DE2918834A1 - Biologische zellfraktionierung - Google Patents

Biologische zellfraktionierung

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DE2918834A1 DE19792918834 DE2918834A DE2918834A1 DE 2918834 A1 DE2918834 A1 DE 2918834A1 DE 19792918834 DE19792918834 DE 19792918834 DE 2918834 A DE2918834 A DE 2918834A DE 2918834 A1 DE2918834 A1 DE 2918834A1
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    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N1/00Microorganisms, e.g. protozoa; Compositions thereof; Processes of propagating, maintaining or preserving microorganisms or compositions thereof; Processes of preparing or isolating a composition containing a microorganism; Culture media therefor
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    • B04BCENTRIFUGES
    • B04B5/00Other centrifuges
    • B04B5/10Centrifuges combined with other apparatus, e.g. electrostatic separators; Sets or systems of several centrifuges
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12MAPPARATUS FOR ENZYMOLOGY OR MICROBIOLOGY; APPARATUS FOR CULTURING MICROORGANISMS FOR PRODUCING BIOMASS, FOR GROWING CELLS OR FOR OBTAINING FERMENTATION OR METABOLIC PRODUCTS, i.e. BIOREACTORS OR FERMENTERS
    • C12M47/00Means for after-treatment of the produced biomass or of the fermentation or metabolic products, e.g. storage of biomass
    • C12M47/06Hydrolysis; Cell lysis; Extraction of intracellular or cell wall material
    • BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B04CENTRIFUGAL APPARATUS OR MACHINES FOR CARRYING-OUT PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES
    • B04BCENTRIFUGES
    • B04B5/00Other centrifuges
    • B04B5/04Radial chamber apparatus for separating predominantly liquid mixtures, e.g. butyrometers
    • B04B5/0442Radial chamber apparatus for separating predominantly liquid mixtures, e.g. butyrometers with means for adding or withdrawing liquid substances during the centrifugation, e.g. continuous centrifugation
    • B04B2005/0471Radial chamber apparatus for separating predominantly liquid mixtures, e.g. butyrometers with means for adding or withdrawing liquid substances during the centrifugation, e.g. continuous centrifugation with additional elutriation separation of different particles

Description

  • 1, Begründung UND GEGENWÄRTIGER STAND
  • Im gesamten Bereich der analytischen Biochemie und biochemisch orientierten Zellbiologie, insbesondere bei Arbeiten mit Gewebe von Eukarionten, müssen Zellen aufgebrochen und verschiedene Zellorganellen isoliert werden. Die Isolation von instr zelluläre Organellen (Zellkernen, Mitochondrien, intrazellulären Vesikeln und Granulae,Ribosomen, rauhem oder glattem endoplasmatischem Reticulum, Plasmamembrc fragmenten) und ihre Abtrennung vom Cytoplasma ist heute als Standardprozedur anzusehen. Während sich bisher die Untersucher auf die Isolation nur einer bestir ten Fraktion festlegten und die anderen Fraktionen verwarfen, machen es neue Problemstellungen notwendig, zwei oder drei Zellfraktionen gleichzeitig zu isolii ren, um Probleme molekularer Interaktionen während z.B. des Zellzyklus untersucht zu können. Damit wir4 die Entwicklung schnell verlaufender Zellfraktionierungstechniken, die umständliche Reinigungsmethoden umgehen, vonnöten. Gegenwärtig isl die Methodik zur Isolation von Zellorganellen auf diskontinuierliche Fraktionier techniken fokussiert, was durch die in der Biochemie und Zellbiologie traditione Art des Zellaufbruches höherer Zellen begründet ist.
