ES2296410T3 - Linea celular de empaquetamiento de retrovirus anfotropicos, proceso para su produccion y uso de la misma. - Google Patents

Linea celular de empaquetamiento de retrovirus anfotropicos, proceso para su produccion y uso de la misma. Download PDF

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    • C12N2740/13052Methods of production or purification of viral material relating to complementing cells and packaging systems for producing virus or viral particles

Abstract

La línea celular de empaquetamiento de retrovirus anfotrópicos con el número de depósito de DSM 2235 que contiene los genes gag, pol y env funcionales integrados en el genoma, en el que la expresión de los genes gag y pol se regula independientemente de la expresión de los genes env, en la que el genoma de dicha línea celular contiene uno o dos genes env en estado funcional activo.

Description

Línea celular de empaquetamiento de retrovirus anfotrópicos, proceso para su producción y uso de la misma.
La invención se refiere a una línea celular de empaquetamiento de retrovirus anfotrópicos mejorada, un proceso para su producción, así como su uso especialmente en terapia génica in vitro e in vivo. Se pueden conseguir títulos virales elevados con vectores retrovirales, que se producen por tal línea celular de empaquetamiento.
Los vectores retrovirales se utilizan extensamente para transferir genes foráneos a las células de mamíferos y humanos. Sin embargo, por razones de seguridad, tales vectores retrovirales no deberían ser de replicación competente. Por esta razón las líneas celulares de empaquetamiento se utilizan para producir vectores retrovirales que no pueden producir virus de tipo salvaje, ya que contienen secuencias de empaquetamiento no funcionales. Tales líneas celulares de empaquetamiento se conocen y se han descrito desde hace tiempo: \Psi2 (Mann et al., Cell 33 (1983) 153-156), \Psi \Psi-Am (Cone and Mulligan, Proc. Natl. Acad. Sci. EUA 81 (1994) 6349-6353), PA12 (Miller et al., Mol. Cell Biol. 5 (1985) 431-437), GP+E-86 (Markowitz et al., J. Virol. 62 (1988) 1120-1124), PA317 (Miller and Buttimore, Mol. Cell Biol.6 (1986) 2895-2902) y GP+env Am12 (Markowitz et al., Virology 167 (1988) 400-406), véase también "Handbuch der molekularen Medizin", Vol. 1 Ed. D. Ganten y K. Ruckpaul, Springer Publishers, Heidelberg 1997, R. Rüger, capítulo 2.1, 197-241.
Sin embargo, todas estas líneas celulares de empaquetamiento, excepto la GP+env Am12 (a la que se hace referencia como Am12 posteriormente), conducen hasta cierto punto a la formación de virus de tipo salvaje (Bosselman et al., Mol. Cell Biol. 7 (1987) 1797-1804). Por el contrario, la Am12 en la que las funciones virales gag y pol se introducen en la célula en un plásmido y env se introduce en la célula en otro plásmido, es una línea celular de empaquetamiento segura. Por lo tanto, estas funciones se integran en diferentes loci del genoma de la célula de empaquetamiento. Para que se formen virus de tipo salvaje a partir de la Am12 deben producirse tres recombinaciones que reparen el genoma original intacto. Esto aparentemente es casi imposible y tampoco se ha observado con anterioridad.
Para evitar los problemas causados por la recombinación homóloga en las líneas celulares de empaquetamiento se han realizado también intentos, por ejemplo, para conseguir expresar gag/pol y env mediante diferentes promotores (Meyers et al., Arch. Virol. 119 (1991) 257-264; Dougherty et al., J. Virol. 63 (1989) 3209-3212) y para utilizar líneas celulares de empaquetamiento basadas en el virus de la necrosis esplénica (VNE) (Martínez y Dornburg, Virology 208 (1995) 234-241).
Sin embargo, una desventaja de las conocidas líneas celulares de empaquetamiento es que los títulos de los vectores virales, en el caso de los vectores retrovirales, que se producen de esta manera son muy bajos y oscilan entre 10^{2} y un máximo de 10^{6} unidades formadoras de colonias (UFC)/mL de sobrenadante del cultivo celular.
La finalidad de la invención es proporcionar líneas celulares de empaquetamiento retroviral seguras que puedan producir vectores virales con una eficiencia de transducción elevada.
La invención se refiere a una línea celular de empaquetamiento de retrovirus anfotrópicos número de depósito de DSM 2235 que contiene los genes funcionales gag, pol y env integrados en el genoma, en el que la expresión de los genes gag y pol se regula independientemente de la expresión de los genes env, que se caracteriza porque el genoma de dicha línea celular contiene uno o dos genes env en estado funcional.
