ES2281173T3 - Sistema de diagnostico y metodo para determinar la presencia de un compuesto genotoxico en una muestra. - Google Patents

Sistema de diagnostico y metodo para determinar la presencia de un compuesto genotoxico en una muestra. Download PDF

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Luc Agnes Louis Jean Bosco Regniers
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Philippe Gilbert Ghislain Corbisier
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Abstract

La invención se refiere a un sistema de diagnóstico preparado a partir de: un microorganismo trasnformado capaz de aumentar la actividad del gen reportero mediante la exposición a un desafío ambiental, el mencionado microorganismo presenta una secuencia de promotor inducible por stress unida de forma operativa a un gen reportero que codifica la secuencia de ácido nucleico que codifica una molécula reportera que da lugar a una señal que se puede analizar, y de un microorganismo transformado que presenta una secuencia de promotor no inducible por stress y constitutivo que está unida de forma operativa a un gen reportero que codifica una secuencia de ácido nucleico que codifica una molécula reportera que da lugar a una señal que se puede analizar.

Description

Sistema de diagnóstico y método para determinar la presencia de un compuesto genotóxico en una muestra.
Campo de la invención
La presente invención se refiere a un sistema de diagnóstico y a un método para determinar la presencia de un compuesto genotóxico en una muestra.
Antecedentes de la invención y estado de la técnica
La solicitud de patente internacional WO9741251 describe una secuencia de ácido nucleico recombinante, un microorganismo huésped que comprende dicha secuencia de ácido nucleico y la utilización de dicho microorganismo huésped para detectar la presencia de compuestos genotóxicos en una muestra. Dicha prueba de genotoxicidad bacteriana está basada en bioluminiscencia y permite una detección de compuestos genotóxicos fácil, muy rápida y de bajo coste. Se demostró que la prueba era por lo menos tan sensible como la prueba Ames y la cromoprueba SOS y permitía realizar medidas de la cinética de la genotoxicidad así como una evaluación simultánea de la toxicidad del compuesto o material de prueba (van der Lelie et al., 1997). Esta nueva prueba, denominada prueba VITOTOX®, se consideró por tanto que era una prueba de genotoxicidad y toxicidad a corto plazo valiosa para muchos propósitos diferentes.
La prueba está basada en bacterias que contienen el operón lux de Vibrio fischeri bajo control transcripcional del gen recN, que es parte del sistema SOS. Tras la incubación de la bacteria en presencia de un compuesto genotóxico, se desreprime el promotor de recN, dando como resultado la expresión del operón lux. Esta expresión da como resultado la producción de luz en función de la genotoxicidad. Originalmente, la prueba se realizaba con distintas cepas de Escherichia coli y Salmonella typhimurium modificadas. Se utilizaron además cepas de Salmonella typhimurium (TA98, TA100 y TA104), dado que las bacterias son bien conocidas por someter a prueba la mutagenicidad y porque la misma bacteria podría asimismo utilizarse para una prueba Ames clásica, en caso de que se requiera. El constructo que usa un promotor de recN de mutación ascendente (recN 2-4) dio los mejores resultados en todas las cepas. Además, como todas las cepas de Salmonella dieron resultados muy comparables, se ha propuesto utilizar adicionalmente sólo los constructos de TA104 [llamados TA104 (recN2-4)] dado que se mostraron que en ocasiones eran un poco más sensible que otras cepas híbridas (van der Lelie et al., 1997).
Sin embargo, algunos compuestos actúan directamente sobre la producción de luz (por ejemplo aldehídos, disolventes orgánicos) o potencian el metabolismo de la bacteria creando resultados falsos positivos.
Objetivos de la invención
La presente invención pretende proporcionar un nuevo sistema de diagnóstico y un método para la detección de ataques ambientales tales como la presencia de un compuesto genotóxico en una muestra, que no presenta los inconvenientes del estado de la técnica.
El principal objetivo de la presente invención consiste en proporcionar un nuevo sistema de diagnóstico y un método que excluye los resultados falsos positivos y falsos negativos.
Otro objetivo de la presente invención consiste en proporcionar dichos sistema de diagnóstico y método que podrían usarse para la selección de compuestos genotóxicos obtenidos en el campo de la industria farmacéutica, cosmética o química, como un estudio de prevalidación de compuestos farmacéuticos, cosméticos y/o químicos activos o intermedios.
Un último objetivo de la presente invención consiste en proporcionar dichos sistema de diagnóstico y método que permitirá una selección automática en un volumen muy pequeño de muestra.
