ES2655589T3 - Aptámeros frente al inhibidor de la vía del factor tisular y su uso como agentes terapéuticos frente a trastornos hemorrágicos - Google Patents
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Abstract
Aptámero que se une al inhibidor de la vía del factor tisular (TFPI), en el que el aptámero compite directamente por unirse a TFPI con un anticuerpo de referencia seleccionado del grupo que consiste en: AD4903.
Description
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En realizaciones más preferidas alternativas, se proporciona un aptámero, o una sal del mismo, que comprende la estructura siguiente:
en la que el aptámero es un aptámero frente a TFPI de la invención. Preferiblemente, el aptámero se selecciona del grupo que consiste en SEQ ID NO: 1. El resto 20KPEG puede ser cualquier resto PEG que tenga un peso molecular de 20 kDa. Preferiblemente, el resto 20KPEG es un resto mPEG que tiene un peso molecular de 20 kDa
En las realizaciones más preferidas, se proporciona un aptámero, o una sal del mismo, que comprende la estructura siguiente:
en la que “n” es aproximadamente 454 unidades de óxido de etileno (PEG = 20 kDa), y el aptámero es un aptámero frente a TFPI de la invención. “n” es aproximadamente 454 unidades de óxido de etileno porque el número de n puede variar ligeramente para un PEG que tiene un peso molecular particular. Preferiblemente, “n” oscila entre 400500 unidades de óxido de etileno. Más preferiblemente, “n” oscila entre 425-475 unidades de óxido de etileno. Incluso más preferiblemente, “n” oscila entre 440-460 unidades de óxido de etileno. Lo más preferiblemente, “n” es 454 unidades de óxido de etileno. Preferiblemente, el aptámero se selecciona del grupo que consiste en SEQ ID NO: 2 y8.
En las realizaciones más preferidas alternativas, se proporciona un aptámero, o una sal del mismo, que comprende la estructura siguiente:
en la que “n” es aproximadamente 454 unidades de óxido de etileno (PEG = 20 kDa), y el aptámero es un aptámero frente a TFPI de la invención. “n” es aproximadamente 454 unidades de óxido de etileno porque el número de n puede variar ligeramente para un PEG que tiene un peso molecular particular. Preferiblemente, “n” oscila entre 400500 unidades de óxido de etileno. Más preferiblemente, “n” oscila entre 425-475 unidades de óxido de etileno. Incluso más preferiblemente, “n” oscila entre 440-460 unidades de óxido de etileno. Lo más preferiblemente, “n” es 454 unidades de óxido de etileno. Preferiblemente, el aptámero se selecciona del grupo que consiste en SEQ ID NO:
1.
La invención también proporciona aptámeros, tal como se define en las reivindicaciones, que tienen sustancialmente la misma capacidad para unirse a TFPI que cualquiera de los aptámeros mostrados en SEQ ID NO: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10. En algunas realizaciones, los aptámeros tienen sustancialmente la misma estructura que cualquiera de los aptámeros mostrados en SEQ ID NO: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10. En algunas realizaciones, los aptámeros tienen sustancialmente la misma capacidad para unirse a TFPI y sustancialmente la misma estructura que cualquiera de los aptámeros mostrados en SEQ ID NO: 1, 2, 3, 4, 5 6, 7, 8, 9 o 10. La invención también proporciona aptámeros, tal como se define en las reivindicaciones, que tienen sustancialmente la misma capacidad para unirse a TFPI y sustancialmente la misma capacidad para modular una función biológica de TFPI que cualquiera de los aptámeros mostrados en SEQ ID NO: 1, 2, 3, 4 5, 6, 7, 8, 9 o 10. La invención proporciona además aptámeros, tal como se define en las reivindicaciones, que tienen sustancialmente la misma capacidad para unirse a TFPI y sustancialmente la misma capacidad para modular la coagulación sanguínea que cualquiera de los aptámeros mostrados en SEQ ID NO: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10. La invención también proporciona aptámeros, tal como se define en las reivindicaciones, que tienen sustancialmente la misma estructura y sustancialmente la misma capacidad para modular una función biológica de TFPI que cualquiera de los aptámeros mostrados en SEQ ID NO: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10. La invención también proporciona aptámeros, tal como se define en las reivindicaciones, que tienen sustancialmente la misma estructura y sustancialmente la misma capacidad para modular la coagulación sanguínea que cualquiera de los aptámeros mostrados en SEQ ID NO: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10. En algunas realizaciones, los aptámeros tienen sustancialmente la misma capacidad para unirse a TFPI, sustancialmente la misma estructura
