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Die
meisten höheren
Pflanzen sind in irgendeinem Stadium ihres Lebenszyklus zumindest vorübergehenden
Abnahmen am relativen Wassergehalt ausgesetzt und haben daher mehrere
Mechanismen zum Schutz vor Austrocknung entwickelt. Wenn sich jedoch
die Änderung
im Wassermangel in die Länge
zieht, können
die Auswirkungen auf das Pflanzenwachstum und Entwicklung tief greifend sein.
Ein aufgrund von Trockenheit, Kälte
oder Salz Beanspruchung bzw. Stress abgenommener Wassergehalt schädigt die
Pflanzenzellen irreparabel, was wiederum das Pflanzenwachstum und
die Produktivität
der Frucht bzw. Feldfrucht begrenzt.
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Die
Reaktion der Pflanzen auf widrige Bedingungen von Trockenheit, Salzgehalt
und Kälte
besteht in einer Vielzahl von morphologischen und physiologischen Änderungen.
Obwohl unser Verständnis der
pflanzlichen Toleranzmechanismen auf diese Beanspruchung bruchstückhaft ist,
wurde vorgeschlagen, dass das Pflanzenhormon Abscisinsäure (ABA) ein
essentieller Mediator zwischen umweltbedingtem Reiz und pflanzlichen
Reaktionen ist. Als Reaktion auf Wassermangel erhöht sich
das ABA Niveau und exogen angewandtes ABA ahmt viele der normalerweise
durch Wasserbeanspruchung induzierten Reaktionen nach. Wenn einmal
ABA synthetisiert wird, verursacht es das Verschließen der
Blattstomata, wodurch der Wasserverlust aufgrund Transpiration abnimmt.
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Die
Bestimmung von Genen, die ABA in eine zelluläre Reaktion überführen, eröffnet die
Möglichkeit
diese Regulatoren zu erforschen, um die Toleranz gegenüber Austrocknung
von Fruchtarten zu erhöhen.
Im Grunde genommen können
diese ABA Signalgene mit den geeigneten Steuerelementen gekoppelt
werden, um ein bestmögliches
Pflanzenwachstum und Entwicklung zu ermöglichen. Daher würden diese
Gene nicht nur das genetische Maßschneidern von Früchten ermöglichen,
um vorübergehenden
umweltbedingten Einflüssen
zu widerstehen, sie sollten ebenso die Umweltbereiche ausweiten
in denen gewöhnliche
Früchte
angebaut werden können.
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Darüber hinaus
ist wenig von den genetischen Mechanismen bekannt, die das Pflanzenwachstum
und die Entwicklung steuern. Gene, die weiterhin andere metabolische
Vorgänge
wie Alterung und Wachstumsgewohnheiten der Pflanzen beeinflussen,
können
bei einer großen
Vielzahl von Früchten
und gartenbaulichen Pflanzen von Nutzen sein.
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Diese
Erfindung betrifft ein Verfahren zur Steigerung der Trockenheitstoleranz
von Pflanzen, wie es in den beigefügten Ansprüchen festgelegt ist. Weiterhin
findet die vorliegende Erfindung Verwendung bei der Steuerung von
regulatorischen Funktionen in photosynthetischen Organismen; beispielsweise
bei der Steuerung von Wachtumsgewohnheiten, des Blühens, Samenerzeugung,
Samenkeimung und Alterung in derartigen Organismen.
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Diese
Erfindung beruht auf einem Verfahren zur Erhöhung der Trockenheitstoleranz
von Pflanzen durch Änderungen
in isolierten oder rekombinanten Nukleinsäuren, die eine Farnesyltransferase
(Ftase) Protein oder sein funktionelles Gegenstück kodieren.
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Die
Erfindung betrifft ebenso eine transgene Pflanze, die durch ein
erfindungsgemäßes Verfahren und
einen transgenen Samen erhalten werden kann, der aus der transgenen
Pflanze erhalten werden kann.
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Die 1A–1C zeigen
die Nukleinsäuresequenz
des ERA1 Gens (SEQ ID NO: 1), in dem die Introns unterstrichen sind
und sich das Startkodon (ATG) in den Nukleinsäure-Positionen 1–3 befindet.
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Die 2 zeigt
die Aminosäuresequenz
des ERA1 Proteins (SEQ ID NO: 2).
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Die 3A–3B zeigen
die Nukleinsäuresequenz
des ERA1 Promotors (SEQ ID NO: 3).
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Die 4 zeigt
die Aminosäuresequenz
der β Untereinheit
Farnesylierungsdomäne
von Arabidopsis (Arab.) (SEQ ID NO: 2) mit der β Untereinheit Farnesylierungsdomänen der
Erbse (SEQ ID NO: 4), Hefe (SEQ ID NO: 5) und Ratte (SEQ ID NO:
6) ausgerichtet (aligned). Reste, die zu der Arabidopsis Sequenz
identisch sind, werden mit einem Punkt angezeigt. Ein Strich zeigt
eine Lücke
an. Die Aminosäurepositionen
des Arabidopsis Gens werden auf der rechten Seite angezeigt.
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Die 5 zeigt
eine Photographie einer eral-transformierten Arabidopsispflanze
(rechts) im Vergleich zu der Wildtyp (Kontrolle; d. h. natürlich vorkommenden)
Pflanze (links) unter extrem trockenen Bedingungen.
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Die 6 zeigt
eine graphische Darstellung, die den Wassergehalt von Arabidopsispflanzen (rechts)
mit inaktivierter oder mutierter Ftase Aktivität (M. Columbia, era 1–2) und
Kontrollen (M. C. Kontrolle, era 1–2 Kontrolle) vergleicht.
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Die 7 zeigt
eine graphische Darstellung, die die Rate des Wasserverlusts für die Arabidopsispflanzen
mit inaktivierter oder mutierter Ftase Aktivität (M. Columbia, era 1–2) und
Kontrollen (M. C. Kontrolle, era 1–2 Kontrolle) vergleicht.
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Die 8 zeigt einen Vergleich von alternden
Blättern
der Kontrolle (Wildtyp) und era-2 Mutantenpflanzen.
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Die 9 zeigt einen Vergleich der Transkriptionsspiegel
in alternden Blättern
der Kontrolle (Wildtyp) und era-2 Mutantenpflanzen.
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Diese
Erfindung betrifft ein wie in den beigefügten Ansprüchen festgelegtes Verfahren.
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Der
ERA1 Promotor, wenn in eine Pflanze aufgenommen, wird in den Schließzellen
der Pflanze reguliert und kann den Wasserverlust durch das Stomata
beeinflussen. Dieser Promotor besteht aus einer die SEQ ID NO: 3
umfassenden Nukleinsäuresequenz
(3).
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Transgene
Pflanzen und transgene Samen, die durch dieses Verfahren erhalten
werden können, sind
ebenso Teil dieser Erfindung. Das Verfahren kann zur Herstellung
eines Genprodukts unter der Kontrolle eines Promotors verwendet
werden, der hauptsächlich
in Schließzellen
durch Expression eines Gens wirkt, das das Genprodukt in der Zelle
einer Pflanze kodiert, umfassend die Schritte von: Transformieren
einer Pflanzenzelle mit einem DNA Konstrukt umfassend a) einen Regulatorbereich
umfassen SEQ ID NO: 3 oder einen funktionellen Abschnitt davon,
DNA umfassend ein ein Genprodukt kodierendes Strukturgen und einen
einen polyadenylierten Bereich enthaltenden 3' nicht-translatierten Bereich; Regenerieren
einer Pflanze, eines photosynthetischen Organismus oder Gewebekultur
der Zelle; und Platzieren der Pflanze, photosynthetischen Organismen
oder Gewebekultur und derartigen Bedingungen, dass der Promotor
die Transkription des Strukturgens induziert und des Genprodukt exprimiert
wird.
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Im
Zusammenhang mit dieser Offenbarung beziehen sich die Ausdrücke "Regulatorbereich" oder "Promotor" auf eine DNA Sequenz,
für gewöhnlich stromaufwärts (5') der kodierenden
Sequenz eines Strukturgens, das die Expression des kodierenden Bereichs
durch Bereitstellung von Erkennungs- und Bindestellen für die RNA
Polymerase und/oder andere für
den Transkriptionsstart an der richtigen Stelle benötigten Faktoren
steuert. Der Ausdruck "funktioneller
Abschnitt" oder "funktionelles Fragment" betrifft eine trunkierte
Sequenz eines Promotors dieser Erfindung, der die Fähigkeit
zur Transkriptionsinduktion eines ERA Strukturgens unter den beschriebenen
Bedingungen für
die Aktivität
eines Ftase Proteins aufrechterhält.
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Die
hierein beschriebenen Konstrukte und Verfahren können auf alle Arten von Pflanzen
und anderen photosynthetischen Organismen, enthaltend, allerdings
nicht darauf beschränkt:
Angiospermen (Monocots und Dicots), Gymnospermen, sporentragende
oder vegetativreproduzierende Pflanzen und die Algen, beinhaltend
die Cyanophyta (blau-grün
Algen) angewendet werden. Insbesondere bevorzugte Pflanzen sind
solche Pflanzen, die kommerziell wertvolle Früchte bereitstellen, wie beispielsweise
Getreide, Weizen, Baumwolle, Reis, Canola, Zuckerrohr, Zuckerrübe, Sonnenblumen,
Kartoffeln, Tomaten, Broccoli, Karotten, Salat, Apfel, Pflaume,
Orange, Zitrone, Rose und ähnliches.
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Weiterhin
können
die hierin beschriebenen Konstrukte und Verfahren auf jeden Teil
einer Pflanze, Protoplasten, oder Gewebezelle angepasst werden,
wobei das Gewebe von einem photosynthetischen Organismus gewonnen
ist. Der Ausdruck "Teil einer
Pflanze" bedeutet
einen Abschnitt einer Pflanze zu enthalten, der in der Lage ist
eine regenerierte Pflanze herzustellen. Bevorzugte Teile von Pflanzen beinhalten
Wurzeln, Triebe und meristematische Abschnitte davon. Andere Teile
von Pflanzen, die von dieser Erfindung umfasst werden, sind: Blätter, Blumen,
Samen, Epicotylen, Hypocotylen, Cotyledonen, cotyledonischer Knoten,
Explants, Pollen, Samenanlagen, meristematisches oder embryonales
Gewebe, Protoplasten und ähnliches.
Transgene Pflanzen können
von irgendwelchen dieser Teile von Pflanzen, Gewebekultur oder Protoplasten
beinhaltend, und ebenso von Explants regeneriert werden. Die Verfahren
werden gemäß der Pflanzenspezies
variieren.
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Zusammensetzungen
und Konstrukte sind hierin beschrieben, die isolierte Nukleinsäuren (sowohl
DNA als auch RNA) umfassen, die eine Ftase und Teile davon von photosyntheitischen
Organismen kodieren. Ebenso werden Zusammensetzungen und Konstrukte
hierin beschrieben, die einen Ftase Promotor kodierende isolierte
Nukleinsäuren
umfassen. Insbesondere wurden das ERA1 Gen isoliert und sequenziert,
das die β Untereinheit
der Ftase von Arabidopsis und eine die Transkription des ERA1 Gens
regulierende Regulatorsequenz kodiert. Nukleinsäuren, die Ftasen aus photosynthetischen
Organismen kodieren, und Homologe oder Analoge dieser Nukleinsäuren werden
beschrieben.
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Verfahren
werden beschrieben, die isolierte und/oder rekombinante Nukleinsäuren (DNA
oder RNA) verwenden. Die Nukleinsäuren sind durch ihre Befähigung charakterisiert
zu hybridisieren an (a) eine Nukleinsäure, die ein Ftase Protein
oder Polypeptid kodiert, wie beispielsweise eine Nukleinsäuresequenz
mit der den Sequenzen von SEQ ID NO: 1 oder (b) ein Abschnitt des
Vorstehenden (beispielsweise ein Abschnitt, der die Minimalzahl
an Nukleotiden umfasst, um eine funktionelles Ftase Protein zu kodieren);
oder durch die Befähigung
ein Polypeptid mit der Aminosäuresequenz
einer Ftase zu kodieren (beispielsweise SEQ ID NO: 2, oder funktionelle
Entsprechungen davon zu kodieren; beispielsweise ein Polypeptid
mit zumindest 80% Sequenzähnlichkeit zu
SEQ ID NO: 2, die, wenn in eine Pflanzenzelle aufgenommen, die Wachstumsgewohnheit,
Samenkeimung und den Metabolismus in einem photosynthetischen Organismus
auf die gleiche Art wie SEQ ID NO: 1 erleichtert). Eine funktionelle
Entsprechung einer Ftase würde
daher zumindest eine 80% ähnliche Aminosäuresequenz
und ähnliche
Merkmale wie das durch SEQ ID NO: 2 kodierte Polypeptid aufweisen, oder
im Wesentlichen auf dieselbe Art wie es nachzukommen. Eine Nukleinsäure, die
an eine ein Ftase Polypeptid wie SEQ ID NO: 2 kodierende Nukleinsäure kann
doppel- oder einzelsträngig
vorliegen. Die Hybridisierung an eine DNA, wie die DNA mit der Sequenz
SEQ ID NO: 1, beinhaltet die Hybridisierung an den gezeigten oder
seinen komplementären Strang.
