ES2320431T3 - Compuestos de captura, colecciones de los mismos y metodos para analizar el proteoma y composiciones complejas. - Google Patents
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Abstract
Una colección de compuestos de captura, que comprende una pluralidad de compuestos de captura diferentes, donde cada compuesto de captura en la colección tiene la fórmula: ** ver fórmula** en la que: m es un número entero que es de 1 a 100; n es un número entero de 1 a 100; la colección incluye al menos 10 compuestos de captura diferentes; el resto X se selecciona para unirse covalentemente a biomoléculas; el resto Y modula una o más de las propiedades de afinidad, propiedades estéricas y propiedades electrónicas del compuesto de captura aumentando de esta manera la selectividad de la unión mediante X de tal forma que el compuesto de captura se una a menos biomoléculas cuando el resto de selectividad Y está presente que en su ausencia; el resto Q permite la separación o inmovilización de los compuestos de captura en la colección; y el resto Z para presentar X, Y y Q; Z es un derivado de tritilo para presentar los restos funcionales X, Y y Q; y Z tiene la fórmula: ** ver fórmula**
Description
Compuestos de captura, colecciones de los mismos
y métodos para analizar el proteoma y composiciones complejas.
En este documento se proporcionan compuestos y
métodos que usan los compuestos para analizar específica y
selectivamente biomoléculas. En particular, los compuestos y métodos
son útiles para analizar el proteoma.
El entendimiento de la base de la enfermedad y
el desarrollo de tratamientos terapéuticos y preventivos ha
evolucionado a lo largo del último siglo por la observación empírica
y la experimentación para la exploración de mutaciones por todo el
genoma. La revolución genómica ha proporcionado a los investigadores
las herramientas para buscar una base genómica de las enfermedades.
El esfuerzo del Genoma Humano ha generado una secuencia sin
procesar de los 3 miles de millones de pares de bases del genoma
humano y ha revelado aproximadamente 35.000 genes. Se están
estudiando variaciones genéticas entre individuos diferentes y entre
poblaciones para determinar la asociación con la predisposición a
enfermedades o la correlación con la eficacia farmacológica y/o
efectos secundarios. La promesa de una medicina personalizada basada
en un panel de marcadores genéticos ha tentado a la comunidad
sanitaria y proporciona un importante objetivo para los que se
centran en proporcionar opciones de diagnóstico y tratamiento para
asistentes sanitarios y pacientes.
Con el desarrollo de una diversidad de
herramientas en biología molecular, tales como métodos de
amplificación de ácidos nucleicos, sistemas y métodos de clonación
y expresión, el análisis de enfermedades se ha basado en la
genómica o en una estrategia de abajo hacia arriba. Esta
estrategia presupone que un cambio genético o conjunto de cambios
tendrá un efecto de largo alcance sobre la función proteica por
afectación de la transcripción del ARNm o de la estructura y función
de la proteína.
Se han desarrollado tecnologías para analizar
polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) a escala industrial (por
ejemplo, MassARRAY^{TM} y el sistema MassARRAY®, Sequenom, Inc.,
San Diego, CA) y en muestras combinadas para estudiar la frecuencia
de SNP en poblaciones de diversos sexos, etnia, edad y estado de
salud. El último objetivo de estos esfuerzos es entender la
etiología de las enfermedades a nivel molecular (por ejemplo,
basándose en varianzas genéticas (farmacogenómica)) para
desarrollar ensayos de diagnóstico y fármacos eficaces con pocos o
ningún efecto secundario.
La genómica no ha cumplido la expectativa
original de que esta estrategia podría usarse para estratificar una
población con respecto a un fenotipo definido, incluyendo
diferencias entre la población normal y la población de pacientes
enfermos. Aunque se ha descubierto que marcadores genéticos
individuales están asociados con o causan o predicen una patología
específica, la información genómica puede no ser suficiente para
estratificar poblaciones individuales por la asociación de un SNP
(o varios SNP) con una enfermedad dada, efecto secundario
farmacológico u otro fenotipo diana. Debido al gran número de dianas
potenciales y señales reguladoras que afectan a la traducción de
proteínas, no es suficiente el establecimiento de los perfiles de
expresión diferenciales del ARN mensajero al comparar fenotipos o
poblaciones, tales como un estado sano y patologías, tales como los
análisis que usan microplacas de ADN de expresión (por ejemplo, la
tecnología GeneChip^{TM}, Affymetrix, Inc., Santa Clara, CA; la
tecnología LifeArray^{TM}, Incyte Genomics, Inc., Palo Alto, CA).
Las actividades metabólicas en una célula no se realizan por el
ARNm sino más bien por las proteínas traducidas y los productos
modificados postraduccionalmente posteriormente, tales como los
productos alquilados, glicosilados y fosforilados.
El estudio de la proteómica incluye el estudio
de proteínas individuales y cómo estas proteínas funcionan dentro
de una ruta bioquímica. La proteómica también incluye el estudio de
interacciones de proteínas, incluyendo cómo forman la arquitectura
que constituye las células vivas. En muchas enfermedades de seres
humanos tales como cáncer, enfermedad de Alzheimer, diabetes, así
como de respuestas de hospedador frente a enfermedades infecciosas,
el esclarecimiento de las proteínas reguladoras de interacciones
complejas que pueden causar enfermedades es una etapa crítica para
el descubrimiento de un tratamiento eficaz. Con frecuencia, aparecen
SNP y otras mutaciones de ácidos nucleicos en genes cuyos productos
son proteínas tales como (1) hormonas relacionadas con el
crecimiento, (2) receptores de membrana para hormonas de
crecimiento, (3) componentes de la ruta de señalización
transmembrana y (4) proteínas de unión al ADN que actúan sobre la
transcripción y la inactivación de genes supresores (por ejemplo,
P53) que causan el comienzo de enfermedades.
Se analizan mezclas de proteínas complejas
mediante electroforesis en gel bidimensional (2D) y posterior
procesamiento de imágenes para identificar cambios en el patrón
(cambios estructurales) o intensidad de diversas manchas de
proteínas. La electroforesis en gel bidimensional es un método
laborioso propenso a errores con una baja reproducibilidad y no
puede automatizarse eficazmente. Esta tecnología en gel es incapaz
de analizar eficazmente proteínas de membrana. Además, la
resolución de geles 2D es insuficiente para analizar el perfil de
todas las proteínas presentes en una mezcla.
\newpage
El documento EP0424819 describe métodos para
modificar de forma reversible compuestos biológicos para permitir
su detección, separación y purificación. En concreto, describe la
unión de un grupo protector a un producto natural, biopolímero o
sintón. Este grupo protector proporciona un medio para unir de forma
reversible un grupo modificador al compuesto de interés.
El documento WO01/77684 que constituye técnica
anterior según el Artículo 54 (3), EPC, describe métodos de
análisis del proteoma. Los métodos comprenden el uso de sondas que
tienen restos reactivos que están limitados en su reactividad a las
proteínas activas diana, un ligando para el secuestro del conjugado
de la sonda y la proteína diana y, opcionalmente, un
identificador.
Ham et al. Bioconjugate Chem.
4:560-567 [1993] describen inhibidores de serina
proteasa de isocumarina para detectar, localizar y aislar serina
proteasas. Comprenden un grupo 4-cloro, un
sustituyente biotinilado en la posición 7 y diferentes grupos
3-alcoxi que confieren selectividad hacia diferentes
serina proteasas.
Las microplacas de proteínas disponibles están
limitadas por su capacidad para capturar específicamente proteínas
hidrófobas y de membrana que con frecuencia son dianas del
desarrollo de fármacos. Una vez unidas a la microplaca, las
proteínas son altamente inestables y sus estructuras con frecuencia
no reflejan la conformación verdadera que se encuentra en
condiciones fisiológicas.
Por lo tanto, existe la necesidad de desarrollar
tecnologías para el análisis del proteoma, que permitan el aumento
a escala a niveles industriales con las características de un
proceso industrial: alta precisión, reproducibilidad y flexibilidad
por el hecho de que el proceso sea de alto rendimiento,
automatizable y rentable. Por lo tanto, existe la necesidad de
desarrollar tecnologías que permitan el sondaje y la identificación
de proteínas y otras biomoléculas en su conformación nativa usando
protocolos y sistemas automatizados. En particular, existe la
necesidad de desarrollar estrategias y tecnologías para la
identificación y caracterización de proteínas hidrófobas en
condiciones fisiológicas. Por lo tanto, entre los objetos de este
documento, un objeto en este documento es proporcionar dichas
tecnologías.
En este documento se proporcionan métodos,
compuestos de captura (también denominados en este documento agentes
de captura) y colecciones de los mismos para el análisis del
proteoma a nivel industrial en un formato de alto rendimiento. Los
métodos, compuestos de captura y colecciones permiten la separación
de mezclas complejas de biomoléculas. Además, permiten la
identificación de estructuras proteicas predicativas o indicativas
de fenotipos específicos, tales como patologías, eliminando de este
modo la necesidad de un análisis de SNP aleatorio, generación de
perfiles de expresión y métodos analíticos de proteínas. Los
compuestos de captura, colecciones y métodos separan mezclas
complejas al proporcionar una diversidad de agentes de captura
diferentes. Además, pueden usarse para identificar "epítopos"
estructurales que sirven como marcadores para patologías
específicas, para estratificar poblaciones individuales en relación
con fenotipos específicos, permitir una comprensión detallada de
las proteínas que subyacen a la función molecular y proporcionar
dianas para el desarrollo de fármacos. El mayor entendimiento de
proteínas diana permite el diseño de agentes terapéuticos más
eficaces.
Se proporcionan compuestos de captura,
colecciones de los compuestos y métodos que usan los compuestos, por
separado o en colecciones de los mismos, para capturar, separar y
analizar biomoléculas incluyendo, pero sin limitación, mezclas de
biomoléculas, incluyendo biopolímeros y macromoléculas tales como
proteínas, biomoléculas individuales tales como proteínas,
incluyendo proteínas individuales o de membrana. Las colecciones
contienen una pluralidad, típicamente al menos 10, 50, 100, 1000 o
más compuestos de captura diferentes. Los compuestos y colecciones
se diseñan para permitir el sondaje de una mezcla de biomoléculas en
virtud de la interacción de los compuestos de captura en la
colección con los componentes de una mezcla en condiciones que
preserven su configuración tridimensional. Cada miembro de la
colección se diseña 1) para unirse covalentemente de modo que la
unión sea irreversible o estable en condiciones de análisis
espectrométrico de masas con menos de todas, típicamente de
aproximadamente 5 a 20 ó más biomoléculas de componentes en una
mezcla, dependiendo de la complejidad y diversidad de la mezcla, en
condiciones fisiológicas, incluyendo condiciones hidrófobas y 2)
distinguir entre biomoléculas basándose en características
topológicas. Además, los compuestos de captura incluyen generalmente
un grupo, tal como un oligonucleótido de cadena sencilla u
oligonucleótido parcialmente de cadena sencilla que permite la
separación de cada conjunto de compuestos de captura.
Los compuestos de captura y colecciones se usan
en una diversidad de métodos, pero están particularmente diseñados
para evaluar biomoléculas, tales como biopolímeros o componentes en
mezclas procedentes de muestras biológicas. Las colecciones se usan
en métodos imparciales de arriba hacia abajo
("top-down") que evalúan cambios estructurales,
incluyendo cambios estructurales postraduccionales y, por ejemplo,
se usan para comparar patrones, particularmente patrones proteicos
postraduccionales en células enfermas frente a sanas a partir de
células primarias generalmente del mismo individuo. Las células que
sirven como las fuentes de biomoléculas pueden congelarse en un
estado metabólico seleccionado o sincronizarse para permitir la
comparación directa e identificación de biomoléculas específicas de
fenotipo, tales como específicas de enfermedad, generalmente
proteínas.
Un compuesto de captura incluye un grupo de
reactividad química X (también denominado en este documento función
o funcionalidad) que efectúa la unión covalente, y al menos una
función de selectividad Y que modula la interacción de una
biomolécula con la función de reactividad, y una función de
separación Q para dirigirse a los componentes de la colección.
Opcionalmente, se incluye la función de solubilidad W que altera la
solubilidad del compuesto de captura, tal como por medio del
aumento de la solubilidad del compuesto de captura en condiciones
seleccionadas, tales como diversas condiciones fisiológicas,
incluyendo condiciones hidrófobas de membranas celulares. Por lo
tanto, por ejemplo, si se fijan como objetivo proteínas de membrana,
entonces los compuestos de captura en la colección se diseñan con
funciones de solubilidad que aumenten o proporcionen solubilidad en
dicho entorno.
Por ejemplo, el grupo de reactividad (función de
reactividad) incluye grupos que reaccionan o interaccionan
específicamente con funcionalidades en la superficie de una proteína
tal como grupos hidroxilo, amina, amida, sulfuro y ácido
carboxílico o que reconocen áreas superficiales específicas tales
como un anticuerpo, una lectina o un ligando específico de
receptor, o interacciona con el sitio activo de enzimas. Los
especialistas en la técnica pueden seleccionar a partir de una
biblioteca de funcionalidades para conseguir esta interacción.
Aunque esta interacción puede ser muy específica de reacción, estos
compuestos pueden reaccionar múltiples veces dentro de la misma
molécula proteica dependiendo del número de grupos funcionales
accesibles superficiales. La modificación de las condiciones de
reacción permite la identificación de grupos funcionales accesibles
superficiales con una reactividad diferente, permitiendo por lo
tanto la identificación de uno o más sitios altamente reactivos
usados para separar una proteína individual de una mezcla. Las
tecnologías disponibles no separan especies en la mezcla de
reacción resultante. Las colecciones y compuestos que se
proporcionan en este documento resuelven ese problema mediante una
segunda funcionalidad, el grupo de selectividad, que altera la unión
de los grupos de reactividad con la biomolécula.
Las funciones de selectividad incluyen una
diversidad de grupos, así como el espaciamiento geométrico de la
segunda funcionalidad, un oligonucleótido o análogo de
oligonucleótido de cadena sencilla no protegido o convenientemente
protegido. Por ejemplo, las funciones de selectividad interaccionan
de forma no covalente con proteínas diana para alterar la
especificidad o la unión de la función de reactividad. Dichas
funciones incluyen grupos químicos y biomoléculas que pueden
impedir estéricamente proteínas de un tamaño específico, compuestos
o proteínas hidrófilas (por ejemplo, PEG y tritilos), compuestos o
proteínas hidrófobas (por ejemplo, aromáticos polares, lípidos,
glicolípidos, fosfodiéster, oligosacáridos), grupos cargados
positiva o negativamente, o grupos o biomoléculas que generan una
estructura secundaria o terciaria definida.
Los compuestos de captura también incluyen una
función de separación para separar o abordar cada compuesto de
captura de acuerdo con su estructura. La función de separación, por
ejemplo, puede ser un oligonucleótido o análogo de oligonucleótido
de cadena sencilla (o parcialmente de cadena sencilla) no protegido
o convenientemente protegido, que contiene típicamente entre al
menos aproximadamente 5 y hasta 25, 35, 50, 100 o cualquier número
deseado de nucleótidos (o análogos de los mismos) que contienen una
región de secuencia permutada y opcionalmente regiones
flanqueantes. Cada uno de dichos bloques tiene una multitud de
permutaciones de secuencia con o sin regiones flanqueantes
conservadas, que es capaz de hibridar con una molécula de ácido
nucleico o un análogo de ácido nucleico de cadena sencilla de bases
complementarias. La función de separación también puede ser un
marcador, tal como una simbología, incluyendo un código de barras,
particularmente un código de barras legible mecánicamente, una
marcador codificado por colores, tal como una perla pequeña
coloreada que puede separarse en virtud de su color, un marcador de
radiofrecuencia u otro marcador electrónico o un marcador químico.
Se contempla cualquier funcionalidad que permita la separación de
cada conjunto de compuestos de captura para permitir el análisis
separado de biomoléculas unidas.
En ciertas realizaciones, cada biomolécula que
se va a capturar se derivatiza con más de un compuesto de captura
proporcionado en este documento, donde cada compuesto marcado
proporciona un nivel adicional de capacidad de separación. En otras
realizaciones, cada uno de la pluralidad de compuestos que
derivatiza en una sola biomolécula es diferente, permitiendo la
separación específica y eficaz de la mezcla de biomoléculas (véase,
por ejemplo, la Figura 3).
Los compuestos de captura incluyen al menos una
función de reactividad y una función de selectividad. Estos
compuestos de captura incluyen funcionalidades de separación, que
son uno o más restos adicionales que se unen covalentemente o no
covalentemente a una molécula específica para permitir abordar los
compuestos, tal como por separación en loci separados en un soporte
sólido o separación de los compuestos en loci separados. Estos
compuestos de captura también incluyen opcionalmente una o más
funciones de solubilidad que son restos que influyen en la
solubilidad del compuesto resultante para atenuar o alterar la
hidrofobia/hidrofilia de los compuestos (función de
solubilidad).
Los compuestos de captura (o agentes de captura)
incluyen una función de reactividad y una función de separación. La
primera es el grupo reactivo que interacciona específicamente con
proteínas u otras biomoléculas (función de reactividad); y la otra
es una entidad (funciones de separación) que se une covalentemente o
no covalentemente a una molécula o moléculas específicas. Esta
entidad puede ser una porción de ácido nucleico o una porción de
análogo de ácido nucleico que incluye una región de cadena sencilla
que puede hibridar específicamente con un oligonucleótido o análogo
del mismo de cadena sencilla complementario.
Los compuestos de captura se proporcionan como
colecciones, generalmente como colecciones de conjuntos de
diferentes compuestos que difieren en todas las funcionalidades.
Para la separación de mezclas complejas de biopolímeros, la
colección incluye diversos miembros de compuestos de captura de modo
que, por ejemplo, cuando se organizan en matrices, cada locus de la
matriz contiene de 0 a 100, generalmente de 5 a 50 y de forma
deseable de 1 a 20, típicamente de 5 a 20 biomoléculas diferentes
en cada locus en la matriz.
En la práctica en una realización, una colección
de compuestos de captura se pone en contacto con una mezcla de
biomoléculas y las moléculas unidas se evalúan usando, por ejemplo,
espectrometría de masas seguida de aplicación opcional de marcaje,
tal como marcaje por fluorescencia, después de la organización en
matrices para identificar proteínas poco abundantes.
También se proporcionan en este documento
métodos para el descubrimiento e identificación de proteínas que se
seleccionan basándose en un fenotipo definido. Los métodos permiten
que las proteínas se unan a las moléculas diana en condiciones
fisiológicas al tiempo que se mantiene la conformación secundaria y
terciaria correcta de la diana. Los métodos pueden realizarse en
condiciones fisiológicas y otras que permitan el descubrimiento de
proteínas biológicamente importantes, incluyendo proteínas de
membrana que se seleccionan basándose en un fenotipo definido.
Antes, durante o después de la exposición de una
o una pluralidad de compuestos de captura a una mezcla de
biomoléculas, incluyendo, pero sin limitación, una mezcla de
proteínas, la porción oligonucleotídica o análogo de la misma de
estos compuestos se deja hibridar con una cadena complementaria de
uno o más oligonucleótidos inmovilizados o uno o más análogos de
los mismos para permitir la separación, aislamiento y posterior
análisis de biomoléculas unidas tales como proteínas, por ejemplo,
por espectrometría de masas, tal como espectrometría de masas de
desorción e ionización por láser asistida por
matriz-tiempo de vuelo (MALDI-TOF),
marcaje colorimétrico, fluorescente o quimioluminiscente, o para
facilitar una mayor resolución por espectrometría de masas,
incluyendo espectrometría de masas de MALDI-TOF.
Las colecciones de compuestos de captura pueden
usarse para generar matrices de compuestos para capturar proteínas
diana o proteínas relacionadas con grupos que pueden mimetizar
estructuras biológicas tales como estructuras transmembrana
nucleares y mitocondriales, membranas artificiales o paredes
celulares intactas. Por lo tanto, los compuestos y matrices de
compuestos que se proporcionan en este documento son capaces de
mimetizar entidades biológicas y superficies biológicas,
permitiendo de este modo la captura de biomoléculas, incluyendo pero
sin limitación proteínas cuya captura sería de otro modo difícil o
imposible, tales como las que se encuentran en regiones
transmembrana de una célula.
Las muestras para análisis incluyen cualquier
biomolécula, particularmente muestras que contienen proteínas,
tales como mezclas de proteínas incluyendo, pero sin limitación,
fuentes naturales y sintéticas. Las proteínas pueden prepararse por
traducción a partir de cromosomas, genes, ADNc y genotecas genómicas
aisladas. Las proteínas pueden aislarse a partir de células y otras
fuentes. En ciertas realizaciones, los compuestos de captura que se
proporcionan en este documento están diseñados para capturar
selectivamente diferentes modificaciones postraduccionales de la
misma proteína (es decir, patrones de fosforilación (por ejemplo,
oncogenes) glicosilación y otras modificaciones
postraduccionales).
También se proporcionan otros métodos que
emplean las colecciones. En un método, las colecciones o uno o más
compuestos de captura miembros se usan para distinguir entre dos o
más conformaciones diferentes de una proteína y, por ejemplo,
pueden usarse para la identificación fenotípica, tal como para
diagnóstico. Por ejemplo, en enfermedades de agregación de
proteínas, que son enfermedades que implican una proteína alterada
conformacionalmente, tales como enfermedades amiloides, las
colecciones pueden distinguir entre la forma implicada en la
enfermedad de la proteína y la forma normal y por lo tanto
diagnosticar la enfermedad en una muestra.
La Figura 1 muestra la hibridación, separación y
análisis del espectro de masas de una mezcla de proteínas.
La Figura 2 proporciona una representación
esquemática de una realización del aparato que se proporciona en
este documento.
La Figura 3 ilustra una proteína marcada con
cuatro compuestos que se proporcionan en este documento, permitiendo
de este modo la separación específica de la proteína.
La Figura 4 muestra la hibridación aumentada y
específica que es el resultado del uso de dos o más marcadores
oligonucleotídicos.
La Figura 5 muestra el marcaje de una proteína
individual con dos oligonucleótidos diferentes en una reacción.
La Figura 6 es un diagrama de flujo de
producción de proteínas recombinantes.
La Figura 7 ilustra la producción de una
genoteca de ADNc cebada con oligonucleótido dT adaptado.
La Figura 8 muestra la producción de una
genoteca de ADNc específica de motivo de secuencia adaptada.
La Figura 9 muestra la producción de un ADNc
específico de gen adaptado.
La Figura 10 ilustra la purificación de
productos de amplificación a partir de una genoteca de molde.
La Figura 11 muestra una genoteca de ADNc cebada
con oligonucleótido dT adaptada como un molde universal para la
amplificación de subpoblaciones de genes.
La Figura 12 ilustra la disminución de la
complejidad durante la amplificación por PCR.
La Figura 13 muestra la unión de una molecular
bifuncional a una superficie sólida.
La Figura 14 muestra el análisis de proteínas
purificadas a partir de la exploración de compuestos y la producción
de anticuerpos.
La Figura 15 proporciona esquemas sintéticos
para la síntesis de reactivos de captura ejemplares que se
proporcionan en este documento (véase, por ejemplo, el ejemplo
4).
La Figura 16 proporciona funciones de
reactividad ejemplares para el uso en los reactivos de captura que
se proporcionan en este documento.
La Figura 17 proporciona funciones de
selectividad ejemplares para el uso en los reactivos de captura que
se proporcionan en este documento.
La Figura 18 representa puntos ejemplares para
la regulación de mecanismos de control metabólico para la
sincronización celular.
La Figura 19 representa un método de separación
y sincronización celular; la Figura 19a representa métodos para la
separación de células de la sangre de un paciente individual para
separarlas por fenotipo; la Figura 19b muestra los resultados de la
separación por citometría de flujo de células sanguíneas sin
marcaje; la Figura 19c muestra un ejemplo en el que células
sincronizadas en cultivo se separan de acuerdo con el contenido de
ADN como un modo de separación de células por fase del ciclo
celular.
La Figura 20 muestra un esquema de un ensayo de
captura de biomoléculas y resultados usando compuestos de captura
ejemplares y proteínas.
A menos que se defina otra cosa, todos los
términos técnicos y científicos usados en este documento tienen el
mismo significado que se entiende comúnmente por un especialista en
la técnica a la que pertenece la invención o invenciones. En el
caso de que exista una pluralidad de definiciones para los términos
de este documento, prevalecerán las de esta sección. Cuando se hace
referencia a una URL u otro identificador o dirección de este tipo,
se entiende que dichos identificadores pueden cambiar y que puede ir
y venir información particular en Internet, pero puede encontrarse
una información equivalente buscando en Internet. Las referencias a
las mismas prueban la disponibilidad y difusión pública de dicha
información.
Como se usa en este documento, un
oligonucleótido significa una secuencia lineal de hasta
aproximadamente 20, aproximadamente 50 o aproximadamente 100
nucleótidos unidos por enlaces fosfodiéster. Por encima de esta
longitud empieza a utilizarse el término polinucleótido.
Como se usa en este documento, un análogo de
oligonucleótido significa una secuencia lineal de hasta
aproximadamente 20, aproximadamente 50 o aproximadamente 100
análogos de nucleótidos o una secuencia lineal de hasta
aproximadamente 20, aproximadamente 50 o aproximadamente 100
nucleótidos unidos por un enlace de "estructura" distinto de
un enlace fosfodiéster, por ejemplo, un enlace fosfotriéster, un
enlace fosforamidato, un enlace fosforotioato, un enlace diéster de
metilfosfonato, un enlace tioéster o un enlace peptídico (ácido
péptido nucleico).
Como se usa en este documento, el ácido péptido
nucleico (PNA) se refiere a análogos de ácido nucleico en los que la
estructura de ribosa-fosfato se reemplaza por una
estructura mantenida junta por enlaces amida.
Como se usa en este documento, el proteoma
significa todas las proteínas presentes en el interior de una
célula.
Como se usa en este documento, una biomolécula
es cualquier compuesto que se encuentra en la naturaleza, o
derivados del mismo. Las biomoléculas incluyen, pero sin limitación,
oligonucleótidos, oligonucleósidos, proteínas, péptidos,
aminoácidos, lípidos, esteroides, ácidos péptido nucleicos (PNA),
oligosacáridos y monosacáridos.
Como se usa en este documento,
MALDI-TOF se refiere a espectrometría de masas de
desorción e ionización por láser asistida por
matriz-tiempo de vuelo.
Como se usa en este documento, el término
"acondicionado" o "acondicionamiento", como cuando se usa
haciendo referencia a una proteína del mismo, significa que el
polipéptido está modificado para disminuir la energía láser
necesaria para volatilizar la proteína, para minimizar la
probabilidad de fragmentación de la proteína o para aumentar la
resolución de un espectro de masas de la proteína o de los
aminoácidos componentes. La resolución de un espectro de masas de
una proteína puede aumentarse por acondicionamiento de la proteína
antes de la realización de la espectrometría de masas. El
acondicionamiento puede realizarse en cualquier fase anterior a la
espectrometría de masas y, en una realización, se realiza mientras
la proteína está inmovilizada. Una proteína puede acondicionarse,
por ejemplo, por tratamiento de la misma con un material de
intercambio de cationes o un material de intercambio de aniones que
puede reducir la heterogenicidad de carga de la proteína para
eliminar de este modo el ensanchamiento de pico debido a la
heterogenicidad en el número de cationes (o aniones) unidos a las
diversas proteínas de una población. En una realización se realiza
la eliminación de todos los cationes por intercambio iónico,
excepto por iones H+ y de amonio. Poniendo en contacto un
polipéptido con un agente alquilante tal como yoduro de alquilo,
yodoacetamida, yodoetanol o
2,3-epoxi-1-propranol,
puede prevenirse la formación enlaces de sulfuro, por ejemplo, en
una proteína. Asimismo, pueden convertirse cadenas laterales de
aminoácidos cargados en derivados no cargados empleando cloruros de
trialquilsililo.
Puesto que los compuestos de captura contienen
porciones de proteína y ácido nucleico, también se contempla un
acondicionamiento adecuado para una o ambas porciones. Por lo tanto,
es ventajosa una prepurificación para enriquecer las biomoléculas
que se van a analizar y la eliminación de todos los cationes, tal
como por intercambio iónico, excepto H+ y amonio, u otro
tratamiento de acondicionamiento para mejorar la resolución, para el
análisis de la porción de ácido nucleico así como de la porción
proteica.
El acondicionamiento de proteínas generalmente
es innecesario porque las proteínas son relativamente estables en
condiciones ácidas de alta energía, de modo que las proteínas no
requieren un acondicionamiento para los análisis espectrométricos
de masas. Sin embargo, existen medios para mejorar la resolución en
una realización para péptidos más cortos, tal como por medio de la
incorporación de aminoácidos modificados que son más básicos que
los restos no modificados correspondientes. Dicha modificación en
general aumenta la estabilidad del polipéptido durante el análisis
espectrométrico de masas. Además, pueden usarse la cromatografía de
intercambio de cationes, así como procedimientos de lavado y
purificación generales que eliminan proteínas y otros componentes de
mezcla de reacción de la proteína para aumentar la resolución del
espectro que es el resultado del análisis espectrométrico de masas
de la proteína.
Como se usa en este documento, "matriz" se
refiere al material con el que los conjugados de compuesto de
captura-biomolécula se combinan para el análisis
espectrométrico de masas de MALDI. Se contempla cualquier material
de matriz, tal como ácidos sólidos, incluyendo ácido
3-hidroxipicolínico, y matrices líquidas tales como
glicerol conocidas por los especialistas en la técnica para
análisis de ácidos nucleicos y/o proteínas. Puesto que los
conjugados de compuesto-biomolécula contienen ácido
nucleico y proteína, puede usarse una mezcla (óptima para ácidos
nucleicos y proteínas) de moléculas de matriz.
Como se usa en este documento, el término
macromolécula se refiere a cualquier molécula que tenga un peso
molecular desde cientos hasta millones. Las macromoléculas incluyen,
pero sin limitación, péptidos, proteínas, nucleótidos, ácidos
nucleicos, hidratos de carbono y otras moléculas de este tipo que se
sintetizan generalmente por organismos biológicos, pero que pueden
prepararse sintéticamente o usando métodos de biología molecular
recombinantes.
Como se usa en este documento, el término
"biopolímero" se refiere a una molécula biológica, incluyendo
macromoléculas, compuesta por dos o más subunidades monoméricas o
derivados de las mismas, que están unidas por un enlace o una
macromolécula. Un biopolímero puede ser, por ejemplo, un
polinucleótido, un polipéptido, un carbohidrato o un lípido o
derivados o combinaciones de los mismos, por ejemplo, una molécula
de ácido nucleico que contiene una porción de ácido péptido nucleico
o una glicoproteína.
Como se usa en este documento, la biomolécula
incluye biopolímeros y macromoléculas y todas las moléculas que
pueden aislarse a partir de organismos vivos y virus, incluyendo,
pero sin limitación, células, tejidos, priones, animales, plantas,
virus, bacterias y otros organismos.
Como se usa en este documento, una partícula
biológica se refiere un virus, tal como un vector viral o cápsida
viral con o sin ácido nucleico empaquetado, fago incluyendo un
vector de fago o cápsida de fago, con o sin ácido nucleico
encapsulado, una célula individual incluyendo células eucariotas y
procariotas o fragmentos de las mismas, un liposoma o agente
micelar u otra partícula de empaquetamiento y otros materiales
biológicos de este tipo. Para los fines de este documento, las
partículas biológicas incluyen moléculas que no se consideran
típicamente macromoléculas porque generalmente no se sintetizan,
sino que proceden de células y virus.
Como se usa en este documento, un fármaco se
refiere a cualquier compuesto que es un candidato para el uso como
agente terapéutico o como compuesto principal para diseñar un agente
terapéutico o que sea un agente farmacéutico conocido. Dichos
compuestos pueden ser moléculas pequeñas, incluyendo moléculas
orgánicas pequeñas, péptidos, peptidomiméticos, moléculas
antisentido, anticuerpos, fragmentos de anticuerpos o anticuerpos
recombinantes. Son de interés particular "fármacos" que tienen
propiedades de unión específicas de modo que pueden usarse como
grupos de selectividad o pueden usarse para separar los compuestos
de captura, ya sea una funcionalidad de separación que se une a una
diana en un soporte o unida a un soporte sólido, donde la
funcionalidad de separación es la diana del fármaco.
\newpage
Como se usa en este documento, la expresión
"ácido nucleico" se refiere a polinucleótidos de cadena
sencilla y/o doble cadena tales como ácido desoxirribonucleico
(ADN) y ácido ribonucleico (ARN), así como análogos o derivados de
ARN o ADN. Las moléculas de ácido nucleico son polímeros lineales de
nucleótidos unidos por enlaces 3',5'-fosfodiéster.
En el ADN, el ácido desoxirribonucleico, el grupo azúcar es
desoxirribosa y las bases de los nucleótidos son adenina, guanina,
timina y citosina. El ARN, ácido ribonucleico, tiene ribosa como
azúcar y uracilo sustituye a la timina. También se incluyen en la
expresión "ácido nucleico" análogos de ácidos nucleicos tales
como ácido péptido nucleico (PNA), ADN de fosforotioato y otros
análogos de este tipo y derivados o combinaciones de los mismos.
Como se usa en este documento, el término
"polinucleótido" se refiere un oligómero o polímero que
contiene al menos dos nucleótidos o derivados de nucleótidos
unidos, incluyendo un ácido desoxirribonucleico (ADN) un ácido
ribonucleico (ARN) y un derivado de ADN o ARN que contiene, por
ejemplo, un análogo de nucleótido o un enlace de "estructura"
distinto de un enlace fosfodiéster, por ejemplo, un enlace
fosfotriéster, un enlace fosforamidato, un enlace diéster de
metilfosfonato, un enlace fosforotioato, un enlace tioéster o un
enlace peptídico (ácido péptido nucleico). El termino
"oligonucleótido" también se usa en este documento
esencialmente como sinónimo de "polinucleótido", aunque los
especialistas en la técnica reconocen que los oligonucleótidos, por
ejemplo, cebadores de PCR generalmente tienen menos de
aproximadamente cincuenta a cien nucleótidos de longitud.
Los análogos de nucleótidos contenidos en un
polinucleótido pueden ser, por ejemplo, nucleótidos de masa
modificada que permiten la diferenciación por masa de
polinucleótidos; nucleótidos que contienen un marcador detectable
tal como una marcador fluorescente, radiactivo, colorimétrico,
luminiscente o quimioluminiscente, que permite la detección de un
polinucleótido; o nucleótidos que contienen un grupo reactivo tal
como biotina o un grupo tiol, que facilita la inmovilización de un
polinucleótido en un soporte sólido. Un polinucleótido también
puede contener uno o más enlaces de estructura que sean
selectivamente escindibles, por ejemplo, químicamente,
enzimáticamente o fotolíticamente. Por ejemplo, un polinucleótido
puede incluir uno o más desoxirribonucleótidos seguidos de uno o
más ribonucleótidos, que pueden ir seguidos de uno o más
desoxirribonucleótidos, siendo escindible dicha secuencia en la
secuencia de ribonucleótidos por hidrólisis de bases. Un
polinucleótido también puede contener uno o más enlaces que sean
relativamente resistentes a la escisión, por ejemplo, un cebador
oligonucleotídico quimérico que puede incluir nucleótidos unidos por
enlaces de ácido péptido nucleico y al menos un nucleótido en el
extremo 3', que esté unido por un enlace fosfodiéster o similar y
sea capaz de extenderse por una polimerasa. Pueden prepararse
secuencias de ácido péptido nucleico
usando métodos bien conocidos (véase, por ejemplo, Weiler et al. (1997) Nucleic Acids Res. 25:2792-2799).
usando métodos bien conocidos (véase, por ejemplo, Weiler et al. (1997) Nucleic Acids Res. 25:2792-2799).
Un polinucleótido puede ser una porción de una
molécula de ácido nucleico de mayor tamaño, por ejemplo, una
porción de un gen que puede contener una región polimórfica o una
porción de una región extragénica de un cromosoma, por ejemplo, una
porción de una región de repeticiones de nucleótidos tal como un
locus de repeticiones cortas en tándem (STR), un número variable de
locus de repeticiones en tándem (VNTR), un locus de microsatélite o
un locus de minisatélite. Un polinucleótido también puede ser de
cadena sencilla o cadena doble incluyendo, por ejemplo, un híbrido
de ADN-ARN, o puede ser de cadena triple o de cuatro
cadenas. Cuando el polinucleótido es ADN bicatenario, puede estar
en una configuración, A, B, L o Z y un polinucleótido individual
puede contener combinaciones de dichas configuraciones.
Como se usa en este documento, una
"modificación de masa" con respecto a una biomolécula que se va
a analizar por espectrometría de masas se refiere a la inclusión de
cambios en átomos o grupos constituyentes que cambien el peso
molecular de la molécula resultante en incrementos definidos
detectables por análisis espectrométrico de masas. Las
modificaciones de masa no son radiomarcadores, tales como marcadores
de isótopos o un grupo fluorescente u otros marcadores de este tipo
usados normalmente para detección por medios distintos de
espectrometría de masas.
Como se usa en este documento, el término
"polipéptido" significa al menos dos aminoácidos o derivados de
aminoácidos, incluyendo aminoácidos de masa modificada y análogos
de aminoácidos que están unidos por un enlace peptídico y que
pueden ser un enlace peptídico modificado. Un polipéptido puede
traducirse a partir de un polinucleótido, que puede incluir al
menos una porción de una secuencia codificante o una porción de una
secuencia de nucleótidos que no se traduce de forma natural debido,
por ejemplo, a que está localizada en una fase de lectura distinta
de una fase codificante o a que es una secuencia intrónica, una
secuencia no traducida 3' ó 5', o una secuencia reguladora tal como
un promotor. Un polipéptido también puede sintetizarse químicamente
y puede modificarse por métodos químicos o enzimáticos después de la
traducción o síntesis química. Los términos "polipéptido",
"péptido" y "proteína" se usan esencialmente como
sinónimos en este documento, aunque el especialista reconoce que
los péptidos generalmente contienen menos de aproximadamente
cincuenta a cien restos aminoacídicos y que las proteínas con
frecuencia se obtienen a partir de una fuente natural y pueden
contener, por ejemplo, modificaciones postraduccionales. Un
polipéptido puede modificarse postraduccionalmente mediante, por
ejemplo, fosforilación (fosfoproteínas), glicosilación
(glicoproteínas, proteoglicanos) que puede realizarse en una célula
o en una reacción in vitro.
Como se usa en este documento, el término
"conjugado" se refiere a una unión estable, típicamente en
virtud de una interacción química, incluyendo unión iónica y/o
covalente. Entre los medios de conjugación está la interacción de
estreptavidina o avidina con biotina; interacción hidrófoba;
interacción magnética (por ejemplo, usando perlas magnéticas
funcionalizadas tales como DYNABEADS, que son perlas magnéticas
recubiertas con estreptavidina comercializadas por Dynal, Inc.
Great Neck, NY y Oslo Noruega); interacciones polares tales como
asociaciones "humectantes" entre dos superficies polares o
entre oligo/polietilenglicol; formación de un enlace covalente tal
como un enlace amida, puente disulfuro, enlace tioéter, o mediante
agentes reticulantes; y mediante un enlazador inestable frente a
ácidos o fotoescindible.
Como se usa en este documento, "muestra" se
refiere una composición que contiene un material que se va a
detectar. Para los fines, la muestra se refiere a cualquier cosa
que pueda contener una biomolécula. La muestra puede ser una
muestra biológica tal como un fluido biológico o un tejido biológico
obtenido a partir de cualquier organismo o una célula de o
procedente de un organismo o una partícula viral o porciones de la
misma. Los ejemplos de fluidos biológicos incluyen orina, sangre,
plasma, suero, saliva, semen, heces, esputo, líquido
cefalorraquídeo, lágrimas, moco, esperma, líquido amniótico o
similares. Los tejidos biológicos son agregados de células,
habitualmente de una clase particular, junto con su sustancia
intercelular, que forman uno de los materiales estructurales de una
estructura humana, animal, vegetal, bacteriana, fúngica o viral
incluyendo tejidos conectivo, epitelial, muscular y nervioso. Los
ejemplos de tejidos biológicos también incluyen órganos, tumores,
ganglios linfáticos, arterias y células individuales.
Por lo tanto, las muestras incluyen muestras
biológicas (por ejemplo, cualquier material obtenido a partir de
una fuente procedente de un ser vivo (por ejemplo, un ser humano,
animal, planta, bacteria, hongo, protista, virus). La muestra
biológica puede estar en cualquier forma, incluyendo materiales
sólidos (por ejemplo, tejido, sedimentos celulares y biopsias,
tejidos de cadáveres) y fluidos biológicos (por ejemplo, orina,
sangre, saliva, líquido amniótico y lavado bucal (que contiene
células bucales)). En ciertas realizaciones, los materiales sólidos
están mezclados con un fluido. En realizaciones de este documento,
la muestra para análisis espectrométrico de masas incluye muestras
que contienen una mezcla de matriz usada para análisis
espectrométricos de masas y los complejos de compuesto de
captura/biomolécula.
Como se usa en este documento, la expresión
"soporte sólido" se refiere a un material no gaseoso no líquido
que tiene una superficie. Por lo tanto, un soporte sólido puede ser
una superficie plana construida, por ejemplo, de vidrio, silicio,
metal, plástico o un material compuesto; o puede estar en forma de
una perla tal como un gel de sílice, un vidrio de tamaño de poros
controlado, una perla magnética o de celulosa; o puede ser un pin
incluyendo una matriz de pines adecuada para síntesis o análisis
combinatorio.