  • Der Zellaufbruch, der Schlusselschritt für die gesamte Zellfraktionierung, wird normalerweise noch in einem diskontinuierlichen Verfahren durchgeführt, wobei si die Zellorganellen längere Zeit im enzymatisch aktiven Homogenat befinden. Dem essentiellen Schritt des Zellaufbruchs folgt nun auch diskontinuierlich die Frak tionierung der einzelnen Zellorganellen. (Verschiedentlich werden für die Auf art tung großer Mengen Durchflußrotoren, wie sie von den auf dem Markt vertretenen F men angeboten werden, verwendet, um eine spezielle Fraktion anzureichern.) Um di se differentielle Fraktionierung durchführen zu können, sind meist zwei bis drei Zentrifugen unterschiedlichen Drehzahlbereichs notwendig. Neben diesem apparativ Aufwand sind bei der diskontinuierlichen Fraktionierung eine Reihe weiterer schw wiegender Nachteile in Betracht zu ziehen: i) Die Zellorganellen befinden sich längere Zeit im enzymatisch aktiven Homogenat, wodurch die Zellorganellen verändert werden (z.B. durch Proteasen). Der Zellaufbruch muß daher bei der relativ unphysiologischen Temperatur von 40C durchgeführt werden (um die enzymatische Aktivitat gering zu halten), bei der verschiedene Zellorganellen destruiert (Mikrotubuli) bzw. verändert (Phasenentmischung bei Lipiden) sind.
  • ii) Plasmamembranvesikel, die in einem der Endschritte der Zellfraktionierung gewonnen werden, stehen bei der traditionellen Methodik erst nach ein bis eineinhalb Tagen zur Verfugung.
  • iii) Das immer wieder durchzuführende Be- und Entladen der Rotoren stellt einen großen Arbeitsaufwand dar.
  • iv) Für die Reproduzierbarkeit ergeben sich durch verschiedene subjektive Parameter, wie Resuspendieren der Niederschläge, das Einhalten von Zeitintervallen zwischen einzelnen Zentrifugenschritten, die Temperaturkontrolle beim Hantieren mit dem biologischen Material, immer wieder Schwierigkeiten.
  • lis BESCHREIBUNG DES ZELLFRAKTIONATORS Diese oben beschriebenen Probleme sollen durch einen kontinuierlich arbeitenden Zellfraktionator umgangen und die gesamte Arbeitsprozedur der differentiellen Zentrifugation automatisiert werden.
  • Eine wichtige Voraussetzung für das Arbeiten mit dem Zellfraktionator IStr daß das biologische Material als Einzelsellsuspension vorliegt. Durch die Einführung der Methoden der Trypsinierung bzw. Gollagenasebehandlung wurde es in den letzten Jahrell ermöglicht, Gewebe in eine Einzelzellsuspension zu desintegrieren. Verschiedene Techniken der Zellkultur von Mammaliazellen resultieren ebenfalls in Einzelzellsuspensionen. So kann nunmehr beim Zellaufbruch generell von einer Einzelzelisuspension ausgegangen werden. Dies ist besonders wichtig für die Isolation der Plasmamembran, da nur bei einem solchen Ausgangsmaterial, das aus Einzelzellen besteht mit einer annähernd quantitativen Isolation der Zellmembran gerechnet werden kan Der hier vorgeschlagene kontinuierlich arbeitende Zellfraktionator kann wie folg charakterisiert werden: i) Ausgangsmaterial ist eine Einzelzellsuspension in einem Behälter, die in ein kontinuierlich arbeitendes Zellaufbruchgerät gepumpt wird.
  • ii) Der Zellaufbruch erfolgt mechanisch durch Scheerkrafte an einer Düse.
  • iii) Vom Zellaufbruch wird das Homogenat direkt in eine Reihe hintereinander geschalteter Durchflußrotoren geleitet. Je nach Konstruktion der Durchflußrotoren wird das Material in den Rotoren pelletiert oder aus den Rotoren eluiert.
  • iv) Um nicht mehrere Zentrifugen hintereinander schalten zu müssen, wird der ZE fraktionator aus Modulen zusammengesetzt aufgebaut.
  • v) Nach jedem Fraktionierungsschritt fließt das biologische Material durch eir 55Detektorstraße'11 die je nach Fragestellung die Messung folgender Parametel erlaubt: Trübung, Absorption bei verschiedenen Wellenlängen (286 nm, 254 nr Fluoreszenz, Radioaktivität (ß-Strahlung). Die Intensitäten werden von einf Mehrkanalschreiber aufgenommen und über einen Rechner integriert. Mit diese Detektorsystem ist ein genaues Reproduzieren der Zellfraktionierung möglid da noch während einer Fraktionierungsprozedur Abweichungen im Sedimentation verhalten einer Fraktion festgestellt und korrigiert werden kann. Dies ist den bisherigen Techniken nicht möglich. Der Einbau von Detektoren für Radio aktivitätsmessungen wird es erlauben, mit Minimalmengen an biologischem Material zu arbeiten.
