ES2324641T3 - Composiciones terapeuticas de anticuerpos y acidos nucleicos antisentido para serrate. - Google Patents
Composiciones terapeuticas de anticuerpos y acidos nucleicos antisentido para serrate. Download PDFInfo
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Abstract
Una composición farmacéutica que comprende un vehículo farmacéuticamente aceptable y una cantidad terapéuticamente eficaz de un anticuerpo a una proteína Serrate.
Description
Composiciones terapéuticas de anticuerpos y
ácidos nucleicos antisentido para Serrate.
La presente descripción se refiere a
composiciones terapéuticas que comprenden proteínas Notch, análogos
y derivados de las mismas, anticuerpos frente a ellos, ácidos
nucleicos que codifican las proteínas Notch, derivados o análogos,
ácidos nucleicos antisentido Notch y proteínas toporítmicas
que se unen a Notch y sus ácidos nucleicos y anticuerpos. También se
proporcionan métodos terapéuticos y de diagnóstico.
Las mutaciones nulas en uno cualquiera de los
locus neurógenos zigóticos - Notch (N), Delta
(DI), director (mam), potenciador de
escisión (E(spl), neurales (neu), y
cerebro principal (bib) - dan como resultado la
hipertrofia del sistema nervioso a expensas de las estructuras
epidérmicas ventrales y laterales. Este efecto es debido al desvío
de las células precursoras epidérmicas dentro de una ruta neuronal,
e implica que la función genética neurógena es necesaria para
desviar las células dentro de la región neurógena desde la muerte de
las neuronas hasta la muerte epitelial. Los estudios que han
evaluado los efectos de la ablación con láser de neuroblastos
embriónicos específicos en saltamontes (Doe and Goodman 1985, Dev.
Biol.. 111, 206-219) han demostrado que las
interacciones celulares entre los neuroblastos y las células
accesorias circundantes sirven para inhibir que estas células
accesorias adopten la muerte de los neuroblastos. En conjunto, estas
observaciones genéticas y de desarrollo han llevado a la hipótesis
de los productos proteínicos de la función de los locus neurógenos
como componentes de un mecanismo de interacción celular necesario
para el desarrollo epidérmico apropiado.
(Artavanis-Tsakonas, 1988, Trends Genet. 4,
95-100).
Los análisis de secuencias (Wharton et
al., 1985, Cell 43, 567-581; Kidd et al.,
1986, Mol. Cell. Biol. 6, 3094-3108; Vassin et
al., 1987, EMBO J. 6, 3431-3440; Kopczynski
et al., 1988, Genes dev. 2, 1723-1735) han
demostrado que dos de los locus neurógenos, Notch y
Delta, parece que codifican las proteínas transmembranales
que se extienden a través de la membrana de una sola vez. El gen
Notch de la Drosophila codifica una proteína de
\sim 300 kd (se usa "Notch" para denominar esta proteína) con
un gran dominio extracelular N-terminal que incluye
36 repeticiones en cascada semejantes al factor de crecimiento
epidérmico (EGF) seguido por otras tres repeticiones ricas en
cisteína, designadas como repeticiones Notch/lin-12 (Wharton
et al., 1985, Cell 43, 567-581; Kidd et
al., 1986, Mol. Cell Biol.. 6, 3094-3108; Yochem
et al., 1988, Nature 335, 547-550). También
se han publicado las secuencias de Xenopus (Coffman et
al., 1990, Science 249: 1438-1441) y un
homólogo Notch humano denominado TAN-1
(Ellisen et al., 1991, Cell 66:649-661).
Delta codifica una proteína de \sim 100 kd (se usa
"Delta" para indicar DLZM, el producto proteínico de las
transcripciones cigóticas y maternales predominantes; Kopczynski
et al., 1988, Genes Dev. 2, 1723-1735) que
tiene nueve repeticiones semejantes al EGF dentro de su dominio
extracelular (Vassin et al., 1987, EMBO J. 6,
3431-3440; Kopczynski et al., 1988, Genes
Dev. 2, 1723-1735). Aunque se conoce poco sobre la
importancia funcional de estas repeticiones, el motivo semejante al
EGF se ha encontrado en una variedad de proteínas, incluyendo las
implicadas en la cascada de coagulación de la sangre (Furie and
Furie, 1988, Cell 53, 505-518). En particular, se
ha encontrado este motivo en las proteínas extracelulares tales como
los factores de coagulación sanguínea IX y X (Rees et al.,
1988, EMBO J. 7, 2053-2061; Furie and Furie, 1988,
Cell 53, 505-518), en otros genes de
Drosophila (Knust et al., 1987, EMBO J.
761-766; Rothberg et al., 1988, Cell 55,
1047-1059), y en algunas proteínas receptoras de la
superficie celular, tales como la trombomodulina (Suzuki et
al., 1987, EMBO J. 6, 1891-1897) y el receptor
LDL (Sudhof et al., 1985, Science 228,
815-822). Se ha dibujado el mapa de un sitio de
unión de las proteínas al dominio de repeticiones EGF en la
trombomodulina y uroquinasa (Kurowasa et al., 1988, J. Biol.
Chem 263, 5993-5996; Apella et al., 1987, J.
Biol. Chem. 262, 4437-4440).
Se han descrito una colección interesante de
interacciones entre mutaciones Notch y Delta (Vassin
et al., 1985, J. Neurogenet. 2, 291-308;
Shepard et al., 1989, Genetics 122, 429-438;
Xu et al., 1990, Genes Dev., 4, 464-475).
Una serie de estudios genéticos (resumidos en Alton et al.,
1989, Dev. Genet. 10, 261-272) ha indicado que las
dosis de los genes Notch y Delta en relación uno con
otro son cruciales para el desarrollo normal. Una reducción del 50%
en la dosis de Delta en un precursor Notch natural
causa un ensanchamiento de las venas de las alas que crea una
"delta" en la base (Lindsley and Grell, 1968, número de
publicación 627, Washington, D.C., Carnegie Institute of
Washington). Un fenotipo similar es causado al incrementar un 50%
la dosis de Notch en un precursor Delta natural (un
fenotipo "confluente", Welshons, 1965, Science 150,
1122-1129). Este fenotipo Delta se deprime
parcialmente por una reducción en la dosis de Notch. Los
trabajos han demostrado que las interacciones letales entre alelos
que se correlacionan con alteraciones en la repeticiones semejantes
al EGF en Notch se pueden resolver reduciendo la dosis de
Delta (Xu et al., 1990, Genes Dev. 4,
464-475). Xu et al (1990, Genes dev. 4,
464-475) encontraron que las mutaciones nulas bien
en Delta o bien en mam reducen las interacciones
letales entre las combinaciones heterocigóticas de ciertos alelos
Notch, conocidas como mutaciones Abruptex (Ax).
Los alelos Ax se asocian con mutaciones de sentido erróneo
dentro de las repeticiones semejantes al EGF del dominio Notch
extracelular (Kelley et al., 1987, Cell 51,
539-548; Hartley et al., 1987, EMBO J. 6,
3407-3417).
Estudios recientes han demostrado que Notch y
Delta, y Notch y Serrate, interactúan directamente a nivel molecular
(Fehon et al., 1990, Cell 61: 523-534; Rebay
et al., 1991, Cell 67:687-699).
Notch es expresado en procedimientos axonales
durante el crecimiento de las neuronas embriónicas (Johansen et
al., 1989. J. Cell Biol. 109: 2427-2440; Kidd
et al., 1989, Genes Dev. 3: 1113-1129; Fehon
et al., 1991. J. Cell Biol. 113:657-669).
Un estudio ha demostrado que ciertos alelos
Ax de Notch pueden alterar gravemente la señalización
de los axones durante el crecimiento nervioso sensorial en los
discos de los insectos, aunque no se conoce todavía si la expresión
anormal de Notch en el propio axon o en el epitelio a lo
largo de su crecimiento es responsable de este defecto (Palka et
al., 1990, Development 109, 167-175).
\vskip1.000000\baselineskip
Un neoplasma, o tumor, es una masa neoplásica
que resulta del crecimiento celular anormal incontrolado, que puede
causar hinchamiento en la superficie corporal, y que puede ser
benigno o maligno. Los tumores benignos permanecen generalmente
localizados. Los tumores malignos se denominan colectivamente
cánceres. El término "maligno" significa generalmente que el
tumor puede invadir y destruir las estructuras corporales vecinas y
dispersarse a sitios distantes hasta causar la muerte (para
revisión, véase Robbins and Angell, 1976, Basic Pathology, 2d
Ed., W.B. Saunders Co., Philadelphia, pp.
68-122).
El tratamiento y la prevención eficaces del
cáncer permanecen como una necesidad largamente deseada, y una meta
principal en la investigación biomédica.
\vskip1.000000\baselineskip
La presente descripción se refiere a métodos
terapéuticos y de diagnóstico y a composiciones basadas en las
proteínas Notch y los ácidos nucleicos. La descripción se refiere al
tratamiento de trastornos de muerte o diferenciación celular por la
administración de un compuesto terapéutico de la invención. Dichos
compuestos terapéuticos (denominados aquí "Compuestos
terapéuticos") incluyen: proteínas Notch y análogos y derivados
de las mismas (incluyendo fragmentos), anticuerpos frente a ellos;
ácidos nucleicos que codifican las proteínas Notch, análogos, o
derivados; ácidos nucleicos antisentido Notch, así como proteínas
toporítmicas y derivados que se unen o si no interactúan con
proteínas Notch, y sus anticuerpos y ácidos nucleicos codificantes.
Se puede administrar un compuesto terapéutico para tratar un estado
canceroso, o para evitar la progresión de un estado
pre-neoplásico o no maligno a un estado neoplásico o
maligno. Se puede administrar un compuesto terapéutico para tratar
un trastorno del sistema nervioso o para favorecer la regeneración y
reparación de los tejidos.
Los compuestos terapéuticos que antagonizan, o
inhiben, la función Notch (denominados de aquí en adelante
"Compuestos terapéuticos antagonistas") se administran para un
efecto terapéutico; los trastornos que se pueden tratar así se
pueden identificar por ensayos in vitro tal como se describe
en la sección 5.1, más adelante. Tales "Compuestos terapéuticos
antagonistas" incluyen, pero sin limitarse a ellos, ácidos
nucleicos antisentido Notch, anticuerpos neutralizantes
anti-Notch, e inhibidores competitivos de las
interacciones proteína Notch-proteína (por ejemplo,
una proteína que comprende Notch ELR-11 y
ELR-12 y sus derivados), todos ellos detallados más
adelante.
Los compuestos terapéuticos que favorecen la
función Notch (denominados de aquí en adelante "Compuestos
terapéuticos agonistas") se administran para un efecto
terapéutico; los trastornos que se pueden tratar así se pueden
identificar por ensayos in vitro tal como se describe en la
sección 5.1, más adelante. Tales Compuestos terapéuticos agonistas
incluyen, pero sin limitarse a ellos, proteínas Notch y sus
derivados que comprenden el dominio intracelular, y las proteínas
que interactúan con las Notch (p. ej., una proteína que comprende
una secuencia Delta homóloga a los aminoácidos
1-230 de Drosophila Delta (véase figura 1 y SEQ ID
NO:2), o que comprende una secuencia Serrate homóloga a los
aminoácidos 79-282 de Drosophila Serrate (véase
figura 5 y SEQ ID NO:4)).
Los trastornos con muerte celular, en particular
trastornos hiperproliferativos (por ejemplo, cáncer) o
hipoproliferativos, que implican niveles anormales o indeseables de
expresión o actividad de las proteínas Notch se pueden diagnosticar
detectando dichos niveles, como se describe más completamente más
adelante.
Un compuesto terapéutico es una proteína que
consiste en al menos un fragmento (denominado en esta memoria
"fragmento adhesivo") de las proteínas codificadas por genes
toporrítmicos que median en la unión a proteínas Notch o sus
fragmentos adhesivos. Los genes toporrítmicos, según se usa en la
presente memoria, se refieren a los genes Notch,
Delta y Serrate, así como a otros miembros de la
familia Delta/Serrate que se pueden identificar en virtud de
la homología de la secuencia o interacción genética, y en general,
miembros de la "cascada Notch" o el "grupo Notch" de
genes, que se identifican por interacciones moleculares (p. ej.,
unión in vitro) o interacciones genéticas (como se detecta
fenotípicamente; p. ej., en Drosophila).
En otro aspecto, la descripción se refiere a
proteínas Notch humanas en particular, las codificadas por el
homólogo hN, y las proteínas que comprende el dominio extracelular
de la proteína y sus subsecuencias. También se proporcionan los
ácidos nucleicos que codifican las anteriores y células
recombinantes.
\vskip1.000000\baselineskip
Como se usan aquí, los siguientes términos
tienen los significados que se indican:
- AA =
- aminoácido
- EGF =
- factor de crecimiento epidérmico
- ELR =
- repetición semejante al EGF (homólogo)
- IC =
- intracelular
- PCR =
- reacción en cadena de la polimerasa
\vskip1.000000\baselineskip
Como se usa aquí, el subrayado del nombre de un
gen indica el gen, al contrario de su producto proteínico codificado
que se indica por el nombre del gen sin ningún subrayado. Por
ejemplo, "Notch" significará gen Notch, mientras
que "Notch" indicará el producto proteínico del gen
Notch.
\vskip1.000000\baselineskip
La presente invención proporciona una
composición farmacéutica que comprende un vehículo farmacéuticamente
aceptable y una cantidad terapéuticamente eficaz de un anticuerpo a
una proteína Serrate, como se recoge en la reivindicación 1.
En una realización, el anticuerpo es policlonal.
En otra realización, el anticuerpo es monoclonal. En una realización
adicional de la invención, el anticuerpo es a un dominio de la
proteína Serrate que se une a Notch. Estas realizaciones se recogen
en las reivindicaciones 2 a 4.
La invención también proporciona una composición
farmacéutica que comprende un vehículo farmacéuticamente aceptable
y una cantidad terapéuticamente eficaz de un fragmento de un
anticuerpo a una proteína Serrate, fragmento el cual, contiene el
dominio de unión del anticuerpo, anticuerpo el cual, es como se
define en una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4.
La invención proporciona además una composición
farmacéutica que comprende un vehículo farmacéuticamente aceptable
y una cantidad terapéuticamente eficaz de un ácido nucleido
antisentido Serrate.
Preferiblemente, el anticuerpo, el fragmento del
anticuerpo o el ácido nucleico antisentido, respectivamente, está
purificado.
La invención proporciona además un anticuerpo
como se define en una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4 y 7,
un fragmento de un anticuerpo como se define en la reivindicación 5
o reivindicación 7 o un ácido nucleico antisentico como se define
en la reivindicación 6 o reivindicación 7, para usar como un
medicamento.
La invención proporciona además el uso de un
anticuerpo como se define en una cualquiera de las reivindicaciones
1 a 4 y 7, un fragmento de un anticuerpo como se define en la
reivindicación 5 o reivindicación 7, o un ácido nucleico
antisentido como se define en la reivindicación 6 o reivindicación
7, para la fabricación de un medicamente para tratar o prevenir un
tumor maligno en un sujeto.
\vskip1.000000\baselineskip
Figura 1. Secuencia de nucleótidos primarios del
cDNA Delta D11 (SEQ ID NO:1) y secuencia de aminoácidos Delta
(SEQ ID NO:2). Se muestra la secuencia de DNA de la hebra
5'-3' del cDNA D11, que contiene una serie de
correcciones en comparación con la presentada por Kopczynkski et
al. (1988. Genes Dev. 2:1723-1735).
Figura 2. Las estructuras artificiales de
expresión de Notch y el mapa de deleción del dominio de unión
Delta/Serrate. Las células S2 en crecimiento en fase logarítmica
fueron transfectadas transitoriamente con la serie de estructuras
artificiales de expresión mostrada: los dibujos representan los
productos proteínicos previsibles de los diferentes mutantes de
deleción Notch creados. Todas las estructuras artificiales de
expresión se derivaron de la estructura artificial #1 pMtNMg. Las
células transfectadas transitoriamente se mezclaron con células que
expresan Delta a partir de la línea
L49-6-7 transformada permanentemente
o con células que expresan Serrate transfectadas transitoriamente,
inducidas con CuSO_{4}, se incubaron en condiciones de agregación
y después se puntuaron en cuanto a su capacidad para agregarse
usando antisuero específico y el microscopio de inmunofluorescencia.
Los agregados se definieron como agrupaciones de cuatro o más
células que contienen tanto células que expresan Notch como células
que expresan Delta/Serrate. Los valores dados para el % de
agregación se refieren al porcentaje de todas las células que
expresan Notch encontrado en tales agrupaciones bien con Delta (DI)
(columna izquierda) o bien con Serrate (Ser) (columna derecha). Las
diferentes estructuras artificiales de deleción Notch se representan
en diagrama con líneas de corte y empalme que indican las uniones de
ligación. Cada repetición del EGF se indica como una caja
rectangular punteada y se indican los números de las repeticiones
del EGF a cada lado de las uniones de ligación. En las uniones de
ligación, las repeticiones del EGF parciales producidas por
diferentes deleciones se indican por cajas abiertas y corchetes
cerrados (por ejemplo véase #23
\DeltaCla+EGF(10-12)). Las estructuras
artificiales #3-13 representan las series de
deleción ClaI. Como se muestra en el diagrama, cuatro de los sitios
ClaI, en las repeticiones 7, 9, 17 y 26, rompen la repetición en el
medio, inmediatamente después de la tercera cisteína (indicada por
repeticiones de caja abierta; véase la Figura 3 para clarificación
adicional), mientras que el sitio quinto y próximo al 3' rompen
claramente entre las repeticiones 30 y 31 del EGF (indicado por la
repetición 31 de caja cerrada; véase de nuevo la Figura 3). En la
estructura artificial del corte #15, la repetición del EGF 14 que
lleva la mutación del punto de corte, está dibujada como una
caja rayada. En la estructura artificial #33
\DeltaCla+XEGF(10-13), las repeticiones del
EGF derivadas de Notch de Xenopus se distinguen de las
repeticiones de Drosophila por un patrón diferente de
degradación. SP, péptido señal; EGF, repetición del factor de
crecimiento epidérmico; N, repetición de Notch/lin-12; TM,
dominio transmembranal; repeticiones cdc10, cdc10/anquirina;
PA, secuencia de consenso de unión del nucleótido putativo; opa,
extensión de poliglutamina llamada opa; DI, Delta; Ser, Serrate.
Figura 3. Estructura detallada de las
estructuras artificiales de deleción Notch #19-24:
se requieren ambas repeticiones 11 y 12 del EGF para la agregación
Notch-Delta. Las repeticiones 10-13
del EGF se presentan en el diagrama en la parte superior que muestra
el espaciado regular de los seis residuos de cisteína (C). Los
productos de PCR generados para estas estructuras artificiales (los
nombres y los números como se dan en la Figura 2) se representan por
líneas negras gruesas y los puntos finales exactos se indican en
relación con las diferentes repeticiones del EGF. La capacidad para
agregarse con Delta se representa como (+) o (-) para cada
estructura artificial. Los fragmentos de PCR o bien rompen las
repeticiones del EGF en el medio, justo después de la tercera
cisteína en el mismo sitio que para cuatro de los cinco sitios ClaI,
o bien exactamente entre dos repeticiones en el mismo sitio que el
sitio ClaI más C-terminal.
Figura 4. Comparación de la secuencia de
aminoácidos de las repeticiones 11 y 12 del EGF procedentes de Notch
de Drosophila y Xenopus. La secuencia de aminoácidos
de las repeticiones 11 y 12 del EGF de Notch de Drosophila
(SEQ ID NO:14) (Wharton et al., 1985, Cell
43:567-581; Kidd et al., 1986, Mol. Cell
Biol. 6:3094-3108) está alineada con la de las
mismas dos repeticiones del EGF procedentes de Notch de
Xenopus (SEQ ID NO:15) (Coffman et al., 1990, Science
249;1438-1441). Los aminoácidos idénticos están
recuadrados. Los seis residuos de cisteína conservados de cada
repetición del EGF y los residuos de consenso de unión de Ca^{++}
(Rees et al., 1988, EMBO J. 7:2053-2061)
están marcados con un asterisco (*). El cambio de leucina a prolina
encontrado en el clon PCR de Xenopus que falla para agregarse
está marcado por debajo.
Figura 5. Secuencia de ácidos nucleicos de las
homologías entre Serrate y Delta. Se muestra una
porción de la secuencia de nucleótidos Serrate de
Drosophila (SEQ ID NO:3), con la secuencia de la proteína
Serrate codificada (SEQ ID NO:4) escrita debajo (Fleming et
al., 1990, Genes & Dev. 4:2188-2201 a
2193-94). Las cuatro regiones que muestran una alta
homología en la secuencia con la secuencia Delta de la
Drosophila están numeradas por encima de la línea e indicadas
con corchetes. La región total de la homología se extiende desde el
número 627 de nucleótido hasta 1290 de la secuencia de nucleótidos
Serrate (numerada como en la Figura 4 de Fleming et
al., 1990, Genes & Dev. 4:2188-2201).
Figura 6. Diagrama esquemático de los clones
Notch humanos. Se muestra un diagrama esquemático de Notch
humano. Las líneas gruesas en negrita debajo del diagrama muestran
la porción de la secuencia Notch contenida en cada uno de los
cuatro clones de cDNA. La localización de los cebadores usados en
PCR, y su orientación, se indican con flechas.
Figura 7. Secuencias de Notch humano
alineadas con la secuencia de Notch de Drosophila. Las
líneas verticales numeradas corresponden a los coordinados de
Notch de Drosophila. Las líneas horizontales debajo de
cada mapa muestran donde caen los clones en relación a las
extensiones de la secuencia (líneas horizontales gruesas).
Figura 8. Secuencias de nucleótidos de
Notch humano contenidas en el clon hN2k del plásmido de cDNA.
Figura 8a: se muestra la secuencia de DNA (SEQ ID NO:5) de una
porción del inserto Notch humano, empezando en el sitio EcoRI
del extremo 3', y siguiendo en la dirección de 3' a 5'. Figura 8B:
se muestra la secuencia de DNA (SEQ ID NO:6) de una porción del
inserto Notch humano, empezando en el sitio EcoRI del extremo
5', y siguiendo en la dirección de 5' a 3'. Figura 8C: se muestra la
secuencia de DNA (SEQ ID NO:7) de una porción del inserto
Notch humano, empezando en 3' de la secuencia mostrada en la
Figura 8B, y siguiendo en la dirección de 5' a 3'. Las secuencias
mostradas son provisionales, sujetas a confirmación por la
determinación de las secuencias que se solapan.
Figura 9. Secuencias de nucleótidos de
Notch humano contenidas en el clon hN4k del plásmido de cDNA.
Figura 9A: se muestra la secuencia de DNA (SEQ ID NO:8) de una
porción del inserto Notch humano, empezando en el sitio EcoRI
del extremo 5', y siguiendo en la dirección de 5' a 3'. Figura 9B:
se muestra la secuencia de DNA (SEQ ID NO:9) de una porción del
inserto Notch humano, empezando cerca del extremo 3', y
siguiendo en la dirección de 3' a 5'. Las secuencias mostradas son
provisionales, sujetas a confirmación por la determinación de las
secuencias que se solapan.
\newpage
Figura 10. Secuencias de DNA (SEQ ID NO:10) y de
aminoácidos (SEQ ID NO:11) de Notch humano contenidas en el
clon hN3k del plásmido de cDNA.
Figura 11. Secuencias de DNA (SEQ ID NO:12) y de
aminoácidos (SEQ ID NO:13) de Notch humano contenidas en el
clon hN5k del plásmido de cDNA.
Figura 12. Comparación de hN5k con otros
homólogos Notch. Figura 12A. Representación esquemática de Notch de
Drosophila. Se indican la secuencia señal (señal), las 36
repeticiones semejantes al EGF, las tres repeticiones
Notch/lin-12, el dominio transmembranal (TM), las seis
repeticiones CDC10, la repetición OPA, y la región PEST (rica en
prolina, ácido glutámico, serina y treonina). Figura 12B.
Alineamiento de la secuencia deducida de aminoácidos de hN5k con
secuencias de otros homólogos Notch. Los aminoácidos están numerados
en el lado izquierdo. Las regiones cdc10 y PEST enriquecida están
ambas recuadradas, y las repeticiones cdc10 individuales están
marcadas. Los aminoácidos que son idénticos en tres o más secuencias
están señalados. Los cebadores usados para clonar hN5k se indican
debajo de las secuencias a partir de las que fueron diseñados. La
secuencia de localización nuclear (NLS), la
caseina-quinasa II (CKII), y los sitios cdc2 (cdc2)
de quinasa del motivo putativo CcN de los homólogos de Notch de
vertebrados están recuadrados. La posible secuencia objetivo nuclear
bipartita (BNTS) y los sitios de fosforilación próximos de Notch de
Drosophila también están recuadrados.
Figura 13. Secuencias de aminoácidos alineados
de proteínas Notch de diferentes especies. humN: la proteína Notch
humana codificada por el homólogo hN (contenido en parte en el
plásmido hN5k) (SEQ ID NO:19). TAN-1: la proteína
humana Notch codificada por el homólogo TAN-1 (SEQ
ID NO:20) (la secuencia mostrada se deriva en parte del trabajo de
esta invención y en parte de la secuencia TAN-1
publicada por Ellisen et al., 1991, Cell
66:649-661); Xen N: proteína Notch de Xenopus
(Coffman et al., 1990, Science
249:1438-1441). Dros N: proteína Notch de
Drosophila (Wharton et al., 1985, Cell
43:567-581). Se indican los dominios
estructurales.
Figura 14. Tinción inmunocitoquímica de tejido
de cáncer de mama de un paciente humano. El tejido maligno de la
mama de una muestra obtenida a partir de un paciente humano se
incluyó en una sección de parafina, y se sometió a tinción
inmunocitoquímica con un anticuerpo monoclonal P4
anti-Notch humano, dirigido contra la proteína
TAN-1. El tejido no maligno de la mama presentaba
mucha menos tinción (no se muestra).
Figura 15. Tinción inmunocitoquímica de tejido
de colon de un paciente humano con cáncer de colon. Una muestra de
tejido de colon obtenida de un paciente con cáncer de colon se
incluyó en una sección de parafina, y se sometió a tinción
inmunocitoquímica con un anticuerpo monoclonal P1
anti-Notch humano, dirigido contra la proteína
codificada hN. Las áreas con aumento de tinción son aquellas áreas
en las que están presentes las células malignas, como se determinó
por morfología celular.
