EP3762402A1 - Composition vaccinale anti-pd-l1 - Google Patents

Composition vaccinale anti-pd-l1

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Publication number
EP3762402A1
EP3762402A1 EP19714323.3A EP19714323A EP3762402A1 EP 3762402 A1 EP3762402 A1 EP 3762402A1 EP 19714323 A EP19714323 A EP 19714323A EP 3762402 A1 EP3762402 A1 EP 3762402A1
Authority
EP
European Patent Office
Prior art keywords
protein
sequence
polypeptide
acid residues
amino acid
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
EP19714323.3A
Other languages
German (de)
English (en)
Inventor
Lucille DESALLAIS
Jean-Pierre Salles
Jean-François ZAGURY
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Peptinov Sas
CNAM Conservatoire National des Arts et Metiers
Original Assignee
Peptinov Sas
CNAM Conservatoire National des Arts et Metiers
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Peptinov Sas, CNAM Conservatoire National des Arts et Metiers filed Critical Peptinov Sas
Publication of EP3762402A1 publication Critical patent/EP3762402A1/fr
Pending legal-status Critical Current

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    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • C07K16/2803—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against the immunoglobulin superfamily
    • C07K16/2827—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against the immunoglobulin superfamily against B7 molecules, e.g. CD80, CD86
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • C07K14/70503—Immunoglobulin superfamily
    • C07K14/70532—B7 molecules, e.g. CD80, CD86
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • C07K16/30—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants from tumour cells
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies

Definitions

  • the present invention provides polypeptides useful for eliciting an immune response directed against the PD-L1 protein.
  • the two most important are its targeting by monoclonal antibodies specific for cytotoxic T-cell-associated protein 4 (CTLA-4) and interaction between the programmed cell death protein 1 (PD-1) and the ligand of this programmed cell death protein 1 (PD-L1).
  • CTLA-4 cytotoxic T-cell-associated protein 4
  • PD-1 programmed cell death protein 1
  • PD-L1 programmed cell death protein 1
  • the inhibition of PD-L1 signaling has been proposed as a means of improving T cell immunity for the treatment of cancer (anfi-fumoral immunity) but also in the treatment of infections (acute persistent infection and chronic).
  • FDA US Federal Drug Administration
  • pembrolizumab an anti-PD-1 monoclonal antibody (mAb) approved for people with unresectable metastatic melanoma or advanced non-small-cell metastatic lung carcinoma (NSCLC) whose tumors express PD-1 L1;
  • nivolumab an anti-PD-1 monoclonal antibody (mAb) approved for unresectable or metastatic melanoma, advanced metastatic NSCLC progressing with or after platinum-based chemotherapy, and advanced renal cell carcinoma, including metastatic ; e ⁇
  • Atezolizumab a recently approved anti-PD-Ll monoclonal antibody (mAb) for the treatment of locally advanced or metastatic urothelial carcinoma that does not respond to platinum derivative chemotherapy; e ⁇
  • Avelumab a recently approved anti-PD-Ll monoclonal antibody (mAb) for the treatment of metastatic Merkel cell carcinoma.
  • PD-L1 targeting ICBs have been shown to be highly effective in melanoma, NSCLC and renal cell carcinoma.
  • the present invention results from the unexpected finding by the inventors that polypeptides derived from sequences extending residues of amino acids 55 to 67, 85 to 101, 11 to 127, 138 to 156, e 208 to 223 of the human PD-L1 protein allowed the production of antibodies neutralizing the PD-L1 protein by mice to which they were administered.
  • the present invention thus relates to a polypeptide comprising or consisting of:
  • a first sequence consisting of at least 8 contiguous amino acid residues selected from the sequence extending from amino acid residues 55 to 67 of the PD-L1 protein and of at most 30 acid residues contiguous amines selected from the complete sequence of the PD-L1 protein, or a variant sequence having at least 75% identity with the first sequence; and or
  • a second sequence consisting of at least 8 contiguous amino acid residues selected from the sequence extending from amino acid residues 85 to 101 of the PD-L1 protein and of at most 30 acid residues contiguous amines selected from the complete sequence of the PD-L1 protein, or a variant sequence having at least 75% identity with the second sequence; and or
  • a third sequence consisting of at least 8 contiguous amino acid residues selected from the sequence extending from amino acid residues 11 to 127 of the PD-L1 protein and at most 30 residues of contiguous amino acids selected from the complete sequence of the PD-L1 protein, or a variant sequence having at least 75% identity with the third sequence; and or
  • a fourth sequence consisting of at least 8 contiguous amino acid residues selected from the sequence extending from amino acid residues 138 to 156 of the PD-L1 protein and of at most 30 acid residues contiguous amines selected from the complete sequence of the PD-L1 protein, or a variant sequence having at least 75% identity with the fourth sequence; and or
  • a fifth sequence consisting of at least 8 contiguous amino acid residues selected from the sequence extending from amino acid residues 208 to 223 of the PD-L1 protein and of at most 30 acid residues contiguous amines selected from the complete sequence of the PD-L1 protein, or a variant sequence having at least 75% identity with the fifth sequence;
  • polypeptide is different from the PD-L1 protein and does not consist of a portion of more than 30 contiguous amino acid residues of the PD-L1 protein, and
  • polypeptides respectively consisting of variant sequences of the first, second, third, fourth, and fifth sequences elicit an immune response directed against the PD-L1 protein.
  • the invention relates more particularly to a polypeptide comprising or consisting of:
  • a first sequence consisting of SEQ ID NO: 1, 51, 52 or 53, or a variant sequence having at least 75% identity with the first sequence; and or
  • a third sequence consisting of SEQ ID NO: 3, 56, 57, 58 or 59, or a variant sequence having at least 75% identity with the third sequence; and or
  • a fourth sequence consisting of SEQ ID NO: 4 or 60, or a variant sequence exhibiting at least 75% identity with the fourth sequence; and or
  • a fifth sequence consisting of SEQ ID NO: 5, 61 or 62, or a variant sequence exhibiting at least 75% identity with the fifth sequence;
  • polypeptides consisting respectively of variant sequences of the first, second, third, fourth and fifth sequences elicit an immune response directed against the PD-L1 protein.
  • the present invention also relates to a nucleic acid encoding a polypeptide as defined above, or the complement thereof.
  • the present invention also relates to:
  • the medicament, in particular the vaccine, as defined above also comprises at least one other compound intended for the prevention or treatment of a disease linked or due to the expression of PD-L1 protein or PD-1 protein, cancer or infectious disease.
  • the present invention also relates to a pharmaceutical composition, in particular a vaccine composition, comprising, with the filler of active substance:
  • the pharmaceutical composition, in particular vaccine, as defined above also comprises at least one other compound intended for the prevention or treatment of a disease linked or due to the expression of PD-L1 protein or PD-1 protein, cancer or infectious disease.
  • the present invention also relates to the use of a polypeptide as defined above, for the preparation of an antibody, an antibody fragment or an apfamer.
  • the present invention also relates to a method for preparing an antibody, an antibody fragment or an apfamer comprising a step of administering a polypeptide as defined above to an antibody-producing organism or an affinity screening step of an antibody, an antibody fragment or an apfamer which binds to the polypeptide as defined above.
  • the present invention also relates to an antibody, an antibody fragment, or an anti-PD-L1 apfamer specifically directed against the polypeptide as defined above, provided that the polypeptide does not comprise more than two amino acid residues. in addition to the first, second, third, fourth, or fifth sequences or their respective variant sequences.
  • the present invention also relates to an antibody, an antibody fragment, or an apfamer as defined above for use with a fife of medicine.
  • the medicament as defined above also comprises at least one other compound intended for the prevention or treatment of a disease linked or due to the expression of the PD-L1 protein or of the PD-1 protein, of a cancer or an infectious disease.
  • the present invention also relates to a pharmaceutical composition
  • a pharmaceutical composition comprising, with the fuid of active principle, an antibody, an antibody fragment, or an apfamer as defined above, optionally in combination with a pharmaceutically acceptable vehicle.
  • the pharmaceutical composition as defined above also comprises at least one other compound intended for the prevention or treatment of a disease linked or due to the expression of the PD-protein. L1 or PD-1 protein, cancer or infectious disease.
  • the present invention also relates to a polypeptide as defined above, a nucleic acid as defined above, or a pharmaceutical composition as defined above, for use in a method for eliciferating an immune response against the protein PD-L1 in an individual.
  • the polypeptide, nucleic acid or pharmaceutical composition is used in combination with at least one other compound useful for eliciting an immune response directed against the PD-1 protein.
  • the present invention also relates to a method for eliciting an immune response directed against the PD-L1 protein in an individual, comprising administering to the individual an effective amount of a polypeptide as defined above, a nucleic acid as defined above, or a pharmaceutical composition as defined above.
  • the polypeptide, nucleic acid or pharmaceutical composition is administered in combination with at least one other compound useful for eliciting an immune response directed against the PD-L1 protein.
  • the present invention also relates to the use of a polypeptide as defined above or a nucleic acid as defined above for the preparation of a medicament for eliciting an immune response directed against the PD-1 protein in an individual.
  • the medicament also comprises at least one other compound useful for eliciting an immune response directed against the PD-L1 protein.
  • the present invention also relates to a polypeptide as defined above, a nucleic acid as defined above, a pharmaceutical composition as defined above, or an antibody, an antibody fragment or an apfamer as defined herein. above, for use in a method of preventing or treating a disease related to or due to expression of PD-1 protein or PD-L1 protein in an individual.
  • the polypeptide, nucleic acid, pharmaceutical composition, or antibody, antibody fragment or aptamer is used in combination with at least one other therapy for prevention or treatment of a disease related to the expression of PD-1 protein or PD-L1 protein, cancer or infectious disease.
  • the present invention also relates to a method of preventing or treating a PD-L1-related or PD-related disease in an individual, comprising administering to the individual an effective amount of a polypeptide as defined herein. above, a nucleic acid as defined above, a pharmaceutical composition as defined above, or an antibody, an antibody fragment or an aptamer as defined hereinabove. above.
  • the method comprises at least one other therapy for the prevention or treatment of a disease related to the expression of the PD-1 protein or of the PD-L1 protein, d 'a cancer or an infectious disease.
  • the present invention also relates to the use of a polypeptide as defined above, a nucleic acid as defined above, or an antibody, an antibody fragment or an aptamer such as as defined above, for the preparation of a medicament for the prevention or treatment of a PD-L1-related or PD-related disease in an individual.
  • the medicament comprises at least one other compound intended for the prevention of a disease linked or due to the expression of the PD-1 protein or of the PD-L1 protein, of cancer or an infectious disease.
  • the present invention also relates to products containing:
  • the term “comprising” means “including”, “containing” or “encompassing”, that is to say that when an object “includes” one or more elements, other elements that those mentioned can also be included in the object.
  • the expression “consisting of” means “consisting of”, that is, when an object “consists of” one or more elements, the object can not include other elements than those mentioned.
  • the PD-L1 protein, the protein ligand of the PD-1 protein, also called the differentiation cluster 274 (cluster of differentiation 274, CD274), is well known to those skilled in the art.
  • the PD-L1 protein according to the invention is selected from the group consisting of human PD-L1 protein, mouse PD-L1 protein, monkey PD-L1 protein, PD-L1 protein, Horse L1, bovine PD-L1 protein, pig PD-L1 protein, sheep PD-L1 protein, goat PD-L1 protein, camel PD-L1 protein, camel PD-L1 protein, PD-L1 dog protein, e ⁇ of the PD-L1 cat protein.
  • the PD-L1 protein is the human PD-L1 protein.
