ES2264132T3 - Proteina que se une a atp y a acidos nucleicos con propiedades de helicasa y atpasa. - Google Patents
Proteina que se une a atp y a acidos nucleicos con propiedades de helicasa y atpasa.Info
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Abstract
LA PRESENTE INVENCION TIENE COMO OBJETO LA IDENTIFICACION Y CARACTERIZACION BIOMOLECULAR Y BIOQUIMICA DE UNA PROTEINA DE UNION AL ATP Y A LOS ACIDOS NUCLEICOS CON LAS CARACTERISTICAS DE HELICASA Y ATPASA, ASI COMO UN PROCEDIMIENTO PARA SU OBTENCION Y UTILIZACION EN SISTEMAS FARMACOLOGICAMENTE RELEVANTES DE ENSAYOS Y PRUEBAS.
Description
Proteína que se une a ATP y a ácidos nucleicos
con propiedades de helicasa y ATPasa.
La presente invención tiene por objeto la
identificación y caracterización biomolecular y bioquímica de una
proteína que se une a ATP y a ácido nucleico con propiedades de
helicasa y ATPasa, así como procedimientos para su preparación y
uso en sistemas de ensayo farmacológicamente relevantes.
La modulación de la estructura del ARN es un
proceso regulatorio esencial en muchos procesos celulares como, por
ejemplo, escisión de pre-mARN, estructuración de
espliceosomas, estructuración de ribosomas, traducción de proteínas
que se pueden resumir bajo el concepto general de "Regulación de
la expresión génica a nivel de ARN". La familia de proteínas
llamada "DEAD-Box" de
ARN-helicasas putativas, denominada según el motivo
característico de aminoácidos
Asp-Glu-Ala-Asp (en
el código de una letra DEAD), desempeña aquí (en especial para la
modulación de la estructura secundaria y terciaria de mARN) un papel
clave. A pesar de que los miembros de esta familia y algunas
subfamilias poseen diferencias en su función específica y la
localización celular, muestran, además de las homologías
características de secuencia, también propiedades bioquímicas
similares (F.V. Fuller-Pace, Trends in Cell
Biology, Vol 4, 1994, 271-274). Las secuencias de
proteínas características se conservan arriba en la evolución (S.R.
Schmid and P. Lindner, Molecular and Cellular Biology, Vol 11, 1991,
3463-3471). Los miembros de esta familia de
proteínas se hallan en diversos virus, bacterias, levaduras,
insectos, moluscos, animales vertebrados inferiores hasta mamíferos
y son responsables de una gran cantidad de funciones celulares. El
hecho de que ya organismos relativamente simples como, por ejemplo,
la levadura Saccharomyces cerevisiae, expresen numerosas
proteínas de la familia de proteínas DEAD-Box y sus
subfamilias, indica que posiblemente cada una de estas proteínas
contribuya con la interacción específica con determinadas familias
de ARN o ARN (I. lost and M. Dreyfus, Nature Vol 372, 1994,
193-196). Los factores de traducción como, por
ejemplo, eIF-4A así como las proteínas comprometidas
en el proceso de escisión pre-mARN reconocen en
cierta forma secuencias o estructuras blanco de ARN específicas.
Sin embargo, hasta ahora sólo había poca información sobre la
estructura y la conformación de secuencias características de ARN,
que requieren las proteínas DEAD para el reconocimiento y la
reacción de ATPasa/ARN-helicasa (A. Pause y N.
Sonenberg, Current Opinion in Structural Biology Vol 3, 1993,
953-959).
La familia de proteínas DEAD-Box
es actualmente una clase de enzimas en permanente desarrollo que
participa en múltiples reacciones para la regulación
postranscripcional de la expresión génica. Debido al elevado número
de diferentes proteínas DEAD-Box celulares se ha de
esperar que determinadas clases de productos génicos, por ejemplo
proteínas virales, proteínas de choque térmico, proteínas de
anticuerpos y MHC, receptores, ARN, etc., se asignen a
ARN-helicasas específicas. Este hecho recomienda
miembros de esta familia de proteínas como interesantes blancos
farmacológicos para el desarrollo de principios activos.
Dos de las subclases de las proteínas
DEAD-Box son proteínas DEAH (con un intercambio
específico de aminoácidos) y DEXH (con dos intercambios de
aminoácidos en el motivo principal, en donde X es cualquier
aminoácido), familias que también colaboran con la replicación,
recombinación, reparación y expresión de los genomas de ADN y ARN
(Gorbalenya, A.E., Koonin, E.V., Dochenko, A.P., Blinov, V.M., 1989:
Nucleic Acids Res. 17, 4713-4729). Las proteínas
DEAD-Box y sus subfamilias se reúnen frecuentemente
como superfamilia de helicasa II (Koonin, E.V., Gorbalenya, A.E.,
1992: FEBS 298, 6-8). Todas comparten siete regiones
altamente conservadas. En general, a esta superfamilia II en
permanente crecimiento pertenecen hasta ahora más de 70
miembros.
Una representación esquemática de las familias
DEAD, DEAH y DEXH (Schmid, S.R., Lindner P., 1991: Molecular and
Cellular Biology 11, 3463-3471) muestra la similitud
entre las familias. (Los números entre estas regiones muestran las
distancias en aminoácidos (AS). X es cualquier AS. De ser conocidas,
a las áreas se asignaron funciones.)
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(Esquema pasa a página
siguiente)
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El motivo ATPasa (AXXXXGKT) es una región
conservada aminoterminal y se presenta en la mayoría de las
proteínas que se unen a nucleótidos, así también en otras proteínas
con interacción de ADN y ARN como ADNB (parte del primosoma), UvrD
(endonucleasa), factor de elongación 1 y factor de terminación de la
transcripción Rho (Ford M.J., Anton, I.A., Lane, D.P., 1988: Nature
332, 736-738).
La segunda región conservada es la llamada
DEAD-Box o DEAH, DEXH o DEXX en otras familias de
las helicasas y ATPasas dependientes de ácidos nucleicos. Esta
región representa el motivo de la ATPasa B. En el mecanismo de
reacción, el primer ácido aspártico se une a través de una molécula
de agua Mg^{2+} (Pai, E. F., Krengel, U., Petsko, G. A., Gody, R.
S., Katsch, W., Wittinghofer, A., 1990: EMBO J. 9,
2351-2359). Mg^{2+} forma, a su vez, un complejo
con el fosfato \beta y \gamma del nucleótido y es esencial para
la actividad de ATPasa. Las sustituciones de los primeros restos de
la región de DEAD en eIF-4A impiden la hidrólisis de
ATP y la actividad de ARN-helicasa, pero no el
enlace con ATP (Pause, A., Sonenberg, N., 1992: EMBO J. 11,
2643-2654). La región DEAD acopla, además, la
actividad de la ARN-helicasa con la actividad de la
ATPasa.
La tercera región investigada es la región SAT
(a veces también TAT). Por mutación en esta área se suprime la
actividad de la ARN-helicasa, pero se mantienen
otras propiedades bioquímicas (Pause A. & Sonenberg N.,
1992).
La región más carboxiterminal es la región
HRIGRXXR que es necesaria para la unión de ARN e hidrólisis de
ATP.
De las relaciones antes expuestas, resulta que
las ARN-helicasas específicas son blancos atractivos
para principios activos farmacéuticos. Dado que se sabe de
determinados virus patógenos que pueden causar enfermedades en el
ser humano, los animales o las plantas, por ejemplo que llevan en el
genoma su propia ARN-helicasa requerida para la
replicación precisa (E. V. Koonin, 1991), se supone una aplicación
también en la fitoprotección (F. V. Fuller-Pace,
Trends in Cell Biology, Vol. 4, 1994, 271-274).
El derivado de isoxazol leflunomida muestra
propiedades inhibidoras de la inflamación e inmunosupresoras, sin
causar un daño de las funciones existentes del sistema inmune
(HWA486; R. R. Bartlett, G. Campion, P. Musikic, T. Zielinski, H.
U. Schorlemmer en: A. L. Lewis y D.E. Furst (editores), Nonsteroidal
Anti-inflammatory Drugs, Mechanisms and Clinical
Uses; C. C. A. Küchle, G. H. Thoenes, K. H. Langer, H. U.
Schorlemmer, R. R. Bartlett, R. Schleyerbach, Transplant Proc.
1991, 23:1083-6; T. Zielinski, H. J. Müller, R. R.
Bartlett, Agents Action 1993, 38:C80-2). Muchas
actividades como la modificación de la activación celular, la
proliferación, la diferenciación y la cooperación celular, que se
pueden observar en caso de enfermedades autoinmunes, se modulan por
leflunomida o bien su metabolito activo A77 1726.
Algunos estudios acerca del mecanismo de acción
molecular de este principio activo remiten a una influencia sobre
el metabolismo de las pirimidinas. Dado que la leflunomida se pasa
muy rápidamente al organismo en A77 1726, ambas denominaciones en
la presente solicitud prácticamente se toman como sinónimos. Es
decir, por ejemplo, los término "resistencia a leflunomida" y
"resistencia a A77 1726" son idénticos según su sentido.
Los nucleótidos de pirimidina y purina
desempeñan un papel clave en procesos biológicos. De esta manera,
son portadores de la información genética como componentes de ADN y
ARN. La biosíntesis de las pirimidinas contiene la oxidación
irreversible del dihidroorotato en orotato, que se cataliza por la
enzima dihidroorotato deshidrogenasa (DHODH). En total seis enzimas
se requieren para la síntesis de novo del monofosfato de
uridina (UMP). El UMP desempeña un papel clave para la síntesis de
las demás pirimidinas: citidina y timidina. La inhibición de DHODH
lleva, por este motivo, a una inhibición de la síntesis de novo de
la pirimidina. Son afectadas en especial las células inmunes que
poseen una gran demanda de nucleótidos, pero sólo pocos de ellos
pueden cubrirla por vías secundarias (salvage patway). Los estudios
de unión con análogos de leflunomida radiactivamente marcados
identificaron la enzima DHODH como posible sitio de acción de A77
1726 y así, la inhibición de DHODH representa un enfoque importante
para explicar las actividades inmunomoduladoras observadas a través
de leflunomida.
A fin de identificar otros sitios de acción
intracelular potenciales de leflunomida, se desarrolló una línea
celular resistente a leflunomida (ver también el Ejemplo 1).
Esta resistencia se indujo en la línea celular
altamente proliferativa A20.2J (linfoma de células B murino) a A77
1726. Gradualmente se aumentó la concentración de la sustancia en un
sistema de cultivo libre de suero, lo cual llevó finalmente al
establecimiento de una sublínea estable de nombre A20R. La línea
A20R tolera concentraciones de leflunomida 30 a 40 veces mayores
que la línea celular original A20.2J (ED_{50} 130 \muM frente a
4 \muM).
