Diese
Aufgabe wird durch eine Substanz, wie sich im Anspruch 1 be- schrieben
ist, gelöst.
Anspruch 8 beschreibt ein Anreicherungs- bzw. Isolierungsverfahren,
welches eine entsprechende Substanz einsetzt. Die Ansprüche 11,
13 und 15 befassen sich mit der Verwendung dieser Substanz bzw.
mit einem entsprechenden Affinitätsmaterial.
Mit dem Anspruch 16 wird ein Verfahren zur Herstellung der erfindungsgemäßen Substanz
beansprucht. Die abhängigen
Ansprüche
betreffen verschiedene bevorzugte Ausführungsformen dieser Aspekte
der Erfindung. Durch Bezugnahme wird hiermit der Wortlaut sämtlicher
Ansprüche
zum Inhalt der Beschreibung gemacht.
Erfindungsgemäß wird eine
Substanz bereitgestellt, die als Affinitätsmaterial zur Anreicherung und/oder
Isolierung von phosphorylierten Peptiden und/oder Proteinen geeignet
ist. Diese Substanz umfaßt einen
festen Träger,
der über
einen Linker mit einem Spacer verbunden ist. Dieser Spacer trägt mindestens zwei
Gruppen, welche durch die folgende allgemeine Formel beschrieben
sind:
In
dieser Formel bedeuten
X, Y: CR', N, S und/oder O;
Z: CR''2 und/oder (CR'')2;
R', R'': H, Alkyl, Halogenyl und/oder O-Alkyl;
und
M: Mn2+, Fe3+,
Co2+, Ni2+, Cu2+, Zn2+, Al3+ und/oder Ga3+.
Zur
Veranschaulichung ist die erfindungsgemäße Substanz in 1 graphisch dargestellt. Hierbei stehen
die verschiedenen Buchstaben für
die bereits beschriebenen Bedeutungen.
Diese
Substanz und hierbei insbesondere der Spacer mit diesen mindestens
zwei Gruppen weist eine hohe Affinität zu phosphorylierten Peptiden
und/oder Proteinen auf. Diese Substanz bindet entsprechende Peptide
und/oder Proteine mit großer
Affinität
und ermöglicht
daher eine An reicherung und/oder Isolierung dieser Peptide und/oder
Proteine aus einer Probe. Durch die Immobilisierung dieser hochaffinen
Komponente kann die Substanz als Affinitätsmaterial eingesetzt werden,
welches beispielsweise wie ein übliches
säulenchromatographisches
Material verwendet wird. Daher kann diese Substanz mit Protokollen,
wie sie sich dem Fachmann ohne weiteres erschließen, für die Anreicherung und/oder
Isolierung von phosphorylierten Peptiden und/oder Proteinen aus
einer Probe verwendet werden.
Die
erfindungsgemäße Substanz
ist insbesondere dazu geeignet, phosphorylierte Peptide und/oder Proteine
anzureichern bzw. zu isolieren, die an einem oder mehreren Tyrosinresten
phosphoryliert sind. In einer bevorzugten Ausführungsform der erfindungsgemäßen Substanz
handelt es sich bei der Gruppe um ein Derivat von 2,2'-Dipicolylamin. Eine
entsprechende erfindungsgemäße Substanz
weist eine besonders hohe Affinität zu tyrosinphosphorylierten
Peptiden und/oder Proteinen auf.
In
einer bevorzugten Ausführungsform
der erfindungsgemäßen Substanz
umfaßt
der Spacer einen oder mehrere aromatische Ringe. Hierbei handelt
es sich insbesondere um mono-, bi- und/oder tricyclische aromatische
Ringe. Vorteilhafterweise handelt es sich bei dem Spacer um einen
Dimethylbenzolsäuremethylester,
der noch weitere Reste aufweisen kann. In einer besonders bevorzugten
Ausführungsform
ist die Ausgangsverbindung für
den Spacer durch folgende Formel gekennzeichnet:
Hierbei
bedeuten
R1, R2:
H, Alkyl, Halogenyl, O-Alkyl und/oder mono- oder bicyclische aromatische
Ringe.
In
ganz besonders bevorzugten Ausführungsformen
ist der Spacer 2,5-, 3,4- und/oder 3,5-Dimethylbenzolsäuremethylester
bzw. ein entsprechendes Derivat.
Bevorzugterweise
ist der Linker zwischen dem Spacer und dem festen Träger mindestens
eine Amid-, Ester-, Carbamoyl-, Ether- und/oder Thioetherbindung.
Die konkrete Ausgestaltung des Linkers bzw. der Linker-Verbindung hängt selbstverständlich von
der Wahl des Trägermaterials
und der Zusammensetzung des Spacers ab.
In
einer ganz besonders bevorzugten Ausführungsform der erfindungsgemäßen Substanz
ist der Spacer inklusiv der mindestens zwei Gruppen 2,5-, 3,4- und/oder
3,5-Bis[(2,2'-Dipicolylamino)methyl]benzolsäure bzw.
der entsprechende Benzolsäuremethylester.