Descripción de la invención
La presente invención se refiere a un sistema diagnóstico constituido por
\bullet
un microorganismo transformado que puede presentar una actividad del indicador aumentada tras la exposición a un ataque ambiental, preferentemente exposición a un compuesto genotóxico, presentando dicho microorganismo una secuencia de promotor inducible por estrés, preferentemente una secuencia de promotor que es inducible por un compuesto genotóxico, estando dicha secuencia de promotor unida operativamente a una secuencia de ácido nucleico que codifica para un indicador que codifica para una molécula indicadora dando como resultado una señal que puede analizarse, y por
\bullet
un microorganismo transformado que presenta una secuencia de promotor constitutiva y no inducible por estrés, preferentemente una secuencia de promotor constitutiva que no es inducible por dicho compuesto genotóxico, estando dicha secuencia de promotor unida operativamente a una secuencia de ácido nucleico que codifica para un indicador que codifica para una molécula indicadora dando como resultado una señal que puede analizarse.
Preferentemente, ambos microorganismos transformados son microorganismos bioluminiscentes y la señal puede analizarse como producción de luz. Otras posibilidades son la peroxidasa, fosfatasa alcalina, \beta-gal y la secuencia genética de gus, en los que la señal se valorará como una modificación colorimétrica o una producción de luz quimioluminiscente mediante el uso de un analizador colorimétrico o un dispositivo fotomultiplicador.
Ventajosamente, el sistema de diagnóstico según la invención está compuesto por dos microorganismos bioluminiscentes, el primer microorganismo bioluminiscente se "activa" en presencia de un compuesto genotóxico y da como resultado una señal que puede analizarse como producción de luz, mientras que la producción de luz del segundo microorganismo bioluminiscente no está influida por la presencia de un compuesto genotóxico en la muestra.
La secuencia de ácido nucleico que codifica para un indicador dando como resultado una señal que puede analizarse como producción de luz ya se ha descrito en el estado de la técnica. Preferentemente, los microorganismos bioluminiscentes transformados según la invención comprenden los genes de luciferasa A y B también identificados como complejos de genes lux expresivos, que comprenden los genes luxA y luxB o un gen de fusión luxAB de traducción. Los microorganismos bioluminiscentes transformados también pueden comprender los genes de luciferasa C, D y E, requeridos para la producción del sustrato de ácido graso limitante que se usa en reciclaje.
Según una forma de realización preferida de la presente invención, el sistema de diagnóstico comprende un microorganismo bioluminiscente transformado que tiene una secuencia de promotor constitutiva y no inducible por estrés con una secuencia consenso Sigma 70 (TTGACA (-35) ...... 17/18 pb ...... TATAAT(-10)) y cuya transcripción no está regulada positiva o negativamente al nivel del promotor. Dicho promotor consenso se describe en Hoopes BC y McClure WR (1987): Strategies in Regulation of Transcriptional Initiation; en “Escherichia Coli and Salmonella typhimurium, Cellular and Molecular Biology, FC Neidhart, JL Ingraham, KB Low, B Maganasik, M Schaechter, HE Umbaeger (eds.), American Society for Microbiology, Washington D.C., pp 1231-1240”.
Según una forma de realización preferida de la presente invención, los microorganismos bioluminiscentes transformados se seleccionan de entre el grupo constituido por E. coli o Salmonella typhimurium, y son microorganismo(s)
ventajosamente adecuados para la prueba Ames, preferentemente seleccionados de entre el grupo constituido por TA98, TA100, TA102, TA104, TA1535, TA1538, TA7001 a TA7006, y TA7041 a TA7046, o el microorganismo que tiene el número de depósito LMG P-18318. El microorganismo con el número de depósito LMG P-18318 se identificará en el futuro como la cepa "pr1".
Ventajosamente, la secuencia de promotor inducible por estrés en el microorganismo bioluminiscente transformado del sistema de diagnóstico según la invención se selecciona de entre el grupo constituido por groEL, dnaK, grpE, phoA, glnA, lon, lysU, rpoD, clpB, clpP, uspA, katG, uvrA, frdA, micF, fabA, lac, his, sodA, sodB, soi-28, recA, xthA, narG, recF, recJ, recN, recO, recQ, ruv, uvrD, ars, cad, mer, pco, y sfiA.
Según una forma de realización preferida de la presente invención, la secuencia de promotor inducible por estrés es recN, ventajosamente recN2-4. Dicho microorganismo se identificará en el futuro como la cepa "recN2-4".
En una forma de realización preferida, el sistema de diagnóstico según la invención comprende un microorganismo bioluminiscente transformado que tiene una secuencia de promotor inducible por estrés que es una secuencia de promotor reguladora de SOS, que tiene preferentemente una razón de inducción superior a 40, y que comprende ventajosamente una mutación que mejora la regulación o fortaleza del promotor, no destruyendo dicha mutación la regulación de SOS.
Un ejemplo específico de secuencia de promotor de recN mutada se describe en la solicitud de patente internacional PCT/EP96/01745, incorporada en la presente memoria como referencia.