  • the monkey PD-L1 protein as described in the Genbank database under the reference NPJD01077358.1 ⁇ consisting of SEQ ID NO: 7
  • the mouse PD-L1 protein (mPD-1) is as described in the UniProt / Swissprot database under the reference Q9EP73 e ⁇ es consisting of SEQ ID NO: 8,
  • bovine PD-L1 protein as described in the Genbank database under the reference NP_001 156884.1 and consisting of SEQ ID NO: 10,
  • camel PD-L1 protein as described in the Genbank database under the reference XP_01441 6021 .1 or XP_010958932.1 and es ⁇ consisting of SEQ ID NO: 14 or 15,
  • the dog PD-L1 is as described in the UniProf / SwissProf database under the reference E2RKZ5 and consists of SEQ ID NO: 17,
  • chat PD-L1 as described in the Genbank database under the reference XPJD06939101 .1 and es ⁇ consisting of SEQ ID NO: 18.
  • the amino acid residue numbering of the PD-L1 protein begins on the first amino acid residue, typically a methionine (M), forming the N-terminus of complete PD-L1. encoded by the open reading frame of the PD-L1 gene, that is, including its signal peptide.
  • M methionine
  • the amino acid residue numbering of the PD-L1 protein used herein is defined by reference to the human PD-L1 protein.
  • the first sequence, the second sequence, the third sequence, the fourth sequence and the fifth sequence consist of at least 8, 9, 10, 1 1, 12 contiguous amino acid residues respectively chosen within of the sequence extending from amino acid residues 55 to 67, 85 to 1 01, 1 1 1 to 1 27, 138 to 1 56, e 208 to 223 of the PD-L1 protein or are constituted respectively at least of the sequence extending from amino acid residues 55 to 67, 85 to 101, 11 to 1 27, 138 to 156, e 208 to 223 of the PD-L1 protein.
  • the first sequence, the second sequence, the third sequence, the fourth sequence and the fifth sequence according to the invention are respectively at most 29, 28, 27, 26, 25, 24, 23, 22 , 21, 20 contiguous amino acid residues selected from the complete sequence of the PD-L1 protein, or are respectively at most amino acid residues 55 to 67, 85 to 1 01, 1 1 1 to 127, 1 38 to 1 56, e 208 to 223 of the PD-L1 protein.
  • the first sequence according to the invention consists of SEQ ID NO: 1, 51, 52 or 53,
  • the second sequence according to the invention consists of SEQ ID NO: 2, 54 or 55,
  • the third sequence according to the invention consists of SEQ ID NO: 3, 56, 57, 58 or 59,
  • the fourth sequence according to the invention consists of SEQ ID NO: 4 or
  • the fifth sequence according to the invention consists of SEQ ID NO: 5, 61 or 62.
  • a variant sequence according to the invention which has at least 75% identity with one of the first, second, third, fourth, and fifth sequences above, preferably has at least 80%, 85%, 90% or more. %, 95%, or 98% identity with one of the first, second, third, fourth, and fifth sequences above.
  • the percentage identity between two peptide sequences can be determined by performing optimal alignment over the entire length of the sequences, by determining the number of aligned positions for which the amino acids are identical in each sequence and by dividing this number by the total number of amino acids in the longest of the two sequences.
  • the optimal alignment is the one that gives the highest percentage of identity between the two sequences.
  • a variant sequence according to the invention has at least 75%, 80%, 85%, 90%, 95% or 98% identity with SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, or SEQ ID NO: 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61 or 62.
  • the variant sequence according to the invention is such that a polypeptide consisting of the variant sequence must make it possible to elicit an immune response directed against the PD-L1 protein; that is to say that the administration of such a peptide, possibly cyclized by formation of at least one infer-cysteine disulfide bridge, if necessary after adding one or two cysteines within the peptide, and / or at its N-ferminal end and / or at its C-terminal end, the peptide optionally being bound to a carrier molecule, in particular a carrier protein, such as KLH (Keyhole Limpet Hemocyanin), to an animal, such as a mouse , a rat or a rabbit, causes the production of antibodies directed against a PD-L1, in particular a PD-L1 of the same species as that to which belongs the sequence with which the variant sequence has the highest percentage of identity .
  • a carrier molecule in particular a carrier protein, such as KLH (Keyhole Limpet Hemocyan
  • the antibodies elicited by administration of the peptide are blocking or neutralizing, that is to say, they prevent the PD-L1 protein from exercising all or part, especially at least 10%, 25%, 50%. %, 75%, of its activity, for example measured in vitro.
  • the activity of PD-L1 is preferably a binding to the PD-1 protein, which can be measured as in Example 2 which follows.
  • a variant sequence according to the invention is selected from the group consisting of:
  • VYRSMISYGGADYKRIT (SEQ ID NO: 19) derives from VYRCMISYGGADYKRIT (SEQ ID NO: 3) by the substitution of cysteine (C) in the fourth position by a serine (S).
  • YRSMISYGGADYKRI (SEQ ID NO: 63) derives from YRCMISYGGADYKRI (SEQ ID NO: 59) by the substitution of cysteine (C) in third position by a serine (S).
  • NQRILVVDPVTSEHELTSQ (SEQ ID NO: 20) derives from NQRILVVDPVTSEHELTCQ (SEQ ID NO: 4) by the substitution of cysteine (C) in penultimate position by a serine (S).
  • YSTFRRLDPEENHTAE (SEQ ID NO: 21) is derived from YCTFRRLDPEENHTAE (SEQ ID NO: 5) by the substitution of cysteine (C) in the second position by a serine (S).
  • YSTFRRLDPEENHTA (SEQ ID NO: 64) derives from YCTFRRLDPEENHTA (SEQ ID NO: 61) by the substitution of cysteine (C) in the second position by a serine (S).
  • the polypeptide according to the invention preferably comprises at most 200, 150, 100, 90, 80, 70, 60, 50, 40 or 30 amino acid residues. It is different from the PD-L1 protein and does not consist of a portion of more than 30 contiguous amino acid residues of the PD-L1 protein. As is well understood by those skilled in the art, this does not exclude that it may consist of two or more portions of the PD-L1 protein of not more than 30 contiguous amino acid residues, since these portions are not arranged to reconstitute a portion of the PD-L1 protein of more than 30 contiguous amino acids.
  • polypeptide according to the invention may include several repetitions, for example 2, 3, 4, 5, 10 or 20 repetitions, respectively of the first, second, third, fourth and fifth sequences e ⁇ of the variant sequence according to the invention.
  • polypeptide according to the invention may also comprise additional sequences not originating from the PD-L1 protein.
  • additional sequences may in particular provide physicochemical characteristics allowing improved structural presentation or improved solubility of the polypeptide according to the invention relative to a similar polypeptide but which will not include these additional sequences.
  • the additional sequences may also comprise one or more peptide linker sequences, that is to say peptide linker, which are useful for an particularly binding to a carrier molecule.
  • peptide linker sequences typically comprise from 1 to 10, especially from 4 to 6, amino acid residues.
  • sequences not coming from the PD-L1 protein may also include epitopes belonging to other proteins, for eliciting or generating an immune response directed against these other proteins.
  • polypeptide according to the invention may comprise exogenous (s) T epitope sequences, preferably universal, which makes it possible to enhance the immunogenicity of the polypeptide according to the invention.
  • the polypeptide according to the invention may also comprise at least one sequence of a carrier protein, for example a virus-like particle (VLP), as described in particular in International Application WO 05/117983 for TNF.
  • a carrier protein for example a virus-like particle (VLP), as described in particular in International Application WO 05/117983 for TNF.
  • VLP virus-like particle
  • the polypeptide according to the invention may be in linear form or in cyclized form.
  • the polypeptide according to the invention is in cyclized form. This cyclization may be of any type known to those skilled in the art.
  • the choice of the cyclization strategy according to the invention can in particular take into account the best antigenic presentation of the epitopes contained in the polypeptide according to the invention, and relate only to a part of the polypeptide (cyclization within the sequence). .
  • the polypeptide of the invention when the polypeptide of the invention is in a cyclized form, only a portion of the polypeptide may be included in one cycle while the remainder of the polypeptide is in linear form.
  • this cyclization can be carried out in several different ways, for example: from its N-terminal end C-terminus, from its N-terminus to a side chain, a side chain at its C-terminal end or between two side chains.
  • lactamization lactonization or the formation of a disulfide bridge.
  • cysteines may already be present in the variant sequence according to the invention or in the first, second, third, fourth and fifth sequences according to the invention, or else to be added within these sequences, as well as at their N-terminus and / or C-terminus.
  • polypeptide according to the invention may comprise post-translational modifications, such as glycosylations, methylations, acylations, in particular by fatty acids, or phosphorylations.
  • post-translational modifications such as glycosylations, methylations, acylations, in particular by fatty acids, or phosphorylations.
  • the N-terminus of the polypeptide according to the invention may be acetylated at the C-terminus may be modified by amidation.
  • polypeptide according to the invention may also comprise one or more analogs or amino acid derivatives, including non-natural or non-standard amino acids, in particular norleucine (Nie).
  • Nie norleucine
  • polypeptide according to the invention is fixed or bound, in particular by covalent bonding, to a carrier molecule, in particular a carrier protein.
  • the carrier molecule may be Keyhole Limpet Hemocyanin (KLH) protein, hepatitis B surface antigen (HBsAg), bovine serum albumin (BSA), tetanus foxoid (TT) e ⁇ the foxoid of diphtheria (DT).
  • KLH Keyhole Limpet Hemocyanin
  • HBsAg hepatitis B surface antigen
  • BSA bovine serum albumin
  • TT tetanus foxoid
  • DT diphtheria
  • the foxoid of diphtheria (DT) is preferably selected from the group consisting of CRM 197, CRM 76, CRM 228, CRM 45, CRM 9, CRM 102, CRM 103, e ⁇ from CRM 107.
  • the carrier molecule is ⁇ CRM 197.
  • the binding of the polypeptide according to the invention to a carrier molecule, in particular a carrier protein, can be carried out using a heterobifunctional coupling agent, such as the Ny-maleimidobutyryloxysuccinimide ester (GMBS) e. the sulfo-GMBS derivative, the m-maleimidobenzoyl-n-hydroxysuccinimide ester (MBS) and the sulfo-MBS derivative, succinimidyl 4- (N-maleimidome-hyl) cyclohexane-1-carboxylate (SMCC), a carbodiimide, bisdiazonium-benzidine (BDB) or glutaraldehyde
  • GMBS Ny-maleimidobutyryloxysuccinimide ester
  • MBS m-maleimidobenzoyl-n-hydroxysuccinimide ester
  • SCC succinimidyl 4- (N-maleimidome-hyl) cyclo
  • GMBS, MBS or SMCC are used, they are preferably attached to a cysteine (C), which if it is not present in a first, second, third, fourth or fifth sequence, or a sequence variant according to the invention may be added, in particular at its N-terminal or C-terminal end.
  • C cysteine
  • a cysteine is present in a first, a second, a third, a fourth or a fifth sequence, according to the invention at an undesired position
  • BDB When BDB is used, it is preferably attached to a tyrosine (Y), which if it is not present in a first, a second, a third, a fourth or a fifth sequence, or a variant sequence according to the invention.
  • Y tyrosine
  • invention can be added, especially at its N-ferminal or C-terminal end.
  • a tyrosine when a tyrosine is present in a first, second, third, fourth or fifth sequence according to the invention at an undesired position, it is possible to implement, instead, a variant sequence wherein the tyrosine is substituted by another amino acid, such as phenylalanine (F).
  • F phenylalanine
  • the binding of the polypeptide according to the invention to a carrier molecule can also be carried out using a peptide linker or peptide linker, which binds to the polypeptide according to the invention.
  • a carrier molecule in particular a carrier protein
  • peptide linker or peptide linker which binds to the polypeptide according to the invention.
  • one side and the carrier molecule on the other side optionally via a heterobifunctional coupling agent as defined above.
  • Such peptide bonds typically comprise from 1 to 10, especially from 4 to 6, amino acid residues.
  • polypeptide according to the invention is attached to the CRM 197 carrier protein according to a construction represented by a formula selected from the group consisting of the following formulas:
  • CRM 197 denotes the carrier protein
  • GMB denotes N-g-maleimidobutyryl
  • cyclo () indicates a lacfame-type cyclization between the side chains of amino acid residues at C-terminal and N-terminus
  • - cycloS-S () indicates a disulfide bridge cyclization between the sulfhydryl groups of the cysteines present in C-ferminal and in N-terminal,
  • brackets ([X] n) indicate that one or more polypeptides are attached to the carrier protein and the underlined part represents the polypeptide according to the invention, of which SEQ ID NO is indicated in the right column.
