ES2327398T3 - Biomateriales interfaciales. - Google Patents
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Abstract
Biomaterial interfacial que comprende de una pluralidad de agentes de unión, donde cada agente de unión comprende de una primera parte de unión que se une específicamente a un sustrato diana no biológico, y de una segunda parte de unión que se une específicamente a un sustrato diana biológico, donde cada agente de unión comprende de dos o más especificidades de unión, donde la pluralidad de agentes de unión son capaces de definir una interfaz entre el sustrato diana no biológico y el sustrato diana biológico, y donde la primera parte de unión comprende de un péptido y la segunda parte de unión comprende de un péptido.
Description
Biomateriales interfaciales.
La presente Invención se refiere en general a
biomateriales Interfaciales que actúan de mediadores en la
interacción entre un sustrato no biológico y un sustrato biológico,
y a procedimientos para preparar y utilizar los mismos. Más
concretamente, la presente invención se refiere a agentes de unión
que crean una interfaz de unión entre sustratos mediante la unión
específica de cada sustrato.
También se describen en la presente memoria
agentes de unión que crean una interfaz de no unión entre sustratos
mediante la unión específica a un sustrato no biológico y
básicamente la no unión a un sustrato biológico.
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La notable especificidad de unión y función que
presentan las moléculas orgánicas ha motivado esfuerzos para
utilizar estas actividades de unión y funcionales de nuevas maneras.
Las tecnologías de despliegue molecular han facilitado estos
esfuerzos permitiendo la rápida identificación de agentes de unión
específicos para casi cualquier molécula diana. En concreto, la
tecnología de despliegue en fagos de péptidos y proteínas
(incluyendo los anticuerpos) han llevado al descubrimiento de
sitios de unión naturales y de diseño.
Los sistemas de despliegue en fagos utilizan
bibliotecas muy diversas construidas fusionando secuencias
degeneradas de ADN a un gen que codifica una proteína de la
cubierta del fago, de manera que la secuencia variable de la
proteína codificada se despliegue en la cubierta del fago. Se aíslan
fagos individuales con las especificidades de unión deseadas
mediante la unión a una molécula inmovilizadora ó molécula diana que
se puede seleccionar. Se identifican los péptidos o proteínas que
confieren la unión mediante secuenciación del ADN dentro del fago
seleccio-
nado.
nado.
Los péptidos y proteínas que tienen propiedades
funcionales y de unión únicas se puede utilizar como agentes
terapéuticos (Raum et al., 2001), como plantillas para el
diseño de moléculas, incluyendo el diseño de fármacos (Ballinger
et al., 1999; Bolin et al., 2000; Wolfe et al.,
2000; Mourez et al., 2001; Rudgers & Palzkill, 2001),
como moléculas autodireccionales para métodos de administración de
fármacos (Arap et al., 1998; Nilsson et al., 2000;
Ruoslahti, 2000), y como composiciones para estimular la fijación
celular en casos de cicatrización o regeneración de tejidos (por
ejemplo, las Patentes estadounidenses nº 5.856.308; nº 5.635.482; y
nº 5.292.362).
El despliegue en fagos se ha utilizado también
para seleccionar péptidos que se unen a superficies inorgánicas con
una especificidad alta. Los péptidos de unión a superficies
semiconductoras que también se unen a una segunda molécula se han
propuesto para el ensamblaje de estructuras electrónicas. Véase
Whaley et al., 2000.
Se ha desarrollado un interés reciente en
composiciones que imitan las capacidades funcionales y de
reconocimiento de las moléculas biológicas para actuar de
mediadores en interacciones que implican a materiales no biológicos.
Por ejemplo, pueden utilizarse péptidos para recubrir dispositivos
prostéticos para por consiguiente estimular la fijación de las
células endoteliales tras la implantación. Véanse las Patentes
estadounidenses nº 6.280.760; nº 6.140.127; nº 4.960.423; y nº
4.378.224.
Antes de describir la presente invención, se ha
llevado a cabo la preparación de superficies y dispositivos
recubiertos de péptidos mediante adsorción no específica, mediante
el acoplamiento del péptido a una superficie derivatizada, o
mediante el acoplamiento del péptido a una molécula conectora unida
covalentemente a la superficie. Estos procedimientos son
relativamente tediosos y requieren mucho tiempo, y generalmente
requieren múltiples etapas para la asociación efectiva del péptido
y el sustrato. Sin embargo, los beneficios potenciales de las
superficies y dispositivos no biológicos que incluyen un
recubrimiento biológico son evidentes.
Por lo tanto, existe una largamente sentida
necesidad en la técnica de desarrollar un procedimiento eficiente y
ampliamente aplicable para estimular interacciones específicas entre
sustratos no biológicos y sustratos biológicos. Además, existe una
continua necesidad de desarrollar procedimientos para dirigir
interacciones entre moléculas y/o células, especialmente en el
contexto del diagnóstico y de los tratamientos terapéuticos.
Para satisfacer esta necesidad, la presente
invención se refiere a biomateriales interfaciales que pueden
actuar de mediadores en interacciones selectivas entre sustratos
biológicos y no biológicos, agentes de unión novedosos que pueden
unirse específicamente a un sustrato diana no biológico y/o a un
sustrato diana biológico, y a procedimientos para realizar y
utilizar los mismos.
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La presente invención se refiere a un
biomaterial interfacial que comprende de una pluralidad de agentes
de unión donde cada agente de unión comprende de una primera parte
de unión que se une específicamente a un sustrato no biológico y de
una segunda parte de unión que se une específicamente a un sustrato
biológico, y donde la pluralidad de agentes de unión comprenden de
una interfaz entre el sustrato no biológico y el sustrato
biológico.
Por consiguiente, en un primer aspecto, la
presente invención proporciona un biomaterial interfacial que
comprende de una pluralidad de agentes de unión, donde cada agente
de unión comprende de una primera parte de unión que se une
específicamente a un sustrato diana no biológico, y de una segunda
parte de unión que se une específicamente a un sustrato diana
biológico, donde cada agente de unión comprende de dos o más
especificidades de unión, donde la pluralidad de agentes de unión
son capaces de definir una interfaz entre el sustrato diana no
biológico y el sustrato diana biológico, y donde la primera parte
de unión comprende de un péptido y la segunda parte de unión
comprende de un péptido.
También se describe en la presente memoria un
biomaterial interfacial que comprende de una pluralidad de agentes
de unión donde cada agente de unión comprende de una primera y una
segunda parte de unión que se unen específicamente a un sustrato
biológico, y donde la pluralidad de agentes de unión comprenden de
una interfaz entre los sustratos biológicos. En una forma de
realización, la primera y segunda parte de unión se unen al mismo
sustrato biológico. En otra forma de realización, la primera y
segunda parte de unión se unen a sustratos biológicos
diferentes.
También se describe en la presente memoria un
biomaterial interfacial que comprende de una pluralidad de agentes
de unión, donde cada agente de unión comprende de una parte de unión
que se une específicamente a un sustrato diana no biológico y a un
dominio de no unión que básicamente carece de unión a un sustrato
diana biológico.
El biomaterial interfacial puede comprender de
una pluralidad de agentes de unión idénticos o no idénticos. Cuando
el biomaterial interfacial comprende de una pluralidad de agentes
de unión no idénticos, cada uno la pluralidad de agentes de unión
no idénticos comprende de una forma de realización en una parte de
unión idéntico que se une específicamente a un sustrato no
biológico.
La presente invención proporciona adicionalmente
un biomaterial interfacial estructurado, donde los agentes de unión
están restringidos espacialmente dentro de la interfaz.
Sustratos no biológicos representativos incluyen
pero no se limitan a un sustrato no biológico que comprende de un
polímero sintético, plástico, metal, un óxido metálico, un óxido no
metálico, silicona, un material cerámico, un fármaco, o un portador
de fármaco. En una forma de realización, un polímero sintético
comprende de ácido de poliglicol. En otra forma de realización, un
polímero sintético comprende de una sutura de nailon. En una forma
de realización, un plástico comprende de policarbonato, en otra
forma de realización en poliestireno, y en otra forma de
realización más en poliuretano. En una forma de realización, un
metal comprende de titanio. En otra forma de realización, un metal
comprende de acero inoxidable.
Sustratos biológicos representativos incluyen
pero no se limitan a un tejido, una célula, o una macromolécula. En
una forma de realización, un sustrato diana biológico diana
comprende de colágeno. En otra forma de realización, un sustrato
diana biológico comprende de un receptor Tie2.
También se proporcionan procedimientos para
preparar un biomaterial interfacial según se define en las
reivindicaciones adjuntas. De esta manera, en una forma de
realización de la invención, el procedimiento comprende de: (a)
aplicar a un sustrato no biológico una pluralidad de agentes de
unión, donde cada uno de la pluralidad de agentes de unión
comprende de una primera parte de unión que se une específicamente
al sustrato no biológico y de una segunda parte de unión que se une
específicamente a un sustrato diana biológico, y donde la aplicación
está libre de acoplamiento; (b) poner en contacto el sustrato no
biológico, donde la pluralidad de agentes de unión están unidos al
sustrato no biológico, con una muestra que comprende de el sustrato
diana biológico; y (c) dejar pasar un tiempo suficiente para que el
sustrato diana biológico se una a la pluralidad de agentes de
unión, donde se prepara un biomaterial interafacial. Según la
invención descrita, la puesta en contacto puede comprender de una
puesta en contacto in vitro, ex vivo, ó in
vivo.
En otra forma de realización de la invención, un
biomaterial interfacial comprende de una matriz biológica. En una
forma de realización, un procedimiento para preparar un biomaterial
interfacial comprende de: (a) proporcionar un sustrato no biológico
con una pluralidad de posiciones; (b) aplicar a cada una de la
pluralidad de posiciones un agente de unión que comprende de una
primera parte de unión que se une específicamente al sustrato no
biológico y de una segunda parte de unión que se une
específicamente a un sustrato diana biológico, donde la aplicación
está libre de acoplamiento; (c) poner en contacto el sustrato no
biológico, donde una pluralidad de agentes de unión están unidos al
sustrato no biológico, con una muestra que comprende de el sustrato
diana biológico; y (d) dejar pasar un tiempo suficiente para que el
sustrato diana biológico se una a la pluralidad de agentes de
unión, con lo que se prepara una matriz biológica. En una forma de
realización, un procedimiento para aplicar la pluralidad de agentes
de unión comprende de la impresión por
"dip-pen".
También se describe en la presente memoria un
procedimiento para preparar un biomaterial interfacial que comprende
de: (a) aplicar a un sustrato no biológico una pluralidad de
agentes de unión, donde cada uno de la pluralidad de agentes de
unión comprende de una parte de unión que se une específicamente al
sustrato no biológico y de un dominio de no unión que básicamente
no se une a un sustrato diana biológico, y donde la aplicación está
libre de acoplamiento; y (b) poner en contacto el sustrato no
biológico, donde la pluralidad de agentes de unión están unidos al
sustrato no biológico, con una muestra que comprende de el sustrato
diana biológico, con lo que se prepara un biomaterial
interfacial.
También se describen en la presente memoria
procedimientos para preparar agentes de unión. En un caso, el
procedimiento comprende de: (a) "lavado en batea" de una
biblioteca de moléculas diversas sobre un sustrato diana no
biológico, con lo que se identifica una primera parte de unión que
se une específicamente a un sustrato diana no biológico; y (b) unir
la primera parte de unión a una segunda parte de unión, donde la
segunda parte de unión se une específicamente a un sustrato diana
biológico, con lo que se prepara un agente de unión. El
procedimiento puede comprender adicionalmente del "lavado en
batea" de una parte de unión sobre un sustrato diana biológico,
con lo que se identifica una parte de unión que se une
específicamente a un sustrato diana biológico.
En otro caso, un procedimiento para preparar un
agente de unión comprende de: (a) "lavado en batea" de una
biblioteca de moléculas diversas sobre un sustrato diana no
biológico, con lo que se identifica una parte de unión que se une
específicamente a un sustrato diana no biológico; y (b) unir la
parte de unión a un dominio de no unión, donde el dominio de no
unión que básicamente no se une a un sustrato diana biológico, con
lo que se prepara un agente de unión. El procedimiento puede
comprender adicionalmente del "lavado en batea" de una parte
de unión sobre un sustrato diana biológico, con lo que se identifica
un dominio de no unión que básicamente no se une a un sustrato
diana biológico.
También se describen agentes de unión producidos
mediante el procedimiento. En una forma de realización de la
invención, un agente de unión comprende adicionalmente de un
conector que se une a la primera parte de unión y a la segunda
parte de unión. También se describe en la presente memoria un
conector que se une a la primera parte de unión y al dominio de no
unión.
En la invención, la primera parte de unión
comprende de un péptido. También se describen en la presente memoria
anticuerpos monocatenarios que se unen específicamente a un
sustrato no biológico.
Se presentan partes de unión representativos que
se unen a plásticos como los números de identidad en la SEQ: 1 a 23
y números: 66 a 71, y se presentan partes de unión representativos
que se unen a metales como los números de identidad en la SEQ: 24 a
36 y números 51 a 65. La segunda parte de unión o región de no unión
comprende de un péptido.
También se describen en la presente memoria, por
ejemplo para su uso en la invención, péptidos sintéticos que
comprenden de partes de unión que se unen al poliestireno, al
poliuretano, al plicarbonato, al ácido de poliglicol, al titanio,
al acero inoxidable. En una forma de realización, las partes de
unión sintéticos utilizados en la invención comprenden de menos de
aproximadamente 20 residuos de aminoácidos. Se presentan partes de
unión péptidos representativos que se unen al poliestireno como los
números de identidad en la SEQ: 1 a 22, se presenta una parte de
unión representativa que se unen al poliuretano como la SEQ ID nº:
23, se presentan partes de unión representativos que se unen al
policarbonato como los números de identidad en la SEQ: 68 a 71, se
presentan partes de unión péptidos representativos que se unen al
titanio como los números de identidad en la SEQ: 24 a 36, y se
presentan partes de unión representativos que se unen al acero
inoxidable como los números de identidad en la SEQ: 51
a 65.
a 65.
La descripción proporciona adicionalmente
procedimientos representativos para utilizar un biomaterial
interfacial, que incluyen, pero no se limitan a un procedimiento
para cultivar células, un procedimiento para implantar un
dispositivo en un sujeto, un procedimiento para modular una
actividad de un sustrato biológico, un procedimiento para preparar
un recubrimiento no ensuciante, un procedimiento para administrar
fármacos, y un procedimiento para seleccionar una sustancia de
ensayo para la interacción con un sustrato biológico.
Un procedimiento para cultivar células, según la
presente invención, puede comprender de: (a) aplicar a un sustrato
no biológico una pluralidad de agentes de unión, donde cada uno de
la pluralidad de agentes de unión comprende de una primera parte de
unión que se une específicamente a un sustrato no biológico y de una
segunda parte de unión que se une específicamente a células,
macromoléculas o a una combinación de las mismas, donde la
aplicación está libre de acoplamiento; (b) poner en contacto el
sustrato no biológico, donde la pluralidad de agentes de unión
están unidos al sustrato no biológico, con células; (c) dejar pasar
un tiempo suficiente para que las células se unan a la pluralidad
de agentes de unión; y (d) cultivar las células.
La presente invención también proporciona
biomateriales interfaciales para su uso en procedimientos de
implantación de un dispositivo en un sujeto. Un procedimiento como
éste puede comprender de: (a) aplicar a un implante una pluralidad
de agentes de unión, donde cada uno de la pluralidad de agentes de
unión comprende de una primera parte de unión que se une
específicamente al implante y de una segunda parte de unión que se
une específicamente a las células en el sitio del implante, donde
la aplicación está libre de acoplamiento; y (b) colocar el implante
en un sujeto en el sitio del implante. Cuando ha sido implantado en
un sujeto, un dispositivo preparado de ésta manera puede estimular
la fijación celular al dispositivo.
También se describe en la presente memoria un
procedimiento para crear una interfaz lubricante que comprende de:
aplicar a un primer sustrato una pluralidad de agentes de unión,
donde la aplicación está libre de acoplamiento, y donde cada uno de
la pluralidad de agentes de unión comprende de: (a) una parte de
unión que se une específicamente al primer sustrato; y (b) un
dominio de no unión que básicamente no se une a un segundo sustrato.
El primer sustrato puede comprender de un sustrato no biológico o
en un sustrato biológico.
También se describe en la presente memoria un
procedimiento para implantar un dispositivo en un sujeto que puede
comprender de: (a) aplicar al implante una pluralidad de agentes de
unión, donde cada uno de la pluralidad de agentes de unión
comprende de una parte de unión que se une específicamente al
implante y de un dominio de no unión que básicamente no se une a
las células en el sitio del implante, donde la aplicación está libre
de acoplamiento; y (b) colocar el implante en un sujeto en el sitio
del implante. Cuando ha sido implantado en un sujeto, un
dispositivo preparado de ésta manera puede proporcionar una acción
lubricante en el sitio del implante.
También se describe en la presente memoria, un
procedimiento para preparar un biomaterial interfacial que
comprende de un lubricante de la demarcación puede también
comprender de:
- \quad
- (a) Administrar a un sujeto una pluralidad de agentes de unión, donde cada uno de la pluralidad de agentes de unión comprende de una parte de unión que se une específicamente a un primer sustrato biológico y de un dominio de no unión que básicamente no se une a un segundo sustrato biológico; y (b) dejar pasar un tiempo suficiente para que la pluralidad de agentes de unión se unan al primer sustrato biológico, con lo que se crea una interfaz lubricante.
La invención se refiere a un procedimiento para
modular una actividad de un sustrato biológico, procedimiento que
consiste en:
(a) recubrir un sustrato no biológico
biodegradable con una pluralidad de agentes de unión, donde cada uno
de la pluralidad de agentes de unión comprende de una primera parte
de unión que se une específicamente al sustrato no biológico
biodegradable y de una segunda parte de unión que se une
específicamente al sustrato biológico, donde el recubrimiento está
libre de acoplamiento; (b) colocar el sustrato no biológico
biodegradable recubierto en un sitio diana, donde el sustrato
biológico está presente en el sitio diana; y (c) dejar pasar un
tiempo suficiente para que el sustrato biológico se una en el sitio
diana a los agentes de unión, donde la unión modula la actividad
del sustrato biológico. En una forma de realización, un sustrato
biológico es una célula endotelial vascular. En otra forma de
realización, un sustrato biológico es una célula endotelial
vascular tumoral. En otra forma de realización más, un sustrato
biológico es un receptor Tie2. En una forma de realización, un
sitio diana es el sitio de una herida, y la modulación promueve la
cicatrización de la herida. En otra forma de realización, un sitio
diana es un sitio angiogénico y la modulación inhibe la
angiogénesis, incluyendo, pero sin limitarse a la
angiogénesis
tumoral.
tumoral.
También se describe en la presente memoria un
procedimiento para preparar un sustrato no biológico con un
recubrimiento no ensuciante. El recubrimiento comprende de una
pluralidad de agentes de unión, donde cada uno de la pluralidad de
agentes de unión comprende de: (a) una parte de unión que se un
específicamente al sustrato no biológico; y (b) un dominio de no
unión que básicamente no se une al agente ensuciante.
La presente invención también se refiere a un
procedimiento para la administración de fármacos que implica un
biomaterial interfacial. El procedimiento comprende de: (a) aplicar
a un fármaco no biológico, o a un portador no biológico del
fármaco, una pluralidad de agentes de unión, donde cada uno de la
pluralidad de agentes de unión comprende de una primera parte de
unión que se une específicamente al fármaco o al portador del
fármaco y de una segunda parte de unión que se une específicamente
a una célula diana; (b) administrar el fármaco a un sujeto; y (c)
dejar pasar un tiempo suficiente para que la pluralidad de agentes
de unión se unan a la célula diana.
También se describe en la presente memoria un
procedimiento para seleccionar una sustancia de ensayo para la
interacción con un sustrato biológico. En una forma de realización,
el procedimiento comprende de: (a) preparar una matriz biológica
que comprende de una pluralidad de sustratos biológicos, donde cada
uno de la pluralidad de sustratos biológicos está específicamente
unido a una de la pluralidad de posiciones en un sustrato no
biológico; (b) poner en contacto la matriz biológica con una
sustancia candidata; (c) dejar pasar un tiempo suficiente para que
la sustancia candidata se una a la matriz biológica; y (d) someter a
ensayo una interacción entre uno o más de los sustratos biológicos
y la sustancia candidata, con lo que se identifica una molécula
interactuante.
Por consiguiente, es un objeto de la presente
descripción proporcionar biomateriales interfaciales que puedan
actuar de mediadores en interacciones de unión directa y de no unión
entre sustratos. Este objetivo se alcanza por completo o en parte
mediante la presente descripción.
Un objeto de la invención que se ha indicado
anteriormente, otros objetivos y ventajas de la presente descripción
se pondrán de manifiesto a los expertos en la materia tras un
estudio de la siguiente descripción y Ejemplos no limitativos.
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Aunque se supone que los siguientes términos
serán bien comprendidos por la persona capacitada en la técnica, se
exponen las siguientes definiciones para facilitar la explicación de
la invención.
El término "parte de unión" tal como se
utiliza en la presente memoria se refiere a una molécula u otra
entidad química con la capacidad de unirse a un sustrato. Una parte
de unión puede comprender de un péptido, un oligómero, un ácido
nucleico (por ejemplo, un aptámero), una molécula pequeña (por
ejemplo, un compuesto químico), un anticuerpo o fragmento del
mismo, una fusión ácido nucleico-proteína, un
polímero, un polisacárido, y/o cualquier otro agente con
afinidad.
El término "dominio de no unión" tal como
se utiliza en la presente memoria se refiere a una molécula,
macromolécula, u otra entidad química que básicamente no se une a
un sustrato diana. Un dominio de no unión puede comprender de un
péptido, un oligómero, un ácido nucleico (por ejemplo, un aptámero),
una molécula pequeña (por ejemplo, un compuesto químico), un
anticuerpo o fragmento del mismo, una fusión ácido
nucleico-proteína, un polímero, un polisacárido,
y/o cualquier otro agente que básicamente no se una a un sustrato
diana.
El término "sustrato" tal como se utiliza
en la presente memoria se refiere a una composición biológica o no
biológica que se utiliza para preparar un biomaterial interfacial.
De esta manera, el término "sustrato" abarca composiciones con
una capacidad para unirse a una parte de unión de la invención.
También se describen composiciones que básicamente no se unen a un
dominio de no unión de la descripción.
El término "diana" se utiliza generalmente
para calificar una descripción de un sustrato como uno de los
múltiples sustratos con diferentes especificidades de unión. De
esta manera, el término "diana" se refiere en general a un
sustrato que está unido específicamente mediante una parte de unión
de la presente invención, o a un sustrato que básicamente no se une
a un dominio de no unión de la presente descripción.
El término "unión" se refiere a una
afinidad entre dos moléculas, por ejemplo, entre un péptido y un
sustrato. Tal como se utiliza en la presente memoria, "unión"
se refiere a una unión preferencial de un péptido a un sustrato en
una mezcla de moléculas. La unión de un péptido a un sustrato se
puede considerar específico si la afinidad de unión es desde
aproximadamente 1 x 10^{4} M^{-1} hasta aproximadamente 1 x
10^{6} M^{-1} ó mayor.
La frase "se une específicamente (o
selectivamente)", cuando se refiere a la capacidad de unión de
una parte de unión, se refiere a una reacción de unión que
determina la presencia del sustrato en una población heterogénea de
otros sustratos. La unión específica excluye la adsorción no
específica, unión covalente mediante una reacción química, un
acoplamiento mediante una fracción de fijación.