Otro tema de importancia de la invención es un proceso para la producción de un vector retroviral que se caracteriza porque una línea celular de empaquetamiento de retrovirus anfotrópicos, de acuerdo con la invención, se transfecta con un vector viral (genoma vector) que contiene uno o varios genes que son heterólogos respecto al virus, pero que contiene genes retrovirales estructurales en estado funcional inactivo, en el que la línea celular se cultiva y el vector retroviral se aísla del sobrenadante del cultivo.
Otro tema de importancia de la invención es un proceso para la producción de una línea celular de empaquetamiento de retrovirus anfotrópicos con número de depósito de DSM 2235, que se caracteriza porque un plásmido auxiliar que contiene env y un gen selector y un plásmido auxiliar que contiene gag/pol y un gen selector se transfectan en una célula eucariota. Las células transfectadas se identifican en base al gen selector y se aíslan y se seleccionan aquellas células que contienen uno o dos genes env en estado funcional activo.
Un vector retroviral de replicación incompetente puede producirse mediante el método de acuerdo con la inven-
ción.
Ha resultado que el número de env integrados en el genoma de una línea celular de empaquetamiento tiene una influencia decisiva sobre la eficiencia de transducción de los vectores virales que se producen de este modo. Este hecho es el más sorprendente desde lo que se conocía gracias a Martínez y Dornburg, Virology 208 (1995) 234-241, que el grado de la expresión de env en una línea celular de empaquetamiento no tendría una influencia sobre la eficiencia de transducción. Las líneas celulares de empaquetamiento examinadas por Martínez y Dornburg difieren respecto a la expresión de env solamente en la fortaleza de las secuencias del promotor que regulan la expresión
de env.
En un modo de realización preferido la línea celular de empaquetamiento, de acuerdo con la invención, contiene dos env integrados y un gag/pol integrado. De acuerdo con la invención, el empleo de la línea celular de empaquetamiento consigue un título de vectores retrovirales de 2 x 10^{6} hasta 10^{7} o superior, preferiblemente al menos 10^{7} unidades formadoras de colonias/mL del sobrenadante del cultivo celular y/o preferiblemente una eficiencia de transducción de como mínimo el 50% en células MOLT-4 (ATCC CRL 1582) mediante la determinación cuantitativa con el método de centrifugación al cabo de tres días.
La regulación independiente de la expresión génica de gag/pol y env se consigue normalmente mediante la ubicación de al menos una secuencia reguladora de la expresión y/o una señal de parada entre gag/pol y env.
Líneas celulares de partida como líneas celulares de empaquetamiento son, por ejemplo, la 3T3 y la D17. Los vectores de partida adecuados se basan en, por ejemplo, el VLM, VLMuMo. Los expertos en la materia son conocedores de tales líneas celulares de empaquetamiento y vectores de partida adecuados y se describen por ejemplo por R. Rüger (1997) en "Handbuch der molekularen Medizin".
De acuerdo con la invención, se prefiere particularmente la línea celular HSR BM01 como línea celular de empaquetamiento. Boehringer Mannheim GmbH depositó esta línea celular en el "DeutscheSammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH" (DSM), Mascheroder Weg lb, 38124 Braunschweig con el número DSM de acceso 2235 de acuerdo con el Contrato de Budapest el 09.12.1995.
Otro tema de importancia de la invención es un proceso para la producción de una línea celular de empaquetamiento de retrovirus anfotrópicos de acuerdo con la invención.
Una línea celular de retrovirus anfotrópicos con el genoma dividido se puede producir, por ejemplo, como se describe en Markowitz et al., Virology 167 (1988) 400-406. Se utilizan dos plásmidos con este propósito, que codifican para las denominadas secuencias auxiliares f (gag, pol y env).
Con objeto de seleccionar líneas celulares de acuerdo con la invención, debe determinarse el número de env y gag/pol integrados. Esto se realiza apropiadamente mediante la digestión del DNA genómico con enzimas de restricción que no escinden las secuencias gag/pol o las secuencias env y mediante la determinación de la cantidad de fragmentos que contienen secuencias específicas gag/pol o env.
La invención, cuyo alcance de protección resulta de las reivindicaciones de la patente, se ilustra además mediante los ejemplos y las publicaciones siguientes. Los métodos descritos deben entenderse como ejemplos que todavía describan el tema de importancia de la invención, incluso después de introducir modificaciones.