  • polypeptide according to the invention consists of a sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO: 22-50.
  • the polypeptide according to the invention may be prepared by any method known in the state of the art and in particular by chemical synthesis. It is also possible to prepare it by expression of the nucleic acid according to the invention in eukaryotic or prokaryotic cells.
  • the polypeptide according to the invention if necessary linked to a carrier molecule, is immunogenic, that is to say it can elicit or cause an immune reaction, in particular of humoral type, that is to say the production of antibodies by an individual, in particular a mammalian type, to which it is administered.
  • the polypeptide according to the invention makes it possible to elicit an immune response directed against the PD-L1 protein, in particular anti-PD-L1 antibodies, preferably anfi-PD-L1 blocking or neutralizing antibodies, that is, that is to say that they prevent the PD-L1 protein from exerting part or all, especially at least 10%, 25%, 50%, 75% of its activity, for example measured in vitro.
  • the activity of PD-L1 is preferably a binding to the PD-1 protein, which can be measured as shown in Example 2 which follows.
  • the nucleic acid according to the invention is RNA or DNA, preferably DNA. It is preferred that the nucleic acid according to the invention is operatively linked to a prokaryotic and / or eukaryotic promoter sequence, in particular that of a mammal or a virus. Moreover, the nucleic acid according to the invention can be included in a vector, such as a plasmid or a virus. Antibodies, antibody fragments and aptamers
  • the antibodies, antibody fragments, and aptamers according to the invention are said to be specifically directed against a polypeptide as defined above when they show essentially no binding to another polypeptide, which does not include the defined polypeptide. above, under conditions allowing the binding of the antibodies, antibody fragment, and aptamers according to the invention to the polypeptides against which they are specifically directed.
  • the antibody according to the invention may be polyclonal or monoclonal, preferably monoclonal.
  • the "antibody fragments" comprise at least one antigen-binding part of the antibody don ⁇ they are derived ⁇ , and its ⁇ in particular of Fab, Fab 'type, F (ab ') 2, disulfide stabilized Fv (dsFv), dimerized (diabody) V region, trimerized, tetramerized or pentamerized, single chain Fv (scFv), complementarity determining region (CDR).
  • the antibodies can be of any species, in particular human, mouse, ra ⁇ , rabbit or camelide. Moreover, when they are not human, they can also be humanized, that is to say that the constant parts of these antibodies are replaced partially or entirely by corresponding human constant parts.
  • the antibodies according to the invention can be obtained by immunization of an animal using a polypeptide according to the invention according to techniques well known to those skilled in the art.
  • aptamers are nucleic acids, particularly RNAs, capable of binding specifically to a molecular target, such as a protein. Aptamers can in particular be obtained by using the SELEX technique well known to those skilled in the art, from the polypeptides according to the invention.
  • the disease linked or due to the expression of the PD-L1 protein or of the PD-1 protein according to the invention is a cancer or an infectious disease.
  • the disease linked to or due to PD-L1 protein or PD-1 protein is selected from the group consisting of: - unresectable metastatic melanoma, advanced non-small-cell metastatic lung carcinoma (NSCLC), advanced metastatic NSCLC progressing particularly with or after platinum-based chemotherapy, advanced renal cell carcinoma, including metastatic carcinoma, and urothelial carcinoma locally advanced or metastatic in particular not responding to chemotherapy based on platinum derivatives, prostate cancer, breast cancer, colorectal cancer, or any other cancer where the PD-1 / PD-L1 axis is involved in suppressing an anti-tumor immune response
  • bacterial infections such as pneumonia, meningitis, toxic shock syndrome, food poisoning, gastritis, ulcers, gonorrhea, boils, abscesses, impetigo, ear infections, tonsillitis, infections the urinary tract and genital infections broncho-pulmonary,
  • viral infections such as influenza, measles, hepatitis B, hepatitis C, infections with the human immunodeficiency virus (HIV), infections with herpes virus such as cytomegalovirus or Epsfein-Barr virus, herpes, e infections with human papillomavirus (HPV), e ⁇
  • HAV human immunodeficiency virus
  • herpes virus such as cytomegalovirus or Epsfein-Barr virus
  • HPV human papillomavirus
  • fungal infections such as blasfomycosis, coccidioiodomycosis, rhisfoplamoseja paracoccidioiodomycosis, candidiasis, cryptococcosis, aspergillosis, mucomycosis and pneumocystosis.
  • the person or individuals according to the invention are animals, preferably mammals or marsupials, more preferably humans, horses, cattle, pigs, sheep, goats, camels, camels, dogs or dogs. cats, most preferably humans.
  • the polypeptide according to the invention is derived from a PD-L1 protein belonging to the same species as the individual in which the polypeptide is to be used or administered.
  • the polypeptide, the pharmaceutical composition, the drug or the product according to the invention is administered or in a form that can be administered orally, mucosally, in particular sublingually, parenterally, intraperitoneal, transcutaneous, intradermal, subcutaneous, intramuscular, intravenous or intra-arterial.
  • the polypeptide according to the invention may be administered at doses ranging for example from 1 ng to 1 g, preferably from 1 g to 1 mg.
  • a "pharmaceutically acceptable vehicle” includes all of the compounds, including excipients, that can be administered to an individual in conjunction with a pharmacological active ingredient.
  • the polypeptide according to the invention may be combined or combined with an adjuvant, or the pharmaceutical composition, the drug or the product according to the invention may comprise an adjuvant.
  • the adjuvant can be of any type suitable for increasing the immune response of an individual, animal or human, to the administration of a polypeptide. It can thus be complete or incomplete Freund's adjuvant, Monfanide ISA 51 VG, aluminum hydroxide, aluminum phosphate or calcium phosphate, for example; Monfanide ISA 51 VG and aluminum or aluminum phosphate hydroxides being preferred.
  • the adjuvant may be combined with the polypeptide according to the invention by carrying out a 1/1 mixture by volume of an adjuvant solution and a solution comprising the polypeptide.
  • other therapy designates a pharmacological therapy with at least one other compound different from the polypeptide according to the invention or a non-pharmacological therapy such as, for example, radiotherapy, in particular anti-cancer therapy.
  • a non-pharmacological therapy such as, for example, radiotherapy, in particular anti-cancer therapy.
  • the other compound that is useful for eliciting an immune response directed against the PD-L1 protein according to the invention can in particular be a polypeptide different from that of the invention, derived from the PD-L1 protein or a polypeptide derived from the PD-L1 protein.
  • the other compound intended for the prevention or treatment of a disease linked or due to the expression of the PD-L1 protein or of the PD-1 protein, in particular during a cancer or a infectious disease can be an anticancer chemotherapy compound, an anti-cancer immunotherapy compound, for example a monoclonal antibody, an antibiotic, an antiviral, especially of the interferon type, or an antimycotic agent.
  • the polypeptide according to the invention can be combined with other antigens intended to elicit an immune response. against a different target of the PD-L1 protein, for example the PD-1 protein. This type of combination is useful for the preparation of multivalent vaccines.
  • the expression "in combination” or “combination product” means that the polypeptide as defined above and the other compound as defined above can be combined within one and the same pharmaceutical composition or the same drug, e ⁇ therefore be administered together, or be administered separately, that is to say, according to separate routes of administration and / or separate administration regimes, subject to when they are administered separately the periods of prophylactic or therapeutic activity of the polypeptide as defined above e ⁇ of the other compound as defined above overlap in whole or in part.
  • the polypeptide as defined above when the polypeptide and the other compound are administered separately, the polypeptide as defined above will preferably be administered within 24 hours, more preferably within 2 hours, and still more preferably within 1 hour. Depending on the administration of the other compound as defined above, its administration may be continued in the following days. Conversely, the other compound as defined above will preferably be administered within 24 hours, more preferably within 2 hours, even more preferably within 1 hour, following administration of the polypeptide as defined above. , e ⁇ son administration will eventually be continued on the following days. In another preferred embodiment of the invention, when the polypeptide as defined above and the other compound as defined above are administered separately, they are administered essentially simultaneously.
  • the horizontal line at 0.2 OD unit represents the significance threshold.
  • Example 1 Recognition of the whole human PD-L1 protein fhPD-LI) by sera of mice immunized with peptides derived from hPD-LI.
  • peptides derived from the human PD-L1 protein were synthesized chemically, cyclized by adding cysteines at their ends and then forming disulfide bridges. They were then coupled to a carrier protein, CRM 197 (C-Reactive Material 197), using the GMBS coupling agent.
  • CRM 197 C-Reactive Material 197
  • amino acid residues are annotated from the sequence of the PD-protein
  • Example 2 Neutralization of the biological activity of human PD-L1 with antibodies purified from the serum of rabbits immunized with the peptides derived from
  • Neutralizing capacity of purified IgG from rabbit serum (n 4 / group) respectively immunized with peptides PPV-09-01, PPV-09-02, PPV-09-03, PPV-09-04, PPV- 09-05 or PPV-09-06, was evaluated in a PD-1 / PD-L1 interaction neutralizing cell (Promega, J 1250). This is based on the interaction between 2 cell lines:
  • CHO-K1 cell line expressing the human PD-L1 gene and a surface protein making it possible to activate the TCRs in an antigen-dependent manner.
  • Plating J l: Inoculation of a 96-well flat-bottomed plate treated for cell culture with CHO-K1 cells. Incubate the plate for 20h at 37 ° C.

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Abstract

La présente invention concerne un polypeptide comprenant, ou constitué - une première séquence constituée d'au moins 8 résidus d'acides aminés contigus choisis au sein de la séquence s'étendant des résidus d'acides aminés 55 à 67 de la protéine PD-L1 et d'au plus 30 résidus d'acides aminés contigus choisis au sein de la séquence complète de la protéine PD-L1; et/ou - une deuxième séquence constituée d'au moins 8 résidus d'acides aminés contigus choisis au sein de la séquence s'étendant des résidus d'acides aminés 85 à 101 de la protéine PD-L1 et d'au plus 30 résidus d'acides aminés contigus choisis au sein de la séquence complète de la protéine PD-L1; et/ou - une troisième séquence constituée d'au moins 8 résidus d'acides aminés contigus choisis au sein de la séquence s'étendant des résidus d'acides aminés 111 à 127 de la protéine PD-L1 et d'au plus 30 résidus d'acides aminés contigus choisis au sein de la séquence complète de la protéine PD-L1; et/ou - une quatrième séquence constituée d'au moins 8 résidus d'acides aminés contigus choisis au sein de la séquence s'étendant des résidus d'acides aminés 138 à 156 de la protéine PD-L1 et d'au plus 30 résidus d'acides aminés contigus choisis au sein de la séquence complète de la protéine PD-L1; et/ou - une cinquième séquence constituée d'au moins 8 résidus d'acides aminés contigus choisis au sein de la séquence s'étendant des résidus d'acides aminés 208 à 223 de la protéine PD-L1 et d'au plus 30 résidus d'acides aminés contigus choisis au sein de la séquence complète de la protéine PD-L1.

Description

COMPOSITION VACCINALE ANTI-PD-L1
Domaine de l’invention
La présente invention concerne des polypeptides utiles pour éliciter une réponse immunitaire dirigée contre la protéine PD-L1 .
Arrière-plan technique
Il est aujourd’hui établi que l’intensité de la réponse immunitaire naturelle contre les antigènes du cancer est corrélée à de meilleurs pronostics pour les patients et ce pour de nombreux types de néoplasie. Des observations cliniques, appuyées par de nombreuses preuves expérimentales, ont permis de définir le concept d'immuno-surveillance du cancer, selon lequel les tumeurs émergentes son† généralement éradiquées par le système immunitaire, sauf dans des circonstances où les cellules cancéreuses on† évolué pour échapper à la détection immunitaire.