Dicha secuencia de promotor inducible por estrés comprende también un promotor de mutación ascendente, preferentemente un promotor de mutación ascendente en la región -35 de dicho promotor, descrito en la solicitud de patente internacional PCT/EP96/01745, incorporada en la presente memoria como referencia.
La presente invención se refiere asimismo a un kit de diagnóstico que comprende los elementos del sistema de diagnóstico según la invención y posiblemente los reactivos, diluyentes y/o soportes sólidos adicionales necesarios para dicho diagnóstico, tales como una disolución tampón, una disolución que comprende un marcador específico tal como el X-gal (5-bromo-4-cloro-3-indoil-\beta-galactosida) para un diagnóstico basado en el uso de una secuencia genética de \beta-gal, el luminol para un diagnóstico basado en el uso de una secuencia genética de peroxidasa, etc...
La presente invención se refiere asimimo a un método general para el diagnóstico de un estrés o ataque ambiental, preferentemente para determinar la presencia de un compuesto genotóxico en una muestra. Dicho método comprende las etapas que consisten en exponer el sistema diagnóstico según la invención a dicho ataque ambiental (preferentemente comprendiendo las etapas que consisten en exponer el sistema de diagnóstico al compuesto genotóxico presente en la muestra) y medir una señal, preferentemente un cambio en la luminiscencia de dicho sistema de diagnóstico.
La presente invención se refiere asimismo a un método para determinar la cinética de genotoxicidad de un compuesto en una muestra, basado en el método identificado anteriormente, en el que la medida de la luminiscencia tanto de microorganismos transformados inducibles como constitutivos se produce en múltiples momentos en el tiempo, preferentemente de manera continua, y además se lleva a cabo la etapa que consiste en determinar la relación señal-ruido (S/N) para los microorganismos transformados en dichos momento y tiempo, se divide la relación S/N del microorganismo inducible por la de los microorganismos constitutivos y se representan estos dados, representando dicha representación las cinéticas de genotoxicidad corregidas del compuesto genotóxico en la muestra.
Ventajosamente, el sistema de diagnóstico y método según la invención pueden combinarse con la(s) cromoprue-
ba(s) y método(s) Ames y/o SOS, tal como se describe en adelante.
La presente invención se refiere asimismo a un método de análisis de un ataque ambiental, que comprende las etapas de:
-
realizar el diagnóstico de dicho ataque ambiental tal como se describe anteriormente,
-
calcular la relación señal-ruido de ambos microorganismos transformados,
-
clasificar dicho ataque ambiental como tóxico si por lo menos una de las relaciones de la señal con respecto al ruido es inferior a 0,8,
-
clasificar dicho ataque ambiental como que no tiene efecto si la relación señal-ruido del microorganismo que comprende la secuencia de promotor inducible por estrés se encuentra entre 0,8 y 1,2, y
-
clasificar dicho ataque ambiental como inductor y genotóxico si la relación señal-ruido del microorganismo que comprende la secuencia de promotor inducible por estrés es superior a 1,2 y es por lo menos 50% superior a la relación de la señal con respecto al ruido del microorganismo que comprende la secuencia de promotor constitutiva.
La presente invención se describirá de manera detallada en los siguientes ejemplos no limitativos, haciendo referencia a las siguientes figuras.
Breve descripción de los dibujos
La figura 1 representa la relación señal ruido para epiclorhidrina en las cepas recN2-4 y pr1.
La figura 2 representa la relación señal-ruido para ZnCl_{2} en las cepas recN2-4 y pr1.
La figura 3 representa la relación señal-ruido para azida de sodio en las cepas recN2-4 y pr1.
La figura 4 representa la relación señal-ruido para nifuroxazida en las cepas recN2-4 y pr1.
La figura 5 representa un diagrama de determinación para diferenciar las posibles salidas de una prueba de diagnóstico según la invención.
La figura 6 representa una instalación según la invención.
Descripción detallada de la invención Materiales y métodos Prueba Ames y cromoprueba SOS
La cromoprueba SOS y la prueba Ames son pruebas de genotoxicidad bacteriana bien conocidas y ampliamente utilizadas (por ejemplo, Quillardet & Hofnung, 1993; Mersch-Sundermann et al., 1994; Mortelmans et al., 1986). La prueba Ames "clásica" se realizó de manera rutinaria con cepas de Salmonella typhimurium TA98 y TA100 usando el protocolo convencional descrito por Maron y Ames (1983). La cromoprueba SOS se adquirió como un kit de prueba de Orgenics ltd (Yavne, Israel). La prueba se realizó tal como se indica en las instrucciones del fabricante.