Como se usa en este documento, una colección se
refiere a una combinación de 10, 50, 100, 500, 1000 o más miembros.
En particular una colección se refiere a dicha combinación de los
compuestos de captura como se proporciona en este documento.
Como se usa en este documento, una matriz se
refiere a una colección de elementos, tales como los compuestos de
captura. Una matriz direccionable es una en la que los miembros de
la matriz son identificables, típicamente por colocación en un
soporte en fase sólida pero también en virtud de un identificador o
marcador detectable. Por lo tanto, en general, los miembros de una
matriz se van a inmovilizar en loci identificables separados en la
superficie en una fase sólida. Una pluralidad de los compuestos está
unida a un soporte, tal como una matriz en la superficie de un
soporte, tal como una microplaca de silicio u otra superficie,
generalmente por unión de la funcionalidad de separación con un
grupo o compuesto en la superficie del soporte. El direccionamiento
puede conseguirse por marcaje de cada miembro electrónicamente, tal
como con un marcador de radiofrecuencia (RF) mediante el uso de
perlas de color codificado u otros marcadores identificables de este
tipo y de color codificado y mediante el peso molecular. Estos
marcadores para direccionamiento sirven como funciones de separación
"Q". Por lo tanto, en general, los miembros de la matriz se
inmovilizan en loci identificables separados en la superficie de
una fase sólida o directamente o indirectamente unidos a o asociados
de otro modo con el marcador identificable, tales como fijados a
una microesfera u otro soporte particulado (denominado en este
documento perlas) y suspendido en solución o extendido en una
superficie.
Como se usa en este documento, "sustrato"
se refiere a un soporte insoluble sobre el que se deposita una
muestra y/o matriz. El soporte puede fabricarse de prácticamente
cualquier material insoluble o sólido. Por ejemplo, gel de sílice,
vidrio (ejemplo, vidrio de tamaño de poro controlado (CEPG)), nylon,
resina de Wang, resina de Merrifield, dextrano reticulado con
epiclorohidrina (por ejemplo, Sephadex®), agarosa (por ejemplo,
Sepharose®), celulosa, perlas magnéticas, Dynabeads, una superficie
metálica (por ejemplo, acero, oro, plata, aluminio, silicio y
cobre), un material plástico (por ejemplo, polietileno,
polipropileno, poliamida, poliéster y fluoruro de polivinilideno
(PVDF)). El sustrato ejemplar incluye, pero sin limitación, perlas
(por ejemplo, gel de sílice, vidrio de tamaño de poro controlado,
magnético, de dextrano reticulado con epiclorohidrina (por ejemplo,
Sephadex®), agarosa (por ejemplo, Sepharose®), celulosa), capilares,
soportes planos tales como filtros de fibra de vidrio, superficies
de vidrio, superficies metálicas (acero, oro, plata, aluminio, cobre
y silicio), materiales plásticos incluyendo placas multipocillo o
membranas (por ejemplo, de polietileno, polipropileno, poliamida o
difluoruro de polivinilideno), pins (por ejemplo, matrices de pins
adecuadas para síntesis o análisis combinatorio o perlas en hoyos
de superficies planas tales como obleas (por ejemplo, obleas de
silicio), con o sin placas de filtro. El soporte sólido está en
cualquier forma deseada, incluyendo pero sin limitación una perla,
capilar, placa, membrana, oblea, peine, pin, una oblea con hoyos,
una matriz de hoyos o pocillos de nanolitros y otras geometrías y
formas conocidas por los especialistas en la técnica. Los soportes
incluyen superficies planas diseñadas para recibir o unir muestras
en loci separados. En una realización, las superficies planas
incluyen las que tienen regiones hidrófobas rodeando loci hidrófilos
para recibir, contener o unirse a una muestra.
Los soportes pueden ser particulados o pueden
estar en forma de una superficie continua, tal como una placa o
pocillo de microtitulación, un portaobjetos de vidrio, una
microplaca de silicio, una lámina de nitrocelulosa, una malla de
nylon u otros materiales de este tipo. Cuando son particulados,
típicamente las partículas tienen al menos una dimensión en el
intervalo de 5-10 mm o inferior. Dichas partículas,
denominadas en conjunto en este documento "perlas" son con
frecuencia, pero no necesariamente, esféricas. La referencia a
"perlas", sin embargo, no limita la geometría de la matriz que
puede tener cualquier forma, incluyendo formas aleatorias, agujas,
fibras y alargadas. También se contemplan las "perlas",
particularmente microesferas que son suficientemente pequeñas para
usarse en la fase líquida. Las "perlas" pueden incluir
componentes adicionales tales como partículas magnéticas o
paramagnéticas (véase, por ejemplo, Dynabeads (Dynal, Oslo,
Noruega)) para la separación usando imanes, siempre que los
componentes adicionales no interfieran con los métodos y análisis de
este documento.
Como se usa este documento, "polimorfismo"
se refiere a la coexistencia de más de una forma de un gen o porción
del mismo. Una porción de un gen del que existen al menos dos
formas diferentes, por ejemplo, dos secuencias de nucleótidos
diferentes, se denomina "región polimórfica de un gen". Una
región polimórfica puede ser un solo nucleótido, por ejemplo, un
polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) cuya identidad difiere en
diferentes alelos. Una región polimórfica también puede tener varios
nucleótidos de longitud.
Como se usa en este documento, la expresión
"gen polimórfico" se refiere a un gen que tiene al menos una
región polimórfica.
Como se usa en este documento "alelo", que
se usa de forma indistinta en este documento con "variante
alélica", se refiere a formas alternativas de un gen o porciones
del mismo. Los alelos ocupan el mismo locus o posición en
cromosomas homólogos. Cuando un sujeto tiene dos alelos idénticos de
un gen, se dice que el sujeto es homocigoto para el gen o alelo.
Cuando un sujeto tiene dos alelos diferentes de un gen, se dice que
el sujeto es heterocigoto para el gen. Los alelos de un gen
específico pueden diferir entre sí en un solo nucleótido o varios
nucleótidos y pueden incluir sustituciones, deleciones e
inserciones de nucleótidos. Un alelo de un gen también puede ser una
forma de un gen que contiene una mutación.
Como se usa en este documento, "alelo
predominante" se refiere a un alelo que está representado en la
mayor frecuencia para una población dada. El alelo o alelos que
están presentes con menor frecuencia se denominan variantes
alélicas.
Como se usa en este documento, el término
"asociado" se refiere a la coincidencia con el desarrollo o
manifestación de una enfermedad, afección o fenotipo. La asociación
puede deberse a, pero sin limitación, genes responsables de
funciones constitutivas cuya alteración puede proporcionar el
fundamento para una diversidad de enfermedades y afecciones, los
que son parte de una ruta que está implicada en una enfermedad,
afección o fenotipo específico y los que contribuyen indirectamente
a la manifestación enfermedad, afección o fenotipo.
Como se usa en este documento, el término
"sujeto" se refiere a un organismo vivo, tal como un mamífero,
una planta, un hongo, un invertebrado, un pez, un insecto, un
organismo patógeno, tal como un virus o una bacteria e incluye seres
humanos y otros mamíferos.
Como se usa en este documento, el término
"gen" o "gen recombinante" se refiere a una molécula de
ácido nucleico que contiene una fase de lectura abierta e incluye al
menos un exón y (opcionalmente) una secuencia intrónica. Un gen
puede ser ARN o ADN. Los genes pueden incluir regiones que preceden
y siguen a la región codificante.
Como se usa en este documento, el término
"intrón" se refiere a un fragmento de ADN presente en un gen
dado que se elimina por corte y empalme durante la maduración del
ARNm.
Como se usa en este documento, la expresión
"secuencia de nucleótidos complementaria a la secuencia de
nucleótidos que se expone en la SEC ID Nº: x" se refiere a la
secuencia nucleótidos de la cadena complementaria de una cadena de
ácido nucleico que tiene la SEC ID Nº: x. La expresión "cadena
complementaria" se usa en este documento de forma indistinta con
el término "complementario". La complementaria de una cadena de
ácido nucleico puede ser la complementaria de una cadena
codificante o la complementaria de una cadena no codificante. Cuando
se hace referencia a ácidos nucleicos de doble cadena, la
complementaria de un ácido nucleico que tiene la SEC ID Nº: x se
refiere a la cadena complementaria de la cadena que tiene la SEC ID
Nº: x o a cualquier ácido nucleico que tenga la secuencia de
nucleótidos de la cadena complementaria de la SEC ID Nº: x. Cuando
se hace referencia a un ácido nucleico de cadena sencilla que tiene
la secuencia de nucleótidos la SEC ID Nº: x, la complementaria de
este ácido nucleico es un ácido nucleico que tiene una secuencia de
nucleótidos que es complementaria a la de la SEC ID Nº: x.
Como se usa en este documento, la expresión
"secuencia codificante" se refiere a la porción de un gen que
codifica un aminoácido que constituye un polipéptido o proteína.
Como se usa en este documento, la expresión
"cadena con sentido" se refiere a la cadena de una molécula de
ácido nucleico de cadena sencilla que tiene la secuencia del ARNm
que codifica la secuencia de aminoácidos codificada por la molécula
de ácido nucleico de doble cadena.
Como se usa en este documento, la expresión
"cadena antisentido" se refiere a la cadena de una molécula de
ácido nucleico de doble cadena que es la complementaria de la
secuencia del ARNm que codifica la secuencia de aminoácidos
codificada por la molécula de ácido nucleico de doble cadena.
Como se usa en este documento, los aminoácidos
que aparecen en las diversas secuencias de aminoácidos que aparecen
en este documento se identifican de acuerdo con sus abreviaturas de
tres letras o una letra bien conocidas. Los nucleótidos que
aparecen en los diversos fragmentos de ADN se designan con las
designaciones de una sola letra convencionales usadas de forma
rutinaria en la técnica (véase la Tabla 1).
Como se usa en este documento, el resto
aminoacídico se refiere a un aminoácido formado por digestión
química (hidrólisis) de un polipéptido en sus enlaces peptídicos.
Los restos aminoacídicos descritos en este documento están, en
ciertas realizaciones, en la forma isomérica "L". Los restos en
la forma isomérica "D" pueden sustituir a cualquier resto
aminoacídico "L" siempre que la propiedad funcional deseada se
conserve por el polipéptido. NH_{2} se refiere al grupo amino
libre presente en el extremo amino de un polipéptido. COOH se
refiere al grupo carboxi libre presente en el extremo carboxilo de
un polipéptido. De acuerdo con la nomenclatura polipeptídica
convencional descrita en J. Biol. Chem., 243:3552-59
(1969) y adoptada en la Norma 37 C.F.R. \NAK \NAK
1.821-1.822, en la siguiente Tabla se muestran
abreviaturas para restos aminoacídicos:
Debe señalarse que todas los secuencias de
restos aminoacídicos representadas en este documento por fórmulas
tienen una orientación de izquierda a derecha en la dirección
convencional del extremo amino al extremo carboxilo. Además, la
expresión "resto aminoacídico" se define en sentido amplio para
incluir los aminoácidos enumerados en la Tabla de correspondencia y
aminoácidos modificados y poco habituales tales como los que se
mencionan en la Norma 37 C.F.R. \NAK \NAK
1.821-1.822. Además, debe señalarse que un guión al
comienzo o al final de una secuencia de restos aminoacídicos indica
un enlace peptídico con una secuencia adicional de uno o más restos
aminoacídicos o con un grupo amino terminal tal como NH_{2} o con
un grupo carboxilo terminal tal como COOH.
En un péptido o proteína, se conocen
sustituciones conservativas adecuadas de aminoácidos por los
especialistas en la técnica y pueden realizarse generalmente sin
alterar la actividad biológica de la molécula resultante. Los
especialistas en esta técnica reconocen que, en general,
sustituciones de un solo aminoácido en regiones no esenciales de un
polipéptido no alteran sustancialmente la actividad biológica
(véase, por ejemplo, Watson et al. Molecular Biology of the
Gene, 4th Edition, 1987, The Benjamin/Cummings Pub. co., pág.
224).
Dichas sustituciones pueden realizarse de
acuerdo con lo expuesto en la Tabla 2, de la forma siguiente:
También pueden permitirse otras sustituciones y
pueden determinarse empíricamente o de acuerdo con sustituciones
conservativas conocidas.
Como se usa en este documento, un homólogo de
ADN o ácido nucleico se refiere a un ácido nucleico que incluye una
secuencia de nucleótidos conservada preseleccionada, tal como una
secuencia que codifica un polipéptido terapéutico. Mediante la
expresión "sustancialmente homólogo" se entiende que tiene una
homología de al menos el 80%, al menos el 90% y al menos el 95% con
la misma o un porcentaje menor de homología o identidad y actividad
o función biológica conservada.
Los términos "homología" e "identidad"
se usan con frecuencia de forma indistinta. A este respecto, puede
determinarse el porcentaje de homología o identidad, por ejemplo,
por comparación de información de secuencia usando un programa
informático GAP. El programa GAP usa el método de alineamiento de
Needleman y Wunsch (J. Mol. Biol. 48:443 (1970), revisado por Smith
y Waterman (Adv. Appl. Math. 2:482 (1981)). En resumen, el programa
GAP define la similitud como el número de símbolos alineados (por
ejemplo, nucleótidos o aminoácidos) que son similares, dividido por
el número total de símbolos en la más corta de las dos secuencias.
Los parámetros por defecto del programa GAP pueden incluir: (1) una
matriz de comparación unitaria (que contiene un valor de 1 para
identidades y de 0 para no identidades) y la matriz de comparación
ponderada de Gribskov y Burgess, Nucl. Acids Res. 14: 6745 (1986),
como se describe por Schwartz y Dayhoff, eds., ATLAS OF PROTEIN
SEQUENCE AND STRUCTURE, National Biomedical Research Foundation,
págs. 353-358 (1979); (2) una penalización de 3,0
por cada hueco y una penalización adicional de 0,10 por cada símbolo
en cada hueco; y (3) ninguna penalización para huecos
terminales.
Puede determinarse si dos moléculas de ácido
nucleico cualesquiera tienen secuencias de nucleótidos que tienen
una "identidad" de al menos el 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%,
98% ó 99% usando algoritmos informáticos conocidos tales como el
programa "FAST A" usando, por ejemplo, los parámetros por
defecto de Pearson y Lipman, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:2444
(1988). Como alternativa, puede usarse la función BLAST de la base
de datos del National Center for Biotechnology Information para
determinar la identidad.
En general, las secuencias se alinean de modo
que se obtiene el emparejamiento de mayor orden. La "identidad"
por sí misma tienen un significado reconocido en la técnica y puede
calcularse usando técnicas publicadas (véase, por ejemplo,
Computational Molecular Biology, Lesk, A.M., ed., Oxford University
Press, Nueva York, 1988; Biocomputing: Informatics and Genome
Projects, Smith, D.W., ed., Academic Press, Nueva York, 1993;
Computer Analysis of Sequence Data, Part I, Griffin, A.M., y
Griffin, H.G., eds., Humana Press, Nueva Jersey, 1994; Sequence
Analysis in Molecular Biology, von Heinje, G., Academic Press, 1987;
y Sequence Analysis Primer, Gribskov, M. and Devereux, J., eds., M
Stockton Press, Nueva York, 1991). Aunque existen varios métodos
para medir la identidad entre dos secuencias polinucleotídicas o
polipeptídicas, el término "identidad" es bien conocido por
los especialistas en la técnica (Carillo, H. & Upton, D., SIAM J
Applied Math 48:1073 (1988)). Los métodos empleados comúnmente para
determinar la identidad o similitud entre dos secuencias incluyen,
pero sin limitación, los descritos en Guide to Huge Computers,
Martin J. Bishop, ed., Academic Press, San Diego, 1994, y Carillo,
H. & Upton, D., SIAM J Applied Math 48:1073 (1988). Los métodos
para determinar la identidad y la similitud están codificados en
programas informáticos. Los métodos de programas informáticos para
determinar la identidad y similitud entre dos secuencias incluyen,
pero sin limitación, el paquete del programa GCG (Devereux, J.,
et al., Nucleic Acids Research 12(l):387 (1984)),
BLASTP, BLASTN, FASTA (Atschul, S.F., et al., J Molec Biol
215:403 (1990)).
Por lo tanto, como se usa en este documento, el
término "identidad" representa una comparación entre un
polipéptido o polinucleótido de ensayo y uno de referencia. Por
ejemplo, un polipéptido de ensayo puede definirse como cualquier
polipéptido que tenga una identidad del 90% o superior con un
polipéptido de referencia.
Como se usa en este documento, la expresión al
menos "una identidad del 90%" se refiera a porcentajes de
identidades del 90 al 99,99% con respecto a los polipéptidos de
referencia. La identidad a un nivel del 90% o superior es
indicativa del hecho de que, asumiendo con fines de ejemplificación,
se comparan un polipéptido de ensayo y de referencia de una
longitud de 100 aminoácidos. No más del 10% (por ejemplo, 10 de 100)
de los aminoácidos en el polipéptido de ensayo difieren de los
polipéptidos de referencia. Pueden realizarse comparaciones
similares entre polinucleótidos de ensayo y de referencia. Dichas
diferencias pueden presentarse como mutaciones puntuales
distribuidas aleatoriamente a lo largo de longitud completa de una
secuencia de aminoácidos o pueden agruparse en una o más
localizaciones de longitud variable hasta un máximo permisible, por
ejemplo, una diferencia de 10/100 aminoácidos (identidad de
aproximadamente el 90%). Las diferencias se definen como
sustituciones de ácido nucleico o aminoácidos o deleciones.
Como se usa en este documento: la rigurosidad de
hibridación en la determinación del porcentaje del emparejamiento
erróneo es de la forma siguiente:
1) alta rigurosidad: SSPE 0,1 x, SDS al 0,1%,
65ºC
2) rigurosidad media: SSPE 0,2 x, SDS al 0,1%,
50ºC
3) rigurosidad baja: SSPE 1,0 x, SDS al 0,1%,
50ºC
Los especialistas en esta técnica saben que la
etapa de lavado selecciona híbridos estables y también conocen los
ingredientes del SSPE (véase, por ejemplo, Sambrook, E.F. Fritsch,
T. Maniatis, en: Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold
Spring Harbor Laboratory Press (1989), vol. 3, pág. B.13, véanse
también numerosos catálogos que describen soluciones de laboratorio
usadas comúnmente). El SSPE es NaCl 0,18 tamponado con fosfato a pH
7,4. Además, los especialistas en la técnica reconocen que la
estabilidad de los híbridos se determina por la T_{m}, que es una
función de la concentración de ión sodio y la temperatura (T_{m} =
81,5ºC-16,6 (log_{10}[Na^{+}]) + 0,41
(%G + C) - 600/l), de modo que los únicos parámetros en las
condiciones de lavado críticos para la estabilidad del híbrido son
la concentración de ión sodio en el SPPE (o SSC) y la
temperatura.
Se entiende que pueden conseguirse rigurosidades
equivalentes usando tampones alternativos, sales y temperaturas. A
modo de ejemplo y sin limitación, son procedimientos que usan
condiciones de baja rigurosidad los siguientes (véase también Shilo
y Weinberg, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 78:6789-6792
(1981)): se pretratan filtros que contienen ADN durante 6 horas a
40ºC en una solución que contiene formamida al 35%, SSC 5X,
Tris-HCI 50 mM (pH 7,5), EDTA 5 mM, PVP al 0,1%,
Ficoll al 0,1%, BSA al 1% y ADN de esperma de salmón desnaturalizado
a una concentración de 500 \mug/ml (SSC 10X es cloruro de sodio
1,5 M y citrato de sodio 0,15 M, ajustado a un pH de 7).
Las hibridaciones se realizan en la misma
solución con las siguientes modificaciones: PVP al 0,02%, Ficoll al
0,02%, BSA al 0,2% y ADN de esperma de salmón a 100 \mug/ml,
sulfato de dextrano al 10% (p/vol) y se usan 5-20 X
10^{6} cpm de sonda marcada con ^{32}P. Los filtros se incuban
en mezcla de hibridación durante 18-20 horas a 40ºC
y después de lavan durante 1,5 horas a 55ºC en una solución que
contiene SSC 2X, Tris-HCl 25 mM (pH 7,4), EDTA 5
mM, y SDS al 0,1%. La solución de lavado se reemplaza con solución
recién preparada y se incuba 1,5 horas adicionales a 60ºC. Los
filtros se secan con papel secante y se exponen a autorradiografía.
Si es necesario, los filtros se lavan una tercera vez a
65-68ºC y se vuelven a exponer a la película. Otras
condiciones de baja rigurosidad que pueden usarse se conocen bien en
la técnica (por ejemplo, como se emplean para hibridaciones entre
especies).
A modo de ejemplo y sin limitación, los
procedimientos que usan condiciones de rigurosidad moderada
incluyen, por ejemplo, pero sin limitación, los siguientes: se
pretratan filtros que contienen ADN durante 6 horas a 55ºC en una
solución que contiene SSC 6X, solución de Denhart 5X, SDS al 0,5% y
ADN de esperma de salmón desnaturalizado a 100 \mug/ml. Las
hibridaciones se llevan a cabo en la misma solución y se usan
5-20 X 10^{6} cpm de sonda marcada con ^{32}P.
Los filtros se incuban en mezcla de hibridación durante
18-20 horas a 55ºC y después se lavan dos veces
durante 30 minutos a 60ºC en una solución que contienen SSC 1X y SDS
al 0,1%. Los filtros se secan con papel secante y se exponen a
autorradiografía. Otras condiciones de rigurosidad moderada que
pueden usarse son bien conocidas en la técnica. El lavado de los
filtros se realiza a 37ºC durante 1 hora en una solución que
contiene SSC 2X y SDS al 0,1%.
A modo de ejemplo y no como limitación, son
procedimientos que usan condiciones de alta rigurosidad los
siguientes: se lleva a cabo una hibridación previa de filtros que
contienen ADN durante un periodo de 8 horas a una noche a 65ºC en
tampón compuesto por SSC 6X, Tris-HCl 50 mM (pH
7,5), EDTA 1 mM, PVP al 0,02%, Ficoll al 0,02%, BSA al 0,02% y ADN
de esperma de salmón desnaturalizado a una concentración de 500
\mug/ml. Los filtros se hibridan durante 48 horas a 65ºC en
mezcla de prehibridación que contiene 100 \mug/ml de ADN de
esperma de salmón desnaturalizado y 5-20 X 10^{6}
cpm de sonda marcada con ^{32}P. El lavado de los filtros se
realiza a 37ºC durante 1 hora en una solución que contiene SSC 2X,
PVP al 0,01%, Ficoll al 0,01% y BSA al 0,01%. Esto se continúa por
un lavado en SSC 0,1 X a 50ºC durante por 45 minutos antes de la
autorradiografía. Otras condiciones de alta rigurosidad que pueden
usarse son bien conocidas en la técnica.
Las expresiones sustancialmente idéntica o
sustancialmente homóloga o similares varían con el contexto como
entienden los especialistas en la técnica pertinente y generalmente
significan una identidad de al menos el 60% o el 70%,
preferiblemente significa al menos el 80%, el 85% o más,
preferiblemente al menos el 90% y más preferiblemente de al menos el
95%.
Debe entenderse que los compuestos
proporcionados en este documento pueden contener centros quirales.
Dichos centros quirales pueden ser de la configuración (R) o (S) o
pueden ser una mezcla de las mismas. Por lo tanto, los compuestos
que se proporcionan en este documento pueden ser enantioméricamente
puros o ser mezclas estereoisoméricas o diastereoméricas. En el
caso de restos aminoacídicos, dichos restos pueden ser la forma L o
D. En una realización, la configuración para restos aminoacídicos
naturales es L.
Como se usa en este documento, sustancialmente
puro significa suficientemente homogéneo para aparecer libre de
impurezas fácilmente detectables como se determina por métodos
convencionales de análisis tales como cromatografía de capa fina
(TLC), electroforesis en gel, cromatografía líquida de alto
rendimiento (HPLC) y espectrometría de masas (MS), usados por los
especialistas en la técnica para evaluar dicha pureza, o
suficientemente puro para que una purificación adicional no
alterare de forma detectable las propiedades físicas y químicas,
tales como actividades enzimáticas y biológicas de la sustancia.
Los especialistas en la técnica conocen métodos para la
purificación de los compuestos para producir compuestos químicamente
puros de manera sustancial. Un compuesto químicamente puro de
manera sustancial puede, sin embargo, ser una mezcla de
estereoisómeros. En dichos casos, una purificación adicional podría
aumentar la actividad específica del compuesto.
Como se usa en este documento, un enlace o resto
escindible se refiere a un enlace o resto que se escinde o puede
escindirse en las condiciones específicas, tales como químicamente,
enzimáticamente o fotolíticamente. Cuando no se especifique en este
documento, dicho enlace es escindible en condiciones de análisis de
MALDI-MS, tal como por un láser UV o IR.
Como se usa en este documento, un resto
"selectivamente escindible" es un resto que puede escindirse
selectivamente sin afectar o alterar la composición de las otras
porciones del compuesto de interés. Por ejemplo, un resto
escindible L de los compuestos que se proporcionan en este documento
es uno que puede escindirse por medios químicos, enzimáticos,
fotolíticos u otros sin afectar o alterar la composición (por
ejemplo, la composición química) de la biomolécula conjugada,
incluyendo una proteína. Los restos "no escindibles" son los
que no pueden escindirse selectivamente sin afectar o alterar la
composición de las otras porciones del compuesto de interés.
Como se usa en este documento, la unión con alta
afinidad se refiere a una unión que tiene una constante de
asociación k_{a} de al menos 10^{9} y generalmente de 10^{10},
10^{11} litros/mol o superior, o una K_{eq} de 10^{9},
10^{10}, 10^{11}, 10^{12} o superior. Para los fines de este
documento, son enlaces de alta afinidad formados por los grupos de
reactividad los que son estables al láser (UV e IR) usados en
análisis de MALDI-MS.
Como se usa en este documento, "alquilo",
"alquenilo" y "alquinilo", si no se especifica, contienen
de 1 a 20 carbonos, o de 1 a 16 carbonos y son cadenas de carbono
lineales o ramificadas. Las cadenas de carbono de alquenilo son de
2 a 20 carbonos y, en ciertas realizaciones, contienen de 1 a 8
dobles enlaces. Las cadenas de carbono de alquenilo de 1 a 16
carbonos, en ciertas realizaciones, contienen de 1 a 5 dobles
enlaces. Las cadenas de carbono de alquinilo son de 2 a 20 carbonos
y en una realización contienen de 1 a 8 triples enlaces. Las
cadenas de carbono de alquinilo de 2 a 16 carbonos, en ciertas
realizaciones, contienen de 1 a 5 triples enlaces. Los grupos
alquilo, alquenilo y alquinilo ejemplares incluyen, pero sin
limitación, metilo, etilo, propilo, isopropilo, isobutilo,
n-butilo, sec-butilo,
terc-butilo, isopentilo, neopentilo,
terc-pentilo e isohexilo. Los grupos alquilo,
alquenilo y alquinilo, a menos que se especifique otra cosa, pueden
sustituirse opcionalmente con uno o más grupos, incluyendo
sustituyentes de grupo alquilo que pueden ser iguales o
diferentes.
Como se usa en este documento, "alquilo
inferior", "alquenilo inferior" y "alquinilo inferior"
se refieren a cadenas de carbono que tienen menos de aproximadamente
6 carbonos.
Como se usa en este documento,
"alqu(en)(in)ilo" se refiere a un grupo alquilo
que contiene al menos un doble enlace y al menos un triple
enlace.
Como se usa en este documento, un
"sustituyente de grupo alquilo " incluye, pero sin limitación,
halo, haloalquilo, incluyendo halo alquilo inferior, arilo,
hidroxi, alcoxi, ariloxi, alquiloxi, alquiltio, ariltio,
aralquiloxi, aralquiltio, carboxi alcoxicarbonilo, oxo y
cicloalquilo.
Como se usa en este documento, "arilo" se
refiere a grupos aromáticos que contienen de 5 a 20 átomos de
carbono y pueden ser un sistema de anillos mono-, multicíclicos o
condensados. Los grupos arilo incluyen, pero sin limitación,
fenilo, naftilo, bifenilo, fluorenilo y otros que pueden estar sin
sustituir o sustituidos con uno o más sustituyentes.
Como se usa en este documento, "arilo"
también se refiere a grupos arilo, incluyendo, pero sin limitación,
grupos ariloxi, ariltio, arilcarbonilo y arilamino.
Como se usa en este documento, un
"sustituyente de grupo arilo" incluye, pero sin limitación,
alquilo, alquenilo, alquinilo, cicloalquilo, cicloalquilalquilo,
arilo, heteroarilo opcionalmente sustituido con 1 o más, incluyendo
de 1 a 3, sustituyentes seleccionados entre halo, halo alquilo y
alquilo, aralquilo, heteroaralquilo, alquenilo que contiene de 1 a
2 dobles enlaces, alquinilo que contiene de 1 a 2 triples enlaces,
grupos alqu(en)(in)ilo, halo, pseudohalo, ciano,
hidroxi, haloalquilo y polihaloalquilo, incluyendo halo alquilo
inferior, especialmente trifluorometilo, formilo, alquilcarbonilo,
arilcarbonilo que está opcionalmente sustituido con 1 o más,
incluyendo de 1 a 3, sustituyentes seleccionados entre halo, halo
alquilo y alquilo, heteroarilcarbonilo, carboxi, alcoxicarbonilo,
ariloxicarbonilo, aminocarbonilo, alquilaminocarbonilo,
dialquilaminocarbonilo, arilaminocarbonilo, diarilaminocarbonilo,
aralquilaminocarbonilo, alcoxi, ariloxi, perfluoroalcoxi,
alqueniloxi, alquiniloxi, arilalcoxi, aminoalquilo,
alquilaminoalquilo, dialquilaminoalquilo, arilaminoalquilo, amino,
alquilamino, dialquilamino, arilamino, alquilarilamino,
alquilcarbonilamino, arilcarbonilamino, azido, nitro, mercapto,
alquiltio, ariltio, perfluoroalquiltio, tiociano, isotiociano,
alquilsulfinilo, alquilsulfonilo, arilsulfinilo, arilsulfonilo,
aminosulfonilo, alquilaminosulfonilo, dialquilaminosulfonilo y
arilaminosulfonilo.
Como se usa en este documento, "aralquilo"
se refiere a un grupo alquilo en el que uno de los átomos de
hidrógeno del alquilo se reemplaza por un grupo arilo.
Como se usa en este documento,
"heteroaralquilo" se refiere a un grupo alquilo en el que uno
de los átomos de hidrógeno del alquilo se reemplaza por un grupo
heteroarilo.
Como se usa en este documento,
"cicloalquilo" se refiere a un sistema de anillos mono- o
multicílicos saturados, en una realización, de 3 a 10 átomos de
carbono o de 3 a 6 átomos de carbono; cicloalquenilo y
cicloalquinilo se refieren a sistemas de anillo mono- o
multicíclicos que incluyen respectivamente al menos un doble enlace
y al menos un triple enlace. Los grupos cicloalquenilo y
cicloalquinilo pueden contener, en una realización, de 3 a 10
átomos de carbono, con grupos cicloalquenilo, en otras
realizaciones, que contienen de 4 a 7 átomos de carbono y grupos
cicloalquinilo, en otras realizaciones, que contienen de 8 a 10
átomos de carbono. Los sistemas de anillo de los grupos
cicloalquilo, cicloalquenilo y cicloalquinilo pueden estar
compuestos por un anillo o por dos o más anillos que pueden unirse
de una forma condensada, enlazada o
espiro-conectada, y pueden estar opcionalmente
sustituidos con uno o más sustituyentes de grupo alquilo.
"Cicloalqu(en)(in)ilo" se refiere a un grupo
cicloalquilo que contiene al menos un doble enlace y al menos un
triple enlace.
Como se usa en este documento,
"heteroarilo" se refiere a un sistema de anillos monocíclicos o
multicíclicos, en una realización de aproximadamente 5 a
aproximadamente 15 miembros donde uno o más, o de 1 a 3, de los
átomos del sistema de anillos es un heteroátomo, que es un elemento
distinto de carbono, por ejemplo, átomos de nitrógeno, oxígeno y
azufre. El heteroarilo puede estar opcionalmente sustituido con uno
o más, incluyendo de 1 a 3, sustituyentes de grupo arilo. El grupo
heteroarilo puede estar opcionalmente condensado con un anillo de
benceno. Los grupos heteroarilo ejemplares incluyen, pero sin
limitación, pirroles, porfirinas, furanos, tiofenos, selenofenos,
pirazoles, imidazoles, triazoles, tetrazoles, oxazoles, oxadiazoles,
tiazoles, tiadiazoles, indoles, carbazoles, benzofuranos,
benzotiofenos, indazoles, bencimidazoles, benzotriazoles,
benzoxatriazoles, benzotiazoles, benzoselenozoles,
benzotiadiazoles, benzoselenodiazoles, purinas, piridinas,
piridazinas, pirimidinas, pirazinas, pirazinas, triazinas,
quinolinas, acridinas, isoquinolinas, cinnolinas, ftalazinas,
quinazolinas, quinoxalinas, fenazinas, fenantrolinas, imidazinilo,
pirrolidinilo, pirimidinilo, tetrazolilo, tienilo, piridilo,
pirrolilo, N-metilpirrolilo, quinolinilo e
isoquinolinilo.
Como se usa en este documento,
"heteroarilo" también se refiere a grupos que contienen
heteroarilo, incluyendo, pero sin limitación, heteroariloxi,
heteroariltio, heteroarilcarbonilo y heteroarilamino.
Como se usa en este documento,
"heterocíclico" se refiere a un sistema de anillos monocíclicos
o multicíclicos, en una realización de 3 a 10 miembros, en otra
realización de 4 a 7 miembros, incluyendo de 5 a 6 miembros, donde
uno o más, incluyendo de 1 a 3 de los átomos del sistema de anillos
es un heteroátomo, que es un elemento distinto de carbono, por
ejemplo, átomos de nitrógeno, oxígeno y azufre. El heterociclo puede
estar opcionalmente sustituido con uno o más, o de 1 a 3
sustituyentes de grupo arilo. En ciertas realizaciones, los
sustituyentes del grupo heterocíclico incluyen hidroxi, amino,
alcoxi que contiene de 1 a 4 átomos de carbono, halo alquilo
inferior, incluyendo trihalometilo, tal como trifluorometilo, y
halógeno. Como se usa en este documento, el término heterociclo
puede incluir referencia a heteroarilo.
Como se usa en este documento, la nomenclatura
alquilo, alcoxi, carbonilo, etc., se usa tal como se entiende de
forma general por los especialistas en la técnica. Por ejemplo, como
se usa en este documento, alquilo se refiere a cadenas de carbonos
saturadas que contienen uno o más carbonos; las cadenas pueden ser
lineales o ramificadas, incluir porciones cíclicas o ser
cíclicas.
Cuando no se especifica el número de cualquier
sustituyente dado (por ejemplo, "haloalquilo"), puede haber
uno o más sustituyentes presentes. Por ejemplo, "haloalquilo"
puede incluir uno o más de los mismos o distintos halógenos. Como
otro ejemplo, "alcoxifenilo C_{1-3}" puede
incluir uno o más de los mismos o distintos grupos alcoxi que
contienen 1, 2 ó 3 carbonos.
Cuando los sustituyentes nombrados tales como
carboxi o sustituyentes representados por variables tales como W se
encierran por separado entre paréntesis, y sin embargo no poseen
ningún subíndice fuera del paréntesis que indique el valor numérico
y que sigue a los sustituyentes que no están entre paréntesis, por
ejemplo, "alquil
C_{1-4}(W)(carboxi)", cada uno de
"W" y "carboxi" está unido directamente al alquilo
C_{1-4}.
Como se usa en este documento, "halógeno" o
"haluro" se refiere a F, Cl, Br o I.
Como se usan en este documento, los
pseudohaluros son compuestos que se comportan de forma
sustancialmente similar a los haluros. Dichos compuestos pueden
usarse de la misma manera y tratarse de la misma manera que los
haluros (X^{-}, donde X es a halógeno, tal como Cl o Br). Los
pseudohaluros incluyen, pero sin limitación, cianuro, cianato,
isocianato, tiocianato, isotiocianato, selenocianato,
trifluorometoxi y azida.
Como se usa en este documento,
"haloalquilo" se refiere a un radical alquilo inferior en el
que uno o más de los átomos de hidrógeno se reemplazan por
halógeno, incluyendo, pero sin limitación, clorometilo,
trifluorometilo,
1-cloro-2-fluoroetilo
y similares.
Como se usa en este documento, "haloalcoxi"
se refiere a RO^{-} donde R es un grupo haloalquilo.
Como se usa en este documento, "sulfinilo"
o "tionilo" se refiere a -S(O)-. Como se usa en este
documento, "sulfonilo" o "sulfurilo" se refiere a
-S(O)_{2}-. Como se usa en este documento,
"sulfo" se refiere a -S(O)_{2}O-.
Como se usa en este documento, "carboxi" se
refiere a un radical divalente, -C(O)O-. Como se usa
en este documento, "aminocarbonilo" se refiere a
-C(O)NH_{2}.
Como se usa en este documento,
"alquilaminocarbonilo" se refiere a -C(O)NHR
donde R es hidrógeno o alquilo, incluyendo alquilo inferior.
Como se usa en este documento
"dialquilaminocarbonilo", como se usa en este documento, se
refiere a -C(O)NR'R donde R' y R se seleccionan
independientemente entre hidrógeno o alquilo, incluyendo alquilo
inferior. Como se usa en este documento, "carboxamida" se
refiere a grupos de fórmula -NR'COR.
Como se usa en este documento,
"diarilaminocarbonilo" se refiere a -C(O)NRR'
donde R y R' se seleccionan independientemente entre arilo,
incluyendo arilo inferior, tal como fenilo.
Como se usa en este documento,
"aralquilaminocarbonilo" se refiere a -C(O)NRR'
donde uno de R y R' es arilo, incluyendo arilo inferior, tal como
fenilo, y el otro de R y R' es alquilo, incluyendo alquilo
inferior.
Como se usa en este documento,
"arilaminocarbonilo" se refiere a -C(O)NHR donde
R es arilo, incluyendo arilo inferior, tal como fenilo.
Como se usa en este documento,
"alcoxicarbonilo" se refiere a -C(O)OR donde R es
alquilo, incluyendo alquilo inferior.
Como se usa en este documento,
"ariloxicarbonilo" se refiere a -C(O)OR donde R
es arilo, incluyendo arilo inferior, tal como fenilo.
Como se usa en este documento, "alcoxi" y
"alquiltio" se refieren a RO- y RS-, donde R es alquilo,
incluyendo alquilo inferior.
Como se usa en este documento, "ariloxi" y
"ariltio" se refieren a RO- y RS-, donde R es arilo, incluyendo
arilo inferior, tal como fenilo.
Como se usa en este documento, "alquileno"
se refiere a un grupo hidrocarbonado divalente alifático, lineal
ramificado o cíclico, en una realización lineal o ramificado, que en
ciertas realizaciones tiene de 1 a aproximadamente 20 átomos de
carbonos, en otras realizaciones de 1 a 12 carbonos, incluyendo
alquileno inferior. El grupo alquileno está opcionalmente
sustituido con uno o más "sustituyentes de grupo alquilo".
Pueden insertarse opcionalmente a lo largo del grupo alquileno uno
o más átomos de oxígeno, azufre o nitrógeno sustituidos o sin
sustituir, donde el sustituyente del nitrógeno es alquilo como se ha
descrito previamente. Los grupos alquileno ejemplares incluyen
metileno (-CH_{2}-), etileno (-CH_{2}CH_{2}-), propileno
(-(CH_{2})_{3}-), ciclohexileno (-C_{6}H_{10}-),
metilendioxi (-O-CH_{2}-O-) y
etilendioxi (-O-(CH_{2})_{2}-O-). El
término "alquileno inferior" se refiere a grupos alquileno que
tienen de 1 a 6 carbonos. En ciertas realizaciones, los grupos
alquileno son alquileno inferior, incluyendo alquileno de 1 a 3
átomos de carbono.
Como se usa en este documento,
"alquenileno" se refiere a un grupo hidrocarbonado divalente
alifático, lineal ramificado o cíclico, en una realización lineal o
ramificado, que tiene, en ciertas realizaciones de 2 a
aproximadamente 20 átomos de carbono y al menos un doble enlace, en
otras realizaciones de 1 a 12 carbonos, incluyendo alquenileno
inferior. El grupo alquenileno está opcionalmente sustituido con uno
o más "sustituyentes de grupo alquilo". Pueden insertarse
opcionalmente a lo largo del grupo alquenileno uno o más átomos de
oxígeno, azufre o nitrógeno sustituidos o sin sustituir, donde el
sustituyente de nitrógeno es alquilo como se ha descrito
previamente. Los grupos alquenileno ejemplares incluyen
-CH=CH-CH=CH- y -CH = CH-CH_{2}-.
El término "alquenileno inferior" se refiere a grupos
alquenileno que tienen de 2 a 6 carbonos. En ciertas realizaciones,
los grupos alquenileno son alquenileno inferior, incluyendo
alquenileno de 3 a 4 átomos de carbono.
Como se usa en este documento,
"alquinileno" se refiere a un grupo hidrocarbonado divalente
alifático, lineal ramificado o cíclico, en una realización lineal o
ramificado, que en ciertas realizaciones tiene de 2 a
aproximadamente 20 átomos de carbono y al menos un triple enlace,
en otras realizaciones de 1 a 12 carbonos, incluyendo alquinileno
inferior. El grupo alquinileno está opcionalmente sustituido con uno
o más "sustituyentes del grupo alquilo". Pueden insertarse
opcionalmente a lo largo del grupo alquinileno uno o mas átomos de
oxígeno, azufre o nitrógeno sustituido o sin sustituir, donde el
sustituyente de nitrógeno es alquilo como se ha descrito
previamente. Los grupos alquinileno ejemplares incluyen
-C=C-C=C-, -C=C- y -C=C-CH_{2}-.
