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Die vorliegende Erfindung betrifft das Gebiet der toxikologischen Beurteilungen für die Risikostratifizierung chemischer Verbindungen. Speziell betrifft sie ein Verfahren zur Diagnose von Lebertoxizität. Sie betrifft außerdem ein Verfahren, mit dem sich bestimmen lässt, ob eine Verbindung eine solche Lebertoxizität bei einem Patienten zu induzieren vermag, und ein Verfahren zum Identifizieren von Arzneimitteln zur Behandlung von Lebertoxizität. Die vorliegende Erfindung betrifft weiterhin eine Datensammlung, die charakteristische Werte von wenigstens fünf Metaboliten umfasst, ein Datenspeichermedium, welches diese Datensammlung enthält, und ein System und eine Vorrichtung zur Diagnose von Lebertoxizität. Schließlich betrifft die vorliegende Erfindung die Verwendung einer Gruppe von Metaboliten oder Mitteln zu deren Bestimmung zur Herstellung einer diagnostischen Vorrichtung oder einer diagnostischen Zusammensetzung zur Diagnose von Lebertoxizität in einem Patienten.
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Lebertoxizität, die auch als Hepatotoxizität bezeichnet wird, bezieht sich auf einen chemisch induzierten oder chemisch herbeigeführten Leberschaden. Die Leber spielt eine zentrale Rolle im Metabolismus verschiedener endogener und exogener Chemikalien im Körper. Aufgrund ihrer Funktion als zentrales Stoffwechselorgan ist die Leber besonders empfindlich gegenüber einer von toxischen Mitteln oder ihren Metaboliten ausgehenden Toxizität.
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Zu den chemischen Verbindungen, denen die Leber ausgesetzt ist, zählen absichtlich zugeführte chemische Verbindungen wie Arzneimittel oder in der Nahrung enthaltene Nährstoffe sowie chemische Verbindungen, die unweigerlich aus der Umwelt aufgenommen werden. Toxische chemische Verbindungen werden auch als Hepatotoxine bezeichnet.
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Viele Hepatotoxine können von der Leber in einem zweistufigen Verfahren chemisch modifiziert werden. Der erste Schritt beinhaltet gewöhnlich eine Funktionalisierung der Verbindung. Im zweiten Schritt wird die funktionalisierte Verbindung konjugiert, so dass sie zum Beispiel über die Galle ausgeschieden werden kann. Einige Hepatotoxine können auch nur konjugiert werden. An dem Verfahren der Funktionalisierung, bei dem es sich hauptsächlich um Oxidation handelt, sind bestimmte Oxidasen beteiligt, nämlich die Cytochrom-P450-(CYP-)Enzyme. Mehrere Hepatotoxine beeinträchtigen die CYP-Enzyme entweder direkt oder indirekt und stören somit die physiologische Entgiftung von sich selbst oder anderen Hepatotoxinen. (Jaeschke 2002, Toxicol Sci. 65(2): 166–76; Sturgill 1997, Clin. Chem. 43(8): 1512–1526).
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Eine Lebertoxizität in einem Patienten kann sich in verschiedenen Erkrankungen, Krankheiten bzw. medizinischen Leiden einschließlich Leberzellennekrose, Hepatitis, Steatose, Zirrhose, Phospholipoidose, Cholestase, Cholangitis, Thrombose der Lebervenen und Lebertumoren manifestieren (siehe z. B. Grunhagen 2003, Z. Gastroenterol. 41(6): 565–578). Die am häufigsten beobachtete Erkrankung als Folge der Verabreichung eines Hepatotoxins ist eine induzierte Leberzellennekrose oder -fibrose. Diese kann durch erhöhte Alanintransaminase-, Aspartattransaminase- und γ-Glutamyltransferasespiegel sowie akutes Leberversagen in fortgeschrittenen Stadien begleitet werden. Ein typisches Hepatotoxin, das eine solche Nekrose induziert, ist Tetrachlorkohlenstoff. Hepatitis ist eine Entzündungskrankheit, die mit einer Infiltration entzündlicher Zellen in die Leber einhergeht. Sie kann zum Beispiel durch Viren wie Hepatitisvirus (HPV) A, B und C oder durch eine Einwirkung chemischer Verbindungen bzw. Arzneimittel wie Halothan, Diclofenac oder Aspirin oder als Folge einer gestörten Gallenproduktion oder eines gestörten Gallenflusses verursacht werden. Sie kann zum Beispiel durch Pillen zur Empfängnisverhütung, anabolische Steroide oder Allopurinole herbeigeführt werden. Eine Steatose wird begleitet von einer Anreicherung von Triglyceriden, was zu einer mikrovesikulären oder makrovesikulären Fettleber führt. Eine besondere Art von Steatose ist die Phospholipidose. Verbindungen, die für eine Steatose verantwortlich sind, sind zum Beispiel Aspirin, Ketoprofen oder Tetracyclin. Auch Gefäßläsionen wurden als Folge einer Hepatotoxineinwirkung beschrieben. Zu solchen Läsionen zählen zum Beispiel die hepatischen Venenthrombose. Außerdem können Hepatotoxine für das Auftreten von Lebertumoren wie Granuloma oder neoplastischen Tumoren einschließlich hepatozellulären Karzinomen, Angiosarkomen und Leberadenomen verantwortlich sein. Neoplastische Tumore können beispielsweise durch Vinylchloride induziert werden (siehe z. B. Weber 2003, Crit. Rev. Toxicol. 33(2): 105–36; Chitturi 2002, Semin Liver Dis. 22(2): 169–83; Scheen 2001, Diabetes Metab. 27(3): 305–313; Rikans 2000, J Biochem Mol Toxicol. 14(2): 110–117; Fromenty 1995, Pharmacol. Ther. 67(1) 101–154; Kaplowitz 1986, Ann Intern. Med. 104(6): 826–839).
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Aufgrund der Verschiedenheit der möglichen Wirkungen von Hepatotoxinen ist die Abschätzung ihrer Lebertoxizität ein recht komplexer Vorgang. Die gegenwärtigen Verfahren beinhalten gewöhnlicherweise klinische Untersuchungen (z. B. Ultraschall), pathologische und histopathologische Untersuchungen sowie eine biochemische Analyse. Die biochemischen Hauptmarker, die gegenwärtig untersucht werden, sind Alanintransaminase, Aspartattransaminase, alkalische Phosphatase und Bilirubin. Die Regulierung dieser Biomarker ist jedoch ziemlich komplex, und manchmal kommt es selbst bei ziemlich fortgeschrittenen Stadien noch zu Veränderungen. Die Hauptnachteile der histopathologischen Bewertungen sind, dass sie invasiv sind und selbst zusammen mit den Messungen der klinischen Pathologie wenig verlässlich sind, da sie teilweise auf den individuellen Interpretationen des die Untersuchung durchführenden Toxikologen beruhen. Außerdem lassen sich die oben erwähnten Krankheiten und Erkrankungen als Folge einer hepatotoxininduzierten Lebertoxizität (z. B. einer arzneimittelinduzierten Lebertoxizität) durch die gegenwärtig verfügbaren klinischen Maßnahme kaum von anderen Krankheits- bzw. Erkrankungsursachen unterscheiden (Gunawan 2004, Drug Metab. Rev. 36(2): 301–312).
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Eine dem Stand der Technik entsprechende Bewertung der arzneimittelinduzierten Lebertoxizität ist in der CDER/CBER Draft Guidance for Industry: Drug-Induced Liver Injury: Premarketing Clinical Evaluation, Oktober 2007 sowie in der EMEA (CHMP) Draft Guideline: Non-Clinical Guideline an Drug-Induced Hepatotoxicity, 24. Januar 2008 (Doc Ref EMEA/CHMP/SWP/1150115/2006) beschrieben.
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Wie wichtig die Lebertoxizität ist, wird offenbar, wenn man sich vor Augen hält, dass eine Lebertoxizität heutzutage der häufigste Grund für ein vom-Markt-nehmen eines Arzneimittels ist. Darüber hinaus müssen chemische Verbindungen, die z. B. in der Europäischen Gemeinschaft eine industrielle Anwendung finden, nun die Anforderungen von REACH (Registration, Evaluation and Authorisation of Chemicals) erfüllen. Es versteht sich, dass das Potential einer chemischen Verbindung, Lebertoxizität zu induzieren, als ein hohes Risiko für die Verbindung eingeschätzt wird, die Verbindung folglich nur für eingeschränkte Anwendungen zur Verfügung stehen wird, wobei hohe Sicherheitsanforderungen einzuhalten sind.
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Empfindliche und spezifische Methoden zur Abschätzung der toxikologischen Eigenschaften einer chemischen Verbindung und insbesondere der Lebertoxizität in effizienter und zuverlässiger Weise sind noch nicht verfügbar, würden jedoch hoch geschätzt werden.
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Das der vorliegenden Erfindung zugrundeliegende technische Problem könnte also als die Bereitstellung von Mitteln und Methoden zur Befriedigung der oben erwähnten Bedürfnisse angesehen werden. Das technische Problem wird gelöst durch die in den Ansprüchen charakterisierten und im Folgenden beschriebenen Ausführungsformen.
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Die vorliegende Erfindung betrifft somit ein Verfahren zur Diagnose von Lebertoxizität, bei dem man:
- (a) die Menge von wenigstens einem und vorzugsweise fünf der folgenden Analyten 4-Hydroxyphenylbrenztraubensäure, Palmitinsäure (C16:0), Linolsäure (C18:cis[9,12]2), Arachidonsäure (C20:cis-[5,8,11,14]4), Docosahexaensäure (C22:cis[4,7,10,13,16,19]6), alpha-Tocopherol, Cholesterin, Glycerinphosphat, Lignocerinsäure (C24:0), Heptadecansäure (C17:0), Tricosansäure (C23:0), myo-Inosit-2-monophosphat, Behensäure (C22:0), 4-Hydroxysphinganin, Nervoninsäure (C24:1), Eicosatriensäure (C20:3), Glycerin-3-phosphat, Phosphatidylcholin (C18:2, C20:4), Ceramid (d18:1, C24:1), Ceramid (d18:2, C24:0), Sphingomyelin (d18:1, C16:0), 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphatidyl-L-serin, Phosphatidylcholin (C18:0/C22:6), Linolsäure (C18:cis[9,12]2), Lysoglycerophosphorylcholine (18:1 Lyso-PC) oder Phosphatidylcholin in einer zu testenden Probe von einem männlichen Patienten, von dem angenommen wird, dass er an Lebertoxizität leidet, oder die Menge von wenigstens einem und vorzugsweise wenigstens fünf der folgenden Analyten Glycerin-3-phosphat, Coenzym Q9, Glucose, Glycerin, Palmitinsäure (C16:0), Stearinsäure (C18:0), Arachidonsäure (C20:cis-[5,8,11,14]4), Docosahexaensäure (C22:cis[4,7,10,13,16,19]6), Cholesterin, Glycerinphosphat, Lignocerinsäure (C24:0), Heptadecansäure (C17:0), Eicosansäure (C20:0), Tricosansäure (C23:0), Phosphat, Behensäure (C22:0), 4-Hydroxysphinganin, Nervoninsäure (C24:1), 14-Methylhexadecansäure, Eicosatriensäure (C20:3), ID28 × 493, 5-Methoxysphingosin, erythro-Sphingosin, Threonin, Glucose, Ceramid (d18:1, C24:1), Diacylglyceride (DAG) (C18:1, C18:2), Triacylglycerid (TAG), 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphatidyl-L-serin, Linolsäure (C18:cis[9,12]2) oder Phosphatidylcholin in einer zu testenden Probe von einem weiblichen Patienten, von dem angenommen wird, dass er an Lebertoxizität leidet, bestimmt, und
- (b) die in Schritt (a) bestimmten Mengen mit einer Referenz vergleicht und so Lebertoxizität diagnostiziert.
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ID28 × 493 bezieht sich auf ein Lipidmolekül mit einer scheinbaren m/z von 91 Da, bestimmt durch GCMS-Einzelionenregistrierung bei einer chromatographischen Retentionszeit von 17,39 Minuten, wobei dieses Lipidmolekül aus einer Ratten-Lipidplasmafraktion erhältlich ist. Besonders bevorzugt findet man die GCMS-Spektren des Lipidmoleküls in den beigefügten Figuren.
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Bei einigen der oben erwähnten Analyten handelt es sich um Molekülklassen. Diese Analyten umfassen, „Phosphatidylcholin” zum Beispiel bezieht sich auf alle Arten von Phosphatidylcholinen, „Triacylglycerid” auf alle Arten von TAGs. Einige Phosphatidylcholinarten sind jedoch besonders bevorzugt und daher hinsichtlich ihrer Fettsäuregruppe näher spezifiziert, z. B. „Phosphatidylcholin (C18:0/C22:6)”.
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Genauer gesagt haben die Ausdrücke vorzugsweise die folgenden Bedeutungen.
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Der Begriff „18:1 Lyso-PC” bezieht sich, so wie er hier gemeint ist, auf molekulare Spezies, die vorzugsweise durch die Summenparameter von Lysoglycerophosphorylcholinen mit einer C18:1-Fettsäureeinheit gekennzeichnet sind. Das Masse-Ladungs-Verhältnis (m/z) der ionisierten Spezies beträgt 522,4 Da (+/–0,3 Da). Ein bevorzugtes Fragmentierungsmuster ist unten in 3 gezeigt.
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Der Begriff „Phosphatidylcholin (C18:2, C20:4)” bezieht sich, so wie er hier gemeint ist, auf molekulare Spezies, die vorzugsweise durch die Summenparameter von Glycerophosphorylcholinen entweder mit der Kombination einer C16:0-Fettsäureeinheit und einer C22:6-Fettsäureeinheit oder der Kombination einer C18:2-Fettsäureeinheit und einer C20:4-Fettsäureeinheit gekennzeichnet sind. Das Masse-Ladungs-Verhältnis (m/z) der ionisierten Spezies beträgt 806,6 Da (+/–0,3 Da). Ein bevorzugtes Fragmentierungsmuster ist unten in 4 gezeigt.
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Der Begriff „Ceramid (d18:1, C24:1)” bezieht sich, so wie er hier verwendet wird, auf molekulare Spezies, die vorzugsweise durch die Summenparameter von Ceramiden entweder mit der Kombination einer langkettigen d18:1-Basiseinheit und einer C24:1-Fettsäureeinheit oder der Kombination einer langkettigen d18:2-Basiseinheit und einer C24:0-Fettsäureeinheit gekennzeichnet sind. Das Masse-Ladungs-Verhältnis (m/z) der ionisierten Spezies beträgt 648,6 Da (+/–0,3 Da). Ein bevorzugtes Fragmentierungsmuster ist unten in 5. gezeigt.
