DK2388319T3 - Fremgangsmåder til bestemmelse af insekthabitater. - Google Patents

Fremgangsmåder til bestemmelse af insekthabitater. Download PDF

Info

Publication number
DK2388319T3
DK2388319T3 DK09816101.1T DK09816101T DK2388319T3 DK 2388319 T3 DK2388319 T3 DK 2388319T3 DK 09816101 T DK09816101 T DK 09816101T DK 2388319 T3 DK2388319 T3 DK 2388319T3
Authority
DK
Denmark
Prior art keywords
nucleotide
type
dna
nucleotide sequence
seq
Prior art date
Application number
DK09816101.1T
Other languages
English (en)
Inventor
Hiromasa Yamauchi
Original Assignee
Suntory Holdings Ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Suntory Holdings Ltd filed Critical Suntory Holdings Ltd
Application granted granted Critical
Publication of DK2388319T3 publication Critical patent/DK2388319T3/da

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/172—Haplotypes

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Claims (10)

1. Fremgangsmåde til opstilling af et kriterium til bestemmelse af habitatet for Tribo-lium castaneum eller Rhyzopertha dominica på grundlag af enkeltnukleotidpolymorfismer, hvilken fremgangsmåde omfatter følgende trin: (a) at bestemme DNA-nukleotidsekvenserne for et eller flere insekter fra to eller flere habitater; (b) at oplægge nukleotidsekvenserne bestemt i trin (a) sammenlignende; (c) at fjerne positioner bestående af et eller flere nukleotider, der er bevaret i alle de i trin (b) oplagte sekvenser, fra nukleotidsekvenserne; (d) at definere alle eller en del af de tilbageværende positioner efter fjernelsen i trin (c) som type-særegne positioner; (e) at sammenligne nukleotider svarende til hinanden i de type-særegne positioner opnået i trin (d) med henblik på fuldstændigt at klassificere identiske type-særegne positioner som samme type og ikke fuldt identiske type-særegne positioner som en eller flere forskellige typer; og (f) at bestemme habitatet for hver type klassificeret i trin (e) på grundlag af habitaterne hos insekter hørende til hver enkelt type og derved definere den type-særegne position for hver enkelt type som et kriterium, hvor DNA er mitokondriecytokromoxidaseunderenhed 1-genet (COl) og/eller NADH-dehydrogenaseunderenhed 5-genet (ND5), og hvor den type-særegne position er mindst en blandt følgende gruppe med hensyn til habitatet for Tribolium castaneum: (1) en type-særegen position kendetegnet ved et eller flere træk blandt de følgende: det 229. nukleotid talt fra 5'-enden af nukleotidsekvensen vist i SEQ ID NO:l er G, det 253. nukleotid er T, og det 298. nukleotid er G og/eller en type-særegen position kendetegnet ved følgende: det 248. nukleotid talt fra 5'-enden af nukleotidsekvensen vist i SEQ ID NO:8 er A; (2) en type-særegen position kendetegnet ved et eller flere træk blandt de følgende: det 121. nukleotid talt fra 5'-enden af nukleotidsekvensen vist i SEQ ID NO:2 er G, og det 331. nukleotid er G, og/eller en type-særegen position kendetegnet ved et eller flere af de følgende træk: det 248. nukleotid talt fra 5'-enden af nukleotidsekvensen vist i SEQ ID NO:9 er G, og det 308. nukleotid er A; (3) en type-særegen position kendetegnet ved følgende: det 370. nukleotid talt fra 5'-enden af nukleotidsekvensen vist i SEQ ID NO:3 er C, og/eller en type-særegen position kendetegnet ved et eller flere af de følgende træk: det 359. nukleotid talt fra 