El término "alquinileno inferior" se refiere a grupos
alquinileno que tienen de 2 a 6 carbonos. En ciertas realizaciones,
los grupos alquinileno son alquinileno inferior, incluyendo
alquinileno de 3 a 4 átomos de carbono.
Como se usa en este documento,
"alqu(en)(in)ileno" se refiere a un grupo
hidrocarbonado divalente alifático, lineal ramificado o cíclico, en
una realización lineal o ramificado, que en ciertas realizaciones
tiene de 2 a aproximadamente 20 átomos de carbono y al menos un
triple enlace, y al menos un doble enlace; en otras realizaciones
de 1 a 12 carbonos, incluyendo alqu(en)(in)ileno
inferior. El grupo alqu(en)(in)ileno está
opcionalmente sustituido con uno o más "sustituyentes del grupo
alquilo". Pueden insertarse opcionalmente a lo largo del grupo
alquinileno uno o mas átomos de oxígeno, azufre o nitrógeno
sustituido o sin sustituir, donde el sustituyente de nitrógeno es
alquilo como se ha descrito previamente. Los grupos
alqu(en)(in)ileno ejemplares incluyen
-C=C-(CH_{2})_{n}-C=C-, donde n es 1 ó 2.
El término "alqu(en)(in)ileno inferior" se
refiere a grupos alqu(en)(in)ileno que tienen hasta 6
carbonos. En ciertas realizaciones, los grupos
alqu(en)(in)ileno son alqu(en)(in)ileno
inferior, incluyendo alqu(en)(in)ileno de 4 átomos de
carbono.
Como se usa en este documento, "arileno" se
refiere a un grupo aromático divalente, monocíclico o policíclico,
en una realización monocíclico, que tiene en ciertas realizaciones
de 5 a aproximadamente 20 átomos de carbono y al menos un anillo
aromático, en otras realizaciones de 5 a 12 carbonos, incluyendo
arileno inferior. El grupo arileno está opcionalmente sustituido
con uno o más "sustituyentes del grupo alquilo". Puede
insertarse opcionalmente alrededor del grupo arileno uno o mas
átomos de oxígeno, azufre o nitrógeno sustituido o sin sustituir,
donde el sustituyente de nitrógeno es alquilo como se ha descrito
previamente. Los grupos arileno ejemplares incluyen 1,2-, 1,3- y
1,4-fenileno. El término "amileno inferior" se
refiere a grupos arileno que tienen 5 ó 6 carbonos. En ciertas
realizaciones, los grupos arileno son amileno inferior.
Como se usa en este documento,
"heteroarileno" se refiere a un sistema de anillos monocíclicos
o multicíclicos divalentes, en una realización de aproximadamente 5
a aproximadamente 15 miembros donde uno o más, o de 1 a 3 de los
átomos del sistema de anillos es un heteroátomo, que es un elemento
distinto de carbono, por ejemplo, nitrógeno, oxígeno y azufre. El
grupo heteroarileno puede estar opcionalmente sustituido con uno o
más, o 1 a 3, sustituyentes del grupo arilo.
Como se usa en este documento,
"alquilideno" se refiere a un grupo divalente, tal como
=CR'R'', que se une a un átomo de otro grupo, formando un doble
enlace. Los grupos alquilideno ejemplares son metilideno (=CH_{2})
y etilideno (=CHCH_{3}). Como se usa en este documento,
"aralquilideno" se refiere a un grupo alquilideno en el que R'
o R'' es un grupo arilo.
Como se usa en este documento, "amido" se
refiere al grupo divalente -C(O)NH-. "Tioamido"
se refiere al grupo divalente -C(S) NH-. "Oxiamido" se
refiere al grupo divalente -OC(O)NH-. "Tiaamido"
se refiere al grupo divalente -SC(O)NH-.
"Ditiaamido" se refiere al grupo divalente
-SC(S)NH-. "Ureido" se refiere al grupo divalente
-HNC(O)NH-. "Tioureido" se refiere al grupo
divalente -HNC(S)NH-.
Como se usa en este documento,
"semicarbazida" se refiere a -NHC(O)NHNH-.
"Carbazato" se refiere al grupo divalente -OC(O) NHNH-.
"Isotiocarbazato" se refiere al grupo divalente
-SC(O)NHNH-. "Tiocarbazato" se refiere al grupo
divalente -OC (S)NHNH-. "Sulfonilhidrazida" se refiere
al grupo -SO_{2}NHNH-. "Hidrazida" se refiere al grupo
divalente -C(O)NHNH-. "Azo" se refiere al grupo
divalente -N =N-. "Hidrazinilo" se refiere al grupo divalente
-NH-NH-.
Como se usa en este documento, el término
"aminoácido" se refiere a \alpha-aminoácidos
que son racémicos, o de la configuración D- o L-. La designación
"d" que precede a la designación de un aminoácido (por ejemplo,
dAla, dSer, dVal, etc.) se refiere al isómero D del aminoácido. La
designación "dl" que precede a una designación de un
aminoácido (por ejemplo, dlAla) se refiere a una mezcla de los
isómeros L- y D- del aminoácido.
Como se usa en este documento, cuando se
especifica cualquier grupo particular, tal como fenilo o piridilo,
esto significa que el grupo está sin sustituir o sustituido. Cuando
no se especifican, los sustituyentes son halo, halo alquilo inferior
y alquilo inferior.
Como se usa en este documento, una enfermedad
causada por proteína alterada conformacionalmente (o una enfermedad
de agregación de proteínas) se refiere a enfermedades asociadas con
una proteína o polipéptido que tiene una conformación asociada con
enfermedades. Los métodos y colecciones que se proporcionen en este
documento permiten la detección de un confórmero asociado con una
enfermedad que se va a detectar. Las enfermedades y proteínas
asociadas que presentan dos o más conformaciones diferentes en las
que al menos una conformación es una proteína alterada
conformacionalmente incluyen, pero sin limitación, enfermedades
amiloides y otras enfermedades neurodegenerativas conocidas por los
especialistas en la técnica y expuestas a continuación.
Como se usa en este documento, la separación de
células se refiere a un ensayo en el que las células se separan y
se recuperan a partir de una suspensión basándose en propiedades
medidas en un análisis de citometría de flujo. La mayoría de los
ensayos usados para análisis pueden servir como base para
experimentos de separación, siempre que las ventanas y regiones que
definen las subpoblaciones que se van a separar no solapen
lógicamente. Las velocidades de procesamiento máximas son
típicamente de 5000 células/segundo (18 x 10^{6} células/hora).
La velocidad de recogida de la población o poblaciones separadas
depende principalmente de la condición de las células y del
porcentaje de reactividad.
Como se usan en este documento, las abreviaturas
para cualquier grupo protector, aminoácidos y otros compuestos
están, a menos que se indique otra cosa, de acuerdo con su uso
común, abreviaturas reconocidas o la Comisión
IUPAC-IUB de Nomenclatura Bioquímica (véase,
Biochem. 1972, 11:942). Por ejemplo, DMF =
N,N-dimetilformamida, DMAc = N,N-dimetilacetamida;
THF = tetrahidrofurano; TRIS =
tris(hidroximetil)-aminometano; SSPE = tampón
de solución salina-fosfato sódico EDTA; EDTA =
ácido etilendiaminatetraacético; SDS = dodecil sulfato sódico.
Se proporcionan colecciones de compuestos de
captura que se unen selectivamente a biomoléculas en muestras,
tales como biomoléculas, particularmente, aunque no exclusivamente,
un lisado celular o polipéptidos traducidos in vitro a
partir de un lisado celular. Cada compuesto de captura en la
colección puede unirse a grupos o clases específicas de
biopolímeros y está diseñado para unirse covalentemente a un
subconjunto de todas las biomoléculas en la muestra. Por ejemplo,
una muestra puede contener miles de miembros, por ejemplo, un
lisado celular. Las colecciones de compuestos permiten una
selectividad suficiente de modo que, por ejemplo, aproximadamente
10-20 de los componentes de la muestra se unen a
cada miembro de la colección. El número exacto es un número lo
bastante pequeño para análisis de rutina para identificarlos,
generalmente en una etapa, tal como mediante espectrometría de
masas.
Las colecciones permiten una estrategia
holística de arriba a abajo para el análisis del proteoma,
incluyendo proteínas modificadas postraduccionalmente y otras
biomoléculas. Los patrones de proteína y otras biomoléculas son el
punto de partida para análisis que usan estas colecciones; en lugar
de ácidos nucleicos y el genoma (de abajo hacia arriba). Las
colecciones pueden usarse para evaluar los componentes de
biomoléculas de una muestra, tal como una muestra biológica, para
identificar componentes específicos para un fenotipo particular,
tal como una patología, para identificar una función estructural,
rutas bioquímicas y mecanismos de acción. Las colecciones y métodos
de uso permiten un análisis imparcial de biomoléculas puesto que los
métodos no evalúan necesariamente clases específicas de dianas,
sino que se detectan o identifican cambios en muestras. Las
colecciones permiten que se separen los componentes de una mezcla
compleja de biomoléculas (es decir, un mezcla de 50, 100, 500,
1000, 2000 y más) en loci separados que contienen números reducidos,
típicamente una reducción del 10%, 50% o superior en la
complejidad, o de aproximadamente 1 a 50 biomoléculas diferentes
por locus en una matriz, de modo que los componentes en cada sitio
pueden analizarse, tal como mediante análisis espectrométrico de
masas en solitario o en combinación con otros análisis. En algunas
realizaciones, tal como para análisis fenotípicos, la homogeneidad
de la muestra de partida, tal como células, puede ser importante.
Para proporcionar homogeneidad, se comparan células con diferentes
fenotipos, tales como
enfermas frente a sanas, del mismo individuo. Se proporcionan en este documento métodos para realizar esto.
enfermas frente a sanas, del mismo individuo. Se proporcionan en este documento métodos para realizar esto.
En virtud de la estructura de compuestos en las
colecciones, las colecciones pueden usarse para detectar cambios
estructurales tales como los del procesamiento postraduccional de
proteínas, y pueden usarse para detectar cambios en proteínas de
membrana que estén implicadas en los procesos más fundamentales,
tales como traducción de señales, canales iónicos, receptores para
interacción de ligandos e interacciones célula a célula. Cuando las
células enferman, se producen con frecuencia en proteínas de
membrana cambios asociados con la enfermedad, tales como
transformación.
Las colecciones contienen conjuntos de
compuestos de captura de miembros. En general, los miembros de cada
conjunto difieren al menos en un grupo funcional y generalmente en
dos o tres, de los miembros de otros conjuntos. Por lo tanto, por
ejemplo, los compuestos incluyen una función de reactividad, una
función de selectividad y una función de separación, difiriendo
cada conjunto en al menos la función de separación, típicamente al
menos en la función de separación y selectividad y generalmente en
las tres funciones. Las funciones de solubilidad, si están
presentes, que se seleccionan para permitir el ensayo en un entorno
seleccionado pueden diferir entre los compuestos o pueden ser
iguales entre todos los conjuntos.
En la realización de los métodos, las
colecciones se ponen en contacto con una muestra o componentes
parcialmente purificados o purificados de la misma para efectuar la
unión de biomoléculas a compuestos de captura en la colección. Los
compuestos de captura pueden estar en una matriz direccionable, tal
como unidos a un soporte sólido antes del contacto, o pueden
organizarse en matrices después del contacto con la muestra. La
matriz resultante se trata opcionalmente con un reactivo que
escinde específicamente los polímeros unidos, tal como una
proteasa, y se somete a análisis, particularmente a análisis
espectrométrico de masas para identificar componentes de las
biomoléculas unidas en cada locus. Una vez que se determina el peso
molecular de una biomolécula, tal como una proteína o porción de la
misma de interés, la biomolécula puede identificarse. Los métodos
para la identificación incluyen comparación de los pesos
moleculares con bases de datos, por ejemplo bases de datos de
proteínas que incluyen fragmentos de proteasa y sus pesos
moleculares.
Los compuestos de captura incluyen grupos
funcionales que confieren reactividad, propiedades selectivas y de
separación, dependiendo de la especificidad de separación y del
análisis necesario (que depende la complejidad de la mezcla que se
va a analizar). A medida que se añaden más grupos funcionales a los
compuestos, los compuestos pueden presentar una selectividad
aumentada y desarrollar un distintivo para moléculas diana similar a
un sitio de unión a antígeno (Ag) en un anticuerpo. Los compuestos
proporcionados en este documento incluyen grupos funcionales
(funciones) de función: una función de reactividad, que se une a
biopolímeros covalentemente, una función de selectividad, que en
virtud de interacciones no covalentes altera, generalmente aumenta,
la especificidad de la función de reactividad; una función de
separación, que permite que los compuestos puedan dirigirse
(organizarse en matrices o separarse de otro modo de acuerdo con la
estructura del compuesto de captura; y opcionalmente una función de
solubilidad, que cuando se selecciona altera la solubilidad de los
compuestos dependiendo del entorno en el que se realizan las
reacciones, permitiendo que las condiciones simulen condiciones
fisiológicas. En general, la función de reactividad es el grupo
reactivo que interacciona específicamente de forma covalente con
biomoléculas particulares tales como proteínas o porciones de las
mismas; y la otra funcionalidad, la función de selectividad, altera
típicamente aumentando la especificidad de la función de
reactividad. En general, la función reactiva interacciona
covalentemente con grupos en una biomolécula particular, tales como
grupos amina en la superficie de una proteína. La función de
reactividad interacciona con biomoléculas para formar un enlace
covalente. Las condiciones de análisis incluyen, pero sin imitación,
análisis espectrofotométrico de masas tal como espectrometría de
masas de desorción e ionización por láser asistida por
matriz-tiempo de vuelo (MALDI, TOF). La función de
selectividad influye en los tipos de biomoléculas que pueden
interaccionar con la función de reactividad mediante una
interacción no covalente. La función de selectividad altera la
especificidad para los grupos particulares, generalmente reduciendo
el número de dichos grupos con los que reaccionan las funciones de
reactividad. Un objetivo es reducir el número de proteínas o
biomoléculas unidas en un locus, de modo que las proteínas puedan
separarse después, tal como mediante espectrometría de masas.
Los compuestos para usar en los métodos de este
documento pueden separarse en al menos dos conjuntos: uno para
reacciones en solución acuosa (por ejemplo, para reacción con
biomoléculas hidrófilas) y el otro para reacción de disolventes
orgánicos (por ejemplo, cloroformo) (por ejemplo, para reacción con
biomoléculas hidrófobas). Por lo tanto, en cierta realizaciones,
los compuestos que se proporcionan en este documento discriminan
entre biomoléculas hidrófilas e hidrófobas incluyendo, pero sin
imitación, proteínas y permiten el análisis de ambas clases de
biomoléculas.
Se proporcionan compuestos de captura (también
denominados agentes de captura). Los compuestos de captura incluyen
un núcleo "Z" que es un derivado de tritilo como se define en
la reivindicación 1 que presenta una o más funciones de reactividad
"X" y al menos una función de selectividad "Y" y una
función de separación "Q", y también opcionalmente una o más
funciones de solubilidad "W". Además, se incluyen enlazadores
escindibles y otras funciones en las moléculas. La forma particular
en la que se presentan las funciones en el núcleo o armazón es una
cuestión de elección de diseño, pero se seleccionan de modo que la
molécula resultante tenga la propiedad de que capture biomoléculas,
particularmente proteínas, con una especificidad suficiente y
covalentemente para permitir el análisis, tal como por
espectrometría de masas, incluyendo análisis espectrométrico de
masas de MALDI.
X, la funcionalidad de reactividad, se
selecciona para ser cualquier cosa que forme dicho enlace covalente.
La funcionalidad de selectividad Y es un grupo que "examina"
la topología de la proteína alrededor de los sitios de unión de
reactividad y selecciona grupos particulares en biomoléculas de
entre los que pueden formar un enlace covalente con un grupo de
reactividad. Por ejemplo, un grupo de selectividad puede causar
impedimento estérico o permitir la unión especifica a un epítopo, o
cualquier cosa entre medias. Puede ser un sustrato para un fármaco,
lípido o péptido. Selecciona el entorno de los grupos con los que
interacciona la función de reactividad. La funcionalidad de
selectividad Y puede ser una mediante la que un compuesto de captura
forma un enlace covalente con una biomolécula en una mezcla de modo
que la afinidad de unión del compuesto de captura con la
biomolécula a través de la funcionalidad reactiva en presencia de la
funcionalidad de selectividad sea al menos diez veces o 100 veces
superior que en ausencia de la funcionalidad de selectividad.
Q es una función de separación que puede ser
cualquier cosa que proporcione un medio para separar cada conjunto
de compuestos de captura de los otros, tal como por organización en
matrices, e incluye grupos que pueden seleccionarse entre biotina,
generalmente un espaciador, que se une a avidina en una matriz
superficial (viceversa), oligonucleótidos para unión a matrices de
oligonucleótidos o cualquier molécula que tenga un compañero de
unión afín con el que se una con una afinidad suficiente para
sobrevivir al análisis espectrométrico de masas, tal como análisis
de MALDI-MS. Para cualquier colección puede usarse
una diversidad de diferentes grupos de separación; cada conjunto de
compuestos de captura debería tener Q únicos en comparación con los
otros conjuntos. Además, pueden usarse medios de marcaje que pueden
separarse en virtud del marcador, tales como marcadores RF,
marcadores fluorescentes, marcadores codificados por color o perlas,
codificados por barras u otros marcadores marcados con simbología y
otros marcadores de este tipo. Por ejemplo, los compuestos de
captura o las funcionalidades X, Y, Z, W pueden estar en una
superficie que esté unida a un marcador RF o un marcador coloreado.
Éstos pueden separarse fácilmente después de la reacción de modo
que cada conjunto puede analizarse por separado para identificar
biomoléculas unidas. Por lo tanto, las colecciones pueden incluir
compuestos de captura que tengan una diversidad de grupos de
separación.
La función de solubilidad, W, permite la
alteración en propiedades de los componentes de compuesto de captura
de la colección. Por ejemplo, W puede seleccionarse de modo que los
compuestos de captura sean solubles o no en un medio o entorno de
reacción particular, tal como un entorno hidrófobo, permitiendo de
este modo reacciones con componentes de membrana. Las colecciones
incluyen conjuntos de compuestos de captura, difiriendo cada uno de
dichos conjuntos en Q y al menos uno o ambos de X e Y.
Como se indica, entre los compuestos de captura
que se proporcionan están los que tienen al menos tres
funcionalidades: reactividad, separación y selectividad. La función
de separación puede escindirse selectivamente para permitir su
eliminación. Estos compuestos también incluyen una función de
selectividad para alterar el intervalo de unión de la función de
reactividad que se une covalentemente a biomoléculas y,
opcionalmente una función de solubilidad.
A continuación se proporciona una descripción y
discusión más detallada de cada funcionalidad y realizaciones
ejemplares no limitantes.
Todos los compuestos incluyen una función Z para
presentar el grupo funcional que es un derivado tritilo definido en
la reivindicación 1. En ciertas realizaciones de este documento, en
los compuestos de captura para el uso en los métodos que se
proporcionan en este documento, Z es un resto que se puede escindir
antes de o durante el análisis de la biomolécula, incluyendo el
análisis del espectro de masas, sin alterar la estructura química de
la biomolécula, incluyendo, pero sin limitación, una proteína.
Por ejemplo, en algunas realizaciones, los
métodos que se proporcionan en este documento incluyen una etapa de
análisis del espectro de masas de biomoléculas, incluyendo
proteínas, que se presentan en un formato direccionable. En ciertas
realizaciones, los compuestos se unen después a una matriz de
oligonucleótidos individuales que incluye porciones de cadena
sencilla (o porciones que pueden hacerse de cadena sencilla) que son
complementarias a las porciones oligonucleotídicas, o porciones de
análogos de oligonucleótidos (Q, la función de separación) de los
compuestos de captura. En estas realizaciones, Z puede seleccionarse
para ser un grupo que sea (i) estable en las condiciones de
reacción necesarias para la reacción de los compuestos que se
proporcionan en este documento con la biomolécula, tal como una
proteína, (ii) estable en las condiciones necesarias para la
hibridación del resto Q con los oligonucleótidos de cadena sencilla,
y (iii) escindible antes o durante el análisis de la
biomolécula.
En otra realización, Z con los grupos
funcionales unidos puede diseñarse de modo que con los Q, X, W e Y
se disuelva en bicapas lipídicas de una membrana celular, poniendo
en contacto de este modo porciones internas de proteínas de la
membrana celular mediante las funciones X e Y. En esta realización,
el soporte captura proteínas, tales como proteínas de membrana y
proteínas de orgánulos, incluyendo proteínas en el interior de
membranas celulares. Los compuestos de captura y el grupo funcional
pueden seleccionarse de modo que los compuestos de captura
resultantes funcionen en condiciones fisiológicas seleccionadas. Por
lo tanto, la selección de Z, Q, X, W e Y permite el diseño de
superficies y soportes que imiten las membranas celulares y otras
membranas biológicas.
En algunas realizaciones, puede proporcionarse
una bicapa lipídica tal como las usadas para formar liposomas y
otras micelas, en la superficie de un soporte como una forma de
mantener las estructuras de proteínas de membrana para preparar una
bicapa lipídica en la superficie. Esto puede emplearse cuando el
soporte es la función "Z" y las otras funciones están unidas a
la misma o cuando los compuestos están unidos a un soporte mediante
un grupo Q, tal como mediante oligonucleótidos de doble cadena. Los
compuestos de captura inmovilizados resultantes pueden recubrirse
con o disolverse en un recubrimiento lipídico. Como resultado, los
compuestos y colecciones que se proporcionan en este documento
pueden actuar como una membrana artificial, puede emplearse química
de polímeros dendriméricos para la síntesis controlada de membranas
que tengan dimensiones de poro y espesores de membrana uniformes
mediante la síntesis de copolímeros de bloque dendriméricos
anfífilos o hiperramificados que puedan autoensamblarse para formar
membranas de película orgánica ultrafinas sobre soportes porosos.
En una realización, una membrana de película orgánica está compuesta
por un copolímero dibloque dendrítico lineal compuesto por
dendrímero de poliamidoamina (PAMAM) unido en un extremo de un
bloque de óxido de polietileno lineal (PEO).
\newpage
En una realización, Z es un grupo
fotoescindindible que se escinde con un láser usado en
espectrometría de masas MALDI-TOF. En otra
realización, Z es un grupo lábil para ácidos que se escinde tras la
aplicación de una matriz para el análisis espectrométrico de masas
para organizarse en matrices, tales como conjugados
compuesto-biomolécula hibridados, o por exposición
a ácidos (por ejemplo, ácidos trifluoroacético o clorhídrico) en
forma de vapor o líquido, antes del análisis. En esta realización,
la matriz mantiene la integridad espacial de la serie, permitiendo
el análisis dirigible de la serie.
En ciertas realizaciones, los compuestos de
captura para uso en los métodos proporcionados en este documento
tienen un resto Z que no puede escindirse en las condiciones usadas
para el análisis de biomoléculas, incluyendo, pero sin limitación,
espectrometría de masas, tal como espectrometría de masas de
desorción/ionización láser asistida por
matriz-tiempo de vuelo (MALDI-TOF).
Los compuestos de captura de estas realizaciones pueden usarse, por
ejemplo, en los métodos proporcionados en este documento para
identificar biomoléculas en mezclas de los mismos, para determinar
las interacciones biomolécula-biomolécula,
incluyendo proteína-proteína, y para determinar las
interacciones biomolécula-molécula pequeña,
incluyendo proteína-fármaco o
proteína-candidato a fármaco. En estas
realizaciones, no es necesario que el grupo Z se escinda para el
análisis.
Por lo tanto, como se ha indicado, Z es un resto
tritilo que sirve como núcleo para presentar la unión (las funciones
de selectividad y reactividad) y la solubilidad y funciones de
separación). En este documento se ejemplifican una diversidad.
En otras realizaciones, incluyendo realizaciones
en las que Z es un resto escindible, Z incluye un marcador
modificador de masas. Los marcadores modificadores de masas para uso
en este documento incluyen, pero sin limitación, grupos de fórmula
-X^{1}R^{10}-, en la que X^{1} es un grupo divalente tal como
-O-,
-O-C(O)-(CH_{2})_{y}-C(O)O-,
-NH-C(O)-, -C(O)-NH-,
-NH-C(O)-(CH_{2})_{y}-C(O)O-,
-NH-C(S)-NH-,
-O-P(O-alquil)-O-,
-O-SO_{2}-O-,
-O-C(O)-CH_{2}-S-,
-S-, -NH- y
y R^{10} es un grupo divalente
que incluye
-(CH_{2}CH_{2}O)_{z}-CH_{2}CH_{2}O-,
-(CH_{2}CH_{2}O)_{z}-CH_{2}CH_{2}O-alquileno,
alquileno, alquenileno, alquinileno, arileno, heteroarileno,
-(CH_{2})_{z}-CH_{2}-O-,
-(CH_{2})_{z}-CH_{2}-O-alquileno,
-(CH_{2}CH_{2}NH)_{z}-CH_{2}CH_{2}
NH-, -CH_{2}-CH (OH)-CH_{2}O-, -Si(R^{12})(R^{13})-, -CHF- y -CF_{2}-; donde y es un número entero de 1 a 20; z es un número entero de 0 a 200; R^{11} es la cadena lateral de un \alpha-aminoácido; y cada uno de R^{12} y R^{12} se selecciona independientemente entre alquilo, arilo y aralquilo.
NH-, -CH_{2}-CH (OH)-CH_{2}O-, -Si(R^{12})(R^{13})-, -CHF- y -CF_{2}-; donde y es un número entero de 1 a 20; z es un número entero de 0 a 200; R^{11} es la cadena lateral de un \alpha-aminoácido; y cada uno de R^{12} y R^{12} se selecciona independientemente entre alquilo, arilo y aralquilo.
En otras realizaciones, -X^{1}R^{10}- se
selecciona entre -S-S-, -S-,
-(NH-(CH_{2})_{y}-NH-C(O)-(CH_{2})_{y}-C
(O))_{z}-NH-(CH_{2})_{y}-NH-C(O)-(CH_{2})_{y}-C(O)O-,
-(NH-(CH_{2})_{y}-C(O))_{z}-NH-(CH_{2})_{y}-C(O)O-,
-(NH-CH(R^{11})-C(O))_{z}-NH-CH
(R^{11})-C(O)O-, y
-(O-(CH_{2})_{y}-C(O))_{z}-NH-(CH_{2})_{y}-C(O)O-.
En las realizaciones anteriores, en las que
R^{10} es un derivado de oligo-/polietilenglicol, el incremento
en la modificación de masa es 44, es decir, pueden generarse
especies de masa modificada diferentes cambiando z de 0 a 4,
añadiendo de esta manera unidades de masa de 45 (z = 0), 89 (z = 1),
133 (z = 2), 177 (z = 3) y 221 (z = 4) a los compuestos. Los oligo
oligo/polietilenglicoles también pueden estar monoalquilados con un
alquilo inferior tal como metilo, etilo, propilo, isopropilo,
t-butilo y similares.
Otros marcadores modificadores de masas
incluyen, pero sin limitación, -CHF-, -CF_{2}-,
-Si(CH_{3})_{2}-,
-Si(CH_{3})(C_{2}H_{5})- y -Si
(C_{2}H_{5})_{2}- En otras realizaciones, los
marcadores modificadores de masas incluyen homo- o heteropéptidos.
Un ejemplo no limitante que genera especies de masa modificada con
un incremento de masa de 57 es una oligoglicina, que produce
modificaciones de masa de, por ejemplo, (y = 1, z = 0), 131 (y = 1,
z = 2), 188 (y = 1, z = 3) o 245 (y = 1, z = 4). También pueden
usarse oligoamidas, por ejemplo, pueden obtenerse modificaciones de
masa de 74 (y = 1, z = 0), 88 (y = 2, z = 0), 102 (y = 3, z = 0),
116 (y = 4, z = 0), etc. Los especialistas en la técnica apreciarán
que existen numerosas posibilidades además de las ejemplificadas en
este documento para introducir, de una manera predeterminada, muchos
marcadores modificadores de masa diferentes en los compuestos
proporcionados en este documento.
En otras realizaciones, R^{15} y/o S^{2}
pueden funcionalizarse con -X^{1}R^{10}H o
-X^{1}R^{10}-alquilo, donde X^{1} y R^{10}
son como se han definido anteriormente, para servir como marcadores
modificadores de masas.
Las funciones de reactividad ("X")
confieren a los compuestos la capacidad de unirse de forma covalente
a una biomolécula, particularmente a proteínas, incluyendo grupos
funcionales que se encuentran en ellas, que incluyen grupos
añadidos post-traslacionalmente. En general, la
unión es covalente y estable en las condiciones de análisis, tal
como análisis espectral de masas, incluyendo
MALDI-TOF. Los grupos ejemplares se indican en este
documento (véase, por ejemplo, la Figura 16, y el análisis que se
muestra a continuación).
En los compuestos proporcionados en este
documento, X es un resto que se une a o interactúa con la superficie
de una biomolécula, incluyendo, pero sin limitación, la superficie
de una proteína. Una cadena lateral de aminoácidos de una proteína;
o un sitio activo de una enzima (proteína) o grupos funcionales de
otra biomolécula, incluyendo lípidos y polisacáridos.
Por lo tanto, por ejemplo, X es un grupo que
reacciona o interactúa con funcionalidades sobre la superficie de
una proteína para formar un enlace covalente. Está disponible una
gran selección de grupos funcionales diferentes para que X
interactúe con la proteína. Por ejemplo, X puede actuar como un
nucleófilo o un electrófilo para formar enlaces covalentes después
de la reacción con los restos de aminoácidos de la superficie de una
proteína. Los reactivos ejemplares que se unen de forma covalente a
las cadenas laterales de aminoácidos incluyen, pero sin limitación,
grupos protectores para restos hidroxilo, carboxilo, amino, amida y
tiol, incluyendo, por ejemplo, los que se describen en T.W. Greene
y P.G.M. Wuts, "Protective Groups in Organic Synthesis", 3ª
ed. (1999, Wiley Interscience); grupos fotorreactivos, pares de
Diels Alder (es decir, un dieno sobre un lado y un doble enlace
sobre el otro lado).
Los grupos protectores de hidroxi para uso como
grupos X en este documento incluyen, pero sin limitación:
- (i)
- éteres tales como metilo, metilo sustituido (metoximetilo, metiltiometilo, (fenildimetilsilil)metoximetilo, benciloximetilo, p-metoxibenciloximetilo, p-nitrobenciloximetilo, o-nitrobenciloximetilo, (4-metoxifenoxi)metilo, guaiacolmetilo, t-butoximetilo, 4-penteniloximetilo, siloximetilo, 2-metoxietoximetilo, 2,2,2,-tricloroetoximetilo, bis(2-cloroetoximetilo), 2-(trimetilsilil)etoximetilo, metoximetilo, tetrahidropiranilo, 3-bromotetrahidropiranilo, tetrahidrotiopiranilo, 1-metoxiciclohexilo, 4-metoxitetrahidropiranilo, 4-metoxitetrahidrotiopiranilo, S,S-dióxido de 4-metoxitetrahidrotiopiranil, 1-[(2-cloro-4-metil)fenil]-4-metoxipiperidin-4-ilo, 1-(2-fluorofenil)-4-metoxipiperidin-4-ilo, 1,4-dioxan-2-ilo, tetrahidrofuranoílo, tetrahidrotiofuranilo, 2,3,3a,4,5,6,7,7a-octahidro-7,8,8-trimetil-4,7-metanobenzofuran-2-ilo), etilo sustituido (1-etoxietilo, 1-(2-cloroetoxi)etilo, 1-[2-(trimetilsilil)etoxi]etilo, 1-metil-1-metoxietilo, 1-metil-1-benciloxietilo, 1-metil-1-benciloxi-2-fluoroetilo, 1-metil-1-fenoxietilo, 2,2,2-tricloroetilo, 1,1-dianisil-2,2,2-tricloroetilo, 1,1,1,3,3,3-hexafluoro-2-fenilisopropilo, 2-trimetilsililetilo, 2-(benciltio)etilo, 2-(fenilselenil)etilo), t-butilo, alilo, propargilo, p-clorofenilo, p-metoxifenilo, p-nitrofenilo, 2,4-dinitrofenilo, 2,3,5,6-tetrafluoro-4-(tri-fluor-ometil)fenilo, bencilo, bencilo sustituido (p-metoxibencilo, 3,4,-dimetoxibencilo, o-nitrobencilo, p-nitrobencilo, p-halobencilo, 2,6-diclorobencilo, p-fenilbencilo, p-fenilenzilo, 2,6-difluorobencilo, p-acil-aminobencilo, p-azido-bencilo, 4-azido-3-clorobencilo, 2-trifluorometilbencilo, p-(metilsulfinil)bencilo), 2- y 4-picolilo, N-óxido de 3-metil-2-picolilo, 2-quinolinilmetilo, 1-pirenilmetilo, difenilmetilo, p,p'-dinitro-benzhidrilo, 5-dibenzosuberilo, trifenilmetilo, \alpha-naftildifenilmetilo, p-metoxifenildifenilmetilo, di(p-meto-xifenil)fenilmetilo, tri(p-metoxifenil)metilo, 4-(4-'-bromofenaciloxi)fenildifenilmetilo, 4,4',4''-tris(4,5-dicloroftalimidofenil)metilo, 4,4',4''-tris(levulinoiloxifenil)metilo, 4,4',4''-tris(benzoiloxifenil)metilo, 4,4'-dimetoxi-3''-[N-(imidazolilmetil)]tritilo, 4,4'-dimetoxi-3''-[N-(imidazoliletil)carbamoil]tritilo, 1,1-bis(4-metoxifenil-1'-pirenil-metilo, 4-(17-tetrabenzo[a,c,g.i]fluorenilmetil)-4,4''-dimetoxitritilo, 9-antrilo, 9-(9-fenil)xantenilo, 9-(9-fenil-10-oxo)antrilo, 1,3-benzoditiolan-2-ilo, s,s-dióxido de bencisotiazolilo, éteres de sililo (trimetilsililo, trietilsililo, triisopropilsililo, dimetilisopropilsililo, dietilisopropilsililo, dimetiltexilsililo, t-butildimetilsililo, t-butildifenilsililo, tribencilsililo, tri-p-xililsililo, trifenilsililo, difenilmetilsililo, di-t-butilmetilsililo, tris(trimetilsilil)sililo (sisilo), (2-hidroxistiril)dimetilsililo, (2-hidroxistiril)diisopropilsililo, t-butilmetoxifenilsililo, t-butoxidifenilsililo);
- (ii)
- ésteres tales como formiato, benzoilformiato, acetato, acetato sustituido (cloroacetato, dicloroacetato, tricloroacetato, trifluoroacetato, metoxiacetato, trifenilmetoxiacetato, fenoxiacetato, p-clorofenoxiacetato, fenilacetato, p-P-fenilacetato, difenilacetato), nicotinato, 3-fenilpropionato, 4-pentenoato, 4-oxopentanoato (levulinato), 4,4-(etilenoditio)pentanoato, 5-[3-bis(4-metoxifenil)hidroximetilfenoxi]levulinato, pivaloato, 1-adamantoato, crotonato, 4-metoxicrotonato, benzoato, p-fenilbenzoato, 2,4,6-trimetilbenzoato (mesitoato), carbonatos (metilo, metoximetilo, 9-fluorenilmetilo, etilo, 2,2,2-tricloroetilo, 1,1,-dimetil-2,2,2-tricloroetilo, 2-(trimetilsilil)etilo, 2-(fenilsulfonil)etilo, 2-(trifenilfosfonio)etilo, isobutilo, vinilo, alilo, p-nitrofenilo, bencilo, p-metoxibencilo, 3,4,-dimetoxibencilo, o-nitrobencilo, p-nitrobencilo, 2-dansiletilo, 2-(4-nitrofenil)etilo, 2-(2,4-dinitrofenil)etilo, 2-ciano-1-feniletilo, S-bencil tiocarbonato, 4-etoxi-1-naftilo, metil ditiocarbonato), 2-yodobenzoato, 4-azidobutirato, 4-nitro-4-metilpentanoato, o-(dibromometil)benzoato, 2-formil-bencenosulfonato, 2-(metiltiometoxi)etil carbonato, 4-(metiltiometoxi)butirato, 2-(metiltiometoximetil)benzoato, 2-(cloroacetoximetil)benzoato, 2-[(2-cloroacetoxi)etil]benzoato, 2-[2-(benciloxi)etil]benzoato, 2-[2-(4-metoxibenciloxiletil]benzoato, 2,6-dicloro-4-metilfenoxiacetato, 2,6-dicloro-4-(1,1,3,3-tetrametilbutil)fenoxiacetato, 2,4-bis(1,1-dimetilpropil)fenoxiacetato, clorodifenilacetato, isobutirato, monosuccionoato, (E)-2-metil-2-butenoato (tigloato), o-(metoxicarbonil)benzoato, p-P-benzoato, \alpha-naftoato, nitrato, alquilo N,N,N',N'-tetrametilfosforodiamidato, 2-clorobenzoato, 4-bromobenzoato, 4-nitrobenzoato, 3'5'-dimetoxibenzoina, un éster fluorescente silvestre y completamente fotolábil, N-fenilcarbamato, borato, dimetilfosfinotioílo, 2,4-dinitrofenilsulfenato; y
- (iii)
- sulfonatos (sulfato, alilsulfonato, metanosulfonato (mesilato), bencilsulfonato, tosilato, 2-[(4-nitrofenil)etil]sulfonato).
\vskip1.000000\baselineskip
\global\parskip0.950000\baselineskip
Los grupos protectores de carboxilo para uso
como grupos X en este documento incluyen, pero sin limitación:
- (i)
- ésteres tales como ésteres que pueden escindirse enzimáticamente (heptilo, 2-N-(morfolino)etilo, colina, (metoxietoxi)etilo, metoxietilo), metilo, metilo sustituido (9-fluorenilmetilo, metoximetilo, metiltiometilo, tetrahidropiranilo, tetrahidrofuranoílo, metoxietoximetilo, 2-(trimetilsilil)etoximetilo, benciloximetilo, pivaloiloximetilo, fenilacetoximetilo, triisopropilsililmetilo, cianometilo, acetol, fenacilo, p-bromofenacilo, \alpha-metilfenacilo, p-metoxifenacilo, desilo, carboxamidometilo, p-azobencenocarboxamidometilo, N-ftali-midometilo), 2-etilo sustituido (2,2,2-tricloroetilo, 2-haloetilo, \omega-cloroalquilo, 2-(trimetilsilil)etilo, 2-metiltioetilo, 1,3-ditianil-2-metilo, 2-(p-nitrofenilsulfenil)etilo, 2-(p-toluenosulfonil)etilo, 2-(2'-piridil)etilo, 2-(p-metoxifenil)etilo, 2-(difenilfosfino)etilo, 1-metil-1-feniletilo, 2-(4-acetil-2-nitrofenil)etilo, 2-cianoetilo), t-butilo, 3-metil-3-pentilo, diciclopropilmetilo, 2,4-dimetil-3-pentilo, diciclopropilmetilo, ciclopentilo, ciclohexilo, alilo, metalilo, 2-metilbut-3-en-2-ilo, 3-metilbut-2-(prenilo), 3-buten-1-ilo, 4-(trimetilsilil)-2-buten-1-ilo, cinnamilo, \alpha-metilcinnamilo, prop-2-inilo (propargilo), fenilo, 2,6-dialquilfenilo (2,6,-dimetilfe-nilo, 2,6,diisopropilfenilo, 2,6-di-t-butil-4-metilfenilo, 2,6-di-t-butil-4-metoxifenilo, p-(metiltio)fenilo, pentafluorofenilo, bencilo, bencilo sustituido (trifenilmetilo; difenilmetilo; bis(o-nitrofenil)metilo, 9-antrilmetilo, 2-(9,10-dioxo)antrilmetilo, 5-dibenzosuberilo, 1-pirenilmetilo, 2-(trifluorometil)-6-cromonilmetilo, 2,4,6-trimetilbencilo, p-bromobencilo, o-nitrobencilo, p-nitrobencilo, p-metoxibencilo, 2,6-dimetoxibencilo, 4-(metilsulfinil)bencilo, 4-sulfobencilo, 4-azidometoxibencilo, 4-{N-[1-(4,4,-dimetil-2,6-dioxociclohexilideno)-3-metilbutil]amino}bencilo, piperonilo, 4-picolilo, p-P-bencilo), sililo (trimetilsililo, trietilsililo, t-butildimetilsililo, i-propildimetilsililo, fenildimetilsililo, di-t-butilmetilsililo, triisopropilsililo), (tiol) activado, oxazoles, 2-alquil-1,3-oxazoline, 4-alquil-5-oxo-1,3-oxazolidina, 2,2,-bistrifluorometil-4-alquil-5-oxo-1-,3-oxazolidina, 5-alquil-4-oxo-1,3-dioxolano, dioxanonas, orto ésteres, orto éster de Braun, complejo de pentaaminocobalto (iii), estannilo (trietilestannilo, tri-N-butilestannilo);
- (ii)
- amidas (N,N-dimetilo, pirrolidinilo, piperidinilo, 5,6-dihidrofenantridinilo, o-nitroanilido, N-7-nitroindolilo, N-8-nitro-1,2,3,4-tetrahidroquinolilo, amida de 2-(2-aminofenil)acetaldehído dimetil acetal, p-P-bence-nosulfonamida;
- (iii)
- hidrazidas (N-fenilo, N,N-diisopropilo); y
- (iv)
- sales de tetraalquilamonio.