El término "tiempo suficiente para que se
unan" se refiere en general a una duración temporal suficiente
para la unión específica de una parte de unión y un sustrato.
Las frases "que básicamente carece de
unión" ó "básicamente no se une", tal como se utilizan en la
presente memoria para describir la unión de una parte de unión o
dominio de no unión a un sustrato, se refieren a un nivel de unión
que abarca la unión no específica o de fondo, pero que no incluye la
unión específica.
El término "sujeto" tal como se utiliza en
la presente memoria se refiere a cualquier especie de invertebrado
o vertebrado. Los procedimientos de la presente invención son
particularmente útiles en el tratamiento y diagnóstico de
vertebrados de sangre caliente. De esta manera, la invención tiene
que ver con mamíferos y aves. Más concretamente, se contempla el
tratamiento y/o diagnóstico de mamíferos tales como los seres
humanos, así como de aquellos mamíferos de importancia para el ser
humano debido a que se encuentran en peligro (como por ejemplo los
tigres siberianos), de importancia económica (animales criados en
granjas para el consumo humano) y/o de importancia social (animales
de compañía o en zoológicos), por ejemplo, otros carnívoros
diferentes del ser humano (como por ejemplo gatos y perros), ganado
porcino (cerdos, puercos, y jabalíes), rumiantes (como por ejemplo
reses, bueyes, ovejas, jirafas, ciervos, cabras, bisontes, y
camellos), y caballos. También se contempla el tratamiento de aves,
incluyendo el tratamiento de aquellos tipos de aves que están en
peligro, que viven en zoológicos, así como aves, y más
concretamente aves de corral domesticadas, por ejemplo aves de
corral, como por ejemplo pavos, gallinas, patos, gansos, gallinas
de Guinea, y similares, ya que también tienen importancia económica
para el ser humano. De esta manera, se contempla el tratamiento del
ganado, incluyendo, pero sin limitarse a, ganado porcino
domesticado (cerdos y puercos), rumiantes, caballos, aves de corral,
y similares.
El término "aproximadamente", tal como se
utiliza en la presente memoria cuando se refiere a un valor medible
como por ejemplo un número de aminoácidos, etc. abarca, en una forma
de realización, variaciones del \pm20% ó \pm10%, en otra forma
de realización del \pm5%, en otra forma de realización del
\pm1%, y en otra forma de realización más del \pm0,1% de la
cantidad especificada, ya que tales variaciones son apropiadas para
llevar a cabo los procedimiento descritos.
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La presente invención proporciona un biomaterial
interfacial que comprende de una pluralidad de agentes de unión,
tal como se definen en las reivindicaciones adjuntas. Cada agente de
unión se une específicamente a un sustrato no biológico y a un
sustrato biológico, para de esa manera crear una interfaz entre el
sustrato no biológico y el sustrato biológico. También se describen
agentes de unión y procedimientos para fabricarlos, según describe
adicionalmente a continuación en la presente memoria.
El término "biomaterial interfacial" se
utiliza en la presente memoria para referirse en líneas generales a
una composición que comprende de una pluralidad de agentes de unión,
donde la pluralidad de agentes de unión crea una interfaz funcional
entre dos o más sustratos. Cada uno de los agentes de unión
comprende de dos o más especificidades de unión deseadas, o de una
combinación deseada de especificidades de unión, que incluyen: (a)
la unión específica de por lo menos un sustrato no biológico; (b) y
la unión específica de por lo menos un sustrato diana
biológico.
biológico.
Varios estudios previos han descrito partea de
unión con dos o más especificidades de unión. Por ejemplo, la
Patente estadounidense nº 5.948.635 de Kay et al., describe
reactivos con afinidad totalmente sintéticos (TSARs) que comprenden
de péptidos de fusión bivalentes. Tal como se define en la presente
memoria, un péptido bivalente comprende de dos regiones
funcionales; un dominio de unión y un dominio efector útil para
potenciar la expresión y/o la detección del TSAR expresado. A
diferencia de los péptidos bivalentes descritos en la Patente
estadounidense nº 5.948.635 de Kay et al., un biomaterial
interfacial de la presente invención comprende de dos o más
dominios de unión y no requiere un elemento para potenciar la
expresión y/o la detección del biomaterial interfacial. Además, la
Patente estadounidense nº 5.948.635 de Kay et al. no describe
la creación de un biomaterial interfacial que comprende de una
pluralidad de agentes de unión, donde la pluralidad de agentes de
unión crea una interfaz funcional entre dos o más sustratos.
El término "interfaz funcional" se refiere
a una interfaz, donde la funcionalidad de la interfaz requiere una
pluralidad de agentes de unión. Más concretamente, una interfaz
funcional no se crea mediante una reacción de unión entre un único
agente de unión y un sustrato. Por ejemplo, una interacción de unión
entre un soporte sólido, como por ejemplo una columna de
purificación, y una molécula de interés no comprende de una interfaz
funcional en el sentido de que la funcionalidad de la interacción
(purificación) puede comprender de un único reactivo y de una única
molécula de interés.
Interfaces funcionales representativas incluyen
recubrimientos, donde la pluralidad de agentes de unión comprenden
de una interfaz de unión, una interfaz de no unión, o una
combinación de las mismas. El término "interfaz de unión" se
refiere a una interfaz creada utilizando agentes de unión que
comprenden de una primera parte de unión que se une específicamente
a un primer sustrato (por ejemplo, un sustrato no biológico) y de
una segunda parte de unión que se une específicamente a un segundo
sustrato (por ejemplo, un sustrato biológico). De esta manera, una
interfaz de unión actúa de mediador en la interacción entre dos o
más sustratos proporcionando una afinidad para cada uno de los dos
o más sustratos. En un caso, los dos o más sustratos son todos
iguales. En otro caso, los dos o más sustratos no son todos
iguales.
El término "interfaz de no unión" se
refiere a una interfaz creada utilizando agentes de unión que
comprenden de una primera parte de unión que se une específicamente
a un primer sustrato (por ejemplo, un sustrato no biológico) y de
una segunda parte de unión que básicamente no se une a un segundo
sustrato (por ejemplo, un sustrato diana biológico).
Adicionalmente, se puede crear una interfaz de no unión utilizando
agentes de unión que consten de una primera parte de unión que
básicamente no se una a un sustrato diana no biológico y de un
segundo agente de unión que se una específicamente a un sustrato
biológico. Una interfaz de no unión asegura así una falta de
interacción entre dos o más sustratos.
Una interfaz funcional puede también comprender
de una matriz biológica, donde cada uno de la pluralidad de agentes
de unión se adhiere a un sustrato en una posición prescrita, y la
suma de cada uno de la pluralidad de agentes de unión comprende de
un patrón. En una forma de realización de un biomaterial interfacial
estructurado según la presente invención, se aplican los agentes de
unión de la presente invención a una interfaz no biológica de una
manera restringida espacialmente, como se describe adicionalmente a
continuación en la presente memoria.
Un biomaterial interfacial de la presente
invención puede comprender de un biomaterial interfacial homogéneo,
donde cada uno de la pluralidad de agentes de unión es idéntico. De
manera alternativa, un biomaterial interfacial puede ser
heterogéneo construyendo el biomaterial interfacial utilizando una
pluralidad de agentes de unión no idénticos. En un forma de
realización, cada uno de la pluralidad de agentes de unión no
idénticos comprenden de: (a) una parte de unión idéntico que se une
específicamente a un primer sustrato (preferentemente un sustrato
no biológico), y (b) un dominio variable. Se puede seleccionar el
dominio variable de entre cualquiera de una variedad de partes de
unión para sustratos (en una forma de realización, un sustrato
biológico), de manera que una pluralidad de sustratos (en una forma
de realización, un sustrato biológico) puedan estar unidos o no
unidos.
Por ejemplo, un biomaterial interfacial
heterogéneo puede comprende de una pluralidad de agentes de unión
no idénticos, donde cada uno de la pluralidad de agentes que no unen
comprenden de: (a) una primera parte de unión que se une
específicamente al poliestireno; y (b) una segunda parte de unión
que se une específicamente a una de una variedad de tipos de
células. La pluralidad de agentes de unión se pueden adherir a un
sustrato de poliestireno. Se puede proporcionar al sustrato de
poliestireno una muestra que comprende de una población de células
mezcladas, donde cada uno de los diferentes tipos de células de la
población de células mezcladas se une específicamente a uno de la
pluralidad de partes de unión secundarias. Tras dejar pasar un
tiempo suficiente para que la población de células mezcladas se una
a la pluralidad de agentes de unión, se forma un biomaterial
interfacial entre el sustrato de poliestireno y las poblaciones de
células mixtas.
En una forma de realización de la invención, la
preparación de un biomaterial interfacial heterogéneo puede
comprender de: (a) adherir en posiciones al azar en un sustrato no
biológico cada uno de la pluralidad de agentes de unión no
biológicos; ó (b) adherir en posiciones conocidas en un sustrato no
biológico cada uno de una pluralidad de agentes de unión no
idénticos. De esta manera, un biomaterial interfacial heterogéneo
puede comprender de un biomaterial interfacial heterogéneo al azar o
heterogéneo estructurado.
Se puede preparar un biomaterial interfacial
estructurado en una forma de realización enviando cada uno de una
pluralidad de agentes de unión a una posición discreta en un
sustrato no biológico utilizando cualquier técnica adecuada para
dispensar un agente de unión, que incluye pero no se limita al
rociado, pintado, inyección de tinta, escritura por
"dip-pen" (Ejemplo 15), impresión de
microcontacto (Patentes estadounidenses nº. 6.180.239 y nº.
6.048.623), estampación (Patentes estadounidenses nº. 5.512.131 y
nº. 5.776.748), o litografía (Bhatia et al., 1993,
Publicación Internacional PCT nº WO 00/56375).
La presente invención proporciona adicionalmente
procedimientos para preparar un biomaterial interfacial según se
define en las reivindicaciones adjuntas. En una forma de realización
de la invención, un procedimiento para preparar un biomaterial
interfacial de unión comprende de:
- \quad
- (a) aplicar a un sustrato no biológico una pluralidad de agentes de unión, donde cada uno de la pluralidad de agentes de unión comprende de una primera segundos que se une específicamente al sustrato no biológico y de una segunda parte de unión que se une específicamente a un sustrato diana biológico, y donde la aplicación está libre de acoplamiento; (b) poner en contacto el sustrato no biológico, donde la pluralidad de agentes de unión están unidos al sustrato no biológico, con una muestra que comprende de el sustrato diana biológico; y (c) dejar pasar un tiempo suficiente para que el sustrato diana biológico se una a la pluralidad de agentes de unión, con lo que se prepara un biomaterial interfacial.
De manera alternativa, la unión de la pluralidad
de agentes de unión a un sustrato no biológico y a un sustrato
biológico se puede llevar a cabo simultáneamente o en el orden
inverso, dependiendo de la aplicación concreta. De esta manera, un
procedimiento para preparar un biomaterial interfacial de unión
puede también comprender de: (a) poner en contacto una pluralidad
de agentes de unión, donde cada uno de los agentes de unión
comprende de una primera parte de unión que se une específicamente
al sustrato no biológico y de una segunda parte de unión que se une
específicamente a un sustrato diana biológico, y donde la aplicación
está libre de acoplamiento; (b) aplicar a un sustrato no biológico
una pluralidad de agentes de unión; y (c) dejar pasar un tiempo
suficiente para que el sustrato no biológico se una a la pluralidad
de agentes de unión con lo que se prepara un biomaterial
interfacial.
interfacial.
También se describe en la presente memoria un
procedimiento para preparar un biomaterial interfacial de no unión
que comprende de: (a) aplicar a un sustrato no biológico una
pluralidad de agentes de unión, donde cada uno de la pluralidad de
agentes de unión comprende de una parte de unión que se une
específicamente al sustrato no biológico y de un dominio de no
unión básicamente no se une a un sustrato diana biológico, y donde
la aplicación está libre de acoplamiento y libre de unión
covalente; y (b) poner en contacto el sustrato no biológico, donde
la pluralidad de agentes de unión están unidos al sustrato no
biológico, con una muestra que comprende de el sustrato diana
biológico, con lo que se prepara un biomaterial interfacial.
\vskip1.000000\baselineskip
El término "sustrato no biológico" se
utiliza en la presente memoria para describir un sustrato que no es
una cualidad o un componente de un sistema vivo. Sustratos no
biológicos representativos incluyen pero no se limitan a plásticos
comunes (por ejemplo, poliestireno, poliuretano, policarbonato),
silicona, polímeros sintéticos, metales (que incluyen aleaciones
metálicas mezcladas), óxidos metálicos (por ejemplo, vidrio),
óxidos no metálicos, cerámica, fármacos, portadores de fármacos, y
combinaciones de los mismos.
Un sustrato no biológico puede comprender de
cualquier forma adecuada para el uso que se pretende incluyendo
pero sin limitarse a una superficie plana (por ejemplo, una placa de
cultivo), una superficie no plana (por ejemplo, un pocillo, un
implante, o un tubo), o un sustrato en solución. En una forma de
realización, un sustrato no biológico tiene una dimensión mínima de
por lo menos aproximadamente 20 nm. Por ejemplo, un sustrato no
biológico puede tener una dimensión mínima de aproximadamente 50 nm,
aproximadamente 100 nm, aproximadamente 200 nm, aproximadamente 500
nm, aproximadamente 1 \mum, aproximadamente 50 \mum,
aproximadamente 100 \mum, aproximadamente 200 \mum,
aproximadamente 500 \mum o aproximadamente 1 mm.
Polímeros sintéticos representativos incluyen
pero no se limitan a politetrafluoroetileno, politetrafluoroetileno
expandido, GORE-TEX® (Gore & Associates, Inc. de
Newark, Delaware), propileno etileno fluorinado,
hexafluoropropileno, polimetilmetacrilato (PMMA), pelletano (un
poliuretano comercial, PELL), metacrilato de
2-hidroxietilo (PHEMA), tereftalato de polietileno
(PEPT), polietileno, polipropileno, nailon, poliuretano, goma de
silicona, poliestireno, polisulfona, poliéster, polihidroxiácidos,
policarbonato, polimida, poliamida, ácidos de poliamino, y
combinaciones de los mismos. En una forma de realización, un
polímero sintético comprende de un polímero expandido o poroso. En
otra forma de realización, un polímero sintético comprende de una
sutura de nailon.
Metales representativos que se pueden utilizar
según los procedimientos de la presente invención incluyen pero no
se limitan a titanio, acero inoxidable, oro, plata, rodio, zinc,
platino, rubidio, y cobre. Materiales cerámicos adecuados incluyen
pero no se limitan a óxidos de silicona, óxidos de aluminio,
alúmina, sílice, hidroxiapapititas, vidrios, cuarzo, óxidos de
calcio, fosfatos de calcio, óxido de indio-estaño
(ITO), polisilanoles, óxido de fósforo, y combinaciones de los
mismos.
Otros sustratos no biológicos incluyen
materiales basados en el carbono como el grafito, nanotubos de
carbono, "buckyballs" de carbono, y composites
carbono-metálicos.
La preparación de un biomaterial interfacial
para la administración de fármacos puede utilizar un sustrato no
biológico que comprende de un fármaco o un portador de fármaco. El
término "fármaco" tal como se utiliza en la presente memoria
se refiere a cualquier sustancia con actividad biológica o
detectable. De esta manera, el término "fármaco" incluye un
agente farmacéutico, un marcador detectable, o una combinación de
los mismos. El término "fármaco" también incluye cualquier
sustancia que se desea enviar a una célula diana.
El término "portador de fármaco", tal como
se utiliza en la presente memoria para describir un sustrato no
biológico, se refiere a una composición que facilita la preparación
y/o administración del fármaco. Se puede utilizar cualquier
vehículo o portador adecuado para administrar el fármaco, incluyendo
pero sin limitarse a un vector de terapia génica (por ejemplo, un
vector viral o un plásmido), una microcápsula (por ejemplo, una
microesfera o una nanoesfera, Manome et al., 1994; Saltzman
& Fung, 1997), una emulsión grasa (Patente estadounidense nº
5.651.991), una nanosuspensión (Patente estadounidense nº
5.858.410), una micela polimérica o conjugado polimérico (Goldman
et al.,1997; Patentes estadounidenses nº 4.551.482, nº
5.714.166, nº 5.510.103, nº 5.490.840, y nº 5.855.900), un liposoma
(Patente estadounidense nº 6.214.375; nº 6.200.598; nº 6.197.333);
y un polisoma (Patente estadounidense nº 5.922.545).
El término "marcador detectable" se refiere
a cualquier sustrato que se puede detectar, incluyendo, pero sin
limitarse a un agente que pude ser detectado utilizando
procedimientos no invasivos como por ejemplo procedimientos de
escintigrafía, resonancia magnética, ultrasonido, espectroscopia,
enzimáticos, electroquímicos, y/o de fluorescencia. A continuación
se describen en la presente memoria sustratos representativos útiles
para la toma de imágenes no invasiva.
Se selecciona un sustrato no biológico para una
aplicación deseada en base a un número de factores que incluyen
pero no se limitan a la biocompatibilidad, degradabilidad, relación
entre superficie y volumen, e integridad mecánica. Para
aplicaciones clínicas, un sustrato no biológico puede comprender de
un sustrato no biológico biocompatible como por ejemplo titanio,
polímeros sintéticos (por ejemplo, silicona), y cualquier otro
sustrato no biológico biocompatible. Un sustrato no biológico
también se puede hacer biocompatible aplicando una pluralidad de
agentes de unión como los descritos en la presente memoria. La
selección de un sustrato no biológico adecuado está dentro del
dominio del experto en la materia.
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El término "sustrato biológico" tal como se
utiliza en la presente memoria se refiere a una cualidad o
componente que pertenece a los sistemas vivos. Como tal, un
"sustrato biológico" puede comprender de un órgano, un tejido,
una célula, o componentes de los mismos. Por lo tanto, un sustrato
biológico puede comprender de una macromolécula incluyendo, pero
sin limitarse a una proteína (por ejemplo, un anticuerpo, colágeno,
un receptor), un péptido, un ácido nucleico (por ejemplo, un
aptámero), un oligómero, una molécula pequeña (por ejemplo, un
compuesto químico), una fusión ácido
nucleico-proteína, y/o cualquier otro agente con
afinidad biológica. El término "sustrato biológico" también
abarca sustratos aislados a partir de un sistema vivo y sustratos
producidos sintéticamente o por
recombinación.
recombinación.
\vskip1.000000\baselineskip
El término "agente de unión" se refiere a
una composición que actúa de mediador en una interacción de unión o
de no unión entre dos sustratos. En la invención un agente de unión
actúa de mediador en una interacción entre un sustrato no biológico
y un sustrato biológico. De esta manera, en la presente invención,
un agente ligante comprende de: (a) una parte de unión que se une
específicamente a un sustrato no biológico; y (b) una parte de
unión que se une específicamente a un sustrato biológico. También se
describe en la presente memoria, un agente de unión que comprende
de:
- \quad
- (a) Una parte de unión que se une específicamente a un sustrato no biológico; y (b) un dominio de no unión que básicamente no se une a un sustrato diana biológico.
Una parte de unión que se une específicamente a
un sustrato no biológico muestra unión específica sin unión
covalente o acoplamiento, mediante una fracción de fijación. Por
ejemplo, la unión entre la parte de unión y el sustrato no
biológico está libre de cualquier forma de unión descrita a
continuación en la presente memoria ya que se refiere a, por
ejemplo, unir un primer y una segunda parte de unión de un agente de
unión.
Una parte de unión que se une específicamente a
un sustrato biológico puede tener bioactividad adicional como
resultado de la unión específica. Por ejemplo, una parte de unión
puede mostrar adicionalmente actividad kinasa, actividad fosfatasa,
actividad de reparación del ADN, actividad oncogénica, actividad
supresora de tumores, actividad de estimulación de la angiogénesis,
actividad inhibidora de la angiogénesis, actividad mitogénica,
actividad de señalización, actividad transportadora, actividad
enzimática, actividad anti-ensuciamiento, actividad
antibacteriana, actividad antiviral, actividad antigénica, actividad
inmunogénica, actividad inductora de apoptosis, actividad inductora
anti-aptótica, actividad citotóxica, actividad
lubricante, y combinaciones de las mismas.
Se puede construir un agente de unión uniendo un
primer y una segunda parte de unión, o una parte de unión y un
dominio de no unión, para formar una única molécula o complejo. La
unión puede comprender de fusionar dos o más partea de unión
péptidos durante la síntesis, como se describe en los Ejemplos 12 y
13. Opcionalmente, también se puede incorporar una región conectora
del péptido entre los dos dominios durante la síntesis. De manera
alternativa, se pueden combinar un primer y una segunda parte de
unión mediante un conector mediante unión covalente o acoplamiento
químico, como se describe adicionalmente a continuación en la
presente memoria.
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En la invención, una parte de unión comprende de
un péptido de unión que se une específicamente a un sustrato no
biológico y/o a un sustrato biológico. También se describe en la
presente memoria un dominio de no unión que comprende de un péptido
que básicamente no se une a un sustrato diana biológico.
El término "péptido" se refiere en líneas
generales a una cadena de aminoácidos que incluye aminoácidos
naturales, aminoácidos sintéticos, aminoácidos codificados
genéticamente, aminoácidos codificados no genéticamente, y
combinaciones de los mismos. Los péptidos pueden incluir tanto
L-aminoácidos como D-aminoácidos. Un
péptido de la presente invención puede ser sometido a diversos
cambios, sustituciones, inserciones, y deleciones donde tales
cambios proporcionan ciertas ventajas en su uso. De esta manera, el
término "péptido" abarca cualquiera de una variedad de formas
de derivados de péptidos que incluyen las amidas, conjugados con
proteínas, péptidos ciclados, péptidos polimerizados, variantes
sustituidas conservativamente, análogos, fragmentos, péptidos
modificados químicamente, y miméticos de péptidos.
En una forma de realización de la invención, el
péptido comprende de una secuencia de aminoácidos que comprende de
por lo menos aproximadamente 3 residuos, en otra forma de
realización desde aproximadamente de 3 hasta aproximadamente 50
residuos, y en otra forma de realización más desde aproximadamente 3
hasta aproximadamente 25 residuos. Se puede utilizar cualquier
péptido de unión que muestre características de unión específica en
la práctica de la presente invención. En una forma de realización,
se utilizan fragmentos de péptidos que contienen menos de
aproximadamente 25 residuos de aminoácidos. En otra forma de
realización, se utilizan fragmentos de péptidos de menos de
aproximadamente 20 aminoácidos.
Aminoácidos representativos codificados no
genéticamente incluyen pero no se limitan al ácido 2 aminoadíptico;
ácido 3 aminoadíptico; ácido \beta aminopropiónico; ácido 2
aminobutírico; ácido 4 aminobutírico (ácido piperidínico); ácido 6
aminocaproico; ácido 2 aminoheptanoico; ácido 2 aminoisobutírico;
ácido 3 aminoisobutírico; ácido 2 aminopimélico; ácido 2,4
diaminobutírico; desmosina; ácido 2,2' diaminopimélico; ácido 2,3
diaminopropiónico; N etilglicina; N etilasparagina; hidroxilisina;
alo hidroxilisina; 3 hidroxiprolina; 4 hidroxiprolina; isodesmosina;
alo isoleucina; N metilglicina (sacarosina); N metilisoleucina; N
melilvalina; norvalina; norleucina; y ornitina.
