DK3109324T3 - Fremgangsmåde til detektion af kromosomafvigelser - Google Patents

Claims (15)

1. Fremgangsmåde til detektion af mindst to chromosomafvigelser der er forskellige fra hinanden ved hjælp af Zn-s/Zu-hybridisering ved midler til detektion af chro-mosom- og/eller DNA-områder i en biologisk prøve, kendetegnet ved, at Zn-sZZu-hybridiseringen udføres som interfase-Zn-sZfu-hybridisering, at Zn-sZfu-hybridiseringen udføres med mindst tre locusspecifikke hybridiserings-prober, som er forskellige fra hinanden og mærket med en første detektionslabel, i hvert tilfælde, hvor, især til generering af mindst et blandet signal, mindst en af de locusspecifikke hybridiseringsprober er mærket med mindst en yderligere detektionslabel, der er forskellig fra den første detektionslabel, baseret på den respektive locusspecifikke hybridiseringsprobe, således at et signalmønster genereres, og at eksisterende chromosomafvigelser identificeres under anvendelse af signalmønsteret og/eller tildeles til et chromosomområde og/eller DNA-område, hvor hybridiseringsproberne er mærket direkte med detektionslabelerne.

2. Fremgangsmåden ifølge krav 1, hvor chromosomafvigelserne er chromosomafvigelser, som er uafhængige af hinanden og/eller hvor chromosomafvigelserne ikke er reciprokke.

3. Fremgangsmåde ifølge krav 1 eller 2, hvor mærkningen af yderligere locusspecifikke hybridiseringsprober finder sted med den mindst ene yderligere detektionslabel, hvor de locusspecifikke hybridiseringsprober, som er mærket med yderligere detektionslabels, frembringer blandede signaler der i hvert tilfælde adskiller sig fra hinanden i signalmønsteret, og/eller hvor mærkningen af yderligere locusspecifikke hybridiseringsprober finder sted med den mindst ene yderligere detektionslabel, hvor et blandet signal, der er specifikt for et chromosomområde og/eller DNA-område, genereres i signalmønsteret af hver lokalspecifik hybridiseringsprobe, der er mærket med mindst en yderligere detektionslabel; og hvor mindst to yderligere locusspecifikke hybridiseringsprober er mærket med mindst en yderligere detektionslabel, som er forskellig fra den første detektions-label og/eller hvor blandede signaler, der er specifikke for et chromosomområde og/eller DNA-område, genereres i signalmønsteret ved hjælp af mindst to yderligere locusspecifikke hybridiseringsprober.

4. Fremgangsmåde ifølge et af de foregående krav, hvor to locusspecifikke hybridiseringsprober hver flankerer et chromosomområde, hvor de locusspecifikke hybridiseringsprober, der flankerer et chromosomområde hver er mærket med detektionslabels, som er forskellige fra hinanden, således at et fusionssignal genereres i signalmønsteret ved hjælp af hver af de locusspecifikke hybridiseringsprober, som flankerer et chromosomområde.

5. Fremgangsmåden ifølge krav 4, hvor der anvendes mindst seks forskellige locusspecifikke hybridiseringsprober, hvor hver to locusspecifikke hybridiseringsprober hver flankerer et chromosomområde og hvor mærkning af yderligere locusspecifikke hybridiseringsprober med mindst en yderligere detektionslabel, der er forskellig fra den første, finder sted på en sådan måde, at der i signalmønstret ved anvendelse af fusionssignaler og blandede signaler kan identificeres og/eller tildeles hvert flankeret chromosomområde og/eller hvert chromosomområde og/eller DNA-område der skal detekteres.

6. Fremgangsmåde ifølge krav 4 eller 5, hvor (a) en første locusspecifik hybridiseringsprobe der er mærket med en detektionslabel A og en anden locusspecifik hybridiseringsprobe, der er mærket med en detektionslabel B flankerer et chromosomområde og genererer et fusionssignal A-B i signalmønsteret der er genereret ved hjælp af /n-s/fu-hybridisering, (b) 2 til 12 yderligere locusspecifikke hybridiseringsprober flankerer op til seks yderligere chromosomområder, hvor også hver af de to locusspecifikke hybridiseringsprober, der flankerer et chromosomområde, også i hvert tilfælde er mærket med en detektionslabel A og i hver af de to locusspecifikke hybridiseringsprober, der flankerer et chromosomområde, er mærket med en detektionslabel B, således at de locusspecifikke hy-bridiseringsprober der flankerer et chromosomområde, hver genererer et fusionssignal A-B i signalmønstret der er frembragt ved /n-s/fu-hybridise-ring, og (c) mindst en af de lokusspecifikke hybridiseringsprober er mærket med mindst en yderligere detektionslabel X, således at de lokusspecifikke hybridiseringsprober der er mærket med mindst en yderligere detektionslabel genererer fusionssignaler og blandede signaler A-B/X i signalmønsteret der er genereret ved hjælp af /n-s/fu-hybridisering, hvor fusionssignalerne og de blandede signaler A-B/X ved chromosomafvigelser ændres til blandede signaler A/X og/eller B/X i signal mø nsteret der er frembragt ved /n-s/fu-hybridisering og/eller hvor fusionssignalerne A-B ved chromosomafvigelser ændres til enkeltsignaler A og/eller B i signalmønsteret der er frembragt ved hjælp af /n-s/fu-hybridisering, således at chromosomafvigelser tildeles et chromosomområde og/eller DNA-om-råde og/eller et chromosomområde, der er flankeret af to locusspecifikke hybridiseringsprober under anvendelse af signalmønsteret der er frembragt ved hjælp af /n-s/fu-hybridisering; hvor, i et første trin, fusionssignalerne der er frembragt af de første detektionsla-bels detekteres og/eller analyseres, og, i et efterfølgende trin, hvis enkeltsignaler forekommer, detektion og/eller analyse af de blandede signaler og deres tildeling til det detekterede chromosomområde og/eller DNA-område finder sted, og/eller hvor detektion af signal mø nsteret finder sted ved hjælp af computerassisteret analyse.