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Die
prozentuale Aminosäuresequenz-Ähnlichkeit
zwischen einem Ftase Polypeptid wie beispielsweise SEQ ID NO: 2
und funktionellen Entsprechungen davon beträgt mindestens um 60% (≥ 60%); oder
die prozentuale Aminosäuresequenz-Ähnlichkeit
zwischen einem Ftase Polypeptid und funktionellen Entsprechungen
davon beträgt
mindestens um 75% (≥ 75%);
oder die prozentuale Aminosäuresequenz-Ähnlichkeit
zwischen einem Ftase Polypeptid und seinen funktionellen Entsprechungen
davon beträgt
mindestens um 80%, oder mindestens um 90%, wenn aufeinander folgende
Aminosäuren
verglichen werden.
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Isolierte
und/oder rekombinante Nukleinsäuren,
die diese Bedingungen erfüllen, umfassen
Nukleinsäuren
mit Sequenzen identisch zu Sequenzen von natürlich vorkommenden ERA1 Genen
und Abschnitten davon, oder Varianten der natürlich vorkommenden Gene. Derartige
Varianten beinhalten Mutanten, die sich durch Hinzufügen, Deletion
oder Substitution einer oder mehrerer Nukleotide, modifizierte Nukleinsäuren in
denen eines oder mehrere Nukleotide modifiziert wurden (beispielsweise
DNA oder RNA Analoge) unterscheiden und Mutanten, die eines oder
mehrere modifizierte Nukleotide umfassen.
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Derartige
Nukleinsäuren,
DNA und RNA beinhaltend, können
durch Hybridisierung unter hoch stringenten Bedingungen oder mäßig stringenten
Bedingungen Bestimmt und isoliert werden, wie beispielsweise solche
die gewählt
sind, um die Hybridisierung von Nukleinsäuren mit nicht-komplementären Sequenzen
nicht zu gestatten. "Stringente
Bedingungen" für Hybridisierungen
stellen einen Ausdruck gemäß dem Stand
der Technik dar, der die Bedingungen für Temperatur und Pufferkonzentration
betrifft, die die Hybridisierung einer bestimmten Nukleinsäure an eine
andere Nukleinsäure
gestatten, worin die erste Nukleinsäure vollkommen komplementär zu der
zweiten sein kann, oder die erste und die zweite einen gewissen
Grad an Komplementarität
teilen, der nicht vollkommen ist. Beispielsweise können bestimmte
Bedingungen hoher Stringenz verwendet werden, die zwischen vollkommen
komplementären Nukleinsäuren von
jenen von geringerer Komplementarität unterscheiden. "Hohe stringente Bedingungen" und "mäßige stringente Bedingungen" zur Nukleinsäure Hybridisierung
werden auf den Seiten 2.10.1–2.10.16
(siehe insbesondere 2.10.8–11)
und den Seiten 6.3.1–6
in Current Protocols of Molecular Biology (Asubel, F. M. et al.,
eds., Vol. 1, Ergänzungen
bis zur Ergänzung
29, 1995 enthaltend) erklärt. Die
genauen Bedingungen, die die Stringenz der Hybridisierung festlegen,
hängen
nicht nur von der Ionenstärke,
Temperatur und der Konzentration an destabilisierenden Agenzien,
wie beispielsweise Formamid, ab, sondern ebenso von Faktoren wie
der Länge
der Nukleinsäuresequenz,
Basenzusammensetzung, prozentuale Nichtübereinstimmung zwischen hybridisierenden
Sequenzen und der Häufigkeit
des Auftretens von Teilmengen der Sequenz innerhalb anderer nicht-identischer
Sequenzen. Daher können
hoch oder mäßig stringente
Bedingungen empirisch bestimmt werden.
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Hoch
stringente Hybridisierungsverfahren können (1) eine geringe Ionenstärke und
hohe Temperatur zum Waschen verwenden, wie 0,015 M NaCl/0,0015 M
Natriumcitrat, pH 7.0 (0.1 × SSC)
mit 0,1% Natrium-doceylsulfat (SDS) bei 50°C; (2) während der Hybridisierung 50%
(Vol/Vol) Formamid mit 5 × Denhardts
Lösung
(0,1% Gewicht/Volumen hoch gereinigtes Rinder Serumalbumin/0,1%
Gew/Vol Ficoll/0,1% Gew/Vol Polyvinylpyrrolidon), 50 mM Natrium
Phosphatpuffer bei pH 6.5 und 5 × SSC bei 42°C verwenden;
oder (3) Hybridisierung mit 50% Formamid, 5 × SSC, 50 mM Natrium Phosphat
(pH 6.8), 0,1 % Natriumpyrophosphat, 5 × Denhardts Lösung, mit Ultraschall
behandelte Lachssperma DNA (50 μg/ml),
0,1% SDS und 10% Dextransulfat bei 42°C mit Waschschritten (washes)
bei 42°C
in 0,2 × SSC und
0,1% SDS verwenden. Mäßig stringente
Bedingungen würden
mit der Ausnahme ähnlich
sein, dass bei der Hybridisierung 25% Formamid anstelle von 50%
Formamid verwendet werden würden.
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Durch
Variieren der Hybridisierungsbedingungen von einem Stringnzniveau
bei dem keine Hybridisierung stattfindet zu einem Niveau bei dem
die Hybridisierung zuerst beobachtet wird, können die Bedingungen bestimmt
werden, die es einer gegebenen Sequenz gestatten an die am ähnlichsten
Sequenzen in der Probe zu hybridisieren.
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Beispielhafte
Bedingungen werden in Krause, M. H. and S. A. Aaronson (1991) Methods
in Enzymology, 200: 546–556
beschrieben. Siehe ebenso insbesondere Seite 2.10.11 in Current
Protocols in Molecular Biology (vorstehend), worin beschrieben ist,
wie Waschbedingungen für
mäßige oder
niedrige Stringenzbedingungen bestimmt werden. Das Waschen ist derjenige
Schritt, worin die Bedingungen für gewöhnlich derart
gewählt
werden, um so ein minimales Niveau an Komplementarität der Hybride
zu bestimmen. Von der niedrigsten Temperatur bei der nur homologe
Hybridisierung auftritt, führt
im Allgemeinen eine 1%ige Nichtübereinstimmung
zwischen hybridisierenden Nukleinsäuren zu einer Abnahme der Schmelztemperatur
Tm um 1°C
für irgendeine
gewählte
SSC Konzentration. Im Allgemeinen führt die Verdopplung der Konzentration
an SSC zu einer Zunahme von Tm um ~17°C. Unter
Verwendung dieser Richtlinien, kann die Wasch-Temperatur für eine mäßige oder
niedrige Stringenz, in Abhängigkeit
von dem angestrebten Niveau an Nichtübereinstimmung, empirisch bestimmt
werden.
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Isolierte
und/oder rekombinante Nukleinsäuren,
die durch ihre Fähigkeit
charakterisiert sind zu hybridisieren an (a) eine ein Ftase Polypeptid
kodierende Nukleinsäure,
wie beispielsweise die als SEQ ID NO: 1 dargestellten Nukleinsäuren, (b)
das Komplementäre
von SEQ ID NO: 1, (c) oder einen Abschnitt von (a) oder (b) (beispielsweise
unter hohen oder mäßigen Stringenz
Bedingungen), können
weiterhin ein Protein oder Polypeptid mit mindestens einem funktionellen
Merkmal eines Ftase Polypeptids kodieren, wie der Regulation seitenständiger Verzweigung
unter Tageslichtzyklen, oder Regulation der Reaktion auf ABA, oder
Regulation der Alterung.
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Enzymassays,
Komplementierungstests, oder andere geeignete Verfahren können ebenso
bei Prozeduren zur Identifizierung und/oder Isolierung von Nukleinsäuren verwendet
werden, die ein Polypeptid wie das Polypeptid mit der Aminosäuresequenz
SEQ ID NO: 2 oder eine funktionelle Übereinstimmung dieses Polypeptids
kodieren. Die antigenen Eigenschaften von Proteinen oder Polypeptiden, die
durch hybridisierende Nukleinsäuren
kodiert werden, können
durch immunologische Verfahren unter Verwendung von Antikörpern bestimmt
werden, die an ein Ftase Polypeptid, wie beispielsweise ein Immunoblot,
Immunopräzipitat
und Radioimmunoassay, binden. PCR Methodik, RAGE (Schnelle Amplifizierung
von genomischen DNA Enden) beinhaltend, kann ebenso zur Prüfung und
Nachweis auf die Gegenwart von Nukleinsäuren verwendet werden, die Ftaseähnliche
Proteine und Polypeptide kodieren, und bei der Klonierung derartiger
Nukleinsäuren
aus genomischer DNA helfen. PCR Verfahren für diesen Zweck können in
Innis, M. A., et al. (1990) PCR Protocols: A Guide to Methods and
Applications, Academic Press, Inc., San Diego, CA gefunden werden.
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Die
hierin beschriebenen Nukleinsäuren werden
bei den erfindungsgemäßen Verfahren
zur Herstellung von Proteinen oder Polypeptiden verwendet, die in
Zellen, Gewebe, Pflanzenteile, Pflanzen oder andere photosynthetische
Organismen aufgenommen werden. In einer Ausführungsform enthält die DNA
die gesamte oder einen Teil der kodierenden Sequenz für ein Ftase
Polypeptid oder DNA, die an DNA mit der Sequenz SEQ ID NO: 2 hybridisiert,
wird in einen Expressionsvektor für die kodierten Polypeptide
in geeignete Wirtszellen aufgenommen. Das kodierte Polypeptid, bestehend
aus eine Ftase Untereinheit oder seiner funktionellen Übereinstimmung,
ist zur Farnesyltransferase-Aktivität befähigt. Der Ausdruck "Vektor", wie hierin verwendet,
betrifft ein Nukleinsäure-Molekül, das eine
andere Nukleinsäure
transportieren kann, an die es verbunden wurde.
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Primer
und Sonden, bestehend aus 20 oder mehr aufeinander folgenden Nukleinsäuren der
vorstehend beschriebenen Nukleinsäwen, werden ebenso hierin beschrieben.
Daher umfasst eine Nukleinsäure
eine spezifische Sequenz von ungefähr 20 bis ungefähr 200 oder
mehr Nukleotiden, die identisch oder komplementär zu einer spezifischen Nukleotidsequenz
der Ftase Protein kodierenden DNA oder transkribierten mRNA sind.
Diese Sonden und Primer können
verwendet werden, um Ftase-kodierende Nukleinsäuren von anderen photosynthetischen
Organismen zu identifizieren und isolieren.
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Hierin
als "isoliert" verwiesene Nukleinsäuren sind
Nukleinsäwen,
die von den Nukleinsäuren der
genomischen DNA oder zellulären
RNA von ihrer Ursprungsquelle (beispielsweise, wie sie in Zellen oder
in einer Mischung von Nukleinsäuren
wie einer Bank (library) vorliegt) abgetrennt wurden und einer weiteren
Verarbeitung unterzogen werden können. "Isolierte" Nukleinsäuren beinhalten
Nukleinsäwen, die
durch die hierin beschriebenen Verfahren, ähnliche Verfahren oder andere
geeignete Verfahren erhalten wurden, die im wesentlichen reine Nukleinsäuren, mittels
chemischer Synthese hergestellte Nukleinsäwen, durch Kombination von
biologischen und chemischen Verfahren, und isolierte rekombinante Nukleinsäuren beinhalten.