Bevorzugterweise
handelt es sich bei dem festen Träger um Glas, Silicat, Gold
und/oder mindestens ein organisches Polymer. Allgemein sind hierfür im Prinzip
alle üblichen
Trägermaterialien
einsetzbar, die für chromatographische
Anwendungen geeignet sind. Vorteilhaft sind bei spielsweise Chromatographiematerialien in
Kügelchenform,
wie sie üblicherweise
für die
Säulenchromatographie
eingesetzt werden. Bevorzugte Beispiele hierfür sind Fraktogel oder Sepharose,
insbesondere Sepharose 4B. Die Wahl des Trägermaterials ist jedoch nicht
auf solche Materialien beschränkt,
die für
Säulenchromatographie
einsetzbar sind. Vielmehr umfaßt
die Erfindung auch Materialien, wie sie für andere Affinitätsanreicherungsmethoden
geeignet sind. Beispielsweise kann es sich bei dem Träger um ein
solches Material handeln, welches für eine Dünnschichtchromatographie geeignet
ist.
Weiterhin
umfaßt
die Erfindung ein Verfahren zur Anreicherung und/oder Isolierung
von phosphorylierten Peptiden und/oder Proteinen aus einer Probe.
Unter Probe ist hier im allgemeinen eine Probe aus biologischem
Material zu verstehen. Beispielsweise kann es sich hierbei um ein
Zellextrakt, ein Gewebeextrakt oder ähnliches handeln. Insbesondere
können
hierfür
sämtliche
Proteine von Zellen aus einer Zellkultur aufgearbeitet werden. Eine
entsprechende Probe kann andererseits auch beispielsweise aus der
Aufarbeitung von Biopsiematerial und/oder aus bestimmtem Organgewebe
stammen. Andererseits können
auch Proben pflanzlichen Ursprungs, bakterielle Proben oder Proben
aus Pilzen in dem erfindungsgemäßen Verfahren
eingesetzt werden. Die Proben können
hierbei entweder ohne weitergehende Aufreinigung eingesetzt werden,
so daß beispielsweise
nur der von Zelltrümmern
befreite Zellextrakt verwendet wird. Andererseits kann die Probe
auch weiter aufgereinigt sein. Besonders bevorzugt ist jedoch die
Verwendung von Proben ohne weitere Aufreinigung, da in diesen Proben
auf diese Weise sämtliche
phosphorylierten Peptide und/oder Proteine von Interesse angereichert
und/oder näher
untersucht werden können,
wie es insbesondere im Bereich der Proteomforschung von Interesse
ist.
Gemäß dem erfindungsgemäßen Verfahren
wird zunächst
die Probe mit einer Substanz, wie sie bereits beschrieben wurde,
in Kontakt gebracht, so daß sich
Wechselwirkungen zwischen der Substanz und den phosphorylierten
Peptiden und/oder Proteinen aus der Probe ausbilden können. In
einem weiteren Schritt wird nicht-gebundenes Material, also insbesondere
nicht-phosphorylierte Peptide und/oder Proteine, von der Substanz
entfernt. Dies kann insbesondere durch Waschen mit geeigneten Pufferlösungen erfolgen.
Im weiteren werden die phosphorylierten Peptide und/oder Proteine,
also die mit der Substanz wechselwirkenden Peptide und/oder Proteine,
eluiert, d. h. also von der Substanz getrennt. Auch dies erfolgt
vorteilhafterweise wieder durch Wahl von geeigneten Pufferbedingungen
und/oder durch Änderung
der Temperatur oder ähnliches.
Dieser Elutionsschritt muß nicht
zwingend durchgeführt
werden. Insbesondere in Abhängigkeit
von der gewählten Analysemethode
oder allgemein der Zielsetzung, die mit dem erfindungsgemäßen Verfahren
angestrebt wird, kann es vorteilhaft sein, daß die phosphorylierten Peptide
und/oder Proteine nicht von dem Affinitätsmaterial abgetrennt werden.
Ein geeignetes Protokoll zur Durchführung des Verfahrens und insbesondere
die Wahl geeigneter Pufferbedingungen wird sich dem Fachmann auf
diesem Gebiet ohne weiteres erschließen.
In
der oder den eluierten Fraktionen nach Durchführung dieses Verfahrens befinden
sich die nun angereicherten bzw. isolierten phosphorylierten Peptide
und/oder Proteine aus der Probe. Diese Peptide und/oder Proteine
können
im weiteren noch weiter je nach Bedarf bearbeitet oder noch weiter
gereinigt werden. Dies kann beispielsweise durch eine wiederholte
Durchführung
des erfindungsgemäßen Verfahrens
oder auch durch andere Reinigungsmethoden erreicht werden.
Besonders
bevorzugt ist es, die phosphorylierten und vorzugsweise eluierten
Peptide und/oder Proteine im weiteren zu analysieren und gegebenenfalls
zu identifizieren. Dies kann mit herkömmlichen Methoden, insbesondere
mit ein- und/oder zweidimensionaler Polyacrylamidgelelektrophorese
und/oder massenspektrometrischen Methoden erfolgen.