Aminoácidos derivatizados representativos
incluyen por ejemplo, aquellas moléculas en las que los grupos amino
libres han sido derivatizados para formar hidrocloridos amino,
grupos p tolueno sulfonil, grupos carbobenzoxi, grupos t
butiloxicarbonil, grupos cloro acetil o grupos formil. Se pueden
derivatizar los grupos carboxilo libres para formar sales, ésteres
metil y etil u otros tipos de ésteres o hidrácidos. Se pueden
derivatizar los grupos hidroxilo libres para formar derivados O
acil u O alkil. Se puede derivatizar el nitrógeno imidazol de la
histidina para formar N im benzilhistidina.
El término "variante sustituida
consevativamente" se refiere a un péptido con una secuencia de
residuos de aminoácidos básicamente idéntica a una secuencia de un
péptido de referencia en el que uno o más residuos han sido
sustituidos conservativamente con un residuo funcionalmente similar.
En una forma de realización, una variante sustituida
conservativamente presenta una especificidad de unión específica
similar cuando se compara con el péptido de referencia. La frase
"variante sustituida conservativamente" también incluye
péptidos en los que se sustituye un residuo por un residuo
derivatizado químicamente, siempre que el péptido resultante tenga
una especificidad de unión tal como se describe en la presente
memoria.
Ejemplos de sustituciones conservativas incluyen
la sustitución de un residuo no polar (hidrofóbico) como por
ejemplo la isoleucina, valina, leucina o metionina por otro; la
sustitución de un residuo polar (hidrofílico) por otro tal como por
ejemplo entre la arginina y la lisina, entre la glutamina y la
asparagina, entre la glicina y la serina; la sustitución de un
residuo básico como por ejemplo la lisina, arginina o histidina por
otro; o la sustitución de un residuo acídico, como por ejemplo el
ácido aspártico o el ácido glutámico por otro.
Los péptidos de la presente invención también
incluyen péptidos con una o más adiciones y/o deleciones o residuos
correspondientes a la secuencia de un péptido cuya secuencia se
describe en la presente memoria, mientras se mantenga el requisito
de especificidad de unión del péptido. El término "fragmento"
se refiere a un péptido con una secuencia de residuos de
aminoácidos más corta que la de un péptido descrito en la presente
memoria.
Se puede modificar un péptido mediante acilación
del extremo NH_{2} terminal (por ejemplo, acetilación, o
amidación del ácido tioglicólico) o mediante amidación del extremo
carboxilo (por ejemplo con amoniaco o metilamina). Las
modificaciones de los extremos terminales son útiles para reducir la
susceptibilidad por digestión de proteinasa, y para por
consiguiente alargar la vida media de los péptidos en soluciones,
concretamente en los fluidos biológicos donde pueden estar
presentes las proteasas.
La ciclación de péptidos es también una
modificación útil debido a las estructuras estables que se forman
por ciclación y en vista de las actividades biológicas observadas
para dichos péptidos cíclicos. Procedimientos representativos para
la ciclación de péptidos son descritos por Schnider & Eberle
(1993) Peptides, 1992: Proceedings of the
Twenty-Second European Peptide Symposium,
13-19 de Septiembre, 1992. Interlaken, Suiza,
Escom., Leiden, Países Bajos. Por lo general, el metil ester del
péptido protegido con tertbutoxicarbonil se disuelve en metanol, se
añade solución de hidróxido de sodio, y se hace reaccionar la mezcla
a 20ºC para eliminar por hidrólisis el grupo metil ester protector.
Tras la evaporación del disolvente, se extrae el péptido protegido
con tertbutoxicarbonil con etil acetato del disolvente acuoso
acidificado. A continuación se retira el grupo tertbutoxicarbonil
protector en condiciones ligeramente ácidas en el co disolvente
dioxano. El péptido lineal desprotegido con los extremos terminales
amino y carboxilo libres obtenido de esta manera se convierte en su
péptido cíclico correspondiente haciendo reaccionar una solución
diluida del péptido lineal, en una mezcla de diclorometano y
dimetilformamida, con diciclohexilcarbodiimida en presencia de 1
hidroxibenzotriazol y N metilmorfolina. A continuación se purifica
el péptido cíclico resultante mediante
cromatografía.
cromatografía.
Opcionalmente, una parte de unión de la presente
invención puede comprender de uno o más aminoácidos que han sido
modificados para contener uno o más halógenos, como por ejemplo
flúor, bromo, o yodo, para facilitar la unión a una molécula
conectora como se describe adicionalmente a continuación en la
presente memoria.
El término "peptoide" tal como se utiliza
en la presente memoria se refiere a un péptido en el que uno o más
de los enlaces peptídicos se sustituyen por enlaces pseudopeptídicos
que incluyen pero no se limitan a un enlace carba
(CH_{2}-CH_{2}), un enlace depsi
(CO-O), un enlace hidroxietileno
(CHOH-CH_{2}), un enlace quetometileno
(CO-CH_{2}), un enlace oxi metileno
(CH_{2}-O), un enlace reducido
(CH_{2}-NH), un enlace tiometileno
(CH_{2}-S), un enlace N modificado (-NRCO-), y un
enlace tiopéptido (CS-NH). Véase por ejemplo,
Barbay-Jaureguiberry et al., 1992; Tung et
al., 1992; Urge et al., 1992; Corringer et al.,
1993; Pavone et al., 1993.
Se presentan péptidos representativos que se
unen específicamente a un sustrato no biológico como los números de
identidades en la SEQ: 1 a 71. Véanse los Ejemplos 2 a 8.
Partes de unión péptidos que se unen
específicamente a un sustrato biológico incluyen péptidos con
especificidades de unión conocidas, que incluyen pero no se limitan
a: (a) péptidos que se unen a células listados en la Tabla 1
(números de identidad en la SEQ: 74 a 98); (b) otros péptidos que
como se sabe se unen específicamente a un sustrato diana; ó (c)
péptidos descubiertos mediante la tecnología de despliegue como se
describe a continuación en la presente memoria.
\vskip1.000000\baselineskip
Los péptidos de la presente invención,
incluyendo los peptoides, se pueden sintetizar mediante cualquiera
de las técnicas conocidas por los expertos en la materia de la
síntesis de péptidos. Las técnicas de química sintética, como por
ejemplo una síntesis tipo Merrifield en fase sólida, se emplean por
razones de pureza, especificidad antigénica, estar libres de
subproductos no deseados, facilidad de producción, y similares. Se
puede encontrar un resumen de las técnicas representativas en
Stewart & Young (1969) Solid Phase Peptide Synthesis, Freeman,
San Francisco, California, Estados Unidos de América; Merrifield
(1969) Adv Enzymol Relat Areas Mol Biol 32:221-296;
Fields & Noble (1990) Int J Pept Protein Res
35:161-241; y Bodanszky (1993) Principles of
Peptide synthesis, 2ª Rev. Ed. Springer-Verlag,
Berlin, Nueva York, entre otros lugares. Se pueden encontrar
técnicas representativas de síntesis en fase sólida en Andersson
et al., (2000) Biopolymers 55:227-250,
referencias citadas en la presente memoria, y en las Patentes
estadounidenses nº 6.015.561; nº 6.015.881; nº 6.031.071; y nº
4.244.946. La síntesis de péptidos en solución se describe en
Schröeder & Lübke (1965) The Peptides, Academic Press, Nueva
York, Nueva York, Estados Unidos de América. Se describen grupos
protectores apropiados útiles para la síntesis de péptidos en los
textos anteriores y en McOmie (1973) Protective Groups in Organic
Chemestry, Plenum Press, Londres, Nueva York. En una forma de
realización de la invención, se produce un péptido utilizando un
sintetizador de péptidos automatizado como se describe en los
Ejemplos 11 a 13.
También se pueden sintetizar péptidos mediante
ligación química nativa como se describe en la Patente
estadounidense nº 6.184.344. En resumen, el paso de ligación
utiliza una reacción quimioselectiva de dos segmentos peptídicos
desprotegidos para producir un intermediario unido al tioéster
transitorio. El intermediario se reorganiza espontáneamente para
generar el producto de ligadura de longitud completa.
Los péptidos, incluyendo los péptidos que
comprenden de aminoácidos codificados no genéticamente, también se
pueden producir en un sistema de traducción libre de células, como
por ejemplo el sistema descrito por Shimizu et al., (2001)
Nat Biotechnol 19:751-755. Además, los péptidos con
una secuencia de aminoácidos especificada se pueden adquirir a
partir de fuentes comerciales (por ejemplo, Biopeptide Co., LLC de
San Diego, California, Estados Unidos de América, y PeptidoGenics
de Livermore, California, Estados Unidos de América).
Los péptidos que tienen uno o más residuos de
tirosina en una posición interna o en el extremo carboxilo del
péptido se pueden marcar convenientemente, por ejemplo, mediante
yodinación o radio yodinación.
El término "mimético de péptido" tal como
se utiliza en la presente memoria se refiere a una parte de unión
que imita la actividad biológica de un péptido de referencia,
duplicando básicamente la antigenicidad del péptido de referencia,
pero no es un péptido o un peptoide. En una forma de realización, un
mimético de péptido tiene un peso molecular de menos de
aproximadamente 700 daltons. Se puede diseñar o seleccionar un
mimético de péptido utilizando procedimientos conocidos por el
experto en la materia. Véanse por ejemplo, las Patentes
estadounidenses nº 5.811.392; nº 5.811.512; nº 5.578.629; nº
5.817.879; nº 5.817.757; y nº 5.811.515.
Se puede utilizar cualquier péptido o mimético
de péptido de la presente invención en forma de una sal
farmacéuticamente aceptable. Ácidos adecuados que se pueden
utilizar con los péptidos de la presente invención incluyen, pero
no se limitan a ácidos inorgánicos como por ejemplo el ácido
trifluoroacético (TFA), ácido hidroclórico (HCI), ácido
hidrobrómico, ácido perclórico, ácido nítrico, ácido tiociánico,
ácido sulfúrico, ácido acético fosfórico, ácido propiónico, ácido
glicólico, ácido láctico, ácido pirúvico, ácido oxálico, ácido
malónico, ácido succínico, ácido maleico, ácido fumárico, ácido
antranílico, ácido cinámico, ácido sulfónico naftaleno, ácido
sulfanílico o similares. En una forma de realización, una sal
farmacéuticamente aceptable es el HCI. En otra forma de
realización, una sal farmacéuticamente aceptable es el TFA.
Bases adecuadas capaces de formar sales con los
péptidos de la presente invención incluyen, pero no se limitan a
bases inorgánicas como por ejemplo el hidróxido de sodio, hidróxido
de amonio, hidróxido de potasio y similares; y bases orgánicas como
por ejemplo mono, di y tri alquil y aril aminas (por ejemplo,
trietilamina, diisopropilamina, metilamina, dimetilamina y
similares), y opcionalmente etanolaminas sustituidas (por ejemplo,
etanolamina, dietanolamina y similares).
Un péptido de unión de la invención puede
adicionalmente comprender de una o más fracciones de reticulación,
como por ejemplo una fracción fotorreticulable, una fracción
reticulable iónicamente, o una fracción reticulable terminalmente.
Se pueden utilizar las fracciones de reticulación para crear un
biomaterial interfacial de dos dimensiones o de tres
dimensiones.
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En otro caso de la descripción, una parte de
unión o dominio de no unión, puede comprender de un anticuerpo
monocatenario. El término "anticuerpo monocatenario" se refiere
a un anticuerpo que comprende de una cadena variable pesada y de
una cadena variable ligera que están unidas, bien directamente o
mediante un péptido conector, para formar un polipéptido continuo.
De esta manera, el término "anticuerpo monocatenario" abarca
una proteína inmunoglobulina o una parte funcional de la misma,
incluyendo, pero sin limitarse a un anticuerpo monoclonal, un
anticuerpo quimérico, un anticuerpo híbrido, un anticuerpo
mutagenizado, un anticuerpo humanizado, y fragmentos de anticuerpos
que comprenden de un sitio de unión al antígeno (por ejemplo, los
fragmentos de anticuerpos Fab y Fv).
Se pueden identificar los anticuerpos de unión
mediante los procedimientos de "lavado en batea" descritos a
continuación de la presente memoria. De manera alternativa, se
pueden utilizar anticuerpos monocatenarios conocidos con una
especificidad de unión deseada o una cualidad de no unión deseada.
Por ejemplo en la Patente estadounidense nº 5.874.542 de Rockwell
et al., describe anticuerpos monocatenarios que se unen
específicamente al receptor del factor de crecimiento endotelial
vascular (VEGF). El VEGF se expresa en macrófagos y keratinocitos
epidérmicos en proliferación y por lo tanto se pueden utilizar para
estimular la cicatrización de heridas (Brown et al., 1992).
Se han identificado un número de anticuerpos monocatenarios que se
unen específicamente a las células cancerosas (por ejemplo, las
Patentes estadounidenses nº 5.977.322 y nº 5.837.243), al virus de
la inmunodeficiencia humana (Patente estadounidense nº 5.840.300), y
a moléculas de señalización secretadas (por ejemplo, el factor de
necrosis tumoral (TNF); Patente estadounidense nº 5.952.087). Estos
anticuerpos de unión pueden resultar útiles, por ejemplo en la
administración de fármacos y en los procedimientos de detección
descritos a continuación en la presente
memoria.
memoria.
\vskip1.000000\baselineskip
Un agente de unión de la presente descripción
puede también comprender de una parte de unión que muestra una
unión específica diferente de un péptido de unión o un anticuerpo de
unión. De manera similar, se puede utilizar para preparar un agente
de unión cualquier dominio de no unión adecuado que básicamente no
se una a un sustrato diana. De esta manera, una parte de unión o un
dominio de no unión de la descripción también puede comprender de
una proteína, un polímero sintético, un polímero natural, un
polisacárido, un ácido nucleico (por ejemplo, un aptámero), una
molécula pequeña (por ejemplo, un compuesto químico), una fusión
ácido nucleico-proteína, y/o cualquier otro agente
con afinidad o agente de no unión.
Como también se describe en la presente memoria
un dominio de no unión puede comprender de un polímero aniónico o
en un carbohidrato aniónico. Estas moléculas básicamente no se unen
a las células y de esta manera resultan útiles para inhibir la
fibrosis, la formación de escaras, y las adhesiones quirúrgicas.
Véase la Patente estadounidense nº 5.705.177. Polímeros aniónicos
representativos incluyen pero no se limitan a proteoglicanos
naturales, fracciones glicosaminoglicano de proteoglicanos, sulfato
de dextrano, pentosán polisulfato, sulfato de dextrano, ó derivados
de celulosa. Los polímeros aniónicos pueden obtenerse a partir de
fuentes comerciales (por ejemplo, Sigma Chemical Company de St.
Louis, Missouri, Estados Unidos de América), purificarse a partir de
una fuente natural, o prepararse sintéticamente. Se pueden
encontrar procedimientos para la purificación y la síntesis de
polímeros en Budavari (1996) The Merck Index: An Encyclopedia of
Chemicals, Drugs and Biologicals, 12ª ed. Merck, Whitehouse
Station, Nueva Jersey, Estados Unidos de América, entre otros
lugares.
Un dominio de no unión descrito en la presente
memoria puede también consistir en un polisacárido que básicamente
no se una a las plaquetas, puede utilizarse como inhibidor de la
calcificación como se describe en la Patente estadounidense nº
4.378.224. Inhibidores de la calcificación adecuados incluyen
proteína-polisacáridos naturales (por ejemplo,
condroitín sulfatos y hialuronato), polisacáridos sulfatados,
bifosfonatos, fosfoproteínas, y otros
polianiones.
polianiones.
Una parte de unión o dominio de no unión como se
describe en la presente memoria también puede comprender de una
molécula pequeña. El término "molécula pequeña" tal como se
utiliza en la presente memoria se refiere a un compuesto, por
ejemplo un compuesto orgánico, con un peso molecular en una forma de
realización de menos de aproximadamente 1.000 daltons, en otra
forma de realización de menos de aproximadamente 750 daltons, en
otra forma de realización de menos de aproximadamente 600 daltons, y
en otra forma de realización más de menos de aproximadamente 500
daltons. En una forma de realización, una molécula pequeña tiene un
logaritmo del coeficiente de partición octanol-agua
calculado en el rango comprendido entre aproximadamente -4 y
aproximadamente +14, y en otra forma de realización, en el rango
comprendido entre aproximadamente -2 y aproximadamente
+7,5.
+7,5.
\vskip1.000000\baselineskip
Los agentes de unión útiles para la preparación
de un biomaterial interfacial comprenden adicionalmente de manera
opcional de un conector entre un primer y una segunda parte de
unión, o entre una parte de unión y una región de no unión. El
conector puede facilitar la combinación de dos o más partes de
unión. Además, el conector puede comprender de una función
espaciadora para minimizar el impedimento estérico potencial entre
los dos o más
dominios.
dominios.
En una forma de realización, el conector no
anula o altera la fuerza de unión de la parte de unión, la
especificidad de unión de la parte de unión. En una forma de
realización, el conector es básicamente biológicamente inerte
excepto por sus actividades espaciadora y/o de enlace.
Los conectores adecuados comprenden de una o más
cadena o cadenas ramificadas o lineales de 2 átomos de carbono
hasta aproximadamente 50 átomos de carbono, donde la cadena es
completamente saturada, completamente insaturada, o una combinación
de ambas. Por lo general, un conector comprende de entre 2 y
aproximadamente cien sitios para la unión de la parte de unión. Los
procedimientos utilizados para la unión variarán según la naturaleza
química de cada uno de una parte de unión, dominio de no unión, y
conector seleccionados.
Grupos reactivos adecuados de un conector
incluyen, pero no se limitan a aminas, ácidos carboxílicos,
alcoholes, aldehídos, y tioles. Un grupo amina en un conector puede
formar un enlace covalente con un grupo ácido carboxílico de una
parte de unión, como por ejemplo un extremo carboxilo terminal de un
péptido de unión. Un grupo ácido carboxílico o un aldehído en un
conector puede formar un enlace covalente con el extremo amino
terminal de un péptido de unión u otro grupo amina de unión. Un
grupo alcohol en un conector puede formar un enlace covalente con
el extremo carboxilo terminal de un péptido de unión u otro grupo
ácido carboxílico de unión. Un grupo tiol en un conector puede
formar un enlace bisulfuro con una cisteína en un péptido de unión o
un grupo tiol de unión.
Grupos reactivos adicionales que pueden
utilizarse para reacciones de unión incluyen, pero no se limitan a
un fosfato, un sulfato, un hidróxido, -SeH, un éster, un silano,
urea, uretano, un tiol uretano, un carbonato, un tioéter, un
tioéster, un sulfato, un éter, o una combinación de los mismos.
En una forma de realización de la invención, un
conector comprende de un péptido. En una forma de realización, un
péptido conector comprende de uno (1) hasta aproximadamente 40
aminoácidos. Los sitios para la unión de la parte de unión a un
péptido de unión incluyen grupos funcionales de las cadenas
laterales de los aminoácido y los grupos amino y carboxilo
terminales. Conectores péptidos representativos con sitios reactivos
múltiples incluyen polilisinas, poliornitinas, policisteínas, ácido
poliglutámico y ácido poliaspártico. De manera alternativa,
péptidos conectores básicamente inertes incluyen poliglicina,
poliserina, poliprolina, polialanina, y otros oligopéptidos que
incluyen residuos de aminoácidos alanil, serinil, prolinil ó
glicinil.
Los péptidos conectores pueden ser de insignia o
de cascada. El término "polipéptido de insignia" se refiere a
un péptido lineal. Al igual que con los polipéptidos que suelen
encontrarse en la naturaleza, los enlaces amida de un polipéptido
de insignia están formados entre el extremo amino terminal de un
residuo de aminoácido y el ácido carboxílico terminal del siguiente
residuo de aminoácido. El término "polipéptido de cascada" se
refiere a un polipéptido ramificado, donde por lo menos algunos de
los enlaces amida se forman entre el grupo funcional de la cadena
lateral de un residuo de aminoácido y el grupo amino terminal o el
grupo carboxilo terminal del siguiente residuo de
aminoácido.
aminoácido.
En otra forma de realización de la invención, un
conector puede comprender de un polímero, incluyendo un polímero
sintético o un polímero natural. Polímeros sintéticos
representativos incluyen, pero no se limitan a poliéteres (por
ejemplo, polietilenglicol; PEG), poliésteres (por ejemplo, ácido
poliláctico (PLA) y ácido poliglicólico (PGA)), poliamidas (por
ejemplo, nailon), poliaminas (por ejemplo, polimetilmetacrilato;
PMMA), ácidos poliacrílicos, poliuretanos, poliestirenos, y otros
polímeros sintéticos con un peso molecular de aproximadamente 200
daltons hasta aproximadamente 1.000 kilodaltons. Polímeros
naturales representativos incluyen, pero no se limitan al ácido
hialurónico, alginato, condroitín sulfato, fibrinógeno,
fibronectina, albúmina, colágeno, y otros polímeros naturales con
un peso molecular de aproximadamente 200 daltons hasta
aproximadamente 20.000 kilodaltons. Los conectores poliméricos
pueden comprender de un polímero dibloque, un copolímero
multibloque, un polímero en forma de peine, un polímero estrella,
un polímero dendrítico, un polímero híbrido
linear-dendrítico, o un copolímero
aleatorio.
aleatorio.
Un conector también puede comprender de un ácido
mercapto(amida)carboxílico, un ácido
acrilamidacarboxílico, un ácido acrilamido-amido
trietilenoglicol, y derivados de los mismos.
Los procedimientos para unir una molécula
conectora a una parte de unión o a un dominio de no unión variarán
según los grupos reactivos presentes en cada molécula. Los
protocolos para la unión utilizando las moléculas y grupos
reactivos mencionados anteriormente son conocidos para el experto en
la materia. Véanse Goldman et al., 1997; Cheng 1996; Neri
et al., 1997; Nabel 1997; Park et al., 1997;
Pasqualini et al., 1997; Bauminger & Wilchek 1980; las
Patentes estadounidenses nº 6.280.760 y nº 6.071.890; y las Patentes
europeas nº 0 439 095 y nº 0 712 621.
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La tecnología de despliegue es un método
efectivo para la identificación de partes de unión que se unen
específicamente a un sustrato, por ejemplo los procedimientos de
despliegue en fagos. Según este método, se presenta una biblioteca
de diversas partes de unión a un sustrato diana, y se seleccionan
las partes de unión que se unen específicamente al sustrato. A la
inversa, también se pueden recuperar las partes de unión que
básicamente no se unen a un sustrato diana. Se pueden seleccionar
las partes de unión y dominios de no unión tras rondas seriadas
múltiples de selección que se denomina "lavado en batea".
Se pueden utilizar cualquiera de una variedad de
bibliotecas y procedimientos de "lavado en batea" para
identificar un péptido que resulte útil en los procedimientos de la
invención, como se describe adicionalmente a continuación en la
presente memoria.
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Tal como se utiliza en la presente memoria, el
término "biblioteca" significa una colección de moléculas. Una
biblioteca puede contener unas pocas o un gran número de moléculas
diferentes, que varían desde aproximadamente diez moléculas hasta
varios billones de moléculas o más. Una molécula puede comprender de
una molécula natural, o en una molécula sintética, que no se
encuentra en la naturaleza. De manera opcional, se pueden utilizar
simultáneamente una pluralidad de bibliotecas diferentes para un
"lavado en batea" in vivo.
