ES2647900T3 - Péptidos MPHOSPH1 y vacunas que incluyen los mismos - Google Patents

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Ryuji Osawa
Sachiko Yoshimura
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Abstract

Un péptido aislado que consiste en la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 120.

Description

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[14] Un CTL aislado que reconoce una célula que presenta sobre su superficie un complejo de un antígeno HLA y el péptido de uno cualquiera de [1] a [3],
[15] El CTL de [14], en el que dicho CTL se induce por el método de [11],
[16] Un método de cualquiera o ambos del tratamiento y profilaxis del cáncer en un sujeto, en el que el
5 método comprende la etapa de administrar al sujeto (a) cantidad(es) farmacéuticamente eficaz (eficaces) de:
(a)
uno o más péptidos de uno cualquiera de [1] a [3];
(b)
uno o más polinucleótidos que codifican el péptido de uno cualquiera de [1] a [3];
(c) una o más APC o exosomas que presentan un complejo del péptido de uno cualquiera de [1] a 10 [3] y un antígeno HLA sobre su superficie; o
(d) uno o más CTL que reconocen una célula que presenta un complejo del péptido de uno cualquiera de [1] a [3] y un antígeno HLA sobre su superficie,
[17] Un método de inducción de una respuesta inmunitaria contra el cáncer en un sujeto en necesidad del
mismo, comprendiendo dicho método la etapa de administrar al sujeto una composición que comprende un 15 péptido de uno cualquiera de [1] a [3] o un polinucleótido que codifica el péptido,
[18] Un anticuerpo o fragmento inmunológicamente activo del mismo contra el péptido de uno cualquiera de
[1] a [3],
[19] Un vector que comprende una secuencia de nucleótidos que codifica el péptido de uno cualquiera de
[1] a [3],
20 [20] Una célula hospedadora transformada o transfectada con el vector de [19], y
[21] Un kit de diagnóstico que comprende el péptido de uno cualquiera de [1] a [3], el polinucleótido de [4] o el anticuerpo de [18].
Objetos y características de la invención serán más completamente evidentes cuando la siguiente descripción detallada se lea conjuntamente con las figuras y ejemplos adjuntos.
25 [Breve descripción de los dibujos]
Diversos aspectos y aplicaciones de la presente invención serán evidentes para el experto tras la consideración de la breve descripción de las figuras y la descripción detallada de la presente invención y sus realizaciones preferidas que siguen.
[Fig. 1]
30 La Figura 1 está compuesta por una serie de fotografías, (a) a (j), que representan los resultados de ensayos de ELISPOT de IFN-gamma en CTL que se indujeron con péptidos derivados de MPHOSPH1. Los CTL en el número de pocillo N.º 7 estimulados con MPHOSPH1-A02-9-850 (SEQ ID NO: 5) (a), en N.º 5 estimulados con MPHOSPH1-A02-9-129 (SEQ ID NO: 14) (b), en N.º 5 estimulados con MPHOSPH1-A02-9-846 (SEQ ID NO: 64) (c), en N.º 2 estimulados con MPHOSPH1-A02-10-460 (SEQ ID NO: 73) (d), en N.º 1 estimulados con
35 MPHOSPH1-A02-10-770 (SEQ ID NO: 77) (e), en N.º 1 estimulados con MPHOSPH1-A02-10-407 (SEQ ID NO: 79) (f), en N.º 4 estimulados con MPHOSPH1-A02-10-923 (SEQ ID NO: 97) (g), en N.º 5 estimulados con MPHOSPH1-A (SEQ ID NO: 103) (h) y en N.º 8 estimulados con MPHOSPH1-A02-10-282 (SEQ ID NO: 120) (i) mostraron potente producción de IFN-gamma en comparación con el control, respectivamente. El cuadrado sobre el pocillo de estas imágenes indica que las células del pocillo
40 correspondiente se expandieron para establecer líneas de CTL. A diferencia, como caso típico de datos negativos, la producción de IFN-gamma específico de los CTL estimulados con MPHOSPH1-A02-9-575 (SEQ ID NO: 1) (j) no se mostró. En las figuras, "+" indica la producción de IFN-gamma contra células diana pulsadas con el péptido apropiado y "-" indica la producción de IFN-gamma contra células diana no pulsadas con ningún péptido.
45 [Fig. 2a-f]
La Figura 2a-f está compuesta por una serie de gráficos de líneas, (a) a (f), que representan los resultados de un ensayo de ELISA de IFN-gamma que demuestra la producción de IFN-gamma de líneas de CTL estimulados con MPHOSPH1-A02-9-850 (SEQ ID NO: 5) (a), MPHOSPH1-A02-9-129 (SEQ ID NO: 14) (b), MPHOSPH1-A02-9-846 (SEQ ID NO: 64) (c), MPHOSPH1-A02-10-460 (SEQ ID NO: 73) (d), MPHOSPH1-A0250 10-770 (SEQ ID NO: 77) (e), y MPHOSPH1-A02-10-407 (SEQ ID NO: 79) (f). La cantidad de IFN-gamma que produjeron las líneas de CTL se midió por enzimoinmunoanálisis de adsorción (ELISA) de IFN-gamma. Los
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de uno o más de los componentes. Por consiguiente, en el contexto de la presente invención, los términos "agente farmacéutico" y "composición farmacéutica" se refieren a cualquier producto preparado por mezcla de una molécula
o compuesto de la presente invención y un vehículo farmacéuticamente o fisiológicamente aceptable.
La expresión "vehículo farmacéuticamente aceptable" o "vehículo fisiológicamente aceptable", como se usa en el presente documento, significa un material, composición, sustancia o vehículo farmacéuticamente o fisiológicamente aceptable, que incluye, pero no se limita a, una carga líquida o sólida, diluyente, excipiente, disolvente o material de encapsulación.
Los agentes farmacéuticos o composiciones de la presente invención encuentran uso particular como vacunas. En el contexto de la presente invención, la expresión "vacuna" (también denominada una "composición inmunogénica") se refiere a un agente o composición que tiene la función de inducir inmunidad antitumoral tras la inoculación en animales.
El término "principio activo" en el presente documento se refiere a una sustancia en un agente o composición que es biológicamente o fisiológicamente activo. Particularmente, en el contexto del agente farmacéutico o composición, el término "principio activo" se refiere a una sustancia que muestra un efecto farmacológico objetivo. Por ejemplo, en caso de agentes farmacéuticos o composiciones para su uso en el tratamiento o la prevención del cáncer, principios activos en los agentes o composiciones pueden conducir a al menos una acción biológica o fisiológica sobre células cancerosas y/o tejidos directamente o indirectamente. Preferentemente, tal acción puede incluir reducir o inhibir el crecimiento de células cancerosas, deñar o destruir células cancerosas y/o tejidos, etc. Normalmente, el efecto indirecto de los principios activos es inducciones de CTL que reconocen o que destruyen células cancerosas. Antes de ser formulado, el "principio activo" también puede denominarse "sustancia activa", "principio activo" o "producto técnico".