La prueba VITOTOX® Cepas de Salmonella typhimurium
La región promotora de recN, que era parte del gen recN de E. coli (Rostas et al., 1987) contiene dos sitios de unión a LexA. Un sitio de unión a LexA se solapa con la región -35 mientras que el segundo se solapa con la región -10 y el punto de inicio de la transcripción del promotor de recN. Se clonó el promotor de recN de E. coli en sentido 5' del operón luxCDABE del vector de expresión pMOL877 (van der Lelie et al., 1997). Esto dio como resultado pMOL1066. Dado que el promotor de recN está bajo control del sistema SOS bacteriano, la expresión del operón lux se regula por SOS. Esto da como resultado producción de luz en presencia de genotoxinas. Algunos derivados de promotor de recN también se clonaron en pMOL877. Uno que carecía del sitio LexA2 dio como resultado pMOL1067, uno que tenía un promotor de mutación ascendente (pMOL1068) y uno que era una combinación de ambos (pMOL1069). Se introdujeron todos los constructos en las cepas de prueba Ames TA98, TA100 y TA104 y pudieron detectar compuestos genotóxicos. Sin embargo, dado que los mejores resultados se obtuvieron con la cepa TA104 (pMOL1068), esta cepa se utilizó además en la denominada prueba VITOTOX®. Se describió exhaustivamente antes y se designó como recN2-4 de TA104 dado que contiene el fragmento de PCR recN2-4 (van der Lelie et al., 1997). Aparte de recN2-4 de TA104 (la cepa de prueba), se añade entonces la cepa denominada pr1 de TA104 como "cepa de control". Se construyó el plásmido pMOL1046 clonando al azar fragmentos de ADN digeridos con EcoRI a partir de Alcaligenes eutrophus CH34 en el vector de expresión luxCDABE (pMOL877). A. eutrophus CH34 (ATCC 43123) es una bacteria del suelo no patógena gram negativa derivada de un tanque de decantación de una fábrica de cinc (Mergeay et al., 1985, J.Bact). Tras la transformación en E. coli 1106 (Murray et al., 1977, Mol. Gen. Genet.), se seleccionaron clones para producción de luz. Los mejores clones que emiten luz constitutivamente, que dan la mayor producción de luz tal como se cuantifica en un luminómetro, se seleccionaron entonces de entre los distintos transformantes de plásmidos (=plásmido pMOL1046) y se introdujeron en la cepa S. typhimurium TA104. Ésta se denominó la cepa "pr1". Contiene genes luxCDABE bajo el control de un promotor constitutivo de manera que la producción de luz no está influida por compuestos genotóxicos. La cepa pr1 se usa en paralelo con la cepa recN2-4 y se cultiva y trata exactamente de la misma manera.
Procedimiento de prueba 1. Cultivos
Se incubaron durante la noche las bacterias en un agitador rotativo a 37°C en medio 869; éste es un medio de crecimiento normal equivalente al medio de caldo Luria complementado con CaCl_{2} extra para permitir un crecimiento bacteriano óptimo y se describe en van der Lelie et al.(1997, Mutation Res.). La mañana siguiente se diluyó la suspensión 10 veces en medio 869 y luego se inocularon 50 \mul de la dilución en 2,5 ml de medio 869 y se incubaron durante una hora más a 37°C en un agitador rotativo (170 rpm).
2. Preparación de las placas de 96 pocillos
Mientras tanto se prepararon placas de 96 pocillos de manera que contengan 10 \mul o bien de disolvente, o bien de distintas concentraciones de compuesto de prueba o bien del control positivo para someter a prueba la genotoxicidad con (2-AF) o sin (4-NQO) mezcla S9. Se usa la mezcla S9, preparada según Maron y Ames (1983, Mutation Res.), para detectar la presencia de compuestos que sólo se vuelven genotóxicos tras la activación metabólica. Se preparó la mezcla S9 justo antes de usar. Para pruebas con la mezcla S9, se añadieron 140 \mul de las bacterias (recN2-4 o prl) a 860 \mul de medio 869 pobre y a 400 \mul de mezcla S9. Se añadieron entonces 90 \mul de esta mezcla a los 10 \mul de disolución ya presentes en los pocillos. Para pruebas sin la mezcla S9, se añadieron 1260 \mul de medio 869 pobre a 140 \mul de suspensión bacteriana y luego se transfirieron 90 \mul de la mezcla a los pocillos que contenían 10 \mul del compuesto de prueba o controles.