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que se unen al menos en parte a o interaccionan de otro modo con una o más partes de TFPI, que comprenden las etapas de (a) poner en contacto una mezcla de ácidos nucleicos con TFPI de longitud completa o una o más partes de TFPI en condiciones en las que se produce la unión en presencia de un ligando de TFPI (un ligando que se une a TFPI) que bloquea que uno o más epítopos en TFPI se unan al aptámero; (b) separar los ácidos nucleicos no unidos de los ácidos nucleicos que se han unido a TFPI de longitud completa o una o más partes de TFPI; (c) amplificar los ácidos nucleicos unidos para producir una mezcla de ácidos nucleicos enriquecida con ligando; y, opcionalmente, (d) repetir las etapas de poner en contacto, separar y amplificar a través de tantos ciclos como se desee para obtener aptámero(s) que se une(n) a una o más partes de TFPI. En otras realizaciones de este método, puede producirse la inclusión de un ligando de TFPI que bloquea que una o más partes en TFPI se unan al aptámero durante la etapa de puesta en contacto, la etapa de separación, o ambas. Por ejemplo, los aptámeros frente a TFPI pueden unirse a o interaccionar de otro modo con una parte lineal o una parte conformacional de TFPI. Un aptámero frente a TFPI se une a o interacciona de otro modo con una parte lineal de TFPI cuando el aptámero se une a o interacciona de otro modo con un tramo contiguo de residuos de aminoácido que están unidos mediante enlaces peptídicos. Un aptámero frente a TFPI se une a o interacciona de otro modo con una parte conformacional de TFPI cuando el aptámero se une a o interacciona de otro modo con residuos de aminoácido no contiguos que se acercan mediante plegamiento u otros aspectos de la estructura secundaria y/o terciaria de la cadena polipeptídica. Preferiblemente, la una o más partes del TFPI maduro (por ejemplo, figura 3A) se seleccionan del grupo que consiste en: aminoácidos 148-170, aminoácidos 150-170, aminoácidos 155-175, aminoácidos 160-180, aminoácidos 165-185, aminoácidos 170-190, aminoácidos 175-195, aminoácidos 180-200, aminoácidos 185-205, aminoácidos 190-210, aminoácidos 195-215, aminoácidos 200-220, aminoácidos 205-225, aminoácidos 210-230, aminoácidos 215-235, aminoácidos 220-240, aminoácidos 225-245, aminoácidos 230-250, aminoácidos 235-255, aminoácidos 240-260, aminoácidos 245-265, aminoácidos 250-270, aminoácidos 255-275, aminoácidos 260-276, aminoácidos 148-175, aminoácidos 150-175, aminoácidos 150-180, aminoácidos 150-185, aminoácidos 150-190, aminoácidos 150-195, aminoácidos 150-200, aminoácidos 150-205, aminoácidos 150-210, aminoácidos 150-215, aminoácidos 150-220, aminoácidos 150-225, aminoácidos 150-230, aminoácidos 150-235, aminoácidos 150-240, aminoácidos 150-245, aminoácidos 150-250, aminoácidos 150-255, aminoácidos 150-260, aminoácidos 150-265, aminoácidos 150-270, aminoácidos 150-275, aminoácidos 150-276, aminoácidos 190-240, aminoácidos 190-276, aminoácidos 240-276, aminoácidos 242-276, aminoácidos 161-181, aminoácidos 162-181, aminoácidos 182-240, aminoácidos 182-241 y aminoácidos 182-276. El aptámero comprende preferiblemente una constante de disociación para TFPI humano o una variante o una o más partes del mismo de menos de 100 M, menos de 1 M, menos de 500 nM, menos de 100 nM, preferiblemente 50 nM o menos, preferiblemente 25 nM o menos, preferiblemente 10 nM o menos, preferiblemente 5 nM o menos, más preferiblemente 3 nM o menos, incluso más preferiblemente 1 nM o menos, y lo más preferiblemente 500 pM o menos.