Bibliotecas representativas incluyen pero no se
limitan a una biblioteca de péptidos (Ejemplo 1 y Patentes
estadounidenses nº 6.156.511, nº 6.107.059, nº 5.922.545, y nº
5.223.409), una biblioteca de oligómeros (Patentes estadounidenses
nº 5.650.489 y nº 5.858.670), y una biblioteca de aptámeros
(Patentes estadounidenses nº 6.180.348 y nº 5.756.291), una
biblioteca de moléculas pequeñas (Patentes estadounidenses nº
6.168.912 y nº 5.738.996), una biblioteca de anticuerpos o de
fragmentos de anticuerpos (Patentes estadounidenses nº 6.174.708, nº
6.057.098, nº 5.922.254, nº 5.840.479, nº 5.780.225, nº 5.702.892,
y nº 5.667.988), una biblioteca de fusiones ácido
nucléico-proteína (Patente estadounidense nº
6.214.553), y una biblioteca de cualquier otro agente con afinidad
que pueda potencialmente unirse a un sustrato diana (por ejemplo,
las Patentes estadounidenses nº 5.948.635, nº 5.747.334, y
nº 5.498.538).
nº 5.498.538).
Las moléculas de una biblioteca se pueden
producir in vitro, o se pueden sintetizar in vivo, por
ejemplo mediante la expresión de una molécula in vivo.
También, las moléculas de una biblioteca se pueden desplegar en
cualquier soporte pertinente, por ejemplo, en los pili bacterianos
(Lu et al., 1995) o en un fago (Smith, 1985).
Una biblioteca puede comprender de una colección
aleatoria de moléculas. De manera alternativa, una biblioteca puede
comprender de una colección de moléculas con una tendencia a una
secuencia, estructura o conformación concretas. Véanse por ejemplo,
las Patentes estadounidenses nº 5.264.563 y nº 5.824.483. Son
conocidos en la técnica procedimientos para preparar bibliotecas
que contengan poblaciones variadas de diversos tipos de moléculas,
como se describen por ejemplo en las Patentes estadounidenses
citadas anteriormente en la presente memoria. También hay numerosas
bibliotecas comercialmente disponibles.
Una biblioteca para utilizar en los
procedimientos de "lavado en batea" descritos puede tener una
complejidad de por lo menos aproximadamente 1 x 10^{8} hasta
aproximadamente 1 x 10^{9} moléculas diferentes por biblioteca.
Por lo tanto, un experimento de "lavado en batea" típico con
una entrada de 1 x 10^{11} fagos muestrea de media de 100 a 1.000
copias de cada molécula de la biblioteca.
El procedimiento de "lavado en batea" puede
llevarse a cabo utilizando una biblioteca de fagos. Los fagos de
utilizan como estructura de soporte para desplegar bibliotecas
recombinantes y también para proporcionar la recuperación y la
amplificación de las partes de unión con una especificidad de unión
deseada.
El fago T7 tiene una cápside icosaédrica hecha
de 415 proteínas codificadas por el gen 10 durante su fase lítica.
El sistema de despliegue del fago T7 tiene la capacidad de desplegar
péptidos de hasta 15 aminoácidos de tamaño a un alto número de
copias (415 por fago). A diferencia de los sistemas de despliege en
fagos filamentosos, los péptidos desplegados en la superficie del
fago T7 no son capaces de secretar péptidos. Los fagos T7 también
se replican más rápidamente y son extremadamente robustos en
comparación con los demás fagos.
Una biblioteca de fagos para ser utilizada con
procedimientos de "lavado en batea" también se puede construir
en un fago filamentoso, por ejemplo el fago M13 o fagos derivados
del M13. Las partes de unión se pueden desplegar en la superficie
exterior del fago, por ejemplo mediante la fusión a la proteína
vital 8 del M13. Se pueden encontrar procedimientos para preparar
bibliotecas M13 en Sambrook & Russell (2001) Molecular Cloning:
A Laboratory Manual, 3ª ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press,
Cold Spring Harbor, Nueva York, Estados Unidos de América, entre
otros lugares. En el Ejemplo 1 se describen bibliotecas de péptidos
representativas preparadas en el fago M13 y que son útiles con
relación a la presente invención.
Otros fagos vectores adecuados incluyen los
vectores mAEK y mACK, que son derivados de un esqueleto
M13mp18. Estos vectores versátiles son compatibles con una amplia variedad de formatos de selección, que incluyen los "lavado en batea" basados en células, en fase de solución, y en fase sólida. El vector mAEK proporciona un péptido epítopo independiente que resulta útil en la cuantificación del péptido para la unión y los ensayos funcionales además del "lavado en batea". El vector mAEK también incluye un sitio de clivaje de la trombina para una elución altamente selectiva y eficiente del fago unido específicamente. El clivaje de la trombina también permite los ensayos "fuera del fago", en los que el módulo del péptido se corta del fago antes de llevar a cabo el ensayo. Este procedimiento de "lavado en batea" se puede utilizar para experimentos que producen una unión de fondo inaceptablemente alta cuando está presente la partícula completa del fago.
M13mp18. Estos vectores versátiles son compatibles con una amplia variedad de formatos de selección, que incluyen los "lavado en batea" basados en células, en fase de solución, y en fase sólida. El vector mAEK proporciona un péptido epítopo independiente que resulta útil en la cuantificación del péptido para la unión y los ensayos funcionales además del "lavado en batea". El vector mAEK también incluye un sitio de clivaje de la trombina para una elución altamente selectiva y eficiente del fago unido específicamente. El clivaje de la trombina también permite los ensayos "fuera del fago", en los que el módulo del péptido se corta del fago antes de llevar a cabo el ensayo. Este procedimiento de "lavado en batea" se puede utilizar para experimentos que producen una unión de fondo inaceptablemente alta cuando está presente la partícula completa del fago.
Los fagos vectores incluyen por lo general un
único alelo del gen pIII del recubrimiento del fago, y por
consiguiente se producen de tres a cinco copias de proteínas de
fusión la parte de unión-PIII idénticas en la
superficie de cada fago recombinante. Esta valencia múltiple resulta
en un aumento de la avidez de las partes de unión seleccionados por
los sustratos diana. De esta manera, los fagos vectores se pueden
utilizar para selecciones primarios donde el objetivo es por lo
general identificar uno o varios motivos de unión específicos de
diana para una caracterización posterior y donde las partes de unión
de alta afinidad no son esenciales.
Una biblioteca utilizada para el "lavado en
batea" puede comprender de un vector fagémido. Un fagémido es un
plásmido que incluye un origen de replicación del fago f1, que
también actúa como una señal de empaquetamiento, y una única copia
del gen que codifica la PIII que contiene los casetes de expresión
descritos anteriormente. Los vectores fagémidos útiles incluyen los
plásmidos pAEK y pACK, que se derivan del vector
pGEM-3z-f(+)(Promega Corporation,
Madison, Wisconsin, Estados Unidos de América).
Las bibliotecas de fagémidos se mantienen como
plásmidos, y se rescatan mediante superinfección con un fago helper
deficiente para el empaquetamiento. Los virus progenie empaquetan
preferentemente el ADN del fagémido, que no tiene más genes fágicos
que el gen de fusión pIII. El virus helper proporciona copias
de pIII tipo salvaje, mientras que el fagémido expresa una
menor cantidad de proteína de fusión de la parte de unión -PIII
recombinante. De esta manera, la mayoría de los virus recombinantes
que expresan las proteínas de fusión de la parte de unión -PIII
sólo expresan una única copia. Estas bibliotecas monovalentes
tienden a resultar en partes de unión de mayor afinidad porque la
unión de baja afinidad no pude ser compensada por un aumento de la
avidez. De esta manera, los vectores fagémidos se pueden utilizar
para selecciones secundarias para optimizar los motivos de unión y
para producir partes de unión de alta afinidad.
Los sistemas de expresión de plásmidos se pueden
utilizar para generar cantidades suficientes de partes de unión y
de dominios de no unión para su posterior caracterización en ensayos
de unión estándares. De manera alternativa, las parte de unión y
dominios de no unión seleccionados mediante "lavado en batea"
se pueden sintetizar en cantidades apropiadas.
Como precursor de la síntesis química, suele ser
útil determinar las actividades de las parte de unión péptidos
expresados como proteínas de fusión en casetes de expresión
estándares como por ejemplo la glutatión S Transferasa (GST), la
proteína verde fluorescente (GFP), y la fosfatasa alcalina
bacteriana (BAP) (Yamabhai & Kay, 2001). Estos módulos de
expresión facilitan la expresión, estabilización y purificación de
las parte de unión péptidos y también pueden servir como
indicadores de la unión del péptido.
Bibliotecas de péptidos. Se puede
utilizar una biblioteca de péptidos para llevar a cabo los
procedimientos de "lavado en batea" descritos. Una biblioteca
de péptidos comprende de un caso en péptidos que comprenden de tres
o más aminoácidos. En otro caso de por lo menos cinco, seis, siete u
ocho aminoácidos. En otro caso de hasta 50 aminoácidos, en otro
caso de hasta 100 aminoácidos, en otro caso de hasta 200 aminoácidos
y en otro caso más de hasta aproximadamente 300 aminoácidos. En un
caso una biblioteca de péptidos comprende de péptidos con un peso
molecular de aproximadamente 500 daltons hasta aproximadamente 3.500
daltons.
Los péptidos pueden ser lineales, ramificados, o
cíclicos, y pueden incluir fracciones no peptídicas. Los péptidos
pueden comprender de aminoácidos naturales, aminoácidos sintéticos,
aminoácidos codificados genéticamente, aminoácidos codificados no
genéticamente, y combinaciones de los mismos.
También se puede utilizar una biblioteca de
péptidos sesgada, una biblioteca sesgada que comprende de péptidos
donde uno o más residuos (pero no todos) de los péptidos son
constantes. Por ejemplo, un residuo interno puede ser constante, de
manera que la secuencia del péptido se representa como:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
donde Xaa_{1} y
Xaa_{2} son cualquier aminoácido, o cualquier aminoácido
excepto cisteína, donde Xaa_{1} y Xaa_{2} son el
mismo o diferentes aminoácidos, m y n indican un
número de residuos Xaa, donde en un caso m y n
se eligen de manera independiente del intervalo comprendido entre
los 2 residuos y los 20 residuos (por ejemplo, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8,
9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 y/o 20 residuos), en otro
caso m y n se eligen del intervalo comprendido entre
los 4 residuos y los 9 residuos (por ejemplo, 4, 5, 6, 7, 8, y/o
9), y AA es el mismo aminoácido para todos los péptidos de
la biblioteca. En un caso AA se sitúa en o cerca del centro
del péptido. En otro caso m y n no son diferentes en
más de 2 residuos; en otro caso m y n son
iguales.
En un caso las bibliotecas son aquellas en las
que AA es triptófano, prolina, o tirosina. En otro caso las
bibliotecas son aquellas en las que AA es fenilalanina,
histidina, arginina, aspartato, leucina, ó isoleucina. En otro caso
las bibliotecas son aquellas en las que AA es asparagina,
serina, alanina, o metionina. En otro caso más las bibliotecas son
aquellas en las que AA es cisteína o glicina.
Se puede preparar una biblioteca representativa
utilizando codones degenerados codificados como NNK, donde N = A,
C, G ó T y K = G ó T. La restricción de la posición de tambaleo del
codón reduce, pero no elimina, el sesgo de codones intrínseco al
código genético (por ejemplo, 6 codones para la serina, 6 para la
arginina y 6 para la leucina, pero sólo uno para la metionina y uno
para el triptófano) y también elimina dos de los tres codones de
terminación. Adicionalmente los formatos de bibliotecas incluyen,
pero no se limitan a los presentados en la Tabla 2. En un caso, se
utiliza una biblioteca X_{6}PX_{5}. En otro caso, se utiliza
una biblioteca SCX_{16}S. En otro caso más se utiliza una
biblioteca X_{6}YX_{6}. También se describen métodos
representativos para la síntesis de bibliotecas en los Ejemplos
(véase por ejemplo, el Ejemplo 1).
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Los procedimientos de "lavado en batea"
pueden utilizar una biblioteca de anticuerpos. Los vectores para la
construcción de bibliotecas de anticuerpos incluyen los vectores
pCANTAB-5E ó pCANTAB-6 (Amersham
Biosciences, Piscataway, Nueva Jersey, Estados Unidos de América).
Estos vectores contienen una estructura de soporte fragmento Fv
monocatenario (scFV) de región constante, y se clonan secuencias
variables dentro de las secuencias del vector que codifican las
cadenas pesadas y ligeras del anticuerpo. Los anticuerpos con parte
de unión se pueden desplegar utilizando, por ejemplo, un vector
fágico M13 como se ha descrito anteriormente en la presente memoria.
Se pueden encontrar procedimientos para construir una biblioteca de
anticuerpos en el fago M13 o en los fagos derivados de M13 en las
Patentes estadounidenses nº 6.225.447, nº 5.580.717 y 5.702.892,
entre otros
lugares.
lugares.
Una biblioteca de anticuepos utilizada para los
procedimientos de "lavado en batea" descritos puede comprender
de una biblioteca naif o una biblioteca inmune. Se pueden construir
bibliotecas naif de anticuerpos utilizando las regiones
hipervariables de la IgG derivadas de los linfocitos de la sangre
periférica obtenidos a partir de varios sujetos normales y/o
inmunológicamente deficientes. Las bibliotecas naif son
particularmente útiles en la selección de dianas que comprenden de
un epítopo pobremente inmunogénico. De manera alternativa, se puede
preparar una biblioteca inmune, en la que las regiones
hipervariables de la IgG se obtienen a partir de esplenocitos de
ratones previamente inmunizados con el sustrato diana.
\vskip1.000000\baselineskip
Las técnicas de "lavado en batea"
utilizadas con relación a la presente invención pueden comprender de
una selección en fase sólida, selección en fase de solución,
selección de proximidad dirigido a anticuerpos, selección basado en
células, selección basado en tejidos, o una combinación de los
mismos. Los formatos de selección se describen adicionalmente a
continuación en la presente memoria. Véanse también los Ejemplos 2 a
8.
Los procedimientos para recuperar partes de
unión que se unen a un sustrato se seleccionan en base a una o más
características comunes a las moléculas presentes en la biblioteca.
Por ejemplo, se pueden utilizar la espectrometría de masas y/o la
cromatografía de gases para identificar las moléculas que compartan
una estructura nuclear común. De esta manera, en el caso de que una
biblioteca conste de diversas moléculas basadas generalmente en la
estructura de una molécula orgánica, determinar la presencia de un
pico base para la molécula en concreto puede identificar una parte
de unión.
De manera alternativa, cada una de las diversas
moléculas de una biblioteca puede comprender de un marcador que
facilita la recuperación y la identificación. Por ejemplo, un
marcador representativo es un oligonucleótido o una molécula
pequeña como por ejemplo la biotina. Véanse por ejemplo, Brenner
& Lerner, 1992; Norris et al., 1999; Paige et
al., 1999; la Patente estadounidense nº 6.068.829.
Un marcador también puede ser un soporte o una
superficie a la que puede fijar una molécula. Por ejemplo, un
soporte puede ser un marcador biológico como por ejemplo un virus o
una partícula similar a un virus como por ejemplo un bacteriófago
("fago"); una bacteria; o una célula eucariota como por ejemplo
una levadura, la célula de un insecto, o la célula de mamífero (por
ejemplo, una célula progenitora endotelial o un leucocito); o puede
ser un marcador físico como por ejemplo un liposoma o una
microperla. Cuando una molécula se une a un soporte, se puede
situar la parte de la molécula de la que se sospecha que es capaz de
interactuar con un sustrato de tal manera que pueda participar en
la interacción.
Selección en Fase Sólida. Los
procedimientos de selección en fase sólida se utilizan cuando el
sustrato de unión comprende de una superficie no biológica. Véanse
los Ejemplos 2 a 8. La selección en fase sólida abarca
procedimientos de "lavado en batea" en los que se recubre una
diana biológica en un soporte sólido (por ejemplo, en pocillos de
una placa micrititer), como se describe en el Ejemplo 9. Este método
requiere que un sustrato diana biológico conserve por lo menos una
aproximación de la estructura y función nativas al ser inmovilizado
en un
soporte.
soporte.
Selección en Fase de Solución. Este
método se puede utilizar para identifica una parte de unión que se
une específicamente a un sustrato biológico en solución. En
concreto, el procedimiento es adecuado para identificar una parte
de unión que se une específicamente a un sustrato biológico, donde
el sustrato biológico está unido a otros componentes biológicos
como parte de un complejo. La selección en fase de solución es
también apropiada en casos en los que la capacidad de unión de un
sustrato biológico se ve disminuida por la inmovilización en un
sustrato. Según este método, el sustrato biológico, un componente
que forma un complejo con éste, o la parte de unión se modifican
para incluir un marcador que facilita la recuperación del sustrato,
como se describe a continuación en la presente
memoria.
memoria.
Selecciones de Proximidad Dirigidos a
Anticuerpos. Si no se puede obtener la diana purificada, se
puede utilizar un anticuerpo que se une específicamente a la diana
para recuperar las parte de unión que también se unen a la diana.
El procedimiento se basa en la observación de que por lo general una
parte de unión se une a un sustrato diana, donde el sustrato diana
forma un complejo con un anticuerpo u otra proteína, en sitios en
el sustrato diana que son adyacentes a las regiones unidas por el
anticuerpo u otra proteína asociada. Una parte de unión se detecta
por la activación de la biotina-tiramina por la
peroxidasa de rábano picante (HRP) en presencia de peróxido de
hidrógeno. A continuación la biotina-tiramina
activada biotiniza cualquier molécula con la que entra en contacto.
Sin embargo, la biotina-tiramina activada se enfría
con agua, de manera que tiene un radio de difusión extremadamente
limitado. De esta manera, sólo se biotinizan las moléculas muy
cercanas a la HRP, incluyendo el fago unido en los sitios cercanos.
Los fagos bioninizados se separan de la población por afinidad a
perlas magnéticas de estreptavidina. Los fagos recuperados se
amplifican mediante infección y a continuación pueden
caracterizarse o someterse a rondas adicionales de "lavado en
batea". Véanse Osbourn et al., 1998a; Osbourn et
al., 1998b.
Selección basado en células. Los
sustratos diana que comprenden de receptores u otras moléculas
presentes en una superficie celular se pueden utilizar en la
selección basada en células. Este método implica el "lavado en
batea" de una biblioteca de fagos sobre una población de células.
Para seleccionar los fagos que se unen a una molécula de la
superficie celular, el procedimiento incluye las etapas de minimizar
la detección de la unión de los fagos a otras moléculas presentes
en la membrana celular. Véase el Ejemplo 9.
\newpage
Un método para minimizar la detección de una
unión no diana implica la selección diferencial utilizando una
población mixta de células "marcadas" que expresan el receptor
y una cantidad muy superior de células "no marcadas" que no
tienen el receptor. Según el procedimiento, cualquier fago que se
une a moléculas comunes a ambas poblaciones celulares está unido
preferentemente a la cantidad muy superior de células no marcadas y
se depleciona durante múltiples rondas de selección. Los fagos que
se unen al receptor diana son por consiguiente enriquecidos durante
las múltiples rondas de selección.
Otro método combina procedimientos de selección
dirigida a antígenos y basado en células. Si un anticuerpo está
disponible para una molécula de la superficie celular, o para una
versión del epítopo marcado de la misma, el anticuerpo está unido a
la molécula diana en la superficie celular. En este caso, el gran
número de fagos que se unen a moléculas diferentes del receptor
diana no son detectadas porque están biotinizadas.
Selección de tejidos. También se puede
identificar un péptido que se une específicamente a un sustrato
biológico mediante un "lavado en batea" in vivo como se
describe en la Patente estadounidense nº 6.086.829. Según este
procedimiento, se administra una biblioteca de péptidos diversos a
un sujeto, o a un tejido diana aislado o a un órgano obtenido de un
paciente, o una fracción del mismo, y se recuperan los fagos que se
unen específicamente a un tejido o un órgano diana.
\vskip1.000000\baselineskip
Se puede utilizar un biomaterial interfacial de
la presente invención en cualquier aplicación donde se desee
controlar una interacción entre dos sustratos, es decir un sustrato
no biológico y un sustrato biológico. Se describen brevemente usos
representativos de un biomaterial interfacial de la presente
invención a continuación en la presente memoria. En la presente
memoria se describen interacciones que comprender de una interacción
de unión, una interacción de no unión, o una combinación de las
mismas. La naturaleza y calidad de la interacción dependen de la
especificidad de unión, fuerza de unión, o cualidad de no unión de
la pluralidad de agentes de unión utilizados para crear un
biomaterial interfacial.
\vskip1.000000\baselineskip
En una forma de realización de la invención, un
biomaterial interfacial comprende de un recubrimiento que actúa de
mediador en la adhesión de las células a una superficie para el
cultivo celular. El Ejemplo 14 describe un biomaterial interfacial
que comprende de agentes de unión que se unen específicamente a las
células y al poliestireno. El biomaterial interfacial se crea
adhiriendo una pluralidad de agentes de unión a una placa de
cultivo de poliestireno, y a continuación adhiriendo las células a
la pluralidad de agentes de unión.
Se puede utilizar un biomaterial interfacial
para el cultivo celular para facilitar el cultivo de cualquier tipo
de célula incluyendo, pero sin limitarse a fibroblastos, células
endoteliales aórticas, células madre, células embrionarias y de
tejidos de recién nacido, células endoteliales de vertebrados,
condorcitos, osteoblastos, adipositos, y mioblastos. Las células se
pueden obtener de cualquier especie incluyendo, pero sin limitarse
a células humanas, de primates, porcinas, murinas, y de
insectos.
Para crear una interfaz de unión entre un
sustrato no biológico y un sustrato biológico que comprende de
células, cada uno de una pluralidad de agentes de unión puede
comprender de un péptido de unión obtenido de una molécula de
adhesión celular, como por ejemplo cualquiera de las listadas en la
Tabla 1 (números de identidad en la SEQ: 74 a 98). El término
"molécula de adhesión celular" se refiere a cualquiera de una
familia de proteínas y péptidos que facilitan la adhesión o la
fijación celular a una superficie. De manera alternativa, los
agentes de unión pueden comprender de un péptido de unión que se
une específicamente a proteínas de la matriz extracelular. En el
Ejemplo 16 se describen procedimientos representativos para preparar
una interfaz de unión.
Un biomaterial interfacial para la adhesión de
las células a un superficie de cultivo puede comprender de una
interfaz heterogénea que comprende de una pluralidad de péptidos no
idénticos que se unen a células. Cada uno de la pluralidad de
agentes de unión comprende de: (a) una parte de unión que se une
específicamente a un sustrato de la superficie de cultivo; y (b)
una parte de unión variable que se une a las células.
Se puede mantener un cultivo celular en contacto
con el biomaterial interfacial en condiciones y durante un período
de tiempo efectivos para generar una estructura tipo tejido
bidimensional o tridimensional, como por ejemplo un tejido tipo
hueso o un tejido vascularizado.
La presente invención también abarca el cultivo
de células in vitro y ex vivo para se posteriormente
trasplantadas a un sujeto. Las células cultivadas pueden separarse
del biomaterial interfacial y proporcionarse a un sujeto. Otro
método implica transplantar a un sujeto una composición que
comprende de un sustrato no biológico, un biomaterial interfacial y
un sustrato celular.
\vskip1.000000\baselineskip
La presente invención proporciona adicionalmente
un procedimiento para preparar una matriz biológica. El término
"matriz" se refiere en general a un patrón de "spots"
adherentes y a un patrón de sustratos biológicos específicamente
unidos a ellos. El término "spot" se utiliza en la presente
memoria para describir una región que comprende de un agente de
unión de la presente invención específicamente unido a un sustrato
no biológico.