\vskip1.000000\baselineskip
Los grupos protectores de tiol para uso como
grupos X en este documento incluyen, pero sin limitación:
- (i)
- tioéteres (S-alquilo, S-bencilo, S-p-metoxibencilo, S-o- o p-hidroxi- o acetoxibencilo, S-p-nitrobencilo, S-2,4,6-trimetilbencilo, S-2,4,6-trimetoxibencilo, S-4-picolilo, S-2-quinolinilmetilo, N-óxido de S-2-picolilo, S-9-antrilmetilo, S-9-fluorenilmetilo, S-xantenilo, S-ferrocenilmetilo); S-difenilmetilo, S-difenilmetilo sustituido y S-trifenilmetilo (S-difenilmetilo, S-bis(4-metoxifenil)metilo, S-5-dibenzosuberilo, S-trifenilmetilo, S-difenil-4-piridilmetilo), S-fenilo, S-2,4-dinitrofenilo, S-t-butilo, S-1-adamantilo, S-metilo sustituido incluyendo monotio, ditio y aminotioacetales (S-metoximetilo, S-isobutoximetilo, S-benciloximetilo, S-2-tetrahidro-piranilo, S-benciltiometilo, S-feniltiometilo, tiazolidina, S-acetamidometilo, S-trimetilacetomidometilo, S-benzamidometilo, S-aliloxicarbonilaminometilo, S-fenilacetamidometilo, S-ftalimidometilo, S-acetil-, S-carboxil- y S-cianometilo), S-etilo sustituido (S-(2-nitro-1-fenil)etilo, S-2-(2,4-dinitrofenil)etilo, S-2-(4'-piridil)etilo, S-2-cianoetilo, S-2-(trimetilsilil)etilo, S-(1-m-nitrofenil-2-benzoil)etilo, S-2-fenilsulfoniletilo, S-1 -(4-metilfenilsulfonil)-2-metilprop-2-ilo, sililo;
- (ii)
- tioésteres (S-acetilo, S-benzoílo, S-trifluoroacetilo, S-N-[[(p-bifenilil)isopropoxi]carbonil]-N-metil-y-ami-notiobutirato, S-N-(t-butoxicarbonil-N-metil-y-aminotiobutirato), tiocarbonatos (S-2,2,2-tricloroetoxicarbonilo, S-t-butoxicarbonilo, S-benciloxicarbonilo, S-p-metoxibenciloxicarbonilo), tiocarbamatos (S-(N-etilo), S-(N-metoximetilo));
- (iii)
- disulfuros asimétricos (S-etil, S-t-butil, S-fenil disulfuros sustituidos);
- (iv)
- derivados de sulfenilo (S-sulfonato, S-sulfeniltiocarbonato, S-3-nitro-2-piridinasulfenil sulfuro, S-[tricarbo-nil[1,2,3,4,5-\eta]-2-,4-ciclohexadien-1-il]-hierro (1 +), oxatiolona); y
- (v)
- sal de S-metilsulfonio, sal S-bencil- y S-4-metoxibencilsulfonio, sal S-1-(4-ftalimidobutil)sulfonio, S-(di-metilfosfinol)tioílo, S-(difenilfosfino)tioilo.
\global\parskip1.000000\baselineskip
Los grupos protectores de amino para uso como
grupos X en este documento incluyen, pero sin limitación:
- (i)
- carbamatos (metilo, etilo, 9-fluorenilmetilo, 9-(2-sulfo)fluorenilmetilo, 9-(2,7-dibromo)fluorenilmetilo, 17-tetrabenzo[a,c,g,i]fluorometilo, 2-cloro-3-indenilmetilo, benc[f]inden-3-ilmetilo, 2,7-di-t-butil-[9-(10,10-di-oxo-10,10,10,10-tetrahidrotiox, 1,1-dioxobenzo[b]tiofeno-2-ilmetilo, etilo sustituido (2,2,2-tricloroetilo, 2-trimetilsililetilo, 2-feniletilo, 1-(1-adamantil)-1-metiletilo, 2-cloroetilo, 1,1-dimetil-2-haloetilo, 1,1-dimetil-2, 2-dibromoetilo, 1,1-dimetil-2,2,2-tricloroetilo, 1-metil-1-(4-bifenilil)etilo, 1-(3,5-di-t-butilfenil)-1-metiletilo, 2-(2'- y 4'-piridil)etilo, 2,2-bis(4'-nitrofenil)etilo, N-(2-pivaloilamino)-1,1-dimetiletilo, 2-[(2-ni-trofenil)ditio]-1 -feniletilo, 2-(N,N-diciclohexilcarboxamido)etilo), t-butilo, 1-adamantilo, 2-adamantilo, vinilo, alilo, 1-isopropilalilo, cinnamilo, 4-nitrocinnamilo, 3-(3'-piridil)prop-2-enilo, 8-quinolilo, N-hidroxipiperidinilo, alquilditio, bencilo, p-metoxibencilo, p-nitrobencilo, p-bromobencilo, p-clorobencilo, 2,4-diclorobencilo, 4-metilsulfinilbencilo, 9-antrilmetilo, difenilmetilo, 2-metiltioetilo, 2-metilsulfoniletilo, 2-(p-toluenosulfonil)etilo, [2-(1,3-ditianil)metilo, 4-metiltiofenilo, 2,4-dimetiltiofenilo, 2-fosfonioetilo, 1-metil-1-(trifenilfosfonio)etilo, 1,1-dimetil-2-cianoetilo, 2-dansiletilo, 2-(4-nitrofenil)etilo, 4-fenilacetoxibencilo, 4-azidobencilo, 4-azidometoxibencilo, m-cloro-p-aciloxibencilo, p-(dihidroxiboril)bencilo, 5-bencisoxazolilmetilo, 2-(trifluorometil)-6-chromonilmetilo, m-nitrofenilo, 3,5-dimetoxibencilo, 1-metil-1-(3,5-dimetoxifenil)etilo, \alpha-metilnitropiperonilo, o-nitrobencilo, 3,4-dimetoxi-6-nitrobencilo, fenil(o-nitrofenil)metilo, 2-(2-nitrofenil)etilo, 6-nitroveratrilo, 4-metoxifenacilo, 3',5'-dimetoxibenzoina, ureas (derivadas de fenotiacinil-(10)-carbonilo, N'-p-toluenosulfonilaminocarbonilo, N-fenilaminotiocarbonilo), t-amilo, S-bencil tiocarbamato, butinilo, p-cianobencilo, ciclobutilo, ciclohexilo, ciclopentilo, ciclopropilmetilo, p-deciloxibencilo, diisopropilmetilo, 2,2-dimetoxicarbonilvinilo, o-(N',N-dimetilcarboxamido)bencilo, 1,1-dimetil-3-(N',N-dimetilcarboxamido)propilo, 1,1-dimetil-propinilo, di(2-piridil)metilo), 2-furanilmetilo, 2-lodoetilo, isobornilo, isobutilo, isonicotinilo, p-(p'-metoxifenilazo)bencilo, 1-metilciclobutilo, 1-metilciclohexilo, 1-metil-1-ciclopropilmetilo, 1-metil-1-(p-fenilazofenil)etilo, 1-metil-1-feniletilo, 1-metil-1 -(4'-piridil)etilo, fenilo, p-(fenilazo)bencilo, 2,4,6-tri-t-butilfenilo, 4-(trimetilamonio)bencilo, 2,4,6-trimetilbencilo);
- (ii)
- amidas (N-formilo, N-acetilo, N-cloroacetilo, N-tricloroacetilo, N-trifluoroacetilo, N-fenilacetilo, N-3-fenilpropionilo, N-4-pentenoílo, N-picolinoílo, n-3-piridilcarboxamido, derivado de N-benzoilfenilalanilo, N-benzoílo, N-p-fenilbenzoílo, N-o-nitrofenilacetilo, N-o-nitrofenoxiacetilo, N-3-(o-nitrofenil)propionilo, N-2-metil-2-(o-nitrofenoxi)propionilo, N-3-metil-3-nitrobutirilo, N-o-nitrocinnamoílo, N-o-nitrobenzoílo, N-3-(4-t-butil-2,6-dinitrofenil-2,2-dimetilpropionilo, N-o-(benzoiloximetil)benzoílo, N-(2-acetoximetil)benzoílo, N-2-[(t-butildifenilsiloxi)metil]benzoílo, N-3-(3',6'-dioxo-2',4',5'-trimetilciclohexa-1',4'-dieno)-3,3-dimetilpropionilo, N-o-hidroxi-trans-cinnamoílo, N-2-metil-2-(o-fenilazofenoxi)propionilo, N-4-clorobutirilo, N-acetoacetilo, N-3-(p-hidroxifenil)propionilo, (N-ditiobenciloxicarbonilamino)acetilo, derivado de N-acetilmetionina, 4,5-difenil-3-oxazolin-2-ona), imidas cíclicas (N-ftaloílo, N-tetracloroftaloílo, N-4-nitroftaloílo, N-ditiasuccinoílo, N-2,3-difenilmaleoílo, N-2,5-dimetilpirrolilo, N-2,5-bis(triisopropilsiloxi)pirrolilo, aducto de N-1,1,4,4-tetrametildisililazaciclopentano, N-1,1,3,3-tetrametil-1,3-disilaisoindolilo, 1,3-dimetil-1,3,5-triazaciclohexan-2-ona 5-sustituido, 1,3-dibencil-1,3,5-triazaciclohexan-2-ona 5-sustituido, 3,5-dinitro-4-piridonilo 1-sustituido, 1,3,5-dioxazinilo);
- (iii)
- N-alquil y N-aril aminas (N-metilo, N-t-butilo, N-alilo, N-[2-(trimetilsilil)etoxi]metilo, N-3-acetoxipropilo, N-cianometilo, N-(1-isopropil-4-nitro-2-oxo-3-pirrolin-3-ilo), N-2,4-dimetoxibencilo, N-2-azanorbornenilo, N-2,4-dinitrofenilo, sales de amonio cuaternario, N-bencilo, N-4-metoxibencilo, N-2,4-dimetoxibencilo, N-2-hidroxibencilo, N-difenilmetilo, N-bis(4-metoxifenil)metilo, N-5-dibenzosuberilo, N-trifenilmetilo, N-(4-metoxi-fenil)difenilmetilo, N-9-fenilfluorenilo, N-ferrocenilmetilo, N-óxido de N-2-picolilamina);
- (iv)
- iminas (N-1,1-dimetiltiometileno, N-bencilidina, N-p-metoxibencilideno, N-difenilmetileno, N-[(2-piridil)mesitil]metileno, N-(N,N-dimetilaminometileno), N-(N',N'-dibencilaminometileno), N-(N-t-butilami-no-metileno), N,N-isopropilideno, N-p-nitrobencilideno, N-salicilideno, N-5-clorosalicilideno, N-(5-cloro-2-hidroxifenil)fenilmetileno, N-ciclohexilideno, N-t-butilideno);
- (v)
- enaminas (N-(5,5-dimetil-3-oxo-1-ciclohexenilo, N-2,7-dicloro-9-fluorenilmetileno, n-2-(4,4-dimetil-2,6-dioxociclohexilideno)etilo, N-4,4,4-trifluoro-3-oxo-1-buterilo, N-1-isopropil-4-nitro-2-oxo-3-pirrolin-3-ilo);
- (vi)
- derivados de N-heteroátomos (derivados de N-borano, derivado de ácido N-difenilborínico, derivado de ácido N-dietilborínico, derivado de ácido N-difluoroborínico, derivado de ácido N,N-3,5-bis(trifluorometil)fenilbórico, N-[fenil(penta-carbonilcromo- o -tungsteno)]carbenilo, quelante de N-cobre o N-cinc, derivado de 18-corona-6, N-nitro, N-nitroso, N-óxido, derivado de triazeno, N-difenilfosfinilo, N-dimetil- y difeniltiofosfinilo, N-dialquilo fosforilo, N-dibencilo y difenilo fosforilo, derivado de iminotrifenilfosforano, N-bencenosulfenilo, N-o-nitrobencenosulfenilo, N-2,4-dinitrobencenosulfenilo, N-pentaclorobencenosulfeni-lo, N-2-nitro-4-metoxibencenosulfenilo, N-trifenilmetilsulfenilo, N-1-(2,2,2-trifluoro-1,1-difenil)etilsulfenilo, N-3-nitro-2-piridinasulfenilo, N-p-toluenosulfonilo, N-bencenosulfonilo, N-2,3-6-trimetil-4-metoxibencenosulfonilo, N-2,4,6-trimetoxibencenosulfonilo, N-2,6-dimetil-4-metoxibencenosulfonilo, N-penta-metilbencenosulfonilo, N-2,3,5,6-tetrametil-4-metoxibencenosulfonilo, N-4-metoxibencenosulfonilo, N-2,4,6-trimetilbencenosulfonilo, N-2,6-dimetoxi-4-metilbencenosulfonilo, N-3-metoxi-4-t-butilbencenosulfonilo, N-2,2,5,7,8-pentametilcroman-6-sulfonilo, N-2- y 4-nitrobencenosulfonilo, N-2,4-dinitrobencenosulfonilo, N-benzotiazol-2-sulfonilo, N-piridina-2-sulfonilo, N-metanosulfonilo, N-2-(trimetilsilil)etanosulfonilo, N-9-antracenosulfonilo, N-4-(4',8'-dimetoxinaftilmetil)bencenosulfonilo, N-bencilsulfonilo, N-tri-fluorometilsulfonilo, N-fenacilsulfonilo, N-t-butilsulfonilo);
- (vii)
- grupos protectores de imidazol incluyendo derivados de N-sulfonilo (N,N-dimetilsulfonilo, N-mesitylene-sulfonilo, N-p-metoxifenilsulfonilo, N-bencenosulfonilo, N-p-toluenosulfonilo); carbamatos (2,2,2-tricloroetilo, 2-(trimetilsilil)etilo, t-butilo, 2,4-dimetilpent-3-ilo, ciclohexilo, 1,1-dimetil-2,2,2-tricloroetilo, 1-adamantilo, 2-adamantilo); derivados de N-alquilo y N-arilo (N-vinilo, N-2-cloroetilo, N-(1-etoxi)etilo, N-2-(2'-piridil)etilo, N-2-(4'-piridil)etilo, N-2-(4'-nitrofenil)etilo), derivados de sililo N-trialquilo (N-t-butildimetilsililo, N-triisopropilsililo), N-alilo, N-bencilo, N-p-metoxibencilo, N-3,4-dimetoxibencilo, N-3-metoxibencilo, N-3,5-dimetoxibencilo, N-2-nitrobencilo, N-4-nitrobencilo, N-2,4-dinitrofenilo, N-pihenacilo, N-trifenilmetilo, N-difenilmetilo, N-(difenil-4-piridilmetilo), N-(n',n'-dimetilamino)), derivados de amino acetal (N-hidroximetilo, N-metoximetilo, N-dietoximetilo, N-etoximetilo, N-(2-cloroetoxi)metilo, N-[2-(trimetilsilil)etoxi]metilo, N-t-butoximetilo, N-t-butildimetilsiloximetilo, N-pivaloiloximetilo, N-benciloxi-metilo, N-dimetilaminometilo, N-2-tetrahidropiranilo), amidas (aducto de dióxido de carbono, N-formilo, N-(n',n'-dietilureidilo), N-dicloroacetilo, N-pivaloílo, N-difeniltiofosfinilo); y
- (viii)
- grupos protectores de amida -NH incluyendo amidas (N-alilo, N-t-butilo, N-diciclopropilmetilo, N-metoxi-metilo, N-metiltiometilo, N-benciloximetilo, N-2,2,2-tricloroetoximetilo, N-t-butildimetilsiloximetilo, N-pivaloiloximetilo, N-cianometilo, N-pirrolidinometilo, N-metoxi, N-benciloxi, N-metiltio, N-trifenilmetiltio, N-t-butildimetilsililo, N-triisopropilsililo, N-4-metoxifenilo, N-3,4-dimetoxifenilo, N-4-(metoximatoxi)fenilo, N-2-metoxi-1-naftilo, N-bencilo, N-4-metoxibencilo, N-2,4-dimetoxibencilo, N-3,4-dimetoxibencilo, N-o-nitrobencilo, N-bis(4-metoxifenil)metilo, N-bis(4-metoxifenil)fenilmetilo, N-bis(4-metilsulfinilfenil)metilo, N-trifenilmetilo, N-9-fenilfluorenilo, N-bis(trimetilsilil)metilo, N-t-butoxicarbonilo, N-benciloxicar-bonilo, N-metoxicarbonilo, N-etoxicarbonilo, N-p-toluenosulfonilo, N,O-isopropilideno acetal, N,O-benci-lideno acetal, N,O-formilideno acetal, N-butenilo, N-etenilo, N-[(e)-(2-metoxicarbonil)vinil], N-dietoxime-tilo, N-(1-metoxi-2,2-dimetilpropilo), N-2-(4-metilfenilsulfonil)etilo).
\vskip1.000000\baselineskip
Estos grupos protectores reaccionan con cadenas
laterales de aminoácidos tales como hidroxilo (serina, treonina,
tirosina); amino (lisina, arginina, histidina, prolina); amida
(glutamina, asparagina); ácido carboxílico (ácido aspártico, ácido
glutámico); y derivados de azufre (cisteína, metionina), y se
adaptan fácilmente para el uso en los compuestos de captura como el
resto reactivo X.
Además de la gran diversidad de reactivos
específicos de grupo que se conocen por los especialistas en la
técnica, los reactivos que se conocen en la técnica de productos
naturales también pueden servir como base para X en la formación de
enlaces covalentes. Otras selecciones para X incluyen tintes de
purificación de proteínas, tales como azul de acridina o metileno,
que tienen una fuerte afinidad para ciertas proteínas.
La reactividad de X puede verse influenciada por
una o más funciones de selectividad Y del núcleo.
La función Y, que se analiza a continuación, se
emplea para efectos electrónicos (por ejemplo, mesoméricos,
inductivos) y/o efectos estéricos para modular la reactividad de X y
la estabilidad del enlace X-biomolécula resultante.
En estas realizaciones, las mezclas de biomoléculas, incluyendo,
pero sin limitación, mezclas de proteínas, pueden reaccionar y
analizarse debido a la modulación producida por Y, que cambia las
propiedades electrónicas o estéricas de X y, por lo tanto, aumenta
la selectividad de la reacción de X con la biomolécula.
En ciertas realizaciones, X es un éster activo,
tal como
-C(=O)O-Ph-pNO_{2},
-C(=O)O-C_{6}F_{5} o
-C(=O)-O-(N-succinimidilo); un
resto halo activo, tal como un \alpha-halo éter o
un grupo \alpha-halo carbonilo, incluyendo, pero
sin limitación, -OCH_{2}-I,
-OCH_{2}-Br, -OCH_{2}-Cl,
-C(O)CH_{2}I, -C(O)CH_{2}Br y
-C(O)CH_{2}Cl; grupos funcionales específicos de
cadena lateral de aminoácidos, tales como maleimido (para cisteína),
un complejo metálico, incluyendo complejos de oro o mercurio (para
cisteína o metionina), un epóxido o isotiocianato (para arginina o
lisina); reactivos que se unen a sitios activos de enzimas,
incluyendo, pero sin limitación, análogos de estados de
transición.
Las funciones de selectividad ("Y") sirven
para modular la función de reactividad reduciendo el número de
grupos a los que se unen las funciones de reactividad, tal como por
obstaculización estérica y otras interacciones. Es un grupo que
modifica las propiedades estéricas y/o electrónicas (por ejemplo,
efectos mesoméricos, inductivos) así como las afinidades
resultantes del compuesto de captura. Las funciones de selectividad
incluyen cualquier grupo funcional que aumente la selectividad del
grupo de reactividad de manera que se una a menos biomoléculas
diferentes que en ausencia de la función de selectividad o se una
con una mayor afinidad a las biomoléculas que en su ausencia. En
los compuestos de captura proporcionados en este documento, Y se
deja variar ampliamente dependiendo del objetivo a conseguir con
respecto a la obstaculización estérica y a factores electrónicos ya
que se relacionan con la modulación de la funcionalidad reactiva X.
Por ejemplo, una función de reactividad X puede seleccionarse para
que se una a grupos amina sobre proteínas; la función de
selectividad puede seleccionarse para garantizar que sólo puede
accederse a los grupos expuestos sobre la superficie. La función de
selectividad es tal que los compuestos se unen a o reaccionan con
(a través de la función de reactividad) menos biomoléculas
diferentes cuando es parte de la molécula que cuando está ausente
y/o los compuestos se unen con mayor especificidad y mayor
afinidad. La función de selectividad puede unirse directamente a un
compuesto o puede unirse mediante un enlazador, tal como
CH_{2}CO_{2} o
CH_{2}-O-(CH_{2})_{n}-O,
donde n es un número entero de 1 a 12, o de 1 a 6, o de 2 a 4,
véase, por ejemplo, la Figura 17 y el análisis que se muestra a
continuación para funciones de selectividad ejemplares.
En ciertas realizaciones, cada Y es
independientemente un grupo que modifica las propiedades de afinidad
y/o las propiedades estéricas y/o electrónicas (por ejemplo,
efectos mesoméricos, inductivos) del compuesto de captura
resultante. Por ejemplo, Y, en ciertas realizaciones, se selecciona
entre análogos e inhibidores de ATP; péptidos y análogos de
péptidos; polietilenglicol (PEG); ésteres activados de aminoácidos,
aislados o dentro de un péptido; citocromo C; y grupos tritilo
hidrófilos.
En otra realización, Y es un resto de molécula
pequeña, un producto natural, un agonista o antagonista de
proteínas, un péptido o un anticuerpo (véase, por ejemplo, la Figura
17). En otra realización, Y es un compuesto o proteína hidrófila
(por ejemplo, PEG o tritil éter), un compuesto o proteína hidrófoba
(por ejemplo, aromáticos polares, lípidos, glicolípidos,
fosfotriésteres, oligosacárido), un grupo cargado positiva o
negativamente, una molécula pequeña un compuesto farmacéutico o un
biomolécula que crea estructura secundarias o terciarias
definidas.
En otras realizaciones, Y es un grupo que es un
componente de un sistema luminiscente, incluyendo fluorescente,
fosforescente, quimioluminiscente y bioluminiscente, o es un grupo
que puede detectarse en un ensayo colorimétrico. En ciertas
realizaciones, Y es un grupo monovalente seleccionado entre alquilo
de cadena lineal o ramificada, alquenilo de cadena lineal o
ramificada, alquinilo de cadena lineal o ramificada, cicloalquilo,
cicloalquenilo, cicloalquinilo, heterociclilo, heterocicloalquilo
de cadena lineal o ramificada, heterociclilalquenilo de cadena
lineal o ramificada, heterociclilalquinilo de cadena lineal o
ramificada, arilo, arilalquilo de cadena lineal o ramificada,
arilalquenilo de cadena lineal o ramificada, arilalquinilo de cadena
lineal o ramificada, heteroarilo, heteroarilalquilo de cadena
lineal o ramificada, heteroarilalquenilo de cadena lineal o
ramificada, heteroarilalquinilo de cadena lineal o ramificada,
halo, haloalquilo de cadena lineal o ramificada, pseudohalo, azido,
ciano, nitro, OR^{60}, NR^{60}R^{61}, COOR^{60},
C(O)R^{60}, C(O)NR^{60}R^{61},
S(O)_{q}R^{60},S(O)_{q}OR^{60},
S(O)_{q}NR^{60}R^{61},
NR^{60}C(O)R^{61},
NR^{60}C(O)NR^{60}R^{61},
NR^{60}S(O)qR^{60},
SIR^{60}R^{61}R^{62},
P(R60)_{2i} p(O)(R^{60})_{2}, P(OR^{60})2, P(O)(OR^{60})_{2}, P(O)(OR^{60}) (R^{61}) y P(O)NR^{60}R^{61}, donde q es un número entero de 0 a 2;
P(R60)_{2i} p(O)(R^{60})_{2}, P(OR^{60})2, P(O)(OR^{60})_{2}, P(O)(OR^{60}) (R^{61}) y P(O)NR^{60}R^{61}, donde q es un número entero de 0 a 2;
cada R^{60}, R^{61} y R^{62} es
independientemente hidrógeno, alquilo de cadena lineal o ramificada,
alquenilo de cadena lineal o ramificada, alquinilo de cadena lineal
o ramificada, arilo, aralquilo de cadena lineal o ramificada,
aralquenilo de cadena lineal o ramificada, aralquinilo de cadena
lineal o ramificada, heteroarilo, heteroaralquilo de cadena lineal
o ramificada, heteroaralquenilo de cadena lineal o ramificada,
heteroaralquinilo de cadena lineal o ramificada, heterociclilo,
heterociclilalquilo de cadena lineal o ramificada,
heterociclilalquenilo de cadena lineal o ramificada o
heteorciclilalquinilo de cadena lineal o ramificada.
Los grupos fluorescentes, colorimétricos y
fosforescentes se conocen por los especialistas en la técnica
(véase, por ejemplo, la Patente de Estados Unidos Nº 6.274.337;
Sapan et al. (1999) Biotechnol. Appl. Biochem. 29 (Pt. 2):
99-108; Sittampalam et al. (1997) Curr. Opin.
Chem. Biol. 1(3): 384-91; Lakowicz, J. R.,
Principles of Fluorescence Spectroscopy, New York: Plenum Press
(1983); Herman, B., Resonance Energy Transfer Microscopy, in:
Fluorescence Microscopy of Living Cells en Culture, Parte B, Methods
en Cell Biology, vol. 30, ed. Taylor, D. L. & Wang, Y. -L, San
Diego: Academic Press (1989), pp. 219-243; Turro, N.
J., Modern Molecular Photochemistry, Menlo Park: Benjamin/Cummings
Publishing Col, Inc. (1978), pp. 296-361 y el
Molecular Probes Catalog (1997), OR, USA). Los restos fluorescentes
incluyen, pero sin limitación, 1- y
2-aminonaftaleno,
p,p'-diaminostilbenos, pirenos, sales de
fenantridina cuaternarias, 9-aminoacridinas,
p,p'-di-aminobenzofenona iminas,
antracenos, oxacarbocianina, merocianina,
3-aminoequilenina, perileno,
bis-benzoxazol, bis-p-oxazolilo benceno,
1,2-benzofenazina, retinol, sales
bis-3-aminopiridinio, helebrigenina,
tetraciclina, esterofenol, bencimidazolilfenilamina,
2-oxo-3-cromen,
indol, xanteno, 7-hidroxicoumarina, fenoxazina,
calicilato, estrofantidina, porfirinas, triarilmetanos y flavina.
Los compuestos fluorescentes que tienen funcionalidades para unirse
a un compuesto proporcionado en este documento, o que puede
modificarse para incorporar dichas funcionalidades, incluyen, por
ejemplo, cloruro de dansilo, fluoresceínas tales como
3,6-dihidroxi-9-fenilxantidrol;
isotiocianato de rodamina; N-fenil
1-amino-8-sulfona-tonaftaleno;
N-fenil
2-amino-6-sulfonatonaftaleno;
ácido
4-acetamido-4-isotiocianato-estilbeno-2,2'-disulfónico;
ácido pireno-3-sulfónico;
2-toluidinonaftaleno-6-sulfonato;
N-fenil-N-metil-2-aminoaftaleno-6-sulfonato;
bromuro de etidio; estebrin;
auromina-0,2-(9'-antroil)palmitato;
dansil fosfatidiletanolamina; N,N'-dioctadecil
oxacarbocianina: N,N'-dihexil oxacarbocianina;
merocianina, 4-(3'-pirenil)estearato;
d-3-aminodesoxi-equilenina;
12-(9'-antroil)estearato;
2-metilantraceno; 9-vinilantraceno;
2,2'(vinileno-p-fenileno)bisbenzoxazol;
p-bis(2-(4-metil-5-fenil-oxazolil))benceno;
6-dimetilamino-1,2-benzofenazina;
retinol; bis(3'-aminopiridinio) yoduro de
1,10-decandiilo; sulfonaftilhidrazona de
helibrienina; clorotetraciclina;
N-(7-dimetilamino4-metil-2-oxo-3-cromenil)maleimida;
N-(p-(2-bencimidazolil)-fenil)maleimida;
N-(4-fluoranthil)maleimida; bis(ácido
homovanílico); resazarina;
4-cloro-7-nitro-2,1,3-benzooxadiazol;
merocianina 540; resorufina; rosa de bengala; y
2,4-difenil-3(2H)-furanona.
Muchas marcas fluorescentes están disponibles en el mercado en
SIGMA chemical company (Saint Louis, Mo.), Molecular Probes, R&D
systems (Minneapolis, Minn.), Pharmacia LKB Biotechnology.
(Piscataway, N.J.), CLONTECH Laboratories, Inc. (Palo Alto, Calif.),
Chem Genes Corp., Aldrich Chemical Company (Milwaukee, Wis.), Glen
Research, Inc., GIBCO BRL Life Technologies, Inc. (Gaithersberg,
Md.), Fluka Chemica-Biochemika Analytika (Fluka
Chemie AG, Buchs, Switzerland) y Applied Biosystems (Foster City,
Calif.) así como otras fuentes comerciales conocidas por un
especialista en la técnica.
Los grupos quimioluminiscentes destinados al uso
en este documento incluyen cualquier componente de sistemas de
generación de luz que se catalizan mediante una peroxidasa y
requieren un anión superóxido (O_{2}) (y/o peróxido de hidrógeno
(H_{2}O_{2})) (véase, por ejemplo, Musiani et al. (1998)
Histol. Histopathol. 13(1): 243-8). Los
sistemas de generación de luz incluyen, pero sin limitación,
luminol, isoluminol, peroxioxalato-fluoróforo,
éster de acridinio, lucigenina, dioxetanos, ésteres de oxalato,
ésteres de indoxilo incluyendo ésteres de
3-O-indoxilo, derivados de
naftaleno, tales como ácido
7-dimetilamino-naftaleno-1,2-dicarbónico
hidrazida y análogos de luciferina cipiridina, incluyendo
2-metil-6-[p-metoxifenil]-3,7-dihiroimidazo[1,2-\alpha]pirazin-3-ona,
2-metil-6-fenil-3,7-dihiroimidazo[1,2-\alpha]pirazin-3-ona
y
2-metil-6-[p-[2-[3-carboxilato
sódico-4-(6-hidroxi-3-xantenona-9-il]feniltiourefeniltioureilenoetilenooxi]fenil]-3,7-dihiroimidazo[1,2-\alpha]pirazin-3-ona.
En otras realizaciones, los restos quimioluminiscentes destinados
al uso en este documento incluyen, pero sin limitación, luminol,
isoluminol,
N-(4-aminobutil)-N-etil
isoluminol (ABEI,
N-(4-aminobutil)-N-metil
isoluminol (ABMI), que tienen las siguientes estructuras y
participan en las siguientes reacciones:
donde se representa el luminol,
cuando R es NH_{2} y R^{1} es H; isoluminol, cuando R es H y
R^{1} es NH_{2}; para ABEI
((6-[N-(4-aminobutil)-N-etilamino]-2,3-dihiroftalazina-1-4-diona),
cuando R es H y R^{1} es
C_{2}H_{5}-N-(CH_{2})_{4}NH_{2}; y
para ABMI
((6-[N-(4-aminobutil)-N-metilamino]-2,3-dihyroftalazina-1-4-diona),
cuando R es H y R^{1} es
CH_{3}-N-(CH_{2})_{4}NH_{2}.
Los grupos bioluminiscentes para el uso en este
documento incluyen parejas de luciferasa/luciferina, incluyendo
luciferasa de luciérnaga [Photinus pyralis], el sistema
Aequorin (es decir, la fotoproteína de medusa purificada,
aequorina). Se han estudiado muchas luciferasas y sustratos y están
bien caracterizados y disponibles en el mercado (por ejemplo, la
luciferasa de luciérnaga está disponible en Sigma, St. Louis, MO, y
Boheringer Mannheim Biochemicals, Indianapolis, IN; la luciferasa
de luciérnaga producida de forma recombinante y otros reactivos
basados en este gen o para el uso con esta proteína están
disponibles en Promega Corporation, Madison, WI; la fotoproteína
luciferasa aequorina de medusa y la luciferasa de Renilla
están disponibles en el mercado en Sealite Sciences, Bogart, GA; la
coelenterazina, el sustrato de origen natural para estas
luciferasas, está disponible en Molecular Probes, Eugene, OR].
Otros sistemas bioluminiscentes incluyen sistemas de crustáceos
tales como Cyrpidina (Vargula); incluyendo los sistemas
generadores de bioluminiscencia de insectos incluyendo luciérnagas,
escarabajos de resorte y otros sistemas de insectos; sistemas
bacterianos; sistemas generadores de bioluminiscencia de
dinoflagelados; sistemas de moluscos tales como Latia y
Pholas; lombrices y otros anélidos; gusanos relucientes;
sistemas de gusanos poliquetos marinos; escarabajos ferrocarril
sudamericanos (género Phrixothrix); peces (es decir, los que se
encuentran en especies de Aristostomias, tales como A.
scintillans (véase, por ejemplo, O'Day et al. (1974)
Vision Res. 14:545-550), Pachystomias, y
Malacosteus, tales como M. niger; los emisores
azul/verde incluyen cilotona, mictófidos, pez hacha (agyropelecus),
vinciguerria, howella, florenciella y Chauliodus); y proteínas
fluorescentes, incluyendo las proteínas fluorescentes verde (es
decir, GFP, incluyendo las de Renilla y de
Ptilosarcus), roja y azul (es decir, BFP, incluyendo las de
Vibrio fischeri, Vibrio harvevy o Photobacterium
phosphoreum) (incluyendo luciferasa de Renilla mulleri,
luciferasa de especies de Gaussia y luciferasa de especies de
Pleuromamma) y ficobiliproteínas
Las funciones de selectividad ejemplares
incluyen, pero sin limitación, ligandos que se unen a receptores
tales como insulina y otros receptores (véase, por ejemplo, la Tabla
de ligandos mostrada a continuación); ciclodextrinas; sustratos
enzimáticos; estructuras lipídicas; prostaglandinas; antibióticos;
esteroides; fármacos terapéuticos; inhibidores enzimáticos;
análogos de estado de transición; péptidos específicos que se unen
a superficies de biomoléculas incluyendo péptidos adhesivos;
lectinas (por ejemplo, de tipo manosa, de tipo lactosa); péptidos
miméticos; estatinas; funcionalidades tales como colorantes y otros
compuestos y restos empleados para purificación de proteínas y
cromatografía de afinidad. Véase, por ejemplo, la Figura 17 y la
siguiente tabla de ligandos peptídicos:
Otras selecciones para Y pueden identificarse
por los especialistas en la técnica e incluyen, por ejemplo, las
descritas en Techniques in Protein Chemistry, Vol. I (1989) T. Hugli
ed. (Academic Press); Techniques in Protein Chemistry, Vol. 5
(1994) J.W. Crabb ed. (Academic Press); Lundblad Techniques in
Protein Modification (1995) (CRC Press, Boca Raton, FL); Glazer
et al. (1976) Chemical Modification of Proteins (Norte de
Holanda (Amsterdam)) (American Elsevier, Nueva York); y Hermanson
(1996) Bioconjugate Techniques (Academic Press, San Diego, CA).
Los compuestos que se proporcionan en este
documento incluyen una función de separación ("Q") que permite
que los compuestos se dirijan, tal como mediante captura en una
matriz 2-D. Las funciones de separación son
"marcadores", tales como marcadores oligonucleotídicos, de modo
que cuando los compuestos se usan para bañar una matriz de
oligonucleótidos complementarios unidos a soportes sólidos, tales
como perlas o microplacas en condiciones de unión adecuadas, los
oligonucleótidos hibridan. La identidad del compuesto de captura
puede conocerse gracias a la posición en la matriz. Otras funciones
de separación pueden estar codificadas ópticamente, incluyendo
perlas codificadas por color o codificadas por barras que pueden
separarse o una marcada electrónicamente, tal como proporcionando
soportes de micro-reactor con marcadores
electrónicos o soportes codificados por barras (véase, por ejemplo
la Patente de Estados Unidos Nº 6.025.129; la Patente de Estados
Unidos Nº 6.017.496; la Patente de Estados Unidos Nº 5.972.639; la
Patente de Estados Unidos Nº 5.961.923; la Patente de Estados
Unidos Nº 5.925.562; la Patente de Estados Unidos Nº 5.874.214; la
Patente de Estados Unidos Nº 5.751.629; y la Patente de Estados
Unidos Nº 5.741.462), o marcadores químicos (véase, por ejemplo, la
Patente de Estados Unidos Nº 5.432.018; la Patente de Estados
Unidos Nº 5.547.839) o marcadores coloreados u otros métodos de
dirección de este tipo que pueden usarse en lugar de matrices
físicamente direccionables. La función de separación se selecciona
para permitir la generación de matrices físicas u otro método de
separación direccionable adecuado para el análisis, particularmente
análisis espectrométrico de masas incluyendo, MALDI.
Otras funciones de separación para el uso en los
compuestos que se proporcionan en este documento incluyen biotina,
6-His, BODIPY, oligonucleótidos, nucleósidos,
nucleótidos, conjugados de anticuerpos-inmunotoxina,
péptidos adhesivos, lectinas, liposomas, PNA, dextranos activados y
péptidos. En una realización, la función de separación es un
oligonucleótido, particularmente, un oligonucleótido de cadena
sencilla o parcialmente de cadena sencilla para permitir la
hibridación con regiones de cadena sencilla en oligonucleótidos
complementarios en soportes sólidos.
En una realización de los compuestos de captura
que se proporcionan en este documento, Q es un oligonucleótido de
cadena sencilla no protegido o convenientemente protegido o un
análogo de oligonucleótido (por ejemplo, PNA) de hasta 50
componentes básicos, que es capaz de hibridar con una molécula de
ácido nucleico de cadena sencilla de bases complementarias. En
ciertas realizaciones, Q contiene de aproximadamente 5 hasta
aproximadamente 10, 15, 25, 30, 35, 40, 45 ó 50 componentes
básicos.
Las mezclas de biomoléculas, incluyendo, pero
sin limitación, mezclas de proteínas, pueden tener diferentes
hidrofobias (solubilidad) que los compuestos que se proporcionan en
este documento. En ciertas realizaciones, para conseguir altos
rendimientos de reacción entre la funcionalidad X en los compuestos
que se proporcionan en este documento y la superficie proteica, la
reacción se realiza en solución. En otras realizaciones, la
reacción se realiza en una interfaz sólido/líquido o
líquido/líquido. En ciertas realizaciones, las propiedades de
solubilidad de los compuestos que se proporcionan en este documento
están dominadas por el resto Q. Un cambio en la estructura de Q
puede, en estas realizaciones, albergar diferentes solubilidades.
Por ejemplo, si la mezcla de proteínas es muy soluble en agua, Q
puede tener enlaces fosfodiéster naturales; si la mezcla
biomolecular es muy hidrófoba (lípidos, glicolípidos, proteínas de
membrana, lipoproteínas), Q puede tener sus enlaces fosfodiéster
protegidos como fosfotriésteres o, como alternativa, estos enlaces
pueden ser metilfosfonatodiésteres o ácidos péptido nucleicos
(PNA). Si la mezcla de biomoléculas es de una hidrofobia intermedia,
se consigue la solubilidad, por ejemplo, con enlaces fosfotioato
diéster. También puede obtenerse una solubilidad intermedia por
mezcla de enlaces fosfodiéster con fosfotriéster. Los especialistas
en la técnica pueden imaginar fácilmente otros medios para
conseguir este objetivo, incluyendo, pero sin limitación, la adición
de sustituyentes en Z como se describe en otra parte en este
documento.
La flexibilidad de ser capaces de cambiar la
solubilidad de los compuestos es una ventaja significativa sobre
los métodos actuales. Por el contrario, la electroforesis en gel 2D
es útil solamente para el análisis de proteínas solubles en agua
con el resultado de que por este método no pueden analizarse de
aproximadamente el 30 al 35% de todas las proteínas celulares,
tales como las que residen en la membrana celular. Esta es una
limitación grave de la electroforesis en gel 2D puesto que muchas
proteínas, incluyendo pero sin limitación las implicadas en
contactos célula-célula específicos de tejido,
transducción de señales, canales iónicos y receptores, se localizan
en la membrana celular.
En una realización, después de la reacción o
formación de complejos de los compuestos que se proporcionan en
este documento con una biomolécula incluyendo, pero sin limitación,
una proteína, los compuestos se ponen en contacto con un conjunto
de secuencias complementarias resueltas espacialmente en un soporte
plano, perlas o placas de microtitulación en condiciones de
hibridación.
En ciertas realizaciones, Q es un grupo de
oligonucleótido o de análogo de oligonucleótido monovalente que es
al menos parcialmente de cadena sencilla o incluye una región que
puede ser de cadena sencilla para la hibridación con
oligonucleótidos complementarios en un soporte. Q puede tener la
fórmula:
N^{1}_{m}-B_{i}-N^{2}_{n}-
en la que N^{1} y N^{2} son
regiones de secuencias conservadas; B es una región de permutaciones
de secuencia; m, i y n son el número de componentes básicos de
N^{1}, B y N^{2}, respectivamente; y la suma de m, n e i es un
número de unidades capaz de hibridar con una secuencia de ácido
nucleico complementaria para formar un híbrido estable. Por lo
tanto, en realizaciones en las que B es un ADN o ARN de cadena
sencilla, el número de permutaciones de secuencia es igual a
4^{i}. En una realización, la suma de m, n e i es de
aproximadamente 5 hasta aproximadamente 10, 15, 25, 30, 35, 40, 45
ó 50. En ciertas realizaciones m y n son cada una, de forma
independiente, de 0 a aproximadamente 48 o son cada una, de forma
independiente, de aproximadamente 1 a aproximadamente 25, o de
aproximadamente 1 a aproximadamente 10 ó 15, o de aproximadamente 1
a aproximadamente 5. En otras realizaciones, i es de
aproximadamente 2 a aproximadamente 25, o es de aproximadamente 3 a
aproximadamente 12, o es de aproximadamente 3 a aproximadamente 5,
6, 7 u
8.