Sorprendentemente se halló que, a través de este
tipo de tratamiento de una línea celular leucocítica con dosis
crecientes pero no tóxicas del principio activo antiproliferativo
leflunomida, se estimula la expresión de una
ARN-helicasa putativa hasta ahora desconocida, que
probablemente le permita a la célula proliferarse por utilización
más eficiente de transcripciones existentes, a pesar de la
influencia de la sustancia. La presente invención tenía por objeto,
por este motivo, generar la ARN-helicasa
caracterizada más tarde como proteína DEAH-Box por
presión de selección condicionada por el principio activo en una
línea celular apropiada, identificar la correspondiente proteína,
preparar los anticuerpos monoclonales y policlonales contra la
proteína total, partes de la proteína y secuencias peptídicas
obtenidas por digestión proteolítica o síntesis de péptidos de una
forma convencional y conocida en la literatura, elaborar un
procedimiento de purificación para la enzima funcional,
identificar, aislar y clonar el gen o secuencias parciales génicas
de esta proteína de acuerdo con métodos convencionales y conocidos
en la literatura, expresar el gen o secuencias parciales génicas en
un sistema apropiado de expresión y caracterizar de forma
biomolecular como de forma bioquímicamente estructural y
funcional.
En especial, es objeto de la presente invención
poner a disposición nuevas helicasas y genes que codifican
helicasas, lo cual se logró por medio de secuencias de ADN aisladas
de acuerdo con la reivindicación 1 y con proteínas que se unen a
ácidos nucleicos de acuerdo con la reivindicación 7.
Al poner a disposición esta proteína y
ARN-helicasas afines, se pueden hallar nuevos
principios activos anticancerogénicos, antiateroscleróticos,
inmunosupresores, antiinflamatorios, antivirales, antifúngicos y
antibacterianos. Se requieren de modo indispensable para una
terapia eficaz de un sinnúmero de enfermedades tales como, por
ejemplo, mal de Alzheimer, cáncer, reuma, artrosis, aterosclerosis,
osteoporosis, enfermedades infecciosas agudas y crónicas,
enfermedades autoinmunes, diabetes y después de trasplantes de
órganos.
Por ello, un objeto de la invención es una
proteína que se une con el ácido nucleico con propiedades de
helicasa y ATPasa de acuerdo con la reivindicación 7, cuyo mARN se
expresa marcadamente bajo la influencia de leflunomida o compuestos
de acción similar, que proviene preferentemente de un derivado de la
línea celular murina A20.2J, y que contiene, con preferencia
especial, la secuencia de aminoácidos de acuerdo con la tabla 2 o
partes de ella.
Otro objeto de la invención es DANN de acuerdo
con la reivindicación 1, que codifica una proteína que se une a un
ácido nucleico con propiedades de helicasa y ATPasa o partes de
ella, en especial con la secuencia de ADN de acuerdo con la tabla
2.
Además, es objeto de la invención un ADN que
hibrida en condiciones rigurosas, en especial a 68ºC en solución
ExpressHyb (Clontech) en la secuencia de ADN de acuerdo con la tabla
2 o partes de ella.
Otro objeto de la invención es un ADN que, en
virtud de su degenerabilidad del código genético, es diferente de
las moléculas de ADN que se describieron en los últimos tres
párrafos, pero que permite la expresión de las proteínas
expresables de acuerdo con las correspondientes moléculas de ADN que
se describieron en los últimos tres párrafos.
Más allá de ello, es objeto de la invención un
vector que contiene el ADN que codifica la proteína que se une a
ácido nucleico con propiedades de helicasa y ATPasa o partes de
ella, y que es apropiado para la expresión de dicha proteína en una
célula huésped adecuada que es otro objeto de la invención. Asimismo
es objeto de la invención un vector de expresión antisentido que
hibrida en condiciones celulares un ARN antisentido que se puede
derivar de las moléculas de ADN antes mencionadas.
Otro objeto de la invención son procedimientos
para preparar la proteína que se une al ácido nucleico con
propiedades de helicasa y ATPasa por expresión de la proteína por
medio de los vectores mencionados y posterior aislamiento de la
proteína con métodos usuales.
Las proteínas que se unen con los ácidos
nucleicos con propiedades de helicasa y ATPasa, en especial de las
preparadas por técnicas genéticas, se pueden usar, por ejemplo, en
un sistema de pruebas o ensayos para hallar nuevas sustancias o
identificar sustancias ya conocidas respecto de su acción
anticancerogénica, antiaterosclerótica, inmunsupresora,
antiinflamatoria, antiviral, antifúngica o antibacteriana para el
tratamiento de mal de Alzheimer, cáncer, reuma, artrosis,
aterosclerosis, osteoporosis, enfermedades infecciosas agudas y
crónicas, enfermedades autoinmunes, diabetes o las consecuencias de
un trasplante de órganos.
El sistema de ensayo mencionado se puede
conformar de modo tal que se pueden expresar cantidades suficientes
de la proteína que se une al ácido nucleico con propiedades de
helicasa y ATPasa, que posiblemente también pueda unir también ARN
o proteínas que pueden influir sobre la homeostasis de ARN, de
acuerdo con procedimientos de técnica genética, cristalizar la
proteína obtenida, clarificar con métodos usuales su estructura
tridimensional y luego desarrollar con métodos usuales del
"Molecular Modelling" sustancias inhibidoras específicas que
interactúan preferentemente con la proteína que se une a ácidos
nucleicos con propiedades de helicasa y ATPasa en su sitio de unión
con ATP, el sitio de unión con el sustrato o en un sitio que influye
sobre estos epitopos funcionales. La prueba de la actividad de la
ARN-helicasa se puede llevar a cabo de acuerdo con
métodos conocidos por el especialista, por ejemplo, se pueden fijar
oligorribonucleótidos sintéticos a una matriz e hibridarlos con
oligorribonucleótidos marcados complementarios, tras lo cual la
proteína que se une a ácido nucleico con propiedades de helicasa y
ATPasa puede liberar en presencia o no en presencia de posibles
moduladores de su actividad de helicasa una cantidad determinada
medible de oligorribonucleótidos marcados, no fijados a la matriz.
Un ensayo de este tipo se puede llevar a cabo en placas de
microtitulación, con lo cual se pueden evaluar con mucha eficacia
el efecto de una gran cantidad de posibles moduladores.
Otro ensayo para moduladores de la proteína que
se une al ácido nucleico con propiedades de helicasa y ATPasa es
una mediación de resistencia a leflunomida de células en sí no
resistentes a leflunomida por expresión de la proteína recombinante
que se une a ácido nucleico con propiedades de helicasa y ATPasa,
con posterior medición de la influencia de posibles moduladores de
la proteína respecto de la supervivencia de tales células que se
volvieron resistentes en un medio de cultivo con contenido de
leflunomida.
Otro ensayo para moduladores de la proteína que
se une al ácido nucleico con propiedades de helicasa y ATPasa son
ensayos de ATPasa o de escisión en los que se ensaya la influencia
de las propiedades de ATPasa o de escisión de la proteína que se
une al ácido nucleico con propiedades de helicasa y ATPasa por
posibles moduladores.
Otro objeto de la invención es el uso de la
proteína que se une al ácido nucleico para aislar ARN que se unen
específicamente con esta proteína o para calcular su secuencia de
oligorribonucleótidos, con preferencia acoplando dicha proteína o
partes de ella con una matriz y utilizando la matriz de afinidad
preparada de esta manera para enriquecer los ARN, que se unen
específicamente con la proteína acoplada o partes de ella, a partir
de mezclas de ARN y, con preferencia especial, proveyendo
adicionalmente las moléculas de ARN enriquecidas con ligadores de
PCR, realizando un enriquecimiento por PCR y analizando los
fragmentos de PCR obtenidos de esta manera.
Otro objeto de la invención es el uso del gen
para la proteína que se une a ácido nucleico con propiedades de
helicasa y ATPasa como marcador de selección, con preferencia como
componente de vectores. En este objeto de la invención, se hace
hincapié en que en un análisis Southern-Blot de ADN
genómico de células A20R en comparación con ADN genómico de las
células A20.2J, el gen, que codifica la proteína que se une con el
ácido nucleico con propiedades de helicasa y ATPasa, ha sufrido una
amplificación. La amplificación del gen observada en el ejemplo de
este gen por leflunomida o análogos de leflunomida debe utilizarse,
entre otras cosas, para la selección de células, así como en la
terapia génica. En estos ejemplos, tienen influencia tanto el
resultado de la formación de resistencia relativa, como también el
resultado del incremento de la expresión.
Por hibridación en condiciones rigurosas se
entiende en la presente solicitud la hibridación a 68ºC, solución
ExpressHyb (Clontech). El posterior lavado se realiza como se indica
en el Ejemplo 6.
Un vector de expresión de una célula huésped
adecuado es un vector que, en la célula huésped correspondiente
está capacitada para la expresión génica heteróloga y para la
replicación (ambas con gran eficacia), ya sea constitutivamente o
luego de inducción por medio de métodos usuales.
Un vector de expresión antisentido es un vector
que en una correspondiente célula huésped (ver arriba) expresa un
ARN antisentido deseado, ya sea constitutivamente o luego de la
inducción por medio de métodos usuales.
La invención se detallará ahora por medio de
figuras, tablas y ejemplos, sin estar limitada a ellos.
Las figuras y las tablas se describen de la
siguiente manera:
Figura 1: SDS-PAGE (12% de
acrilamida). Las tres huellas de gel izquierdas están coloreadas con
un gel de color azul Coomassie, las tres huellas de gel derechas,
con un gel de color plateado. M: marcador (Combitek de Boehringer
Mannheim); A20.2 J: células A20 normales; A20R: células A20 que son
resistentes a 100 \muM de leflunomida. En el caso del gel de
color azul Coomassie, se aplicaron por bolsa de gel 100 \mug de
proteína, en el caso del gel de color plateado, 5 \mug de
proteína. La flecha caracteriza la proteína que se expresa
marcadamente en las células A20 resistentes.
Figura 2: Separación peptídica por HPLC. La HPLC
se llevó a cabo según las condiciones indicadas en el Ejemplo 1f.
En el perfil de elución se numeraron de corrido los seis picos que
corresponden a los péptidos 1-6 del Ejemplo 1g. En
el eje Y, se indican las unidades de absorción relativa con una
longitud de onda de 206 nm, en el eje X se indica el tiempo en
minutos.
Figura 3: (A) Curso temporal de la expresión de
la ARN-helicasa putativa bajo la influencia de
leflunomida con células A20.2J normales en comparación con células
A20R resistentes a leflunomida. La hibridación se llevó a cabo con
la sonda de ADN radiomarcada A20-5/-6b, cuya
secuencia contiene las áreas conservadas de la subfamilia DEAH de
proteínas DEAD-Box de la
ARN-helicasa putativa. Como marcación de peso
molecular se usó el estándar I de longitud de ARN de Boehringer
Mannheim. En la primera traza, se aplicó el ARN total de A20R, en la
segunda traza, ARN total de A20.2J sin tratamiento de las
correspondientes células con A77 1726, en la tercera a sexta traza,
ARN total de A20.2J con una incubación de diferente duración de las
correspondientes células con 5 \muM de A77 1726 (1 hora, 8 horas,
16 horas, 24 horas). Se aplicaron de cada tanda 20 \mug de ARN
total. En la parte (B) se hibridó el mismo Blot que en (A) con una
muestra de \beta-actina para control.