3. Medidas de genotoxicidad y toxicidad
Se utilizó un luminómetro de microplaca de 96 pocillos (Luminoscan de Berthold) para las medidas de la producción de luz tras la exposición de los compuestos de prueba. Se midió la emisión de luz a partir de cada uno de los pocillos cada 5 minutos durante 5 horas (30°C, 1 seg/pocillo, 60 ciclos de 300 seg cada uno). Tras completar las medidas, se transfirieron los datos en una macro hoja de MS Excel y se calculó para cada medida la relación señal-ruido (S/N), estando la producción de luz de células expuestas dividida por la producción de luz de células no expuestas. Un compuesto se consideraba genotóxico cuando la S/N era superior a 2 para por lo menos dos concentraciones y cuando se observaba una clara relación dosis-efecto. En el segundo experimento en el que se introdujo la cepa pr1 de TA104, se calculó la S/N para las cepas RecN2-4 y pr1 por separado así como la relación entre los valores de S/N máximo y medio de las cepas recN2-4 y pr1 (rec/pr1). Todos los cálculos se realizaron entre los 60 y 240 minutos de incubación. Aquí, un compuesto se considera genotóxico cuando la S/N en la cepa recN2-4 es mayor que 1,5 x el valor de control del disolvente (y no "2" como al principio), pero sólo cuando este aumento no está acompañado por un aumento comparable en la cepa pr1 (lo que indicaría un mecanismo de inducción no genotóxico). Un compuesto es genotóxico cuando la relación S/N de la cepa recN2-4 sobre pr1 es igual o superior a 1,5 (límite fijado en base experimental). De esta manera pueden evitarse los resultados "falsos positivos".
Pueden identificarse resultados "falsos negativos" cuando la relación S/N de la cepa recN2-4 permanece entre 0,8 y 1,2, mientras que la relación S/N del detector de pr1 disminuye por debajo de 0,8. Este es típicamente el caso de las muestras que son genotóxicas y tóxicas al mismo tiempo.
Además la cepa pr1 es también muy valiosa para la evaluación de la toxicidad. Se supone toxicidad bacteriana cuando la emisión de luz disminuye sustancialmente de una manera dependiente de la dosis y alcanza valores de S/N inferiores a 0,8 durante los 30 primeros minutos de la prueba.
Es posible la automatización del sistema, usando una instalación tal como se describe en la figura 6. Un aparato de detección (2) que comprende por lo menos un detector para la señal que se emite a partir del sistema diagnóstico tal como se describe anteriormente, está unido a un ordenador (1) que recibe y procesa los datos del detector según el método de análisis tal como se describe anteriormente y tal como se clarifica en la figura 5. De esta manera, es posible un análisis automatizado de muestras y la clasificación como tóxico y/o genotóxico.
Compuestos de prueba
En el presente trabajo se volvieron a evaluar varios compuestos bien conocidos disponibles comercialmente que se evaluaron previamente sólo con la cepa recN2-4 de TA104 (véase van der Lelie et al., 1997) usando la cepa recN2-4 de TA104 y pr1 de TA104. Se proporcionan en la tabla 1.
TABLA 1 Resultados de la prueba VITOTOX para determinar la concentración de productos químicos seleccionados en los que las S/R de rec/pri >1,5
1
Resultados
Los resultados notificados anteriormente con la VITOTOX® se obtuvieron en la cepa de Salmonella typhimurium TA104 RecN2-4 (van der Lelie et al., 1997). Con el fin de mejorar adicionalmente la prueba se introdujo la cepa pr1. Los resultados obtenidos en la cepa RecN2-4 deben evaluarse en comparación con los resultados obtenidos en la cepa pr1 en la que una producción de luz aumentada no puede deberse a un acontecimiento genotóxico. Por lo tanto, una producción de luz aumentada en la cepa recN2-4 puede interpretarse sólo como una indicación de la genotoxicidad cuando no está acompañada por un aumento comparable en la producción de luz en la cepa pr1.
Usando ambas cepas bacterianas, se volvieron a evaluar varios de los productos químicos estudiados anteriormente. Los resultados se proporcionan en la tabla 1. La tabla proporciona las concentraciones a las que el valor S/N máximo en la cepa de prueba recN2-4 se hace >2, así como las concentraciones en las que la relación entre la S/N de recN2-4 media y máxima y la S/N de pr1 alcanza 1,5 o más (rec/pr1). Finalmente, la tabla también indica la presencia de toxicidad dentro del intervalo de dosis probado y tal como se evaluó mediante las curvas S/N de pr1. Puede apreciarse que los compuestos genotóxicos conocidos se evaluaron en efecto como genotóxicos mientras que los compuestos no genotóxicos no mostraron la relación S/N requerida en los intervalos de dosis dados. Se representaron gráficamente unos pocos ejemplos de los resultados en las figuras 1 a 4 (ejemplos de pruebas sin mezcla S9). La figura 1 proporcoina las curvas S/N para la epiclorhidrina en las cepas recN2-4 y pr1. En la cepa recN2-4 los valores de S/N se hicieron superior a 2 en la dosis de 256 ppm, (no mostrado), mientras que los valores de S/N en la cepa pr1 no se desviaron mucho de 1. La figura 2 da los resultados para ZnCl_{2}, que no es genotóxico pero si tóxico para Salmonella typhimurium TA104 a concentraciones superiores a 7,4 \muM (no mostrado). Se da la azida de sodio como un tercer ejemplo en la figura 3. En ella, la relación S/N era considerablemente superior a 2 tanto en la cepa recN2-4 como en la pr1 y las indicaciones de toxicidad se obtienen con el tiempo (S/N<0,8). La figura 4 ilustra los resultados que se obtuvieron para la nifuroxazida. Haciendo referencia a la cepa recN2-4, dosis inferiores aparentemente eran más genotóxicas que dosis superiores, pero la cepa pr1 mostró un descenso en la producción de luz dependiente de la dosis que indica toxicidad.