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Der Begriff „DAG (C18:1, C18:2)” bezieht sich, so wie er hier verwendet wird, auf molekulare Spezies, die vorzugsweise durch die Summenparameter von Diacylglycerolen mit der Kombination einer C18:1-Fettsäureeinheit und einer C18:2-Fettsäureeinheit gekennzeichnet sind. Das Masse-Ladungs-Verhältnis (m/z) der ionisierten Spezies beträgt 641,6 Da (+/–0,3 Da).
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Der Begriff „Ceramid (d18:1, C24:0)” bezieht sich, so wie er hier verwendet wird, auf molekulare Spezies, die vorzugsweise durch die Summenparameter von Ceramiden mit der Kombination einer langkettigen d18:1-Basiseinheit und einer C24:0-Fettsäureeinheit gekennzeichnet sind. Das Masse-Ladungs-Verhältnis (m/z) der ionisierten Spezies beträgt 650,8 Da (+/–0,3 Da). Ein bevorzugtes Fragmentierungsmuster ist unten in 6 gezeigt.
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Der Begriff „TAG” bezieht sich, so wie er hier verwendet wird, auf molekulare Spezies, die vorzugsweise durch die Summenparameter von Triacylglycerolen gekennzeichnet sind. Das Masse-Ladungs-Verhältnis (m/z) der ionisierten Spezies beträgt 547,6 Da (+/–0,3 Da).
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Der Begriff „Sphingomyelin (d18:1, C16:0)” bezieht sich, so wie er hier verwendet wird, auf molekulare Spezies, die vorzugsweise durch die Summenparameter von Sphingomyelinen mit der Kombination einer langkettigen d18:1-Basiseinheit und einer C16:0-Fettsäureeinheit gekennzeichnet sind. Das Masse-Ladungs-Verhältnis (m/z) der ionisierten Spezies beträgt 703,6 Da (+/–0,3 Da). Ein bevorzugtes Fragmentierungsmuster ist unten in 7 gezeigt.
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Der Begriff „Phosphatidylcholin” bezieht sich, so wie er hier verwendet wird, auf molekulare Spezies, die vorzugsweise durch die Summenparameter von Glycerophosphorylcholinen gekennzeichnet sind. Das Masse-Ladungs-Verhältnis (m/z) der ionisierten Spezies beträgt 780,8 Da (+/–0,3 Da).
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Der Begriff „1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphatidyl-L-serin” bezieht sich, so wie er hier verwendet wird, auf molekulare Spezies, die vorzugsweise durch die Summenparameter von Glycerophosphorylcholinen mit Fettsäureeinheiten mit einer Gesamtkohlenstoffanzahl von 36 und einer Gesamtdoppelbindungsanzahl von 1 gekennzeichnet sind. Das Masse-Ladungs-Verhältnis (m/z) der ionisierten Spezies beträgt 788,6 Da (+/–0,3 Da).
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Der Begriff „Phosphatidylcholin (C18:0/C22:6)” bezieht sich, so wie er hier verwendet wird, auf molekulare Spezies, die vorzugsweise durch die Summenparameter von Glycerophosphorylcholinen mit der Kombination einer C18:0-Fettsäureeinheit und einer C22:6-Fettsäureeinheit gekennzeichnet sind. Das Masse-Ladungs-Verhältnis (m/z) der ionisierten Spezies beträgt 834,6 Da (+/–0,3 Da). Ein bevorzugtes Fragmentierungsmuster ist unten in 8 gezeigt.
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Der Begriff „Diagnoseverfahren” bedeutet, so wie gemäß der vorliegenden Erfindung darauf Bezug genommen wird, dass das Verfahren entweder im Wesentlichen aus den oben erwähnten Schritten besteht oder weitere Schritte einschließen kann. Es versteht sich jedoch, dass es sich bei dem Verfahren in einer bevorzugten Ausführungsform um ein Verfahren handelt, welches ex vivo durchgeführt wird, d. h. nicht im Körper eines Menschen oder Tieres durchgeführt wird. Diagnostizieren bezieht sich, so wie der Begriff hier verwendet wird, auf das Abschätzen der Wahrscheinlichkeit, nach der ein Patient an einer Krankheit leidet. Dem Fachmann wird bewusst sein, dass eine solche Einschätzung für die zu diagnostizierenden Patienten gewöhnlich nicht 100% genau ist, wenngleich dies vorzugsweise der Fall ist. Der Begriff bedingt jedoch, dass ein statistisch signifikanter Teil der Patienten als an der Krankheit leidend oder als eine Anfälligkeit dafür aufweisend identifiziert werden kann. Ob ein Teil statistisch signifikant ist, lässt sich vom Fachmann problemlos unter Anwendung verschiedener gut bekannter Hilfsmittel für die statistische Auswertung, z. B. der Bestimmung von Vertrauensintervallen, der p-Wert-Bestimmung, dem WELCH-Test, dem Mann-Whitney-Test usw., feststellen. Nähere Angaben finden sich in Dowdy und Wearden, Statistics for Research, John Wiley & Sons, New York 1983. Bevorzugte Vertrauensintervalle sind mindestens 50%, mindestens 60%, mindestens 70%, mindestens 80%, mindestens 90%, mindestens 95%. Die p-Werte sind vorzugsweise 0,2, 0,1, 0,05.
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Diagnostizieren gemäß der vorliegenden Erfindung schließt die Aufzeichnung, Bestätigung und Klassifizierung der entsprechenden Krankheit bzw. ihrer Symptome ein. Aufzeichnen bezieht sich auf das Verfolgen des Verlaufs einer bereits diagnostizierten Krankheit, z. B. die Analyse des Fortschreitens der Krankheit, die Auswirkung, die eine bestimmte Behandlung auf das Fortschreiten der Krankheit hat oder Komplikationen, die während der Krankheitsperiode oder nach einer erfolgreichen Behandlung der Krankheit auftreten. Bestätigung bezieht sich auf die Erhärtung bzw. Untermauerung einer bereits unter Einsatz anderer Indikatoren oder Marker erstellten Diagnose.
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Klassifizierung bezieht sich auf die Einordnung der Diagnose in verschiedene Klassen entsprechend der Stärke oder der Art von Symptomen. Einige der Krankheiten bzw. Leiden, die im Zusammenhang mit Lebertoxizität auftreten, können von weiteren metabolischen Veränderungen begleitet sein. Vorzugsweise wurde bei Cholestase gemäß der vorliegenden Erfindung gefunden, dass zusätzlich zu den oben erwähnten Analyten die Konzentrationen der in der folgenden Tabelle aufgeführten Gallensäuren im Serum erhöht sind.
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Tabelle: Gallensäure, die bei einer durch Lebertoxizität induzierten Cholestase erhöht sind
Trivialname | Chemischer Name | konjugiert mit |
Cholsäure | 3α,7α,12α-Trihydroxy-5β-cholansäure | Taurin, Glycin |
Chenodesoxycholsäure | 3α,7α-Dihydroxy-5β-cholansäure | Taurin, Glycin |
Hyocholsäure | 3α,6α,7α-Trihydroxy-5β-cholansäure | |
Desoxycholsäure | 3α,12α-Dihydroxy-5β-cholansäure | Taurin, Glycin |
Lithocholsäure | 3α-Hydroxy-5β-cholansäure | Taurin, Glycin |
Hyodesoxycholsäure | 3α,6α-Dihydroxy-5β-cholansäure | |
α/β-Muricholsäure | 3α,6β,7α/β-Trihydroxy-5β-cholansäure | |
Ursodesoxycholsäure | 3α,7β-Dihydroxy-5β-cholansäure | Taurin |
| 3α-Hydroxy-7-oxo-5β-cholansäure | |
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Außerdem beinhaltet eine Klassifizierung vorzugsweise auch die Zuordnung einer Wirkungsweise zu einer nach dem Verfahren der vorliegenden Erfindung zu testenden Verbindung. Speziell ermöglicht das Verfahren der vorliegenden Erfindung die Bestimmung einer spezifischen Wirkungsweise einer Verbindung, bei der eine solche Wirkungsweise noch nicht bekannt ist. Dies erfolgt vorzugsweise durch Vergleich der bestimmten Analyten, die Biomarker darstellen (d. h. des Biomarkerprofils), für diese Verbindung mit dem Biomarkerprofil einer Verbindung, bei der die Wirkungsweise bekannt ist, als Bezug (z. B. eine durch Paracetamol verursachte Lebertoxizität, bei der Paracetamol eine Zellnekrose bewirkt, indem es eine Gluthationabreicherung als Folge von oxidativem Stress induziert). Die Klassifizierung der Wirkungsweise erlaubt eine noch verlässlichere Abschätzung der Toxizität einer Verbindung, da die molekularen Ziele der Verbindung identifiziert werden. Aufgrund dieser Identifizierung können auch weitere die Lebertoxizität beeinflussende Parameter berücksichtigt werden. Vorzugsweise kann man eine Verbindung, von der festgestellt wurde, dass sie die CYP-Enzyme beeinträchtigt, weiter hinsichtlich verschiedener genetischer CYP-Enzym-Phänotypen wie Phänotypen mit langsamer, schneller oder mittelschneller Verstoffwechslung abschätzen. Als Ergebnis könnte es zu der Beurteilung kommen, dass eine die CYP-Enzyme beeinträchtigende Verbindung bei Phänotypen mit langsamer Verstoffwechslung lebertoxisch ist, jedoch nicht bei Phänotypen mit schneller Verstoffwechslung. Dies trifft natürlich entsprechend auf andere an der Leberfunktion beteiligte Enzyme oder Parameter zu.
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Der Begriff „Lebertoxizität”, der auch als „Hepatotoxizität” bezeichnet wird, bezieht sich so, wie er hier verwendet wird, auf eine Schädigung der Leber, die eine Beeinträchtigung der Leberfunktion zur Folge hat. Vorzugsweise von einer Lebertoxizität betroffen sind die Stoffwechsel-, Entgiftungs- und Gallenausscheidungsfunktionen der Leber. Vorzugsweise wird Lebertoxizität, so wie der Begriff hier verwendet wird, durch eine chemische Verbindung oder ein Arzneimittel induziert oder ist die Folge einer Verabreichung einer chemischen Verbindung bzw. eines Arzneimittels, d. h. es handelt sich um eine sogenannte hepatotoxininduzierte Lebertoxizität. Besonders bevorzugt manifestiert sich die Lebertoxizität in einer oder mehreren Krankheiten bzw. Erkrankungen aus der folgenden Gruppe: Leberzellnekrose, Hepatitis, Steatose, Zirrhose, Phospholipoidose, Cholestase, Cholangitis, Thrombose der Lebervenen, Lebertumore. Die Symptome und klinischen Zeichen der oben erwähnten Manifestationen von Lebertoxizität sind dem Fachmann gut bekannt und ausführlich in H. Marquardt, S. G. Schäfer, R. O. McClellan, F. Welsch (Hrsg.), „Toxicology", Kapitel 13: The Liver, 1999, Academic Press, London, beschrieben.
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Die bei dem Verfahren der vorliegenden Erfindung zu bestimmenden Analyten eignen sich jeweils auch, wenn sie für sich alleine analysiert werden, zur Diagnose der Krankheiten bzw. Erkrankungen, auf die hier verwiesen wurde. Gemäß der vorliegenden Erfindung wurde jedoch gefunden, dass eine Kombination von wenigstens fünf verschiedenen Analyten die Diagnose weiter bestätigt, da es sich anscheinend bei jedem der Analyten um einen statistisch unabhängigen Prediktor von gleichem Wert für die Diagnose handelt. Außerdem wird auch die Spezifität für Lebertoxizität signifikant erhöht, da Einflüsse anderer Gewebe auf die Markerhäufigkeit aufgewogen werden. Bevorzugte Markerkombinationen für spezifische Klassen lebertoxischer Verbindungen sind die, die sich in einer der Tabellen 1 bis 4 unten befinden.
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Es versteht sich, dass zusätzlich zu einer aus wenigstens fünf der oben erwähnten Analyten bestehenden Gruppe bei dem Verfahren der vorliegenden Erfindung vorzugsweise zusätzliche Analyten bestimmt werden. Die zusätzlichen Analyten werden vorzugsweise ebenfalls aus der oben erwähnten Gruppe ausgewählt. In anderen Worten, bei dem Verfahren der vorliegenden Erfindung werden vorzugsweise wenigstens sechs, wenigstens sieben, wenigstens acht, wenigstens neun, wenigstens zehn oder alle der Analyten aus der oben erwähnten Gruppe bestimmt. Durch die zusätzliche Bestimmung dieser Analyten wird das durch das erfindungsgemäße Verfahren erhaltene Ergebnis noch weiter bekräftigt. Weiterhin kann man zusätzlich auch andere Analyten oder Metaboliten (d. h. Metaboliten, die in der oben erwähnten Gruppe nicht speziell aufgeführt sind) oder Biomarker wie Enzyme bestimmen. Zusätzliche, gemäß dem Verfahren der vorliegenden Erfindung bestimmte Parameter sind vorzugsweise: Alaninaminotransferase, Aspartataminotransferase, gamma-Glutamyltransferase, Glutamatdehydrogenase, Sorbitoldehydrogenase, Ornithincarbamyltransferase, Albumin, Gesamtprotein, Ammonium, Cholesterin, Triglyceride oder Prothrombinzeit (Blutgerinnung). Weitere zusätzliche Parameter sind vorzugsweise der Cytochrom-P450-Gesamtgehalt, Alkoxyresorufin-O-deethylase, 4-Hydroxybiphenyl-UDP-glucuronosyltransferase oder 4-Methylumbelliferon-UDP-glucuronosyltransferase.
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Bei einer besonders bevorzugten Ausführungsform ist der wenigstens eine Analyt in der männlichen Probe ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus: Palmitinsäure (C16:0), Linolsäure (C18:cis[9,12]2), Arachidonsäure (C20:cis-[5,8,11,14]4), Docosahexaensäure (C22:cis[4,7,10,13,16,19]6), Cholesterin, Glycerinphosphat, Lignocerinsäure (C24:0), myo-Inosit-2-monophosphat, Behensäure (C22:0), Nervoninsäure (C24:1) und Eicosatriensäure (C20:3). Bei einer noch mehr bevorzugten Ausführungsform bestimmt man alle der oben erwähnten Analyten.