La porción oligonucleotídica o porción de
análogo de oligonucleótido, de los compuestos
(N^{1}_{m}-B_{i}-N^{2}_{n}-)
puede variarse para permitir un tamaño óptimo para la unión y el
reconocimiento de secuencias. La diversidad de la región de
permutación de secuencia B puede ser relativamente baja si la mezcla
de biomolécula, incluyendo, pero sin limitación, mezclas de
proteínas, es de baja complejidad. Si la mezcla es de alta
complejidad, la región de secuencia B tiene que ser de alta
diversidad para proporcionar un poder de resolución suficiente para
separar todas las especies. Las regiones conservadas flanqueantes
N^{1}_{m} y N^{2}_{n} sólo deben ser de longitud suficiente
para proporcionar una formación de híbridos eficaz y estable.
Existe, sin embargo, flexibilidad en el diseño de estas regiones:
N^{1}_{m} y N^{2}_{n} puede tener la misma longitud y
secuencia, ser de la misma longitud y diferente secuencia o ser de
diferente longitud y diferente secuencia. En ciertas realizaciones,
incluyendo aquéllas en las que B es de una longitud suficiente para
proporcionar una formación de híbridos estable, N^{1} y/o N^{2}
están ausentes. En estas realizaciones, la porción
oligonucleotídica de los compuestos o porción de análogo de
oligonucleótido de los compuestos, tiene la fórmula
N^{1}_{m}-B_{i} o
B_{i}-N^{2}_{n}-, o B_{i}-.
En una realización ejemplar (véase, por ejemplo,
el Ejemplo 1.a.), B tiene una secuencia trinucleotídica embebida en
el interior de una secuencia oligonucleotídica de 11 nucleótidos,
donde las secuencias tetranucleotídicas N^{1}_{m} y
N^{2}_{n} proporcionan regiones idénticas (conservadas)
flanqueantes. Esta disposición para
N^{1}_{m}-B_{i}-N^{2}_{n}-
proporciona 64 compuestos diferentes donde cada compuesto lleva la
misma funcionalidad reactiva X. En otra realización ejemplar (véase,
por ejemplo, el Ejemplo 1.b.), B tiene una secuencia
tetranucleotídica embebida en el interior de una secuencia
oligonucleotídica de 12 nucleótidos, donde las secuencias
oligonucleotídicas N^{1}_{m} y N^{2}_{n} proporcionan
secuencias octanucleotídicas flanqueantes pero no idénticas. Esta
disposición para
N^{1}_{m}-B_{i}-N^{2}_{n}-
proporciona 256 compuestos diferentes que llevan, cada uno, la
misma funcionalidad reactiva X. En una realización ejemplar
adicional (véase, por ejemplo, el Ejemplo 1.c.), B tiene una
secuencia octanucleotídica embebida en el interior de una secuencia
oligonucleotídica de 23 nucleótidos, donde las secuencias
oligonucleotídicas N^{1}_{m} y N^{2}_{n} proporcionan
secuencias octanucleotídicas flanqueantes pero no idénticas. Esta
disposición para
N^{1}_{m}-B_{i}-N^{2}_{n}-
proporciona 65.536 compuestos diferentes donde cada uno leva la
misma funcionalidad reactiva X y supera la complejidad estimada del
proteoma humano (por ejemplo, 30.000-35.000
proteínas diferentes). En ciertas realizaciones, se usa una B con un
exceso de permutaciones para la complejidad de la mezcla de
proteína, ya que para reducir los emparejamientos erróneos pueden
usarse para el análisis los oligonucleótidos con las mejores
propiedades de hibridación.
\vskip1.000000\baselineskip
Los compuestos proporcionados en este documento
pueden incluir una función de solubilidad, W, para conferir
propiedades de solubilidad deseadas, tales como solubilidad en
medios hidrófobos o medios hidrófilos para permitir la
investigación de las biomoléculas en medios fisiológicos, tal como
en membranas. Las funciones de solubilidad ejemplares para uso en
los compuestos proporcionados en este documento incluyen
polietilenglicoles, sulfatos, polisulfatos, fosfatos, sulfonamatos,
polisulfonatos, carbohidratos, dextrina, polifosfatos, ácidos
policarboxílicos, trietanolamina, alcoholes, polímeros solubles en
agua, sales de ácidos de alquilo y arilo carboxílicos y
glicoles.
También pueden usarse compuestos anfifílicos,
tales como sales de amonio cuaternario (es decir, betaína, colina,
espingomielina, sales de tetrametil (o tetrabutil) alquil amonio,
ténsidos catiónicos, iónicos y neutros como función de solubilidad
W.
En otras realizaciones, W puede usarse para
modular la solubilidad de los compuestos para conseguir soluciones
homogéneas, si se desea, cuando reacciona con mezclas de
biomoléculas, incluyendo, pero sin limitación, mezclas de
proteínas. En ciertas realizaciones, W es un sulfonato, una
funcionalidad polar que puede usarse para preparar compuestos más
solubles en agua. En otras realizaciones, W es un grupo hidrófobo,
incluyendo alquilo inferior, tal como terc-butilo,
terc-amilo, isoamilo, isopropilo, n-hexilo,
sec-hexilo, isohexilo, n-butilo, sec-butilo,
iso-butilo y n-amilo, o un grupo arilo,
incluyendo fenilo o naftilo.
\vskip1.000000\baselineskip
Lo siguiente proporciona compuestos de captura
ejemplares que muestran las propiedades descritas anteriormente. Se
entiende que estos son únicamente ejemplares y que también se
contemplan para el uso en las colecciones los compuestos que se
muestran a continuación dentro del alcance de las reivindicaciones y
que pueden reaccionar de forma covalente con una biomolécula.
\vskip1.000000\baselineskip
En una realización, los compuestos para uso en
los métodos proporcionados en este documento tienen la fórmula:
en la
que
Q es un oligonucleótido o análogo de
oligonucleótido monocatenario no protegido o protegido adecuadamente
(por ejemplo, ácido nucleico peptídico (PNA)) de hasta 50
componentes básicos, que es capaz de hibridarse con una molécula de
ácido nucleico bicatenaria complementaria de base;
Z es un resto que puede escindirse antes o
durante el análisis de una biomolécula, incluyendo el análisis
espectral de masas, sin alterar la estructura de la biomolécula,
incluyendo, pero sin limitación, una proteína;
es un grupo funcional que interactúa con y/o
reacciona con funcionalidades sobre la superficie de una
biomolécula, incluyendo, pero sin limitación, un proteína, para
formar enlaces covalentes, e
Y es un grupo funcional que interactúa con y/o
reacciona imponiendo una selectividad única mediante la introducción
de funcionalidades que interactúan de forma no covalente con las
proteínas diana.
\newpage
En una realización, los compuestos para uso en
los métodos proporcionados en este documento tienen la fórmula:
en la
que
Q una función de separación que es un compuesto,
o una o más biomoléculas (por ejemplo, una preparación de
sustancias farmacéuticas, una biomolécula, fármaco u otro compuesto
que inmoviliza el sustrato y captura las biomoléculas diana), que
es o son capaces de unirse de forma no covalente y específica a un
compuesto conocido para producir un compuesto de captura fuertemente
unido;
Z es un resto que puede escindirse antes o
durante el análisis de una biomolécula, incluyendo análisis
espectral de masas, sin alterar la estructura de la biomolécula,
incluyendo, pero sin limitación, una proteína;
X es un grupo funcional que interactúa con y/o
reacciona con funcionalidades sobre la superficie de una
biomolécula, incluyendo, pero sin limitación, una proteína para
formar enlaces covalentes; e
Y es un grupo funcional que interactúa con y/o
reacciona imponiendo una selectividad única mediante la introducción
de funcionalidades que interactúan de forma no covalente con las
proteínas diana.
\vskip1.000000\baselineskip
En otra realización, los compuestos para uso en
los métodos proporcionados en este documento tienen la fórmula:
en la que Q, Z, X e Y son como se
han definido anteriormente; m es un número entero de 1 a 100, en una
realización de 1 a 10, en otra realización de 1 a 3, 4 ó 5; y n es
un número entero de 1 a 100, en una realización de 1 a 10, en otra
realización de 1 a 3, 4 ó
5.
\vskip1.000000\baselineskip
En otras realizaciones, X es un fármaco
farmacéutico. Los compuestos de estas realizaciones pueden usarse
en la selección de fármacos mediante capturación de biomoléculas,
incluyendo, pero sin limitación, proteínas, que se unen a la
sustancia farmacéutica. Se identifican mutaciones en la biomolécula
que interfieren con la unión a la sustancia farmacéutica,
determinando de esta manera posibles mecanismos de resistencia a
fármacos. Véase, por ejemplo, Hessler et al. (November
9-11, 2001) Ninth Foresight Conference on Molecular
Nanotechnology (Abstract)
(http://www.foresight.org/Conferences/-MNT9/Abstracts/Hessler/).
\newpage
En otra realización, los compuestos para uso en
los métodos proporcionados en este documento incluyen las
fórmulas:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
en las que cada uno de L y M es
independientemente O, S o NR^{3}; X es una función de reactividad,
como se ha descrito anteriormente; Y es una función de selectividad,
como se ha descrito anteriormente; Q es una función de separación,
como se ha descrito
anteriormente;
\vskip1.000000\baselineskip
En otra realización, los compuestos de captura
proporcionados en este documento tienen la fórmula:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
en la que L, M, X, Y y Q son como
se han definido
anteriormente.
\newpage
En otras realizaciones, los compuestos para el
uso en los métodos proporcionados en este documento incluyen:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
Los compuestos específicos dentro de estas
realizaciones son los que se producen como resultado de todas las
combinaciones de los grupos indicados anteriormente para las
variables contenidas en esta fórmula y todos incluyen grupos Q. En
este documento, se desea que cada uno de estos compuestos
específicos esté dentro del alcance de la descripción de este
documento.
\vskip1.000000\baselineskip
Los compuestos de captura se diseñan evaluando
las biomoléculas diana y las condiciones de reacción. Por ejemplo,
si las biomoléculas diana son proteínas, se seleccionan funciones X
adecuadas para realizar la unión o la unión covalente a las
proteínas con gran afinidad. Y se selecciona de acuerdo con la
complejidad de la mezcla diana y la especificidad de unión deseada
por X. Q se selecciona de acuerdo con el número de divisiones de la
mezcla que se desean; y W se selecciona basándose en el medio de las
biomoléculas que se explora. Se diseñan una diversidad de compuestos
de captura de acuerdo con dichos criterios.
Cuando se diseñan los compuestos de captura,
éstos pueden sintetizarse por métodos disponibles para los
especialistas en la técnica. La preparación de compuestos de
captura ejemplares se describe a continuación. Cualquier compuesto
de captura o un compuesto de captura similar puede sintetizarse de
acuerdo con un método analizado en general a continuación o
mediante una modificación mínima de los métodos seleccionando los
materiales de partida apropiados o por métodos conocidos por los
especialistas en la técnica.
En general, los compuestos de captura pueden
prepararse partiendo con un resto central Z como se describe en las
reivindicaciones. Después, este grupo Z se derivatiza para que tenga
una funcionalidad para el acoplamiento con un oligonucleótido o
análogo de oligonucleótido Q (por ejemplo, una fosforamidita,
H-fosfonato o un grupo triéster fosfórico). El
grupo Q estará generalmente N-protegido sobre las
bases para evitar reacciones competitivas después de la
introducción del resto X. En una realización, el grupo Z se hace
reaccionar con una mezcla de todas las permutaciones posibles de un
oligonucleótido o análogo de oligonucleótido Q (por ejemplo, 4^{i}
permutaciones donde i es el número de nucleótidos o análogos de
nucleótidos en B). El compuesto de captura o los compuestos de
captura Q-Z resultantes se derivatizan después de
forma que posean un grupo X para la reacción con una biomolécula,
tal como una proteína. Si se desea, después se retiran los grupos
N-protectores sobre el resto Q. Como alternativa,
los grupos N-protectores pueden retirarse después de
la reacción del compuesto de captura con una biomolécula,
incluyendo una proteína. En otras realizaciones, Q puede
sintetizarse sobre Z. En una realización adicional, Q se
presintetiza mediante técnicas convencionales en estado sólido, y
después se une a Z. Como alternativa, Q puede sintetizarse por
etapas sobre el resto Z.
A continuación se proporcionan ejemplos
comparativos de síntesis de compuestos de captura que contienen
enlazadores lábiles alcalinos y fotoescindibles. Un especialista en
la técnica puede preparar compuestos de captura por modificación
rutinaria de los métodos presentados en este documento, o por otros
métodos conocidos por los especialistas en la técnica.
Para la síntesis de un compuesto proporcionado
en este documento que contiene un enlazador lábil alcalino, se
mono-protege
1,4-di(hidroximetil)benceno, por
ejemplo, en forma del mono-terc-butildimetilsilil éter
correspondiente. El alcohol libre restante se derivatiza en forma de
la 2-cianoetil-N,N-diisopropilfosforamidita
correspondiente por reacción con
2-cianoetil-N,N-diisopropilclorofosforamidita.
La reacción de esta amidita con un oligonucleótido (es decir, Q) se
sigue de la retirada del grupo protector para proporcionar el
alcohol correspondiente. La reacción con, por ejemplo,
cloroformiato de triclorometilo, produce el cloroformiato ilustrado
(por ejemplo, X).
Para la síntesis de un compuesto proporcionado
en este documento que contiene un enlazador fotoescindible, se hace
reaccionar
2-nitro-5-hidroxibenzaldehído
con, por ejemplo,
3-bromo-1-propanol,
para dar el éter-alcohol correspondiente. Después,
el alcohol se protege, por ejemplo, en forma de
terc-butildimetilsilil éter. La reacción de este compuesto
con trimetilaluminio da el alcohol bencílico correspondiente, que se
derivatiza en forma de su fosforamidita usando el procedimiento
descrito anteriormente. La amidita se hace reaccionar con un
oligonucleótido (es decir, Q) seguido de retirada del grupo
protector y derivatización del alcohol resultante en forma del
cloroformiato correspondiente (es decir, X).
Para la síntesis de compuestos que contienen un
enlazador lábil para ácidos, por ejemplo, un tritil éter
heterobifuncional, el tritil éter de fosforamidita requerido se
hace reaccionar con el oligonucleótido o análogo de oligonucleótido
Q, seguido de desprotección del éter de tritilo y captura de una
biomolécula, por ejemplo, una proteína, sobre el alcohol mediante
un derivado reactivo del alcohol (X), como se ha descrito
anteriormente.
Las síntesis anteriores son únicamente
ejemplares y no están dentro del alcance de la invención. Un
especialista en la técnica será capaz de modificar la síntesis
anterior de una manera rutinaria para sintetizar compuestos que
estén dentro del alcance de la presente descripción. Las síntesis de
los compuestos de captura proporcionados en este documento están
dentro del conocimiento del especialista.
\vskip1.000000\baselineskip
Los compuestos de captura proporcionados en este
documento pueden usarse para el análisis, cuantificación,
purificación y/o detección de los componentes de mezclas de
biomoléculas incluyendo, pero sin limitación, mezclas de proteínas.
Pueden usarse para explorar bibliotecas de moléculas pequeñas para
identificar candidatos a fármacos y pueden usarse para evaluar
interacciones biomolécula-biomolécula y para
identificar complejos de biomoléculas e intermedios, tales como los
de rutas bioquímicas y otros intermedios biológicos.
Para iniciar un proceso analítico, se obtienen o
preparan mezclas de biomoléculas. Después pueden purificarse
previamente o purificarse parcialmente según sea necesario de
acuerdo con procedimientos convencionales. Las biomoléculas se
aíslan a partir de muestras usando métodos convencionales. La Figura
20a representa un ensayo de captura ejemplar en el que los
compuestos de captura se unen a biomoléculas y se analizan mediante
MALDI-TOF MS. El Ejemplo 9 y las Figuras
20b-f muestran resultados de ensayos ejemplares
usando una diversidad de compuestos de captura y proteínas
conocidas.
\vskip1.000000\baselineskip
Las colecciones que se proporcionan en este
documento tienen una amplia diversidad de aplicaciones, incluyendo
reducir la complejidad de mezclas de moléculas, particularmente
biomoléculas, por contacto de la colección con las mezclas para
permitir la unión covalente de moléculas en las mezclas. Los
compuestos de captura pueden organizarse en matrices en virtud de
la función de separación antes, durante o después del contacto.
Después del contacto y de la organización en matrices de los loci
de la matriz, cada uno contiene un subconjunto de las moléculas en
la mezcla. Después, la matriz puede analizarse, tal como mediante el
uso de espectrometría de masas.
Por ejemplo, las proteínas se aíslan a partir de
fluidos biológicos y/o tejidos por lisis celular seguida, por
ejemplo, de métodos de precipitación (por ejemplo, sulfato de
amonio) o degradación enzimática de los ácidos nucleicos y
carbohidratos (si es necesario) y el material de bajo peso molecular
se elimina por tamizado molecular. También pueden obtenerse
proteínas a partir de bibliotecas de expresión. Se hacen reaccionar
alícuotas de la mezcla de proteínas con las colecciones de
compuestos de captura, generalmente miembros de la colección que
tienen diferentes funcionalidades, tales como diferente reactividad
y/o selectividad, para separar la mezcla en familias de proteínas
separadas de acuerdo con la reactividad seleccionada de X o la
función de reactividad más la función de selectividad. La
diversidad (número de diferentes) seleccionada para la función de
separación Q depende de la complejidad de la mezcla diana de
biomoléculas, tales como proteínas. Por lo tanto, por ejemplo,
cuando existen conjuntos de compuestos que difieren en X e Y, la
función de solubilidad, y Q es un oligonucleótido, se selecciona B
de una longitud apropiada para proporcionar un número suficiente de
loci en la matriz resultante de modo que en última instancia cada
"mancha" en la matriz tenga de aproximadamente 5 a 50 o un
número similar de biomoléculas unidas a un compuesto de captura
particular. En general, aunque no necesariamente, todos los
compuestos de captura con una "Q" particular son iguales de
modo que cada "mancha" en la matriz resultante contiene los
mismos compuestos de captura. Sin embargo, existen realizaciones en
las que una pluralidad de compuestos de captura diferentes puede
tener la misma funcionalidad Q.
Como se indica, una matriz incluye no solamente
matrices 2-D en soportes sólidos, sino cualquier
colección que sea direccionable o en la que los miembros sean
identificables, tal como por marcaje con perlas coloreadas o
marcadores RF o marcadores químicos o simbologías en perlas. Se
separan "manchas" o loci en la matriz, colecciones en las que
se separan los compuestos de captura de acuerdo con su función
"Q".
En ciertas realizaciones, el análisis se realiza
usando el número más pequeño posible de reacciones necesarias para
analizar completamente la mezcla. Por lo tanto, en estas
realizaciones, la selección de la diversidad de Q y del número de
grupos X e X/Y de diferente reactividad será una función de la
complejidad de la mezcla de biomoléculas que se vaya a analizar. La
minimización de la diversidad de B y del número de grupos X y/o X/Y
permite el análisis completo de la mezcla con una complejidad
mínima.
La separación de proteínas a partir de una
mezcla compleja se consigue en virtud de los productos de
compuesto-proteína unidos a diferentes miembros de
la colección. El sobrenadante, que contiene los productos de
compuesto de captura-proteína, se pone en contacto
con moléculas receptoras unidas a un soporte o marcadas o dirigidas
de otro modo, tal como oligonucleótidos en un soporte, y se permite
la unión, tal como por hibridación con una matriz de
oligonucleótidos complementarios. En una realización, un soporte
sólido plano que lleva en localizaciones espacialmente diferentes
una matriz de oligonucleótidos o análogos de oligonucleótidos que es
complementaria al oligonucleótido o análogo de oligonucleótido
N^{1}_{m}-B_{i}-N^{2}_{n}
seleccionado, hibrida con los productos de compuesto de
captura-biomolécula.
Después de la reacción o formación de complejos
de los compuestos con las proteínas, cualquier compuesto en exceso
puede eliminarse por adición de un reactivo diseñado para actuar
como "agente de captura". Por ejemplo, una molécula pequeña
biotinilada que tiene una funcionalidad idéntica o similar a la que
ha reaccionado con la X seleccionada, se deja reaccionar con
cualquier exceso de compuesto. La exposición de esta mezcla a
estreptavidina unida a una perla magnética permite la eliminación
del exceso de los compuestos.
La hibridación de los productos de
compuesto-proteína con una secuencia complementaria
se efectúa de acuerdo con condiciones convencionales (por ejemplo,
en presencia de sales caotrópicas para equilibrar los valores de
T_{m} de los diversos híbridos). Cualquier material no hibridado
puede retirarse por lavado y el material hibridado puede
analizarse.
En realizaciones adicionales, los métodos de
este documento usan mezclas de los compuestos que se proporcionan
en este documento que tienen grupos Q permutados para conseguir la
separación de las biomoléculas después de la reacción con los
compuestos. En ciertas realizaciones, estas mezclas de compuestos
tienen subconjuntos (por ejemplo, 64 ó 256 ó 1024) de reactivos X
diferentes de las 4^{i} permutaciones en Q, donde i es el número
de nucleótidos o análogos de los mismos contenidos en el resto B de
Q (por ejemplo, 65.536 permutaciones para i = 8). La reacción de
los subconjuntos por separado con una alícuota de la mezcla de
biomoléculas que se va a analizar da como resultado mezclas de
conjugado que pueden alinearse con, por ejemplo, un formato de
placa de microtitulación (por ejemplo, 96, 384, 1536, etc.). El
análisis realizado usando estos subconjuntos de mezclas de compuesto
proporciona una separación adicional de las biomoléculas antes del
análisis.
En otras realizaciones, puede realizarse una
combinación selectiva de los productos de diferentes reactivos que
contienen restos X (por ejemplo, grupos X reactivos con amino y
tiol; etc.) para el análisis combinado en un solo ensayo (por
ejemplo, en una sola microplaca).
La Figura 1 representa un método ejemplar para
la separación y el análisis de una mezcla compleja de proteínas
mediante el uso de espectrometría de masas de
MALDI-TOF. La exposición de un compuesto como se
describe en este documento a una mezcla de biomoléculas,
incluyendo, pero sin limitación, proteínas (P1 a P4) proporciona
una matriz de compuesto-proteína (NA = resto
oligonucleotídico o resto de análogo de oligonucleótido, L =
enlazador escindible, P = proteína). La separación de la matriz se
efectúa por hibridación de la porción Q de la matriz con una
secuencia complementaria unida a un soporte, tal como una microplaca
de oligonucleótidos. Las proteínas (P1 a P4) se analizan después
mediante espectrometría de masas de MALDI-TOF.
Cuando la complejidad de una mezcla de
biomoléculas incluyendo, pero sin limitación, proteínas es baja,
pueden aplicarse métodos cromatográficos de afinidad o de
filtración por afinidad para separar los productos de
compuesto-proteína de la mezcla de proteínas. Si
las proteínas que se van a analizar estuvieron marcadas con
fluorescencia antes de (o después) de la reacción con el compuesto
pero antes de la hibridación, estas proteínas marcadas también
pueden detectarse en la matriz. De esta forma las posiciones que
llevan un híbrido pueden detectarse antes de la exploración sobre
la matriz con espectrometría de masas de MALDI-TOF y
el tiempo para analizar la matriz se minimiza. Pueden aplicarse
espectrómetros de masas de diversas clases para analizar las
proteínas (por ejemplo, lineal o con reflexión, con o sin
extracción retrasada, con TOF, Q-TOF o analizador de
transformada de Fourier con láseres de diferentes longitudes de onda
y fases de muestra xy).
Los formatos de espectrometría masas para el uso
en este documento incluyen, pero sin limitación, desorción e
ionización por láser asistida por matriz (MALDI), ionización por
electropulverización (ES) continua o de pulsos, pulverización
iónica, pulverización térmica o espectrometría de masas por impacto
masivo de grupos y un formato de detección tal como tiempo de vuelo
lineal (TOF), tiempo de vuelo de reflectrón, un solo cuadrupolo,
múltiple cuadrupolo, sector magnético simple, sector magnético
múltiple, transformada de Fourier, resonancia de ciclotrón de ión
(ICR), trampa de iones y combinaciones de los mismos tales como
espectrometría de MALDI-TOF. Por ejemplo, para ES
las muestras disueltas en agua o en un tampón volátil se inyectan de
forma continua o discontinua en una interfaz de ionización de
presión atmosférica (API) y después se realiza el análisis de masas
mediante un cuadrupolo. La generación de múltiples picos de iones
que pueden obtenerse usando espectrometría de masas ES puede
aumentar la precisión de la determinación de masas. Puede obtenerse
información incluso más detallada sobre la estructura específica
usando una configuración de cuadrupolo MS/MS.
Los especialistas en la técnica conocen métodos
para realizar MALDI. También se conocen numerosos métodos para
mejorar la resolución. Por ejemplo, la resolución en espectrometría
de masas de MALDI-TOF puede mejorarse reduciendo el
número de colisiones de alta energía durante la extracción de iones
(véase, por ejemplo, Juhasz et al. (1996) Analysis, Anal.
Chem. 68:941-946, véase también, por ejemplo, la
Patente de Estados Unidos Nº 5.777.325, Patente de Estados Unidos
Nº 5.742.049, Patente de Estados Unidos Nº 5.654.545, Patente de
Estados Unidos Nº 5.641.959, Patente de Estados Unidos Nº
5.654.545, Patente de Estados Unidos Nº 5.760.393 y Patente de
Estados Unidos Nº 5.760.393 para descripciones de MALDI y protocolos
de extracción retardada). También puede emplearse el
acondicionamiento de moléculas que se van a analizar de las
biomoléculas unidas al compuesto de captura antes del análisis.
En espectrometría de masas de MALDI
(MALDI-MS) pueden usarse diversos analizadores de
masa, por ejemplo, instrumentos de sector magnético/deflexión
magnética en modo de un solo o de triple cuadrupolo (MS/MS),
transformada de Fourier y tiempo de vuelo (TOF), incluyendo
configuraciones de tiempo de vuelo ortogonal (O-TOF)
como se conocen en la técnica de la espectrometría masas. Para el
proceso de desorción/ionización, pueden usarse numerosas
combinaciones de matriz/láser. También pueden emplearse
configuraciones de trampa de iones y reflectrón.
El MALDI-MS requiere que la
biomolécula se incorpore en una matriz. Esto se ha hecho en
polipéptidos y en ácidos nucleicos mezclados en una matriz sólida
(es decir, cristalina). La matriz se selecciona de modo que absorbe
la radiación láser. En estos métodos, se usa un láser tal como un
láser UV o IR que incide en la mezcla de biomolécula/matriz que se
cristaliza en una punta de sonda u otro soporte adecuado, efectuando
este modo la desorción e ionización de la biomolécula. Además, se
ha realizado MALDI-MS en polipéptidos, glicerol y
otros líquidos en forma de matriz.
Puede diseccionarse selectivamente una mezcla
compleja de proteínas y tomando todos los datos en conjunto,
analizarse completamente mediante el uso de compuestos con
diferentes funcionalidades X. Las proteínas presentes en una mezcla
de origen biológico pueden detectarse porque todas las proteínas
tienen funcionalidades reactivas presentes en sus superficies. Si
en cada posición en la matriz de compuesto-proteína
existe la misma proteína escindible en las mismas condiciones que L
o se añade sin unión covalente al soporte sólido y sirve como un
patrón de peso molecular interno, puede determinarse la cantidad
relativa de cada proteína (o péptido si la matriz de proteínas se
digirió enzimáticamente). Este proceso permite la detección de
cambios en proteínas expresadas cuando se comparan con tejidos de
individuos sanos y enfermos, o cuando se comparan con el mismo
tejido en condiciones fisiológicas diferentes (por ejemplo, estudios
dependientes del tiempo). El proceso también permite la detección
de cambios en proteínas expresadas cuando se comparan diferentes
secciones de tejidos (por ejemplo, tumores) que pueden obtenerse,
por ejemplo, por biopsia por láser.
Pueden estudiarse interacciones
proteína-proteína y
proteína-molécula pequeña (por ejemplo, fármaco) por
contacto de la matriz de compuesto-proteína con una
mezcla de las moléculas de interés. En este caso, se usará un
compuesto que no tenga un enlace L escindible o que tenga un enlace
L que sea estable en condiciones de MALDI-TOF MS.
La posterior exploración de la matriz con el espectrómetro de masas
demuestra que las proteínas hibridadas de la matriz de proteínas
han interaccionado eficazmente con las mezclas de proteínas o
moléculas pequeñas de interés.
También es posible el análisis usando la
metodología bien conocida de doble híbrido y puede detectarse
mediante espectrometría de masas. Véanse, por ejemplo, las Patentes
de Estados Unidos Nº 5.512.473, 5.580.721, 5.580.736, 5.955.280,
5.695.941. Véase también Brent et al. (1996) Nucleic Acids
Res. 24(17):3341-3347.
En las realizaciones anteriores, incluyendo
aquéllas en las que Z contiene un enlace escindible, los compuestos
pueden contener un marcador modificador de masas. En estas
realizaciones, se usa el marcador modificador de masas para
analizar las diferencias en estructura (por ejemplo, modificación de
cadenas laterales tal como fosforilación o desfosforilación) y/o en
los niveles expresión de biomoléculas, incluyendo proteínas. En una
realización, se usan dos compuestos (o dos conjuntos de compuestos
que tienen restos B permutados idénticos) que sólo difieren en la
presencia o ausencia de un marcador modificador de masas (o tienen
dos marcadores de masa con diferencias de masa apropiadas). Un
compuesto (o un conjunto de compuestos) se hace (o hacen)
reaccionar con tejido "sano" y el compuesto (o compuestos)
modificado(s) de masa modificada se hace(n) reaccionar
con el tejido "enfermo" en condiciones por lo demás idénticas.
Las dos reacciones se combinan y se analizan en un modo doble. Las
diferencias de masa esclarecerán las proteínas que están
estructuralmente alteradas o expresadas en diferente cantidad en el
tejido enfermo. Pueden usarse tres o más marcadores modificadores
de masa en reacciones separadas y combinarse para análisis múltiples
para realizar un seguimiento de las diferencias durante fases
diferentes del desarrollo de enfermedad (es decir, marcador
modificador de masa 1 en el punto de tiempo 1, marcador modificador
de masa 2 en el punto de tiempo 2, etc.) o, como alternativa, para
analizar diferentes secciones tisulares de un tejido enfermo tal
como una muestra de tumor.
La selectividad en la reacción de los compuestos
que se proporcionan en este documento con una biomolécula, tal como
una mezcla de proteínas, también puede conseguirse por realización
de las reacciones bajo control cinético y por retirada de alícuotas
a diferentes intervalos de tiempo. Como alternativa, pueden
realizarse diferentes reacciones en paralelo (por ejemplo,
diferenciándose todas en el resto B del grupo Q) y realizarse con
diferentes proporciones estequiométricas o detenerse a diferentes
intervalos de tiempo y analizarse por separado.
En realizaciones en las que los compuestos de
captura que se proporcionan en este documento poseen un grupo
luminiscente o colorimétrico, puede visualizarse el conjugado de
compuesto-biomolécula inmovilizado en el soporte
insoluble antes del análisis. La visualización del conjugado
proporciona información acerca de dónde ha hibridado el conjugado
(tal como para un análisis espectrométrico de masas de
MALDI-TOF posterior). En ciertas realizaciones, con
reactivos seleccionados puede determinarse la cantidad de una
proteína dada de experimentos separados (por ejemplo, sano frente a
enfermo, punto de tiempo 1 frente a punto de tiempo 2, etc.)
mediante el uso de colorantes que pueden diferenciarse
espectrofotométricamente.
En otras realizaciones, los métodos se realizan
por marcaje de las biomoléculas que se van a analizar incluyendo,
pero sin limitación, proteínas, con más de uno, en una realización
de tres a cinco, de los compuestos que se proporcionan en este
documento. Dichos compuestos poseen funcionalidad diseñada para
dirigir características químicas más pequeñas de las biomoléculas
en lugar de una característica macromolecular. Véase, por ejemplo,
la Figura 3. Dichas características químicas más pequeñas incluyen,
pero sin limitación, NH_{2}, SH, SS (después de la protección
terminal con SH, puede fijarse como diana SS, por ejemplo, por oro)
y OH. En un ejemplo no limitante, el OH fenólico de tirosina se
captura selectivamente usando un compuesto diazo, tal como una sal
de arildiazonio. En esta realización, la reacción puede realizarse
en agua. Por ejemplo, podría usarse una sal de diazonio
funcionalizada cuando la funcionalidad permita la captura posterior
de un compuesto proporcionado en este documento, proporcionando de
este modo una biomolécula marcada con oligonucleótido. Una sal de de
diazonio funcionalizada de este tipo es:
Una biomolécula modificada con este reactivo se
marca después con un oligonucleótido que posee un resto dieno. Se
aprecia por los especialistas en la técnica que en estas
realizaciones pueden usarse muchas parejas de reactivos distintas
de dienófilo/dieno. En el caso del dienófilo/dieno, la reacción del
dienófilo con el dieno puede realizarse en presencia de muchos
otros grupos funcionales incluyendo oligonucleótidos activados con
N-hidroxisuccinimido que reaccionan con un grupo
NH_{2}. Por lo tanto, estas dos reacciones de marcaje específicas
pueden realizarse en una reacción. Véase, por ejemplo, la Figura
5.
Posteriormente, las biomoléculas marcadas de
forma múltiple hibridan en una matriz de oligonucleótidos
antisentido, en una realización una microplaca que contiene una
matriz de oligonucleótidos antisentido. Dichas biomoléculas
marcadas múltiples pueden separarse con mayor selectividad que
biomoléculas marcadas de forma sencilla. Véase, por ejemplo, la
Figura 4.
En realizaciones en las que los compuestos para
el uso en los métodos que se proporcionan en este documento son
insolubles o escasamente solubles en agua o tampones acuosos, se
añaden disolventes orgánicos a los tampones para mejorar la
solubilidad. En una realización, la proporción de tampón:disolvente
orgánico es tal que no se produce la desnaturalización de la
biomolécula. En otra realización, los disolventes orgánicos usados
incluyen, pero sin limitación, acetonitrilo, formamida y piridina.
En otra realización, la proporción de tampón: disolvente orgánico
es de aproximadamente 4:1. Para determinar si se necesita un
co-disolvente orgánico, se mide la proporción de
reacción de los compuestos que se proporcionan en este documento con
una amina hidrosoluble tal como 5'-aminotimidina.
Por ejemplo, la siguiente reacción se realiza en una diversidad de
mezclas de disolventes bien conocidos para los especialistas en la
técnica para determinar las condiciones óptimas para el posterior
marcaje y análisis de biomoléculas:
Las colecciones de captura permiten una
estrategia holística de arriba hacia abajo para analizar el proteoma
y otras biomoléculas. Como se indica, las colecciones y métodos de
uso proporcionan una forma imparcial de analizar biomoléculas, ya
que los métodos no evalúan necesariamente clases específicas de
dianas sino que, en su lugar, detectan o identifican cambios en las
muestras. Los cambios identificados incluyen cambios estructurales
que están relacionados con las secuencias primarias y modificaciones
incluyendo modificaciones postraduccionales. Además, puesto que los
compuestos de captura pueden incluir una función de solubilidad,
pueden diseñarse para reacción en condiciones hidrófobas,
permitiendo de este modo el análisis de moléculas unidas a la
membrana y asociadas a la membrana, particularmente proteínas.
Los problemas con el análisis de proteoma surgen
de la variación genética que no está relacionada con un fenotipo
diana, la variación del proteoma debida a diferencias tales como el
género, edad, estado metabólico, las mezclas complejas de células
en tejidos diana y variaciones de la fase del ciclo celular. Por lo
tanto, para identificar o detectar cambios, tales como cambios
relacionados con enfermedad, entre los componentes de biomolécula de
tejidos y células, puede ser importante la homogeneidad de la
muestra. Para proporcionar homogeneidad, se comparan células con
diferentes fenotipos tales como enfermas frente a sanas, del mismo
individuo. Como resultado, las diferencias en patrones de
biomoléculas pueden atribuirse a las diferencias en el fenotipo en
lugar de diferencias entre individuos. Por lo tanto, pueden
obtenerse muestras a partir de un solo individuo y células con
diferentes fenotipos, tales como sanas frente a enfermas, y se
separan las que responden de las que no responden. Además, las
células pueden sincronizarse o congelarse en un estado metabólico
para reducir adicionalmente diferencias de fondo.
Por lo tanto, las colecciones de compuestos de
captura pueden usarse para identificar proteínas específicas de
fenotipo o modificaciones de las mismas u otras biomoléculas
específicas de fenotipo y patrones de las mismas. Esto puede
conseguirse por comparación de muestras de biomoléculas de células o
tejidos con un fenotipo con las células equivalentes a muestras de
biomoléculas de células o tejidos con otro fenotipo. Se comparan
los fenotipos en células del mismo individuo y tipo celular. En
particular, se comparan células primarias, cultivo de células
primarias y/o células sincronizadas. Pueden identificarse patrones
de unión de biomoléculas de las células con miembros de compuestos
de captura de la colección y usarse como un distintivo o perfil de
una enfermedad o estado de salud u otros fenotipos. También puede
identificarse la biomolécula unida particular, tal como una o más
proteínas, y pueden identificarse nuevos marcadores asociados con
enfermedad, tales como proteínas o estructuras particulares de los
mismos. El Ejemplo 6 proporciona una realización ejemplar en la que
se separan células. Véase también la
Figura 19.
Figura 19.
\newpage
Los fenotipos para comparación incluyen, pero
sin limitación:
- 1)
- muestras de células o tejidos enfermos frente a sanos para identificar proteínas u otras biomoléculas asociadas con la enfermedad o que son marcadores para enfermedad;
- 2)
- muestras de los que responden y no responden a fármacos (es decir, un 20-30% de pacientes con melanoma maligno responden a interferón alfa y otros no lo hacen) para identificar biomoléculas indicativas de respuesta;
- 3)
- muestras de células o tejidos con un perfil de toxicidad para fármacos o condiciones ambientales para identificar biomoléculas asociadas con la respuesta o un marcador de la respuesta; y
- 4)
- muestras de células o tejidos expuestos a cualquier condición o que presentan cualquier fenotipo para identificar biomoléculas, tales como proteínas, asociadas con la respuesta o fenotipo o que son un marcador para las mismas.
Generalmente, las muestras para cada fenotipo se
obtienen a partir del mismo organismo, tal como del mismo mamífero,
de modo que las células se emparejan esencialmente y cualquier
variación debería reflejar la variación debida al fenotipo y no a
la fuente de las células. Pueden obtenerse muestras de células
primarias (o tejidos). En todos los casos, las muestras pueden
obtenerse del mismo individuo antes de la exposición o tratamiento
o de tejido sano o enfermo para permitir la identificación de
biomoléculas asociadas al fenotipo.
Las células pueden separarse por cualquier
método adecuado que permita la identificación de un fenotipo
particular y después la separación de las células basada en el
mismo. Puede usarse cualquier método de separación, tal como, por
ejemplo, selección o selección negativa (donde se capturan las
células no deseadas y las células deseadas permanecen en
sobrenadante) por el que se recuperan las células vivas. Estos
métodos incluyen, pero sin limitación:
- 1)
- citometría de flujo;
- 2)
- captura específica;
- 3)
- selección negativa en la que se capturan las células no deseadas y las células diana permanecen en sobrenadante y se recuperan células vivas para análisis; y
- 4)
- microdisección mediante captura por láser (LCM) (Arcturus, Inc Mountain View, CA).
Por lo tanto, los criterios de clasificación
incluyen, pero sin limitación, potencial de membrana, flujo iónico,
actividad enzimática, marcadores de superficie celular, marcadores
de enfermedad y otros criterios de este tipo que permiten la
separación de células de un individuo basándose en el fenotipo.
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La microdisección mediante captura por láser
(LCM) (Arcturus, Inc Mountain View, CA) usa una plataforma de
microscopio combinada con un láser IR de baja energía para activar
una película de captura plástica sobre células de interés
seleccionadas. Después, las células se levantan suavemente del
tejido circundante. Esta estrategia impide cualquier absorción de
radiación láser por células microdiseccionadas o tejido circundante,
asegurando de este modo la integridad de ARN, ADN y proteína
preparada a partir de las muestras microdiseccionadas para un
análisis posterior.
\vskip1.000000\baselineskip
La citometría de flujo es un método, análogo en
alguna medida a la microscopía fluorescente, en el que se realizan
mediciones sobre partículas (células) en suspensión líquida que
fluye de una en una a través de un haz de láser centrado a
velocidades de hasta varios miles de partículas por segundo. Se
recogen la luz dispersada y la fluorescencia emitida por las
partículas (células), se filtra, se digitaliza y se envía a un
ordenador para su análisis. Típicamente, la citometría de flujo
mide la unión de una sonda marcada con un fluorocromo a células y
la comparación de la fluorescencia resultante con la fluorescencia
de fondo de células no teñidas. Las células pueden separarse usando
una versión de citometría de flujo, la separación por flujo, en la
que las partículas (células) se separan y recuperan a partir de una
suspensión basándose en propiedades medidas de flujo. Las células
que se recuperan mediante la separación por flujo son viables y
pueden recogerse en condiciones estériles. Típicamente, las
subpoblaciones recuperadas presentan una pureza superior al 99,5%
(véanse las Figuras 19a y 19b).