A menos que se defina de otro modo, el término "cáncer" se refiere a cánceres que expresan en exceso el gen MPHOSPH1, ejemplos de los cuales incluyen, pero no se limitan a, cáncer de vejiga, cáncer de mama, cáncer de cuello uterino, carcinoma colangiocelular, LMC, cáncer colorrectal, cáncer gástrico, CPCNP, linfoma, osteosarcoma, cáncer de próstata, cáncer renal y tumor de tejidos blandos.
A menos que se defina de otro modo, los términos "linfocito T citotóxico", "célula T citotóxica" y "CTL" se usan indistintamente en el presente documento y, a menos que se indique específicamente de otro modo, se refieren a un sub-grupo de linfocitos T que son capaces de reconocer células no propias (por ejemplo, células tumorales/cancerosas, células infectadas por virus) e inducir la muerte de tales células.
A menos que se defina de otro modo, el término "HLA-A2", como se usa en el presente documento, se refiere representativamente a los subtipos, ejemplos de los cuales incluyen, pero no se limitan a, HLA-A*0201, HLA-A*0202, HLA-A*0203, HLA-A*0204, HLA-A*0205, HLA-A*0206, HLA-A*0207, HLA-A*0210, HLA-A*0211, HLA-A*0213, HLAA*0216, HLA-A*0218, HLA-A*0219, HLA-A*0228 y HLA-A*0250.
A menos que se defina de otro modo, el término "kit", como se usa en el presente documento, se usa en referencia a una combinación de reactivos y otros materiales. Se contempla en el presente documento que el kit puede incluir micromatriz, chip, marcador, etc. No se pretende que el término "kit" se limite a una combinación particular de reactivos y/o materiales.
Como se usa en el presente documento, en el contexto de un sujeto o paciente, la expresión "el antígeno HLA del sujeto (o paciente) es HLA-A2" se refiere a que el sujeto o paciente posee homocigóticamente o heterocigóticamente el gen de antígeno HLA-A2 como la molécula de clase I del MHC (complejo mayor de histocompatibilidad), y el antígeno HLA-A2 se expresa en células del sujeto o paciente como un antígeno HLA.
Hasta el punto de que los métodos y composiciones de la presente invención encuentran utilidad en el contexto del "tratamiento" del cáncer, un tratamiento se considera "eficaz" si conduce a beneficio clínico, tal como una disminución en el tamaño, prevalencia o potencial metastásico del cáncer en un sujeto, retardando la progresión del cáncer, alivio de un síntoma clínico del cáncer, prolongación del tiempo de supervivencia, supresión de la reaparición posoperatoria, etc. Cuando el tratamiento se aplica profilácticamente, "eficaz" significa que retarda o previene que se formen cánceres o previene o alivia un síntoma clínico del cáncer. La eficacia se determina en asociación con cualquier método conocido de diagnóstico o tratamiento del tipo de tumor particular.
Hasta el punto que los métodos y composiciones de la presente invención encuentran utilidad en el contexto de la "prevención" y "profilaxis" del cáncer, tales términos se usan indistintamente en el presente documento para referirse a cualquier actividad que reduce la carga de mortalidad o morbilidad de la enfermedad. La prevención y profilaxis pueden producirse "a niveles de prevención primaria, secundaria y terciaria". Aunque la prevención primaria y la profilaxis evitan el desarrollo de una enfermedad, los niveles de prevención secundaria y terciaria y la profilaxis engloban actividades que pretenden la prevención y profilaxis de la progresión de una enfermedad y la emergencia de síntomas, además de reducir el impacto negativo de una enfermedad ya establecida restaurando la función y reduciendo las complicaciones relacionadas con la enfermedad. Alternativamente, la prevención y profilaxis pueden incluir un amplio intervalo de terapias profilácticas que pretenden aliviar la gravedad del trastorno particular, por ejemplo reducir la proliferación y metástasis de tumores.
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En el contexto de la presente invención, el tratamiento y/o la profilaxis del cáncer y/o la prevención de reaparición posoperatoria del mismo incluyen cualquier actividad que conduce a, por ejemplo, los siguientes eventos, tales como la inhibición del crecimiento de células cancerosas, la involución o regresión de un tumor, la inducción de remisión, la supresión de la manifestación del cáncer, la regresión tumoral, la reducción o inhibición de metástasis, la supresión de la reaparición posoperatoria del cáncer y la prolongación del tiempo de supervivencia. El tratamiento y/o profilaxis eficaz del cáncer disminuye la mortalidad y mejora el pronóstico de individuos que tienen cáncer, disminuye los niveles de marcadores tumorales en la sangre, y alivia síntomas detectables que acompañan al cáncer. Por ejemplo, la reducción o mejora de síntomas constituye tratar eficazmente y/o la profilaxis incluye 10 %, 20 %, 30 % o más de reducción, o enfermedad estable.
En el contexto de la presente invención, el término "anticuerpo" se refiere a inmunoglobulinas y fragmentos de las mismas que son específicamente reactivos con una proteína designada o péptido de la misma. Un anticuerpo puede incluir anticuerpos humanos, anticuerpos primatizados, anticuerpos quiméricos, anticuerpos biespecíficos, anticuerpos humanizados, anticuerpos fusionados con otras proteínas o radiomarcas, y fragmentos de anticuerpos. Además, un anticuerpo en el presente documento se usa en el sentido más amplio y cubre específicamente anticuerpos monoclonales intactos, anticuerpos policlonales, anticuerpos multi-específicos (por ejemplo, anticuerpos biespecíficos) formados a partir de al menos dos anticuerpos intactos, y fragmentos de anticuerpos, mientras que presentan la actividad biológica deseada. Un "anticuerpo" indica todos los casos (por ejemplo, IgA, IgD, IgE, IgG e IgM).
II. Péptidos:
Los péptidos de la presente invención descritos en detalle a continuación pueden denominarse "péptido(s) MPHOSPH1" o "polipéptido(s) MPHOSPH1".
Para demostrar que los péptidos derivados de MPHOSPH1 funcionan como un antígeno reconocido por CTL, se analizaron péptidos derivados de MPHOSPH1 (SEQ ID NO: 126) para determinar si eran epítopes de antígeno restringidos por HLA-A2 que son alelos de HLA comúnmente encontrados (Date Y et al., Tissue Antigens 47: 93-101, 1996; Kondo A et al., J Immunol 155: 4307-12, 1995; Kubo RT et al., J Immunol 152: 3913-24, 1994).
Se identificaron candidatos de péptidos de unión a HLA-A2 derivados de MPHOSPH1 basándose en sus afinidades de unión a HLA-A2.
Además, después de la estimulación in vitro de linfocitos T por células dendríticas (DC) pulsadas (cargadas) con estos péptidos, los CTL se establecieron satisfactoriamente estimulando las DC con cada uno de los siguientes péptidos:
MPHOSPH1-A2-9-850 (SEQ ID NO: 5),
MPHOSPH1-A2-9-129 (SEQ ID NO: 14),
MPHOSPH1-A2-9-846 (SEQ ID NO: 64),
MPHOSPH1-A2-10-460 (SEQ ID NO: 73),
MPHOSPH1-A2-10-770 (SEQ ID NO: 77),
MPHOSPH1-A2-10-407 (SEQ ID NO: 79),
MPHOSPH1-A2-10-923 (SEQ ID NO: 97),
MPHOSPH1-A (SEQ ID NO: 103) y
MPHOSPH1-A2-10-282 (SEQ ID NO: 120).