  • Der Schutzanspruch wird erhoben auf (1) die Kombination von kontinuierlichem Zellaufbruch mit Durchlaufrotor, (2) auf den Aufbau eines Zellfraktionators als Modulsystem aus Elementen der handelsüblichen Zentrifugen, und (3) auf die kontinuierliche Beobachtung des Fraktionierungsvorganges, der eine Korrektur wahrend der Zellfraktionierung durch den Einbau einer "Detektorstraße" nach jedem Fraktionierungsschritt erlaubt.
  • Die Vorteile dieses Systems sind im folgenden zu sehen: ad 1) a) Durch die Kombination yon kontinuierlichem Zellaufbruch mit Durchflußrotoren wird es vermieden, daß die Zellorganellen sich für längere Zeit im eigenen Homogenat befinden, da sie direkt sofort nach Aufbruch an der Düse der Fraktionierung unterzogen werden. Der Zellaufbruch kann bei physiologischen Teuypcraturen durchgeführt werden, da das Material nach dem Zellaufbruch sofort abgekühlt und fraktioniert wird. Damit wird das Problem temperaturinduziertcr Artefakte umgangen (Mikrotubulidesintegration, Lipidphasenentmischung).
  • b) Dadurch werden subjektive Parameter, wie Einhalten von Zeitintervallen, Temperaturkontrolle beim Hantieren, die die Reproduzierbarkeit des Zellaufschlus ses beeinflussen, ausgeschaltet. Ebenso reduziert sich die Arbeitsintensitat, die sich durch das Be- und Entladen der Rotoren bei diskontinuierlicher Fraktionierung ergibt.
  • c) Ein wesentlicher Vorteil ergibt sich durch den geringen Zeitaufwand, da die Fraktionierungszeit für die leichteres Zellfraktionen von einem bis eineinhalb Tagen reduziert wird auf etwa zwei bis drei Stunden. Dies ist für die Qualität des isolierten biologischen Materials von besonderer Wichtigkeit.
  • ad 2) Prinzipiell wäre ein kontinuierlich arbeitendes Zellfraktionierungssystem aus den Hintereinanderschalten von mehreren Zentrifugen hinter eine kontinuierlich arbeitende Zellaufbruchsmaschine aufbaubar. Da jede Zentrifuge aus Antrieb mit Rotorkammer, Kühlungssystem, Vakuumpumpe mit blkontrollsystem, Diffusionspumpe, Transformatoreinheit und elektronischer Steuereinheit besteht, wurden beim Aufbau eine solchen Systems mehrere Maschinenteile wie Kühlung, Vakuumsystem usw. in mehrfacher Ausfertigung aufgestellt und Verbindungsleitungen zwischen den einzelnen Zer fugen von unnötiger Länge erfordern. Dies schlagt sich sowohl im Platzbedarf als auch in den Kosten nieder Aus diesem Grund wurde der Aufbau eines Zellfraktionators als Baukasten- oder Modulsystem konzipiert, bestehend aus Transformatormodul, elektronischem Steuerun modul, Vakuummodul, Diffusionspumpenmodul, Kühlmodul, Antrueb-Rotorenkammermodul, Reservoir/Pumpenmodul und Detektormodul. Der Vorteil eines solchen Systems ist, d a) ein Zellfraktionator nach und nach aufgebaut werden kann, b) eine variable Bestückung gem. der Problemstellung in Abhängigkeit des zu unter suchenden biologischen Materials möglich ist, d.h. der Zellfraktionator ist fü das Seperationsproblem adaptierbar; c) dadurch, daß die Module einzeln ansteuerbar sind, kann ein ausgebauter Zellfraktionator gleichzeitig auch als konventionelle Zentrifuge verwendet werden.