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Ejemplo 1 Construcción de plásmidos auxiliares Construcción del plásmido auxiliar que contiene gag/pol
Un plásmido auxiliar transporta los genes virales estructurales gag/pol del virus de la leucemia murina de Moloney (VLMuMo) p. ej. bajo la regulación de las 5'LTR del VLMuMo. Estos genes estructurales gag/pol junto con las 5'LTR pueden obtenerse del DNA proviral del VLMuMo mediante digestión con enzimas de restricción. En este proceso es importante debido a razones de seguridad para inactivar las denominadas secuencias de empaquetamiento \Psi. Esto se puede conseguir, por ejemplo, mediante una deleción que se introduce mediante la ayuda de una digestión con enzimas de restricción. Además es ventajoso tener un marcador para su selección, como p. ej. el gen gpt en el plásmido auxiliar, el producto génico del cual confiere resistencia al fármaco selector ácido micofenólico. La resistencia al ácido micofenólico permite una rápida selección de clones que han admitido el plásmido deseado (plásmido auxiliar que contiene gag/pol). Un plásmido auxiliar correspondiente puede construirse como se describe, por ejemplo, por Markowitz et al., J. Virol. 62 (1988) 1120-1124.
Construcción del plásmido auxiliar que contiene env
Otro plásmido auxiliar transporta el gen viral estructural env del clon 4070A (4070A) del virus anfotrópico de la leucemia murina (Chattopadhyay et al., J. Virol. 39 (1981) 777-791) p. ej. bajo el control de las 5'LTR del VLMuMo. Para ello, se aísla un fragmento del DNA proviral del 4070A que contiene el gen env y el sitio aceptor 3'. Este fragmento se clona en el interior de un plásmido que contiene las 5'LTR del VLMuMo así como el sitio donador 5'. Es posible producir un plásmido auxiliar correspondiente como se describe, por ejemplo, en Markowitz et al., Virology 167 (1988) 400-406.
Ejemplo 2 Transferencia de los constructos auxiliares Transferencia del plásmido auxiliar que contiene gag/pol
Las células NIH 3T3 (núm. de acceso CRL 1658) se transfectan en primer lugar con el plásmido auxiliar gag/pol, por ejemplo. Esto puede realizarse, por ejemplo, mediante la electroporación. Las células transfectadas pueden aislarse gracias a un medio selectivo adecuado, ya que el gen gpt está presente en el plásmido que contiene gag/pol. Un medio selectivo adecuado contiene, por ejemplo, hipoxantina (15 \mug/mL), xantina (250 \mug/mL) y ácido micofenólico
(25 \mug/mL) (medio HXM). La expresión de la transcriptasa inversa (TI) se puede evaluar posteriormente en los clones resistentes como se describe, por ejemplo, por Markowitz et al., J. Virol. 62 (1988) 1120-1124. Un clon que se expresa en un grado particularmente elevado se selecciona para realizar la transfección posterior con el plásmido auxiliar que contiene env.
Transferencia del plásmido auxiliar que contiene env
El plásmido auxiliar que contiene env puede transfectarse posteriormente, por ejemplo, en un clon resistente a ácido micofenólico transfectado con gag/pol con elevada actividad TI, mediante electroporación. Con objeto de identificar simplemente las células transfectadas con éxito es útil co-transfectar, por ejemplo, otro plásmido junto con el plásmido auxiliar que contenga un gen resistente. Este puede ser por ejemplo un plásmido que confiera resistencia a la higromicina, como por ejemplo el plásmido pRSHhyg (Murphy, A.J. (1987) Tesis doctoral, Universidad de Columbia, EUA). Los clones transfectados con éxito pueden seleccionarse simplemente utilizando un medio selectivo adecuado que contenga por ejemplo 200 \mug/mL de higromicina B. La expresión de env puede evaluarse posteriormente en los clones resistentes a higromicina mediante el análisis de precipitación radioinmunológico utilizando un antisuero env como se describe, por ejemplo, en Markowitz et al., Virology 167 (1988) 400-406.
Ejemplo 3 Selección de las líneas celulares de empaquetamiento de retrovirus anfotrópicos
La cantidad de copias del plásmido auxiliar que contiene env integradas en el genoma se seleccionó como parámetro para la elección de un determinado subclón de una línea celular de empaquetamiento. Martínez y Dornburg, Virology 208 (1995) 234-241 han demostrado que en contraste con lo que sucede con gag/pol, una expresión de env elevada no influye en el título viral; el título de clones con una expresión de gag/pol mayor, pero sin una mayor expresión de env se correlacionaban con la eficiencia de la infección que se produjo. Esta fue la base para la asunción de que la proporción entre los productos génicos gag/pol y env pueden ser muy importantes en la eficiencia de las células de empaquetamiento y posiblemente las células de empaquetamiento con una expresión de env menor puedan generar sobrenadantes virales con una eficiencia de transducción mayor.