Figura 4: (A) Experimento Northern para la
expresión de la ARN-helicasa putativa con depósito
de leflunomida en el caso de células A20R resistentes a
leflunomida. El control era el ARN de células A20R que se habían
incubado con 100 \muM de leflunomida (traza 1). Se hibridó con la
sonda de ADN A20-5/6b. Las trazas 2, 3, 4, 5, 6, 7
y 8 contenían cada una 15 \mug de ARN total de células A20R que
habían sido incubadas sin leflunomida durante los períodos de 1, 2,
3, 4, 5, 14 días y 5 meses. (B) Hibridación de control del mismo
Blot con una muestra de \beta-actina. Los Blots
siempre se muestran con la correspondiente evaluación
cuantitativa.
Figura 5: Northern-Blot con
aprox. 2 \mug de Poli (A) ARN por traza de ocho distintos tejidos
humanos. Las trazas 1-8 contienen de derecha a
izquierda tejido de corazón, cerebro, placenta, pulmón, hígado,
músculo esquelético, riñón y páncreas. El ARN se separó por
electroforesis en un gel de agarosa desnaturalizado al 1,2%, y luego
se sometió a blot sobre una membrana de nylon cargada
positivamente, luego se fijó por reticulación cruzada con UV. Se
hibridó con la sonda de ADN A20-5/6b. Se indica la
correspondiente evaluación cuantitativa en el Blot.
\newpage
Figura 6: (A) Resultados de la secuenciación y
el mapeo de restricción de los clones positivos aislados. Los
clones 1 a 4 se superponen y tiene la secuencia hs1/hs2 en el
inserto. 1/3 y 2 tienen un sitio de intersección Sph I común. cADN
4 está completo en cADN 2. El clon 5 se distingue por el tamaño (6,5
kb), los sitios de restricción y el faltante
hs1/hs2-cADN de los demás clones. (B) Dominios de
homología en la secuencia de cADN. Los dominios de homología están
enmarcados y entre los dominios se indica la distancia en
aminoácidos. El dominio NLS posee homología con el "nuclear
localisation site" del antígeno T.
Tabla 1: (A) Construcción del cebador de un área
parcial de la proteína 135 kDa de A20R sobreexpresada. Las series
de letras anteriores caracterizan los aminoácidos en un código de
una letra, debajo se indica la secuencia de nucleótidos. Las
secuencias de aminoácidos escritas entre paréntesis se detallan
comenzando con su extremo C-terminal y se derivan
de secuencias de ADN que son complementarias a las secuencias de
cebadores indicadas aquí. Se indica en cada caso el código genético
degenerado. Dado que la tercera base del codón a menudo no es
clara, se sintetizó una mezcla de todas las bases que se tienen en
cuenta, para obtener en cada caso la correspondiente base para el
correspondiente AS. N es la abreviatura para las cuatro bases (G, A,
T, C). I es la abreviatura de inosina, cuyos pares de bases están
acompañados tanto de bases de purina como de pirimidina. R = A, G;
Y = T, C; S = G, C. En el caso de A20-2,
A20-3, A20-4 y A20-5
se trata de un cebador degenerado corriente arriba.
A20-6a y A20-6b son cebadores
corriente abajo. La distancia media de los cebadores corriente
arriba y corriente abajo entre sí es de aprox. 600 nucleótidos. En
el caso del cebador A-20-6b indicado
en 6, se igualó a propósito el nucleótido 16 con N, de modo que
aquí en la cadena complementaria correspondiente se codifica tanto
isoleucina (ATT, ATC, ATA) como también metionina (ATG). Este hecho
no modificó el éxito de la PCR realizada, pero de esta manera
aparece erróneamente una metionina como el último de los seis
aminoácidos en la secuencia de acuerdo con la tabla 2 y no la
correcta isoleucina. (B) Cebadores, derivados del clon humano cADN
B 185; 7 = cebador corriente abajo; 8 = cebador corriente
arriba.
Tabla 2: Secuenciación del área parcial de la
ARN-helicasa putativa de células A20R resistentes a
leflunomida. Por debajo de la secuencia de bases
(1-612) se indica la correspondiente secuencia de
aminoácidos con el código de una letra. Como último de los seis
aminoácidos es correcta la isoleucina y no la metionina; Para
explicación, ver las leyendas de las figuras de la tabla 1. El
fragmento de ADN indicado se usó como sonda
A20-5/-6b para los experimentos de hibridación.
Tabla 3: Secuencia del área codificadora del
cADN total (4272 bp de longitud total). De la posición de las
homologías con la secuencia de ratón, resultó que era correcto el
primer marco de lectura. Las secuencias codificadoras están entre
la posición 148 y 3831 y dan como resultado una secuencia de 1227
aminoácidos. (* = detención).
Tabla 4. Similitudes de la proteína humana
hallada con las proteínas DEAH-Box.
Ejemplo
1
El cultivo de la línea de partida, el cultivo de
la sublínea A20R resistente, así como los ensayos de proliferación
para controlar la resistencia cruzada de las células A20R se
efectuaron en un medio sin suero de preparación propia. El medio
seco para 10 litros de medio Iscove (Biochrom, Berlín) se disolvió
en 10 litros de agua bidestilada. A la solución se añadieron
luego:
- 13,95 g de NaCl
- 11,43 g de NaHCO_{3}
- 700 mg de KCl
- 10 ml de solución de NaOH al 35%
- 0,5 ml de solución de mercaptoetanol 1 molar
y el medio se filtró en condiciones
de esterilidad (todas las sustancias de Riedel de Häen). Antes de
usar, se añadió un litro de medio
Iscove:
- 32 mg de holo-transferrina humana
- 1 g de albúmina bovina
- 1,5 ml de lípidos
(todas las sustancias de
Sigma).
A20.2J es una sublínea de linfoma de células B
de ratón A20 (ATCC TIB-208) y como línea de fusión
en ATCC se describe para la línea celular LS 102.9 (ATCC
HB-97). Las células se caracterizaban por una alta
proliferación (tiempo de duplicación aprox. 10 horas) y una elevada
sensibilidad (50% de inhibición de la proliferación de las células
en 2 \muM de sustancia) respecto de A77 1726 (el metabolito
principal de leflunomida). Como línea celular que crece de forma no
adherente, las células se podían cultivar fácilmente.
Las células A20.2J se cultivaron en principio
durante 5 días en medio Iscove con 1 \muM de A77 1726
(concentración por debajo del 50% de inhibición de la
proliferación) y se controló el crecimiento celular, así como la
vitalidad de las células. Cada 2 ó 3 días se transfirieron las
células a medio fresco, al que se había añadido la misma
concentración de A77 1726. Cuando después de 5 días de cultivo se
podía reconocer un crecimiento de las células y ningún índice
elevado de mortalidad (máximo 30% de células muertas), se aumentó
gradualmente la concentración de A77 1726. Al estancarse la
proliferación de las células, se usó la concentración del último
pasaje. Después de cultivar durante un año, se había establecido
una sublínea A20R resistente estable que mostraba, en presencia de
100 \muM de A77 1726, una proliferación constante y ninguna
diferencia morfológica con la línea de partida A20.2J.
5\cdot10^{5} células se incubaron en 5 ml de
medio Iscove en placas de 6 cavidades (Greiner) durante 48 horas a
37ºC y 10% de CO_{2}.
Una cavidad se aplicó como valor de referencia
positivo:
- Para A20.2J: células en medio Iscove
- para A20R: células en medio Iscove + 100
\muM de A77 1726. A las células de las cavidades restantes se
pipetearon sustancias de ensayo en diversas concentraciones. Después
del tiempo de incubación, las células se resuspendieron en la
cavidad, se extrajeron 100 \mul de suspensión celular y se
diluyeron en solución de eosina al 1% (1 g de eosina amarillenta de
Riedel de Häen en 100 ml de solución isotónica estéril de cloruro
de sodio). Las células se contaron en una cámara de recuento de
Neubauer y se calculó la proporción de células muertas (coloreadas
con eosina). La modificación de la proliferación inducida por la
sustancia se calculó respecto del control positivo.
Prueba
2
4\cdot10^{3} células se pipetearon en un
volumen de 100 \mul de medio Iscove en placas de microtitulación
de fondo redondo de 96 cavidades (Nunc). Las sustancias de ensayo se
aplicaron con doble concentración a partir de la concentración de
ensayo deseada y se pipetearon 100 \mul de esta solución a las
células. Las placas se incubaron durante 48 horas a 37ºC y 10% de
CO_{2}. La proliferación se determinó por marcación radiactiva de
células que dividen su ADN. A ello se añadió, después del tiempo de
incubación, a cada cavidad 25 \mul de
^{3}H-timidina (10 \muCi/ml; actividad
específica 29 Ci/mMol; empresa Amersham) y se incubó durante otras
16 horas. Para ponderar el ensayo, se recogieron células de las
placas por medio de un equipo recolector de células (Skatron) sobre
filtro de fibra de vidrio (Pharmacia), en donde no se midió
^{3}H-timidina introducida en frascos especiales
de residuos y donde sólo se midió la radiactividad celular unida a
ADN. Los filtros se termosoldaron en bolsas plásticas y para la
medición se cerraron herméticamente en casetes de recuento tras
añadir 10 ml de centelleador (Pharmacia). La medición se realizó en
un contador beta (Beta-Plate-System
1206 de la empresa Wallac). Tal como se indicó en el Ensayo 1, se
calculó la modificación de la proliferación de las sustancias de
ensayo respecto de los correspondientes controles positivos.
Ejemplo
2
1. Resistencia cruzada respecto de las
sustancias antiproliferativas conocidas en la literatura: Se
ensayaron diversas sustancias antiproliferativas conocidas en la
literatura en diversas concentraciones (como se describió en el
ensayo de proliferación 2) en cuanto a su propiedad
antiproliferativa de células A20R y A20.2J. En la siguiente tabla,
se representa la inhibición calculada de una concentración de estas
sustancias en ambas líneas celulares. En comparación con la línea
de partida A20.2J, se debe exponer si en las células A20R había una
mayor resistencia general frente a las sustancias
antiproliferativas.
\newpage
Sustancias de | % de inhibición | % de inhibición | |
ensayo | de A20.2J | de A20R | |
Metotrexato | (0,15 \muM) | 75,9 | 65,2 |
Cisplatino | (10 \muM) | 44,7 | 91,1 |
Ciclosporina A | (0,25 \muM) | 69,9 | 77,5 |
Ácido micofenólico | (0,15 \muM) | 89,8 | 76,8 |
2. Resistencia cruzada respecto de sustancias
con estructura afín, símil A77 1726. Como no había una resistencia
general de las células A20R a las sustancias antiproliferativas, se
debía probar si análogos con estructura afín de A77 1726 poseían la
misma propiedad inhibidora de la proliferación de células A20R, como
de células A20.2J. En ensayo se realizó por medio de la prueba de
proliferación 1. En la siguiente tabla se detallan comparativamente
valores de IC-50 (la concentración de una sustancia
que inhibe la proliferación de las células en un 50%).
Sustancias de | Valor de IC-50 | Valor de IC-50 |
ensayo | de A20.2J | de A20R |
A77 1726 | 2-3 \muM | 130 \muM |
X92 0715 | 8 \muM | 120 \muM |
X91 0279 | 10 \muM | 120 \muM |
X91 0325 | 10 \muM | 75 \muM |
Las células A20R muestran una resistencia
cruzada que se reduce gradualmente a análogos de A77 1726B con
estructura afín, lo cual permite deducir una resistencia específica
de la estructura.