Figura 16. Tinción inmunocitoquímica de tejido
de cuello uterino. Se obtuvieron muestras de tejido humano que
contenían cáncer de cuello uterino (Fig. 16A) o epitelio de cuello
uterino normal (Fig. 16B) del mismo paciente, incluidas en una
sección de parafina, y sometidas a tinción inmunocitoquímica con un
anticuerpo monoclonal anti-Notch humano dirigido
contra la proteína TAN-1. Las áreas que contienen
células malignas (como se determinó por morfología) presentaron un
aumento de la tinción en relación con las células no malignas. Entre
las células no malignas, el tejido conjuntivo y la capa basal del
epitelio (que contiene células madre) se tiñeron con el anticuerpo
anti-Notch.
Figura 17. Secuencia de DNA (SEQ ID NO:21) y de
aminoácidos codificada (contenida en la SEQ ID NO:19) del homólogo
de Notch humano, hN. Se presenta la secuencia codificadora de DNA
completa (así como la secuencia no codificadora), con la exclusión
de la que codifica al iniciador Met. Los 8 últimos nucleótidos
mostrados (números 9716-9723) son secuencias de
vector, y no de hN.
\vskip1.000000\baselineskip
La siguiente descripción proporciona información
relevante para la presente invención. Sin embargo, solamente las
partes de la descripción donde se hace referencia a la invención se
refiere a materia cubierta por las presentes reivindicaciones.
La presente descripción se refiere a métodos
terapéuticos y de diagnóstico y a composiciones basadas en proteínas
Notch y ácidos nucleicos. La descripción se refiere a un
tratamiento para los trastornos por muerte o diferenciación celular
mediante la administración de un compuesto terapéutico de la
invención. Tales compuestos terapéuticos (denominados aquí
"Compuestos terapéuticos") incluyen: proteínas Notch y análogos
y derivados de las mismas (incluyendo fragmentos); anticuerpos
frente a ellos; ácidos nucleicos que codifican las proteínas Notch,
análogos, o derivados; ácidos nucleicos antisentido Notch, así como
proteínas toporítmicas y derivados y sus análogos que se unen o si
no, interaccionan con proteínas Notch, y sus anticuerpos y ácidos
nucleicos codificantes. También están incluidas proteínas y
derivados y análogos de las mismas que son capaces de inhibir las
interacciones de una proteína Notch con otra proteína toporrítmica
(p. ej., Delta, Serrate). En lo posterior, los anticuerpos,
fragmentos de anticuerpo y ácidos nucleicos antisentido cubiertos
por las presentes reivindicaciones se denominan "compuestos
terapéuticos de la invención". Se administra un compuesto
terapéutico de la invención para tratar un estado canceroso, o para
evitar la progresión desde un estado pre-neoplásico
o no maligno (por ejemplo, estado metaplásico) hasta un estado
neoplásico o maligno. Se puede administrar un compuesto terapéutico
para tratar un trastorno del sistema nervioso, tal como lesiones
nerviosas o enfermedad degenerativa. Se puede administrar un
compuesto terapéutico para favorecer la regeneración y reparación de
los tejidos para el tratamiento de diferentes estados
patológicos.
Los compuestos terapéuticos que antagonizan, o
inhiben, la función Notch (denominados de aquí en adelante
"Compuestos terapéuticos antagonistas") se administran para un
efecto terapéutico; los trastornos que se pueden tratar así se
pueden identificar por ensayos in vitro tal como se describe
en la sección 5.1 más adelante. Tales Compuestos terapéuticos
antagonistas incluyen, pero sin limitarse a ellos, ácidos nucleicos
antisentido Notch, anticuerpos neutralizantes
anti-Notch, inhibidores competitivos de las
interacciones proteína Notch-proteína (por ejemplo,
una proteína que comprende Notch ELR-11 y
ELR-12), y moléculas que interfieren con la función
intracelular Notch tales como las mediadas por las repeticiones
cdc10, como se detalla más adelante.
Los compuestos terapéuticos que facilitan la
función Notch (denominados de aquí en adelante "Compuestos
terapéuticos agonistas") se administran para un efecto
terapéutico; los trastornos que se pueden tratar así se pueden
identificar por ensayos in vitro tal como se describe en la
sección 5.1 más adelante. Tales Compuestos terapéuticos agonistas
incluyen, pero sin limitarse a ellos, proteínas Notch y derivados de
las mismas que comprenden el dominio intracelular, y ácidos
nucleicos Notch que codifican los anteriores, y proteínas que
comprenden dominios de proteínas toporrítmicas que interactúan con
Notch (p. ej., una proteína que comprende un dominio extracelular
de una proteína Delta o una secuencia Delta homóloga a los
aminoácidos 1-230 de Drosophila Delta (véase figura
1 y SEQ ID NO:2), o que comprende una secuencia Serrate homóloga a
los aminoácidos 79-282 de Drosophila Serrate (véase
figura 5 y SEQ ID NO:4)).
Los trastornos por muerte celular, en particular
las condiciones precancerosas tales como metaplasia y displasia, y
trastornos hiperproliferativos (por ejemplo, cáncer) o
hipoproliferativos, que implican niveles anormales o indeseables de
expresión o actividad de la proteína Notch se pueden diagnosticar
detectando dichos niveles, como se describe más completamente más
adelante.
Un compuesto terapéutico es una proteína que
consta de al menos un fragmento (denominado aquí "fragmento
adhesivo") de las proteínas codificadas por genes toporrítmicos
que son mediadores de la unión a las proteínas Notch o a los
fragmentos adhesivos de las mismas. Genes toporrítmicos, como se usa
aquí, significa los genes Notch, Delta y
Serrate, así como a otros miembros de la familia
Delta/Serrate que se pueden identificar en virtud de la
homología de la secuencia o interacción genética, y más
generalmente, miembros de la "cascada Notch" o el "grupo
Notch" de genes, que se identifican por interacciones moleculares
(p. ej., unión in vitro) o interacciones genéticas (como se
detecta fenotípicamente; p. ej., en Drosophila).
La descripción se refiere además a una proteína
Notch humana codificada por el homólogo hN, y a proteínas que
comprenden el dominio extracelular de la proteína Notch y sus
subsecuencias. También se proporcionan ácidos nucleicos que
codifican los anteriores y células recombinantes.
Para aclarar la descripción, pero no como
limitación, la descripción detallada de la invención se divide en
las siguientes subsecciones:
- (i)
- Usos terapéuticos;
- (ii)
- Usos profilácticos;
- (iii)
- Demostración de la utilidad terapéutica o profiláctica;
- (iv)
- Administración y composiciones terapéuticas/profilácticas;
- (v)
- Regulación antisentido de la expresión de Notch;
- (vi)
- Utilidad de diagnóstico;
- (vii)
- Ácidos nucleicos Notch;
- (viii)
- Producción recombinante de Compuestos terapéuticos proteínicos;
- (ix)
- Derivados y análogos de proteínas Notch y otras proteínas toporrítmicas;
- (x)
- Ensayos de proteínas Notch, derivados y análogos, y
- (xi)
- Anticuerpos frente a proteínas Notch derivados y análogos.
\vskip1.000000\baselineskip
Como se ha descrito antes, los compuestos
terapéuticos antagonistas son los compuestos terapéuticos que
antagonizan, o inhiben una función Notch. Tales Compuestos
terapéuticos antagonistas se identifican lo más preferiblemente por
el uso de ensayos in vitro convenientes y conocidos, por
ejemplo, basados en su capacidad de inhibir la unión de Notch a
otras proteínas (véanse secciones 6-8 de esta
memoria), o inhibir cualquier función Notch conocida que se ensaya
in vitro, aunque se pueden emplear también ensayos genéticos
(por ejemplo, en la Drosophila). En un aspecto preferido, el
compuesto terapéutico antagonista es una proteína o derivado de la
misma que comprende un fragmento funcionalmente activo tal como un
fragmento adhesivo de Notch. En aspectos específicos, dichos
compuestos terapéuticos antagonistas pueden ser proteínas adhesivas
codificadas por las estructuras artificiales apropiadas descritas
en las secciones 6 y 7 más adelante, o proteínas que comprenden la
región extracelular de Notch, en particular ELR-11 y
ELR-12, o un anticuerpo frente a ella, o un
inhibidor análogo/competitivo de una región intracelular Notch con
señal de transducción, un ácido nucleico capaz de expresar un
fragmento adhesivo Notch, o un ácido nucleico antisentido Notch
(véase sección 5.5). Se debe observar que en ciertos casos, un
fragmento adhesivo Notch (o posiblemente otros supuestos Compuestos
terapéuticos antagonistas) pueden actuar alternativamente como un
Compuesto terapéutico agonista, dependiendo de la historia de
desarrollo del tejido que va a ser expuesto al Compuesto
terapéutico; preferiblemente, se deben utilizar ensayos in
vitro o in vivo adecuados, como se describe más adelante,
para determinar el efecto de un Compuesto terapéutico específico y
si su administración está indicada para el tratamiento del tejido
afectado.
En otro aspecto de la descripción, se usa un
ácido nucleico que contiene una porción de un gen Notch, como un
Compuesto terapéutico antagonista, para favorecer la inactivación de
Notch por recombinación de homólogos (Koller and Smithies, 1989.
Proc.Natl. Acad. Sci. USA 86:8932-8935; Zijlstra
et al., 1989, Nature 342:435-438).
Los compuestos terapéuticos agonistas, como se
ha descrito antes, favorecen la función Notch. Tales compuestos
terapéuticos agonistas incluyen, pero no se limitan a ellos,
proteínas y derivados que comprenden las porciones de proteínas
toporrítmicas tales como Delta o Serrate que median en la unión a
Notch, y ácidos nucleicos que codifican los anteriores (que se
pueden administrar para expresar sus productos codificados in
vivo). En un aspecto específico, tal porción de Delta son los
aminoácidos 1-230 (SEQ ID NO:1) Delta de D.
melanogaster o una porción de un Delta humano, el más homológo
a ellos. En otro aspecto específico, tal porción de Serrate son los
aminoácidos 79-282 (SEQ ID NO:5) Serrate de D.
melanogaster o una porción de un Serrate humano, el más
homológo a ellos. En otros aspectos específicos, tal porción de
Delta o Serrate es la porción extracelular de tal proteína.
Descripciones y fuentes adicionales de
compuestos terapéuticos de la descripción se encuentran en las
secciones de la 5.4 a la 5.8.
Los compuestos terapéuticos agonistas y
antagonistas tienen utilidad terapéutica en los trastornos por
muerte celular. Los Compuestos terapéuticos agonistas se
administran terapéuticamente (incluyendo profilácticamente): (1) en
enfermedades o trastornos que implican una ausencia o disminución de
los niveles (en relación a los normales o deseados) de la función
Notch, por ejemplo, en pacientes en los que falta la proteína Notch,
es genéticamente defectuosa, biológicamente inactiva o con poca
actividad, o deficientemente expresada; y (2) en enfermedades o
trastornos en los que los ensayos in vitro (o in vivo)
(véase más adelante) indican la utilidad de la administración de un
agonista de Notch. La ausencia o disminución de los niveles de la
función Notch se puede detectar fácilmente, por ejemplo, obteniendo
una muestra de tejido del paciente (por ejemplo, procedente de una
biopsia del tejido) y ensayando in vitro los niveles de
proteína, la estructura y/o actividad de la proteína Notch
expresada. Se pueden emplear así muchos métodos estándar de la
técnica, incluyendo, pero sin limitarse a ellos, los inmunoensayos
para detectar y/o visualizar la proteína Notch (por ejemplo,
transferencia Western, inmunoprecipitación seguida por
electroforesis en gel de poliacrilamida con dodecilsulfato de
sodio, inmunocitoquímica, etc; véanse también los ensayos enumerados
en la sección 5.6, más adelante), y/o ensayos de hibridación para
detectar la expresión de Notch detectando y/o visualizando el mRNA
de Notch (por ejemplo, ensayos Northern, ensayos de transferencia,
hibridación in situ, etc).
Los ensayos in vitro que se pueden usar
para determinar si está indicada la administración de un específico
Compuesto terapéutico agonista o Compuesto terapéutico antagonista,
incluyen ensayos de cultivo celular in vitro en los que se
hace crecer en cultivo una muestra de tejido del paciente, y se
expone a un Compuesto terapéutico o bien se administra éste
compuesto de otro modo, y se observa el efecto de tal Compuesto
terapéutico sobre la muestra de tejido. En un aspecto, cuando el
paciente tiene un tumor maligno, se cultiva o se hace crecer en
cultivo una muestra de células procedentes de dicho tumor maligno, y
las células se exponen después a un Compuesto terapéutico. Un
Compuesto terapéutico que inhibe la supervivencia o crecimiento de
las células malignas (por ejemplo, favoreciendo la diferenciación
terminal) se selecciona para uso terapéutico in vivo. Se
pueden usar muchos ensayos estándar en la técnica para evaluar dicha
supervivencia y/o crecimiento; por ejemplo, la proliferación
celular se puede ensayar midiendo la incorporación de
^{3}H-timidina, por recuento celular directo, por
detección de cambios en la actividad transcripcional de genes
conocidos tales como los proto-oncogenes (por
ejemplo, fos, myc) o marcadores del ciclo celular; la
viabilidad celular se puede evaluar por tinción con azul tripán, la
diferenciación se puede evaluar visualmente basándose en cambios en
la morfología, etc. En un aspecto específico, los cultivos de
células malignas se exponen separadamente a (1) un Compuesto
terapéutico agonista, y (2) un Compuesto terapéutico antagonista; el
resultado del ensayo puede indicar qué tipo de Compuesto terapéutico
tiene eficacia terapéutica.
\newpage
En otro aspecto, está indicado el uso de un
Compuesto terapéutico que presenta el efecto deseado, inhibición o
promoción del crecimiento celular, sobre una muestra de células de
un paciente procedentes de un tejido que tiene o se sospecha que
tiene un trastorno hiper- o hipoproliferativo, respectivamente.
Tales trastornos hiper- o hipoproliferativos incluyen, pero sin
limitarse a ellos, los descritos en las secciones de la 5.1.1 a la
5.1.3 más ade-
lante.
lante.
En otro aspecto específico, está indicado el uso
de un Compuesto terapéutico en el tratamiento de lesiones
nerviosas o de un trastorno degenerativo del sistema nervioso (véase la sección 5.1.2) que presenta in vitro promoción de la regeneración nerviosa/extensión de las neuritas de las células nerviosas del tipo de paciente afecta-
do.
nerviosas o de un trastorno degenerativo del sistema nervioso (véase la sección 5.1.2) que presenta in vitro promoción de la regeneración nerviosa/extensión de las neuritas de las células nerviosas del tipo de paciente afecta-
do.
Adicionalmente, la administración de un
compuesto terapéutico antagonista está indicada también en
enfermedades o trastornos de los que se ha determinado o se sabe
que implican un fenotipo activado dominante Notch (mutaciones con
"ganancia de función"). La administración de un Compuesto
terapéutico agonista está indicada en enfermedades o trastornos de
los que se ha determinado o se sabe que implican un fenotipo
negativo dominante Notch (mutaciones con "pérdida de
función"). En esta invención se han investigado las funciones de
diferentes dominios estructurales de la proteína Notch in
vivo, por expresión ectópica de varios mutantes de deleción de
Notch de Drosophila con el promotor hsp70 del shock térmico,
así como los promotores específicos del ojo. Se observaron dos
clases de fenotipos dominantes, uno sugiere mutaciones de Notch con
pérdida de función y el otro mutaciones de Notch con ganancia de
función. Los fenotipos dominantes "activados" resultaron de la
sobreexpresión de una proteína que carece de la mayor parte de las
secuencias extracelulares, mientras que los fenotipos dominantes
"negativos" resultaron de la sobreexpresión de una proteína
que carece de la mayor parte de las secuencias intracelulares. Los
resultados de esta invención indican que las funciones Notch como un
receptor cuyo dominio extracelular media en la unión del ligando,
dan como resultado la transmisión de señales de desarrollo por el
dominio citoplasmático. Los fenotipos observados también sugieren
que la región de repetición cdc10/anquirina dentro del dominio
intracelular juega un papel esencial en los sucesos de transducción
de señales mediados por Notch (función intracelular).
En diferentes aspectos específicos, los ensayos
in vitro se pueden realizar con células o tipos de células
representativas implicadas en el trastorno del paciente, para
determinar si un Compuesto terapéutico tiene el efecto deseado sobre
tales tipos de células.
En otro aspecto, las células de una muestra de
tejido de un paciente sospechosas de ser
pre-neoplásicas se cultivan en placas o se hacen
crecer de manera similar in vitro, y se exponen al Compuesto
terapéutico. El Compuesto terapéutico que da como resultado un
fenotipo celular que es más normal (es decir, menos representativo
de un estado pre-neoplásico, estado neoplásico,
estado maligno, o fenotipo transformado) se selecciona para uso
terapéutico. Se pueden usar muchos ensayos estándar en la técnica
para evaluar si está presente un estado
pre-neoplásico, un estado neoplásico, o un fenotipo
transformado o maligno (véase la sección 5.2.1). Por ejemplo, las
características asociadas con un fenotipo transformado (un conjunto
de características in vitro asociadas con una capacidad
tumorigénica in vivo) incluyen una morfología de células más
redondeadas, pérdida de la unión al sustrato, pérdida de inhibición
de contacto, pérdida de la dependencia del anclaje, liberación de
proteasas tal como el activador de plasminógeno, aumento del
transporte de azúcar, disminución del requerimiento de suero,
expresión de antígenos fetales, desaparición de la proteína de
superficie de 250.000 dalton, etc. (véase Luria et al., 1978,
General Virology, 3d Ed., John Wiley & Sons, New York pp.
436-446).
En otros aspectos específicos, los ensayos in
vitro descritos antes se pueden llevar a cabo usando una línea
celular, mejor que una muestra celular derivada de un paciente
específico a ser tratado, en los cuales la línea celular se deriva
o muestra características asociadas con el trastorno maligno,
neoplásico o pre-neoplásico que se desea tratar o
prevenir, o se deriva de células neuronales u otro tipo de células
sobre las que se desea un efecto.
Los Compuestos terapéuticos antagonistas se
administran terapéuticamente (incluyendo profilácticamente): (1) en
enfermedades o trastornos que implican aumento de los niveles de la
función Notch (en relación a los normales, o deseados), por
ejemplo, donde la proteína Notch está sobreexpresada o es activa en
exceso; y (2) en enfermedades o trastornos en los que los ensayos
in vitro (o in vivo) indican la utilidad de la
administración del antagonista Notch. El aumento de los niveles de
la función Notch se puede detectar fácilmente por métodos tales
como los descritos antes, cuantificando la proteína y/o RNA. Los
ensayos in vitro con células de una muestra de tejido de un
paciente o con la línea celular o tipo de células apropiadas, para
determinar la utilidad terapéutica, se pueden llevar a cabo como se
ha descrito antes.
\vskip1.000000\baselineskip
Los tumores malignos y los estados
pre-neoplásicos que se pueden ensayar como se ha
descrito antes en cuanto a la eficacia de la intervención con
Compuestos terapéuticos antagonistas o agonistas, y que se pueden
tratar de este modo observando una indicación de utilidad
terapéutica, incluyen, pero sin limitarse a ellos, los descritos más
adelante en las secciones 5.1.1 y 5.2.1.
\newpage
Los tumores malignos y los trastornos
relacionados, las células del tipo que se pueden ensayar in
vitro (y/o in vivo), y después de la observación del
resultado del ensayo apropiado, tratar según la presente invención,
incluyen, pero sin limitarse a ellos, los listados en la tabla 1
(para una revisión de tales trastornos, véase Fishman et al.,
1985, Medicine, 2d Ed., J.B. Lippincott Co.,
Philadelphia):
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
En aspectos específicos, los tumores malignos o
los cambios disproliferativos (tales como metaplasias y displasias)
se tratan o previenen en tejidos epiteliales tales como los del
cuello uterino, esófago y pulmón.
Como se detalla en los ejemplos de la sección
10.1 más adelante, los tumores malignos de mama, colon y cuello
uterino muestran aumento de la expresión de Notch humano en relación
con los tejidos no malignos. Por tanto, en aspectos específicos,
los tumores malignos de mama, colon o cuello uterino se tratan o
previenen administrando una cantidad efectiva de un compuesto
terapéutico antagonista de la invención. La presencia de la
expresión de Notch aumentada en el cáncer de mama, colon y de
cuello uterino sugiere que muchos más estados cancerosos muestran
Notch regulado por incremento. Por tanto, se considera que muchos
más cánceres, por ejemplo, seminoma, melanoma y cáncer de pulmón,
se pueden tratar o prevenir con la administración de un Compuesto
terapéutico antagonista.
\vskip1.000000\baselineskip
Los trastornos del sistema nervioso, que
implican tipos de células que se pueden ensayar como se ha descrito
antes en cuanto a la eficacia de la intervención con Compuestos
terapéuticos antagonistas o agonistas, y que se pueden tratar de
este modo observando una indicación de utilidad terapéutica,
incluyen, pero sin limitarse a ellos, lesiones del sistema
nervioso, y enfermedades o trastornos que dan como resultado bien
una desconexión de axones, bien una disminución o degeneración de
neuronas, o bien desmielinación. Las lesiones del sistema nervioso
que se pueden tratar en un paciente (incluyendo pacientes mamíferos
humanos y no humanos) incluyen, pero sin limitarse a ellas, las
siguientes lesiones del sistema nervioso central (incluyendo médula
espinal, cerebro) o del sistema nerviosos periférico:
- (i)
- lesiones traumáticas, que incluyen lesiones causadas por daño físico o asociadas con cirugía, por ejemplo, lesiones que cortan una porción del sistema nervioso, o lesiones por compresión;
- (ii)
- lesiones isquémicas, en las que la ausencia de oxígeno en una porción del sistema nervioso da como resultado lesión o muerte de las neuronas, incluyendo infarto o isquemia cerebral, o infarto o isquemia de médula espinal;
- (iii)
- lesiones malignas, en las que una porción del sistema nervioso es destruida o dañada por tejido maligno que es o bien un tumor maligno asociado al sistema nervioso o bien un tumor maligno derivado de un tejido que no es del sistema nervioso;
- (iv)
- lesiones infecciosas, en las que una porción del sistema nervioso es destruida o dañada como resultado de una infección, por ejemplo, por un abcesso o asociado con la infección por el virus de inmunodeficiencia humana, herpes zoster, o el virus herpes simple o con la enfermedad de Lyme, tuberculosis, sífilis;
- (v)
- lesiones degenerativas, en las que una porción del sistema nervioso es destruida o dañada como resultado de un proceso degenerativo que incluye, pero sin limitarse a ellos, degeneración asociada con la enfermedad de Parkinson, enfermedad de Alzheimer, corea de Huntington, o esclerosis lateral amiotrófica;
- (vi)
- lesiones asociadas con enfermedades o trastornos nutricionales, en los que una porción del sistema nervioso es destruida o dañada por un trastorno nutricional o trastorno del metabolismo que incluye, pero sin limitarse a ellos, deficiencia de vitamina B12, deficiencia de ácido fólico, enfermedad de Wernicke, ambliopía por tabaco-alcohol, enfermedad de Marchiafava-Bignami (degeneración primaria del corpus callosum), y degeneración cerebelar alcohólica;
- (vii)
- lesiones neurológicas asociadas con enfermedades sistémicas que incluyen, pero sin limitarse a ellas, diabetes (neuropatía diabética, parálisis de Bell), lupus eritematoso sistémico, carcinoma, o sarcoidosis;
- (viii)
- lesiones causadas por sustancias tóxicas que incluyen alcohol, plomo, o neurotoxinas particulares; y
- (ix)
- lesiones desmielinadas en las que una porción del sistema nervioso es destruida o dañada por una enfermedad desmielinizante que incluye, pero sin limitarse a ellas, esclerosis múltiple, mielopatía asociada con el virus de inmunodeficiencia humana, leucoencefalopatía multifocal progresiva, y mielinólisis de la protuberancia central.
Los compuestos terapéuticos que son útiles según
la invención para el tratamiento de un trastorno del sistema
nervioso se pueden seleccionar ensayando su actividad biológica para
favorecer la supervivencia o diferenciación de las neuronas (véase
también la sección 5.1). Por ejemplo, y no como limitación, los
Compuestos terapéuticos que producen cualquiera de los siguientes
efectos pueden ser útiles:
- (i)
- aumento del tiempo de supervivencia de las neuronas en cultivo;
- (ii)
- aumento de la ramificación de las neuronas en cultivo o in vivo;
- (iii)
- aumento de la producción de moléculas asociadas a las neuronas en cultivo o in vivo, por ejemplo colina-acetiltransferasa o acetilcolina-esterasa con respecto a las neuronas motoras; o
- (iv)
- disminución de los síntomas de la disfunción neuronal in vivo.
Tales efectos se pueden medir por cualquier
método conocido en la técnica. En aspectos preferidos no limitantes,
el aumento de la supervivencia de las neuronas se puede medir por
el método expuesto en Arakawa et al. (1990, J. Neurosci.
10:3507-3515); el aumento de la ramificación de las
neuronas se puede detectar por los métodos expuestos en Pestronk
et al. (1980, Exp. Neurol. 70:65-82) o Brown
et al. (1981, Ann. Rev. Neurosci. 4:17-42);
el aumento de la producción de moléculas asociadas con las neuronas
se puede medir por bioensayos, ensayo enzimático, unión de
anticuerpos, ensayo de transferencia Northern, etc., dependiendo de
la molécula a ser medida; y la disfunción de las neuronas motoras se
puede medir evaluando la manifestación física del trastorno de las
neuronas motoras, por ejemplo, debilidad, velocidad de conducción de
las neuronas motoras, o discapacidad funcional.
En un aspecto específico, los trastornos de las
neuronas motoras que se pueden tratar según la invención incluyen,
pero sin limitarse a ellos, trastornos tales como infarto,
infección, exposición a toxinas, traumatismo, lesiones quirúrgicas,
enfermedad degenerativa o tumor maligno que puede afectar a las
neuronas motoras así como a otros componentes del sistema nervioso,
también trastornos que afectan selectivamente a las neuronas tales
como esclerosis lateral amiotrófica, y que incluyen, pero sin
limitarse a ellos, atrofia muscular espinal progresiva, parálisis
bulbar progresiva, esclerosis lateral primaria, atrofia muscular
infantil y juvenil, parálisis bulbar progresiva de la infancia
(síndrome de Fazio-Londe), poliomielitis y el
síndrome post-polio, y neuropatía
sensorial-motora hereditaria (enfermedad de
Charcot-Marie-Tooth).