Determinación de la cantidad de env integrados
La cantidad de copias integradas del plásmido auxiliar que contiene env en el genoma de los clones examinados individualmente se determinó mediante la digestión con enzimas de restricción y el análisis de transferencia Southern. Este DNA genómico se aisló a partir de varios subclones y se digirió con el uso de enzimas de restricción p. ej. la enzima PstI. Esta enzima no escinde en la secuencia env y escinde una sola vez en toda la secuencia del plásmido. Ya que cada segundo sitio de restricción correspondiente que conduce al respectivo fragmento de restricción se sitúa al azar en el genoma, de esta manera es posible determinar la cantidad de env integrados.
El DNA digerido se separó en un gel de agarosa y se transfirió a una membrana de nilón mediante transferencia capilar. Los fragmentos que contenían las secuencias env específicas se detectaron con el uso de una sonda de DNA marcada con digoxigenina específica de env. Se localizaron los subclones con diferentes cantidades de env integrados. Por ejemplo, el tamaño de las bandas que se obtuvieron después de la digestión con la enzima de restricción PstI fueron 17,5 kb, 13,3 kb y 3,4 kb para la línea celular de empaquetamiento GP+env Am12 y 13,3 kb y 3,4 kb para la línea celular de empaquetamiento HSR BM01.
Ejemplo 4 Elaboración de líneas celulares productoras de virus con diferentes cantidades de env integrados
Cada subclon se transfectó con dos env integrados (HSR BM01) o con tres env integrados (GP+env Am12) que contenían el constructo retroviral pL1, con la finalidad de producir líneas celulares productoras de virus (líneas productoras). El constructo pL1 transporta el cDNA en una forma acortada del receptor de baja afinidad del factor de crecimiento nervioso humano (h\DeltaLNGFR (producido de forma análoga a WO 95/06723)) en la que el dominio citoplásmico se elimina y que está bajo el control del LTR 5' viral. El producto génico del cDNA del h\DeltaLNGFR, una proteína de membrana, puede detectarse en las células gracias a un anticuerpo monoclonal específico del h\DeltaLNGFR (AcM). Los clones productores de virus se aislaron a partir de la HSR BM01 (HSRBM-L1), así como a partir de la GP+env Am12 (clon C11-C4) mediante técnicas de inmunofluorescencia y de citometría de flujo.
Determinación de los títulos virales de los sobrenadantes procedentes de células productoras de virus que contienen diferentes cantidades de env integrados
Las células indicadoras (NIH/3T3; ATCC Núm. CRL 1658) se transdujeron con los sobrenadantes que contenían partículas virales procedentes de los dos clones HSRBM-L1 o C11-C4. Un método de tinción citoquímico basado en el AcM anti-h\DeltaLNGFR permite la determinación de la cantidad de unidades formadoras de colonias (título) del retrovirus que codifica el \DeltaLNGFR. Mientras que el sobrenadante de la línea productora C11-C4 (3 copias de env) basado en las células de empaquetamiento GP+env Am12 poseían un título de 6,3 x 10^{5} unidades formadoras de colonias, el sobrenadante de la línea productora HSRBM-L1 (dos copias de env) basado en la HSR BM01 tenía un título de 1,25 x 10^{7}.
Ejemplo 5 Transducción de varias líneas celulares con sobrenadantes procedentes de dos líneas celulares productoras diferentes que contienen el mismo vector retroviral
Las líneas celulares Jurkat, MOLT4, Raji y K 562 se cultivan en RPMI/FCS al 10% en condiciones de cultivo celular normales y se transducen en densidades celulares que oscilan entre 3 x 10^{5} células/mL y 9 x 10^{5} células/ml. Las distintas líneas celulares productoras que contienen un vector retroviral idéntico se cultivan en DMEM/FCS al 10% en condiciones de cultivo celular normales. Las células se siembran en una concentración de 1 x 10^{4} células/cm^{2}. Al cabo de tres días se desecha el sobrenadante y se añade medio de cultivo nuevo. El sobrenadante se recoge 24 horas después. El sobrenadante se filtra a través de un filtro de 0,22 \mum. Se determina el título de los diferentes sobrenadantes y se ajusta de tal modo que las cantidades equivalentes en volumen contienen una cantidad equivalente de partículas virales. El título del sobrenadante retroviral se determinó mediante el método de valoración por tinción inmunológica con NIH3T3 como células diana.