Hierin als "rekombinant" verwiesene Nukleinsäuren sind
Nukleinsäuren,
die mittels rekombinanter DNA Methodik hergestellt wurden und jene
Nukleinsäuren
beinhalten, die durch Prozeduren erzeugt wurden, die auf ein Verfahren zur
künstlichen
Rekombination beruhen, wie beispielsweise der Polymerasekettenreaktion
(PCR) und/oder das Klonieren in einen Vektor unter Verwendung von
Restriktionsenzymen. "Rekombinante" Nukleinsäuren sind
ebenso diejenigen, die aus Rekombinations-Ereignissen herrühren, die
sich durch die natürlichen
Mechanismen der Zellen ergeben, die allerdings nach dem Einführen in
die Zellen auf Nukleinsäuren
ausgewählt
wurden, die dazu entworfen wurden, ein erwünschtes Rekombinations-Ereigniss zu
ermöglichen
oder wahrscheinlich zu machen. Abschnitte der isolierten Nukleinsäuren, die
für Polypeptide
mit einer bestimmten Funktion kodieren, können durch beispielweise dem
Verfahren nach Jasin, M., et al., US Patent 4,952,501 identifiziert
und isoliert werden.
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Die
Erfindung verwendet Antisense Nukleinsäuren oder Oligonukleotide,
die gesamt oder teilweise zu einem einen Sensestrang umfassenden
Zielmolekül
komplementär
sind, und mit dem Zielmolekül hybridisieren
können.
Das Ziel kann DNA oder sein RNA Gegenstück (d. h., worin T Reste in
der DNA U Reste in dem RNA Gegenstück sind) sein. Antisense Nukleinsäuren oder
Oligonukleotide können,
wenn in eine Zelle eingebracht, die Expression des Gens inhibieren,
das durch den Sensestrand oder die von dem Sensestrang transkribierte
mRNA kodiert wird. Antisense Nukleinsäuren können mittels Standarttechniken
hergestellt werden. Siehe beispielsweise Shewmaker, et al., US Patent
5,107,065.
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In
einer besonderen Ausführungsform
ist eine Antisense Nukleinsäure
oder Oligonukleotid gesamt oder teilweise zu einer Zielnukleinsäure (entweder
DNA oder RNA) komplementär
und kann damit hybridisieren, worin die Zielnukleinsäure an eine
Nukleinsäure
mit der Komplementärsequenz
des Strangs in SEQ ID NO: 1 hybridisieren kann. Eine Antisense Nukleinsäure oder
Oligonukleotid kann beispielsweise zu einer Zielnukleinsäure mit
der Sequenz komplementär
sein, die das der Strang des offenen Leserasters von SEQ ID NO:
1, oder einer eine funktionelle Entsprechung einer Ftase kodierende Nukleinsäure, oder
an einen zur Ermöglichung
der Hybridisierung ausreichenden Abschnitt dieser Nukleinsäuren gezeigt
ist. Beispielsweise könnte
ein Abschnitt einer Sequenz aus 16 Nukleotiden ausreichend sein,
um die Proteinexpression zu inhibieren. Fragmente, die 25 oder mehr
aufeinander folgende zu SEQ ID NO: 1 komplementäre Nukleotide umfassen, könnten ebenso
verwendet werden. Oder eine Antisense Nukleinsäure oder Oligonukleotid komplementär zu 5' oder 3' nicht-translatierten
Bereichen, oder den Translationsstart-Codon (5' nicht-translatierte and translatierte
Bereiche) des ERA1 Gens überlappend,
oder ein eine funktionelle Entsprechung kodierendes Gen können ebenso
wirksam sein. In einer anderen Ausführungsform ist die Antisense
Nukleinsäure
gesamt oder teilweise zu einer Zielnukleinsäure komplementär und kann
daran hybridisieren, die ein Ftase Polypeptid kodiert.
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Zusätzlich zu
dem Antisense Nukleinsäuren können Oligonukleotide
konstruiert werden, die an zweifache Nukleinsäure entweder in dem Gen oder dem
DNA : RNA Transkriptionskomplex binden, um eine stabile Dreifachhelix
zu bilden, worin die enthaltene Dreifachhelix die Transkription
und/oder Expression eines ein Ftase Polypeptid oder seine funktionelle
Entsprechung kodierenden Gens inhibiert. Frank-Kamenetskii, M. D.
und Mirkin, S. M. (1995) Ann. Rev. Biochem. 64: 65–95. Derartige
Oligonukleotide werden unter Verwendung der Basenpaar-Bildungsregeln
der Dreifachhelix-Bildung und der Nukleotidsequenz des Gens oder
der mRNA für
Ftase konstruiert. Diese Oligonukleotide können eine Ftase-ähnliche
Aktivität
auf eine Vielzahl von Wegen (pathways) inhibieren, die die Verhinderund
der Transkription des ERA1 Gens oder durch Binden an mRNA, wie sie
vom Gen transkribiert wird, beinhalten.
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Proteine
oder Polypeptide werden durch die hierin beschriebenen Nukleinsäwen kodiert.
Die Proteine oder Polypeptide können
isoliert und/oder rekombinant vorliegen. Auf die hierin als "isoliert" verwiesen Proteine
oder Polypeptide sind Proteine oder Polypeptide, die zu einem Maße aufgereinigt
sind, das über
das hinausgeht, in dem sie in Zellen vorliegen. Sie sind mindestens
10% rein; d. h. im Wesentlichen rein. "Isolierte" Proteine oder Polypeptide beinhalten
Proteine oder Polypeptide, die gemäß den nachstehend beschriebenen
Verfahren erhalten werden, und beinhalten im Grunde reine Proteine
oder Polypeptide, Proteine oder Polypeptide, die durch chemische
Synthese oder Kombination von biologischen und chemischen Verfahren
hergestellt wurden, und rekombinante Proteine oder Polypeptide,
die durch die Expression rekombinanter Nukleinsäuren hergestellt wurden.
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Das
Protein oder der Abschnitt davon weist zumindest ein funktionelles
Merkmal einer Ftase auf; beispielsweise eine katalytische Aktivität, wie beispielsweise
normale seitliche Verzweigung, Einzelblüten/Blütenstand, Samenkeimung, oder
stomatales Öffnen
und Bindefunktionen und/oder antigene Funktionen (beispielsweise
das Binden von Antikörpern, die
ebenso an eine natürlich
vorkommende Ftase binden) beeinflussend. Daher werden diese Proteine als
Ftasen vom pflanzlichen Ursprung bezeichnet und beinhalten beispielsweise
natürlich
vorkommende Ftase, Varianten (beispielsweise Mutanten) oder diese
Proteine und/oder Abschnitte davon. Derartige Varianten beinhalten
Mutanten, die sich durch Hinzufügen,
Deletion oder Substitution einer oder mehrerer Aminosäurenreste
unterscheiden, oder modifizierte Polypeptide, in denen einer oder
mehrere Reste modifiziert wurden, und Mutanten, die einen oder mehrere
modifizierte Reste umfassen.
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Die
Erfindung verwendet eine Antisense Nukleinsäwe einer Nukleinsäuresequenz,
die die β Untereinheit
eines Ftase Proteins kodiert. Abschnitte des Enzyms können hergestellt
werden, die selbst eine vollständige
oder teilweise Funktion innehaben, oder die sich, wenn sie zusammen
gemischt werden (obgleich vollständig,
teilweise oder nicht-funktionell alleine), mit einem oder mehreren
anderen Polypeptiden spontan zusammenlagern, um ein funktionelles Protein
mit zumindest einem funktionellen Merkmal einer Ftase wieder aufzubauen.
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Mehrere
Gene wurden identifiziert, die durch ABA induziert werden. Dies
legt nahe, dass ABA induzierte Toleranz gegenüber widrigen Umweltbedingungen
ein komplexes Ereignis mit vielen beteiligten Genen (multigenic)
ist. Daher ist die Identifizierung und der Transfer von einzelnen
Genen in Frucht-Pflanzen, der die Lebensfähigkeit der Pflanze unter verschieden
Umweltbedingungen aufgrund einer gesteigerten Reaktion auf ABA verbessert,
neu und äußerst nützlich.
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Zur
Identifizierung von Genen, die ABA-regulierte Vorgänge in Pflanzen
eher umfassend steuern, wurden genetische Prüfungen bei mehreren Pflanzenspezies
angewendet, um Mutationen zu isolieren, die die Reaktion der Pflanze
auf das Hormon ändern.
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Mutationen,
die eine erhöhte
Reaktion auf ABA (era) in Arabidopsis Samen hervorrufen, wurden nach
ihrer Befähigung
zur Verhinderung der Samenkeimung mit niedrigen Konzentrationen
an ABA identifiziert, die normalerweise dem Wildtyp (Kontrollen, beispielsweise
natürlich
vorkommende) Samenkeimung ermöglichen.
Von diesen waren die era1 Mutantenklasse, die eine transferierte
DNA (T-DNA) Linie (era1-1, Ökotyp
Wassilewskija) und zwei Neutron-erzeugte Mutanten (era1-2 und era1-3, Ökotyp Columbi)
beinhaltet, von besonderem Interesse, da diese Klasse eine verringerte
Keimungsfähigkeit
unter gewöhnlicher
Nachhemmung (postimhibition) aufwies. Mutanten, die die ABA Reaktion
steigern, sollten im Grunde eher ruhend bzw. untätig sein. Untätigkeit
in era1 Allelen wurde durch eine 4-tägige Kühlperiode abgeschwächt; die
Fähigkeit
der era1 Keimung nahm mit der Zeitdauer der Kühlung der Samen zu. In vielen
Pflanzenspezies erfordert das Unterbrechen der Untätigkeit,
um Keimung zu ermöglichen,
Frühling
und Ausgesetztsein gegenüber
Feuchtigkeit, niedrig Temperaturumgebungen für einen längeren Zeitraum (Baskin and
Baskin, 1971). Das Keimungsprofil von era1 Mutanten könnte einen
erhöhten
Zustand von ABA-induzierter Untätigkeit
widerspiegeln; daher benötigen
diese Samen einen längeren
Frühling
zum Keimen. Eine Stütze
für diese
Behauptung erfolgte durch die Konstruktion von Doppelmutanten von
era1 mit sowohl ABA biosynthetischen (aba1-1) und insensitiven Mutanten
(abi1-1 und abi3-6). In allen Fällen
wiesen die Doppelmutanten eine verringerte Untätigkeit im Vergleich mit era1
auf, was anzeigt, das die Beobachte Zunahme an Untätigkeit
in era1 Samen von der ABA Synthese oder Sensitivität abhängig war.
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Neben
der Verbreiterung des Spektrums von neuen ABA Reaktions-Mutanten
wurden ebenso Überempfindlichkeits-Prüfungen verwendet,
um negative Regulatoren der ABA Sensitivität zu identifizieren. D. h.,
dass die Inhibierung dieser Genfunktionen die ABA Reaktion erhöht. Eines
dieser Gene (ERA1) wurde kloniert und es wurde bewiesen, dass es
die β-Untereinheit
eines heterodimeren Farnesyltransferase-Proteins (Ftase) kodiert
(Cutler et al., 1996). Die era1-1 Mutation, die aufgrund einer T-DNA
Insertion vorliegt, ermöglicht
die Isolierung von pflanzlichen Genombereichen, die an die Insertionen
angrenzen. Bei Verwendung der angrenzenden Bereiche als Sonden,
wurden die Wild-Typ cDNA und genomische Klone isoliert. Deren Sequenzanalyse
beschreibt ein 3,5 kb genomische DNA umfassendes Gen. Das Gen beinhaltet
13 Introns, die in den 1A–1C unterstrichen
sind, wobei sich die T-DNA Insertionsstelle des era1-1 im Intron
8 befindet. Eine Southern (DNA) Analyse der Wild-Typ DNA, era1-2
und era1-3 mit Era1cDNA als Sonde versehen zeigte, dass beide schnelle
Neutronen Allele Deletionen beinhalten, die den ERA1 Locus umfassen.
Schnelle-Neutronen Mutagenese induziert geringfügige Deletionen in Arabidopsis
(Shirley et al., 1992) und eine nachfolgende Genomanalyse mit einer
sen ERA1 Locus umfassenden 14 kb Sonde legte die Größe der era1-2 Deletion
auf ungefähr
7,5 kb und die era1-3 Deletion geringfügig größer fest. Daher enthielten
alle drei era1 Allele DNA-Brüche
in dem gleichen Locus, was die Identität des ERA Locus bestätigt.
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Eine
konzeptionelle Translation des längsten offenen
Leserasters (404 Aminosäuren)
in dem ERA1 Gen erzeugte ein Protein (2 und 4) mit
einer hohen Sequenzähnlichkeit
zu Hefe, Erbse und Säugetier
Protein Farnesyltransferase β-Untereinheit
Genen (Goodman et al., 1988; Chen et al., 1991; Yang et al., 1993).