5'-enden af nukleotidsekvensen vist i SEQ ID NO: 10 er A, og det 419. nukleotid er A; (4) en type-særegen position kendetegnet ved følgende: det 121. nu- kleotid talt fra 5'-enden af nukleotidsekvensen vist i SEQ ID NO:4 er A, og/eller en type-særegen position kendetegnet ved et eller flere af følgende træk: det 248. nukleotid talt fra 5'-enden af nukleotidsekvensen vist i SEQ ID NO:9 er G, og det 308. nukleotid er A; (5) en type-særegen position kendetegnet ved følgende: det 370. nukleotid talt fra 5'-enden af nukleotidsekvensen vist i SEQ ID NO:5 er C, og/eller en type-særegen position kendetegnet ved et eller flere træk blandt de følgende: det 248. nukleotid talt fra 5'-enden af nukleotidsekvensen vist i SEQ ID NO:9 er G, og det 308. nukleotid er A; (6) en type-særegen position kendetegnet ved et eller flere træk blandt de følgende: det 22. nukleotid talt fra 5'-enden af nukleotidsekvensen vist i SEQ ID NO:6 er T, det 142. nukleotid er G, og det 317. nukleotid er C og/eller en type-særegen position kendetegnet ved et eller flere træk blandt de følgende: det 200. nukleotid talt fra 5'-enden af nukleotidsekvensen vist i SEQ ID NO: 11 er T, det 248. nukleotid er G, det 308. nukleotid er C, det 359. nukleotid er G, og det 419. nukleotid er G; (7) en type-særegen position kendetegnet ved følgende: det 317. nukleotid talt fra 5'-enden af nukleotidsekvensen vist i SEQ ID NO:7 er T, og/eller en type-særegen position kendetegnet ved følgende: det 200. nukleotid talt fra 5'-enden af nukleotidsekvensen vist i SEQ ID NO: 12 er C; og hvor den type-særegne position er følgende for habitatet for Rhy-zopertha dominica: (8) en type-særegen position kendetegnet ved følgende: det 160. nukleotid talt fra 5'-enden af nukleotidsekvensen vist i SEQ ID NO:34 er T.
2. Fremgangsmåde ifølge krav 1, hvilken fremgangsmåde yderligere omfatter følgende trin ud over trinnene defineret i krav 1: (g) at sammenligne nukleotider svarende til hinanden med hensyn til kriterierne opnået i trin (f) som defineret i krav 1 med henblik på uddragelse af et eller flere nukleotider, der kun forekommer hos en type men ikke hos de andre typer; og (h) at definere et eller flere af nukleotiderne uddraget i trin (g) alene eller i kombination som et område-særegent kriterium.
3. Fremgangsmåde til bestemmelse af habitatet for et prøveinsekt, hvilken fremgangsmåde omfatter at bestemme nukleotidsekvenspolymorfismen efter fremgangsmåden ifølge krav 1, at sammenligne nukleotidsekvensen for et område, der har et kriterium baseret på enkeltnukleotidpolymorfismer opnået ved fremgangsmåden ifølge krav 1 eller 2, og en nukleotidsekvens svarende til nukleotidsekvensen for et område, der har kriteriet i en nukleotidsekvens opnået fra prøveinsektet, og at analysere, hvorvidt et nukleotid i positionen svarende til kriteriet i nukleotidsekvensen fra prøven er identisk med kriteriets nukleotid eller ej og derved bestemme prøvens habitat, hvor prøveinsektet er Tribolium castaneum eller Rhyzopertha dominica.