L'immunothérapie anticancéreuse - application directe du concept d'immuno-surveillance - qui a connu un essor et un succès spectaculaire au cours de la dernière décennie, a révolutionné la prise en charge clinique d'un large éventail de tumeurs malignes auparavant associées à un mauvais pronostic.
Au premier plan du développement de l'immunothérapie se trouvent les anticorps monoclonaux, bloqueurs des points de contrôles de la réponse immunitaires ( immune-checkpoint blockers (ICB)), qui connaissent un grand succès en cancérologie grâce à leur large activité sur de nombreux types de tumeurs, la durabilité de leurs réponses et leurs capacités de traitement dans les cas de tumeurs métastasiques chimio-résistantes.
Parmi les stratégies de blocage des points de contrôle, les deux plus importantes (en termes de succès clinique à ce jour) son† le ciblage par des anticorps monoclonaux spécifiques de la protéine 4 associée aux lymphocytes T cytotoxiques (CTLA-4) et de l'interaction entre la protéine de mort cellulaire programmée 1 (PD- 1 ) et le ligand de cette protéine de mort cellulaire programmé 1 (PD-L1 ). En particulier, l'inhibition de la signalisation PD-L1 a été proposée comme un moyen d'améliorer l'immunité des cellules T pour le traitement du cancer (immunité anfi-fumorale) mais également dans le traitement des infections (infection persistante aiguë et chronique). À ce jour, quatre ICB ciblant l’axe PD-1 /PD-L1 ont ainsi été notamment approuvés par l’agence fédérale du médicament (FDA) américaine (pour revue voir par exemple Abdin et al. (2018) Cancers 10 32,) :
(1 ) le pembrolizumab, un anticorps monoclonal (mAb) anti-PD-1 approuvé pour les personnes atteintes d'un mélanome métastatique non résécable ou d'un carcinome pulmonaire métastatique non à petites cellules avancé (NSCLC) dont les tumeurs expriment PD-L1 ;
(2) le nivolumab, un anticorps monoclonal (mAb) anti-PD-1 approuvé pour le mélanome non résécable ou métastatique, le NSCLC métastatique avancé progressant avec ou après une chimiothérapie à base de platine, e† le carcinome rénal avancé, notamment métastatique ; e†
(3) l'atezolizumab, un anticorps monoclonal (mAb) anti-PD-Ll récemment approuvé pour le traitement du carcinome urothélial localement avancé ou métastatique ne répondant pas à la chimiothérapie à base de dérivés du platine; e†
(4) l’avelumab, un anticorps monoclonal (mAb) anti-PD-Ll récemment approuvé pour le traitement du carcinome métastatique à cellules de Merkel.
De plus ces ICB déjà approuvés dans un certain nombre d’indications pourraient être également reconnus à l’avenir comme étant utiles dans le cadre du traitement d’autres formes de cancer.
Par ailleurs, des ICB ciblant PD-L1 se sont révélés très efficaces dans le mélanome, le NSCLC e† le carcinome rénal.
Toutefois, l’ensemble des produits commercialisés ou développés en tant qu’ICB ciblant l’axe PD-1 /PD-L1 sont des anticorps monoclonaux e† sont donc affectés des mêmes limitations que d’autres traitements par anticorps monoclonaux : un coût élevé, la nécessité de ré-adminisfrafion fréquente e† le développement d’une réaction immunitaire dirigées contre les anticorps monoclonaux administrés.
C’est donc un objet de la présente invention que de surmonter ces inconvénients.
Résumé de l’invention
La présente invention découle de la mise en évidence inattendue, par les inventeurs, que des polypeptides dérivés de séquences s’étendant des résidus d’acides aminés 55 à 67, 85 à 101 , 1 1 1 à 127, 138 à 156, e† 208 à 223 de la protéine PD-L1 humaine permettaient la production d’anticorps neutralisant la protéine PD-L1 par des souris auxquelles ils ont été administrés.
La présente invention concerne donc un polypeptide comprenant, ou constitué de :
- une première séquence constituée d’au moins 8 résidus d’acides aminés contigus choisis au sein de la séquence s’étendant des résidus d’acides aminés 55 à 67 de la protéine PD-L1 et d’au plus 30 résidus d’acides aminés contigus choisis au sein de la séquence complète de la protéine PD-L1 , ou une séquence variante présentant au moins 75% d’identité avec la première séquence ; et/ou
- une deuxième séquence constituée d’au moins 8 résidus d’acides aminés contigus choisis au sein de la séquence s’étendant des résidus d’acides aminés 85 à 101 de la protéine PD-L1 et d’au plus 30 résidus d’acides aminés contigus choisis au sein de la séquence complète de la protéine PD-L1 , ou une séquence variante présentant au moins 75% d’identité avec la deuxième séquence ; et/ou
- une troisième séquence constituée d’au moins 8 résidus d’acides aminés contigus choisis au sein de la séquence s’étendant des résidus d’acides aminés 1 1 1 à 127 de la protéine PD-L1 et d’au plus 30 résidus d’acides aminés contigus choisis au sein de la séquence complète de la protéine PD-L1 , ou une séquence variante présentant au moins 75% d’identité avec la troisième séquence ; et/ou
- une quatrième séquence constituée d’au moins 8 résidus d’acides aminés contigus choisis au sein de la séquence s’étendant des résidus d’acides aminés 138 à 156 de la protéine PD-L1 et d’au plus 30 résidus d’acides aminés contigus choisis au sein de la séquence complète de la protéine PD-L1 , ou une séquence variante présentant au moins 75% d’identité avec la quatrième séquence ; et/ou
- une cinquième séquence constituée d’au moins 8 résidus d’acides aminés contigus choisis au sein de la séquence s’étendant des résidus d’acides aminés 208 à 223 de la protéine PD-L1 et d’au plus 30 résidus d’acides aminés contigus choisis au sein de la séquence complète de la protéine PD-L1 , ou une séquence variante présentant au moins 75% d’identité avec la cinquième séquence ;
sous réserve que le polypeptide soit différent de la protéine PD-L1 et qu’il ne soit pas constitué d’une portion de plus de 30 résidus d’acides aminés contigus de la protéine PD-L1 , et
sous réserve que des polypeptides respectivement constitués des séquences variantes de la première, la deuxième, de la troisième, de la quatrième, et de la cinquième séquence permettent d’éliciter une réponse immunitaire dirigée contre la protéine PD-L1 .
Dans un mode de réalisation préféré, l’invention concerne plus particulièrement un polypeptide comprenant, ou constitué de :
- une première séquence constituée de SEQ ID NO : 1 , 51 , 52 ou 53, ou une séquence variante présentant au moins 75% d’identité avec la première séquence ; et/ou
- une deuxième séquence constituée de SEQ ID NO : 2, 54 ou 55, ou une séquence variante présentant au moins 75% d’identité avec la deuxième séquence ; et/ou
- une troisième séquence constituée de SEQ ID NO : 3, 56, 57, 58 ou 59, ou une séquence variante présentant au moins 75% d’identité avec la troisième séquence ; et/ou
- une quatrième séquence constituée de SEQ ID NO : 4 ou 60, ou une séquence variante présentant au moins 75% d’identité avec la quatrième séquence ; et/ou
- une cinquième séquence constituée de SEQ ID NO : 5, 61 ou 62, ou une séquence variante présentant au moins 75% d’identité avec la cinquième séquence ;
sous réserve que des polypeptides respectivement constitués des séquences variantes de la première, la deuxième, la troisième, la quatrième et la cinquième séquence permettent d’éliciter une réponse immunitaire dirigée contre la protéine PD-L1 .
La présente invention concerne également un acide nucléique codant pour un polypeptide tel que défini ci-dessus, ou le complémentaire de celui-ci.
La présente invention concerne également :
- au moins un polypeptide tel que défini ci-dessus, ou - au moins un acide nucléique tel que défini ci-dessus,
pour une utilisation à fifre de médicament, notamment de vaccin. Dans un mode de réalisation particulier de l’invention, le médicament, notamment le vaccin, tel que défini ci-dessus comprend également au moins un autre composé destiné à la prévention ou au traitement d’une maladie liée ou due à l’expression de la protéine PD-L1 ou de la protéine PD-1 , d’un cancer ou d’une maladie infectieuse.
La présente invention concerne également une composition pharmaceutique, notamment vaccinale, comprenant, à fifre de substance active :
- au moins un polypeptide tel que défini ci-dessus, ou
- au moins un acide nucléique tel que défini ci-dessus,
éventuellement en association avec au moins un véhicule pharmaceufiquement acceptable. Dans un mode de réalisation particulier de l’invention, la composition pharmaceutique, notamment vaccinale, telle que définie ci-dessus comprend également au moins un autre composé destiné à la prévention ou au traitement d’une maladie liée ou due à l’expression de la protéine PD-L1 ou de la protéine PD-1 , d’un cancer ou d’une maladie infectieuse.
La présente invention concerne également l’utilisation d’un polypeptide tel que défini ci-dessus, pour la préparation d’un anticorps, d’un fragment d’anticorps ou d’un apfamère.
La présente invention concerne également une méthode de préparation d’un anticorps, d’un fragment d’anticorps ou d’un apfamère comprenant une étape d'administration d’un polypeptide tel que défini ci-dessus à un organisme producteur d’anticorps ou une étape de sélection par affinité d’un anticorps, d’un fragment d’anticorps ou d’un apfamère qui se lie au polypeptide tel que défini ci- dessus.
La présente invention concerne également un anticorps, un fragment d’anticorps, ou un apfamère anti-PD-Ll spécifiquement dirigé contre le polypeptide tel que défini ci-dessus, sous réserve que le polypeptide ne comprenne pas plus de deux résidus d’acides aminés en plus de la première, de la deuxième, de la troisième, de la quatrième, ou de la cinquième séquence ou de leurs séquences variantes respectives.
La présente invention concerne également un anticorps, un fragment d’anticorps, ou un apfamère tel que défini ci-dessus, pour une utilisation à fifre de médicament. Dans un mode de réalisation particulier de l’invention, le médicament tel que défini ci-dessus comprend également au moins un autre composé destiné à la prévention ou au traitement d’une maladie liée ou due à l’expression de la protéine PD-L1 ou de la protéine PD-1 , d’un cancer ou d’une maladie infectieuse.
La présente invention concerne également une composition pharmaceutique comprenant, à fifre de principe actif, un anticorps, un fragment d’anticorps, ou un apfamère tel que défini ci-dessus, éventuellement en association avec un véhicule pharmaceufiquement acceptable. Dans un mode de réalisation particulier de l’invention, la composition pharmaceutique telle que définie ci-dessus comprend également au moins un autre composé destiné à la prévention ou au traitement d’une maladie liée ou due à l’expression de la protéine PD-L1 ou de la protéine PD-1 , d’un cancer ou d’une maladie infectieuse.
La présente invention concerne également un polypeptide tel que défini ci- dessus, un acide nucléique tel que défini ci-dessus, ou une composition pharmaceutique telle que définie ci-dessus, pour une utilisation dans une méthode pour élicifer une réponse immunitaire dirigée contre la protéine PD-L1 chez un individu. Dans un mode de réalisation particulier de l’invention, le polypeptide, l’acide nucléique ou la composition pharmaceutique es† utilisé en combinaison avec au moins un autre composé utile pour éliciter une réponse immunitaire dirigée contre la protéine PD-1 .
La présente invention concerne également une méthode pour éliciter une réponse immunitaire dirigée contre la protéine PD-L1 chez un individu, comprenant l’administration à l’individu d’une quantité efficace d’un polypeptide tel que défini ci-dessus, d’un acide nucléique tel que défini ci-dessus, ou d’une composition pharmaceutique telle que définie ci-dessus. Dans un mode de réalisation particulier de l’invention, le polypeptide, l’acide nucléique ou la composition pharmaceutique es† administré en combinaison avec au moins un autre composé utile pour éliciter une réponse immunitaire dirigée contre la protéine PD-L1 .