\vskip1.000000\baselineskip
Se usa un compuesto terapéutico de la invención
para favorecer la regeneración y reparación de los tejidos
incluyendo, pero sin limitarse a él, el tratamiento de trastornos
disproliferativos benignos. Aspectos específicos están dirigidas al
tratamiento de la cirrosis hepática (un estado patológico en el que
la cicatrización interfiere con los procedimientos normales de
regeneración del hígado), al tratamiento de formación de queloides
(cicatriz hipertrófica) (desfiguración de la piel en la que los
procesos de cicatrizado interfieren con la renovación normal),
psoriasis (un estado patológico común de la piel caracterizado por
la proliferación excesiva de la piel y retraso en la determinación
apropiada de la muerte celular), y calvicie (una condición en la que
los folículos de pelo terminalmente diferenciados (un tejido rico en
Notch) dejan de funcionar adecuadamente).
Los compuestos terapéuticos de la invención se
pueden administrar para evitar la progresión hasta un estado
neoplásico o maligno, incluyendo, pero sin limitarse a ellos, los
trastornos listados en la Tabla 1. Tal administración está indicada
cuando el Compuesto terapéutico ha demostrado en ensayos, como se ha
descrito antes, que tiene utilidad para el tratamiento o prevención
de dicho trastorno. Tal uso profiláctico está indicado en estados
patológicos que se sabe o se sospecha que preceden a la progresión
hasta una neoplasia o cáncer, en particular, cuando ha tenido lugar
el crecimiento celular no neoplásico que consiste en hiperplasia,
metaplasia, o lo más particularmente, displasia (para revisión de
tales condiciones de crecimiento anormal, véase Robbins and Angell,
1976, Basic Pathology, 2d Ed., W.B. Saunders Co.,
Philadelphia, pp 68-79). La hiperplasia es una
forma de proliferación celular controlada que implica un aumento en
el número de células en un tejido u órgano, sin alteración
importante en la estructura o función. Solo como un ejemplo, la
hiperplasia endometrial a menudo precede al cáncer endometrial. La
metaplasia es una forma controlada de crecimiento celular en el que
un tipo de células adultas o totalmente diferenciadas sustituye a
otro tipo de células adultas. La metaplasia puede tener lugar en
células del tejido epitelial o conjuntivo. La metaplasia atípica
implica un epitelio metaplásico algo desordenado. La displasia es
frecuentemente un precedente del cáncer, y se encuentra
principalmente en el epitelio; es la forma más desordenada de
crecimiento celular no neoplásico, que implica una pérdida de la
uniformidad celular individual y de la orientación arquitectónica de
las células. Las células displásicas a menudo tienen núcleos
anormalmente grandes, intensamente teñidos, y presentan
pleomorfismo. La displasia aparece de forma característica cuando
existe irritación crónica o inflamación, y a menudo se encuentra en
el cuello uterino, en las vías respiratorias, cavidad oral, y en la
vesícula biliar.
Alternativamente o de forma adicional a la
presencia de crecimiento celular anormal caracterizado como
hiperplasia, metaplasia, o displasia, la presencia de una o más
características de un fenotipo transformado, o de un fenotipo
maligno, mostrado in vivo o mostrado in vitro por una
muestra de células de un paciente, puede indicar la conveniencia de
administración profiláctica/terapéutica de un compuesto terapéutico
de la invención. Como se ha mencionado antes, tales características
de un fenotipo transformado incluyen cambios en la morfología,
pérdida de la unión al sustrato, pérdida de inhibición de contacto,
pérdida de la dependencia del anclaje, liberación de proteasas,
aumento del transporte de azúcar, disminución del requerimiento de
suero, expresión de antígenos fetales, desaparición de la proteína
de superficie de 250.000 dalton, etc. (véase también id.,
pp.84-90 para características asociadas con un
fenotipo transformado o maligno).
La leucoplasia, una lesión hiperplásica o
displásica del epitelio que es benigna, o la enfermedad de Bowen, un
carcinoma in situ, son lesiones
pre-neoplásicas indicativas de la conveniencia de la
intervención profiláctica.
La enfermedad fibrocística (hiperplasia cística,
displasia mamaria, particularmente la adenosis (hiperplasia
epitelial benigna)) es indicativa de la conveniencia de la
intervención profiláctica.
Se puede tratar por administración de una
cantidad efectiva de un compuesto terapéutico un paciente que
presenta uno o más de los siguientes factores de predisposición al
tumor maligno: una translocación cromosómica asociada con un tumor
maligno (por ejemplo, el cromosoma Philadelphia para la leucemia
mielógena crónica, t(14;18) para el linfoma folicular, etc),
poliposis familiar o síndrome de Gardner (posibles precedentes del
cáncer de colon), gammapatía monoclonal benigna (un posible
precedente del mieloma múltiple), y un parentesco de primer grado
con personas que tienen un cáncer o una enfermedad precancerosa y
que presentan un modelo hereditario Mendeliano (genético) (por
ejemplo, poliposis familiar de colon, síndrome de Gardner, exostosis
hereditaria, adenomatosis poliendocrina, carcinoma tiroideo medular
con producción amiloide y feocromocitoma, síndrome de
Peutz-Jeghers, neurofibromatosis de Von
Recklinghausen, retinoblastoma, tumor del cuerpo carotídeo,
melanocarcinoma cutáneo, melanocarcinoma intraocular, xeroderma
pigmentoso, ataxia-telangiectasia, síndrome de
Chediak-Higashi, albinismo, anemia aplásica de
Fanconi, y síndrome de Bloom; véase Robbins and Angell, 1976,
Basic Pathology, 2d Ed., W.B. Saunders Co., Philadelphia, pp.
112-113, etc).
En otro aspecto específico, se administra un
compuesto terapéutico antagonista de la invención a un paciente
humano para prevenir la progresión a cáncer de mama, colon o de
cuello uterino.
En otros aspectos, se puede administrar un
compuesto terapéutico de la invención para prevenir un trastorno del
sistema nervioso descrito en la sección 5.1.2, u otro trastorno (por
ejemplo, cirrosis hepática, psoriasis, queloides, calvicie)
descritos en la sección 5.1.3.
Los compuestos terapéuticos de la invención se
pueden ensayar in vivo en cuanto a la actividad terapéutica
o profiláctica deseada. Por ejemplo, tales compuestos se pueden
ensayar en sistemas de modelos animales adecuados antes de
ensayarlos en humanos, incluyendo, pero sin limitarse a ellos,
ratas, ratones, pollos, vacas, monos, conejos, etc. Para ensayos
in vivo, antes de la administración a humanos, se puede usar
cualquier sistema de modelo animal conocido en la técnica.
La descripción se refiere a métodos de
tratamiento (y profilaxis) por la administración a un sujeto de una
cantidad efectiva de un compuesto terapéutico de la invención. En un
aspecto preferido, el compuesto terapéutico está sustancialmente
purificado. El sujeto es preferiblemente un animal, incluyendo, pero
sin limitarse a ellos, animales tales como vacas, cerdos, pollos,
etc., y es preferiblemente un mamífero, y lo más preferiblemente
humano.
Se conocen diferentes sistemas de liberación que
se pueden usar para administrar un compuesto terapéutico, por
ejemplo, encapsulación en liposomas, micropartículas, microcápsulas,
expresión por células recombinantes, endocitosis mediada por un
receptor (véase por ejemplo, Wu and Wu, 1987, J. Biol. Chem.
262:4429-4432), construcción de un ácido nucleico
del compuesto terapéutico como parte de un vector retroviral u otro
vector, etc. Los métodos de introducción incluyen, pero sin
limitarse a ellas, las vías intradérmica, intramuscular,
intraperitoneal, intravenosa, subcutánea, intranasal y oral. Los
compuestos se pueden administrar por cualquier vía conveniente, por
ejemplo por infusión o inyección de una sola embolada, por absorción
a través de la capa de revestimiento epitelial o mucocutánea (por
ejemplo, mucosa oral, mucosa rectal e intestinal, etc) y se puede
administrar junto con otros agentes biológicamente activos. La
administración puede ser sistémica o local. Adicionalmente, puede
ser deseable introducir las composiciones farmacéuticas de la
invención dentro del sistema nervioso central por cualquier vía
adecuada, incluyendo la inyección intraventricular y la
intracatecal; la inyección intraventricular se puede facilitar
mediante un catéter intraventricular, por ejemplo, unido a un
depósito, tal como un depósito Ommaya.
En un aspecto específico, puede ser deseable
administrar las composiciones farmacéuticas de la invención
localmente al área que necesita el tratamiento, ésta puede ser
alcanzada, por ejemplo, y no como limitación, por infusión local
durante la cirugía, aplicación tópica, por ejemplo, junto con un
apósito en la herida después de la cirugía, por inyección, por
medio de un catéter, por medio de un supositorio, o por medio de un
implante, siendo dicho implante de un material poroso, no poroso o
gelatinoso, incluyendo membranas, tales como las membranas
sialásticas, o fibras. En un aspecto, la administración puede ser
por inyección directa en el sitio (o sitio original) de un tumor
maligno o tejido neoplásico o pre-neoplásico.
En un aspecto específico, la administración de
un compuesto terapéutico en una célula que expresa Notch se logra
ligando el compuesto terapéutico a una proteína Delta (u otra
proteína toporrítmica) o a una porción de la misma capaz de mediar
en la unión a Notch. El contacto de la célula que expresa Notch con
el compuesto terapéutico ligado da como resultado la unión del
compuesto terapéutico ligado a través de su porción Delta a Notch
en la superficie de la célula, seguido de la absorción del compuesto
terapéutico ligado a la célula que expresa Notch.
En un aspecto específico en el que se emplea
como un compuesto terapéutico un análogo de un dominio de
transducción de la señal intracelular Notch, de tal modo que puede
inhibir la transducción de la señal Notch, el análogo se libera
preferiblemente intracelularmente (por ejemplo, por expresión de un
vector de ácido nucleico, o por ligamiento a una proteína Delta
capaz de unirse a Notch seguido por unión e internalización, o por
mecanismos mediados por un receptor).
En un aspecto específico en el que el compuesto
terapéutico es un ácido nucleico que codifica un Compuesto
terapéutico proteínico, el ácido nucleico se puede administrar in
vivo para favorecer la expresión de su proteína codificada,
construyéndolo como parte de un vector de expresión del ácido
nucleico adecuado y administrándolo de modo que se haga
intracelular, por ejemplo, por el uso de un vector retroviral (véase
la patente de Estados Unidos Nº 4.980.286), o por inyección
directa, o por el uso de bombardeo de micropartículas (por ejemplo,
una pistola de genes, Biolistic, Dupont), o recubriendo con lípidos
o receptores de la superficie celular o agentes transfectantes, o
por administración del mismo en unión con un péptido similar a una
homeosecuencia que se sabe que entra en el núcleo (véase, por
ejemplo, Joliot et al., 1991, Proc. Natl. Acad. Sci. USA
88:1864-1868) etc. Alternativamente, un compuesto
terapéutico de ácido nucleico se puede introducir intracelularmente
e incorporar dentro del DNA de la célula hospedante para la
expresión, por recombinación del homólogo.
En aspectos específicos dirigidos al tratamiento
o prevención de trastornos particulares, se usan preferiblemente las
siguientes formas de administración:
\vskip1.000000\baselineskip
La presente invención proporciona también
composiciones farmacéuticas. Tales composiciones comprenden una
cantidad terapéuticamente efectiva de un Compuesto terapéutico de la
invención, y un vehículo o excipiente farmacéuticamente aceptable.
Tales vehículos incluyen, pero sin limitarse a ellos, soluciones
salinas, soluciones salinas tamponadas, dextrosa, agua, glicerol,
etanol, y combinaciones de los mismos. El vehículo y la composición
pueden ser estériles. La formulación deberá adecuarse al modo de
administración.
La composición, si se desea, puede contener
también cantidades menores de agentes humectantes y emulsionantes,
o agentes reguladores de pH. La composición puede ser una solución
líquida, suspensión, emulsión, comprimido, píldora, cápsula,
formulación de liberación retardada, o polvo. La composición se
puede formular como un supositorio, con vehículos y aglutinantes
tradicionales tales como los triglicéridos. La formulación oral
puede incluir vehículos estándar tales como manitol, lactosa,
almidón, estearato de magnesio, sacarina de sodio, celulosa,
carbonato de magnesio, etc, de calidad farmacéutica.
En una realización preferida, la composición se
formula de acuerdo con procedimientos rutinarios como una
composición farmacéutica adaptada para la administración intravenosa
a seres humanos. Típicamente, las composiciones para administración
intravenosa son soluciones en un tampón acuoso isotónico estéril.
Cuando es necesario, la composición puede incluir también un agente
solubilizante y un anestésico local tal como lignocaína para
mitigar el dolor en el lugar de la inyección. Generalmente, los
ingredientes se suministran bien separadamente o bien mezclados en
una forma farmacéutica unitaria, por ejemplo, como un polvo
liofilizado seco o un concentrado libre de agua en un recipiente
sellado herméticamente tal como una ampolla o un sobre que indique
la cantidad de agente activo. Cuando la composición se administra
por infusión, se puede dispensar con un frasco de infusión que
contiene agua o solución salina estéril de calidad farmacéutica.
Cuando la composición se administra por inyección, se puede
proporcionar una ampolla de agua para inyección o solución salina
estériles de modo que los ingredientes se pueden mezclar antes de la
administración.
Los compuestos terapéuticos se pueden formular
como formas neutras o sales. Las sales farmacéuticamente aceptables
incluyen las formadas con grupos amino libres tales como las
derivadas de los ácidos clorhídrico, fosfórico, acético, oxálico,
tartárico, etc., y las formadas con grupos carboxilo libres tales
como las derivados de hidróxidos de sodio, potasio, amonio, calcio
y férrico, isopropilamina, trietilamina,
2-etilamino-etanol, histidina,
procaína, etc.
La cantidad del compuesto terapéutico de la
invención que será efectiva en el tratamiento de un trastorno o
enfermedad particular dependerá de la naturaleza del trastorno o
enfermedad, y se puede determinar por técnicas clínicas estándar.
Adicionalmente, se pueden emplear opcionalmente ensayos in
vitro para ayudar a identificar los intervalos de dosificación
óptimos. La dosis precisa a ser empleada en la formulación dependerá
también de la vía de administración, y de la gravedad de la
enfermedad o trastorno, y se deberá decidir de acuerdo con el
juicio del médico y las circunstancias de cada paciente. Sin
embargo, los intervalos de dosificación adecuados para la
administración intravenosa generalmente son aproximadamente
20-500 microgramos de compuesto activo por
kilogramo de peso corporal. Los intervalos de dosificación adecuados
para la administración intranasal generalmente son aproximadamente
de 0,01 pg/kg de peso corporal a 1 mg/kg de peso corporal. Las dosis
eficaces se pueden extrapolar a partir de las curvas de
dosis-respuesta derivadas de ensayos in vitro
o en sistemas de modelos animales.
Los supositorios contienen generalmente el
ingrediente activo en el intervalo de 0,5% a 10% en peso; las
formulaciones orales contienen preferiblemente de 10% a 95% de
ingrediente activo.
La descripción también se refiere a un envase o
kit farmacéutico que comprende uno o más recipientes llenos con uno
o más ingredientes de las composiciones farmacéuticas de la
descripción. Opcionalmente, asociado con dicho recipiente o
recipientes puede haber un informe en la forma prescrita por una
agencia gubernamental que regula la fabricación, uso o venta de
productos farmacéuticos o biológicos, el cual informe refleja la
aprobación de la agencia para la fabricación, uso o venta para
administración humana.
La presente descripción proporciona el uso
terapéutico o profiláctico de ácidos nucleicos de al menos seis
nucleótidos que son antisentido para un gen o cDNA que codifica
Notch o una porción de la misma. "Antisentido" como se usa
aquí se refiere a un ácido nucleico capaz de hibridarse con una
porción de RNA de Notch (preferiblemente mRNA) mediante alguna
complementariedad de la secuencia. Tales ácidos nucleicos
antisentido tienen utilidad como compuestos terapéuticos
antagonistas, y se pueden usar en el tratamiento o prevención de
trastornos como se ha descrito antes en la sección 5.1 y sus
subsecciones.
Los ácidos nucleicos antisentido pueden ser
oligonucleótidos que son de doble hebra o de hebra sencilla, RNA o
DNA o una modificación o derivado de los mismos, que se pueden
administrar directamente a una célula, o que se pueden producir
intracelularmente por transcripción de secuencias exógenas
introducidas.
En un aspecto específico, los ácidos nucleicos
antisentido Notch proporcionados por la presente descripción se
pueden usar para el tratamiento de tumores u otros trastornos,
cuando se puede demostrar (in vitro o in vivo) que
las células del tipo de tumor o trastorno expresan el gen Notch. Tal
demostración puede ser por detección de RNA de Notch o de proteína
Notch.
La descripción proporciona además composiciones
farmacéuticas que comprenden una cantidad efectiva de los ácidos
nucleicos antisentido Notch en un vehículo farmacéuticamente
aceptable, como se ha descrito antes en la sección 5.4. También se
proporcionan métodos para el tratamiento y la prevención de
trastornos (tales como los descritos en las secciones 5.1 y 5.2) que
comprenden administrar las composiciones farmacéuticas de la
descripción.
En otro aspecto, la descripción se dirige a
métodos para inhibir la expresión de una secuencia de ácido nucleico
de Notch en una célula procariota o eucariota que comprende
proporcionar a la célula una cantidad efectiva de una composición
que comprende un ácido nucleico antisentido Notch de la
invención.
En otro aspecto, la identificación de las
células que expresan los receptores funcionales Notch se puede
llevar a cabo observando la capacidad de Notch para "rescatar"
tales células de los efectos citotóxicos de un ácido nucleico
antisentido Notch.
En una realización alternatica de la invención,
los ácidos nucleicos antisentido a un ácido nucleico que codifica un
fragmento o proteína toporrítmica ("adhesivo") que se une a
Notch, se consideran compuestos terapéuticos.
Los ácidos nucleicos antisentido Notch y sus
usos se describen en detalle a continuación.
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Los ácidos nucleicos Notch antisentido tienen al
menos seis nucleótidos y son preferiblemente oligonucleótidos
(variando de 6 a aproximadamente 50 oligonucleótidos). En aspectos
específicos, el oligonucleótido tiene al menos 10 nucleótidos, al
menos 15 nucleótidos, al menos 100 nucleótidos, o al menos 200
nucleótidos. Los oligonucleótidos pueden ser de DNA o RNA o mezclas
quiméricas o derivados o versiones modificadas de los mismos, de
hebra sencilla o de doble hebra. El oligonucleótido se puede
modificar en el resto de la base, en el resto del azúcar, o en el
soporte de fosfato. El oligonucleótido puede incluir otros grupos
unidos tales como péptidos, o agentes que facilitan el transporte a
través de la membrana celular (véase, por ejemplo, Letsinger et
al., 1989, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.
86:6553-6556; Lemaitre et al., 1987, Proc.
Natl. Acad. Sci. 84:648-652; Publication PCT Nº WO
88/09810, publicado el 15 de Diciembre, 1988) o de la barrera
sangre-cerebro (véase, por ejemplo, Publication PCT
Nº WO 89/10134, publicada el 25 de Abril, 1988), agentes de división
que desencadenan la hibridación (véase, por ejemplo, Krol et
al., 1988, Biotechniques 6:958-976) o agentes
intercalantes (véase, por ejemplo., Zon, 1988, Pharm. Res.
5:539-549).
En un aspecto preferido de la descripción, se
proporciona un oligonucleótido Notch antisentido, preferiblemente
de DNA de hebra sencilla. En un aspecto más preferido, tal
oligonucleótido comprende una secuencia antisentido de la secuencia
que codifica ELR 11 y ELR 12 de Notch, lo más preferiblemente, de
Notch humano. El ologonucleótido se puede modificar en cualquier
posición de su estructura con sustituyentes generalmente conocidos
en la técnica.
El oligonucleótido Notch antisentido puede
comprender al menos un resto de base modificado que se selecciona
del grupo que incluye, pero sin limitarse a ellos,
5-fluorouracilo, 5-bromouracilo,
5-clorouracilo, 5-yodouracilo,
hipoxantina, xantina, 4-acetilcitosina,
5-(carboxihidroximetil)uracilo,
5-carboximetilaminometil-2-tiouridina,
5-carboximetilaminometiluracilo, dihidrouracilo,
beta-D-galactosilqueosina, inosina,
N6-isopenteniladenina,
1-metilguanina, 1-metilinosina,
2,2-dimetilguanina, 2-metiladenina,
2-metilguanina, 3-metilcitosina,
5-metilcitosina, N6-adenina,
7-metilguanina,
5-metilaminometiluracilo,
5-metoxiaminometil-2-tiouracilo,
beta-D-manosilqueosina,
5'-metoxicarboximetiluracilo,
5-metoxiuracilo,
2-metiltio-N6-isopenteniladenina,
ácido uracil-5-oxiácetico (v),
wibutoxosina, pseudouracilo, queosina,
2-tiocitosina,
5-metil-2-tiouracilo,
2-tiouracilo, 4-tiouracilo,
5-metiluracilo, éster metílico del ácido
uracil-5-oxiacético, ácido
uracil-5-oxiacético (v),
5-metil-2-tiouracilo,
3-(3-amino-3-N-2-carboxipropil)-uracilo,
(acp3)w, y 2,6-diaminopurina.
En otro aspecto, el oligonucleótido comprende al
menos un resto de azúcar modificado seleccionado del grupo que
incluye, pero sin limitarse a ellos, arabinosa,
2-fluoroarabinosa, xilulosa y hexosa.
En otro aspecto adicional, el oligonucleótido
comprende al menos un soporte de fosfato modificado seleccionado
del grupo constituido por un fosforotioato, un fosforoditioato, un
fosforamidotioato, un fosforamidato, un fosfordiamidato, un
metilfosfonato, un
alquil-fosfo-triéster y un
formacetal o sus análogos.
En otro aspecto adicional, el oligonucleótido es
un oligonucleótido \alpha-anomérico. Un
oligonucleótido \alpha-anomérico forma híbridos
específicos de doble hebra con el RNA complementario en los que, al
contrario que las unidades \beta usuales, las hebras corren
paralelas una a la otra (Gautier et al., 1987. Nucl. Acids
Res. 15:6625-6641).
El oligonucleótido se puede conjugar con otra
molécula, por ejemplo, un péptido, agentes de entrecruzamiento
desencadenado por la hibridación, agentes de transporte, agentes de
división desencadenada por la hibridación, etc.
Los oligonucleótidos de la invención se pueden
sintetizar por métodos estándar conocidos en la técnica, por
ejemplo, usando un sintetizador automático de DNA (tal como los
disponibles comercialmente de Biosearch, Applied Biosystems, etc).
Como ejemplos, los fosforotioato-oligos se pueden
sintetizar por el método de Stein et al. (1988, Nucl. Acids
Res. 16:3209), los metilfosfonato-oligos se pueden
preparar usando soportes poliméricos vítreos de poro controlado
(Sarin et al., 1988, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
85:7448-7451), etc.
En un aspecto específico, el ologonucleótido
Notch antisentido comprende RNA catalítico, o una ribozima (véase,
por ejemplo, la Publicación Internacional PCT WO 90/11364, publicada
el 4 de Octubre, 1990; Saber et al., 1990, Science
247:1222-1225). En otra realización, el
oligonucleótido es un
2'-0-metilrribonucleótido (Inoue
et al., 1987, Nucl. Acids Res. 15:6131-6148),
o un análogo RNA-DNA quimérico (Inoue et al.,
1987, FEBS Lett. 215:327-330).
En un aspecto alternativo, el ácido nucleico
Notch antisentido de la invención se produce intracelularmente por
transcripción a partir de una secuencia exógena. Por ejemplo, se
puede introducir un vector in vivo de modo que sea recogido
por una célula, dentro de la cual se transcribe el vector o una
porción del mismo, produciendo un ácido nucleico antisentido (RNA)
de la invención. Tal vector contendría una secuencia que codifica
el ácido nucleico antisentido Notch. Tal vector puede permanecer
episómico o hacerse cromosómicamente integrado, siempre que se
pueda transcribir para producir el RNA antisentido deseado. Tales
vectores se pueden construir por métodos estándar de tecnología de
DNA recombinante de la técnica. Los vectores pueden ser plásmidos,
virales, u otros conocidos en la técnica, usados para la
replicación y expresión en las células de los mamíferos. La
expresión de la secuencia que codifica el RNA antisentido Notch se
puede hacer por cualquier promotor conocido en la técnica que actúa
en células de los mamíferos, preferiblemente de los seres humanos.
Tales promotores pueden ser inducibles o constitutivos. Tales
promotores incluyen, pero sin limitarse a ellos: la región promotora
inicial SV40 (Bernoist and Chambon, 1981, Nature
290:304-310), el promotor contenido en la repetición
terminal larga 3' del virus del sarcoma de Rous (Yamamoto et
al., 1980, Cell 22:787-797), el promotor de la
timidina-quinasa del herpes (Wagner et al.,
1981. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 78:1441-1445),
las secuencias reguladoras del gen de la metalotioneína (Brinster
et al., 1982, Nature 296:39-42), etc.
Los ácidos nucleicos antisentido de la invención
comprenden una secuencia complementaria al menos a una porción de
un transcripto de RNA de un gen Notch, preferiblemente un gen Notch
humano. Sin embargo, la complementariedad absoluta, aunque es
preferida, no es necesaria. Una secuencia "complementaria al menos
a una porción de un RNA", como se indica aquí, significa una
secuencia que tiene suficiente complementariedad para ser capaz de
hibridarse con el RNA, formando un duplex estable; en el caso de
ácidos nucleicos Notch antisentido de doble hebra, una hebra
sencilla del DNA duplex se puede ensayar así, o se puede ensayar la
formación de triplex. La capacidad para hibridarse dependerá tanto
del grado de complementariedad como de la longitud del ácido
nucleico antisentido. Generalmente, cuanto más largo sea el ácido
nucleico que se hibrida, más desigualdad de bases contendrá con un
RNA Notch y todavía formará un duplex estable (o triplex, como puede
ser el caso). Un experto en la técnica puede comprobar un grado
tolerable de desigualdad usando procedimientos estándar para
determinar el punto de fusión del complejo hibridado.
\vskip1.000000\baselineskip
Los ácidos nucleicos Notch antisentido se pueden
usar para tratar (o prevenir) tumores malignos, de un tipo celular
del que se que ha demostrado que expresa RNA Notch. Las células
malignas, neoplásicas y pre-neoplásicas que se
pueden ensayar para dicha expresión incluyen, peso sin limitarse a
ellas, las descritas antes en las secciones 5.1.1 y 5.2.1. En un
aspecto preferido, se usa un oligonucleótido Notch antisentido de
DNA de hebra sencilla.