4. Fremgangsmåde ifølge krav 3, hvor fremgangsmåden omfatter følgende trin: at gemme en kriterietabel indeholdende data repræsenterende nukleotidet for et kriterium opnået ved fremgangsmåden ifølge krav 1 eller 2 og data repræsenterende placeringen af nukleotidet i nukleotidsekvensen på en computer, hvor et computerprogram til analyse kører, at gemme en prøvenukleotidsekvensliste indeholdende data repræsenterende et nukleotid opnået fra prøveinsektet, og at tillade computeren at sammenligne data repræsenterende nukleotider i de tilsvarende positioner i nukleotidsekvenserne mellem prøve-nukleotidsekvenslisten og kriterietabellen ved at henholde sig til data repræsenterende placeringen i nukleotidsekvensen i kriterietabellen.
5. Fremgangsmåde ifølge krav 1 til bestemmelse af, hvorvidt habitatet for Tribolium castaneum er den japanske hovedø, hvor et eller flere af de følgende kriterier er opfyldt: det 229. nukleotid talt fra 5'-enden af nukleotidsekvensen afledt fra Tribolium castaneum-COl-genet vist i SEQ ID NO:l er G, det 253. nukleotid er T, og det 298. nukleotid er G, og/eller det 248. nukleotid talt fra 5'-enden af nukleotidsekvensen afledt fra Tribolium castaneum-ND5-genet vist i SEQ ID NO:8 er A.
6. Primer eller probe omfattende mindst et af nukleotiderne, der udgør et kriterium frembragt ved fremgangsmåden ifølge et hvilket som helst af kravene 1-4, hvor primeren eller proben omfatter en nukleinsyre vist i SEQ ID NO: 17-29.
7. Fremgangsmåde ifølge krav 3, hvor primeren og/eller proben ifølge krav 6 anvendes, idet fremgangsmåden omfatter følgende trin: (a) at ekstrahere DNA fra et prøveinsekt; (b) at bringe det i trin (a) ekstraherede DNA i kontakt med primeren og/eller proben ifølge krav 6; (c) at opformere et DNA-fragment; og (d) at bestemme habitatet for prøveinsektet.
8. Fremgangsmåde ifølge krav 3, hvor primeren og proben ifølge krav 6 anvendes, idet fremgangsmåden omfatter følgende trin: (a) at ekstrahere DNA fra et prøveinsekt; (b) at bringe det i trin (a) ekstraherede DNA i kontakt med primeren og proben ifølge krav 6; (c) at opformere et DNA-fragment under anvendelse af realtids-PCR; (d) at påvise et fluorescerende stof, hvormed proben på forhånd er blevet mærket; og (e) at bestemme prøveinsektets habitat.
9. Fremgangsmåde ifølge krav 3, hvor primeren ifølge krav 6 anvendes til at bestemme, hvorvidt habitatet for Tribolium castaneum er den japanske hovedø, hvilken fremgangsmåde omfatter følgende trin: (a) at ekstrahere DNA fra en prøve af Tribolium castaneum; (b) at bringe det i trin (a) ekstraherede DNA i kontakt med primeren ifølge krav 6; (c) at opformere et DNA-fragment; og (d) at bestemme, hvorvidt prøven af Tribolium castaneum er Tribolium castaneum, der hører til på den japanske hovedø, eller Tribolium castaneum, der hører til i et andet område.
10. Fremgangsmåde ifølge krav 3, hvor proben ifølge krav 6 og et par primere med evne til at opformere den af disse flankerede, mellemliggende probe anvendes, hvilken fremgangsmåde omfatter følgende trin: (a) at ekstrahere DNA fra et prøveinsekt; (b) at bringe DNA ekstraheret i trin (a) i kontakt med proben ifølge krav 6 og et par primere med evne til at opformere den af disse flankerede, mellemliggende probe; (c) at opformere et DNA-fragment under anvendelse af realtids-PCR; (d) at påvise et fluorescerende stof, med hvilket proben er blevet mærket på forhånd; og (e) at bestemme habitatet for prøveinsektet.
DK09816101.1T 2008-09-26 2009-09-17 Fremgangsmåder til bestemmelse af insekthabitater. DK2388319T3 (da)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP2008249148 2008-09-26
PCT/JP2009/066253 WO2010035686A1 (ja) 2008-09-26 2009-09-17 昆虫の生息地域特定方法