La présente invention concerne également l’utilisation d’un polypeptide tel que défini ci-dessus ou d’un acide nucléique tel que défini ci-dessus pour la préparation d’un médicament destiné à éliciter une réponse immunitaire dirigée contre la protéine PD-1 chez un individu. Dans un mode de réalisation particulier de l’invention, le médicament comprend également au moins un autre composé utile pour éliciter une réponse immunitaire dirigée contre la protéine PD-L1 . La présente invention concerne également un polypeptide tel que défini ci- dessus, un acide nucléique tel que défini ci-dessus, une composition pharmaceutique telle que définie ci-dessus, ou un anticorps, un fragment d’anticorps ou un apfamère tel que défini ci-dessus, pour une utilisation dans une méthode de prévention ou de traitement d’une maladie liée ou due à l’expression de la protéine PD-1 ou de la protéine PD-L1 chez un individu. Dans un mode de réalisation particulier de l’invention, le polypeptide, l’acide nucléique, la composition pharmaceutique, ou l’anticorps, le fragment d’anticorps ou l’aptamère est utilisé en combinaison avec au moins une autre thérapie destinée à la prévention ou au traitement d’une maladie liée à l’expression de la protéine PD-1 ou de la protéine PD-L1 , d’un cancer ou d’une maladie infectieuse.
La présente invention concerne également une méthode de prévention ou de traitement d’une maladie liée ou due à la protéine PD-L1 chez un individu, comprenant l’administration à l’individu d’une quantité efficace d’un polypeptide tel que défini ci-dessus, d’un acide nucléique tel que défini ci-dessus, d’une composition pharmaceutique telle que définie ci-dessus, ou d’un anticorps, d’un fragment d’anticorps ou d’un aptamère tel que défini ci-dessus. Dans un mode de réalisation particulier de l’invention, la méthode comprend au moins une autre thérapie destinée à la prévention ou au traitement d’une maladie liée à l’expression de la protéine PD-1 ou de la protéine PD-L1 , d’un cancer ou d’une maladie infectieuse.
La présente invention concerne également l’utilisation d’un polypeptide tel que défini ci-dessus, d’un acide nucléique tel que défini ci-dessus, ou d’un anticorps, d’un fragment d’anticorps ou d’un aptamère tel que défini ci-dessus, pour la préparation d’un médicament destiné à la prévention ou au traitement d’une maladie liée ou due à la protéine PD-L1 chez un individu. Dans un mode de réalisation particulier de l’invention, le médicament comprend au moins un autre composé destiné à la prévention d’une maladie liée ou due à l’expression de la protéine PD-1 ou de la protéine PD-L1 , d’un cancer ou d’une maladie infectieuse.
La présente invention concerne également des produits contenant :
- un polypeptide ou un acide nucléique tel que défini ci-dessus, et
- au moins un autre composé destiné à la prévention ou au traitement d’une maladie liée ou due à la protéine PD-L1 , d’un cancer ou d’une maladie infectieuse, comme produit de combinaison pour une utilisation simultanée, séparée ou étalée dans le temps pour la prévention ou le traitement d’une maladie liée ou due à l’expression de la protéine PD-1 ou de la protéine PD-L1 , d’un cancer ou d’une maladie infectieuse chez un individu.
Description de l’invention
A titre préliminaire, on rappellera que le terme « comprenant » signifie « incluant », « contenant » ou « englobant », c'est-à-dire que lorsqu' un objet « comprend » un élément ou plusieurs éléments, d'autres éléments que ceux mentionnés peuvent également être compris dans l'objet. A contrario, l'expression « consistant en » signifie « constitué de », c'est-à-dire que lorsqu' un objet « consiste en » un élément ou plusieurs éléments, l'objet ne peut pas comprendre d'autres éléments que ceux mentionnés.
Polypeptide
Définition de la protéine PD-L1
La protéine PD-L1 , es† la protéine ligand de la protéine PD-1 , également nommée cluster de différentiation 274 ( cluster of différentiation 274, CD274), elle es† bien connue de l’homme du métier.
Espèces et séquences préférées de la proféine PD-L1
De préférence, la protéine PD-L1 selon l’invention es† sélectionnée dans le groupe constitué de la protéine PD-L1 humaine, de la protéine PD-L1 de souris, de la protéine PD-L1 de singe, de la protéine PD-L1 de cheval, de la protéine PD-L1 de bovin, de la protéine PD-L1 de cochon, de la protéine PD-L1 de mouton, de la protéine PD-L1 de chèvre, de la protéine PD-L1 de chameau, de la protéine PD-L1 de dromadaire, de la protéine PD-L1 de chien, e† de la protéine PD-L1 de chat. De manière particulièrement préférée, la protéine PD-L1 es† la protéine PD-L1 humaine.
De préférence :
- la protéine PD-L1 humaine (hPD-Ll ) es† telle que décrite dans la base de données UniProt/Swisspro† sous la référence Q9NZQ7 e† es† constituée de SEQ ID NO : 6,
- la protéine PD-L1 de singe es† telle que décrite dans la base de données Genbank sous la référence NPJD01077358.1 e† es† constituée de SEQ ID NO : 7, - la protéine PD-L1 de souris (mPD-1 ) est telle que décrite dans la base de données UniProt/Swissprot sous la référence Q9EP73 e† es† constituée de SEQ ID NO : 8,
- la protéine PD-L1 de cheval es† telle que décrite dans la base de données Genbank sous la référence XP_001492892.1 et es† constituée de SEQ ID NO : 9,
- la protéine PD-L1 de bovin es† telle que décrite dans la base de données Genbank sous la référence NP_001 156884.1 et es† constituée de SEQ ID NO : 10,
- la PD-L1 de cochon es† telle que décrite dans la base de données UniProf/SwissProf sous la référence Q4QTK1 et es† constituée de SEQ ID NO : 1 1 ,
- la protéine PD-L1 de mouton es† telle que décrite dans la base de données Genbank sous la référence XP_01 1980010.1 et es† constituée de SEQ ID NO : 12,
- la protéine PD-L1 de chèvre es† telle que décrite dans la base de données Genbank sous la référence XPJD05683750.1 et es† constituée de SEQ ID NO : 13,
- la protéine PD-L1 de chameau es† telle que décrite dans la base de données Genbank sous la référence XP_01441 6021 .1 ou XP_010958932.1 et es† constituée de SEQ ID NO : 14 ou 15,
- la protéine PD-L1 de dromadaire es† telle que décrite dans la base de données Genbank sous la référence XP_010991 731 .1 et es† constituée de SEQ ID NO : 1 6,
- la PD-L1 de chien es† telle que décrite dans la base de données UniProf/SwissProf sous la référence E2RKZ5 et es† constituée de SEQ ID NO : 1 7,
- la PD-L1 de chat es† telle que décrite dans la base de données Genbank sous la référence XPJD06939101 .1 et es† constituée de SEQ ID NO : 18.
Numérotation des résidus d’acides aminés
Comme on l’entend ici, la numérotation des résidus d’acides aminés de la protéine PD-L1 commence sur le premier résidu d’acide aminé, généralement une méthionine (M), formant l’extrémité N-terminale de PD-L1 complète codée par le cadre ouvert de lecture du gène de PD-L1 , c'esf-à-dire incluant son peptide signal. Par ailleurs, la numérotation des résidus d’acides aminés de la protéine PD-L1 utilisée ici es† définie par référence à la protéine PD-L1 humaine. Il es† ainsi aisé pour l’homme du métier de déterminer le résidu d’acide aminé d’une protéine PD-L1 correspondant à un numéro de position auquel il est fait référence selon l’invention : il suffi† d’aligner la séquence de la protéine PD-L1 pour laquelle on souhaite déterminer le résidu d’acide aminé correspondant à un numéro de position avec une séquence de la protéine PD-L1 humaine, notamment SEQ ID NO : 6, de manière à optimiser le pourcentage d’identité entre les deux séquences alignées, puis d’identifier le résidu d’acide aminé correspondant au numéro de position recherché comme étant celui qui es† aligné avec le résidu d’acide aminé de la séquence de la protéine PD-L1 humaine qui porte ce numéro de position.
Première, deuxième, troisième, quatrième et cinquième séquences
De préférence, la première séquence, la deuxième séquence, la troisième séquence, la quatrième séquence, e† la cinquième séquence sont constituées d’au moins 8, 9, 10, 1 1 , 12 résidus d’acides aminés contigus respectivement choisis au sein de la séquence s’étendant des résidus d’acides aminés 55 à 67, 85 à 1 01 , 1 1 1 à 1 27, 138 à 1 56, e† 208 à 223 de la protéine PD-L1 ou sont constituées respectivement au moins de la séquence s’étendant des résidus d’acides aminés 55 à 67, 85 à 101 , 1 1 1 à 1 27, 138 à 156, e† 208 à 223 de la protéine PD-L1 .
De préférence également, la première séquence, la deuxième séquence, la troisième séquence, la quatrième séquence, e† la cinquième séquence selon l’invention sont constituées respectivement au plus de 29, 28, 27, 26, 25, 24, 23, 22, 21 , 20 résidus d’acides aminés contigus choisis au sein de la séquence complète de la protéine PD-L1 , ou sont constituées respectivement au plus des résidus acides aminés 55 à 67, 85 à 1 01 , 1 1 1 à 127, 1 38 à 1 56, e† 208 à 223 de la protéine PD-L1 .
De manière préférée :
- la première séquence selon l’invention es† constituée de SEQ ID NO : 1 , 51 , 52 ou 53,
- la deuxième séquence selon l’invention es† constituée de SEQ ID NO : 2, 54 ou 55,
- la troisième séquence selon l’invention es† constituée de SEQ ID NO : 3, 56, 57, 58 ou 59,
- la quatrième séquence selon l’invention es† constituée de SEQ ID NO : 4 ou
60, e† - la cinquième séquence selon l’invention est constituée de SEQ ID NO : 5, 61 ou 62.
Les résidus de la protéine PD-L1 humaine correspondant à ces séquences sont présentés dans le tableau qui suit :
Séquences variantes
Une séquence variante selon l’invention, qui présente au moins 75% d’identité avec l’une des première, deuxième, troisième, quatrième, et cinquième séquences ci-dessus, présente de manière préférée au moins 80%, 85%, 90%, 95% ou 98% d’identité avec l’une des première, deuxième, troisième, quatrième, et cinquième séquences ci-dessus.
Comme on l’entend ici, le pourcentage d’identité entre deux séquences peptidiques peut être déterminé en réalisant un alignement optimal sur toute la longueur des séquences, en déterminant le nombre de positions alignées pour lesquelles les acides aminés son† identiques dans chaque séquence et en divisant ce nombre par le nombre total d’acides aminés dans la plus longue des deux séquences. L’alignement optimal est celui qui donne le pourcentage d’identité le plus élevé entre les deux séquences.
De manière préférée également, une séquence variante selon l’invention présente au moins 75%, 80%, 85%, 90%, 95% ou 98% d’identité avec SEQ ID NO : 1 , SEQ ID NO : 2, SEQ ID NO : 3, SEQ ID NO : 4, SEQ ID NO : 5, ou SEQ ID NO : 51 , 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61 ou 62.
La séquence variante selon l’invention est telle qu’un polypeptide constitué de la séquence variante doit permettre d’éliciter une réponse immunitaire dirigée contre la protéine PD-L1 ; c'est-à-dire que l’administration d’un tel peptide, éventuellement cyclisé par formation d’au moins un pont disulfure infer-cystéines, si nécessaire après adjonction d’une ou deux cystéines au sein du peptide, et/ou à son extrémité N-ferminale et/ou à son extrémité C-terminale, le peptide étant éventuellement lié à une molécule porteuse, notamment une protéine porteuse, telle que la KLH ( Keyhole Limpet Hemocyanin ), à un animal, tel qu’une souris, un rat ou un lapin, provoque la production d’anticorps dirigés contre une PD-L1 , notamment une PD-L1 de la même espèce que celle à laquelle appartient la séquence avec laquelle la séquence variante présente le pourcentage d’identité le plus élevé. L’homme du métier sait bien comment déterminer si un anticorps est dirigé contre la PD-L1 , notamment en mettant en œuvre un test ELISA. De manière préférée, les anticorps élicités par administration du peptide son† bloquants ou neutralisants, c'est-à-dire qu’ils empêchent la protéine PD-L1 d’exercer tout ou partie, notamment au moins 10%, 25%, 50%, 75%, de son activité, par exemple mesurée in vitro. Comme on l’entend ici l’activité de PD-L1 est de préférence une liaison à la protéine PD-1 , qui peut être mesurée comme dans l’Exemple 2 qui suit.