Los tipos de células malignas (particularmente,
de tumores) que expresan RNA Notch se pueden identificar por
diferentes métodos conocidos en la técnica. Tales métodos incluyen,
pero sin limitarse a ellos, hibridación con un ácido nucleico
específico Notch (por ejemplo por hibridación Northern, hibridación
por ensayos de transferencia, hibridación in situ),
observando la capacidad del RNA del tipo de célula para ser
traducido in vitro a Notch, etc. En un aspecto preferido, se
puede ensayar tejido de tumor primario de un paciente para la
expresión de Notch antes del tratamiento.
\global\parskip0.950000\baselineskip
Las composiciones farmacéuticas (véase sección
5.1.4), que comprenden una cantidad efectiva de un ácido nucleico
antisentido Notch en un vehículo farmacéuticamente aceptable, se
pueden administrar a un paciente que tiene un tumor maligno que es
de un tipo que expresa RNA Notch.
La cantidad de ácido nucleico Notch antisentido
que será efectiva en el tratamiento de un trastorno o enfermedad
particular dependerá de la naturaleza del trastorno o enfermedad, y
se puede determinar por técnicas clínicas estándar. Cuando es
posible, es deseable determinar la citotoxicidad antisentido del
tipo de tumor a ser tratado in vitro, y después en sistemas
de modelos animales útiles antes de ensayarlo y usarlo en
humanos.
En un aspecto específico, las composiciones
farmacéuticas que comprenden ácidos nucleicos antisentido Notch se
administran por medio de liposomas, micropartículas, o
microcápsulas. En diferentes aspectos de la descripción, puede ser
útil usar tales composiciones para lograr la liberación retardada de
los ácidos nucleicos antisentido Notch. En un aspecto específico,
puede ser deseable utilizar liposomas marcados por anticuerpos para
antígenos específicos de un tumor identificable (Leonetti et
al., 1990, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.
87:2448-2451; Renneisen et al., 1990, J.
Biol. Chem. 265:16337-16342).
\vskip1.000000\baselineskip
Las proteínas Notch, los análogos, derivados y
subsecuencias de las mismas, los ácidos nucleicos Notch (y las
secuencias complementarias de los mismos), los anticuerpos
anti-Notch y otras proteínas tooprrítmicas y sus
derivados y análogos que interactúan con proteínas Notch, e
inhibidores de interacciones Notch-proteína
toporrítmica tienen usos para diagnóstico. Tales moléculas se pueden
usar en ensayos, tales como inmunoensayos, para detectar,
pronosticar, diagnosticar, o verificar diferentes estados
patológicos, enfermedades, y trastornos que afectan a la expresión
de Notch, o hacer seguimiento del tratamiento de los mismos. En
particular, tal inmunoensayo se lleva a cabo por un método que
comprende poner en contacto una muestra derivada de un paciente con
un anticuerpo anti-Notch en condiciones tales que
pueda tener lugar la unión inmunoespecífica, y detectar o medir la
cantidad de cualquier unión inmunoespecífica por el anticuerpo. En
un aspecto específico, se puede usar el anticuerpo frente a Notch
para ensayar en un tejido de un paciente o en una muestra de suero
la presencia de Notch cuando un nivel anormal de Notch es una
indicación de una enfermedad.
Los inmunoensayos que se pueden usar incluyen,
pero sin limitarse a ellos, sistemas de ensayo competitivos y no
competitivos que usan técnicas tales como transferencias Western,
radioinmunoensayos, ELISA (ensayo de inmunosorbente ligado a
enzimas), inmunoensayos "sándwich", ensayos de
inmunoprecipitación, reacciones de precipitación, reacción de
precipitación por difusión en gel, ensayos de inmunodifusión,
ensayos de aglutinación, ensayos de fijación de complemento,
ensayos inmunorradiométricos, inmunoensayos fluorescentes,
inmunoensayos de la proteína A, por nombrar unos pocos.
Los genes Notch y las secuencias y subsecuencias
de ácido nucleico relacionadas, incluyendo las secuencias
complementarias, y otras secuencias genéticas toporrítmicas, se
pueden usar también en ensayos de hibridación. Las secuencias de
ácidos nucleicos Notch, o las subsecuencias de las mismas que
comprenden al menos 8 nucleótidos, se pueden usar como sondas de
hibridación. Los ensayos de hibridación se pueden usar para
detectar, pronosticar, diagnosticar o verificar estados
patológicos, trastornos, o enfermedades asociados con cambios
anormales en la expresión y/o actividad Notch como se ha descrito
antes. En particular, tal ensayo de hibridación se lleva a cabo por
un método que comprende poner en contacto una muestra que contiene
ácido nucleico con una sonda de ácido nucleico capaz de hibridarse
con el DNA o RNA Notch, en condiciones tales que la hibridación
pueda tener lugar, y detectar o medir cualquier hibridación
resultante.
Como se detalla en los ejemplos de la sección
10.1 más adelante, el aumento de la expresión de Notch tiene lugar
en los cánceres de mama, colon y de cuello uterino. Por
consiguiente, en realizaciones específicas, los cánceres de mama,
colon o de cuello uterino o los cambios premalignos en tales tejidos
se diagnostican detectando el aumento de la expresión de Notch (o
cantidad) en muestras de pacientes en relación al nivel de
expresión de Notch (o cantidad) en una muestra análoga no maligna, o
no premaligna, como pueda ser el caso (de un paciente u otra
persona, que se determina experimentalmente o que se conoce como un
nivel estándar en tales muestras).
En un aspecto, la proteína Notch (o un derivado
que tiene antigenidad Notch) que se detecta o se mide está en la
superficie celular. En otra realización, la proteína Notch (o
derivado) es una molécula soluble libre de células (por ejemplo,
cuando se mide en una muestra de sangre o suero) o es intracelular.
Sin intención de limitarse de forma mecánica, se cree que las
moléculas Notch libres de células puedan provenir de la secreción o
desprendimiento desde la superficie celular. En otra realización
adicional, se detectan o se miden cantidades solubles, de la
superficie celular e intracelulares de proteína Notch o
derivados.
\vskip1.000000\baselineskip
Los compuestos terapéuticos que son ácidos
nucleicos Notch o ácidos nucleicos Notch antisentido, así como
ácidos nucleicos que codifican Compuestos terapéuticos proteínicos,
incluyen los descritos más adelante, que se pueden obtener por
métodos conocidos en la técnica, y en particular, como se describe
más adelante.
\global\parskip1.000000\baselineskip
En aspectos particulares, la descripción
proporciona secuencias de aminoácidos Notch, preferiblemente Notch
humano, y sus fragmentos y derivados que comprenden un determinante
antigénico (es decir, que pueden ser reconocidos por un anticuerpo)
o que son funcionalmente activos, así como secuencias de ácidos
nucleicos que codifican los anteriores. Material "funcionalmente
activo", como se usa aquí, se refiere al material que muestra una
o más actividades funcionales conocidas asociadas con el producto
proteínico Notch de longitud completa (tipo natural), por ejemplo,
que se une a Delta, que se une a Serrate, que se une a cualquier
otro ligando Notch, antigenidad (unión a un anticuerpo
anti-Notch), etc.
En aspectos específicos, la descripción
proporciona fragmentos de una proteína Notch que consta al menos de
40 aminoácidos, o al menos de 75 aminoácidos. En otros aspectos, las
proteínas comprenden o constan esencialmente del dominio
intracelular, la región transmembranal, el dominio extracelular, la
región cdc10, las repeticiones
Notch/lin-12, o las repeticiones homólogas del EGF, o cualquier combinación de los anteriores, de una proteína Notch. También se proporcionan los fragmentos, o los fragmentos que comprenden proteínas, que carecen de algunas o todas las repeticiones homólogas del EGF de Notch. Se proporcionan los ácidos nucleicos que codifican los
anteriores.
Notch/lin-12, o las repeticiones homólogas del EGF, o cualquier combinación de los anteriores, de una proteína Notch. También se proporcionan los fragmentos, o los fragmentos que comprenden proteínas, que carecen de algunas o todas las repeticiones homólogas del EGF de Notch. Se proporcionan los ácidos nucleicos que codifican los
anteriores.
En otros aspectos específicos, la descripción
proporciona secuencias y subsecuencias de nucleótidos de
Notch, preferiblemente Notch humano, que consta al
menos de 25 nucleótidos, al menos 50 nucleótidos, o al menos 150
nucleótidos. Se proporcionan los ácidos nucleicos que codifican las
proteínas y los fragmentos proteínicos descritos antes, así como
los ácidos nucleicos complementarios a dichos ácidos nucleicos y
capaces de hibridarse con los mismos. En un aspecto, tal secuencia
complementaria puede ser complementaria de una secuencia de cDNA
Notch con al menos 25 nucleótidos, o con al menos 100 nucleótidos.
En un aspecto preferido, la invención utiliza secuencias de cDNA
que codifican Notch humano o una de sus porciones. En un aspecto
específico, tales secuencias del gen o cDNA Notch humano
están contenidas en los plásmidos hN3k, hN4k, o hN5k (véase la
sección 9, más adelante) o en el gen que corresponde a ellos; tal
secuencia de la proteína Notch humana puede ser como se muestra en
las Figuras 10 (SEQ ID NO: 11) o 11 (SEQ ID NO: 13). En otros
aspectos, el ácido nucleico Notch y/o su proteína codificada tiene
al menos una porción de la secuencia que se muestra en una de las
siguientes publicaciones: Wharton et al., 1985, Cell
43:567-581 (Notch de Drosophila); Kidd et
al., 1986, Mol. Cell. Biol. 6:3094-3108 (Notch
de Drosophila); Coffman et al., 1990, Science
249:1438-1441 (Notch de Xenopus); Ellisen
et al., 1991, Cell 66:649-661 (un Notch
humano). En otro aspecto, las secuencias de Notch humano son las
que codifican las secuencias de aminoácidos Notch humanos o una
porción de las mismas como se muestra en la Figura 13. En un
aspecto particular, las secuencias de Notch humano son las del
homólogo hN (representado en parte por el plásmido hN5k) o
del
homólogo TAN-1.
homólogo TAN-1.
En un aspecto de la descripción, la descripción
se refiere a la proteína Notch humana de longitud completa
codificada por el homólogo hN como se describe en la Figura 13,
conteniendo ambos la secuencia señal (es decir, la proteína
precursora; aminoácidos 1-2169) y careciendo de
secuencia señal (es decir, la proteína madura; aminoácidos
\sim26-2169), así como porciones de los anteriores
(por ejemplo, el dominio extracelular, la región de repetición
homóloga del EGF, las repeticiones 11 y 12 semejantes al EGF, las
repeticiones cdc10/anquirina, etc) y las proteínas que comprenden
los anteriores, así como los ácidos nucleicos que codifican los
anteriores.
Como se puede ver fácilmente, como se usa aquí,
un "ácido nucleico que codifica un fragmento o porción de una
proteína Notch" se debe construir en referencia a un ácido
nucleico que codifica sólo el citado fragmento o porción de la
proteína Notch y no otras porciones de la proteína Notch.
En un aspecto preferido, pero no limitante, de
la descripción, una secuencia de DNA de Notch humano se puede
clonar y secuenciar por el método descrito en la sección 9, más
adelante.
En otro aspecto preferido, se usa la PCR para
amplificar la secuencia deseada en la genoteca, antes de la
selección. Por ejemplo, los cebadores del oligonucleótido que
representan parte de los dominios adhesivos codificados por un
homólogo del gen deseado se pueden usar como cebadores en la
PCR.
Los métodos anteriores no pretenden limitar la
siguiente descripción general de métodos por los cuales se pueden
obtener clones de Notch.
Cualquier célula eucariota puede servir
potencialmente como la fuente de ácidos nucleicos para la clonación
molecular del gen Notch. Se puede obtener el DNA por
procedimientos estándar conocidos en la técnica a partir de DNA
clonado (por ejemplo, una "genoteca" de DNA), por síntesis
química, por clonación de cDNA, o por clonación de DNA genómico, o
sus fragmentos, purificados a partir de las células humanas deseadas
(véase, por ejemplo Sambrook et al., 1989, Molecular
Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, 2d.
Ed., Cold Spring Harbor, New York; Glover, D. M. (ed.), 1985, DNA
Cloning: A Practical Approach, MRL Press, Ltd., Oxford, U. K. Vol.
I, II). Los clones derivados de DNA genómico pueden contener
regiones reguladoras y de intrones de DNA además de regiones de
codificación; los clones derivados de cDNA contendrán sólo
secuencias de exones. Cualquiera que sea la fuente, el gen debe ser
clonado molecularmente dentro de un vector adecuado para la
propagación del gen.
En la clonación molecular del gen a partir de
DNA genómico, se generan fragmentos de DNA, algunos de los cuales
codificarán el gen deseado. El DNA puede ser escindido en sitios
específicos usando diferentes enzimas de restricción.
Alternativamente, se puede usar DNAsa en presencia de manganeso para
fragmentar el DNA, o el DNA se puede cortar físicamente, como por
ejemplo, por ultrasonidos. Los fragmentos lineales de DNA se pueden
separar según el tamaño por técnicas estándar, incluyendo, pero sin
limitarse a ellas, electroforesis en gel de poliacrilamida y agarosa
y cromatografía en columna.
Una vez que se han generado los fragmentos de
DNA, la identificación del fragmento de DNA específico que contiene
el gen deseado se puede lograr de varias maneras. Por ejemplo, si
una cantidad o una porción de un gen Notch (de cualquier
especie) o su RNA específico, o uno de sus fragmentos, por ejemplo,
el dominio adhesivo, está disponible y se puede purificar y marcar,
los fragmentos de DNA generados se pueden seleccionar por
hibridación del ácido nucleico con la sonda marcada (Benton, W. and
Davis, R., 1977, Science 196, 180; Grunstein, M. and Hogness, D.,
1975, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 72, 3961). Los fragmentos de
DNA con homología sustancial con la sonda se hibridarán. También es
posible identificar el fragmento apropiado por digestión con la
enzima de restricción y por comparación de los tamaños de los
fragmentos con los esperados según un mapa de restricción conocido
si éste está disponible. Se puede llevar a cabo una selección
adicional basándose en las propiedades del gen. Alternativamente,
se puede detectar la presencia del gen por ensayos basados en
propiedades físicas, químicas o inmunológicas de su producto
expresado. Por ejemplo, los clones de cDNA, o los clones de DNA cuyo
hibrido es selector de los mRNA apropiados, se pueden seleccionar
los que producen una proteína que, por ejemplo, tiene similar o
idéntica migración electroforética, comportamiento por
isoelectroenfoque, mapas de digestión proteolítica, actividad de
agregación in vitro ("adhesividad") o propiedades
antigénicas que se conocen para Notch. Si está disponible un
anticuerpo frente a Notch, la proteína Notch se puede identificar
uniendo el anticuerpo marcado a los clones que sintetizan Notch
putativamente, en un procedimiento tipo ELISA (ensayo de
inmunoabsorbente ligado a enzimas).
El gen Notch se puede identificar también
por selección de mRNA por hibridación del ácido nucleico seguido
por traducción in vitro. En este procedimiento, se usan
fragmentos para aislar los mRNA complementarios por hibridación.
Tales fragmentos de DNA pueden representar DNA Notch
purificado y disponible de otras especies (por ejemplo,
Drosophila). Los análisis de inmunoprecipitación o ensayos
funcionales (por ejemplo, capacidad de agregación in vitro;
véase los ejemplos más adelante) o los productos de traducción in
vitro o de los productos aislados de los mRNA aislados
identifican el mRNA y, por tanto, los fragmentos de DNA
complementarios que contienen las secuencias deseadas.
Adicionalmente, se pueden seleccionar mRNA específicos por adsorción
de polisomas aislados a partir de células para inmovilizar
anticuerpos dirigidos específicamente contra la proteína Notch o
Delta. Se puede sintetizar un cDNA Notch radiomarcado usando
el mRNA seleccionado (procedente de los polisomas adsorbidos) como
un patrón. Se puede usar después el mRNA o cDNA radiomarcados como
una sonda para identificar los fragmentos de DNA Notch de
los fragmentos de DNA genómico, entre otros.
Alternativas para aislar el DNA genómico
Notch incluyen, pero sin limitarse a ellas, sintetizar
químicamente la propia secuencia del gen a partir de una secuencia
conocida o preparar cDNA del mRNA que codifica el gen Notch.
Por ejemplo, se puede aislar el RNA para la clonación del cDNA del
gen Notch a partir de células que expresan Notch. Son
posibles otros métodos dentro del alcance de la invención.
El gen identificado y aislado se puede insertar
entonces dentro de un vector de clonación apropiado. Se pueden usar
un gran número de sistemas vector-hospedante
conocidos en la técnica. Los posibles vectores incluyen, pero sin
limitarse a ellos, plásmidos o virus modificados, pero el sistema de
vector debe ser compatible con la célula hospedante usada. Tales
vectores incluyen, pero sin limitarse a ellos, bacteriófagos tales
como derivados lambda, o plásmidos tales como los derivados
plásmidos PBR322 o pUC. La inserción dentro de un vector de
clonación puede lograrse, por ejemplo, ligando el fragmento de DNA a
un vector de clonación que tiene terminaciones cohesivas
complementarias. Sin embargo, si los sitios de restricción
complementarios usados para fragmentar el DNA no están presentes en
el vector de clonación, los extremos de las moléculas de DNA se
pueden modificar enzimáticamente. Alternativamente, se puede
producir cualquier sitio deseado ligando secuencias de nucleótidos
(ligantes) sobre las terminaciones de DNA: estos ligantes unidos
pueden comprender oligonucleótidos específicos sintetizados
químicamente que codifican secuencias de reconocimiento de la
endonucleasa de restricción. En un método alternativo, el vector
escindido y el gen Notch se pueden modificar por restos
homopoliméricos. Se pueden introducir moléculas recombinantes en
las células hospedantes por medio de transformación, transfección,
infección, electroporación, etc, de modo que se generan muchas
copias de la secuencia del gen.
En un método alternativo, el gen deseado se
puede identificar y aislar después de la inserción en un vector de
clonación adecuado con un método de secuenciación aleatoria
"shot gun". El enriquecimiento del gen deseado, por
ejemplo, por fraccionamiento por tamaños, se puede realizar antes de
la inserción en el vector de clonación.
En aspectos específicos, la transformación de
las células hospedantes con moléculas de DNA recombinante que
incorporan el gen Notch aislado, el cDNA, o las secuencias de
DNA sintetizadas permite la generación de múltiples copias del gen.
Por tanto, se puede obtener el gen en grandes cantidades por cultivo
de transformantes, aislamiento de las moléculas de DNA recombinante
a partir de los transformantes y, cuando es necesario, recuperación
del gen insertado a partir del DNA recombinante aislado.
Las secuencias Notch proporcionadas por
la presente descripción incluyen las secuencias de nucleótidos que
codifican sustancialmente las mismas secuencias de aminoácidos que
las encontradas en la proteína Notch nativa, y las
secuencias de aminoácidos codificadas con aminoácidos funcionalmente
equivalentes, todo como se describe en la sección 5.6 más adelante
para los derivados Notch.
Se pueden usar métodos similares a los descritos
anteriormente para obtener un ácido nucleico que codifica Delta,
Serrate o sus porciones adhesivas, u otros genes toporrítmicos de
interés. En un aspecto específico, el ácido nucleico Delta tiene al
menos una porción de la secuencia mostrada en la Figura 1 (SEQ ID
NO:1). En otro aspecto específico, el ácido nucleico Serrate tiene
al menos una porción de la secuencia mostrada en la Figura 5 (SEQ
ID NO:3). Las secuencias de ácidos nucleicos que codifican proteínas
toporrítmicas se pueden aislar de fuentes porcina, bovina, felina,
aviar, equina o canina, así como de primate y cualquier otra
especie en la que se puedan identificar los homólogos de genes
toporrítmicos conocidos [incluyendo, pero sin limitarse a ellos,
los siguientes genes (con la publicación de secuencias en
paréntesis): Delta (Vassin et al., 1987, EMBO J. 6,
3431-3440; Kopezynski et al., 1988, Genes
Dev. 2, 1723-1735; obsérvese las correcciones a la
secuencia de Kopezynski et al. que se encuentra en la figura
1 (SEQ ID NO:1 y SEQ ID NO:2)) y Serrate (Fleming et
al., 1990. Genes & Dev. 4, 2188-2201)].
Tales secuencias se pueden alterar mediante sustituciones, adiciones
o eliminaciones que proporcionan moléculas funcionalmente
equivalentes, como se ha descrito anteriormente.
\vskip1.000000\baselineskip
El ácido nucleico que codifica un compuesto
terapéutico se puede insertar en un vector de expresión adecuado,
es decir, un vector que contiene los elementos necesarios para la
transcripción y traducción de la secuencias insertadas que
codifican la proteína. Las señales de transcripción y traducción
necesarias se pueden suministrar también por un gen toporrítmico
nativo y/o sus regiones flanqueantes. Se pueden utilizar una
variedad de sistemas hospedante-vector para
expresar la secuencia que codifica la proteína. Estos incluyen, pero
sin limitarse a ellos, sistemas de células de mamíferos infectadas
con un virus (por ejemplo, virus vaccinia, adenovirus, etc),
sistemas de células de insectos infectadas con virus (por ejemplo,
baculovirus); microorganismos tales como levaduras que contienen
vectores de levadura, o bacterias transformadas con bacteriófagos,
DNA, plásmido de DNA, o cósmido de DNA. Los elementos de expresión
de los vectores varían en su fuerza y especificidad. Dependiendo
del sistema hospedante-vector utilizado, se puede
usar cualquiera de una serie de elementos de transcripción y
traducción. En un aspecto específico, se expresa la porción adhesiva
del gen Notch, por ejemplo, la que codifica las repeticiones
11 y 12 semejantes al EGF (ELR). En otras realizaciones específicas,
se expresa el gen Notch humano, o una secuencia que codifica
una porción funcionalmente activa de Notch humano.
Se pueden usar cualquiera de los métodos
descritos antes para la inserción de los fragmentos de DNA en un
vector para construir vectores de expresión que contienen un gen
quimérico que consta de las señales apropiadas de control
transcripcional/de traducción y las secuencias que codifican la
proteína. Estos métodos pueden incluir técnicas de DNA recombinante
in vitro y técnicas sintéticas y recombinantes in vivo
(recombinación genética). La expresión de la secuencia de ácido
nucleico que codifica una proteína Notch o un fragmento de péptido
se puede regular por una segunda secuencia de ácido nucleico de modo
que la proteína o péptido Notch se expresa en un hospedante
transformado con la molécula de DNA recombinante. Por ejemplo, la
expresión de una proteína Notch se puede controlar por cualquier
elemento promotor/potenciador conocido en la técnica. Los
promotores que se pueden usar para controlar la expresión del gen
toporrítmico incluyen, pero sin limitarse a ellos, la región
promotora inicial SV40 (Bernoist and Chambon, 1981, Nature 290,
304-310), el promotor contenido en la repetición
terminal larga 3' del virus del sarcoma de Rous (Yamamoto et
al., 1980, Cell 22, 787-797), el promotor de la
timidina quinasa del herpes (Wagner et al., 1981. Proc. Natl.
Acad. Sci. U. S. A. 78:1441-1445), las secuencias
reguladoras del gen de la metalotioneína (Brinster et al.,
1982, Nature 296, 39-429); los vectores de
expresión procariotas tales como el promotor de la
\beta-lactamasa (Villa-kamaroff,
et al., 1978, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 75,
3727-3731), o el promotor tac (DeBoer, et
al., 1983, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 80,
21-25); véase también "Useful proteins from
recombinant bacteria" en Scientific American, 1980, 242,
74-94; vectores de expresión de plantas que
comprenden la región promotora de la
nopalina-sintetasa
(Herrera-Estrella et al., Nature 303,
209-213) o el promotor RNA 35S del virus de mosaico
de la coliflor (Gardner et al., 1981, Nucl. Acids Res. 9,
2871), y el promotor de la enzima fotosintética
ribulosa-bifosfato-carboxilasa
(Herrera-Estrella et al., 1984, Nature 310,
115-120); los elementos promotores procedentes de
levaduras o de otros hongos tales como el promotor Gal 4, el
promotor ADC (alcohol-deshidrogenasa), el promotor
PGK (fosfoglicerol-quinasa), el promotor de la
fosfatasa alcalina, y las siguientes regiones de control
transcripcional de animales, que presentan especificidad tisular y
que se han utilizado en animales transgénicos: región de control
del gen I de la elastasa que es activa en las células acinares
pancreáticas (Swift et al., 1984, Cell 38,
639-646; Ornitz et al., 1986, Cold Spring
Harbor Symp. Quant. Biol. 50, 399-409; MacDonald,
1987, Hepatology 7, 425-515); la región de control
del gen de la insulina que es activa en la células beta pancreáticas
(Hanahan, 1985, Nature 315, 115-122), la región de
control del gen de la inmunoglobulina que es activa en las células
linfoides (Grosschedl et al., 1984, Cell 38,
647-658; Adames et al., 1985, Nature 318,
533-538; Alexander et al., 1987, Mol. Cell.
Biol. 7, 1436-1444), la región de control del virus
del tumor de mama de ratón que es activa en las células
testiculares, de la mama, linfoides y células cebadas, (Leder et
al., 1986, Cell 45, 485-495), la región de
control del gen de la albúmina que es activa en el hígado (Pinkert
et al., 1987, Genes and Devel. 1, 268-276),
la región de control del gen de la alfa-fetoproteína
que es activa en el hígado (Krumlauf et al., 1985, Mol.
Cell. Biol. 5, 1639-1648; Hammer et al.,
1987, Science 235, 53-58); la región de control del
gen de la alfa-1-antitripsina que es
activa en el hígado (Kelsey et al., 1987, Genes and Devel.
1, 161-171), la región de control del gen de la
beta-globina que es activa en la células mieloides
(Mogram et al., 1985, Nature 315, 338-340;
Kollias et al., 1986, Cell 46, 89-94); la
región de control de la proteína básica de mielina que es activa en
las células oligodendrocitas del cerebro (Readhead et al.,
1987, Cell 48, 703-712); la región de control del
gen de la cadena-2 ligera de la miosina que es
activa en el músculo esquelético (Sani, 1985, Nature 314,
283-286), y la región de control del gen de la
hormona de liberación gonadotrópica que es activa en el hipotálamo
(Mason et al., 1986, Science 234,
1372-1378).