Transducción
Protocolo 1
Se resuspenden 5 x 10^{5} células en 1 mL de sobrenadante retroviral. La transducción se lleva a cabo en una placa de 24 pocillos. Tras la centrifugación (1000 g, 30ºC, 90 min.) las células se lavan y se resuspenden en 1 mL de medio de cultivo nuevo. Las células se incuban durante toda la noche y se añade 1 mL de medio de cultivo nuevo. Tres días después de la transducción, las células se recogen y se tiñen con un anticuerpo anti-LNGFR marcado con FITC. El porcentaje de células que expresan el LNGFR se determina mediante la citometría de flujo. En este proceso se excluyen del análisis las células muertas mediante la tinción con yoduro de propidio. El análisis por citometría de flujo se realiza con un aparato FACScan.
Protocolo 2
El procedimiento en el protocolo 2 se realizó de acuerdo con el protocolo 1, aunque sin realizar una centrifugación. Las células se incubaron durante dos horas a 37ºC con el sobrenadante retroviral.
La Tabla 1 muestra la expresión del LNGFR en varias líneas celulares tres días después de la transducción de acuerdo con el protocolo 1. La Tabla 2 muestra la expresión del LNGFR en varias líneas celulares tres días después de la transducción de acuerdo con el protocolo 2.
\vskip1.000000\baselineskip
TABLA 1 % de células LNGFR-positivas tres días después de la transducción (método de centrifugación)
1
TABLA 2 % de células LNGFR-positivas tres días después de la transducción (método de incubación)
2
\vskip1.000000\baselineskip
Listado de referencias
Bosselman et al., Mol. Cell Biol. 7 (1987) 1797-1804.
Chattopadhyay et al., J. Virol. 39 (1981) 777-791.
Cone and Mulligan, Proc. Natl. Acad. Sci. EUA 81 (1994) 6349-6353.
Dougherty et al., J. Virol. 63 (1989) 3209-3212.
Handbuch der molekularen Medizin, Volume I, Ed. D. Ganten and K. Ruckpaul, Springer Verlag Heidelberg 1997, R. Rüger, Capítulo 2.1, 197-241.
Mann et al., Cell 33 (1983) 153-156.
Markowitz et al., J. Virol. 62 (1988) 1120-1124.
Markowitz et al., Virology 167 (1988) 400-406.
Martínez y Dornburg, Virology 208 (1995) 234-241.
Meyers et al., Arch. Virol. 119 (1991) 257-264.
Miller and Buttimore, Mol. Cell Biol. 6 (1986) 2895-2902.
Miller et al., Mol. Cell Biol. 5 (1985) 431-437.
Murphy, A.J. (1987), Tesis Doctoral, Universidad de Columbia, EUA.

Claims (5)

1. La línea celular de empaquetamiento de retrovirus anfotrópicos con el número de depósito de DSM 2235 que contiene los genes gag, pol y env funcionales integrados en el genoma, en el que la expresión de los genes gag y pol se regula independientemente de la expresión de los genes env, en la que el genoma de dicha línea celular contiene uno o dos genes env en estado funcional activo.
2. La línea celular de empaquetamiento, como se reclama en la reivindicación 1, que contiene dos env integrados y un gag/pol integrado.
3. La línea celular de empaquetamiento, como se reclama en las reivindicaciones 1 o 2, en la que se consigue como mínimo un título de 2 x 10^{6} a 10^{7} unidades formadoras de colonias/mL de sobrenadante del cultivo celular al empaquetar un vector retroviral.
4. El proceso para la producción de una línea celular de empaquetamiento de retrovirus anfotrópicos con el número de depósito de DSM 2235, en la que un plásmido auxiliar que contiene env y un gen selector y un plásmido auxiliar que contiene gag/pol y un gen selector se transfectan en una célula eucariota. Las células transfectadas son idénticas respecto al gen selector y se aíslan y se seleccionan aquellas células que contienen uno o dos genes env en estado funcional activo.
5. El proceso para la producción de un vector retroviral, en el que una línea celular de empaquetamiento como se reclama en las reivindicaciones 1 a 3 se transfecta con un genoma vector que contiene uno o varios genes heterólogos con relación al virus, pero que contiene genes retrovirales estructurales en estado funcional inactivo. La línea celular se cultiva y el vector retroviral se aísla del sobrenadante del cultivo.
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