La invención proporciona además métodos para identificar aptámeros, tal como se define en las reivindicaciones, que se unen al menos en parte a o interaccionan de otro modo con una o más partes de TFPI, que comprenden las etapas de (a) poner en contacto una mezcla de ácidos nucleicos con TFPI de longitud completa o una o más partes de TFPI en condiciones en las que se produce la unión; (b) separar los ácidos nucleicos no unidos de los ácidos nucleicos que se han unido a TFPI de longitud completa o una o más partes de TFPI; (c) separar los ácidos nucleicos unidos que tienen una propiedad funcional deseada de los ácidos nucleicos unidos que no tienen una propiedad funcional deseada; (d) amplificar los ácidos nucleicos unidos que tienen una propiedad funcional deseada para producir una mezcla de ácidos nucleicos enriquecida con ligando; y, opcionalmente, (e) repetir las etapas de poner en contacto, separar, eluir y amplificar a través de tantos ciclos como se desee para obtener aptámero(s) que se une(n) a una o más partes de TFPI. Las etapas (b) y (c) pueden producirse secuencial o simultáneamente. Preferiblemente, la propiedad funcional deseada es la inhibición de la interacción de TFPI con FXa, FVIIa, receptor de TFPI o el glucocáliz. Por ejemplo, los aptámeros frente a TFPI pueden unirse a o interaccionar de otro modo con una parte lineal o una parte conformacional de TFPI. Un aptámero frente a TFPI se une a o interacciona de otro modo con una parte lineal de TFPI cuando el aptámero se une a o interacciona de otro modo con un tramo contiguo de residuos de aminoácido que están unidos mediante enlaces peptídicos. Un aptámero frente a TFPI se une a o interacciona de otro modo con una parte conformacional de TFPI cuando el aptámero se une a o interacciona de otro modo con residuos de aminoácido no contiguos que se acercan mediante plegamiento u otros aspectos de la estructura secundaria y/o terciaria de la cadena polipeptídica. Preferiblemente, la una o más partes del TFPI maduro (por ejemplo, figura 3A) se seleccionan del grupo que consiste en: aminoácidos 148-170, aminoácidos 150-170, aminoácidos 155-175, aminoácidos 160-180, aminoácidos 165-185, aminoácidos 170-190, aminoácidos 175-195, aminoácidos 180-200, aminoácidos 185-205, aminoácidos 190-210, aminoácidos 195-215, aminoácidos 200-220, aminoácidos 205-225, aminoácidos 210-230, aminoácidos 215-235, aminoácidos 220-240, aminoácidos 225-245, aminoácidos 230-250, aminoácidos 235-255, aminoácidos 240-260, aminoácidos 245-265, aminoácidos 250-270, aminoácidos 255-275, aminoácidos 260-276, aminoácidos 148-175, aminoácidos 150-175, aminoácidos 150-180, aminoácidos 150-185, aminoácidos 150-190, aminoácidos 150-195, aminoácidos 150-200, aminoácidos 150-205, aminoácidos 150-210, aminoácidos 150-215, aminoácidos 150-220, aminoácidos 150-225, aminoácidos 150-230, aminoácidos 150-235, aminoácidos 150-240, aminoácidos 150-245, aminoácidos 150-250, aminoácidos 150-255, aminoácidos 150-260, aminoácidos 150-265, aminoácidos 150-270, aminoácidos 150-275, aminoácidos 150-276, aminoácidos 190-240, aminoácidos 190-276, aminoácidos 240-276, aminoácidos 242-276, aminoácidos 161-181, aminoácidos 162-181, aminoácidos 182-240, aminoácidos 182-241 y aminoácidos 182-276. El aptámero comprende preferiblemente una constante de disociación para TFPI humano o una variante o una o más partes del mismo de menos de 100 M, menos de 1 M, menos de 500 nM, menos de 100 nM, preferiblemente 50 nM o menos,
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preferiblemente 25 nM o menos, preferiblemente 10 nM o menos, preferiblemente 5 nM o menos, más preferiblemente 3 nM o menos, incluso más preferiblemente 1 nM o menos, y lo más preferiblemente 500 pM o menos.
La invención también proporciona un aptámero, tal como se define en las reivindicaciones, que se une a un polipéptido de inhibidor de la vía del factor tisular (TFPI) humano que tiene la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 11, en el que el aptámero modula la inhibición mediada por TFPI de la coagulación sanguínea, y en el que el aptámero compite por unirse a TFPI con un aptámero de referencia que comprende una secuencia de ácido nucleico seleccionada del grupo que consiste en: SEQ ID NO: 4 (ARC19499), SEQ ID NO: 1 (ARC26835), SEQ ID NO: 2 (ARC17480), SEQ ID NO: 3 (ARC19498), SEQ ID NO: 5 (ARC19500), SEQ ID NO: 6 ((ARC19501), SEQ ID NO: 7 (ARC31301), SEQ ID NO: 8 (ARC18546), SEQ ID NO: 9 (ARC19881) y SEQ ID NO: 10 (ARC19882). Preferiblemente, el aptámero de referencia comprende la secuencia de ácido nucleico de SEQ ID NO: 4 (ARC19499).