Mit
besonderem Vorteil erfolgt eine Analyse der angereicherten bzw.
isolierten phosphorylierten Peptide und/oder Proteine mit massenspektrometrischen
Methoden. Hierbei ist insbesondere eine „electro spray ionization" (ESI)-Tandem-Massenspektrometrie
oder die sogenannte „matrix-assisted
laser desorption/ionization" (MALDI)-Massenspektrometrie
bevorzugt. Insbesondere diese Methoden haben sich bereits für die Untersuchung
von phosphorylierten Peptiden und/oder Proteinen als besonders geeignet
herausgestellt. Selbstverständlich
werden auch andere Analysenmethoden von der Erfindung umfaßt, wie
sie sich dem Fachmann erschließen.
Das
erfindungsgemäße Verfahren
ist bevorzugterweise dadurch gekennzeichnet, daß die anzureichernden phosphorylierten
Peptide und/oder Proteine an einem oder mehreren Tyrosinresten ein-
oder mehrfach phosphoryliert sind. Die Spezifität der erfindungsgemäßen Substanz
für tyrosinphosphorylierte
Peptide und/oder Proteine bzw. für
an anderer Stelle phosphorylierte Peptide und/oder Proteine wird
vor allem durch die Wahl der mindestens zwei Gruppen geprägt, die
sich am Spacer gemäß 1 befinden. Im Gegensatz
zu threonin- und/oder serinphosphorylierten Peptiden und/oder Proteinen
sind vor allem tyrosinphosphorylierte Peptide und/oder Proteine
an Signaltransduktions- und Regulationsvorgängen in der Zelle beteiligt.
Sie sind daher von besonderem biologischem Interesse. Das Problem
herkömmlicher
Untersuchungsmethoden für
tyrosinphosphorylierte Peptide und/oder Proteine liegt vor allem
darin, daß die
tyrosinphosphorylierten Peptide und/oder Proteine im Vergleich mit
an anderer Stelle phosphorylierten Peptiden und/oder Proteinen in
nur ausgesprochen geringer Konzentration in der Zelle vorliegen.
Durch das erfindungsgemäße Verfahren
ist es nun möglich,
insbesondere diese besonders seltenen phosphorylierten Peptide und/oder
Proteine spezifisch anzureichern bzw. zu isolieren und somit einer
Untersuchung zugänglich
zu machen. Außerdem
ermöglicht
das erfindungsgemäße Verfahren,
durch die spezifische Anreicherung bzw.
Isolierung
von allen tyrosinphosphorylierten Peptiden und/oder Proteinen einer
Zelle, einen Gesamtüberblick über diese
sehr wichtigen Schaltstellen der Zelle zu liefern, wie es insbesondere
das Ziel der Phosphoproteomforschung ist.
Weiterhin
umfaßt
die Erfindung die Verwendung der erfindungsgemäßen Substanz, wie sie bereits
beschrieben wurde, als Affinitätsmaterial
zur Anreicherung und/oder Isolierung von phosphorylierten Peptiden und/oder
Proteinen. Insbesondere handelt es sich bei dem anzureichernden
bzw. zu isolierenden Peptiden und/oder Proteinen um tyrosinphosphorylierte
Peptide und/oder Proteine. Bezüglich
weiterer Merkmale dieser erfindungsgemäßen Verwendung wird auch die
obige Beschreibung verwiesen.
Weiterhin
umfaßt
die Erfindung ein Affinitätsmaterial
zur Anreicherung und/oder Isolierung von phosphorylierten Peptiden
und/oder Proteinen. Auch diesbezüglich
wird auf die obige Beschreibung verwiesen. Insbesondere ist dieses
Affinitätsmaterial
dadurch gekennzeichnet, daß das
Affinitätsmaterial
ein säulenchromatographisches
Material ist. Dies hat den Vorteil, daß hiermit das Verfahren zur
Anreicherung und/oder Isolierung von phosphorylierten Peptiden und/oder
Proteinen mit allgemein üblichen
Protokollen aus der Proteinreinigung durchgeführt werden kann, wobei die
Anpassung herkömmlicher
Protokolle an dieses bestimmte Affinitätsmaterial für einen
Fachmann ohne weiteres zu bewältigen
ist. Neben säulenchromatographischen
Materialien kann das Affinitätsmaterial
selbstverständlich
auch so ausgestaltet sein, daß es
für andere
Affinitätsreinigungen
geeignet ist. So kann das Affinitätsmaterial beispielsweise so
ausgestaltet sein, daß es
für eine Dünnschichtchromatographie
oder ähnliches
geeignet ist.
Darüber hinaus
umfaßt
die Erfindung eine Chromatographiesäule, die ein entsprechendes
Affinitätsmaterial
aufweist. Hierbei kann die Chro matographiesäule derart ausgestaltet sein,
daß sie
bereits mit dem erfindungsgemäßen Affinitätsmaterial
beladen ist. Andererseits kann es auch vorteilhaft sein, daß die Chromatographiesäule und
das Affinitätsmaterial
zunächst
getrennt vorliegen und daß die
Säule bei
Bedarf in der entsprechenden Dimension gepackt wird. Auch bezüglich dieser
Chromatographiesäule
wird auf die obige Beschreibung verwiesen.