Publications (1)

Publication Number Publication Date
DK2388319T3 true DK2388319T3 (da) 2015-08-17

Family

ID=42059687

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
DK09816101.1T DK2388319T3 (da) 2008-09-26 2009-09-17 Fremgangsmåder til bestemmelse af insekthabitater.

Country Status (9)

Country Link
US (1) US9624550B2 (da)
EP (1) EP2388319B1 (da)
JP (2) JP5973133B2 (da)
CN (1) CN101712991B (da)
AU (1) AU2009297666B2 (da)
CA (1) CA2737903C (da)
DK (1) DK2388319T3 (da)
ES (1) ES2543455T3 (da)
WO (1) WO2010035686A1 (da)

Families Citing this family (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN104894117A (zh) * 2015-05-28 2015-09-09 中国农业大学 用于鉴定六种拟谷盗类储粮害虫的实时荧光pcr检测试剂盒
JP6744015B2 (ja) * 2016-02-19 2020-08-19 株式会社ハウス食品分析テクノサービス 異物の混入時期推定方法
CN106868195A (zh) * 2017-04-17 2017-06-20 李凯兵 鉴定Pirangoclytus triangularis的特异性引物和方法及应用

Family Cites Families (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
AU2003236851A1 (en) * 2002-05-02 2003-11-17 Develogen Aktiengesellschaft Fur Entwicklungsbiologische Forschung Proteins involved in the regulation of energy homeostasis
JP5036272B2 (ja) * 2006-10-20 2012-09-26 サントリーホールディングス株式会社 昆虫を分類レベルで識別するためのメルクマールの策定方法
CN101130815B (zh) * 2007-09-18 2010-07-21 中国科学院南海海洋研究所 华南沿海七种巨蛎属牡蛎的pcr-rflp鉴别方法

Also Published As

Publication number Publication date
WO2010035686A1 (ja) 2010-04-01
EP2388319A1 (en) 2011-11-23
CN101712991B (zh) 2016-03-16
CA2737903C (en) 2019-09-24
JP5973133B2 (ja) 2016-08-23
EP2388319A4 (en) 2012-07-11
EP2388319B1 (en) 2015-06-17
AU2009297666B2 (en) 2015-12-24
JP2015154772A (ja) 2015-08-27
AU2009297666A1 (en) 2010-04-01
ES2543455T3 (es) 2015-08-19
US9624550B2 (en) 2017-04-18
US20110229901A1 (en) 2011-09-22
CA2737903A1 (en) 2010-04-01
CN101712991A (zh) 2010-05-26
JPWO2010035686A1 (ja) 2012-02-23

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Meudt et al. Almost forgotten or latest practice? AFLP applications, analyses and advances
Singh et al. Use of multiplex terminal restriction fragment length polymorphism for rapid and simultaneous analysis of different components of the soil microbial community▿
Mueller et al. AFLP genotyping and fingerprinting
CN106282394A (zh) 高通量检测玉米南方锈病抗性基因分型的方法及其试剂盒
OLANO‐MARIN et al. A genome‐wide set of 106 microsatellite markers for the blue tit (Cyanistes caeruleus)
Jiang et al. A high‐throughput detection method for invasive fruit fly (D iptera: T ephritidae) species based on microfluidic dynamic array
CN116287354A (zh) 检测玉米细菌性枯萎病菌的方法及试剂盒
DK2388319T3 (da) Fremgangsmåder til bestemmelse af insekthabitater.
Kamara et al. Microsatellite marker-based genetic analysis of relatedness between commercial and heritage turkeys (Meleagris gallopavo)
Taris et al. Sequence polymorphism can produce serious artefacts in real-time PCR assays: hard lessons from Pacific oysters
Nazari et al. Assessment of genetic markers for multilocus sequence typing (MLST) of Fasciola isolates from Iran
US20090208950A1 (en) Methods of identifying an organism from a heterogeneous sample
Akwani et al. The use of comparative genomic analysis for the development of subspecies-specific PCR assays for mycobacterium abscessus
WO2019117704A1 (en) Methods for detecting pathogenicity of ganoderma sp.
WO1999012031A1 (en) A method of genotyping
CN109486988A (zh) 高通量检测玉米抗茎腐病基因分型的方法及其试剂盒
Amaradasa et al. AFLP fingerprinting for identification of infra-species groups of Rhizoctonia solani and Waitea circinata
Sharma et al. Genetic variation in sugarcane cultivars for red rot resistance revealed by resistant gene analog polymorphism markers
Shahid et al. Genetic determination of potential Trichoderma species using ISSR (Microsatellite) marker in Uttar Pradesh
CN114277185B (zh) 一种腺病毒的mnp标记组合、引物对组合、试剂盒及其应用
CN107312819B (zh) 用于转基因大米科丰6号品系特异性基因成分精准定量检测的引物探针、试剂盒及方法
Murphy et al. Seed protein biotyping in Amaranthus species: a tool for rapid identification of weedy amaranths of concern
CN117143871A (zh) 水稻谷枯病菌CRISPR-Cas12a的快速检测方法、其组合产品及试剂盒
CN116555270A (zh) 水稻白叶枯病菌CRISPR-Cas12a的快速检测方法、其组合产品及试剂盒
CN115927677A (zh) 基于特异序列标签的类鼻疽伯克霍尔德菌的检测方法与应用