Farnesyltransferasen bestehen aus α und β Untereinheiten, die dimerisieren
und ein Enzym bilden, dass die Anlagerung von Farnesylpyrophosphat
(15 Kohlenstoffe) an ein COOH-terminales CaaX Motiv enthaltende
Proteine katalysiert, worin C einen Cysteinrest bezeichnet, aa für gewöhnlich aliphatische
Aminosäuren
sind und X ein Cystein, Serin, Methionin oder Glutaminrest bezeichnet.
Beide pflanzlichen Gene mit β Untereinheit
enthalten einen Bereich von ungefähr 50 Aminosäuren in
der Nähe
ihres COOH-Terminus, der in Genen mit β Untereinheit aus Hefen und
Säugetieren
fehlt.
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In
Hefe- und Säugetier-Systemen
modifizieren Ftasen mehrere signalweitergebende Proteine für die Membranlokalisierung.
Dies wird durch die Anlagerung der lipophilen Farnesyl-Seitenkette
an das Protein-Ziel mittels der Ftase erreicht. Die Anlagerung der
Farnesylgruppe verursacht eine Änderung der
Gesamthydrophobizität
des Ziels und ermöglicht es
dem Protein selbst in der Membran zu ankern, wo es für gewöhnlich mit
anderen signalweitergebenden Molekülen wechselwirkt. Da der Verlust
der Farnesylierungsaktivität
in der era1 Mutante zu einer verstärkten Reaktion des Samens auf
ABA führt,
liegt es nahe, dass ein Ziel-Protein in Arabidopsis an der Membran
lokalisiert sein muss, um das ABA Signal abzuschwächen. Daher
scheint die Farnesylierung in Arabidopsis für die normale Funktion eines
negativen Regulators der ABA Sensitivität notwendig zu sein.
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Nachfolgende
Anstrengungen haben gezeigt, dass der Verlust der ERA1 Genfunktion
in Arabidopsis eine erhöhte
Toleranz gegenüber
umweltbedingten Beanspruchungen bei dem Niveau einer reifen Pflanze
verleiht. Beispielsweise zeigte ein Vergleich von Wild-Typ Pflanzen
und era1 Mutantenpflanzen, die in Erdboden unter gewöhnlichen
Laborbedingungen (24 Stunden Licht, 150 μE m–2 sec–1, 30%
Feuchtigkeit) gezüchtet
wurden, dass die Mutanten Wasser nicht so häufig wie die Wild-Typ Pflanzen
zum Aufrechterhalten der Lebensfähigkeit
benötigten
(5). Wenn Mutanten und Wild-Typ Pflanzen bis zum Auftreten
von Blüten
gezüchtet
wurden, wurde aufgehört
zu bewässern
und die Pflanzen wurden an jeweils aufeinander folgenden Tagen nach Anzeichen
von Beanspruchung beobachtet. Der Wasserverlust in den Mutanten
Pflanzen war im Vergleich zu den Wildtyp Pflanzen (6 und 7) deutlich
verringert.
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Um
zu bestimmen, ob die beobachtete erhöhte Trockenheitstoleranz der
era1 Mutanten mit der ERA 1 Genfunktion in Zusammenhang stand, wurden
transgene Pflanzen konstruiert, die eine ERA1 Promotor-Fusion an
ein Reporter GUS Gen (hergestellt durch Insertion ein 5 kb Fragments
des ERA1 Promotors in ein promotorenfreies GUS T-DNA Plasmid) enthielten.
Analyse der transgenen Pflanzen zeigte, dass ERA1 in dem Edipermalgewebe
von Arabidopsis über
Transkription exprimiert ist und dass diese Expression Schließzellen
spezifisch erfolgt. Expression von ERA1 wurde ebenso im Meristemgewebe
der Pflanzen und in Haarwurzeln festgestellt. Die Schließzellen
Expression von ERA1 steht im Einklang mit der Trockenheitstoleranz
der Mutante, da diese Zellen die Hauptregulatoren der Wasserabsonderung
durch die Pflanze darstellen. Es könnte erwarte werden, dass ERA1-regulierte stromatale
Leitung die Expression des ERA1 Gens in den Schließzellen
benötigen
würde.
Infolgedessen führt
der Verlust der ERA1Genfunktion zu Schließzellen, die besser auf ABA
reagieren, das wiederum zu einer verstärkten auf Trockenheit reagierende Schließzellen-Regulation
führt.
Daher wird die Modifikation der Ftase Expression oder Aktivität in höheren Pflanzen,
insbesondere in Kulturpflanzen, tief greifende Auswirkungen auf
stromatale Leitung und Absonderungs-Raten in den Pflanzen aufweisen.
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Die
Beschaffenheit der era1 Mutation in Arabidopsis zeigt, dass die
Inhibierung der Farnesylierung die ABA Reaktionen in Pflanzen und
eine Änderung
dieser Enzymaktivität
in Kulturspezies erhöhen wird.
Eine Inhibierung der Ftase Aktivität in Kulturpflanzen kann mittels
zahlreicher Verfahren erreicht werden. Insbesondere durch Herstellen
von ERA1 Antisense DNA in Schließzellen kann die Menge an synthetisierter
Ftase auf ein Niveau verringert werden, dass einen ERA Mutanten
Phänotyp
nachahmen würde.
Der ERA1 Promotor wird in zahlreichen verschiedenen Geweben, von
Spross-Meristemen bis zu Haarwurzeln, reguliert. Durch Bestimmen
der Elemente des ERA1 Promotors, die eine Expression in spezifischen
Geweben ermöglichen,
ist es möglich die
Expression der Antisense ERA1 auf nur ein Gewebe oder Zelltyp, wie
Schließzellen,
anzupassen.
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Ein
anderes Verfahren zur Inhibierung der Ftase Aktivität in Pflanzen
besteht in der Herstellung von spezifischen Peptidinhibitoren der
Farnesylierung in transgenen Pflanzen. In Säugetier- und Hefe-Systemen
wurde die Carboxyl-terminale Zielsequenz bzw. Lokalisierungssequenz
(CaaX, wobei C = Cystein, x = aliphatisch, X = irgendeine Aminosäure), die
die Anlagerung der Farnesylgruppe an spezifische Proteine ermöglicht,
eindeutig bestimmt. Peptide, die diese Zielsequenzen nachahmen,
wurden hergestellt und zeigten, dass sie die Farnesylierung der
endogenen Zielproteine in diesen Systemen inhibieren. Darüber hinaus
wird CAIM in vivo in Arabidopsis farnesyliert. Daher können ähnliche
Inhibitoren auf höhere
Pflanzen zur kompetitiven Inhibierung der Ftase in vivo angewendet
werden. Dies kann wieder durch Expression von Inhibierungspeptiden
in transgenen Pflanzen durch Synthese der DNA Sequenz für ein CaaX
Peptid und ihrer Fusion an einen Schließzellen spezofoschen Promotor
bewerkstelligt werden. Bei beiden Verfahren, die die geeigneten Promotoren
verwenden, können
Antisense Ftase oder Peptidinhibitoren spezifisch gerichtet sein
und gesteuert werden.
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Diese
Erfindung stellt daher ein Verfahren zur Herstellung trockenheitstoleranter
Pflanzen bereit, umfassend: Herstellen eines Nukleinsäurekonstrukts,
das einen Promotor umfasst, der mit einer Nukleinsäuresequenz
wirksam verbunden ist, die eine Antisense zu SEQ ID NO: 1 umfasst
oder kodiert, oder eine Nukleinsäure,
die ein funktionelles Äquivalent
der Antisense umfasst; Einfügen
des Nukleinsäurekonstrukts
in einen Vektor; Transformieren einer Pflanze, einer Gewebekultur
oder Pflanzenzellen mit dem Vektor; und Züchten der Pflanze oder Regenerieren
einer Pflanze aus der Gewebekultur oder der Pflanzenzelle, wobei
eine trockenheitstolerante Pflanze hergestellt wird. Dieses Verfahren
kann verwendet werden, wobei die Nukleinsäure 25–200 oder mehr aufeinander
folgende zur SEQ ID NO: 1 komplementäre Nukleinsäuren umfasst, die Oligonukleotide
aus 25 oder mehr aufeinander folgenden Nukleotiden der SEQ ID NO:
1 oder ihrer komplementären bestehen,
oder einer Nukleinsäure,
die ein Peptidinhibitor der Farnesyltransferase, kodiert.
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Zusätzlich zu
stomataler Regulation, die gegenüber
ABA äußerst empfindlich
ist, zeigen era Pflanzen ebenso eine verzögerte Alterung bei Trockenheitsbedingungen,
was anzeigt, dass die Farnesylierung mehrere trockenheitsinduzierte
Reaktionen in Arabidopsis negativ reguliert. Die unter gewöhnlichen
Laborbedingungen gezüchteten
era Pflanzen brauchen mehr Zeit um gelb zu werden. Die Mutantenpflanzen
bleiben grün
und lebensfähig
lange nachdem der Wildtyp gealtert und abgestorben ist. Abgelöste Blätter einer
era Mutantenpflanze werden nicht so schnell gelb, wie abgelöste Blätter der
Wildtyp Pflanzen (8). Blätter von ähnlicher
Größe, die sich
von der Entwicklung gleichen, wurden von Wildtyp und era Pflanzen
genommen und auf Agar-haltigen Petrischalen platziert (siehe Beispiel
7). Gewöhnlich
fängt ein
Wildtyp Blatt nach ungefähr
5 Tagen an Chlorophyll zu verlieren und bleicht schließlich aus.
Die Blätter
der Mutantenpflanzen bleiben für den
doppelten Zeitraum grün.
Da die Blätter
in andauernder Berührung
mit dem Agar stehen, wurden sie nicht von Trockenheit beansprucht,
was anzeigt, dass die verringerte Alterung der era1 Mutante keine Trockenheitsinduziertes
Erscheinung ist.
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Darüber hinaus
kann bei einen 10 Stunden Tag/16 Stunden Nachtzyklus der pflanzliche
Lebenszyklus gegenüber
dem Wildtyp Pflanzen (3 Monate) verdoppelt werden. Daher wird es
ersichtlich, dass der Chlorophyll Umsatz bzw. Erneuerung und Alterungssignale
in den era1 Mutanten geändert
sind. Beispielsweise wurden Wildtyp und Mutantenpflanzen in Töpfen bei
gut-bewässerten
Bedingungen bis zu Entwicklungsstufen gezüchtet, bei denen die Blätter der
Wildtyp Pflanze zu altern anfangen würden (ungefähr die Zeit der Blütenentwicklung).
Zu diesem Zeitpunkt wurden entwicklungsgemäß ähnliche Blätter auf alterungsinduzierte
Markergene mittels Northern Blot Analyse (Beispiel 8) untersucht.
Zwei Gene, SAG12 und SAG13, in denen die Transkription gewöhnlich während der
Alterung in Wildtyppflanzen induziert ist., wurden in der era1 Mutante
nicht induziert (9). Weiterhin wird
die CAB Transkription beibehalten (9).
Insgesamt zeigen diese Ergebnis, dass der Alterungs-Induzierungsvorgang
in era1 Mutanten im Vergleich zu Wildtyppflanzen verzögert ist, was
zeigt, dass der Verlust der Farnesylierungsaktivität eine Verzögerung der
Induzierung der Alterung in der Pflanze selbst bei Bedingungen verursacht, worin
Wasser Beanspruchung keinen umweltbedingten Einfluss darstellt.
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Die
era1 Mutanten zeigen zusätzlich
zu Effekten auf Alterung und Wasserverlust einen Unterschied bei
der Verzweigung und Blüten
Wuchsform bzw. Gewohnheit, wenn sie bei Tageslicht-Zyklen gezüchtet werden.
Bei kontinuierlichem (24 Stunden Licht/Tag) unterscheidet sich das
Verzweigungsmuster der Mutanten nicht von dem der Wildtyp Pflanzen. Wenn
allerdings eine Dunkelperiode gegeben wird, erzeugen die Mutanten
nicht so viele seitliche Verzweigungen wie Wildtyp Pflanzen. Bei
der Bestimmung erzeugten die Pflanzen mit Verlust an Farnesylierungsaktivität nur 2,4
Verzweigungen pro Pflanze im Vergleich zu 3,6 seitlichen Verzweigungen
pro Wildtyp Pflanze. Dies stellt eine 30%ige Abnahme an seitlichen
Verzweigungen pro Pflanze dar.
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Das
Blühen
wird durch den Verlust an Ftase Aktivität ebenso beeinflusst. Pflanzen
denen Ftase Aktiviät
fehlt erzeugen mehr Blumen pro Pflanze (25–30 Knospen/Blütenstand)
als Wildtyp Pflanzen (10–15
Knospen/Blütenstand).