7. Fremgangsmåde ifølge et af de foregående krav, hvor de locusspecifikke hybridiseringsprober hver dannes af et antal nucleinsyrefragmenter ("probefrag-menter"), som hver især dækker chromosomområdet og/eller DNA-området der skal detekteres.

8. Fremgangsmåde ifølge et af de foregående krav, (i) hvor individuelle nucleinsyrefragmenter af en hybridiseringsspecifik probe er mærket med kun en detektionslabel, og (ii) hvor individuelle nucleinsyrefragmenter af en hybridiseringsspecifik probe er mærket med multiple detektionslabels, som er forskellige fra hinanden, hvor også kombinationer af mulighederne ifølge (i) og (ii) fører til blandede signaler.

9. Fremgangsmåden ifølge et af de foregående krav, hvor /n-s/fu-hybridiseringen finder sted med direkte mærkning af hybridiseringsproberne, og hvor in-situ-hy-bridiseringen finder sted med mærkning af hybridiseringsproberne med fluorescensfarvestoffer.

10. Sammensætning til detektion af mindst to chromosomafvigelser som er forskellige fra hinanden, ved hjælp af /n-s/fu-hybridisering, hvor sammensætningen omfatter mindst tre locusspecifikke hybridiseringsprober, som er forskellige fra hinanden og hver mærket med en første detektionslabel, og hvor mindst en af de lokusspecifikke hybridiseringsprober er mærket med en yderligere detektionslabel, som er forskellig fra den første, der er baseret på den respektive locusspecifikke hybridiseringsprobe, hvor hybridiseringsproberne mærkes direkte med detektionslabels.

11. Sammensætning til anvendelse ved diagnose og/eller prognose af sygdomme, der er forbundet med chromosomafvigelser, hvilke sygdomme er valgt fra gruppen, der består af maligniteter, fortrinsvis carcinomer, sarcomer og/eller leukæmier, hvor sammensætningen omfatter mindst tre locusspecifikke hybridiseringsprober, der er forskellige fra hinanden og mærket med en første detektionslabel i hvert tilfælde og hvor mindst en af de lokusspecifikke hybridiseringsprober er mærket med mindst en yderligere detektionslabel, der er forskellig fra den første, som er baseret på den respektive locusspecifikke hybridiseringsprobe, hvor hybridiseringsproberne mærkes direkte med detektionslabelerne.

12. Anvendelse af en sammensætning ifølge krav 10 til detektion af chromosomafvigelser ved hjælp af /n-s/fu-hybridisering, især ved hjælp af fremgangsmåden ifølge et af kravene 1 til 9.

13. Anvendelse af mindst tre locusspecifikke hybridiseringsprober, som er forskellige fra hinanden, hver mærket med en første detektionslabel, hvor mindst en af de lokusspecifikke hybridiseringsprober er mærket med mindst en yderligere detektionslabel, der er forskellig fra den første som er baseret på den respektive locusspecifikke hybridiseringsprobe, fortrinsvis inden for omfanget af en fremgangsmåde ifølge et af kravene 1 til 9, til diagnose og/eller prognose af sygdomme, der er forbundet med chromosomafvigelser, især maligniteter, fortrinsvis carcinomer, sarcomer og/eller leukæmier, især fortrinsvis lungetumorer, lymfo-mer, leukæmier, sarcomer, mamma-carcinomer og/eller tyktarmscancer.

14. Kit til påvisning af mindst to chromosomafvigelser som er forskellige fra hinanden, ved hjælp af /n-s/fu-hybridisering, hvilket kit omfatter mindst tre locusspecifikke hybridiseringsprober, som er forskellige fra hinanden, hver mærket med en første detektionslabel, hvor mindst en af de locusspecifikke hybridiseringsprober er mærket med mindst en yderligere detektionslabel, som er forskellig fra den første, der er baseret på den respektive hybridiseringsprobe, hvilke hybridiseringsprober er mærket direkte med detektionslabelerne.

15. Kittet ifølge krav 14, hvor de mindst tre lokusspecifikke hybridiseringsprober som er forskellige fra hinanden, er til stede i en fælles sammensætning.