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Es ist jedoch außerdem vorzugsweise vorgesehen, das bei einer Gruppe von wenigstens fünf gemäß der vorliegenden Erfindung zu bestimmenden Analyten einer, zwei, drei oder vier Analyten aus der oben erwähnten Gruppe von bevorzugten Analyten stammen, während es sich bei den restlichen Analyten um wie hier an anderer Stelle spezifizierte Analyten für männliche Proben handelt.
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Handelt es sich also bei dem ersten Analyten einer bevorzugten Gruppe von fünf gemäß der vorliegenden Erfindung zu bestimmenden Analyten um Palmitinsäure (C16:0), so werden die restlichen vier Analyten ausgewählt aus einer Gruppe, die aus den folgenden Analyten besteht: 4-Hydroxyphenylbrenztraubensäure, Linolsäure (C18:cis[9,12]2), Arachidonsäure (C20:cis-[5,8,11,14]4), Docosahexaensäure (C22:cis[4,7,10,13,16,19]6), alpha-Tocopherol, Cholesterin, Glycerinphosphat, Lignocerinsäure (C24:0), Heptadecansäure (C17:0), Tricosansäure (C23:0), myo-Inosit-2-monophosphat, Behensäure (C22:0), 4-Hydroxysphinganin, Nervoninsäure (C24:1), Eicosatriensäure (C20:3), Glycerin-3-phosphat, Phosphatidylcholin (C18:2, C20:4), Ceramid (d18:1, C24:1), Ceramid (d18:2, C24:0), Sphingomyelin (d18:1, C16:0), 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphatidyl-L-serin, Phosphatidylcholin (C18:0/C22:6), Linolsäure (C18:cis[9,12]2), Lysoglycerophosphorylcholine (18:1 Lyso-PC) und Phosphatidylcholin.
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Handelt es sich bei dem ersten und zweiten Analyten um Palmitinsäure (C16:0) und Linolsäure (C18:cis[9,12]2), so werden die restlichen drei Analyten ausgewählt aus einer Gruppe bestehend aus: 4-Hydroxyphenylbrenztraubensäure, Arachidonsäure (C20:cis[5,8,11,14]4), Docosahexaensäure (C22:cis[4,7,10,13,16,19]6), alpha-Tocopherol, Cholesterin, Glycerinphosphat, Lignocerinsäure (C24:0), Heptadecansäure (C17:0), Tricosansäure (C23:0), myo-Inosit-2-monophosphat, Behensäure (C22:0), 4-Hydroxysphinganin, Nervoninsäure (C24:1), Eicosatriensäure (C20:3), Glycerin-3-phosphat, Phosphatidylcholin (C18:2, C20:4), Ceramid (d18:1, C24:1), Ceramid (d18:2, C24:0), Sphingomyelin (d18:1, C16:0), 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphatidyl-L-serin, Phosphatidylcholin (C18:0/C22:6), Lysoglycerophosphorylcholine (18:1 Lyso-PC) und Phosphatidylcholin.
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Handelt es sich bei dem ersten, zweiten und dritten Analyten um Palmitinsäure (C16:0), Linolsäure (C18:cis[9,12]2) und Arachidonsäure (C20:cis-[5,8,11,14]4), so werden die restlichen beiden Analyten ausgewählt aus einer Gruppe bestehend aus: 4-Hydroxyphenylbrenztraubensäure, Docosahexaensäure (C22:cis[4,7,10,13,16,19]6), alpha-Tocopherol, Cholesterin, Glycerinphosphat, Lignocerinsäure (C24:0), Heptadecansäure (C17:0), Tricosansäure (C23:0), myo-Inosit-2-monophosphat, Behensäure (C22:0), 4-Hydroxysphinganin, Nervoninsäure (C24:1), Eicosatriensäure (C20:3), Glycerin-3-phosphat, Phosphatidylcholin (C18:2, C20:4), Ceramid (d18:1, C24:1), Ceramid (d18:2, C24:0), Sphingomyelin (d18:1, C16:0), 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphatidyl-L-serin, Phosphatidylcholin (C18:0/C22:6), Lysoglycerophosphorylcholine (18:1 Lyso-PC) und Phosphatidylcholin.
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Handelt es sich bei dem ersten, zweiten, dritten und vierten Analyten um Palmitinsäure (C16:0), Linolsäure (C18:cis[9,12]2), Arachidonsäure (C20:cis-[5,8,11,14]4) und Docosahexaensäure (C22:cis[4,7,10,13,16,19]6), so wird der restliche Analyt ausgewählt aus einer Gruppe bestehend aus: 4-Hydroxyphenylbrenztraubensäure, alpha-Tocopherol, Cholesterin, Glycerinphosphat, Lignocerinsäure (C24:0), Heptadecansäure (C17:0), Tricosansäure (C23:0), myo-Inosit-2-monophosphat, Behensäure (C22:0), 4-Hydroxysphinganin, Nervoninsäure (C24:1), Eicosatriensäure (C20:3), Glycerin-3-phosphat, Phosphatidylcholin (C18:2, C20:4), Ceramid (d18:1, C24:1), Ceramid (d18:2, C24:0), Sphingomyelin (d18:1, C16:0), 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphatidyl-L-serin, Phosphatidylcholin (C18:0/C22:6), Lysoglycerophosphorylcholine (18:1 Lyso-PC) und Phosphatidylcholin.
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Bei einer besonders bevorzugten Ausführungsform ist der wenigstens eine Analyt in der weiblichen Probe ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus: Palmitinsäure (C16:0), Stearinsäure (C18:0), Arachidonsäure (C20:cis-[5,8,11,14]4), Docosahexaensäure (C22:cis[4,7,10,13,16,19]6), Cholesterin, Lignocerinsäure (C24:0), Behensäure (C22:0), Nervoninsäure (C24:1), Linolsäure (C18:cis[9,12]2) und Threonsäure. Bei einer noch mehr bevorzugten Ausführungsform bestimmt man alle sechs der oben erwähnten Analyten. Es ist jedoch vorzugsweise vorgesehen, das bei einer Gruppe von wenigstens fünf gemäß der vorliegenden Erfindung zu bestimmenden Analyten einer, zwei, drei oder vier Analyten aus der oben erwähnten Gruppe von bevorzugten Analyten stammen, während es sich bei den restlichen Analyten um wie hier an anderer Stelle spezifizierte Analyten für weibliche Proben handelt.
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Es ist jedoch außerdem vorzugsweise vorgesehen, dass bei einer Gruppe von wenigstens fünf gemäß der vorliegenden Erfindung zu bestimmenden Analyten einer, zwei, drei oder vier Analyten aus der oben erwähnten Gruppe von bevorzugten Analyten stammen, während es sich bei den restlichen Analyten um wie hier an anderer Stelle spezifizierte Analyten für männliche Proben handelt.
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Handelt es sich also bei dem ersten Analyten einer bevorzugten Gruppe von fünf gemäß der vorliegenden Erfindung zu bestimmenden Analyten um Palmitinsäure (C16:0), so werden die restlichen vier Analyten ausgewählt aus einer Gruppe, die aus den folgenden Analyten besteht: Glycerin-3-phosphat, Coenzym Q9, Glucose, Glycerin, Stearinsäure (C18:0), Arachidonsäure (C20:cis-[5,8,11,14]4), Docosahexaensäure (C22:cis[4,7,10,13,16,19]6), Cholesterin, Glycerinphosphat, Lignocerinsäure (C24:0), Heptadecansäure (C17:0), Eicosansäure (C20:0), Tricosansäure (C23:0), Phosphat, Behensäure (C22:0), 4-Hydroxysphinganin, Nervoninsäure (C24:1), 14-Methylhexadecansäure, Eicosatriensäure (C20:3), ID28 × 493, 5-Methoxysphingosin, erythro-Sphingosin, Threonin, Glucose, Ceramid (d18:1, C24:1), Diacylglyceride (DAG) (C18:1, C18:2), Triacylglycerid (TAG), 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphatidyl-L-serin, Linolsäure (C18:cis[9,12]2) und Phosphatidylcholin.
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Handelt es sich bei dem ersten und zweiten Analyten um Palmitinsäure (C16:0) und Stearinsäure (C18:0), so werden die restlichen drei Analyten ausgewählt aus einer Gruppe bestehend aus: Glycerin-3-phosphat, Coenzym Q9, Glucose, Glycerin, Arachidonsäure (C20:cis-[5,8,11,14]4), Docosahexaensäure (C22:cis[4,7,10,13,16,19]6), Cholesterin, Glycerinphosphat, Lignocerinsäure (C24:0), Heptadecansäure (C17:0), Eicosansäure (C20:0), Tricosansäure (C23:0), Phosphat, Behensäure (C22:0), 4-Hydroxysphinganin, Nervoninsäure (C24:1), 14-Methylhexadecansäure, Eicosatriensäure (C20:3), ID28 × 493, 5-Methoxysphingosin, erythro-Sphingosin, Threonin, Glucose, Ceramid (d18:1, C24:1), Diacylglyceride (DAG) (C18:1, C18:2), Triacylglycerid (TAG), 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphatidyl-L-serin, Linolsäure (C18:cis[9,12]2) und Phosphatidylcholin.
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Handelt es sich bei dem ersten, zweiten und dritten Analyten um Palmitinsäure (C16:0), Stearinsäure (C18:0) und Arachidonsäure (C20:cis-[5,8,11,14]4), so werden die restlichen beiden Analyten ausgewählt aus einer Gruppe bestehend aus: Glycerin-3-phosphat, Coenzym Q9, Glucose, Glycerin, Docosahexaensäure (C22:cis[4,7,10,13,16,19]6), Cholesterin, Glycerinphosphat, Lignocerinsäure (C24:0), Heptadecansäure (C17:0), Eicosansäure (C20:0), Tricosansäure (C23:0), Phosphat, Behensäure (C22:0), 4-Hydroxysphinganin, Nervoninsäure (C24:1), 14-Methylhexadecansäure, Eicosatriensäure (C20:3), ID28 × 493, 5-Methoxysphingosin, erythro-Sphingosin, Threonin, Glucose, Ceramid (d18:1, C24:1), Diacylglyceride (DAG) (C18:1, C18:2), Triacylglycerid (TAG), 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphatidyl-L-serin, Linolsäure (C18:cis[9,12]2) und Phosphatidylcholin.
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Handelt es sich bei dem ersten, zweiten, dritten und vierten Analyten um Palmitinsäure (C16:0), Stearinsäure (C18:0), Arachidonsäure (C20:cis-[5,8,11,14]4) und Docosahexaensäure (C22:cis[4,7,10,13,16,19]6), so wird der restliche Analyt ausgewählt aus einer Gruppe bestehend aus: Glycerin-3-phosphat, Coenzym Q9, Glucose, Glycerin, Cholesterin, Glycerinphosphat, Lignocerinsäure (C24:0), Heptadecansäure (C17:0), Eicosansäure (C20:0), Tricosansäure (C23:0), Phosphat, Behensäure (C22:0), 4-Hydroxysphinganin, Nervoninsäure (C24:1), 14-Methylhexadecansäure, Eicosatriensäure (C20:3), ID28 × 493, 5-Methoxysphingosin, erythro-Sphingosin, Threonin, Glucose, Ceramid (d18:1, C24:1), Diacylglyceride (DAG) (C18:1, C18:2), Triacylglycerid (TAG), 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphatidyl-L-serin, Linolsäure (C18:cis[9,12]2) und Phosphatidylcholin.
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Analyt bezieht sich, so wie der Begriff hier verwendet wird, auf wenigstens ein Molekül eines speziellen Analyten bis zu einer Mehrzahl von Molekülen des speziellen Analyten. Es versteht sich weiterhin, dass eine Gruppe von Analyten eine Mehrzahl chemisch verschiedener Moleküle bedeutet, wobei von jedem Analyten wenigstens ein Molekül bis zu einer Mehrzahl von Molekülen vorhanden sein kann. Zu den Analyten gemäß der vorliegenden Erfindung zählen alle Klassen organischer oder anorganischer chemischer Verbindungen einschließlich der, aus denen biologische Materialien wie Organismen bestehen. Vorzugsweise handelt es sich bei dem Analyten gemäß der vorliegenden Erfindung um eine niedermolekulare Verbindung. Besonders bevorzugt versteht sich, wenn eine Mehrzahl von Analyten vorgesehen ist, dass jeder Analyt für einen Metaboliten steht und dass die Mehrzahl an Metaboliten ein Metabolom darstellt. Das Metabolom ist eine Gruppe von Metaboliten, die zu einer spezifischen Zeit und unter spezifischen Bedingungen in einem Organismus, einem Organ, einem Gewebe oder einer Zelle vorliegt.