En una forma de realización de la invención, un
procedimiento para preparar una matriz biológica comprende de: (a)
proporcionar un sustrato no biológico con una pluralidad de
posiciones; (b) aplicar a cada una de la pluralidad de posiciones
un agente de unión que comprende de una primera parte de unión que
se une específicamente al sustrato no biológico y de una segunda
parte de unión que se une específicamente a un sustrato diana
biológico, donde la aplicación está libre de acoplamiento; (c)
poner en contacto el sustrato no biológico, donde una pluralidad de
agentes de unión están unidos al sustrato no biológico, con una
muestra que comprende de el sustrato diana biológico; y (d) dejar
pasar un tiempo suficiente para que el sustrato diana biológico se
una a la pluralidad de agentes de unión, con lo que se prepara una
matriz biológica. Un procedimiento representativo para aplicar una
pluralidad de agentes de unión a una pluralidad de posiciones
comprende de la impresión por "dip-pen" como
se describe en el Ejemplo
15.
15.
La cantidad de agente de unión dispensado, el
tamaño de los puntos, y la forma de los puntos pueden variar
modificando la concentración y el volumen de la parte de unión
dispensado, la temperatura a la que se dispensa, y/o la técnica de
aplicación. Por lo general, la dimensión de un punto es una
dimensión mínima de entre aproximadamente 0,2 \mum y
aproximadamente 1,0 \mum, pero puede tener una dimensión mínima
mayor según se desee para una aplicación concreta. Está dentro del
dominio del experto en la materia optimizar el tamaño de los puntos,
la forma y la cantidad de agente de unión para una aplicación
concreta, tras una revisión de la descripción presentada en la
presente
memoria.
memoria.
Un punto puede ser de cualquier tamaño y forma
apropiados para unirse a un sustrato diana biológico. Por ejemplo,
un punto preparado dispensando un agente de unión que comprende de
una parte de unión que se une a las células puede tener una
dimensión máxima menor que o aproximadamente igual al tamaño de una
célula adherida. Por ejemplo, un glóbulo blanco tiene un diámetro
de aproximadamente 20 \mum, y los oocitos de Xenopus laevis
son de hasta 1 mm de diámetro. Al colocarse en una superficie,
estas células prácticamente no se aplastan al adherirse a una
superficie. Las células endoteliales por lo general se aplastan al
adherirse a una superficie y pueden tener un área de entre
aproximadamente 250 \mum^{2} y 4.000 \mum^{2}. De manera
similar, los hepatocitos pueden tener un área de entre
aproximadamente 500 \mum^{2} y 10.000 \mum^{2}.
El término "dimensión entre puntos" se
refiere a la distancia entre los puntos de una matriz. En una forma
de realización de la invención, una dimensión entre puntos resulta
suficiente para distinguir puntos adyacentes y sustratos biológicos
específicamente unidos a ellos. Por ejemplo, donde el biomaterial
interfacial estructurado se utiliza para preparar una matriz
celular, la dimensión entre puntos es suficiente para evitar el
contacto entre las células en puntos adyacentes. También se puede
determinar la dimensión entre puntos para distinguir puntos
adyacentes mientras se permite la interacción de los sustratos
unidos a ellos.
De esta manera, se puede dimensionar un punto
para que se una a una única célula. Adicionalmente, se puede
utilizar un punto que sea sustancialmente menor que la dimensión de
una célula aplastada para hacer que una célula adherida mantenga
una forma redondeada. Cuando se desea un contacto célula a célula
para influir en las características celulares (por ejemplo,
viabilidad, crecimiento, proliferación, diferenciación,
procesamiento de proteínas, orientación, diseminación), se pueden
utilizar puntos capaces de adherirse a más de una célula.
El término "región de borde" se utiliza en
la presente memoria para describir una región exclusiva de uno o
más puntos. Las regiones de borde del sustrato no biológico pueden
comprender adicionalmente de un sustrato biológico adsorbido o
acoplado a los bordes, o cualquier otro tratamiento deseado. Por
ejemplo, se pueden adherir las células a una región de borde
utilizando suero para facilitar la unión de las células.
Un biomaterial interfacial estructurado y
heterogéneo es útil para las manipulaciones celulares como por
ejemplo la citometría. Por ejemplo, se puede determinar un número o
ratio de diferentes tipos de células en una muestra: (a) aplicando
un agente de unión a cada una de la pluralidad de posiciones en un
sustrato no biológico; (b) poniendo en contacto una suspensión
celular con el sustrato no biológico; y (c) determinando el número
de células unidas al sustrato no biológico. Una muestra puede
comprender de cualquier muestra celular, como por ejemplo sangre,
orina, fluido cerebroespinal, extensión de Pap, biopsia, suelo, agua
y cualquier otra aplicación donde se desee determinar la presencia,
número o frecuencia relativa de uno o más tipos de células. Se puede
utilizar un equipo detector automatizado para determinar el número
de células unidas utilizando un programa diseñado para detectar
células en las posiciones de los puntos. Se puede detectar la
presencia o ausencia de una célula mediante espectrofotometría, la
detección de un marcador celular (por ejemplo, un marcador
fluorescente), o análisis
microscópico.
microscópico.
Las matrices biológicas preparadas tal como se
describe en la presente memoria también resultan útiles para
inmovilizar células para experimentos de microinyección.
Más generalmente, una matriz biológica de la
presente invención resulta útil para la selección de una pluralidad
de sustratos biológicos en presencia de una sustancia de ensayo. Un
procedimiento para identificar una molécula interactuante puede
comprender de: (a) preparar una matriz biológica que comprende de
una pluralidad de sustratos biológicos, donde cada uno de la
pluralidad de sustratos biológicos está unido específicamente a una
de una pluralidad de posiciones en un sustrato no biológico; (b)
poner en contacto la matriz biológica con una sustancia candidata;
(c) dejar pasar un tiempo suficiente para que la sustancia candidata
se una a la matriz biológica; y (d) someter a ensayo una
interacción entre uno o más de los sustratos biológicos y la
sustancia candidata, con lo que se identifica una molécula
interactuante.
Por ejemplo, una matriz biológica utilizada para
seleccionar una sustancia de ensayo puede comprender de una matriz
celular. Se puede identificar una molécula interactuante observando
un resultado biológico, como por ejemplo un cambio en la morfología
celular, en presencia de la sustancia de ensayo.
Un procedimiento para seleccionar una matriz
celular puede adicionalmente comprender de poner en contacto la
matriz celular con un agente de detección. Agentes de detección
representativos incluyen, pero no se limitan a partes de unión
marcados y ácidos nucleicos marcados. Por ejemplo, se puede estudiar
una población de células transfectadas utilizando la tecnología del
ADN recombinante para determinar un subconjunto de células que
expresen con éxito el ADN transfectado.
\vskip1.000000\baselineskip
La presente descripción proporciona un
biomaterial interfacial para potenciar la interacción entre dos o
más materiales. Los materiales descritos en la presente memoria
pueden ser los mismos o diferentes, y pueden ser biológicos o no
biológicos. También se describe en la presente memoria un
biomaterial interfacial que comprende de una pluralidad de agentes
de unión donde cada agente de unión comprende de una primera y una
segunda parte de unión que se unen específicamente a un sustrato
biológico, y donde la pluralidad de agentes de unión son una
interfaz entre los sustratos biológicos. En un caso la primera y
segunda parte de unión se unen al mismo sustrato biológico. En otro
caso la primera y la segunda parte de unión se unen a sustratos
biológicos diferentes.
También se describe en la presente memoria un
procedimiento para preparar un biomaterial interfacial para
potenciar una interacción entre materiales biológicos. Un
procedimiento para preparar un biomaterial interfacial para
estimular una interacción entre materiales biológicos puede
comprender de: (a) adherir a un primer material biológico una
pluralidad de agentes de unión, donde cada uno de la pluralidad de
agentes de unión comprende de una primera parte de unión que se une
específicamente al primer material biológico y de un segundo agente
de unión que se une específicamente a un segundo material biológico;
(b) poner en contacto el segundo material biológico con el primer
material biológico con los agentes de unión adheridos; y (c) dejar
pasar un tiempo suficiente para que el segundo material biológico
se una a la pluralidad de agentes de unión.
\vskip1.000000\baselineskip
La presente invención proporciona adicionalmente
un biomaterial interfacial para recubrir implantes para mejorar su
uso in vivo. El biomaterial interfacial se puede formar antes
de (in vitro o ex vivo) o después de (in vivo)
la implantación de un dispositivo de implante. El término
"recubrimiento", tal como se utiliza en la presente memoria
para describir la aplicación de un recubrimiento a un sustrato, se
refiere a poner en contacto una parte de unión o un agente de unión
que comprende de una parte de unión, con el sustrato y dejar pasar
un tiempo suficiente para que la parte de unión o el agente de unión
se unan al sustrato. En el Ejemplo 14 se describen procedimientos
representativos para recubrir un sustrato no biológico.
El término "implante" se refiere en general
a un material no biológico que se puede introducir dentro del
cuerpo de un ser humano o de un animal para restaurar una función o
un tejido dañado. Se puede crear un dispositivo de implante
utilizando cualquier sustrato biocompatible al que los agentes de
unión se pueden unir específicamente como se describe en la
presente memoria. Implantes representativos incluyen, pero no se
limitan a endoprótesis de cadera, articulaciones artificiales,
implantes maxilares o faciales, sustituciones de tendones y
ligamentos, sustituciones de piel, sustituciones de hueso y
tornillos artificiales para hueso, prótesis vasculares, marcapasos
para el corazón, válvulas artificiales para el corazón, implantes
mamarios, implantes peneanos, stents, catéteres, derivaciones,
guías para el crecimiento de los nervios, lentes intraoculares,
apósitos para heridas, y selladores de tejidos.
En una forma de realización, un sustrato de
implante no biológico es biocompatible. En otra forma de realización
es biodegradable, y tiene una elevada relación
superficie-volumen para permitir el crecimiento y
transporte celulares. Por ejemplo, sustratos no biológicos
adecuados incluyen polímeros sintéticos y/o copolímeros de ácido
poliláctico y ácido poliglicólico, que se pueden procesar para
convertirlos en estructuras de soporte muy porosas y degradables.
Véanse por ejemplo Mikos et al., 1994; Harris et al.,
1998.
En una forma de realización de la invención, un
biomaterial interfacial puede crear una interfaz de unión que actúa
de mediador en la fijación de las células a un implante no
biológico. Los dispositivos de implante preparados según los
procedimientos de la presente invención controlan la cantidad y
porcentaje de fijación de las células, y de esta manera la tasa de
integración del tejido del dispositivo in vivo. La adhesión
celular y la integración del tejido potenciados actúan para
minimizar la infección sellando el sitio del implante con una capa
protectora de células. Esta capa protectora de células puede también
reducir la formación de cicatrices.
De esta manera, la invención se refiere a un
procedimiento para implantar un dispositivo en un sujeto, donde el
implante recubierto promueve la fijación celular, que puede
comprender de: (a) aplicar a un implante una pluralidad de agentes
de unión, donde cada uno de la pluralidad de agentes de unión
comprende de una primera parte de unión que se une específicamente
al implante y de una segunda parte de unión que se une
específicamente a las células en el sitio del implante, donde la
aplicación está libre de acoplamiento; (b) colocar el implante en
un sujeto en el sitio del implante; y (c) dejar pasar un tiempo
suficiente para que las células se unan a la pluralidad de agentes
de unión. El término "tiempo suficiente para que se unan" se
refiere a un período de tiempo en el que las células huésped pueden
migrar a las cercanías del implante y unirse al implante mediante
el agente de unión.
Por ejemplo, se puede preparar un biomaterial
interfacial para estimular la incorporación de un implante mamario
de silicona utilizando una pluralidad de agentes de unión, donde
cada agente de unión comprende de: (a) una parte de unión que se
une específicamente a un implante de silicona; y (b) una parte de
unión que se une específicamente a las células grasas. Se recubre
el implante mamario de silicona con la pluralidad de agentes de
unión, y a continuación se transplanta al huésped. La parte de
unión que se une específicamente a las células grasas promueve la
fijación celular al implante y la satisfactoria incorporación del
mismo.
Como otro ejemplo, un agente de unión puede
comprender de una parte de unión que se une específicamente a un
implante de titanio y de una parte de unión que se une
específicamente a las células cercanas al sitio del implante. Véase
el Ejemplo 13. Se presentan péptidos de unión representativos
adecuados para unirse al titanio como los números de identidad en
la SEQ: 24 a 36. En la Tabla 1 y en los números de identidad en la
SEQ: 74 a 98 se listan péptidos representativos que se unen a las
células.
En otra forma de realización de la invención,
los materiales de sutura se recubren con agentes de unión que se
unen específicamente al material de sutura. Una sutura recubierta
puede estimular la regeneración o reparación de tejido fijando las
proteínas o las células, dependiendo de la especificidad de unión
del agente de unión, en el sitio de la herida. De esta manera una
sutura recubierta pude proporcionar resistencia mecánica y cerrar
la herida.
Para los sitios de heridas que no son fácilmente
accesibles o cuando se desea una intervención sin sutura, se puede
utilizar un biomaterial interfacial que comprenda de un sellador de
tejido. Tales "colas" terapéuticas ofrecen ventajas que
incluyen la simplicidad, rapidez de administración y recuperación
celular, y la seguridad. En una forma de realización, un
biomaterial interfacial para el sellado de tejidos comprende
adicionalmente de una fuerza de adhesión suficiente para estimular
la regeneración del tejido, incluyendo la regeneración de tejidos
que comprenden de células necróticas y/o de una cantidad anormal de
humedad. En una forma de realización, un biomaterial interfacial
básicamente no afecta a la función de tejido o a la integridad
estructural en el sitio de la herida.
Un procedimiento para preparar un biomaterial
interfacial para estimular la cicatrización de heridas comprende
de: (a) adherir a un polímero biodegradable una pluralidad de
agentes de unión, donde la pluralidad de agentes de unión
comprenden de una primera parte de unión que se une específicamente
al polímero biodegradable y de una segunda parte de unión que se
une específicamente a las células; (b) implantar el polímero en el
sitio de la herida; y (c) dejar pasar un tiempo suficiente para que
las células se unan a la pluralidad de agentes de unión.
Un biomaterial interfacial que comprende de un
sellador de tejido resulta útil para estimular la cicatrización de
cualquier herida con necesidad de sellado que incluye pero no se
limita a ampollas que se filtran hacia dentro; tejido cortado por
intervención quirúrgica, incluyendo la cirugía plástica o
reconstructiva; fístula broncopleural; úlcera péptica; perforación
de membrana timpánica; perforación de córnea; transplante de córnea;
orificios retinianos; tendones lacerados o rotos; y tejidos
sometidos a reparación plástica y reconstructiva.
Una forma de representación adicional de esta
invención se refiere al uso de biomateriales interfaciales como una
plantilla implantable para estructuras celulares altamente
ordenadas, como por ejemplo los órganos, la piel o los músculos. Se
crea un biomaterial interfacial utilizando agentes de unión que se
unen específicamente al material de la plantilla y a las células o
proteínas. Las células o proteínas diana se ensamblan en la
plantilla mediante el biomaterial interfacial y a continuación
reclutan células o matrices adicionales, proliferar, o se
diferencian para crear un órgano o tejido multicelular. El
biomaterial interfacial puede formarse in vitro o ex
vivo como se ha descrito anteriormente en la presente memoria.
De manera alternativa, el biomaterial interfacial se pude formar
in vivo por implantación de un sustrato no biológico
recubierto con una pluralidad de agentes de unión.
Como se describe también en la presente memoria,
se puede utilizar un recubrimiento para implantes para crear una
interfaz de no unión. Un procedimiento para preparar un
recubrimiento para implantes de no unión comprende de: (a) aplicar
al implante una pluralidad de agentes de unión, donde cada uno de la
pluralidad de agentes de unión comprende de una parte de unión que
se une específicamente al implante y de un dominio de no unión que
básicamente no se une a las células en el sitio del implante, donde
la aplicación está libre de acoplamiento; y (b) colocar el implante
en un sujeto en el sitio del implante.
\newpage
Una interfaz de no unión como la que se describe
en la presente memoria resulta útil para evitar o minimizar las
adhesiones quirúrgicas. En aproximadamente entre un 5% y
aproximadamente un 10% de los procedimientos quirúrgicos se dan
adhesiones clínicamente significativas, y hasta casi el 100% en
algunos procedimientos. Las adhesiones quirúrgicas pueden resultar
en complicaciones que incluyen la obstrucción, infertilidad, dolor
y la necesidad de un segundo procedimiento funcional. Véase di
Zerega 1993; Stangel et al., 1984.
Se puede utilizar una interfaz de no unión para
evitar la formación de adhesiones entre los tejidos dañados
colocando el biomaterial interfacial entre los tejidos dañados. Por
ejemplo, un sustrato barrera que comprende de dos superficies puede
actuar de mediador de manera diferencial en la fijación de células
sanas y en la no fijación de células dañadas. Una primera
superficie de la barrera está recubierta con una pluralidad de
agentes de unión, comprendiendo cada agente de unión de una parte de
unión que se une específicamente a un sustrato barrera no biológico
y de un dominio de no unión que básicamente no se une a las células.
Una segunda superficie del sustrato barrera está opcionalmente
recubierta con una pluralidad de agentes de unión, comprendiendo
cada agente de unión de una parte de unión que se une
específicamente a un sustrato barrera no biológico y de una parte
de unión que se une específicamente a las células en el sitio de la
lesión. La barrera recubierta se coloca en un sujeto en el sitio de
la lesión. En un caso, el sustrato barrera no biológico comprende de
un sustrato biodegradable, por ejemplo un polímero biodegradable,
de manera que se de la cicatrización con la mínima formación de
cicatrices o adhesiones.
Los métodos para la prevención de adhesiones
post quirúrgicas han incluido la administración de polímeros
lineales sintéticos y naturales (Patente estadounidense nº
6.060.582; Diamond & Dechemey, 1987; Unsky et al., 1987;
Leach & Henry, 1990; Steinleitner et al., 1991). A
diferencia de los procedimientos para evitar o minimizar las
adhesiones post quirúrgicas descritas en la presente memoria, estos
métodos no utilizan un biomaterial interfacial que comprende de una
pluralidad de agentes de unión, donde cada uno de la pluralidad de
agentes de unión comprende de una parte de unión que se une
específicamente a un sustrato no biológico y de un dominio de no
unión que básicamente no se une a un sustrato biológico.
Un biomaterial interfacial también puede
funcionar como un lubricante biológico. Un lubricante de la
demarcación es importante en muchos casos de implantes donde se da
un excesivo desgaste entre un implante sintético y un huésped. De
esta manera, se puede preparar un biomaterial interfacial para la
lubricación utilizando una pluralidad de agentes de unión, donde
cada uno de la pluralidad de agentes de unión comprende de: (a) una
parte de unión que se une específicamente a un implante; y (b) un
dominio de no unión que básicamente no se une a las células huésped
en el sitio del implante.
En otro caso de la descripción se puede preparar
un biomaterial interfacial que comprende de un lubricante de la
demarcación utilizando una pluralidad de agentes de unión, donde
cada uno de la pluralidad de agentes de unión comprende de: (a) una
parte de unión que se une específicamente a un primer sustrato
biológico; y (b) un dominio de no unión que básicamente no se une a
un segundo sustrato biológico. Por ejemplo, cada uno de la
pluralidad de agentes de unión utilizados para crear un lubricante
de la demarcación puede comprender de: (a) una parte de unión que
se une específicamente al cartílago articular; y (b) un dominio de
no unión que básicamente no se une a los sustratos biológicos
presentes en el fluido sinovial. Un biomaterial interfacial así
preparado se puede utilizar, por ejemplo, para tratar la enfermedad
articular degenerativa protegiendo el cartílago articular y
restaurando las propiedades viscoelásticas del líquido sinovial.
En otra forma de realización más de la
invención, un biomaterial interfacial que comprende de un
recubrimiento para implantes puede comprender de una interfaz
heterogénea, en la que las regiones de la interfaz muestran
diferentes especificidades de unión y actúan de mediadores en
diferentes procesos in vivo. Por ejemplo, un recubrimiento
para implantes puede comprender tanto de una interfaz de unión como
de una interfaz de no unión como se describe a continuación en la
presente memoria para un sustrato barrera. En una forma de
realización, se estructura una interfaz heterogénea adhiriendo
agentes de unión a un sustrato no biológico de una manera
espacialmente
restringida.
restringida.
\vskip1.000000\baselineskip
La presente invención proporciona adicionalmente
un procedimiento para recubrir las células o tejidos para
transplante del donante para conseguir una viabilidad mejorada del
transplante. Se pueden utilizar membranas de polímeros sintéticos
para encapsular las células para su transplante. Para el tratamiento
de la diabetes, las células de los islotes de Langerhans se pueden
transplantar en una microcápsula sintética para minimizar una
respuesta inmune post transplante en el huésped (Marik et
al., 1999). Los inconvenientes de este método incluyen la
limitada viabilidad de las células de los islotes encapsuladas,
posiblemente como resultado de la pobre incorporación ó la falta
de
revascularización.
revascularización.
Para estimular con éxito el transplante de las
células o tejidos encapsulados, se puede preparar un biomaterial
interfacial que comprende de una pluralidad de agentes de unión,
donde cada uno de la pluralidad de agentes de unión comprende
de:
- (a)
- una primera parte de unión que se une específicamente a una microcápsula no biológica; y
- (b)
- una segunda parte de unión que se une específicamente a las células huésped en el sitio del transplante. Tras el transplante, la segunda parte de unión actúa de mediador en la integración de las células donantes encapsuladas y las células huésped en el sitio del transplante.
\vskip1.000000\baselineskip
La presente invención se refiere adicionalmente
a un procedimiento para preparar un biomaterial interfacial que
comprende de una interfaz terapéutica o de diagnostico,
comprendiendo el procedimiento de: (a) adherir una pluralidad de
agentes de unión a un sustrato no biológico, donde cada uno de la
pluralidad de agentes de unión comprende de una primera parte de
unión que se une específicamente al fármaco, a un marcador
detectable o a un portador del fármaco, y de una segunda parte de
unión que se un específicamente a una célula diana; (b) administrar
el sustrato no biológico a un sujeto; y (c) dejar pasar un tiempo
suficiente para que la célula diana se una a la pluralidad de
agentes de unión, con lo que se forma un biomaterial
interfacial.
Partes de unión representativos que se unen
específicamente a una célula diana y que se pueden utilizar para
preparar un agente de unión como se describe en la presente memoria
se describen en las Patentes norteamericanas nº 6.068.829 y nº
6.180.084; Publicación Internacional PCT nº WO 98/10795 y nº WO
01/09611; Arap et al. (1998) Science
279:377-380; Staba et al. (2000) Cancer Gene
Ther 7:13-19; Wickham et al. (1995) Gene
Ther 2:750-
756.
756.
Se han descrito fármacos y portadores de
fármacos representativos anteriormente en la presente memoria. En
una forma de realización de la invención, un fármaco comprende de un
marcador detectable. En otra forma de realización, el marcador se
puede detectar in vivo. A continuación se describen en la
presente memoria sustratos no biológicos adicionales que comprenden
de agentes para la formación de imágenes, que incluyen agentes para
la escintigrafía, imagen por resonancia magnética, ultrasonido, y
fluorescencia.
