitochondrial mutant with altered cytochrome c oxidase subunit | |
CA1338605C (en) | Gene encoding insecticidal protein and production of said protein using said gene | |
EP2298879A1 (en) | Method for amplification of dna in cell | |
Ohnishi | Genetic analysis of an Escherichia coli mutant with a lesion in stable RNA turnover | |
NZ228441A (en) | Psg5 plasmid used in isolating is elements, transposons and mutated genes | |
CN110157725A (en) | Make not produce the production poison microalgae that malicious microalgae generates the method for Microcystin and obtains | |
EP1025235B1 (en) | Expression system | |
CN103865946B (en) | Method based on metabolic regulation high yield oxytetracycline | |
KR100878017B1 (en) | Host Strains for Heterologous expression, and Method for using the Strains | |
Berry | Molecular and bioinformatic analysis of the perA locus in Epichloë: this thesis is presented as a partial fulfilment of the requirements for the degree of Master of Science (M. Sc.) in Genetics at Massey University, Palmerston North, New Zealand | |
CN116813797A (en) | Fusion protein composition and negative screening system containing same and based on survival pressure | |
Liu et al. | Promoter trapping in Magnaporthe grisea | |
CN113265400A (en) | Method for synthesizing Headful packaging type phage | |
CN114150006A (en) | Gene cluster capable of improving milbemycin yield, recombinant bacteria and preparation method and application thereof |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
FG | Patent granted |
Owner name: HOECHST AKTIENGESELLSCHAFT |
|
BB | Publication of examined application | ||
FG | Patent granted |
Owner name: AVENTIS PHARMA DEUTSCHLAND GMBH |
|
PC | Transfer of assignment of patent |
Owner name: SANOFI-AVENTIS DEUTSCHLAND GMBH Free format text: SANOFI-AVENTIS DEUTSCHLAND GMBH |
|
MA | Patent expired |