  • Als Zellfraktionator verwendet, werden sie kollektiv über ein Programnl gesteue Wird mit traditionellen Durchlaufrotoren gearbeitet, so wird das biologische N terial sedimentiert. Werden hingegen neue Rotortypen (siehe G. Brunner, Beschr bung eines asymmetrischen Flügelrotors) verwendet, die eine Elution des Materi erlauben, so wird dasvfraktionierte Material bereits in suspendierter Form erhalten.
  • d) bei Verwendung des Modul systems legt das zu fraktionierende biologische Mater zwischen den einzelnen Durchlaufrotoren kürzere Wegstrecken zurück.
  • ad 3) Nach jedem Fraktionierungsgang, d.h. nach Austritt des biologischen Materials von einem Durchflußrotor passiert es eine "Detektorstraße", an der verschiedene Meßzellen angeordnet sind. Im einfachsten Fall wird eine optische Absorptionsmessung bei 286 nm und 254 nm durchgeführt. Die Intensitäten werden von einem Schreiber aufgezeichnet. Durch Erhohung oder Erniedrigung der Umdrehungszahlen des Rotors oder der Pumpgeschwindigkeit kann der Schreiberausschlag auf die genormte Position eingestellt werden. Dadurch sind Korrekturen zu Beginn einer Fraktionierungsprozedur moglich, womit die Reproduzierbarkeit eines Fraktionierungsschemas gewahrleistet wird. Gleichzeitige Integration der Intensitäten erlaubt eine Quantifizierung der Fraktionierung, sodaß mit vollendeter Fraktionierung auch eine erste Quantifizierung vorliegt. Die Sensibilität dieses Systems kann erhoht werden durch Zugabe fluoreszierender Markersubstanzen vor dem Zellaufbruch oder durch einen kurzen radioaktiven Puls des biologischen Materials vor dem Zellaufbruch und durch den Einbau entsprechender Detektoren in der Detektorstraße.
  • III. ERLÄUTERUNGEN ZU DEN ABBILDUNGEN Abb. 1 gibt ein Blockschema, wie durch das Hintereinanderschalten mehrerer Zentrifugen mit Durchflußrotoren nach einem kontinuierlich arbeitenden Zelldisrupter ein kontinuierlich arbeitender Zellfraktionator mit zur Zeit auf dem Markt befindlichen Geräten zusammengestellt werden konnte. Eine solche Konstruktion hat neben dem erhöhten Platzbedarf und den hohen Kosten eine Reihe weiterer Nachteile: Uberleitungsprobleme von einer Zentrifuge in die nächste, Abstimmung der Pumpgeschwindigkeiten, Kühlung der Reservoirs, usw.
  • Diese Probleme werden durch den Aufbau des Zellfraktionators als Modulsystem weist~ gehend umgangen. Dabei solleh folgende Module Verwendung finden: raum' zur Verfügung zu haben. Das Reservoir ist an einer Seite von einem beweg lichen Stempel abgeschlossen, sodaß sich der benötigte Reservoirraum beliebig einstellen läßt.
  • Detektionsmodul, bestehend aus einer Zentraleinheit (DtM), in der die Kontroll einheiten für die optischen Meßsysteme, Schreiber, Integrator und Rechner, ver einigt sind und aus Peripherie-Detektormodulen (DtNp), die als Detektorstraße dem Zellaufbruch und jedem Fraktionierungsschritt nachgeschaltet sind. An der Detektorstraße sind die optischen Einheiten für die Absorptions- und Fluoreszenzmessungen und Bohrlochkristalle mit Photomultiplier für die Radioaktivitätsmessung angeordnet.
  • Zelldisruptermodul (ZDM) (Zellaufbruchsmodul) besteht im wesentlichen aus einer Hochdruckchromatographie-Pumpe, die das biologische Material, die Einzelzellsuspension, anpumpt und durch eine Düse definierter Spaltbreite preßt, wodurch die Zellen mechanisch aufgebrochen werden. Im Gegensatz zu dem sich bisher auf dem Markt befindlichen Gerät (Stansted Cell Disrupter), das mit einer luftgetriebenen Pumpe arbeitet, soll für den Zelldisrupter eines Zellfraktionators eine Hochdruckchromatographiepumpe verwendet werden, da sich diese durch geringe Pulsation auszeichnet.