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Metabolite sind niedermolekulare Verbindungen wie Substrate für Enzyme von Stoffwechselpfaden, Zwischenprodukte solcher Pfade oder die über einen Stoffwechselpfad erhaltenen Produkte. Stoffwechselpfade sind im Stand der Technik gut bekannt und können sich von Art zu Art unterscheiden. Vorzugsweise schließen diese Pfade wenigstens den Citronensäurecyclus, die Atmungskette, die Glykolyse, die Gluconeogenese, den Hexosemonophosphatpfad, den oxidativen Pentosephosphatpfad, die Produktion und β-Oxidation von Fettsäuren, den Harnstoffcyclus, die Aminosäure-Biosynthesepfade, die Proteinabbaupfade wie den proteasomalen Abbau, Aminosäureabbaupfade, die Biosynthese oder den Abbau von: Lipiden, Polyketiden (einschließlich z. B. Flavonoiden und Isoflavonoiden), Isoprenoiden (einschließlich z. B. Terpenen, Sterolen, Steroiden, Carotenoiden), Kohlenhydraten, Phenylpropanoiden und Derivaten, Alkaloiden, Benzoloiden, Indolen, Indolschwefelverbindungen, Porphyrinen, Hormonen, Vitaminen, Kofaktoren wie prosthetischen Gruppen oder Elektronenträgern, Lignin, Glucosinolaten, Purinen, Pyrimidinen, Nukleosiden, Nukleotiden und verwandten Molekülen wie tRNAs, mikroRNAs (miRNA) oder mRNAs ein. Dementsprechend sind niedermolekulare Verbindungsmetaboliten vorzugsweise aus den folgenden Verbindungsklassen aufgebaut: Alkoholen, Alkanen, Alkenen, Alkinen, aromatischen Verbindungen, Ketonen, Aldehyden, Carbonsäuren, Estern, Aminen, Iminen, Amiden, Cyaniden, Aminosäuren, Peptiden, Thiolen, Thioestern, Phosphatestern, Sulfatestern, Thioethern, Sulfoxiden, Ethern oder Kombinationen oder Derivativen der oben erwähnten Verbindungen. Bei den kleinen Molekülen unter den Metaboliten kann es sich um primäre Metaboliten handeln, die für eine normale Zellfunktion, Organfunktion oder das Wachstum, die Entwicklung oder die Gesundheit eines Tieres erforderlich sind. Außerdem zählen zu den niedermolekularen Metaboliten auch sekundäre Metaboliten mit im Wesentlichen ökologischer Funktion, zum Beispiel Metaboliten, die es einem Organismus ermöglichen, sich an seine Umwelt anzupassen. Weiterhin sind Metabolite nicht auf diese primären und sekundären Metaboliten beschränkt und schließen auch künstliche niedermolekulare Verbindungen ein. Diese künstlichen niedermolekularen Verbindungen leiten sich von exogen bereitgestellten kleinen Molekülen ab, die einem Organismus verabreicht werden oder von diesem aufgenommen werden, bei denen es sich jedoch nicht um wie oben definierte primäre oder sekundäre Metaboliten handelt. Künstliche niedermolekulare Verbindungen können zum Beispiel Stoffwechselprodukte sein, die durch über Stoffwechselpfade des Tieres aus Arzneimitteln erhalten werden. Darüber hinaus schließen Metaboliten weiterhin Peptide, Oligopeptide, Polypeptide, Oligonukleotide und Polynukleotide wie RNA oder DNA ein. Besonders bevorzugt hat ein Metabolit ein Molekulargewicht von 50 Da (Dalton) bis 30.000 Da, am meisten bevorzugt weniger als 30.000 Da, weniger als 20.000 Da, weniger als 15.000 Da, weniger als 10.000 Da, weniger als 8000 Da, weniger als 7000 Da, weniger als 6000 Da, weniger als 5000 Da, weniger als 4000 Da, weniger als 3000 Da, weniger als 2000 Da, weniger als 1000 Da, weniger als 500 Da, weniger als 300 Da, weniger als 200 Da, weniger als 100 Da. Vorzugsweise hat ein Metabolit jedoch ein Molekulargewicht von wenigstens 50 Da. Ganz besonders bevorzugt hat ein Metabolit gemäß der vorliegenden Erfindung ein Molekulargewicht von 50 Da bis zu 1500 Da.
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Bei Analyten, so wie hier gemäß der vorliegenden Erfindung Bezug darauf genommen wird, handelt es sich um molekulare Spezies, die sich durch das Aufreinigungs- und/oder Bestimmungsverfahren vom natürlichen Metaboliten herleiten. In einigen Fällen wird der Analyt identisch sein. In anderen Fällen jedoch wird es sich um ein chemisches Derivat davon handeln. Nichtsdestotrotz versteht sich, dass das Auftreten eines Analyten zwangsläufig Rückschlüsse auf das Auftreten des Metaboliten erlaubt.
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Der Begriff „zu testende Probe” bezieht sich, so wie er hier verwendet wird, auf Proben, die für die Diagnose von Lebertoxizität nach dem Verfahren der vorliegenden Erfindung verwendet werden. Bei dieser zu testenden Probe handelt es sich um eine biologische Probe. Proben aus biologischen Quellen (d. h. biologische Proben) enthalten gewöhnlicherweise eine Mehrzahl an Metaboliten. Bevorzugt im erfindungsgemäßen Verfahren einzusetzende biologische Proben sind Proben aus Körperflüssigkeiten, vorzugsweise Blut, Plasma, Serum, Speichel, Gallenflüssigkeit, Urin oder Hirn- und Rückenmarksflüssigkeit, oder Proben, die zum Beispiel durch eine Biopsie aus Zellen, Geweben Order Organen, vorzugsweise aus der Leber, gewonnen wurden. Besonders bevorzugt handelt es sich bei der Probe um eine Blut-, Plasma- oder Serumprobe, ganz besonders bevorzugt eine Plasmaprobe. Biologische Proben werden wie hier an anderer Stelle beschrieben von einem Patienten gewonnen. Verfahren zur Gewinnung der oben erwähnten verschiedenen Arten von biologischen Proben sind im Stand der Technik gut bekannt. Blutproben lassen sich zum Beispiel erhalten, indem man Blut entnimmt, während Gewebe- oder Organproben beispielsweise durch eine Biopsie erhalten werden.
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Die oben erwähnten Proben werden vorzugsweise vor einer Verwendung im Verfahren der vorliegenden Erfindung vorbehandelt. Wie unten ausführlicher beschrieben kann diese Vorbehandlung Behandlungen einschließen, die zur Freisetzung oder Auftrennung der Verbindungen oder zum Entfernen von überschüssigem Material oder Abfall erforderlich sind. Geeignete Verfahren schließen Zentrifugation, Extraktion, Fraktionierung, Ultrafiltration, Proteinausfällung mit anschließender Filtration und Aufreinigung und/oder Anreicherung von Verbindungen ein. Außerdem werden andere Vorbehandlungen durchgeführt, um die Verbindungen in einer für die Verbindungsanalyse geeigneten Form oder Konzentration bereitzustellen. Wird bei dem Verfahren der vorliegenden Erfindung beispielsweise die Gaschromatograph-gekoppelte Massenspektrometrie eingesetzt, so wird es erforderlich sein, die Verbindungen vor dieser Gaschromatographie zu derivatisieren. Geeignete und erforderliche Vorbehandlungen hängen von den zur Durchführung des erfindungsgemäßen Verfahrens eingesetzten Mitteln ab und sind dem Fachmann gut bekannt. Wie oben beschrieben vorbehandelte Proben fallen ebenfalls unter den gemäß der vorliegenden Erfindung verwendeten Begriff „Probe”.
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Der Begriff „Patient” bezieht sich, so wie er hier verwendet wird, auf Tiere, vorzugsweise Säugetiere wie Mäuse, Ratten, Meerschweinchen, Kaninchen, Hamster, Schweine, Schafe, Hunde, Katzen, Pferde, Affen oder Kühe und, ebenfalls bevorzugt, auf Menschen. Besonders bevorzugt handelt es sich bei dem Patienten um ein Nagetier und ganz besonders bevorzugt eine Ratte. Andere Tiere, die einer Diagnose unter Anwendung eines Verfahrens der vorliegenden Erfindung unterzogen werden können, sind Fische, Vögel oder Reptilien. Vorzugsweise war der Patient in Kontakt mit einer Verbindung, von der vermutet wird, dass sie Lebertoxizität induziert, oder wurde damit in Kontakt gebracht. Bei einem Patienten, der mit einer Verbindung in Kontakt gebracht wurde, von der angenommen wird, dass sie Lebertoxizität induziert, kann es sich zum Beispiel um ein Labortier wie eine Ratte, die in einem Screening-Assay z. B. auf die Toxizität von Verbindungen zum Einsatz kommt, handeln. Bei einem Patienten, von dem vermutet wird, dass er in Kontakt mit einer zur Induktion von Lebertoxizität fähigen Verbindung war, kann es sich auch um einen Patienten handeln, der zur Auswahl einer geeigneten Therapie diagnostiziert werden soll. Vorzugsweise handelt es sich bei der hier verwendeten zur Induktion von Lebertoxizität fähigen Verbindung um Dazomet, Dimethylformamid, Tetrahydrofuran, Cyproteronacetat, Tetrahydrofuran, Cyproteronacetat, Toxaphen oder Paracetamol.
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Der Begriff „Bestimmen der Menge” bezieht sich, so wie er hier verwendet wird, auf die Bestimmung wenigstens eines charakteristischen Merkmals der einzelnen Analyte der wenigstens fünf Analyte. Charakteristische Merkmale gemäß der vorliegenden Erfindung sind Merkmale, die die physischen und/oder chemischen Eigenschaften einschließlich der biochemischen Eigenschaften eines Analyten charakterisieren. Zu diesen Eigenschaften zählen zum Beispiel Molekulargewicht, Viskosität, Dichte, elektrische Ladung, Spin, optische Aktivität, Farbe, Fluoreszenz, Chemolumineszenz, elementare Zusammensetzung, chemische Struktur, Fähigkeit zur Reaktion mit anderen Verbindungen, Fähigkeit zum Hervorrufen einer Reaktion in einem biologischen Ablesesystems (z. B. Induktion eines Reportergens) und dergleichen. Werte für diese Eigenschaften können als charakteristische Merkmale dienen und lassen sich nach im Stand der Technik gut bekannten Verfahren bestimmen. Außerdem kann es sich bei dem charakteristischen Merkmal um ein beliebiges Merkmal handeln, das sich durch Standardoperationen, z. B. mathematische Berechnungen wie Multiplikation, Division oder logarithmische Berechnungen aus den Werten der physischen und/oder chemischen Eigenschaften eines Analyten ableitet. Am meisten bevorzugt erlaubt wenigstens ein charakteristisches Merkmal die Bestimmung und/oder chemische Identifizierung des Analyten und seiner Menge. Dementsprechend beinhaltet der charakteristische Wert vorzugsweise auch Informationen, die sich auf die Häufigkeit des Metaboliten beziehen, von dem der charakteristische Wert abgeleitet ist. Bei einem charakteristischen Wert eines Metaboliten kann es sich beispielsweise um einen Peak in einem Massenspektrum handelt. Solch ein Peak enthält charakteristische Informationen zum Metaboliten, d. h. die m/z-(Masse-Ladungs-Verhältnis-)Information, sowie einen Intensitätswert, der mit der Häufigkeit des Analyten (d. h. seiner Menge) in der Probe in Zusammenhang steht.
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Wie oben besprochen kann jeder Analyt der gemäß dem Verfahren der vorliegenden Erfindung zu bestimmenden Gruppe von Analyten vorzugsweise quantitativ oder halbquantitativ bestimmt werden. Zur quantitativen Bestimmung bestimmt man entweder die absolute bzw. genaue Menge an Metabolit oder die relative Menge an Analyt auf Grundlage des für das/die charakteristische(n) Merkmal(e), auf das/die oben Bezug genommen wurde, bestimmten Wertes. Die relative Menge kann bestimmt werden, wenn sich die genaue Menge an Analyt nicht bestimmen lässt oder nicht bestimmt werden soll. In diesem Fall kann bestimmt werden, ob die Menge, in der der Analyt vorliegt, im Vergleich zu einer zweiten Probe, die den Metaboliten in einer zweiten Menge enthält, erhöht oder vermindert ist. Die quantitative Analyse eines Analyten schließt somit auch das ein, was manchmal als halbquantitative Analyse eines Analyten bezeichnet wird.
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Außerdem umfasst Bestimmung, so wie der Begriff im Verfahren der vorliegenden Erfindung verwendet wird, die Verwendung eines Verbindungstrennungsschritts vor dem oben erwähnten Analyseschritt. Vorzugsweise führt dieser Verbindungstrennungsschritt zu einer zeitlich aufgelösten Trennung der in der Probe enthaltenen Analyten. Geeignete Verfahren für die Trennung, die gemäß der vorliegenden Erfindung bevorzugt zur Anwendung kommen, schließen daher alle chromatographischen Trennverfahren wie Flüssigkeitschromatographie (LC), Hochleistungsflüssigchromatographie (HPLC), Gaschromatographie (GC), Dünnschichtchromatographie, Größenausschluss- oder Affinitätschromatographie ein. Diese Verfahren sind im Stand der Technik gut bekannt und lassen sich vom Fachmann problemlos anwenden. Ganz besonders bevorzugt handelt es sich bei den beim Verfahren der vorliegenden Erfindung vorgesehenen chromatographischen Verfahren um LC und/oder GC. Für die Bestimmung von Metaboliten geeignete Vorrichtungen sind im Stand der Technik gut bekannt. Vorzugsweise bedient man sich der Massenspektrometrie, insbesondere der Gaschromatographie-Massenspektrometrie (GC-MS), der Flüssigkeitschromatographie-Massenspektrometrie (LC-MS), der Direktinfusions-Massenspektrometrie oder der Fouriertransform-Ionencyclotronresonanz-Massenspektrometrie (FT-ICR-MS), der Kapillarelektrophorese-Massenspektrometrie (CE-MS), der Hochleistungsflüssigchromatographie-gekoppelten Massenspektrometrie (HPLC-MS), der Quadrupol-Massenspektrometrie, einer sequentiell gekoppelten Massenspektrometrie wie MS-MS oder MS-MS-MS, Massenspektrometrie mit induktiv gekoppeltem Plasma (ICP-MS), Pyrolyse-Massenspektrometrie (Py-MS), Ionenmobilitäts-Massenspektrometrie oder Time-of-flight-Massenspektrometrie (TOF). Ganz besonders bevorzugt werden LC-MS und/oder GC-MS wie unten ausführlich beschrieben verwendet. Diese Verfahren sind zum Beispiel in
Nissen, Journal of Chromatography A, 703, 1995: 37–57,
US 4,540,884 oder
US 5,397,894 , deren Offenbarungen hiermit durch Verweis Bestandteil der vorliegenden Anmeldung werden, offenbart. Alternativ oder zusätzlich zu Massenspektrometrieverfahren lassen sich zur Verbindungsbestimmung die folgenden Verfahren einsetzen: die kernmagnetische Resonanz (NMR), die Magnetic Resonance Imaging (MRI), die Fourier-Transform-Infrarotanalyse (FT-IR), die Ultraviolett-(UV-)Spektroskopie, der Brechungsindex (RI), die Fluoreszenzdetektion, die radiochemische Detektion, die elektrochemische Detektion, die Lichtstreuung (LS), die dispersive Raman-Spektroskopie oder die Flammenionisationsdetektion (FID). Diese Verfahren sind dem Fachmann gut bekannt und lassen sich ohne Probleme anwenden. Das erfindungsgemäße Verfahren ist vorzugsweise automatisierungsgestützt. So können beispielsweise Verarbeitung oder Vorbehandlung der Proben automatisch durch Roboter durchgeführt werden. Datenverarbeitung und -abgleich sind vorzugsweise auf geeignete Computerprogramme und -dateien gestützt. Durch die wie oben beschriebene Automatisierung ist es möglich, das Verfahren der vorliegenden Erfindung in Ansätzen mit hohem Durchsatz durchzuführen.