Los vectores de expresión que contienen insertos
del gen Notch se pueden identificar por tres métodos
generales: (a) hibridación del ácido nucleico, (b) presencia o
ausencia de funciones del gen "marcador", y (c) expresión de
las secuencias insertadas. En el primer método, la presencia de un
gen extraño insertado en un vector de expresión se puede detectar
por hibridación del ácido nucleico usando sondas que comprenden las
secuencias que son homólogas a un gen toporrítmico insertado. En el
segundo método, se puede identificar y seleccionar el sistema
vector/hospedante basándose en la presencia o ausencia de ciertas
funciones del gen "marcador" (por ejemplo, actividad de la
timidina-quinasa, resistencia a los antibióticos,
transformación del fenotipo, formación de cuerpos de oclusión en
baculovirus, etc) causadas por la inserción de genes extraños en el
vector. Por ejemplo, si el gen Notch se inserta en la
secuencia del gen marcador del vector, se pueden identificar los
recombinantes que contienen el inserto Notch por la ausencia
de la función del gen marcador. En el tercer método, los vectores
recombinantes de expresión se pueden identificar ensayando el
producto del gen extraño expresado por el recombinante. Tales
ensayos se pueden basar, por ejemplo, en las propiedades físicas o
funcionales del producto del gen Notch en sistemas de ensayo
in vitro, por ejemplo, capacidad de agregación (adhesiva)
(véanse secciones 6-7, más adelante).
Una vez que se identifica y se aísla una
molécula de DNA recombinante particular, se pueden usar varios
métodos conocidos en la técnica para propagarla. Una vez que se
establecen el sistema hospedante adecuado y las condiciones de
crecimiento, los vectores de expresión recombinante se pueden
propagar y preparar en cantidad. Como se ha explicado antes, los
vectores de expresión que se pueden usar incluyen, pero sin
limitarse a ellos, los siguientes vectores o sus derivados: virus
humanos o animales tales como virus vaccinia o adenovirus; virus de
insectos tal como baculovirus; vectores de levaduras; vectores de
bacteriófagos (por ejemplo, lambda), y vectores plásmidos y cósmidos
de DNA, por nombrar unos pocos.
Adicionalmente, se puede elegir una cepa de
células hospedantes que modulan la expresión de las secuencias
insertadas, o que modifican y procesan el producto del gen de un
modo específico deseado. Se puede elevar la expresión a partir de
ciertos promotores en presencia de ciertos inductores; por tanto, se
puede controlar la expresión de la proteína Notch obtenida por
ingeniería genética. Además, diferentes células hospedantes tienen
mecanismos característicos y específicos para el tratamiento y
modificación de traducción y post-traducción (por
ejemplo, glucosilación, escisión) de las proteínas. Se pueden elegir
líneas de células o sistemas hospedantes apropiados para asegurar
la modificación y tratamiento deseados de la proteína extraña
expresada. Por ejemplo, se puede usar la expresión en un sistema
bacteriano para producir un producto proteínico de núcleo no
glucosilado. La expresión en levaduras producirá un producto
glucosilado. Se puede usar la expresión en células de mamíferos
para asegurar la glucosilación "nativa" de una proteína
toporrítmica de mamífero heteróloga. Además, diferentes sistemas de
expresión vector/hospedante pueden efectuar reacciones de
tratamiento tales como escisiones proteolíticas en diferente
extensión.
En otros aspectos específicos, la proteína
Notch, fragmentos, análogos, o derivados se pueden expresar como un
producto proteínico de fusión, o quimérico (que comprende la
proteína, el fragmento, análogo o derivado unido por medio de un
enlace peptídico a una secuencia de proteína heteróloga (de una
proteína diferente)). Tal producto quimérico se puede preparar
ligando unas a otras las secuencias del ácido nucleico apropiado
que codifican las secuencias de aminoácidos deseadas por métodos
conocidos en la técnica, en el marco de codificación adecuado, y
expresando el producto quimérico por métodos comúnmente conocidos en
la técnica. Alternativamente, tal producto quimérico se puede
preparar por técnicas de síntesis de proteínas, por ejemplo, usando
un sintetizador peptídico.
Tanto el cDNA como las secuencias genómicas se
pueden clonar y expresar.
En otros aspectos, se puede integrar y expresar
cromosómicamente una secuencia de cDNA Notch. Se pueden usar los
procedimientos de recombinación homóloga conocidos en la
técnica.
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Una vez que se ha identificado un recombinante
que expresa la secuencia del gen Notch, se puede analizar el
producto génico. Esto se puede lograr por ensayos basados en las
propiedades físicas y funcionales del producto, incluyendo marcado
radioactivo del producto seguido por análisis por electroforesis en
gel.
Una vez que se ha identificado la proteína
Notch, se puede aislar y purificar por métodos estándar que incluyen
cromatografía (por ejemplo, de cambio iónico, de afinidad, y
cromatografía de exclusión molecular en columna), centrifugación,
solubilidad diferencial, o por cualquier otra técnica estándar para
la purificación de proteínas. Las propiedades funcionales se pueden
evaluar usando cualquier ensayo adecuado incluyendo, pero sin
limitarse a ellos, ensayos de agregación (véanse las secciones
6-7).
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La descripción se refiere además al uso, como
compuestos terapéuticos o derivados (incluyendo, pero sin limitarse
a ellos, fragmentos) y análogos de proteínas Notch. También se
proporcionan como compuestos terapéuticos otras proteínas
toporrítmicas y sus derivados y análogos, o ligandos Notch, en
particular, que fomentan, o alternativamente, inhiben las
interacciones de tales otras proteínas toporrítmicas con Notch.
La producción y el uso de derivados y análogos
relacionados con Notch está dentro del alcance de la presente
descripción. En un aspecto específico, el derivado o análogo es
funcionalmente activo, es decir, capaz de mostrar una o más
actividades funcionales asociadas con una proteína Notch, natural,
de longitud completa. Como un ejemplo, se pueden usar derivados o
análogos tales que tienen la antigenidad deseada, por ejemplo, en
inmunoensayos de diagnóstico como se describe en la sección 5.3. Las
moléculas que mantienen, o alternativamente inhiben, una propiedad
Notch deseada, por ejemplo, unión a Delta o a otras proteínas
toporrítmicas, unión a un ligando intracelular, se pueden usar
terapeúticamente como inductores, o inhibidores, respectivamente,
de tal propiedad y sus propiedades fisiológicas relacionadas. Se
pueden ensayar los derivados y análogos de Notch en cuanto a la
actividad deseada por procedimientos conocidos en la técnica que
incluyen, pero sin limitarse a ellos, los ensayos descritos más
adelante. En un aspecto específico, se puede hacer un cribado de las
genotecas de péptidos para seleccionar un péptido con la actividad
deseada, tal
cribado se puede realizar ensayando, por ejemplo, la unión a Notch o una pareja de unión a Notch tal como delta.
cribado se puede realizar ensayando, por ejemplo, la unión a Notch o una pareja de unión a Notch tal como delta.
Los derivados Notch se pueden preparar alterando
las secuencias Notch por sustituciones, adiciones o
deleciones que proporcionan moléculas funcionalmente equivalentes.
Debido a la degeneración de las secuencias codificadoras de
nucleótidos, se pueden usar otras secuencias de DNA que codifican
sustancialmente la misma secuencia de aminoácidos que un gen
Notch. Éstas incluyen, pero sin limitarse a ellas, secuencias
de nucleótidos que comprenden el total o porciones de genes
Notch que están alterados por la sustitución de diferentes
codones que codifican un residuo de aminoácido funcionalmente
equivalente dentro de la secuencia, produciendo, por tanto, un
cambio silencioso. Asimismo, los derivados Notch incluyen, pero sin
limitarse a ellos, los que contienen como secuencia de aminoácidos
primaria toda o parte de la secuencia de aminoácidos de una proteína
Notch incluyendo las secuencias alteradas en las que los residuos
de aminoácidos funcionalmente equivalentes están sustituidos por
residuos dentro de la secuencia, que dan como resultado un cambio
silencioso. Por ejemplo, uno o más residuos de aminoácidos dentro
de la secuencia pueden estar sustituidos por otro aminoácido de una
polaridad similar que actúa como un equivalente funcional, dando
como resultado una alteración silenciosa. Los sustitutos para un
aminoácido dentro de la secuencia se pueden seleccionar de otros
miembros de la clase a la que pertenece el aminoácido. Por ejemplo,
los aminoácidos no polares (hidrófobos) incluyen alanina, leucina,
isoleucina, valina, prolina, fenilalanina, triptófano y metionina.
Los aminoácidos polares neutros incluyen glicina, serina, treonina,
cisteína, tirosina, asparagina y glutamina. Los aminoácidos cargados
positivamente (básicos) incluyen arginina, lisina e histidina. Los
aminoácidos cargados negativamente (ácidos) incluyen ácido aspártico
y ácido glutámico.
Los derivados o análogos de Notch incluyen, pero
sin limitarse a ellos, péptidos que son sustancialmente homólogos a
Notch o sus fragmentos, o cuyo ácido nucleico de codificación es
capaz de hibridarse con una secuencia de ácido nucleico
Notch.
Los derivados y análogos Notch de la descripción
se pueden producir por diferentes métodos conocidos en la técnica.
Las manipulaciones que dan como resultado su producción pueden tener
lugar a nivel del gen o de la proteína. Por ejemplo, la secuencia
del gen Notch clonada se puede modificar por cualquiera de
las numerosas estrategias conocidas en la técnica (Maniatis, T.,
1989, Molecular Cloning, A Laboratory Manual, 2d ed., Cold Spring
Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, New York). La secuencia se
puede escindir en los sitios apropiados con la
endonucleasa(s) de restricción, seguido de modificación
enzimática adicional si se desea, aislamiento y ligamiento in
vitro. En la producción del gen que codifica un derivado o
análogo de Notch, se debe tener cuidado de asegurar que el gen
modificado permanece dentro del mismo marco de lectura de traducción
que Notch, ininterrumpido por señales de parada de la traducción,
en la región génica donde la actividad Notch deseada está
codificada.
La secuencia de ácidos nucleicos que codifica
Notch se puede mutar in vitro o in vivo, para crear
y/o destruir las secuencias de traducción, iniciación y/o
terminación, o para crear variaciones en las regiones codificadoras
y/o formar nuevos sitios para la endonucleasa de restricción o
destruir los preexistentes, para facilitar además la modificación
in vitro. Se puede usar cualquier método de mutagénesis
conocido en la técnica incluyendo, pero sin limitarse a ellos, la
mutagénesis dirigida al sitio in vitro (Hutchinson, C.,
et al., 1978, J. Biol. Chem 253:6551), el uso de ligantes
TAB® (Pharmacia), etc.
Las manipulaciones de la secuencia Notch se
pueden preparar también a nivel de la proteína. Dentro del alcance
de la descripción están incluidos los fragmentos de proteína Notch u
otros derivados o análogos, que se modifican diferencialmente
durante o después de la traducción, por ejemplo, por glucosilación,
acetilación, fosforilación, amidación, derivatización por grupos
protectores/bloqueantes conocidos, escisión proteolítica, unión a
una molécula de anticuerpo u otro ligando celular, etc. Se pueden
llevar a cabo cualquiera de las numerosas modificaciones químicas
por técnicas conocidas que incluyen, pero sin limitarse a ellas,
escisión química específica por bromuro cianógeno, tripsina,
quimiotripsina, papaína, proteasa V8, NaBH_{4}; acetilación,
formilación, oxidación, reducción; síntesis metabólica en presencia
de tunicamicina; etc.
Adicionalmente, los análogos y derivados de
Notch se pueden sintetizar químicamente. Por ejemplo, mediante el
uso de un sintetizador de péptidos se puede sintetizar un péptido
que corresponde a una porción de una proteína Notch que comprende
el dominio deseado, que media en la actividad de agregación deseada
in vitro, o que se une a un receptor. Además, si se desea,
se pueden introducir aminoácidos o análogos de aminoácidos químicos
no clásicos como una sustitución o adición en la secuencia Notch.
Los aminoácidos no clásicos incluyen, pero sin limitarse a ellos,
los isómeros D de los aminoácidos comunes, ácido
\alpha-amino-isobutírico, ácido
4-aminobutírico, hidroxiprolina, sarcosina,
citrulina, ácido cisteico, t-butilglicina,
t-butilalanina, fenilglicina, ciclohexilalanina,
\beta-alanina, aminoácidos diseñadores tales como
los \beta-metil-aminoácidos,
C\alpha-metil-aminoácidos, y
N\alpha-metil-aminoácidos.
En un aspecto específico, el derivado Notch es
una proteína quimérica, o de fusión, que comprende una proteína
Notch o su fragmento fusionado por medio de un enlace péptidico en
su amino- y/o carboxi-terminal a una secuencia de
aminoácidos no Notch. En un aspecto, tal proteína quimérica se
produce por expresión recombinante de un ácido nucleico que
codifica la proteína (que comprende una secuencia de codificación
Notch unida en el marco a una secuencia de codificación no Notch).
Tal producto quimérico se puede preparar ligando unas con otras las
secuencias apropiadas de ácidos nucleicos que codifican las
secuencias deseadas de aminoácidos por métodos conocidos en la
técnica, en el marco de codificación apropiado, y expresando el
producto quimérico por métodos comúnmente conocidos en la técnica.
Alternativamente, tal producto quimérico se puede preparar por
técnicas de síntesis de proteínas, por ejemplo, usando un
sintetizador de péptidos. En un aspecto específico, un ácido
nucleico quimérico que codifica una proteína Notch madura con una
secuencia señal heteróloga se expresa de modo que la proteína
quimérica se expresa y procesa por la célula hasta la proteína Notch
madura. Como otro ejemplo, pero no a modo de limitación, se puede
construir una molécula recombinante, que comprende porciones de
codificación tanto de Notch como de otro gen toporrítmico,
por ejemplo, Delta. La proteína codificada de tal molécula
recombinante puede presentar propiedades asociadas tanto con Notch
como con Delta y mostrar un nuevo perfil de actividades biológicas,
incluyendo las agonistas así como las antagonistas. Se puede usar
también la secuencia primaria de Notch y Delta para predecir la
estructura terciaria de las moléculas usando una simulación por
ordenador (Hopp and Woods, 1981, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.
78:3824-3828); los genes recombinantes quiméricos
Notch/Delta se pueden diseñar de acuerdo con las
correlaciones entre la estructura terciaria y la función biológica.
Asimismo, se pueden construir los genes quiméricos que comprenden
porciones de Notch fusionadas con cualquier secuencia heteróloga
que codifica una proteína (no Notch). Un aspecto específico se
refiere a una proteína quimérica que comprende un fragmento de Notch
de al menos seis aminoácidos.
En otro aspecto específico, el derivado Notch es
un fragmento de Notch que comprende una región de homología con
otra proteína toporrítmica. Como se usa aquí, una región de una
primera proteína se debe considerar "homóloga" con una segunda
proteína cuando la secuencia de aminoácidos de la región tiene al
menos un 30% de identidad o tiene al menos un 75% de identidad o
incluye cambios conservadores, cuando se compara con cualquier
secuencia de la segunda proteína de igual número de aminoácidos que
el número contenido en la región.
Los derivados de Serrate, Delta, otras proteínas
toporrítmicas y sus porciones adhesivas, se pueden obtener mediante
métodos similares a los descritos anteriormente.
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En un aspecto específico, la descripción
proporciona compuestos terapéuticos que son derivados y análogos
Notch, en particular fragmentos Notch y derivados de tales
fragmentos, que comprenden uno o más dominios de la proteína Notch,
incluyendo, pero sin limitarse a ellos, el dominio extracelular, el
dominio transmembranal, el dominio intracelular, la región asociada
a la membrana, una o más repeticiones semejantes al EGF (ELR) de la
proteína Notch, las repeticiones cdc10, y las repeticiones
Notch/lin-12. En realizaciones específicas, el derivado
Notch puede carecer de todas o una porción de las ELR, o de una o
más de otras regiones de la proteína.
En un aspecto específico, que se refiere a una
proteína Notch de una especie distinta de D. melanogaster,
preferiblemente humana, los fragmentos que comprenden porciones
específicas de Notch son los que comprenden porciones de la
proteína Notch respectiva, la mayoría homólogos a fragmentos
específicos de la proteína Notch de Drosophila (por ejemplo,
ELR 11 y ELR 12).
\vskip1.000000\baselineskip
La descripción proporciona también fragmentos
Notch, y análogos o derivados de tales fragmentos, que median en la
unión a proteínas toporrítmicas (y por tanto denominados aquí
"adhesivos"), y secuencias de ácidos nucleicos que codifican
los anteriores.
Están incluidos también como compuestos
terapéuticos de la descripción fragmentos de proteínas toporrítmicas
(p. ej., Delta, Serrate) y sus análogos o derivados, que median en
la unión heterotípica a Notch (y se denominan en esta memoria
"adhesivos"), y secuencias de ácidos nucleicos relacionados con
los anteriores.
Están incluidos también como compuestos
terapéuticos inhibidores (por ejemplo, inhibidores peptídicos) de
las interacciones de las proteínas toporrítmicas anteriores con
Notch.
La capacidad para unirse a una proteína
toporrítmica se puede demostrar por ensayos de agregación in
vitro con células que expresan tal proteína toporrítmica así
como con células que expresan Notch o un derivado Notch (véase la
sección 6). Esto es, la capacidad de un fragmento de proteína para
unirse a una proteína Notch se puede demostrar detectando la
capacidad del fragmento, cuando se expresa sobre la superficie de
una primera célula, de unirse a una proteína Notch expresada sobre
la superficie de una segunda célula. Los inhibidores de las
interacciones anteriores se pueden detectar por su capacidad de
inhibir tal agregación in vitro.
Las secuencias de ácidos nucleicos que codifican
las proteínas toporrítmicas o sus dominios adhesivos, para uso en
tales ensayos, se pueden aislar a partir de fuentes humanas,
porcinas, bovinas, felinas, avícolas, equinas, caninas o de
insectos, así como de primates y cualquier otra especie en la que se
pueden identificar homólogos de genes toporrítmicos conocidos.
En un aspecto específico, el fragmento adhesivo
de Notch es el que comprende la porción de Notch más homóloga con
ELR 11 y 12, es decir, los aminoácidos número 447 a 527 (SEQ ID
NO:14) de la secuencia Notch de la Drosophila (véase la
Figura 4). En otro aspecto específico adicional, el fragmento
adhesivo de Delta que media en la unión a Notch es aquel que
comprende la porción de Delta más homóloga a aproximadamente los
aminoácidos números 1-230 de la secuencia Delta
(SEQ ID NO: 2) de Drosophila. En un aspecto específico que se
refiere a un fragmento adhesivo de Serrate, tal fragmento es aquel
que comprende la porción de Serrate más homóloga a aproximadamente
los aminoáciso números 85-283 o
79-282 de la secuencia Serrate de Drosophila (véase
figura 5 (SEQ ID NO:4)).
Debido a la degeneración de las secuencias
codificadoras de los nucleótidos, se pueden usar en la práctica de
la presente descripción otras secuencias de DNA que codifican
sustancialmente la misma secuencia de aminoácidos que las
secuencias adhesivas. Estas incluyen, pero sin limitarse a ellas,
secuencias de nucleótidos que comprenden todo o porciones de los
genes Notch, Delta o Serrate que están
alteradas por la sustitución de diferentes codones que codifican un
residuo de aminoácido funcionalmente equivalente dentro de la
secuencia, produciendo por tanto un cambio silencioso. Asimismo,
los fragmentos de proteína adhesiva, o sus derivados, de la
descripción incluyen, pero sin limitarse a ellos, los que contienen
como una secuencia primaria de aminoácidos, toda o parte de la
secuencia de aminoácidos de los dominios adhesivos incluyendo las
secuencias alteradas en las que los residuos de aminoácidos
funcionalmente equivalentes están sustituidos por residuos dentro de
la secuencia, dando como resultado un cambio silencioso.
Los fragmentos adhesivos de las proteínas
toporrítmicas y los derivados, análogos o péptidos potenciales
relacionados con las secuencias de la proteína toporrítmica
adhesiva, se pueden ensayar en cuanto a la actividad de unión
deseada, por ejemplo, por ensayos de agregación in vitro
descritos en los ejemplos de esta memoria. Los derivados adhesivos
o los análogos adhesivos de los fragmentos adhesivos de las
proteínas toporrítmicas incluyen, pero sin limitarse a ellos, los
péptidos que son sustancialmente homólogos con los fragmentos
adhesivos, o cuyo ácido nucleico codificador es capaz de hibridarse
con la secuencia de ácidos nucleicos que codifica los fragmentos
adhesivos, y cuyos péptidos y análogos de péptidos tienen actividad
de unión positiva, por ejemplo, como se ensaya in vitro por
un ensayo de agregación tal como se describe en los ejemplos de las
secciones posteriores. Tales derivados y análogos se consideran como
compuestos terapéuticos.
Se pueden producir derivados, análogos y
péptidos de la descripción relacionados con la proteína adhesiva
por diferentes métodos conocidos en la técnica. Las manipulaciones
que dan como resultado su producción pueden tener lugar a nivel del
gen o de la proteína (véase la sección 5.6).
Adicionalmente, la secuencia de ácidos nucleicos
que codifica la proteína adhesiva se puede mutar in vitro o
in vivo; y se pueden hacer también manipulaciones de la
secuencia adhesiva a nivel de la proteína (véase la sección
5.6).
Adicionalmente, se pueden sintetizar
químicamente los análogos y los péptidos relacionados con los
fragmentos adhesivos.
\vskip1.000000\baselineskip
La actividad in vitro de las proteínas,
derivados y análogos Notch, y de otras proteínas toporrítmicas que
se unen a Notch, se puede ensayar por diferentes métodos.
Por ejemplo, en un aspecto, donde se está
ensayando la capacidad para unirse o competir con Notch natural en
cuanto a la unión con un anticuerpo anti-Notch, se
pueden usar diferentes inmunoensayos conocidos en la técnica
incluyendo, pero sin limitarse a ellos, sistemas de ensayos
competitivos y no competitivos que usan técnicas tales como
radioinmunoensayos, ELISA (ensayo de inmunosorbente ligado a
enzimas), inmunoensayos "sándwich", ensayos
inmunorradiométricos, reacciones de precipitina por difusión en gel,
ensayos de inmunodifusión, inmunoensayos in situ (usando oro
coloidal, enzimas o marcado con radioisótopos, por ejemplo),
transferencia Western, reacciones de precipitación, ensayos de
aglutinación (por ejemplo, ensayos de aglutinación en gel, ensayos
de hemaglutinación), ensayos de fijación de complemento, ensayos de
inmunofluorescencia, ensayos de la proteína A, y ensayos de
inmunoelectroforesis, etc. La unión al anticuerpo se detecta
observando una marca en el anticuerpo primario. En otro aspecto, el
anticuerpo primario se detecta observando la unión de un anticuerpo
secundario o reactivo al anticuerpo primario. En un aspecto
adicional, se marca el anticuerpo secundario. Se conocen muchos
medios en la técnica para detectar la unión en un inmunoensayo.
En otro aspecto, cuando se está ensayando la
capacidad para mediar en la unión a Notch, se puede llevar a cabo
un ensayo de agregación in vitro tal como se describe más
adelante en las secciones 6 ó 7 (véase también Fehon et al.,
1990, Cell 61:523-534, Rebay et al., 1991,
Cell 67:687-699).
\newpage
En otro aspecto, cuando se identifica otro
ligando para Notch, se puede ensayar la unión del ligando, por
ejemplo, por ensayos de unión bien conocidos en la técnica. En otro
aspecto, se pueden ensayar los efectos fisiológicos resultantes de
la unión del ligando a las células que expresan un receptor Notch
(señal de transducción).
En otro aspecto, en insectos u otros sistemas de
modelos, se pueden realizar estudios genéticos para estudiar el
efecto fenotípico de un mutante Notch que es un derivado o análogo
de Notch natural.
Otros métodos serán conocidos para los expertos
en la técnica.
\vskip1.000000\baselineskip
Según un aspecto de la descripción, los
anticuerpos y los fragmentos que contienen su dominio de unión
dirigido contra Notch son Compuestos terapéuticos. Por
consiguiente, las proteínas Notch, los fragmentos o análogos o
derivados de las mismas, en particular, las proteínas Notch humanas
o sus fragmentos, se pueden usar como inmunógenos para generar
anticuerpos anti-proteína Notch. Tales anticuerpos
pueden ser policlonales, monoclonales, quiméricos, de cadena
sencilla, fragmentos Fab, o procedentes de una colección de
expresión Fab. En un aspecto específico, se pueden preparar
anticuerpos específicos de las repeticiones 11 y 12 de Notch
semejantes al EGF. En otros aspectos, se pueden generar anticuerpos
reactivos con el dominio extracelular de Notch. Un ejemplo de tales
anticuerpos puede evitar la agregación en un ensayo in vitro.
En otro aspecto, se producen anticuerpos específicos frente a Notch
humano.
Se pueden usar diferentes procedimientos
conocidos en la técnica para la producción de anticuerpos
policlonales frente a una proteína o péptido Notch. En un aspecto
particular, se pueden obtener anticuerpos policlonales de conejo
frente a un epítope de una proteína Notch humana codificada por una
secuencia representada en las Figuras 10 ó 11, o una de sus
subsecuencias. Para la producción del anticuerpo, se pueden
inmunizar diferentes animales hospedantes por inyección con la
proteína Notch nativa, o con una versión sintética, o uno de sus
fragmentos, incluyendo, pero sin limitarse a ellos, conejos,
ratones, ratas, etc. Se pueden usar diferentes auxiliares para
aumentar la respuesta inmunológica, dependiendo de la especie
hospedante, que incluye, pero sin limitarse a ellos, Freund's
(completo e incompleto), geles minerales tales como hidróxido de
aluminio, sustancias tensioactivas tales como lisolecitina,
polioles plurónicos, polianiones, péptidos, emulsiones oleosas,
hemocianinas de lapa boca llave, dinitrofenol, y auxiliares humanos
potencialmente útiles tales como BCG (bacilo
Calmette-Guerin) y corinebacterium
parvum.
Para la preparación de anticuerpos monoclonales
dirigidos frente a la secuencia de la proteína Notch, se puede usar
cualquier técnica que de lugar a la producción de moléculas de
anticuerpo por líneas celulares continuas en cultivo. Por ejemplo,
la técnica del hibridoma desarrollada originalmente por Kohler and
Milstein (1975, Nature 256, 495-497), así como la
técnica del trioma, la técnica del hibridoma de las células B
humanas (Kozbor et al., 1983, Immunology Today 4, 72) y la
técnica del EBV-hibridoma para producir anticuerpos
monoclonales humanos (Cole et al., 1985, en Monoclonal
Antibodies and Cancer Therapy, Alan R. Liss, Inc., pp
77-96).