Estos CTL establecidos mostraron potente actividad de CTL específica contra células diana pulsadas con péptidos respectivos. Estos resultados demuestran que MPHOSPH1 es un antígeno reconocido por CTL y que los péptidos probados son péptidos de epítope de MPHOSPH1 restringidos por HLA-A2; y por tanto, los péptidos pueden ser eficaces como antígenos diana para citotoxicidad por CTL. Además, MPHOSPH1-A2-10-282 (SEQ ID NO: 120) indujo CTL que tienen potente actividad citotóxica contra células cancerosas que expresan tanto MPHOSPH1 y el antígeno HLA-A2 como la molécula de clase I de MHC. Este resultado sugiere que el péptido MPHOSPH1-A2-10282 se produce naturalmente in vivo para ser presentado sobre células cancerosas que expresan MPHOSPH1 por el antígeno HLA-A2 (por ejemplo, HLA-A*0201 o HLA-A*0206). Según los hallazgos, un péptido que comprende la secuencia de aminoácidos seleccionada del grupo que consiste en SEQ ID NO: 5, 14, 64, 73, 77, 79, 97, 103 y 120,
o derivados, mutantes, variantes o péptidos modificados del mismo -son útiles en el contexto de terapia inmunológica para tratar un cáncer que expresa MPHOSPH1 y el antígeno HLA-A2. En ciertas realizaciones de la presente invención, el péptido compuesto de una secuencia de aminoácidos desvelada en el presente documento puede usarse para terapia inmunológica del cáncer. Ejemplos de cánceres que van a tratarse incluyen, por ejemplo, cáncer de vejiga, cáncer de mama, cáncer de cuello uterino, carcinoma colangiocelular, LMC, cáncer colorrectal,
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cáncer gástrico, CPCNP, linfoma, osteosarcoma, cáncer de próstata, cáncer renal y tumor de tejidos blandos. Sin embargo, los péptidos de la presente invención pueden aplicarse a cualquier cáncer, mientras que expresan MPHOSPH1 y el antígeno HLA-A2.
Como el gen MPHOSPH1 se expresa en exceso en células cancerosas tales como cáncer de vejiga, cáncer de mama, cáncer de cuello uterino, carcinoma colangiocelular, LMC, cáncer colorrectal, cáncer gástrico, CPCNP, linfoma, osteosarcoma, cáncer de próstata, cáncer renal y tumor de tejidos blandos, pero no se expresa en la mayoría de los órganos normales, es una buena diana para inmunoterapia. Así, la presente divulgación se refiere a nonapéptidos (péptidos compuestos de nueve restos de aminoácidos) y decapéptidos (péptidos compuestos de diez restos de aminoácidos) de epítopes reconocidos por CTL de MPHOSPH1. Alternativamente, la presente divulgación se refiere a péptidos aislados que se unen a antígenos HLA e inducen linfocitos T citotóxicos (CTL), en los que el péptido está compuesto por un fragmento inmunológicamente activo de MPHOSPH1 (SEQ ID NO: 126). Más específicamente, la presente divulgación se refiere a péptidos que comprenden una secuencia de aminoácidos seleccionada de entre SEQ ID NO: 5, 14, 64, 73, 77, 79, 97, 103 y 120. El péptido de la presente invención es un péptido que consiste en una secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 120.
Generalmente, programas de software ahora disponibles, por ejemplo, en internet, tales como aquellos descritos en Parker KC et al., J Immunol 1994 Jan 1, 152(1): 163-75 y Nielsen M et al., Protein Sci 2003; 12: 1007-17, pueden usarse para calcular las afinidades de unión entre diversos péptidos y antígenos HLA por ordenador. La afinidad de unión con antígenos HLA puede medirse como se describe, por ejemplo, en Parker KC et al., J Immunol 1994 Jan 1, 152(1): 163-75, Kuzushima K et al., Blood 2001, 98(6): 1872-81, Larsen MV et al. BMC Bioinformatics. 2007 Oct 31;
8: 424, Buus S et al. Tissue Antigens., 62:378-84, 2003, Nielsen M et al., Protein Sci 2003; 12: 1007-17, y Nielsen M et al. PLoS ONE 2007; 2: e796, que se resumen en, por ejemplo, Lafuente EM et al., Current Pharmaceutical Design, 2009, 15, 3209-3220. Métodos de determinación de la afinidad de unión se describen, por ejemplo, en Journal of Immunological Methods (1995, 185: 181-190) y Protein Science (2000, 9: 1838-1846). Por tanto, pueden utilizarse tales programas de software para seleccionar aquellos fragmentos derivados de MPHOSPH1 que tienen alta afinidad de unión con antígenos HLA. Por consiguiente, la presente invención engloba péptidos compuestos de cualquier fragmento derivado de MPHOSPH1, que se determinaría que se unen con antígenos HLA por tales programas conocidos. Además, tales péptidos pueden incluir el péptido compuesto de la secuencia de longitud completa de MPHOSPH1.
Los péptidos de la presente divulgación, particularmente los nonapéptidos y decapéptidos de la presente invención, pueden flanquearse con restos de aminoácidos adicionales, mientras que los péptidos retienen su inducibilidad de CTL. Los restos de aminoácidos adicionales particulares pueden estar compuestos de cualquier tipo de aminoácido mientras que no alteren la inducibilidad de CTL del péptido original. Así, la presente divulgación se refiere a péptidos que tienen inducibilidad de CTL, en los que los péptidos incluyen una secuencia de aminoácidos derivada de MPHOSPH1. Tales péptidos tienen, por ejemplo, menos de aproximadamente 40 aminoácidos, frecuentemente menos de aproximadamente 20 aminoácidos, normalmente menos de aproximadamente 15 aminoácidos.
Se conoce generalmente que las modificaciones de uno, dos, varios o más aminoácidos de un péptido no influyen en la función del péptido, o en algunos casos incluso potencian la función deseada del péptido original. En realidad, se ha mostrado que los péptidos modificados (es decir, péptidos compuestos de una secuencia de aminoácidos modificada sustituyendo, insertando, delecionando y/o añadiendo uno, dos o varios restos de aminoácidos a una secuencia de referencia original) retienen la actividad biológica del péptido original (Mark et al., Proc Natl Acad Sci USA 1984, 81: 5662-6; Zoller y Smith, Nucleic Acids Res 1982, 10: 6487-500; Dalbadie-McFarland et al., Proc Natl Acad Sci USA 1982, 79: 6409-13). Así, el péptido que tiene inducibilidad de CTL de la presente divulgación puede estar compuesto de un péptido que tiene una secuencia de aminoácidos seleccionada de entre SEQ ID NO: 5, 14, 64, 73, 77, 79, 97, 103 y 120, en la que uno, dos o varios aminoácidos están añadidos, delecionados, insertados y/o sustituidos. En otra realización, los péptidos de la presente invención pueden ser péptidos que comprenden una secuencia de aminoácidos en la que uno, dos o varios aminoácidos están sustituidos, delecionados, insertados y/o añadidos en la secuencia de aminoácidos seleccionada de entre SEQ ID NO: 5, 14, 64, 73, 77, 79, 97, 103 y 120, siempre que el péptido modificado retenga la inducibilidad de CTL del péptido original. El péptido de la presente divulgación puede ser un péptido que comprende una secuencia de aminoácidos en la que uno, dos o varios aminoácidos están sustituidos, delecionados, insertados y/o añadidos en la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 120, siempre que el péptido modificado retenga la inducibilidad de CTL del péptido original.