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Außerdem kann der Analyt auch durch spezifische chemische oder biologische Assays bestimmt werden. Dieser Assay soll Mittel umfassen, die einen spezifischen Nachweis des Analyten in der Probe ermöglichen. Vorzugsweise ist es mit diesen Mitteln möglich, die chemische Struktur des Analyten spezifisch zu erkennen oder den Analyten aufgrund seiner Fähigkeit zur Reaktion mit anderen Verbindungen oder seiner Fähigkeit, in einem biologischen Ablesesystem eine Reaktion auszulösen (z. B. Induktion eines Reportergens), spezifisch zu identifizieren. Mittel, die dazu in der Lage sind, die chemische Struktur eines Metaboliten spezifisch zu erkennen, sind vorzugsweise Antikörper oder andere Proteine, die mit chemischen Strukturen eine spezifische Wechselwirkung eingehen, wie Rezeptoren oder Enzyme. Spezifische Antikörper lassen sich zum Beispiel durch im Stand der Technik gut bekannte Methoden unter Verwendung des Metaboliten als Antigen erhalten. Antikörper schließen, so wie hier darauf Bezug genommen wird, sowohl polyklonale als auch monoklonale Antikörper sowie Fragmente davon wie Fv-, Fab- und F(ab)2-Fragmente ein, die dazu fähig sind, an das Antigen bzw. Hapten zu binden. Die vorliegende Erfindung schließt auch humanisierte Hybridantikörper ein, bei denen Aminosäuresequenzen eines nicht humanen Donorantikörpers, der die gewünschte Antigenspezifität zeigt, mit Sequenzen eines humanen Akzeptorantikörpers kombiniert werden. Ebenfalls eingeschlossen sind Einzelkettenantikörper. Die Donorsequenzen werden gewöhnlich wenigstens die antigenbindenden Aminosäurereste des Donors umfassen, können jedoch auch andere strukturell und/oder funktionell relevante Aminosäurereste des Donorantikörpers enthalten. Solche Hybride lassen sich nach mehreren im Stand der Technik gut bekannten Methoden herstellen. Geeignete Proteine, die dazu in der Lage sind, den Metaboliten spezifisch zu erkennen, sind vorzugsweise Enzyme, die an der metabolischen Umwandlung des Metaboliten beteiligt sind. Diese Enzyme können entweder den Metaboliten als Substrat verwenden oder ein Substrat in den Metaboliten umwandeln. Darüber hinaus lassen sich diese Antikörper als Basis für die Erzeugung von Oligopeptiden, die den Metaboliten spezifisch erkennen, verwenden. Diese Oligopeptide umfassen zum Beispiel die Bindungsdomänen des Enzyms, bzw. Taschen für den Metaboliten. Geeignete Assays auf der Grundlage von Antikörpern und/oder Enzymen können RIAs (Radioimmunoassays), ELISAs (Enzyme-linked Immunosorbent Assays), Sandwich-Enzymimmuntests, Elektrochemilumineszenz-Sandwich-Immunoassays (ECLIA), Dissociation-enhanced Lanthanide Fluoro Immuno Assays (DELFIAs) oder Festphasen-Immuntests sein. Außerdem kann der Metabolit auch anhand seiner Fähigkeit zur Reaktion mit anderen Verbindungen, d. h. durch eine spezifische chemische Reaktion, identifiziert werden. Weiterhin lässt sich der Metabolit in einer Probe anhand seiner Fähigkeit, in einem biologischen Ablesesystem eine Reaktion zu bewirken, bestimmen. Die biologische Reaktion wird als Ablesewert festgestellt, der das Vorhandensein und/oder die Menge an Metaboliten in der Probe anzeigt. Bei der biologischen Reaktion kann es sich zum Beispiel um die Induktion einer Genexpression oder eine phänotypische Reaktion einer Zelle oder eines Organismus handeln.
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Der Begriff „Referenz” bezieht sich auf Werte der charakteristischen Merkmale der einzelnen Analyten einer Gruppe von Analyten, die sich mit der Lebertoxizität in Korrelation setzen lassen können. Solche Referenzergebnisse werden vorzugsweise aus einer Probe erhalten, die von einem Patienten gewonnen wurde, der mit Dazomet, Dimethylformamid, Tetrahydrofuran, Cyproteronacetat, Tetrahydrofuran, Cyproteronacetat, Toxaphen oder Paracetamol in Kontakt gebracht wurde. Ein Patient kann mit diesen Verbindungen jeweils durch topische oder systemische Verabreichung in Kontakt gebracht werden, vorausgesetzt die Verbindungen sind biologisch verfügbar. Die Referenzergebnisse lassen sich wie oben für die Menge an Analyten beschrieben bestimmen. Alternativ dazu, jedoch trotzdem auch bevorzugt, kann man das Referenzergebnis aus einer Probe erhalten, die von einem Patienten, der nicht mit Dazomet, Dimethylformamid, Tetrahydrofuran, Cyproteronacetat, Tetrahydrofuran, Cyproteronacetat, Toxaphene oder Paracetamol in Kontakt gebracht wurde, oder von einem hinsichtlich einer Lebertoxizität und besonders bevorzugt auch anderen Krankheiten gesunden Patienten gewonnen wurde. Außerdem kann es sich bei der Referenz ebenfalls vorzugsweise um eine berechnete Referenz handeln, ganz besonders bevorzugt den Durchschnitts- oder Medianwert für die relative oder absolute Menge der einzelnen Analyten einer Gruppe von Analyten, abgeleitet von einer Population von Individuen, die den zu untersuchenden Patienten umfasst. Es versteht sich jedoch, dass die zur Bestimmung einer berechneten Referenz zu untersuchende Patientenpopulation vorzugsweise entweder aus scheinbar gesunden (z. B. nicht behandelten) Patienten besteht oder eine Anzahl an scheinbar gesunden Patienten umfasst, die groß genug ist, um statistisch resistent gegenüber signifikanten Veränderungen beim Durchschnittswert oder Medianwert aufgrund des Vorhandensein des/der Testpatienten in dieser Population zu sein. Die absoluten oder relativen Mengen der Analyten dieser Individuen der Population lassen sich wie hier an anderer Stelle beschrieben bestimmen. Die Berechnung eines geeigneten Referenzwerts, vorzugsweise des Durchschnittswerts oder des Medianwerts, ist im Stand der Technik gut bekannt. Die Patientenpopulation, die oben angesprochen wurde, umfasst eine Mehrzahl an Patienten, vorzugsweise mindestens 5, 10, 50, 100, 1000 oder 10.000 Patienten. Es versteht sich, dass der einer Diagnose nach dem Verfahren der vorliegenden Erfindung zu unterziehende Patient und die Patienten dieser Mehrzahl an Patienten der gleichen Spezies angehören.
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Besonders bevorzugt werden die Referenzergebnisse, d. h. die Werte für wenigstens ein charakteristisches Merkmal des Analyten, in einem geeigneten Datenspeichermedium wie einer Datenbank gespeichert und stehen somit auch für zukünftige Diagnosen zur Verfügung. Dies erlaubt außerdem eine effiziente Diagnose einer Prädisposition für eine Krankheit, da sich geeignete Referenzergebnisse in der Datenbank identifizieren lassen, nachdem (in der Zukunft) bestätigt wurde, dass der Patient, von dem die entsprechende Referenzprobe erhalten wurde, (tatsächlich) eine Lebertoxizität entwickelte.
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Der Begriff „vergleichen” bezieht sich auf die Abschätzung, ob die Ergebnisse der oben ausführlich beschriebenen Bestimmung, d. h. die Ergebnisse der qualitativen oder quantitativen Bestimmung eines Analyten, identisch mit oder ähnlich zu den Referenzergebnissen sind oder sich davon unterscheiden.
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Erhält man die Referenzergebnisse von einer Probe, die von einem Patienten gewonnen wurde, der mit Dazomet, Dimethylformamid, Tetrahydrofuran, Cyproteronacetat, Tetrahydrofuran, Cyproteronacetat, Toxaphen oder Paracetamol in Kontakt gebracht wurde, so lässt sich eine Lebertoxizität anhand des Grades an Identität oder Ähnlichkeit zwischen den von der zu testenden Probe erhaltenen Testergebnissen und den oben erwähnten Referenzergebnissen diagnostizieren, d. h. anhand einer identischen oder ähnlichen qualitativen oder quantitativen Zusammensetzung hinsichtlich der oben erwähnten Analyten. Die Ergebnisse der zu testenden Probe und die Referenzergebnisse sind identisch, wenn die Werte für die charakteristischen Merkmale und – bei einer quantitativen Bestimmung – die Intensitätswerte identisch sind. Diese Ergebnisse sind ähnlich, wenn die Werte der charakteristischen Merkmale identisch sind, die Intensitätswerte sich jedoch unterscheiden. Eine solche Differenz ist vorzugsweise nicht signifikant und soll dadurch charakterisiert werden, dass die Werte für die Intensität mindestens in einem Intervall zwischen dem 1. und dem 99. Perzentil, dem 5. und dem 95. Perzentil, dem 10. und dem 90. Perzentil, dem 20. und dem 80. Perzentil, dem 30. und dem 70. Perzentil, dem 40. und dem 60. Perzentil des Referenzwerts liegen.dem 50., 60., 70., 80., 90. oder 95. Perzentil des Referenzwerts.
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Erhält man die Referenzergebnisse von einem Patienten, der nicht mit Dazomet, Dimethylformamid, Tetrahydrofuran, Cyproteronacetat, Tetrahydrofuran, Cyproteronacetat, Toxaphen oder Paracetamol in Kontakt gebracht wurde, so lässt sich eine Lebertoxizität anhand der Unterschiede zwischen den für die zu testende Probe erhaltenen Testergebnissen und den oben erwähnten Referenzergebnissen, d. h. Unterschieden bei der qualitativen oder quantitativen Zusammensetzung hinsichlich der oben erwähnten Analyten, diagnostizieren. Das gleiche trifft zu, wenn man einen wie oben beschriebenen berechneten Referenzwert verwendet. Bei dem Unterschied kann es sich um eine Erhöhung bei der absoluten oder relativen Menge eines Analyten (manchmal als Hochregulierung des Metaboliten bezeichnet; siehe auch die Beispiele) oder eine Abnahme bei einer dieser Mengen oder die Abwesenheit einer nachweisbaren Menge des Analyten (manchmal als Hochregulierung des Metaboliten bezeichnet; siehe auch die Beispiele) handeln. Vorzugsweise ist die Differenz bei der relativen oder absoluten Menge signifikant, d. h. außerhalb des Intervalls zwischen dem 45. und dem 55. Perzentil, dem 40. und dem 60. Perzentil, dem 30. und dem 70. Perzentil, dem 20. und dem 80. Perzentil, dem 10. und dem 90. Perzentil, dem 5. und dem 95. Perzentil, dem 1. und dem 99. Perzentil des Referenzwerts.
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Vorzugsweise unterscheiden sich die Mengen der Analyten im Vergleich zur Referenz wie folgt:
- (i) in einer Probe von einem männlichen Individuum: 4-Hydroxyphenylbrenztraubensäure, Palmitinsäure (C16:0), Linolsäure (C18:cis[9,12]2), Arachidonsäure (C20:cis[5,8,11,14]4), Docosahexaensäure (C22:cis[4,7,10,13,16,19]6), alpha-Tocopherol, Cholesterin, Glycerinphosphat, Lignocerinsäure (C24:0), Heptadecansäure (C17:0), Tricosansäure (C23:0), myo-Inosit-2-monophosphat, Behensäure (C22:0), 4-Hydroxysphinganin, Nervoninsäure (C24:1), Eicosatriensäure (C20:3), Glycerin-3-phosphat, Phosphatidylcholin (C18:2, C20:4), Ceramid (d18:1, C24:1), Ceramid (d18:2, C24:0), Sphingomyelin (d18:1, C16:0), 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphatidyl-L-serin, Phosphatidylcholin (C18:0/C22:6), Linolsäure (C18:cis[9,12]2), 18:1 Lyso-PC oder Phosphatidylcholin, die alle erhöht sind; und
- (ii) in einer Probe von einem weiblichen Patienten: Glycerin-3-phosphat, Coenzym Q9, Glucose, Glycerin, Palmitinsäure (C16:0), Stearinsäure (C18:0), Arachidonsäure (C20:cis-[5,8,11,14]4), Docosahexaensäure (C22:cis[4,7,10,13,16,19]6), Cholesterin, Glycerinphosphat, Lignocerinsäure (C24:0), Heptadecansäure (C17:0), Eicosansäure (C20:0), Tricosansäure (C23:0), Phosphat, Behensäure (C22:0), 4-Hydroxysphinganin, Nervoninsäure (C24:1), 14-Methylhexadecansäure, Eicosatriensäure (C20:3), ID28 × 493, 5-Methoxysphingosin, erythro-Sphingosin, Threonin, Glucose, Ceramid (d18:1, C24:1), Diacylglyceride (DAG) (C18:1, C18:2), Triacylglycerid (TAG), 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphatidyl-L-serin, Linolsäure (C18:cis[9,12]2) oder Phosphatidylcholin, die alle erhöht sind. Für die spezifischen Analyten, auf die in der vorliegenden Beschreibung Bezug genommen wird, sind unten in den Beispielen bevorzugte Werte für die Veränderungen in den relativen Mengen (d. h. die „fachen”-Veränderungen) oder die Art von Veränderung (d. h. „Hoch”- oder „Herunter”-regulierung, die zu einer höheren oder niedrigeren relativen und/oder absoluten Menge führt) angegeben.
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Der Vergleich erfolgt vorzugsweise automatengestützt. So kann man zum Beispiel ein geeignetes Computerprogramm, welches einen Algorithmus für den Vergleich von zwei verschiedenen Datensätzen umfasst (z. B. Datensätze, die die Werte von einem oder mehreren charakteristischen Merkmalen enthalten), von Nutzen sein. Solche Computerprogramme und Algorithmen sind im Stand der Technik gut bekannt. Nichtsdestotrotz kann ein Vergleich auch manuell erfolgen.