Im Durchschnitt sind daher zweimal so viele Blütenknospen auf den Mutanten
als auf den Wildtyp Pflanzen vorhanden.
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Diese
pleiotropen Effekte des era1 Verlusts der Funktionsmutanten auf
die gesamte pflanzliche Entwicklung zeigen, dass das ERA1 Gen ein
koordinierter Regulator einer Ansammlung pflanzlicher Entwicklungsfunktionen
sein kann.
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Bis
jetzt gab es keine bekannte Funktion für die Farnesylierung bei höheren Pflanzen
einschließlich
einer Rolle bei der ABA Signalweiterleitung. Ftasen wurden bei zahlreichen
höheren
Pflanzen gefunden, wie beispielsweise Tomate und Erbse, so dass es
offensichtlich ist, dass dieses Enzym Funktionen über die
Speziesgrenze aufweist. Die Überproduktion
der Farnesyltransferase Zielpeptide oder die Verwendung von Farnesylierungsinhibitoren
inaktiviert darüber
hinaus die Ftase in Säugertier
und Hefe Systemen vollständig.
Daher können ähnliche
Inhibitoren auf höhere
Pflanzen zur Inaktivierung der Ftase Aktivität in vivo angewendet werden.
Bei beiden Fällen können mit
den geeigneten Promotoren Antisense Ftase oder Peptidinhibitoren
spezifisch gerichtet und gesteuert werden.
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Die
farnesylierungsdefizienten Mutanten sind ebenso überempfindlich gegenüber exogenem Auxin.
Dass diese Mutanten eine verringerte Verzweigung und kleinere Änderungen
bei der Meristem Organisierung zeigen, kann durch eine geänderte Auxinregulation
erklärt
werden. Andere Hormonfunktionen sind daher in dieser Mutante betroffen,
was anzeigt, dass zusätzlich
zu ABA Wegen andere hormonregulierte Wege durch Ftase Aktivität gesteuert werden.
Diese Ergebnisse zeigen, dass das ERA1 Gen einen molekularen Mechanismus
zur Koordinierung der Regulation verschiedener Hormon-Signalmoleküle bereitstellt.
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Gemäß der vorliegenden
Erfindung, sind die in dem Bereich dieser Erfindung enthaltenen
Pflanzen höhere
und niedere Pflanzen des Pflanzenreiches. Reife Pflanzen, Setzlinge
und Samen sind im Bereich der Erfindung enthalten. Eine reife Pflanze beinhaltet
eine Pflanze in einem Entwicklungsstadium nach dem Setzling. Ein
Setzling ist eine sehr junge, unreife Pflanze in den frühen Entwicklungsstadien.
Teile von Pflanzen, Protoplasten und eine Gewebekultur werden ebenso
von der Erfindung bereitgestellt.
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Transgene
Pflanzen liegen im Bereich der vorliegenden Erfindung, die den durch
die era1 Mutation charakterisierten Phänotyp aufweisen. Samen von
transgenen Pflanzen werden durch diese Erfindung bereitgestellt
und können
zur Propagierung weiterer Pflanzen verwendet werden, die die Konstrukte
dieser Erfindung enthalten.
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Die
ERA1 Funktion bei zahlreichen Kulturpflanzen kann inhibiert werden,
um die Reaktion der Pflanze auf ungünstige Umweltbedingungen zu
steigern, die eine ABA vermittelte Signalwirkung benötigen. Die
Steuerung der Farnesylierung in höheren Pflanzen reguliert sowohl
embryonale als auch vegetative Gewebereaktion auf dieses Hormon
(Cutter et al., 1996). Die gesteigerte Empfindlichkeit überträgt sich
in eine schnellere Reaktion des Gewebes auf Beanspruchungsbedingungen,
die wiederum einen gesteigerten Schutz der Pflanze auf umweltbedingte Beanspruchung
verleihen. Da dies nur die Steuerung eines einzelnen Gens, ERA1,
erfordert, sollte es möglich
sein die Farnesylierung in mehreren Pflanzen durch Steuerung der
Synthese oder Aktivität
dieses Enzyms zu steuern. Die hierin beschriebene Arbeit zeigt weiterhin
klar, dass eine Änderung
des ABA Signalweiterleitungswegs durch Beeinflussung der Gene, die
die ABA Reaktion steuern, es möglich macht,
die Reaktion der Pflanze auf ungünstige
Wasser Beanspruchungsbedingungen zu verbessern.
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Um
transgene Pflanzen dieser Erfindung herzustellen, werden ein Konstrukt,
das das Ftase kodierende Gen umfasst, oder eine seine funktionelle Entsprechung
kodierende Nukleinsäure
und ein Promotor in einen Vektor mittels Verfahren eingebracht, die
dem Fachmann bekannt sind und von ihm verwendet werden. Der Promotor
kann das Gesamte oder einen Teil der SEQ ID NO: 3 umfassen. Das Konstrukt
kann ebenso irgendwelche andere notwendige Regulatoren, wie Terminatoren
oder ähnliches
beinhalten, die wirksam mit der kodierenden Sequenz verbunden sind.
Es kann ebenso von Vorteil sein eine 5' Leitsequenz (leader sequence), wie
den nicht translatierten Leiter der Schichtprotein bzw. Hüllprotein
(coat protein) mRNA des Alfalfa Mosaikvirus (Jobling, S. A. and
Gehrke, L. (1987) Nature 325: 622–625) oder das Mais chlorotic
mottle Virus (MCMV) Leiter (lommel, S. A., et al. (1991) Viroloy 81:
382–385),
einzufügen.
Der Fachmann wird die Anwendbarkeit anderer Leitsequenzen für verschiedene
Zweeke erkennen.
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Zielsequenzen
sind ebenso von Nutzen und können
in Konstrukte eingefügt
werden. Eine Zielsequenz wird für
gewöhnlich
in ein Peptid translatiert, das das Polypeptid Produkt der kodierenden
Nukleinsäuresequenz
zu einem gewünschten
Ort in der Zelle leitet und von dem Peptid getrennt wird, nachdem
der Durchgang des Peptids vollständig
oder gleichzeitig mit dem Durchgang ist. Beispiel für in dieser
Erfindung nützlicher
Zielsequenzen beinhalten die Hefe-Mitochondriale-Präsequenz
(Schmitz, et al. (1989) Plant Cell 1: 783–791), die Zielsequenz des
Phatogenese-ähnlichen
Gens (PR-1) von Tabak (Cornellisen, et al. (1986) EMBO J. 5: 37–40), Vakuole-Zielsequenzen
(Chrispeels, M. J. and Raikhel, N. V. (1992) Cell 68: 613–616), sekretorische
Wegsequenzen, wie jene des ER oder Golgi (Chrispeels, M. J. (1991) Ann.
Rev. Plant Physiol. Plant Mol. Biol. 42: 21–53), sind aber nicht darauf
beschränkt.
Intraorganelle Sequenzen können
ebenso für
innere Stellen, so beispielsweise Thylakoide in Chloroplasten, von
Nutzen sein. Theg, S. M. and Scott, S. V. (1993) Trends in Cell
Biol. 3: 186–190.
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Terminatorsequenzen
werden für
gewöhnlich
zusätzlich
zu 5' Leitsequenzen
in das Konstrukt eingefügt.
In pflanzlichen Konstrukten ist ein 3' nicht-translatierter Bereich im Allgemeinen
Teil des Expressionsplasmids und beinhaltet eine polyA Terminationssequenz.
Der eingesetzte Terminationsbereich wird im Allgemeinen ein vorteilhafter
sein, da Terminationssequenzen relativ austauschbar erscheinen.
Die Octopin-Synthase und Nopalin-Synthase
Terminationsbereich, die von dem Ti-Plasmid von A. tumefaciens stammen,
sind für
eine derartige Verwendung in der Erfindung geeignet.
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Irgendein
geeignetes Verfahren kann zum Einfügen der Nukleinsäuren und
Konstrukte dieser Erfindung verwendet werden, um transgene Pflanzen mit
einem geänderten
Genom zu erzeugen. Für
Gräser
wie beispielsweise Mais kann ein Mikroprojektil-Beschuss (siehe
beispielsweise, Sanford, J. C., et al.,
US 5,100,792 (1992)) verwendet werden.
Ein Nukleotid-Konstrukt
oder ein das Konstrukt enthaltender Vektor wird in dieser Ausführungsform
auf kleine Teilchen beschichtet, die anschließend mittels Hochgeschwindigkeits-Ballistischer-Durchdringung (high
velocity ballistic penetration) in das Zielgewebe (Zellen) eingefügt werden.
Der Vektor kann irgendein Vektor sein, der die Expression exogener
DNA in pflanzlichen Zellen ermöglicht,
in die der Vektor eingefügt wird.
Die transformierten Zellen werden anschließend bei zur Regeneration der
Pflanzen geeigneten Bedingungen gezüchtet, was zur Herstellung
von transgenen Pflanzen führt.
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Die
das Konstrukt tragende transgene Pflanzen werden unter Verwendung
mehrerer Verfahren, die einen geeigneten Phänotyp-Marker, wie beispielsweise
eine Antibiotika oder Herbizid Resistenz, oder visuelle Beobachtung
der Zeit der Blumeninduktion im Vergleich zu natürlich vorkommenden Pflanzen,
einschließen
aber nicht darauf beschränkt
sind, auf den gewünschten
Phänotyp
untersucht.
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Andere
bekannte Verfahren zum Einfügen von
Nukleinsäure
Konstrukten in Pflanzen schließen die
Agrobakterium-übermittelte
Transformation (siehe beispielsweise Smith, R. H., et al.,
US 5,164,310 (1992)), Elektroporation
(siehe beispielsweise Calvin, N.,
US
5,089,843 (1992)), Einfügung
unter Verwendung von Laserstrahlen (siehe beispielsweise Kasuya,
T., et al.,
US 5,013,660 (1991))
oder Einfügung
unter Verwendung von Agenzien wie beispielsweise Polyethylenglykol
(siehe beispielsweise Golds, T. et al. (1993) Biotechnology, 11:
95–97)
und ähnliche
ein. Pflanzliche Zellen können
im Allgemeinen mit mehreren Vektoren, wie beispielsweise viralen, episomalen
Vektoren, Ti-Plasmid Vektoren und ähnlichem, gemäß zu gut
bekannten Verfahren transformiert werden. Das Verfahren des Einfügens der
Nukleinsäure
in die pflanzliche Zelle ist für
diese Erfindung nicht entscheidend.
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Die
Verfahren dieser Erfindung können
in planta oder Samen Transformationsverfahren verwendet werden,
die keine Züchtung
oder Regenration erfordern. Beispiele dieser Verfahren sind in Bechthold,
N., et al. (1993) CR Acad. Sci. Paris/Life Sciences 316: 118–93; Chang,
S. S., et al. (1990) Abstracts of the Fourth International Conference
on Arabidospis Research, Vienna, p. 28; Feldmann, K. A. and Marks,
D. M. (1987) Mol. Gen. Genet. 208: 1–9; Ledoux, L., et al. (1985)
Arabidopsis Inf. Serv. 22: 1–11;
Feldmann, K. A. (1992) in: Methods in Arabidopsis Research (Eds.
Koncz, C., Chua, n-H, Schell, J.) pp. 274–289; Chee, et al., US Patent
Seriennummer 5,376,543 beschrieben.
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Der
transkriptionelle Initierungsbereich kann für eine konstitutive Expression
oder regulierte Expression vorgesehen sein. Zusätzlich zu dem ERA1 Promotor
sind viele Promotoren verfügbar,
die in Pflanzen funktionell sind.
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Konstitutive
Promotoren zur pflanzlichen Genexpression schließen die Octopin-Synthase, Nopalin-Synthase,
oder Mannopin-Synthase Promotoren von Agrobakterium, den Blumenkohl
Mosaikvirus (35S) Promotor, den Braunwurz Mosaikvirus (FMV) Promotor
und den Tabak Mosaikvirus (TMV) Promotor ein sind aber nicht darauf
beschränkt.
Eine konstitutive Genexpression in Pfalnzen kann ebenso durch den
Glutamin Synthase Promotor (Edwards, et al. (1990) PNAS 87: 3459–3463),
den Mais Sucrose Synthase 1 Promotor (Yang, et al. (1990) PNAS 87: 4144–4148) den
Promotor des Rol-C Gens der TLDNA des Ri-Plasmids (Sagaya, et al. (1989) Plant
Cell Physiol. 30: 649–654)
und den Phloem-spezifischen Bereich des pRVC-S-3A Promotors (Aoyagi,
et al. (1988) Mol. Gen. Genet. 213: 179–185) bereitgestellt werden.