Schließlich umfaßt die Erfindung
ein Verfahren zur Herstellung einer Substanz, die als Affinitätsmaterial
zur Anreicherung und/oder Isolierung von phosphorylierten Peptiden
und/oder Proteinen geeignet ist. Diese Substanz wurde oben bereits
eingehend beschrieben. Das erfindungsgemäße Verfahren zur Herstellung dieser
Substanz umfaßt
die folgenden Verfahrensschritten, wobei diese Schritte zur Veranschaulichung
in den 2 und 3 schematisiert sind:
- a) Zunächst
wird mindestens eine Verbindung, die mindestens zwei Methylreste
und mindestens einen Methylesterrest enthält, mit N-Bromosuccinimid (NBS), N-Bromoacetamid
(NBA) und/oder SO2Cl2 zu
der entsprechenden Bromomethyl- und/oder Chloromethylverbindung
umgesetzt. Die Verbindung ist vorzugsweise die Verbindung V1, die durch folgende Formel gekennzeichnet
ist: wobei
R1,
R2: H, Alkyl, Halogenyl, O-Alkyl und/oder
mono- oder bicyclische aromatische Ringe
bedeuten.
Ein
besonders bevorzugter Vertreter dieser Verbindung V1 ist
Dimethylbenzolsäuremethylester.
In diesem Fall ist das Reaktionsprodukt Bis(bromomethyl)benzolsäuremethylester
und/oder Bis(chloromethyl)benzolsäuremethylester. Durch diese
Verbindung bzw. gemäß der Formel
entsprechende Verbindungen wird der Spacer der erfindungsgemäßen Substanz
gebildet.
- b) Das Reaktionsprodukt aus Verfahrensschritt a) wird mit Alkalicarbonaten,
Bicarbonaten und/oder tertiären
organischen Aminen sowie mindestens einer Verbindung V2 gemäß folgender
Formel: wobei
X, Y: CR', N, S und/oder O;
Z:
CR''2 und/oder
(CR'')2;
R', R'': H, Alkyl, Halogenyl und/oder O-Alkyl;
M:
Mn2+, Fe3+, Co2+, Ni2+, Cu2+, Zn2+, Al3+ und/oder Ga3+
bedeuten,
umgesetzt. Wenn im Verfahrensschritt a) beispielsweise Dimethylbenzolsäuremethylester
eingesetzt wurde, ist das Reaktionsprodukt dieses Verfahrensschrittes
Bis[(V2)methyl]benzol säuremethylester. Ein besonders
bevorzugter Vertreter von V2 ist beispielsweise
2,2'-Dipicolylamin.
- c) Das Reaktionsprodukt aus Schritt b) wird nun mit Alkalihydroxiden,
Carbonaten, Bicarbonaten und/oder quartiären Ammoniumhydroxiden zu der
entsprechenden Säure
umgesetzt. Wenn anfangs beispielsweise Dimethylbenzolsäuremethylester
eingesetzt wurde, entsteht hierbei Bis[(V2)methyl]benzolsäure. Bei
einer anderen Verbindung V1 entsteht selbstverständlich ein
anderes Reaktionsprodukt.
- d) Als ein weiterer Schritt wird gegebenenfalls ein festes Trägermaterial
aktiviert, an welchem im folgenden das Reaktionsprodukt aus Verfahrensschritt
c) immobilisiert werden soll. Ob eine Aktivierung des Trägers erforderlich
ist, hängt
von dem jeweils gewählten
Material ab. Zu welchem Zeitpunkt die Aktivierung des Trägers bzw.
eine Bereitstellung des Trägers
erfolgt, ist selbstverständlich
nicht an die hier aufgeführte
Reihenfolge gebunden.
- e) Das Reaktionsprodukt aus Verfahrensschritt c) wird mit mindestens
einem Carbodiimid, Uranium und/oder Phosphoniumsalz mit dem Träger, der
gegebenenfalls aktiviert ist, umgesetzt, so daß das Reaktionsprodukt aus
Verfahrensschritt c), also beispielsweise Bis[(V2)methyl]benzolsäure auf
dem Träger
immobilisiert wird. Diese Verbindung von Träger und Reaktionsprodukt erfolgt über einen
Linker, der beispielsweise eine Amid-, Ester-, Carbomoyl-, Ether-
und/oder Thioetherbindung sein kann.
- f) Abschließend
wird das immobilisierte Produkt aus Verfahrensschritt e) mit Metall
beladen, indem der Ansatz mit einer wäßrigen Lösung aus Mn2+,
Fe3+, Co2+, Ni2+, Cu2+, Zn2+, Al3+ und/oder
Ga3+ bzw. den entsprechenden Salzen behandelt
wird. Besonders be vorzugt sind hierbei Zn2+ oder
Co2+. Die Beladung mit dem Metall gemäß Verfahrensschritt
f) kann gegebenenfalls auch zu einem anderen Zeitpunkt der Reaktionsabfolge
durchgeführt
werden.