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Die vorstehend genannten Verfahren zur Bestimmung der Analyten können in einer Vorrichtung realisiert werden. Dabei sollte eine Vorrichtung, wie hier verwendet, wenigstens die vorstehend genannten Mittel umfassen. Zudem umfasst die Vorrichtung vorzugsweise ferner Mittel zum Vergleich und zur Beurteilung des nachgewiesenen charakteristischen Merkmals bzw. der nachgewiesenen charakteristischen Merkmale der Analyten und vorzugsweise ebenso der bestimmten Signalintensität. Die Mittel der Vorrichtung stehen vorzugsweise in operativer Verknüpfung miteinander. Wie die Mittel in operativer Weise verknüpft sind, hängt von der Art der in die Vorrichtung einbezogenen Mittel ab. Beispielsweise können, wenn Mittel zur automatischen qualitativen oder quantitativen Bestimmung des Metaboliten angewandt werden, die mit den automatisch operierenden Mitteln erhaltenen Daten zum Beispiel mit einem Computerprogramm verarbeitet werden, um die Diagnose zu erleichtern. In einem solchen Fall sind die Mittel vorzugsweise von einer einzigen Vorrichtung umfasst. Dementsprechend kann die Vorrichtung eine Analyseeinheit für die Analyten und eine Rechnereinheit für die Verarbeitung der erhaltenen Daten für die Diagnose enthalten. Als Alternative können, wo Mittel wie etwa Teststreifen zur Bestimmung der Analyten verwendet werden, die Mittel zur Diagnose Kontrollstreifen oder Tabellen, mit denen die bestimmten Ergebnisdaten, von denen bekannt ist, dass sie mit Lebertoxizität einhergehen, oder solchen, die ein Zeichen für einen gesunden Patienten darstellen, wie oben erörtert, zugeordnet werden, umfassen. Dabei sind solche Vorrichtungen bevorzugt, die sich ohne die besonderen Kenntnisse eines spezialisierten Klinikers anwenden lassen, z. B. Teststreifen oder elektronische Vorrichtungen, die lediglich das Beladen mit einer Probe erfordern.
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Alternativ dazu lassen sich die Verfahren zur Bestimmung der Analyten in einem System realisieren, das mehrere Vorrichtungen umfasst, welche vorzugsweise in operativer Verknüpfung miteinander stehen. Insbesondere müssen die Mittel dabei in einer Weise verknüpft sein, die die Durchführung des Verfahrens der vorliegenden Erfindung wie oben ausführlich beschrieben gestattet. Daher versteht man unter einer operativen Verknüpfung, wie hier verwendet, vorzugsweise eine funktionelle Verknüpfung. Je nach den für das System der vorliegenden Erfindung zu verwendenden Mitteln können diese Mittel in funktionelle Verknüpfung miteinander gebracht werden, indem jedes Mittel mit dem anderen über Mittel, die den Datentransport zwischen diesen Mitteln gestatten, z. B. Glasfaserkabeln und anderen Kabeln für den Datentransport mit hohem Durchsatz, verbunden wird. Nichtdestoweniger ist auch eine drahtlose Datenübertragung zwischen den Mitteln von der vorliegenden Erfindung vorgesehen, beispielsweise über LAN (Wireless LAN, WLAN). Ein bevorzugtes System umfasst Mittel zur Bestimmung von Analyten. Mittel zur Bestimmung von Analyten, wie sie hier verwendet werden, umfassen Mittel zur Auftrennung von Analyten, wie etwa chromatographische Vorrichtungen, sowie Mittel zur Analytenbestimmung, wie etwa Massenspektrometrievorrichtungen. Geeignete Vorrichtungen wurden bereits ausführlich oben beschrieben. Bevorzugte Mittel zur Verbindungsauftrennung, die im System der vorliegenden Erfindung zur Anwendung kommen, umfassen chromatographische Vorrichtungen, besonders bevorzugt Vorrichtungen für die Flüssigkeitschromatographie, HPLC und/oder Gaschromatographie. Bevorzugte Vorrichtungen zur Verbindungsbestimmung umfassen Massenspektrometrievorrichtungen, besonders bevorzugt GC-MS, LC-MS, Direkte-Infusion-Massenspektrometrie, FT-ICR-MS, CE-MS, HPLC-MS, Quadrupol-Massenspektrometrie, sequentiell gekoppelte Massenspektrometrie (einschließlich MS-MS oder MS-MS-MS), ICP-MS, Py-MS oder TOF. Die Auftrennungs- und Bestimmungsmittel sind vorzugsweise aneinander gekoppelt. Am meisten bevorzugt wird in dem System der vorliegenden Erfindung LC-MS und/oder GC-MS verwendet, wie ausführlich an anderer Stelle in der Beschreibung beschrieben. Ferner sollen Mittel zum Vergleichen und/oder Analysieren der von den Mitteln zur Bestimmung von Analyten erhaltenen Ergebnisse umfasst sein. Die Mittel zum Vergleichen und/oder Analysieren der Ergebnisse können wenigstens eine Datenbank und ein implementiertes Computerprogramm zum Vergleich der Ergebnisse umfassen. Bevorzugte Ausführungsformen der vorstehend genannten Systeme und Vorrichtungen sind ebenfalls unten ausführlich beschrieben.
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Vorteilhafterweise stellte sich in der der vorliegenden Erfindung zugrundeliegenden Untersuchung heraus, dass die Mengen einer Gruppe von wenigstens fünf der vorstehend genannten Analyten als Biomarker für eine Lebertoxizität, insbesondere eine durch Dazomet, Dimethylformamid, Tetrahydrofuran, Cyproteronacetat, Tetrahydrofuran, Cyproteronacetat, Toxaphene oder Paracetamol induzierte Lebertoxizität, dienen. Die Spezifität und Genauigkeit des Verfahrens wird noch mehr verbessert, wenn alle der vorstehend genannten Analyten bestimmt werden. Dabei zeigt eine Änderung der quantitativen und/oder qualitativen Zusammensetzung des Metaboloms hinsichtlich dieser spezifischen Analyten eine Lebertoxizität. Die morphologischen, physiologischen und auch biochemischen Parameter, die gegenwärtig zur Diagnose einer Lebertoxizität herangezogen werden, sind verglichen mit der durch die vorliegende Erfindung bereitgestellten Biomarkerbestimmung weniger spezifisch und weniger empfindlich. Dank der vorliegenden Erfindung lässt sich die Lebertoxizität einer Verbindung effizienter und zuverlässiger abschätzen. Außerdem sind auf Grundlage des oben Festgestellten Screening-Assays für Arzneimittel, die sich für eine Therapie von Lebertoxizität eignen, denkbar.
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Die vorliegende Erfindung betrifft im Prinzip die Verwendung von wenigstens einem, vorzugsweise wenigstens fünf, der folgenden Analyten 4-Hydroxyphenylbrenztraubensäure, Palmitinsäure (C16:0), Linolsäure (C18:cis[9,12]2), Arachidonsäure (C20:cis[5,8,11,14]4), Docosahexaensäure (C22:cis[4,7,10,13,16,19]6), alpha-Tocopherol, Cholesterin, Glycerinphosphat, Lignocerinsäure (C24:0), Heptadecansäure (C17:0), Tricosansäure (C23:0), myo-Inosit-2-monophosphat, Behensäure (C22:0), 4-Hydroxysphinganin, Nervoninsäure (C24:1), Eicosatriensäure (C20:3), Glycerin-3-phosphat, Phosphatidylcholin (C18:2, C20:4), Ceramid (d18:1, C24:1), Ceramid (d18:2, C24:0), Sphingomyelin (d18:1, C16:0), 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphatidyl-L-serin, Phosphatidylcholin (C18:0/C22:6), Linolsäure (C18:cis[9,12]2) 18:1 Lyso-PC oder Phosphatidylcholin oder Mitteln zum Nachweis davon zur Herstellung einer diagnostischen Vorrichtung oder einer diagnostischen Zusammensetzung zur Diagnose von Lebertoxizität in einem männlichen Patienten oder die Verwendung von wenigstens einem, vorzugsweise wenigstens fünf, der folgenden Analyten Glycerin-3-phosphat, Coenzym Q9, Glucose, Glycerin, Palmitinsäure (C16:0), Stearinsäure (C18:0), Arachidonsäure (C20:cis-[5,8,11,14]4), Docosahexaensäure (C22:cis[4,7,10,13,16,19]6), Cholesterin, Glycerinphosphat, Lignocerinsäure (C24:0), Heptadecansäure (C17:0), Eicosansäure (C20:0), Tricosansäure (C23:0), Phosphat, Behensäure (C22:0), 4-Hydroxysphinganin, Nervoninsäure (C24:1), 14-Methylhexadecansäure, Eicosatriensäure (C20:3), ID28 × 493, 5-Methoxysphingosin, erythro-Sphingosin, Threonin, Glucose, Ceramid (d18:1, C24:1), Diacylglyceride (DAG) (C18:1, C18:2), Triacylglycerid (TAG), 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphatidyl-L-serin, Linolsäure (C18:cis[9,12]2) oder Phosphatidylcholin oder Mitteln zum Nachweis davon zur Herstellung einer diagnostischen Vorrichtung oder einer diagnostischen Zusammensetzung zur Diagnose von Lebertoxizität in einem weiblichen Patienten.
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Alle Definitionen und Erläuterungen der oben angeführten Ausdrücke gelten mit entsprechenden Abänderungen für die oben erwähnten Methoden und alle anderen weiter unten beschriebenen Ausführungsformen, es sei denn, im Folgenden wird etwas anderes angegeben.
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Aus dem oben Gesagten folgt, dass in der vorliegenden Erfindung auch ein Verfahren zur Feststellung, ob eine Verbindung dazu in der Lage ist, eine Lebertoxizität in einem Patienten zu induzieren, in Betracht gezogen wird, bei dem man:
- (a) in einer Probe von einem männlichen Patienten, der mit einer Verbindung in Kontakt gebracht wurde, von der angenommen wird, dass sie dazu fähig ist, Lebertoxizität zu induzieren, die Menge von wenigstens einem, vorzugsweise wenigstens fünf, der folgenden Analyten 4-Hydroxyphenylbrenztraubensäure, Palmitinsäure (C16:0), Linolsäure (C18:cis[9,12]2), Arachidonsäure (C20:cis-[5,8,11,14]4), Docosahexaensäure (C22:cis[4,7,10,13,16,19]6), alpha-Tocopherol, Cholesterin, Glycerinphosphat, Lignocerinsäure (C24:0), Heptadecansäure (C17:0), Tricosansäure (C23:0), myo-Inosit-2-monophosphat, Behensäure (C22:0), 4-Hydroxysphinganin, Nervoninsäure (C24:1), Eicosatriensäure (C20:3), Glycerin-3-phosphat, Phosphatidylcholin (C18:2, C20:4), Ceramid (d18:1, C24:1), Ceramid (d18:2, C24:0), Sphingomyelin (d18:1, C16:0), 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphatidyl-L-serin, Phosphatidylcholin (C18:0/C22:6), Linolsäure (C18:cis[9,12]2), 18:1 Lyso-PC oder Phosphatidylcholin bestimmt oder in einer zu testenden Probe von einem weiblichen Individuum, das mit einer Verbindung in Kontakt gebracht wurde, von der angenommen wird, dass sie dazu fähig ist, Lebertoxizität zu induzieren, die Menge von wenigstens einem, vorzugsweise wenigstens fünf, der folgenden Analyten Glycerin-3-phosphat, Coenzym Q9, Glucose, Glycerin, Palmitinsäure (C16:0), Stearinsäure (C18:0), Arachidonsäure (C20:cis[5,8,11,14]4), Docosahexaensäure (C22:cis[4,7,10,13,16,19]6), Cholesterin, Glycerinphosphat, Lignocerinsäure (C24:0), Heptadecansäure (C17:0), Eicosansäure (C20:0), Tricosansäure (C23:0), Phosphat, Behensäure (C22:0), 4-Hydroxysphinganin, Nervoninsäure (C24:1), 14-Methylhexadecansäure, Eicosatriensäure (C20:3), ID28 × 493, 5-Methoxysphingosin, erythro-Sphingosin, Threonin, Glucose, Ceramid (d18:1, C24:1), Diacylglyceride (DAG) (C18:1, C18:2), Triacylglycerid (TAG), 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphatidyl-L-serin, Linolsäure (C18:cis[9,12]2) oder Phosphatidylcholin bestimmt; und
- (b) die im Schritt (a) bestimmten Mengen mit einer Referenz vergleicht und so die Fähigkeit der Verbindung zur Induktion einer Lebertoxizität bestimmt.
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In einer bevorzugten Ausführungsform des Verfahrens handelt es sich bei der Verbindung um wenigstens eine Verbindung ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus: Dazomet, Dimethylformamid, Tetrahydrofuran, Cyproteronacetat, Tetrahydrofuran, Cyproteronacetat, Toxaphen und Paracetamol.
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Vorzugsweise wurde die Referenz von einem Patienten erhalten, der an Lebertoxizität leidet, oder von einem Patienten, der mit wenigstens einer Verbindung ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus: Dazomet, Dimethylformamid, Tetrahydrofuran, Cyproteronacetat, Tetrahydrofuran, Cyproteronacetat, Toxaphen und Paracetamol in Kontakt gebracht wurde. Besonders bevorzugt sind dabei im Wesentlichen identische Mengen für die Analyten in der zu testenden Probe und der Referenz für eine Lebertoxizität indikativ.
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Ebenso vorzugsweise stammt die Referenz von einem Patienten, von dem bekannt ist, dass er nicht an einer Lebertoxizität leidet, oder von einem Patienten, der nicht mit wenigstens einer Verbindung ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus: Dazomet, Dimethylformamid, Tetrahydrofuran, Cyproteronacetat, Tetrahydrofuran, Cyproteronacetat, Toxaphen und Paracetamol in Kontakt gebracht wurde. Alternativ dazu, jedoch ebenfalls bevorzugt, handelt es sich bei der Referenz um eine berechnete Referenz für die Analyten für eine Population von Patienten. Besonders bevorzugt sind dabei Mengen für die Analyten, die sich in der zu testenden Probe und der Referenz unterscheiden, indikativ für eine Lebertoxizität.
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Bevorzugte für eine Lebertoxizität indikative Mengen sind an anderer Stelle der vorliegenden Beschreibung offenbart.