La invención proporciona además un aptámero, tal como se define en las reivindicaciones, que se une a un polipéptido de inhibidor de la vía del factor tisular (TFPI) humano que tiene la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 11, en el que el aptámero se une a una parte lineal o una parte conformacional de TFPI en el que al menos una parte de la región reconocida por el aptámero es diferente de la región de TFPI a la que se une el factor VIIa, el factor Xa, o tanto el factor VIIa como el factor Xa. Preferiblemente, el aptámero se une a una o más regiones que comprenden al menos una parte de la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 11 seleccionada del grupo que consiste en: los residuos de aminoácido 148-170, residuos de aminoácido 150-170, residuos de aminoácido 155175, residuos de aminoácido 160-180, residuos de aminoácido 165-185, residuos de aminoácido 170-190, residuos de aminoácido 175-195, residuos de aminoácido 180-200, residuos de aminoácido 185-205, residuos de aminoácido 190-210, residuos de aminoácido 195-215, residuos de aminoácido 200-220, residuos de aminoácido 205-225, residuos de aminoácido 210-230, residuos de aminoácido 215-235, residuos de aminoácido 220-240, residuos de aminoácido 225-245, residuos de aminoácido 230-250, residuos de aminoácido 235-255, residuos de aminoácido 240-260, residuos de aminoácido 245-265, residuos de aminoácido 250-270, residuos de aminoácido 255-275, residuos de aminoácido 260-276, residuos de aminoácido 148-175, residuos de aminoácido 150-175, residuos de aminoácido 150-180, residuos de aminoácido 150-185, residuos de aminoácido 150-190, residuos de aminoácido 150-195, residuos de aminoácido 150-200, residuos de aminoácido 150-205, residuos de aminoácido 150-210, residuos de aminoácido 150-215, residuos de aminoácido 150-220, residuos de aminoácido 150-225, residuos de aminoácido 150-230, residuos de aminoácido 150-235, residuos de aminoácido 150-240, residuos de aminoácido 150-245, residuos de aminoácido 150-250, residuos de aminoácido 150-255, residuos de aminoácido 150-260, residuos de aminoácido 150-265, residuos de aminoácido 150-270, residuos de aminoácido 150-275, residuos de aminoácido 150-276, residuos de aminoácido 190-240, residuos de aminoácido 190-276, residuos de aminoácido 240-276, residuos de aminoácido 242-276, residuos de aminoácido 161-181, residuos de aminoácido 162-181, residuos de aminoácido 182-240, residuos de aminoácido 182-241 y residuos de aminoácido 182-276. Más preferiblemente, el aptámero compite con un aptámero de referencia que comprende la secuencia de ácido nucleico de SEQ ID NO: 4 (ARC19499) para unirse a TFPI.
La invención también proporciona un aptámero, tal como se define en las reivindicaciones, que se une a la misma región en un polipéptido de inhibidor de la vía del factor tisular (TFPI) humano que tiene la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 11 como la región a la que se une un aptámero frente a TFPI que comprende la secuencia de ácido nucleico de SEQ ID NO: 4 (ARC19499).
La invención proporciona además un aptámero, tal como se define en las reivindicaciones, que se une a una región en un polipéptido de inhibidor de la vía del factor tisular (TFPI) humano que comprende una o más partes de (SEQ ID NO: 11, en el que la una o más partes se selecciona del grupo que consiste en: los residuos de aminoácido 148170, residuos de aminoácido 150-170, residuos de aminoácido 155-175, residuos de aminoácido 160-180, residuos de aminoácido 165-185, residuos de aminoácido 170-190, residuos de aminoácido 175-195, residuos de aminoácido 180-200, residuos de aminoácido 185-205, residuos de aminoácido 190-210, residuos de aminoácido 195-215, residuos de aminoácido 200-220, residuos de aminoácido 205-225, residuos de aminoácido 210-230, residuos de aminoácido 215-235, residuos de aminoácido 220-240, residuos de aminoácido 225-245, residuos de aminoácido 230-250, residuos de aminoácido 235-255, residuos de aminoácido 240-260, residuos de aminoácido 245-265, residuos de aminoácido 250-270, residuos de aminoácido 255-275, residuos de aminoácido 260-276, residuos de aminoácido 148-175, residuos de aminoácido 150-175, residuos de aminoácido 150-180, residuos de aminoácido 150-185, residuos de aminoácido 150-190, residuos de aminoácido 150-195, residuos de aminoácido 150-200, residuos de aminoácido 150-205, residuos de aminoácido 150-210, residuos de aminoácido 150-215, residuos de aminoácido 150-220, residuos de aminoácido 150-225, residuos de aminoácido 150-230, residuos de aminoácido 150-235, residuos de aminoácido 150-240, residuos de aminoácido 150-245, residuos de aminoácido 150-250, residuos de aminoácido 150-255, residuos de aminoácido 150-260, residuos de aminoácido 150-265, residuos de aminoácido 150-270, residuos de aminoácido 150-275, residuos de aminoácido 150-276, residuos de aminoácido 190-240, residuos de aminoácido 190-276, residuos de aminoácido 240-276, residuos de aminoácido 242-276, residuos de aminoácido 161-181, residuos de aminoácido 162-181, residuos de aminoácido 182-240, residuos de aminoácido 182-241 y residuos de aminoácido 182-276.
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el tiempo de demora (figura 39F) permanecieron en gran medida sin cambios en todas las concentraciones de ARC19499 independientemente de la concentración de TF.