Weitere
Merkmale der Erfindung ergeben sich aus den Unteransprüchen in
Kombination mit den Figuren und Beispielen. Die verschiedenen Merkmale
können
dabei jeweils für
sich oder in Kombination miteinander verwirklicht sein.
In
den Figuren zeigt
1 schematische Darstellung
der erfindungsgemäßen Substanz;
2 schematische Darstellung
der Reaktionsfolge a) bis c);
3 schematische Reaktionsfolge
der Verfahrensschritte e) bis f);
4 Dotblot der Proteine,
die von Zn2+-BiPy- und Co2+-BiPy-Kügelchen
eluiert wurden. Dot 1: Probe 1; Dot 2: Probe 2; Dot 3: Probe 3;
Dot 4: Probe 4; Dot 5: Probe 5; Dot 6: Probe 6; Dot 7: Probe 7;
Dot 8: Probe 8; Dot 9: Probe 9; Dot 10: Probe 10;
5 Westernblot der Proteine,
die von Zn2+-BiPy- und Co2+-BiPy-Kügelchen eluiert wurden. Spur
1: Gesamtzellextrakt; Spur 2: Probe 1 (Elution 1); Spur 3: Probe
3 (Elution 1); Spur 4: Probe 5 (Elution 1).
Beispiele
A. Herstellung des Affinitätsmaterials
1. Synthese von 2,5-,
3,4- und 3,5-Di(bromomethyl)benzolsäuremethylester
19,6
g 2,5-, 3,4- oder 3,5-Dimethylbenzolsäuremethylester, 47 g NBS und
0,5 g Benzoyl-Peroxid wurden in 120 ml Carbon-Tetrachlorid gelöst und die
Reaktion für
12 h im Rückfluß durchgeführt. Nach
dem Abkühlen
wurde das Reaktionsgemisch filtriert, und das Lösungsmittel wurde durch Evaporation
im Vakuum entfernt. Die erhaltenen Dibromo-Derivate wurden durch
Rekristallisierung aus n-Hexan gereinigt, so daß sich für 2,5-Bis(bromomethyl)benzolsäuremethylester
eine Ausbeute von 21,2 g bei einem Schmelzpunkt von 71°C, für 3,4-Bis(bromomethyl)benzolsäuremethylester
eine Ausbeute von 22,2 g bei einem Schmelzpunkt von 74°C und für 3,5-Bis(bromomethyl)benzolsäuremethylester
eine Ausbeute von 25,3 g bei einem Schmelzpunkt von 78°C ergab.
2. Synthese von 2,5-,
3,4- und 3,5-Bis[(2,2'-dipicolylamino)methyllbenzolsäuremethylester
Zu
einer Lösung
von 2,5-, 3,4- oder 3,5-Bis(bromomethyl)benzolsäuremethylester (2,24 g, 8 mmol), 2,2'-Dipicolylamin (3,5
g, 17,2 mmol) und K2CO3 (4,42
g, 3,2 mmol) in 20 ml wasserfreiem DMF (Dimethylfluorid) wurde tropfenweise
eine Lösung
von KI (1,3 g, 8 mmol) in DMF (8 ml) über 1 h bei 80 °C tropfenweise zugegeben.
Nach dem Rühren
für 60
min. bei 60 °C
wurde das Reaktionsgemisch mit 1 N HCl verdünnt und zweimal mit Ethylacetat
gewaschen. Die wäßrige Schicht
wurde mit 4 N NaOH alkalisiert und mit Diethylether zweimal extrahiert.
Die kombinierten organischen Schichten wurden mit Wasser und Lauge
gewaschen, gefolgt von einer Trocknung über Na2SO4. Nach dem Entfernen des Lösungsmittels
im Vakuum wurde der Rest aus Ethanol rekristallisiert und ergab
für 2,5-Bis[(2,2'-dipicolylamino)methyl]benzolsäuremethylester
eine Ausbeute von 3,3 g bei einem Schmelzpunkt von 98°C, für 3,4- Bis[(2,2'-dipicolylamino)methyl]benzolsäuremethylester
eine Ausbeute von 3,5 g bei einem Schmelzpunkt von 102°C und für 3,5-Bis[(2,2'-dipicolylamino)methyl]benzolsäuremethylester
eine Ausbeute von 4,2 g bei einem Schmelzpunkt von 111°C.
3. Synthese von 2,5-,
3,4- und 3,5-Bis[(2,2'-dipicolylamino)methyl]benzolsäure
3,0
g von 2,5-, 3,4- oder 3,5-Bis[(2,2'-dipicolylamino)methyl]benzol säuremethylester
in 50 ml 80% MeOH wurden mit 1,10 g Ba(OH)2 gemischt
und im Rückfluß unter
Nitrogen für
2 h behandelt. Weitere 0,6 g Ba(OH)2 wurden
zugegeben und der Rückfluß für weitere
2 h durchgeführt.
Nach dem Abkühlen
des Reaktionsgemisches wurden bezüglich Ba(OH)2 äquimolare
Mengen von 50% H2SO4 zugegeben.