Aquellos expertos en la materia reconocerán que modificaciones individuales (es decir, adiciones, inserciones, deleciones y/o sustituciones) a una secuencia de aminoácidos que alteran un único aminoácido o un pequeño porcentaje de la secuencia de aminoácidos global tienden a producir la conservación de las propiedades de la cadena lateral del aminoácido original; así se denomina "sustitución conservativa" o "modificación conservativa", en la que la alteración de una proteína produce una proteína con funciones similares. Tablas de sustituciones conservativas que proporcionan aminoácidos funcionalmente similares son muy conocidas en la técnica. Ejemplos de propiedades de cadenas laterales de aminoácidos son aminoácidos hidrófobos (A, I, L, M, F, P, W, Y, V), aminoácidos hidrófilos (R, D, N, C, E, Q, G, H, K, S, T) y cadenas laterales que tienen los siguientes grupos funcionales o características en común: una cadena lateral alifática (G, A, V, L, I, P); una cadena lateral que contiene grupo hidroxilo (S, T, Y); una cadena lateral que contiene átomo de azufre (C, M); una cadena lateral que contiene ácido carboxílico y amida (D, N, E, Q); una cadena lateral que contiene base (R, K, H); y una cadena lateral que
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contiene grupo aromático (H, F, Y, W). Además, los siguientes ocho grupos contienen cada uno aminoácidos que son sustituciones conservativas para otros:
1) Alanina (A), Glicina (G);
2) Ácido aspártico (D), Ácido glutámico (E);
5 3) Asparagina (N), Glutamina (Q);
4) Arginina (R), Lisina (K);
5) Isoleucina (I), Leucina (L), Metionina (M), Valina (V);
6) Fenilalanina (F), Tirosina (Y), Triptófano (W);
7) Serina (S), Treonina (T); y
10 8) Cisteína (C), Metionina (M) (véase, por ejemplo, Creighton, Proteins 1984).
Se considera que tales péptidos conservativamente modificados también son péptidos de la presente invención. Sin embargo, el péptido de la presente invención no está restringido a éstos y puede incluir modificaciones no conservativas, mientras que el péptido modificado resultante retenga la inducibilidad de CTL del péptido no modificado original. Además, los péptidos modificados no deben excluir péptidos inducibles por CTL derivados de
15 variantes polimórficas, homólogos entre especies, o alelos de MPHOSPH1.
Pueden insertarse, sustituirse, delecionarse y/o añadirse restos de aminoácidos a los péptidos de la presente divulgación o, alternativamente, restos de aminoácidos pueden ser delecionados de los mismos para lograr una afinidad de unión más alta. Para retener la inducibilidad de CTL requerida, se modifica preferentemente (inserta, deleciona, añade y/o sustituye) solo un pequeño número (por ejemplo, 1, 2 o varios) o un pequeño porcentaje de
20 aminoácidos. En el presente documento, el término "varios" significa 5 o menos aminoácidos, por ejemplo, 4 o 3 o menos. El porcentaje de aminoácidos que va a modificarse puede ser, por ejemplo, del 20 % o menos, preferentemente del 15 % o menos, más preferentemente del 10 % o menos, incluso más preferentemente del 1 al 5 %.
Cuando se usa en el contexto de la inmunoterapia contra el cáncer, el péptido de la presente invención puede
25 presentarse sobre la superficie de una célula o exosoma como un complejo con un antígeno HLA. Por tanto, es preferible seleccionar péptidos que no solo inducen CTL, sino que también poseen alta afinidad de unión por el antígeno HLA. Para este fin, los péptidos pueden modificarse por sustitución, inserción, deleción y/o adición de restos de aminoácidos para dar un péptido modificado que tiene afinidad de unión mejorada. Además de los péptidos que son naturalmente presentados, como ya se conoce la regularidad de las secuencias de péptidos
30 presentadas por la unión a antígenos HLA (J Immunol 1994, 152: 3913; Inmunogenetics 1995, 41: 178; J Immunol 1994, 155: 4307), pueden introducirse modificaciones basadas en tal regularidad en los péptidos inmunogénicos de la presente divulgación.
Por ejemplo, péptidos que presentan alta afinidad de unión por HLA-A2 tienden a tener el segundo aminoácido del extremo N sustituido con leucina o metionina. Asimismo, también pueden ser favorablemente usados péptidos en los 35 que el aminoácido del extremo C está sustituido con valina o leucina. Así, se contemplan por la presente divulgación péptidos que tienen una secuencia de aminoácidos seleccionada de entre SEQ ID NO: 5, 14, 64, 73, 77, 79, 97, 103 y 120 en la que el segundo aminoácido del extremo N de la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO está sustituido con leucina o metionina, y/o en la que el extremo C de la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO está sustituido con valina o leucina. La presente divulgación engloba péptidos que tienen una secuencia de aminoácidos en la que 40 el segundo aminoácido del extremo N de la secuencia de aminoácidos seleccionada de entre SEQ ID NO: 5, 14, 64, 73, 77, 79, 97, 103 y 120 está sustituido con leucina o metionina, y/o el extremo C de la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO está sustituido con valina o leucina. Los péptidos de la presente divulgación pueden comprender una secuencia de aminoácidos en la que el segundo aminoácido del extremo N de la secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 120 está sustituido con leucina o metionina, y/o el extremo C de la secuencia de aminoácidos de
45 SEQ ID NO está sustituido con valina o leucina.
La presente divulgación se refiere a los péptidos que tienen inducibilidad de CTL, en la que los péptidos tienen la fórmula general seleccionada del grupo que consiste en (1) a (9) del siguiente modo:
(1)
-correspondiente a MPHOSPH1-A2-9-850 (SEQ ID NO: 5)-F[X1]LTIENE[X2],
(2)
-correspondiente a MPHOSPH1-A2-9-129 (SEQ ID NO: 14)-F[X1]GCIMQP[X2],
50 (3) -correspondiente a MPHOSPH1-A2-9-846 (SEQ ID NO: 64)-G[X1]RAFLLT[X2],
(4) -correspondiente a MPHOSPH1-A2-10-460 (SEQ ID NO: 73)-Y[X1]AYDETLN[X2],
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(5)
-correspondiente a MPHOSPH1-A2-10-770 (SEQ ID NO: 77)-K[X1]ICNETVE[X2]
(6)
-correspondiente a MPHOSPH1-A2-10-407 (SEQ ID NO: 79)-L[X1]TLGKCIN[X2]
(7)
-correspondiente a MPHOSPH1-A2-10-923 (SEQ ID NO: 97)-K[X1]SNEIETA[X2]
(8)
-correspondiente a MPHOSPH1-A (SEQ ID NO: 103)-Q[X1]VAALEIQ[X2], y
(9)
-correspondiente a MPHOSPH1-A2-10-282 (SEQ ID NO: 120)-Y[X1]YDLFVPV[X2].