  • Abb. 2 gibt ein Verlaufschema von Zellaufbruch bis zum ersten Zentrifugationsschritt weiser. Die Zellsuspension (ZS) wird mit Hilfe einer Hochdruckchromatographiepumpe (HP) durch den Zelldisrupter (ZDM) gepreßt, wobei die Zellen desintegriert werden. Beim Austritt aus dem Zelldisrupter, bevor das Material in das Peripherie-Detektormodul (DtMp) gelangt, kann es durch Kühlschlangen auf 4°C abgekühlt werden. ArX der Detektorstraße, aus einer Quarzküvette bestoher wird bei D1 und D2 die Absorption z.B. bei 280 nm und 254 nm, bei D3 dio Fluoreszenz im 90° Winkel gemessen und bei D4, einem Bohrlochkristall mit Photomultiplier, die Radioaktivität. Als Detektorgeräte können Geräte, wie i) Module homolog zu den Bausteinen bei heute verwendeten Zentrifugen: Transformatormodul (TM) Antriebsmodul (AM), bestehend aus Antrieb-Rotorkammer mit Kühl schlange und Durchflußrotor. Die Durchflußrotoren sind gegen konventionelle Rotoren austauschbar, sodaß ein Modul auch für übliche Zentrifugationstechniken verwendet werden kann. Dieses Antriebsmodul ist für verschiedene Drehzahlbereiche ausgelegt: - LZAM mit einem Drehzahlbereich von Laborzentrifugen, - KZAM mit einem Drehzahlbereich von Kühlzentrifugen, - UZAM mit einem Drehzahlbereich von Ultrazentrifugen, - DZAM differentielles Zentrifugationsmodell mit dem Drehzahlbereich von hochtourigen Kühlzentrifugen, jedoch für die Aufnhame asymmetrischer Flugelrotoren ausgebaut (siehe G. Brunner, Beschreibung eines asymmetrischen Flügelrotors).
  • Kühimodul (KM); es ist mit einem wesentlich leistungsstärkeren Kühlaggregat ausgestattet als bei einer einzelnen Zentrifuge üblich. Dieses Kühlaggregat versorgt alle Antriebsmodule und Systeme, die gekühlt werden müssen (wie RPM und DtMp).
  • Vakuummodul (VM) Diffusionspumpenmodul (DM) Steuerungsmodule (SM),in verschiedenen Varianten gefertigt, je nachdem ob sie für Einzelsteuerung oder als programmierbare Mehrfachsteuereinheiten ausgelegt sind.
  • ii) Für die nachfolgenden Module gibt es bisher bei den verschiedenen Zentrifugentypen keine homologen Bausteine: Reservoir/Pumpenmodul- (RPM) wird zwischen den einzelnen Durchflußrotoren (AM) zwischengeschaltet. Das Reservoir ist notwendig, um bei differenten Durchflußgeschwindigkeiten aufeinanderfolgende Durchflußrotoren, die für das eine oder andere Separationsproblem notwendig sein könnten, einen bestimmten 'Puffersie in der Säulenchromatographie üblich sind, adaptiert werden. Von der Detektorstraße gelangt das biologische Material in das Reservoir-Pumpenmodu (RPM) und von dort in das Antriebsmodul (AM) mit dem Durch fluß rotor, im vor liegenden Fall als ersten Zentrifugationsschritt ein Antriebsmodul im Drehzahlbereich von Laborzentrifugen (LZAM). Das biologische Material, im vorliegenden Fall Zellkerne, werden pelletiert und nach Beendigung der Zentrifugation entnommen. Bei Verwendung eines differentiellen Zentrifugationsmoduls (DZAM) (siehe G. Brunner, Beschreibung eines asymmetrischen Flügelrotors) wird die Pelletion vermieden und die Kerne werden in Suspension elu: Im Zellfraktionator würde dem Durchflußrotor nun eine Detektorstraße (DtMp) ein Reservoir-Pumpenmodul (RPM) und wiederum ein Durchflußrotor (AM) folgen Abb. 3 gibt die Anordnung einzelner Module eines Zellfraktionators bei einem Drehzahlbereich einer Kühlzentrifuge wider. In dieser Anordnung ware das System auch als normale Kühlzentrifuge verwendbar, da die Rotoren auswechselbar sind.