De préférence, une séquence variante selon l’invention est sélectionnée dans le groupe constitué de :
- VYRSMISYGGADYKRIT (SEQ ID NO: 19),
- YRSMISYGGADYKRI (SEQ ID NO : 63)
- NQRILVVDPVTSEHELTSQ (SEQ ID NO: 20),
- YSTFRRLDPEENHTAE (SEQ ID NO: 21 ),
- YSTFRRLDPEENHTA (SEQ ID NO : 64).
VYRSMISYGGADYKRIT (SEQ ID NO: 19) dérive de VYRCMISYGGADYKRIT (SEQ ID NO : 3) par la substitution de la cystéine (C) en quatrième position par une sérine (S). YRSMISYGGADYKRI (SEQ ID NO : 63) dérive de YRCMISYGGADYKRI (SEQ ID NO : 59) par la substitution de la cystéine (C) en troisième position par une sérine (S).
NQRILVVDPVTSEHELTSQ (SEQ ID NO: 20) dérive de NQRILVVDPVTSEHELTCQ (SEQ ID NO : 4) par la substitution de la cystéine (C) en avant-dernière position par une sérine (S).
YSTFRRLDPEENHTAE (SEQ ID NO: 21 ) dérive de YCTFRRLDPEENHTAE (SEQI D NO : 5) par la substitution de la cystéine (C) en deuxième position par une sérine (S).
YSTFRRLDPEENHTA (SEQ ID NO : 64) dérive de YCTFRRLDPEENHTA (SEQ ID NO : 61 ) par la substitution de la cystéine (C) en deuxième position par une sérine (S).
Longueur du polypeptide
Le polypeptide selon l’invention comprend de préférence au plus 200, 150, 100, 90, 80, 70, 60, 50, 40 ou 30 résidus d’acides aminés. Il es† différent de la protéine PD-L1 e† n’es† pas constitué d’une portion de plus de 30 résidus d’acides aminés contigus de la protéine PD-L1 . Comme l’homme du métier le comprend bien cela n’exclu† pas qu’il puisse être constitué de deux ou plus portions de la protéine PD-L1 d’au plus 30 résidus d’acides aminés contigus, dans la mesure où ces portions ne sont pas agencées de manière à reconstituer une portion de la protéine PD-L1 de plus de 30 acides aminés contigus.
Comme cela apparaîtra clairement à l’homme du métier, le polypeptide selon l’invention peu† comprendre plusieurs répétitions, par exemple 2, 3, 4, 5, 10 ou 20 répétitions, respectivement des première, deuxième, troisième, quatrième e† cinquième séquences e† de la séquence variante selon l’invention.
Séquences en plus des séquences des première , deuxième, troisième, quatrième et cinquième séquences et des séquences variantes
Par ailleurs, le polypeptide selon l’invention peu† également comprendre des séquences additionnelles ne provenant pas de la protéine PD-L1 .
Ces séquences additionnelles pourront notamment apporter des caractéristiques physico-chimiques permettant une présentation structurale améliorée ou une solubilité améliorée du polypeptide selon l’invention par rapport à un polypeptide similaire mais qui ne comprendrai† pas ces séquences additionnelles.
Les séquences additionnelles peuvent également comprendre une ou plusieurs séquences de lien peptidique, c’est-à-dire de peptide linker, utiles pour une liaison notamment à une molécule porteuse. De telles séquences de lien peptidique comprennent typiquement de 1 à 10, notamment de 4 à 6, résidus d’acides aminés.
Par ailleurs, ces séquences ne provenant pas de la protéine PD-L1 , pourront aussi comprendre des épitopes appartenant à d’autres protéines, permettant d’éliciter ou de générer une réponse immunitaire dirigée contre ces autres protéines.
En outre, le polypeptide selon l’invention peut comprendre des séquences d’épitope(s) T exogène(s), préférablement universel(s), ce qui permet de renforcer l’immunogénicité du polypeptide selon l’invention.
Le polypeptide selon l’invention peu† également comprendre au moins une séquence d’une protéine porteuse, par exemple une particule de type virale (VLP), comme cela es† notamment décrit dans la demande internationale WO 05/1 17983 pour le TNF.
Cyclisation du polypeptide
Le polypeptide selon l’invention peu† être sous forme linéaire ou sous forme cyclisée. De préférence, le polypeptide selon l’invention es† sous forme cyclisée. Cette cyclisation peu† être de tou† type connu de l’homme du métier.
Le choix de la stratégie de cyclisation selon l’invention peu† notamment tenir compte de la meilleure présentation antigénique des épitopes contenus dans le polypeptide selon l’invention, e† ne porter que sur une partie du polypeptide (cyclisation au sein de la séquence). Ainsi, comme on l’entend ici, lorsque le polypeptide selon l’invention es† sous forme cyclisée, seule une partie du polypeptide peu† être incluse dans un cycle tandis que le reste du polypeptide es† sous forme linéaire.
En fonction des groupes fonctionnels présents dans le polypeptide, ceffe cyclisation peu† s’effectuer de plusieurs manières différentes, comme par exemple : de son extrémité C-†erminale à extrémité N-terminale, de son extrémité N-terminale à une chaîne latérale, d’une chaîne latérale à son extrémité C-†erminale ou encore entre deux chaînes latérales. Parmi les diverses modalités de cyclisation de polypeptides, il es† possible de citer la lactamisation, la lactonisation ou la formation d'un pont disulfure. En particulier, lors de la formation d’un pont disulfure inter cystéine, c'est-à-dire entre les radicaux -SH de deux cystéines, les cystéines peuvent être déjà présentes dans la séquence variante selon l’invention ou dans les première, deuxième, troisième, quatrième e† cinquième séquences selon l’invention, ou bien être ajoutées au sein de ces séquences, ainsi qu’à leur extrémité N-terminale et/ou C-terminale.
Modifications post-traductionnelles, analogues d’acides aminés
En outre, le polypeptide selon l’invention peut comprendre des modifications post-traductionnelles, telles que des glycosylations, des méthylations, des acylations, notamment par des acides gras, ou des phosphorylations. En particulier, l’extrémité N-terminale du polypeptide selon l’invention peu† être acétylée e† l’extrémité C- terminale peu† être modifiée par amidation.
Le polypeptide selon l’invention peu† également comprendre un ou plusieurs analogues ou dérivés d’acides aminés, dont les acides aminés non naturels ou non standards, en particulier la norleucine (Nie).
Molécule porteuse
De manière préférée également, le polypeptide selon l’invention es† fixé ou lié, notamment par liaison covalente, à une molécule porteuse, notamment une protéine porteuse.
En particulier, la molécule porteuse peu† être la protéine Keyhole Limpet Hemocyanin (KLH), l’antigène de surface de l’hépatite B (HBsAg), l’albumine sérique bovine (BSA), le foxoïde du tétanos (TT) e† le foxoïde de la diphtérie (DT).
Le foxoïde de la diphtérie (DT) selon l’invention es† de préférence choisi dans le groupe constitué de CRM 197, de CRM 1 76, de CRM 228, de CRM 45, de CRM 9, de CRM 102, de CRM 103, e† de CRM 107.
De manière particulièrement préférée, la molécule porteuse es† CRM 197.
La liaison du polypeptide selon l’invention à une molécule porteuse, notamment une protéine porteuse, peu† être réalisée à l’aide d’un agent de couplage hétérobifonctionnel, tel que l’ester de N-y-maleimidobutyryl- oxysuccinimide (GMBS) e† le dérivé sulfo-GMBS, l’ester du m-maléimidobenzoyl-n- hydroxysuccinimide (MBS) e† le dérivé sulfo-MBS, le succinimidyl 4-(N- maleimidome†hyl)cyclohexane-l -carboxyla†e (SMCC), un carbodiimide, le bisdiazonium-benzidine (BDB) ou le glutaraldéhyde
Lorsque le GMBS, le MBS ou le SMCC sont utilisés, ils sont de préférence fixés sur une cystéine (C), qui si elle n’es† pas présente dans une première, une deuxième, une troisième, une quatrième ou une cinquième séquence, ou une séquence variante selon l’invention, peut être ajoutée, notamment à son extrémité N-terminale ou C-terminale. Par ailleurs, lorsqu’une cystéine est présente dans une première, une deuxième, une troisième, une quatrième ou une cinquième séquence, selon l’invention à une position non souhaitée, il est possible de mettre en œuvre, à la place, une séquence variante dans laquelle la cystéine est substituée par un autre acide aminé, tel qu’une serine, comme cela est illustré pour SEQ ID NO : 19, 20, 21 , 63 et 64 respectivement par rapport à SEQ ID NO : 3, 4, 5, 59 et 61 .
Lorsque le BDB est utilisé, il est de préférence fixé sur une tyrosine (Y), qui si elle n’est pas présente dans une première, une deuxième, une troisième, une quatrième ou une cinquième séquence, ou une séquence variante selon l’invention, peut être ajoutée, notamment à son extrémité N-ferminale ou C-terminale. Par ailleurs, lorsqu’une tyrosine est présente dans une première, une deuxième, une troisième, une quatrième ou une cinquième séquence selon l’invention à une position non souhaitée, il est possible de mettre en œuvre, à la place, une séquence variante dans laquelle la tyrosine est substituée par un autre acide aminé, tel qu’une phénylalanine (F).
Par ailleurs, la liaison du polypeptide selon l’invention à une molécule porteuse, notamment une protéine porteuse, peut également être réalisée à l’aide d’un lien peptidique ou peptide linker, qui se lien† au polypeptide selon l’invention d’un côté et à la molécule porteuse de l’autre côté, éventuellement via un agent de couplage hétérobifonctionnel tel que défini ci-dessus. De tels liens peptidiques comprennent typiquement de 1 à 10, notamment de 4 à 6, résidus d’acides aminés.
De manière tout particulièrement préférée le polypeptide selon l’invention est fixé sur la protéine porteuse CRM 197 selon une construction représentée par une formule sélectionnée dans le groupe constitué des formules suivantes :
ou :
- CRM 197 désigne la protéine porteuse,
- GMB désigne le N-g-maleimidobutyryl,
- Acétyl+ indique que l’extrémité N-terminale est acétylée,
- Amide+ indique que l’extrémité C-terminale est modifiée par amidation,
- cyclo() indique une cyclisation de type lacfame entre les chaînes latérales des résidus d’acides aminés en C-†erminal e† en N-terminal,
- cycloS-S() indique une cyclisation par pont disulfure entre les groupements sulfhydriles des cystéines présentes en C-ferminal et en N-terminal,
- les crochets ( [X] n) indiquent qu’un ou plusieurs polypeptides sont fixés sur la protéine porteuse et - la partie soulignée représente le polypeptide selon l’invention dont le SEQ ID NO est indiqué dans la colonne de droite.
Ainsi, de manière tout particulièrement préférée le polypeptide selon l’invention est constitué d’une séquence sélectionnée dans le groupe constitué de SEQ ID NO : 22-50.
Préparation du polypeptide
Le polypeptide selon l’invention peut être préparé par toute méthode connue dans l’état de la technique et notamment par synthèse chimique. Il est également possible de le préparer par expression de l’acide nucléique selon l’invention dans des cellules eucaryotes ou procaryotes.