3. Resistencia cruzada de las células A20R a
brequinar:
Los ensayos previos respecto del mecanismo de
acción de leflunomida indicaron paralelismos con brequinar
(Dupont-Merck). Por este motivo, brequinar se
incluyó en las pruebas de resistencia cruzada de A20R.
Se calcularon los valores de
IC-50 de las células A20.2J y A20R respecto de la
sal sódica de brequinar con ayuda del ensayo de proliferación
1.
Valor de IC-50 | Valor de IC-50 | |
de A20.2J | de A20R | |
Sal de Na^{+} de brequinar | 0,2 \muM | 50-75 \muM |
En resumen, se puede decir que las células A20R
muestran, respecto de su comportamiento de crecimiento, una
resistencia cruzada a análogos de A77 1726 y brequinar, una
sustancia que inhibe DHODH.
Ejemplo
3
Las separaciones electroforéticas en gel de las
proteínas celulares de las células A20.2J y A20R mostraron que se
sobreexpresó una proteína con un peso molecular de aprox. 135 kDa
(calculado con marcadores ricos en proteína) en la línea resistente
(ver también Figura 1). La primera suposición era que, en este caso,
se trata de un fenómeno MDR
(Multi-Drug-Resistance,
"resistencia a multifármacos").
La MDR
(Multi-Drug-Resistance) se define
como una resistencia de las células a las sustancias antineoplásicas
estructuralmente no afines. Las células tumorales reaccionan por
sobreexpresión de una glucoproteína de la membrana plasmática que
puede bombear sustancias tóxicas celulares dependientes de ATP fuera
de la célula. Por sobreexpresión de estas proteínas de MDR
(135-180 KD), las células sobreviven también en
grandes concentraciones de sustancias antiproliferativas.
Las proteínas MDR pueden inhibirse por medio de
bloqueadores del canal de calcio en su función como bombas de
esclusión, lo cual conduce a una acumulación de la sustancia en la
célula. A ambas líneas celulares se añadieron, por este motivo,
bloqueadores del canal de calcio conocidos en la literatura y
asimismo sustancias asociadas a MDR, a fin de verificar si la línea
resistente sobreexpresa proteínas MDR. Como bloqueadores del canal
de calcio se usaron verapamil, como sustratos de MDR daunorrubicina
y doxorrubicina. Los resultados se representan más abajo en forma
de tabla como % de inhibición de la proliferación y se calcularon
con la ayuda del ensayo 2.
\vskip1.000000\baselineskip
Adición de 300 nM de | Adición de 300 nM de | |||
daunorrucibina | doxorrubicina | |||
Verapamil (nM) | A.20.2J | A20R | A20.2 J | A20R |
0 | 10,7% | 6,8% | 2,7% | 9,1% |
100 | 33,4% | 20,7% | 19,9% | 24,9% |
200 | 49,6% | 31,7% | 30,4% | 48,7% |
400 | 54,0% | 42,4% | 40,4% | 47,3% |
\vskip1.000000\baselineskip
Ambas líneas celulares se inhiben por medio de
las dos sustancias en igual medida. Las células A20R resistentes no
muestran una gran aceptación por medio de una mayor expresión de
MDR.
Se seleccionó la misma tanda de ensayo para
verificar su A77 1726 es una molécula transportadora de MDR.
\vskip1.000000\baselineskip
Verapamil | A20.2J + 1,6 \muM | A20R + 62,5 \muM |
(nM) | de A77 1726 | de A77 1726 |
0 | 16,4% | 10,3% |
100 | 14,3% | 6,4% |
200 | 12,5% | 9,9% |
400 | 7,9% | 13,9% |
\vskip1.000000\baselineskip
En el caso de las líneas celulares se pudo
comprobar que A77 1726 no es transportado por proteínas MDR.
Ejemplo
4
(Popov et al.: Acta Biol. Med. Germ.
34, p.1441-1461)
Principio: Se precipitan soluciones diluidas de
proteínas con negro de amida/metanol/ácido acético como pellet
coloreado, se lavan, se toman en NaOH 0,1 M y se mide la extinción a
620 nm.
El cálculo del contenido proteico resulta por
medio de una curva de calibración con soluciones de BSA (BSA =
albúmina de suero bovino).
Observación: Esta determinación de proteínas no
se ve influida por detergentes (SDS, Nonidet, etc.), asimismo no
perturba la presencia de \beta-mercaptoetanol. Se
deberían utilizar recipientes originales Eppendorf®, ya que la
adhesión del pellet a la superficie del plástico es fuerte y, así,
se evitan pérdidas de proteína por desprendimiento del pellet al
verter las soluciones de lavado.
Se requieren las siguientes soluciones:
"Solución Popov 1":
- 0,65 g de negro de amida
- Agitar 50 ml de Popov 2 por lo menos durante 1 h, se puede conservar sólo una semana.
\vskip1.000000\baselineskip
"Solución Popov 2":
- 50 ml de ácido acético glacial
- 450 ml de metanol
\vskip1.000000\baselineskip
"Solución Popov 3":
- 4 ml de Popov 1
- 36 ml de Popov 2, luego filtrar
\vskip1.000000\baselineskip
Confección de la curva de calibración:
Aplicar la solución de BSA: se aplica albúmina
bovina, de Sigma, al 98-99% en una concentración de
1 mg/ml en solución al 5% de SDS. Se prepara una gran cantidad de
solución que se deposita en porciones de 1 ml a -25ºC. Se derrite
una porción de 1 ml y luego se agita vigorosamente durante 10
minutos a 95ºC en el Thermomixer (Eppendorf Thermomixer 5436).
Después de enfriar, se realizaron las siguientes diluciones:
\vskip1.000000\baselineskip
10 \mul de solución | 990 \mul de solución de | 0,010 mg de |
de BSA. | SDS al 5%. | BSA/ml |
25 '' | 975 '' | 0,025 '' |
50 '' | 950 '' | 0,050 '' |
75 '' | 925 '' | 0,075 '' |
100 '' | 900 '' | 0,100 '' |
150 '' | 850 '' | 0,150 '' |
200 '' | 800 '' | 0,200 '' |
sin '' | 1000 '' | valor ciego |
\vskip1.000000\baselineskip
De todas las 8 soluciones, se extraen dos veces
200 \mul (determinación doble) por vez, se mezclan con 600 \mul
de "Popov 3", luego se mezcla breve y vigorosamente
(vortex).
A continuación: centrifugar durante 5 minutos a
14000 rpm en una centrífuga de mesa (Eppendorf), se descarta el
sobrenadante. Luego se lava el pellet tres veces con 750 \mul de
"Popov 2" por vez y se centrifuga. Después del último proceso
de lavado, se extrae el pellet en 1 ml de NaOH 0,1 M y se mide la
extinción en una cubeta de plástico (d = 1 cm) respecto del valor
ciego a 620 nm (fotómetro espectral de la empresa Kontron).
Ejemplo para una serie de medición:
Concentración de BSA | Extinción a 620 nm |
(mg/ml) | |
0 | 0 |
0,010 | 0,0459 |
0,025 | 0,1154 |
0,050 | 0,2442 |
0,075 | 0,4025 |
0,100 | 0,4964 |
0,150 | 0,6856 |
0,200 | 0,9534 |
El coeficiente de correlación en la evaluación:
La concentración de proteína/extinción es, según la experiencia, de
0,995-0,999 (en este ejemplo, de 0,998)
Se centrifugan 10^{7} células A20 (el término
células A20 significa A20.2J y A20R), presentes en 1 ml de tampón
PBS, en un palso de 5 a 10 segundos con 10^{4} rpm en la
centrífuga de mesa (Eppendorf modelo 5415 C). El sobrenadante se
descarta, el pellet se mezcla con 1 ml de solución de SDS al 5%, se
absorbe varias veces con una pipeta y así se homogeneiza y se agita
vigorosamente durante aprox. 95ºC en el Thermomixer y luego se
enfría.
De esta solución se mezclan:
20 \mul con 980 \mul de solución de SDS al
5% - dilución de 50 veces, así como 50 \mul con 950 \mul '' ''
\rightarrow 20 veces '' y se agita vigorosamente durante 10
minutos a 95ºC en el Thermomixer y se enfría. Luego se extraen de
cada solución para determinaciones dobles dos veces 200 \mul, se
mezclan con 600 \mul de "Popov 3" y se sigue tratando tal
como se describió previamente para BSA. La evaluación se realiza por
medio de la curva de calibración recién descrita.
Valores medidos obtenidos:
Dilución | Extinción a 620 nm | Concentración de proteínas \times |
factor de dilución (mg/ml) | ||
50 veces | 0,0972 | 0,915 |
20 veces | 0,1800 | 0,720 |
Resultado: las células A20 contienen aprox. 800
\mug de proteína.
Se centrifugan 10^{7} células A20, presentes
en 1 ml de tampón de PBS, en un lapso de 5 a 10 segundos con
10^{4} rpm en la centrífuga de mesa (Eppendorf modelo 5415 C).
Se descarta el sobrenadante, el pellet se mezcla
con 400 \mul de tampón de muestra y se homogeneiza por múltiple
absorción con la pipeta, se agita vigorosamente (agitador Vortex) y
se agita durante 5 a 10 minutos a 95ºC en el termoagitador antes
mencionado o en baño de agua. La concentración de proteínas de esta
solución altamente viscosa es de aprox. 2 mg/ml. Para un gel
coloreado de Coomassie se requieren de esta solución 40 a 50
\mul/sobre de muestra, correspondientes a 80 - 100 \mug de
proteína. Para geles coloreados de Ag, se diluye luego la solución
descrita 1 : 20, 40 a 50 \mul corresponden así a una concentración
de proteínas de 4 a 5 \mug/sobre de muestra.
Composición del tampón de muestra:
\vskip1.000000\baselineskip
Millipore-H_{2}O | 2,7 ml |
Glicerina, al 98% | 10,0 ml |
0,25 M de Tris/1 M de glicina | 9,0 ml |
25% de solución de SDS | 6,8 ml |
0,1% de solución de azul de bromofenol | 2,5 ml |
2-Mercaptoetanol | 4,0 ml |
\vskip1.000000\baselineskip
El pellet celular se sumerge de inmediato en el
recipiente Eppendorf hermético durante aprox. 1 minuto en nitrógeno
líquido y se conserva a -80ºC. Para la lisis, el tampón de muestra
se vierte directamente sobre el pellet celular congelado.
Se usaron distintos geles de poliacrilamida
(10%, 12%, 4 a 22,5% de PAA). Se obtuvieron los mejores resultados
en cuanto a la nitidez de banda con geles de gradiente, cuyo
contenido de PAA era del 4 al 10%. Las técnicas/soluciones
necesarias para ello se describen a continuación:
Composición de las soluciones de gel para gel de
gradiente al 4 - 10% de AA para un gel (aprox. 24 ml):
\vskip1.000000\baselineskip
Componente | 4% de solución | 10% de solución |
de AA | de AA | |
H_{2}O | 7 ml | - |
Glicerina | - | 6,1 g |
Solución madre 1 | 1,6 ml | 4 ml |
3 M de Tris, pH 8,8 | 3 ml | 3 ml |
10% de APS | 80 \mul | 40 \mul |
10% de SDS | 120 \mul | 120 \mul |
TEMED | 10 \mul | 10 \mul |
Solución madre 1: 30% de acrilamida/0,5% de N,N-metilenbisacrilamida | ||
Enlace cruzado: 1,7% | ||
APS: persulfato de amonio | ||
Gel colectivo |
Composición de la solución de gel con 3,8% de AA
para dos geles (aprox. 10,5 ml):
Componente | |
H_{2}O | 3,7 ml |
Solución madre 2 | 4,0 ml |
0,5 M de Tris, pH 6,8 | 2,5 ml |
10% de APS | 200 \mul |
10% de SDS | 100 \mul |
TEMED | 12 \mul |
El gel se vierte de acuerdo con métodos estándar
y se fija en una cámara de electroforesis vertical después de una
suficiente polimerización. Para un gel coloreado de Coomassie/plata,
se vierten de la muestra A20 descrita en b) 40 \mul = 80 \mug/4
\mug de proteína por cada sobre de muestra.