En la fórmula general (1)-(9), [X1] es leucina o metionina y [X2] es valina o leucina. La fórmula general puede ser (9), que se corresponde con SEQ ID NO: 120. La presente divulgación se refiere además a péptidos aislados representados por la fórmula general (1)-(9) definida anteriormente, a la que uno, dos, o varios aminoácidos se añaden en cualquiera o ambos del extremo N y extremo C de la misma. En una alternativa, la presente divulgación se refiere a péptidos aislados representados por la fórmula general (1)-(9) de la que uno, dos o varios restos de aminoácidos están delecionados en cualquiera o ambos del extremo N y extremo C de la misma. La presente divulgación también se refiere a péptido aislado representado por la fórmula general (1)-(9), a la que uno, dos o varios aminoácidos se insertan o delecionan en cualquier parte de la secuencia.
Pueden introducirse sustituciones no solo en los aminoácidos terminales, sino también en las posiciones de posibles sitios de reconocimiento de receptores de linfocitos T (TCR) de péptidos. Varios estudios han demostrado que un péptido con sustituciones de aminoácidos puede tener igual o mejor función que la del original, por ejemplo, CAP1, p53(264-272), Her-2/neu(369-377) o gp100(209-217) (Zaremba et al. Cancer Res. 57, 4570-4577, 1997, T. K. Hoffmann et al. J Immunol. (2002) Feb 1;168(3):1338-47, S. O. Dionne et al. Cancer Immunol immunother. (2003) 52: 199-206 y S.
O. Dionne et al. Cancer Immunology, Immunotherapy (2004) 53, 307-314).
La presente divulgación también contempla la adición de uno, dos o varios aminoácidos que también pueden añadirse a cualquiera o ambos del extremo N y C de los péptidos de la presente invención. Tales péptidos modificados que retienen la inducibilidad de CTL también están incluidos en la presente divulgación.
Sin embargo, cuando la secuencia de péptidos es idéntica a una porción de la secuencia de aminoácidos de una proteína endógena o exógena que tiene una función diferente, pueden inducirse efectos secundarios tales como trastornos autoinmunitarios o síntomas alérgicos contra sustancias específicas. Por tanto, puede ser deseable realizar búsquedas de homología usando bases de datos disponibles para evitar situaciones en las que la secuencia del péptido coincida con la secuencia de aminoácidos de otra proteína. Cuando quede claro a partir de las búsquedas de homología que no existe péptido idéntico o que tenga una 1 o 2 diferencias de aminoácidos con respecto al péptido objetivo en la naturaleza, el péptido objetivo puede modificarse con el fin de aumentar su afinidad de unión con antígenos HLA, y/o aumentar su inducibilidad de CTL sin peligro alguno de tales efectos secundarios.
Aunque se espera que los péptidos que tienen alta afinidad de unión a los antígenos HLA como se ha descrito anteriormente sean altamente eficaces, se examinan adicionalmente los péptidos candidatos, que se seleccionan según la presencia de afinidad de unión alta como un indicador, para la presencia de inducibilidad de CTL. En el presente documento, la expresión "inducibilidad de CTL" indica la capacidad de un péptido para inducir un CTL cuando se presenta en una célula presentadora de antígeno (APC). Además, la "inducibilidad de CTL" incluye la capacidad de un péptido para inducir la activación de CTL, proliferación de CTL, promover la lisis de células diana por CTL y aumentar la producción de IFN-gamma por CTL.
La confirmación de la inducibilidad de CTL se lleva a cabo induciendo APC que llevan antígenos MHC humanos (por ejemplo, linfocitos B, macrófagos y células dendríticas (DC)), o más específicamente, DC derivadas de leucocitos mononucleares de sangre periférica humana, y después de la estimulación de APC con un péptido de prueba, mezclando ACP con células CD8 positivas para inducir CTL y entonces midiendo el IFN-gamma contra las células diana producido y liberado por CTL. Como sistema de reacción puede usarse animales transgénicos que hayan sido producidos para expresar un antígeno HLA humano (por ejemplo, los descritos en BenMohamed L, Krishnan R, Longmate J, Auge C, Low L, Primus J, Diamond DJ, Hum Immunol 2000 Aug, 61(8): 764-79, Related Articles, Books, Linkout Induction of CTL response by a minimal epitope vaccine in HLA A*0201/DR transgenic mice: dependent on MHC (HLA) class II restricted T(H) response). Alternativamente, pueden radiomarcarse células diana con 51Cr y similares, y la actividad citotóxica de CTL puede calcularse a partir de la radiactividad liberada de las células diana. Alternativamente, puede examinarse midiendo el IFN-gamma producido y liberado por CTL en presencia de células que llevan péptidos inmovilizados, y visualizando la zona de inhibición en el medio usando anticuerpos monoclonales anti-IFN-gamma.
Como resultado de examinar la inducibilidad de CTL de los péptidos como se ha descrito anteriormente, se descubrió que los nonapéptidos y decapéptidos seleccionados de entre aquellos péptidos que tienen la secuencia de aminoácidos indicada por SEQ ID NO: 5, 14, 64, 73, 77, 79, 97, 103 y 120 mostraron inducibilidad de CTL, además de afinidad de unión alta a un antígeno HLA.
Además, el resultado del análisis de homología demostró que tales péptidos no comparten homología significativa con péptidos derivados de cualquier otro producto de gen humano. Esto reduce la posibilidad de respuestas
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bases que existen de forma natural A, T, C y G, y T se sustituye por U en un ARN. Un experto en la materia reconocerá que en los polinucleótidos también están incluidas bases que no existen de forma natural.
El polinucleótido de la presente invención puede codificar múltiples péptidos de la presente invención con o sin secuencias de aminoácidos intermedias. Por ejemplo, la secuencia de aminoácidos intermedia puede proporcionar un sitio de escisión (por ejemplo, secuencia de reconocimiento de enzimas) del polinucleótido o los péptidos traducidos. Además, el polinucleótido de la presente invención puede incluir cualquier secuencia adicional a la secuencia codificante que codifica el péptido de la presente invención. Por ejemplo, el polinucleótido de la presente invención puede ser un polinucleótido recombinante que incluye secuencias reguladoras requeridas para la expresión del péptido o puede ser un vector de expresión (plásmido) con genes marcadores y similares. En general, tales polinucleótidos recombinantes pueden prepararse por la manipulación de polinucleótidos a través de técnicas recombinantes convencionales usando, por ejemplo, polimerasas y endonucleasas.
Pueden usarse tanto técnicas de síntesis recombinante como química para producir los polinucleótidos de la presente invención. Por ejemplo, el polinucleótido de la presente invención puede producirse por inserción del polinucleótido que tiene la secuencia codificante del péptido de la presente invención en un vector apropiado, que puede expresarse cuando se transfecta en una célula competente. Alternativamente, el polinucleótido de la presente invención puede amplificarse usando técnicas de PCR o replicarse en un hospedador adecuado (véase, por ejemplo, Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Nueva York, 1989). Alternativamente, el polinucleótido de la presente invención puede sintetizarse usando las técnicas en fase sólida, como se describen en Beaucage SL & Iyer RP, Tetrahedron 1992, 48: 2223-311; Matthes et al., EMBO J 1984, 3:801-5.