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Hitzeschock-Promotoren,
der Ribulose-1,6-biphosphat (RUBP) Carboxylase kleine Untereinheit
(ssu) Promotor, Gewebe-spezifische Promotoren und ähnliches
können
zur regulierten Expression pflanzlicher Gene verwendet werden. Entwicklungsmäßig-regulierte,
Beanspruchungs-induzierte, Verletzungs-induzierte oder Phatogen-induzierte Promotoren
sind ebenso nützlich.
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Der
Regulatorbereich kann auf einen physischen Reiz, wie beispielweise
Licht, wie beim RUBP Carboxylase ssu Promotor, Differenzierungssignale oder
Metabolite, reagieren. Die Zeit und das Niveau der Expression der
Sense und Antisense Orientierung können eine bestimmte Auswirkung
auf den erzeugten Phänotypen
haben. Die gewählten
Promotoren, verbunden mit der Orientierung der exogenen DNA und
der Integrationsstelle eines Vektors ins Genom werden daher die
Auswirkung des eingefügten Gens
bestimmen.
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Spezifische
Beispiele regulierter Promotoren können ebenso die Niedrigtemperatur
Kin1 und cor6.6 Promotoren (Wang, et al. (1995) Plant Mol. Biol.
28: 605; Wang, et al. (1995) Plant Mol. Biol. 28: 619–634), den
ABA induzierbaren Promotor (Marcotte Jr.; et al. (1989) Plant Cell
1: 969–976),
Hitzeschock-Promotoren, wie der induzierbare hsp70 Hitzeschock Promotor
aus Drosophila melanogaster (Freeling, M., et al. (1985) Ann. Rev.
Of Genetics 19: 297–323),
der Kälte
induzierbare Promotor von B. napus (White, T. C., et al. (1994)
Plant-Physiol. 106: 917),
der Alkohol Dehydrogenase Promotor, der durch Ethanol induziert
wird (Nagao, R. T., et al., Miflin, B. J., Ed. Oxford Surveys of
Plant Molecular and Cell Biology, Vol. 3, p. 384–438, Oxford Univerity Press,
Oxford 1986), der Ploem-spezifische Synthase ASUS1 Promotor aus
Arabidopsis (Martin, et al. (1993) Plant J. 4: 367–377), der
ACS1 Promotor (Rodrigues-Pousada, et al. (1993) Plant Cell 5: 897–911), der
22 kDa Zein Protein Promoter aus Mais (Unger, et al. (1993) Plant
Cell 5: 831–841),
the ps1 Lectin Promoter der Erbse (de Pater, et al. (1993) Plant
Cell 5: 877–886),
der phas Promoter aus Phaseolus vulgaris (Frisch, et al. (1995)
Plant J. 7: 503–512),
the lea promoter (Thomas, T. L. (1993) Plant Cell 5: 1401–1410),
der E8 Gen Promotor aus der Tomate (Cordes, et al. (1989) Plant
Cell 1: 1025–1034),
der PCNA Promotor (Kosugi, et al. (1995) Plant J. 7: 877–886), der
NTP303 Promotor (Weterings, et al. (1995) Plant J. 8: 5563), der
OSEM Promotor (Hattori, et al. (1995) Plant J. 7: 913–925), der
ADP GP Promotor aus der Kartoffel (Muller-Rober, et al. (1994) Plant
Cell 6: 601–604),
der Myb Promotor aus Gerste (Wissenbach, et al. (1993) Plant J. 4:
411–422)
und der Plastocyanin Promotor aus Arabidopsis (Vorst, et al. (1993)
Plant J. 4: 933–945).
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Der
Vektor kann mit einem für
den Typ der Wirtszelle geeigneten Verfahren in Zellen eingefügt werden
(beispielsweise Transformation, Elektroporation, Transfection).
Zum Zwecke dieser Offenbarung beziehen sich die Ausdrücke "transformiert mit", "Transformante", "Transformation", "transfizieren mit" und "Transfektion" alle auf das Einfügen einer
Nukleinsäure
in eine Zelle mittels einer der zahlreichen Verfahren, die dem Fachmann
bekannt sind. Die Transformation prokaryotischer Zellen wird beispielsweise
im Allgemeinen durch Behandlung der Zellen mit Calciumchlorid erreicht,
um sie so "kompetent " zur Aufnahme exogener
DNA zu machen und anschließend
solche DNA mit den kompetenten Zellen zu mischen. Prokaryotische
Zellen können
ebenso mit einem rekombinanten Bakteriophagenvektor infiziert werden.
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Nukleinsäuren können iz
Zellen höherer
Organismen durch virale Infektion, Bakterien-Vermittelte Übertragung (beispielsweise
das Agrobakterium T-DNA Liefersystem), Elektroporation, Calcium-Phosphat
Ko-Ausfällung,
Mikroinjektion, Lipofektion, Beschuss mit Nukleinsäure-Beschichteten
Teilchen oder anderen Verfahren, die von dem jeweiligen Zelltyp
abhängen,
eingefügt
werden. Für
Gräser
wie Getreide und Sorghum kann ein Mikroprojektil-Beschuss wie beschrieben,
siehe beispielsweise Sanford, J. C., et al.,
US 5,100,792 (1992), verwendet werden.
Andere nützliche
Protokolle zur Transformation von pflanzlichen Zellen werden in
Gelvin et al., 1992 bereitgestellt. Geeignete Protokolle zur Transformation
und Transfektion von Zellen werden ebenso in Sambrook et al., 1989
gefunden. Die Nukleinsäure-Konstrukte
dieser Erfindung können
ebenso in spezifische pflanzliche Teile, wie den vorstehend beschriebenen,
durch die hierin beschriebenen Transformations- und Transfektions-Verfahren
eingefügt werden.
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Die
Konstrukte können
weiter so gehandhabt werden, dass sie für pflanzlich selektierbare
Marker kodierende Gene enthalten, um bei der Bestimmung transformierter
pflanzlicher Zellen zu helfen. Nützliche
selektierbare Marker beinhalten Enzyme, die eine Resistenz für ein Antibiotikum,
wie beispielsweise Gentamycin, Hygromycin, Kanamycin und ähnliches
bereitstellen. Ähnlich
dazu sind Enzyme nützlich,
die zur Herstellung einer Verbindung bereitstellen, die durch eine
Farbänderung
wie beispielsweise GUS (β-Glucuronidase),
oder durch Lumineszenz, wie Luziferase, erkannt werden kann.
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Beispielsweise
kann Antisense Ftase durch Integration eines Komplementären des
ERA1 Gens verbunden mit DNA, umfassend SEQ ID NO: 3, in das Genom
eines Virus hergestellt werden, der in die Wirtszellen eindringt.
Durch Infektion der Wirtszellen, der Bestandteile eines Systems
das die Transkription der in den Wirtszellen vorliegenden Antisense
ermöglicht.
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Wenn
Zellen oder Protoplasten, die das durch einen Promotor der vorliegenden
Erfindung gesteuerte Antisense Gen enthalten, erhalten werden, werden
die Zellen oder Protoplasten zu ganzen Pflanzen regeneriert. Die
transformierten Zellen werden anschließend bei zur Regenration von
Pflanzen geeigneten Bedingungen gezüchtet, was zur Herstellung
von transgenen Pflanzen führt.
Die Wahl der Methodik für
den Regenerierungsschritt ist nicht mit geeigneten Protokollen entscheidend,
die für
viele Arten von Pflanzen, Geweben und anderen photosynthetischen
Organismen verfügbar
sind. Siehe beispielsweise Gelvin S. B. and Schilperoort R. A.,
Eds. Plant Molecular Biology Manual, Second Edition, Suppl. 1 (1995)
Kluwer Academic Publishers, Boston MA, U.S.A.
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Das
Konstrukt tragende transgene Pflanzen wurden auf den gewünschten
Phänotyp
hin unter Verwendung mehrerer Verfahren untersucht, die einen geeigneten
phänotypischen
Marker, wie beispielsweise wie vorstehend Antibiotikaresistenz oder Herbizidresistenz,
oder die visuelle Beobachtung ihres Wachstums im Vergleich zum Wachstum
der natürlich
vorkommenden Pflanzen bei den gleichen Bedingungen, einschließen aber
nicht darauf beschränkt
sind.
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Wie
hierin verwendet beinhaltet der Ausdruck transgene Pflanzen Pflanzen,
die entweder DNA oder RNA enthalten, die nicht natürlich in
der Wildtyp (nativen) Pflanze oder bekannten Varianten, oder zusätzlichen
oder verkehrten Kopien der natürlich
auftretenden DNA vorkommt und die wie hierin beschrieben eingefügt wird.
Transgene Pflanzen beinhalten jene, in denen isolierte Nukleinsäuren und ihre
Abkömmlinge
eingefügt
wurden, hergestellt aus Samen, vegetativer Propagierung, Zell, Gewebe oder
Protoplasten Kultur oder ähnlichem,
worin eine derartige Änderung
aufrechterhalten wird.
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Derartige
transgene Pflanzen beinhalten in einer Ausführungsform transgene Pflanzen,
die Angiosperm, sowohl Monocotyledon und Dicotyledon, sind. Transgene
Pflanzen beinhalten jene, in die DNA eingefügt wurde, und ihre Nachkommen,
die aus Samen, vegetativer Propagierung, Zell, Gewebe oder Protoplasten
Kultur oder ähnlichem
hergestellt wurden.
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Samen
können
von der regenerierten Pflanze oder durch eine Kreuzung zwischen
der regenerierten Pflanze und einer geeigneten Pflanze der gleichen
Spezies erhalten werden. Alternativ dazu kann die Pflanze durch
gezüchtete
pflanzliche Teile vegetativ propagiert werden, die für die Regenerierung solcher
pflanzlicher Teile geeignet sind.
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Die
Erfindung kann verwendet werden, um ein pflanzliche Gewebekultur
und Protoplasten bereitzustellen, die DNA enthalten, die eine Antisense oder
eine geänderte
ERA1 Nukleinsäure
wirksam mit einem Promotor verbunden umfassen, der die Reaktion
der Gewebekultur oder Protoplasten auf wechselnde Umweltbedingungen ändert.
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Die
Verfahren dieser Erfindung können ebenso
mit in planta oder Samen Transformationsverfahren verwendet werden,
die keine Züchtung oder
Regenerierung erfordern. Beispiele dieser Verfahren sind in Bechtold,
N., et al. (1993) CR Acad. Sci. Paris/Life Sciences 316: 118–93; Chang,
S. S., et al. (1990) Abstracts of the Fourth International Conference
on Arabidopsis Research, Vienna, p. 28; Feldmann, K. A. and Marks,
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Koncz, C., Chua, N-H, Schell, J.) pp. 274–289; Chee, et al., US Patent,
Seriennummer 5,376,543 beschrieben.
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Die
Konstrukte und Verfahren dieser Erfindung weisen zahlreiche Anwendung
von kommerziellem Wert, insbesondere bei der Verhinderung der Austrocknung
von pflanzlichen Geweben bei Zeiten von Wasser-Beanspruchung, auf.
Die genetische Manipulation von Kulturpflanzen, die Inhibitoren
der Ftase oder Inaktivierung des die exogene pflanzliche Ftase kodierenden
Gens beinhalten, würde
es solchen Pflanzen ermöglichen
vorübergehender
umweltbedingter Beanspruchung zu widerstehen und kann die Umgebungen
erweitern, wo diese Pflanzen gezüchtet
werden können.
Eine Verbesserung der Toleranz von Kulturpflanzen gegenüber Kälte, Salz und
Trockenheit-Beanspruchung kann daher die Pflanzenausbeute unter
solchen ungünstigen
Bedingungen verbessern.
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Die
hierin beschriebene Technologie kann ebenso zur Änderung der Erntezeit und der
Erntequalität
von Pflanzen verwendet werden. Beispielsweise könnte die Überexpression von Ftase zu schnelleren
Trocknungszeiten von Kulturen, wie Getreide und anderen Gräsern, führen. Das
Trocknen von Getreide beinhaltet die Verwendung großer Mengen
an Propangas. Trockungszeiten von Getreide wie Heu, das normalerweise
auf den Feldern trocknet, könnten
verkürzt
werden und die Wahrscheinlichkeit verringern, das Regen das Getreide
verderben könnte.