Se pueden generar por técnicas conocidas
fragmentos de anticuerpo que contienen el idiotipo (dominio de
unión) de la molécula. Por ejemplo, tales fragmentos incluyen, pero
sin limitarse a ellos: el fragmento F(ab')_{2} que se
puede producir por digestión con pepsina de la molécula de
anticuerpo; los fragmentos Fab' que se pueden generar reduciendo
los puentes disulfuro del fragmento F(ab')_{2}, y los
fragmentos Fab que se pueden generar tratando la molécula de
anticuerpo con papaína y un agente reductor.
En la producción de anticuerpos, la selección
del anticuerpo deseado se puede lograr por métodos conocidos en la
técnica, por ejemplo, ELISA (ensayo de inmunosorbente ligado a
enzimas). Por ejemplo, para seleccionar anticuerpos que reconocen
el dominio adhesivo de una proteína Notch, se pueden ensayar los
hibridomas generados para un producto que se une a un fragmento de
proteína que contiene dicho dominio. Para la selección de un
anticuerpo específico frente a Notch humano, se puede seleccionar
basándose en la unión positiva a Notch humano y en la ausencia de
unión a Notch de Drosophila.
Adicionalmente a la utilidad terapéutica, los
anticuerpos anteriores tienen utilidad en inmunoensayos de
diagnóstico como se describe en la sección 5.6 anterior.
Se pueden usar procedimientos similares a los
descritos antes para preparar los Compuestos terapéuticos que son
anticuerpos frente a dominios de otras proteínas (particularmente
proteínas toporrítmicas) que se unen o interactúan de otro modo con
Notch (por ejemplo, fragmentos adhesivos de Delta o Serrate). En
particular, estos procedimientos se pueden usar para obtener los
anticuerpos de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4.
\vskip1.000000\baselineskip
Se detectó la asociación intermolecular entre
los productos de los genes Notch y Delta estudiando
los efectos de su expresión en la agregación en las células (S2) 2
de Schneider de Drosophila (Fehon et al., 1990, Cell
61, 523-534). Se describen aquí datos directos de
las interacciones intermoleculares entre Notch y Delta, así como un
sistema de ensayo que se puede usar en la disección de los
componentes de esta interacción. Las células cultivadas S2 de
Drosophila normalmente no adhesivas que expresan Notch se
unen específicamente de una manera
calcio-dependiente a células que expresan Delta.
Además, mientras que las células que expresan Notch no se unen unas
a otras, las células que expresan Delta se unen unas a otras, lo que
sugiere que Notch y Delta puede competir por la unión a Delta en la
superficie celular. Notch y Delta forman complejos solubles en
detergente tanto en células cultivadas como en células embriónicas,
lo que sugiere que Notch y delta interactúan directamente a nivel
molecular in vitro e in vivo. Los análisis sugieren
que las proteínas Notch y Delta interactúan en la superficie celular
por medio de sus dominio extracelulares.
Algunos de los siguientes ejemplos describen
materia objeto que cae fuera del alcance de las reivindicaciones y
se describen en esta memoria como ejemplos de referencia.
\vskip1.000000\baselineskip
Las estructuras artificiales de expresión se
describen en Fehon et al., 1990, Cell
61:523-534. Brevemente, Notch codificado por el
minigen MgIIa, un cDNA de una estructura artificial quimérica
genómica (Ramos et al., 1989, Genetics 123,
337-348) se expresó después de la inserción en
pRmHa-3 (Bunch et al., 1988, Nucl. Acids
Res. 16, 1043-1061). En la estructura artificial
resultante, designada pMtNMg, el promotor de metalotioneína en
pRmHa-3 se fusiona a las secuencias Notch
empezando por los nucleótidos 20 hacia el extremo 5' del sitio de
inicio de la traducción.
La estructura artificial Notch
extracelular (ECN1), se derivó de un cósmido Notch (Ramos
et al., 1989, Genetics 123, 337-348), y
tiene una deleción interna de las secuencias de codificación
Notch desde los aminoácidos 1790 hasta 2625 inclusive
(Wharton et al., 1985, Cell 43, 567-581), y
una variación del marco previsible que produce un nuevo aminoácido
59 desde carboxilo terminal.
Para la estructura artificial de expresión de
Delta, el cDNA D11 (Kopcynski et al., 1988, Genes Dev.
2, 1723-1735; Figura 1; SEQ ID NO:1), que incluye
la capacidad de codificación completa para Delta, se insertó dentro
del sitio EcoRI de pRmHa-3. Esta estructura
artificial se llamó pMTD11.
\vskip1.000000\baselineskip
La línea celular del hibridoma C17.9C6 se obtuvo
a partir de un ratón inmunizado con una proteína de fusión basada
en un fragmento SaII-HindIII de 2,1 kb que incluye
secuencias de codificación para la mayoría del dominio intracelular
de Notch (aminoácidos 1791-2504; Wharton et
al., 1985, Cell 43, 567-581). El fragmento se
subclonó en pUR289 (Ruther and Muller-Hill, 1983,
EMBO J. 2, 1791-1794), y después se tranfirió dentro
del vector de expresión pATH 1 (Dieckmann and Tzagoloff, 1985, J.
Biol. Chem. 260, 1513-1520) como un fragmento
BgIII-HindIII. Se expresó la proteína de fusión
soluble, se precipitó con (NH_{4})_{2}SO_{4} al 25%,
se resuspendió en urea 6M, y se purificó por isoelectroenfoque
preparativo usando un Rotofor (Bio-Rad) (para
detalles, véase Fehon, 1989, Rotofor Review No. 7, Bulletin 1518,
Richmond, California: Bio-Rad Laboratories).
Se produjeron antisueros policlonales de ratón
contra el dominio extracelular de Notch usando cuatro fragmentos
BstYI de longitud 0,8 kb (aminoácidos 237-501:
Wharton et al., 1985, Cell 43, 567-581), 1,1
kb (aminoácidos 501-868), 0,99 kb (aminoácidos
868-1200), y 1,4 kb (aminoácidos
1465-1935), que se extienden desde la quinta
repetición semejante al EGF a través del dominio transmembranal,
insertados de uno en uno en el marco dentro del vector de expresión
pGEX apropiado (Smith and Johnson, 1988, Gene 67,
31-40). Las proteínas de fusión se purificaron
sobre perlas de glutatión-agarosa (SIGMA). Se
precipitaron los antisueros de ratón y de rata con
(NH_{4})_{2}SO_{4} al 50% y se resuspendieron en PBS
(NaCl 150 mM, Na_{2}HPO_{4} 14 mM, NaH_{2}PO_{4} 6 mM) con
NaN_{3} al 0,02%.
Se obtuvo la línea celular 201 de hibridoma a
partir de un ratón inmunizado con una proteína de fusión que
incluye secuencias codificadoras procedentes del dominio
extracelular de Delta (Kopcynski et al., 1988, Genes Dev. 2,
1723-1735), que incluye secuencias que se extienden
desde la cuarta hasta la novena repetición semejante al EGF en Delta
(aminoácidos 350-529).
Se obtuvieron los antisueros policlonales de
rata después de la inmunización con antígeno derivado de la misma
estructura artificial de proteína de fusión. En este caso, se
preparó la proteína de fusión por lisis de células inducidas por
IPTG en tampón SDS-Laemmli (Carrol and Laughon,
1987, en DNA Cloning, Volumen III, D. M. Glover, ed. (Oxford: IRL
Press), pp. 89-111), separación de las proteínas por
SDS-PAGE, escisión de la banda apropiada del gel, y
electroelución del antígeno a partir del gel seccionado para su uso
en inmunización (Harlow and Lane,1988, Antibodies: Alaboratory
Manual (Cold Spring Harbor, New York: Cold Spring Harbor
Laboratory)).
\vskip1.000000\baselineskip
Se cultivó la línea celular S2 (Schneider, 1972,
J. Embryol. Exp. Morph. 27, 353-365) en el medio M3
(preparado por Hazleton Co.) suplementado con 2,5 mg/ml de
Bacto-Peptone (Difco), 1 mg/ml de TC Yeastolate
(Difco), suero vacuno fetal al 11% inactivado con calor (FCS)
(Hyclone), y 100 U/ml de penicilina, 100 \mug/ml de
estreptomicina, 0,25 \mug/ml de fungizona (Hazleton). Las células
que crecen en fase logarítmica a \sim 2 x 10^{6} células/ml se
transfectaron con 20 \mug de DNA-fosfato de calcio
coprecipitados en 1 ml por 5 ml de cultivo como se ha descrito
previamente (Wigler et al., 1979, Proc. Natl. Acad. Sci. USA
78, 1373-1376), con la excepción de que se usó
tampón BES (SIGMA) en lugar de tampón HEPES (Chen and Okayama, 1987,
Mol. Cell. Biol. 7, 2745-2752). Después de
16-18 horas, las células se transfirieron a tubos de
centrífuga cónicos, se hicieron sedimentar en una centrífuga
clínica a velocidad máxima durante 30 segundos, se lavaron una vez
con ¼ de volumen del medio completo fresco, se resuspendieron en su
volumen original del medio completo, y se volvieron al matraz
original. Se dejó entonces que las células transfectadas se
recuperaran durante 24 horas antes de la inducción.
\vskip1.000000\baselineskip
Se indujo la expresión de las estructuras
artificiales de metalotioneína Notch y Delta por la
adición de CuSO_{4} hasta 0,7 mM. Se trataron similarmente las
células transfectadas con la estructura artificial ECN1. Después se
mezclaron las células, se incubaron en condiciones de agregación, y
se puntuó su capacidad para agregarse usando antisueros específicos
y un microscopio de inmunofluorescencia para visualizar las células
que expresan.
Se usaron dos tipos de ensayos de agregación. En
el primer ensayo, un total de 3 ml de células (5-10
x 10^{6} células/ml) se colocaron en un matraz erlenmeyer de 25
ml y se rotaron a 40-50 rpm en un agitador rotatorio
durante 24-48 horas a temperatura ambiente. Para
estos experimentos, las células se mezclaron 1-4
horas después de que empezase la inducción y se continuó la
inducción durante todo el periodo de agregación. En el segundo
ensayo, se colocaron \sim 0,6 ml de células en un tubo Eppendorf
de 0,6 ml (dejando una pequeña burbuja) después de una noche de
inducción (12-16 horas) a temperatura ambiente y se
balancearon suavemente durante 1-2 horas a 4ºC. Se
realizaron los experimentos de inhibición del anticuerpo y
dependencia del Ca^{++} usando el último ensayo. Para los
experimentos de dependencia del Ca^{++}, en primer lugar las
células se recogieron y se lavaron con solución salina equilibrada
(BSS) con FCS al 11% (BSS-FCS; FCS se dializó frente
a NaCl al 0,9%, Tris 5 mM [pH 7,5]) o con BSS-FCS
libre de Ca^{++} que contiene EGTA 10 mM (Snow et al.,
1989, Cell 59, 313-323) y después se resuspendieron
en el mismo medio en el volumen original. Para los experimentos de
inhibición del anticuerpo, las células Notch transfectadas se
recogieron y se lavaron con el medio M3 y después se trataron antes
de la agregación en el medio M3 durante 1 hora a 4ºC con una
dilución 1:250 de sueros inmunes o preinmunes procedentes de cada
uno de los cuatro ratones inmunizados con proteínas de fusión que
contienen segmentos procedentes del dominio extracelular de Notch
(véase la preparación anterior del anticuerpo).
\vskip1.000000\baselineskip
Las células se recogieron por centrifugación
(3000 rpm durante 20 segundos en una microcentrífuga Eppendorf) y
se fijaron en tubos Eppendorf de 0,6 ml con 0,5 ml de
paraformaldehido al 2% recientemente preparado en PBS durante 10
minutos a temperatura ambiente. Después de fijadas, las células se
recogieron por centrifugación, se lavaron dos veces con PBS, y se
tiñeron durante 1 hora con el anticuerpo primario en PBS con
saponina al 0,1% (SIGMA) y suero normal de cabra al 1% (Pocono
Rabbit Farm, Canadensis, PA). Los sobrenadantes del anticuerpo
monoclonal se diluyeron 1:10 y los sueros de ratón y rata se
diluyeron 1:1000 en esta etapa. Después se lavaron las células una
vez con PBS y se tiñeron durante 1 hora con anticuerpos secundarios
específicos (anti-ratón de cabra y
anti-rata de cabra de calidad de doble marcado,
Jackson Immunoresearch) en suero normal de cabra con
PBS-saponina. Después de esta incubación, las
células se lavaron dos veces con PBS y se montaron sobre placas en
glicerol al 90%, Tris 1 M al 10% (pH 8,0), y galato de
n-propilo al 0,5%. Las células se observaron bajo
epifluorescencia en un microscopio Leitz Orthoplan 2.
Se tomaron micrografías confocales usando el
sistema Bio-Rad MRC 500 conectado a un microscopio
compuesto Zeiss Axiovert. Las imágenes se recogieron usando los
equipos de filtrado BHS y GHS, se alinearon usando el programa
ALIGN, y se agregaron usando MERGE. La dispersión fluorescente desde
el verde al canal rojo se redujo usando un programa BLEED (todo el
software proporcionado por Bio-Rad). Las fotografías
se obtuvieron directamente del monitor del ordenador usando película
Kodak Ektar 125.
\vskip1.000000\baselineskip
Se prepararon con detergente no desnaturalizante
lisados de cultivo de tejido y embriones Canton-S
naturales sobre hielo en \sim 10 volúmenes de células de tampón
de lisis (NaCl 300 mM, Tris 50 mM [pH 8,0], NP-40 al
0,5%, desoxicolato al 0,5%, CaCl_{2} 1 mM, MgCl_{2} 1 mM) con
fluoruro de fenilmetilsulfonilo 1 mM (PMSF) y fluorofosfato de
diisopropilo diluido 1:2500 como inhibidores de proteasa. Los
lisados se trituraron secuencialmente usando agujas 18 G, 21 G, y
25 G unidas a jeringas de tuberculina de 1 cc y después de
centrifugaron a velocidad máxima en una microcentrífuga durante 10
minutos a 4ºC para separar el material insoluble. Se realizó la
inmunoprecipitación añadiendo \sim 1 \mug de anticuerpo
(1-2 \mul de antisuero policlonal) a
250-500 \mul de lisado celular e incubando
durante 1 hora a 4ºC con agitación. A esta mezcla, se añadieron 15
\mug de anticuerpo anti-ratón de cabra (Jackson
Immunoresearch: estos anticuerpos reconocen tanto la IgG de ratón
como la de rata) y se dejó que se incubaran durante 1 hora a 4ºC con
agitación. Esto fue seguido de la adición de 100 \mul de la
bacteria Staphylococcus aureus fijada (Staph A) (Zysorbin,
Zymed: resuspendida de acuerdo con las instrucciones del
fabricante), que se había recogido, lavado cinco veces con tampón de
lisis, e incubado durante otra hora. Los complejos Staph
A-anticuerpo se sedimentaron después por
centrifugación y se lavaron tres veces con tampón de lisis seguido
por dos lavados de 15 minutos con tampón de lisis. Después de ser
transferido a un nuevo tubo, el material precipitado se suspendió en
50 \mul de tampón de la muestra para SDS-PAGE, se
mantuvo a ebullición inmediatamente durante 10 minutos, se pasó por
geles en gradiente al 3%-15%, se transfirió a nitrocelulosa, y se
detectó usando anticuerpos monoclonales y anticuerpos secundarios
anti-ratón de cabra HRP-conjugados
como se ha descrito antes (Johansen et al., 1989, J. Cell
biol. 109, 2427-2440). Para las muestras de
proteínas celulares totales usadas en los ensayos de transferencia
Western, las células se recogieron por centrifugación, se lisaron
en 10 volúmenes de células del tampón de la muestra que contenía
PMSF 1 mM, y se pusieron a ebullición inmediatamente.
\vskip1.000000\baselineskip
Para detectar las interacciones entre Notch y
Delta, se examinó el comportamiento de las células que expresan
estas proteínas en sus superficies usando un ensayo de agregación.
Se eligió la línea celular S2 (Schneider, 1972. J. Embryol. Exp.
Morph. 27, 353-365) para estos estudios. Las células
S2 expresan un mensaje Notch anormal y no hubo ningún Notch
detectable debido a la reorganización del extremo 5' de la secuencia
de codificacion Notch. Estas células tampoco expresan ningún
Delta detectable.
Los resultados de la transferencia Western y del
análisis de inmunofluorescencia demuestran claramente que las
estructuras artificiales de Notch y Delta justifican
la expresión de proteínas de los tamaños y localización subcelular
esperados.
\vskip1.000000\baselineskip
Se uso un ensayo simple de agregación para
detectar las interacciones entre Notch y Delta expresados sobre la
superficie de las células S2.
Las células S2 con crecimiento en fase
logarítmica se transfectaron separadamente con la estructura
artificial del promotor de metalotioneína Notch o Delta. Después de
la inducción con CuSO_{4}, se mezclaron las células transfectadas
en igual número y se dejó que se agregasen durante la noche a
temperatura ambiente (para detalles, véanse los procedimientos
experimentales, sección 6.1). Alternativamente, en algunos
experimentos que pretenden reducir la actividad metabólica, las
células se mezclaron suavemente a 4ºC durante 1-2
horas. Para determinar si se habían formado agregados, las células
se prepararon para microscopía de inmunofluorescencia usando
anticuerpos específicos para cada producto génico y anticuerpos
secundarios marcados de forma diferente con fluorescencia. Las
células de expresión constituyen usualmente menos del 5% del total
de la población de células porque se usaron transformantes
transitorios en el lugar de estables. Las células que permanecen o
bien no expresan una proteína dada o la expresan a niveles
demasiado bajos para detección por microscopía de
inmunoflurorescencia. Como controles, se realizaron agregaciones
sólo con un único tipo de célula transfectada.
Los resultados (Fehon et al., 1990, Cell
61:523-534) demostraron que mientras que las células
que expresan Notch (Notch^{+}) solas no formaron agregados en el
ensayo, las células que expresan Delta (Delta^{+}) si lo
hicieron. La tendencia de las células Delta^{+} a agregarse fue
clara incluso en muestras de control no agregadas, donde tienen
lugar comúnmente agrupaciones de células de 4-8
células que probablemente proceden de la adherencia entre células
hermanas mitóticas. Sin embargo, las agrupaciones fueron más comunes
después de la incubación en condiciones de agregación (por ejemplo,
19% de células Delta^{+} en agregados antes de la incubación
frente a 37% de células Delta^{+} en agregados después de la
incubación), lo que indica que las células Delta^{+} son capaces
de formar contactos estables unas con otras en este ensayo.
En notable contraste con los experimentos de
control con células Notch^{+} solas, la agregación de mezclas de
células Notch^{+} y Delta^{+} dio como resultado la formación de
agrupaciones de hasta 20 o más células. La fracción de células de
expresión encontrada en las agrupaciones de cuatro o más células
teñidas después de 24 horas de agregación varió de 32%-54% en
mezclas de células Notch^{+} y Delta^{+}. Este intervalo fue
similar al visto para las células Delta^{+} solas (37%-40%) pero
muy diferente que el de las células Notch^{+} solas (solo 0%-5%).
Aunque se encontraron algunas agrupaciones que constaban solo de
células Delta^{+}, las células Notch^{+} no se encontraron
nunca en agrupaciones más grandes de cuatro o cinco células a no
ser que las células Delta^{+} estuvieran también presentes. De
nuevo, todas las células dentro de estas agrupaciones expresaron o
Notch o Delta, incluso aunque las células transfectadas supusieran
solo una pequeña fracción de la población total de células. A las
48 horas, el grado de agregación se mostró más alto (63%-71%), lo
que sugiere que la agregación no había alcanzado todavía un máximo
después de 24 horas en estas condiciones. Además, las células
cotransfectadas con las estructuras artificiales de Notch y
Delta (de tal modo que todas las células
transfectadas expresan ambas proteínas) se agregaron de un modo similar en las mismas condiciones experimentales.
transfectadas expresan ambas proteínas) se agregaron de un modo similar en las mismas condiciones experimentales.
Se ensayó directamente la implicación de Notch
en el proceso de agregación examinando el efecto de una mezcla de
antisueros policlonales dirigidos contra las proteínas de fusión que
se extienden por casi todo el dominio extracelular de Notch en
agregación (véanse los procedimientos experimentales, sección 6.1).
Para minimizar los artefactos que pueden aparecer debido a una
respuesta metabólica a la adhesión de los antígenos de superficie,
el tratamiento con anticuerpos y el ensayo de agregación se
realizaron a 4ºC en estos experimentos. Las células Notch^{+} se
incubaron con sueros de ratón preinmune o inmune durante 1 hora, se
añadieron las células Delta^{+}, y se realizó la agregación
durante 1-2 horas. Mientras que las células
Notch^{+} pretratadas con suero preinmune se agregaron con las
células Delta^{+} (en uno de los tres experimentos, 23% de las
células Notch^{+} estaban en agregados celulares
Notch^{+}-Delta^{+}), las tratadas con suero
inmune no lo hicieron (sólo el 2% de las células Notch^{+}
estaban en agregados). Este resultado sugiere que fue necesario el
dominio extracelular de Notch para la agregación de células
Notch^{+}-Delta^{+}.
\vskip1.000000\baselineskip
\global\parskip0.900000\baselineskip
La capacidad de las células de expresión para
agregarse en presencia o ausencia de iones Ca^{2+} se ensayó para
determinar si hay un requerimiento de ión Ca^{2+} para la
agregación Notch-Delta. Para minimizar los posibles
efectos no específicos debidos a respuestas metabólicas a la
eliminación del Ca^{2+}, estos experimentos se realizaron a 4ºC.
Los resultados demostraron claramente una dependencia de la
agregación mediada de Notch-Delta del Ca^{2+}
exógeno.
\vskip1.000000\baselineskip
La cuestión de si Notch y Delta están asociadas
dentro de la membrana de una célula que expresa ambas proteínas
surgió al examinar las distribuciones de Notch y Delta en las
células cotransfectadas. Para ensayar si la localización observada
fue coincidente o representaba una interacción estable entre Notch y
Delta, se trataron las células vivas con un exceso de antisuero
policlonal anti-Notch. Este tratamiento dio como
resultado la "adhesión" de Notch sobre la superficie de las
células de expresión en adhesiones discretas como se detectó por
inmunofluorescencia. Hubo una correlación clara entre las
distribuciones de Notch y Delta sobre las superficies de estas
células después de este tratamiento, lo que indica que estas
proteínas se asocian dentro de la membrana.
\vskip1.000000\baselineskip
Adicionalmente al gran dominio extracelular que
contiene las repeticiones similares al EGF, Notch tiene un dominio
intracelular (IC) de tamaño proporcionado de \sim 940 aminoácidos.
El dominio IC incluye un sitio de fosforilación (Kidd et
al., 1989, Genes dev. 3, 1113-1129), un dominio
de unión de nucleótidos putativos, una extensión de poliglutamina
(Wharton et al., 1985, Cell 43, 567-581; Kidd
et al., 1986, Mol. Cell. Biol. 6,
3094-3108), y secuencias homólogas del gen
cdc10 de la levadura, que está implicado en el control del
ciclo celular de la levadura (Breeden and Nasmyth, 1987, Nature 329,
651-654). Se usó una variante de estructura
artificial de Notch a partir de la cual se habían eliminado (dejando
25 aminoácidos próximos a la membrana y un nuevo aminoácido 59
carboxilo terminal; véanse los procedimientos experimentales) las
secuencias de codificación de \sim 835 aminoácidos del dominio
IC, que incluyen todas las características estructurales descritas
antes.
En los ensayos de agregación, las células que
expresaron la estructura artificial ECN1 formaron uniformemente
agregados con células Delta^{+}, pero no con ellas mismas, igual
que se había observado para las células que expresaron Notch
intacto. Se observaron bandas afiladas de ECN1 que se tiñeron dentro
de las regiones de contacto con células Delta^{+}, lo que indica
una vez más una localización de ECN1 dentro de las regiones de
contacto entre las células. Para ensayar las interacciones dentro de
la membrana, se realizaron experimentos de antígeno de superficie
co-adhesivo usando células cotransfectadas con las
estructuras artificiales ECN1 y Delta. Como se observó para
Notch intacto, cuando la ECN1 se adhirió usando antisueros
policlonales frente al dominio extracelular de Notch, se
localizaron ECN1 y Delta en la superficie celular. Estos resultados
demuestran que las interacciones observadas entre Notch y Delta
dentro de la membrana no requieren la porción separada del dominio
IC de Notch y están por tanto mediadas probablemente por el dominio
extracelular.
\vskip1.000000\baselineskip
Los resultados precedentes indicaron
interacciones moleculares entre Notch y Delta presentes dentro de la
misma membrana y entre estas proteínas expresadas sobre diferentes
células. Un ensayo adicional para tales interacciones es si estas
proteínas podrían coprecipitar a partir de extractos de células que
expresan Notch y Delta con detergente no desnaturalizante. Si Notch
y Delta forman un complejo intermolecular estable ya sea entre las
células o dentro de ellas, entonces sería posible precipitar ambas
proteínas a partir de extractos celulares usando antisueros
específicos dirigidos contra una de estas proteínas. Este análisis
se realizó por inmunoprecipitación de Delta con antisueros
policlonales procedentes de lisados
NO-40/desoxicolato (véanse los procedimientos
experimentales) de células cotransfectadas con las estructuras
artificiales Notch y Delta que se habían dejado agregar durante la
noche o de embriones naturales de 0-24 horas.
La coprecipitación de Notch se detectó en los
inmunoprecipitados de Delta procedentes de células cotransfectadas
y embriones. Sin embargo, la coprecipitacion de Notch pareció estar
presente en cantidades mucho menores que la de Delta y por tanto
fue difícil de detectar. El hecho de que la inmunoprecipitación de
Delta da como resultado la coprecipitación de Notch constituye una
prueba directa de que estas dos proteínas forman complejos
intermoleculares estables en las células S2 transfectadas y en las
células embriónicas.
\global\parskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
El uso de un ensayo de agregación in
vitro que emplea normalmente células S2 no adhesivas demostró
que las células que expresan Notch y Delta se adhieren
específicamente unas a otras.
\vskip1.000000\baselineskip
Se usó el mismo ensayo de agregación que se
describe en la sección 6, junto con mutantes de deleción de Notch
para identificar las regiones dentro del dominio extracelular de
Notch necesarias para las interacciones con Delta. Los datos
experimentales muestran que las repeticiones del EGF de Notch están
implicadas directamente en esta interacción y que sólo dos (ELR 11
y 12) de las 36 repeticiones del EGF parecen necesarias. Estas dos
repeticiones del EGF son suficientes para unirse a Delta y la
dependencia del calcio de la agregación mediada de
Notch-Delta también se asocia con estas dos
repeticiones. Finalmente, las dos repeticiones correspondientes del
EGF del homólogo de Notch
de Xenopus también median en la agregación con Delta, lo que implica que no sólo la estructura de Notch se ha conservado evolutivamente, sino también su función. Estos resultados sugieren que el dominio extracelular de Notch es sorprendentemente modular, y podría unirse potencialmente con una variedad de proteínas además de Delta. (véase Rebay et al., 1991, Cell 67:687-699).
de Xenopus también median en la agregación con Delta, lo que implica que no sólo la estructura de Notch se ha conservado evolutivamente, sino también su función. Estos resultados sugieren que el dominio extracelular de Notch es sorprendentemente modular, y podría unirse potencialmente con una variedad de proteínas además de Delta. (véase Rebay et al., 1991, Cell 67:687-699).