Los procedimientos por escintigrafía incluyen el
SPECT (Tomografía computerizada por emisión de un único fotón), PET
(Tomografía por emisión de positrones), gammacámara, y escáner
rectilíneo. Un sustrato no biológico que comprende de un marcador
para escintigrafía comprende en una forma de realización de un
marcador radionúclido, y en otra forma de realización un marcador
radionúclido seleccionado de entre el grupo que consiste de
^{18}flúor, ^{64}cobre, ^{65}cobre, ^{67}galio,
^{68}galio, ^{77}bromo, ^{80m}bromo, ^{95}rutenio,
^{97}rutenio, ^{103}rutenio, ^{105}rutenio, ^{99m}tecnecio,
^{107}mercurio, ^{203}mercurio, ^{123}yodo, ^{124}yodo,
^{125}yodo, ^{126}yodo, ^{131}yodo, ^{133}yodo,
^{111}indio, ^{113m}indio, ^{99m}renio, ^{105}renio,
^{101}renio, ^{188}renio, ^{121m}telurio, ^{122m}telurio,
^{125m}telurio, ^{165}tulio, ^{167}tulio, ^{168}tulio y
formas nitruro u óxido derivadas de ellos.
Las técnicas basadas en imágenes de resonancia
magnética crean imágenes basadas en las tasas de relajación
relativas de los protones del agua en medios químicos únicos. Tal
como se utiliza en la presente memoria, el término "imagen por
resonancia magnética" se refiere a técnicas de fuentes magnéticas
que incluyen la imagen por resonancia magnética convencional,
transferencia de magnetización de imágenes (MTI), espectroscopia de
resonancia magnética protónica (MRS), obtención de imágenes por
difusión del peso (DWI) y resonancia magnética funcional (fMRI).
Véase Rovaris et al., 2001; Pomper & Port 2000; y las
referencias citadas en la presente memoria.
Sustratos no biológicos que comprenden de
agentes de contraste para las imágenes de fuente magnética incluyen
pero no se limitan a iones paramagnéticos o superparamagnéticos,
partículas de óxido de hierro (Weissleder et al., 1992; Shen
et al., 1993), y agentes de contraste solubles en agua. Se
pueden seleccionar los iones paramagnéticos y superparamagnéticos
de entre el grupo de los metales que incluye hierro, cobre,
manganeso, cromo, erbio, europio, disprosio, holmio y gadolinio. En
una forma de realización, el metal es hierro, en otra forma de
realización es manganeso, y en otra forma de realización más es
gadolinio.
Se pueden utilizar las imágenes por ultrasonido
para obtener información cuantitativa y estructural de un tejido
diana. Sustratos no biológicos representativos que comprenden de una
sustancia para proporcionar microburbujas in vivo incluyen
pero no se limitan a burbujas lipofílicas llenas de gas o burbujas
basadas en lípidos (por ejemplo, las Patentes estadounidenses nº
6.245.318; nº 6.231.834; nº 6.221.018; y nº 5.088.499). Además, se
puede encerrar el gas o líquido en partículas inorgánicas porosas
que facilitan la liberación de las microburbujas tras su
administración a un sujeto (Patentes estadounidenses nº 6.254.852 y
nº 5.147.631).
Los procedimientos de toma de imágenes no
invasivos también pueden comprender de la detección de un marcador
fluorescente. Sustratos no biológicos que comprenden de marcadores
fluorescentes incluyen, pero no se limitan a tinciones con
carbocianina y amino estiril, dialquil carbocianinas de cadena
especialmente larga (por ejemplo, DiI, DiO, y DiD disponibles en
Molecular Probes Inc. de Eugene, Oregon, Estados Unidos de América)
y tinciones con dialquilamino estéril. Un marcador fluorescente
también puede comprender de tinciones con cianina sulfonada, que
incluyen Cy5.5 y Cy5 (disponibles en Amersham de Arlington Heights,
Illinois, Estados Unidos de América), IRD41 y IRD700 (disponibles
en Li-Cor, Inc. de Lincoln, Nebraska, Estados Unidos
de América), NIR-1 (disponible en Dejindo de
Kumamoto, Japón), y LaJoila Blue (disponible en Diatron de Miami,
Florida, Estados Unidos de América). Además, un marcador
fluorescente puede comprender de un quelato orgánico derivado de
iones lantánidos, por ejemplo quelatos fluorescentes de terbio y
europio (Patente estadounidense nº 5.928.627).
\vskip1.000000\baselineskip
La presente invención proporciona composiciones
y procedimientos para utilizar biomateriales interfaciales para la
detección y determinación de un parte de unión o partes de unión así
como el aislamiento de una parte de unión o partes de unión. El
biomaterial interfacial actúa como mediador de la interacción o
interacciones entre un sustrato no biológico y un sustrato
biológico. Más concretamente, la presente invención se refiere a
agentes de unión que crean una interfaz de unión entre sustratos
mediante una unión específica de cada sustrato. La presente
invención describe procedimientos utilizados en aplicaciones
diagnósticas mediante las que se determina una parte de unión en un
medio líquido. La presente invención también incluye procedimientos
para aislar una parte de unión de un medio
líquido.
líquido.
\vskip1.000000\baselineskip
La presente descripción proporciona
procedimientos de ensayo y reactivos utilizados en ensayos de tipo
uniones específicas homogéneas y heterogéneas para determinar
cualitativamente o cuantitativamente una parte de unión en un medio
líquido. Se pueden determinar las cantidades de una parte de unión
en un medio líquido utilizando un proceso de unión no competitiva
(por ejemplo, la técnica tipo "Sándwich"). Generalmente este
ensayo requiere por lo menos dos sitios reactivos para unirse tanto
a la fase sustrato/insoluble que contiene una sustancia de unión
específica como a una sustancia que se une específicamente a la
biotina marcada. Lo anteriormente indicado no resulta necesario
cuando se utiliza un proceso de unión competitiva.
La mayoría de los ensayos anteriores dependen de
las interacciones de la estreptavidina o la avidina con la biotina
(Hiller et al., 1987). La estreptavidina, una proteína
tetramérica producida por Streptomyces avidinii, forma un
complejo no covalente específico y muy fuerte con la vitamina
biotina soluble en agua. La afinidad de unión se encuentra entre
las más altas presentadas para interacciones no covalentes entre una
parte de unión y una proteína, con una constante de asociación (Ka)
que se estima está en el rango comprendido entre los 10^{13}
M^{-1} y los 10^{15} M^{-1}. Esta afinidad de unión es tal que
la unión de la estreptavidina y la biotina resulta esencialmente
irreversible en la mayoría de condiciones fisiológicas y proporciona
la base para la utilidad de estos compuestos en una amplia variedad
de aplicaciones clínicas e industriales (Green, 1975).
Tanto la estreptavidina como la proteína
homóloga avidina, que comparte su alta afinidad por la biotina, han
sido investigadas puesto que muestran fuertes interacciones parte de
unión-proteína. Se han descrito las estructuras de
los cristales por rayos X de la estreptavidina y la avidina, ambas
en sus formas apo y holo. También se han descrito las secuencias de
ambas, así como la construcción de varias proteínas de fusión de
estreptavidina. Véanse por ejemplo, Sano y Cantor, 1991; Patente
estadounidense nº 4.839.293.
Hoy en día, la estreptavidina/avidina juega un
papel clave en cuatro áreas tecnológicas de interés comercial: 1)
bioseparaciones/clasificación de células; 2) toma de imágenes; 3)
administración de fármacos; y 4) diagnosis (Wilchek y Bayer, 1990).
En el área de separaciones, se han utilizado mucho estas proteínas
en aplicaciones de clasificación de células, donde, por ejemplo, se
pueden utilizar para eliminar las células contaminantes de las
células madre hematopoyéticas antes de un transplante de médula
(Berenson et al., 1992). La estreptavidina también se ha
utilizado mucho tanto en la investigación como en el ámbito clínico
para someter a ensayo la presencia de diversos biomarcadores
específicos de tumores.
Antes de que se pueda utilizar el sistema
avidina/biotina en un ensayo, tanto la biotina como la avidina
necesitan ser modificadas químicamente para incorporar las
funcionalidades apropiadas. Se puede llevar a cabo la preparación
del reactivo marcado con biotina (por ejemplo, una sustancia marcada
que se une específicamente a la biotina o una parte de unión
marcado con biotina) mezclando la entidad que se va a marcar con el
éster de la biotina
N-hidroxi-succinimida (BNHS) en un
disolvente adecuado como por ejemplo dimetilformamida. Aunque el
BNHS se utiliza comúnmente, se pueden utilizar otros reactivos y/o
procedimientos adecuados.
Se puede llevar a cabo la preparación de un
sustrato o una fase insoluble que contiene una sustancia de unión
específica para determinar la parte de unión mediante procedimientos
conocidos. Por ejemplo, la sustancia de unión específica se puede
fijar a un portador sólido mediante reticulación, mediante unión
covalente, o mediante acoplamiento físico. Portadores sólidos
incluyen, pero no se limitan a tubos de polipropileno, placas
microtiter de poliestireno, y perlas de nailon. Cuando la parte de
unión que se va a detectar es un antígeno, se puede llevar a cabo
la preparación de la fase insoluble recubriendo los tubos o placas
con el anticuerpo apropiado. Esta unión es no específica, y por
consiguiente el anticuerpo juega dos papeles: la unión al sustrato
y la unión a la biotina. Cuando se utilizan perlas de nailon, en
anticuerpo apropiado puede estar acoplado covalentemente a las
perlas por el procedimiento de Faulstich (Faulstich et al.,
1974).
Se pueden utilizar diversas enzimas para
producir un reactivo de avidina o estreptavidina marcado con una
enzima. Las enzimas que se van a conjugar a la avidina o la
estreptavidina se eligen basándose en la disponibilidad de sistemas
de ensayo que se puedan utilizar para detectar la enzima bien
cualitativamente o cuantitativamente. Por ejemplo, en la
determinación cualitativa de una parte de unión, hay reactivos
comercialmente disponibles que permiten detectar la enzima
utilizando un ensayo que produce un producto coloreado.
Enzimas adecuadas para su uso en la invención
incluyen, pero no se limitan a aquellas clasificadas por la
Sindicato Internacional de Bioquímicos (I.U.B.) como
oxidorreductasas, hidrolasas, y liasas. Oxidorreductasas a modo de
ejemplo incluyen, pero no se limitan a aquellas que actúan sobre el
grupo CHOH, el grupo aldehído o ceto, el grupo CHNH_{2}, y
aquellas que actúan sobre el peróxido de hidrógeno como aceptor. En
una forma de realización, una oxidorreductasa es la glucosa
oxidasa. En otra forma de realización, una oxidorreductasa es la
peroxidasa de rábano. Hidrolasas a modo de ejemplo incluyen, pero no
se limitan a aquellas que actúan sobre los enlaces éster (tanto
ésteres orgánicos como inorgánicos) y aquellas que actúan sobre
compuestos glicosílicos, por ejemplo, glucósido hidrolasas. En una
forma de realización, una hidrolasa es la fosfatasa alcalina. En
otra forma de realización, una hidrolasa es la
\beta-galactosidasa.
Otras técnicas para monitorizar la unión de las
IFBMs a los materiales biológicos o no biológicos incluyen, pero no
se limitan a la resonancia de plasmones en la superficie (SPR),
espectroscopía infrarrojo por transformación de Fourier (FTIR),
espectroscopia RAMAN y espectrometría de masas. Véanse las Patentes
estadounidenses nº 6.429.015 y nº 6.428.955.
En el Ejemplo 20 se describe un procedimiento
general para la determinación de un antígeno de unión utilizando la
técnica tipo "Sándwich" y se basa en la Patente estadounidense
nº 4.298.685 de Parikh et al. En resumen, se añade un
estándar de un antígeno diluido apropiadamente o una muestra
desconocida a tubos de polipropileno recubiertos con un antígeno,
que a continuación se incuban a temperatura ambiente para permitir
que se unan los antígenos presentes en el estándar o muestra. Se
aspiran y se lavan los tubos, y se añade el anticuerpo marcado con
biotina y se permite que se unan durante toda la noche a 4ºC. A
continuación se aspiran y lavan los tubos otra vez, y se añade una
dilución apropiada de avidina marcada con HRP. Se incuban los tubos
a temperatura ambiente durante 5 minutos a 60 minutos, se aspiran y
a continuación se lavan. La actividad enzimática en la fase
insoluble se determina a intervalos programados. Cuando la
intensidad del color del producto de la reacción se considera
adecuada, se interrumpe la reacción enzimática y se mide la
absorbancia a una longitud de onda apropiada. También se puede
marcar la avidina con fosfatasa alcalina en lugar de HRP.
Cuando se utiliza avidina marcada con fosfatasa
alcalina en lugar de avidina marcada con HRP, la actividad
enzimática en la fase insoluble se determina añadiendo 1 ml de
solución tampón de carbonato de sodio 0,05 M, a pH 9,8 que contiene
1 mg/ml de p-nitrofenilfosfato y 1 mM de MgCl_{2}.
Tras un período de incubación apropiado, se interrumpe la reacción
con 100 \mul de NaOH 1 N y se determina la absorbancia a 400
nm.
Los inmunoensayos enzimáticos llevados a cabo en
placas microtiter se realizan básicamente de la misma manera que se
ha descrito anteriormente. Los ensayos enzimáticos se llevan a cabo
utilizando sólo 250 \mul de la solución sustrato y se interrumpen
con 50 \mul de NaOH 1 N. La intensidad del color se estima
cualitativamente, o se determina cuantitativamente transfiriendo la
solución a una microcubeta de 250 \mul y haciendo una lectura
espectrofoto-
métrica.
métrica.
Otros sistemas de inmunoensayos que se pueden
utilizar con la presente invención incluyen aquellos descritos en
las Patentes estadounidenses nº 4.282.287; nº 4.298.685; nº
4.279.992; nº 4.253.995; nº 4.230.797; nº 4.228.237; y nº
4.208.479.
\vskip1.000000\baselineskip
El principio de la técnica de separación por
cromatografía de afinidad es bien conocido. La presente invención
describe el uso de un biomaterial interfacial adherido a un soporte
para unirse selectivamente a una especie o parte de unión.
Convencionalmente, la interacción entre el soporte y la parte de
unión es no específica. Sin embargo, la presente invención utiliza
interacciones específicas, cuya fuerza se puede ajustar optimizando
la interacción específica. Por consiguiente, las demás especies
serán llevadas por el flujo de la mezcla de reacción lejos de la
parte de inicio de la columna donde está la especie inmovilizada,
efectuando por consiguiente la separación inherente de las especies
unidas y libres. Esta técnica se describe en la Patente
estadounidense nº 4.205.058 de Wagner et al.
Antes de la descripción de la presente
invención, se ha llevado a cabo la preparación de superficies y
dispositivos recubiertos de péptidos mediante adsorción no
específica, mediante acoplamiento de los péptidos a una superficie
derivatizada, o mediante acoplamiento del péptido a una molécula
conectora covalentemente unida a la superficie. Estos
procedimientos son relativamente tediosos y requieren mucho tiempo,
en general requieren múltiples etapas para una asociación efectiva
del péptido y del sustrato, a menudo requieren reacciones químicas
para la inmovilización, y pueden caracterizarse por la dificultad
en conseguir un recubrimiento de superficie reproducible y la
pérdida de la actividad máxima. La presente invención representa un
procedimiento fácil para recubrir un sustrato con un biomaterial
interfacial multifuncional novedoso que se puede utilizar en una
aplicación diagnóstica o de cromatografía de afinidad donde se den
interacciones de fuerza específicas hechas a medida.
Por lo tanto existe una largamente sentida
necesidad en la técnica de desarrollar un procedimiento eficiente y
ampliamente aplicable para estimular interacciones específicas entre
sustratos no biológicos y sustratos biológicos. Además, existe una
continua necesidad de desarrollar procedimientos para dirigir las
interacciones entre moléculas y/o células, concretamente en el
contexto de la diagnosis y la cromatografía de afinidad.
Para satisfacer esta necesidad, la presente
invención se refiere a biomateriales interfaciales que pueden
actuar como mediadores en interacciones selectivas entre sustratos
biológicos y no biológicos, agentes de unión novedosos que pueden
unirse específicamente a un sustrato diana no biológico y a un
sustrato diana biológico, y procedimientos para crear y utilizar
los mismos en aplicaciones diagnósticas y de cromatografía de
afinidad.
\vskip1.000000\baselineskip
También se describe en la presente memoria, un
biomaterial interfacial que comprende de una interfaz no ensuciante,
que es un tipo de interfaz de no unión. Los recubrimientos no
ensuciantes resultan útiles como tratamiento protector para
cualquier sustrato no biológico susceptible de ensuciamiento,
incluyendo, pero sin limitarse a equipamiento médico, dispositivos
médicos, ropa, y máquinas marinas y artículos de confección.
También se describen en la presente memoria
biomateriales interfaciales que crean una interfaz no adhesiva para
por consiguiente evitar el ensuciamiento y la corrosión. El término
"ensuciamiento" se refiere a un proceso de volverse sucio,
contaminado, corroído u obstruido. A la inversa, el término "no
ensuciante" se refiere a una cualidad de evitar o minimizar el
ensuciamiento. De esta manera, se puede utilizar un biomaterial
interfacial no ensuciante para reducir la fijación de patógenos y
otros organismos a una superficie, y para reducir las consecuencias
estéticas y funcionales del ensuciamiento.
Los recubrimientos
anti-ensuciamiento actuales comprenden de químicos
tóxicos consumibles y que contaminan el medio ambiente. Por lo
tanto, existe una necesidad en la técnica de procedimientos para
tratar una diversidad de sustratos con un recubrimiento protector
no tóxico y de larga duración.
El ensuciamiento incluye las etapas de: (1)
fijación a y colonización de una superficie por patógenos, (2)
secreción de una matriz extracelular y formación de una biopelícula,
y (3) fijación de otros patógenos y/u organismos multicelulares a
la biopelícula. De esta manera, un biomaterial interfacial que
comprende de una superficie que básicamente no se une a patógenos
diana podría reducir el ensuciamiento de manera efectiva.
Un biomaterial interfacial no ensuciante se
prepara utilizando una pluralidad de agentes de unión, donde cada
uno de la pluralidad de agentes de unión comprende de una primera
parte de unión que se une específicamente a un sustrato no
biológico susceptible de ensuciamiento y de una segunda parte de
unión que básicamente no se une a un organismo diana que actúa de
mediador en el ensuciamiento (por ejemplo, bacterias, hongos o
cualquier otro patógeno).
Sustratos que son susceptibles de ensuciamiento
y que se pueden proteger utilizando un biomaterial interfacial
incluyen, pero no se limitan a dispositivos médicos, textiles, y
superficies sometidas a un ambiente acuoso. En cada caso, se puede
identificar una primera parte de unión que se una específicamente al
sustrato no biológico susceptible de ensuciamiento utilizando los
procedimientos de "lavado en batea" descritos en la presente
memoria. De manera similar, también se puede identificar mediante
"lavado en batea" una segunda parte de unión que se una
específicamente a un patógeno sospechoso o a una combinación de
patógenos.
Un biomaterial interfacial descrito en la
presente memoria también puede comprender de un recubrimiento no
ensuciante para dispositivos implantables. Un recubrimiento así
podría resultar útil, por ejemplo, para recubrir catéteres venosos
centrales utilizados en quimioterapia, soporte ionotrópico y para
antibióticos, nutrición intravenosa, monitorización del estado
hemodinámica, acceso venoso para exámenes sanguíneos para el
diagnóstico, etc. La incidencia de las infecciones adquiridas en el
hospital es siete veces mayor en pacientes con dispositivos
invasivos como por ejemplo catéteres venosos centrales (Dobbins
et al., 1999), y la infección relacionada con catéteres
tiene una tasa de mortalidad del 35% (Collin, 1999). Por lo tanto,
existe la necesidad de un procedimiento confiable para inhibir el
ensuciamiento de los catéteres y otros dispositivos
implantables.
Las infecciones relacionadas con catéteres
pueden implicar al S. epidermis, S. aureus, especies
de Bacillus, especies de Corynebacterium,
Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter, organismos
fúngicos (por ejemplo, Candida), y otros agentes
infecciosos. Las proteínas huésped (por ejemplo, fibronectina,
fibrinógeno, laminina) y las cualidades de la superficie del catéter
(por ejemplo, carga, hidrofobicidad) pueden contribuir a la
adherencia de agentes infecciosos a la superficie del catéter. De
esta manera, un biomaterial interfacial descrito en la presente
memoria puede comprender de una pluralidad de agentes de unión,
donde cada uno de la pluralidad de agentes de unión comprende de
una primera parte de unión que se une específicamente a un catéter
sustrato y de una segunda parte de unión que básicamente no se une a
uno o más agentes infecciosos. De esta manera, un biomaterial
interfacial así preparado podría evitar la colonización bacteriana
y/o fúngica del catéter y reducir por consiguiente la infección
relacionada con el
catéter.
catéter.
También se puede utilizar un biomaterial
interfacial no ensuciante para recubrir tela, ropa, y fibras para
ropa de origen natural o sintético. Por ejemplo, la ropa destinada a
llevase durante mucho tiempo o para su uso en condiciones que son
permisivas para el crecimiento bacteriano podrían utilizarse durante
más tiempo si estuviesen protegidas por un biomaterial interfacial
con propiedades no ensuciantes.
Los biomateriales interfacial no ensuciantes
también son útiles para recubrir superficies sometidas a un ambiente
acuoso. Tales recubrimientos no ensuciantes pueden minimizar la
velocidad de corrosión y otros efectos perjudiciales del
funcionamiento. Superficies representativas que pueden ser tratadas
incluyen, pero no se limitan a cascos de barco, plataformas de
perforación, apilamientos, torres de enfriamiento, dispositivos de
retención de balsas, bombas, válvulas, oleoductos, tuberías de
conducción de agua, vidrio y otras ventanas de observación
transparentes, bóvedas de sónar y elementos de filtración. Por
ejemplo, se puede utilizar un recubrimiento no ensuciante para
evitar la adherencia de percebes a las superficies requeridas en un
ambiente marino.
\vskip1.000000\baselineskip
- \quad
- En otra forma de realización, la presente invención se refiere a un procedimiento para modular una actividad de un sustrato biológico, procedimiento que comprende de: (a) recubrir un sustrato no biológico biodegradable con una pluralidad de agentes de unión, donde cada uno de la pluralidad de agentes de unión comprende de una primera parte de unión que se une específicamente al sustrato no biológico biodegradable y de una segunda parte de unión que se une específicamente al sustrato biológico, donde el recubrimiento está libre de acoplamiento; (b) colocar el sustrato no biológico biodegradable recubierto en un sitio diana, donde el sustrato biológico está presente en el sitio diana; y (c) dejar pasar un tiempo suficiente para que el sustrato biológico en el sitio diana se una a los agentes de unión, donde la unión modula la actividad del sustrato biológico.
- \quad
- Tal como se utiliza en la presente memoria, los términos "modular", "modulación" y "modulado" se refieren todos a un aumento, descenso u otra alteración de cualquiera o todas las actividades químicas y biológicas o propiedades de un sustrato biológico. En una forma de realización, se selecciona un sustrato biológico del grupo que consiste de un tejido, una célula, una macromolécula, y combinaciones de los mismos. En una forma de realización, una célula es una célula endotelial vascular. En otra forma de realización, una célula es una célula endotelial vascular tumoral. En una forma de realización, una macromolécula es un receptor Tie2.
Tal como se utiliza en la presente memoria, el
término "modulador" se refiere a una segunda parte de unión
del procedimiento que se une específicamente al sustrato biológico.
En una forma de realización de la invención, un modulador es un
agonista de un sustrato biológico. Tal como se utiliza en la
presente memoria, el término "agonista" significa una
sustancia que sinergiza o potencia la actividad biológica de un
sustrato biológico. En otra forma de realización de la invención,
un modulador es un antagonista de un sustrato biológico. Tal como
se utiliza en la presente memoria, el término "antagonista" o
"inhibidor" se refiere a una sustancia que bloquea o mitiga la
actividad biológica de un sustrato biológico. En una forma de
realización, un modulador se une específicamente al receptor
Tie2.