Das erhalte ne Präzipitat
wurde durch Zentrifugation abgetrennt, und die verbleibende Lösung wurde
bis zur Trockenheit evaporiert. Bis[(2,2'-dipicolylamino)methyl]-benzolsäuren wurden
als öliger
Rest erhalten, der ohne weitere Reinigung weiterverwendet wurde.
4. Aktivierung
des Trägermaterials
4.1 Aktivierung von Sepharose
4B mit 1,4-Butandioldiglycidylether
50
ml sauggetrocknetes Sepharose 4B-Material wurde in eine 250 ml konische
Flasche überführt, die 50
ml 0,6 M NaOH und 50 ml 1,4-Butandioldiglycidylether enthielt. Die
Suspension wurde für
12 h bei Raum temperatur geschüttelt.
Das Sepharose 4B-Material wurde mit 2 l deionisiertem Wasser gewaschen
und sofort für
den nächsten
Reaktionsschritt eingesetzt.
4.2 Synthese von Amino-1,4-Butandiolether-Sepharose
4B
10
ml der sauggetrockneten, mit 1,4-Butandioldiglycidylether aktivierten
Sepharose 4B wurde in eine 250 ml konische Flasche überführt, die
50 ml 2,0 M NH4OH-Lösung enthielt. Die Suspension
wurde bei Raumtemperatur für
12 h geschüttelt.
Die Sepharose 4B wurde mit 1 l deionisiertem Wasser gewaschen und
sofort für
den nächsten
Reaktionsschritt verwendet.
4.3 Synthese von Amino-Fraktogel
10
g Epoxy-Fraktogel-Material wurde in eine 250 ml konische Flasche überführt, die
50 ml 2,0 M NH4OH-Lösung enthielt. Die Suspension
wur de bei Raumtemperatur für
12 h geschüttelt.
Das Fraktogel-Material wurde mit 1 l deionisiertem Wasser gewaschen
und sofort für
den nächsten
Reaktionsschritt verwendet.
5. Immobilisierung
5.1 Synthese von 2,5-,
3,4- und 3,5-Bis[(2,2'-dipicolylamino)methyl]benzolsäure-Sepharose
4B
10
ml Amino-1,4-Butandiolether-Sepharose wurde schrittweise in einem
Buchnertrichter mit 50 ml 20%, 40%, 60%, 80% und 100% DMF gewaschen.
Die Amino-1,4-Butandiolether-Sepharosekügelchen wurden in 15 ml DMF
resuspendiert, wobei das DMF jeweils 250 mg von 2,5-, 3,4- bzw. 3,5-Bis[(2,2'-dipicolylamino)methyl]benzolsäure enthielt.
Zu dieser Suspension wurden 20 mg Imidazol, 100 μl Pyridin und 500 μl Di-Isopropylcarbodiimid
zugegeben. Die Suspension wurde bei Raumtemperatur für 24 h geschüttelt und
weitere 200 μl
Di-Isopropylcarbodiimid zugegeben. Nach 12 h wurden die Kügelchen
durch Filtration gewonnen und in der folgenden Reihenfolge mit jeweils
50 ml gewaschen: 100%, 80%, 60%, 40%, 20% DMF und 500 ml Wasser.
Die Kügelchen
wurden dann in 20 ml 5% NaHCO3 resuspendiert
und 100 μl
Essigsäureanhydrid
hinzugegeben. Die Suspension wurde bei 37°C für 60 min geschüttelt und
anschließend
mit 50 ml Wasser, 50 ml 10% Essigsäure und 500 ml Wasser gewaschen.
Schließlich
wurden die Kügelchen
in 30% EtOH gewaschen und im Kühlschrank
aufbewahrt.
5.2 Synthese von 2,5-,
3,4- und 3,5-Bis[(2,2'-dipicolylamino)methyl]benzolsäure-Fraktogel
Die
Synthese erfolgte entsprechend wie unter 5.1, bis auf das Amino-Fraktogel anstatt
Sepharose 4B benutzt wurde.
6. Beladen von 2,5- 3,4-
und 3,5-Bis[(2,2'-dipicolylamino)methyl]benzolsäure-Sepharose
4B bzw. -Fraktogel mit Zn2+ oder Co2+
Mit
2,5-, 3,4- und 3,5-Bis[(2,2'-dipicolylamino)methyl]benzolsäure-Sepharose
4B bzw. -Fraktogel gepackte Säulen
wurden mit 5 Volumen Wasser gewaschen. Dann erfolgte eine Behandlung
mit 3 Volumen 0,2 M-Lösung
von ZnSO4 oder CoCl2 in
Wasser und anschließend
wieder 5 Volumen Wasser. Eine folgende Äquilibrierung erfolgte mit
entsprechendem Puffer, der für
die entsprechende Proteinproben-Vorbereitung benutzt wurde.