\vskip1.000000\baselineskip
Las estructuras artificiales descritas se
derivan todas de la estructura artificial #1 pMtNMg de expresión
Notch de longitud completa (véase la sección 6, anterior), y se
prepararon como se ha descrito (Rebay et al., 1991, Cell
67:687-699).
\vskip1.000000\baselineskip
Se cultivó la línea celular S2 de
Drosophila y se transfectó como se describe en la sección 6,
anterior. La línea
L-49-6-7 de células
S2 transformada establemente que expresa Delta (amablemente
establecida por L. Cherbas) se cultivó en medio M3 (preparado por
Hazleton Co.) suplementado con suero fetal de ternera al 11%
inactivado por calor (FCS) (Hyclone), 100 U/ml de penicilina, 100
\mug/ml de estreptomicina, 0,25 \mug/ml de fungizona
(Hazleton), metotrexato 2 x 10^{-7} M, hipoxantina 0,1 mM y
timidina 0,016 mM.
\vskip1.000000\baselineskip
Los ensayos de agregación y los experimentos de
dependencia del Ca^{++} fueron como se ha descrito antes, sección
6. Las células se tiñeron con el anticuerpo monoclonal
anti-Notch 9C6.C17 y los antisueros policlonales de
rata anti-Delta (los detalles se han descrito en la
sección 6, anterior). Se ensayó la expresión de superficie de las
estructuras artificiales Notch en células impermeabilizadas usando
los antisueros policlonales de rata producidos contra el fragmento
BstYI de 0,8 kb (aminoácidos 237-501; Wharton et
al., 1985, Cell 43, 567-581) procedente del
dominio extracelular de Notch. Las células se observaron bajo
epifluorescencia en un microscopio Leitz Orthoplan 2.
\vskip1.000000\baselineskip
Se realizó un análisis extenso de deleción del
dominio extracelular de la proteína Notch, que se demostró
(anterior, sección 6; Fehon et al., 1990, Cell
61:523-534) que estaba implicado en las
interacciones Notch-Delta, para identificar el
dominio preciso de Notch que media en estas interacciones. Se ensayó
la capacidad de las células transfectadas con diferentes
estructuras artificiales de deleción para interactuar con Delta
usando el ensayo de agregación descrito en la sección 6.
Brevemente, las estructuras artificiales de deleción Notch
se transfectaron transitoriamente en células S2 de
Drosophila, se indujeron con CuSO_{4}, y después se
agregaron durante la noche a temperatura ambiente con una pequeña
cantidad de células procedentes de la línea celular
L49-6-7 (Cherbas) que expresa Delta
transformada establemente, dando una población compuesta
típicamente de \sim 1% de células que expresan Notch y \sim 5%
de células que expresan Delta, no expresando las células que quedan
ninguna proteína.
Se muestran en la Figura 2 dibujos esquemáticos
de las estructuras artificiales ensayadas y los resultados de los
experimentos de agregación. Para ensayar el grado de agregación, se
tiñeron las células con antisueros específicos de cada producto
génico y se examinaron por microscopía de inmunofluorescencia. Los
agregados se definieron como agrupaciones de cuatro o más células
que contienen tanto células que expresan Notch como Delta, y los
valores mostrados en la Figura 2 representan el porcentaje de todas
las células que expresan Notch encontradas en dichas agrupaciones.
Todos los números reflejan el resultado medio de al menos dos
experimentos de transfección separados en los que se puntuaron al
menos 100 unidades celulares que expresan Notch (bien células
sencillas o bien agrupaciones).
Las estructuras artificiales iniciales (#2 DSph
y #3 \DeltaCla) tenían delecionadas grandes porciones de las
repeticiones del EGF. Su incapacidad para favorecer la agregación
Notch-Delta sugirió que las repeticiones del EGF de
Notch estaban implicadas en la interacción con Delta. Se usó una
serie de seis sitios de restricción ClaI en el marco para
diseccionar adicionalmente la región entre las repeticiones 7 y 30
del EGF. Debido a la homología de la secuencia entre las
repeticiones, cinco de los sitios ClaI aparecen en el mismo lugar
relativo dentro de la repetición del EGF, justo después de la
tercera cisteína, mientras que el sexto sitio aparece justo antes
de la primera cisteína de la repetición 31 del EGF (Figura 3). Por
tanto, realizando una digestión parcial de ClaI y volviendo a ligar
después, se obtuvieron deleciones que no sólo preservan el marco de
lectura abierto de la proteína Notch sino que además mantienen
frecuentemente la integridad estructural y conservan el
espaciamiento, al menos teóricamente, de los tres enlaces disulfuro
en las repeticiones del EGF quiméricas producidas por la
re-ligación (Figura 2, estructuras artificiales
#4-14). Desafortunadamente, el sitio ClaI más
próximo al 3' fue resistente a la digestión mientras que el
siguiente sitio ClaI próximo al 3' se rompió entre las repeticiones
30 y 31 del EGF. Por tanto, cuando diferentes fragmentos de
digestión de ClaI se reinsertaron en el marco de la digestión
completa de ClaI (estructura artificial #3 \DeltaCla), la
estructura completa de las repeticiones del EGF se interrumpió
aparentemente en la unión 3'.
Hay que hacer notar varios puntos sobre esta
serie de estructuras artificiales. En primer lugar, la separación
del fragmento de restricción ClaI que se rompe en las repeticiones 9
y 17 del EGF (estructura artificial #8
\DeltaEGF9-17) suprimió la agregación con Delta,
mientras que la reinserción de esta pieza en la estructura
artificial #3 \DeltaCla, que carece de las repeticiones
7-30 del EGF, restableció la agregación
aproximadamente a niveles originales (estructura artificial #13
\DeltaCla + EGF9-17), lo que sugiere que la
repeticiones 9 hasta 17 del EGF contienen secuencias importantes
para la unión a Delta. En segundo lugar, todas las estructuras
artificiales en esta serie (#4-14) fueron
consistentes con el mapa del sitio de unión de las repeticiones 9
hasta 17 del EGF. Las estructuras artificiales de expresión que
contienen estas repeticiones (#6, 7, 9, 10, 13) favorecieron las
interacciones Notch-Delta mientras que las
estructuras artificiales que carecen de estas repeticiones (#4, 5,
8, 11, 12, 14) no lo hicieron. Para confirmar que la incapacidad de
agregarse con células Delta no fue simplemente debida a un fallo de
la proteína Notch mutagenizada para alcanzar la superficie celular,
sino que realmente reflejaba la deleción del sitio de unión
necesario, se ensayó la expresión en la superficie celular de todas
las estructuras artificiales por tinción con inmunofluorescencia de
células vivas transfectadas con anticuerpos específicos frente al
dominio extracelular de Notch. Todas las estructuras artificiales
que fallan en la mediación de las interacciones
Notch-Delta produjeron una proteína que parece que
se expresaba normalmente en la superficie celular. En tercer lugar,
aunque el ensayo de agregación no es cuantitativo, dos estructuras
artificiales que contenían las repeticiones 9-17 del
EGF, #9 \DeltaEGF17-26 o lo más notablemente #10
\DeltaEGF26-30, se agregaron en un nivel
aparentemente inferior. Las células transfectadas con las
estructuras artificiales #9 \DeltaEGF17-26 y 10
\DeltaEGF26-30 mostraron considerablemente menos
tinción superficial que la normal, aunque las células fijadas y
permeabilizadas reaccionaron con el mismo anticuerpo teñido
normalmente, lo que indica que los epítopes reconocidos por los
antisueros no se habían delecionado simplemente. Comparando el
porcentaje de células transfectadas en poblaciones de células ya
sean permeabilizadas o ya sean vivas, se encontró que
aproximadamente 50% de las células transfectadas con la estructura
artificial #9 \DeltaEGF17-26 y 10% con la
estructura artificial #10 \DeltaEGF26-30
produjeron proteína detectable en la superficie celular. Por tanto,
estas dos estructuras artificiales produjeron proteínas que a
menudo fallan en alcanzar la superficie celular, quizás por falta de
plegamiento, reduciendo de este modo, pero no suprimiendo, la
capacidad de las células transfectadas para agregarse con las
células que expresan Delta.
Habiendo dibujado el mapa del sitio de unión
para las repeticiones 9 hasta 17 del EGF, los experimentos
adicionales (Rebay et al., 1991, Cell
67:687-699) revelaron que la repetición 14 del EGF
de Notch no estaba implicada en las interacciones con Delta
modeladas por el ensayo del cultivo del tejido.
Para dibujar el mapa de forma adicional del
dominio de unión de Delta dentro de las repeticiones
9-17 del EGF, se usaron cebadores de
oligonucleótidos y la técnica de PCR para generar varios
subfragmentos de esta región. Se produjeron tres estructuras
artificiales de solapamiento, #16, 17 y 18, de las cuales sólo una,
#16 \DeltaCla + EGF9-13, cuando se transfectó
dentro de las células S2, permitió la agregación con las células
Delta. La estructura artificial #19 \DeltaCla +
EGF(10-13), que carece de la repetición 9,
definió de forma adicional las repeticiones 10-13
del EGF como la región necesaria para las interacciones
Notch-Delta.
Las estructuras artificiales
#20-24 representaron intentos de romper este dominio
incluso usando además la misma estrategia PCR (véase la Figura 3).
Las estructuras artificiales, #20 \DeltaCla +
EGF(11-13), en la que la repetición 12 del
EGF es la única repetición entera añadida, y #21 \DeltaCla +
EGF(10-12), en la que la repetición 11 del
EGF es la única repetición entera añadida, fallaron en la mediación
de la agregación, lo que sugiere que la presencia de la repetición
bien 11 o bien 12 del EGF solas no era suficiente para las
interacciones Notch-Delta. Sin embargo, ya que la
junta de unión 3' de estas estructuras artificiales interrumpió la
estructura completa de las repeticiones del EGF, fue posible que se
necesitase una corta zona "buffer" para permitir que la
repetición crucial funcione normalmente. Por tanto, por ejemplo en
la estructura artificial #19 \DeltaCla +
EGF(10-13), la repetición 12 del EGF podría
no estar directamente implicada en la unión a Delta pero en cambio
podría contribuir con la cantidad mínima de secuencia buffer
necesaria para proteger la estructura de la repetición 11 del EGF,
permitiendo de este modo las interacciones con Delta. Las
estructuras artificiales #22-24 se ocupan de este
asunto. Las estructuras artificiales, #22 \DeltaCla +
EGF(10-11), que no media en la agregación, y
#23 \DeltaCla + EGF(10-12), que si lo hace,
otra vez sugirieron que se requieren ambas repeticiones 11 y 12
mientras que la secuencia flanqueante de la repetición 13 claramente
no se requiere. Finalmente, la estructura artificial #24
\DeltaCla + EGF(11-12), aunque ahora está
rota estructuralmente de forma potencial en la unión 5', demostró
convincentemente que las secuencias de la repetición 10 del EGF no
son cruciales. Por tanto, basándose en datos totalmente consistentes
procedentes de 24 estructuras artificiales, las repeticiones 11 y
12 del EGF de Notch juntas definen la unidad funcional más pequeña
obtenible por este análisis que contiene los sitios necesarios para
la unión con Delta en las células S2 transfectadas.
\vskip1.000000\baselineskip
La gran deleción ClaI dentro de la que se
insertaron los fragmentos PCR (#3 \DeltaCla) retiene
aproximadamente 1/3 de las 36 repeticiones originales del EGF así
como las tres repeticiones Notch/lin-12. Aunque éstas
claramente no son suficientes para favorecer la agregación, es
posible que formen un marco necesario dentro del cual las
repeticiones del EGF específicas pueden interactuar con Delta. Para
ensayar si sólo algunas repeticiones del EGF eran de hecho
suficientes para favorecer la agregación, se diseñaron dos
estructuras artificiales, #25 \DeltaEGF que delecionó las 36
repeticiones del EGF en su totalidad excepto los dos primeros
tercios de la repetición 1, y #30 \DeltaECN que delecionó la
porción extracelular entera de Notch excepto para el primer tercio
de la repetición 1 del EGF y \sim 35 aminoácidos justo antes del
dominio transmembranal. Los fragmentos que habían mediado en la
agregación Notch-Delta en el precursor de la
estructura artificial #3 \DeltaClaI, cuando se insertaron en la
estructura artificial #25 \DeltaEGF, fueron otra vez capaces de
favorecer las interacciones con Delta (estructuras artificiales
#26-30). Estructuras artificiales análogas
(#31-32) en las que las repeticiones
Notch/lin-12 estaban también ausentes, mediaron otra vez
satisfactoriamente en la agregación Notch-Delta.
Por tanto, las repeticiones 11 y 12 del EGF parece que funcionan
como unidades modulares independientes que son suficientes para
mediar en las interacciones Notch-Delta en las
células S2, incluso en ausencia de la mayor parte del dominio
extracelular de Notch.
\vskip1.000000\baselineskip
La capacidad de las células que expresan ciertas
estructuras artificiales de deleción para agregarse con Delta se
examinó en presencia o ausencia de iones Ca^{++}. La dependencia
del calcio de la interacción se conservó incluso en la estructura
artificial más pequeña, de acuerdo con la noción de que las
estructuras artificiales mínimas que contienen las repeticiones 11
y 12 del EGF se unen a Delta de una manera similar que la de Notch
de longitud completa.
\vskip1.000000\baselineskip
Se usaron los cebadores de PCR basados en la
secuencia Notch de Xenopus (Coffman et al., 1990,
Science 249, 1438-1441) para obtener un fragmento
de \sim 350 bp de una genoteca de cDNA del punto 17 de
Xenopus que incluye las repeticiones 11 y 12 del EGF
flanqueadas por la mitad de las repeticiones 10 y 13 a cada lado.
Este fragmento se clonó en la estructura artificial #3 \DeltaCla,
y se ensayaron tres clones independientes en cuanto a su capacidad
para interactuar con Delta en el ensayo de agregación del cultivo
celular. Dos de los clones, #33a&b\DeltaCla +
XEGF(10-13), cuando se transfectaron en las
células S2 fueron capaces de mediar en las interacciones
Notch-Delta a un nivel aproximadamente equivalente
al de la estructura artificial de Notch análoga de
Drosophila #19\DeltaCla +
EGF(10-13), y otra vez de una manera
dependiente del calcio (Tabla III). Sin embargo, el tercer clon
#33c\DeltaCla + XEGF(10-13) falló en la
mediación de las interacciones Notch-Delta aunque
la proteína se expresó normalmente en la superficie celular como se
demostró por la tinción de las células vivas impermeabilizadas. La
comparación de la secuencia del producto PCR de Xenopus en
las estructuras artificiales #33a y 33c reveló una mutación sin
sentido que da como resultado un cambio de leucina a prolina
(aminoácido #453, Coffman et al., 1990, Science 249,
1438-1441) en la repetición 11 del EGF de la
estructura artificial #33c. Aunque este residuo no se conserva entre
el Notch de Drosophila y Xenopus (Figura 8) la
introducción de un residuo de prolina podría romper fácilmente la
estructura de la repetición del EGF, y por tanto impedir que
interactúe adecuadamente con Delta.
La comparación de la secuencia de aminoácidos de
las repeticiones 11 y 12 del EGF del Notch de Drosophila y
Xenopus revela un alto grado de identidad de aminoácidos,
incluyendo la secuencia de consenso de unión al calcio (Figura 4,
SEQ ID NO:1 y NO:2). Sin embargo el nivel de homología no es
notablemente diferente del alcanzado entre la mayoría de las otras
repeticiones del EGF, que en total presentan aproximadamente 50% de
identidad en el nivel de aminoácidos. Esta correspondencia uno a uno
entre las repeticiones del EGF individuales del Notch de
Drosophila y Xenopus, junto con la conservación
funcional de ELR 11 y 12, sugiere que las 36 repeticiones del EGF de
Notch comprenden un área en tándem de unidades funcionales
conservadas.
\vskip1.000000\baselineskip
Se usó un análisis extenso de deleción del
dominio extracelular de Notch para demostrar que las regiones de
Notch que contienen las repeticiones 11 y 12 homólogas del EGF son
ambas necesarias y suficientes para la agregación mediada de
Notch-Delta, y que esta capacidad de unión a Delta
se ha conservado en las mismas dos repeticiones del EGF del Notch
de Xenopus. El hallazgo de que el mapa de agregación de las
repeticiones 11 y 12 del EGF de Notch demuestra que las
repeticiones del EGF de Notch también funcionan como dominios
específicos de unión a proteínas. Las repeticiones 11 y 12 del EGF
solas (#32 \DeltaECN + EGF(11-12)) fueron
suficientes para mantener la dependencia del Ca^{++} de las
interacciones Notch-Delta.
Las diferentes estructuras artificiales de
deleción sugieren que ELR 11 y ERL 12 funcionan como una unidad
modular, independiente del contexto inmediato dentro del que están
situadas. Por tanto, ni las 34 repeticiones del EGF que quedan ni
las tres repeticiones Notch/lin-12 parecen necesarias para
establecer un marco estructural requerido para que las repeticiones
11 y 12 del EGF funcionen. De modo interesante, se observó casi el
efecto opuesto: aunque el ensayo de agregación no mide la fuerza de
la interacción, ya que el sitio de unión fue estrechándose hasta
fragmentos más y más pequeños, se observó un aumento de la capacidad
de las células transfectadas para agregarse con las células que
expresan Delta, lo que sugiere que las secuencias normales que
flanquean EGF realmente impiden la asociación entre las proteínas.
Las 34 repeticiones del EGF restantes pueden formar también
dominios de unión modulares para otras proteínas que interactúan con
Notch en diferentes momentos durante el desarrollo.
El hallazgo de que las repeticiones 11 y 12 del
EGF de Notch forman una unidad de unión a Delta discreta representa
la primera prueba concreta que apoya la idea de que cada repetición
del EGF o pequeño subconjunto de repeticiones puede desempeñar un
único papel durante el desarrollo, posiblemente a través de
interacciones directas con otras proteínas. Las homologías vistas
entre el dominio adhesivo de Delta y Serrate (Figura 5) sugieren que
la porción homóloga de Serrate es "adhesiva" porque media la
unión a otras proteínas toporrítmicas (véase la sección 8, más
adelante). Adicionalmente, el gen scabrous, que codifica una
proteína secretada con similitud al fibrinógeno, puede interaccionar
con Notch.
Además de la repetición del EGF, comúnmente
tienen lugar, en una variedad de proteínas, copias múltiples de
otros motivos estructurales. Un ejemplo relevante es el motivo
cdc10/anquirina, seis copias del cual se encontraron en el dominio
intracelular de Notch. La anquirina contiene 22 de estas
repeticiones. Quizás las matrices repetidas de motivos
estructurales pueden representar en general un conjunto lineal de
una serie de unidades de unión de proteínas modulares. Dados estos
resultados junto con la complejidad estructural, genética y de
desarrollo conocida de Notch, Notch puede interactuar con
una serie de diferentes ligandos en un modelo temporal y espacial
regulado con precisión a lo largo del desarrollo. Tales
interacciones de un contexto específico con las proteínas
extracelulares pueden estar mediadas por las repeticiones del EGF y
Notch/lin-12, mientras que las interacciones con proteínas
citoesqueléticas y citoplásmicas pueden estar mediadas por los
motivos intracelulares cdc10/anquirina.
\vskip1.000000\baselineskip
Como se describe aquí, las dos repeticiones del
EGF de Notch que median en las interacciones con Delta,
especialmente las repeticiones 11 y 12 del EGF, también constituyen
un dominio de unión a Serrate (véase Rebay et al., 1991, Cell
67:687-699).
Para ensayar si Notch y Delta interactúan
directamente, se transfectaron las células S2 con una estructura
artificial de expresión de Serrate y se mezclaron con las células
que expresan Notch en un ensayo de agregación. Para la estructura
artificial de expresión de Serrate, un cebador sintético que
contiene un sitio artificial BamHI inmediato a 5' para el iniciador
AUG en la posición 442 (todos los números de secuencia están de
acuerdo con Fleming et al., 1990, Genes & Dev.
4:2188-2201) y homólogo hasta la posición 464, se
usó junto con un segundo cebador desde la posición
681-698 para generar un fragmento de DNA de \sim
260 pares de bases. Este fragmento se cortó con BamHI y KpnI
(posición 571) y se unió a Bluescript KS + (Stratagene). Esta
estructura artificial, BTSer5'PCR, se comprobó por secuenciación, y
después se cortó con KpnI. Se insertó el fragmento KpnI de Serrate
(571-2981) y se seleccionó la orientación apropiada
para generar BTSer5'PCR-Kpn. Se aisló el fragmento
5' SacII de BTSer5'PCR-Kpn (los sitios SacII en el
poliligante Bluescript y en Serrate (1199)) y se usó para
reemplazar al fragmento 5' SacII de cDNA C1 (Fleming et al.,
1990, Genes & Dev. 4:2188-2201), regenerando de
este modo el cDNA de Serrate de longitud completa menos las
regiones sin traducir en 5'. Se aisló este inserto por una
digestión de SalI y parcial de BamHI y se incluyó dentro de los
sitios BamHI y SaII de pRmHa-3 para generar la
estructura artificial final de expresión,
Ser-mtn.
Las células que expresan Serrate se adhirieron a
las células que expresan Notch de una manera dependiente del calcio
(Figura 2 y Rebay et al., 1991, anterior). Sin embargo, al
contrario que Delta, en las condiciones experimentales del ensayo,
no parece que Serrate interactúe homotípicamente. Adicionalmente, no
se detectaron interacciones entre Serrate y Delta.
Se ensayó un subconjunto de estructuras
artificiales de deleción de Notch, y se demostró que las
repeticiones 11 y 12 del EGF, además de unirse con Delta, también
median en las interacciones con Serrate (Figura 2; estructuras
artificiales #1, 7-10, 13, 16, 17, 19, 28 y 32).
Además, la función de unión a Serrate de estas repeticiones también
parece que se había conservado en las dos repeticiones del EGF
correspondientes de Notch de Xenopus (#33\DeltaCla +
XEGF(10-13)). Estos resultados demuestran sin
ambigüedad que Notch interactúa tanto con Delta como con Serrate, y
que las dos mismas repeticiones del EGF de Notch median en ambas
interacciones. También se definió la región Serrate que es esencial
para la agregación de Notch/Serrate. La deleción de los nucleótidos
676-1287 (es decir, aminoácidos
79-282) (véase la Figura 5; SEQ ID NO:3 y NO:4)
elimina la capacidad de la proteína Serrate para agregarse con
Notch.
Parece que Notch y Serrate se agregan con menos
eficiencia que Notch y Delta, quizás debido a que la interacción
Notch-Serrate es más débil. Una explicación trivial
para esta cantidad reducida de agregación puede ser que la
estructura artificial de Serrate simplemente no expresa tanta
proteína en la superficie celular como la estructura artificial de
Delta, disminuyendo de este modo la fuerza de la interacción.
Alternativamente, la diferencia en la fuerza de la interacción
puede indicar una diferencia funcional fundamental entre las
interacciones Notch-Delta y
Notch-Serrate que puede ser importante in
vivo.
\vskip1.000000\baselineskip
\global\parskip0.900000\baselineskip
Los clones para la secuencia de Notch humano se
obtuvieron originalmente usando la reacción en cadena de la
polimerasa (PCR) para amplificar el DNA procedente de una genoteca
de cDNA de cerebro fetal humano de 17-18 semanas en
el vector Lambda Zap II (Stratagene).
El fragmento de 400 bp obtenido de esta manera
se usó después como una sonda con la que se criba la misma genoteca
para los clones de Notch humano. El cribado original dio tres
únicos clones, hN3k, hN2k y hN5k, de todos los cuales se demostró
por el subsiguiente análisis de secuencias que caen en el extremo 3'
de Notch humano (Figura 6). Se realizó un segundo cribado
usando el extremo 5' de hN3k como sonda para buscar los clones que
rodean el extremo 5' de Notch humano. De este cribado se
obtuvo un único clon, hN4k, y los datos de secuenciación
preliminares indican que contiene la mayor parte del extremo 5' del
gen (Figura 6). Juntos, los clones hN4k, hN3k y hN5k engloban
aproximadamente 10 kb del homólogo(s) de Notch humano,
empezando inicialmente en las repeticiones del EGF y extendiéndose
en la región 3' sin traducir del gen. Todos los tres clones son
insertos de cDNA en el sitio EcoRI de pBluescript SK (Stratagene).
La cepa hospedante de E. Coli es XL1-Blue
(véase Maniatis, T., 1990, Molecular Cloning, A Laboratory Manual,
2d ed., Cold Spring HarborLaboratory, Cold Spring Habor, New York,
p A12). Se muestra en la Figura 7 un alineamiento de las secuencias
de Notch humano con Notch de Drosophila.
Se determinó la secuencia de diferentes
porciones de Notch contenidas en los clones de cDNA (usando
un
Sequenase®, U. S. Biochemical Corp.) y se muestra para hN2k y hN4k en las Figuras 8 (SEQ ID NO:5-7) y 9 (SEQ ID NO:8, 9), respectivamente. Un análisis adicional de secuencias de hN2k reveló que codifica una secuencia de Notch humano que solapa la contenida en hN5k.
Sequenase®, U. S. Biochemical Corp.) y se muestra para hN2k y hN4k en las Figuras 8 (SEQ ID NO:5-7) y 9 (SEQ ID NO:8, 9), respectivamente. Un análisis adicional de secuencias de hN2k reveló que codifica una secuencia de Notch humano que solapa la contenida en hN5k.