La figura 40 es una serie de gráficos que muestran un ensayo de trombograma automatizado calibrado (CAT) con ARC17480 (figura 40A), ARC19498 (figura 40B) y ARC19499 (figura 40C) a diversas concentraciones. El potencial de trombina endógeno (ETP; figura 40D) y la trombina pico (figura 40E) medidos con diversas concentraciones de ARC17480, ARC19498 y ARC19499 en plasma de hemofilia A fueron similares entre sí, teniendo ARC19499 una reactividad ligeramente mayor, alcanzando una meseta de ETP cerca de los niveles de plasma normales mediante aptámero 30 nM. Las curvas de generación de trombina (figura 40A-C) son datos representativos. Los datos de ETP (figura 40D) y trombina pico (figura 40E) representan la media error estándar, n=3.
La figura 41 es un gráfico de generación de trombina en plasma normal desplaquetado de un solo voluntario sano. Se trató el plasma con un anticuerpo anti-FVIII para generar un estado similar a la hemofilia A. ARC19499 mostró un aumento dependiente de la dosis en la generación de trombina en el plasma tratado con anticuerpo.
La figura 42 es una serie de gráficos que muestran un ensayo de trombograma automatizado calibrado (CAT) con ARC19499 (figura 42A) y ARC17480 (figura 42B) a diversas concentraciones en plasma de hemofilia B.
La figura 43 es una serie de gráficos que muestran el efecto de ARC19499 (rombos) y ARC 17480 (triángulos) sobre el potencial de trombina endógeno (ETP), trombina pico y tiempo de demora en plasma de hemofilia B. La línea continua designa el nivel de cada parámetro en ausencia de cualquier fármaco. La línea rayada designa el nivel de cada parámetro en plasma normal mezclado (PNP) sin ningún fármaco adicional. Los datos representan la media error estándar, n=3. Ambos aptámeros se comportaron de manera muy similar entre sí en plasma de hemofilia B.
La figura 44 es una serie de gráficos que muestran los efectos de ARC19499 en comparación con un aptámero de control negativo sobre la generación de trombina tal como se mide mediante el ensayo de trombograma automatizado calibrado (CAT) en plasmas de pacientes con hemofilia A (figura 44A), hemofilia A con inhibidores (figura 44B) o hemofilia B (figura 44C). Los resultados se dan en lo que se refiere al tiempo de demora (izquierda), potencial de trombina endógeno (ETP) (en medio) y la concentración de trombina pico (derecha). En todos los gráficos, las líneas representan la actividad del plasma normal (continua) y el plasma deficiente en factor (discontinua) en ausencia de aptámero, y el sombreado alrededor de las líneas representa el error estándar de la media.
La figura 45 representa los resultados de experimentos de generación de trombina con ARC17480, ARC18546, ARC26835 y ARC31301 en plasma de hemofilia A. Se representan gráficamente los valores del potencial de trombina endógeno ajustado (ETP; figura 45A y C) y la trombina pico ajustada (figura 45B y D) en función de la concentración de aptámero. El ETP y los valores de trombina pico para plasma de hemofilia se restaron de cada valor para dar los valores ajustados. ARC17480, ARC18546, ARC26835 y ARC31301 aumentan la generación de trombina de manera dependiente de la concentración en plasma de hemofilia A.
La figura 46 representa los resultados de experimentos de generación de trombina con ARC17480, ARC19500, ARC19501, ARC19881 y ARC19882 en plasma de hemofilia A. Se representan gráficamente los valores de potencial de trombina endógeno ajustado (ETP; figura 46A) y trombina pico ajustada (figura 46B) en función de la concentración de aptámero. Los valores de ETP y trombina pico para plasma de hemofilia se restaron de cada valor para dar los valores ajustados. ARC17480, ARC19500, ARC19501, ARC19881 y ARC19882 aumentan la generación de trombina de manera dependiente de la concentración en plasma de hemofilia A.
La figura 47 es una serie de gráficos de experimentos de generación de trombina que muestran el efecto de NovoSeven® (triángulos en blanco) y ARC19499 (rombos rellenos) sobre el potencial de trombina endógeno (ETP; figura 47A), la trombina pico (figura 47B) y el tiempo de demora (figura 47C) en plasma normal. La línea negra continua designa el nivel de cada parámetro en ausencia de cualquier fármaco. Los datos representan la media error estándar, n=3.
La figura 48 es una serie de gráficos de experimentos de generación de trombina que muestran el efecto de NovoSeven® (triángulos en blanco) y ARC19499 (rombos rellenos) sobre el potencial de trombina endógeno (ETP; figura 48A), la trombina pico (figura 48B) y el tiempo de demora (figura 48C) en plasma de hemofilia A. La línea negra continua designa el nivel de cada parámetro en ausencia de cualquier fármaco. La línea discontinua designa el nivel de cada parámetro en plasma normal mezclado (PNP) sin ningún fármaco adicional. Los datos representan la media error estándar, n=3.