V. Exosomas
La presente invención proporciona además vesículas intracelulares, llamadas, exosomas, que presentan complejos formados entre los péptidos de la presente invención y antígenos HLA en su superficie. Los exosomas pueden prepararse, por ejemplo, usando los métodos detallados en las publicaciones Kohyo de solicitud de patente japonesa N.º Hei 11-510507 y el documento WO99/03499, y pueden prepararse usando las APC obtenidas de pacientes que se someten a tratamiento y/o prevención. Los exosomas de la presente invención pueden inocularse como vacunas, similarmente a los péptidos de la presente invención.
El tipo de antígenos HLA incluidos en los complejos debe coincidir con el del sujeto que requiere el tratamiento y/o la prevención. Por ejemplo, para los japoneses, HLA-A2, particularmente HLA-A*0201 y HLA-A*0206, son frecuentemente apropiados. El uso del tipo HLA-A2, que se expresa altamente entre los japoneses y caucásicos, es favorable para obtener resultados eficaces, y encuentran uso subtipos tales como HLA-A*0201 y HLA-A*0206. Normalmente, en la clínica, el tipo de antígeno HLA del paciente que requiere tratamiento se investiga por adelantado, lo cual permite la selección apropiada de péptidos que tienen altos niveles de afinidad de unión por este antígeno, o que tienen inducibilidad de CTL por presentación de antígenos. Además, con el fin de obtener péptidos que muestran afinidad de unión alta e inducibilidad de CTL, pueden realizarse sustitución, deleción o adición de 1, 2,
o varios aminoácidos, basándose en la secuencia de aminoácidos del péptido parcial MPHOSPH1 que existe de forma natural.
Cuando se usa el antígeno HLA de tipo HLA-A2 para los exosomas de la presente invención, los péptidos que tienen una secuencia de aminoácidos de una cualquiera de SEQ ID NO: 5, 14, 64, 73, 77, 79, 97, 103 y 120 tienen utilidad particular. En algunas realizaciones, los exosomas de la presente invención son exosomas que presentan un complejo del péptido de la presente invención y antígeno HLA-A2 sobre su superficie. Ejemplos típicos del antígeno HLA-A2 contenido en tales complejos incluyen, pero no se limitan a, HLA-A*0201 y HLA-A*0206.
VI. Células presentadoras de antígeno (APC)
La presente invención también proporciona APC aisladas que presentan complejos formados con antígenos HLA y péptidos de la presente invención en su superficie. Las APC pueden derivar de pacientes que se someten a tratamiento y/o prevención, y pueden administrarse como vacunas por sí mismas o en combinación con otros fármacos que incluyen los péptidos, exosomas o CTL de la presente invención.
Las APC no se limitan a un tipo particular de células e incluyen células dendríticas (DC), células de Langerhans, macrófagos, linfocitos B y linfocitos T activados, que son conocidas por presentar antígenos proteináceos en su superficie celular de manera que sean reconocidos por los linfocitos. Como las DC son APC representativas que tienen la actividad de inducción de CTL más fuerte de entre las APC, las DC son adecuadas para las APC de la presente invención.
Por ejemplo, las APC de la presente invención pueden obtenerse induciendo DC de monocitos de sangre periférica y entonces poniéndolas en contacto (estimulándolas) con los péptidos de la presente invención in vitro, ex vivo o in vivo. Cuando los péptidos de la presente invención se administran a un sujeto, las APC que presentan los péptidos de la presente invención se inducen en el cuerpo del sujeto. Por tanto, las APC de la presente invención pueden obtenerse recolectando las APC del sujeto después de administrar los péptidos de la presente invención al sujeto.
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Alternativamente, las APC de la presente invención pueden obtenerse poniendo en contacto las APC recolectadas de un sujeto con el péptido de la presente invención.
Las APC de la presente invención pueden administrarse a un sujeto para inducir respuesta inmunitaria contra cáncer en el sujeto por sí mismos o en combinación con otros fármacos que incluyen los péptidos, exosomas o CTL de la presente invención. Por ejemplo, la administración ex vivo puede incluir las etapas de:
a: recoger APC de un primer sujeto,
b: poner en contacto las APC de la etapa a, con el péptido de la presente invención, y
c: administrar las APC de la etapa b a un segundo sujeto.
El primer sujeto y el segundo sujeto pueden ser el mismo individuo, o pueden ser individuos diferentes. Las APC obtenidas por la etapa b pueden administrarse como una vacuna para tratar y/o prevenir cáncer, ejemplos del cual incluyen, pero no se limitan a, cáncer de vejiga, cáncer de mama, cáncer de cuello uterino, carcinoma colangiocelular, LMC, cáncer colorrectal, cáncer gástrico, CPCNP, linfoma, osteosarcoma, cáncer de próstata, cáncer renal y tumor de tejidos blandos.
La presente invención también proporciona un método o proceso de fabricación de una composición farmacéutica para inducir APC, en la que el método incluye la etapa de mezclar o formular el péptido de la presente invención con un vehículo farmacéuticamente aceptable.
Según un aspecto de la presente invención, las APC de la presente invención tienen inducibilidad de CTL. En el contexto de las APC, la expresión "que tiene inducibilidad de CTL" se refiere a que muestran mayor inducibilidad de CTL que aquellas APC puestas en contacto no con péptidos. Tales APC que tienen inducibilidad de CTL pueden prepararse por un método que incluye la etapa de transferir un polinucleótido que codifica el péptido de la presente invención a las APC in vitro, además del método mencionado anteriormente. Los genes introducidos pueden estar en forma de ADN o ARN. Ejemplos de métodos para la introducción incluyen, sin limitaciones particulares, diversos métodos convencionalmente realizados en este campo, tales como lipofección, electroporación, o puede usarse el método de fosfato de calcio. Más específicamente, puede realizarse como se describe en Cancer Res 1996, 56: 5672-7; J Immunol 1998, 161:5607-13; J Exp Med 1996, 184: 465-72; traducción japonesa publicada de la publicación internacional N.º 2000-509281. Al transferir el gen en las APC, el gen experimenta transcripción, traducción, y similares, en la célula, y entonces la proteína obtenida es procesada por clase I o clase II de MHC, y procede a través de una vía de presentación para presentar péptidos parciales.
En algunas realizaciones, las APC de la presente invención son APC que presentan complejos de antígeno HLA-A2 y el péptido de la presente invención sobre su superficie. Ejemplos típicos del antígeno HLA-A2 contenido en tales complejos incluyen, pero no se limitan a, HLA-A*0201 y HLA-A*0206.
VII. Linfocitos T citotóxicos (CTL)
Un CTL inducido contra cualquiera de los péptidos de la presente invención refuerza la respuesta inmunitaria que dirige las células de cáncer in vivo y así pueden usarse como vacunas similar a los péptidos. Así, la presente invención proporciona CTL aislados que son específicamente inducidos o activados por cualquiera de los presentes péptidos de la presente invención.