Como estándar de peso molecular sirvieron los
marcadores "Combitek" de Boehringer Mannheim, cuyo intervalo
de peso molecular en el tampón de muestra reductor alcanza de 170 a
14 kD.
Composición del tampón eluyente de
electroforesis:
Dilución lista para usar con Milli
Q-H_{2}O
SDS | 0,1% |
Tris | 50 mM |
Glicina | 200 mM |
Condiciones de corriente: aprox. 5 horas a 35
mA/gel (tensión de 400 V) al utilizar un gel con las dimensiones 17
x 18 x 0,1 cm.
Coloraciones:
1. Coloración de Coomassie
Secuencia | Tiempo | Composición de la solución |
Fijación/coloración | 20-30 min | \begin{minipage}[t]{75mm} 0,2% de azul brillante de Coomassie R 250 en 50% de metanol/10% de ácido acético/40% de H_{2}O\end{minipage} |
Decoloración | indistinta, cambiar la | 20% de i-propanol, 7% de ácido acético, 3% de glice- |
solución varias veces | rina, 70% de H_{2}O |
\vskip1.000000\baselineskip
2. Coloración de Ag (coloración transformada de
Heukeskoven)
Secuencia | Tiempo | Composición de la solución |
Fijación | 30 min | \begin{minipage}[t]{75mm} 40% de etanol, 10% ácido acético, 50% de H_{2}O\end{minipage} |
Incubación | 2-24 h | \begin{minipage}[t]{75mm} 0,40 g de tiosulfato de sodio *5 H_{2}O + 5,00 g de acetato de sodio + 60 ml de etanol justo antes de usar: + 1,0 ml de glutardialdehído (al 25%), completar con H_{2}O hasta 200 ml\end{minipage} |
(Continuación)
Secuencia | Tiempo | Composición de la solución |
Lavado | 3 x 5-10 min | H_{2}O |
Coloración | 45 min | \begin{minipage}[t]{75mm} 200 mg de nitrato de plata justo antes de usar: + 40 ml de glutardialdehído al 35%, completar con H_{2}O hasta 200 ml\end{minipage} |
Lavado | 10 s | H_{2}O |
Desarrollo | 2-10 min | \begin{minipage}[t]{75mm} 5 g de carbonato de sodio justo antes de usar: + 20 ml de glutardialdehído al 35%, completar con H_{2}O hasta 200 ml\end{minipage} |
Detención | 10 min | Na_{2}EDTA al 1,5% * 2 H_{2}O |
Todas las etapas antes mencionadas se llevan a
cabo con un ligero movimiento (mesa de agitación) en 200 ml/gel.
Antes de fotografiar/escanear/secar o fundir en
bolsas de plástico, el gel se incuba durante varias horas hasta la
noche en H_{2}O bidestilada.
Conservación: Los geles fundidos se conservan a
temperatura ambiente o bien en un refrigerador (temp: >0ºC)
apilados, dentro de lo posible, protegidos de la luz.
En el intervalo molecular alto (entre bandas
marcadoras 170 y 116 kD), se pueden reconocer bandas de proteínas
que se expresan mucho más en el caso de las células A20 resistentes.
Esto se puede observar tanto con la coloración de Coomassie como de
plata (ver Fig. 1).
De los ocho estándares de calibración, se aplicó
la distancia de cada una de las proteínas en el gel del 4 al 10% en
relación con el logaritmo del peso molecular. De la banda de
proteínas antes mencionada con distancia conocida, se pudo calcular
así el peso molecular. La distancia total era de 11,2 cm.
Den. de proteínas del | M_{r} (D)/log | Distancia | Valor |
marcador Combitek | M_{r} | (cm) | R_{f} |
\alpha_{2}-Macroglobulina | 170000/5,230 | 4,37 | 0,39 |
(plasma de caballo) | |||
\beta-Galactosidasa (E. coli) | 116353/5,066 | 5,78 | 0,516 |
Fructosa-6-fosfato-quinasa | 85204/4,930 | 7,20 | 0,643 |
(músculo de conejo) | |||
Glutamato-deshidrogenasa | 55562/4,745 | 8,35 | 0,746 |
(hígado bovino) | |||
Aldolasa (músculo de conejo) | 39212/4,593 | 9,17 | 0,819 |
Triosafosfato-isomerasa | 26626/4,425 | 10,00 | 0,893 |
(músculo de conejo) | |||
Inhibidor de tripsina (soja) | 20100/4,303 | 10,33 | 0,922 |
Lisozima (albúmina de huevo) | 14307/4,156 | 10,63 | 0,949 |
Proteína desconocida, | ? | 5,58- | 0,500 |
5 aplicaciones | 5,655,60 |
El valor medio de los cinco valores de
aplicación de la proteína desconocida está indicado entre
paréntesis. El coeficiente de correlación era de 0,977. El peso
molecular calculado es de M_{r} 135 kDa.
En el sistema Bio Image® (empresa Millipore,
Eschborn) se realizó en el "whole band-menu"
una cuantificación de las bandas de un gel de PAA coloreado con
Coomassie (4 al 10%) con células A 20 resistentes (A20R). Resultado
con cinco vías ponderadas con diferente contenido proteico:
\vskip1.000000\baselineskip
Cantidad de | IOD = densidad óptica integrada, (%) |
proteína total (\mug) | de 135 kD de banda de proteínas |
80 | 1,07 |
80 | 1,03 |
60 | 1,05 |
60 | 1,04 |
40 | 1,32 |
\vskip1.000000\baselineskip
Según ello, la proporción de la proteína de 135
kD en células A20 resistentes es de aprox. 1%. En células A20
normales (A20.2 J), no se pudo calcular cuantitativamente esta banda
con una aplicación de 80 \mug de proteína, ya que se pueden
reconocer sólo levemente en comparación con las células
resistentes.
Otras informaciones que se obtienen con
SDS-PAGE: En el caso de una elaboración de muestras,
se modificó el tampón de muestra descrito en a) al no añadir
mercaptoetanol. En esta condición, las proteínas no se separan en
subunidades que se forman por puentes S-S.
Resultado: No se produjo alteración alguna del
peso molecular de la proteína 135 kD.
La cantidad de proteína necesaria para la
secuenciación se indica en general con 100 pMol, ello equivale a
aprox. 14 \mug de proteína. Con una cuidadosa ponderación (en
comparación con la concentración del marcador), se estimó la
concentración de la proteína 135 kDa con una aplicación total de 80
\mug en 0,3 \mug. Se prepararon 16 geles (PAA 4 al 10%) con un
total de 104 de las bandas de 135 kDa. La cantidad de proteína total
aplicada era siempre de
80 \mug.
80 \mug.
Después de la coloración de
SDS-PAGE y Coomassie, se recortaron las bandas de
gel y, en el lapso de un día, se lavaron hasta neutralidad
cambiando varias veces el H_{2}O. Las piezas de gel se prensaron
luego a través de un tamiz de 32 \mum (en una punta sin cánula).
La pasta fina de gel se evaporó luego en una centrífuga al vacío
hasta casi sequedad.
A continuación se realizó la adición de
enzima/tampón; se añadió endoproteinasa LYS-C
(Boehringer Mannheim) con un exceso de 10 veces. Se incubó durante
6 a 7 horas a 37ºC, luego se eluyó durante varias horas con 1 ml:
60% de acetonitrilo/0,1% de TFA, a 37ºC. Se retiró el sobrenadante
con pipeta y se repitió la elución durante la noche a temperatura
ambiente. El sobrenadante se retiró con pipeta, se combinó con el
primer sobrenadante, se filtró repetidas veces a través de un
filtro de 0,02 \mum (Anatop® de Merck) y se evaporó en una
centrífuga al
vacío.
vacío.
Antes de inyectar en la HPLC, se diluye con
10-20% de ácido fórmico.
Columna: | Superspher® 60 RP Select B | |
Eluyente A: | 0,1% de TFA (ácido trifluoroacético) en H_{2}O | |
Eluyente B: | 0,1% de TFA en acetonitrilo | |
Columna: | Superspher® 60 RP Select B | |
Gradiente: | t [min] | % de B |
0 | 0 | |
60 | 60 | |
65 | 70 | |
Flujo: | 0,3 ml/min | |
Longitud de onda de medición: | 206 nm |
El resultado se muestra en la Figura 2.
Péptido 1 | KLG DI MGVK KE (SEQ ID NO: 1) |
Péptido 2 | KLG DI MGVK KETEPDK (SEQ ID NO: 2) |
Péptido 3 | KLIVTSATMDA E K (SEQ ID NO:3) |
Péptido 4 | DATSDLAIIARK (SEQ ID NO:4) |
Péptido 5 | KIFQ K (SEQ ID NO:5) |
Péptido 6 | TP O EDYV E AAV (SEQ ID NO:6) |
Los picos correspondientes a los péptidos 1 a 6
están marcados en la Figura 2.
Las secuencias peptídicas obtenidas muestran
parcialmente una fuerte homología con una proteína derivada de la
secuencia génica de Caenorhabtitis elegans, cuya función es
desconocida. Están marcados los aminoácidos que no concuerdan con
esta secuencia (ver punto g.). La homología extraordinariamente
potente del péptido 3 (se sabe de la literatura que esta
SAT-Box en proteínas DEAD-Box de
bacterias a mamíferos está muy conservada) con la secuencia de
C. elegans y la faltante o débil concordancia con el péptido
4 o el péptido 2 son un claro indicio de que la proteína según la
invención es un nuevo representante de la clase de las proteínas
DEAD-Box.
Los siguientes ejemplos describen experimentos
biomoleculares realizados. En este caso, se suponen conocidos los
métodos estándar biomoleculares de base, que están descritos, por
ejemplo, en "Molecular Cloning - A Laboratory Manual", 2.ª
edición de Sambrook et al., publicados en Cold Spring Harbor
Laboratory Press. Estas técnicas son, por ejemplo, preparación ADN
de plásmido, minipreparación de plásmido, maxipreparación de
plásmido, elución de fragmentos de ADN de geles de agarosa, elución
por filtración, elución por adsorción, modificación enzimática de
ADN, digestión de ADN por endonucleasas de restricción,
transformación de E. coli, preparación de ARN, preparación
de ARN con el método monoetapa (según Chomzynski), preparación de
mARN con Dynabeads®, electroforesis de ARN en gel,
Northern-Blot, marcación radiactiva de ADN,
marcación de ADN "Random primed" con
[\alpha-32P]dATP, secuenciación de ADN
según el método de didesoxi, preparación de cADN a partir de ARN
total, marcación no radiactiva de ácido nucleico, marcación de ADN
"Random primed" con digoxigenina (DIG), detección de los ácidos
nucleicos marcados con DIG.