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Die vorliegende Erfindung betrifft außerdem ein Verfahren zur Identifizierung einer Substanz zur Behandlung einer Lebertoxizität, welches die folgenden Schritte umfasst:
- (a) die Bestimmung der Menge von wenigstens einem, vorzugsweise wenigstens fünf, der folgenden Analyten 4-Hydroxyphenylbrenztraubensäure, Palmitinsäure (C16:0), Linolsäure (C18:cis[9,12]2), Arachidonsäure (C20:cis-[5,8,11,14]4), Docosahexaensäure (C22:cis[4,7,10,13,16,19]6), alpha-Tocopherol, Cholesterin, Glycerinphosphat, Lignocerinsäure (C24:0), Heptadecansäure (C17:0), Tricosansäure (C23:0), myo-Inosit-2-monophosphat, Behensäure (C22:0), 4-Hydroxysphinganin, Nervoninsäure (C24:1), Eicosatriensäure (C20:3), Glycerin-3-phosphat, Phosphatidylcholin (C18:2, C20:4), Ceramid (d18:1, C24:1), Ceramid (d18:2, C24:0), Sphingomyelin (d18:1, C16:0), 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphatidyl-L-serin, Phosphatidylcholin (C18:0/C22:6), Linolsäure (C18:cis[9,12]2), 18:1 Lyso-PC oder Phosphatidylcholin in einer Probe von einem männlichen Patienten, der an Lebertoxizität leidet und welcher mit einer Kandidatensubstanz in Kontakt gebracht wurde, von der angenommen wird, dass sie dazu fähig ist, Lebertoxizität zu behandeln, oder die Bestimmung der Menge von wenigstens einem, vorzugsweise wenigstens fünf, der folgenden Analyten Glycerin-3-phosphat, Coenzym Q9, Glucose, Glycerin, Palmitinsäure (C16:0), Stearinsäure (C18:0), Arachidonsäure (C20:cis-[5,8,11,14]4), Docosahexaensäure (C22:cis[4,7,10,13,16,19]6), Cholesterin, Glycerinphosphat, Lignocerinsäure (C24:0), Heptadecansäure (C17:0), Eicosansäure (C20:0), Tricosansäure (C23:0), Phosphat, Behensäure (C22:0), 4-Hydroxysphinganin, Nervoninsäure (C24:1), 14-Methylhexadecansäure, Eicosatriensäure (C20:3), ID28 × 493, 5-Methoxysphingosin, erythro-Sphingosin, Threonin, Glucose, Ceramid (d18:1, C24:1), Diacylglyceride (DAG) (C18:1, C18:2), Triacylglycerid (TAG), 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphatidyl-L-serin, Linolsäure (C18:cis[9,12]2) oder Phosphatidylcholin in einer Probe von einem weiblichen Patienten, der an Lebertoxizität leidet und welcher mit einer Kandidatensubstanz in Kontakt gebracht wurde, von der angenommen wird, dass sie dazu fähig ist, Lebertoxizität zu behandeln; und
- (b) den Vergleich der im Schritt (a) bestimmten Mengen mit einer Referenz, womit eine Substanz fähig zur Behandlung einer Lebertoxizität indentifiziert wird.
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Insbesondere stammt im Falle des Verfahrens zur Identifizierung einer für die Behandlung einer Lebertoxizität geeigneten Substanz die Referenz vorzugsweise von einem Patienten, der mit wenigstens einer Verbindung ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus: Dazomet, Dimethylformamid, Tetrahydrofuran, Cyproteronacetat, Tetrahydrofuran, Cyproteronacetat, Toxaphen und Paracetamol in Kontakt gebracht wurde, oder einem Patienten, der an einer Lebertoxizität leidet. Besonders bevorzugt sind die Mengen der Metaboliten, die sich in der zu testenden Probe und der Referenz unterscheiden, indikativ für eine Substanz, die sich für die Behandlung von Lebertoxizität eignet.
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Indikativ für eine Substanz, mit der sich eine Lebertoxizität behandeln lässt, sind insbesondere Mengen an Analyten, die sich von einer Referenz wie folgt unterscheiden: (i) in einer Probe von einem männlichen Individuum: 4-Hydroxyphenylbrenztraubensäure, Palmitinsäure (C16:0), Linolsäure (C18:cis[9,12]2), Arachidonsäure (C20:cis[5,8,11,14]4), Docosahexaensäure (C22:cis[4,7,10,13,16,19]6), alpha-Tocopherol, Cholesterin, Glycerinphosphat, Lignocerinsäure (C24:0), Heptadecansäure (C17:0), Tricosansäure (C23:0), myo-Inosit-2-monophosphat, Behensäure (C22:0), 4-Hydroxysphinganin, Nervoninsäure (C24:1), Eicosatriensäure (C20:3), Glycerin-3-phosphat, Phosphatidylcholin (C18:2, C20:4), Ceramid (d18:1, C24:1), Ceramid (d18:2, C24:0), Sphingomyelin (d18:1, C16:0), 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphatidyl-L-serin, Phosphatidylcholin (C18:0/C22:6), Linolsäure (C18:cis[9,12]2), 18:1 Lyso-PC oder Phosphatidylcholin, die alle erniedrigt sind, und (ii) in einer Probe von einem weiblichen Patienten: Glycerin-3-phosphat, Coenzym Q9, Glucose, Glycerin, Palmitinsäure (C16:0), Stearinsäure (C18:0), Arachidonsäure (C20:cis-[5,8,11,14]4), Docosahexaensäure (C22:cis[4,7,10,13,16,19]6), Cholesterin, Glycerinphosphat, Lignocerinsäure (C24:0), Heptadecansäure (C17:0), Eicosansäure (C20:0), Tricosansäure (C23:0), Phosphat, Behensäure (C22:0), 4-Hydroxysphinganin, Nervoninsäure (C24:1), 14-Methylhexadecansäure, Eicosatriensäure (C20:3), ID28 × 493, 5-Methoxysphingosin, erythro-Sphingosin, Threonin, Glucose, Ceramid (d18:1, C24:1), Diacylglyceride (DAG) (C18:1, C18:2), Triacylglycerid (TAG), 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphatidyl-L-serin, Linolsäure (C18:cis[9,12]2) oder Phosphatidylcholin, die alle erniedrigt sind.
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Alternativ dazu kann die Referenz vorzugsweise von einem Patienten stammen, der nicht mit Dazomet, Dimethylformamid, Tetrahydrofuran, Cyproteronacetat, Tetrahydrofuran, Cyproteronacetat, Toxaphen oder Paracetamol in Kontakt gebracht wurde oder einem Patienten, von dem bekannt ist, dass er nicht an einer Lebertoxizität leidet, oder es kann sich dabei um eine berechnete Referenz für die Analyten in einer Population von Patienten handeln. Falls eine solche Referenz verwendet wird, deuten identische oder ähnliche Mengen für die Metaboliten in der zu testenden Probe und der Referenz auf eine für die Behandlung einer Lebertoxizität geeignete Substanz hin.
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Der Begriff „Substanz zur Behandlung von Lebertoxizität” bezieht sich auf Verbindungen, die direkt die biologischen, Lebertoxizität induzierenden Mechanismen, die an anderer Stelle in der vorliegenden Beschreibung angesprochen sind, stören können. Dementsprechend könnte die Aktivität von an der Konjugation und/oder Oxidation beteiligten Enzymen erhöht sein, oder die Gallenflüssigkeitsexkretion könnte verbessert oder moduliert sein. Alternativ dazu wird in Betracht gezogen, dass die Substanzen diese Aktivitäten indirekt beeinflussen könnten, z. B. durch Modulieren der Expression der Enzyme oder anderer Faktoren, die an diesen Prozessen beteiligt sind. Bei Substanzen, die sich mit dem Verfahren der vorliegenden Erfindung identifizieren lassen, kann es sich um organische und anorganische Chemikalien wie etwa kleine Moleküle, Polynukleotide, Oligonukleotide, Peptide, Polypeptide, einschließlich Antikörpern, oder andere künstliche oder biologische Polymere handeln. Vorzugsweise eignen sich die Substanzen als Arzneimittel, Arzneimittelvorstufen oder Leitsubstanzen für die Entwicklung von Arzneimitteln oder Arzneimittelvorstufen.
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Es versteht sich, dass, wenn die Verfahren der vorliegenden Erfindung zur Identifizierung von Arzneimitteln für die Therapie einer Lebertoxizität oder für toxikologische Beurteilungen von Verbindungen (d. h. Bestimmung, ob eine Verbindung eine Lebertoxizität induzieren kann) eingesetzt werden, aus statistischen Gründen zu testende Proben von mehreren Patienten untersucht werden können. Dabei sollte vorzugsweise das Metabolom innerhalb einer solchen Kohorte von Testpatienten so ähnlich wie möglich sein, um Unterschiede zu vermeiden, die beispielsweise durch andere Faktoren als die zu untersuchende Verbindung verursacht werden. Bei den Patienten, die bei den genannten Verfahren verwendet werden sollen, handelt es sich vorzugsweise um Labortiere wie Nagetiere und besonders bevorzugt um Ratten. Es versteht sich weiterhin, dass die Labortiere vorzugsweise nach Beendigung des Verfahrens der vorliegenden Erfindung getötet werden sollen. Alle Patienten eines Kohortentests und Referenztiere sollten dabei unter identischen Bedingungen gehalten werden, um jegliche unterschiedliche Umwelteinflüsse zu vermeiden. Geeignete Bedingungen und Verfahren zur Bereitstellung solcher Tiere sind ausführlich in der
WO2007/014825 beschrieben. Diese Bedingungen werden hiermit durch Verweis Bestandteil der vorliegenden Anmeldung.
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Die vorliegende Erfindung betrifft außerdem eine Datensammlung, die charakteristische Werte für die folgenden Analyten 4-Hydroxyphenylbrenztraubensäure, Palmitinsäure (C16:0), Linolsäure (C18:cis[9,12]2), Arachidonsäure (C20:cis-[5,8,11,14]4), Docosahexaensäure (C22:cis[4,7,10,13,16,19]6), alpha-Tocopherol, Cholesterin, Glycerinphosphat, Lignocerinsäure (C24:0), Heptadecansäure (C17:0), Tricosansäure (C23:0), myo-Inosit-2-monophosphat, Behensäure (C22:0), 4-Hydroxysphinganin, Nervoninsäure (C24:1), Eicosatriensäure (C20:3), Glycerin-3-phosphat, Phosphatidylcholin (C18:2, C20:4), Ceramid (d18:1, C24:1), Ceramid (d18:2, C24:0), Sphingomyelin (d18:1, C16:0), 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphatidyl-L-serin, Phosphatidylcholin (C18:0/C22:6), Linolsäure (C18:cis[9,12]2), 18:1 Lyso-PC oder Phosphatidylcholin und/oder wenigstens die folgenden Analyten Glycerin-3-phosphat, Coenzym Q9, Glucose, Glycerin, Palmitinsäure (C16:0), Stearinsäure (C18:0), Arachidonsäure (C20:cis-[5,8,11,14]4), Docosahexaensäure (C22:cis[4,7,10,13,16,19]6), Cholesterin, Glycerinphosphat, Lignocerinsäure (C24:0), Heptadecansäure (C17:0), Eicosansäure (C20:0), Tricosansäure (C23:0), Phosphat, Behensäure (C22:0), 4-Hydroxysphinganin, Nervoninsäure (C24:1), 14-Methylhexadecansäure, Eicosatriensäure (C20:3), ID28 × 493, 5-Methoxysphingosin, erythro-Sphingosin, Threonin, Glucose, Ceramid (d18:1, C24:1), Diacylglyceride (DAG) (C18:1, C18:2), Triacylglycerid (TAG), 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphatidyl-L-serin, Linolsäure (C18:cis[9,12]2) oder Phosphatidylcholin umfasst.
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Der Begriff „Datensammlung” bezieht sich auf eine Sammlung von Daten, die physikalisch und/oder logisch zusammengruppiert werden können. Dementsprechend kann die Datensammlung in einem einzelnen Datenspeichermedium oder in physikalisch getrennten Datenspeichermedien, die in operativer Verknüpfung miteinander stehen, realisiert sein. Vorzugsweise wird die Datensammlung mittels einer Datenbank realisiert. Somit umfasst eine Datenbank, wie hier verwendet, die Datensammlung auf einem geeigneten Speichermedium. Zudem umfasst die Datenbank vorzugsweise ferner ein Datenbankverwaltungssystem. Bei dem Datenbankverwaltungssystem handelt es sich vorzugsweise um ein vernetztes hierarchisches oder objektorientiertes Datenbankverwaltungssystem. Weiterhin kann es sich bei der Datenbank um eine föderale oder integrierte Datenbank handeln. Besonders bevorzugt wird die Datenbank in Form eines verteilten (föderalen) Systems realisiert, beispielsweise in Form eines Client-Server-Systems. Besonders bevorzugt ist die Datenbank strukturiert, um einem Suchalgorithmus den Vergleich eines Testdatensatzes mit den in der Datensammlung enthaltenen Datensätzen zu gestatten. Insbesondere lässt sich durch Verwendung eines solchen Algorithmus die Datenbank nach ähnlichen oder identischen Datensätzen durchsuchen, die indikativ für eine Lebertoxizität sind (z. B. eine Abfragesuche). Somit wird, falls sich in der Datensammlung ein identischer oder ähnlicher Datensatz identifizieren lässt, der Testdatensatz mit einer Lebertoxizität assoziiert. Folglich lassen sich die aus der Datensammlung erhaltenen Informationen zur Diagnose einer Lebertoxizität auf der Grundlage eines von einem Patienten erhaltenen Testdatensatzes verwenden.
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Die vorliegende Erfindung betrifft außerdem ein Datenspeichermedium, das die genannte Datensammlung umfasst.
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Der Begriff „Datenspeichermedium”, umfasst, so wie er hier verwendet wird, Datenspeichermedien, die auf einzelnen physikalischen Einheiten beruhen, wie etwa eine CD, eine CD-ROM, eine Festplatte, optische Speichermedien oder eine Diskette. Außerdem umfasst der Begriff weiterhin Datenspeichermedien, die aus physikalisch getrennten Einheiten bestehen, die in operativer Verknüpfung miteinander stehen, so dass die vorstehend genannte Datensammlung vorzugsweise in geeigneter Weise für eine Abfragesuche bereitgestellt wird.
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Die vorliegende Erfindung betrifft auch ein System, welches
- (a) Mittel zum Vergleich charakteristischer Werte von Metaboliten einer Probe in operativer Verknüpfung mit
- (b) dem Datenspeichermedium der vorliegenden Erfindung umfasst.
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Der Begriff „System” bezieht sich, so wie er hier verwendet wird, auf unterschiedliche Mittel, die in operativer Verknüpfung miteinander stehen. Diese Mittel können in einer Einzelvorrichtung oder in physikalisch getrennten Vorrichtungen, die in operativer Verknüpfung miteinander stehen, realisiert sein. Die Mittel zum Vergleich charakteristischer Werte von Analyten operieren vorzugsweise auf der Grundlage eines Algorithmus zum Vergleich, wie zuvor erwähnt. Das Datenspeichermedium umfasst vorzugsweise die vorstehend genannte Datensammlung bzw. Datenbank, wobei die gespeicherten Datensätze jeweils indikativ für eine Lebertoxizität sind. Somit gestattet das System der vorliegenden Erfindung zu identifizieren, ob ein Testdatensatz in der im Datenspeichermedium gespeicherten Datensammlung enthalten ist. Folglich kann das System der vorliegenden Erfindung als diagnostisches Mittel bei der Diagnose einer Lebertoxizität eingesetzt werden.