Exposición
La prueba VITOTOX® es un método sensible y rápido para detectar compuestos genotóxicos (van der Lelie et al., 1997). Sin embargo, si se usa únicamente la cepa recN2-4 (como se hacía inicialmente) eran posibles algunas malas interpretaciones. La presente invención se basa en el uso de la cepa pr1. El valor añadido de la cepa pr1 se ilustró mediante unos pocos ejemplos. En la figura 1, se proporciona un ejemplo de un compuesto genotóxico (epiclorhidrina) que no era tóxico en el intervalo de dosis dado. Basándose en los resultados obtenidos de la cepa recN2-4 sola, se puede concluir que el compuesto era genotóxico ya que se observó un aumento en la producción de luz dependiente de la dosis que excedía el valor de "ruido" en más de un factor de dos (S/N>2). La inclusión de la cepa pr1 sólo confirmó esta evaluación. Si se encontrase una producción de luz aumentada en la cepa pr1, se debería concluir en efecto que esto se debía a otro mecanismo de inducción diferente de la genotoxicidad (por ejemplo, proliferación celular aumentada que potenciaría el "nivel de ruido" comparado con el de cultivos no expuestos, etc.). Pero este no era el caso. No había tampoco signo de toxicidad ya que no existía producción de luz disminuida. Éste era claramente el caso del ZnCl_{2} tal como se indica mediante las curvas de la figura 2. La figura para la cepa recN2-4 muestra que la dosis de 3,7 \muM no es genotóxica ni tóxica pero a dosis superiores se observa una emisión de luz disminuida que indica un efecto tóxico seguido por una cierta recuperación a dosis inferiores. Esto se confirma mediante la cepa pr1 en la que la recuperación es incluso más visible a dosis de hasta 58,8 \muM de ZnCl_{2} (no mostrado). A partir de ZnCl_{2} 117,5 \muM la recuperación ya no es posible. Por tanto, el ZnCl_{2} mostró que no era genotóxico y sólo las dosis más bajas parecían carecer de cualquier toxicidad.
Tal como se indica en la introducción y la sección de materiales y métodos, la prueba VITOTOX® se basa esencialmente en la detección de una señal de SOS. Por lo tanto, se deben producir teóricamente resultados que están más de acuerdo con la cromoprueba SOS que con la prueba Ames. Pero se descubrieron previamente algunas diferencias. Los inventores han notificado por ejemplo una respuesta "positiva" para la azida de sodio mientras que este compuesto normalmente puntúa "negativo" en la cromoprueba SOS (van der Lelie et al, 1997). Una razón para esta discrepancia puede ser que la prueba VITOTOX® usa la cepa TA104 de Salmonella typhimurium de la prueba Ames y por lo tanto tiene las mismas características, por ejemplo, capacidad de reparación del ADN reducida y permeabilidad aumentada para moléculas complejas (como la mayoría de los compuestos farmacéuticos). Ésta es ciertamente una explicación válida en muchos casos pero probablemente no para una molécula pequeña como la azida de sodio (N_{3}Na). Aquí puede anticiparse otra razón para la diferencia con los resultados de la cromoprueba SOS. Puede ser por ejemplo que la producción de luz aumentada tal como se encuentra en la cepa recN2-4 se deba a otro mecanismo de inducción diferente de la genotoxicidad. Con la introducción de la cepa pr1 se puede verificar esta afirmación. Tal como puede verse en la figura 3, la producción de luz observada en la cepa recN2-4 no se debe a la genotoxicidad ya que la emisión de luz aumentada se observa también en la cepa pr1 y ésta no puede deberse a una respuesta de SOS. Por lo tanto, debe interpretarse la azida de sodio como no genotóxica en la prueba. Es un buen ejemplo de un "compuesto" que sería un "falso positivo" cuando sólo se usaba la cepa recN2-4.
Los inventores han probado y comparado muchos más compuestos farmacéuticos con las otras pruebas bacterianas. Los resultados obtenidos por las diferentes pruebas a menudo concordaban completamente entre sí. La prueba VITOTOX® normalmente es también mucho más sensible que la cromoprueba SOS o Ames ya que las concentraciones mínimas detectables son 1-100 veces inferiores en la prueba VITOTOX®.