La figura 49 es una serie de gráficos de experimentos de generación de trombina que muestran el efecto de NovoSeven® (triángulos en blanco) y ARC19499 (rombos rellenos) sobre el potencial de trombina endógeno (ETP; figura 49A), la trombina pico (figura 49B) y el tiempo de demora (figura 49C) en plasma con inhibidor de hemofilia A. La línea negra continua designa el nivel de cada parámetro en ausencia de cualquier fármaco. La línea discontinua designa el nivel de cada parámetro en plasma normal mezclado (PNP) sin ningún fármaco adicional. Los datos
19
5
15
25
35
45
55
65
representado gráficamente cada uno en función de la concentración de ARC19499 en condiciones de densidad media de factor tisular de superficie.
La figura 61 es una serie de gráficos que ilustran el efecto de ARC19499 sobre el tiempo de demora (figura 61A), la Vinicial (figura 61B), la Vestacionaria (figura 61C) y el tamaño del coágulo tras 60 minutos (figura 61D) en plasma mezclado normal en condiciones de densidad media de factor tisular de superficie. Un asterisco indica una diferencia estadísticamente significativa ARC19499 (P<0,05).
La figura 62 compara la propagación de coágulos en plasma mezclado normal (figura 62A) con plasma mezclado normal que contiene ARC19499 100 nM (figura 62B) o factor VIIa recombinante 100 nM (VIIar o Novoseven®; figura 62C) en condiciones de baja densidad de factor tisular de superficie.
La figura 63 es una ilustración que muestra una serie de imágenes de dispersión de la luz del modelo espacial de coagulación. Cada fila representa la propagación de coágulos desde una superficie (parte inferior) a lo largo del tiempo de 0, 10, 20, 30, 40, 50 y 60 minutos. La fila superior muestra la propagación de coágulos en plasma de hemofilia A grave, seguido por plasma de hemofilia A grave que contiene ARC19499 100 nM en la segunda fila y plasma de hemofilia A grave que contiene factor VIIa recombinante (VIIar) 100 nM en la tercera fila.
La figura 64 es un gráfico del tamaño del coágulo frente al tiempo, en plasma normal (línea discontinua, gris oscura), plasma de hemofilia A grave (línea continua negra), plasma de hemofilia A grave que contiene ARC19499 100 nM (línea continua, gris claro) o factor VIIa recombinante (VIIar) 100 nM (línea discontinua, gris claro).
La figura 65 es una tabla que resume los datos demográficos de pacientes con hemofilia A de los que se extrajeron muestras de plasma para experimentos espaciales de formación de coágulo.
La figura 66 muestra los efectos de ARC19499 o factor VIIa recombinante (VIIar), titulado en plasma de hemofilia A grave del paciente 1, sobre la formación espacial de coágulo activada con baja densidad de factor tisular de superficie. Los efectos de ARC19499 y VIIar sobre el tiempo de demora se representan en las figuras 66A y B, respectivamente, mientras que los efectos de ARC19499 y VIIar sobre la Vinicial se representan en las figuras 66C y D, respectivamente. La figura 67 muestra los efectos de ARC19499 o factor VIIa recombinante (VIIar), titulado en plasma de hemofilia A grave del paciente 2, sobre la formación espacial de coágulo activada con baja densidad de factor tisular de superficie. Los efectos de ARC19499 y VIIar sobre el tiempo de demora se representan en las figuras 67A y B, respectivamente, mientras que los efectos de ARC19499 y VIIar sobre la Vinicial se representan en las figuras 67C y D, respectivamente.
La figura 68 muestra los efectos de ARC19499 o factor VIIa recombinante (VIIar), titulado en plasma de hemofilia A grave del paciente 3, sobre la formación espacial de coágulo activada con baja densidad de factor tisular de superficie. Los efectos de ARC19499 y VIIar sobre el tiempo de demora se representan en las figuras 68A y B, respectivamente, mientras que los efectos de ARC19499 y VIIar sobre la Vinicial se representan en las figuras 68C y D, respectivamente.
La figura 69 muestra los efectos de ARC19499 (símbolos negros) o factor VIIa recombinante (VIIar; símbolos grises) sobre la Vestacionaria en muestras de plasma de hemofilia A de los pacientes 1-3, activado con baja densidad de factor tisular de superficie.
La figura 70 muestra los efectos de ARC19499 (figura 70A) o factor VIIa recombinante (VIIar; figura 70B) sobre el tamaño del coágulo a los 60 minutos en muestras de plasma de hemofilia A de los pacientes 1-3, activado con baja densidad de factor tisular de superficie.
La figura 71 es una serie de gráficos que ilustran el efecto de ARC19499 300 nM sobre el tiempo de demora promedio (figura 71A), la Vinicial (figura 71B), la Vestacionaria (figura 71C) y el tamaño del coágulo tras 60 minutos (figura 71D) en plasma de hemofilia A activado con baja densidad de factor tisular de superficie (n=3). Un asterisco indica una diferencia estadísticamente significativa ARC19499 (P<0,05).