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In einer bevorzugten Ausführungsform des Systems sind Mittel zur Bestimmung charakteristischer Werte von Metaboliten einer Probe umfasst.
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Der Begriff „Mittel zur Bestimmung charakteristischer Werte von Metaboliten” betrifft vorzugsweise die vorstehend genannten Vorrichtungen zur Bestimmung von Analyten, wie etwa Massenspektrometrievorrichtungen, NMR-Vorrichtungen oder Vorrichtungen zur Durchführung chemischer oder biologischer Assays auf die Analyten.
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Die vorliegende Erfindung betrifft außerdem eine diagnostische Zusammensetzung, die wenigstens einen, vorzugsweise wenigstens fünf, der folgenden Analyten 4-Hydroxyphenylbrenztraubensäure, Palmitinsäure (C16:0), Linolsäure (C18:cis[9,12]2), Arachidonsäure (C20:cis-[5,8,11,14]4), Docosahexaensäure (C22:cis[4,7,10,13,16,19]6), alpha-Tocopherol, Cholesterin, Glycerinphosphat, Lignocerinsäure (C24:0), Heptadecansäure (C17:0), Tricosansäure (C23:0), myo-Inosit-2-monophosphat, Behensäure (C22:0), 4-Hydroxysphinganin, Nervoninsäure (C24:1), Eicosatriensäure (C20:3), Glycerin-3-phosphat, Phosphatidylcholin (C18:2, C20:4), Ceramid (d18:1, C24:1), Ceramid (d18:2, C24:0), Sphingomyelin (d18:1, C16:0), 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphatidyl-L-serin, Phosphatidylcholin (C18:0/C22:6), Linolsäure (C18:cis[9,12]2), 18:1 Lyso-PC oder Phosphatidylcholin und/oder wenigstens einen, vorzugsweise wenigstens fünf, der folgenden Analyten Glycerin-3-phosphat, Coenzym Q9, Glucose, Glycerin, Palmitinsäure (C16:0), Stearinsäure (C18:0), Arachidonsäure (C20:cis-[5,8,11,14]4), Docosahexaensäure (C22:cis[4,7,10,13,16,19]6), Cholesterin, Glycerinphosphat, Lignocerinsäure (C24:0), Heptadecansäure (C17:0), Eicosansäure (C20:0), Tricosansäure (C23:0), Phosphat, Behensäure (C22:0), 4-Hydroxysphinganin, Nervoninsäure (C24:1), 14-Methylhexadecansäure, Eicosatriensäure (C20:3), ID28 × 493, 5-Methoxysphingosin, erythro-Sphingosin, Threonin, Glucose, Ceramid (d18:1, C24:1), Diacylglyceride (DAG) (C18:1, C18:2), Triacylglycerid (TAG), 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphatidyl-L-serin, Linolsäure (C18:cis[9,12]2) oder Phosphatidylcholin oder Mittel zu deren Bestimmung enthält.
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Ebenfalls eingeschlossen ist eine diagnostische Vorrichtung, umfassend
- (a) Mittel zur Bestimmung charakteristischer Werte von wenigstens einem, vorzugsweise wenigstens fünf, der folgenden Analyten 4-Hydroxyphenylbrenztraubensäure, Palmitinsäure (C16:0), Linolsäure (C18:cis[9,12]2), Arachidonsäure (C20:cis-[5,8,11,14]4), Docosahexaensäure (C22:cis[4,7,10,13,16,19]6), alpha-Tocopherol, Cholesterin, Glycerinphosphat, Lignocerinsäure (C24:0), Heptadecansäure (C17:0), Tricosansäure (C23:0), myo-Inosit-2-monophosphat, Behensäure (C22:0), 4-Hydroxysphinganin, Nervoninsäure (C24:1), Eicosatriensäure (C20:3), Glycerin-3-phosphat, Phosphatidylcholin (C18:2, C20:4), Ceramid (d18:1, C24:1), Ceramid (d18:2, C24:0), Sphingomyelin (d18:1, C16:0), 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphatidyl-L-serin, Phosphatidylcholin (C18:0/C22:6), Linolsäure (C18:cis[9,12]2), 18:1 Lyso-PC oder Phosphatidylcholin und/oder wenigstens einem, vorzugsweise wenigstens fünf, der folgenden Analyten Glycerin-3-phosphat, Coenzym Q9, Glucose, Glycerin, Palmitinsäure (C16:0), Stearinsäure (C18:0), Arachidonsäure (C20:cis-[5,8,11,14]4), Docosahexaensäure (C22:cis[4,7,10,13,16,19]6), Cholesterin, Glycerinphosphat, Lignocerinsäure (C24:0), Heptadecansäure (C17:0), Eicosansäure (C20:0), Tricosansäure (C23:0), Phosphat, Behensäure (C22:0), 4-Hydroxysphinganin, Nervoninsäure (C24:1), 14-Methylhexadecansäure, Eicosatriensäure (C20:3), ID28 × 493, 5-Methoxysphingosin, erythro-Sphingosin, Threonin, Glucose, Ceramid (d18:1, C24:1), Diacylglyceride (DAG) (C18:1, C18:2), Triacylglycerid (TAG), 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphatidyl-L-serin, Linolsäure (C18:cis[9,12]2) oder Phosphatidylcholin; und
- (b) Mittel zur Diagnose einer Lebertoxizität auf Grundlage der mit den Mitteln aus (a) bestimmten charakteristischen Werte.
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Der Begriff „diagnostische Mittel” bezieht sich vorzugsweise auf eine diagnostische Vorrichtung, ein diagnostisches System oder einen biologischen oder chemischen Assay, wie an anderer Stelle in der Beschreibung ausführlich beschrieben.
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Der Ausdruck „Mittel zur Bestimmung charakteristischer Werte einer Gruppe von Metaboliten” bezieht sich auf Vorrichtungen oder Agentien, die den Metaboliten bzw. die Metaboliten spezifisch erkennen können. Bei geeigneten Vorrichtungen kann es sich um spektrometrische Vorrichtungen, wie etwa Massenspektrometrie, NMR-Vorrichtungen oder Vorrichtungen zur Durchführung chemischer oder biologischer Testverfahren für die Metaboliten handeln. Bei geeigneten Agentien kann es sich um Verbindungen handeln, die die Metaboliten spezifisch nachweisen. Nachweis, wie hier verwendet, kann ein Zwei-Schritt-Verfahren darstellen, d. h. die Verbindung kann zunächst spezifisch an den nachzuweisenden Metaboliten binden und anschließend ein nachweisbares Signal, z. B. Fluoreszenzsignale, Chemilumineszenzsignale, radioaktive Signale und dergleichen, erzeugen. Für die Erzeugung des nachweisbaren Signals können weitere Verbindungen erforderlich sein, die alle unter den Begriff „Mittel zur Bestimmung charakteristischer Werte einer Gruppe von Metaboliten” fallen. Verbindungen, die spezifisch an den Metaboliten binden, sind an anderer Stelle in der Beschreibung ausführlich beschrieben und umfassen vorzugsweise Enzyme, Antikörper, Liganden, Rezeptoren oder andere biologische Moleküle oder Chemikalien, die spezifisch an die Metaboliten binden.
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Alle Literaturstellen, auf die oben Bezug genommen wird, werden hiermit in der Gesamtheit ihrer Offenbarung sowie in ihrem spezifischen Offenbarungsgehalt, auf den in der obigen Beschreibung explizit verwiesen wurde, durch Verweis Bestandteil der vorliegenden Anmeldung.
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Die Figuren zeigen:
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1 zeigt ein GC-Retentionszeitprofil des Lipidmolekülmarkers ID28 × 493, der sich in der Lipidfraktion von Rattenplasma findet, aufgenommen durch SIM.
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2 zeigt ein EI-GCMS-Spektrum von ID28 × 493.
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3 zeigt ein Fragmentierungsmuster von 18:1 Lyso-PC.
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4 zeigt ein Fragmentierungsmuster von Phosphatidylcholin (C18:2, C20:4).
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5 zeigt ein Fragmentierungsmuster von Ceramid (d18:1, C24:1).
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6 zeigt ein Fragmentierungsmuster von Ceramid (d18:1, C24:0).
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7 zeigt ein Fragmentierungsmuster von Sphingomyelin (d18:1, C16:0).
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8 zeigt ein Fragmentierungsmuster von Phosphatidylcholin (C18:0/C22:6).
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Die folgenden Beispiele dienen lediglich zur Veranschaulichung der vorliegenden Erfindung. Sie sind keinesfalls so auszulegen, dass sie den Umfang der Erfindung in irgendeiner Weise einschränken.
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Beispiel: Mit Lebertoxizität assoziierte Biomarker
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Einer Gruppe von jeweils 5 männlichen und weiblichen Ratten wurden 28 Tage lang einmal täglich mit einer Schlundsonde die angegebenen Verbindungen (siehe Tabellen unten) in Dosierungen von 10 und 100 mg/kg Körpergewicht verabreicht. Zusätzliche Gruppen von jeweils fünf männlichen und weiblichen Tieren dienten als Kontrollen. Vor Beginn des Behandlungszeitraums wurden die Tiere, die bei Lieferung 62–64 Tage alt waren, sieben Tage lang an die Unterbringungs- und Umgebungsbedingungen akklimatisiert. Alle Tiere der Tierpopulation wurden bei der gleichen konstanten Temperatur (20–24 ± 3°C) und der gleichen konstanten Luftfeuchtigkeit (30–70%) gehalten. Die einzelnen Tiere der Tierpopulation wurden jeweils in getrennten Käfigen gehalten. Die Tiere der Tierpopulation wurden ad libitum gefüttert. Das zu verwendende Futter war im Wesentlichen frei von chemischen oder mikrobioellen Verunreinigungen. Trinkwasser wurde ebenso ad libitum angeboten. Entsprechend war das Wasser frei von chemischen und mikrobiellen Verunreinigungen, wie in der europäischen Trinkwasserverordnung 98/83/EG festgelegt. Der Beleuchtungszeitraum bestand aus 12 Stunden Licht, gefolgt von 12 Stunden Dunkelheit (12 Stunden Licht von 6:00 Uhr bis 18:00 Uhr und 12 Stunden Dunkelheit von 18:00 Uhr bis 6:00 Uhr).
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Am Morgen von Tag 7, 14 und 28 wurde nüchternen, betäubten Tieren jeweils Blut aus dem retroorbitalen venösen Plexus entnommen. Bei jedem Tier wurde jeweils 1 ml Blut mit EDTA als Gerinnungshemmer gesammelt. Die Proben wurden zur Gewinnung von Plasma zentrifugiert. Alle Plasmaproben wurden mit einer N2-Atmosphäre beaufschlagt und anschließend bis zur Analyse bei –80°C gelagert.
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Für die Analysen zur Erstellung von Metabolitprofilen auf der Grundlage von Massenspektrometrie wurden Plasmaproben extrahiert und eine polare sowie eine nicht-polare Fraktion erhalten. Für die GC-MS-Analyse wurde die nichtpolare Fraktion mit Methanol unter sauren Bedingungen unter Erhalt der Fettsäuremethylester getestet. Beide Fraktionen wurden weiter mit O-Methylhydroxyamin-Hydrochlorid und Pyridin zur Umwandlung von Oxo-Gruppen zu O-Methyloximen und anschließend mit einem Silylierungsmittel vor der Analyse derivatisiert. Bei LC-MS-Analyse wurden beide Fraktionen in entsprechenden Lösungsmittelgemischen rekonstituiert. HPLC wurde mittels Gradientenelution an Umkehrphasen-Trennsäulen durchgeführt. Für den massenspektrometrischen Nachweis wurde die Metanomics-Markentechnologie angewandt, die Ziel- und Hochempfindlichkeits-MRM-(Multiple Reaction Monitoring)-Profilerstellung parallel zu einer Vollscreen-Analyse gestattet.
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Nach umfassenden analytischen Validierungsschritten wurden die Daten für jeden Analyten gegen Daten von vereinigten Proben normiert. Diese Proben wurden zur Berücksichtigung der Prozessvariabilität parallel durch den gesamten Prozess gefahren. Die Signifikanz von für Geschlecht, Dosisgruppe und Metabolit spezifischen Behandlungsgruppenwerten wurde bestimmt, indem Mittelwerte der behandelten Gruppen mit den Mittelwerten der jeweiligen unbehandelten Kontrollgruppen unter Verwendung von WELCH-Test verglichen wurden. Normierte Behandlungsgruppenwerte und deren Signifikanz wurden für weitere Statistik- und Datenextraktionsprozesse in einer Datenbank gespeichert.
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Die Änderungen der Gruppe von Plasmametaboliten, die für eine Lebertoxizität nach der Behandlung der Ratten indikativ sind, sind in den folgenden Tabellen gezeigt:
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Zusammenfassung
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Die vorliegende Erfindung betrifft das Gebiet der toxikologischen Beurteilungen für die Risikostratifizierung chemischer Verbindungen. Speziell betrifft sie ein Verfahren zur Diagnose von Lebertoxizität. Sie betrifft außerdem ein Verfahren, mit dem sich bestimmen lässt, ob eine Verbindung eine solche Lebertoxizität bei einem Patienten zu induzieren vermag, und ein Verfahren zum Identifizieren von Arzneimitteln zur Behandlung von Lebertoxizität. Die vorliegende Erfindung betrifft weiterhin eine Datensammlung, die charakteristische Werte von wenigstens fünf Metaboliten umfasst, ein Datenspeichermedium, welches diese Datensammlung enthält, und ein System und eine Vorrichtung zur Diagnose von Lebertoxizität. Schließlich betrifft die vorliegende Erfindung die Verwendung einer Gruppe von Metaboliten oder Mitteln zu deren Bestimmung zur Herstellung einer diagnostischen Vorrichtung oder einer diagnostischen Zusammensetzung zur Diagnose von Lebertoxizität in einem Patienten.
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ZITATE ENTHALTEN IN DER BESCHREIBUNG
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Diese Liste der vom Anmelder aufgeführten Dokumente wurde automatisiert erzeugt und ist ausschließlich zur besseren Information des Lesers aufgenommen. Die Liste ist nicht Bestandteil der deutschen Patent- bzw. Gebrauchsmusteranmeldung. Das DPMA übernimmt keinerlei Haftung für etwaige Fehler oder Auslassungen.
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Zitierte Patentliteratur
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- US 4540884 [0053]
- US 5397894 [0053]
- WO 2007/014825 [0077]
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Zitierte Nicht-Patentliteratur
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