\newpage
Ejemplo
5
Las reacciones se llevaron a cabo con un
ciclador Perkin Elmer. Para 50 \mul de una tanda estándar de PCR,
se pipetearon los siguientes componentes en hielo y se recubrieron
con 50 \mul de aceite mineral:
- 1 \mul de DNS de plantilla (0,5-2,5 ng)
- 1 \mul de cebador hacia adelante (30 pmol/\mul)
- 1 \mul de cebador de reversa (30 pmol/\mul)
- 5 \mul de mezcla de dNTP (2 mM por nucleótido)
- 5 \mul de 10x tampón de PCR
- 36,5 \mul de H_{2}O
- 0,5 \mul de Taq-polimerasa (2,5 unidades)
La amplificación se realizó en 40 ciclos en las
siguientes condiciones:
- 1.
- Etapa: Desnaturalización de la doble cadena de ADN a 94ºC, 30 s.
- 2.
- Etapa: Depósito del cebador en las cadenas individuales de ADN a 50ºC, 2 min.
- 3.
- Etapa: Síntesis de ADN a 72ºC, 3 min.
En el último ciclo, se realizó la síntesis de
ADN durante 5 min y la tanda se enfrió luego hasta 4ºC. Para el
análisis se analizaron 10 \mul de la tanda sobre un gel de agarosa
al 1 - 2%.
- Cebador hacia adelante: A20-2, A20-3, A20-4, A20-5 (ver tabla 1)
- Cebador de reversa: A20-6a, A20-6b (ver tabla 1)
- Matriz: A20R-ARN total
Los cebadores hacia adelante y de reversa se
combinaron de a pares en reacciones de PCR. La tanda
A20-3/A20-6b llevó a la acumulación
de un aADN de aprox. 630 bp, que se reamplificó para verificar su
especificidad con combinaciones de los cebadores
A20-3, A20-4 y A20-5
con el cebador A20-6b. Para aumentar la exigencia,
se seleccionó en la reamplificación una temperatura de depósito de
55ºC y se realizaron únicamente 35 ciclos de PCR. Después de la
clonación y secuenciación del fragmento obtenido (nombre:
A20-5/-6b) con métodos estándar, se obtienen los
datos de secuencias mostrados en la tabla 2.
Ejemplo
6
Como solución de hibridación se empleó una
solución ExpressHyb® lista para usar de la empresa Clontech que une
en una hora de tiempo de hibridación la sonda génica antes marcada
(radiactiva o no radiactiva) con la secuencia de ADN complementaria
eventualmente existente del filtro de soporte.
Reactivos requeridos de forma adicional:
- 20xSSC: 3 M de NaCl; 0,3 M de citrato de sodio (pH 7,0)
- Solución de lavado 1: 2x SSC; 0.05% de SDS
- Solución de lavado 2: 0,1x SSC; 0,1% de SDS
- Solución de lavado 3: 2x SSC; 0,1% de SDS
La solución ExpressHyb® se calentó hasta 68ºC y
se agitó para que no quedaran precipitados. Después se prehibridó
la membrana (10x10-cm) en al menos 5 ml de solución
ExpressHyb®, mezclando a 68ºC durante una media hora de forma
continua en un horno para hibridación. La sonda de ADN no marcada
radiactivamente se combinó con 5 ml de solución frasca ExpressHyb®.
Luego se reemplazó la solución de prehibridación por esta solución
ExpressHyb® y se dejó en incubación el Blot durante una hora a 68ºC
en el horno para hibridación. Después de la incubación, se lavó a
temperatura ambiente durante 30 min con 20 ml de la solución de
lavado 3 (por 100 cm^{2} de membrana), y se reemplazó la solución
una vez. La segunda etapa de lavado se realizó a 50ºC durante 30 min
con solución de lavado 2. También aquí se reemplazó la solución una
vez. Después se dejó chorrear la solución de lavado excedente de la
membrana y luego se pudo usar la membrana directamente para la
detección con quimioluminiscencia.
La hibridación se realizó como en el caso de la
sonda de ADN no marcada radiactivamente. Después de incubar, se
lavó con solución de lavado 1 durante 30-40 min a
temperatura ambiente con reemplazo múltiple de la solución. La
segunda etapa de lavado se realizó con solución de lavado 2 durante
40 min a 50ºC. En este caso se reemplazó la solución una vez. Luego
se dejó chorrear aquí la solución de lavado excedente y se fundió el
Blot en una lámina plástica. El Blot se expuso en un casete de
exposición a -70ºC o se ponderó en un Phosphoimager (BIORAD).
El ARN y la sonda de hibridación utilizados se
indican en cada caso en las leyendas de las figuras.
El experimento está representado en la Figuras
3A y 3B y la correspondiente leyenda de figura. En este caso, se
muestra en todas las células investigadas (A20.2J y A20R) una banda
del tamaño 4,4 kb. Las A20R emiten una señal muy fuerte, las
células A20.2J sólo una señal débil pero que, después del
tratamiento de estas células, se hace algo más fuerte durante una u
ocho horas con A77 1226. A77 1226 no induce significativamente la
formación del mARN aquí ensayado.
El experimento está representado en la Figuras
4A y 4B y la correspondiente leyenda. Después de depositarse A77
1226, se reduce el nivel de mARN del mARN ensayado en el período de
observación (hasta 5 meses).
El experimento está descrito en la figura 5 y la
correspondiente leyenda. Se muestra que los niveles de mARN en los
tejidos investigados son diferentes. Como la expresión de mARN está
correlacionada con la resistencia a leflunomida (ver 3), los
órganos musculares como el corazón y la musculatura esquelética son
posiblemente menos sensibles a la leflunomida.
Ejemplo
7
La secuencia de aminoácidos KLGDIMGVKK de un
área parcial de la ARN-helicasa putativa de células
A20R resistentes a leflunomida expresada de modo diferencial se
halló en un registro del clon de cADN B 185 (Homo sapiens)
en el banco de datos de EM NEW (nuevos registros EMBL). De esta
manera era posible preparar cebadores apropiados para la PCR que
servían en una PCR con un banco de cADN humano como matriz para
enriquecer un cADN correspondiente a una
ARN-helicasa putativa humana. Los nuevos cebadores
corriente arriba y corriente abajo están reproducidos en la tabla 1
como cebadores Nros. 7 y 8 (7 = hs1, 8 = hs2).
Las condiciones de PCR se mantuvieron rigurosas,
ya que los cebadores eran complementarios a la secuencia blanco. La
hibridación se realizó durante 45 s a 55ºC, la desnaturalización
durante 30 s a 94ºC y la síntesis sólo durante 45 s a 72ºC. El
motivo para la breve fase de desnaturalización y síntesis era la
conocida longitud del inserto esperable (246 bp). Las relaciones de
concentración de la PCR se seleccionaron según el estándar de
acuerdo con el Ejemplo 5. Como matrices sirvieron tres distintos
bancos de cADN humanos (preparados a partir de 1. células T
periféricas, 2. células precursoras mieloides HI-60
estimuladas con PMA, 3. placenta). Se obtuvo en cada caso un
fragmento de 246 bp de longitud por PCR, cuya secuencia responde a
la de los nucleótidos 1431 a 1672 de la Tabla 3.
Ejemplo
8
Debido a los resultados de los experimentos de
Northern Blot (Ejemplo 6), se usó para el control un banco de cADN
preparado a partir de músculo esquelético humano. Como sonda se
utilizó la secuencia hs1/hs2. Para la síntesis de sondas de ADN
marcadas se amplificó hs1/hs2 ADN por medio de PCR con los cebadores
hs1 y hs2 y el clon hs1/hs2 (vector: pCR™II) como plantillas y
luego se purificó con electroforesis de gel de agarosa y elución
fenólica. Para la marcación de DIG con ayuda de cebadores aleatorios
("random primed labeling") se empleó 1 \mug de
hs1/hs2-ADN com plantilla y después de 20 horas de
tiempo de reacción, se obtuvieron aprox. 2 \mug de sondas de ADN
marcadas por 1 \mug de rendimiento de plantilla. Para verificar la
especificidad de la sonda, se fijó una serie de diluciones de
hs1/hs2 ADN de 0,1 pg a 10 ng sobre una membrana de nylon y se
hibridó con la sonda hs1/hs2 marcada con DIG. Se mostró que
5-25 ng de sonda por ml de solución de hibridación
eran suficientes para detectar débilmente 10 pg de hs1/hs2 ADN y
claramente a partir de 100 pg de hs 1/hs2 ADN (Hybond N +).
Para el primer control del banco de genes, se
plaquearon por 150 mm de placa de agar aprox. 40000 colonias, en
total se prepararon 20 placas maestras, de modo que se plaquearon
aprox. 800000 colonias individuales. Con esta cantidad de colonias,
parecía suficiente la probabilidad de que con una cantidad dada por
el fabricante de clones independientes de 1,1x10^{6} estaba el
clon buscado entre los plaqueados. Se prepararon 2 de un total de
40 filtros de replicación que se sometieron a hibridación con sonda
DIG. Para esta hibridación se utilizó una concentración de sonda de
25 ng/ml. Para la detección se expusieron las membranas durante 2
horas a películas de rayos X. Resultaron, en 5 placas diferentes,
un total de 19 clones positivos. De 19 clones positivos del control
primario, se confirmaron 5 clones en el control secundario. Estos
clones se aislaron y caracterizaron. Resultaron para los clones los
siguientes tamaños estimados de insertos:
Clon 1 | 1,6 kB |
Clon 2 | 3,5 kB |
Clon 3 | 1,6 kB |
Clon 4 | 0,9 kB |
Clon 5 | 6,5 kB |
Por medio de otra caracterización, se
secuenciaron los clones y se compararon las secuencias parciales
obtenidas, así como los mapas de restricción. La comparación de las
secuencias entre sí confirmó la suposición de que el clon 1 y el
clon 3 eran casi idénticos. Resultó que los clones 1 a 4
correspondían a una secuencia génica que contenía la secuencia de
hs1/hs2-cADN y tenía una longitud estimada de 4,5
kB. Parecía estar incluida la terminal completa 5' y la cola
poli-A del mARN. La longitud total permitía inferir
que se trataba de la secuencia total que sería necesaria para la
expresión de una proteína 135 kD. Una representación esquemática
muestra la orientación de los cADNs entre sí y la ubicación de la
secuencia hs1/hs2 utilizada para el control (Figura 6A).
En comparación con los demás clones, el clon 5
parecía presentar diferencias. La secuenciación de este clon no dio
como resultado superposiciones con las otras secuencias y no hay
indicio de la posición de la secuencia hs1/hs2 en el clon. Ya en el
curso del análisis de restricción, el plásmido 5 mostraba
características especiales que dejaban suponer que no provenía del
mismo gen como los demás clones. También la longitud extraordinaria
del inserto de 6,5 kB estimados habló por un cADN aislado en virtud
de artefactos de hibridación de modo que se retrotraería
transitoriamente su investigación.
El clon 1 y el clon 2 se secuenciaron por
completo. Los datos de la secuenciación están representados en la
tabla 3.