La citometría de flujo permite que las células
se diferencien usando diversos parámetros incluyendo características
físicas y/o químicas asociadas con células o propiedades de
reactivos asociados con células o sondas, midiéndose cualquiera de
ellas mediante instrumentos detectores. Separación: Vivas frente a
Muertas. Se usa dispersión frontal y lateral para la identificación
preliminar y se generan ventanas de poblaciones celulares. Se usan
parámetros de dispersión para excluir residuos, células muertas y
agregados no deseados. En una muestra de sangre periférica o médula
ósea, pueden definirse poblaciones de linfocitos, monocitos y
granulocitos y pueden crearse ventanas por separado y analizarse en
base a la dispersión frontal y lateral. Las células que se recuperan
mediante separación por flujo son viables y pueden recogerse en
condiciones estériles. Típicamente, las subpoblaciones recuperadas
tienen una pureza superior al 99,5%.
Los experimentos de separación celular comunes
habitualmente implican ensayos de inmunofluorescencia, es decir,
tinción de células con anticuerpos conjugados con colorantes
fluorescentes para detectar antígenos. Además, la separación puede
realizarse usando construcciones con el indicador GFP para aislar
poblaciones puras de células que expresen un gen/construcción
dada.
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La medición del parámetro de fluorescencia
permite la investigación de estructuras y funciones celulares
basándose en la tinción directa, reacciones con sondas marcadas con
fluorocromos (por ejemplo, anticuerpos) o la expresión de proteínas
fluorescentes. Pueden medirse señales de fluorescencia como
parámetros individuales o múltiples que se corresponden con
diferentes longitudes de onda de excitación láser y emisión de
fluorescencia. Cuando se usan diferentes fluorocromos de forma
simultánea, puede producirse un excedente de señal entre canales de
fluorescencia. Esto se corrige mediante la compensación. Ciertas
combinaciones de fluorocromos no pueden usarse simultáneamente; los
especialistas en la técnica pueden identificar dichas
combinaciones.
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La inmunofluorescencia implica la tinción de
células con anticuerpos conjugados con colorantes fluorescentes
tales como FITC (fluoresceína), PE (ficoeritrina), APC
(aloficocianina), y conjugados en tándem basados en PE (R670,
CyChrome y otros). Las dianas habituales en estos ensayos son
antígenos de la superficie celular, pero también pueden dirigirse
anticuerpos a antígenos o citoquinas en el citoplasma.
La tinción de ADN se usa principalmente para la
generación de un perfil del ciclo celular o como un método para
medir la apoptosis. El yoduro de propidio (PI), el tinte de ADN
usado más comúnmente, no puede entrar en células vivas y por lo
tanto puede usarse para ensayos de viabilidad. Para ensayos del
ciclo celular o apoptosis usando PI, las células deben fijarse
primero para que tenga lugar la tinción (véase el protocolo). La
cantidad relativa de tinción de ADN con PI se corresponde con la
proporción de células en las fases GO/G1, S y G2/M, indicando
menores cantidades de tinción células apoptóticas/necróticas. La
tinción con PI puede realizarse simultáneamente con ciertos
fluorocromos, tales como FITC y GFP, en ensayos para caracterizar
adicionalmente la apoptosis o la expresión
génica.
génica.
Puede medirse la expresión y transfección de
genes indirectamente mediante el uso de un gen indicador en la
construcción. Por ejemplo, pueden usarse construcciones de tipo
proteína verde fluorescente (EGFP, proteínas roja y azul
fluorescentes) y \beta-galactosidasa para
cuantificar las poblaciones de células que expresen el
gen/construcción. Actualmente están disponibles mutantes de GFP que
pueden excitarse a frecuencias comunes, pero emiten fluorescencia a
diferentes longitudes de onda. Esto permite la medición de
co-transfección, así como la detección simultánea
de expresión de genes y anticuerpos. Deberían incluirse controles
negativos apropiados (de fondo) para experimentos que impliquen
construcciones de tipo GFP. Los controles incluyen, por ejemplo, el
mismo tipo celular, usando el inserto génico menos la construcción
de tipo GFP.
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La anexina-V puede marcarse con
diversos fluorocromos para identificar células en fases tempranas de
apoptosis. La CFSE se une a membranas celulares y se distribuye
igualmente cuando se dividen las células. Después puede contarse el
número de divisiones que experimentan las células en un periodo de
tiempo. El CFSE puede usarse con ciertos fluorocromos para
inmunofluorescencia. Puede medirse el flujo de calcio usando
marcadores Indo-1. Esto puede combinarse con
tinción inmunofluorescente. Pueden realizarse ensayos de conjugación
intercelulares usando combinaciones de colorantes tales como
calceína e hidroetidina.
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Una vez que se obtienen células clasificadas o
separadas pueden cultivarse y pueden sincronizarse o congelarse en
un estado metabólico particular. Esto aumenta la capacidad para
identificar biomoléculas específicas de fenotipo. Dichas células
para separarse mediante los métodos anteriores, incluyendo mediante
citometría de flujo. Además, pueden separarse en grupos células en
el mismo ciclo celular, en el mismo estado metabólico u otro estado
sincronizado usando citometría de flujo (véase la Figura 19c).
Pueden sincronizarse o congelarse ciclos
celulares mediante una diversidad de métodos incluyendo, pero sin
limitación, la quelación celular de iones críticos, tal como por
eliminación de magnesio, cinc, manganeso, cobalto y/o otros iones
que realizan funciones específicas mediante EDTA u otros quelantes
(véase, por ejemplo, los Ejemplos). Otros métodos incluyen
controlar diversas rutas metabólicas o bioquímicas. La Figura 18
representa puntos ejemplares de regulación de mecanismos de control
metabólico para la sincronización celular. Los ejemplos de
sincronización o "congelación" del control metabólico para
sincronizar células incluyen, pero sin limitación, los
siguientes:
- 1)
- control de la expresión génica;
- 2)
- regulación de reacciones enzimáticas;
- 3)
- control negativo: inhibición por retroalimentación o represión del producto final e inducción enzimática son mecanismos de control negativo que conducen a una disminución en la transcripción de proteínas;
- 4)
- control positivo: la represión de catabolitos se considera una forma de control positivo porque afecta a un aumento en la transcripción de proteínas;
- 5)
- control de la traducción de proteínas individuales:
- a)
- los oligonucleótidos que hibridan con el sitio terminal 5' inhiben la síntesis de proteínas por inhibición de la interacción inicial entre el ARNm y la subunidad 40S del ribosoma;
- b)
- los oligonucleótidos que hibridan en la UTR 5' hasta, e incluyendo, el codón de inicio de la traducción inhiben la exploración de la subunidad 40S (o 30S) o el ensamblaje del ribosoma completo (80S para eucariotas o 70S para sistemas bacterianos);
- 6)
- control de modificaciones postraduccionales;
- 7)
- control de enzimas alostéricas, cuando el sitio activo se une al sustrato de la enzima y lo convierte en un producto. El sitio alostérico está ocupado por alguna molécula pequeña que no es un sustrato. Si la proteína es una encima, cuando el sitio alostérico está ocupado, la enzima es inactiva, es decir, la molécula efectora disminuye la actividad de la enzima. Algunas enzimas alostéricas multicomponente tienen varios sitios ocupados por diversas moléculas efectoras que modulan la actividad enzimática a lo largo de un intervalo de condiciones.
\vskip1.000000\baselineskip
Los marcadores y dianas asociados con enfermedad
importantes podrían ser proteínas de baja abundancia que podrían no
detectarse mediante espectrometría de masas. Para asegurar la
detección, puede realizarse un primer experimento de presentación
de compuesto de captura. La matriz resultante de proteínas
capturadas se hace reaccionar con un colorante no selectivo, tal
como un colorante fluorescente, que iluminará o hará visible más
proteínas sobre la matriz. El colorante puede proporcionar una
estimación semicuantitativa de la cantidad de proteína. Pueden
determinarse las diferentes proteínas detectadas por el colorante y
después compararse el número detectado mediante análisis
espectrométrico de masas. Si se detectan más proteínas usando el
colorante, los experimentos pueden repetirse usando un mayor número
de células de partida de modo que puedan detectarse proteínas de
baja abundancia e identificarse mediante el análisis espectrométrico
de masas.
Por ejemplo, proteínas constitutivas tales como
actina y otras proteínas de este tipo están presentes en alta
abundancia y pueden enmascarar a las proteínas de baja abundancia.
Pueden usarse compuestos de captura u otro compuesto de
purificación seleccionado o diseñado para capturar o eliminar las
proteínas de alta abundancia o biomoléculas de una mezcla antes de
usar una colección para evaluar los componentes de la mezcla. Una
vez que se eliminan las proteínas de alta abundancia, las proteínas
de baja abundancia tienen una concentración eficazmente superior y
pueden detectarse. Estos métodos, por lo tanto, tienen dos etapas:
una primera etapa para capturar componentes de alta abundancia de
mezclas de biomoléculas tales como las actinas. Por ejemplo, un
lisado celular puede ponerse en contacto con moléculas de captura
que incluyen un grupo de reactividad tal como biotina u otra
función de reactividad general unida a un grupo de clasificación
para eliminar dichas proteínas de alta abundancia, y después se
puede usar una colección de compuestos de captura adecuada para
identificar compuestos de menor abundancia que permanezcan en el
lisado.
Además, como se ha analizado anteriormente,
pueden diseñarse compuestos de captura, tal como mediante la
selección apropiada de W, para interaccionar con orgánulos intactos
antes de romperlos en células que se han lisado suavemente o
tratado de otra forma para permitir el acceso a los orgánulos y
membranas internas. Después, los orgánulos capturados pueden
romperse, pudiendo incluirse una membrana artificial, tal como una
bicapa lipídica o recubrimiento de micelas, para capturar las
proteínas de orgánulos y otras biomoléculas en un entorno que
conserve su estructura tridimensional. Estas proteínas capturadas
pueden analizarse. Esto permite que los compuestos de captura
interaccionen con las proteínas capturadas y otras biomoléculas en
su estructura terciaria nativa.
\vskip1.000000\baselineskip
Las colecciones y/o miembros de las mismas
pueden usarse para detectar o diferenciar confórmeros específicos
de proteínas. Por lo tanto, por ejemplo, si una conformación
particular de una proteína se asocia con una enfermedad (o estado
de salud), las colecciones o miembros de las mismas pueden detectar
un confórmero o diferenciar confórmeros basándose en un patrón de
unión a los compuestos de captura en una colección. Por lo tanto,
las colecciones y/o miembros de las mismas pueden usarse para
detectar enfermedades causadas por proteínas conformacionalmente
alteradas (o enfermedades de agregación de proteínas), donde una
proteína o polipéptido asociada a enfermedad tiene una conformación
asociada a enfermedad. Los métodos y colecciones proporcionados en
este documento permiten la detección de un confórmero asociado con
una enfermedad que se va a detectar. Estas enfermedades incluyen,
pero sin limitación, enfermedades amiloides y enfermedades
neurodegenerativas. Otras enfermedades y proteínas asociadas que
presentan dos o más conformaciones diferentes en las que menos una
conformación es con enfermedad, incluyen las expuestas en la
siguiente Tabla:
\vskip1.000000\baselineskip
\newpage
Las colecciones pueden ponerse en contacto con
una mezcla de los confórmeros y pueden identificarse los miembros
que se unen o conservan cada forma, y por lo tanto, puede asociarse
un patrón con cada confórmero. Como alternativa, pueden
identificarse los que se unen solamente a un confórmero, tal como el
confórmelo asociado con enfermedad, y pueden usarse subcolecciones
de uno o más de dichos compuestos de captura como un reactivo de
diagnóstico para la enfermedad.
\vskip1.000000\baselineskip
Las biomoléculas, tales como proteínas, se
separan usando una interacción covalente o no covalente con
compuestos de captura inmovilizados. Después, pueden usarse
colecciones, tales como matrices de compuestos de captura unidos a
biomoléculas, tales como lisados celulares, para explorar
bibliotecas u otras mezclas de candidatos a fármacos o para
explorar adicionalmente mezclas de biomoléculas para ver qué se une
a las biomoléculas unidas. Los complejos de biomolécula de
captura-biomolécula o los complejos de
biomolécula-candidato a fármaco pueden analizarse
para identificar rutas bioquímicas y también para identificar dianas
con el fármaco candidato.
Por ejemplo, se exponen interacciones
proteína-proteína o
proteína-biomolécula a compuestos de ensayo,
típicamente moléculas pequeñas incluyendo moléculas orgánicas
pequeñas, péptidos, peptidomiméticos, moléculas antisentido o ARNds,
anticuerpos, fragmentos de anticuerpos, anticuerpos recombinantes y
sintéticos y fragmentos de los mismos y otros de dichos compuestos
que pueden servir como candidatos a fármacos o compuestos
importantes. Las moléculas pequeñas unidas se identifican mediante
espectrometría de masas u otros métodos analíticos.
\vskip1.000000\baselineskip
En realizaciones adicionales, los compuestos y
los métodos descritos en este documento están diseñados para
situarse en un sistema integrado que normalice y automatice las
siguientes etapas de proceso:
- \bullet
- Aislamiento de biomoléculas a partir de una fuente biológica, incluyendo aislamiento de las proteínas a partir de lisados celulares (lisis, digestión enzimática, precipitación, lavado).
- \bullet
- Opcionalmente, eliminación de materiales de bajo peso molecular.
- \bullet
- Opcionalmente, división en alícuotas de la mezcla de biomoléculas, tal como una mezcla de proteínas.
- \bullet
- Reacción de la mezcla de biomoléculas, tal como una mezcla de proteínas con compuestos de diferente reactividad química (X) y diversidad de secuencia (B) proporcionados en este documento; esta etapa puede realizarse en paralelo usando alícuotas de la mezcla de biomoléculas.
- \bullet
- Opcionalmente, eliminación del exceso de compuesto.
- \bullet
- Hibridación del conjugado del compuesto-biomolécula, tal como un conjugado de compuesto-proteína con oligonucleótidos de cadena sencilla o análogos de oligonucleótidos que sean complementarios al resto Q del compuesto; los oligonucleótidos de cadena sencilla o análogos de oligonucleótidos se presentan opcionalmente en un formato de matriz y opcionalmente se inmovilizan en un soporte insoluble.
- \bullet
- Opcionalmente, posterior tratamiento químico o enzimático de la matriz de proteína.
- \bullet
- Análisis de la matriz de biomoléculas, incluyendo pero sin limitación, las etapas de (i) deposición de matriz, y (ii) espectrometría de masad de MALDI-TOF punto por punto usando un espectrómetro de masas de matriz (con o sin patrón de peso molecular interno, por ejemplo, en una microplaca para calibrado y cuantificación).
\vskip1.000000\baselineskip
El sistema incluye las colecciones que se
proporcionan en este documento, opcionalmente matrices de dichas
colecciones, un programa informático para el control del proceso de
preparación de muestra y análisis instrumental y para análisis de
los datos resultantes e instrumentación, tal como un espectrómetro
de masas para el análisis de las biomoléculas. El sistema incluye
otros dispositivos tales como dispositivos de cromatografía líquida
de modo que una mezcla de proteínas se separa al menos parcialmente.
El eluyente se recoge en una serie continua de alícuotas en, por
ejemplo, placas de microtitulación, y cada alícuota se hace
reaccionar con un compuesto de captura suministrado.
En reacciones múltiples, pueden hacerse
reaccionar simultáneamente alícuotas en cada pocillo con uno o más
de los compuestos de captura suministrados en este documento que,
por ejemplo, difieren cada uno en X (es decir, funcionalidad
específica amino, tiol, lectinas) teniendo cada uno un resto de
selectividad específico y diferencial Y y en el grupo Q. Puede
realizarse cromatografía en medio acuoso u orgánico. Las mezclas de
reacción resultantes se combinan y se analizan directamente. Como
alternativa, se realizan reacciones secundarias posteriores o
estudios de interacción molecular antes del análisis, incluyendo
análisis espectrométrico de masas.
Los sistemas proporcionados en este documento
pueden contener una línea de ensamblaje tal como robots de pipeteo
en fases xy y módulos de suministro de reactivo/lavado que están
relacionados con un dispositivo de separación central y un
espectrómetro de masas terminal para el análisis y la interpretación
de datos. Los sistemas pueden programarse para realizar etapas de
proceso que incluyen (véase, por ejemplo, la Figura 2), por
ejemplo:
1) Se proporcionan cultivos celulares (o
muestras tisulares) en placas de microtitulación (MTP) con 1, 2...
i pocillos. A cada pocillo, se añaden soluciones para lisis de
células liberando de este modo las proteínas. En algunas
realizaciones, se incluyen etapas de lavado apropiadas así como
adición de enzimas para digerir ácidos nucleicos y otros
componentes no proteicos. En realizaciones adicionales, en lugar de
MTP normales, se usan MTP con placas de filtro en el fondo de los
pocillos. Se eliminan los residuos celulares por filtración o
centrifugación. Se añade una solución de acondicionamiento para el
proceso de separación apropiado y el material de cada pocillo se
carga por separado en el dispositivo de separación.
2) La separación utiliza diferentes principios
de separación tales como carga, determinación del tamaño molecular,
adsorción, intercambio iónico y principios de exclusión molecular.
Dependiendo del tamaño de la muestra, se utilizan dimensiones
apropiadas adecuadas tales como cromatografía líquida de alto
rendimiento de (HPLC) de microperforación. En ciertas
realizaciones, se usa un proceso de flujo continuo y el efluente se
divide continuamente en alícuotas en MPT 1, 2... n.
3) Reacción con Reactivos del Proteoma. Cada MTP
a su vez se transfiere a una Estación de Reactivos de Proteoma que
alberga 1, 2, .... m reactivos que se diferencian solamente en parte
de la secuencia oligonucleotídica (es decir, Q) o/y en la
naturaleza química de la funcionalidad que reacciona con las
proteínas (es decir, X). Si hay más de una MTP que viene de una
muestra de tejido, entonces se añade reactivo 1 en el mismo pocillo
de las MTP 1, 2... n respectivas, es decir, en el pocillo A1,
reactivo 2 en el pocillo A2, etc. En realizaciones en las que las
MTP tienen 86 pocillos
(i = 1-96), se suministran 96 Reactivos del Proteoma diferentes (es decir, 96 compuestos diferentes proporcionados en este documento, m = 1-96) a través de 96 boquillas diferentes de la Estación de Reactivos del Proteoma para evitar la contaminación cruzada.
(i = 1-96), se suministran 96 Reactivos del Proteoma diferentes (es decir, 96 compuestos diferentes proporcionados en este documento, m = 1-96) a través de 96 boquillas diferentes de la Estación de Reactivos del Proteoma para evitar la contaminación cruzada.
4) Combinación: El exceso de Reactivo de
Proteoma se desactiva, se combinan alícuotas de cada pocillo que
pertenecen a una misma muestra de tejido y el material restante se
almacena en condiciones que conserven la estructura (y si es
necesario la conformación) de las proteínas intactas, sirviendo de
este modo como MTP maestras para posteriores experimentos.
5) Se elimina el exceso de Reactivo de Proteoma
en la muestra combinada, usando por ejemplo, el sistema de
biotina/estreptavidina con personas magnéticas, después el
sobrenadante se concentra y se acondiciona para hibridación.
6) Se transfiere a una Microplaca de
Oligonucleótidos. Después de una etapa de lavado para eliminar
material no hibridado y otro de bajo peso molecular, se añade una
matriz. Como alternativa, antes de la adición de matriz, se realiza
una digestión con, por ejemplo, tripsina y/o quimiotripsina. Después
de la retirada por lavado de la enzima y de los productos de
digestión, se añade la matriz.
7) Transferencia de microplaca a espectrómetro
de masas. En una realización, se realiza una espectrometría de
masas de MALDI-TOF. También pueden aplicarse otras
configuraciones espectrométricas de masa adecuadas para el análisis
de proteínas. El espectrómetro de masa tiene una fase xy y por lo
tanto barre sobre cada posición en una mancha para análisis. El
Reactivo del Proteoma puede diseñarse de forma que la mayor parte
del reactivo (incluyendo la parte que hibrida con la matriz de
microplaca de oligonucleótido) se escinde antes o durante la
espectrometría de masas y por lo tanto se detectará en el área de
bajo peso molecular del espectro y por lo tanto estará bien
separado del péptido (en caso de digestión enzimática) o de señales
de peso molecular de proteína en el espectro de masas.
8) Por último, las señales de peso molecular
pueden procesarse para reducción de las interferencias, restar el
fondo y otras etapas de procesamiento de este tipo. Los datos
obtenidos pueden archivarse e interpretarse. Los valores de peso
molecular de las proteínas (o los péptidos obtenidos después de la
digestión enzimática) se asocian con la información de secuencia de
ADN humano y la información de secuencia de proteínas derivada de
las regiones codificantes de proteína. Una interacción con bases de
datos disponibles revelará si ya se conocen las proteínas y sus
funciones. Si la función es desconocida, la proteína puede
expresarse a partir de la secuencia de ADN conocida en una escala
suficiente usando métodos convencionales para aclarar su función y
posterior localización en una ruta bioquímica, donde desempeña su
papel metabólico en un individuo sano o en la ruta de enfermedad
para un individuo con enfermedad.
Puesto que se han almacenado y están disponibles
placas maestras que contienen alícuotas de las diferentes proteínas
dentro de una muestra de tejido dada, pueden realizarse experimentos
posteriores de una forma preseleccionada ahora, por ejemplo, las
proteínas se presentan en la superficie de microplaca para estudios
de interacción proteína-proteína (biomolécula) para
validación de diana o/y para estudiar la interacción con bibliotecas
combinatorias de moléculas pequeñas para selección de candidatos a
fármacos.
\vskip1.000000\baselineskip
Los datos sin procesar generados a partir del
análisis, tales como el análisis de espectrometría de masas, de la
especie de compuesto-proteínas se procesan para
restar el fondo, reducción de la interferencia, calibrado del peso
molecular y perfeccionamiento de picos (por ejemplo, integración de
picos). Los valores de peso molecular de las proteínas escindidas o
los productos de digestión se interpretan y comparan con bases de
datos de proteínas existentes para determinar si la proteína en
cuestión se conoce y, si es así, qué modificaciones están presentes
(glicosilada o no glicosilada, fosforilada o no fosforilada, etc.).
Se componen, comparan e interpretan los conjuntos diferentes de
experimentos que pertenecen a un conjunto de compuestos. Por
ejemplo, un conjunto de experimentos usa un conjunto de compuesto
con un resto X y restos Q diferentes. Este conjunto de experimentos
proporciona datos para una porción del proteoma, puesto que no todas
las proteínas en el proteoma reaccionarán con un resto X dado. La
superposición de los datos de este conjunto de experimentos con
datos de otros conjuntos de experimentos con diferentes restos X
proporciona datos para el proteoma completo.
Se investigan conjuntos de experimentos que
comparan tejidos de individuos sanos y enfermos o de diferentes
fases fisiológicas o del desarrollo (por ejemplo, progresión
tumoral, dependencia de tratamientos farmacológicos para controlar
los resultados de la terapia, respuesta inmune a infección de virus
o bacterias) o áreas tisulares diferentes (por ejemplo, de un
tumor), y los datos finales se archivan.
Los siguientes ejemplos se incluyen con fines
ilustrativos solamente y no pretenden limitar el alcance de la
invención.
Los disolventes y reactivos de calidad comercial
se usaron sin purificación a menos que se especifique otra cosa, y
se adquirieron de los siguientes proveedores: THF Anhidro (Aldrich),
CH_{2}Cl_{2} (Aldrich, Acros, EM Science), CHCl_{3} (Aldrich,
Mallinckrodt), Hexanos (Acros, EM science), Acetato de etilo
(Alrich, Acros), Acetona (Aldrich, EM science), Alcohol metílico
(Aldrich), Éter dietílico (Fisher scientific), Ácido
4-Bromobenzoico (Aldrich),
2-amino-2-metil-1-propanol
(Acros), 1,3-diciclocarbodiimida (Aldrich),
N-hidroxisuccinimida (Aldrich), Maleimida
(Aldrich), Clorhidrato de
1-(3-dimetilaminopropil)-3-etil-carbodiimida
(Acros), Cloruro de Tionilo (Aldrich), Piridina (Aldrich),
Limaduras de magnesio (Acros), Ácido
4-(Difenilhidroximetil)benzoico (Fluka), Etaóxido de sodio
(Acros), Carbonato de Potasio, Yoduro de sodio, Tetracloruro de
carbono, yoduro de metilo, RED-AI (Aldrich),
Na_{2}SO_{4} anhidro (Acros), Ácido acético (EM science),
Hidróxido de sodio (Acros), Tamices moleculares Aº_{4} (Aldrich)
y Cloruro de acetilo (Aldrich). Se obtuvieron los datos del espectro
de RMN ^{1}H a partir de un fotómetro de espectro de RMN de 500
MHz usando CDCl_{3} como disolvente. Los datos del espectro de
masas se analizaron usando el método de electropulverización.
N^{1} = N^{2}, m = n = 4, i = 3, B = 64
permutaciones de secuencia
N^{1} \neq N^{2}, m = n = 4, i = 4, B =
256 permutaciones de secuencia
\vskip1.000000\baselineskip
N^{1} \neq N^{2}, m = 7, n = 8, i = 8, B =
65.536 permutaciones de secuencia
Separación de proteínas en una matriz de
ADN usando un agente de captura ejemplar que no está dentro del
alcance de la invención
N^{1}_{m}-B_{i}-N^{2}_{n}-(S^{1})_{t}-M(R^{15})_{a}-(S^{2})_{b}-L-X-Proteína
donde B es a trímero; m = n = 4, i = 3, t = b = 1; las secuencias
subrayadas son N^{1} y N^{2}
Las mezclas de proteínas pueden dividirse
selectivamente en las técnicas de separación física o
bioquímica.
\vskip1.000000\baselineskip
Pueden aislarse proteínas a partir de cultivos
celulares o tejidos de acuerdo con métodos bien conocidos por los
especialistas en la técnica. Las proteínas aisladas se purifican
usando métodos bien conocidos por los especialistas en la técnica
(por ejemplo, TPAE, precipitación de proteínas diferencial
(precipitación por sales, pH y polímeros iónicos), cristalización
diferencial de proteínas, fraccionamiento en masa, electroforesis
(PAGE, concentración isoeléctrica, capilar) y cromatografía (por
inmunoafinidad, HPLC, LC)). Se recogen fracciones de columna
individuales que contienen mezclas de proteínas de complejidad
limitada para el uso como antígeno.
\vskip1.000000\baselineskip
Se homogeneizan células cultivadas o tejidos en
una solución desnaturalizante que contiene tiocianato de guanidina
4 M. El homogeneizado se mezcla secuencialmente con acetato de sodio
2 M (pH 4), fenol, y por último cloroformo/alcohol isoamílico o
bromocloropropano. La mezcla resultante se centrifuga dando una fase
acuosa superior que contiene el ARN total. Después de la
precipitación con isopropanol, el sedimento de ARN se disuelve en
solución desnaturalizante (que contiene tiocianato de guanidina 4
M), se precipita con isopropanol y se lava con etanol al
75%.
75%.
\vskip1.000000\baselineskip
Las células se lavan con solución salina
tamponada con fosfato enfriada en hielo y se mantienen en hielo
durante todas las manipulaciones posteriores. El sedimento de
células recogidas se resuspende en un tampón de lisis que contiene
el detergente no iónico Nonidet P-40. La lisis de
las membranas plasmáticas se produce casi inmediatamente. Los
núcleos intactos se retiran mediante una centrifugación breve en
microcentrífuga y se añade dodecil sulfato de sodio al sobrenadante
citoplásmico para desnaturalizar la proteína. La proteína se digiere
con proteasa y se retira por extracciones con fenol/cloroformo y
cloroformo. El ARN citoplásmico se recupera mediante precipitación
con
etanol.
etanol.
\vskip1.000000\baselineskip
Se purifica el ARN mensajero a partir de una
preparación de ARN total o citoplasmático usando procedimientos
convencionales. Puede separarse el ARN Poli(A)^{+}
del ARN total mediante unión de oligo(dT) a la cola
Poli(A) del ARNm. Se desnaturaliza el ARN total para exponer
las colas Poli(A) (poliadeniladas). El ARN que contiene
Poli(A) se une después a perlas magnéticas recubiertas con
oligo(dT) y se separa del ARN total o citoplasmático
mediante fuerzas magnéticas. La población de ARN puede enriquecerse
adicionalmente con respecto a la presencia de moléculas de longitud
completa mediante la selección de una especie de ARNm que contenga
la protección terminal 5'.
\vskip1.000000\baselineskip
Pueden usarse diferentes tipos de cebadores para
la síntesis de genotecas de ADNc de longitud completa o que
contienen el extremo 5' del ARNm aislado.
\vskip1.000000\baselineskip
En la Figura 7 se proporciona un ejemplo de la
producción de una genoteca de ADNc cebada con oligo dT adaptada.
\vskip1.000000\baselineskip
Estos cebadores generarán un número limitado de
genes que pertenecen a la misma familia de proteínas o de proteínas
funcionalmente relacionadas (Figura 8).
En la Figura 8 se proporciona un ejemplo de la
producción de una genoteca de ADNc específico de motivo de secuencia
adaptada.
\vskip1.000000\baselineskip
\global\parskip0.900000\baselineskip
Los oligonucleótidos usados para la producción
de ADNc pueden contener secuencias adicionales, 1) secuencias
específicas de marcador de proteína para una purificación más
sencilla de las proteínas recombinantes (6x HIS), 2) sitios de
enzimas de restricción, 3) extremo 5' modificado con el objetivo de
purificación de ADNc o construcción de ADN (Figura 10).
La conversión de ARNm en ADNc bicatenario para
la inserción en un vector se lleva a cabo en dos partes. En primer
lugar, se hibrida ARNm intacto con un cebador oligonucleotídico, se
copia mediante una transcriptasa inversa y los productos se aíslan
mediante extracción con fenol y precipitación con etanol. El ARN en
el híbrido de ARN-ADN se elimina con ARNasa H a
medida que la ADN polimerasa de E. coli rellena los huecos.
Los fragmentos de segunda cadena producidos de este modo se ligan
mediante ADN ligasa de E. coli. Se completa la síntesis de
la segunda cadena, se degrada el ARN residual y el ADNc se hace romo
con ARNasa H, ARNasa A, ADN polimerasa T4 y ADN ligasa de E.
coli.
\vskip1.000000\baselineskip
Pueden ligarse moléculas adaptadoras a ambos
extremos del ADNc bicatenario de extremos romos o en sólo un
extremo del ADNc. Podría conseguirse una ligación de adaptador
dirigida mediante el uso de oligonucleótidos modificados en
posición 5' (por ejemplo, biotinilados, aminados) durante la
síntesis de ADNc que evita la ligación del adaptador al extremo 3'
del ADNc. Las moléculas de ADNc resultantes contienen una genoteca
de ADNc de extremo 5' compuesta por la región no traducida 5', el
codón de inicio de la traducción AUG que codifica una metionina,
seguido de la región codificante del gen o genes. Las moléculas de
ADNc están flanqueadas por una secuencia ADN conocida en sus
extremos 5' y 3' (Figuras 14, 15 y 16).
\vskip1.000000\baselineskip
Pueden sintetizarse cebadores de PCR para las
secuencias terminales 5' y 3' conocidas o secuencias internas
conocidas y usarse para la amplificación de la genoteca completa o
subpoblaciones específicas de ADNc usando cebador de amplificación
5' o 3' extendido en combinación con el cebador localizado en el
sitio opuesto de las moléculas de ADNc (Figura 11).
\vskip1.000000\baselineskip
Los cebadores de subpoblaciones contienen dos
porciones (Figura 12). La parte 5' del cebador es complementaria a
la secuencia de una secuencia conocida, prolongándose con su extremo
5' hacia la secuencia de ADNc desconocida. Puesto que cada
nucleótido en la parte de ADNc de la genoteca puede tener un resto
de adenosina, citidina, guanosina o timidina, existen cuatro
posibilidades de nucleótidos diferentes para cada posición
nucleotídica. Pueden sintetizarse cuatro cebadores de amplificación
diferentes conteniendo cada uno la misma secuencia conocida y
prolongándose por un nucleótido hacia el área de ADNc de la
genoteca. Los 4 cebadores difieren solamente en su nucleótido más
3', que es A, C, G o T. Si se supone que cada nucleótido (A, C, G,
T) está igualmente representado en un tramo de ADN, cada uno de los
4 cebadores de amplificación amplificará un cuarto de los genes
totales representados en la genoteca de ADNc. Prolongando la
secuencia de cebador de amplificación adicionalmente y aumentando
el número de cebadores de amplificación, puede reducirse
adicionalmente la complejidad de los productos de amplificación. La
prolongación de la secuencia en 2 nucleótidos requiere la síntesis
de 16 cebadores diferentes disminuyendo la complejidad en 16 veces,
3 nucleótidos requieren 64 cebadores diferentes y la extensión de
nucleótidos requiere n^{4} cebadores diferentes.
\vskip1.000000\baselineskip
La amplificación por PCR implica mezclar ADN
molde, dos cebadores oligonucleotídicos apropiados (cebadores de
extremos 5' y 3' localizados en las secuencias añadidas conocidas
dirigidas en orientación complementaria), Tag u otra ADN
polimerasa termoestable, desoxirribonucleósido trifosfatos (dNTP) y
un tampón. Los productos de PCR se analizan después del ciclado en
geles de ADN o mediante análisis en un ABI 377 usando el programa
informático de análisis Genescan. Estos métodos de análisis permiten
la determinación de la complejidad de la combinación de ADNc
amplificada.
\vskip1.000000\baselineskip
Cada subpoblación de genoteca de ADNc
amplificada se clona en orientación 5' a 3' en un sistema de
expresión de proteína bacteriano (E. coli, etc.) o eucariota
(Baculovirus, levadura, mamífero). El gen se introduce con su
propia señal de inicio de la traducción y un marcador 6xHis en las 3
fases. Por ejemplo, el ADNc se limita con dos enzimas de
restricción de puntos de corte poco frecuentes diferentes (BgIII de
extremo 5' y Not I de extremo 3') y se clona en la orientación 5' a
3' en el vector de transferencia de Baculovirus pVL 1393 bajo el
control directo del promotor de polihedrina.
\global\parskip1.000000\baselineskip
Se cotransfectó ADN de Baculovirus linealizado y
ADN de vector de transferencia recombinante en células de insecto
Sf9 susceptibles con fosfato de calcio. Para la cotransfección, se
prepararon 10 \mug de ADN plasmídico purificado. Se preparó una
reserva de Baculovirus recombinante inicial y se infectaron células
Sf9 para la producción de proteína recombinante.
\vskip1.000000\baselineskip
Las proteínas recombinantes expresadas contienen
un marcador de afinidad (un ejemplo es un marcador 6xHis). Se
purifican en agarosa Ni-NTA. Se obtienen de forma
rutinaria aproximadamente de 1 a 2 mg de proteína de fusión
recombinante 6xHis por litro de cultivo de células de insecto.
\vskip1.000000\baselineskip
Si el vector de expresión o el cebador de
amplificación se construyeron con un sitio de escisión proteolítico
para trombina, el marcador de purificación puede eliminarse de las
proteínas recombinantes después de la etapa de purificación por
afinidad de proteína.
\vskip1.000000\baselineskip
3. La preparación de reactivos
de captura de proteína de anticuerpos es con fines descriptivos
solamente y no se incluye en el alcance de la
invención.
Se inyecta una preparación de proteína
purificada traducida a partir de una combinación de ADNc por vía
intramuscular, intradérmica o subcutánea en presencia de adyuvante
en un animal de la especie seleccionada (conejo). Las
inmunizaciones de refuerzo se comienzan de 4 a 8 semanas después de
la inmunización de sensibilización y se continúa a intervalos de 2
a 3 semanas. El antisuero policlonal se purifica usando normas
conocidas por los especialistas en la técnica.
Los lotes de anticuerpo purificado pueden usarse
directamente como reactivos de captura de proteínas sin
modificación. En este caso, los lotes de anticuerpo de diferentes
animales deben mantenerse por separado (cada lote es un reactivo de
captura).
\vskip1.000000\baselineskip
Generación de moléculas de captura/separación
bifuncionales para separación de la mezcla de proteínas compleja en
una fase sólida.
El dominio C_{H}^{2} glicosilado de los
anticuerpos policlonales se conjuga con oligonucleótidos modificados
en posición 5' usando métodos de conjugación convencionales. La
molécula resultante tiene un resto de captura de proteína
(anticuerpo) y un resto de ácido nucleico (oligonucleótido) (Figura
13).
Los lotes de anticuerpo después de la
inmunización de un animal con una combinación de proteína de
complejidad reducida se conjugan con la secuencia
oligonucleotídica. Los anticuerpos producidos a partir de múltiples
acontecimientos de inmunización con diferentes combinaciones de
proteínas se conjugan con un oligonucleótido con una secuencia
diferente (Figura 13).
\vskip1.000000\baselineskip
Se han desarrollado dos métodos diferentes para
generar oligonucleótidos unidos a un soporte sólido: pueden
sintetizarse in situ o sintetizarse previamente y unirse al
soporte. En cualquier caso, es posible usar los oligonucleótidos
unidos al soporte en una reacción de hibridación con
oligonucleótidos en la fase líquida para formar dúplex; el exceso
de oligonucleótido en solución puede eliminarse después por
lavado.
El soporte puede adoptar la forma de partículas,
por ejemplo esferas de vidrio o perlas magnéticas. En este caso,
las reacciones pueden llevarse a cabo en tubos o en los pocillos de
una placa de microtitulación. Se conocen métodos para la síntesis
de oligonucleótidos y para la unión de oligonucleótidos sintetizados
previamente a estos materiales (véase, por ejemplo, Stahl y col.
(1988) Nuclei Acids Research
16(7):3025-3039).
\vskip1.000000\baselineskip
Se sintetizan oligonucleótidos de una secuencia
definida en un soporte de vidrio funcionalizado con amina. Una
función amina se unió en localizaciones separadas sobre el
portaobjetos de vidrio usando solución de 700 \mul de
H_{2}N(CH_{2})_{3}
Si(OCH_{2}CH_{3})_{3} en 10 ml de etanol al 95%
a temperatura ambiente durante 3 horas. El soporte tratado se lavó
una vez con metanol y después una vez con éter etílico. El soporte
se secó a temperatura ambiente y después se horneó a 110ºC durante
15 horas. Después se lavó con agua, metanol y agua, y después se
secó.
El portaobjetos de vidrio se hizo reaccionar
durante 30 minutos a temperatura ambiente con 250 mg (1 milimol) de
anhídrido ftálico en presencia de 2 ml de piridina anhidra y 61 mg
de 4-dimetil amino piridina.
El producto se aclaró con dicloruro de metileno,
alcohol etílico y éter, y después se secó. Los productos sobre el
portaobjetos se hicieron reaccionar con 330 mg de
diciclohexilcarbodiimida (DCC) durante 30 minutos a temperatura
ambiente. La solución se decantó y se reemplazó con una solución de
117 mg de
6-amino-1-hexanol en
2 ml de dicloruro de metileno y después se dejó a temperatura
ambiente durante aproximadamente 8 horas.
\vskip1.000000\baselineskip
El soporte sólido funcionalizado con amina se
preparó para síntesis de oligonucleótidos por tratamiento con 400
mg de anhídrido succínico y 244 mg de 4-dimetil
aminopiridina en 3 ml de piridina anhidra durante 18 horas a
temperatura ambiente. El soporte sólido se trató con 2 ml de DMF que
contenía 3 milimoles (330 mg) de DCC y 3 milimoles (420 mg) de
p-nitrofenol a temperatura ambiente durante una
noche. El portaobjetos se lavó con DMF, CH_{3}CN,
CH_{2}Cl_{2}, y éter etílico. Una solución de 2 milimoles (234
mg) de H_{2}N(CH_{2})_{6}OH en 2 ml de DMF se
hizo reaccionar con el portaobjetos durante una noche. El producto
de esta reacción era un soporte
-O(CH_{2})_{3}NHCO(CH_{2})_{2}
CONH(CH_{2})_{5}CH_{2}OH. El portaobjetos se lavó con DMF, CH_{3}CH, metanol y éter etílico.
CONH(CH_{2})_{5}CH_{2}OH. El portaobjetos se lavó con DMF, CH_{3}CH, metanol y éter etílico.
El éster funcionalizado resultante de la
preparación del soporte de vidrio se usó para la síntesis de una
secuencia oligonucleotídica. Cada resto nucleosídico se añadió como
una fosforamidita de acuerdo con procedimientos conocidos (véanse,
por ejemplo, las Patentes de Estados Unidos Nº 4.725.677 y
5.198.540, y RE34.069, véase también Caruthers y col., Patente de
Estados Unidos Nº 4.415.732).
\vskip1.000000\baselineskip
Los lotes de anticuerpo purificado pueden 1)
unirse directamente a una superficie sólida e incubarse con muestras
de proteína, 2) incubarse con las muestras y posteriormente unirse a
un soporte sólido sin usar el compuesto de captura, o 3) el
compuesto de captura puede usarse para capturar su proteína
correspondiente en una muestra y posteriormente separar las
proteínas capturadas mediante hibridación de nucleótidos específica
(Figura 14).