Tie2.
Tal como se utiliza en la presente memoria, el
término "sitio diana" se refiere a cualquier célula o grupo de
células, in vivo, in vitro o ex vivo. Este
término incluye células solas y poblaciones de células. El término
incluye pero no se limita a poblaciones de células que comprenden de
glándulas y órganos como la piel, hígado, corazón, riñón, cerebro,
páncreas, pulmón, estómago y órganos reproductores. También incluye
pero no se limita a poblaciones de células mixtas como por ejemplo
médula ósea. Adicionalmente, incluye pero no se limita a células
anormales como células neoplásicas o tumorales, sea individualmente
o como parte de tumores sólidos o metastásicos.
El término "sitio diana" tal como se
utiliza en la presente memoria se refiere a un sitio destinado a la
acumulación de una parte de unión tras su administración a un
sujeto. En una forma de realización, un sitio diana es el sitio de
una herida y la modulación potencia la cicatrización de la herida.
En otra forma de realización, un sitio diana es un sitio
angiogénico, incluyendo, pero sin limitarse a un sitio de
angiogénesis tumoral, y la modulación inhibe la angiogénesis.
\vskip1.000000\baselineskip
Ejemplo
Se podrá entender que no todos los Ejemplos a
continuación entran dentro del alcance de la invención, en relación
a lo cual se hace referencia a las reivindicaciones adjuntas.
Se han incluido los siguientes Ejemplos. Ciertos
aspectos de los siguientes Ejemplos se describen en términos de
técnicas y procedimientos descubiertos o contemplados por los
presentes co inventores para trabajar bien en la práctica de la
invención. Los Ejemplos ilustran las prácticas de laboratorio
estándares de los presentes co inventores. En vista de la presente
descripción y del nivel general de experiencia en la técnica,
aquellos expertos entenderán que los siguientes los ejemplos están
destinados a ser sólo ejemplares y que se pueden utilizar numerosos
cambios, modificaciones y alteraciones sin alejarse del alcance de
la técnica de la invención.
\vskip1.000000\baselineskip
Ejemplo
1
Se utilizaron tres bibliotecas de péptidos de
fagos: (a) una biblioteca que codificaba péptidos del formato
X_{6}YX_{6}; (b) una biblioteca que codificaba péptidos del
formato X_{6}PX_{6}; y (c) una biblioteca que codificaba
péptidos del formato SCX_{16}S.
La biblioteca X_{6}YX_{6} se construyó
utilizando secuencias variables que comprendían de 39 nucleótidos
ligados al extremo 5' del gen pIII del fago filamentoso M13.
Los péptidos producidos por la biblioteca eran secuencias de
péptidos 13-mer con un residuo central de tirosina
fijo flanqueado por seis aminoácidos aleatorios en cada lado.
Lo que sigue a continuación se proporciona como
un esquema de construcción de una biblioteca a modo de ejemplo para
la biblioteca X_{6}YX_{6}. Se puede utilizar una estrategia
similar para las demás bibliotecas, que también se pueden producir
utilizando técnicas bien conocidas en la técnica.
Para producir la biblioteca X_{6}YX_{6}, se
construyó un oligonucleótido de secuencia
AGTGTGTGCCTCGAGCNNK
NNKNNKNNKNNKNNKTATNNKNNKNNKNN KNNKNNKTCTAGACTGTGCAGT (nº de identidad en la SEQ: 99) en el que el módulo NNKNNKNNKNNKNNKNNKTATNNKNNKNNKNNKNNKNNK (nº de identidad en la SEQ: 100) representa la biblioteca. Las secuencias subrayadas CTCGAG y TCTAGA representan los sitios de endonucleasas de restricción XhoI y XbaI utilizados para clonar la biblioteca dentro del vector fágico. La secuencia TAT en negrita representa un codón de tirosina. N representa mezclas equimolares de A, C, G y T. K representa G y T equimolares.
NNKNNKNNKNNKNNKTATNNKNNKNNKNN KNNKNNKTCTAGACTGTGCAGT (nº de identidad en la SEQ: 99) en el que el módulo NNKNNKNNKNNKNNKNNKTATNNKNNKNNKNNKNNKNNK (nº de identidad en la SEQ: 100) representa la biblioteca. Las secuencias subrayadas CTCGAG y TCTAGA representan los sitios de endonucleasas de restricción XhoI y XbaI utilizados para clonar la biblioteca dentro del vector fágico. La secuencia TAT en negrita representa un codón de tirosina. N representa mezclas equimolares de A, C, G y T. K representa G y T equimolares.
La biblioteca X_{6}PX_{6} se construyó
utilizando el fago filamentoso M13. Los péptidos producidos por la
biblioteca fueron secuencias de péptidos 13-mer con
un residuo central de prolina fijo flanqueado por seis aminoácidos
aleatorios en cada lado.
La biblioteca SCX_{16}S codificaba péptidos
19-mer, donde cada péptido incluía 16 aminoácidos
centrales aleatorios, una serina en cada extremo terminal y un
único residuo de cisteína. Los péptidos se desplegaron en el
extremo amino terminal de la proteína del recubrimiento PIII del
fago M13.
\vskip1.000000\baselineskip
Ejemplo
2
Las bibliotecas X_{6}PX_{6}, X_{6}YX_{6}
y SCX_{16}S (descritas en el Ejemplo 1) se seleccionaron para
unirse a poliestireno utilizando una placa microtiter de 96 pocillos
de afinidad de unión alta (placas de poliestireno COSTAR®
disponibles en VWR Scientific de West Chester, Pennsylvania, Estados
Unidos de América). Se bloquearon los sitios de unión a proteínas
no específicos utilizando 100 \mul de leche en polvo al 5% en
tampón fosfato salino más TWEEN® (PBS-T). Se selló
la placa y se incubó durante 1 hora a temperatura ambiente en
agitación a 50 rpm. A continuación se lavaron los pocillos 5 veces
con 300 \mul de PBS-T, asegurando que los
pocillos no se secaran. Se diluyó la biblioteca en
PBS-T y se añadió a una concentración de 10^{10}
pfu/ml en un volumen total de 100 \mul. Después de otra hora de
incubación a una temperatura ambiente y en agitación a 50 rpm, se
retiraron los fagos no unidos mediante 5 lavados de 300 \mul de
PBS-T. Los fagos unidos se eluyeron durante 30
minutos a 150 rpm con 3 \mug/\mul de trombina. Tras la elución,
se añadieron 1,5 \mul mM de
D-fenilalanilo-L-prolilo-L-arginina
clorometilcetona (PPACK) y se hicieron diluciones seriadas para
determinar las titulaciones.
Para asegurar la producción de soluciones madre
de fagos de titulación más alta, los fagos eluídos se añadieron a 5
ml de cultivos de TG1 en fase exponencial sin diluir en medio 2X YT.
Se incubó la mezcla durante aproximadamente tres horas en un
agitador a 37ºC a 210 rpm. A continuación se recogió el sobrenadante
con fagos para determinar la titulación tras centrifugación a 8.500
x g durante 10 minutos. La segunda y tercera rondas de selección se
llevaron a cabo de una manera similar a la de la primera ronda,
utilizando como entrada el fago amplificado de la ronda
anterior.
anterior.
Para detectar el fago que se unía
específicamente al titanio, se llevaron a cabo ELISAs convencionales
utilizando un anticuerpo anti-fago
M-13 conjugado con HRP, seguido de la adición del
agente cromogénico o-fenilenediamina en peróxido de
hidrógeno al 10%. Se determinaron las fuerzas relativas de unión del
fago mediante mediciones de absorbancia a 490 nm utilizando un
lector de placas microtiter.
Se secuenció el ADN que codificaba los péptidos
que se unían específicamente al poliestireno mediante el
procedimiento de terminador de cadena utilizando un cebador inverso
diseñado según la secuencia pIII. Se colocó la secuencia que
codificaba el péptido inserto en el genoma del fago y se tradujo
para proporcionar la secuencia de aminoácidos correspondiente
desplegada en la superficie del fago.
En la Tabla 3 se listan péptidos representativos
que se unen específicamente al poliestireno y se presentan como
números de identidad en la SEQ: 1 a 22.
Ejemplo
3
La biblioteca SCX_{16}S (descrita en el
Ejemplo 1) se cribó para unirse al poliuretano. Los fagos se
detectaron, aislaron, amplificaron y secuenciaron como se ha
descrito en el Ejemplo 2.
Un péptido representativo que se une
específicamente al poliuretano es SCYVNGHNSVWVVVFWGVS (nº de
identidad en la SEQ: 23).
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Ejemplo
4
La biblioteca SCX_{16}S (descrita en el
Ejemplo 1) se cribó para unirse al ácido poliglicólico. Se lavó
repetidamente la malla de ácido poliglicólico (PGA) antes del
"lavado en batea" en un exceso de agua.
Antes de añadir los fagos a la estructura de
soporte de PGA, se transfirieron los fagos secuencialmente entre
las dianas de los pocillos de poliestireno para extraer los fagos
que se unían al poliestireno y los fagos de unión no específica de
la población. Esta etapa se llevó a cabo en cada ronda de "lavado
en batea". También se bloquearon los sitios de unión no
específica con BSA al 1% en PBS durante rondas de "lavado en
batea" de numeración impar y con leche en polvo al 5% en
PBS-T durante rondas de "lavado en batea" de
numeración par. La alternancia del BSA y las proteínas bloqueantes
de la leche en polvo evitó la supervivencia de los péptidos que se
unían específicamente al BSA y a la leche en polvo entre las rondas.
Los fagos se detectaron, aislaron, amplificaron y secuenciaron como
se ha descrito en el Ejemplo 2.
En la Tabla 4 se listan péptidos representativos
que se unen específicamente al ácido poliglicólico y se presentan
como los números de identidad en la SEQ: 37 a 50.
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Ejemplo
5
Las bibliotecas X_{6}YX_{6,} SCX_{16}S, y
X_{6}PX_{6} (descritas en el Ejemplo 1) se seleccionaron para
unirse al policarbonato. Las hojas de policarbonato se lavaron
repetidamente con etanol y agua antes de su uso.
Antes de añadir los fagos a las hojas de
policarbonato, se transfirieron los fagos secuencialmente entre las
dianas de los pocillos de poliestireno para extraer los fagos que se
unían al poliestireno y los fagos de unión no específica de la
población. Esta etapa se llevó a cabo en cada ronda de "lavado en
batea". También se bloquearon los sitios de unión no específica
con BSA al 1% en PBS durante rondas de "lavado en batea" de
numeración impar y con leche en polvo al 5% en PBS-T
durante rondas de "lavado en batea" de numeración par. La
alternancia del BSA y las proteínas bloqueantes de la leche en polvo
evitó la supervivencia de los péptidos que se unían específicamente
al BSA y a la leche en polvo entre las rondas. Los fagos se
detectaron, aislaron, amplificaron y secuenciaron como se ha
descrito en el Ejemplo 2.
\newpage
En la Tabla 5 se listan péptidos representativos
que se unen específicamente al policarbonato y se presentan como
los números de identidad en la SEQ: 66 a 71.
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Ejemplo
6
La biblioteca X_{6}YX_{6} (descrita en el
Ejemplo 1) se cribó para unirse a suturas de nailon. Las suturas de
nailon se lavaron repetidamente con etanol y agua antes de su
uso.
Antes de añadir los fagos a las suturas de
nailon, se transfirieron los fagos secuencialmente entre las dianas
de los pocillos de poliestireno para extraer los fagos que se unían
al poliestireno y los fagos de unión no específica de la población.
Esta etapa se llevó a cabo en cada ronda de "lavado en batea".
También se bloquearon los sitios de unión no específica con BSA al
1% en PBS durante rondas de "lavado en batea" de numeración
impar y con leche en polvo al 5% en PBS-T durante
rondas de "lavado en batea" de numeración par. La alternancia
del BSA y las proteínas bloqueantes de la leche en polvo evitó la
supervivencia de los péptidos que se unían específicamente al BSA y
a la leche en polvo entre las rondas. Los fagos se detectaron,
aislaron, amplificaron y secuenciaron como se ha descrito en el
Ejemplo 2. Las secuencias representativas son como sigue:
(números de identidad en la SEQ:
105 a
116):
ssMASMTGGQYMGHsr
ssMASMTGGQWMGHsr
ssSCFYQNVISSSFAGNPWECsr
ssSCNMLLNSLPLPSEDWSACsr
ssSCPFTHSLALNTDRASPGCsr
ssSCFESDFPNVRHHVLKQSCsr
ssSCVFDSKHFSPTHSPHDVCsr
ssSCGDHMTDKNMPNSGISGCsr
ssMASMTGGQWMGHsr
ssSCDFFNRHGYNSGCEHSVCsr
ssSCGDHMTDKNMPNSGISGCsr
ssSCYYNGLVVHHSNSGHKDCsr.
\vskip1.000000\baselineskip
Ejemplo
7
La biblioteca SCX_{16}S (descrita en el
Ejemplo 1) se cribó para unirse a perlas de titanio. Se lavaron
repetidamente perlas de titanio comercialmente puras de
aproximadamente 25 \mum de diámetro antes del "lavado en
batea" en un exceso de hexanos y etanol para eliminar cualquier
sustancia orgánica de la superficie. Se colocaron veinticinco
perlas de titanio en placas de poliestireno de 96 pocillos.
Antes de añadir los fagos a las perlas de
titanio, se transfirieron los fagos secuencialmente entre las dianas
de los pocillos de poliestireno para extraer los fagos que se unían
al plástico y los fagos de unión no específica de la población.
Esta etapa se llevó a cabo en cada ronda de "lavado en batea".
También se bloquearon los sitios de unión no específica con
seroálbúmina bovina (BSA) al 1% en tampón fosfato salino (PBS)
durante rondas de "lavado en batea" de numeración impar y con
leche en polvo al 5% en PBS-T durante rondas de
"lavado en batea" de numeración par. La alternancia del BSA y
las proteínas bloqueantes de la leche en polvo evitó la
supervivencia de los péptidos que se unían específicamente al BSA y
a la leche en polvo entre las rondas. Los fagos se detectaron,
aislaron, amplificaron y secuenciaron como se ha descrito en el
Ejemplo 2.
En la Tabla 6 se listan péptidos representativos
que se unen específicamente al titanio y se presentan como los
números de identidad en la SEQ: 24 a 36.
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Ejemplo
8
Las bibliotecas X_{6}HX_{6,} SCX_{16}S,
X_{6}YX_{6,} X_{7} y X_{6}NX_{6} (descritas en el Ejemplo
1 y en la Tabla 1) se seleccionaron para unirse al acero inoxidable.
Las perlas de acero inoxidable se lavaron repetidamente con etanol
y agua antes de su uso.
Antes de añadir los fagos a las perlas de acero
inoxidable, se transfirieron los fagos secuencialmente entre las
dianas de los pocillos de poliestireno para extraer los fagos que se
unían al plástico y los fagos de unión no específica de la
población. Esta etapa se llevó a cabo en cada ronda de "lavado en
batea". También se bloquearon los sitios de unión no específica
con BSA al 1% en PBS durante rondas de "lavado en batea" de
numeración impar y con leche en polvo al 5% en PBS-T
durante rondas de "lavado en batea" de numeración par. La
alternancia del BSA y las proteínas bloqueantes de la leche en polvo
evitó la supervivencia de los péptidos que se unían específicamente
al BSA y a la leche en polvo entre las rondas. Los fagos se
detectaron, aislaron, amplificaron y secuenciaron como se ha
descrito en el Ejemplo 2.
En la Tabla 7 se listan péptidos representativos
que se unen específicamente al acero inoxidable y se presentan como
los números de identidad en la SEQ: 51 a 65.
Ejemplo
9
La biblioteca SCX_{16}S (descrita en el
Ejemplo 1) se cribó para unirse a los condrocitos. Los péptidos de
la biblioteca eran del formato SCX_{16}S, que incluyen 16
aminoácidos centrales aleatorios, serinas terminales fijas y un
único residuo de cisteína. Los péptidos se despliegan en el extremo
amino terminal de la proteína PIII del recubrimiento del fago
M13.
Los condrocitos humanos se obtuvieron de
Clonetics, Inc. (San Diego, California, Estados Unidos de América)
y se hicieron crecer en un pocillo de una placa de poliestireno de 6
pocillos en medio F-12 suplementado
(Sigma-Aldrich Corp., St. Louis, Missouri, Estados
Unidos de América). Todo el procedimiento de "lavado en batea"
celular estuvo libre de detergente. La biblioteca se preaclaró de
fagos que se unían específicamente o no específicamente al
poliestireno incubando los fagos en pocillos de poliestireno durante
dos horas antes de añadirlos a la diana celular. En cada ronda, se
bloquearon los sitios de unión no específica utilizando leche en
polvo al 5% en PBS. Los fagos se detectaron, aislaron, amplificaron
y secuenciaron como se ha descrito en el Ejemplo 2. Un péptido
representativo tiene la secuencia SCSVYDHKIGRDSFYSGCS (nº de
identidad en la SEQ: 101). Un péptido representativo también tiene
una preferencia por los condrocitos más de 10 veces mayor que las
células endoteliales.
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Ejemplo
10
Se seleccionaron perlas de colágeno (colágeno
bovino tipo I y tipo III de BD Biosciences, Bedford, Massachusetts,
Estados Unidos de América) de la manera que se ha hecho
anteriormente. Se utilizó una biblioteca mixta (X_{7},
X_{6}GX_{6}, X_{6}PX_{6}, X_{6}HX_{6}, X_{6}YX_{6},
X_{6}NX_{6}, SCX_{16}S, SSX_{16}S, y
X_{6}CX_{4}CX_{9}) para determinar si hay un motivo
estructural del péptido que posea una unión preferencial al
colágeno. Al igual que antes, la muestra de colágeno se bloquea con
leche o BSA en cada ronda antes de añadir los fagos. Se lavan (5X)
las perlas de colágeno con fagos unidos y a continuación se añaden
células de E. coli para la posterior infección y
amplificación. Se aíslan los fagos de las células y se añaden a una
nueva muestra de colágeno y se repite el procedimiento.
Los fagos se detectaron, aislaron, amplificaron
y secuenciaron como se ha descrito en el Ejemplo 2.
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Ejemplo
11
Se sintetizó el péptido fluoresceína-
FLSFVFPASAWGG (nº de identidad en la SEQ: 1) utilizando un
sintetizador de péptidos automatizado según las indicaciones dadas
por el fabricante. Tras el clivaje a partir de la resina, los
péptidos se lavaron, se purificaron mediante cromatografía líquida
de alta eficacia (HPLC), y se caracterizaron mediante
espectroscopía de masas. Este péptido posee un dominio de unión al
plástico (FLSFVFPASAWGG; nº de identidad en la SEQ: 1) y una sonda
fluorescente (fluoresceína).
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Ejemplo
12
Se sintetizó el péptido FLSFVFPASAWGGSSGRGD (nº
de identidad en la SEQ: 72) utilizando un sintetizador de péptidos
automatizado según las indicaciones dadas por el fabricante. Tras el
clivaje a partir de la resina, los péptidos se lavaron, se
purificaron mediante HPLC, y se caracterizaron mediante
espectroscopía de masas. Este péptido posee un dominio de unión a
las células (RGD; nº de identidad en la SEQ: 75) y un domino de
unión al plástico (FLSFVFPASAWGG; nº de identidad en la SEQ:
1).
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Ejemplo
13
Se sintetizó el péptido SCSDCLKSVDFIPSSLASSRGD
(nº de identidad en la SEQ: 103) utilizando un sintetizador de
péptidos automatizado según las indicaciones dadas por el
fabricante. Tras el clivaje a partir de la resina, los péptidos se
lavaron, se purificaron mediante HPLC, y se caracterizaron mediante
espectroscopía de masas. Este péptido posee un dominio de unión a
las células (RGD; nº de identidad en la SEQ: 75) y un domino de
unión al titanio (SCSDCLKSVDFIPSSLASS; nº de identidad en la SEQ:
27).
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Ejemplo
14
Se bañó un trozo de poliestireno en una solución
acuosa de un agente de unión que comprende de un péptido que se une
específicamente al poliestireno (por ejemplo, cualquiera de los
números de identidad en la SEQ: 1 a 22). A continuación se lavó el
poliestireno con grandes cantidades de PBS a pH 7,4 y a continuación
se secó. Se observó una disminución el ángulo de contacto desde 70º
a 28º, lo que indicaba que el péptido de unión estaba recubriendo
la superficie del poliestireno.
Procedimientos adicionales para aplicar un
péptido de unión o un agente de unión en un sustrato no biológico
incluyen el cepillado y el rociado de una solución que comprende de
una parte de unión o agente de unión. También se puede recubrir un
sustrato no biológico con un material de sacrificio soluble, a
continuación se recubre con la parte de unión o agente de unión,
seguido de la retirada del material de sacrificio para proporcionar
un patrón. Se pueden encontrar procedimientos representativos para
utilizar un material de sacrificio en Clark et al. (2001) J
Am Chem Soc 123:7677-7682, entre otros lugares.
\vskip1.000000\baselineskip
Ejemplo
15
Se diluyeron péptidos que se unen
específicamente al poliestireno, o a agentes de unión que comprenden
de un péptido que se une específicamente al poliestireno, a una
concentración de 25 mg/ml en una solución de 90 partes de PBS a pH
7,4 y 10 partes de dimetil sulfóxido (DMSO). A continuación se
estructuraron las soluciones por duplicado sobre distintos pocillos
de una placa de poliestireno para cultivo de tejidos de 12 pocillos
utilizando un formador de matrices con un "pin" (Cartesian
Technologies, Inc. de Irvine, California, Estados Unidos de
América). Se preparó una matriz de 10 x 10 de islas aplicando cien
puntos, cada uno de aproximadamente 40 \mum de diámetro, con un
espaciado vertical y horizontal de 500 \mum. Se aplicó un patrón
lineal con una matriz de 400 puntos de espaciado horizontal de 70
\mum y espaciado vertical de 750 \mum.
\vskip1.000000\baselineskip
Ejemplo
16
Se preparó una solución de 25 mg/ml utilizando
un agente de unión que comprende de la secuencia peptídica
RGDFLSFVFPASAWGG (nº de identidad en la SEQ: 72) en una mezcla de 90
partes de PBS a pH 7,4 y 10 partes de DMSO. Se añadieron cincuenta
(50) \mul de solución de agente de unión a cada una de las tres
placas microtiter de poliestireno de 96 pocillos durante 1 hora. En
otros 3 pocillos, se añadieron 50 \mul de un péptido control
FLSFVFPA
SAWGG (nº de identidad en la SEQ: 1) marcado con 25 mg/ml de fluoresceína. Los pocillos se lavaron tres veces con PBS y se bloquearon los sitios de unión no específica de la proteína con BSA estéril filtrada (3% en PBS) durante 30 minutos en agitación a 25 rpm. Como control negativo, se bloquearon 3 pocillos adicionales con la solución de BSA y no contenían un péptido de unión al poliestireno o un agente de unión que comprende de un péptido que se une al poliestireno. Tras 4 lavados con PBS, se sembraron en cada pocillo células endoteliales de cordón umbilical humano (HUVECs) en medio EBM suplementado. Se monitorizó la adhesión y diseminación de las células mediante microscopía ligera tras cultivarlas durante 1 hora, 2 horas, ó toda la noche. Los pocillos recubiertos con el agente de unión que comprendía de la nº de identidad en la SEQ: 72 mostró una adhesión celular y una diseminación celular aumentadas en comparación con los pocillos recubiertos con un péptido que se unía específicamente al poliestireno pero que carecía de dominio de unión a las células, o con células sin recubrimiento.