B. Anreicherung von tyrosinphosphorylierten
Proteinen aus Rattenleber
1. Isolierung
von Proteinen mit Tyrosinphosphorylierungen aus Rattenleber
In
diesem Beispiel wurden die folgenden Affinitätsmaterialien benutzt:
- Material Typ 1:
2,5-Bis[(2,2'-dipicolylamino)methyl]benzolsäure-Sepharose
4B (25BiPy-Sepharose
4B)
- Material Typ 2:
3,4-Bis[(2,2'-dipicolylamino)methyl]benzolsäure-Sepharose
4B (34BiPy-Sepharose
4B)
- Material Typ 3:
3,5-Bis[(2,2'-dipicolylamino)methyl]benzolsäure-Sepharose
4B (35BiPy-Sepharose
4B)
- Material Typ 4:
3,5-Bis[(2,2'-dipicolylamino)methyl]benzolsäure-Fraktogel
(35BiPy-Fraktogel)
Tabelle
1: Probenbezeichnung in diesem Beispiel
2. Probenvorbereitung
und Isolierung der pTyr-Proteine
2.1 Puffer:
- 1. Lysis-Puffer: 50 mM NaMOPS, 25 mM NaCl,
pH 7,2, 0,5% Zwittergent 3–10,
0,5% CHAPS, 5 mM NaF, 1 mM Natrium-Orthovanadat, 0,2 mM Natrium-Pervanadat,
kompletter Mini Protease Inhibitor-Cocktail (ohne EDTA) 1 tabl./10
ml Puffer.
- 2. Wasch-Puffer: 50 mM NaMOPS, 25 mM NaCl, pH 7,2, 0,1% Zwittergent
3–10,
0,1% CHAPS, 5 mM NaF, 1 mM Natrium-Orthovanadat, 0,2 mM Natrium-Pervanadat.
- 3. Elutions-Puffer 1: 50 mM NaMOPS, 100 mM NaCl, 50 mM Phenylphosphat
(127 mg Phenylphosphat, Dinatriumsalz-Dihydrat pro 10 ml Puffer),
pH 7,2, 0,1% Zwittergent 3–10,
0,1% CHAPS, 5 mM NaF, 1 mM Natrium-Orthovanadat, 0,2 mM Natrium-Pervanadat.
- 4. Elutions-Puffer 2: 50 mM NaMOPS, 100 mM NaCl, pH 7,2, 0,1%
Zwittergent 3–10,
0,1% CHAPS, 5 mM NaF, 1 mM Natrium-Orthovanadat, 0,2 mM Natrium-Pervanadat,
50 mM, Na4EDTA.
2.2 Durchführung
- 1. 1 g Rattenlebergewebe wurde mit 15 ml Lyse-Puffer
homogenisiert. Die Suspension wurde in einem Sorvall SS34 Rotor
für 30
min. bei 18.000 rpm zentrifugiert. Der Überstand wurde verwendet und
das Pellet verworfen. Der Überstand
wurde in 1,5 ml-Proben geteilt.
- 2. Die Proben (1,5 ml) wurden durch aktivierte und äquilibrierte
Säulen
laufengelassen, die mit 0,5 ml Zn2+-BiPy-
und Co2+-BiPy-Kügelchen
gepackt waren.
- 3. Die Säulen
wurden mit 3,0 ml Wasch-Puffer gewaschen und die erste Elution mit
Elutions-Puffer 1 (600 μl)
und danach mit Elutions-Puffer 2 (600 μl) eluiert.
3. Dotblot-Analyse der
Proteine, die von den Zn2+-BiPy- und Co2+-BiPy-Kügelchen
eluiert worden waren
3.1 Puffer:
- 1. TBS (Tris-gepufferte Saline): 10 mM Tris-HCl
pH 7,4, 170 mM NaCl, 3,4 mM KCl.
- 2. TBS/Tween: 0,1% Tween 20 in TBS
- 3. BCIP/NBT (Bromochloroindolylphosphate/Nitroblau Tetrazolium):
NBT- und BCIP-Stammlösungen
wurden über
mehrere Wochen im Kühlschrank
aufbewahrt. Die Stammlösungen
wurden durch Auflösung
von 0,5 g NBT in 10 ml 70%iger Dimethylformamid präpariert.
Die BCIP-Stammlösung
wurde durch Auflösung von
0,33 g BCIP-Dinatriumsalz in 10 ml DMF in einem Glasgefäß präpariert.
- 4. APB (alkalischer Phosphatase-Puffer): 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 100 mM Tris-HCl pH 9,5
- 5. APB/Tween: 0,1% Tween 20 in APB
3.2 Durchführung
- 1. Die Positionen der Spots auf der Nitrozellulosemembran
wurden mit einem weichen wasserfesten Stift markiert. Die Nitrozellulose membran
wurde in Wasser befeuchtet und auf einem sauberen Papier fast vollständig getrocknet.
- 2. Die Proben wurden auf die markierten Stellen aufgegeben,
wobei 1 μg
Protein pro Spot aufgegeben wurde.
- 3. In einer zu bedeckenden Plastikschale wurde ausreichend Quenching-Puffer
(5% BSA (bovines Serumalbumin) in TBS/Tween) gegeben, so daß der Boden
der Schale vollständig
bedeckt war. Der Nitrozellulose-Blot wurde vorsichtig auf die Oberfläche des
Quenching-Puffers gegeben, so daß der Filter einheitlich befeuchtet
wurde. Dann wurde der Filter in den Quenching-Puffer untergetaucht.