Otra ventaja de usar la cepa pr1 es que además de la genotoxicidad, puede evaluarse mejor la toxicidad que con la cepa recN2-4 sola. Un compuesto genotóxico que se investiga a niveles de dosis a aproximadamente el umbral de toxicidad puede mostrar razones S/N en la cepa recN2-4 que son "intermedias" entre genotoxicidad y toxicidad ya que el aumento en la producción de luz (debido a la genotoxicidad) compite con un descenso (debido a la toxicidad) que da como resultado una S/N \cong 1. Por lo tanto, el compuesto se interpretaría como ni genotóxico ni tóxico (resultado falso negativo). La cepa pr1 mostrará claramente un descenso en la emisión de luz que indica que el compuesto ya es tóxico a la dosis dada. Es decir, al menos para algunas dosis, ilustradas en la figura 4 en la que se tomó como ejemplo la nifuroxazida. Puede apreciarse que las dosis inferiores proporcionaron la mayor respuesta genotóxica debido a la toxicidad dependiente de la dosis. Las curvas S/N para la cepa pr1 indican claramente que sólo las dosis más bajas hasta 0,16 ppm no eran tóxicas. Las dosis superiores pueden mostrar toxicidad combinada con genotoxicidad (por ejemplo, 0,32 ppm) o pueden ser demasiado tóxicas para mostrar genotoxicidad (las dosis más
altas).
Tanto la cepa recN2-4 como la pr1 mostraron que podían detectar concentraciones tóxicas de un compuesto. Sin embargo, la cepa pr1 es más valiosa en pruebas de toxicidad ya que las curvas S/N no pueden estar influidas por la genotoxicidad y por tanto reflejan sólo la toxicidad (o su ausencia). La cepa pr1 proporciona aparentemente una herramienta perfecta para los que están interesados sólo en la valoración de la toxicidad. Los inventores están comparando actualmente valoraciones de la toxicidad de productos químicos y mezclas complejas con la cepa pr1 y con la prueba Microtox®. La última es una de las pruebas de toxicidad microbiana más utilizada actualmente e internacionalmente aceptada, que se basa también en bioluminiscencia (Hasting, 1978; Férard et al., 1983). Según los datos limitados ya disponibles por los inventores, la prueba VITOTOX® da los mismos resultados que la prueba Microtox® pero la primera es de más fácil realización y a menudo es mucho más sensible. Por lo tanto, la prueba VITOTOX®, o sólo su elemento de pr1, puede considerarse como una prueba de toxicidad extremadamente valiosa, por lo menos cuando estos resultados preliminares puedan confirmarse.
En conclusión, puede recalcarse que las cepas de Salmonella typhimurium TA104 recN2-4 y TA104 pr1 proporcionan sistemas de prueba de la genotoxicidad y/o toxicidad muy valiosos. Ambas cepas pueden usarse de manera concomitante para someter a prueba la genotoxicidad mientras que la cepa pr1 sólo se requiere para someter a prueba la toxicidad. Se ha mostrado que la prueba VITOTOX® proporciona una respuesta muy rápida (en 2-4 horas) y muy sensible con respecto a la (geno)toxicidad de productos químicos y que por esa razón puede ser muy útil en la selección y preselección de nuevos productos intermedios y químicos. Dado que la prueba se realiza en placas de 96 pocillos, es posible investigar por lo menos 8 productos químicos (con y sin la adición de una fracción de enzima metabólica S9) al día o 40 productos químicos a la semana. Las medidas se producen automáticamente y la recogida de datos y tratamiento de datos también pueden estar además casi completamente automatizados. La robotización de microplacas debe poder multiplicar esta velocidad por un factor de 10. La ampliación a escala, por ejemplo aumentando la cantidad de pocillos por placa, es obvia. Por lo tanto, los costes de mano de obra se reducen al
máximo.
Finalmente, un atractivo complementario y muy importante es que sólo se requieren volúmenes muy pequeños del compuesto de prueba (menos de 20 mg). Esto es particularmente importante para la industria farmacéutica en la que sólo están disponibles unos pocos cientos de miligramos de un compuesto en la fase de descubrimiento. Es casi imposible seleccionar tales productos químicos nuevos de ese tipo con la mayoría de los otros sistemas de
prueba.
Se ha realizado un depósito de la cepa "pr1" según el Tratado de Budapest con el número de depósito LMG P-18318 en el BCCM/LMG, Laboratorium voor Microbiologie - Bacteriënverzameling, Universiteit Gent, K.L. Ledeganckstraat 35, B-9000 Gante, Bélgica.
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Claims (13)

1. Sistema de diagnóstico constituido por:
-
un microorganismo transformado que puede presentar una actividad indicadora aumentada tras la exposición a un ataque ambiental, presentando dicho microorganismo una secuencia de promotor inducible por estrés que está operativamente unida a una secuencia de ácido nucleico que codifica para un indicador que codifica para una molécula indicadora que da como resultado una señal que puede analizarse, y
-
un microorganismo transformado que presenta una secuencia de promotor constitutivo y no inducible por estrés que está operativamente unida a una secuencia de ácido nucleico que codifica para un indicador que codifica para una molécula indicadora que da como resultado una señal que puede analizarse,
siendo adecuados dichos microorganismos para detectar de manera conjunta dicho ataque ambiental mientras que se eliminan los resultados falsos positivos y falsos negativos.