Tales CTL pueden obtenerse (1) administrando el (los) péptido(s) de la presente invención a un sujeto, (2) poniendo en contacto (estimulando) las APC derivadas del sujeto, y células CD8 positivas, o leucocitos mononucleares de sangre periférica in vitro con el (los) péptido(s) de la presente invención, (3) poniendo en contacto los linfocitos T CD8 positivos o leucocitos mononucleares de sangre periférica in vitro con las APC o exosomas que presentan un complejo de un antígeno HLA y el péptido en su superficie o (4) introduciendo un polinucleótido que codifica tanto subunidades de receptores de linfocitos T (TCR) como polinucleótidos que codifican cada una de las subunidades de TCR, en el que el TCR puede unirse a un complejo del péptido de la presente invención y el antígeno HLA-A2 sobre una superficie celular. Tales APC o exosomas que van a usarse en la preparación de CTL pueden prepararse por los métodos descritos anteriormente. Detalles del método de (4) se describen más adelante en la sección "VIII. Receptor de linfocitos T (TCR)".
Los CTL de la presente invención pueden derivarse de pacientes que se someten a tratamiento y/o prevención, y pueden administrarse por sí mismos o en combinación con otros fármacos que incluyen los péptidos, APC o exosomas de la presente invención con el fin de efectos de regulación. Los CTL obtenidos actúan específicamente contra células diana que presentan los péptidos de la presente invención, por ejemplo, los mismos péptidos usados para la inducción. Las células diana pueden ser células que expresan endógenamente MPHOSPH1, tales como células de cáncer, o células que son transfectadas con el gen MPHOSPH1; y células que presentan un péptido de la presente invención en la superficie celular debido a estimulación por el péptido también pueden servir de dianas del ataque por CTL activado.
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En algunas realizaciones, los CTL de la presente invención reconocen células que presentan complejos de antígeno HLA-A2 y el péptido de la presente invención. En el contexto del CTL, la expresión "reconocen una célula" se refiere a la unión de un complejo de antígeno HLA-A2 y el péptido de la presente invención sobre la superficie celular mediante su TCR y que muestra actividad citotóxica específica contra la célula. En el presente documento, "actividad citotóxica específica" se refiere a que muestra actividad citotóxica contra la célula que presenta un complejo de antígeno HLA-A2 y el péptido de la presente invención, pero no otras células. Ejemplos típicos del antígeno HLA-A2 contenido en tal complejo incluyen, pero no se limitan a, HLA-A*0201 y HLA-A*0206.
VIII. Receptor de linfocitos T (TCR):
La presente invención también proporciona composiciones que incluyen un polinucleótido que codifica ambos de subunidades de TCR o polinucleótidos que codifican cada una de las subunidades de TCR, en las que el TCR puede unirse a un complejo de antígeno HLA-A2 y el péptido de la presente invención sobre una superficie celular, y métodos de uso de las mismas. Tales subunidades de TCR tienen la capacidad de formar TCR que confieren especificidad a linfocitos T contra células tumorales que expresan MPHOSPH1. Usando los métodos conocidos en la materia, pueden identificarse los polinucleótidos que codifican cada una de las cadenas alfa y beta del TCR del CTL inducido con el péptido de la presente invención (documento WO2007/032255 y Morgan et al., J Immunol, 171, 3288 (2003)). Por ejemplo, puede usarse preferentemente el método de PCR. Los cebadores de PCR para el análisis pueden ser, por ejemplo, cebador 5'-R (5'-gtctaccaggcattcgcttcat-3') (SEQ ID NO: 127) como cebador del lado 5' y cebador 3-TRa-C (5'-tcagctggaccacagccgcagcgt-3') (SEQ ID NO: 128) específico para la región C de la cadena alfa de TCR, cebador 3-TRb-C1 (5'-tcagaaatcctttctcttgac-3') (SEQ ID NO: 129) específico para la región C1 de la cadena beta de TCR o cebador 3-TRbeta-C2 (5'-ctagcctctggaatcctttctctt-3') (SEQ ID NO: 130) específico para la región C2 de la cadena beta de TCR como cebadores del lado 3', pero no se limita a éstos. Los TCR derivados pueden unirse a células diana que presentan el péptido de la presente invención con alta avidez, y opcionalmente median en la eficiente destrucción de células diana que presentan el péptido de la presente invención in vivo e in vitro.
El polinucleótido que codifica ambos de las subunidades de TCR o polinucleótidos que codifican cada uno las subunidades de TCR puede incorporarse en vectores adecuados, por ejemplo, vectores retrovirales. Estos vectores son muy conocidos en la técnica. Los polinucleótidos o los vectores que los incluyen pueden transferirse útilmente a un linfocito T (por ejemplo, linfocito T CD8 positivo), por ejemplo, un linfocito T de un paciente. Ventajosamente, la presente invención proporciona una composición disponible para venta que permite la rápida modificación de los propios linfocitos T de un paciente (o aquellos de otro mamífero) para producir rápidamente y fácilmente linfocitos T modificados que tienen excelentes propiedades de destrucción de células cancerosas.
TCR específicos contra los péptidos de la presente invención deben ser capaces de reconocer específicamente un complejo del péptido de la presente invención y el antígeno HLA, dando una actividad de linfocitos T específica contra una célula diana que presenta un complejo del péptido de la presente invención y el antígeno HLA cuando el TCR se presenta sobre la superficie del linfocito T. La actividad requerida puede confirmarse por cualquier método conocido de tal forma que los CTL preparados introduciendo el (los) polipéptido(s) que codifica(n) tales subunidades de TCR puedan reconocer específicamente tales células diana. Ejemplos preferidos de tales métodos incluyen, por ejemplo, análisis de tinción de multímero de HLA usando moléculas de HLA y los péptidos de la presente invención, y ensayo de ELISPOT. Realizando el ensayo de ELISPOT, puede confirmarse que los CTL preparados por los métodos anteriores pueden reconocer específicamente las células diana, y que señales generadas por tal reconocimiento pueden transmitirse intracelularmente. Además, también puede confirmarse por métodos conocidos que los CTL preparados por los métodos anteriores tienen actividad citotóxica específica contra las células diana. Ejemplos de tales métodos incluyen, por ejemplo, ensayo de liberación de Cr usando células que expresan ambos del antígeno HLA-A2 y MPHOSPH1.
En un aspecto, la presente invención proporciona CTL que se preparan por transducción con el polinucleótido que codifica ambos de las subunidades de TCR o polinucleótidos que codifican cada una de las subunidades de TCR, en el que el TCR puede unirse a un complejo del péptido que tiene una secuencia de aminoácidos de SEQ ID NO: 120 y antígeno HLA-A2 sobre una superficie celular.
Los CTL transducidos son capaces de albergar células cancerosas in vivo, y pueden expandirse por métodos de cultivo muy conocidos in vitro (por ejemplo, Kawakami et al., J Immunol., 142, 3452-3461 (1989)). Los CTL de la presente invención pueden usarse para formar una composición inmunogénica útil en cualquiera o ambos del tratamiento y la prevención del cáncer en un paciente en necesidad de terapia o protección (documento WO2006/031221).