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Die
Inhibierung der Farnesylierung in Pflanzen kann zusätzlich zur
Steuerung des Alterungsfortschritts der Pflanzen verwendet werden,
so dass Blätter
länger
in einem grünen
Zustand und Früchte unreif
gehalten werden können.
Falls beispielsweise ein Antisense Konstrukt des ERA1 oder CaaX
Box Inhibitor Protein Konstrukts unter die Kontrolle eines Alterungsinduzierten
Promotors gestellt wurde, würde die
Pflanze einen Farnesylierungsinhibitor induzieren, wenn der Alterungsfortschritt
ausgelöst
wurde, was wiederum die Alterung inhibieren würde. Das Ergebnis würde eine
Pflanze sein, die grün
bleibt, oder Früchte,
die unreif bleiben. Die Pflanze könnte daher viel länger bei
der Herstellung eines Produkts, wie eines vegetativen Teils, Blume
oder Frucht, gehalten werden. Gartenbauern könnten daher Pflanzen herstellen,
die grün
verbleiben und weiterhin wachsen, selbst wenn eine Wildtyp Pflanze
derselben Art unter den gleichen Bedingungen altern würde. Schnittblumen
könnten
länger
gehalten werden. Oder eine Frucht könnte unreif gehalten werden,
ein wichtiges Produkt für
die Gemüseindustrie,
wo die Herstellungs-Standzeit
zum Markt von höchster
Wichtigkeit ist.
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Die
Inhibierung der Ftase in Früchten
und Gemüse
kann weiterhin das Welken verringern. Das Welken des Produkts könnte daher
während
der Beförderung
oder des Versands verringert werden. Früchte und Gemüse im Regal
des Lebensmittelladens würden
ebenso weniger Befeuchten benötigen, um
sie frisch und aromatisch zu erhalten, und es würde ein geringer Bedarf darin
bestehen, Produkte wie Gurken, Äpfel
und Orangen zu wachsen, um sie vor dem Austrocknen zu schützen.
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Eine
geringere Bewässerung
würde ebenso bedeuten,
dass ein Befall der Früchte
von Pilzen oder Bakterien verringert sein würde. Beispielsweise könnten pflanzliche
Erkrankungen auf dem Feld inhibiert werden, die vom Versprühen von
Pflanzenpathogenen von dem Boden zu den Blättern und Früchte der
Pflanze herrühren.
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Im
Gebiet des Gartenbaus könnten
viele trockenheitsresistente Arten für den Landschaftsbau und zur
Verwendung als häusliche
Zierdepflanzen hergestellt werden. Von besonderem Wert würden Pflanzenarten
sein, die zum Eintopfen in oder außerhalb von Häusern und
Büros zur
Zierde verwendet werden, und die seltenes Gießen überleben können. Dies würde insbesondere
während
der trockenen Sommermonate eine beträchtliche Wohltat für Gärtner sein,
in denen vergessene Pflanzen schnell unter der Sonne austrocknen.
Pflanzen, die unter Bäumen und
an anderen schattigen Stellen wachsen, erfahren häufig Trockenheitsbedingungen
und begrenztes Licht. Die hierin bereitgestellte Technology kann Pflanzenarten
bereitstellen, die besser unter diesen Bedingungen überleben
können.
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Gartenbauern
könnten
viele Verwendungszwecke für
Pflanzen finden, bei denen seitliche Verzweigung und/oder die Blumenzahlen
mittels Licht/Dunkelheits-Zyklen reguliert werden können. Beispiele
von Pflanzen bei denen längere,
unverzweigte Stiele einen absatzfähigen Vorteil verleihen, beinhalten
Rosen, Nelken, Lilien und ähnliches.
Die Fähigkeit
die Zahl an Blumen oder Blümchen
auf der Pflanze zu steigern ist ebenso ein Posten von hohem Wert.
Diese Charakteristika könnten
ebenso für
viele landwirtschaftliche Früchteverwendet
werden, dadurch dass Ausbeuten auf eine Art gesteigert werden können, die
ebenso eine Ernte der Frucht erleichtert.
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Ein
anderer Vorteil der hierin bereitgestellten Konstrukte und Verfahren
besteht darin, dass der ERA1 Promotor in den Schließzellen
der Blätter
aktiv ist. Ein Abschnitt des ERA1 Gen Promotors kann an Antisense
Nukleinsäure
an das ERA1 Gen fusioniert werden, so dass die Ftase Aktivität ausschließlich in den
Schließzellen
verringert ist.
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Eine
weitere Ausführungsform
ist die Verwendung des trockenheitsresistenten Charakteristikums
als ein selektierbarer Marker der Transformation in Pflanzen, pflanzlichen
Zellen und pflanzlichem Gewebe. Ein Verfahren zum Nachweisen der
Transformation in Pflanzen besteht aus: (a) Einbringen eines Nukleinsäurekonstrukts,
das einen an eine Nukleinsäure
wirksam verbundenen Promotor umfasst, die eine Antisense zu SEQ
ID NO: 1 oder Nukleinsäure
umfasst, die eine funktionelle Entsprechung der Antisense umfasst;
(b) Einfügen
des Nukleinsäurekonstrukts
in eine Pflanze, pflanzliche Zelle oder pflanzliches Gewebe; (c)
Wachsen der Pflanze, oder Regenerieren einer Pflanze aus der pflanzlichen
Zelle oder dem pflanzlichen Gewebe bis zur Bildung von Stomata;
und (d) Plazieren der Pflanze oder generierten Pflanze zu Bedingungen,
worin die Pflanze durch Trockenheit beansprucht wird, worin ein Überleben
der Pflanze unter Trockenheitsbedingungen im Vergleich zu nicht-transformierten
Pflanzen ein Transformation anzeigt. Diese Technologie kann daher
als ein selektierbarer Marker verwendet werden, d. h. als ein visueller
Marker, insbesondere wenn mit pflanzlicher Selektion und Transformation
Schemen zusammengefasst.
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Zusätzlich kann
ohne Beanspruchung einer transgenen Pflanze, die Verzweigungsund/oder
Blühen-Wuchsformen
von Pflanzen mit Verlust an Ftase Funktion sich wesentlich von dem
der Wildtyp Pflanzen unterscheiden und als ein Marker für eine erfolgreiche
Transformation verwendet werden. Dieses Verfahren würde insbesondere
dort von Nutzen sein, wo in planta Transformationstechniken angewendet wurden.
Bei Tageslicht-Bedingungen
werden Triebe transgener Pflanzen ein geringeres seitliches Verzweigen
als nicht-transformierter Triebe zeigen und daher einen tatsächlichen
Verlust an Ftase Aktivität ohne
die Verwendung selektiver Antibiotika-Marker zeigen.
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Beispiel 1: Mutagenese
Bedingungen
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In
dieser Studie verwendete Arabidopsis Pflanzen wurden bei ständigem Licht
in Baden oder Agar enthaltenden Petrischalen gezüchtet, wie bereits anderweit
beschrieben (Haughn and Somerville 1986). Es wurden zwei verschiedene
Wildtypen von Arabidopsis verwendet: Meyerowitz's Colombia (Col) (Lelhe Seeds, Dripping
Springs, TX und Wassilewskija (Ws) (ABRC, Ohio State University).
Mutanten, die durch das Durchmustern T-DNA mutagenisierter Samen
isoliert wurden, lagen im Wassilewskija Hintergrund vor. Diese wurden
von der Ohio Staat Arabidopsis Samenbestandssammlung (ABRC Bestandsnummern
CS2606–2654)
erhalten. Die T-DNA Samensammlung umfasste 49 Pools von 1200 vierter Generation
(T4) Abkömmlinge,
die von 100 mutagenisierten Vorgängern
abstammen. Ein mutagenisierter Vorgänger wurde durch die Übernacht-Inkubation von
Wildtyp Samen (T1) in einer gesättigten
Agrobakterium Kultur, die ein T-DNA Plasmid enthält. Die Samen wurden in Wasser
gewaschen und in Töpfe gepflanzt.
T2 Generationssamen wurden von jeder Pflanze erhalten und auf Kanamycinresistenz
(die auf der T-DNA enthalten ist) untersucht. Kanamycinresistente
Pflanzen wurden zur T3 Generation befördert. T4 Generationspflanzen
wurden dem Bestandszentrum überlassen.
Jeder Pool wurde getrennt durchmustert.
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Mutanten,
die durch das Durchmustern schneller Neutronen bestrahlter Samen
isoliert wurden, lagen im Meyerowitz Columbia Hintergrund vor. Mutagenisierte
Wildtyp Samen (N1) wurden mit 60 Gy schneller Neutronen bestrahlt
und zur nächsten Generation
gezüchtet.
Die N2 Samen wurden als Poole von näherungsweise 11.000 Samen erhalten, die
von 1387 N1 Vorgängern
erzeugt wurden. Zehn dieser Polle wurden getrennt auf ABA Überempfindlichkeits-Mutationen
durchmustert. Bei der anfänglichen
Durchmusterung wurden die Samen bei 4°C gelagert und ohne Imbibition
ausplattiert. Für
alle folgenden erneuten Durchmusterungen wurden die Samen bei 4°C eine Woche
auf 0,3 μM
ABA imbibiert und auf das Auskommen von Cotyledon nach 5–7 Tagen
bei 22°C
im Licht bewertet.
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Beispiel 2: Genetische
Analyse
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Mutantenlinien
wurden zu Wildtypen dreimal rückgekreuzt.
T-Mutationen wurden zu Ws und schnelle Neutronen Mutanten zu MCol
rückgekreuzt. Der
Segregation der era Phänotypen
folgte das Plattieren der F2 Samen auf sowohl 0,3 μM ABA und
Imbibition für
vier Tage bei 4°C.
Nach der Imbibition wurden die Platten zu Raumtemperatur bei Licht
versetzt. Die Keimung wurde als das Vorliegen oder die Abwesenheit
von ausgedehnten Cotyledons in Keimlingen eine Woche nach Imbibition
bestimmt. Doppelmutanten wurden Kreuzung von für jede Mutation homozygoten
Linien konstruiert, gefolgt von Segregation und Bestimmung von Linien,
die einen der Mutanten-Phänotypen
trugen. Das in dieser Studie verwendete abi3 Allel ist abi3-6 (Nambara
et al., 1994) und abi1 is abi1-1 (Koornneef et al., 1982). Das era1-2
Allel wurde als der era Vorgänger
verwendet. Eine Segregationsanalyse legte eine teilweise suprimierte era1
nahe. Die Unempfindlichkeit von ab1 auf F2 Pflanzen wurde zuerst
auf Unempfindlichkeit auf 3 mM ABA durchmustert und F3 Samen dieser
Pflanzen wurden nach Empfindlichkeit gegen 0,3 μM ABA bewertet. Wahrscheinliche
Doppelmutanten wurden in der T4 Generation auf Abkömmlinge
untersucht und durch DNA Polymorphismen auf sowohl Abi1 und Era1
verifiziert. Für
era1 abi3 Doppelmutanten wurden F2 Samen nach Unempfindlichkeit
(3 μM ABA)
durchmustert und reife Pflanzen wurden auf vorragende Karpelle und
unreife grüne
Samen (Nambara et al., 1994) bewertet. Wahrscheinliche Doppelmutanten
Linien wurden durch DNA Polymorphismen für sowohl Abi3 und ERA1 verifiziert.
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Beispiel 3: DNA und RNA
Analyse
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Die
Verfahren zur DNA (Dellaporta et al., 1983) und RNA (Verwoerd et
al., 1989) Extraktion waren wie beschrieben. Hochstringente Southerns wurden
bei 65°C
wie anderweitig beschrieben (Sambrook et al., 1989) durchgeführt. Die
gesamte Durchmusterung der genomischen und cDNA Bibliotheken wurde
auf Gelman BioTrace NT Membranen gemäß den Herstellerangaben (Gelman
Sciences) durchgeführt.