La figura 72 es una serie de gráficos que muestran el tiempo de demora (figura 72A), la Vinicial (figura 72B), la Vestacionaria (figura 72C) y el tamaño del coágulo tras 60 minutos (figura 72D) en plasma de hemofilia A del paciente 4 activado con densidad media de factor tisular de superficie. Cada parámetro se representa gráficamente en función de ARC19499 (cuadrados) o factor VIIa recombinante (VIIar; círculos).
La figura 73 es una serie de gráficos que muestran el tiempo de demora (figura 73A), la Vinicial (figura 73B), la Vestacionaria (figura 73C) y el tamaño del coágulo tras 60 minutos (figura 73D) en plasma de hemofilia A del paciente 5 activado con densidad media de factor tisular de superficie. Cada parámetro se representa gráficamente en función de ARC19499 (cuadrados) o factor VIIa recombinante (VIIar; círculos).
La figura 74 es una serie de gráficos que muestran el tiempo de demora (figura 74A), la Vinicial (figura 74B), la Vestacionaria (figura 74C) y el tamaño del coágulo tras 60 minutos (figura 74D) en plasma de hemofilia A del paciente 6
21
- 100
- 9,9 7,2-12,2 2,8 2,3-4,5 58,5 50,0-62,6
- 10
- 10,4 9,4-11,5 2,8 2,3-3,1 57,1 52,0-62,6
- 0
- 12 8,6-12,9 3,2 2,8-4,2 56 51,6-57,9
Tabla 13: TEG en PPP citrado con CTI-SHA (n=10)
- ARC19499 (ng/ml)
- Tiempo de R [min] 10,6-15,6 K [min] 1,2-14,8 Ángulo [gr.] 32,1-56,7
- Mediana
- IQR Mediana IQR Mediana IQR
- 10000
- 10,3 8,9-21,5 10 7,5-14,7 32,3 24,1-38,5
- 3000
- 14,2 10,4-23,8 15,4 10,9-17,3 22,3 16,5-25,7
- 1000
- 15 15,7-25,7 15,1 12,1-19,0 21,2 18,8-23,9
- 300
- 15,7 9,8-29,5 19 7,8-21,0 14,9 11,6-16,8
- 100
- 15,8 14,3-34,1 19,6 18,3-21,0 14 10,7-14,4
- 10
- 23,6 15,7-29,8 20 19,8-23,0 9,9 8,8-10,7
- 0
- 32,6 25,5-55,4 24,1 20,4-27,3 6,1 4,4-7,9
Tabla 14: TEG en PPP citrado con CTI-MoHA (n=7)
- ARC19499 (ng/ml)
- Tiempo de R [min] 10,6-15,6 K [min] 1,2-14,8 Ángulo [gr.] 32,1-56,7
- Mediana
- IQR Mediana IQR Mediana IQR
- 10000
- 13,8 11,5-15,2 7,3 4,9-9,9 40,4 35,8-45,6
- 3000
- 16,8 10,6-21 8,5 5,9-8,9 35,6 30,9-40,2
- 1000
- 17,9 12-22,1 8,7 5,1-10,1 32 27,1-36,2
- 300
- 18,5 12,6-22,5 10,4 7,4-12,3 23 17,3-29,1
- 100
- 19,1 11,9-23,5 11,5 9,3-14,4 20,7 19,2-24,6
- 10
- 20,9 13,8-25,6 11,9 9,6-14,4 15,2 13,1-18,7
- 0
- 23,6 18,2-28,1 16,5 13-18 12 7,9-14
Tabla 15: TEG en PPP citrado con CTI-MiHA (n=5)
- ARC19499 (ng/ml)
- Tiempo de R [min] 10,6-15,6 K [min] 1,2-14,8 Ángulo [gr.] 32,1-56,7
- Mediana
- IQR Mediana IQR Mediana IQR
- 10000
- 11,8 3,4-11,9 3,3 1,3-3,8 56,6 53,3-73,9
- 3000
- 11,8 5,2-13,9 3,4 2,0-4,0 52,6 51,3-66,4
- 1000
- 12,8 4,0-14,9 3,4 2,3-4,9 50,6 47,8-62,0
- 300
- 14 3,7-18,6 3,7 3,5-3,8 46,4 44,1-52,6
- 100
- 14,7 5,6-21,7 5 3,8-6,2 37,9 34,5-41,1
- 10
- 15,8 13,9-22,0 7,4 4,2-10,1 29,1 23,5-35,1
- 0
- 19,8 17,7-26,9 9,6 4,6-12,2 21,1 16,2-35,0
Tabla 16: TEG en PPP citrado con CTI-SHB (n=5)
- ARC19499 (ng/ml)
- Tiempo de R [min] 10,6-15,6 K [min] 1,2-14,8 Ángulo [gr.] 32,1-56,7
- Mediana
- IQR Mediana IQR Mediana IQR
- 10000
- 10,2 8,2-14,3 7,7 4,8-17,7 31,2 20,6-49,9
- 3000
- 12,3 9,7-16,9 14,5 6,5-23,2 26,6 17,2-24,1
- 1000
- 19,2 12,7-21,8 23 8,5-26,5 22,4 12,1-30,4
- 300
- 21 12,5-28,5 24,2 14,3-28,8 12,5 5,2-20,4
- 100
- 22,6 13,6-31,6 19,6 16,8-27,4 5,3 4,9-15,3
- 10
- 33,1 16,9-38,3 19,1 17,1-28,4 4,8 3,7-14,1
- 0
- 36,7 27,9-44,5 22,5 20,5-59,9 2,6 1,5-7,6
Tabla 17: TEG en PPP citrado con CTI-HV (n=10)
81
Ejemplo 36
Este ejemplo demuestra que derivados truncados en 3’ de ARC19499 tienen actividad funcional en el ensayo de CAT.