IX. Composiciones farmacéuticas:
Como la expresión de MPHOSPH1 es específicamente elevada en cáncer, ejemplos del mismo incluyen, pero no se limitan necesariamente a, cáncer de vejiga, cáncer de mama, cáncer de cuello uterino, carcinoma colangiocelular, LMC, cáncer colorrectal, cáncer gástrico, CPCNP, linfoma, osteosarcoma, cáncer de próstata, cáncer renal y tumor de tejidos blandos, en comparación con tejidos normales, los péptidos o polinucleótidos de la presente invención pueden usarse para cualquiera o ambos del tratamiento y la profilaxis del cáncer. Así, la presente invención proporciona un agente farmacéutico o composición formulada para cualquiera o ambos del tratamiento y la profilaxis
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Predicción de péptidos de unión a HLA-A02 derivados de MPHOSPH1
La Tablas 2a y 2b muestran los péptidos 9-meros y 10-meros de unión a HLA-A02 de MPHOSPH1 en el orden de alta afinidad de unión. Se seleccionaron un total de 47 péptidos que tenían posible capacidad de unión a HLA-A02 y se examinaron para determinar los péptidos de epítope.
[Tabla 2a]
Péptidos 9-meros de unión a HLA-A02 derivados de MPHOSPH1
Posición inicial
Secuencia de aminoácidos puntuación SEQ ID NO
575
KLLDLIEDL 1278,3 1
282
YIYDLFVPV 1096,6 2
298
KMLRLSQDV 650,5 3
218
ALLRQIKEV 591,9 4
850
FLLTIENEL 363,6 5
1108
ALSELTQGV 285,2 6
331
KLGIKHQSV 243,4 7
1689
TLQKFGDFL 218,8 8
1251
KLTDAKKQI 149,7 9
638
RLAIFKDLV 129,5 10
1467
QLTEKDSDL 87,6 11
1195
NLQDMKHLL 87,6 12
270
SVWVSFFEI 83,5 13
129
FQGCIMQPV 74,6 14
839
VLQENNEGL 73,0 15
1094
TLDVQIQHV 64,0 16
1019
AIWEECKEI 48,8 17
1696
FLQHSPSIL 40,3 18
528
DLMEDEDLV 38,8 19
406
SLLTLGKCI 38,6 20
1400
KLTNLQDEL 36,6 21
170
GILPRTLNV 35,4 22
171
ILPRTLNVL 34,2 23
786
KICSERKRV 33,5 24
880
SLSEKKNLT 30,6 25
944
LMHTKIDEL 29,6 26
1422
WLEEKMMLI 29,0 27
466
TLNVLKFSA 28,8 28
1539
KLQTEPLST 26,1 29
39
Posición inicial
Secuencia de aminoácidos puntuación SEQ ID NO
132
CIMQPVKDL 25,0 30
1260
KQVQKEVSV 24,7 31
1184
KLKEEITQL 24,7 32
888
TLSKEVQQI 24,0 33
280
NEYIYDLFV 23,8 34
552
LLDEDLDKT 23,4 35
461
LAYDETLNV 21,5 36
980
NLPNTQLDL 21,4 37
409
TLGKCINVL 20,1 38
175
TLNVLFDSL 19,9 39
923
KLSNEIETA 19,6 40
1389
KEHENNTDV 19,4 41
987
DLLGNDYLV 19,3 42
920
KIMKLSNEI 18,6 43
1703
ILQSKAKKI 17,7 44
512
ILNVKRATI 17,7 45
1124
KELETILET 17,7 46
453
IVNISQCYL 17,5 47
771
LICNETVEV 16,3 48
623
TLLQEREIL 15,9 49
560
TLEENKAFI 15,1 50
1415
YNADRKKWL 14,5 51
307
KGYSFIKDL 13,7 52
133
IMQPVKDLL 12,9 53
1594
KMAVKHPGC 12,6 54
365
SEMSRVIRV 11,5 55
1191
QLTNNLQDM 11,4 56
871
QIVHFQQEL 11,2 57
245
NISEFEESI 11,0 58
484
TLNSSQEKL 10,5 59
764
SLIINNKLI 10,4 60
587
LINEKKEKL 10,0 61
263
MANSIKFSV 9,525 62
1354
VLEAKLEEV 8,528 63
40
Posición inicial
Secuencia de aminoácidos puntuación SEQ ID NO
846
GLRAFLLTI 6,93 64
83
ILDSQTVVL 5,956 65
1562
VLDSCEVST 5,067 66
15
YVFSADPIA 3,033 67
1741
YTSEISSPI 2,733 68
959
SQISNIDLL 2,441 69
82
HILDSQTVV 2,022 70
[Tabla 2b]
Péptidos 10-meros de unión a HLA-A02 derivados de MPHOSPH1
Posición inicial
Secuencia de aminoácidos puntuación SEQ ID NO
1274
KLLRiKINEL 636,3 71
551
KLLDeDLDKT 445,9 72
460
YLAYdETLNV 319,9 73
943
KLMHtKIDEL 311,8 74
262
NMANsIKFSV 291,3 75
178
VLFDsLQERL 269,9 76
770
KLICnETVEV 243,4 77
34
KLDLsHEFSL 173,5 78
407
LLTLgKCINV 118,2 79
1714
TMSSsKLSNV 115,5 80
1353
QVLEaKLEEV 104,0 81
880
SLSEkKNLTL 87,6 82
235
TLYGsLTNSL 68,4 83
1019
AIWEeCKEIV 65,4 84
552
LLDEdLDKTL 59,6 85
1093
VTLDvQIQHV 57,3 86
559
KTLEeNKAFI 42,3 87
1332
KIIEdMRMTL 42,2 88
152
GLTNsGKTYT 41,0 89
830
NIAEiEDIRV 39,2 90
586
KLINeKKEKL 36,6 91
182
SLQErLYTKM 30,6 92
1043
QQIEkLQAEV 28,9 93
41
Posición inicial
Secuencia de aminoácidos puntuación SEQ ID NO
870
KQIVhFQQEL 28,8 94
1318
QQYErACKDL 28,4 95
452
MIVNiSQCYL 27,5 96
923
KLSNeIETAT 26,1 97
1257
KQIKqVQKEV 24,7 98
980
NLPNtQLDLL 24,1 99
985
QLDLIGNDYL 23,0 100
1427
MMLItQAKEA 22,6 101
1523
QIMDiKPKRI 21,8 102
1484
QLVAaLEIQL 21,4 103
466
TLNVlKFSAI 19,8 104
511
KILNvKRATI 18,6 105
1340
TLEEqEQTQV 18,3 106
372
RVSElSLCDL 17,6 107
1561
WLDsCEVST 16,8 108
309
YSFIkDLQWI 14,7 109
353
SIFTvKILQI 12,2 110
1094
TLDVqIQHVV 11,4 111
1688
GTLQkFGDFL 11,2 112
311
FIKDlQWIQV 10,7 113
1079
TLIQqLKEEL 10,5 114
1128
TILEtQKVEC 10,4 115
1487
AALEiQLKAL 10,4 116
170
GILPrTLNVL 10,2 117
503
SLDSNSNSKI 4,173 118
1107
RALSELTQGV 3,574 119
282
YIYDLFVPVS 2,216 120
160
YTFQGTEENI 1,208 121
174
RTLNVLFDSL 1,022 122
82
HILDSQTVVL 0,621 123
128
FFQGCIMQPV 0,511 124
Posición inicial indica el número de resto de aminoácido desde el extremo N de MPHOSPH1. Puntuación de unión deriva de "BIMAS".
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Claims (1)

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