2. Sistema según la reivindicación 1, en el que la señal se analiza como producción de luz y/o modificación colorimétrica.
3. Sistema según la reivindicación 1 ó 2, en el que el microorganismo bioluminiscente transformado es la E. coli.
4. Sistema según la reivindicación 1 ó 2, en el que el microorganismo bioluminiscente transformado es una Salmonella thyphimurium, siendo preferentemente un microorganismo adecuado para la prueba Ames, seleccionado ventajosamente entre el grupo constituido por TA98, TA100, TA102, TA104, TA1535, TA1538, TA7001 a TA7006, y TA7041 a TA7046, o que tiene el número de depósito de microorganismo LMG P-18318.
5. Sistema según cualquiera de las reivindicaciones anteriores 1 a 4, en el que la secuencia de promotor inducible por estrés se selecciona del grupo constituido por groEL, dnaK, grpE, phoA, glnA, lon, lysU, rpoD, clpB, clpP, uspA, katG, uvrA, frdA, micF, fabA, lac, his, sodA, sodB, soi-28, recA, xthA, narG, recF, recJ, recN, recO, recQ, ruv, uvrD, ars, cad, mer, pco y sfiA.
6. Sistema según cualquiera de las reivindicaciones anteriores 1 a 5, en el que la secuencia de promotor constitutivo y no inducible por estrés es una secuencia con una secuencia consenso Sigma 70 (TTGACA(-35) ..... 17/18 pb ...... TATAAT (-10)) y cuya transcripción no está regulada positiva o negativamente al nivel del promotor.
7. Sistema según cualquiera de las reivindicaciones anteriores 1 a 6, en el que la secuencia de ácido nucleico que codifica para el indicador comprende los genes de luciferasa A y B o un gen de fusión de traducción luxAB.
8. Sistema según cualquiera de las reivindicaciones anteriores 1 a 7, en el que la secuencia de ácido nucleico que codifica para el indicador comprende los genes de luciferasa A y B y los genes de luciferasa C, D y E requeridos para producir el sustrato de ácido graso limitante que se utiliza en reciclaje.
9. Sistema según cualquiera de las reivindicaciones anteriores 1 a 8, en el que el ataque ambiental es la presencia de un compuesto genotóxico y/o tóxico en una muestra.
10. Kit de diagnóstico que comprende los elementos del sistema de diagnóstico según cualquiera de las reivindicaciones anteriores 1 a 9 y posiblemente los reactivos, diluyentes y/o soportes sólidos adicionales necesarios.
11. Método para el diagnóstico de un ataque ambiental, preferentemente para determinar la presencia de un compuesto genotóxico y/o tóxico en una muestra, que comprende las etapas siguientes:
-
exponer el sistema de diagnóstico según cualquiera de las reivindicaciones anteriores 1 a 8 a dicho ataque ambiental, y
-
medir una señal del (de los) microorganismo(s) bioluminiscente(s) transformado(s) de dicho sistema de diagnóstico.
12. Método para determinar la cinética de genotoxicidad de un compuesto en una muestra con un sistema de diagnóstico según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 9, en el que la medición de la luminiscencia tanto de los microorganismos transformados inducibles como constitutivos se produce en momentos en el tiempo múltiples, preferentemente de manera continua, y además se lleva a cabo la etapa que consiste en determinar la relación señal-ruido (S/N) de los microorganismos transformados en dichos momento y tiempo, dividiendo la relación S/N del microorganismo inducible por la de los microorganismos constitutivos y se representan gráficamente estos datos, representando dicha representación gráfica la cinética corregida de genotoxicidad del compuesto genotóxico en la
muestra.
13. Método de análisis de un ataque ambiental, que comprende las etapas siguientes:
-
realizar el diagnóstico de dicho ataque ambiental tal como se describe en la reivindicación 11,
-
calcular la relación señal-ruido de ambos microorganismos transformados,
-
clasificar dicho ataque ambiental como tóxico si por lo menos una de las relaciones señal-ruido calculadas es inferior a 0,8,
-
clasificar dicho ataque ambiental como que no tiene efecto si la relación señal-ruido del microorganismo que comprende la secuencia de promotor inducible por estrés está comprendida entre 0,8 y 1,2, y
-
clasificar dicho ataque ambiental como inductor y genotóxico si la relación señal-ruido del microorganismo que comprende la secuencia de promotor inducible por estrés es superior a 1,2 y es por lo menos 50% superior a la relación señal-ruido del microorganismo que comprende la secuencia de promotor constitutivo.
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