Se trataba de una secuencia de ADN de 4,3 kB de
longitud total, en donde el clon 1 era igual a 1590 y el clon 2
igual a 3210 pares de bases de longitud y se superponían en un área
de 530 pares de bases. La secuencia conocida hasta ahora hs1/hs2
estaba entre la posición 1430 y la posición 1672. La ubicación de
esta secuencia era un indicio de que el primero de los seis marcos
de lectura (que comenzaba con la primera base) era el correcto. En
este marco de lectura había dos codones de parada: uno en la
posición de la base 58 (TGA) y uno en la posición 3729 (TGA), tras
lo cual siguió una cola poli-A corriente abajo a
aprox. 300 pares de bases. Después de la primera detención, siguió
en la posición 148 un codón de metionina, que parece ser un posible
codón de inicio para la traducción, ya que no sólo era el primer
codón ATG en la secuencia, sino que también presentaba
características de una secuencia de inicio Kozak, a saber un resto
de purina (G) en la posición -3 y G en la posición +4. Casi 1000
pares de bases más adelante aparece el siguiente codón ATG, más
precisamente dos codones de metionina. El segundo codón podría ser
asimismo un codón de inicio debido al ambiente -una A en -3 y una G
en +4-. Como en el 90-95% de los casos de iniciación
de la traducción de mARN de animales vertebrados el primer codón de
metionina que aparece en el marco de lectura es al mismo tiempo el
codón de inicio, también se tomó esto para el presente caso.
Partiendo de esta suposición, la secuencia codificaría una proteína
de 1227 AS de largo. Con un peso medio de 110 Dalton por aminoácido,
esto equivaldría a una proteína de casi 135 kD. Debido al tamaño de
la proteína, el marco de lectura ininterrumpido y el codón de inicio
relativamente claro, en el caso de la secuencia se trata muy
probablemente del cADN completo.
Con una observación más precisa, se pudo
determinar el área de homología con la secuencia murina 05/6b. La
comparación de la secuencia 05/6b de la línea celular murina A20R
con la secuencia humana hallada dio una discrepancia de 15
aminoácidos de 245, lo cual equivalía a una discrepancia porcentual
de aprox. el 6%.
\newpage
Ejemplo
9
La comparación de secuencias con los dominios de
homología de la superfamilia II de posibles helicasas dio como
resultado que todos los dominios conservados de la familia de
proteínas DEAH estaban presentes en la secuencia humana (figura
6B).
El primer dominio -el motivo ATPasa A comienza
con el aminoácido 655. En los dominios, discrepan sólo un total de
dos aminoácidos de la secuencia de homología: Una prolina en lugar
de una treonina en el dominio IV y un serina en lugar de una
isoleucina en el dominio VI. Además, la distancia del primer dominio
de homología con el término N con 654 aminoácidos era 150 restos
más grande que en el caso de las proteínas DEAH-Box
conocidas hasta la fecha. Otra discrepancia leve es la distancia
entre los dominios IV y V: En vez de 75 a 80 restos de aminoácidos,
hay aquí sólo 74 restos entre medio. Por lo demás, la proteína
derivada del cADN humano se puede clasificar claramente debido a
las homologías mostradas en la familia de las proteínas
DEAH-Box. Por otra parte, en el término N de la
secuencia se identificó una secuencia de aminoácidos que presenta,
respecto del "nuclear localisation site" (NLS) del antígeno T
des SV 40, fuertes homologías. Esta homología NLS comienza con el
aminoácido 69 y tiene 10 restos de longitud.
Para la siguiente caracterización de la
secuencia de helicasa putativa, se realizó una comparación de
secuencias en el programa GCG con "genembl", "swissprot"
y "pir" a nivel de ADN y proteínas.
El análisis de banco de genes dio homologías con
algunas proteínas ya conocidas de la familia de proteínas DEAH
(Tabla 4).
Como proteína con las más fuertes homologías se
identificó K03H1.2 de C. elegans. Esta proteína se clasificó,
a su vez, debido a dominios de homología existentes, como posible
proteína DEAH-Box (Wilson et al., 1994,
Nature 368: 32-38). Fragmentos de péptidos
originalmente secuenciados de la proteína 135 kD de células A20R
presentaron asimismo similitudes con la secuencia de C.
elegans. Este resultado había proporcionado precozmente
indicios de que se podría tratar, en el caso de la proteína
sobreexpresada en A20R, de una posible ARN-helicasa.
Además, se identificó una proteína homóloga en un 60% a nivel de
ADN, que fue clonada en 1994 a partir de células HeLa y denominada
HRH1 (Ono et al., 1994, Molecular and Cellular Biology. 14:
7611-7620) - asimismo una posible ARN helicasa
humana-. Otros homologías de aprox. el 50% a nivel de proteínas se
comprobaron a nivel de las proteínas respecto de los factores de
escisión PRP 2, 16 y 22 de S. cerevisiae, asimismo miembros
de la familia DEAH (Chen y Lin, Nucl. Acids Res. 18: 6447, 1990;
Schwer y Gutrie, Nature 349: 494-499, 1991; Company
et al., Nature 349: 487-493, 1991). También
se hallaron significativas homologías con las proteínas DEXH MLE de
D. melanogaster (Kuroda et al., 1991, Cell 66:
935-947) y la posible ADN-helicasa
II nuclear -NDH II- de bovino (42 y 43% a nivel de proteínas)
(Zhang et al., 1995, J. Biol. Chem. 270:
16422-16427).
Ejemplo
10
Por medio de lisado de reticulocito de conejo se
realizó una traducción in vitro del cADN obtenido. Para ello
se aplicaron en diversas tandas de ADN linealizado y circular entre
0,5 y 2,0 \mug. Como control positivo sirvió ADN de luciferasa
provisto por Promega. La traducción se realizó con
T7-polimerasa. Por introducción de
^{35}S-metionina se marcó el producto génico y
así se pudo visualizar en el autorradiograma después de separación
en un gel desnaturalizado de SDS-PAA (no se
muestra).
Todas las tandas dieron, de modo independiente
de la cantidad de ADN aplicadada, buenos resultados, con lo cual el
ADN circular se tradujo algo más eficazmente que el ADN linealizado.
El control positivo mostró la banda esperada de luciferasa a 61 kD,
el control cero sin ADN no dio, según la invención, ninguna señal.
En el caso de los productos génicos de
helicasa-cADN, la banda principal de proteína
sintetizada con la concentración de proteína más fuerte estaba
entre los estándares de proteínas de 97,4 y 220 kD. Por debajo se
podían reconocer bandas más débiles de productos de traducción, que
probablemente se habían producido por la rotura precoz de la
síntesis de proteína o de mARN. Estos productos de traducción
incompletos han de esperarse con una proteína de este tamaño.
Una comparación directa entre la proteína nativa
de células A20R y el producto génico de la traducción in vitro
debería asegurar que efectivamente se trataba del cADN completo.
Para ello se aplicaron en un gel de SDS-PAA lisados
celulares paralelos de células A20.2J y A20R, así como el producto
de traducción in vitro de la secuencia clonada de cADN y el
control cero. Como en la tanda de 50 \mul del lisado de
reticulocitos se produjeron cantidades de proteínas de entre 150 y
500 ng (datos de Promega respecto del control de luciferasa) y 1/10
de la tanda se aplicó sobre una bolsa de gel, la coloración de
Coomassie (a partir de un contenido de proteína de 100 ng se pueden
colorear las bandas) no fue suficiente para la detección del
producto génico. Por ello se confección adicionalmente a la
coloración de Coomassie un autorradiograma con una película de
rayos X. La película se pudo colocar luego sobre el gel seco, con lo
cual fue posible una comparación directa de las bandas de proteínas
(no se muestra). Sobre el gel de SDS al 7,5% (gel de separación: 5%)
se aplicaron 5 \mul de lisado de reticulocitos con y sin producto
génico de helicasa, 20 \mul de lisado de A20R y 23 \mul de
lisado de A20.2J (volúmenes completados en cada caso con tampón de
SDS hasta 30 \mul). Como marcadores se usaron un
"Rainbow-Marker" y un marcador de Coomassie. Se
mostró que con aprox. 135 kD en lisados celulares A20R, la banda de
proteína del gen sobreexpresado de la ARN-helicasa
aparece en el gen coloreado con Coomassie. El mismo gel superpuesto
con el correspondiente autorradiograma muestra que la banda del
producto génico del clon de cADN de longitud total está a la misma
altura que la proteína 135 kD en A20R.