Die Inkubation erfolgte unter Bewegung oder Schütteln für wenigstens 2 h. Die Lösung wurde
entfernt und eine Lösung
mit dem ersten Antikörper
(1 : 1.000 Verdünnung
pTyr102-Antikörper,
Cell Signaling Technology, # 9416) in 4% BSA in TBS/Tween-Puffer zugegeben.
Die Inkubation erfolgte für
16 h bei 4°C
unter kontinuierlicher Bewegung auf einem Schüttler.
- 4. Die Antikörperlösung wurde
weggegossen. Ohne den Blot trocknen zu lassen, wurde der Blot viermal
mit 50 ml TBS/Tween jeweils für
5 min. gewaschen. Diese Waschlösung
wurde wiederum abgegossen und die Lösung mit dem zweiten Antikörper auf
den Blot gegeben.
- 5. Die Inkubation mit dem zweiten Antikörper (1 : 5.000-Verdünnung AP-konjugierter
Antimaus-IgG-gesamtes Molekül,
Sigma 93160 im Quenching-Puffer) wurde für 3 h bei 4°C mit Bewegung durchgeführt.
- 6. Diese Antikörperlösung wurde
abgegossen und der Blot viermal mit jeweils 50 ml TBS/Tween jeweils
für 5 min.
gewaschen.
- 7. Der Nitrozelluloseblot wurde in BCIP/NBT-Arbeitslösung plaziert,
wobei diese Lösung
durch Zugabe von 66 ml NBT-Stammlösung zu 10 ml APB/Tween mit
gründlichem
Mischen und Zugabe von 33 ml BCIP-Stammlösung hergestellt wurde.
- 8. Nach der Entwicklung der Farbe wurde die Reaktion durch Waschen
mit Wasser und 1% Essigsäure
gestoppt.
4 zeigt die Ergebnisse des
Dotblot-Screenings. Hierbei zeigt Dot 1 Probe 1, Dot 2 Probe 2,
Dot 3 Probe 3 usw.
4. Westernblot-Analyse
der Proteine, die von Zn2+-BiPy- und Co2+-BiPy-Material
eluiert wurden
4.1
Die Polyacrylamidgelelektophorese (PAGE) wurde gemäß Laemmli
durchgeführt.
Es wurden jeweils 20 μg
Protein pro Spur des 11% PAGE aufgetragen.
4.2 Puffer
Es
wurden die gleichen Puffer wie beim Dotblot-Screening verwendet.
4.3 Durchführung
- 1. Das Elektroblotting wurde mit einer Nitrozellulosenmebran
gemäß den Angaben
des Herstellers mit einem Halbtrocken-Elektroblot-Apparat der Firma
BioRad durchgeführt.
- 2. In einer zu bedeckenden Plastikschale wurde ausreichend Quenching-Puffer
(5% BSA in TBS/Tween) gegeben, so daß der Boden der Schale vollständig bedeckt
war. Der Nitrozelluloseblot wurde vorsichtig auf die Oberfläche des
Quenching-Puffers gegeben, so daß der Filter einheitlich befeuchtet
wurde. Dann wurde der Filter in den Quenching-Puffer untergetaucht.
Die Inkubation erfolgte unter Bewegung oder Schütteln für wenigstens 2 h. Die Lösung wurde
entfernt und eine Lösung
mit dem ersten Antikörper (1
: 1.000 Verdünnung
pTyr102-Antikörper,
Cell Signaling Technology, # 9416) in 4% BSA in TBS/Tween-Puffer
zugegeben. Die Inkubation erfolgte für 16 h bei 4% unter kontinuierlicher
Bewegung auf einem Schüttler.
- 3. Die Antikörperlösung wurde
weggegossen. Ohne den Blot trocknen zu lassen, wurde der Blot viermal
mit 50 ml TBS/Tween jeweils für
5 min. gewaschen. Diese Waschlösung
wurde wiederum abgegossen und die Lösung mit dem zweiten Antikörper auf
den Blot gegeben.
- 4. Die Inkubation mit dem zweiten Antikörper (1 : 5.000-Verdünnung AP-konjugierter
Antimaus-IgG-gesamtes Molekül,
Sigma 93160 im Quenching-Puffer) wurde für 3 h bei 4°C mit Bewegung durchgeführt.
- 5. Diese Antikörperlösung wurde
abgegossen und der Blot viermal mit jeweils 50 ml TBS/Tween jeweils
für 5 min.
gewaschen.
- 6. Der Nitrozelluloseblot wurde in BCIP/NBT-Arbeitslösung plaziert,
wobei diese Lösung
durch Zugabe von 66 ml NBT-Stammlösung zu 10 ml APB/Tween mit
gründlichem
Mischen und Zugabe von 33 ml BCIP-Stammlösung hergestellt wurde.
Die
Ergebnisse der Westernblotanalyse sind in 5 dargestellt. Hierbei zeigt die Spur
1 den gesamten Zellextrakt, die Spur 2 die Probe 1 (Elution 1),
die Spur 3 Probe 3 (Elution 1) und die Spur 4 Probe 5 (Elution 1).