  • Abb. 4 gibt ein Blockschema für den Aufbau eines Zellfraktionators aus Modulen wide Dieses System würde dem in Abb. 1 gegebenen System aus Einzelzentrifugen ent sprechen. Die Module, die der obersten Reihe (KM, TM, VM, DM), haben 3/4 Höhe, sodaß die Module der mittleren Reihe (ZDM, SM) sowohl an die Antriebsmodule (AM) der untersten Reihe als auch an die Versorgermodule der obersten Reihe gut anschließbar und kombinierbar sind. Die Module RPM und DtMp werden auf den Antriebsmodulen positioniert, sodaß sie hier wiederum mit den Durchflußrotoren, ebenso aber mit den Steuerungseinheiten gut kombinierbar sind.
  • Abb. 5: Durch Verwendung von differentiellen Zentrifugationsmodulen (DtAM) kann der Aufbau des Zellfraktionators vereinfacht und ein Antriebsmodul eingespart werden.
  • IV. LITERATURHINWEISE G. Brunner, E. Ferber and K. Resch: Fractionation of membrane vesicles. I. A separation method for different populations of membrane vesicles of thymocytes by affinity chromatography on Con A-Sepharose. Analytical Biochemistry 80, 420 -429, 1977 G. Brunner, H.G. Heidrich, J.R. Golecki, H.C. Bauer, D. Suter, P.M. Plückhahn and E. Ferber: Fractionation of membrane vesicles. II. A separation method of membrane vesicles bearing different enzymes by free-flow-electrophorcsis. Biochim. Biophys.
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  • ABKÜRZUNGEN MODULE AM Antriebsmodul mit Rotorkammer und Durchflußrotor LZAM Antriebmodul im Drehzahlbereich der Laborzentrifuge (bis 6000 KZAM Antriebmodul im Drehzahlbereich der kühlzentrifuge (bis 25000 UZAM Antriebsmodul im Drehzahlbereich der Ultrazentrifuge (bis 60 000 DEAM Antriebmodul für asymmetrische Flügelrotoren (bis 25000 KM Kühlmodul TM Transformatormodul VM Vakuumpumpenmodul DM Diffusionspumpenmodul SM Steuerungsmodule RPM Reservoir/Pumpenmodul DtM Detektormodul Zentraleinheit (Rechner, Schreiber, Integrator) DtMp Detektormodul, Peripherieeinheit (Sensoren) ZDM Zelldisruptermodul (Zellaufbruch) Df Durchflußrotor HP Hochdruckpumpe KA Kühl aggregat L Lampen P Pumpe Pe Pellet (Sediment) PuG PuffercJdfäß R Reservoir SG Sammelgefäß ZS Zellsuspension

Claims (3)

  1. Biologische Zelifraktionzierung Ansprüche 1. Verfahren zur Durchführung einer biologischen Zelifraktionierung mithilfe eines Zelidieruptors.
    gekannzeichnet durch kontinuierichen Zellsufbruch und kintinuierliches Hindurchleiten des fraktioniertes Materials duroh einen eder mehrere hintereinandergeschaltete Durchfluäretoren (Gegenstromzentrifugen mit Elutriaster-Rotor).
  2. 2. Verrchtung zur Durchführung des Verfahrens zach An sprüch 1, gekennzeichnet durch den Aufbau eines Zelifraktionators im Modulsystem aus Elementen (Transformator-, elektronisches Steuarunga-, Vakunn-, Diffusionspumpen-, Kühl-Antrieb-Rotorenkenner-, Reserveir/Pumpen- und Detektor-Modul) einer Fraktionierzentrifuge.
  3. 3.Verrichtung nuch Ansprüch 1, gekennzeichnet durch zwisehen den Durchflußretoren eingebante Meßzellen- beispielsweise zur optischen Absorptions-oder radioaktiven Emissionssessung zur Schaffung einer Detekteroratraße nach Fraktionierungsschritt während einer kontinuierlichen Bechechtung. Uberwachung und Korrekter des Fraktionierungsverganges.
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