Activité du polypeptide
Le polypeptide selon l’invention, si nécessaire lié à une molécule porteuse, est immunogène, c’est-à-dire qu’il peut éliciter, ou provoquer, une réaction immunitaire, notamment de type humorale, c’est-à-dire la production d’anticorps, par un individu, notamment de type mammifère, auquel il est administré. En particulier, le polypeptide selon l’invention permet d’éliciter une réponse immunitaire dirigée contre la protéine PD-L1 , notamment des anticorps anti-PD-Ll , de préférence des anticorps anfi-PD-Ll bloquants ou neutralisants, c'est-à-dire qu’ils empêchent la protéine PD-L1 d’exercer fout ou partie, notamment au moins 10%, 25%, 50%, 75%, de son activité, par exemple mesurée in vitro. Comme on l’entend ici l’activité de PD-L1 est de préférence une liaison à la protéine PD-1 , qui peut être mesurée comme indiqué dans l’Exemple 2 qui suit.
Acide nucléique
L’acide nucléique selon l’invention est de l’ARN ou de l’ADN, de préférence de l’ADN. On préfère que l’acide nucléique selon l’invention soit lié de manière opératoire à une séquence promotrice procaryote et/ou eucaryote, notamment de mammifère ou de virus. Par ailleurs, l’acide nucléique selon l’invention peut être inclus dans un vecteur, tel qu’un plasmide ou un virus. Anticorps, fragments d’anticorps et aptamères
Les anticorps, fragments d’anticorps, et aptamères selon l’invention son† dits être spécifiquement dirigés contre un polypeptide tel que défini ci-dessus lorsqu’ils ne présentent essentiellement pas de liaison à un autre polypeptide, qui ne comprend pas le polypeptide défini ci-dessus, dans des conditions permettant la liaison des anticorps, fragment d’anticorps, et aptamères selon l’invention aux polypeptides contre lesquels ils son† spécifiquement dirigés.
L’anticorps selon l’invention peut être polyclonal ou monoclonal, de préférence monoclonal. Par ailleurs, comme on l’entend ici, les « fragments d’anticorps » comprennent au moins une partie de liaison à l’antigène de l’anticorps don† ils son† issus, et son† notamment de type Fab, Fab’, F(ab’)2, Fv stabilisé par disulfure (dsFv), région V dimérisée (diacorps), trimérisée, tétramérisée ou pentamérisée, Fv à chaîne unique (scFv), région déterminant la complémentarité (CDR).
Les anticorps peuvent être de toute espèce, notamment humains, de souris, de ra†, de lapin ou de camélidé. Par ailleurs, lorsqu’ils ne son† pas humains, ils peuvent également être humanisés, c’est-à-dire que les parties constantes de ces anticorps son† remplacées partiellement ou en totalité par des parties constantes correspondantes humaines.
Les anticorps selon l’invention peuvent être obtenus par immunisation d’un animal à l’aide d’un polypeptide selon l’invention selon des techniques bien connues de l’homme du métier.
Comme on l’entend ici, les aptamères son† des acides nucléiques, en particulier des ARN, capables de se lier spécifiquement à une cible moléculaire, telle qu’une protéine. Les aptamères peuvent notamment être obtenus par mise en œuvre de la technique SELEX bien connue de l’homme du métier, à partir des polypeptides selon l’invention.
Utilisation thérapeutique
Maladies
De préférence, la maladie liée ou due à l’expression de la protéine PD-L1 ou de la protéine PD-1 selon l’invention est un cancer ou une maladie infectieuse.
Plus préférablement, la maladie liée ou due à la protéine PD-L1 ou à la protéine PD-1 est sélectionnée dans le groupe constitué : - du mélanome métastatique non résécable, du carcinome pulmonaire métastatique non à petites cellules avancé (NSCLC), du NSCLC métastatique avancé progressant en particulier avec ou après une chimiothérapie à base de platine, du carcinome rénal avancé, notamment métastatique, et du carcinome urothélial localement avancé ou métastatique en particulier ne répondant pas à la chimiothérapie à base de dérivés du platine, du cancer de la prostate, du cancer du sein, du cancer colo-rectal, ou tout autre cancer où l’axe PD-1 /PD-L1 est mis en jeu dans la suppression d’une réponse immunitaire anti-tumorale
- des infections bactériennes, telles que la pneumonie, la méningite, le syndrome de choc toxique, les intoxications alimentaires, la gastrite, les ulcères, la gonorrhée, les furoncles, les abcès, l’impétigo, les otites, les angines, les infections des voies urinaires e† génitales e† les infections broncho-pulmonaires,
- des infections virales, telles que la grippe, la rougeole, l’hépatite B, l’hépatite C, les infections par le virus de l’immunodéficience humaine (VIH), les infections par les virus de type Herpès comme par exemple le cytomégalovirus ou le virus d'Epsfein- Barr, l’herpès, e† les infections par le virus du papillome humain (VPH), e†
- des infections fongiques, telles que la blasfomycose, la coccidioiodomycose, rhisfoplamoseja paracoccidioiodomycose, la candidose, la cryptococcose, l’aspergillose, la mucomycose e† la pneumocystose.
Individu
Le ou les individus selon l’invention sont des animaux, de préférence des mammifères ou des marsupiaux, plus préférablement des humains, des chevaux, des bovins, des cochons, des moutons, des chèvres, des chameaux, des dromadaires, des chiens ou des chats, le plus préférablement des humains. On préférera, selon l’invention que le polypeptide selon l’invention soif dérivé d’une protéine PD-L1 appartenant à la même espèce que l’individu chez lesquels le polypeptide doit être utilisé ou administré.
Administration
De préférence, le polypeptide, la composition pharmaceutique, le médicament ou le produit selon l’invention es† administré ou sous une forme administrable par la voie orale, mucosale, notamment sublinguale, parentérale, intrapéritonéale, transcutanée, intradermique, sous-cutanée, intramusculaire, intraveineuse ou intra-artérielle.
Doses
Dans le cadre de l'invention, le polypeptide selon l'invention peut être administré à des doses allant par exemple de 1 ng à 1 g, de préférence de 1 g à 1 mg.
Véhicule pharmaceutiquement acceptable
Comme on l’entend ici, un « véhicule pharmaceutiquemen† acceptable » regroupe l’ensemble des composés, notamment les excipients, pouvant être administrés à un individu en conjonction avec un principe actif pharmacologique.
Adjuvant
Par ailleurs, notamment lorsqu'il est utilisé dans un cadre vaccinal ou prophylactique le polypeptide selon l'invention peut être associé ou combiné à un adjuvant, ou la composition pharmaceutique, le médicament ou le produit selon l’invention peut comprendre un adjuvant. L'adjuvant peut être de tout type adapté à augmenter la réponse immunitaire d'un individu, animal ou humain, à l'administration d'un polypeptide. Il peut ainsi s'agir d'adjuvant complet ou incomplet de Freund, de Monfanide ISA 51 VG, d'hydroxyde d’aluminium, de phosphate d’aluminium ou de phosphate de calcium par exemple ; le Monfanide ISA 51 VG et les hydroxydes d’aluminium ou de phosphate d’aluminium étant préférés. L'adjuvant peut être associé au polypeptide selon l'invention en réalisant un mélange 1 /1 en volume d'une solution d'adjuvant et d'une solution comprenant le polypeptide.
Autre thérapie
Comme on l’entend ici l’expression « autre thérapie » désigne une thérapie pharmacologique avec au moins un autre composé différent du polypeptide selon l’invention ou une thérapie non-pharmacologique comme par exemple une radiothérapie, notamment anti-cancéreuse. Autre composé
L’autre composé utile pour éliciter une réponse immunitaire dirigée contre la protéine PD-L1 selon l’invention peut notamment être un polypeptide différent de celui de l’invention, dérivé de la protéine PD-L1 ou un polypeptide dérivé de la protéine PD-1 .
Par ailleurs, l’autre composé destiné à la prévention ou au traitement d’une maladie liée ou due à l’expression de la protéine PD-L1 ou de la protéine PD-1 , en particulier lors d’un cancer ou d’une maladie infectieuse peu† être un composé de chimiothérapie anticancéreuse, un composé d’immunothérapie anticancéreuse, par exemple un anticorps monoclonal, un antibiotique, un antiviral, notamment de type interféron, ou un antimycotique.
En outre, notamment lorsqu’il es† utilisé dans un cadre vaccinal ou qu’il es† compris dans un vaccin ou une composition vaccinale, le polypeptide selon l’invention peu† être combiné à d’autres antigènes destinés à éliciter une réponse immunitaire contre une cible différente de la protéine PD-L1 , par exemple la protéine PD-1 . Ce type de combinaison es† utile pour la préparation de vaccins multivalents.
Comme on l’entend ici l’expression « en combinaison » ou « produit de combinaison » signifie que le polypeptide tel que défini ci-dessus e† l’autre composé tel que défini ci-dessus peuvent être associés au sein d’une même composition pharmaceutique ou d’un même médicament, e† donc être administrés ensemble, ou bien être administrés de manière séparée, c'est-à-dire selon des voies d’administration distinctes et/ou des régimes d’administration distincts, sous réserve que lorsqu’ils sont administrés de manière séparée les périodes d’activité prophylactique ou thérapeutique du polypeptide tel que défini ci-dessus e† de l’autre composé tel que défini ci-dessus se recouvrent en totalité ou en partie.
Ainsi, lorsque le polypeptide e† l’autre composé sont administrés de manière séparée, le polypeptide tel que défini ci-dessus sera de préférence administré dans les 24 heures, plus préférablement dans les 2 heures, e† encore plus préférablement dans l’heure, suivant l’administration de l’autre composé tel que défini ci-dessus, e† son administration sera éventuellement poursuivie les jours suivants. Réciproquement, l’autre composé tel que défini ci-dessus sera de préférence administré dans les 24 heures, plus préférablement dans les 2 heures, e† encore plus préférablement dans l’heure, suivant l’administration du polypeptide tel que défini ci-dessus, e† son administration sera éventuellement poursuivie les jours suivants. Dans un autre mode de réalisation préférée de l’invention, lorsque le polypeptide tel que défini ci-dessus et l’autre composé tel que défini ci-dessus sont administrés de manière séparée, ils sont administrés essentiellement simultanément.
L'invention es† davantage illustrée à l'aide des figures e† des Exemples, non limitatifs, qui suivent.
Description des figures
Figure 1
La figure 1 représente la quantité relative d’anticorps anfi-hPD-Ll (mesure de la densité optique par ELISA) présent dans le sérum (au l /500ème) de souris SWISS (n=8/groupe) immunisées avec les peptides PPV-09-01 , PPV-09-02, PPV-09-03, PPV-09- 04, PPV-09-05 ou PPV-09-06. Le trait horizontal à 0,2 unité de DO représente le seuil de significativité. Figure 2
La figure 2 représente le pourcentage de neutralisation de l’interaction PD1 /PD-L1 obtenus avec des anticorps purifiés de lapins (n=4/groupe) immunisés avec les peptides PPV-09-01 , PPV-09-02, PPV-09-03, PPV-09-04, PPV-09-05 ou PPV-09-06.
EXEMPLES
Exemple 1 : Reconnaissance de la protéine entière PD-L1 humaine fhPD-LI ) par des sérums de souris immunisées avec des peptides dérivés de hPD-LI .
Six peptides dérivés de la protéine PD-L1 humaine ont été synthétisés chimiquement, cyclisés par addition de cystéines à leurs extrémités, puis formation de ponts disulfure. Ils ont ensuite été couplés à une protéine porteuse, la CRM 197 (C- Reactive Material 197), à l’aide de l’agent de couplage GMBS.
Pour chaque conjugué, des souris SWISS (Janvier Labs, Le Genesf-Saint-lsie, France) exemptes d’organismes pathogènes spécifiques ont été immunisées par voie sous-cufanée avec 100 pg d’équivalent peptide dérivés de PD-L1 humaine (PPV-09-01 , PPV-09-02, PPV-09-03, PPV-09-04, PPV-09-05 ou PPV-09-06 ; voir Tableau 1 ) émulsionnés en adjuvant Montanide ISA 51 VG (n=8 par conjugué). Les souris ont reçu quatre injections sous-cufanées espacées de 15 jours (J0, J 15, J30 et J45).