SAWGG (nº de identidad en la SEQ: 1) marcado con 25 mg/ml de fluoresceína. Los pocillos se lavaron tres veces con PBS y se bloquearon los sitios de unión no específica de la proteína con BSA estéril filtrada (3% en PBS) durante 30 minutos en agitación a 25 rpm. Como control negativo, se bloquearon 3 pocillos adicionales con la solución de BSA y no contenían un péptido de unión al poliestireno o un agente de unión que comprende de un péptido que se une al poliestireno. Tras 4 lavados con PBS, se sembraron en cada pocillo células endoteliales de cordón umbilical humano (HUVECs) en medio EBM suplementado. Se monitorizó la adhesión y diseminación de las células mediante microscopía ligera tras cultivarlas durante 1 hora, 2 horas, ó toda la noche. Los pocillos recubiertos con el agente de unión que comprendía de la nº de identidad en la SEQ: 72 mostró una adhesión celular y una diseminación celular aumentadas en comparación con los pocillos recubiertos con un péptido que se unía específicamente al poliestireno pero que carecía de dominio de unión a las células, o con células sin recubrimiento.
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Ejemplo
17
Se preparó ARNm de esplenocitos de ratón
inmunizados con el dominio extracelular de Tie2 humana. Un conjunto
de cebadores específicos para las regiones variables de la cadena
pesada y ligera expresadas en linfocitos B murinos se utilizó para
la transcripción inversa y la amplificación de estos fragmentos de
anticuerpos. Se juntaron los genes de la cadena pesada y ligera con
un conector flexible para formar un anticuerpo monocatenario
(scFv). Se clonaron Los anticuerpos monocatenarios dentro del vector
fagémido pCANTAB 5E (Amersham Biosciences, Piscataway, Nueva
Jersey, Estados Unidos de América), permitiendo que se expresaran
como proteínas de fusión en la superficie del fago. Se llevó a cabo
la selección de los clones de los fagos que se unían al receptor
Tie2 utilizando el dominio extracelular del receptor Tie2 purificado
(ExTek). Durante la selección iterativa, los niveles de unión a la
proteína ExTek señalizada de los clones de los fagos seleccionados
acumulados aumentaron con cada ronda de selección, según se midió
mediante ELISA, y parecieron estancarse mediante la segunda ronda.
La unión de estos clones de fagos seleccionados a una proteína de
control no relacionada y al agente de bloqueo se mantuvo
insignificante a lo largo de toda la selección iterativa.
Se recogieron clones individuales de los pools
seleccionados de la primera y segunda rondas para evaluar la
heterogeneidad clonal mediante análisis de la huella genética. Estos
estudios mostraron que ya había comenzado a emerger una especie
dominante mediante la ronda 2. Por consiguiente, los análisis
siguientes se restringieron a los clones más heterogéneos aislados
del pool seleccionado de la ronda 1.
Se sometieron a ensayo los clones individuales
del pool seleccionado de la Ronda 1 para verificar su afinidad por
Tie2 y por los controles. Los clones representativos mostraron una
unión específica a un dominio extracelular del receptor Tie2
purificado (ExTek) pero no a un dominio extracelular del receptor
tirosina quinasa Fms purificado (ExFms) estrechamente emparentado.
Se utilizó un clon de no unión (1C8) como control negativo.
También se sometieron a ensayo estos clones
mediante ELISA celular para verificar su capacidad de reconocer el
Tie2 expresado en la superficie de 293 células. Se identificaron
numerosos clones que se unían a las 293 células establemente
transfectadas para expresar Tie2. Estos clones no se unían a las 293
células parentales sin receptor Tie2.
Se expresaron anticuerpos monoclonales solubles
en una cepa no supresora y se purificaron de los extractos
periplásmicos utilizando un anticuerpo anti- marcador del extremo
C-terminal del péptido E en el scFv soluble. Este
sistema produce scFv puro en cantidades suficientemente altas como
para un análisis molecular detallado (> 500 \mug del extracto
periplásmico de un litro de bacterias).
Los experimentos adicionales demostraron que uno
de estos scFv, 1B1, era capaz de inhibir la activación del receptor
Tie2 en EC según se midió por su capacidad de inhibir la
fosforilación de Tie2 mediada por la Angiopoyetina-1
(Ang-1) y la protección de la Ang1 de la aptosis
inducida por TNF. Tales anticuerpos se pueden convertir en
biomateriales interfaciales de modificación de la función (IFBMs).
Los demás scFvs no mostraron ningún efecto sobre la fisiología del
Tie2, lo que sugiere que estos anticuerpos pueden resultar útiles
como módulos de afinidad del IFBM.
\vskip1.000000\baselineskip
Ejemplo
18
La fuerza de adhesión y modo de unión dependen
del IFBM y del sustrato. Para caracterizar y cuantificar las
fuerzas de adhesión entre los IFBMs y los sustratos sintéticos y
biológicos, se utilizó un espectrómetro de fuerza de avanzada
tecnología que utiliza una plataforma flexible de tipo
piezoeléctrico de alta precisión equipada con un sensor de
desplazamiento capacitivo con una resolución de posición de
aproximadamente 0,5 nm. Se utilizó un péptido que se unía al
poliestireno de la biblioteca de péptidos X_{6}YX_{6} (un
péptido terminado en cisteína que contiene el dominio de unión al
poliestireno en dirección hacia delante; CGSSLVGLHSYWSSPFF; nº de
identidad en la SEQ: 117). A continuación se unieron los péptidos
terminados en cisteína al cantilever de un microscopio de fuerza
atómica (AFM) recubierto con oro incubando el cantilever en una
solución del péptido (1 mg/ml). Se llevaron a cabo las mediciones
de fuerza de despegado en solución tampón PBS en un equipo MultiMode
AFM (Digital Instruments, en la actualidad Veeco Instruments, Inc.
Woodbury, Nueva York, Estados Unidos de América) mediante la unión
repetida de una superficie de poliestireno con la punta del
cantilever modificada a una velocidad de 300 nm/seg. La fuerza de
adhesión media para el péptido fue de aproximadamente 300 pN.
\vskip1.000000\baselineskip
Ejemplo
19
Una vez que se identificaron las secuencias de
los péptidos, se utilizó la síntesis de péptidos en fase sólida
automatizada siguiendo los protocolos estándares
9-fluorenilmetiloxicarbonil (FMOC) para producir un
péptido de adhesión al poliestireno (FFPSSWYSHLGVL; nº de identidad
en la SEQ: 18) con un marcador polietilén glicol (PEG) en el
C-terminal (PEG de peso molecular 2.500). Se
seleccionó el PEG como el segmento para repeler a las células de un
biomaterial interfacial puesto que es bien sabido que inhibe/evita
la adhesión y dispersión de las células. Se recubrió una muestra
cuadrada de poliestireno de 4 cm^{2} con el biomaterial
interfacial no ensuciante (1 mg/ml en PBS/DMSO al 90%/10% a pH =
7,4; durante toda la noche). El poliestireno recubierto con IFMB
fue posteriormente lavado con un exceso de PBS a pH 7,4. Las
mediciones del ángulo de contacto en el poliestireno tratado y no
tratado correspondiente confirmaron que el biomaterial interfacial
recubría la superficie.
Para demostrar que el péptido multifuncional o
el biomaterial interfacial (IFBM) FFPYSHLGVLSSGPEG (nº de identidad
en la SEQ: 104) puede cubrir una superficie y evitar o reducir la
adhesión de las células, determinamos si los fibroblastos dérmicos
de un humano adulto (NHDFs) o las células endoteliales del cordón
umbilical humano (HUVECs) se adherirían al poliestireno recubierto
con IFBM. Primero, se preparó una solución de 1,0 mg/ml de
FFPYSHLGVLSSG-PEG (nº de identidad en la SEQ: 104)
en agua. Se añadió la solución a los pocillos de una placa de
cultivo de poliestireno de 96 pocillos y se incubó a 50ºC durante
toda la noche. A continuación se lavaron los pocillos dos veces con
PBS antes de sembrarlos con 300 \mul de cualquiera de los dos
tipos de células. También se sembraron los fibroblastos humanos y
las células endoteliales en poliestireno no tratado (N=3) y
poliestireno recubierto con péptido (no pegilado) (N=3). Después de
incubarlos toda la noche a 37ºC, se lavaron los pocillos 5 veces en
exceso de PBS, a continuación se fijaron en etanol y se tiñeron con
eosina Y para el conteo de células y visualización al microscopio
óptico. Tanto las células NHDF como las HUVEC perdieron su
morfología redondeada, se dispersaron y se adhirieron al plástico
control no tratado. A mayor resolución, el arrugamiento de la
membrana marcada resulta evidente. Las NHDF ó HUVECs sembradas en el
poliestireno tratado mantienen una morfología redondeada y no se
adhieren con fuerza a la superficie. Los estudios de conteo de
células muestran que la adhesión disminuye sustancialmente y que el
número de células se reduce drásticamente cuando el poliestireno
está recubierto con FFPYSHLGVLSSG-PEG (nº de
identidad en la SEQ: 104).
\vskip1.000000\baselineskip
Ejemplo
20
Se lavaron tubos de polipropileno (12 mm x 75
mm) recubiertos con antígenos tres veces con NaCl al 0,9% que
contiene TWEEN®-20 al 0,5% antes de su uso. Se añaden a cada tubo
200 \mul de un estándar de un antígeno o una muestra desconocida.
Se tapan los tubos y se incuban a temperatura ambiente durante 3
horas. Después, se aspiran los tubos y a continuación se lavan 3
veces con NaCl al 0,9% que contiene TWEEN®-20 al 0,5% como se ha
indicado anteriormente. Se añaden a cada tubo 200 \mul del
anticuerpo marcado con biotina diluido apropiadamente, y se incuban
los tubos durante toda la noche a 4ºC. Tras la incubación, se
aspiran y se lavan los tubos 3 veces con NaCl al 0,9% que contiene
solución TWEEN®-20 al 0,5%. Tras el lavado, se añaden a cada tubo
200 \mul de una disolución apropiada de avidina marcada con HRP, y
se incuban los tubos a temperatura ambiente durante 5 minutos a 60
minutos, se aspiran y a continuación se lavan como se ha indicado
anteriormente. Se determina la actividad enzimática en la fase
soluble añadiendo a cada tubo 1 ml de tampón fosfato de sodio 0,033
M a pH 6,6 que contiene 5,4 mM de o-fenilenediamina
dihidrocloro y H_{2}O_{2} al 0,03% a intervalos programados.
Cuando la intensidad de color se considera adecuada (de 15 a 30
minutos), se interrumpe la reacción enzimática y se mide la
absorbancia a una longitud de onda
apropiada.
apropiada.
Cuando se utiliza avidina marcada con fosfatasa
alcalina en lugar de avidina marcada con HPR, la actividad
enzimática en la fase soluble se determina añadiendo 1 ml de tampón
carbonato de sodio 0,05 M a pH 9,8 que contiene 1 mg/ml de
p-nitrofenilfosfato y 1 mM de MgCl_{2}. Tras un
período de incubación apropiado, se interrumpe la reacción con 100
\mul de NaOH 1N y se mide la absorbancia a 400 nm.
Los inmunoensayos de enzimas realizados en
placas microtiter se llevan a cabo básicamente de la misma manera
descrita anteriormente. Los ensayos de enzimas se llevan a cabo
utilizando 250 \mul de la solución sustrato y se interrumpen con
50 \mul de NaOH 1N. La intensidad del color se puede estimar
cualitativamente o determinar cuantitativamente mediante un
análisis espectrofotométrico de los contenidos de cada pocillo de la
placa microtiter utilizando una microcubeta de 250 \mul.
\vskip1.000000\baselineskip
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<211> 19
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<212> PRT
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<213> constructo sintético
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<210> 18
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<211> 13
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<212> PRT
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<213> constructo sintético
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<220>
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica misc
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (13)..(13)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> el residuo 13 (leucina) puede
opcionalmente tener unida una fracción de polietilenglicol
\vskip1.000000\baselineskip
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<400> 18
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<212> PRT
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<213> constructo sintético
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<211> 7
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<213> constructo sintético
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<213> constructo sintético
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\hskip0,8cm
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<212> PRT
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<213> constructo sintético
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<400> 94
\vskip1.000000\baselineskip
\hskip0,8cm
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\vskip0.400000\baselineskip
<210> 95
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 8
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<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> constructo sintético
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 95
\vskip1.000000\baselineskip
\hskip0,8cm
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 96
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 4
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> constructo sintético
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 96
\vskip1.000000\baselineskip
\hskip0,8cm
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 97
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 4
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<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> constructo sintético
\vskip1.000000\baselineskip
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<400> 97
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\hskip0,8cm
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<210> 98
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<211> 7
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> constructo sintético
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 98
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\hskip0,8cm
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 99
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 70
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> constructo sintético
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica misc
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)..(70)
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<223> N es A, G, C, ó T
\hskip1cmK es A, G, C, ó T
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 99
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\hskip0,8cm
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 100
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 39
\vskip0.400000\baselineskip
<212> ADN
\vskip0.400000\baselineskip
<213> constructo sintético
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica misc
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (1)..(39)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> N es A, C, G, ó T
\hskip1cmK es A, C, G, ó T
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 100
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipnnknnknnkn nknnknnkta tnnknnknnk nnknnknnk
\hfill39
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 101
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 19
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> constructo sintético
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 101
\vskip1.000000\baselineskip
\hskip0,8cm
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<210> 102
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 19
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<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> constructo sintético
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 102
\vskip1.000000\baselineskip
\hskip0,8cm
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 103
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 22
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> constructo sintético
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 103
\vskip1.000000\baselineskip
\hskip0,8cm
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 104
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 13
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> constructo sintético
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip0.400000\baselineskip
<221> característica misc
\vskip0.400000\baselineskip
<222> (13)..(13)
\vskip0.400000\baselineskip
<223> el residuo 13 (leucina) puede
opcionalmente tener unida una fracción de polietilenglicol
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 104
\vskip1.000000\baselineskip
\hskip0,8cm
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 105
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 12
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> constructo sintético
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 105
\vskip1.000000\baselineskip
\hskip0,8cm
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 106
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 12
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> constructo sintético
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 106
\vskip1.000000\baselineskip
\hskip0,8cm
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 107
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 19
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> constructo sintético
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 107
\vskip1.000000\baselineskip
\hskip0,8cm
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 108
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 19
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> constructo sintético
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 108
\vskip1.000000\baselineskip
\hskip0,8cm
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 109
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 19
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> constructo sintético
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 109
\vskip1.000000\baselineskip
\hskip0,8cm
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 110
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 19
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> constructo sintético
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 110
\vskip1.000000\baselineskip
\hskip0,8cm
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 111
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 19
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> constructo sintético
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 111
\vskip1.000000\baselineskip
\hskip0,8cm
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 112
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 19
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> constructo sintético
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 112
\vskip1.000000\baselineskip
\hskip0,8cm
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 113
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 12
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> constructo sintético
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 113
\vskip1.000000\baselineskip
\hskip0,8cm
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 114
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 19
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> constructo sintético
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 114
\vskip1.000000\baselineskip
\hskip0,8cm
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 115
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 19
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> constructo sintético
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 115
\vskip1.000000\baselineskip
\hskip0,8cm
\vskip1.000000\baselineskip
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<210> 116
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 19
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> constructo sintético
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 116
\vskip1.000000\baselineskip
\hskip0,8cm
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 117
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 17
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> constructo sintético
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 117
\vskip1.000000\baselineskip
\hskip0,8cm
Claims (20)
1. Biomaterial interfacial que comprende de una
pluralidad de agentes de unión, donde cada agente de unión
comprende de una primera parte de unión que se une específicamente a
un sustrato diana no biológico, y de una segunda parte de unión que
se une específicamente a un sustrato diana biológico, donde cada
agente de unión comprende de dos o más especificidades de unión,
donde la pluralidad de agentes de unión son capaces de definir una
interfaz entre el sustrato diana no biológico y el sustrato diana
biológico, y donde la primera parte de unión comprende de un
péptido y la segunda parte de unión comprende de un péptido.
2. Biomaterial interfacial según la
reivindicación 1, donde la pluralidad de agentes de unión comprenden
de una pluralidad de agentes de unión idénticos o de agentes de
unión no idénticos.
3. Biomaterial interfacial según la
reivindicación 1, que comprende adicionalmente de un conector, donde
el conector une una primera parte de unión y una segunda parte de
unión.
4. Biomaterial interfacial según la
reivindicación 1, donde el sustrato diana no biológico comprende de
un sustrato seleccionado de entre un polímero sintético, un
plástico, un metal, un óxido metálico, un óxido no metálico, un
material de silicona, un material cerámico, un fármaco, un portador
de fármaco, y combinaciones de los mismos.
5. Biomaterial interfacial según la
reivindicación 1, donde el sustrato diana biológico comprende de un
sustrato seleccionado de entre un tejido, una célula, una
macromolécula, y combinaciones de las mismas.
6. Biomaterial interfacial según la
reivindicación 1, donde la primera parte de unión comprende de un
péptido que comprende de una secuencia de aminoácidos seleccionada
de entre cualquiera de los números de identidad en la SEQ:
1-71.
7. Biomaterial interfacial según la
reivindicación 1, donde la primera parte de unión se une a un metal
que comprende de titanio, acero inoxidable, y una combinación de
los mismos.
8. Biomaterial interfacial según la
reivindicación 1, donde la primera parte de unión se une a un
plástico que comprende de poliestireno, policarbonato, poliuretano,
y una combinación de los mismos.
9. Procedimiento para preparar un biomaterial
interfacial según la reivindicación 1, comprendiendo dicho
procedimiento de:
- (a)
- poner en contacto un sustrato no biológico con una pluralidad de agentes de unión, donde cada uno de la pluralidad de agentes de unión comprende de una primera parte de unión que se une específicamente al sustrato no biológico y de una segunda parte de unión que se une específicamente a un sustrato diana biológico, y donde la pluralidad de agentes de unión se quedan unidos a un sustrato no biológico mediante una especificidad de unión de la pluralidad de agentes de unión para el sustrato no biológico;
- (b)
- poner en contacto el sustrato no biológico, que tiene una pluralidad de agentes de unión unidos al mismo, con una muestra que comprende de un sustrato diana biológico; y
- (c)
- dejar pasar un tiempo suficiente para que el sustrato diana biológico se una a la pluralidad de agentes de unión mediante una especificidad de unión de la pluralidad de agentes de unión para el sustrato diana biológico.
10. Procedimiento para aplicar un biomaterial
interfacial según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 8,
procedimiento que comprende de:
- (a)
- poner en contacto un sustrato no biológico con una pluralidad de agentes de unión, donde cada uno de la pluralidad de agentes de unión comprende de una primera parte de unión que se une específicamente al sustrato no biológico y de una segunda parte de unión que se une específicamente a un sustrato diana biológico, y donde la pluralidad de agentes de unión se quedan unidos al sustrato no biológico mediante una especificidad de unión de la pluralidad de agentes de unión para el sustrato no biológico;
- (b)
- poner en contacto el sustrato no biológico, que tiene una pluralidad de agentes de unión unidos al mismo, con una muestra que comprende de un sustrato diana biológico; y
- (c)
- dejar pasar un tiempo suficiente para que el sustrato diana biológico se una a la pluralidad de agentes de unión mediante una especificidad de unión de la pluralidad de agentes de unión para el sustrato diana biológico.
11. Procedimiento según la reivindicación 10,
donde dicho procedimiento es para el cultivo de células, donde
dicho sustrato diana biológico son células, y cuyo procedimiento
comprende adicionalmente de (d) cultivar las células.
12. Procedimiento según la reivindicación 10,
donde el biomaterial interfacial se aplica en un patrón para formar
una matriz biológica.
13. Procedimiento según la reivindicación 12,
donde la aplicación cosiste en una impresión por
"dip-pen".
14. Matriz biológica preparada mediante el
procedimiento de cualquiera de las reivindicaciones 12 y 13.
15. Biomaterial interfacial según cualquiera de
las reivindicaciones 1 a 8, para su uso en un procedimiento que
comprende de:
- (a)
- poner en contacto un sustrato no biológico con una pluralidad de agentes de unión, donde cada uno de la pluralidad de agentes de unión comprende de una primera parte de unión que se une específicamente al sustrato no biológico y de una segunda parte de unión que se une específicamente a un sustrato biológico, y donde la pluralidad de agentes de unión se quedan unidos al sustrato no biológico mediante una especificidad de unión de la pluralidad de agentes de unión para el sustrato no biológico;
- (b)
- poner en contacto el sustrato no biológico, que tiene una pluralidad de agentes de unión unidos al mismo, con una muestra que comprende de un sustrato diana biológico; y
- (c)
- dejar pasar un tiempo suficiente para que el sustrato diana biológico se una a la pluralidad de agentes de unión mediante una especificidad de unión de la pluralidad de agentes de unión para el sustrato diana biológico;
Donde dicho procedimiento es para aplicar un
biomaterial interfacial a un dispositivo que comprende de un
implante, donde dicho sustrato no biológico está contenido en un
implante, y donde dicho sustrato diana biológico son células; y
donde en la etapa (b) el implante, que tiene una pluralidad de
agentes de unión unidos al mismo, está en contacto con las células,
estimulando la unión de las células a la pluralidad de agentes de
unión en el implante.
16. Sustrato no biológico que comprende de una
pluralidad de agentes de unión, donde cada uno de la pluralidad de
agentes de unión comprende de una primera parte de unión que se une
específicamente a un sustrato no biológico y de una segunda parte
de unión que se une específicamente a las células, donde la primera
parte de unión comprende de un péptido y la segunda parte de unión
comprende de un péptido, donde la pluralidad de agentes de unión se
quedan unidos al sustrato no biológico mediante una especificidad de
unión de la pluralidad de agentes de unión para el sustrato no
biológico al formar un sustrato no biológico recubierto; para su uso
en un procedimiento de modulación de la actividad de un sustrato
biológico, comprendiendo dicho uso de:
- (a)
- colocar el sustrato no biológico recubierto en un sitio diana, donde el sustrato biológico está presente en el sitio diana; y
- (b)
- dejar pasar un tiempo suficiente para que el sustrato biológico se una a la pluralidad de agentes de unión en el sustrato no biológico recubierto en el sitio diana, donde la unión modula la actividad del sustrato biológico.
17. Sustrato según la reivindicación 16, donde
la actividad modulada comprende de la angiogénesis o cicatrización
de una herida.
18. Procedimiento o sustrato según cualquiera de
las reivindicaciones 10, 12, 13, 16 ó 17, donde el sustrato
biológico se selecciona de entre el grupo que consiste de un tejido,
una célula, una macromolécula y combinaciones de las mismas.
19. Procedimiento o sustrato según cualquiera de
las reivindicaciones 9 a 17, donde se utiliza un conector para unir
una primera parte de unión a una segunda parte de unión.
20. Fármaco no biológico, o portador no
biológico del fármaco que comprende de una pluralidad de agentes de
unión, donde cada uno de la pluralidad de agentes de unión comprende
de una primera parte de unión que se une específicamente al fármaco
o al portador del fármaco y de una segunda parte de unión que se une
específicamente a una célula diana, donde la primera parte de unión
comprende de un péptido y la segunda parte de unión comprende de un
péptido, para su uso en un procedimiento para la administración de
un fármaco a un sujeto, comprendiendo el uso de:
- (a)
- administrar el fármaco a un sujeto; y
- (b)
- dejar pasar un tiempo suficiente para que la pluralidad de agentes de unión se una a la célula diana.
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