5 ARC21383, ARC21385, ARC21387 y ARC21389 tienen deleciones individuales sucesivas en su extremo 3’ en relación con ARC19499 (tabla 39). Estas moléculas se someten a pegilación en sus extremos 5’ con un PEG de 40 kDa. Se añadieron estas moléculas a plasma de hemofilia A a diferentes concentraciones (300 nM -1,2 nM) y se midió la generación de trombina. Se usó ARC19499 como control en el experimento. Estas moléculas truncadas en
10 3’ tenían todas actividad en el ensayo de CAT que era similar a la observada con ARC19499, con respecto tanto al potencial de trombina endógeno (ETP; figura 145A) como a la trombina pico (figura 145B).
Este ejemplo demuestra que ARC19499 pueden truncarse retirando 3T en 3’ y los tres nucleótidos de núcleo del extremo 3’ todavía conservan actividad en el ensayo de CAT que es similar a la de la molécula ARC19499 original. 15 Tabla 39: Versiones truncadas en 3 de ARC19499
- SEQ ID NO:
- N.º de ARC Secuencia (5’ → 3’) (mN=residuo que contiene 2’-metoxi-; dN=residuo con desoxi-; nh=ligador de amina; PEG40K=PEG de 40 kDa)
- 148
- 21383
- 149
- 21385
- 150
-
21387
imagen111
- 151
- 21389
Ejemplo 37
20 Este ejemplo describe una estrategia para identificar aptámeros que se unen al menos en parte a o interaccionan de otro modo con una o más partes del inhibidor de la vía del factor tisular (TFPI). Para estos experimentos, se usa una proteína o péptido TFPI parcial que comprende la región de TFPI que va a seleccionarse como diana como diana de selección. Puede usarse cualquier parte de la proteína TFPI para este tipo de experimento. Por ejemplo, una
25 proteína TFPI que solo contiene los dominios K3 y C-terminal de TFPI de longitud completa (K3-C de TFPI; aminoácidos 182-276) es la diana para la selección. Se incuba una mezcla de ácidos nucleicos con K3-C de TFPI para permitir que se produzca la unión, se divide la mezcla para separar ácidos nucleicos unidos de ácidos nucleicos no unidos, y se eluyen los ácidos nucleicos unidos de la proteína y se amplifican. Este procedimiento se repite opcionalmente durante múltiples ciclos hasta que se identifica un aptámero. Para algunos ciclos, se usa TFPI de
30 longitud completa como la diana para garantizar que el aptámero se une a la región K3-C-terminal de la proteína en el contexto de la proteína de longitud completa. Estos experimentos dan como resultado la identificación de aptámeros de unión a TFPI cuyo epítopo de unión está contenido, por ejemplo, dentro de la región K3-C-terminal de la proteína.
35 Ejemplo 38
Este ejemplo describe una estrategia para identificar aptámeros que se unen al menos en parte a o interaccionan de otro modo con una o más partes del inhibidor de la vía del factor tisular (TFPI). Para estos experimentos, se usa TFPI de longitud completa como diana de selección y se usa una parte de TFPI o un ligando que se une a TFPI para
40 eluir aptámeros que se unen a una parte de la proteína TFPI. También podría usarse una proteína o péptido que contiene solo una parte de TFPI como la diana de selección. Por ejemplo, se usa un péptido que comprende los aminoácidos 150-190 de TFPI para la elución. Se incuba una mezcla de ácidos nucleicos con TFPI de longitud completa para permitir que se produzca la unión, se divide la mezcla para separar los ácidos nucleicos unidos de
114
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-
imagen1 imagen2
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