\newpage
\dotable{\tabskip\tabcolsep#\hfil\tabskip0ptplus1fil\dddarstrut\cr}{ \cr \cr}
Proteína/ | Organismo | Concordancias | Funciones en | Propiedades |
secuencia | la célula | bioquímicas | ||
K03h1.2 | C. elegans | 65% | posible ARN- helicasa | ? |
dependiente de ATP | ||||
HRH1 | Hombre | 60% | homólogo humano de PRP 22 | ? |
PRP16 | S. cerevisiae | 51% | segunda etapa en escisión | ATPasa de |
pre-mARN; supresor de | pendiente de | |||
mutaciones en "branch point" | ARN | |||
PRP2 | S. cerevisiae | 50% | primera etapa en escisión | ATPasa de |
pre-mARN; | pendiente de | |||
ARN | ||||
PRP22 | S. cerevisiae | 49% | liberación de mARNn | ? |
escindido del espleisosoma | ||||
MLE | D. melanogaster | 43% | compensación de dosificación - | ? |
compensación del cromosoma | ||||
X faltante en machos | ||||
NDH II | bovino | 42% | desconocido | actividad de |
ARN- y ADN- | ||||
helicasa |
(1) INFORMACIÓN GENERAL:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- SOLICITANTE:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- NOMBRE: Hoechst Aktiengesellschaft
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- CALLE: -
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- LUGAR: Francfurt
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- ESTADO FEDERADO: -
\vskip0.500000\baselineskip
- (E)
- PAÍS: Alemania
\vskip0.500000\baselineskip
- (F)
- CÓDIGO POSTAL: 65926
\vskip0.500000\baselineskip
- (G)
- TELÉFONO: 069-305-3005
\vskip0.500000\baselineskip
- (H)
- TELEFAX: 069-35-7175
\vskip0.500000\baselineskip
- (I)
- TELEX: 4 1 234 700 ho d
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TÍTULO DE LA SOLICITUD: Proteína que se une a ATP y a ácido nucleico con propiedades de helicasa y ATPasa putativas
\vskip0.800000\baselineskip
- (iii)
- CANTIDAD DE SECUENCIAS: 18
\vskip0.800000\baselineskip
- (iv)
- FORMA LEGIBLE POR COMPUTADOR:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- SOPORTE DE DATOS: Floppy disk
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- COMPUTADOR: IBM PC compatible
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- SISTEMA OPERATIVO: PC-DOS/MS-DOS
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- SOFTWARE: PatentIn Release #1.0, Version #1.25 (EPA)
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEQ ID NO: 1:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 11 aminoácidos
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: aminoácido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- FORMA DE CADENA: única
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: péptido
\vskip0.800000\baselineskip
- (ix)
- CARACTERÍSTICAS:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- NOMBRE/CLAVE: péptidos
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- UBICACIÓN: 1..11
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 1:
\vskip1.000000\baselineskip
\sa{Lys Leu Gly Asp Ile Met Gly Val Lys Lys
Glu}
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEQ ID NO: 2:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 16 aminoácidos
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: aminoácido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- FORMA DE CADENA: única
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: péptido
\vskip0.800000\baselineskip
- (ix)
- CARACTERÍSTICAS:
\newpage
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- NOMBRE/CLAVE: péptidos
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- UBICACIÓN: 1..16
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 2:
\vskip1.000000\baselineskip
\sa{Lys Leu Gly Asp Ile Met Gly Val Lys Lys Glu
Thr Glu Pro Asp Lys}
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEQ ID NO: 3:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 13 aminoácidos
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: aminoácido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- FORMA DE CADENA: única
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: péptido
\vskip0.800000\baselineskip
- (ix)
- CARACTERÍSTICAS:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- NOMBRE/CLAVE: péptidos
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- UBICACIÓN: 1..13
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 3:
\vskip1.000000\baselineskip
\sa{Lys Leu Ile Val Thr Ser Ala Thr Met Asp Ala
Glu Lys}
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEQ ID NO: 4:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 12 aminoácidos
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: aminoácido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- FORMA DE CADENA: única
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: péptido
\vskip0.800000\baselineskip
- (ix)
- CARACTERÍSTICAS:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- NOMBRE/CLAVE: péptidos
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- UBICACIÓN: 1..12
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 4:
\vskip1.000000\baselineskip
\sa{Asp Ala Thr Ser Asp Leu Ala Ile Ile Ala Arg
Lys}
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEQ ID NO: 5:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 5 aminoácidos
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: aminoácido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- FORMA DE CADENA: única
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: péptido
\vskip0.800000\baselineskip
- (ix)
- CARACTERÍSTICAS:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- NOMBRE/CLAVE: péptidos
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- UBICACIÓN: 1..5
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 5:
\vskip1.000000\baselineskip
\sa{Lys Ile Phe Gln Lys}
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEQ ID NO: 6:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 11 aminoácidos
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: aminoácido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- FORMA DE CADENA: única
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: péptido
\vskip0.800000\baselineskip
- (ix)
- CARACTERÍSTICAS:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- NOMBRE/CLAVE: péptidos
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- UBICACIÓN: 1..11
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 6:
\vskip1.000000\baselineskip
\sa{Thr Pro Gln Glu Asp Tyr Val Glu Ala Ala
Val}
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEQ ID NO: 7:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 17 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- FORMA DE CADENA: única
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: DNS (genómico)
\vskip0.800000\baselineskip
- (ix)
- CARACTERÍSTICAS:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- NOMBRE/CLAVE: exón
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- UBICACIÓN: 1..17
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 7:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipATGGGNGTNA ARAARGG
\hfill17
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEQ ID NO: 8:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 17 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- FORMA DE CADENA: única
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: ONS (genómico)
\vskip0.800000\baselineskip
- (ix)
- CARACTERÍSTICAS:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- NOMBRE/CLAVE: exón
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- UBICACIÓN: 1..17
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 8:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipGATATYATSC GNGTNAA
\hfill17
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEQ ID NO: 9:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 20 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- FORMA DE CADENA: única
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: DNS (genómico)
\vskip0.800000\baselineskip
- (ix)
- CARACTERÍSTICAS:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- NOMBRE/CLAVE: exón
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- UBICACIÓN: 1..20
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 9:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipATGGTNGTNA ARAARGARAC
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEQ ID NO: 10:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 20 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- FORMA DE CADENA: única
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: DNS (genómico)
\vskip0.800000\baselineskip
- (ix)
- CARACTERÍSTICAS:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- NOMBRE/CLAVE: exón
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- UBICACIÓN: 1..20
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 10:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipAARGARACNG ARCCNGAYAA
\hfill20
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEQ ID NO: 11:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 18 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- FORMA DE CADENA: única
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: DNS (genómico)
\vskip0.800000\baselineskip
- (ix)
- CARACTERÍSTICAS:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- NOMBRE/CLAVE: exón
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- UBICACIÓN: 1..18
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 11:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipRTCCATNGTN GCNGANGT
\hfill18
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEQ ID NO: 12:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 18 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- FORMA DE CADENA: única
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: DNS (genómico)
\vskip0.800000\baselineskip
- (ix)
- CARACTERÍSTICAS:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- NOMBRE/CLAVE: exón
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- UBICACIÓN: 1..18
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 12:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipNGTAGCNGAN GTNACNAT
\hfill18
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEQ ID NO: 13:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 27 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- FORMA DE CADENA: única
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: DNS (genómico)
\vskip0.800000\baselineskip
- (ix)
- CARACTERÍSTICAS:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- NOMBRE/CLAVE: exón
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- UBICACIÓN: 1..27
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 13:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipTGTGATCTGC AAACATCTGC ACTGTCC
\hfill27
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEQ ID NO: 14:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 27 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- FORMA DE CADENA: única
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: DNS (genómico)
\vskip0.800000\baselineskip
- (ix)
- CARACTERÍSTICAS:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- NOMBRE/CLAVE: exón
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- UBICACIÓN: 1..27
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 14:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
\hskip-.1em\dddseqskipGCCGGTGATT GCCAGTGAAG GATGCCA
\hfill27
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEQ ID NO: 15:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 612 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- FORMA DE CADENA: doble
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: DNS (genómico)
\vskip0.800000\baselineskip
- (ix)
- CARACTERÍSTICAS:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- NOMBRE/CLAVE: exón
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- UBICACIÓN: 1..612
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 15:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEQ ID NO: 16:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 204 aminoácidos
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: aminoácido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- FORMA DE CADENA: única
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: proteína
\vskip0.800000\baselineskip
- (ix)
- CARACTERÍSTICAS:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- NOMBRE/CLAVE: proteína
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- UBICACIÓN: 1..204
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 16:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEQ ID NO: 17:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 3684 pares de bases
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: ácido nucleico
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- FORMA DE CADENA: doble
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: DNS (genómico)
\vskip0.800000\baselineskip
- (ix)
- CARACTERÍSTICAS:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- NOMBRE/CLAVE: exón
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- UBICACIÓN: 1..3684
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 17:
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
(2) INFORMACIÓN DE LA SEQ ID NO: 18:
\vskip0.800000\baselineskip
- (i)
- CARACTERÍSTICAS DE LA SECUENCIA:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- LONGITUD: 1227 aminoácidos
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- TIPO: aminoácido
\vskip0.500000\baselineskip
- (C)
- FORMA DE CADENA: única
\vskip0.500000\baselineskip
- (D)
- TOPOLOGÍA: lineal
\vskip0.800000\baselineskip
- (ii)
- TIPO DE MOLÉCULA: proteína
\vskip0.800000\baselineskip
- (ix)
- CARACTERÍSTICAS:
\vskip0.500000\baselineskip
- (A)
- NOMBRE/CLAVE: proteína
\vskip0.500000\baselineskip
- (B)
- UBICACIÓN: 1..1227
\vskip0.800000\baselineskip
- (xi)
- DESCRIPCIÓN DE LA SECUENCIA: SEQ ID NO: 18:
Claims (15)
1. ADN aislado que contiene el gen para una
proteína que se une a ácido nucleico con propiedades de helicasa y
ATPasa, seleccionado del grupo compuesto por:
a) un ADN que contiene una secuencia de ADN de
acuerdo con la tabla 2;
b) un ADN que contiene una secuencia de ADN que
está en condiciones de hibridar con la molécula de ADN según (a) en
condiciones rigurosas;
c) un ADN que contiene una secuencia de ADN que
es distinta de las moléculas de ADN en virtud de la degenerabilidad
del código genético de acuerdo con (a) o (b), pero que permite la
expresión de las proteínas expresables de acuerdo con las moléculas
de ADN de acuerdo con (a) y (b);
d) partes de moléculas de ADN de acuerdo con
(a), (b) o (c).
2. ADN de acuerdo con la reivindicación 1, cuyo
mARN y producto génico se expresan más marcadamente bajo la
influencia de leflunomida.
3. Vector que contiene un ADN de acuerdo con al
menos una de las reivindicaciones 1 y 2.
4. Vector de expresión de acuerdo con la
reivindicación 3 para la expresión de la proteína que se une al
ácido nucleico con propiedades de helicasa y ATPasa en una célula
huésped apropiada.
5. Vector de expresión antisentido de acuerdo
con la reivindicación 3 para la expresión de un ARN antisentido que
hibrida con el mARN que es codificado por el ADN de acuerdo con una
de las reivindicaciones 1 y 2.
6. Célula huésped que contiene un ADN de acuerdo
con una de las reivindicaciones 1 ó 2 o un vector de acuerdo con una
de las reivindicaciones 3 a 5.
7. Proteína que se une al ácido nucleico con
propiedades de helicasa y ATPasa, cuyo mARN y cuyo producto de
traducción se expresan más marcadamente bajo la influencia de
leflunomida, que contiene la secuencia de aminoácidos de acuerdo con
la tabla 2 o partes de ella con propiedades de helicasa y
ATPasa.
8. Proteína que se une con el ácido nucleico de
acuerdo con la reivindicación 7, que proviene de una línea celular
de mamífero.
9. Proteína que se une con el ácido nucleico de
acuerdo con la reivindicación 7, que proviene de un derivado de la
línea celular murina A20.2J.
10. Procedimiento para la preparación de la
proteína que se une al ácido nucleico con propiedades de helicasa y
ATPasa de acuerdo con una de las reivindicaciones 7 a 9,
caracterizado porque
- a)
- se cultiva una célula huésped de acuerdo con la reivindicación 6 y
- b)
- se aísla la proteína que se une al ácido nucleico con propiedades de helicasa y ATPasa.
11. Uso de la proteína que se une al ácido
nucleico con propiedades de helicasa y ATPasa de acuerdo con una de
las reivindicaciones 7 a 9 para aislar ARN que se unen
específicamente a esta proteína o calcular su secuencia de
oligorribonucleótidos.
12. Uso de la proteína que se une al ácido
nucleico con propiedades de helicasa y ATPasa de acuerdo con la
reivindicación 11, caracterizado porque
a) se acopla dicha proteína o partes de ella con
una matriz,
b) se usa la matriz de afinidad preparada de
esta manera para acumular los ARN, que se unen específicamente con
la proteína acoplada o partes de ella, a partir de mezclas de
ARN.
13. Uso de la proteína que se une al ácido
nucleico con propiedades de helicasa y ATPasa de acuerdo con la
reivindicación 12, caracterizado porque se proveen
adicionalmente a las etapas (a) y (b) de la reivindicación 12
a) las moléculas de ARN enriquecidas de esta
manera con ligadores de PCR,
b) se realiza un enriquecimiento por PCR y
c) se analizan los fragmentos de PCR obtenidos
de esta manera.
14. Uso del gen de la proteína que se une al
ácido nucleico con propiedades de helicasa y ATPasa de acuerdo con
una de las reivindicaciones 7 a 11 como marcadores de selección en
la selección de células respecto de leflunomida o análogos de
leflunomida.
15. Uso del gen de la proteína que se une al
ácido nucleico con propiedades de helicasa y ATPasa de acuerdo con
una de las reivindicaciones 7 a 11 como marcadores de selección como
componente de un vector en la selección de células respecto de
leflunomida o análogos de leflunomida.
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