Um Insertionsverbindungen zwischen T-DNA und genomischer in der
T12W Mutante (era1-1) zu klonieren, wurde eine Bibliothek aus T12W
DNA in γ-ZAPII
(Stratagene) hergestellt. Genomische Southern Blots von T12W DNA,
verdaut mit EcoR1 und mit einer Sonde mit rechtem Rand (right border, RB)
versehen, erzeugten drei Banden (13 kb, 7,0 kb und 8,0 kb). Nachfolgende
Analyse mit anderen Restriktionsenzymen verifizierte die 7 und 8
kb Banden als die Insertionspunkte der T-DNA und angrenzenden pflanzlichen
DNA enthaltend. Diese Fragmente wurden durch Verdauen genomischer
DNA mit EcoR1 kloniert und die DNA wurde unter Verwendung eines
Prep Cell (Pharmacia) fraktioniert. Fraktionen, die die 7 und 8
kb Fragmente enthielten, wurden mittels Southern Analyse gepoolter
Fraktionen unter Verwendung des RB als Sonde bestimmt. Diese Poole
wurden an die γ-ZAPII
Arme gemäß den Herstellerangaben
(Stratagene) ligiert. Eine Bibliothek von 40.000 Rekombinanten wurde
durchmustert. Fünf
positive Plaques wurden bestimmt und ausgeschnittenes Plasmid, aus
den klonierten Inserts gebildet, wurde gemäß den Herstellerangaben (Stratagene)
isoliert. Zwei Plasmide, als pL4B und pL7 bezeichnet, die an die
RB Sonde hybridisieren wurden weiter charakterisiert. Unter Verwendung
von pBluescript wurde ein 2,3 kB EcoRI BamHI Fragment aus p4LB subkloniert
und mit pSC10 bezeichnet und ein 1,3 kB HindIII BamHI Fragment aus
pL7 wurde subkloniert und mit pSC11 bezeichnet. Diese beiden Plasmide
enthalten näherungsweise
1,2 kb T-DNA, die sich an die angrenzende pflanzliche genomische DNA
anschließt.
pSC10 wurde als eine Sonde zum Durchmustern einer Arabidopsis cDNA
Bibliothek, PRL2 1-ZipLox (ABRC, Bestand CD4-7) verwendet. Fünf positive
cDNA wurden bestimmt und das längste
cDNA Insert, pZL23, wurde zur Durchmusterung eines zusätzlichen
200.000 PRL2 Phagen verwendet. Von dieser Durchmusterung wurde ein
längeres cDNA
Insert, pZL51, (1,35 kb) isoliert. Diese Klone wurden sequenziert
und zur Durchmusterung von 30.000 γ-ZAPII Plaques verwendet, die
durch teilweise verdaute EcoR1 Wildtyp Columbia genomische DNA hergestellt
wurden. Die Konstruktion dieser Bibliothek war wie vorstehend beschrieben,
mit Ausnahme eine Fraktionierung der verdauten DNA. Vier positive
Klone wurden bestimmt. Die Inserts wurden ausgeschnitten und ein
6 kB Bereich, der den pZL51 Klon umfasst, wurde vollständig sequenziert.
Dieses genomische Insert und ein 14 kb genomisches Insert, das aus
einer 1-FIX Lansberg erecta genomischen Bibliothek mittels ähnlicher
Verfahren (ABRC, Bestand CD4-8) isoliert wurde, wurden als Sonden
verwendet, um Deletionen in den schnellen Neutronen Mutanten (era1-2,
era1-3) auszumessen.
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Beispiel 4: Protein Farnesyltransferase
Assay
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Farnesyltransferase
(Ftase) Assays wurden unter Verwendung zellfreier Extrakte von Wildtyp
und Mutanten Pflanzen als der Ftase Quelle und synthetischen Heptapeptiden
als Reaktionssubstrat durchgeführt.
Peptide wurden von Genemed Biotechnologies, Inc. erworben. Die geeigneten
Sequenzen für die
Peptide beruhten auf den Daten von Randall et al. (1993); diese
waren GGCCAIM(-CAIM) und GGCCAIL(-CAIL). Lösungen der Peptide wurden in
100% Dimethylsulfoxid (DMSO), enthaltend 10 mM Dithiotreitol (DTT)
und verdünnt
in 10 mMDTT in der Abwesenheit von DMSO, hergestellt. Die Quelle
der Ftase für
Transferaseassays waren lösliche
Proteinextrakte aus den Knospen drei Wochen alter Pflanzen. Für beide
Wildtyp und Mutanten Pflanze wurden 1 g (Frischgewicht (fresh weight))
Knospen gesammelt und in einem Puffer homogenisiert, der 50 mM Hepes (pH
7.5), 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 5 mM DTT, 2 μg/ml Leupeptin,
2 μg/ml
Aprotinin, and 1 mM PMSF enthält.
Zelltrümmer
und Membranen wurden durch Zentrifugation bei 4°C bei 10.000 g für 10 Min.
und 100.040 g für
30 Min. entfernt. Der Überstand
wurde aufbewahrt und eine Quantifizierung des gesamten löslichen
Proteins wurde gemäß Bradford
(1976) vorgenommen. Lösliche
Extrakte wurden bei 30°C
mit einem Peptidsubstrat und 3H-Farnesylpyrosphat (Amersham)
für 40
Min. inkubiert. Jede Reaktionsmischung enthielt die folgenden Bestandteile
in einem Endvolumen von 25 μl:
50 mM Hepes (pH 7.5), 5 mM MgCl2, 5 mM DTT,
50 μM Peptid,
0.5 μM [3H]FPP, and 100 μg löslichen Proteinextrakt. Als
eine Kontrolle enthielt eine Reaktion lösliche Extrakte, die 5 Min.
gekocht wurden. Die Reaktionen wurden durch Zugabe von EDTA zu einer
Endkonzentration von 50 mM beendet und anschließend auf Silica Gel 60 Dünnschicht-Chromatographieplatten
(Millipore) gespottet. Die Platten wurden mit n-Propanol-Wasser
(7 : 3 v/v) für
4–5 h
entwickelt. Die Platten wurden getrocknet, mit En3Hance
(New England Nuclear) besprüht und
einem Kodak X-OMAT AR Film bei –70°C für 4 Tage
ausgesetzt.
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Beispiel 5: ERA1-GUS Gen
Konstrukte und transgene Pflanzen
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ERA1-GUS
Fusionskonstrukte wurden durch Einfügen eines 5 kb EcoR1-HindIII
Genomfragments des ERA1 Promotors in das promotorenlose GUS T-DNA
Plasmid (pBI121) hergestellt. Dieses Konstrukt wurde in den Agrobakterium
Stamm LB4404 transformiert. Das Agrobakterium wurde gezüchtet (0,8
OD Einheiten, 595 nm) und anschließend gründlich in Wasser gewaschen,
die Zellen wurden in 10% Glycerol resuspendiert und anschließend in
einem Elektroporator bei 200 Ohm, 25 μF und 2,5 kVolt gepulst. Die
Zellen wurden anschließend
auf LB Medium mit Ampicillin (100 μg/ml) ausplattiert und für 2 Tage
bei 28°C
gezüchtet.
Ampicillinresistente Transformanten wurden in nachfolgenden pflanzlichen Transformationsexperimenten
verwendet. Die transgenen Pflanzen wurden durch Vakuum infiltrierende (vacuum
infiltrating) Pflanzen mit einer gesättigten Agrobakterium Kultur
(0,8 OD Einheiten, 595 nm) hergestellt. Wildtyp Pflanzen wurden
unter gewöhnlichen
Laborbedingungen (25°C,
150 μE m–2 sec–1, Feuchtigkeit,
andauerndes Licht) gezüchtet
bis sie ihre ersten vorzeitigen Samen (bolts) nach näherungsweise
5 Wochen erzeugten. Die Stiele wurden entfernt und die Pflanzen
wurden in Lösung
von Agrobakterium unter Wasser gehalten und unter Vakuum (20 mBar)
für 5 Min.
platziert. Nach Unterbrechung des Vakuums wurden die Pflanzen auf
Boden übertragen
und es ihnen ermöglicht
sich unter gewöhnlichen
Laborbedingungen zu erholen. Die Pflanzen erzeugten neue Blumen
und Samen, der nach 2 Monaten geerntet wurde und dem es ermöglicht wurde
2 Wochen zu trocknen. Samen von einzelnen Pflanzen wurden in Minimalmedium
MS Platten gepflanzt, die 50 μg/ml
Kanamycin enthielten. Grüne Kanamycinresistente
Pflänzchen
wurden bestimmt und nach 2 Wochen auf Boden überführt und es ihnen ermöglicht für Saatgut
zu wachsen. Diese Samen wurden gekeimt und die Setzlinge wurden
unter Verwendung des fluoreszierenden GUS Substrats Imagene Green
(Molecular Probes, Eugen, Oregon) auf GUS Aktivität untersucht.
Der Assay wurde durch Suspendieren der Setzlinge in GUS-Puffer (50
mM Natriumphosphat pH 7.0, 10 mM EDTA, 0.1% Triton X-100, 0.1% Natriumsarcosyl,
4 mM Imagene Green) für
2–4 Stunden
im Dunkeln bei Raumtemperatur durchgeführt. Die Setzlinge wurden direkt
unter einem Mikroskop (25 ×)
unter Verwendung blauen Anregungslichts für ein positives Fluoreszenzsignal
betrachtet, das auf einem roten Chlorophyll-Autofluoreszierenden Hintergrund
gelb ist.
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Beispiel 6: Trockenheitsversuche
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Sechs
einzelne Wildtyp und sechs era1-2 Setzlinge wurden vier Wochen unter
beständigem Licht
mit beständiger
Bewässerung
(25°C, 150 μE m–2 sec–1,
70% Feuchtigkeit, beständiges
Licht) gezüchtet.
Die Töpfe
wurden anschließend
mit Aluminiumfolie bedeckt, um die Bodenverdunstung zu verzögern, und
die Pflanze und der Topf wurden gewogen. Zu diesem Zeitpunkt wurden
die Pflanzen nicht mehr bewässert
und jeder Topf wurde täglich
gewogen. Am Versuchende wurden die Pflanzen entfernt und es wurde
den Töpfen
ermöglicht
weiter zwei Wochen zu trocknen und anschließend gewogen, um das Gewicht
des trockenen Bodens und des Topfes zu bestimmen. Dieses Gewicht
wurde von jeder Probe abgezogen.
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Beispiel 7: Mit dem Alter
in Beziehung stehende Änderungen
bei abgelösten
Blättern
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Der
Chlorophyllgehalt in reifen Rosettenblättern bei Wildtyp Columbia
und era1-2 Mutanten wurde nach Ablösung von jenen mit Arabidopsis
Pflanzen verglichen. Die Pflanzen wurden unter beständigem Licht
(150 μEinstein/m2 sec) und Temperatur (22°C) bis zu einem ähnlichen
entwicklungsgemäßen Alter
(3 Wochen anschließend
Keimung) gezüchtet. Zu
diesem Zeitpunkt wurden die fünften
Blätter
mehrerer Pflanzen entfernt, die nach der Keimung entstanden sind,
und auf Minimalsalze enthaltendem 0,8% Agar in Petrischalen platziert.
Die Platten wurden abgedichtet und bei 22°C unter beständigem Licht (50 μEinstein/m2 sec) für
12 Tage platziert. Fotografien wurden aufgenommen und Farbvergleiche wurden
bei 0, 3, 6, 9 und 12 Tagen vorgenommen.
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Beispiel 8: Bestimmung
von Transkriptionsniveaus ausgewählter
Gene in alternden Blättern
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Die
Pflanzen wurden unter beständigem Licht
(150 μEinstein/m2 sec) und Temperatur (22°C) bis zu einem ähnlichen
entwicklungsgemäßen Alter (3
Wochen anschließend
Keimung) gezüchtet,
wobei zu diesem Zeitpunkt das fünfte
Rosettenblatt, das anschließend
an die Keimung entstanden ist, von Mutanten (era1-2) und Wildtyp
Pflanzen entfernt wurde. Diese Blätter wurden auf die Expression
dreier Gene (CAB, SAG12 und SAG13) mittels Northern Analyse (0,
4, 8 Tage nachdem Schossen (bolted) der Pflanzen) untersucht. Das
CAB Gen kodiert das Arabidopsis Chlorophyll Bindeprotein, das bei
dem Einfangen von Licht zur Photosynthese beteiligt ist. CAB wird
für die
grüne Blattfarbe
benötigt
und stellt einen guten Marker für
den Chlorophyll-Durchsatz in der Pflanze dar. CAB in Wildtyp Pflanzen
zeigt eine Transkriptionsniveau-Erniedrigung, sobald die Alterung
induziert ist. Keine Erniedrigung des Transkriptionsniveaus wurde
bei alternden Blättern
der era1-2 Mutanten beobachtet. SAG12 und SAG13 sind Arabidopsis Gene,
die durch differentielle Expression währen der Alterung (SAG steht
für Alterungs-Aktiviertes
Gen, senescence Activated Gene) kloniert wurden. Die Transkription
beider Gene wird während
dem Beginn Wildtyp Arabidopsis Pflanzen induziert. Es wurde bestimmt,
dass diese Gene bei den gleichen entwicklungsgemäßen Bedingungen in den era1-2
Mutanten nicht induziert wurden.
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