\vskip1.000000\baselineskip
Se sintetizan oligonucleótidos aminados en
posición 5' usando química de fosforamidita y se unen a ésteres de
N-oxisuccinimida. Las secuencias oligonucleotídicas
unidas son complementarias a los oligonucleótidos de separación de
las moléculas de anticuerpo bifuncionales (Figura 13). Las proteínas
se capturan mediante hibridación de ácido nucleico de su
oligonucleótido de separación con la secuencia complementaria unida
al oligonucleótido de superficie sólida.
\vskip1.000000\baselineskip
Los anticuerpos bifuncionales se incuban con la
muestra de proteína en condiciones que permiten a los anticuerpos
unirse a su antígeno correspondiente. La molécula de anticuerpo
bifuncional con la proteína capturada se añade a la matriz de
captura preparada con oligonucleótidos. En condiciones de
hibridación de ADN convencionales que no desnaturalizan la unión de
antígeno-anticuerpo, el anticuerpo bifuncional
hibridará con su resto de ácido nucleico con el oligonucleótido
complementario.
\vskip1.000000\baselineskip
Las proteínas unidas se analizan usando métodos
de análisis de proteína convencionales tales como espectrometría de
masas.
\vskip1.000000\baselineskip
A ácido 4-bromo benzoico (50 g,
0,25 M) situado en un matraz de fondo redondo de 500 ml equipado con
un condensador de reflujo se le añadieron 150 ml de cloruro de
tionilo durante 8 horas. El exceso de cloruro de tionilo se retiró
al vacío y el sólido blanco obtenido se disolvió en 100 ml de
CH_{2}Cl_{2} seco y se mantuvo en un baño de hielo. A esta
solución enfriada en hielo de cloruro de bromobenzoilo se le
añadieron gota a gota 45 g de
2-amino-2-metilpropan-1-ol
disueltos en otros 100 ml de CH_{2}Cl_{2} seco con agitación
durante un periodo de 1 hora. El baño de hielo se retiró y la
mezcla de reacción se agitó a temperatura ambiente durante una
noche. El sólido de color blanco precipitado se filtró y se lavó
varias veces con CH_{2}Cl_{2} (4 x 100 ml). El CH_{2}Cl_{2}
combinado se retiró en el evaporador rotatorio y el sólido obtenido
se disolvió lentamente en 150 ml de cloruro de tionilo y se calentó
a reflujo durante 3 horas. El exceso de SOCl_{2} se evaporó hasta
un sexto de su volumen, se vertió en 500 ml de éter seco enfriado en
un baño de hielo y se mantuvo en el frigorífico durante una noche.
El éter se retiró y el clorhidrato precipitado se disolvió en 500
ml de agua fría. La solución acuosa se neutralizó cuidadosamente
usando una solución al 20% de KOH en condiciones de refrigeración
(baño de hielo) y el residuo oleoso de color pardo separado se
extrajo con CH_{2}Cl_{2} (3 x 200 ml) y se secó sobre
Na_{2}SO_{4} anhidro. La retirada del disolvente dio 42 g (67%)
de
2-(4-bromofenil)-4,4-dimetil-1,3-oxazolina
en forma de un aceite de color amarillo. ^{1}H RMN (500 MHz,
CDCl_{3}) \delta ppm: 1,36 (s, 6H), 4,08 (s, 2H), 7,52 (d, 2H),
7,79 (d, 2H). Masa: 254,3 (M^{+}).
\vskip1.000000\baselineskip
1. Método
A
En un matraz de fondo redondo de dos bocas y de
100 ml que contenía 550 mg (8 mM) de NaOEt en 20 ml de DMF seca se
añadió 3-hidroxi benzofenona (1 g, 5 mM) en una
atmósfera de argón. La reacción se agitó a temperatura ambiente
durante 10 min y se añadió gota a gota 2-bromoetoxi
tetrahidropirano (1 g, 5 mM) disuelto en 5 ml de DMF seca. La
mezcla de reacción se calentó a 60ºC durante una noche, se enfrió,
se vertió en agua enfriada con hielo y se extrajo con
CH_{2}Cl_{2} (2 x 50 ml). El disolvente combinado se secó sobre
Na_{2}SO_{4} anhidro y se evaporó. El residuo en bruto obtenido
se purificó por cromatografía en columna sobre gel de sílice usando
una mezcla de hexano/EtOAc (9:1) mixture como eluyente. Rendimiento:
680 mg (42%).
\vskip1.000000\baselineskip
2. Método
B
A la mezcla agitada de 3-hidroxi
benzofenona (1 g, 5 mM), K_{2}CO_{3} anhidro (3 g, 23 mM) y NaI
(500 mg) en acetona seca (40 ml) se le añadió
2-bromoetoxitetrahidropirano (1 g, 5 mM) disuelto en
10 ml de acetona seca y se calentó a reflujo durante 20 h. El
precipitado se filtró y se mezcló con la acetona (3 x 20 ml). El
filtrado combinado se evaporó y el residuo de color amarillento
obtenido se purificó por cromatografía en columna sobre gel de
sílice usando una mezcla de hexano/EtOAc (9:1) como eluyente.
Rendimiento: 55-60%. ^{1}H RMN (500 MHz,
CDCl_{3}) \delta ppm: 1,5-1,63 (m, 4H), 1,72 (m,
1 H), 1,82 (m, 1 H), 3,52 (m, 1 H), 3,8-3,9 (m,
2H), 4,07 (m, 1 H), 4,21 (m, 2H), 4,70 (t, 1 H), 7,15 (d, 1 H), 7,37
(m, 3H), (7,47 (t, 2H), 7,58 (t,1 H), 7,80(d,1 H). Masa:
327,2 (M^{+}), 349,3 (M+Na^{+}).
\vskip1.000000\baselineskip
A un matraz de fondo redondo de dos bocas y de
100 ml equipado con un condensador de relujo se le añadieron
limaduras de Mg activadas (720 mg, 30 mM), unos cristales de I_{2}
y tamices moleculares (4 \ring{A}) en una atmósfera de argón. A
esta mezcla se le añadieron 10 ml de THF. La mezcla se calentó a
50ºC y se añadieron
2-(4-bromofenil)-4,4-dimetil-1,3-oxazolina
(6,5 g, 26 mM) disuelta en 15 ml de THF seca, una cantidad
catalítica de CH_{3}I, RED-Al y CCl_{4} con
agitación y se calentó a reflujo durante 3 horas. Después de esto,
la mezcla de reacción se enfrió a temperatura ambiente, se añadió
fenil-{3-[2-(tetrahidropiran-2-iloxi)-etoxi]-fenil}-metanona
(5,1 g, 15,6 mM) disuelta en 15 ml de THF seco, se calentó de nuevo
a reflujo durante 3 horas, se enfrió y se añadieron 3 ml de agua.
El disolvente se retiró en el evaporador rotatorio, se extrajo con
CHCl_{3} (3 x 100 ml) y se secó sobre Na_{2}SO_{4} anhidro.
El residuo obtenido después de la retirada del disolvente se separó
por cromatografía en columna sobre gel de sílice usando hexano/EtOAc
(7:3) como eluyente. La evaporación de la fracción de la columna
produjo
2-{4'-(3-(2-tetrahidropiran-2-iloxi)etoxi)fenil-4''-fenil)}-4,4-dimetil-1,3-oxazolina
(3) en forma de un sólido cristalino de color amarillo (1,4 g, al
18%). ^{1}H RMN (500 MHz, CDCl_{3}) \delta ppm: 1,37 (s, 6H),
1,5-1,63 (m, 4H), 1,68 (m, 1 H), 1,80 (m, 1 H), 2,85
(s, 1H, -OH), 3,49 (m, 1 H), 3,75 (m, 1 H), 3,85 (m, 1 H),3,97 (m,
1 H), 4,09(m, 4H), 4,66 (t, 1 H), 6,80 (d, 1 H), 6,84 (d, 1
H), 6,88 (s,1H), 7,18-7,31 (m, 6H), 7,34 (d, 2H),
7,87 (d, 2H). Masa: 502,6 (M + 1), 524,5 (M+Na+).
\vskip1.000000\baselineskip
A la mezcla agitada de
2-{4'-(3-(2-tetrahidropiran-2-iloxi)etoxi)fenil-4''-fenil)}-4,4-dimetil-1,3-oxazolina
(3, 200 mg, 0,4 mM) y NaH (100 mg, 4 mM) en 3 ml de DMF seca a t.a.
se le añadió
2-(2-bromoetoxi)tetrahidro-2H-pirano
(500 mg, 2,4 mM) y la reacción se dejó en agitación a t.a. durante
2 h. Después, la mezcla de reacción se vertió en agua enfriada con
hielo, se extrajo con CH_{2}Cl_{2} (3 x 20 ml) y se secó sobre
Na_{2}SO_{4} anhidro. La evaporación del disolvente dio 4 en
forma de un residuo oleoso de color amarillo y con rendimiento
cuantitativo.
\vskip1.000000\baselineskip
Una solución de 4 (360 mg) en 3 ml de ácido
acético acuoso al 80% se calentó a 75ºC durante 12 h. Después, la
solución se evaporó y el residuo obtenido se calentó a reflujo con
NaOH al 20%/EtOH (1:1, v/v, 3 ml) durante 2 h. El disolvente se
retiró, al residuo se le añadieron 10 ml de agua enfriada con hielo
y la solución acuosa se acidificó con HCI 1 N. El sólido
precipitado de color amarillo se filtró, se lavó varias veces con
agua y se secó a alto vacío. Rendimiento: 270 mg (100%,
cuantitativo).
\vskip1.000000\baselineskip
1. Método
A
A una solución agitada del ácido de tritilo 5
(110 mg, 0,26 mM) y N-hidroxi succinimida (80 mg,
0,7 mM) en 1,4-dioxano seco (2 ml) se le añadió
clorhidrato de
1-etil-3-(3-dimetilaminopropil)carbodiimida
(EDC, 105 mg, 5 mM) disuelto en 2 ml de agua. La mezcla de reacción
se agitó durante 12 h a t.a., se extrajo con CHCl_{3} (3 x 10 ml)
y se secó sobre Na_{2}SO_{4} anhidro. El sólido obtenido por
evaporación del disolvente se purificó por fase TLC preparativa.
Rendimiento: 5 mg.
\vskip1.000000\baselineskip
2. Método
B
A una solución agitada del ácido de tritilo 5
(12 mg, 0,03 mM) en THF seco (4 ml) se le añadió diciclohexil
carbodiimida (DDC, 10 mg, 0,05 mM). La mezcla de reacción se agitó
durante 30 min a t.a., se añadieron N-hidroxi
succinimida (11,5 mg, 0,1 mM) y una cantidad catalítica de DMAP y se
dejó en agitación durante una noche. El disolvente se retiró en el
evaporador rotatorio y el sólido obtenido se disolvió en éter seco.
El DCU precipitado se filtró y el disolvente de éter se evaporó. El
sólido en bruto obtenido se purificó mediante una placa de TLC
preparativa. Rendimiento 7 mg (50%). ^{1}H RMN (500 MHz,
CDCl_{3}) \delta ppm : 2,90 (s, 4H), 3,92 (t, 4H), 4,02 (t,
4H), 6,83 (m, 2H), 7,25 (m, 3H), 7,34 (m, 4H), 7,50 (d, 2H), 8,0 (d,
2H).
\vskip1.000000\baselineskip
A la mezcla agitada de
2-{4'-(3-(2-tetrahidropiran-2-iloxi)etoxi)fenil-4''-fenil)}-4,4-dimetil-1,3-oxazolina
(3, 300 mg, 0,6 mM) y NaH (100 mg, 4 mM) en 3 ml de DMF seca a t.a.
se le añadió
3-bromo-1-fenilo
propano (250 mg, 1,2 mM) y la reacción se dejó en agitación a t.a.
durante 2 h. Después la mezcla de reacción se vertió en agua
enfriada con hielo, se extrajo con CH_{2}Cl_{2} (3 x 20 ml) y se
secó sobre Na_{2}SO_{4} anhidro. La evaporación del disolvente
dio 7 en forma de un residuo de color amarillo con rendimiento
cuantitativo.
\vskip1.000000\baselineskip
Una solución de 7 (550 mg) en 3 ml de ácido
acético acuoso al 80% se calentó a 75ºC durante una noche. Después,
la solución se evaporó y el residuo obtenido se calentó a reflujo
con NaOH al 20%/EtOH (1:1, v/v, 3 ml) durante 2 h. El disolvente se
retiró y al residuo se le añadieron 10 ml de agua enfriada con hielo
y la solución acuosa se acidificó con HCI 1 N. Y se extrajo con
CH_{2}Cl_{2} (60 ml) y se secó sobre Na_{2}SO_{4} anhidro.
La evaporación del disolvente dio un sólido de color amarillo.
Rendimiento: 485 mg (cuantitativo).
\vskip1.000000\baselineskip
A una solución agitada del ácido de tritilo 8
(200 mg, 0,42 mM) en THF seco (6 ml) se le añadió diciclohexil
carbodiimida (DDC, 206 mg, 1 mM). La mezcla de reacción se agitó
durante 30 min a t.a., se añadieron N-hidroxi
succinimida (70 mg, 0,6 mM) y una cantidad catalítica de DMAP y se
dejó en agitación durante una noche. El disolvente se retiró en el
evaporador rotatorio y el sólido obtenido se disolvió en éter seco.
El DCU precipitado se filtró y el disolvente de éter se evaporó. El
sólido en bruto obtenido se separó por cromatografía en columna
usando CH_{2}Cl_{2}. Rendimiento: aproximadamente 120 mg.
^{1}H RMN (500 MHz, CDCl_{3}) \delta ppm: 1,70 (m, 2H), 1,9
(t, 2H), 2,9 (s, 4H), 3,5 (m, 2H), 3,9 (t, 2H), 4,0 (t, 2H), 6,85
(m, 4H), 7,25 (m, 4H), 7,32 (m, 5H), 7,51 (m, 3H), 8,09 (d, 2H).
\vskip1.000000\baselineskip
A una solución agitada del ácido de tritilo 8
(280 mg, 0,42 mM) en THF seco (6 ml) se le añadió diciclohexil
carbodiimida (DDC, 400 mg, 1,95 mM). La mezcla de reacción se agitó
durante 30 min a t.a., se añadieron maleimida (100 mg, 1,1 mM) y
una cantidad catalítica de DMAP y se dejó en agitación durante una
noche. El disolvente se retiró en el evaporador rotatorio y el
sólido obtenido se disolvió en éter seco. El DCU precipitado se
filtró y el disolvente éter se evaporó. Parte del producto se
purificó por TLC preparativa. Rendimiento: 12 mg. ^{1}H RMN (500
MHz, CDCl_{3}) \delta ppm: 1,78 (m, 2H), 1,95 (m 2H), 2,9 (s,
4H), 3,51 (m, 2H), 3,93 (t, 2H), 4,02 (t, 2H), 6,8 (m, 5H), 7,25
(m, 5H), 7,29 (m, 5H), 7,37 (m, 3H), 7,48 (d, 2H), Masa: 561,3
(M+).
\vskip1.000000\baselineskip
Este ejemplo muestra la adición de una función
de selectividad sobre un compuesto de captura que posee una función
de reactividad de N-hidroxi succinimidil éster. Los
compuestos con separación pueden prepararse usando un análogo
apropiado del compuesto 11 que se muestra a continuación.
A un vial de reacción se le añaden 1,1
equivalentes de trifenilfosfina y se disuelven en 1,0 ml de THF. A
esta solución se le añaden 1,1 equivalentes de azidodicarboxilato de
diisopropilo y se mezclan durante 5 minutos. Se añade un equivalente
de 11 y se agita durante 5 minutos. Se añade nucleófilo (R_{1} -
OH) y se agita durante una noche a 50ºC. Los productos se purifican
por TLC preparativa.
\vskip1.000000\baselineskip
Se sincronizaron células de cáncer de pulmón
H460 y de cáncer de colon SW480 en Go/G1 con simvastatina y
lovastatina (inhibidores de la HMG-CoA reductasa),
que pueden enriquecer una población de células cancerosas en Go/G1.
Las células detenidas en la fase G2/M se obtuvieron por tratamiento
con nocodazol.
\vskip1.000000\baselineskip
La línea celular SW480 se cultivó en medio de
Eagle modificado por Dulbecco (DMEM), la línea celular H460 (ATCC
Manassas, VA) se cultivó en RPMI 1640, mientras que la FK101 se
cultivó en medio sin suero (SFM) con CO_{2} al 5% a 37ºC. Los
medios de cultivo de células se suplementaron con suero bovino fetal
al 10% (FBS), 1-glutamina 2 mM, penicilina (100
U/ml) y estreptomicina (100 U/ml).
\vskip1.000000\baselineskip
Se obtuvieron células H460 y SW480 enriquecidas
en fase G_{1} después de la incubación con medio sin suero
durante 48 horas, o tratamiento con U026, lovastatina o
simvastatina. Las células en fase S se sincronizaron por incubación
de las células con medio que no contenía suero durante 24 horas
seguido de tratamiento con afidicolina (2 \mug/ml) durante 20
horas y liberación de las células de afidicolina durante 3 horas.
Las células detenidas en la fase G2/M se obtuvieron por tratamiento
con nocodazol (0,4-0,8 mg/ml) durante un periodo de
16-20 horas.
\vskip1.000000\baselineskip
Procedimiento General: Una solución de ácido
4-(difenilhidroximetil)benzoico (0,04 mM) en 1 ml de
SOCl_{2} se calentó a reflujo durante 1 h y el exceso de
SOCl_{2} se retiró a alto vacío. A este residuo sólido de color
amarillo obtenido se le añadió maleimida (0,045 mM) disuelta en THF
seco recién destilado (1 ml) y se agitó a temperatura ambiente
durante 2 h. El disolvente se retiró y se añadió el alcohol
correspondiente (ROH, exceso de 2-5 veces) disuelto
en piridina seca (1 ml) con agitación. Después agitar la mezcla de
reacción a temperatura ambiente durante una noche, la solución se
extrajo con CH_{2}Cl_{2} (5 x 3 ml) y se secó sobre
Na_{2}SO_{4} anhidro. El residuo obtenido después de la
evaporación del disolvente se separó por TLC preparativa (Gel de
sílice, placa de 500 \mum), dando el producto 1 con un rendimiento
del 50-60%. Los derivados de tritilo 1 se
caracterizaron totalmente por ^{1}H RMN y por los datos
espectrales de masas.
Procedimiento
1
Se hizo reaccionar el ácido
4-(difenilhidroximetil)benzoico con 2 equivalentes de
N-hidroxisuccinimida usando 1,2 equivalentes de
diisopropil carbodiimida. El producto deseado se purificó por
cromatografía sobre sílice ultrarrápida y se caracterizó por
espectrometría de masas ESI.
Los 125 \mumoles del producto anterior se
añadieron a 1,0 ml de cloruro de acetilo. Esta mezcla de reacción se
agitó a temperatura ambiente durante 1 hora y se evaporó tres veces
con tolueno para retirar el exceso de cloruro de acetilo. Se
añadieron volúmenes iguales de la mezcla de reacción a los
nucleófilos (véase a continuación) disueltos en piridina 1,0 M/THF.
Estas mezclas de reacción se mezclaron a 60ºC durante 2 horas. Los
productos resultantes se extrajeron en CHCl_{3} y HOAC al 10%. Los
productos se purificaron por TLC Preparativa (Éter). Los productos
purificados se caracterizaron por MS y RMN.
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
Procedimiento
2
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
Se disuelven 1,64 mmoles de ácido
4-(difenilhidroximetil)benzoico en 5 ml cloruro de tionilo.
Esta mezcla de reacción se calienta a 79ºC y se agita durante 75
minutos. El cloruro de tionilo se retira en una atmósfera de
N_{2} (g). A esta mezcla de reacción secada se le añaden 1,3
equivalentes de N-hidroxisuccinimida disueltos en
THF seco y se agita durante 1 hora. El disolvente THF se retira en
una atmósfera de N_{2} (g). El producto se disuelve en piridina
seca. Se añaden volúmenes iguales de esta solución a los nucleófilos
disueltos en piridina (Véase a continuación). Los productos
resultantes se extraen en CHCl_{3} y HOAC al 10%. Los productos
se purifican por TLC preparativa (Éter). Los productos purificados
se caracterizan por MS y RMN.
\vskip1.000000\baselineskip
Este ejemplo muestra ensayos de unión de captura
ejemplares, los efectos de funciones de selectividad sobre la
unión. Este ejemplo demuestra que el cambio de la selectividad puede
alterar la reactividad del compuesto de captura proporcionando de
este modo un medio para sondear estructuras de biomoléculas y para
permitir la separación o reducción de diversidad usando las
colecciones. En este ejemplo, el grupo núcleo de los compuestos de
captura es un grupo tritilo y el grupo reactivo es succinimida, que
interacciona con una amina primaria. El compuesto 1341 es un
compuesto no selectivo que tiene un grupo de reactividad pero no un
grupo de selectividad. El compuesto 1343 (véase la Figura 20) es
ejemplar de dicho compuesto en el que el grupo de selectividad es
-OH. Cuando el grupo de selectividad cambia, existe una diferencia
en la reactividad sobre las proteínas diana (lisozima, citocromo C y
ubiquitina).
\vskip1.000000\baselineskip
Tres compuestos de captura diferentes
(designados HKC 1343, 1349, 1365; la estructura química de cada
compuesto se enumera a continuación del nombre de compuesto) se
hicieron reaccionar individualmente con lisozima (numero de Acceso
POO698; Figura 20b). Los experimentos de captura se analizaron
usando espectrometría de masas de MALDI-TOF. La
unión se realizó en volúmenes de muestra de 20 \mul con una
concentración de lisozima de 5 \muM en solución tampón HEPES 25
mM, pH 7,0. Los compuestos de captura basados en tritilo se
añadieron a la solución de proteína a una concentración de 10
\muM. La reacción de unión se incubó a temperatura ambiente
durante 30 minutos. La reacción se interrumpió usando 1 \mul de
una solución base TRIZMA 100 mM.
La mezcla de unión compuesto de
captura-proteína se ha preparado para espectrometría
de masas por mezcla de una alícuota de 1 \mul de una reacción de
unión con 1 \mul de ácido sinapínico a 10 mg/ml en acetonitrilo
acuoso al 30%. La muestra se depositó como una mancha de 50 nl en la
superficie de las placas diana de masa y se secó al aire antes del
análisis espectrométrico de masas. Los resultados del análisis de
espectrometría de masas, que se muestran en la Figura 20b,
demuestran que la adición de grupos de selectividad a compuestos
permite alteraciones en la especificidad de unión de compuestos de
captura.
\vskip1.000000\baselineskip
Cuatro compuestos de captura diferentes
(designados HKC 1341, 1343, 1349, 1365; la estructura química de
cada compuesto se enumera a continuación del nombre de Compuesto)
se hicieron reaccionar individualmente con Citocromo b (número de
Acceso: POOOO6, Figura 20c). Los experimentos de captura se
analizaron usando Espectrometría de Masas de
MALDI-TOF. La unión se realizó en volúmenes de
muestra de 20 \mul con concentraciones de Citocromo C de 5 \muM
en solución de tampón HEPES 25 mM, pH 7,0. Los compuestos de captura
basados en tritilo se añadieron a la solución de proteína a una
concentración de 10 \muM. La reacción de unión se incubó a
temperatura ambiente durante 30 minutos. La reacción se interrumpió
usando 1 \mul de una solución de base TRIZMA 100 mM. La mezcla de
unión compuesto de captura-proteína se había
preparado para análisis de espectrometría de masas por mezcla de
una alícuota de 1 \mul de la reacción de unión con 1 \mul de
ácido sinapínico a 10 mg/ml en acetonitrilo acuoso al 30%. La
muestra se depositó como una mancha de 500 nl sobre la superficie de
placas diana de masa y posteriormente se secó al aire antes de los
análisis espectrométricos de masas. Los resultados del análisis de
espectrometría de masas que se muestra en la Figura 20c demuestran
que la adición de grupos de selectividad a compuestos permite
alteraciones en la especificidad de unión de los compuestos de
captura.
\vskip1.000000\baselineskip
Uno de los compuestos de captura ejemplares (HKC
1343) se incubó con una mezcla de tres proteínas diferentes
(Ubiquitina, [PO2248], citocromo C [P00006] y Lisozima [POO698]
(véase, la Figura 20d). El experimento de captura se analizó usando
Espectrometría de Masas de MALDI-TOF. Las reacciones
de unión se realizaron en un volumen de muestra 20 \mul con las
tres proteínas a concentraciones de 5 \muM en solución de tampón
HEPES 25 mM pH 7,0. El compuesto de captura basado en tritilo se
añadió a la solución de proteína a una concentración de 25 \muM.
La reacción de unión se había incubado a temperatura ambiente
durante 30 minutos y la reacción se interrumpió usando 1 \mul de
una solución de base TRIZMA 100 mM. La mezcla de unión compuesto de
captura-proteína se preparó para espectrometría de
masas por medio de la mezcla de una alícuota de 1 \mul de la
reacción de unión con 1 \mul de ácido sinapínico a 10 mg/ml en
acetonitrilo acuoso al 30%. La muestra se depositó como una mancha
de 500 nl sobre la superficie de placas diana de masas y se secó al
aire antes del análisis del espectro de masas. Los resultados del
análisis de espectrometría de masas que se muestran en la Figura
20d demuestran que mediante el análisis espectrofotométrico de masas
puede identificarse una pluralidad de compuestos unidos a un solo
agente de captura que es selectivo.
\vskip1.000000\baselineskip
Otro de los compuestos de captura ejemplares
(HKC 1365) se incubó con una mezcla de tres proteínas diferentes
(Ubiquitina [PO2248], Citocromo C [POOOO6] y Lisozima [POO698];
(véase la Figura 20e)). El experimento de captura se analizó usando
Espectrometría de Masas de MALDI-TOF. Las reacciones
de unión se realizaron en un volumen de muestra 20 \mul con las
tres proteínas a concentraciones de 5 \muM en solución tampón
HEPES 25 mM pH 7,0. El compuesto de captura basado en tritilo se
añadió a la solución de proteína a una concentración de 15 \muM.
La reacción de unión se incubó a temperatura ambiente durante 30
minutos y se interrumpió usando 1 \mul de una solución de base
TRIZMA 100 mM. La mezcla de unión compuesto de
captura-proteína se preparó para espectrometría de
masas por mezcla de una alícuota de 1 \mul de la reacción de unión
con 1 \mul de ácido sinapínico a 10 mg/ml en acetonitrilo acuoso
al 30%. La muestra se depositó como una mancha de 500 nl sobre la
superficie de las placas diana de masas y se secó al aire antes de
los análisis del espectro de masas. Los resultados del análisis de
espectrometría de masas que se muestran en la Figura 20e demuestran
que una pluralidad de compuestos unidos a un solo agente de captura
que es selectivo pueden identificarse mediante análisis
espectrométrico de masas.
\vskip1.000000\baselineskip
La Figura 20f muestra el espectro de masas para
una reacción de evolución a lo largo del tiempo de citocromo C con
un compuesto inespecífico (HKC 1341). El grupo reactivo de
succinamida muestra especificidad y reactividad con las lisinas del
citocromo C. El espectro superior no muestra modificaciones a tiempo
cero, el espectro medio muestra 1-9 modificaciones
que son el resultado de la unión de HKC 1341 después de 30 minutos y
el espectro inferior muestra, después de 24 horas, 17 y 18
modificaciones que se corresponden con el número de lisinas (18) en
el citocromo C.
\vskip1.000000\baselineskip
Estos ejemplos muestran la selectividad del
compuesto de captura haciendo reaccionar una mezcla de compuestos de
captura y una mezcla de proteínas.
\vskip1.000000\baselineskip
Tampón de reacción: HEPES 25 mM, pH 7,0
Proteínas: mezcla de ubiquitina, citocromo c y
lisozima (la proporción molar es 1/5/6), la reserva de proteínas se
prepara a 5 mg/ml (proteínas totales) en tampón de reacción.
Compuestos de captura: HKC 1343 y HKC 1365, la
solución madre es 1 mM en acetonitrilo.
\vskip1.000000\baselineskip
Se prepara una dilución de proteína (mezcla) en
el tampón de reacción a la concentración de 0,5, 2,5 y 3 \muM,
para ubiquitina, citocromo C y lisozima, respectivamente. Se usan
19,5 \mul para una reacción de captura. Cada reacción se inicia
por adición de 0,5 \mul de solución madre de compuesto 1 mM (final
25 \muM). La mezcla de reacción se incuba a temperatura ambiente
durante 30 min antes de que la reacción se pare por adición de
TRIZMA 5 mM.
Se realizan tres reacciones diferentes. Los
primeros dos tubos contienen HKC 1343 y HKC 1365 individualmente y
un tercero se inicia por adición de los compuestos HKC 1343 y 1365
(concentración final 25 \muM para cada compuesto). Después de la
reacción, se mezcla 1 \mul de cada muestra con un volumen igual de
matriz y se somete a análisis de MALDI. El significado estadístico
de los resultados se asegura por triplicado de cada muestra
reacción.
\global\parskip0.000000\baselineskip
<110> HK Pharmaceuticals, Inc.
\hskip1cmKöster, Hubert
\hskip1cmSiddiqi, Suhaib
\hskip1cmLittle, Daniel
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<120> Compuestos de captura, colecciones
de los mismos y métodos para analizar el proteoma y composiciones
complejas
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<130> 24743-2305
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<140> No asignado todavía
\vskip0.400000\baselineskip
<141> Adjunto
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<150> 60/306.019
\vskip0.400000\baselineskip
<151>
16-07-2001
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<150> 60/314.123
\vskip0.400000\baselineskip
<151>
21-08-2001
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<150> 60/363.433
\vskip0.400000\baselineskip
<151>
11-03-2002
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<160> 149
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<170> FastSEQ para Windows Versión 4.0
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 1
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 39
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 1
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 2
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 52
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 2
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 3
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 13
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 3
\vskip1.000000\baselineskip
\hskip1cm
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 4
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 13
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 4
\hskip1cm
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 5
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 9
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 5
\hskip1cm
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 6
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 10
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 6
\hskip1cm
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 7
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 14
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<221> AMIDACIÓN
\vskip0.400000\baselineskip
<222> 14
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<221> MOD_RES
\vskip0.400000\baselineskip
<222> 1
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Xaa es ácido piroglutámico
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 7
\vskip1.000000\baselineskip
\hskip1cm
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 8
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 37
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 8
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 9
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 10
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 9
\hskip1cm
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 10
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 8
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 10
\hskip1cm
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 11
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 7
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 11
\hskip1cm
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 12
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 13
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 12
\hskip1cm
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 13
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 29
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<221> MOD_RES
\vskip0.400000\baselineskip
<222> 1
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Xaa es D-Phe
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<221> MOD_RES
\vskip0.400000\baselineskip
<222> 10
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Nle
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<221> MOD_RES
\vskip0.400000\baselineskip
<222> 26
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Nle
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 13
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 14
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 28
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 14
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 15
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 13
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 15
\hskip1cm
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 16
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 12
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 16
\hskip1cm
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 17
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 14
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 17
\hskip1cm
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 12
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 18
\vskip1.000000\baselineskip
\hskip1cm
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 19
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 31
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 19
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 22
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 20
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 21
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 9
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 21
\hskip1cm
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 22
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 43
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 22
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 23
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 5
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 23
\hskip1cm
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 24
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 32
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 24
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 25
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 9
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 25
\hskip1cm
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 26
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 11
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<221> AMIDACIÓN
\vskip0.400000\baselineskip
<222> 11
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 26
\hskip1cm
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 27
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 3
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<221> AMIDACIÓN
\vskip0.400000\baselineskip
<222> 3
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 27
\hskip1cm
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 28
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 11
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 28
\hskip1cm
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 29
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 10
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<221> MOD_RES
\vskip0.400000\baselineskip
<222> 4
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Tirosina-SO3H
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<221> MOD_RES
\vskip0.400000\baselineskip
<222> 1
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Xaa es ácido piraglutámico
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 29
\hskip1cm
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 30
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 28
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 30
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 31
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 32
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 31
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 32
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 27
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 32
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 33
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 25
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 33
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 34
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 30
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 34
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 35
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
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<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
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<221> AMIDACIÓN
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<222> 35
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<211> 24
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<212> PRT
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<213> Homo Sapiens
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<211> 4
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<212> PRT
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<213> Homo Sapiens
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<220>
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<221> ACETILACIÓN
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<222> 1
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\vskip0.400000\baselineskip
<221> MOD_RES
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<222> 4
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<223> Xaa es ácido
aspártico-fluoroacetilmetilcetona
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<211> 6
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<213> Homo Sapiens
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<212> PRT
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<213> Homo Sapiens
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<221> AMIDACIÓN
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<211> 33
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<212> PRT
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<213> Homo Sapiens
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<223> Xaa es ácido piroglutámico
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<221> AMIDACIÓN
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<222> 11
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\vskip0.400000\baselineskip
<221> MOD_RES
\vskip0.400000\baselineskip
<222> 1
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Xaa es ácido piroglutámico
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\vskip0.400000\baselineskip
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\hskip1cm
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<213> Homo Sapiens
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<220>
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<221> DUDOSO
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<222> 1,5
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<223> Xaa es variable
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<211> 4
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<212> PRT
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<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
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<210> 121
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 13
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<212> PRT
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<213> Homo Sapiens
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\vskip0.400000\baselineskip
<400> 121
\hskip1cm
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 122
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 5
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 122
\hskip1cm
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 123
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 27
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 123
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<210> 124
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<211> 9
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
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\vskip0.400000\baselineskip
<221> MOD_RES
\vskip0.400000\baselineskip
<222> 1
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Xaa es ácido piroglutámico
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 124
\hskip1cm
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 125
\vskip0.400000\baselineskip
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\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
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<211> 19
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<212> PRT
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<213> Homo Sapiens
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<400> 126
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<211> 19
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<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
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<400> 127
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 128
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 19
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<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 128
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 129
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 129
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\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
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<211> 11
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<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<221> AMIDACIÓN
\vskip0.400000\baselineskip
<222> 11
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 130
\vskip1.000000\baselineskip
\hskip1cm
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 131
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 15
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 131
\vskip1.000000\baselineskip
\hskip1cm
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 132
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 18
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 132
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 133
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 36
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\newpage
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 133
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 134
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 5
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 134
\hskip1cm
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 135
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 9
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 135
\hskip1cm
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 136
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 3
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<221> MOD_RES
\vskip0.400000\baselineskip
<222> 1
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Xaa es ácido piroglutámico
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 136
\hskip1cm
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 137
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 4
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 137
\hskip1cm
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 138
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 11
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<221> AMIDACIÓN
\vskip0.400000\baselineskip
<222> 11
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<221> MOD_RES
\vskip0.400000\baselineskip
<222> 1
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Xaa es ácido piroglutámico
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 138
\hskip1cm
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 139
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 5
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 139
\hskip1cm
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 140
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 40
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 140
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 141
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 16
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 141
\hskip1cm
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 142
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 27
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 142
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 143
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 9
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 143
\hskip1cm
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 144
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 9
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 144
\vskip1.000000\baselineskip
\hskip1cm
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 145
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 28
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 145
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 146
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 25
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 146
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 147
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 3
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<220>
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<221> DUDOSO
\vskip0.400000\baselineskip
<222> 2
\vskip0.400000\baselineskip
<223> Xaa es variable
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 147
\hskip1cm
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 148
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 9
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 148
\hskip1cm
\vskip0.400000\baselineskip
<210> 149
\vskip0.400000\baselineskip
<211> 11
\vskip0.400000\baselineskip
<212> PRT
\vskip0.400000\baselineskip
<213> Homo Sapiens
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<400> 149
\hskip1cm
Claims (71)
1. Una colección de compuestos de captura, que
comprende una pluralidad de compuestos de captura diferentes, donde
cada compuesto de captura en la colección tiene la fórmula:
en la
que:
- \quad
- m es un número entero que es de 1 a 100;
- \quad
- n es un número entero de 1 a 100;
- \quad
- la colección incluye al menos 10 compuestos de captura diferentes;
- \quad
- el resto X se selecciona para unirse covalentemente a biomoléculas;
- \quad
- el resto Y modula una o más de las propiedades de afinidad, propiedades estéricas y propiedades electrónicas del compuesto de captura aumentando de esta manera la selectividad de la unión mediante X de tal forma que el compuesto de captura se una a menos biomoléculas cuando el resto de selectividad Y está presente que en su ausencia;
- \quad
- el resto Q permite la separación o inmovilización de los compuestos de captura en la colección; y
- \quad
- el resto Z para presentar X, Y y Q;
- \quad
- Z es un derivado de tritilo para presentar los restos funcionales X, Y y Q; y
- \quad
- Z tiene la fórmula:
2. La colección de la reivindicación 1, en la
que Q permite la separación por organización de los compuestos de
captura en matrices sobre un soporte sólido uniéndose a la
superficie o a una molécula sobre ellos.
3. La colección de la reivindicación 1 o la
reivindicación 2 que incluye al menos cincuenta o al menos 100
compuestos de captura diferentes.
4. La colección de las reivindicaciones 1 - 3,
en la que Q se selecciona para inmovilizar compuestos de captura en
sitios direccionables sobre un soporte sólido.
5. Un soporte sólido, que comprende la colección
de compuestos de cualquiera de las reivindicaciones
1-4, donde los compuestos de captura de la colección
se separan en sitios direccionables sobre el soporte.
6. La colección de la reivindicación 1, en la
que los compuestos de captura componentes tienen la fórmula
7. La colección de la reivindicación 1, en la
que:
- \quad
- Q se selecciona entre biotina, 6-His, BODIPY, un oligonucleótido, un péptido adhesivo, un ácido nucleico peptídico (PNA) y un péptido.
\vskip1.000000\baselineskip
8. La colección de la reivindicación 1, en la
que
- \quad
- Q es un oligonucleótido o análogo de oligonucleótido que incluye una porción monocatenaria de suficiente longitud "j" para formar un híbrido estable con una molécula de ácido nucleico monocatenaria complementaria de base o un análogo.
\vskip1.000000\baselineskip
9. La colección de cualquiera de las
reivindicaciones 1-4 y 6-8, en la
que Q tiene la fórmula
N^{1}_{s}-B_{r}N^{2}_{u}-, en la que:
- \quad
- N^{1}, B y N^{2} son oligonucleótidos o análogos de oligonucleótidos que comprenden los miembros s, i y u, respectivamente;
- \quad
- B es una región de permutaciones de secuencia que contiene al menos dos bases;
- \quad
- y la suma de s, i y u es al menos 5.
\vskip1.000000\baselineskip
10. La colección de la reivindicación 9, en la
que la suma de s, i y u es de aproximadamente 5 hasta
aproximadamente 50.
11. La colección de la reivindicación 9 o la
reivindicación 10, en la que cada miembro de N^{1}, B y N^{2} se
selecciona independientemente entre componentes básicos monoméricos
de ácido desoxirribonucleico, ácido ribonucleico, ácido nucleico
peptídico (PNA) y análogos de los mismos.
12. La colección de cualquiera de las
reivindicaciones 1-4 y 6-11, en la
que Z es un grupo fotoescindible, escindible ácido, escindible
alcalino, escindible de forma oxidativa o escindible de forma
reductora.
13. La colección de cualquiera de las
reivindicaciones 1-4 y 6-12, en la
que Z se escinde antes de o durante el análisis de la
biomolécula.
14. La colección de cualquiera de las
reivindicaciones 1-4 y 6-13, en la
que X se selecciona entre el grupo que consiste en un éster activo,
un resto halo activo, un grupo funcional específico de cadena
lateral de aminoácidos y un complejo de metal.
15. La colección de cualquiera de las
reivindicaciones 1-4 y 6-14, en la
que X es un \alpha-halo éter, un grupo
\alpha-halo carbonilo, maleimido, un complejo de
oro, un complejo de mercurio, un epóxido o un isotiocianato.
16. La colección de cualquiera de las
reivindicaciones 1-4 y 6-14, en la
que X es
-C(=O)O-Ph-pNO_{2},
-C(=O)O-C_{6}F_{5},
-C(=O)-O-(N-succinimidilo),
-OCH_{2}-I, -OCH_{2}-Br,
-OCH_{2}-Cl, - C(O)CH_{2}I,
-C(O)CH_{2}Br o -C(O)CH_{2}Cl.
17. La colección de cualquiera de las
reivindicaciones 1 -4 y 6-16, en la que los
compuestos miembros de la colección comprenden un marcador
modificador de masas.