Se determinaron las secuencias completas de
nucleótidos del cDNA de Notch humano contenidas en hN3k y
hN5k por el método de terminación de la cadena de didesoxi usando
el kit Sequenase® (U. S. Biochemical Corp.). Las secuencias de
nucleótidos que codifican Notch humano, en el marco de lectura
apropiado, se identificaron fácilmente ya que no hay intrones y la
traducción en sólo uno de los tres posibles marcos de lectura da una
secuencia que, después de comparación con la secuencia publicada de
aminoácidos deducida de Notch de Drosophila, da una
secuencia con un grado sustancial de homología con la secuencia de
Notch de Drosophila. Las secuencias de DNA y de las proteína
deducidas del cDNA de Notch humano en hN3k y hN5k se presentan en
las Figuras 10 (SEQ ID NO:10,11) y 11 (SEQ ID NO:12,13),
respectivamente. El clon hN3k codifica una porción de un polipéptido
Notch que empieza en aproximadamente la tercera repetición
Notch/lin-12 hasta varios aminoácidos cerca del aminoácido
del carboxilo terminal. El clon hN5k codifica una porción de un
polipéptido Notch que empieza aproximadamente antes de la región
cdc10 y llega hasta el extremo del polipéptido, y contiene también
una región 3' sin traducir.
La comparación de las secuencias de DNA y de
proteínas presentadas en la Figura 10 (SEQ ID NO:10, 11) con las de
la Figura 11 (SEQ ID NO:12,13) revela diferencias importantes entre
las secuencias, lo que sugiere que hN3k y hN5k representan parte de
dos genes homólogos Notch distintos. Los datos sugieren así
que el genoma humano alberga más de un gen homólogo Notch.
Esto difiere de la Drosophila, donde Notch parece ser
un gen de copia única.
La comparación de las secuencias de DNA y de
aminoácidos de los homólogos de Notch humano contenidas en
hN3k y hN5k con las correspondientes secuencias Notch de
Drosophila (como se publica en Wharton et al., 1985,
Cell 43:567-581) y con las correspondientes
secuencias de Notch de Xenopus (como se publica en
Coffman et al., 1990, Science 249:1438-1441
o disponible de Genbank® (número de registro M33874)) también revela
diferencias.
La secuencia de aminoácidos mostrada en la
Figura 10 (hN3k) se comparó con la secuencia previsible del
polipéptido TAN-1 mostrada en la Figura 2 de
Ellisen et al., agosto de 1991, Cell
66:649-661. Se encontraron algunas diferencias
entre las secuencias de aminoácidos deducidas; sin embargo, la
secuencia completa del polipéptido Notch hN3k es 99% idéntica a la
región TAN-1 correspondiente (aminoácidos de
TAN-1 1455 a 2506). Se observaron cuatro
diferencias: en la región entre la tercera repetición
Notch/lin-12 y el primer motivo cdc10, hay una arginina
(hN3k) en vez de un X (aminoácido de TAN-1 1763);
(2) hay una prolina (hN3k) en vez de un X (aminoácido de
TAN-1 1787); (3) hay un cambio conservador de un
residuo de ácido aspártico (hN3k) en vez de un residuo de ácido
glutámico (aminoácido de TAN-12495); y (4) la región
carboxilo terminal difiere sustancialmente entre los aminoácidos de
TAN-1 2507 y 2535.
La secuencia de aminoácidos mostrada en la
Figura 11 (hN5k) se comparó con la secuencia previsible del
polipéptido TAN-1 mostrada en la Figura 2 de
Ellisen et al., agosto de 1991, Cell
66:649-661. Se encontraron diferencias entre las
secuencias de aminoácidos deducidas. El polipéptido Notch deducido
de hN5k es 79% idéntico al polipéptido TAN-1 (64%
idéntico a Notch de Drosophila) en la región cdc10 que
engloba tanto el motivo cc10 (aminoácidos de TAN-1
1860 a 2217) como las regiones flanqueantes bien conservadas (Fig.
12). La región cdc10 cubre los aminoácidos de 1860 hasta 2217 de la
secuencia TAN-1. Adicionalmente, el polipéptido
codificado hN5k es 65% idéntico al polipéptido TAN-1
(44% de idéntidad con el Notch de Drosophila) en el extremo
carboxilo terminal de la molécula que contiene una región PEST
(rica en prolina, ácido glutámico, serina y treonina) (aminoácidos
de TAN-1 2482 a 2551) (Fig. 12B). El alargamiento de
los 215 aminoácidos que caen entre las regiones antes mencionadas
no se conserva bien entre cualquiera de los clones homólogos
Notch representados por hN3k, hN5k y TAN-1.
Ni el polipéptido hN5k ni Notch de Drosophila muestran
niveles importantes de identidad de aminoácidos con las otras
proteínas en esta región (por ejemplo, hN5k/TAN-1 =
24% de identidad; hN5k/Notch de Drosophila = 11% de
identidad; TAN-1/Notch de Drosophila = 17% de
identidad). En contraste, Notch de Xenopus (Xotch) (SEQ ID
NO:16), Notch de rata (SEQ ID NO:17), y TAN-1 (SEQ
ID NO:18) continúan compartiendo niveles importantes de identidad
de secuencia unos con otros (por ejemplo,
TAN-1/Notch de rata = 75% de identidad,
TAN-1/Notch de Xenopus = 45% de identidad,
Notch de rata/Notch de Xenopus =50% de identidad).
El examen de la secuencia de los dominios
intracelulares de los homólogos Notch de vertebrados mostrados en
la Figura 12B revela un hallazgo inesperado: todas estas proteínas,
incluyendo hN5k, contienen un motivo CcN putativo, asociado con la
función de fijar el objetivo nuclear, en la región conservada que
sigue a la última de las seis repeticiones cdc10 (Fig. 12B). Aunque
el Notch de Drosophila carece de tal motivo definido, una
inspección más rigurosa de sus secuencias revela la presencia de una
posible secuencia de localización nuclear bipartita (Robbins et
al., 1991, Cell 64:615-623), así como de
posibles sitios de fosforilación CK II y cdc2, todos en proximidad
relativa unos con otros, definiendo, por tanto, posiblemente un tipo
alternativo de motivo CcN (Fig. 12B).
Para aislar los clones que cubren el extremo 5'
de hN (el homólogo Notch humano contenido en parte en hN5k), se usó
el clon hN2k como una sonda para el cribado de 260.000 placas de la
genoteca del fago de cerebro fetal humano, disponible
comercialmente de Stratagene, para buscar clones hibridados por
cruce. Se identificaron y aislaron cuatro clones usando
procedimientos estándar (Maniatis et al., 1982, Molecular
Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor
Laboratory, Cold Spring Harbor, New York). Se aislaron también
cuatro clones por hibridación con la secuencia homóloga Notch de
Adams et al., 1992, Nature 355.632-655, que
se obtuvo a partir de ATCC.
Para aislar los clones que cubren el extremo 5'
de TAN-1, la genoteca del cerebro fetal humano que
está comercialmente disponible de Stratagene se cribó para los
clones que extenderían la secuencia hasta el extremo 5'. Se cribaron
880.000 placas y se identificaron cuatro clones que se hibridaron
por cruce con las secuencias hN3k. La secuenciación confirmó la
posición relativa de estas secuencias dentro de la proteína Notch
codificada por TAN-1.
La secuencia 5' del homólogo
TAN-1 aislado de la invención se ha determinado
hasta el nucleótido número 972 (siendo el nucleótido número 1 la A
en el codón de iniciación ATG), y se comparó con la secuencia
publicada por Ellisen et al (1991, Cell
66:649-661). En el nucleótido 559, el homólogo
TAN-1 de la invención tiene una G, mientras que
Ellisen et al describen una A, cuyo cambio da como resultado
un aminoácido codificado diferente. Por tanto, dentro de los
primeros 324 aminoácidos, la proteína codificada por
TAN-1 de la invención difiere de la mostrada por
Ellisen et al., ya que la proteína de la invención tiene una
Gly en la posición 187, mientras que Ellisen et al describen
una Arg en esta posición (como se presenta en la Figura 13.)
Las secuencias de aminoácidos de longitud
completa tanto de hN (SEQ ID NO:19) como de las proteínas
codificadas por TAN-1 (SEQ ID NO:20), así como las
proteínas Notch de Xenopus y Drosophila, se muestran
en la Figura 13. La secuencia de codificación de DNA de longitud
completa (excepto para la que codifica el iniciador Met) (contenida
en SEQ ID NO:21) y la secuencia de aminoácidos codificada (excepto
la del iniciador Met que no se muestra) (contenida en SEQ ID NO:19)
de hN se muestran en la Figura 17.
\vskip1.000000\baselineskip
Se prepararon estructuras artificiales de
expresión usando clones de cDNA Notch humano discutidos en la
sección 9.1 anterior. En los casos de hN3k y hN2k, el clon entero
se escindió de su vector como un fragmento de restricción y se
subclonó en el sitio de restricción EcoRI de cada uno de los tres
vectores pGEX (vectores de expresión de la
glutatión-S-transferasa; Smith and
Johnson, 1988, Gene 7, 31-40). Esto permite la
expresión del producto proteínico Notch a partir del subclon en el
marco de lectura adecuado. En el caso de hN5k, el clon contiene dos
sitios de restricción EcoRI internos, que producen fragmentos de
2,6, 1,5 y 0,6 kb. Los dos fragmentos de 2,6 y de 1,5 kb se habían
subclonado también dentro de cada vector pGEX.
Se usó el sistema vector pGEX para obtener la
expresión de las proteínas de fusión Notch humanas (quiméricas)
desde las estructuras artificiales descritas más adelante. El DNA
Notch clonado en cada caso se insertó, en fase, en el vector
pGEX apropiado. Cada estructura artificial se electroporó después en
la bacteria (E. coli), y se expresó como una proteína de
fusión que contiene las secuencias de proteína Notch fusionadas al
carboxilo terminal de la proteína glutatión
S-transferasa. La expresión de las proteínas de
fusión se confirmó por análisis de los extractos de proteínas
bacterianas por electroforesis en gel de poliacrilamida, comparando
los extractos de proteína obtenidos de las bacterias que contienen
los plásmidos pGEX con y sin DNA Notch insertado. Las
proteínas de fusión eran solubles en solución acuosa, y se
purificaron de los lisados de bacterias por cromatografía de
afinidad usando agarosa recubierta con glutatión (ya que el
carboxilo terminal de la
glutatión-S-transferasa se une a la
glutationina). Las proteínas de fusión expre-
sadas se unieron por medio de un anticuerpo a Notch de Drosophila, como se ensayó por transferencia Western.
sadas se unieron por medio de un anticuerpo a Notch de Drosophila, como se ensayó por transferencia Western.
\global\parskip1.000000\baselineskip
Las estructuras artificiales usadas para
preparar las proteínas de fusión
glutatión-S-transferasa de Notch
humano fueron como sigue:
hNFP#2- se usó PCR para obtener un
fragmento que empieza justo antes de las repeticiones cdc10 en el
nucleótido 192 del inserto hN5k hasta justo antes de la región PEST
enriquecida del nucleótido 1694. El DNA se digirió después con BamHI
y SmaI y el fragmento resultante se ligó con pGEX-3.
Después de la expresión, se purificó la proteína de fusión por unión
con la glutatión-agarosa. El polipéptido purificado
se cuantificó con gradiente 4-15% en gel de
poliacrilamida. La proteína de fusión resultante tuvo un peso
molecular aproximado de 83 kD.
hN3FP#1- el inserto de DNA de hN3k entero
(nucleótidos 1 a 3235) se escindió del vector Bluescript (SK) por
digestión con EcoRI. El DNA se ligó con pGEX-3.
hN3FP#2- un segmento 3' de DNA de hN3k
(nucleótidos 1847 a 3235) más algo del poliligante se cortó del
vector Bluescript (SK) por digestión con XmaI. El fragmento se ligó
con pGEX-1.
Después de la purificación, estas proteínas de
fusión se usan para preparar anticuerpos policlonales y/o
monoclonales frente a Notch humano.
\vskip1.000000\baselineskip
Se ensayaron diferentes muestras de tejido de
pacientes humanos y líneas celulares, que representan tanto células
normales como una amplia variedad de células malignas para detectar
y/o cuantificar la expresión de Notch. Las muestras de tejido de
pacientes se obtuvieron del Pathology Department de la Yale
University School of Medicine.
Los siguientes ensayos se usan para medir la
expresión de Notch en muestras de tejido de pacientes: (a)
hibridación Northern; (b) transferencia Western; (c) hibridación
in situ; y (d) inmunocitoquímica. Los ensayos se llevaron a
cabo usando técnicas estándar. La hibridación Northern y la
hibridación in situ se llevaron a cabo (i) usando una sonda
de DNA específica para la secuencia Notch del clon hN3k; y
(ii) usando una sonda de DNA específica para la secuencia
Notch del clon hN5k. La transferencia Western y la
inmunocitoquímica se llevaron a cabo usando un anticuerpo frente a
la proteína Notch de Drosophila (que también reconoce
proteínas Notch humanas).
La hibridación Northern y la transferencia
Western, como se ha descrito antes, se usan también para analizar
numerosas líneas celulares humanas, que representan diferentes
tejidos normales o cancerosos. Las líneas celulares ensayadas están
listadas en la Tabla 2.
Los tumores malignos de los tipos de tejidos con
células malignas de los que se demuestra, por tanto, que expresan
Notch específicamente se pueden tratar como se describe en la
sección 5.1 y siguientes.
\vskip1.000000\baselineskip
Como se describe más adelante, se ha encontrado
en esta invención que la expresión de proteínas Notch humanas está
aumentada en al menos tres cánceres humanos, especialmente cáncer de
cuello uterino, de mama, y de colon. La tinción inmunocitoquímica
de las muestras de tejido de cáncer de cuello uterino, de mama y de
colon de pacientes humanos demostró claramente que el tejido
maligno expresa altos niveles de Notch, con aumento del nivel en
relación con secciones de tejidos no malignos. Este amplio espectro
de diferentes neoplasias en las que hay una elevada expresión de
Notch sugiere que podrían verse muchos más estados cancerosos que
regulan Notch por incremento.
Se obtuvieron cortes de muestras de tumores
humanos (de tumores de mama, colon y de cuello uterino) del banco de
tejidos del Pathology Department, Yale Medical School. Las tinciones
se realizaron usando anticuerpos monoclonales producidos contra las
proteínas de fusión P1 y P4 que se generaron a partir de las
secuencias de hN y TAN-1, respectivamente.
Las proteínas de fusión P1 y P4 se obtuvieron
por inserción de la secuencia Notch humana deseada en el vector de
expresión pGEX apropiado (Smith and Johnson, 1988, Gene
7:31-40; AMRAD Corp., Melbourne, Australia) y se
purificaron por afinidad según las instrucciones del fabricante
(AMRAD Corp.). Para la producción de la proteína de fusión P1, se
cortó de pGEX-2 con BamHI y se ligó a un concatémero
que consta de tres copias de un fragmento de hN,
BamHI-BgIII de 518 bp. Se inmunizaron ratas con la
proteína expresada y se produjeron los anticuerpos monoclonales por
procedimientos estándar. Para la producción de la proteína de fusión
P4, se cortó el pGEX-2 con BamHI y se ligó a un
concatémero que costa de tres copias de un fragmento de
TAN-1, BamHI-BgIII de 473 bp. Se
inmunizaron ratas con la proteína expresada y se produjeron los
anticuerpos monoclonales por procedimientos estándar.
En todos los tumores examinados, las proteínas
Notch codificadas por ambos homólogos Notch humanos,
TAN-1 y hN estaban presentes en niveles aumentados
en la parte maligna del tejido en comparación con la parte normal.
Se muestran tinciones representativas en los dibujos que se
proporcionan (Fig. 14-16).
El procedimiento de tinción fue como sigue: los
tejidos se fijaron en paraformaldehido, se embebieron en parafina,
se cortaron en secciones de un espesor de 5 micrómetros y se
colocaron en placas de vidrio. Después se llevaron a cabo los
siguientes pasos:
1. Desparafinación por medio de 4 cambios de
xileno, 4 minutos cada uno.
2. Eliminación del xileno por medio de 3 cambios
en etanol absoluto, 4 minutos cada uno.
3. Rehidratación gradual de los tejidos por
inmersión de las placas en etanol al 95%, al 90%, al 80%, al 60% y
al 30%, 4 minutos cada uno. Al final las placas se lavaron con agua
destilada durante 5 minutos.
4. Sofocamiento de la peroxidasa, endógena
incubando durante 30 minutos en peróxido de hidrógeno al 0,3% en
metanol.
5. Lavado con PBS (fosfato de sodio 10 mM, pH
7,5, NaCl 0,9%) durante 20 minutos
6. Incubación durante 1 hora en solución de
bloqueo. (Solución de bloqueo: PBS que contiene suero normal de
conejo al 4% y Triton X-100 al 0,1%).
7. Incubación durante toda la noche a 4ºC con
anticuerpo primario diluido en la solución de bloqueo. Concentración
final del anticuerpo primario 20-50 \mug/ml.
8. Lavado durante 20 minutos con PBS + Triton
X-100 al 0,1% (3 cambios).
9. incubación durante 30 minutos con anticuerpo
de conejo anti-rata biotinilado: 50 \mul de
anticuerpo biotinilado (VECTOR) en 10 ml de solución de bloqueo.
10. Lavado durante 20 minutos con PBS + Triton
X-100 al 0,1% (3 cambios).
11. Incubación con reactivo ABC (VECTOR) durante
30 minutos (el reactivo se prepara en PBS + Triton
X-100 al 0,1%).
12. Lavado durante 20 minutos con PBS + Triton
X-100 al 0,1%. Seguido por incubación durante 2
minutos en PBS + Triton X-100 al 0,5%.
13. Incubación durante 2-5
minutos en solución de sustrato de peroxidasa. Solución de sustrato
de peroxidasa: se mezclan volúmenes iguales de peróxido de hidrógeno
al 0,02% en agua destilada y tetrahidrocloruro de diaminobencidina
al 0,1% (DAB) en tampón Tris 0,1 M, pH 7,5 justo antes de la
incubación con los tejidos. Se añade Triton X-100 a
la solución final a una concentración de 0,5%.
14. Lavado durante 15 minutos con agua del
grifo.
15. Tinción de contraste durante 10 minutos con
hematoxilina de Mayer.
16. Lavado durante 15 minutos con agua del
grifo.
17. Deshidratación por medio de cambios en
etanol al 30%, al 60%, al 80%, al 90%, al 95% y etanol absoluto (4
minutos cada uno).
18. Inmersión en xileno (2 cambios, 4 minutos
cada uno).
19. Montaje, microscopio óptico.
\vskip1.000000\baselineskip
Las siguientes bacterias recombinantes, que
lleva cada una un plásmido que codifica una porción de Notch humano,
se depositaron el 2 de mayo, 1991, ante American Type Culture
Collection, 1201 Parklawn drive, Rockville, Maryland 20852,
cumpliendo las condiciones del tratado de Budapest sobre la
International Recognition of the Deposit of Microorganisms for the
Purposes of Patent procedures.
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
No ha de limitarse el alcance de la presente
invención por los microorganismos depositados o las realizaciones
específicas descritas en esta memoria. De hecho, quedarán claras
diversas modificaciones de la invención, además de las descritas en
esta memoria, para los expertos en la técnica, a partir de la
descripción anterior y de las figuras que acompañan. Tales
modificaciones están destinadas a caer dentro del alcance de las
reivindicaciones adjuntas.
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
(Formulario pasa a página
siguiente)
\vskip1.000000\baselineskip
\global\parskip0.000000\baselineskip
(1) INFORMACIÓN GENERAL:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- SOLICITANTE: Artevanis-Tsakonas, S. et el.
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TÍTULO DE LA INVENCIÓN: Métodos terapéuticos y de diagnóstico y composiciones basadas en proteínas y ácidos nucleicos Notch
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- NÚMERO DE SECUENCIAS: 21
\vskip0.800000\baselineskip
- (iv)
- DIRECCIÓN POSTAL:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- NOMBRE: Pennie & Edmonds
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- CALLE: 1155 Avenue of the Americas
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- CIUDAD:New York
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- ESTADO: New York
\vskip0.500000\baselineskip
- (E)
- PAÍS: U.S.A.
\vskip0.500000\baselineskip
- (F)
- CÓDIGO POSTAL: 10036
\vskip0.800000\baselineskip
- (v)
- FORMA DE LECTURA EN ORDENADOR:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- TIPO DE MEDIO: Disco magnético flexible
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- ORDENADOR: IBM PC compatible
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- SISTEMA OPERATIVO: PC-DOS/MS-DOS
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- SOFTWARE: PatentIn Release #1,0, Versión #1,25
\vskip0.800000\baselineskip
- (vi)
- DATOS ACTUALES DE LA SOLICITUD:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- NÚMERO DE SOLICITUD: A designar
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- FECHA DE SOLICITUD: En fecha fija
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- CLASIFICACIÓN:
\vskip0.800000\baselineskip
- (viii)
- INFORMACIÓN DEL AGENTE/APODERADO:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- NOMBRE: Misrock, S. Leslie
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- NÚMERO DE REGISTRO: 18.872
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- NÚMERO DE REFERENCIA/EXPEDIENTE: 7326-018
\vskip0.800000\baselineskip
- (ix)
- INFORMACIÓN SOBRE TELECOMUNICACIÓN:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- TELÉFONO: 212 790-9090
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TELEFAX: 212 8698864/9741
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- TELEX: 66141 PENNIE
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN SOBRE LA SECUENCIA ID NO: 1:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 2892 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- TIPO DE CADENAS: doble
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: cDNA
\vskip0.800000\baselineskip
- (ix)
- CARACTERÍSTICAS:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- NOMBRE/CLAVE: CDS
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- LOCALIZACIÓN: 142..2640
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 1:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN SOBRE LA SECUENCIA ID NO: 2:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 833 aminoácidos
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: aminoácido
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: proteína
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 2:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN SOBRE LA SECUENCIA ID NO: 3:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 1320 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- TIPO DE CADENAS: doble
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: cDNA
\vskip0.800000\baselineskip
- (ix)
- CARACTERÍSTICAS:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- NOMBRE/CLAVE: CDS
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- LOCALIZACIÓN: 442..1320
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 3:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN SOBRE LA SECUENCIA ID NO: 4:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 293 aminoácidos
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: aminoácido
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: proteína
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 4:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN SOBRE LA SECUENCIA ID NO: 5:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 267 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- TIPO DE CADENAS: doble
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: cDNA
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 5:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN SOBRE LA SECUENCIA ID NO: 6:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 574 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- TIPO DE CADENAS: doble
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: cDNA
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 6:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN SOBRE LA SECUENCIA ID NO: 7:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 295 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- TIPO DE CADENAS: doble
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: cDNA
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 7:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN SOBRE LA SECUENCIA ID NO: 8:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 248 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- TIPO DE CADENAS: doble
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: cDNA
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 8:
\vskip1.000000\baselineskip
\newpage
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN SOBRE LA SECUENCIA ID NO: 9:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 323 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- TIPO DE CADENAS: doble
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: DNA
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 9:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN SOBRE LA SECUENCIA ID NO:
10:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 3234 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- TIPO DE CADENAS: doble
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: cDNA
\vskip0.800000\baselineskip
- (ix)
- CARACTERÍSTICAS:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- NOMBRE/CLAVE: CDS
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- LOCALIZACIÓN: 1...3234
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 10:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN SOBRE LA SECUENCIA ID NO:
11:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 1078 aminoácidos
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: aminoácido
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: proteína
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 11:
\newpage
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN SOBRE LA SECUENCIA ID NO:
12:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 4268 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- TIPO DE CADENAS: doble
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: cDNA
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 12:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN SOBRE LA SECUENCIA ID NO:
13:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 657 aminoácidos
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: aminoácido
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: proteína
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 13:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN SOBRE LA SECUENCIA ID NO:
14:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 77 aminoácidos
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: aminoácido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- TIPO DE CADENAS: único
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: péptido
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 14:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN SOBRE LA SECUENCIA ID NO:
15:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 78 aminoácidos
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- TIPO DE CADENAS: sencillo
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: péptido
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 15:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN SOBRE LA SECUENCIA ID NO:
16:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 654 aminoácidos
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: aminoácido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- TIPO DE CADENAS: sencilla
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.500000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: péptido
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 16:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN SOBRE LA SECUENCIA ID NO:
17:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 666 aminoácidos
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: aminoácido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- TIPO DE CADENAS: sencilla
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: péptido
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 17:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN SOBRE LA SECUENCIA ID NO:
18:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 681 aminoácidos
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: aminoácido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- TIPO DE CADENAS: sencilla
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: péptido
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 18:
\newpage
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN SOBRE LA SECUENCIA ID NO:
19:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 2471 aminoácidos
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: aminoácido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- TIPO DE CADENAS: sencilla
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: péptido
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 19:
\vskip1.000000\baselineskip
\newpage
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN SOBRE LA SECUENCIA ID NO:
20:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 2556 aminoácidos
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: aminoácido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- TIPO DE CADENAS: sencilla
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: péptido
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 20:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN SOBRE LA SECUENCIA ID NO:
21:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 9723 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- TIPO DE CADENAS: doble
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: desconocida
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: cDNA
\vskip0.800000\baselineskip
- (ix)
- CARACTERÍSTICAS:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- NOMBRE/CLAVE: CDS
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- LOCALIZACIÓN: 10...7419
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 21:
\vskip1.000000\baselineskip
Claims (9)
1. Una composición farmacéutica que comprende un
vehículo farmacéuticamente aceptable y una cantidad terapéuticamente
eficaz de un anticuerpo a una proteína Serrate.
2. Una composición farmacéutica según la
reivindicación 1, en la que el anticuerpo es policlonal.
3. Una composición farmacéutica según la
reivindicación 1, en la que el anticuerpo es monoclonal.
4. Una composición farmacéutica según una
cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, en la que el anticuerpo es
un dominio de la proteína Serrate que se une a Notch.
5. Una composición farmacéutica que comprende un
vehículo farmacéuticamente aceptable y una cantidad terapéuticamente
eficaz de un fragmento de un anticuerpo a una proteína Serrate,
fragmento el cual contiene el dominio de unión del anticuerpo,
anticuerpo el cual es como se define en una cualquiera de las
reivindicaciones 1 a 4.
6. Una composición farmacéutica que comprende un
vehículo farmacéuticamente aceptable y una cantidad terapéuticamente
eficaz de un ácido nucleico antisentido Serrate.
7. Una composición farmacéutica según una
cualquiera de las reivindicaciones 1 a 6, en la que el anticuerpo,
el fragmento del anticuerpo, o el ácido nucleico antisentido,
respectivamente, está purificado.
8. Un anticuerpo como se define en una
cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4 y 7, un fragmento de un
anticuerpo como se define en la reivindicación 5 o la reivindicación
7, o un ácido nucleico antisentido como se define en la
reivindicación 6 o la reivindicación 7, para usar como un
medicamento.
9. Uso de un anticuerpo como se define en una
cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4 y 7, un fragmento de un
anticuerpo como se define en la reivindicación 5 o reivindicación 7,
o un ácido nucleico antisentido como se define en la reivindicación
6 o reivindicación 7, para la fabricación de un medicamento para
tratar o prevenir un tumor maligno en un sujeto.
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