Tableau 1 : Peptides dérivés de PD-L1 humaine utilisés pour l’immunisation
Les résidus d’acides aminés sont annotés à partir de la séquence de la protéine PD-
L 1 humaine (Swissprot Q9NZQ7 ) La quantité relative d’anticorps anti-PD-Ll es† évaluée dans les sérums de souris à J54 par ELISA (dilution au l /500ème). On observe que l’ensemble des conjugué testés engendrent des anticorps reconnaissant la protéine PD-L1 humaine (Figure 1 ). Toutefois, le conjugué PPV-09-03 es† moins immunogène que les autres.
Exemple 2 : Neutralisation de l’activité biologique de PD-L1 humaine par des anticorps purifiés à partir du sérum de lapins immunisés par les peptides dérivés de
PD-L1 humaine
La capacité neutralisante des IgG purifiées à partir du sérum des lapins (n=4/groupe) respectivement immunisés avec les peptides PPV-09-01 , PPV-09-02, PPV-09-03, PPV-09-04, PPV-09-05 ou PPV-09-06, a été évaluée dans un tes† cellulaire de neutralisation de l’interaction PD-1 /PD-L1 (Promega, J 1250). Ce tes† repose sur l’interaction entre 2 lignées cellulaires :
- une lignée de cellules effectrices Jurka† exprimant le gène PD-1 humain e† le gène de la luciférase placé sous le contrôle de l’élément de réponse NFAT-RE,
- une lignée de cellules CHO-K1 exprimant le gène PD-L1 humain e† une protéine de surface permettant d’activer les TCR d’une manière antigène-dépendante.
Lorsque les 2 lignées sont co-cultivées, l’interaction de la protéine PD-1 avec la protéine PD-L1 inhibe la signalisation via le TCR e† l’expression de la luciférase (aucune luminescence ne sera émise). En revanche, l’addition d’anticorps anti-PD- L1 neutralisant l’interaction de PD-1 avec PD-L1 va lever le signal inhibiteur, entraîner l’activation du TCR e† l’émission de luminescence.
Descriptif de l’expérience réalisée :
Mise en plaque (J l ) : ensemencement d’une plaque 96 puits à fond plat, traitée pour la culture cellulaire avec les cellules CHO-K1 . Incuber la plaque 20h à 37°C.
Incubation des échantillons e† révélation (J2) : distribution sur la plaque contenant les cellules CHO-K1 , des échantillons d’anticorps à tester ainsi que des cellules effectrices Jurka†. La plaque es† alors incubée 6h à 37°C.
Ajout dans chaque puits du réactif de révélation Bio-GIo™. Incubation de 30 minutes à température ambiante. Mesure de la luminescence à l’aide d’un luminomètre. On observe que les IgG des lapins immunisés avec les peptides PPV-09-01 , PPV-09-02, PPV-09-03, PPV-09-04, PPV-09-05 ou PPV-09-06 neutralisent l’interaction de la protéine PD-1 avec la protéine PD-L1 à des degrés variés, d’environ 10% à environ
50% ÎFiaure 2).

Claims

REVENDICATIONS
1. Polypeptide comprenant, ou constitué de :
- une première séquence constituée d’au moins 8 résidus d’acides aminés contigus choisis au sein de la séquence s’étendant des résidus d’acides aminés 55 à 67 de la protéine PD-L1 et d’au plus 30 résidus d’acides aminés contigus choisis au sein de la séquence complète de la protéine PD-L1 , ou une séquence variante présentant au moins 75% d’identité avec la première séquence ; et/ou
- une deuxième séquence constituée d’au moins 8 résidus d’acides aminés contigus choisis au sein de la séquence s’étendant des résidus d’acides aminés 85 à 101 de la protéine PD-L1 et d’au plus 30 résidus d’acides aminés contigus choisis au sein de la séquence complète de la protéine PD-L1 , ou une séquence variante présentant au moins 75% d’identité avec la deuxième séquence ; et/ou
- une troisième séquence constituée d’au moins 8 résidus d’acides aminés contigus choisis au sein de la séquence s’étendant des résidus d’acides aminés 1 1 1 à 127 de la protéine PD-L1 et d’au plus 30 résidus d’acides aminés contigus choisis au sein de la séquence complète de la protéine PD-L1 , ou une séquence variante présentant au moins 75% d’identité avec la troisième séquence ; et/ou
- une quatrième séquence constituée d’au moins 8 résidus d’acides aminés contigus choisis au sein de la séquence s’étendant des résidus d’acides aminés 138 à 156 de la protéine PD-L1 et d’au plus 30 résidus d’acides aminés contigus choisis au sein de la séquence complète de la protéine PD-L1 , ou une séquence variante présentant au moins 75% d’identité avec la quatrième séquence ; et/ou
- une cinquième séquence constituée d’au moins 8 résidus d’acides aminés contigus choisis au sein de la séquence s’étendant des résidus d’acides aminés 208 à 223 de la protéine PD-L1 et d’au plus 30 résidus d’acides aminés contigus choisis au sein de la séquence complète de la protéine PD-L1 , ou une séquence variante présentant au moins 75% d’identité avec la cinquième séquence ; et/ou
FEUILLE RECTIFIÉE (RÈGLE 91) ISA/EP sous réserve que le polypeptide soit différent de la protéine PD-L1 et qu 'il ne soif pas constitué d’une portion de plus de 30 résidus d’acides aminés contigus de la protéine PD-L1 , et
sous réserve que des polypeptides respectivement constitués des séquences variantes de la première, la deuxième, la troisième, la quatrième et la cinquième séquences permettent d’éliciter une réponse immunitaire dirigée contre la protéine PD-L1 .
2. Polypeptide selon la revendication 1 , dans lequel la première séquence, la deuxième séquence, la troisième séquence, la quatrième séquence, e† la cinquième séquence sont constituées d’au moins 12 résidus d’acides aminés contigus respectivement choisis au sein de la séquence s’étendant des résidus d’acides aminés 55 à 67, 85 à 101 , 1 1 1 à 127, 1 38 à 156, et 208 à 223 de la protéine PD-L1 .
3. Polypeptide selon la revendication 1 ou 2, dans lequel la première séquence, la deuxième séquence, la troisième séquence, la quatrième séquence, e† la cinquième séquence sont respectivement constituées au plus des résidus d’acides aminés 55 à 67, 85 à 101 , 1 1 1 à 1 27, 138 à 156, e† 208 à 223 de la protéine PD-L1 .
4. Polypeptide selon l’une des revendications 1 à 3, dans lequel la protéine PD-L1 est sélectionnée dans le groupe constitué de la protéine PD-L1 humaine, de la protéine PD-L 1 de souris, de la protéine PD-L1 de singe, de la protéine PD-L1 de cheval, de la protéine PD-L1 de bovin, de la protéine PD-L1 de cochon, de la protéine PD-L1 de mouton, de la protéine PD-L1 de chèvre, de la protéine PD-L1 de chameau e† de la protéine PD-L1 de dromadaire, de la protéine PD-L1 de chien, e† de la protéine PD-L1 de chat.
5. Polypeptide selon l’une des revendications 1 à 4, dans lequel la protéine PD-L1 est la protéine PD-L1 humaine.
6. Polypeptide selon l’une des revendications 1 à 5, dans lequel :
- la première séquence est constituée de SEQ ID NO : 1 , 51 , 52, ou 53,
- la deuxième séquence es† constituée de SEQ ID NO : 2, 54 ou 55,
- la troisième séquence est constituée de SEQ ID NO : 3, 56, 57, 58 ou 59,
FEUILLE RECTIFIÉE (RÈGLE 91) ISA/EP - la quatrième séquence est constituée de SEQ ID NO : 4 ou 60, et
- la cinquième séquence est constituée de SEQ ID NO : 5, 61 ou 62.
7. Polypeptide selon l’une des revendications 1 à 6, dans lequel le polypeptide est sous forme cyclisée.
8. Polypeptide selon l’une des revendications 1 à 7, dans lequel le polypeptide est lié à une molécule porteuse.
9. Acide nucléique codant pour un polypeptide tel que défini dans l’une des revendications 1 à 8, ou le complémentaire de celui-ci.
10. Composition pharmaceutique comprenant, à titre de substance active :
- au moins un polypeptide tel que défini dans l’une des revendications 1 à 8, ou
- au moins un acide nucléique tel que défini dans la revendication 9,
éventuellement en association avec au moins un véhicule pharmaceufiquement acceptable.
11. Utilisation d’un polypeptide tel que défini dans l’une des revendications 1 à 8, pour la préparation d’un anticorps, d’un fragment d’anticorps ou d’un apfamère.
12. Anticorps, fragment d’anticorps, ou aptamère anti-PD-L l spécifiquement dirigé contre le polypeptide tel que défini dans l’une des revendications 1 à 7, sous réserve que le polypeptide ne comprenne pas plus de deux résidus d’acides aminés en plus de la première, de la deuxième, de la troisième, de la quatrième ou de la cinquième séquence ou de leurs séquences variantes respectives.
13. Anticorps, fragment d’anticorps, ou aptamère selon la revendication 12, pour une utilisation à titre de médicament.
14. Polypeptide tel que défini dans l’une des revendications 1 à 8, acide nucléique tel que défini dans la revendication 9, ou composition pharmaceutique telle que définie dans la revendication 1 0, pour une utilisation dans une méthode pour élicifer une réponse immunitaire dirigée contre la protéine PD-L1 chez un individu.
FEUILLE RECTIFIÉE (RÈGLE 91) ISA/EP
15. Polypeptide tel que défini dans l’une des revendications 1 à 8, acide nucléique tel que défini dans la revendication 9, composition pharmaceutique telle que définie dans la revendication 10, ou anticorps, fragment d’anticorps ou apfamère tel que défini dans la revendication 1 3, pour une utilisation dans une méthode de prévention ou de traitement d’une maladie liée ou due à l’expression de la protéine PD-L1 ou de la protéine PD-1 chez un individu.
16. Polypeptide, acide nucléique, composition pharmaceutique, ou anticorps, fragment d’anticorps ou apfamère pour une utilisation selon la revendication 15, dans laquelle la maladie es† liée ou due l’expression de la protéine PD-1 ou de la protéine PD-L1 est un cancer ou une maladie infectieuse.
17. Polypeptide, acide nucléique, composition pharmaceutique, ou anticorps, fragment d’anticorps ou aptamère pour une utilisation selon la revendication 1 5 ou 1 6, dans laquelle la maladie liée ou due à l’expression de la protéine PD-L1 ou de la protéine PD-1 , es† sélectionnée dans le groupe constitué :
- du mélanome métastatique non résécable, du carcinome pulmonaire métastatique non à petites cellules avancé (NSCLC), du NSCLC métastatique avancé progressant en particulier avec ou après une chimiothérapie à base de platine, du carcinome rénal avancé, notamment métastatique, et du carcinome urothélial localement avancé ou métastatique en particulier ne répondant pas à la chimiothérapie à base de dérives du platine, du cancer de la prostate, du cancer du sein, du cancer colo rectal, ou tout autre cancer où l’axe PD-1 -PD-L1 est mis en jeu dans la suppression d’une réponse immunitaire anti-tumorale
- des infections bactériennes, telles que la pneumonie, la méningite, le syndrome de choc toxique, les intoxications alimentaires, la gastrite, les ulcères, la gonorrhée, les furoncles, les abcès, l’impétigo, les otites, les angines, les infections des voies urinaires et génitales et les infections broncho-pulmonaires,
- des infections virales, telles que la grippe, la rougeole, l’hépatite B, l’hépatite C, les infections par le virus de l’immunodéficience humaine (VIH), les infections par les virus de type Herpès comme par exemple le cytomégalovirus ou le virus d'Epstein-Barr, l’herpès, et les infections par le virus du papillome humain (VPH), e†
FEUILLE RECTIFIÉE (RÈGLE 91) ISA/EP - des infections fongiques, telles que la blasfomycose, la coccidioiodomycose, l'histoplamose, la paracoccidioiodomycose, la candidose, la crypfococcose, l’aspergillose, la mucomycose et la pneumocystose.
FEUILLE RECTIFIÉE (RÈGLE 91) ISA/EP
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