18. La colección de la reivindicación 17, en la
que el marcador modificador de masas se selecciona entre (i)-(vii)
como se muestra a continuación:
- (i)
- el marcador modificador de masas tiene la fórmula -X^{1}R^{10-,} en la que:
- \quad
- X^{1} es un grupo divalente seleccionado entre -O-, -O-C(O)-(CH_{2})_{y}-C(O)O-, -NH-C(O)-, -C(O)-NH-, -NH-C(O)-(CH_{2})_{y}-C(O)O-, -NH-C(S)-NH-, -O-P(O-alquil)-O-, -O-SO_{2}-O-, -O-C(O)-CH_{2}-S-, -S-, -NH- y
- \quad
- y
- \quad
- R^{10} es un grupo divalente seleccionado entre -(CH_{2}CH_{2}O)_{z}-CH_{2}CH_{2}O-, -(CH_{2}CH_{2}O)_{2}-CH_{2}CH_{2}O-alquileno, alquileno, alquenileno, alquinileno, arileno, heteroarileno, -(CH_{2})_{z}-CH_{2}-O-, -(CH_{2})_{z}-CH_{2}-O-alquileno, -(CH_{2}CH_{2}NH)_{Z}-CH_{2}CH_{2}NH-, -CH_{2}-CH(OH)-CH_{2}O-, -Si(R^{12})(R^{13})-, -CHF- y -CF_{2}-; donde y es un número entero de 1 a 20; z es un número entero de 0 a 200; y cada uno de R^{12} y R^{13} se selecciona independientemente entre alquilo, arilo y aralquilo; o
- (ii)
- el marcador modificador de masas es -S-S-;
- (iii)
- el marcador modificador de masas es -S-;
- (iv)
- el marcador modificador de masas es -(NH-(CH_{2})_{y}-NH-C(O)-(CH_{2})_{y}-C(O))_{z}-NH-(CH_{2})_{y}-NH-C(O)-(CH_{2})_{y}- C(O)O-, donde y y z se seleccionan como en (i);
- (v)
- el marcador modificador de masas es -(NH-(CH_{2})_{y}-C(O))_{z}-NH-(CH_{2})_{y}-C(O)O-, donde y y z se seleccionan como en (i);
- (vi)
- el marcador modificador de masas es -(NH-CH(R^{11})-C(O))_{z}-NH-CH(R^{11})-C(O)O-, donde R^{11} es la cadena lateral de un \alpha-aminoácido que se encuentra en la naturaleza y z se selecciona como en (i); o
- (vii)
- el marcador modificador de masas es -(O-(CH_{2})_{y}-C(O))_{z}-NH-(CH_{2})_{y}-C(O)O-, donde y y z se seleccionan como en (i).
\vskip1.000000\baselineskip
19. La colección de cualquiera de las
reivindicaciones 14 y 6-18, que comprende
adicionalmente biomoléculas unidas covalentemente al resto X de uno
o más compuestos de captura en la colección.
20. La colección de la reivindicación 19, en la
que las biomoléculas comprenden proteínas.
21. La colección de cualquiera de las
reivindicaciones 1-4 y 6-20, en la
que los compuestos de captura comprenden adicionalmente un grupo de
solubilidad W que influencia las propiedades de solubilidad del
compuesto de captura.
22. La colección de cualquiera de las
reivindicaciones 1-4 y 6-21, en la
que la función de selectividad Y se selecciona entre las indicadas
en las Figuras 17a-17hhhh y/o la función de
reactividad X se selecciona entre las indicadas en las Figuras
16a-b.
23. La colección de la reivindicación 1, en la
que Y se selecciona entre un ligando de receptor, un sustrato
enzimático, un inhibidor enzimático, un análogo de estado de
transición, un péptido adhesivo, un péptido mimético y una
estatina.
24. La colección de la reivindicación 1, en la
que Y es un ligando peptídico seleccionado entre los ligandos
peptídicos indicados en este documento como SEC ID Nº: 1 a SEC ID
Nº: 149.
25. La colección de la reivindicación 1, en la
que X es un grupo fotorreactivo.
26. La colección de la reivindicación 1, en la
que cada compuesto de captura en la colección comprende el mismo
resto X pero difiere en el resto Y.
27. La colección de la reivindicación 1, en la
que las biomoléculas de captura comprenden proteínas.
28. Una composición, que comprende una colección
de cualquiera de las reivindicaciones 1-4 y
9-18, en la que cada Q es un oligonucleótido, y los
compuestos de captura se hibridan con una pluralidad de
oligonucleótidos o análogos de los mismos que son complementarios a
cada Q.
29. La composición de la reivindicación 28, en
la que los oligonucleótidos o análogos de los mismos que son
complementarios a Q se inmovilizan sobre un soporte sólido como en
una matriz.
30. Un método para el análisis de biomoléculas,
que comprende:
- a)
- hacer reaccionar una composición de muestra que comprende una biomolécula con un colección de compuestos de captura de cualquiera de las reivindicaciones 1-27, para formar una primera mezcla de complejos compuesto de captura-biomolécula; y
- b)
- identificar o detectar biomoléculas unidas.
\newpage
31. El método de la reivindicación 30, en el que
los compuestos de captura en la colección comprenden adicionalmente
un grupo de solubilidad W que influencia las propiedades de
solubilidad del compuesto de captura.
32. El método de la reivindicación 30 o la
reivindicación 31, en el que las biomoléculas son proteínas.
33. El método de cualquiera de las
reivindicaciones 30-32, en el que:
- \quad
- los compuestos de captura están en una matriz direccionable; y
- \quad
- cada locus de la matriz contiene un compuesto de captura diferente.
\vskip1.000000\baselineskip
34. El método de cualquiera de las
reivindicaciones 30-32, en el que la identificación
comprende análisis espectrométrico de masas de las biomoléculas
unidas.
35. El método de cualquiera de las
reivindicaciones 30-34, en el que la identificación
y la detección comprenden además análisis espectrométrico de masas,
y el método comprende adicionalmente:
- \quad
- tratamiento químico o enzimático de los complejos biomolécula-compuesto de captura para retirar o escindir porciones de los mismos antes del análisis espectrométrico de masas.
\vskip1.000000\baselineskip
36. El método de cualquiera de las
reivindicaciones 30-35, en el que:
- \quad
- la identificación y la detección comprenden análisis espectrométrico de masas; y
- \quad
- las biomoléculas unidas a los compuestos de captura se tratan con una proteasa antes del análisis espectrométrico de masas.
\vskip1.000000\baselineskip
37. El método de cualquiera de las
reivindicaciones 30-36, en el que cada compuesto de
captura en la colección comprende el mismo resto X pero difiere en
el resto Y.
38. El método de cualquiera de las
reivindicaciones 30-37, en el que cada compuesto de
captura en la colección comprende restos Y y Q diferentes.
39. El método de cualquiera de las
reivindicaciones 30-38, en el que cada compuesto de
captura en la colección comprende restos X e Y diferentes.
40. El método de cualquiera de las
reivindicaciones 30-39, en el que:
- \quad
- cada función de separación Q es un oligonucleótido que incluye una porción monocatenaria de longitud "j" para hibridarse con un oligonucleótido complementario, donde j es al menos 5 bases; y el método comprende además:
- \quad
- hibridar los compuestos de captura con un conjunto de oligonucleótidos complementarios, que se unen a un soporte sólido, donde la hibridación se realiza antes o después de la etapa de contacto, inmovilizando de esta manera los compuestos de captura o los complejos compuesto de captura-biomolécula sobre el soporte sólido.
\vskip1.000000\baselineskip
41. El método de la reivindicación 40, en el que
los oligonucleótidos o análogos de oligonucleótidos monocatenarios
que son complementarios al resto Q sobre los compuestos de captura
se inmovilizan sobre un soporte sólido.
42. El método de la reivindicación 40 o la
reivindicación 41, en el que los oligonucleótidos o análogos de
oligonucleótidos monocatenarios que son complementarios al resto Q
comprenden una matriz direccionable.
43. El método de cualquiera de las
reivindicaciones 30-42, en el que la colección
comprende al menos 10, 50, 100, 500 ó 1000 compuestos de captura
diferentes.
44. El método de cualquiera de las
reivindicaciones 30-43, en el que la etapa de
contacto se realiza en un medio acuoso y las biomoléculas son
hidrófilas.
45. El método de cualquiera de las
reivindicaciones 30-43, en el que la etapa de
contacto se realiza en un medio hidrófobo y las biomoléculas son
hidrófobas.
46. El método de cualquiera de las
reivindicaciones 30-45, en el que la identificación
o la detección se realiza por análisis espectrométrico de masas de
las biomoléculas unidas a compuestos de captura.
47. El método de la reivindicación 46, en el que
el formato espectrométrico de masas es espectrometría de masas de
desorción láser asistida por matriz-tiempo de vuelo
(MALDI-TOF).
\vskip1.000000\baselineskip
48. El método de cualquiera de las
reivindicaciones 30-47, en el que:
- \quad
- la función de separación Q permite organizar los compuestos en una matriz sobre un soporte sólido; y
- \quad
- el método comprende adicionalmente organizar los compuestos de captura en una matriz sobre un soporte sólido antes, durante o después de la etapa de contacto, donde:
- \quad
- los complejos biomolécula-compuesto de captura resultantes están en puntos discretos sobre un soporte sólido.
\vskip1.000000\baselineskip
49. El método de la reivindicación 48, en el que
la identificación y la detección de las biomoléculas unidas se
realizan por análisis espectrométrico de masas, que comprende:
- (i)
- adición de matriz a los complejos biomolécula-compuesto de captura; y
- (ii)
- espectrometría de masas de desorción láser asistida por matriz punto por punto-tiempo de vuelo (MALDI-TOF).
\vskip1.000000\baselineskip
50. El método de cualquiera de las
reivindicaciones 34-49, en el que el análisis
espectrométrico de masas de las biomoléculas unidas comprende:
- (i)
- adición de matriz a las biomoléculas unidas a compuestos de captura; y
- (ii)
- espectrometría de masas de desorción láser asistida por matriz-tiempo de vuelo (MALDI-TOF) de las biomoléculas unidas a compuestos de captura.
\vskip1.000000\baselineskip
51. El método de cualquiera de las
reivindicaciones 30-50, en el que la composición de
muestra que comprende una biomolécula es un lisado celular.
52. El método de la reivindicación 51, en el que
las células a partir de las cuales se produce el lisado están
sincronizadas o congeladas en un estado metabólico.
53. El método de cualquiera de las
reivindicaciones 30-52, en el que el análisis es
espectrometría de masas de tiempo de vuelo ortogonal
(O-TOF).
54. El método de cualquiera de las
reivindicaciones 30-52, en el que el análisis es
espectrometría de masas por electropulverización (ES).
55. El método de la reivindicación 30, en el
que:
- \quad
- las biomoléculas son una proteína; y
- \quad
- la etapa de contacto se realiza en condiciones en las que las interacciones del resto Y de los compuestos de captura con proteína en la composición se controlan cinéticamente.
\vskip1.000000\baselineskip
56. Un método para separar confórmeros de
proteínas, que comprende:
- \quad
- poner en contacto una composición de muestra que comprende una biomolécula con una colección de compuestos de captura de cualquiera de las reivindicaciones 1-27;
- \quad
- separar los miembros de la colección; e
- \quad
- identificar las proteínas unidas de la mezcla, por lo que cada confórmero tiene una especificidad de unión diferente para miembros de la colección
\vskip1.000000\baselineskip
57. El método de la reivindicación 56, en el que
la identificación se realiza por espectrometría de masas.
58. El método de la reivindicación 56 o la
reivindicación 57, en el que al menos un confórmero está asociado
con una enfermedad.
59. Un método para reducir la diversidad de una
mezcla compleja de biomoléculas, que comprende:
- \quad
- poner en contacto la mezcla con una colección de compuestos de captura de cualquiera de las reivindicaciones 1-27 para formar biomoléculas unidas a compuestos de captura; y después de la puesta en contacto,
- \quad
- separar las biomoléculas unidas a compuestos de captura.
\vskip1.000000\baselineskip
60. Un método para la identificación de
biomoléculas específicas de fenotipo, que comprende:
- \quad
- células de separación de un sujeto individual de acuerdo con un fenotipo predeterminado para producir al menos dos conjuntos de células separados;
- \quad
- poner en contacto mezclas de biomoléculas de cada conjunto de células separadas con una colección de compuestos de captura de cualquiera de las reivindicaciones 1-27; y
- \quad
- comparar los patrones de unión de biomoléculas de cada conjunto unidas a compuestos de captura para identificar las biomoléculas que difieren para cada conjunto, identificando de esta manera biomoléculas específicas de fenotipo.
\vskip1.000000\baselineskip
61. El método de la reivindicación 60, en el que
las células se sincronizan o congelan en un estado metabólico antes
de separarse y/o después de separarse.
62. El método de la reivindicación 60 o la
reivindicación 61, en el que las biomoléculas comprenden
proteínas.
63. El método de cualquiera de las
reivindicaciones 60-62, en el que las biomoléculas
unidas se identifican por espectrometría de masas.
64. El método de cualquiera de las
reivindicaciones 60-63, en el que los fenotipos son
fenotipos de enfermedad y de salud.
65. El método de la reivindicación 64, en el que
el fenotipo de enfermedad es un tumor y el fenotipo de salud no es
un tumor.
66. El método de la reivindicación 30, en el que
cada uno de los compuestos de captura tiene un primer marcador
modificador de masas; comprendiendo el método adicionalmente:
- \quad
- antes de la etapa b), hacer reaccionar una segunda mezcla de biomoléculas con una segunda colección de compuestos de captura de cualquiera de las reivindicaciones 1-27, para formar una segunda mezcla de complejos compuesto de captura-biomolécula, donde los compuestos que comprende la segunda mezcla de complejos compuesto de captura-biomolécula tienen (i) ningún marcador modificador de masas; o (ii) un segundo marcador modificador de masas;
- \quad
- reunir la primera y segunda mezclas para producir una tercera mezcla de los mismos; y la identificación o detección se realizan por:
- \quad
- separación de los complejos compuesto de captura-biomolécula marcados de forma diferente en la tercera mezcla de acuerdo con el resto Q para producir una matriz de complejos separados; y
- \quad
- analizar los complejos en cada locus.
\vskip1.000000\baselineskip
67. El método de la reivindicación 66, en el que
las biomoléculas son proteínas.
68. La colección de la reivindicación 1, en la
que X se selecciona entre los grupos indicados en las Figuras
16a-b.
69. La colección de la reivindicación 1, en la
que Y se selecciona entre los grupos indicados en las Figuras
17a-17hhhh.
70. La colección de la reivindicación 1, en la
que X se selecciona entre el grupo que consiste en un éster activo,
un resto halo activo, un grupo funcional específico de cadena
lateral de aminoácidos y un complejo metálico.
71. La colección de la reivindicación 70, en la
que X es
- \quad
- -C(=O)O-Ph-pNO_{2}, -C(=O)O-C_{6}F_{5}, -C(=O)-O-(N-succinimidilo), -OCH_{2}-I-OCH_{2}-Br, OCH_{2}-Cl, -C(O)CH_{2}I, -C(O) CH_{2}Br o -C(O)CH_{2}Cl.
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---|---|---|---|
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---|---|---|---|
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Families Citing this family (82)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5605798A (en) * | 1993-01-07 | 1997-02-25 | Sequenom, Inc. | DNA diagnostic based on mass spectrometry |
US7425541B2 (en) * | 1998-12-11 | 2008-09-16 | Medarex, Inc. | Enzyme-cleavable prodrug compounds |
JP2003528111A (ja) * | 2000-03-20 | 2003-09-24 | ジェンザイム・コーポレーション | 治療的抗黒色腫化合物 |
US7019109B2 (en) * | 2001-03-16 | 2006-03-28 | The Salk Institute For Bilogical Studies | SSTR1-selective analogs |
DE60230927D1 (de) * | 2001-07-16 | 2009-03-05 | Caprotec Bioanalytics Gmbh | Fangverbindungen, ihre entnahme und verfahren zur analysierung des proteoms und von komplexen zusammensetzungen |
US20030045477A1 (en) * | 2001-07-26 | 2003-03-06 | Fortuna Haviv | Peptides having antiangiogenic activity |
US6846805B2 (en) * | 2002-02-14 | 2005-01-25 | The Brigham And Women's Hospital, Inc. | Helical peptidomimetics |
ES2319634T3 (es) * | 2002-03-11 | 2009-05-11 | Caprotec Bioanalytics Gmbh | Compuestos y metodos para analizar el proteoma. |
SG153699A1 (en) | 2003-01-16 | 2009-07-29 | Caprotec Bioanalytics Gmbh | Capture compounds, collections thereof and methods for analyzing the proteome and complex compositions |
CA2545653C (en) * | 2003-11-21 | 2014-07-08 | Anp Technologies, Inc. | Asymmetrically branched polymer conjugates and microarray assays |
TW200533919A (en) * | 2003-12-08 | 2005-10-16 | Oxford Gene Tech Ip Ltd | Derivatived molecules for mass spectrometry |
EP1506959A3 (en) * | 2004-09-22 | 2005-07-27 | Oxford Gene Technology Ip Limited | Derivatised molecules for mass spectrometry |
AU2005211776B2 (en) * | 2004-02-11 | 2012-02-02 | Amylin Pharmaceuticals, Llc | Pancreatic polypeptide family motifs and polypeptides comprising the same |
ES2887039T3 (es) | 2004-04-21 | 2021-12-21 | Alexion Pharma Inc | Conjugados para administración ósea y procedimiento de uso de estos para dirigir proteínas al hueso |
US7501397B2 (en) * | 2004-06-04 | 2009-03-10 | The Brigham And Women's Hospital, Inc. | Helical peptidomimetics with enhanced activity |
US7456022B2 (en) * | 2004-07-30 | 2008-11-25 | Reverse Proteomics Research Institute Co., Ltd. | Solid support having ligand immobilized thereon by using photocleavable linker |
JP4635532B2 (ja) * | 2004-09-14 | 2011-02-23 | 株式会社ニコン | 生体分子の分析および回収方法 |
EP1811294A4 (en) * | 2004-10-18 | 2008-06-11 | Mitsubishi Chem Corp | METHOD FOR STRUCTURAL ANALYSIS OF SUGAR CHAINS |
JP2006145519A (ja) * | 2004-10-18 | 2006-06-08 | Mitsubishi Chemicals Corp | 糖鎖構造解析方法 |
GB0512316D0 (en) * | 2005-06-16 | 2005-07-27 | Oxford Gene Tech Ip Ltd | Trityl derivatives for enhancing mass spectrometry |
US8673848B2 (en) | 2012-01-27 | 2014-03-18 | Novartis Ag | Synthetic apelin mimetics for the treatment of heart failure |
US8168181B2 (en) | 2006-02-13 | 2012-05-01 | Alethia Biotherapeutics, Inc. | Methods of impairing osteoclast differentiation using antibodies that bind siglec-15 |
ES2397441T5 (es) | 2006-02-13 | 2022-09-14 | Daiichi Sankyo Co Ltd | Secuencias polinucleotídicas y polipeptídicas implicadas en el proceso de remodelación ósea |
US8084734B2 (en) * | 2006-05-26 | 2011-12-27 | The George Washington University | Laser desorption ionization and peptide sequencing on laser induced silicon microcolumn arrays |
WO2008039130A1 (en) * | 2006-09-29 | 2008-04-03 | Ge Healthcare Bio-Sciences Ab | Method and device for small scale reactions |
GB0700475D0 (en) * | 2007-01-10 | 2007-02-21 | Cole Polytechnique Federale De | Ionization device |
US8110796B2 (en) | 2009-01-17 | 2012-02-07 | The George Washington University | Nanophotonic production, modulation and switching of ions by silicon microcolumn arrays |
WO2010089138A1 (en) | 2009-02-09 | 2010-08-12 | Caprotec Bioanalytics Gmbh | Devices, systems and methods for separating magnetic particles |
US9490113B2 (en) | 2009-04-07 | 2016-11-08 | The George Washington University | Tailored nanopost arrays (NAPA) for laser desorption ionization in mass spectrometry |
US8901044B2 (en) * | 2009-05-13 | 2014-12-02 | Riken | Method to prepare magnetic beads conjugated with small compounds |
US8440962B2 (en) * | 2009-09-08 | 2013-05-14 | Dh Technologies Development Pte. Ltd. | Targeted ion parking for quantitation |
DE102010060498B4 (de) * | 2010-11-11 | 2013-04-18 | Caprotec Bioanalytics Gmbh | Isolierung und funktionale Identifizierung ganzer Zellen |
CA2823066A1 (en) | 2010-12-27 | 2012-07-05 | Alexion Pharma International Sarl | Compositions comprising natriuretic peptides and methods of use thereof |
US20120202709A1 (en) * | 2011-02-09 | 2012-08-09 | Adeptrix Corp. | Devices and Methods for Producing and Analyzing Microarrays |
US11435358B2 (en) | 2011-06-23 | 2022-09-06 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Single molecule peptide sequencing |
GB2577626B (en) | 2011-06-23 | 2020-09-23 | Univ Texas | Identifying peptides at the single molecule level |
DK2802598T3 (en) * | 2012-01-12 | 2018-03-12 | Univ Ulster | PEPTIDES AND PEPTID DERIVATIVES BASED ON XENIN |
US10052366B2 (en) | 2012-05-21 | 2018-08-21 | Alexion Pharmaceuticsl, Inc. | Compositions comprising alkaline phosphatase and/or natriuretic peptide and methods of use thereof |
JP6268173B2 (ja) | 2012-07-19 | 2018-01-24 | 第一三共株式会社 | 抗Siglec−15抗体 |
UA116217C2 (uk) | 2012-10-09 | 2018-02-26 | Санофі | Пептидна сполука як подвійний агоніст рецепторів glp1-1 та глюкагону |
UY35144A (es) | 2012-11-20 | 2014-06-30 | Novartis Ag | Miméticos lineales sintéticos de apelina para el tratamiento de insuficiencia cardiaca |
US8921307B2 (en) | 2012-11-20 | 2014-12-30 | Novartis Ag | Synthetic linear apelin mimetics for the treatment of heart failure |
BR112015014510A2 (pt) | 2012-12-21 | 2017-11-21 | Sanofi Sa | agonistas de glp1/gip duais ou de glp1/gip/glucagon trigonais |
US9618520B2 (en) | 2013-04-25 | 2017-04-11 | Vladislav B. Bergo | Microarray compositions and methods of their use |
MX2016001020A (es) | 2013-07-25 | 2016-08-03 | Novartis Ag | Polipeptidos ciclicos para el tratamiento de insuficiencia cardiaca. |
US9340582B2 (en) | 2013-07-25 | 2016-05-17 | Novartis Ag | Bioconjugates of synthetic apelin polypeptides |
US9267371B2 (en) * | 2013-08-01 | 2016-02-23 | Trace Logic, Inc | Oil and gas fracture liquid tracing with oligonucleotides |
WO2015086730A1 (en) | 2013-12-13 | 2015-06-18 | Sanofi | Non-acylated exendin-4 peptide analogues |
EP3080149A1 (en) | 2013-12-13 | 2016-10-19 | Sanofi | Dual glp-1/glucagon receptor agonists |
WO2015086729A1 (en) | 2013-12-13 | 2015-06-18 | Sanofi | Dual glp-1/gip receptor agonists |
TW201609795A (zh) | 2013-12-13 | 2016-03-16 | 賽諾菲公司 | 作為雙重glp-1/gip受體促效劑的艾塞那肽-4(exendin-4)胜肽類似物 |
EP2913674A1 (en) | 2014-02-28 | 2015-09-02 | Caprotec Bioanalytics GmbH | Stepwise assembled capture compounds comprising a cleavable function and method for isolating and/or characterizing biomolecules or biomolecule fragments, in particular proteins or protein fragments, of complex mixtures |
TW201625668A (zh) | 2014-04-07 | 2016-07-16 | 賽諾菲公司 | 作為胜肽性雙重glp-1/昇糖素受體激動劑之艾塞那肽-4衍生物 |
TW201625670A (zh) | 2014-04-07 | 2016-07-16 | 賽諾菲公司 | 衍生自exendin-4之雙重glp-1/升糖素受體促效劑 |
TW201625669A (zh) | 2014-04-07 | 2016-07-16 | 賽諾菲公司 | 衍生自艾塞那肽-4(Exendin-4)之肽類雙重GLP-1/升糖素受體促效劑 |
US9932381B2 (en) | 2014-06-18 | 2018-04-03 | Sanofi | Exendin-4 derivatives as selective glucagon receptor agonists |
US10822596B2 (en) | 2014-07-11 | 2020-11-03 | Alexion Pharmaceuticals, Inc. | Compositions and methods for treating craniosynostosis |
CA2961493C (en) | 2014-09-15 | 2023-10-03 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Improved single molecule peptide sequencing |
WO2016090251A1 (en) | 2014-12-05 | 2016-06-09 | Alexion Pharmaceuticals, Inc. | Treating seizure with recombinant alkaline phosphatase |
EP3250227A2 (en) | 2015-01-28 | 2017-12-06 | Alexion Pharmaceuticals, Inc. | Methods of treating a subject with an alkaline phosphatase deficiency |
AR105319A1 (es) | 2015-06-05 | 2017-09-27 | Sanofi Sa | Profármacos que comprenden un conjugado agonista dual de glp-1 / glucagón conector ácido hialurónico |
AR105284A1 (es) | 2015-07-10 | 2017-09-20 | Sanofi Sa | Derivados de exendina-4 como agonistas peptídicos duales específicos de los receptores de glp-1 / glucagón |
MX2018002121A (es) | 2015-08-17 | 2018-06-18 | Alexion Pharma Inc | Elaboracion de fosfatasas alcalinas. |
US11229686B2 (en) | 2015-09-28 | 2022-01-25 | Alexion Pharmaceuticals, Inc. | Reduced frequency dosage regimens for tissue non-specific alkaline phosphatase (TNSALP)-enzyme replacement therapy of hypophosphatasia |
JP2018533571A (ja) | 2015-10-30 | 2018-11-15 | アレクシオン ファーマシューティカルズ, インコーポレイテッド | 患者の頭蓋縫合早期癒合症を治療するための方法 |
EP3426286A4 (en) | 2016-03-08 | 2019-12-04 | Alexion Pharmaceuticals, Inc. | METHODS OF TREATING HYPOPHOSPHATASE IN CHILDREN |
EP3436020A4 (en) | 2016-04-01 | 2019-12-25 | Alexion Pharmaceuticals, Inc. | METHOD FOR TREATING HYPOPHOSPHATASIE IN TEENS AND ADULTS |
JP2019513711A (ja) | 2016-04-01 | 2019-05-30 | アレクシオン ファーマシューティカルズ, インコーポレイテッド | アルカリホスファターゼによって筋力低下を治療すること |
IL263274B2 (en) * | 2016-05-26 | 2023-10-01 | Berkeley Lights Inc | Covalently adapted surfaces, kits and methods for their production and uses |
US10988744B2 (en) | 2016-06-06 | 2021-04-27 | Alexion Pharmaceuticals, Inc. | Method of producing alkaline phosphatase |
US11116821B2 (en) | 2016-08-18 | 2021-09-14 | Alexion Pharmaceuticals, Inc. | Methods for treating tracheobronchomalacia |
US20190316169A1 (en) * | 2016-11-28 | 2019-10-17 | Sonanutech Inc. | Methods, compositions, and kits for detecting a cell in a sample |
JP6877003B2 (ja) * | 2016-11-29 | 2021-05-26 | 学校法人同志社 | イメージング質量分析の前処理方法 |
EP3600383A4 (en) | 2017-03-31 | 2020-10-28 | Alexion Pharmaceuticals, Inc. | METHODS FOR TREATMENT OF HYPOPHOSPHATASIA (HPP) IN ADULTS AND ADOLESCENTS |
US10859552B2 (en) * | 2017-06-20 | 2020-12-08 | The Hong Kong Polytechnic University | Edible oil analysis system and method |
US11667945B2 (en) | 2017-08-28 | 2023-06-06 | Shizuoka Prefecture Public University Corporation | Detection method and detection probe for colibactin and colibactin-producing bacteria |
JP2020533612A (ja) | 2017-09-07 | 2020-11-19 | アデプトリックス コーポレーションAdeptrix Corp. | プロテオミクス用のマルチプレックスビーズアレイ |
WO2019190752A1 (en) | 2018-03-30 | 2019-10-03 | Alexion Pharmaceuticals, Inc. | Manufacturing of glycoproteins |
JP7153460B2 (ja) * | 2018-03-30 | 2022-10-14 | シスメックス株式会社 | リポタンパク質の取り込み能を測定する方法及び試薬 |
GB2593091B (en) * | 2018-10-05 | 2023-12-20 | Univ Texas | Solid-phase N-terminal peptide capture and release |
CN111735869A (zh) * | 2020-05-29 | 2020-10-02 | 中山大学 | 一种蛋白质的检测试剂及检测方法 |
CN115109796B (zh) * | 2022-06-10 | 2024-01-16 | 安徽省农业科学院水稻研究所 | 一种隐性核不育水稻种质的构建方法及其应用 |
Family Cites Families (90)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US42112A (en) * | 1864-03-29 | Improvement in grain-drills | ||
US8615A (en) * | 1851-12-23 | sloan | ||
US45269A (en) * | 1864-11-29 | Machine for making bolts and rivets | ||
US4415732A (en) | 1981-03-27 | 1983-11-15 | University Patents, Inc. | Phosphoramidite compounds and processes |
DE3239888A1 (de) | 1982-10-28 | 1984-05-03 | Hubert Prof. Dr. 2000 Hamburg Köster | Verfahren zur herstellung von oligonucleosidphosphonaten |
DE3239887A1 (de) | 1982-10-28 | 1984-05-03 | Hubert Prof. Dr. 2000 Hamburg Köster | Verfahren zur herstellung von oligonucleotiden |
US5198540A (en) | 1982-10-28 | 1993-03-30 | Hubert Koster | Process for the preparation of oligonucleotides in solution |
DE3326520A1 (de) | 1983-07-22 | 1985-01-31 | Hubert Prof. Dr. 2000 Hamburg Köster | Verfahren zur definierten verknuepfung doppelhelikaler dna-fragmente mittels einer linker-dna sowie als linker-dna geeignete oligonucletide |
USRE34069E (en) | 1983-08-18 | 1992-09-15 | Biosyntech Gmbh | Process for the preparation of oligonucleotides |
DE3329892A1 (de) | 1983-08-18 | 1985-03-07 | Köster, Hubert, Prof. Dr., 2000 Hamburg | Verfahren zur herstellung von oligonucleotiden |
DE3546891C2 (de) | 1985-10-21 | 2000-06-08 | Papst Licensing Gmbh & Co Kg | Treiberschaltung zum Betrieb eines kollektorlosen Gleichstrommotors in einem Lüfter oder zum Antrieb eines Lüfters |
EP0285675A1 (de) | 1987-02-06 | 1988-10-12 | BIOSYNTECH Biochemische Synthesetechnik GmbH | Synthetische DNA-Kassetten mit Kodierung fuer artifizielle Proteine und deren Expression |
US4923901A (en) | 1987-09-04 | 1990-05-08 | Millipore Corporation | Membranes with bound oligonucleotides and peptides |
US5770625A (en) | 1988-02-08 | 1998-06-23 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Butyryl-tyrosinyl spermine, analogs thereof and methods of preparing and using same |
US5011861A (en) | 1988-06-28 | 1991-04-30 | Millipore Corporation | Membranes for solid phase protein sequencing |
US5547839A (en) | 1989-06-07 | 1996-08-20 | Affymax Technologies N.V. | Sequencing of surface immobilized polymers utilizing microflourescence detection |
US5143854A (en) * | 1989-06-07 | 1992-09-01 | Affymax Technologies N.V. | Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof |
US5410068A (en) | 1989-10-23 | 1995-04-25 | Perseptive Biosystems, Inc. | Succinimidyl trityl compounds and a process for preparing same |
US5723286A (en) | 1990-06-20 | 1998-03-03 | Affymax Technologies N.V. | Peptide library and screening systems |
US5580721A (en) | 1990-09-24 | 1996-12-03 | The General Hospital Corporation | Assays for inhibitors of myc oncoprotein |
JP3537141B2 (ja) | 1992-10-30 | 2004-06-14 | ザ ゼネラル ホスピタル コーポレーション | 新種蛋白質分離のための相互作用を用いる補捉システム |
US6436635B1 (en) | 1992-11-06 | 2002-08-20 | Boston University | Solid phase sequencing of double-stranded nucleic acids |
US5605798A (en) | 1993-01-07 | 1997-02-25 | Sequenom, Inc. | DNA diagnostic based on mass spectrometry |
WO1994016101A2 (en) | 1993-01-07 | 1994-07-21 | Koester Hubert | Dna sequencing by mass spectrometry |
US6194144B1 (en) | 1993-01-07 | 2001-02-27 | Sequenom, Inc. | DNA sequencing by mass spectrometry |
US5512473A (en) | 1993-01-29 | 1996-04-30 | Brent; Roger | Max-interacting proteins and related molecules and methods |
WO1994021822A1 (en) | 1993-03-19 | 1994-09-29 | Sequenom, Inc. | Dna sequencing by mass spectrometry via exonuclease degradation |
US6074823A (en) | 1993-03-19 | 2000-06-13 | Sequenom, Inc. | DNA sequencing by mass spectrometry via exonuclease degradation |
WO1994027150A1 (en) * | 1993-05-10 | 1994-11-24 | Nissui Pharmaceutical Co., Ltd. | Method for assaying more than one immunological ligand, and assay reagent and kit therefor |
US5695941A (en) | 1994-06-22 | 1997-12-09 | The General Hospital Corporation | Interaction trap systems for analysis of protein networks |
US6428955B1 (en) | 1995-03-17 | 2002-08-06 | Sequenom, Inc. | DNA diagnostics based on mass spectrometry |
ATE352638T1 (de) | 1995-04-11 | 2007-02-15 | Gen Hospital Corp | REVERSE ßTWO-HYBRIDß-SYSTEME |
US5961923A (en) | 1995-04-25 | 1999-10-05 | Irori | Matrices with memories and uses thereof |
US5741462A (en) | 1995-04-25 | 1998-04-21 | Irori | Remotely programmable matrices with memories |
US6025129A (en) | 1995-04-25 | 2000-02-15 | Irori | Remotely programmable matrices with memories and uses thereof |
US5751629A (en) | 1995-04-25 | 1998-05-12 | Irori | Remotely programmable matrices with memories |
US5925562A (en) | 1995-04-25 | 1999-07-20 | Irori | Remotely programmable matrices with memories |
US6017496A (en) | 1995-06-07 | 2000-01-25 | Irori | Matrices with memories and uses thereof |
US5874214A (en) | 1995-04-25 | 1999-02-23 | Irori | Remotely programmable matrices with memories |
US5532379A (en) | 1995-05-05 | 1996-07-02 | Pierce Chemical Company | Biotin containing heterobifunctional cleavable compounds |
US5625184A (en) | 1995-05-19 | 1997-04-29 | Perseptive Biosystems, Inc. | Time-of-flight mass spectrometry analysis of biomolecules |
US5807525A (en) | 1995-08-17 | 1998-09-15 | Hybridon, Inc. | Apparatus and process for multi stage solid phase synthesis of long chained organic molecules |
US6146854A (en) | 1995-08-31 | 2000-11-14 | Sequenom, Inc. | Filtration processes, kits and devices for isolating plasmids |
US5654545A (en) | 1995-09-19 | 1997-08-05 | Bruker-Franzen Analytik Gmbh | Mass resolution in time-of-flight mass spectrometers with reflectors |
US5641959A (en) | 1995-12-21 | 1997-06-24 | Bruker-Franzen Analytik Gmbh | Method for improved mass resolution with a TOF-LD source |
US5742049A (en) | 1995-12-21 | 1998-04-21 | Bruker-Franzen Analytik Gmbh | Method of improving mass resolution in time-of-flight mass spectrometry |
WO1997037953A1 (en) * | 1996-04-08 | 1997-10-16 | Glaxo Group Ltd. | Mass-based encoding and qualitative analysis of combinatorial libraries |
US5777325A (en) | 1996-05-06 | 1998-07-07 | Hewlett-Packard Company | Device for time lag focusing time-of-flight mass spectrometry |
US5928906A (en) | 1996-05-09 | 1999-07-27 | Sequenom, Inc. | Process for direct sequencing during template amplification |
US6022688A (en) | 1996-05-13 | 2000-02-08 | Sequenom, Inc. | Method for dissociating biotin complexes |
CN1173776C (zh) | 1996-06-28 | 2004-11-03 | 卡钳技术有限公司 | 在微规模流体性设备里的高通过量的筛选分析系统 |
US6117631A (en) | 1996-10-29 | 2000-09-12 | Polyprobe, Inc. | Detection of antigens via oligonucleotide antibody conjugates |
US5900481A (en) | 1996-11-06 | 1999-05-04 | Sequenom, Inc. | Bead linkers for immobilizing nucleic acids to solid supports |
US6024925A (en) | 1997-01-23 | 2000-02-15 | Sequenom, Inc. | Systems and methods for preparing low volume analyte array elements |
EP0937097B1 (en) | 1996-11-06 | 2001-08-16 | Sequenom, Inc. | Compositions and methods for immobilizing nucleic acids to solid supports |
DK0937096T3 (da) | 1996-11-06 | 2004-06-14 | Sequenom Inc | Fremgangsmåde til massespektrometri-analyse |
US6133436A (en) | 1996-11-06 | 2000-10-17 | Sequenom, Inc. | Beads bound to a solid support and to nucleic acids |
DE19782095T1 (de) | 1996-11-06 | 2000-03-23 | Sequenom Inc | DNA-Diagnose auf der Basis von Massenspektrometrie |
US6140053A (en) | 1996-11-06 | 2000-10-31 | Sequenom, Inc. | DNA sequencing by mass spectrometry via exonuclease degradation |
US5812272A (en) * | 1997-01-30 | 1998-09-22 | Hewlett-Packard Company | Apparatus and method with tiled light source array for integrated assay sensing |
JP2001526776A (ja) * | 1997-02-04 | 2001-12-18 | シークエノム・インコーポレーテツド | 生体分子を結合するための可逆性化学量論的工程 |
US5972639A (en) | 1997-07-24 | 1999-10-26 | Irori | Fluorescence-based assays for measuring cell proliferation |
GB9718129D0 (en) | 1997-08-27 | 1997-10-29 | Isis Innovation | Branched structures |
US6207370B1 (en) | 1997-09-02 | 2001-03-27 | Sequenom, Inc. | Diagnostics based on mass spectrometric detection of translated target polypeptides |
US5922617A (en) | 1997-11-12 | 1999-07-13 | Functional Genetics, Inc. | Rapid screening assay methods and devices |
US6268131B1 (en) | 1997-12-15 | 2001-07-31 | Sequenom, Inc. | Mass spectrometric methods for sequencing nucleic acids |
US6083682A (en) | 1997-12-19 | 2000-07-04 | Glaxo Group Limited | System and method for solid-phase parallel synthesis of a combinatorial collection of compounds |
ATE256142T1 (de) * | 1998-05-15 | 2003-12-15 | Isis Innovation | Bibliotheken von unterschiedlich markierten oligomeren |
US6406921B1 (en) | 1998-07-14 | 2002-06-18 | Zyomyx, Incorporated | Protein arrays for high-throughput screening |
ATE253126T1 (de) | 1998-08-25 | 2003-11-15 | Univ Washington | Schnelle quantitative analyse von proteinen oder proteinfunktionen in komplexen gemischen |
US6225061B1 (en) | 1999-03-10 | 2001-05-01 | Sequenom, Inc. | Systems and methods for performing reactions in an unsealed environment |
US6629040B1 (en) | 1999-03-19 | 2003-09-30 | University Of Washington | Isotope distribution encoded tags for protein identification |
US6391649B1 (en) | 1999-05-04 | 2002-05-21 | The Rockefeller University | Method for the comparative quantitative analysis of proteins and other biological material by isotopic labeling and mass spectroscopy |
EP1138781A3 (en) | 2000-03-31 | 2004-07-14 | Health Research, Inc. | Method for Quantifying DNA binding activity of DNA binding proteins |
WO2001077668A2 (en) * | 2000-04-10 | 2001-10-18 | The Scripps Research Institute | Proteomic analysis using active-site directed probes |
AU2001265092A1 (en) | 2000-06-02 | 2001-12-17 | Regents Of The University Of California | Profiling of protease specificity using combinatorial fluorogenic substrate libraries |
AU2001268468A1 (en) | 2000-06-13 | 2001-12-24 | The Trustees Of Boston University | Use of nucleotide analogs in the analysis of oligonucleotide mixtures and in highly multiplexed nucleic acid sequencing |
WO2002014856A2 (en) | 2000-08-14 | 2002-02-21 | Isis Innovation Limited | Mass spectrometry |
ATE476654T1 (de) | 2001-03-02 | 2010-08-15 | Activx Biosciences Inc | Plattform für protein-profiling |
DE60237810D1 (de) * | 2001-04-03 | 2010-11-11 | Thermo Finnigan Llc | Zur vereinfachung komplexer peptidgemische geeignete verfahren und kits |
US20020146684A1 (en) | 2001-04-09 | 2002-10-10 | Meldal Morten Peter | One dimensional unichemo protection (UCP) in organic synthesis |
US7045296B2 (en) | 2001-05-08 | 2006-05-16 | Applera Corporation | Process for analyzing protein samples |
US7183116B2 (en) | 2001-05-14 | 2007-02-27 | The Institute For Systems Biology | Methods for isolation and labeling of sample molecules |
GB0116143D0 (en) * | 2001-07-02 | 2001-08-22 | Amersham Pharm Biotech Uk Ltd | Chemical capture reagent |
DE60230927D1 (de) * | 2001-07-16 | 2009-03-05 | Caprotec Bioanalytics Gmbh | Fangverbindungen, ihre entnahme und verfahren zur analysierung des proteoms und von komplexen zusammensetzungen |
ES2319634T3 (es) | 2002-03-11 | 2009-05-11 | Caprotec Bioanalytics Gmbh | Compuestos y metodos para analizar el proteoma. |
JP4583168B2 (ja) | 2002-06-03 | 2010-11-17 | ザ インスティテュート フォー システムズ バイオロジー | 糖タンパク質を定量的プロテオ−ム分析する方法 |
WO2003102220A2 (en) | 2002-06-04 | 2003-12-11 | The Institute For Systems Biology | Methods for high throughput and quantitative proteome analysis |
US7473535B2 (en) | 2002-08-20 | 2009-01-06 | The Institute For Systems Biology | Chemical reagents and methods for detection and quantification of proteins in complex mixtures |
SG153699A1 (en) | 2003-01-16 | 2009-07-29 | Caprotec Bioanalytics Gmbh | Capture compounds, collections thereof and methods for analyzing the proteome and complex compositions |
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